Notre équipe s’intéresse à la relation structure-fonction d’une protéine, l’antithrombine (AT), un inhibiteur physiologique de la coagulation, en vue d’un développement thérapeutique. Cette protéine anticoagulante, capable de lier un motif pentasaccharidique sur les dérivés hépariniques, possède en outre, à fortes concentrations (500%), des propriétés anti-inflammatoires médiées par sa liaison aux héparan-sulfates cellulaires. Ce profil a mené à l’évaluation de l’AT dans des situations associant un emballement de la coagulation et de l’inflammation, comme c’est le cas au cours du sepsis sévère et d’autres situations d’ischémie-reperfusion (I/R). Cependant, les fortes concentrations utilisées dans les études précliniques nécessiteraient d’administrer des doses d’AT incompatibles avec le profil de sécurité de cette protéine anticoagulante.Dans ce contexte, nous avons, au cours de ce travail, caractérisé un variant d’AT (AT-N135Q-Pro394) dépourvu d’activité anticoagulante et doué d’une affinité augmentée pour l’héparine. Ce variant est capable de piéger des dérivés hépariniques et apparait comme un candidat idéal pour une utilisation comme antidote en cas de surdosage en héparine non fractionnée (HNF), héparines de bas poids moléculaire (HBPM) ou fondaparinux. Par ailleurs, ce variant pourrait être utilisé à des doses cytoprotectrices, sans risque hémorragique.Afin de tester cette dernière hypothèse, nous avons développé un modèle d’I/R rénale chez la souris, qui s’accompagne d’une augmentation significative de marqueurs de dysfonction rénale (Urée, Créatinine, Kim-1) et de l’inflammation (expression tissulaire de cxcl-1, il-6). L’AT avait déjà été montrée protectrice (Mizutani et al, Blood 2003) dans un modèle murin comparable. De façon surprenante, nous n’avons observé aucun des effets protecteurs décrits, ni sur l’inflammation ni sur la fonction rénale, et que ce soit avec de l’AT plasmatique, de l’AT recombinante ou encore avec un mélange équimolaire d’AT latente et native. Ce même modèle nous a pourtant permis de mettre en évidence les effets nephroprotecteurs et anti-inflammatoires d’une autre protéine anticoagulante, la protéine C activée. Ces résultats décevants font écho à la rétractation pour fraude de l’article de Mizutani et al. en 2013. Le travail approfondi que nous avons mené nous permet de clarifier la littérature et d’affirmer que l’AT, d’origine plasmatique ou recombinante, ne possèdent pas d’effet protecteur dans l’I/R rénale chez la souris. Dans ces conditions, le variant AT-N135Q-Pro394 n’a pas été testé.Concernant la seconde indication, l’AT-N135Q-Pro394 avait déjà été évaluée in vivo comme antidote aux dérivés hépariniques, HNF, HBPM et fondaparinux, avec d’excellents résultats. Néanmoins, cet effet antidote a été exploré spécifiquement par mesure de l’activité anti-facteur Xa alors que l’AT inhibe plusieurs enzymes de la cascade de coagulation tel que les facteurs VIIa, IXa et IIa. Nous avons donc exploré cet effet antidote dans un test plus global de la coagulation, le test de génération de thrombine (TGT) pour pouvoir le comparer aux autres stratégies non spécifiques utilisées pour antagoniser les dérivés hépariniques (facteur VII activé recombinant, concentré de complexes prothrombiques activés ou protamine). De façon intéressante, dans un plasma mimant un surdosage, notre variant présente un effet antidote supérieur aux agents hémostatiques et au sulfate de protamine vis-à-vis du fondaparinux et des HBPMs, respectivement, et équivalent au sulfate de protamine vis-à-vis de l’HNF. Enfin, dans du plasma en l’absence d’anticoagulant, l’AT-N135Q-Pro394 ne montre aucun effet sur la génération de thrombine contrairement aux agents hémostatiques et au sulfate de protamine qui, ajoutés seuls dans du plasma, modifient significativement le profil des TGT / Our team topic focuses on the structural-function relationship of a natural anticoagulant, antithrombin (AT), in order to develop potential therapeutic agents. AT inhibits several serine proteases of the coagulation cascade and its inhibitory activity is increased when AT binds to a pentasaccharidic motif contained within in the heparin derivatives. At high concentrations (500%), AT also exerts anti-inflammatory and cytoprotective properties through its binding to heparan sulfate proteoglycans, making it a good candidate for supportive therapy in clinical settings associating inflammation and coagulation activation. Indeed, AT has already been evaluated in vivo in various models of ischemia-reperfusion injury (IRI) and AT even reached a large-scale clinical trial in severe sepsis. However, the high concentrations of AT that are needed to exert anti-inflammatory properties are inconsistent with the safety profile of this anticoagulant protein.In this context we have further characterized an AT variant (AT-N135Q-Pro394) with increased affinity to heparin but devoid of anticoagulant activity. Indeed, this variant was described to be able to trap heparin derivatives and our work was to pursue the characterization of this variant as an antidote toward heparin derivatives in clinical situations of overdosing. In addition, this AT variant binds to heparan sulfate proteoglycans with higher affinity, as compared to native AT, and appears as a promising cytoprotective agent whose administration would not be associated with any bleeding risk.To test the latter hypothesis, we developed a murine model of renal IRI in which the renal function was severely impaired, as attested by increased kidney injury markers (urea, creatinine, kim-1) and local kidney inflammation (renal gene expression of il-6 and cxcl-1). Indeed, in 2003, Mizutani et al. reported a protective effect of AT in a similar murine model of renal IRI. Surprisingly, we observed none of the described protective effects, neither on inflammation nor renal function, with plasma AT, recombinant AT and an equimolar mixture of native and latent AT. Nevertheless, the same model enabled us to highlight the nephroprotective and anti-inflammatory properties of another anticoagulant protein, activated protein C (APC), as previously reported. These disappointing results coincided with the withdrawal in 2013 of the study of Mizutani et al., and our work allowed us to clarify the literature and to claim that neither recombinant nor plasma-derived native nor latent forms of AT exhibit a protective effect in renal IRI in mice. Under these conditions, AT-N135Q-Pro394 variant has not been tested in our model.AT-N135Q-Pro394 has also been previously shown to efficiently neutralise the anticoagulant activity of heparin derivatives, including unfractionated heparin (UFH), low molecular weight heparins (LMWH) and fondaparinux in vivo. Nevertheless, this reversal effect was only explored by anti-factor Xa assays whereas AT inhibits a number of coagulation proteases, including factors VIIa, IXa and IIa. Therefore, we explored AT-N135Q-Pro394 variant in a more global coagulation assay, the thrombin-generation assay (TGA), in order to compare its activity with non-specific reversal agents used toward heparin derivative overdose (recombinant-activated factor VII, activated prothrombin-complex concentrate or protamine). Interestingly, in plasma mimicking an overdose, our variant demonstrated greater reversal efficiency as compared to hemostatic agents and protamine sulfate toward fondaparinux and LMWH, respectively, and was as efficient as protamine sulfate toward UFH. Finally, when added to native plasma (in the absence of heparin derivative), AT-N135Q-Pro394 showed no effect on thrombin generation unlike hemostatics and protamine sulfate that all significantly affect the TGA profile

Les héparines regroupant les héparines standards (HNF), les héparines de bas poids moléculaire(HBPM), et le fondaparinux, sont des médicaments anticoagulants. Ils potentialisent l'antithrombine (AT) : un inhibiteur physiologique de la coagulation. Leur utilisation en thérapeutique est associée à un risque hémorragique majeur. Actuellement, le sulfate de protamine est le seul antidote disponible vis-à-vis des HNF. Il est partiellement efficace vis-à-vis des HBPM, et n'a aucun effet contre le fondaparinux, qui n'a pas d'antidote jusqu'à présent. C'est dans ce contexte que nous proposons des AT modifiées inactives, mais capables de se lier aux molécules d'héparines. Ces AT déplaceraient les molécules d'héparines de l'AT plasmatique, et neutraliseraient leur effet anticoagulant. Pour produire de telles AT, nous avons choisi une approche recombinante et une approche chimique. Dans la première approche, nous avons exprimé le variant AT-N135Q-Pro394. Ce variant possède une activité anti-Xa ou anti-IIa inférieure à 0,02% en présence de dérivés hépariniques, et une affinité à l'héparine 3 fois meilleure, comparée à l'AT plasmatique. En revanche, dans l'approche chimique, nous avons modifié l'AT plasmatique par la 2,3-butanedione (AT-BD), un réactif chimique de caractérisation des arginines. Contrairement au variant, cette AT-BD a une perte d'activité anticoagulante modérée, puis une affinité à l'héparine 20 fois meilleure, comparée à l'AT plasmatique. Malgré ces différences de propriétés biochimiques, ces 2 AT modifiées neutralisent d'une façon similaire les héparines in vitro et sur un modèle murin. Par ailleurs, à l'inverse du sulfate de protamine, nos antidotes n'ont pas d'activité anticoagulante propre sur un test de céphaline activée. Ainsi, ce travail de thèse a permis non seulement de proposer les premiers et les seuls antidotes spécifiques au fondaparinux décrits, mais aussi des antidotes alternatifs pour tous les anticoagulants hépariniques.

Submitted by Neusa Fagundes (neusa.fagundes@unioeste.br) on 2018-08-23T14:31:41Z No. of bitstreams: 2 Priscila_Da Caz2018.pdf: 1291509 bytes, checksum: cd5371d2f052216f3b75263dee5ff4cf (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-23T14:31:41Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Priscila_Da Caz2018.pdf: 1291509 bytes, checksum: cd5371d2f052216f3b75263dee5ff4cf (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-05-14 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Cadmium (Cd) is a heavy metal seen as an important pollutant for man. It is widely distributed in nature and also presents in cigarette and in production line of various industrial sectors. It has carcinogenic and toxic effects on organs such as brain, lung, kidney and liver due its excessive production of reactive oxygen species (ROS). N-acetylcysteine (NAC) is a mucolytic agent that exhibits properties as antioxidant and chelating agent due its ability to reduce reactive oxygen species and provide chelating sites for metals. Therefore, NAC is effective in detoxification process. This study has validated a method for cadmium quantification in plasma of rats by atomic absorption spectrometry with electrothermal atomization in graphite furnace (GFAAS). It presented satisfactory and approved results. The protective action of NAC on lipid peroxidation in renal tissue of rats submitted to cadmium intoxication was also investigated. The results showed that NAC presents protective effect to reverse lipid peroxidation suggesting that it preserves renal tissue damage caused by cadmium. / O cádmio (Cd) é um metal pesado, visto como um poluente importante para o homem, amplamente distribuído na natureza e também presente no cigarro e na linha de produção de diversos setores industriais. Apresenta efeitos carcinogênicos e tóxicos em órgãos como cérebro, pulmões, rins e fígado devido à produção excessiva de espécies reativas de oxigênio (EROs). A N-acetilcisteína (NAC) é um agente mucolítico que apresenta propriedades como agente quelante e antioxidante devido a sua habilidade de reduzir espécies reativas de oxigênio e de fornecer sítios quelantes para os metais sendo, portanto, eficaz no processo de desintoxicação. Este estudo validou um método para quantificação de cádmio em plasma de ratos pela técnica de espectrometria de absorção atômica com atomização eletrotérmica em forno de grafite (GFAAS) e apresentou resultados satisfatórios e aprovados. Foi também investigada a ação protetora da NAC sobre a peroxidação lipídica no tecido renal de ratos submetidos à intoxicação pelo cádmio. Os resultados demonstraram que a NAC apresenta efeito protetor ao reverter a peroxidação lipídica, sugerindo que ela preserva o tecido renal dos danos causados pelo cádmio.

The majority of drugs are small organic molecules, so-called ligands, that influence biochemical processes by interacting with proteins. The understanding of how and why they interact and form complexes is therefore a key component for elucidating the mechanism of action of drugs. The research presented in this thesis is based on studies of acetylcholinesterase (AChE). AChE is an essential enzyme with the important function of terminating neurotransmission at cholinergic synapses. AChE is also the target of a range of biologically active molecules including drugs, pesticides, and poisons. Due to the molecular and the functional characteristics of the enzyme, it offers both challenges and possibilities for investigating protein-ligand interactions. In the thesis, complexes between AChE and drug-like ligands have been studied in detail by a combination of experimental techniques and theoretical methods. The studies provided insight into the non-covalent interactions formed between AChE and ligands, where non-classical CH∙∙∙Y hydrogen bonds (Y = O or arene) were found to be common and important. The non-classical hydrogen bonds were characterized by density functional theory calculations that revealed features that may provide unexplored possibilities in for example structure-based design. Moreover, the study of two enantiomeric inhibitors of AChE provided important insight into the structural basis of enthalpy-entropy compensation. As part of the research, available computational methods have been evaluated and new approaches have been developed. This resulted in a methodology that allowed detailed analysis of the AChE-ligand complexes. Moreover, the methodology also proved to be a useful tool in the refinement of X-ray crystallographic data. This was demonstrated by the determination of a prereaction conformation of the complex between the nerve-agent antidote HI-6 and AChE inhibited by the nerve agent sarin. The structure of the ternary complex constitutes an important contribution of relevance for the design of new and improved drugs for treatment of nerve-agent poisoning. The research presented in the thesis has contributed to the knowledge of AChE and also has implications for drug discovery and the understanding of biochemical processes in general.

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