Made available in DSpace on 2016-04-27T18:12:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TALITA SUNAITIS DONINI.pdf: 559650 bytes, checksum: 953e8e48e9b5f5b3b8408d2a27a85b2a (MD5) Previous issue date: 2007-02-22 / The implementation of Universal Newborn hearing screening aims at earlier diagnosis and intervention for hearing impaired children. The use of hearing aids is one of the most important elements of the intervention process focused on the development of oral language. Brainstem evoked auditory response - ABR using click or frequency specific tone bursts have limitations in terms of presenting the stimulus in free field. The use of Auditory Steady State Response- ASSR in early diagnosis and hearing aid evaluation has been referred in the literature and appears to be promising for obtaining minimal levels of response for children that are not able to give behavioral auditory responses, particularly aided responses in free field. The goal of the study was to discuss the responses of hearing impaired children obtained with ASSR in free field, within the different audiological procedures for verification and validation of the prescribed eletroacoustic characteristics of the hearing aids. Results on the ASSR of six children with severe hearing loss were analyzed . These children were enrolled at the Educational Audiology Program of at The Center for Hearing in Children at DERDIC- PUCSP, and were regular hearing aid users. All subjects had: pure tone audiometry and ASSR with phones and in free field aided and unaided. Correlations were obtained between different conditions in order to discuss the possible contributions of the ASSR in the evaluation of hearing aids benefit. There was a strong correlation between the response levels obtained in the aided free field audiometry and aided free field ASSR. The correlation was weaker under the earphone condition probably due to the degree of hearing loss of the subjects that participated in the study. There seems to be a good potential for the use of free field aided responses using SSR in clinical conditions as an additional information on hearing aid benefit / A implantação dos programas de Triagem Auditiva Neonatal Universal têm o objetivo de promover ao diagnóstico da deficiência e a intervenção terapêutica fonoaudiológica o mais cedo possível. A seleção e adaptação de aparelhos de amplificação sonora (AASI) constituem parte importante do processo de intervenção dentro de uma perspectiva de desenvolvimento da linguagem oral. Os dados obtidos por meio dos registros do potencial evocado auditivo de tronco encefálico com utilização dos estímulos clique e freqüência específica possuem algumas limitações na obtenção do registro. Desta forma, destaca-se o uso do Potencial Evocado Auditivo de Estado Estável (PEAEEst) como um procedimento que possibilita obter limiares eletrofisiológicos em diferentes freqüências, de forma simultânea, o que reduz o tempo de teste e provê informações essenciais para a seleção e adaptação de AASI. Assim, o objetivo deste estudo foi discutir a utilização do registro do potencial evocado auditivo de estado estável em campo livre no processo de indicação de aparelhos de amplificação sonora para crianças com deficiência auditiva, como parte do conjunto dos procedimentos de verificação e validação das características prescritas.. Foram analisados os registros do PEAEEst de crianças e adolescentes usuárias de AASI atendidas pelo Serviço de Audiologia Educacional e pelo Centro Audição na Criança - DERDIC, portadores de deficiência auditiva de grau severo. Foram avaliados os resultados da audiometria tonal e potencial evocado auditivo de estado estável obtidos com fones e em campo livre com uso de amplificação. Os dados obtidos foram analisados estatisticamente a fim de discutir as contribuições do uso do PEAEEst no processo de indicação de AASI de sujeitos com deficiência auditiva. Observamos que há correlação entre os achados da audiometria tonal em campo livre e o PEAEEst obtido em campo livre com AASI. Na comparação entre os registros obtidos na audiometria tonal e PEAEEst realizados com fones observamos menor correlação. Algumas características como grau e configuração da perda auditiva pareceram interferir no registro do potencial. A utilização clínica deste procedimento pode promover informações importantes sobre as respostas da criança com uso dos aparelhos de maneira objetiva

Made available in DSpace on 2016-04-27T18:12:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Clarissa Tourinho Ventura.pdf: 893361 bytes, checksum: 1ff4bdf53e96de7878d6aafc370230ed (MD5) Previous issue date: 2010-02-10 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Introduction: The use of hearing aids can minimize the sensory deprivation that occurs in patients with hearing loss. Currently, there are several techniques available to select, adapt, check and validate this hearing device. The procedures most frequently used to evaluate the benefits of hearing AIDS are the functional gain, the insertion gain and the self-report outcome measure. Objetivo: verificar as diferenças de acordo com o posicionamento das caixas acústicas na pesquisa do ganho funcional e avaliar a satisfação do usuário de AAS. Objective: to verify the differences according to the placement of speakers in the research of functional gain. Method: Twenty patients with mild or moderate degree of sensor neural hearing loss using bilateral AAS for a period ranging from 10 to 53 months were evaluated. The procedures included the application of the IOI-HA (International Outcome Inventory for Hearing-Aids) questionnaire, the investigation of functional gain in the frequencies of 0.5 to 4 kHz at three different positions between the patient and the speaker (zero degrees azimuth, 45 º right and 45º left) and insertion gain with input signal 50 dBSPL. Results: The measurements of functional gain in three different positions for the frequency range of 0.5 to 4 kHz showed no statistically significant differences. A comparison of functional gain in zero degree azimuth and insertion gain indicated statistically significant differences only at frequencies of 3 to 4 kHz. Most of the results were below the target established by the NAL-NL1 gain rule. However, 60% of them presented IOI-HA scores equal or above 25 points. Conclusion: concerning to functional gain, no significant differences among the three positions were detected. Although the insertion gain presented results below expectations, data from the IOI-HA suggests that amplification benefits the patients / Introdução: O uso do Aparelho de Amplificação Sonora (AAS) pode minimizar a privação sensorial que ocorre em sujeitos com perdas auditivas. Atualmente, existem diversas técnicas disponíveis para o processo de seleção, adaptação, verificação e validação deste dispositivo. Os procedimentos comumente utilizados para avaliar o benefício do AAS são o ganho funcional, o ganho de inserção e os questionários de auto-avaliação. Objetivo: verificar as diferenças de acordo com o posicionamento das caixas acústicas na pesquisa do ganho funcional e avaliar a satisfação do usuário de AAS. Método: Foram avaliados 20 sujeitos com perdas auditivas sensório-neurais de grau leve ou moderado que utilizavam AAS bilateral por um período que variou de 10 a 53 meses. Os procedimentos incluíram a aplicação o questionário IOI-HA (International Outcome Inventory for Hearing-Aids), a pesquisa do ganho funcional nas freqüências de 0.5 a 4 kHz em três diferentes posições entre o sujeito e a caixa acústica (zero grau azimute, 45º à direita e 45º à esquerda) e ganho de inserção com sinal de entrada de 50 dBNPS. Resultados: Os resultados das medidas do ganho funcional nas três diferentes posições para as freqüências de 0.5 a 4 kHz não indicaram diferenças estatisticamente significantes. A comparação entre o ganho funcional na posição zero grau azimute e o ganho de inserção indicou diferenças estatisticamente significantes apenas nas freqüências de 3 e 4 kHz. A maioria dos resultados do ganho de inserção ficou abaixo dos valores recomendados pela regra de ganho NAL-NL1. Apesar dos resultados do ganho funcional e de inserção, a maioria (60%) apresentou escore do IOIHA maior ou igual a 25 pontos. Conclusão: não foram encontradas diferenças nas medidas do ganho funcional entre as três posições. Apesar do ganho de inserção apresentar resultados abaixo do esperado, os dados do IOI-HA indicaram que os pacientes se sentem beneficiados com a amplificação

Orientador: Nilton Luiz de Souza / Banca: Edson Luiz Furtado / Banca: Marli Teixeira de Almeida Minhoni / Banca: Luiz Eduardo Aranha de Camargo / Banca: Eiko Kuramae / Resumo: Rhizoctonia solani Kuhn (teleomorfico: Thanatephorus cucumeris (Frank) Donk) e um fungo basidiomycota, fitopatogeno anamorfico com uma ampla gama de hospedeiros, incluindo mais de 500 generos de plantas. Causam doencas em varias culturas importantes no mundo, infectando sementes, raizes, folhas, hastes e frutos. A diversidade genetica de 274 isolados de Rhizoctonia spp. coletados, em diversas partes do mundo, foram caracterizados utilizando-se a analise de sequencia da regiao ITS1-5.8S rDNA-ITS2, para avaliar o grau de variabilidade genetica dentro e entre grupos de anastomose (AGs), incluindo os isolados padroes dos respectivos AGs. A arvore filogenetica gerada pela analise das sequencias da regiao ITS foi suportada por 66% gbootstraph para a separacao em nove maiores grupos. De maneira geral, o agrupamento dos isolados de Rhizoctonia spp. ocorreu de acordo com os grupos de anastomose ja previamente determinados. A similaridade de sequencias entre isolados de mesmo hospedeiro, mas de diferente origem geografica foi elevada. Por exemplo, isolados de melao do Brasil e Espanha mostraram 97,2% de similaridade na regiao ITS1 e de 98,6 a 99,3 % na regiao ITS2. Isolados de batata do Brasil e da Espanha mostram similaridade de sequencia de 94%. Para melhorar a qualidade das sequencias da regiao ITS1-5.8S rDNA-ITS2 dos isolados CBS316.84 (Waitea circinata) e CBS569.83 (Ceratobasidium globisporum) foram gerados clones, e a analise das sequencias dos clones apresentaram variacao de 94,9 a 100 % de identidade 2 entre os clones do isolado CBS316.84 e de 91,9 ate 100 % para os clones do isolado CBS569.83. Os 44 isolados selecionados previamente, a partir do cladograma gerado da regiao ITS1-5.8S-ITS2 foram submetidos ao sequenciamento dos genes ATP sintase subunidade 6 mitocondrial (ATP6), fator de elongacao 1-alpha (EF-1ƒ¿), RNA polimerase 2 (RPB2) e a regiao ITS. As arvores filogeneticas baseadas na analise gneighbor-joiningh geradas a partir das... / Abstract: Rhizoctonia solani Kuhn (teleomorph: Thanatephorus cucumeris (Frank) Donk) is an anamorphic plant pathogenic basidiomycota fungus with a wide host range, including more than 500 genera of higher plants. Species cause disease in several important crops worldwide by infecting the seeds, roots, leaves, stems and fruits. Two hundred seventy four isolates from plant pathogenic fungus Rhizoctonia spp. collected worldwide was characterized using ITS1-5.8S rDNA-ITS2 sequence analysis to assess the degree of genetic variability within and among anastomosis groups (AGs), including tester isolates of the respective AGs. Within the ITS phylogenetic tree, there was support (66% bootstrap value) for the separation into nine major groups. In general the clustering isolates of Rhizoctonia species agreed with previously determined anastomosis groups. Nucleotide sequence similarity between isolates from the same host but from different geographic origin was high e.g. isolates from melon from Brazil and Spain showed from 97.2 % similarity in ITS1 region and 98.6 to 99.3 % in ITS2 region. Potato isolates from Brazil and Spain showed a sequence similarity about 94%. Several isolates from the same geographic origin were found closely related to different anastomosis groups such as isolates from potato, tomato, soybeans, beans, sugar beet and have been reported different symptoms around the world. Were generated cloning of ITS region from CBS 316.84 (Waitea circinata) and CBS 569.83 (Ceratobasidium globisporum) isolates to improve the sequence quality. The clones showed 94.9 to 100% and 91.9 to 100% identity respectively. Fourty four isolates were selected from the ITS1-5.8S rDNA-ITS2 phylogenetic tree for sequencing using the genes of ssembling the Fungal tree of Life (AFTOL) such as ATP 4 synthase subunit 6 mitocondrial (ATP6), elongation factor 1-alpha (EF-1ƒ¿) and RNA polymerase 2 (RPB2). The phylogenetic tree generated by sequences of EF-1ƒ¿ and RPB2 in general. / Doutor

Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-07-17T17:10:52Z No. of bitstreams: 1 Desenvolvimento da PCR em Tempo Real para.pdf: 2139383 bytes, checksum: 1075a6c994ede19cfbf82267ae9a76b9 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-17T17:10:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Desenvolvimento da PCR em Tempo Real para.pdf: 2139383 bytes, checksum: 1075a6c994ede19cfbf82267ae9a76b9 (MD5) Previous issue date: 2010 / CNPq e FAPESP / Fundação Oswaldo Cruz. Pavilhão Hélio Peggy e Pereira. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Giardia duodenalis (G. duodenalis) é um protozoário entérico patogênico distribuído mundialmente e apresenta amplo espectro de hospedeiros mamíferos, incluindo humanos. Isolados deste parasito possuem grande diversidade genética, apresentando sete genótipos (A-G) e diversos subtipos. No entanto, apenas os genótipos A e B infectam o homem e no subtipo A1 concentra-se o potencial zoonótico do parasito. Análise das sequências de amplicons de determinados marcadores moleculares demonstrou resultados discordantes na genotipagem de G. duodenalis evidenciando a necessidade de identificar novos marcadores. A proposta desse trabalho foi avaliar a aplicabilidade do locus da enzima málica (ME) comparando os resultados obtidos com o gene da β-giardina (βg) usando a PCR convencional seguida de sequenciamento para detecção e genotipagem de amostras clínicas. Foi desenvolvida uma PCR em Tempo Real - ME para detectar, quantificar e genotipar isolados de G. duodenalis diretamente de amostras de fezes. Foram usadas 100 amostras clínicas (83 humanas e 17 caninas) positivas segundo exame parasitológico e imunológico. A N - PCR convencional - βg amplificou 61% destas (52 amostras humanas e sete caninas) e todas foram caracterizadas como genótipo A, sendo 42 subtipo A1 (38 humanas e quatro caninas) e 19 subtipo A2 (16 humanos e três caninas). A N - PCR convencional - ME detectou apenas nove amostras (9%) positivas e todas pertencentes ao genótipo A, sendo seis humanas (quatro pertencentes ao subtipo A1, uma subtipo A2 e uma com subtipo indeterminado) e três caninas (todas A1). Ao correlacionar a genotipagem por ambos marcadores, observou-se concordância na identificação do genótipo. A comparação do limite de detecção da PCR convencional ME com a PCR em Tempo Real - ME demonstrou que esta última foi aproximadamente 10 4 vezes mais sensível. Análise estatística dos resultados obtidos com as réplicas da curva-padrão indicou reprodutibilidade do método e determinou que amostras negativas são aquelas com valores de Ct > 37. Desta forma, 71 amostras clínicas (71%) foram positivas na PCR em Tempo Real - ME com sonda para subtipo A1, destas 62 (87,3%) eram amostras humanas e nove (13,4%) caninas. A quantificação relativa de DNA de G. duodenalis nas amostras clínicas com a PCR em Tempo Real - ME, demonstrou que a concentração de cistos nas amostras analisadas variou de 4,21 ng a 204 fg (respectivamente, 22.000 e 1,0 cistos). A PCR em Tempo Real - ME apresentou maior sensibilidade em relação à N - PCR convencional - ME, indicando a necessidade de utilização de novos iniciadores, pois os utilizados encontram-se em regiões polimórficas, como demonstrado pela análise das sequências de ME. Apesar da necessidade de mais estudos, os resultados obtidos neste trabalho indicam que a PCR em Tempo Real - ME possui potencial aplicabilidade nos estudos de epidemiologia molecular da giardíase. / Giardia duodenalis (G. duodenalis) is an intestinal protozoan parasite found worldwide in various mammalian hosts, including humans. G. duodenalis isolates display high genetic diversity with seven genotypes (A-G) and subtypes. However, only A and B assemblages have been detected in humans. The subtype A1 parasite presents the strongest zoonotic potential. Discordant genotyping and detection results of G. duodenalis isolates have been previously reported using amplicon sequence analysis from certain molecular markers. Therefore, this leads to the search of novel ones. The purpose of this work was to compare conventional PCR, followed by sequencing, using malic enzyme (ME) and β-giardin gene (βg) as molecular markers for the detection and genotyping of the parasite found in faecal samples. Likewise, an approach involving Real Time PCR - ME for detecting, quantifying and genotyping G. duodenalis isolates was developed. We collected 100 positive faecal samples (83 humans and 17 canines) according to parasitological exam and immunoassays. N - PCR - βg detected 61 positive samples (61%) from which 52 were human and seven were canine. All those samples were characterized as genotype A. Subtype A1 and A2 were determined in 42 (38 humans/4 canines) and 19 (16 humans/3 canines) samples, respectively. However N - PCR - ME analyses revealed that only nine faecal samples (9%) were positive (6 humans/3 canines) for genotype A. Six human samples were subtyped as A1 (4), A2 (1) and one not-determined, and the three canine samples were subtype A2. However, when correlating the sample genotyping using both markers, we have observed an agreement in the identification of the genotypes. The comparison of the detection limit between the N - PCR - ME and the Real Time PCR - ME showed that the latter one was approximately 104-fold more sensitive. The statistical analysis of the data from the standard curve replicates indicated reproducibility of the method. Furthermore, Ct values > 37 were established as an indicative for negative samples. Therefore, Real Time PCR - ME analysis revealed that 71 samples (71%) were positive for subtype A1 from which 62 (87.3%) and nine (13.4%) samples were humans and canines, respectively. The relative quantification of G. duodenalis DNA in the clinical samples using Real Time PCR - ME varied from 4.21 ng to 204.0 fg corresponding to 22.000 and one cyst, respectively. Overall, Real Time PCR – ME analysis showed to be more sensitive than N - PCR - ME. It, thus, suggest the need to design different primers, because the ones used were within a polymorphic region of the ME sequence. Although more investigation is yet to be done, the results achieved in this work indicate that Real Time PCR - ME has a great potential in the applicability for molecular epidemiological studies of giardiasis.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:34:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-05-05Bitstream added on 2014-06-13T20:25:38Z : No. of bitstreams: 1 nakatani_ak_dr_fca.pdf: 853202 bytes, checksum: df12fbbfd3cd127e44acff93e2b14eff (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Rhizoctonia solani Kuhn (teleomorfico: Thanatephorus cucumeris (Frank) Donk) e um fungo basidiomycota, fitopatogeno anamorfico com uma ampla gama de hospedeiros, incluindo mais de 500 generos de plantas. Causam doencas em varias culturas importantes no mundo, infectando sementes, raizes, folhas, hastes e frutos. A diversidade genetica de 274 isolados de Rhizoctonia spp. coletados, em diversas partes do mundo, foram caracterizados utilizando-se a analise de sequencia da regiao ITS1-5.8S rDNA-ITS2, para avaliar o grau de variabilidade genetica dentro e entre grupos de anastomose (AGs), incluindo os isolados padroes dos respectivos AGs. A arvore filogenetica gerada pela analise das sequencias da regiao ITS foi suportada por 66% gbootstrap h para a separacao em nove maiores grupos. De maneira geral, o agrupamento dos isolados de Rhizoctonia spp. ocorreu de acordo com os grupos de anastomose ja previamente determinados. A similaridade de sequencias entre isolados de mesmo hospedeiro, mas de diferente origem geografica foi elevada. Por exemplo, isolados de melao do Brasil e Espanha mostraram 97,2% de similaridade na regiao ITS1 e de 98,6 a 99,3 % na regiao ITS2. Isolados de batata do Brasil e da Espanha mostram similaridade de sequencia de 94%. Para melhorar a qualidade das sequencias da regiao ITS1-5.8S rDNA-ITS2 dos isolados CBS316.84 (Waitea circinata) e CBS569.83 (Ceratobasidium globisporum) foram gerados clones, e a analise das sequencias dos clones apresentaram variacao de 94,9 a 100 % de identidade 2 entre os clones do isolado CBS316.84 e de 91,9 ate 100 % para os clones do isolado CBS569.83. Os 44 isolados selecionados previamente, a partir do cladograma gerado da regiao ITS1-5.8S-ITS2 foram submetidos ao sequenciamento dos genes ATP sintase subunidade 6 mitocondrial (ATP6), fator de elongacao 1-alpha (EF-1 ¿), RNA polimerase 2 (RPB2) e a regiao ITS. As arvores filogeneticas baseadas na analise gneighbor-joining h geradas a partir das... / Rhizoctonia solani Kuhn (teleomorph: Thanatephorus cucumeris (Frank) Donk) is an anamorphic plant pathogenic basidiomycota fungus with a wide host range, including more than 500 genera of higher plants. Species cause disease in several important crops worldwide by infecting the seeds, roots, leaves, stems and fruits. Two hundred seventy four isolates from plant pathogenic fungus Rhizoctonia spp. collected worldwide was characterized using ITS1-5.8S rDNA-ITS2 sequence analysis to assess the degree of genetic variability within and among anastomosis groups (AGs), including tester isolates of the respective AGs. Within the ITS phylogenetic tree, there was support (66% bootstrap value) for the separation into nine major groups. In general the clustering isolates of Rhizoctonia species agreed with previously determined anastomosis groups. Nucleotide sequence similarity between isolates from the same host but from different geographic origin was high e.g. isolates from melon from Brazil and Spain showed from 97.2 % similarity in ITS1 region and 98.6 to 99.3 % in ITS2 region. Potato isolates from Brazil and Spain showed a sequence similarity about 94%. Several isolates from the same geographic origin were found closely related to different anastomosis groups such as isolates from potato, tomato, soybeans, beans, sugar beet and have been reported different symptoms around the world. Were generated cloning of ITS region from CBS 316.84 (Waitea circinata) and CBS 569.83 (Ceratobasidium globisporum) isolates to improve the sequence quality. The clones showed 94.9 to 100% and 91.9 to 100% identity respectively. Fourty four isolates were selected from the ITS1-5.8S rDNA-ITS2 phylogenetic tree for sequencing using the genes of ssembling the Fungal tree of Life (AFTOL) such as ATP 4 synthase subunit 6 mitocondrial (ATP6), elongation factor 1-alpha (EF-1 ¿) and RNA polymerase 2 (RPB2). The phylogenetic tree generated by sequences of EF-1 ¿ and RPB2 in general.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:31:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3505.pdf: 1518341 bytes, checksum: 4efdb62d361c64397c9a8d593dc99efc (MD5) Previous issue date: 2011-02-28 / Universidade Federal de Minas Gerais / The tayassuidae family, order Artiodactyla, occurs exclusevely in the American continet and has three extant species: Tayassu pecari, the White-lipped peccary, Pecari tajacu, the collared peccary, Catagonus wagneri, the chacoan peccary. The existence of a fourth species in the family, Pecari maximus, recently discovered, is being discussed. White-lipped peccaries occur from southern Mexico through northern Argentina, while collared peccaries have a wider distribution: from southern United States through northern Argentina. Both species play key roles in the ecossystem, being part of the trophic chain and acting as seeds predators and dispersers. They are hunted in various levels throughout thier range and suffer with habitat changes provoked by humans.Microssatellites are short repetitive sequences of DNA found all over the genome and present a high degree of polimorphysm, codominance and are selective neutral, therefore being considered a ideal molecular marker for populational studies. The flanking regions of these microssatellites tend to be conserved among related species, wich makes possible the cross amplification.The aim of this work was to describe and charaterize microssatellite loci for Tayassu pecari and to test their aplicability to population studies of Pecari tajacu. A partial enriched genomic library was constructed through the DNA cleavage with restriction enzymes, hybridiztion of the fragments with repetitive biotinilated probes and magnetic recovery of hybrids with streptavidincoated magnetic beads. Among 192 recombinant clones that were sequenced, 60 repetitive regions were obtained. Design of primers was possible for 19 of them and they were tested in 30 individuals from a wild population of White-lipped and 23 from a captive population of collared peccaries. 13 loci amplified in the White-lipped peccary population and ten of them polimorphyc. The genetic diversity in this population was considered moderated, two loci deviated from Hardy-Weinberg Equilibrium in response to the presence of an homozygous excess caused by null alleles. The genetic diversity found in the collared peccary population was slightly higher, probably due to the mixed origin of the animals. This difference may also be a result of different patterns or reproduction in the two species: while White-lipped herd seem to function as a relatevely closed reproductive units, the social flexibility of collared peccaries that occurs in the wild may favour the genetic diversity in the species, so when a captive population is established, its genetic diversity, as a reflex of the total genetic diversity, is also higher. There were more related individuals in the White-lipped population than were found for the collared population, which might be a consequence of the reproductive patterns of the two species. The genetic markers described here can be used in for popualtion studies in both species, and may base future managment and conservation programs for the maintaince of the peccaries. / A família Tayassuidae, ordem Artiodactyla, ocorre exclusivamente no continente americano e possui, atualmente, apenas três espécies: Tayassu pecari, as queixadas, Pecari tajacu, os catetos e Catagonus wagneri, o taguá. A existência de uma quarta espécie na família, Pecari maximus, recentemente descrita, vem sendo discutida. As queixadas distribuem-se do sul do México ao norte da Argentina, enquanto os catetos possuem uma distribuição mais ampla, sendo encontrados desde o sul dos Estados Unidos até o norte da Argentina. As duas espécies desempenham papel-chave nos ecossistemas, por fazerem parte da cadeia trófica e atuar como predadores e dispersores de sementes. São caçadas em diferentes intensidades ao longo de sua distribuição e também sofrem com a alteração, fragmentação e perda de habitats causados pela atuação humana em áreas naturais. Os microssatélites, sequências curtas e repetitivas, distribuemse uniformemente por todo o genoma, apresentam alto grau de polimorfismo, são codominantes e seletivamente neutros e, por isso, considerados como marcadores moleculares ideais para serem usados em estudos populacionais. O fato de a região flanqueadora dos microssatélites apresentarse extremamente conservada em algumas espécies relacionadas possibilita a utilização de marcadores microssatélites em espécies próximas àquelas para as quais foram descritos. Esse trabalho teve como objetivo descrever e caracterizar locos microssatélites para a espécie Tayassu pecari e testar sua aplicabilidade em estudos populacionais de Pecari tajacu. Para isso, foi construída uma biblioteca genômica parcial enriquecida. Tal metodologia baseia-se em três etapas principais: clivagem do DNA através de enzimas de restrição, hibridização dos fragmentos obtidos com sondas biotiniladas de sequência repetitiva e motif tetranucleotídico e recuperação magnética dos híbridos através da utilização de partículas magnéticas cobertas com streptavidina. Entre 192 colônias recombinantes que foram sequenciadas, foram obtidas 60 regiões repetitivas, tendo sido possível a construção de iniciadores para 19 delas. Dos iniciadores testados, 13 apresentaram um padrão satisfatório de amplificação em queixadas e 15 em catetos. Destes, dez foram polimórficos na população de queixadas analisada e 11 na de catetos. A variabilidade genética encontrada na população selvagem de queixadas estudada foi considerada moderada. Nessa população não foi encontrado desequilíbrio de ligação significativo e dois locos não se encontravam em Equilíbrio de Hardy-Weinberg, em virtude de um excesso de homozigotos, provocado pela presença de alelos nulos. A variabilidade genética encontrada na população cativa de catetos foi mais alta que a das queixadas, provavelmente por causa da origem diversa dos membros da população. Essa diferença também poderia ser explicada em função dos diferentes padrões de acasalamento das espécies: enquanto os bandos de queixadas parecem funcionar como unidades reprodutivas, a estrutura social mais flexível dos catetos, em vida livre, parece favorecer a maior diversidade genética nessa espécie, dessa forma, quando se estabelece uma popualação cativa, sua diversidade genética, que é um reflexo da diversidade total, também é maior. Foram encontrados mais indivíduos aparentados entre a população de queixadas do que na de catetos, o que pode ser uma conseqüência dos padrões reprodutivos das duas espécies. Os marcadores descritos aqui podem ser utilizados para estudos populacionais dessas duas espécies, que podem embasar futuros programas de manejo e conservação necessários para a manutenção das mesmas.

Aeglidae Dana (1852) are anomuran crabs which occur exclusively in freshwater. The genus Aegla consists of 63 species and subspecies restricted to the southern South America. Highly sensitive molecular markers can help to elucidate some evolutionary features of the genus. Microsatellite markers are excellent molecular markers because they can reveal fine details of the genetic structure of a population. However, microsatellite isolation employs a laborious and expensive methodology. An alternative approach to the isolation procedure is the utilization of microsatellite markers previously developed for close species. The closer the phylogenetic relationship between two species, the more probable is the conservation of the loci and the successful cross-amplification. The present study aimed to test the crossamplification of microsatellite loci developed for two species of the family Aeglidae in other decapod crustaceans and to verify their potential for application in further studies on population genetics. Primers developed for microsatellite loci previously isolated from Aegla longirostri (AlCA135 and AlCA138) and Aegla uruguayana (Au05) were tested in seven species of the family Aeglidae, Aegla camargoi, Aegla leptodactyla, Aegla plana, Aegla platensis, Aegla spinipalma, Aegla violacea and Aegla sp.n., besides in Emerita brasiliensis (Anomura: Hippidae), Pachycheles laevidactylus (Anomura: Porcellanidae) and Trichodactylus panoplus (Brachyura: Trichodactylidae). DNA was extracted using traditional procedures. DNA samples were submitted to the Polymerase Chain Reaction (PCR) using the primers cited. The PCR products were electrophoresed in 6% polyacrylamide gels, at 100V for 24 hours. The gels were silver-stained and the band patterns were analyzed. The microsatellite markers could be transferred only within the genus Aegla, and the locus AlCA135 presented the greatest rate of success in cross-species transfer. Cross-amplification between families within the infra-order Anomura, as well as between the infra-order Anomura and Brachyura was not possible, indicating that these microsatellite loci are not conserved in distantly related species. Notwithstanding, the evaluated loci present potential for utilization within the family Aeglidae and new tests, using optimized PCR conditions, should improve the success rate in cross-amplification. / Aeglidae Dana (1852) são caranguejos que pertencem a Infraordem Anomura e são exclusivos de água doce. O gênero Aegla é constituído por aproximadamente 63 espécies, sendo restrito ao sul da América do Sul. O emprego de marcadores moleculares altamente sensíveis pode auxiliar no entendimento de aspectos evolutivos e da diversidade do gênero. Os microssatélites são excelentes marcadores moleculares que podem revelar detalhes da estrutura genética de uma população. Entretanto, o isolamento de microssatélites é uma técnica cara e trabalhosa. A utilização de locos de microssatélites previamente desenvolvidos para espécies próximas é uma alternativa ao isolamento. Quanto mais próxima a relação filogenética entre duas espécies, maior a probabilidade de conservação das seqüências e de amplificação cruzada utilizando primers heterólogos. O objetivo deste estudo foi testar a amplificação cruzada de locos de microssatélites desenvolvidos para duas espécies de Aeglidae em outros crustáceos e verificar o seu potencial para aplicação em estudos de genética de populações. Primers desenvolvidos para locos de microssatélite previamente isolados de Aegla longirostri (AlCA 135 e AlCA 138) e Aegla uruguayana (Au05) foram testados em outras sete espécies da família Aeglidae, Aegla camargoi, Aegla leptodactyla, Aegla plana, Aegla platensis, Aegla spinipalma, Aegla violacea, Aegla sp.n. e também em Emerita brasiliensis (Anomura: Hippidae), Pachycheles laevidactylus (Anomura: Porcellanidae) e Trichodactylus panoplus (Brachyura: Trichodactylidae). O DNA foi extraído utilizando o método tradicional de fenol-clorofórmio. As amostras de DNA foram submetidas a uma Reação em Cadeia de Polimerase (PCR) com os primers citados. Os produtos da PCR foram submetidos à eletroforese em gel de poliacrilamida 6% a 100V por 24 horas. Os géis foram corados com nitrato de prata e os padrões de banda foram analisados. Observou-se transferência dos marcadores microssatélites somente dentro do gênero Aegla, e o loco AlCA135 foi o que apresentou maior índice de sucesso na amplificação cruzada. Não foi observada amplificação cruzada entre famílias dentro da infraordem Anomura e nem entre as infraordens Anomura e Brachyura, indicando que esses locos de microssatélites não se encontram conservados em espécies distantemente relacionadas. Entretanto, os locos avaliados apresentam potencial de utilização dentro da família Aeglidae e novos testes, otimizando as condições de PCR, poderão melhorar os índices de sucesso de amplificação cruzada.

Durante o desenvolvimento deste projeto adotou-se como estratégia o sequenciamento de ESTs, com a finalidade de encontrar mensagens relacionadas com desenvolvimento, metabolismo e principalmente amplificação/politenização em glândulas salivares de Rhynchosciara americana, um díptero (Sciarídeo) que apresenta cromossomos politênicos e amplificação gênica rigidamente regulada ao longo do desenvolvimento larval, tanto neste tecido quanto em outros. Um total de 8193 ESTs foi gerado, estas foram anotadas e categorizadas segundo os termos do Gene Ontology Consortium, proporcionando uma visão geral do status metabólico, como em um Northern eletrônico, de um ponto importante no desenvolvimento desta espécie, quando surgem amplificações gênicas específicas e a glândula salivar necessita secretar as proteínas do casulo. Outros frutos deste seqüenciamento foram a determinação de 91 polimorfismos e a criação de uma tabela de códon usage. Diversos ESTs foram identificados com potencial envolvimento com os endociclos observados neste tecido, destes, RaDup e RaMCM5 foram selecionados para estudo. Suas regiões genômicas foram isoladas e suas localizações cromossômicas foram identificadas, em relação a RaDup, toda a porção codificante de seu mensageiro e 12kb de DNA genômico contendo seu gene foram seqüenciados, revelando sua estrutura gênica. Anticorpos foram produzidos para detectar esta proteína, gerando evidências de sua participação tanto na replicação mitótica como nos endociclos presentes nas glândulas salivares. A localização cromossômica de RaDup é um dado muito interessante, pois pela primeira vez um pufe amplificado é relacionado com um gene regulatório. / In this work EST sequencing was used as strategy to find messages related to development, metabolism and polyteny/amplification in salivary glands of Rhynchosciara americana, a dipteran (Sciaridae) that shows in this tissue giant polytene chromosomes and gene amplification tightly regulated throughout development of the larvae. A total of 8193 EST sequences were generated, annotated and categorized using Gene Ontology Consortium terms, providing a general view of the metabolic status, like an electronic Northern, of an important point in development of the larvae, that shows where specific genes are amplified and the salivary gland needs to secrete the proteins to form the cocoon. Other data include determination of 91 SNPs and a statistic of codon usage. Several ESTs were identified with potential connection to endocicles, from these RaDup and RaMCM5 were selected for further studies. Both chromosomal loci were identified and genomic regions isolated, for RaDup the coding region of its mRNA and 12kb of genomic region were completely sequenced, revealing its gene structure, and antibodies were raised against this protein, making evident data about its involvement in replication in mitotic cells and in endocicles in salivary glands. About the chromosomal locus of RaDup, it becomes very interesting, because for the first time one amplified puff can be related to a regulatory gene.

O Receptor do Fator de Crescimento Epidérmico (do inglês, EGFR) é uma proteína de membrana celular que consiste em um domínio extracelular para o acoplamento do ligante e em um domínio intracelular apresentando sítio catalítico de tirosinoquinase. Em ~40% dos GBMs primários é observada a amplificação de EGFR resultando na sua hiperexpressão, o que raramente ocorre em GBM secundário. Mais da metade dos casos de GBM com amplificação do receptor está associado com rearranjo do gene, uma forma deletada de EGFR (EGFRvIII). Adicionalmente, o receptor de interleucina 13 alfa-2 (IL-13R 2), apresenta-se abundante e especificamente hiperexpresso em gliomas de alto grau, em particular, GBM. O objetivo do presente estudo é analisar a expressão, amplificação, e deleção de EGFR em astrocitomas, bem como a coexpressão entre esse gene e o da IL-13R 2. Foram analisadas 145 astrocitomas (22 astrocitomas pilocíticos (AP); 22 astrocitomas grau II (AGII); 17 astrocitomas anaplásico (AA); e 84 GBM) e 17 tecidos cerebrais não tumorais provenientes de cirurgia de epilepsia. A deleção EGFRvIII foi analisada por RT-PCR, e confirmada por PCR em tempo real (RQ-PCR). A expressão relativa de EGFR e IL-13R 2 foi estudada por RQ-PCR utilizando-se o método SYBR Green, comparado ao tecido não tumoral, e normalizado para os genes de referência endógena, HPRT e Gus- . A amplificação de EGFR foi também determinada por RQ-PCR com relação ao gene da beta-hemoglobina, descrito como um gene de cópia única. Foi realizada imunohistoquímica para analisar a expressão da proteína EGFR. A deleção EGFRvIII foi somente encontrada em GBM (19/84, 23%), demonstrando a exclusividade dessa alteração num grau tumoral de maior malignidade e uma diminuição da sobrevida desses pacientes (p = 0,030). A hiperexpressão de EGFR foi encontrada em 88 casos (61%), correspondendo a 50% de GBM, 88% de AA, e interessantemente em 77% de AGII e 64% de AP. Da mesma maneira, a hiperexpressão de IL-13R 2 foi encontrada em 62 casos (43%), correspondendo a 48% de GBM, 29% de AA, 18% de AGII e, surpreendentemente em 59% de AP. Embora tenha havido um aumento de expressão de ambos os genes em todos os graus de astrocitomas, não houve coexpressão dos mesmos. A amplificação de EGFR foi observada em 29 casos (20%) correspondendo a 31% de GBM e ainda um caso para cada um dos demais graus de astrocitomas, sendo que dos 29 casos amplificados, 21 pacientes eram mais velhos que 45 anos (p < 0,001) e 50% dos casos de GBM com amplificação de EGFR, apresentaram simultaneamente EGFRvIII. Adicionalmente, o acúmulo citoplasmático da proteína foi detectado em 74 casos (51%), correspondendo a 55% de GBM, 47% de AA, 54,5% de AGII e 37% de AP, além de um acúmulo nuclear detectado em 15% dos casos de astrocitomas difusamente infiltrativos. Assim, a alta freqüência de hiperexpressão dos genes estudados em todos os graus de astrocitomas, principalmente a amplificação de EGFR e a presença da deleção EGFRvIII foram observados entre os astrocitomas de alto grau, especialmente em GBM. Os resultados apresentados contribuem para um melhor direcionamento no futuro em métodos terapêuticos específicos, salientando a importância da análise de expressão molecular, protéica e das alterações mutacionais que envolvem genes candidatos, em particular, EGFR e IL-13R 2 / Epidermal Growth Factor Receptor, EGFR is a transmembrane protein consisting of an extracellular EGF-binding domain and an intracellular domain with ligand-activated tyrosine kinase activity. In ~40% of primary GBM is observed amplification leading to overexpression of EGFR, but rarely in secondary GBM. Over the half of primary GBM with EGFR amplification is associated to gene rearrangement, a deleted form of EGFR (EGFRvIII). Additionally, the interleukin-13 alpha 2 receptor (IL13R 2) is abundant and specifically overexpressed in high-grade gliomas, particularly in GBM. The aim of the present study is to analyze the EGFR expression, amplification, and deletion in astrocytomas as well as its coexpression with IL13R 2. We have analyzed 145 surgical astrocytoma samples (22 pilocytic astrocytomas (PA); 22 low-grade astrocytomas (LGA); 17 anaplastic astrocytomas (AA); and 84 GBM) and 17 non-neoplastic brain tissue from epilepsy surgery. EGFRvIII deletion was analyzed by RT-PCR, and also confirmed by real time PCR (RQ-PCR). The relative EGFR and IL-13R 2 expression was studied by RQ-PCR using SYBR Green method, compared to non-neoplastic tissue, normalized for HPRT and Gus- genes. The EGFR amplification was also determined by RQ-PCR relative to the hemoglobin beta gene, described as a single copy gene. Immunohistochemistry was performed to analyze the protein expression in tumor samples. The EGFRvIII deletion was found only in GBM cases (19/84, 23%) demonstrating the exclusivity of this alteration in higher tumor grade and survival was decreased in these patients (p = 0.030). EGFR overexpression was found in 88 cases (61%), corresponding to 50% of GBM, 88% of AA, and interestingly in 77% of LGA and 64% of PA. In the same way, the overexpression of IL-13R 2 was found in 62 cases (43%), corresponding to 48% of GBM, 29% of AA, 18% of LGA and, surprising in 59% of PA. Although increased expression of both genes was demonstrated in all astrocytoma grades, it was no coexpression of the genes. The amplification was observed in 29 cases (20%) corresponding to 31% of GBM and only one case each of PA, LGA and AA. Among 29 cases with EGFR amplification, 21 patients were older than 45 years (p < 0.001) and 50% of GBM with EGFR amplification presented simultaneously the EGFRvIII. Moreover, the EGFR cytoplasmic accumulation was detected in 74 cases (51%), corresponding to 55% of GBM, 47% of AA, 54.5% of LGA and 37% of PA, and nuclear accumulation was detected in 15% of diffusely infiltrative astrocytomas. Thus, the high overexpression frequency of the genes studied in all grades of astrocytomas, mainly the EGFR amplification and presence of EGFRvIII deletion were observed among high-grade astrocytomas, mainly in GBM. The present results contribute to better tailoring specific future therapeutical approach in patients with astrocytomas, pointing out the importance of the molecular, protein expressions and mutational analyses of candidates genes, in particular, EGFR and IL-13R 2

Os genes homeobox atuam como reguladores da morfogênese e diferenciação celular embrionária, portanto, é evidente a possibilidade de sua expressão anormal estar presente na progressão de tumores. Estudos preliminares em nosso laboratório verificaram a participação de alguns genes homeobox em carcinoma epidermóide de boca (CEB). Este trabalho teve como objetivo avaliar a amplificação, expressão e o perfil de metilação dos genes HOXA5, HOXA7, HOXA9, HOXB5, HOXB13, HOXC12 em linhagem celular derivadas de CEB e tecidos frescos tumoral e não-tumoral. Além disso, verificar o efeito da desmetilação na expressão gênica de linhagens celulares que apresentaram genes 100% metilados e a participação das enzimas responsáveis pela metilação do DNA, bem como a expressão das DNAmetiltransferases (DNMT) nos tumores. A análise de amplificação do DNA e expressão de mRNA foi realizada por qRT-PCR. O perfil de metilação foi avaliada pelo sistema PCR Array e a análise proteica das DNMT1, DNMT3a, DNMT3b e HOXA9 foi verificada por meio de reações imunohistoquímicas. As linhagens celulares SCC4 e SCC9 foram utilizadas para análise de desmetilação com 5-aza-2\'-deoxicitidina e a linhagem SCC4 para avaliar os efeitos do aumento de expressão do HOXA9, na proliferação celular por imunocitoquimica para Ki67, migração celular por transwell e apoptose pela avaliação de células positivas no ensaio de TUNEL. Na comparação entre os grupos, o gene HOXA5 apresentou-se amplificado na margem em relação ao tumor; o HOXA9 apresentou nível de metilação aumentada no tumor; o HOXB5 com amplificação maior na margem, com nível de expressão do mRNA aumentada nos tumores, e nível de metilação do tumor maior em relação a margem, sendo correlacionada com menor sobrevida; HOXB13 se apresentou amplificado no tumor em relação a margem, e com nível de metilação maior nos tumores e, HOXC12 com níveis de metilação maior nos tumores em relação a margem. É interessante, que os mesmos genes que tiveram níveis de metilação aumentados nos tumores em relação a margem, também estavam 100% metilados nas linhagens celulares SCC4 e SCC9 e tiveram sua expressão restaurada após o tratamento com 5-aza-2´-deoxicitina. Na avaliação do nível de expressão das DNMTs nos tumores, a DNMT3b apresentou-se com níveis aumentados em relação a DNMT1 e DNMT3a, e quando avaliado em nível proteico, a DNMT3a pode ser correlacionada com melhor sobrevida. O aumento da expressão do gene HOXA9 mostrou diminuição da migração celular, porém não alterou a proliferação e apoptose celular. A expressão proteica não apresentou correlação com parâmetros clínicos. Em conclusão, os resultados mostram que os genes homeobox estudados estão pouco metilados nas linhagens celulares e em tecidos de CEB. A amplificação desses genes não é um evento frequente. O gene HOXA9 é pouco expresso no tumor, e o aumento da sua expressão em linhagens celulares diminui a migração celular. / Homeobox genes are important as morphogenetic and embrionary cellular differentiation regulators, therefore there is basis for their abnormal expression in tumor progression. Preliminary studies in our laboratory have shown that homeobox genes are dysregulated in oral squamous cell carcinoma (OSCC). This study evaluates the genomic amplification, mRNA expression and methylation status of HOXA5, HOXA7, HOXA9, HOXB5, HOXB13, HOXC12 in squamous cell carcinoma derived cell lines, and fresh tumor tissue. Also, analyzes the demethylation effect in gene expression of cell lines with genes showing 100% methylation, and the participation of enzymes responsible for DNA methylation, DNAmetiltransferases (DNMT), in gene and protein expression in tumors. DNA amplification and mRNA expression was analyzed by qRT-PCR. The methylation profile was evaluated by PCR Array System and DNMT1, DNMT3a, DNMT3b and HOXA9 protein expression was verified by immunohistochemistry. SCC4 and SCC9 cell lines were submitted to 5-aza-2\'-deoxycytidine for demethylation analysis. SCC4 cell lineage was analyzed by immunocytochemistry for Ki67, cell migration by transwell and apoptosis by TUNEL test after increased expression of HOXA9. HOXA5 gene was amplified in the adjacent margin when compared with the tumor; HOXA9 showed increased level of methylation in tumor; HOXB5 showed amplification in the margin, increased mRNA expression in tumors, increased methylation level and was correlated with decreased survival; HOXB13 was amplified in tumor samples when compared to the margins and also higher methylation level in tumors; and HOXC12 also showed increased methylation levels in tumors when compared to margin. Interestingly, the same genes with increased methylation levels in tumors, were also 100% methylated in cell lines SCC4 and SCC9. The expression of these gens was restored after treatment with 5-aza-2\'-deoxycytidine. DNMT3b presented higher levels of protein expression relative to DNMT1 and DNMT3a. DNMT3a protein expression was correlated with improved survival. SCC4 cells overexpressing HOXA9 gene showed decreased cell migration, with no effect on cell proliferation and apoptosis. HOXA9 protein expression was not correlated with clinical parameters. In conclusion, the results shows that homeobox genes are methylated in some OSCC cell lines and tissues. Amplification of these genes is not a frequent event. HOXA9 gene has low expression in OSCC, and when overexpressed in cell lines decreases cell migration.