A planta daninha Amaranthus palmeri é nativa dos Estados Unidos, porém foi pela primeira vez relatada no Brasil no ano de 2015. Embora comprovadamente com resistência múltipla aos herbicidas inibidores da ALS e da EPSPS, até o momento não foram investigadas as bases moleculares da resistência. Além disso, por causa da recente introdução da planta daninha no país, alternativas de manejo com culturas tolerantes a herbicidas necessitam ser estudadas. Sendo assim, os objetivos desse trabalho são de caracterizar a espécie de planta daninha introduzida no país, identificar os mecanismos de resistência aos herbicidas inibidores da ALS e da EPSPS presentes no biótipo, e propor abordagens de manejo em ambientes dos novos eventos transgênicos resistentes a herbicidas. Um bioensaio utilizando marcadores genéticos foi desenvolvido para confirmar que a população coletada no estado do Mato Grosso (BR-R) é A. palmeri, e não A. tuberculatus, outra espécie dióica do gênero Amaranthus. Os resultados de experimentos de curvas de dose-resposta e acúmulo de chiquimato indicaram que a BR-R possui alto nível de resistência, com DL50 de 4.426 e 3.400 g glyphosate ha-1 no primeiro e segundo experimento, respectivamente, mais que o dobro da dose típicamente recomendada para o controle da espécie e, adicionalmente, observou se acúmulo mínimo de chiquimato a concentração de 1 mM nos tecidos das plantas tratadas com o herbicida. BR-R também foi resistente a herbicidas dos grupos químicos das sulfoniluréias e imidazolinonas. O mecanismo de resistência ao glyphosate encontrado nesta população foi a super expressão gência, através do aumento no número de cópias do gene da EPSPS no genoma da planta BR-R, entre 50 e 179 cópias adicionais. Além disso, duas substituições de aminoácidos foram observadas na sequência da ALS, W574L e S653N, conferindo resistência tanto a sulfoniluréias quanto a imidazolinonas. No experimento utilizandos os herbicidas correspondentes às culturas geneticamente modificadas com novos traits de tolerância a herbicidas observou se, de uma forma geral, que as associações de herbicidas apresentaram níveis de controle mais satisfatórios. Assim, esta pesquisa confirma a introdução de da espécie A. palmeri no Brasil, assim como a resistência múltipla aos herbicidas inibidores da EPSPS e da ALS. Seu manejo é mais eficaz através da associação de herbicidas, garantindo assim o uso racional das novas tecnologias de culturas geneticamente modificadas com tolerância a herbicidas. / Palmer Amaranth (Amaranthus palmeri) is a weed species native to the United States, but it was reported in Brazil for the first time in 2015. Despite this population being resistant to EPSPS and ALS inhibitors, the molecular basis of its multiple resistance is unknown up to date. Because of this species introduction to Brazil, alternatives of management with the new herbicide-tolerant crops technologies need to be studied. The objectives of this research are to characterize the weed species introduced to Brazil, identify the mechanisms conferring resistance to ALS and EPSPS inhibitors herbicides, and to propose management approaches in environments with the new genetically modified herbicide-tolerant crops. A genotyping bioassay using genetic markers was developed to confirm that the species collected in the state of Mato Grosso (BR-R) is indeed A. palmeri and not A. tuberculatus, another dioceous species in the Amaranthus genus. Dose-response experiments and shikimate accumulation bioassay data indicate high level of resistance, with LD50 of 4,426 and 3,400 g glyphosate ha-1 in the first and second experiments, respectively, higher than the double rate tipically recommended to control it, and minimal accumulation in BR-R with 1 mM of glyphosate in treated plants in the leaf disks assay. BR-R also was resistanto to sulfonilurea and imidazolinone herbicides. The mechanism conferring resistance to glyphosate identified in this population was gene amplification, with increased EPSPS copy number - between 50 and 179 more copies in BR-R. Besides, two target-site mutations were identified in the ALS gene sequencing, W574L and S653N, conferring resistance to sulfonilureas and imidazolinones. The weed control experiment, overal, herbicide tank mixtures achieved higher levels of control. Therefore, this research confirms the introduction of A. palmeri to Brazil, as well as its multiple resistance to EPSPS and ALS inhibitor herbicides. Its control is more efficient with herbicide mixtures, which guarantees more susteinable use of the new herbicide-tolerant crop technologies.

Os microssatélites ou SSR (Simple Sequence Repeat) por serem considerados os marcadores moleculares ideais, têm se tornado o suporte principal nas análises genômicas em diferentes organismos. Neste estudo, as freqüências alélicas de seis locos microssatélites desenvolvidos para Sus scrofa domestica (ACTG2, ALOX12A, CGA, IGF1, SW444 e TNFB) foram estimadas em duas espécies de Suiformes, Sus scrofa sp e Tayassu pecari. Foi utilizada uma amostra representativa de 99 indivíduos (85% de T. pecari e 15% de S. scrofa sp). Os marcadores foram altamente variáveis, mostrando entre 4 e 15 alelos. A heterozigose observada variou de 0,13 a 1,00 e o conteúdo de polimorfismo informativo de 0,18 a 0,84. Estes resultados indicaram a conservação entre as espécies de suínos e demonstraram a viabilidade da utilização de iniciadores desenvolvidos para S. s. domestica na análise de outras espécies de Suiformes. / Microsatellites have been considered a superior class of genetic markers over earlier ones and became the most useful for genomic population analysis in a great variety of organisms. In this paper we had estimated genetic frequencies of six STRs (ACTG2, ALOX12A, CGA, IGF1, SW444 and TNFB) developed for Sus scrofa domestica that were used to amplify markers in two natural populations of a neotropical feral Suidae (Sus scrofa sp) and a neotropical species of peccary (Tayassu pecari). High degree of polymorphisms was observed and the number of alleles varied from 4 to 15 for the six analyzed loci. The observed heterozygosity was between 0.13 to 1.00 and PIC values varied from 0.18 to 0.84. The study also showed that these markers are evolutionary conserved, allowing the possibility of heterologous amplification.

Entre as doenças causadas por bactérias do gênero Mycobacterium, a tuberculose por M. tuberculosis é a mais conhecida. O diagnóstico da doença é feito utilizando-se um conjunto de exames que possibilitam a identificação da mesma (WATT, 2000). Contudo, sabe-se que o diagnóstico combinado de microscopia direta e com o posterior isolamento em meio de cultivo é o “padrão-ouro”. A principal desvantagem desse método é que tal bactéria possui um crescimento lento (cerca de 8 semanas). Recentemente, a detecção de doenças através da técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) tem proporcionado avanços significativos no diagnóstico. O uso da amplificação específica de genes, para identificar a M. tuberculosis, tais como rDNA 16S, IS6110 ou a região intergênica senX3-regX3, tem apresentado algumas restrições, ao nível de confiabilidade e sensibilidade, para a aplicação da técnica de PCR. O presente estudo mostra a construção e a aplicação de um novo alvo para a aplicação da PCR no diagnóstico da tuberculose, baseado no ensaio da diferença de organização gênica do operon plcA, B e C diferenciando a M. tuberculosis das demais micobactérias. Neste trabalho, foram examinadas 273 amostras de pacientes com suspeita de tuberculose, sendo estas submetidas ao estudo comparativo da técnica de PCR versus cultivo (padrão ouro). A PCR amplificou fragmentos de 439pb. Os resultados mostram 93,7% de acurácia para PCR/Cultivo (p<000,1), 93,1% de sensibilidade com intervalo de confiança de 88,7-96,0 e especificidade de 96,4% com intervalo de confiança de 96,4-99,4. O valor da estatística Kappa (k) foi de 0,82 com erro padrão de 0,041, demonstrando um alinhamento quase perfeito para a verificação do grau de concordância entre os testes. Desta forma, o uso desta nova região para a amplificação da PCR se mostra uma importante e confiável ferramenta no diagnóstico específico da tuberculose. Outra região que compreende parte dos genes mbaA e inhA foi utilizada para diferenciar o Complexo tuberculosis do Complexo avium. Porém, novos experimentos serão necessários para o emprego desta região como uma ferramenta de diagnóstico.

Resumo não disponível.

A via de amplificação da secreção de insulina estimulada por glicose (GSIS) é um fenômeno discutido na literatura, cujos componentes são amplamente debatidos. Evidências sugerem que a condutância a Cl- compõe parte desta via. Porém, o mecanismo pelo qual essa condutância desempenharia papel na via de amplificação ainda é debatido, e, além disso, as ferramentas farmacológicas para estudo dessas afeta o transporte de outros ânions, como bicarbonato (HCO3-). Buscamos neste trabalho compreender a contribuição do transporte desses ânions para a via de amplificação da GSIS levando em consideração a distribuição de Cl- e HCO3- extracelular em células INS-1E. Concluímos que o transporte de ânions nas células INS-1E não contribui para a via de amplificação da GSIS, porém essas células não expressaram os canais CFTR e Anoctamina 1 que foram relacionados com esse fenômeno. Acreditamos que em células secretoras de insulina que expressem esses canais, o transporte de ânions possua alguma relevância funcional. / The amplification pathway of glucose stimulated insulin secretion (GSIS) is a phenomenon discussed in the literature, which components are broadly debated. Evidence suggests that Cl- conductance composes part of this pathway. However, the mechanism that this conductance would play role on the amplification pathway still is debated, and, besides that, the pharmacological tools to study these affects transport of other anions, such as bicarbonate (HCO3-). We aimed in this study to understand the contribuition of anion transport for the amplification of GSIS considering the Cl- and HCO3- extracellular distribuition in INS-1E cells. We concluded that anion transport in INS-1E cell line do not contribute for the amplification pathway of GSIS, however those cells do not express CFTR and Anoctamin 1 channels which were related with this phenomenon. We believe that in insulin secretin cells that express those channels, the anion transport may have a functional relevance.

Made available in DSpace on 2014-07-22T13:55:42Z (GMT). No. of bitstreams: 4 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 157.86.8.8/reports/doutorado_bibcb/marcelly_brito_ipec_dout_2011.pdf: 1069166 bytes, checksum: 4b503c1616c5d0d2b6ce68455c9495c4 (MD5) 157.86.8.8/reports/doutorado_bibcb/marcelly_brito_ipec_dout_2011.pdf.txt: 151409 bytes, checksum: bd009b4ad05d974c6b0e66e903e60674 (MD5) 157.86.8.8/reports/doutorado_bibcb/marcelly_brito_ipec_dout_2011.pdf.jpg: 1379 bytes, checksum: f38c6fd8a8b41d973bb48e95937c921d (MD5) Previous issue date: 2014-05-06 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas. Rio de Janeiro,RJ, Brasil / Estudos sobre os aspectos morfológicos, genéticos e de virulência, inerentes ao Paracoccidioides brasiliensis antes e depois da interação com hospedeiro experimental são de grande importância para. Oito isolados avaliados não apresentaram diferenças macro e micromorfológicas póspassagem em animal quando comparadas a morfologia pré-passagem. Entretanto eles diferiram entre si em relação à micromorfologia, in vitro, com diferenças na gemulação e presença de filamentos à temperatura de 36oC. Em relação à virulência, segundo os critérios adotados, índice esplênico, reisolamento de células fúngicas, lesões em diferentes órgãos e taxa de sobrevivência, o isolado Pb235CRS foi considerado o mais virulento; os isolados Pb261, Pb31MAS, Pb285, Pb246, Pb281 apresentaram virulência intermediária e os isolados Pb29EE e Pb639 foram os menos virulentos A genotipagem por RAPD dos isolados demonstrou modificações no perfil de bandas do DNA após interação com o hospedeiro animal, aos 100 dias da inoculação, porém não foi possível correlacionar esses dados com os demais obtidos. Os resultados obtidos em nosso estudo apontam que diferenças entre isolados existem e podem interferir na evolução da doença / Studies of aspects inherent to Paracoccidioides brasiliensis, especially before and after thee interaction with the experimental host are of importance to extend the knowledge about its pathogenesis. Morphology, genetic profile and virulence of eight strains of P. brasiliensis isolated from patients with chronic form of disease from Mato Grosso state were evaluated before and after passage in experimental murine model. Eight isolates evaluated did not show macro and micromorphological differences after animal passage when compared to pré-animal passage. However, differences among them were observed in relation to presence of yeast and filament forms, in vitro, at 36ºC. Evaluation of virulence, in accordance with the criteria used, splenic index, fungal cells recovered, lesions in different organs and survival rate, showed that Pb235CRS was the most virulent isolate; Pb261, P31MAS, Pb285, Pb246, Pb281 had intermediate virulence and Pb639, Pb29EE were the less virulent isolates. Genotyping by RAPD of these isolates showed changes in the profile of DNA after 100 days of interaction with the animal host. It was not possible to correlate the data from morphology, genotyping and virulence. The results obtained in our study pointed out differences among isolates that may interfere with the disease evolution.

Made available in DSpace on 2014-12-05T18:40:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) carlota_belisario_ioc_mest_2006.pdf: 1121044 bytes, checksum: 25daf8af9a2ba2cbded57e0f1f900c58 (MD5) Previous issue date: 2014-10-07 / Devido às suas grandes semelhanças morfológicas, Triatoma maculata e Triatoma pseudomaculata, que constituem para Carcavallo et al. (2000) o ´complexo maculata`, eram consideradas a mesma espécie até 1964 (Corrêa e Espínola, 1964). Essas espécies são alopátricas e, segundo Schofield (1988), T. maculata teria sido introduzida no Nordeste brasileiro por aves migratórias, com subseqüente especiação, e formação da espécie T. pseudomaculata. Estudos utilizando isoenzimas demonstraram grande distância genética entre as duas espécies e grande proximidade entre T. pseudomaculata e Triatoma wygodzinsky, com subseqüente proposta de reestruturação do ´complexo maculata`(Santos et al., 2003) Os estudos de cruzamentos entre em triatomíneos permitem a formulação de hipóteses acerca da origem e divergência de espécies e podem ajudar a entender a sistemática do grupo. O objetivo deste trabalho é determinar o grau de isolamento reprodutivo entre T. maculata e T. pseudomaculata, e caracterizar geneticamente as espécies e os híbridos obtidos pelos cruzamentos interespecíficos, permitindo o cotejamento de aspectos genéticos com características biológicas e comportamentais destes insetos. Os nossos resultados mostram que T. maculata e T. pseudomaculata não apresentam diferenças quanto à reprodução e são espécies que se cruzam produzindo híbridos inférteis. Os resultados dos cruzamentos intra e interespecíficos, da morfologia, da morfometria geométrica e da análise de RAPDs mostram T. maculata e T. pseudomaculata como espécies bem diferenciadas Os híbridos obtidos são mais semelhantes morfologicamente à T. maculata, entretanto, geneticamente estão mais próximos à T. pseudomaculata. T. wygodzinsky e os híbridos obtidos com estas espécies foram os que se apresentaram mais distantes dos demais grupos estudados. Os resultados indicam que independentemente de uma origem evolutiva comum entre essas três espécies, atualmente elas estão bastante diferenciadas geneticamente e não devem, portanto, constituir complexo entre elas / Due to its great morphological similarities, Triatoma maculata and Triatoma pseudomaculata , classified by Carcavallo et al. (2002) in the “maculata complex”, were considered the same species until 1964 (Corrêa e Espínola, 1964). These species are alopatric and, according to Schofield (1988), T. maculata would be introduced in the brazilian Northeastern by migratory birds, with subsequent speciation, forming the species T. pseudomaculata . Studies using isoenzymes showed great genetic distance among these two species and high affinity among T.pseudomaculata and Triatoma wygodzinsky , resulting in a new proposal of ́ maculata complex ` re-organization (Santos et al, 2003). Hybridization studies in Triatomines allo w the formulation of hypothesis about the origin and divergence of species and may help to understand the systematic of the group. Therefore, the objective of this work was to determine the level of reproductive isolation among T. maculata and T. pseudomaculata , and to characterize genetically the species an d hybrids obtained by the interspecific cross breeding, allowing the comparison of genetic aspects with other biological characteristics and behavior of these insects. T. maculata and T. pseudomaculata did not present difference in relation to the reproduction (eggs laid, time for eclosion and viability of the eggs) and are able to produce hybrids, but infertiles. The results obtained with the intra and interspecific cross breeding, morphological analysis, geometric morphometry and RAPDs showed T. maculata and T. pseudomaculata as well differentiated species. The hybrids obtained are morphologically more similar to T. maculata , but are genetically more close to T. pseudomaculata. T.wygodzinsky and the hybrids obtained with these species were the most distant from the other st udied groups. Our results indicate that, independent of the existence or not of a common evolutive origin among these species at present they are already genet ically well differentiated and would not constitute a complex

Entre as doenças causadas por bactérias do gênero Mycobacterium, a tuberculose por M. tuberculosis é a mais conhecida. O diagnóstico da doença é feito utilizando-se um conjunto de exames que possibilitam a identificação da mesma (WATT, 2000). Contudo, sabe-se que o diagnóstico combinado de microscopia direta e com o posterior isolamento em meio de cultivo é o “padrão-ouro”. A principal desvantagem desse método é que tal bactéria possui um crescimento lento (cerca de 8 semanas). Recentemente, a detecção de doenças através da técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) tem proporcionado avanços significativos no diagnóstico. O uso da amplificação específica de genes, para identificar a M. tuberculosis, tais como rDNA 16S, IS6110 ou a região intergênica senX3-regX3, tem apresentado algumas restrições, ao nível de confiabilidade e sensibilidade, para a aplicação da técnica de PCR. O presente estudo mostra a construção e a aplicação de um novo alvo para a aplicação da PCR no diagnóstico da tuberculose, baseado no ensaio da diferença de organização gênica do operon plcA, B e C diferenciando a M. tuberculosis das demais micobactérias. Neste trabalho, foram examinadas 273 amostras de pacientes com suspeita de tuberculose, sendo estas submetidas ao estudo comparativo da técnica de PCR versus cultivo (padrão ouro). A PCR amplificou fragmentos de 439pb. Os resultados mostram 93,7% de acurácia para PCR/Cultivo (p<000,1), 93,1% de sensibilidade com intervalo de confiança de 88,7-96,0 e especificidade de 96,4% com intervalo de confiança de 96,4-99,4. O valor da estatística Kappa (k) foi de 0,82 com erro padrão de 0,041, demonstrando um alinhamento quase perfeito para a verificação do grau de concordância entre os testes. Desta forma, o uso desta nova região para a amplificação da PCR se mostra uma importante e confiável ferramenta no diagnóstico específico da tuberculose. Outra região que compreende parte dos genes mbaA e inhA foi utilizada para diferenciar o Complexo tuberculosis do Complexo avium. Porém, novos experimentos serão necessários para o emprego desta região como uma ferramenta de diagnóstico.

Orientador: Estela Kaminagakura Tango / Banca: Ana Lia Anbinder / Banca: Silvana Pasetto / Resumo: O carcinoma de células escamosas (CEC) de boca é uma neoplasia incomum em pacientes jovens. Na literatura de língua inglesa não há relatos de estudos que investiguem a amplificação do EGFR e a expressão desta proteína neste grupo etário. O objetivo deste estudo foi investigar a amplificação do EGFR através da técnica de hibridização por fluorescência in situ (FISH) e correlacionar os resultados obtidos através da imunomarcação da proteína EGFR com a epidemiologia e com o prognóstico dos pacientes avaliados. Ao final dos testes de FISH e imunohistoquímicos, 21 amostras do grupo teste (pacientes ≤ 40 anos) e 39 amostras do grupo controle (pacientes ≥ 50 anos) foram consideradas adequadas para avaliação. As variáveis clínicas e anatomopatológicas foram comparadas pelos testes Qui-Quadrado ou exato de Fisher. A expressão do marcador EGFR e do método de FISH foi comparada entre os grupos por meio do teste não paramétrico de Mann-Whitney. As curvas de sobrevida foram calculadas utilizando o método de Kaplan-Meier e suas curvas foram comparadas através do teste de log-rank. Houve maior número de pacientes do sexo masculino, leucodermas, tabagistas e etilistas. A amplificação do EGFR foi maior no grupo teste (p = 0,018). A amplificação do EGFR associou-se estatisticamente com a variável estadiamento clínico avançado (p = 0,013), independente do grupo. A expressão da proteína EGFR correlacionou-se com tumores bem diferenciados (p = 0,011) e a presença de metástase (p = 0,035), independente da idade. A presença de amplificação foi mais frequente no grupo tese. Alguns casos de pacientes ≥40 anos de idade podem ser adequados ao emprego da terapia anti-EGFR, devido à amplificação do EGFR / Abstract: Oral squamous cell carcinoma (OSCC) is uncommon neoplasia in young patients. In the English literature, there are no reports of studies that investigate the amplification of EGFR and expression of this protein in this age group. The aim of this study was to investigate the amplification of EGFR by fluorescence in situ hybridization (FISH) and to correlate the results by immunostaining of EGFR protein with clinicopathological features and prognosis. After FISH and immunohistochemistry, 21 samples of the test group (≤ 40 years) and 39 samples of control group (≥ 50 years) were suitable for evaluating. Categorical variables were compared by the Pearson chi-square test or Fisher's exact test. Associations between protein levels and FISH results with clinicopathological characteristics of the patients were analyzed by Mann-Whitney U test. Survival rates were calculated using the Kaplan-Meier method and the curves were compared by the log-rank test. There was predominance for male patients, leucoderma, smoking and alcohol consumption. The EGFR amplification was higher in the test group (p = 0.018) and it was associated statistically with advanced clinical stage (p = 0.013), independent of the group. The expression of EGFR protein was correlated to well differentiated tumors (p = 0.011) and presence of metastasis (p = 0.035), regardless of age. Presence of EGFR amplification and/or expression. Some cases of patients ≥40 years old might be suitable for anti-EGFR therapy because of EGFR amplification / Mestre

Resumo não disponível.