O parasita protozoário Leishmania apresenta um genoma plástico e dinâmico onde a amplificação gênica e translocações cromossomais são fenômenos comuns. Tal plasticidade sugere a necessidade de mecanismos robustos de reparo do DNA e de manutenção do genoma. A célula eucariótica desenvolveu sistemas de controle checkpoint que reconhecem estruturas alteradas de DNA e bloqueiam a progressão do ciclo celular permitindo que o reparo do DNA aconteça. Nestas células, o complexo heterotrimérico formado pelas proteínas Hus1, Rad9, e Rad1 participa nas etapas iniciais de reconhecimento e sinalização do estresse replicativo. Neste trabalho mostramos que a proteína Hus1 homóloga de Leishmania major é uma proteína nuclear que melhora a capacidade do parasito em lidar com o estresse replicativo. A análise de northern e PCR em tempo real mostraram que, após a transfecção do gene, a linhagem selecionada apresenta níveis aumentados dos transcritos LmHUS1. A utilização de um anticorpo anti-LmHus1 demonstrou o aumento nos níveis da proteína nestas células. Ainda, a superexpressão de LmHus1 confere resistência às drogas genotóxicas hidroxiuréia (HU) e metil metanosulfonato (MMS), e a resistência à HU correlaciona-se com a redução de dano no DNA após a expressão da LmHus1. A ruptura de um dos alelos LmHUS1 diminui os níveis do seu produto, compromete o crescimento do parasito e proporciona discreta diminuição na resistência às drogas genotóxicas. Resultados preliminares associam a expressão da LmHus1 ao fenômeno de amplificação gênica em L. major. Além disso, a possível quinase Chk1, efetora da sinalização iniciada em Hus1, foi clonada e transfectada no parasito, o anticorpo anti-Chk1 também foi produzido. Finalmente, considerando que LmHus1 funcione na detecção do dano e controle de defeitos na replicação de DNA, formulamos a hipótese de que o produto deste gene atue na forquilha de replicação e participe no fenômeno de rearranjo do DNA e na formação de amplicons neste parasito. / The protozoan parasite Leishmania presents a dynamic and plastic genome in which gene amplification and chromosome translocations are common phenomena. Such plasticity hints at the necessity of dependable genome maintenance pathways. Eukaryotic cells have evolved checkpoint control systems that recognize altered DNA structures and halt cell cycle progression allowing DNA repair to take place. In these cells, the PCNA-related heterotrimeric complex formed by the proteins Hus1, Rad9, and Rad1 is known to participate in the early steps of replicative stress sensing and signaling. Here we show that the Hus1 homolog of Leishmania major is a nuclear protein that improves the cell capability to cope with replicative stress. Northern analysis and real-time PCR showed that after transfection of the gene, the selected lineage presents increase in the LmHUS1 transcripts levels and overexpression was confirmed using anti-LmHus1. Thus, overexpression of LmHus1 confers resistance to the genotoxic drugs hydroxyurea (HU) and methyl methanesulfonate (MMS) and resistance to HU correlates to reduced net DNA damage upon LmHus1 expression. Preliminary results associate the LmHus1 expression to the gene amplification phenomena in L. major. And a possible Chk1-like kinase was cloned and transfected into the parasite, the anti-Chk1 was also produced. Besides, LmHus1 mutant is presented, and the LmHUS1 gene disruption decreases its product levels, leads to serious effects on growth, and presenting an slight decrease in the resistance to genotoxic drugs. Finally, considering the hypothesis that LmHus1 participates in the damage sensing and in the control of the DNA replication threats, we hypothesized that the product of this gene acts in replication forks and is involved in DNA rearrangement s and in the amplicons generation in this parasite.

O zika é um arbovírus emergente. Há evidências para a relação entre o zika e a microcefalia congênita e também com a síndrome de Guillain-Barre. Várias características do vírus são importantes, como a persistência do vírus no sêmen por vários meses, transmissão sexual e evidência de transmissão pré-natal. As mães grávidas infectadas com zika podem dar à luz crianças aparentemente saudáveis que podem apresentar manifestações e complicações tardias. Existe uma clara necessidade de diagnosticar e sequenciar amostras clínicas do ZIKV que circulam na América do Sul, especificamente no Brasil. No entanto, as baixas cargas virais observadas que são observadas comumente em amostras humanas constituem um fator complicador para detecção, amplificação e sequenciamento. Neste projeto, propor projetar um fluxo de trabalho otimizado para o sequenciamento completo do genoma com base no pré-enriquecimento por PCR (reação em cadeia da polimerase) e pools de amplicons. / Zika is an emerging arbovirus. There is enough evidence for the relation between Zika and congenital microcephaly and also with the Guillain-Barre syndrome. Several characteristics of the virus are important, such as persistence of the virus in semen for several months, sexual transmission and evidence of prenatal transmission. Zika infected pregnant mothers may give birth to apparently healthy children that may show late manifestations and complications. There is a clear necessity of diagnosing and sequencing clinical samples of ZIKV circulating in South America, specifically in Brazil. Nevertheless, the observed low viral loads that are commonly in human samples constitute a complicating factor for detection, amplification and sequencing. In this project, we aim to design an optimized workflow for full genome sequencing based on pre-enrichment by PCR (polymerase chain reaction) and amplicon pools.

O ferro é um importante elemento em reações catalíticas no meio ambiente, pois possui a capacidade de ser reduzido ou oxidado. Duas espécies de ferro solúvel podem estar presentes em amostras ambientais, o Fe (II) e o Fe (III). Métodos analíticos capazes de diferenciar e quantificar estas duas espécies de ferro são muito importantes para a compreensão dos processos metabólicos dos diversos microrganismos, e também para entender a atuação destes microrganismos na remobilização do coagulante utilizado em estações de tratamento de esgotos (ETEs), nas quais é possível utilizar como coagulante o FeCl3. Porém não há trabalhos publicados que recuperam o ferro coagulado utilizando bactérias redutoras de ferro. Os objetivos deste trabalho são: 1) avaliar o método colorimétrico de fenantrolina para quantificação de Fe (II) e os principais interferentes nessas análises; e 2) avaliar o potencial do Fe (II) gerado via metabolismo das bactérias redutoras de ferro como coagulante de matéria orgânica e inorgânica de águas residuárias. Os resultados para o método colorimétrico de fenantrolina são confiáveis somente para leituras de amostras que contenham Fe (II), mas não diferencia e quantifica corretamente espécies de Fe (III) em todos os valores de pH. A separação das diferentes espécies de ferro foi feita utilizando membrana de acetato de celulose com porosidade de 0,2 m e ajustando o valor do pH para valores entre 4 e 5. Para obtenção das concentrações de Fe (II) e Fe (III), é necessário realizar a leitura em amostras filtradas e não filtradas, pois o Fe (II) passa pela membrana e o Fe (III) fica retido. Desta forma, é possível realizar a distinção das espécies de ferro, e em seguida realizar a quantificação com testes colorimétricos, seja em campo ou em laboratório. A diferenciação das espécies de ferro se mostrou importante para quantificar corretamente o Fe (III) e o Fe (II) durante o tratamento de águas residuárias utilizando Fe (III) como coagulante na forma de FeCl3. Na comparação com a recuperação ácida, a biológica se mostrou mais eficiente por não apresentar metais pesados remobilizados na fração líquida, recuperando 58% do ferro quando adicionado o glicerol como fonte de carbono. Durante a remobilização do ferro houve a produção do metano, gás de interesse econômico. A escolha do coagulante e da concentração foi determinada pela remoção da turbidez, sendo o melhor coagulante para água residuária do CRUSP o FeCl3 na concentração de 60 mg/ L de Fe, pois removeu 99% da turbidez, 98% do fosfato, 85% dos carboidratos e 100% de proteínas presentes na água residuária. Aplicando-se o coagulante remobilizado (400 mg/L), foi possível remover 85% da turbidez. O ferro recuperado servirá novamente como coagulante, favorecendo a redução dos custos com o tratamento de água residuária. / Iron is an important element in catalytical action in the environment as it has an ability to be filtered or oxidized. Soluble iron species may be present in environmental samples, Fe (II) and Fe (III). Analytical methods capable of differentiating and quantifying these two iron species are very important for the remobilization of coagulation in sewage treatment plants (ETEs), in which FeCl3 can be used as a coagulant. It is not a job that recovers coagulated iron with iron reducing units. The objectives of this work are: 1) to evaluate the colorimetric method of phenanthroline for quantification of Fe (II) and the main interferents in these analyzes; and 2) to evaluate the potential of Fe (II) through the metabolism of iron-reducing bacteria as a coagulant of organic and inorganic wastewater. The results for the colorimetric method of phenanthroline are only for the readings of samples containing Fe (II), but do not differentiate and quantify the Fe (III) species at all pH values. The separation of the fish fiber species was left to the cellulose acetate test with the porosity of 0.2 m and adjusting the pH value to values between 4 and 5. For the concentration of Fe (II) and Fe (III), it is necessary to read in filtered and unfiltered samples, as Fe (II) passes through the membrane and Fe (III) is retained. In this way, it is possible to perform an analysis of the iron species, and then perform quantification with colorimetric tests, either in the field or in the laboratory. Differentiation of iron species has become important in correctly quantifying Fe (III) and Fe (II) during wastewater treatment using Fe (III) as a coagulant in the form of FeCl3. In comparison with an acid replica, a biological recovery is done through large amounts of remobilized in the liquid fraction, recovering 58% of the iron when the glycerol as carbon source. During the remobilization of the iron there was a production of methane, gas of economic interest. The choice of the coagulant and the capacity was determined by the removal of the turbidity, being the best coagulant for the residual water of the CRUSP the FeCl3 in the concentration of 60 mg/L of Fe, since it removed 99% of the turbidity, 98% of the phosphate, 85% of carbohydrates and 100% of proteins present in the wastewater. Applying the remobilized coagulant (400 mg/L), it was 85% turbidity remover. The recovered iron will again serve as a coagulant, favoring the reduction of costs with the treatment of wastewater.

O projeto de obtenção de huAcMos (Anticorpos Monoclonais Humanizados) tinha como escopo a humanização de anticorpos murinos com potencial terapêutico, inserção das sequências em vetores de expressão e transfecção em células CHO (do inglês, Chinese Hamster Ovary). A expressão do huAcMo Anti-CD18 resultou em baixos níveis da proteína recombinante e inciamos o processo de expressão de isoformas do huAcMo Anti-CD3. As células foram transfectadas com seqüências codificadoras do fragmento FvFc Anti-CD3 e clonadas pelo equipamento ClonePix FL. O fragmento foi caracterizado e demonstrou uma menor afinidade quando comparada com a molécula murina original. Ulizamos o sistema de recombinação homóloga (CHO Flp-In, Invitrogen) para expressão da molécula inteira do huAcMo Anti-CD3. Os clones foram caracterizados e demonstrou, assim como o fragmento FvFc, uma menor afinidade pelo alvo. As diferenças nas propriedades de ligação são freqüentemente encontradas após processos de humanização; dependendo da função efetora esta diminuição de afinidade não é negativa para a molécula. / The humanized antibodies (huMab) project intent to use murine antibodies with therapeutic potencial to obtain more human sequences with maintened specificity. The sequences were inserted in expression vectors and transfected in CHO (Chinese Hamster Ovary) cells. Anti-CD18 huMab expression results in low levels of recombinant protein and lead us to try the expression of Anti-CD3 isoforms. The cells were transfected for the expression of a FvFc antibody fragment and cloned using ClonePix FL equipment. The fragment characterization demonstrate a lower affinity when compared with the murine molecule. We use the homologous recombination system (CHO Flp-In) for the expression of the whole molecule of huMab Anti-CD3; like the FvFc fragment, the whole molecule demonstrate a lower affinity for the target. The differences in the affinity properties are frequently found after humanization process and depending on the expected efector functions is not negatively characterized.

O uso da microfluídica na área de análises genéticas possibilita não apenas a diminuição de custos, mas também menor manipulação de amostras e reagentes e ainda maior portabilidade das análises. Com isso aumenta a possibilidade da sua utilização em locais remotos, sem a infraestrutura de um laboratório bem equipado. Dispositivos capazes de usar apenas a força centrifuga para movimentação de fluidos juntamente com a utilização de válvulas passivas para controle dos fluidos pode potencializar a sua utilização nos diagnósticos Point-of-Care. Este trabalho teve como objetivo o desenvolvimento de um microdispositivo descartável de poliéster para análises genéticas, visando a extração e amplificação do DNA alvo, de forma rápida, barata, integrada e automatizada. Os resultados confirmam a viabilidade dos dispositivos poliéster-toner (PeT) e poliéster-fita dupla face (PeDF) automatizados de extração, obtendo por meio da extração dinâmica em fase sólida de amostras complexas, DNA com qualidade compatível à técnica da reação em cadeia de polimerase (PCR). Esses resultados foram confirmados por meio da amplificação por PCR dos genes β-globina nas amostras de sangue e urina, e o gene malB nas amostras de Escherichia coli. Também foi confirmado a compatibilidade dos dispositivos de PeT para amplificação por PCR mediado por infravermelho (IV-PCR) do gene malB presente no DNA genômico de bactéria E. coli. Por fim, os dispositivos de extração e amplificação foram interligados para obtenção de um dispositivo integrado e automatizado formado pela combinação de dispositivos fabricados com diferentes filmes e métodos, PeT e PeDF. O controle de todas as soluções no interior dos dispositivos foi realizado por meio da força centrífuga combinada a válvulas passivas, sem qualquer necessidade de equipamento adicional. Portanto, podemos concluir que o dispositivo integrado PeDF - PeT possui grande potencial para aplicações em análises genéticas de forma mais barata, portátil e com menor manipulação das amostras pelo analista. / The development of microfluidics for genetic analysis allows not only cost reduction but also reduces sample and reagents handling, and increases the chances of a portable analysis. With this, increasing the possibility to use the techniques on remote places without the infrastructure of an equipped laboratory. Microdevices capable of using the centrifugal force in combination with passive valves to fluidic control can promote Point-of-Care analysis. The primary goal of this thesis was to associate these tools for the development of a disposable microdevice for genetic analysis, aiming faster, inexpensive, integrated and automated DNA extraction and amplification. The results confirmed the viability of PeT and PeDF automated microdevices, for DNA dynamic solid phase extraction, in providing high-quality DNA compatible to PCR analysis using complex samples. These results were confirmed by the β-globin PCR amplification using blood and urine samples, and the malB gene amplification in Escherichia coli samples. We have also verified the compatibility of the PeT microdevices with IV-PCR for malB gene amplification in genomic E. coli DNA. The extraction and amplification modules were interconnected to obtain an integrated and automated microdevice by the combination of devices made with different films and microfabrication methods, PeT and PeDF. The fluidic control in the devices was made using the centrifugal force combined to passive valves, with no requirement of any extra equipment. Therefore, we can conclude that the integrated PeDF - PeT microdevice has a great potential for cheaper and portable genetic analysis application, with less operator manipulation.

Made available in DSpace on 2016-04-27T18:12:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Eliane Carvalho da Costa.pdf: 5578176 bytes, checksum: ccfa56eaac90ee496ec24f3f922bbfc2 (MD5) Previous issue date: 2015-03-19 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Objective: This research focuses on the relationship between audibility of speech, recurrent usage of sound amplification devices and the development of auditory abilities in hearing impaired children. Method: The research was submitted to Ethics Committee for Research at the Pontifícia Universidade Católica de São Paulo was approved on report 731.690. 35 infants and children diagnosed by 3 years of age were selected, with chronological age corrected from 2 to 50 months. The study was conducted at the Centro de Audição na Criança (CeAC/Derdic) on PUCSP. The analysis was based on measurements of audibility (Speech Intelligibility Index SII), use of hearing aid (HA) in an average percentage of daily hours of use in comparison with the time in which the child is awake and reports from parents in HA use situations in everyday life, conducted from structured interviews and scripted interviews. There was also an analysis of medical reports of subjects, the LittlEars® application to evaluate the development of auditory abilities and socio-economic aspects as well as family demographics. Interviews with open-ended questions were recorded and transcribed to exemplify the data that was collected. Children were divided in two groups according to age: those who were chronologically up to 12 months (Group A) when they started using HA and those older than 13 months (Group B). In each group (A and B), children were also subdivided according to audibility classification, that is, in three SII intervals: Gr1 SII below 35%; Gr2 36 to 55% and Gr3 equal or above 56%. Results: We observed that 74% of the subjects were diagnosed with hearing loss before their first year of being born and 37% by 6 months. Children from Gr2 (moderate to severe audibility) are more affected by distance from the speaker, becoming more vulnerable to multiple factors. Findings demonstrate that Gr1 (significant losses) had the lowest average of usage time when compared to other groups and in comparison to the hearing abilities measured in LittlEars®, 51% of children were below the minimum expected when compared to their hearing peers. As for daily use, 70% of mothers of infants up to 12 months said that they use HAs in the car, and children above 13 months reach 78%. 73% pf Group A use products whenever they are with an employed caretaker, compared to only 37% from Group B. As to external environments and going out, 82% (A) and 72% (B) say they always wear the product. 53% and 44% of interviewees, respectively from groups A and B, said they never have to keep adjusting their children s HAs due to feedback. 100% of interviewees check their children's devices every day before being worn. Conclusion: Gr1 children (mostly profound losses), were the least consistent in using hearing aids in daily routine in both age groups. There were no differences between groups when socioeconomic level was considered. Mother referred not to use the hearing aids in unsupervised situations such as car rides, or playing outside. They were unsure about the consistency of HA use during nursery end school hours. Several parents have a hard time noticing hearing changes in babies and children in response to amplification and this seems to affect constant usage / Objetivo: Esta pesquisa visa estabelecer relações entre audibilidade de sons de fala, rotina no uso de aparelho de amplificação sonora e desenvolvimento de habilidades auditivas em crianças diagnosticadas com deficiência auditiva. Método: A pesquisa foi submetida ao Comitê de Ética em Pesquisa da Pontifícia Universidade Católica de São Paulo e Plataforma Brasil e aprovada com o parecer número 731.690. Foram selecionados 35 bebês e crianças pequenas diagnosticadas até 3 anos de idade e idade cronológica corrigida de 2 a 50 meses. O estudo foi realizado no Centro de Audição na Criança (CeAC/Derdic) da PUCSP. A análise foi realizada a partir de medidas de audibilidade (Speech Intelligibility Index SII), uso de aparelho de amplificação sonora individual (AASI) e relatos dos pais de situações de uso do AASI no cotidiano, a partir da entrevista estruturada e roteiro de entrevista. Foi realizada análise dos prontuários, aplicação do LittlEars® para avaliar o desenvolvimento das habilidades auditivas e caracterização socioeconômica e demográfica das famílias. As entrevistas com perguntas abertas foram filmadas e transcritas. As crianças foram divididas em dois grupos segundo a faixa etária: as que tinham idade cronológica de até 12 meses (Grupo A) quando iniciaram o uso de AASI e as que tinham idade cronológica de 13 meses ou mais (Grupo B). Em cada grupo, as crianças foram subdivididas quanto a classificação de audibilidade, segundo valores de SII: Gr1 com SII abaixo de 35%; Gr2 - de 36-55% e Gr3 igual ou maior que 56%. Resultados: Observamos que 74% dos sujeitos receberam o diagnóstico da perda auditiva antes do 1º ano de vida e 37% até os 6 meses. Pesquisa reforça que está crescendo o número de crianças diagnosticadas abaixo de 18 meses e tendo início no processo de seleção e adaptação de aparelhos de amplificação sonora (AASI). Verificamos que as crianças do GR2 (de audibilidade moderada/severa) são mais afetadas pela distância entre o falante e o microfone do AASI sendo, portanto mais vulneráveis a interferência de outros fatores. Achados demonstram que o Gr1 (perdas profundas) teve a menor média de tempo de uso em relação aos outros grupos e com relação às habilidades auditivas verificadas no LittlEars®, 51% das crianças estão abaixo do mínimo esperado em comparação aos seus pares ouvintes. Quanto ao uso no cotidiano, 70% das mães até 12 meses disseram que elas usam sempre os AASIs no carro, e as crianças acima de 13 meses, usam 78%. 73% do grupo A usam os aparelho sempre que estão com uma cuidadora e o grupo B, 37% apenas. Quanto a ambientes externos e passeios, 82% (A) e 72% (B) afirmam usarem sempre os aparelhos. 100% das entrevistadas referiram verificar os aparelhos de seus filhos todos os dias. Conclusão: Crianças do Gr1, a maioria com perda profunda utilizaram os AASI no cotidiano com menor frequência que os outros grupos nas duas faixas etárias. Não houve diferença na consistência de uso quando comparado nível socioeconômico das famílias. Em situações em que as mães não podem supervisionar (no carro, ao ar livre), preferem não colocar os AASI. Não tem certeza se os AASI são utilizados consistentemente na creche ou na escola. Muitos pais têm dificuldade de perceber mudanças auditivas dos bebês e crianças em resposta a amplificação e isto parece afetar o uso consistente

Made available in DSpace on 2016-04-27T18:12:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rodrigo Brayner de Farias.pdf: 318061 bytes, checksum: e4da610ef9ef7b6e2684d20aec13106b (MD5) Previous issue date: 2007-10-09 / Objectives: This study aimed at characterizing the hearing aid satisfaction of adult and aged individuals derived from public hearing health care services, investigating its relationship with some variables, such as sex, age, degree of hearing loss, hearing aid type and hearing aid electro acoustic profile and comparing its result with the normative data reported by the questionnaire s authors. Method: 39 individuals were evaluated, 21 males and 18 females, aged from 19 to 90 years. All of them had conductive, sensorineural or mixed, symmetric or asymmetric, mild, moderate or severe hearing loss and used their hearing aids from not less than four weeks and not more than 12 weeks. It was used the Satisfaction with Amplification in Daily Life - SADL questionnaire Results: There was statistically significant association in the relationship between hearing aid satisfaction and hearing aid type, where in the ear hearing aid users were more satisfied than behind the ear hearing aid users. SADL global and subscale scores were higher than those described by the questionnaire s authors. Conclusions: The conclusions point out to the importance of hearing aid satisfaction evaluation to validate the effectiveness of its adaptation, contributing to get better results / Objetivos: Este estudo teve como objetivo caracterizar o grau de satisfação de indivíduos adultos e idosos usuários de aparelhos de amplificação sonora (AAS) atendidos em serviços de saúde auditiva vinculados à Política Nacional de Atenção à Saúde Auditiva, investigando sua relação com as variáveis: sexo, idade, grau da perda auditiva, tipo de AAS e perfil eletroacústico do AAS e comparando os resultados apurados com os dados normativos estabelecidos pelas autoras do questionário. Método: Foram avaliados 39 indivíduos, sendo 21 do sexo masculino e 18 do sexo feminino, na faixa etária entre 18 e 90 anos. Todos eram portadores de perda auditiva pós-lingual adquirida dos tipos condutiva, sensorioneural ou mista, unilateral ou bilateral, simétrica ou assimétrica, de grau leve a severo e faziam uso de seus AAS pelo período mínimo de quatro e máximo de 12 semanas. O questionário utilizado foi o Satisfaction with Amplification in Daily Life SADL. Resultados: Observou-se associação estatisticamente significante quanto ao grau de satisfação relacionado com o tipo de AAS utilizado, sendo maior relativo aos que usavam aparelhos intra-aurais. Os índices apurados foram superiores aos da normatização estabelecida pelas autoras do questionário. Conclusões: As conclusões apontam para a importância da avaliação do grau de satisfação dos usuários de AAS para a validação da efetividade da sua adaptação, contribuindo para a obtenção de melhores resultados

Made available in DSpace on 2016-04-27T18:12:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jesiela Cristina Raimundo.pdf: 1178870 bytes, checksum: 5843a99b0dc5f1eb87e892e0991c7f83 (MD5) Previous issue date: 2008-07-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior

L'infection chronique ou occulte par le virus de l'hépatite B (HBV) est l'un des facteurs de risque les plusimportants pour le développement de carcinome hépatocellulaire viro-induit. Malgré la petite taille dugénome et les contraintes imposées par l'organisation de ce génome, le HBV présente une grandevariabilité génétique qui est le résultat des erreurs générées lors de l’étape de reverse transcription maisaussi, lors des processus de sélection et d’adaptation. Durant l'infection, une relation étroite hôte-viruss'établit. La population virale est caractérisée par la présence de quasi-espèces pouvant influencerl'évolution de la maladie hépatique et favoriser les phénomènes d'échappement. Le but de notre travail aété 1) d'étudier la variabilité virale associée aux infections occultes et l'impact de certaines modificationsde l'AgHBs (sY100C) sur la reconnaissance des tests de détection enzymatiques, et l'impact des mutations(sK122R, sD144E) sur la reconnaissance des anticorps anti-HBs d'un patient 2) de développer un nouveloutil d'amplification de génomes entiers de HBV que nous avons appliqué à l'étude préliminaire de quasiespècesd'un mutant Core. Cet outil d'amplification est plus sensible que les techniques existantes, et ilpermet l'étude des propriétés moléculaires et fonctionnelles des isolats virales. En conclusion, nous avonspu montrer que les processus d'échappement sont complexes, et font intervenir des facteurs du virus et del'hôte. Ce travail contribue à l'amélioration de la compréhension de la biologie de l'infection par le HBV,et illustre la complexité des interactions hôte-virus. / Pas de résumé en anglais / A infecção crônica e a infecção oculta pelo vírus da hepatite B (HBV) representam fatores de riscoconhecidos para o desenvolvimento de carcinoma hepatocelular. Apesar do pequeno tamanho do genomae as restrições impostas pela organização do genoma, o HBV tem uma alta variabilidade genética que é oresultado dos erros gerados durante a etapa de transcrição reversa e também durante o processo de seleçãoe adaptação do vírus. Durante a infecção uma relação de proximidade se estabelece entre o vírus e ohospedeiro. A população viral é caracterizada pela presença de quasispecies que poderiam influenciar aevolução da doença hepática, e também promover a seleção de variantes de escape imunológico. Osobjetivos do nosso estudo foram 1) estudar a variabilidade do HBV associada às infecções ocultas e oimpacto de certas modificações do HBsAg (sY100C) no reconhecimento de testes de detecçãoenzimáticos. Estudar também o impacto das mutações (sK122R, sD144E) sobre o reconhecimento deanticorpos anti-HBs de um paciente, 2) desenvolver um novo método para amplificar o genoma completodo HBV que foi aplicado a um estudo para identificação de quasispecies de um mutante da região do coreviral. Este método de amplificação é mais sensível do que as técnicas existentes e permite o estudo depropriedades moleculares e funcionais dos virus. Em conclusão, mostramos que os processos de escapeviral são complexas e envolvem fatores relacionados tanto com o vírus como com o hospedeiro. Estetrabalho contribui de maneira significativa para a compreensão da biologia da infecção pelo HBV eilustra a complexidade das interações vírus-hospedeiro.

A Brucella canis é a bactéria responsável pela brucelose nos cães, pode ser transmitida para os seres humanos, ocasionalmente resultando em doença grave, com impacto na saúde pública. A brucelose canina desencadeia inúmeras perdas econômicas em canis comerciais, com a ocorrência de abortamentos, morte embrionária, natimortos e nascimento de filhotes debilitados. O diagnóstico sorológico é rotineiramente realizado, contudo a hemocultura é o teste \"padrão-ouro\". A técnica de reação em cadeia pela polimerase (PCR) pode ser aplicada no diagnóstico direto como alternativa à hemocultura, pela rapidez, alta especificidade e sensibilidade do teste, mas apresenta alto custo com infraestrutura e equipamentos. A amplificação isotérmica mediada por loop (LAMP) constitui outra alternativa para amplificação do DNA em um curto período de tempo, com simplicidade e menor custo. O projeto avaliou comparativamente o desempenho dos testes moleculares de PCR e LAMP com primers direcionados à sequência de inserção IS711 de Brucella spp. em 98 amostras de sangue total, obtidas de 57 cães. Os 57 cães foram divididos em três grupos: infectados por B. canis (cães positivos na hemocultura) não infectados por B. canis (negativos na hemocultura e sem evidências clínicas e epidemiológicas de brucelose) e suspeitos de brucelose (cães negativos na hemocultura, mas com suspeita clínica e/ou epidemiológica da infecção). A sensibilidade e especificidade diagnóstica das reações de LAMP e PCR foram calculadas, utilizando-se os grupos de cães infectados e não infectados, respectivamente. O desempenho dos testes foi analisado, utilizando-se as 98 amostras, comparadas duas a duas, pelos testes estatísticos de Coeficiente Kappa e McNemar. A proporção de amostras positivas foi de 43,87% (43/98) na hemocultura, 46,93% (46/98) na PCR e 16,33% (16/98) na LAMP. A concordância entre a hemocultura e a PCR foi ótima, enquanto que a concordância entre a LAMP e a hemocultura e entre a LAMP e a PCR foi sofrível. A sensibilidade diagnóstica foi de 100% (18/18) na PCR e 44,44% (8/18) na LAMP, enquanto que a especificidade diagnóstica foi de 96% (20/21) na PCR e 100% (21/21) na LAMP. O desempenho da reação de LAMP foi insatisfatório para o diagnóstico da brucelose nos cães, em razão dos baixos valores de sensibilidade do teste. A PCR, por outro lado, apresentou desempenho similar à hemocultura, o que a torna uma alternativa para uso no diagnóstico da brucelose canina. / Brucella canis is the etiological agent responsible for brucellosis in dogs and can be transmitted to human beings, occasionally resulting in severe disease, and leading to impacts on public health. Canine brucellosis triggers numerous economic losses in commercial kennels, causing abortions, embryonic death, stillbirths and birth of debilitated puppies. Serological diagnosis is routinely performed, but blood culture is the gold standard test. Polymerase chain reaction (PCR) can be used to the direct diagnosis of infection in view of its speed and high specificity and sensitivity values, however it has high cost because of the laboratory infrastructure and equipments needed. The loop-mediated isothermal amplification (LAMP) may be an alternative to DNA amplification in a shorter period of time, with simplicity and low cost. This project evaluated the potential of the molecular tests of PCR and LAMP using primers targeting the insertion sequence IS711 of Brucella, using 98 whole blood samples of 57 dogs. The 57 dogs were divided into three groups: infected by B. canis (dogs with positive results in blood culture), non-infected by B. canis (dogs with negative results by blood culture and showing no clinical or epidemiological evidences of brucellosis) and dogs suspected of brucellosis (those with negative blood culture but with clinical and/or epidemiological evidences of infection). The diagnostic sensitivity and specificity of PCR and LAMP were calculated using the infected and non-infected groups, respectively. The performance of the three diagnostic tests was pair compared using the 98 samples using McNemar test and Kappa coefficient. The proportion of positive samples detected by blood culture, PCR and LAMP was respectively 43.87% (43/98), 46.93% (46/98), and 16.33% (16/98). The concordance between blood culture and PCR was almost perfect, while the concordance between LAMP and blood culture and between LAMP and PCR was fair. The diagnostic sensitivity of PCR and LAMP was, respectively, 100% (18/18) and 44.44% (8/18), while the diagnostic specificity of the tests was 96% (20/21) and 100% (21/21), respectively. LAMP performance was not satisfactory for canine brucellosis diagnosis because of the low sensitivity of the test. PCR showed similar performance when compared to blood culture, which makes it a good alternative for use for the diagnosis of canine brucellosis.