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Estudos moleculares da interação entre o Mycobacterium leprae e a célula de Schwann: uma abordagem de expressão gênica globalFerreira, Anna Beatriz Robottom January 2011 (has links)
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Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A hanseníase é uma doença infecciosa crônica causada pelo Mycobacterium
leprae, onde tanto fatores do hospedeiro quanto ambientais têm papel no
desfecho da doença. A hanseníase é uma das causas predominantes de
incapacidade no nervo por infecção e os pacientes exibem altas taxas de
morbidade, o que tem grande impacto na saúde pública. Apesar disso, os
mecanismos de imunopatogênese induzidos pelo M. leprae são pouco
conhecidos, especialmente nos tempos iniciais da infecção neural. Nesse
estudo foi realizada uma análise global da expressão gênica por microarranjos
numa tentativa de esclarecer a interação entre o M. leprae e seu hospedeiro
humano. Células de Schwann primárias humanas infectadas pelo M. leprae
apresentaram como diferencialmente expressos a classe de genes induzidos
por interferon do tipo I. Desses genes, o OASL foi o gene que apresentou a
maior alteração de expressão. Esse aumento de expressão foi confirmado por
RT-PCR em tempo real em células de Schwann primárias infectadas pelo M.
leprae. Foi demonstrado que a proteína OASL migra para o núcleo frente à
infecção pelo M. leprae morto em linhagens de células de Schwann e de
macrófagos THP1, onde ela provavelmente atua através da repressão
epigenética da transcrição. O estudo de polimorfismos nesse gene envolvendo
521 casos e 498 controles indicou que o alelo A do SNP rs3213545 está
associado à resistência a hanseníase. Por fim, carreadores do alelo A do SNP
rs3213545 apresentaram menor expressão de RNAm de OASL em biópsias de
nervo de indivíduos com neuropatia periférica não hansênica, mas não em
pacientes com hanseníase, sugerindo que de fato o OASL parece funcionar
como um supressor da ativação da resposta imune protetora para a
hanseníase. Assim, a produção diminuída de OASL em estágios iniciais da
infecção poderia conferir resistência à hanseníase. Conjuntamente, esses
dados sugerem que o aumento da expressão do gene OASL favorece, nas
etapas iniciais da infecção pelo M. leprae, a sobrevivência intracelular do bacilo
no seu hospedeiro. / Leprosy is a chronic infectious disease caused by Mycobacterium leprae, in
which both host and environmental factors play a role in disease outcome.
Leprosy is the most important cause of infectious nerve incapacity and patients
exhibit high rates of morbidity, which impacts public health. Nevertheless, the
mechanisms of M. leprae-induced imunopathogenesis are not completely
understood, especially in the nerve during the early stages of infection. A global
gene expression analysis using microarrays was carried out in an attempt to
better understand the host-M. leprae interaction. The class of genes induced by
type I IFN was identified as differentially expressed. Of these genes, OASL
presented the highest change in expression, which was confirmed by real-time
reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) in M. leprae
infected primary human Schwann cells. We also showed that OASL protein
migrates to the nucleus upon infection with dead M. leprae in both a Schwann
cell lineage and THP1 macrophages, where it probably functions as an
epigenetic repressor of transcription. A case-control study conducted using
single nucleotide polymorphisms (SNPs) in this gene involving 521 cases and
498 controls indicated that the A allele of the rs3213545 SNP is associated with
leprosy resistance. Furthermore, carriers of this allele expressed less OASL
mRNA in nerve biopsies of patients presenting non-leprous peripheral
neuropathy but the same was not observed in patients diagnosed with leprosy,
suggesting that OASL seems to function by suppressing the activation of the
protective immune response. Thus, an increased production of OASL in the
initial stages of the infection by M. leprae may favor intracellular survival of the
bacilli within its host.
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Avaliação da associação entre expressão da proteína “Kinetoplastid Membrane Protein-11” (KMP-11) e virulência de Leishmania amazonensisSantos, Elisangela Madureira dos January 2011 (has links)
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Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / As leishmanioses formam um grupo de doenças que afetam 350 milhões de pessoas
atualmente, atingindo 88 países em todo o mundo com uma estimativa de 1-2 milhões de
novos casos por ano. O desfecho da infecção causada por Leishmania depende tanto de
fatores do patógeno como do hospedeiro, embora a virulência de Leishmania possa ser
modulada por fatores ambientais e genéticos relacionados aos hospedeiros mamíferos e
vetores, os determinantes moleculares são elementos-chave no estabelecimento da infecção,
ou seja, são os fatores que determinam a virulência. A KMP-11 é uma glicoproteína que está
presente em todos os cinetoplastideos. O presente estudo avaliou a expressão do gene de
KMP-11 de L. amazonensis ao nível de RNA e ao nível de proteína, durante passagens
sucessivas de promastigotas de fase estacionária através de cultivo in vitro, investigando se há
associação entre a sua expressão e a virulência dos parasitos. A avaliação da virulência dos
parasitos mantidos em cultura foi realizada através do acompanhamento da evolução da
infecção experimental murina (modelo in vivo) durante um período de dez semanas,
juntamente com a observação do surgimento de ulceração. A quantificação da carga
parasitária foi realizada nos linfonodos drenantes das lesões, através da através da técnica de
diluição limitante A avaliação também foi realizada pela infecção de macrófagos murinos
(modelo in vitro). Os resultados de medição de pata foram analisados pelo teste não
paramétrico ANOVA 2 fatores, seguido do pós-teste de Bonferroni. Além disso, foi realizada
a determinação da proporção de metacíclicas nos promastigotas de fase estacionária mantidos
em cultura, através da técnica de lise pelo complemento. Nossos resultados mostraram que há
um decréscimo da virulência dos promastigotas de fase estacionária ao longo do número de
passagens, pois os camundongos infectados com as passagens iniciais desenvolveram lesões
maiores do que aqueles com os promastigotas mantidos em cultura por mais tempo. Quanto
ao surgimento de ulcerações, na 10a semana pós-infecção, todos os animais infectados com
promastigotas de 1a passagem apresentavam lesões ulceradas, enquanto que nenhum dos
camundongos infectados com promastigotas de 20a passagem apresentava lesão ulcerada. Na
infecção in vitro, a carga parasitária nos macrófagos testados diminuiu em função do número
das subculturas, o que foi demonstrado através do decréscimo da porcentagem média de
macrófagos infectados e pela quantidade média de amastigotas a cada 100 macrófagos
infectados. A quantificação da carga parasitária foi realizada nos linfonodos drenantes da
lesão dos camundongos infectados, confirmando a diminuição da virulência dos
promastigotas. A quantificação da proporção de promastigotas metacíclicas demonstrou que a
porcentagem diminui ao longo do tempo de subcultivo. A avaliação da expressão de KMP-11
na superfície de promastigotas por citometria de fluxo demonstrou um decréscimo na
expressão da proteína proporcional ao número de subculturas. Verificou-se, portanto, uma
associação entre a expressão da proteína KMP-11 e a virulência de promastigotas de L.
amazonensis. Os resultados dos ensaios de PCR em tempo real demonstraram que não há
diferença estatisticamente significativa na quantidade de transcritos do gene da proteína
KMP-11 entre as passagens analisadas. Entretanto, a perda da virulência associada com a
diminuição da expressão da proteína KMP-11 indica que esta molécula possua uma função na
infectividade dos promastigotas de Leishmania amazonensis, atuando possivelmente como
um fator de virulência. / The leishmaniases are a group of diseases that currently, affects 350 million people reaching
88 countries throughout world with an estimated incidence of 1-2 million new cases per year.
The outcome of the infection caused by Leishmania depends on factors from the pathogen and
from the host. Although Leishmania virulence can be modulated by environmental and
genetic factors related to mammalian hosts and vectors, molecular determinants are key
elements in the establishment of infection and for the determination, of virulence. KMP-11 is
a glycoprotein which is present in all kinetoplastids. This study evaluated the gene expression
of KMP-11 in L. amazonensis at RNA level and at protein level, during successive passages
of in vitro culture, investigating a possible correlation between KMP-11 expression and
virulence of parasites. The evaluation of the virulence of cultured parasites was performed by
monitoring of the progression of the lesions in experimental murine infection (in vivo model)
during ten weeks, along with the emergence of cutaneous ulcers. The quantification of
parasite load was performed on draining lymph nodes using the limiting dilution analysis. The
assessment of parasite virulence was also performed by the infection of murine macrophages
(in vitro model). The paw measurement results were analyzed by nonparametric test ANOVA
2 way, followed by Bonferroni post-test. Furthermore, the metacyclic promastigotes
proportion in stationary growth phase from cultures with different numbers of passages was
evaluated by complement lysis. Our results showed a decrease in promastigotes of stationary
phase virulence that correlated with the increase of the number of passages, as mice infected
with the early passages developed larger lesions than those infected with promastigotes
cultured for longer periods and higher numbers of passages. Concerning the development of
ulcers, at 10th week post-infection, all animals infected with promastigotes of first passage
presented ulcerated lesions, whereas none of the mice infected mice with promastigotes of the
20th passage showed an ulcerated lesion. Analyzing the in vitro infection, the parasite burden
in macrophages decreased with the number of subcultures, as demonstrated by the decrease in
the percentage of infected macrophages and in the number of amastigotes per 100 infected
macrophages. The quantification of parasites in draining lymph nodes of the infected mice
confirmed the decrease in the virulence of promastigotes from cultures with more passages.
The estimation of the metacyclic promastigote proportions showed that the percentages
decline through the time of subculture. The evaluation of KMP-11 expression on the surface
of promastigotes by flow cytometry showed a decrease in protein expression proportional to the number of subcultures. Therefore, there was an association between the expression of KMP-11 protein and the virulence of L. amazonensis promastigotes. The results of real-time
PCR assays showed that there is no statistically significant difference in the amount of gene
transcripts of KMP-11 protein in the analyzed passages. However, the loss of virulence
associated with decreased protein expression of KMP-11 indicates that this molecule may
have a role in promastigotes infectivity of Leishmania amazonensis, possibly acting as a
virulence factor.
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Expressão gênica diferencial do câncer de mama de pacientes pós-menopausadas responsivas e não-responsivas ao efeito antiproliferativo da vitamina D / Breast cancer gene expression profile in post-menopausal patients responsive or non-responsive to the antiproliferative effect of vitamin DYuri Nagamine Urata 30 August 2010 (has links)
Baixos níveis séricos de 25(OH)D3 e 1,25(OH)2D3 (calcitriol) podem estar associados à incidência e prognóstico do câncer de mama. Além disso, vários estudos indicam que a vitamina D tenha um efeito antiproliferativo em linhagens celulares de câncer de mama expostas a concentrações supra-fisiológicas de calcitriol (1,25(OH)2D3, 100nM). A suplementação com vitamina D é indicada a mulheres pós-menopausadas para prevenção de osteoporose e observamos previamente que a suplementação de calcitirol a pacientes pós-menopausadas com câncer de mama causa redução do índice proliferativo tumoral. Entretanto, não há estudos até o momento que avaliam o efeito da vitamina D na expressão gênica global in vivo. Incluímos 31 pacientes pós-menopausadas com câncer de mama. Estas pacientes realizaram suplementação com calcitriol (0,5g/dia, dose indicada para prevenção de osteoporose) por um curto período de tempo (mediana de 32 dias). A amostra tumoral foi coletada por ocasião da biópsia (présuplementação) e da ressecção tumoral (pós-suplementação). Os perfis de expressão gênica de 16 pacientes foram analisados a partir de 100ng de RNA total no gene chip U133 Plus 2.0 Affymetrix. Observamos redução na expressão de Ki-67 após a suplementação. Dentre os genes diferencialmente expressos encontram-se EGR1, FOS, DUSP1, MMP12 e RGS1, os quais foram mais expressos em amostras pós-suplementadas. Genes modulados pela vitamina D estão associados à resposta inflamatória e à membrana. Nossos resultados indicam que a suplementação com vitamina D reduz o índice de proliferação tumoral, sendo a mesma envolvida em vias importantes na regulação da resposta inflamatória / Low 25(OH)2D3 or 1,25(OH)2D3 serum levels may be associated with breast cancer incidence and prognosis. Additionally, the antiproliferative effects of vitamin D are observed in breast cancer cell lines exposed to phamacological doses of calcitriol (1,25(OH)2D3, 100nM). Vitamin D supplementation is indicated for post-menopausal women to prevent osteoporosis and a previous study from our group observed a reduced tumor proliferative index after calcitriol supplementation on post menopausal breast cancer patients. However, there is no study that verifies the effect of vitamin D on gene expression profile in vivo so far. Thirty one post menopausal breast cancer patients were included on our analysis. They were supplemented with calcitriol after tumor biopsy (0.50g/day, indicated dose for osteoporosis prevention) for a short period of time (median 32 days). Tumor samples were collected during biopsy (before supplementation) and breast surgery (after supplementation). Gene expression profile of 16 patients was analyzed using the U133 Plus 2.0 Affymetrix Gene Chips from 100ng of total RNA. After supplementation, a reduced expression of Ki-67 was observed. Among the differentially expressed genes, EGR1, FOS, DUSP1, MMP12 and RGS1 were upregulated after calcitriol supplementation. Differentially expressed genes were involved in inflammatory response or were associated with the membrane. Our results indicate that calcitriol supplementation diminish tumor proliferation index regulating inflammatory pathways .
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Aumento da IL-1beta no processo de arterialização de enxertos venosos utilizando modelos ex vivo, in vitro e in vivo / Increased IL-1beta during vein grafts arterialization: study of ex vivo, in vitro and in vivo modelsBorin, Thaiz Ferraz 24 January 2008 (has links)
A revascularização cardíaca utilizando a ponte de safena é um procedimento bastante comum usado para restabelecer o fluxo coronariano. O sucesso do implante depende da adaptação do vaso que estava em um regime hemodinâmico venoso, e passa subitamente para um regime arterial. Durante este processo adaptativo, ocorrem diversas alterações moleculares cujo conhecimento pode fornecer alternativas de melhoramento da patência dos enxertos venosos em leito arterial. Neste trabalho está sendo investigada a regulação da IL-1beta tanto em veia safena humana como em modelo animal de arterialização venosa. A IL-1beta mostrou-se aumentada em veia safena humana arterializada tanto in vivo como ex vivo. Interessantemente, este aumento observado nos dias iniciais (1-5 dias) parece diminuir em tempos mais tardios (1-4 anos). Em modelo de arterialização de rato foi observado aumento de 12 vezes na expressão da IL-1beta após o primeiro dia de arterialização com diminuição posterior, mantendo-se em torno de 2 vezes maior em comparação a veia jugular normal. Além da regulação temporal da IL-1beta, foram também acompanhadas as alterações morfológicas que ocorrem durante o processo de arterialização venosa. Observou-se uma redução gradual de células musculares lisas (SMC) que quase desaparecem 3 dias após a cirurgia. Esta perda celular pode estar relacionada ao pico de apoptose observado já no primeiro dia de arterialização. Após 7 dias as SMC reaparecem, porém, de maneira ainda desorganizada. Concomitante com o reaparecimento das SMC observou-se progressivo espessamento da camada média, assim como surgimento de uma camada neoíntima. A IL-1beta, devido ao seu padrão de regulação assim como sua localização durante o processo de arterialização, pode estar relacionada com as alterações estruturais verificadas na arterialização do enxerto. Estratégias de intervenção modulando a atividade da IL-1beta poderão fornecer indicativos da sua participação no remodelamento do enxerto venoso. Em conjunto, demonstramos que o modelo de arterialização de segmento venoso em rato reproduz várias das alterações morfológicas descritas na doença do enxerto venoso em humanos e por isso será útil na caracterização de genes candidatos que participam deste processo. A IL-1beta tem sua expressão aumentada em segmento venoso arterializado in vivo e ex vivo, podendo representar um interessante alvo para aplicação de metodologias de intervenção visando influenciar a adaptação de enxertos venosos com finalidade terapêutica / The vein graft is subjected to increased tensile stress and the complex adaptive vein response to the arterial hemodynamic condition may predispose to bypass failure in some individuals. The understanding of molecular changes underlying this process may be useful for the development of novel therapeutical interventions to increase the vein graft patency. In this work, we investigated the early effect of arterialization on the expression of IL-1beta gene in human saphenous vein and the time-course regulation in rat arterialization model. IL-1beta is upregulated in early stage of human saphenous vein arterialization in vivo and ex vivo. This increase is also observed in arterialized rat jugular vein which showed IL-1beta expression 12 times higher on day 1 compared to normal jugular vein. Later, the IL-1beta levels decreases and maintain the level about twice above normal jugular vein. Moreover, it is observed gradual reduction of smooth muscle cells (SMC), which almost disappeared on the 3rd day after surgery. Apoptosis, which is markedly increased on the 1st day, appears to be an important event during this process. At the 7th day, cellular density and SMC proliferation gradually increased till the 90th day. There was a gradual thickening of the medial layer and formation of neointima with deposition of SMC in the subendotelial layer from day 7 on. Initially the medial layer appeared disorganized, day 7 to 14, then by day 28 it became more organized and the presence of an intimal layer with SMCs was evident. The neointimal layer increased gradually from day 7 on. These results provide evidence that the modulation of IL-1beta activity may be an interesting target to be explored I the future to increase the vein graft patency. Altogether, we demonstrate that the model of arterialization of venous segment in rat reproduces several of the morphological changes described in the venous graft disease in humans and thus will be useful in characterization of candidate genes involved in this process and testing them as a potential therapeutic targets. The IL-1beta expression is increased after 1 day of arterialization of vein segment in vivo and ex vivo and shall be an interesting target to be tested to influence the adaptation of venous grafts for therapeutic purpose
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Análise do perfil transcricional de células dendríticas derivadas de monócitos utilizadas na vacina terapêutica anti-HIV-1 / Transcription profile of monocyte derived dendritic cells used in therapeutic HIV-1 vaccine modelOliveira, Rafael Martins de 27 May 2010 (has links)
Aplicando tecnologia de microarray, objetivamos traçar o perfil do programa de maturação das Mo-DC pulsadas com HIV autólogo inativado por AT-2, a fim de identificar marcadores específicos de ativação funcional e sugerir um perfil de expressão de genes úteis na identificação de respostas ao modelo in vitro das Mo-vacina DC. Essas informações podem ajudar a estabelecer assinaturas moleculares das funções celulares mais relevante para a melhoria das vacinas terapêuticas. O perfil transcricional foi analisado com base das vias celulares moduladas das Mo-DCs no estado imaturo, transitório e maduro. O HIV-1 inativado por AT-2 induz ativação de genes associados à apresentação de antígenos. Os conjuntos de genes do citoesqueleto podem influenciar a mudança de comportamento migratório das Mo-DCs ativadas. O aumento na expressão dos receptores celulares contribuem para o recrutamento de monócitos, DCs e macrófagos para o local da infecção. Além disso, modulam a resposta imune inata e adaptativa, incluindo a polarização das células Th e sub-regulação da resposta inflamatória, que pode interferir significativamente com a resposta imune. Coletivamente, o perfil transcricional das Mo-DCs induzido pelo HIV-1 inativado com AT-2 reflete uma significativa reprogramação imunológica e celular das células envolvidas na resposta imune do hospedeiro. Os resultados deste estudo focaram na interpretação de genes específicos dos perfis de transcrição das Mo-DCs como modelo terapêutico utilizado na vacina anti-HIV. As análises de assinaturas gene associado e sua correlação as respostas funcionais simplificam a identificação de indivíduos susceptíveis a vacina e a compreensão de eventuais falhas em ensaios clínicos. Microarray permitiu a análise quantitativa e simultânea da expressão de um elevado número de genes. Os estudos do perfil de expressão foram extremamente úteis para identificar os eventos moleculares e vias envolvidas nas funções de celular induzida por estímulos específicos. Em particular, os resultados sobre o padrão global da expressão dos genes subjacentes as modificações induzidas pelo HIV-1 inativado por AT-2, na fase inicial da administração do antígeno, pôde ser extremamente útil para a identificarmos marcadores de ativação e avaliar os efeitos biológicos que poderiam estar envolvidos para modificação e otimização de estratégias vacinação com Mo-DC / Applying microarray technology, we intend to profile the program to mature Mo-DC pulsed with autologous inactivated HIV by AT-2, in order to identify specific markers of functional activation and suggest a profile of expression of specific genes, useful identification of responders to in vitro model of Mo-DC vaccine. Such information may help to establish detailed molecular signatures of cellular functions most relevant to improving the therapeutic vaccines. The transcriptional profile was analyzed on the basis of the cellular pathways modulated in immature MoDC, transitional MoDC and mature MoDC. The AT-2-inactivated HIV-1 induction of MoDC results in the activation of genes associated with antigen presentation functions. A set of cytoskeletal genes that may potentially mediate shape change and migratory behavior of activated MoDC is also observed. The increase in the expression of immune receptors contribute to the recruitment of monocytes, DCs, and macrophages to the site of infection. Moreover, they modulate both innate and adaptive immune response, including the polarization of Th cells, and the down-regulation of the inflammatory response, which may significantly interfere with the immune response. Collectively, the transcriptional profile induced by AT-2-inactivated HIV-1 in MoDc reflects a significant cellular and immunological reprogramming of cells directly involved in the host immune response. The results of this study focused on the interpretation of specific genes of transcription profile of MoDC used in therapeutic HIV vaccine model. Supplementing the analyses with examination of associated gene signatures and their correlation to functional responses will simplify the identification of responsive vaccine individuals and the understanding of eventual failures in individuals enrolled in clinical trials. Microarray approach allows quantitative and simultaneous analysis of gene expression of a large amount of genes and the systematic studies of expression patterns are extremely useful for identify molecular events and key pathways involved in cellular functions induced by specific stimuli. In particular, data on the global pattern of gene expression underlying the modifications induced by AT-2-inactivated HIV-1 in MoDC, at early stages of antigen administration, may be extremely helpful for the identification of exclusive activation markers to trace the biological effects of modifications/optimizations of the MoDc vaccination strategy
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Padronização de teste molecular para o diagnóstico de meningites bacterianas pós-neurocirurgia / Standardization of molecular test for the diagnosis of bacterial meningitis after neurosurgeryMedeiros, Micheli 08 February 2019 (has links)
Resumo: A meningite é uma inflamação das membranas que revestem o sistema nervoso central. As principais etiologias desta doença são de origem infecciosa, podendo ser bacteriana, fúngica ou viral. A meningite pode ocorrer como uma infecção hospitalar e pode ser associada a trauma ou neurocirurgia. Quando diagnosticada após um procedimento neurocirúrgico, a maior parte dos agentes infecciosos causadores da meningite provem da microbiota endógena da pele e do cabelo. No entanto, existem casos no qual o agente etiológico não é diagnosticado pelas técnicas laboratoriais convencionais, como a cultura microbiológica e bacterioscopia, dificultando a prescrição de terapias adequadas. O objetivo deste estudo foi identificar os agentes causadores de meningite após neurocirurgia (MAN) utilizando técnicas de biologia molecular e comparando-as com a cultura microbiológica. Foram incluídas amostras de líquido cefalorraquidiano (LCR) de pacientes submetidos a neurocirurgia e pacientes submetidos a cirurgias eletivas com uso de raquianestesia durante o período de 2015 a 2016. A reação em cadeia da polimerase (PCR) foi utilizada para avaliação da presença do gene 16S do DNA ribossômico, comum em microrganismos de origem bacteriana, e o sequenciamento do mesmo para a identificação do agente etiológico. As amostras foram classificadas em 5 grupos de acordo com a suspeita clínica e dados quimiocitológicos do LCR: meningite bacteriana (MB) confirmada, MB possível, MB provável, MB improvável e sem MB, neste último grupo estão apenas pacientes submetidos a cirurgias eletivas. Das 51 amostras de LCR incluídas (43 pós-neurocirurgia e 8 pré-anestésica), 21 (41,2%) apresentaram cultura microbiológica negativa com PCR positiva, sendo: 3 (14,2%) MB possível, 4 (19,0%) MB provável, 13 (62,0%) MB improvável, 1 (4,8%) sem MB. Do total de 15 amostras positivas para PCR foi identificada ao menos a família filogenética, houve predomínio de microrganismos Gram negativos, somando 11 contra 4 Gram positivos. A identificação dos agentes etiológicos na MAN, incluindo os não detectados por métodos convencionais de identificação laboratorial, demonstraram que a biologia molecular pode complementar o diagnóstico colaborando de forma positiva, guiando o tratamento para o microrganismo específico ou sua família / Abstract: Meningitis is an inflammation of the membranes covering the central nervous system. The main causes of this disease are bacterial, fungal or viral agents. Meningitis may be associated with trauma or neurosurgery. When meningitis is diagnosed after a neurosurgical procedure, the most common microorganisms belong to skin and hair microbiota. However, there are cases in which the etiological agent is not diagnosed by conventional laboratory techniques, such as microbial culture and bacterioscopy, which makes it difficult to establish adequate therapies. The objective of this study is to identify agents causing meningitis after neurosurgery (MAN) using polymerase chain reaction (PCR) and sequencing of the 16S rRNA gene, compared to the conventional microbiological culture. Cerebrospinal fluid (CSF) was collected from 43 patients who had undergone neurosurgery and 8 patients during spinal anesthesia were included during the period from 2015 to 2016. Polymerase chain reaction (PCR) was used to evaluate the presence of the 16S ribosomal RNA gene, common in microorganisms of bacterial origin, and the sequencing of the same for the identification of the etiological agent. Samples were classified into five groups according to clinical data and CSF analysis: confirmed bacterial meningitis (MB), probable MB, possible MB, unlikely MB, no meningitis, in this last group are only patients submitted to elective surgeries. There were 51 CSF samples included (43 post neurosurgery and 8 pre-spinal anesthesia), 21 samples (41.2%) presented negative microbial culture and were PCR-positive, divided as: 3 (14.2%) probable MB, 4 (19%) possible MB, 13 (62%) unlikely MB and 1 (4.8%) no meningitis. From the total of 15 PCR-positive samples at least the phylogenetic family was identified with a predominance of Gram negative microorganisms, (11). The identification of etiologic agents in MAN, including those not detected by conventional laboratory identification methods, suggests molecular biology can complement the diagnosis and collaborate in guiding the treatment for the specific microorganism or its family
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Avaliação do método de sequenciamento de nova geração no diagnóstico genético de neoplasia endócrina múltipla tipo 1 / Evaluation of next generation sequencing in genetic diagnosis of multiple endocrine neoplasia type 1Carvalho, Rafael Arrabaça de 05 October 2016 (has links)
A neoplasia endócrina múltipla tipo 1 (NEM1) é uma doença genética, de herança autossômica dominante, caracterizada pelo desenvolvimento de tumores endócrinos acometendo, principalmente, hipófise, paratireoide e pâncreas/duodeno endócrinos. É causada, principalmente, por mutação germinativa no gene supressor tumoral MEN1 (11q13). A tumorigênese segue o modelo de Knudson (1971). O diagnóstico genético de famílias com NEM1 reconhece os portadores assintomáticos de mutação MEN1, permite o diagnóstico e tratamento precoce de tumores, promove a redução da morbimortalidade relacionada à NEM1 e exclui familiares não portadores de mutação do rastreamento clínico periódico. O diagnóstico genético de NEM1 tem sido realizado por meio da técnica de sequenciamento Sanger. Entretanto, limitações desta técnica a tornam menos custo efetiva, devido a sua reduzida capacidade de geração de dados, que leva a necessidade de obtenção de produtos de PCR de até 700 pb para adequada leitura do sequenciamento. Além disto, condições específicas do gene MEN1, como a ausência de \"hot spots\" mutacionais, levam a necessidade de sequenciamento de toda sua extensão (7Kb) e contribuem para tornar esta técnica laboriosa e dispendiosa. A subdivisão do gene para sequenciamento Sanger pode ocultar informações, principalmente de regiões intrônicas, que podem ser importantes para o desenvolvimento da doença. Tais dificuldades impedem a incorporação do diagnóstico gênico de NEM1 na prática clínica. Desde 2005, estão disponíveis tecnologias denominadas NGS (Next- Generation Sequencing), que consistem em ferramentas para o sequenciamento genético com capacidade aumentada de geração de dados, tornando-as mais atrativas e de melhor custo-benefício. O NGS confere, ainda, maior velocidade ao processo de obtenção de dados e detém a capacidade de realizar a leitura completa do gene, incluindo regiões promotoras e intrônicas. Por isto, torna a leitura mais ampla e informativa, sem desconsiderar aspectos qualitativos. Dentre várias opções de NGS disponíveis, plataformas leves são consideradas mais adequadas para aplicação clínica, destacando-se as plataformas Ion PGM e Illumina MiSeq. Uma forte tendência tem sido mostrada de migração do sequenciamento Sanger para o NGS, incluindo a aplicação da mesma em diagnóstico genético de doenças complexas e de câncer hereditário. Entretanto, não há estudos prévios envolvendo NGS em NEM1. Diante disto, foi avaliado a qualidade desta técnica como método de diagnóstico genético em NEM1 em comparação ao sequenciamento Sanger. Objetivos: validação da técnica de NGS utilizando como parâmetro o sequenciamento Sanger; avaliação da sensibilidade, especificidade e relação custo-benefício do NGS. Para tal, foram analisados 76 casos-índices com diagnóstico clínico de NEM1 na plataforma Illumina MiSeq. As análises foram subdivididas em duas fases. O enriquecimento da região genômica do gene MEN1 foi realizado por meio de PCR longa. Com base nos dados obtidos foi possível aferir 96% de reprodutibilidade entre as diferentes fases do estudo e aproximadamente 99% de precisão para detecção de variantes. Exatidão, sensibilidade e especificidade resultaram em 100%. Não houve falsos-positivos ou negativos. A técnica de NGS também se mostrou mais custo-efetiva do que o sequenciamento Sanger. Este estudo permitiu validar e introduzir esta técnica como ferramenta de diagnóstico gênico de NEM1 para rastreamento genético de casos-índices / The multiple endocrine neoplasia type 1 (MEN1) is a genetic, autossomic and dominant disease and is correlated with the development of endocrine tumors affecting pituitary gland, parathyroid, endocrine pancreas or duodenum. It is mainly caused by a germinative mutation in tumor suppressor gene MEN1 (11q13). The tumorigenesis follow the Knudson\'s model (1971). Genetic diagnosis of families with MEN1 is essential to recognizes asymptomatic mutation carriers, and allows an earlier detection and treatment of tumors leading to a reduction of mortality and morbidity associated to MEN1. Furthermore, it can exclude family members that do not carry mutations from the periodical screening. The genetic diagnosis for MEN1 is held using Sanger sequencing. However, limitations of this technique make it less cost-effective, mostly, the less capacity of data generation that leads to the need of PCR products up to 700 bp to obtain a suitable read. Moreover, specific conditions of the MEN1 gene contributes to make this process more laborious and expensive, like the need to read all gene sequence (7kb) to make a correct analysis due to the absence of \"hot spots\". This way, the need of \"fragmentation\" to allow the sequencing can hide important information to disease development, mostly in introns. These limitations preclude the clinical application of genetic diagnosis of MEN1. Since 2005, new technologies are available; they are called Next Generation Sequencing (NGS) and consist in a new tool that allow the same sequencing, but with a larger data generation capacity, making them more attractive and costeffective. The NGS also gives a higher speed to the process of data acquiring and allows the complete read of gene, including promoters and introns. Therefore, it makes the results more informative, not forgetting quality aspects. Among lot of options of NGS available, lighter platforms are recommended, for example, Ion PGM and Illumina MiSeq. A strong tendency has been shown in order to change the Sanger sequencing to NGS, including clinical application to genetic diagnosis of complex diseases and inherited cancer. However, there is not previous studies evaluating NGS to MEN1 genetic diagnosis. Thus, present study evaluated NGS as a genetic diagnosis method for MEN1, comparing with Sanger sequencing. This study aimed to validate the NGS method using as model the Sanger sequencing and evaluated sensibility, specificity and costeffectiveness of NGS. For this purpose, 76 index-cases with clinical MEN1 diagnosis were analyzed on Illumina MiSeq. Analyzes were divided in two phases. After analyzes, 96% of reproducibility and 99% of precision were calculated. Accuracy, sensibility and specificity were resulted in 100%. There were not falses negatives or positives. NGS showed more cost-effectiveness with lower costs. This study allowed validation of genetic screening of MEN1 indexcases applying NGS platform
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Perfil de expressão de genes modulados pela Pioglitazona em ilhotas pancreáticas murídeas / Gene expression profile modulated by pioglitazone in rat pancreatic isletsLamounier, Rodrigo Nunes 28 March 2008 (has links)
O receptor ativado do peroxissomo γ (PPAR-γ) é regulador do metabolismo e diferenciação do tecido adiposo, sendo um alvo conhecido das tiazolidinedionas (TZD), utilizadas para o tratamento do diabetes tipo 2 (DM2). As TZD agem como um agente sensibilizador da ação da insulina nos tecidos periféricos e tem sido especulado que as TZDs podem ter um papel na função da célula , prevenindo perda de massa e melhorando a sua viabilidade a longo prazo. Este efeito seria supostamente mediado pela transcrição de genes que favoreceriam a lipólise, diminuindo o conteúdo intracelular de triglicérides e, portanto, diminuindo a lipotoxicidade. Entretanto, alguns estudos também mostraram efeito nulo ou mesmo deletério das TZDs sobre as ilhotas pancreáticas. Na realidade, o papel de genes-alvo para o PPAR- nas ilhotas pancreáticas é ainda pouco conhecido. Estudamos o perfil de expressão gênica induzido pelo tratamento com Pioglitazona (Pio), uma TZD aprovada e disponível para uso clínico no tratamento do DM2, em ilhotas pancreáticas murídeas em cultura primária, com concentrações normal e suprafisiológica de glicose no meio de cultura. As ilhotas foram obtidas de ratos wistar machos de dois meses de idade e isoladas pelo método do gradiente de Ficoll e então cultivadas em 5,6 mM ou 23 mM de glicose por 24h, sendo tratadas com Pio 10 M ou DMSO 0,1% (veículo). A Pioglitazona foi cedida pela Takeda Farmacêutica, Osaka, Japão. O RNA foi extraído com Trizol e purificado com o kit RNeasy (Qiagen). As amostras foram marcadas e hibridizadas no microarranjo de cDNA Mouse Panchip 13k, usando-se cinco replicatas biológicas diferentes para cada condição. A análise estatística dos dados do microarranjo foi feita com o uso do programa significance analysis of microarrays (SAM) com uso de taxa de descobrimento falso (FDR) de 20%. A análise das vias acometidas foi feita com o Ingenuity Pathway Analysis (www.ingenuity.com). Os resultados de expressão gênica foram confirmados por RT-qPCR. Em concentração de 5,6 mM de glicose no meio de cultura, 101 genes foram modulados pela Pio, sendo 49 regulados para cima, com aumento de sua expressão na presença da droga e 52 genes regulados para baixo. Em 23 mM de glicose, 1.235 genes foram afetados, sendo 621 para cima e 623 para baixo. A comparação entre as duas condições revelou 74 genes que foram modulados em ambas as concentrações de glicose. A análise das vias biológicas alteradas mostrou que genes relacionados ao metabolismo de lípides foram modulados em ambas as concentrações de glicose. Em 23 mM foi ainda significativo o grupo de genes relacionados a ciclo celular e morte celular que tiveram sua expressão modificada pela presença da droga na cultura. Este dado demonstrou que além de seus efeitos conhecidos nos adipócitos, o sensibilizador de insulina Pioglitazona modula a expressão de genes nas ilhotas pancreáticas, especialmente na presença de concentrações suprafisiológicas de glicose, afetando notadamente genes relacionados ao metabolismo lipídico, sendo vários deles ligados a lipogênese, como Srebf1, Scd2 e Fabp4 cujas expressões aumentaram em ambas as concentrações de glicose. Além disso foi observado aumento na expressão de genes com atividade pró-apoptótica como Tnf, Bad, Bax, Caspase4, Fadd e Myc. A Pioglitazona parece induzir um perfil gênico desfavorável em ilhotas pancreáticas mantidas em cultura em concentrações suprafisiológicas de glicose. / Peroxisome proliferator-activator receptor-γ (PPAR-γ) is a target for thiazolidinedione (TZD) antidiabetic drugs and a regulator of adipose tissue differentiation and metabolism. TZD act as an insulin sensitizing agent on peripheral tissues. It has been speculated that TZD could play a role on beta-cell function, preventing loss and improving viability in the long-term. This effect is supposed to be mediated through a potential benefit against lipotoxicity, favouring lypolisis and decreasing intracellular tryglicerides content. Nevertheless some studies also showed a lack or even a potential deleterious effect of TZD on islets. The role of PPAR-γ target genes in pancreatic islets is actually still largely unclear. We studied the gene expression profile induced by the treatment with Pioglitazone (Pio), an approved TZD for T2DM therapy, on rat pancreatic islets primary culture both at normal and supraphysiological glucose medium concentrations. Islets were obtained from 2 month-old, male, wistar rats and isolated through the Ficoll gradient method and then cultured with 5.6 mM or 23 mM of glucose concentration for 24h, being treated with Pio 10 µM or DMSO 0.1% (vehicle). Pioglitazone was provided by Takeda Pharmaceuticals, Osaka, Japan. RNA was extracted with Trizol (Sigma) and purified with RNeasy kit (Qiagen). Samples were labeled and then hybridized on the Mouse PanChip 13k cDNA microarray, using 5 different biological replicates for each test condition. Statistical Analysis of the microarray data was performed using significance analysis of microarrays (SAM) with a false discovery rate of 20%. Pathways assessment was performed through Ingenuity Pathway Analysis (www.ingenuity.com). Gene expression results were confirmed through RT-qPCR. At 5.6 mM glucose 101 genes were modulated by Pio, 49 upregulated and 52 downregulated. At 23 mM, 1,235 genes were affected, 612 upregulated and 623 downregulated. Comparison between both conditions revealed 74 genes that were similarly modulated at both glucose concentrations. Pathway analysis of perturbed genes revealed biologically relevant networks related to lipid metabolism at both glucose medium concentrations. At 23 mM, cell cycle and cell death pathways were significant modulated as well. These data demonstrates that in addition to known effect in adipocytes, the insulin sensitizing agent Pioglitazone modulates gene expression in pancreatic islets, especially in the presence of supraphysiological glucose concentrations, affecting especially lipid metabolism and mechanisms of cell death and cell cycle. Considering the ontology of modulated genes it seems to be a trend towards lypogenesis (increased Srebf1, Scd2 and Fabp4 RNA expressions) with Pio treatment also enhancing the abundance of some genes considered to be pro apoptotic like Tnf, Bad, Bax, Caspase4, Fadd and Myc. Pioglitazone seems to induce a negative gene expression profile in islets cultured at high glucose concentrations.
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Efeito da vitamina D no perfil transcricional de cultura organotípica de câncer de mama / Vitamin D effect in the transcriptional profile of breast cancer organotypic cultureMilani, Cintia 22 February 2010 (has links)
1,25(OH)2D3 em concentrações elevadas (10-100nM) exerce efeito antiproliferativo e altera o perfil de expressão gênica de linhagens de câncer de mama. Entretanto, o estudo de linhagens não considera as interações epitéliomesênquima, as quais regulam o desenvolvimento do tumor. Além disso, elevadas concentrações de 1,25(OH)2D3 induzem hipercalcemia in vivo. Nossa proposta foi avaliar as ações de uma dose relativamente baixa de 1,25(OH)2D3, concentração que pode ser alcançada in vivo (0,5nM), e uma concentração farmacológica (100nM) em cultura organotípica de câncer de mama, modelo próximo ao fisiológico que simula as condições in vivo, no perfil de expressão gênica.Para isto, avaliamos a integridade da via pela indução do gene alvo CYP24A1. Inicialmente foram avaliadas amostras de 5 pacientes. Biópsias de câncer de mama foram seccionadas, cultivadas e tratadas por 24h com 1,25(OH)2D3 0.5nM ou 100nM. A cultura organotípica manteve-se viável com preservação das características teciduais e índice de proliferação. O perfil de expressão gênica foi determinado pela análise do chip de microarray (U133 Plus 2.0, Affymetrix). Foram regulados 394 genes (Repeated Measures ANOVA, p<0.05, variação de expressão ³ 1,5) incluindo genes envolvidos em resposta imune e metabolismo celular primário. Foram selecionados 7 genes vitamina D induzidos (cuja variação de expressão foi ³ 2 e concordância no sentido da regulação). Análises complementares foram realizadas em um segundo grupo de pacientes (n=16) cujas amostras foram processadas da mesma maneira por qPCR. Estes genes eram: CD14, IL33, BMP6; DPP4, CA2, SHE e IL1RL1. Observou-se indução da expressão de CA2, DPP4 e CD14 mediante tratamento com 1,25(OH)2D3 100nM e CA2, também pela concentração 0,5nM. Além disso, avaliamos a expressão de genes candidatos num modelo in vitro de transformação mamária composto por células HME, HMELT, HMELT+Ras e também a linhagem MCF7, sob as mesmas condições de tratamento (por qPCR, western blotting, microscopia confocal e ELISA). Todos genes candidatos foram regulados positivamente pela vitamina D no modelo de progressão após o tratamento (RT-qPCR). Dentre eles, CD14, IL1RL1 e SHE também foram induzidos em células MCF7. A fração solúvel de CD14 mostrouse significativamente aumentada, assim como houve indução da proteína CA2 nas linhagens HME and HMELT tratadas com a VD. Concluindo, temos que a via de sinalização da vitamina D é funcional em secção de tecido tumoral cultivadas ex vivo, modelo que preserva as interações epitélio-estroma e simula as condições in vivo. Dentre os diversos genes modulados pela 1,25(OH)2D3, encontram-se CYP24A1, CA2, DPP4 e CD14, os quais podem representar biomarcadores da ação deste hormônio no câncer de mama. / High 1,25(OH)2D3 (VD) concentrations (10-100nM) exerts antiproliferative effects and modifies gene expression profile in breast cancer (BC) cell lines. However, studies conducted in cell lines disconsider stromal-epithelium interactions, which are known to regulate breast cancer development. Besides, high VD concentrations may cause hypercalcemia in vivo. Our aim was to evaluate the effects of a relatively low (0,5nM) concentrations of 1,25(OH)2D3 which can be attained in vivo, and pharmacological concentrations (100nM) in an organ culture model, a physiological model which mimics in vivo conditions, by means of differential gene expression profile. Vitamin D pathway integrity was evaluated by the expression of the target gene, CYP24A1. Freshly excised human BC tumor samples were sliced and cultivated in complete culture media containing vehicle, 0.5nM or 100nM 1,25(OH)2D3 for 24 hours. Organotypic culture remained viable with preserved tissue architecture and proliferation index for at least 24 hours. Affymetrix (U133 Plus 2.0) gene expression profiles obtained in five separate tissue samples for each treatment revealed 394 regulated genes (Repeated Measures ANOVA, p<0.05, fold induction ³ 1,5). Biological functions over-represented included immune response and primary cellular metabolism. Expression of seven candidate genes (CD14, IL33, BMP6; DPP4, CA2, SHE and IL1RL1; fold induction ³ 2) was further evaluated in a large number of samples (n=16) using qPCR. Among them, CA2, DPP4 and CD14 were induced by 1,25(OH)2D3 100nM. CA2 was also induced after 1,25(OH)2D3 0.5nM treatment. Expression of candidate genes was also assessed in a model of mammary epithelial cell transformation HME, HMELT, HMELT+Ras and also MCF7 cells treated with VD by qPCR, western blotting, confocal microscopy and ELISA assays. The seven genes were confirmed upregulated by VD (RT-qPCR analysis) in the cell transformation model. Among them, CD14, IL1RL1 and SHE were also modulated in MCF7 cells. A significant increase in soluble CD14 and induction of CA2 protein levels was also detected in HME and HMELT VD treated cells. In conclusion, VD signaling pathway is functional in BC slices cultured ex vivo, a model which preserves stromalepithelial interactions and mimics in vivo conditions. Several genes regulated by 1,25(OH)2D3 were identified in this model and CYP24A1, CA2, DPP4 and CD14 may represent biomarkers of vitamin D action in human breast cancer.
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Determinação de mutaçães somáticas e germinativas em pacientes pós menopausadas com câncer de mama / Somatic and germline mutations in post menoupausal women with breast cancerNagy, Tauana Rodrigues 07 August 2018 (has links)
As maiores taxas de incidência de câncer de mama ocorrem em mulheres idosas, que apresentam tumores com expressão de receptores de estrógeno e/ou progesterona, de baixo estadiamento e menor taxa de proliferação, se comparado com as jovens. Um dos fatores de predisposição ao câncer de mama é mutação germinativa nos genes BRCA1 ou BRCA2, que podem compreender entre 5-10% das pacientes diagnosticadas. A grande maioria dos casos são ditos esporádicos, em que não há como estabelecer um único fator determinante. Dentre o escopo de possíveis causas estão as mutações somáticas, acumuladas no tecido mamário ao longo da vida. A identificação destas mutações permite melhor compreensão da carcinogênese e possibilita a criação de tratamentos cada vez mais personalizados. O gene PIK3CA, por exemplo, já está determinado como driver (responsáveis pela obtenção de vantagem seletiva de um determinado clone) para câncer de mama. As mutações patogênicas que ocorrem neste gene levam a ativação da via de Akt/mTOR, entre outras, que mantém o ciclo celular ativo. Um gene que vem sendo estudado recentemente é o PRKD1, cujas funções parecem estar ligadas à manutenção do fenótipo epitelial das células do tecido mamário. Assim, o objetivo desse trabalho identificar mutações germinativas nos genes BRCA1 e BRCA2, analisando também o histórico familiar para câncer de mama/ovário/próstata, e mutações somáticas no gene PRKD1 em pacientes pós menopausadas,. Foram incluídas quarenta e nove pacientes diagnosticadas com carcinoma ductal invasivo em idade superior a 54 anos, que preenchessem critérios da NCCN (National Comprehensive Cancer Network) para Síndrome de Câncer de Mama e/ou Ovário Hereditário e tinham disponível um fragmento tumoral emblocado em parafina coletado na ausência de tratamento neo adjuvante. A extração de DNA foi realizada a partir do sangue periférico para sequenciamento de BRCA1 e BRCA2, realizado através da plataforma Ion Torrent(TM) ou pelo método de Sanger. Os resultados obtidos por Ion Torrent(TM) foram analisados, primeiramente, através da ferramenta online Ion Reporter e os de Sanger através do programa Mutation Surveyor v.3.20. Para a caractetização das variantes encontradas foram utilizados: os bancos de dados BIC, LOVD, LOVD-IARC, UMD e ClinVar além dos preditores in silico da conservação dos aminoácidos entre as espécies Polyphen-2, SIF, Provean e AlignGVGD e do preditor de efeito no splicing HSF e bancos de dados de frequência alélica ExAC, 1000 genomas e NHLBI GO Exome Sequencing Project, seguindo os critérios da American College of Medical Genetics and Genomics em conjunto com a Association for Molecular Pathology. Para caracterização de mutação somática do gene PRKD1 determinou-se duas regiões de maior importância para serem sequenciadas: Ser738/Ser742 e Ser910 que fosforilam o domínio quinase da proteína, ativando-o. Vinte e três amostras tumorais tiveram DNA extraído. Também foi realizada uma análise das informações sobre PRKD1 do banco de dados COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) e a construção de curvas de sobrevida (Kaplan-Meier) da expressão de PRKD1 utilizando a ferramenta online KM Plotter. A idade mediana das pacientes foi de 62 anos ao diagnóstico e de 64 anos na época de inclusão no estudo. A maioria tinha tumores de grau histológico II (63,27%), estádio clinico II (20%) e do subtipo luminal B (53,06%). Trinta e duas relataram parentes de primeiro grau afetados com câncer de mama/ovário/ próstata. Trinta e oito pacientes tiveram sequenciamento completo de BRCA1 e BRCA2 por Ion Torrent(TM) e onze tiveram sequenciamento parcial de BRCA1 e BRCA2 por Sanger. Variantes patogênicas foram encontradas em quatro pacientes (BRCA1=2/BRCA2=2). Uma nova variante missense foi identificada em BRCA2: c.3371A > G (p.Q1124R). Para o sequenciamento de PRKD1 quinze foram sequenciadas para Ser910 e de oito foi possível analisar o resultado. Nenhuma variante patogênica foi encontrada. Os dados obtidos sobre PRKD1 no COSMIC foram: de 2773 amostras, em apenas 15 (0,54%) foram identificadas mutações em PRKD1, 46% (7/15) provém de mulheres com idade superior a 55 anos e subtipo molecular Luminal. PRKD1 apresenta maiores frequência de mutação em câncer de intestino grosso (4,22%) e pele (4,02%). As curvas de sobrevida construídas no KM Plotter demonstram a alta expressão do gene parece ter impacto positivo na sobrevida das pacientes. Apesar da baixa frequência de mutações no PRKD1 este gene, outros dados demonstram que parece ter um papel de gene supressor de tumor no câncer de mama, que deve ser inibido de através de outros mecanismos como metilaçao de DNA / The highest rates of breast cancer incidence occur in elderly women, who present estrogen and / or progesterone receptor tumors, with a low clinical staging and lower proliferation rate compared to the young women. One of the factors predisposing to breast cancer is germline mutation in the BRCA1 or BRCA2 genes, which may comprise between 5-10% of the diagnosed patients. The vast majority of cases are said to be sporadic, in which there is no way to establish a single determining factor. Among the scope of possible causes are somatic mutations, accumulated in the breast tissue throughout life. The identification of these mutations allows a better understanding of carcinogenesis and enables the creation of increasingly personalized treatments. The PIK3CA gene, for example, is already determined as a driver (responsible for the selective advantage of a particular clone) for breast cancer. The pathogenic mutations that occur in this gene lead to the activation of Akt / mTOR pathway, among others, which keeps the cell cycle active. One gene that has recently been studied is PRKD1, whose functions seem to be linked to the maintenance of the epithelial phenotype of the mammary tissue cells. Thus, the objective of this work was to identify germline mutations in BRCA1 and BRCA2 genes, also analyzing the family history for breast / ovarian / prostate cancer, and somatic mutations in the PRKD1 gene in postmenopausal patients. Forty-nine patients diagnosed with ipsilateral ductal carcinomas over the age of 54 years who completed NCCN (National Comprehensive Cancer Network) criteria for Breast Cancer and / or Hereditary Ovarian Syndrome and had a tumor paraffin embedded in paraffin collected in the absence of neo adjuvant treatment available. DNA extraction was performed from the peripheral blood for sequencing of BRCA1 and BRCA2, performed through the Ion Torrent (TM) platform or by the Sanger method. The results obtained by Ion Torrent (TM) were first analyzed through the online tool Ion Reporter and those by Sanger through the program Mutation Surveyor v.3.20. The BIC, LOVD, LOVD-IARC, UMD and ClinVar databases were used in addition to the in silico predictors of amino acid conservation among Polyphen-2, SIF, Provean and AlignGVGD species and the effect predictor in the HSF splicing and allelic frequency databases ExAC, 1000 genomes and the NHLBI GO Exome Sequencing Project, following the criteria of the American College of Medical Genetics and Genomics in conjunction with the Association for Molecular Pathology. In order to characterize the somatic mutation of the PRKD1 gene, we determined two regions of greater importance to be sequenced: Ser738 / Ser742 and Ser910 that phosphorylate the protein kinase domain, activating it. Twenty-three tumor samples had DNA extracted. An analysis of PRKD1 information from the COSMIC (Catalog of Somatic Mutations in Cancer) database and the construction of survival curves (Kaplan-Meier) for PRKD1 expression using the online KM Plotter tool was also performed. The median age of the patients was 62 years at diagnosis and 64 years at the time of inclusion in the study. Most of them had tumors of histological grade II (63.27%), clinical stage II (20%) and molecular subtype luminal B (53.06%). Thirty-two reported first-degree relatives affected with breast / ovarian / prostate cancer. Thirty-eight patients had BRCA1 and BRCA2 complete sequencing by Ion Torrent (TM) and eleven had BRCA1 and BRCA2 partial sequencing by Sanger. Pathogenic variants were found in four patients (BRCA1 = 2 / BRCA2 = 2). For PRKD1 sequencing, fifteen patients tumors were sequenced for Ser910 and in eight samples it was possible to analyze the result. No pathogenic variant was found. The data obtained on PRKD1 in COSMIC were: from 2773 samples, in only 15 (0.54%) mutations were identified in PRKD1, 46% (7/15) came from women aged over 55 years and had tumor molecular subtype Luminal. PRKD1 shows higher mutation frequency in cancer of the large intestine (4.22%) and skin (4.02%). The survival curves constructed in KM Plotter demonstrate the high expression of the gene seems to have a positive impact on the patients survival . Despite the low frequency of mutations in PRKD1 gene, other data demonstrate that it appears to play a role of tumor suppressor gene in breast cancer, which must be inhibited by other mechanisms such as DNA methylation
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