Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2014-08-06T15:45:54Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) DISSERTACAO DE MESTRADO TELMA SOUSA.pdf: 2411234 bytes, checksum: 4b7671237d9a10f6795b86433fc36a82 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-08-06T15:45:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) DISSERTACAO DE MESTRADO TELMA SOUSA.pdf: 2411234 bytes, checksum: 4b7671237d9a10f6795b86433fc36a82 (MD5) Previous issue date: 2009 / To estimate the prevalence, to asses risk factors for Group B Streptococcus (GBS) colonization and to describe phenotypic and genotypic characteristics of isolated strains from pregnant women in Goiânia, Goiás. Methods: A cross sectional study was carried out among 198 pregnant women, at least at the 32o weeks´ gestation, attending a reference health unit, from March to June 2009. Socio, demographic and obstetric profiles were investigated using a standard questionnaire. Samples of vaginal and rectal secretion were collected and placed into selective enrichment broth Todd-Hewitt. Tests for GBS identification (gram, catalase and CAMP) followed by susceptibility test using antibiotic disk diffusion technique were performed. Genetic diversity was assessed by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). Descriptive and analytic statistical tests were applied (Epi Info e SPSS 13.0). Analyses were performed at the Instituto de Patologia Tropical Saúde Pública/UFG. Results: Thirty pregnant women were colonized by GBS yielding a prevalence of 15.2% (IC95% 10.5 ?? 20.9). Pregnant women younger than 20 years and with low income had higher risk of GBS colonization, in univariate analysis (p<0.05). GBS was isolated from 28 vaginal and 14 rectal specimens. Twelve pregnant were vaginal and rectal colonized. All 42 strains were susceptible to penicillin, vancomycin, ceftriaxone and levofloxacin. Three strains (7.1%) were resistant to erythromycin and two (4.7%) to clindamycin. 19 pulsotypes and four clusters were identified. Nine out 12 pars of positive strains (vaginal and rectal) were genetically identical, two were stricted related and one par was colonized by different strains. The same genetic profile was observed in more than one pregnant. Conclusions: Socioeconomic and obstetrics variables had low predictive value for GBE colonization among pregnant women, reinforcing the need for universal microbiology screening strategy in this population, in order to prevent neonatal sepsis. A high genetic diversity of GBS was found among pregnant women in Goiania. / Estimar a prevalência, identificar fatores associados à colonização pelo Streptococcus do grupo B (EGB), descrever o perfil fenotípico e genotípico das cepas isoladas em gestantes, em Goiânia, Goiás. Metodologia: Estudo transversal envolvendo 198 gestantes a partir da 32ª semana, atendidas entre março e junho de 2009, em um serviço de referência materno-infantil, em Goiás. Características sócio-demográficas e obstétricas foram investigadas utilizando um questionário padronizado. Foram coletadas amostras de sítio vaginal e anal e inoculadas no meio seletivo caldo Todd-Hewitt, posteriormente, foram realizados teste de identificação do agente (gram, catalase, CAMP) e de suscetibilidade pela técnica de disco difusão. A diversidade genética foi avaliada por eletroforese em gel em campo pulsado (PFGE). As análises foram realizadas no Instituto de Patologia Tropical Saúde Pública /UFG. Foram utilizados testes de estatística descrita e analítica (Epi Info e SPSS 13.0). Resultados: Trinta gestantes estavam colonizadas pelo EGB resultando a prevalência de 15,2% (IC95% 10,5 ?? 20,9). Em análise univariada, baixa renda e idade ? 19 anos foram associadas à presença de EGB (p<0,05). O EGB foi isolado em 28 amostras de secreção vaginal e em 14 anal. Doze gestantes apresentavam colonização vaginal e anal. Todos os 42 isolados eram sensíveis à penicilina, vancomicina, ceftriaxona e levofloxacina. Três (7,1%) apresentaram resistência à eritromicina e dois (4,7%) à clindamicina. Foram identificados 19 pulsotipos e quatro clusters. Nove entre 12 pares de cepas positivas (anal e vaginal) eram geneticamente idênticas, dois eram estritamente relacionadas e um par apresentou cepas diferentes. O mesmo perfil genético foi observado em pacientes diferentes. Conclusões: Fatores de risco sócio-demográficos e obstétricos apresentaram baixo poder preditivo para colonização, pelo EGB, reforçando a estratégia rastreamento universal por cultura de secreção anorretal das gestantes no terceiro trimestre. Uma grande variabilidade genética entre as cepas de EGB foi evidenciada nas gestantes colonizadas, em Goiânia.

During the last decades, newly developed medical devices often came along with unappropriate designs, increasing the likelihood of misuse through the operator. Part of the root cause was that no sufficient measures were applied to assimilate user needs. Consequently, usability engineering approaches are now stronger emphasized to ensure that new devices are not only safe to use but are also designed for users’ needs. Besides, testing processes in clinical microbiology laboratories are currently reshaped due to new generations of rapid testing methods. Hence, it is particularly important to apply usability engineering frameworks during the development phase to make sure devices address users’ needs and also fit into the new work- and communication flows. Based on that, this research project applies a usability engineering approach to the design process of a new rapid antibiotic susceptibility testing system of Astrego Diagnostic AB that is supposed to be used in clinical microbiology laboratories in the near future. The research questions focus on how this device can be designed to enable integration into clinical laboratories. -       How can a rapid AST testing system be integrated into the workflow of clinical microbiology laboratories? -       What are the remaining uncertainties for integrating a rapid AST system into the workflow of a clinical microbiology laboratory on the example of Astrego’s AST system? Several methods were used to address these questions, which include literature research, a competitive audit, subject matter interviews and semi-structured interviews, and observations of targeted users. The findings show that a rapid antibiotic susceptibility testing system may be used in several different ways, which also impacts its design. Process-wise, it could be used after Gram staining and bacterial identification has been conducted and, more realistically, simultaneously bacterial identification to pave the way for additional time savings further. However, uncertainties remain regarding the design of the new testing system. Depending on the number of devices that targeted laboratories need to implement to accommodate their testing volume, it makes sense to design a built-in user interface or an external one that can be accessed through a tablet or desktop. Thus, it is uncertain to what extent manual input of bacteria ID is relevant as the dRAST system fully enables manual input of Gram type and bacteria IDs while it might also be possible to avoid manual interaction by receiving this information through software interfaces.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-05-04. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:26Z : No. of bitstreams: 1 Publico-304.pdf: 908273 bytes, checksum: fde22ebc553f8fa63d900f7873b29d41 (MD5) / Introdução: Acinetobacter spp. e Pseudomonas aeruginosa constituem importantes patógenos causadores de infecções relacionadas à assistência à saúde em hospitais brasileiros e tem se tornado, cada vez mais, resistentes a praticamente todos os antimicrobianos disponíveis. Dessa forma, a indicação clínica do uso parenteral das polimixinas tem sido restabelecida nos últimos anos. Consequentemente, os laboratórios de microbiologia devem estar aptos a realizar testes de sensibilidade que forneçam resultados confiáveis. Objetivo: Avaliar a influência dos métodos de sensibilidade aos antimicrobianos no uso clínico das polimixinas. Material e métodos: Foram testadas nove amostras de P. aeruginosa e 10 de Acinetobacter spp., quanto à sensibilidade à polimixina B e colistina. Foram comparados os resultados obtidos por diluição em ágar, microdiluição em caldo e Etest, realizados conforme recomendações do CLSI. Para cada metodologia foi avaliada a influência do meio de cultura, concentração de cálcio, concentração do inóculo e tempo de incubação, na determinação da CIM. Resultados: Houve uma boa correlação entre as distintas técnicas de sensibilidade às polimixinas para Acinetobacter spp., diferente de P. aeruginosa. Foi observado 100% de concordância entre os resultados obtidos com meio Iso-Sensitest e o meio Mueller-Hinton, por diluição em agar e Etest, para Acinetobacter spp. Já pela metodologia de microdiluição em caldo, essa correlação foi menor: 90% e 60% para polimixina B e colistina, respectivamente. Para P. aeruginosa, a metodologia de Etest foi a que mais sofreu variação nas CIMs, quando utilizados diferentes meios de cultura para realização dos testes de sensibilidade. Em geral, com o meio BHI foram obtidas CIMs mais baixas do que com o meio Müeller-Hinton. O aumento da concentração de cálcio no meio de cultura promoveu a elevação em ±1Log2 nas CIMs de ambas espécies, sendo a metodologia de Etest a que mais sofreu influência dessa variável, sendo que, 55,6% e 88,9% de erros leve foram observados para polimixina B e colistina, respectivamente. Além disso, 11,1% de erro grave foi observado em testes com polimixina B. A metodologia de diluição em ágar sofreu maior influencia do tamanho do inóculo do que microdiluição em caldo, apresentando taxas de erro leve de erros leve de 10% (polimixina B) e 30% (colistina), para Acinetobacter spp.; e 33,3% (polimixina B) e 66,6% (colistina), para P. aeruginosa. Quando realizada leitura com diferentes tempos de incubação, só foi observada diferenças nas CIMs entre os isolados de P. aeruginosa, sendo a metodologia de Etest a que sofreu maior influência dessa variável, onde foram observadas taxas de erro leve de 33,3% (polimixina B) e 44,4% (colistina). Pela metodologia de diluição em ágar ocorreu 11,1% de erro leve. A metodologia de microdiluição em caldo não sofreu influência dessa variável. / Introduction: Acinetobacter spp. e Pseudomonas aeruginosa are important pathogens that cause infections in Brazilian hospitals and have become resistant to almost every available antimicrobial. Thereby, the clinical indication of parenteral use of polymyxin has been reestablished in recent years. Therefore, the clinical laboratory of microbiology need be able to perform reliable susceptibility antimicrobial tests. Objective: Analyze the influence of susceptibility antimicrobial tests in the clinical use of polymyxins. Material and Methods: Nine P. aeruginosa and 10 Acinetobacter spp. strains were tested to polymyxin susceptibility. The results of agar dilution, broth microdilution and Etest were compared, according CSLI. The influence of culture medium, calcium concentration, inoculum concentration and incubation time in the susceptibility antimicrobial test was evaluated. Results: There was good agreement between different polymyxin antimicrobial susceptibility methods for Acinetobacter spp isolates, but not for P. aeruginosa. It was observed 100% of agreement between Iso-sensitest and Müeller-Hinton medium through agar dilution and Etest for Acinetobacter spp. isolates. Through broth microdilution occurred 90% of agreement for polymyxin B and 60% for colistin. Between P. aeruginosa isolates, Etest had greater MIC variation when using different culture mediuns. In general, BHI medium had low MICs comparing with Müller- Hinton. The calcium concentration increase in the culture medium promoted MICs elevation in ±1Log2 of dilution, for both microrganisms. Etest had 55,6% (polymyxin B) and 88,9% (colistin) of minor error, and 11,1% of major error in polymyxin B. Inoculum size had greater influence in agar dilution, with minor error rates of 10% (polymyxin B) and 30% (colistin) for Acinetobacter spp. isolates, and 33,3% (polymyxin B) and 66,6% (colistin) for P. aeruginosa isolates. Different time incubations caused MICs variation only between P. aeruginosa isolates. Etest method had 33,3% (polymyxin B) and 44,4%(colistin) of minor error. Through agar dilution, the minor error rate was 11,1% with incubation time variation. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Clostridium perfringens causa enterite necrótica aviária devido à produção de toxinas que lesam o intestino. Neste estudo, de 94 amostras nove apresentaram C. perfringens, totalizando 22 isolados. Todos exceto um isolado, possuíram os genes nanI (95%) e/ou nanJ (81%), e 19/22, mostraram atividade neuraminidase em hemácias de frango. A atividade hemaglutinante foi observada em poucos isolados (26%). Todos os isolados foram plc positivos (toxina &alpha;), sendo classificados como tipo A. Sete isolados (31,8%) abrigaram o gene tpeL que codifica a toxina TpeL. Isolados tpeL+ mostraram efeito citotóxico característico da ação desta toxina. Alguns isolados mostraram capacidade de aderir e invadir células Vero. A maioria dos isolados foi resistente à sulfaquinoxalina (100%), cefalexina (95%) e eritromicina (95%) e sensíveis (100%) à cefoxitina, amoxicilina, enrofloxacina, amoxicilina-ácido clavulânico, penicilina-estreptomicina, cloranfenicol e metronidazol. Todos os isolados foram agrupados geneticamente em sete clusters, apresentando se como um grupo heterogêneo. / Clostridium perfringens cause avian necrotic enteritis due to production of toxins that damage the intestine. In this study, nine out of 94 samples had C. perfringens, totaling 22 isolates. All the isolates with exception of one, possessed the genes nanI (95 %) and/or nanJ (81 %), and 19/22 showed neuraminidase activity in chicken erythrocytes. The hemagglutinating activity was observed in a few isolates (26 %). All isolates were plc positive (toxin &alpha;) being classified as type A. Seven isolates (31.8%) harbored tpeL gene encoding the toxin TpeL. TpeL + isolates showed characteristic cytotoxic effect of the action of this toxin. Some isolates showed ability to adhere and invade Hep-2 cells. Most of the isolates were resistant sulphaquinoxaline (100%), cephalexin (95%) and erythromycin (95%) and sensitivity (100%) to cefoxitin, amoxicillin, enrofloxacin, amoxicillin - clavulanic acid, penicillin -streptomycin, chloramphenicol and metronidazole. All isolates were genetically grouped into seven clusters, presenting itself as a heterogeneous group.

The general objectives of this thesis were: (i) to determine the etiological and molecular profile of clinical mastitis (CM) in 20 dairy herds of Southeast, Brazil; and (ii) to quantify antimicrobial used for treatment of CM in the study population. To achieve this goals, four studies were performed. In the Study 1, we characterized the pathogen frequency and severity of CM in dairy herds. In addition, we determined the incidence rate of clinical mastitis (IRCM) and its association with the following herd-level descriptors: bulk milk somatic cell count (BMSCC), bulk milk total bacterial count (BMTBC), herd size (number of lactating cows), milk yield, housing system and season. The association between herd-level descriptors and IRCM were determined by two groups of mixed regression models: one based on the overall IRCM, and five based on the following specific-pathogen groups: contagious, other Gram-positive, Gram-negative, other (composed of yeast and Prototheca spp), and negative culture. A total of 5,957 quarter-cases of CM were recorded and the most frequently isolated pathogens were Escherichia coli (6.6% of total cultures), Streptococcus uberis (6.1%), and Streptococcus agalactiae (5.9%). The majority of CM cases were mild (60.3%), while 34.1% were moderate and 5.6% severe. Overall, the IRCM was 9.7 quarter-cases per 10,000 quarter-days at risk (QDAR), and the only herd-level parameter associated with overall IRCM was BMSCC, in which the highest IRCM was observed for herds with BMSCC &gt;600.000 × 103 cells/mL. In the models evaluating the specific-pathogen groups, IRCM with isolation of major contagious pathogens was associated with BMSCC, milk yield and housing system. For the evaluation of other Gram-positive pathogens, the IRCM was higher in the rainy season of 2015 in comparison with the other seasonal categories. In addition, for the model evaluating the Gram-negative group, the IRCM was highest in herds with BMTBC &gt;30 × 103 cfu/mL. The Study 2 aimed to characterize the treatment profile and quantify the antimicrobial consumption for treatment of CM in dairy herds; and to determine the association of antimicrobial use (AMU) and the same herd-level descriptors as described in the Study 1. Data on treatment practices and AMU were obtained from 19 dairy herds for a period of 12 months per herd. The AMU for treatment of CM was quantified monthly in units of defined daily dose (DDD) and expressed as antimicrobial treatment incidence (ATI; number of DDD per 1,000 lactating cows-day). The overall monthly mean ATI was 17.7 DDD per 1,000 lactating cow-days (15.4 for intramammary compounds, and 2.2 for systematically administered antimicrobials). Among intramammary drugs, aminoglycosides had the highest ATI (11.7 DDD per 1,000 lactating cow-days), while for systematically administrated antimicrobials, fluoroquinolones (4.2 DDD per 1,000 lactating cow-days) were the most frequently used antimicrobials. Herd size and BMSCC were positively associated with ATI. In addition, herd-level ATI was higher in freestall herds than in compost bedded-pack barns. In the Study 3, we determined the phylogeny of E. coli strains isolated from CM in dairy cows and the association of most frequent phylogroups with antimicrobial susceptibility. A total of 100 E. coli isolates recovered from CM cases described in the Study 1 were categorized according to their phylogenetic group using a quadruplex PCR method; antimicrobial susceptibility pattern was also evaluated. Most isolates were assigned to phylogenetic group A (52%), followed by B1 (38%), B2 (2%), C (4%), D (3%), and E (1%). Resistant isolates were observed for all evaluated antimicrobials. Overall, more than 96% of E. coli isolates were resistant to ampicillin, and more than 23% were resistant to cephalothin, sulphadimethoxine or tetracycline. High levels of resistance (&gt;70%) were also found to erythromycin, oxacillin, penicillin, penicillin associated with novobiocin, and pirlimycin. In contrary, high susceptibility was observed to ceftiofur (96.8%) among E. coli isolates. Difference in the antimicrobial susceptibility among phylogenetic groups was observed only for cephalothin, in which E. coli strains belonging to the phylogroup A were inhibited at lower antimicrobial concentrations than strains assigned to the phylogroup B1. In Study 4, we evaluated the genotypic diversity among Strep. agalactiae and Strep. uberis isolates recovered from CM in dairy cows; in addition, the study evaluated the association of genotypes clustered by genetic similarity with antimicrobial susceptibility pattern. Isolates were subtyped using randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis. A great genotypic diversity was found for both Strep. agalactiae (45 subtypes out of 89 isolates) and Strep. uberis (56 subtypes out of 88 isolates). For evaluation of antimicrobial susceptibility, subtypes of Strep. agalactiae were clustered into three groups (Ia, Ib and II), while Strep. uberis subtypes were clustered into two groups (I and II) according to their genetic similarity. Overall, Strep. agalactiae isolates showed high susceptibility to most antimicrobials, except to tetracycline and erythromycin. Differences in the antimicrobial susceptibility among clusters of Strep. agalactiae were observed for ampicillin, ceftiofur, erythromycin, pirlimycin, sulphadimethoxine and tetracycline. In contrary, Strep. uberis isolates were categorized as resistant to most antimicrobials, except to cephalothin and penicillin+novobiocin. No differences were observed among clusters for all antimicrobials in the analysis of Strep. uberis. In conclusion, the results of this thesis indicated a high IRCM in the evaluated herds, and although environmental pathogens were the most common cause of CM in these herds, contagious pathogens such as Strep. agalactiae and Staph. aureus, are still a concern in some dairy herds of Brazil. Furthermore, high frequencies of AMU and off-label protocols were observed among the evaluated herds. The non-judicious use of antimicrobials can become a risk factor for the development of antimicrobial resistance, which was even observed for isolates belonging to the three most prevalent bacterial species identified from CM cases in our study (E. coli, Strep. agalactiae and Strep. uberis). Finally, because there were some herd-level descriptors associated with the IRCM and AMU in our study, there may be opportunity for management strategies aiming to improve the control of CM in dairy herds of southeastern Brazil. / Os objetivos gerais desta tese foram: (i) determinar o perfil etiológico e molecular da mastite clínica (MC) em 20 rebanhos leiteiros do Sudeste do Brasil; e, (ii) quantificar os antimicrobianos usados para tratamento da MC na população estudada. Para alcançar esses objetivos, quatro estudos foram realizados. No Estudo 1, foi caracterizada a frequência de patógenos causadores de MC e a gravidade das infecções nos rebanhos leiteiros. Além disso, foi determinada a taxa de incidência de mastite clínica (TIMC) e sua associação com as seguintes variáveis em nível de rebanho: contagem de células somáticas em leite de tanque (CCSLT), contagem bacteriana total em leite de tanque (CBTLT), tamanho (número de vacas em lactação), produção de leite, sistema de alojamento e estação do ano. A associação entre as variáveis em nível de rebanho e a TIMC foi determinada por dois grupos de modelos de regressão logística multivariada: um baseado na TIMC geral, e cinco baseados nos seguintes grupos específicos de patógenos: contagiosos, outros Gram-positivos, Gram-negativos, outros patógenos (composto de leveduras e Prototheca spp.), e cultura negativa. Um total de 5.957 casos de MC em nível de quarto mamário foi registrado e os patógenos mais prevalentes foram Escherichia coli (6,6% de todas as culturas), Streptococcus uberis (6,1%), e Streptococcus agalactiae (5,9%). A maioria dos casos de MC foi de gravidade leve (60,3%), enquanto 34,1% dos casos foram moderados e 5,6% foram graves. A TIMC geral foi de 9,7 casos por 10.000 quartos-dia em risco (QDR), e o único parâmetro em nível de rebanho associado com a TIMC geral foi a CCSLT, em que a TIMC mais alta foi observada em rebanhos com CCSLT &gt;600.000 × 103 células/mL. Nos modelos que avaliaram os grupos específicos de patógenos, a TIMC de patógenos contagiosos foi associada com a CCSLT, produção de leite e sistema de alojamento. Na avaliação de outros patógenos Gram-positivos, a TIMC foi maior na estação chuvosa de 2015 em comparação com as outras categorias referentes à estação do ano. Adicionalmente, para o modelo avaliando o grupo de patógenos Gram-negativos, a TIMC foi mais alta em rebanhos com CBTLT &gt;30.000 × 103 ufc/mL. O Estudo 2 teve como objetivo caracterizar o perfil de tratamento e o consumo de antimicrobianos em rebanhos leiteiros; e determinar a associação de uso de antimicrobianos (UAM) e as mesmas variáveis em nível de rebanho descritas no Estudo 1. Dados sobre as práticas terapêuticas e UAM foram obtidos de 19 rebanhos leiteiros durante um período de 12 meses por rebanho. A frequência de UAM para tratamento da MC foi quantificada mensalmente em unidades de doses definidas diárias (DDD) e expressa como incidência de tratamento antimicrobiano (ITA: número de DDD por 1.000 vacas em lactação-dia). A média de ITA mensal foi de 17,7 DDD por 1.000 vacas em lactação-dia (15,4 para compostos intramamários, e 2,2 para compostos sistêmicos). Entre os produtos intramamários, os aminoglicosídeos tiveram a ITA mais alta (11,7 DDD por 1.000 vacas em lactação-dia), enquanto que para os compostos administrados pela via sistêmica, as fluoroquinolonas (4,2 DDD por 1.000 vacas em lactação-dia) foram os antimicrobianos mais frequentemente usados. O tamanho do rebanho e CCSLT foram positivamente associados com a ITA. Além disso, a ITA foi mais alta em rebanhos com freestall do que em rebanhos com sistema tipo compost barn. No Estudo 3, determinou-se a filogenia de cepas de E. coli isoladas de casos de MC em vacas leiteiras, e a associação dos filogrupos mais frequentes com a susceptibilidade aos antimicrobianos. Um total de 100 isolados de E. coli identificados nos casos de MC descritos no Estudo 1 foram categorizados de acordo com os grupos filogenéticos por meio de um método de PCR quadruplex; o perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos também foi avaliado. A maioria dos isolados pertenceram ao grupo A (52%), seguido dos grupos B1 (38%), B2 (2%), C (4%), D (3%), e E (1%). Foram encontrados isolados resistentes para todos os antimicrobianos avaliados. De forma geral, mais de 96% dos isolados de E. coli foram resistentes a ampicilina, e mais de 23% foram resistentes a cefalotina, sulfadimetoxina ou tetraciclina. Altos níveis de resistência (&gt;70%) foram encontrados também para eritromicina, oxacilina, penicilina e penicilina associada a novobiocina. Ao contrário, foi observado alta susceptibilidade ao ceftiofur (96.8%) entre os isolados de E. coli. Diferenças na susceptibilidade entre os grupos filogenéticos foi observada apenas para a cefalotina, em que os isolados de E. coli pertencentes ao filogrupo A foram inibidos em concentrações de antimicrobianas mais baixas que isolados pertencentes ao filogrupo B1. No Estudo 4, avaliou-se a diversidade genotípica entre isolados de Strep. agalactiae e Strep. uberis identificados em casos de MC em vacas leiteiras; adicionalmente, o estudo avaliou a associação dos genótipos agrupados de acordo com a similaridade genética com o perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos. Os isolados foram genotipados por meio do método de amplificação randômica de DNA polimórfico (RAPD). Grande diversidade genotípica foi observada tanto para o Strep. agalactiae (45 subtipos de 89 isolados) quanto para Strep. uberis (56 subtipos de 89 isolados). Para a avaliação de susceptibilidade aos antimicrobianos, os subtipos de Strep. agalactiae foram agrupados em três clusters (Ia, Ib e II), enquanto que os subtipos de Strep. uberis foram agrupados em dois clusters (I e II) de acordo com a similaridade genética. De forma geral, os isolados de Strep. agalactiae apresentaram alta susceptibilidade à maioria dos antimicrobianos, exceto para tetraciclina e eritromicina. Diferenças na susceptibilidade aos antimicrobianos entre os clusters de Strep. agalactiae foram observadas para ampicilina, ceftiofur, eritromicina, pirlimicina, sulfadimetoxina e tetraciclina. Por outro lado, os isolados de Strep. uberis foram resistentes à maioria dos antimicrobianos, exceto para cefalotina e penicilina + novobiocina. Não foram encontradas diferenças entre os clusters para todos os antimicrobianos na análise de Strep. uberis. Em conclusão, os resultados desta tese indicaram alta TIMC nos rebanhos avaliados, e apesar de os patógenos ambientais serem a causa mais comum de MC nestes rebanhos, patógenos contagiosos como Strep. agalactiae e Staph. aureus, ainda são uma preocupação em alguns rebanhos do Brasil. Além disso, observaram-se altas frequências de UAM e de terapias não recomendadas em bula entre os rebanhos avaliados. O uso não judicioso de antimicrobianos pode se tornar um fator de risco para o desenvolvimento da resistência bacteriana aos antimicrobianos, o que foi inclusive observado para isolados pertencentes as três espécies bacterianas mais prevalentes nos casos de MC no nosso estudo (E. coli, Strep. agalactiae e Strep. uberis). Finalmente, pelo fato de algumas variáveis em nível de rebanho terem sido associadas com a TIMC e com o UAM em nosso estudo, é possível que hajam oportunidades para implementação de estratégias de manejo com o objetivo de melhorar o controle da MC em rebanhos leiteiros do sudeste do Brasil.

Master of Science / Department of Diagnostic Medicine/Pathobiology / Tiruvoor G. Nagaraja / Sanjeevkumar Narayanan / Antimicrobials are included in finishing cattle diets for growth promotion, feed efficiency, and protection against liver abscesses. The inclusion of in-feed antimicrobials at or below therapeutic concentrations may provide a selective pressure for antimicrobial resistant microorganisms. Additionally, heavy metals such as copper and zinc may be included in cattle diets because of growth-promoting effects. Heavy metal resistance genes are on transferable plasmids that also contain antimicrobial resistance genes. The objectives of this research were to 1) determine the prevalence of food-borne pathogens, Salmonella and E. coli O157, in cattle fed diets with or without monensin and tylosin and 0 or 25% wet corn distiller's grains (WDGS), 2) determine the prevalence of food-borne pathogens in cattle fed elevated concentrations of copper and zinc 3) evaluate the effect of antimicrobials on antimicrobial susceptibility of food-borne pathogens and commensal fecal bacteria, and 4) determine a possible association between in-feed antimicrobials and the concentration of antimicrobial resistance genes in the feces of cattle. Inclusion of 25% WDGS was associated with a higher prevalence of E. coli O157 on one of two sample collection days; however, there was no association between the use of monensin and tylosin, or copper and zinc on the prevalence of food-borne pathogens. Including monensin and tylosin in cattle diets was associated with an increased resistance of enterococci to macrolides, but was not related to concentration of the common macrolide resistance gene, ermB. In cattle fed diets with copper and/or zinc, no differences were observed in antimicrobial susceptibility or the concentration of antimicrobial resistance genes. In conclusion, results indicate that including growth-promoting antimicrobials in cattle diets at below therapeutic concentrations only limitedly impacted antimicrobial susceptibility and concentration of fecal antimicrobial resistance genes; however, this research encompassed only a select number of microorganisms. The positive association between WDGS and E. coli O157 prevalence in cattle has important implications for food safety, and warrants further investigation.

A carne está exposta à contaminações em todas as fases do seu processamento tecnológico, particularmente nas operações em que é mais manipulada e sempre que não são tomados cuidados especiais em relação às Boas Práticas de Higiene. O patógeno mais importante em carne bovina é Salmonella spp, o principal agente causador de doenças transmitidas por alimentos no mundo. Vários estudos têm relatado a ocorrência de Salmonella spp em carne bovina in natura disponível no mercado, mas pouco se sabe sobre este patógeno em carne bovina produzida no Brasil para exportação. O presente estudo objetivou verificar a prevalência, o perfil de susceptibilidade antimicrobiana, a presença de genes de virulência e o perfil de macrorrestrição por PFGE em cepas de Salmonella spp isoladas em diferentes pontos da cadeia de produção. A pesquisa foi realizada em um abatedouro de grande porte que produz carne bovina para exportação. Amostras de superfície foram coletadas de 200 animais, em três pontos do processo do abate: no couro (CO), na carcaça após a esfola (CA1) e na carcaça após a lavagem, antes da refrigeração (CA2), com um total de 600 amostras. A metodologia utilizada para detecção de Salmonella spp foi a preconizada pela ISO 6579:2002, confirmando-se os resultados de identificação pela técnica de PCR e sorotipagem completa. O patógeno foi encontrado no CO de 31 animais (15,5%), na CA1 de 7 animais (3,5%) e na CA2 de 6 animais (3%). Houve a prevalência do sorovar S. Infantis (54,5%), seguido de S. Enteritidis (13,6%). Pesquisou-se a presença dos genes de virulência invA, sitC, spaN, sifA e msgA por PCR nos isolados de Salmonella spp de cada ponto amostrado positivo, em um total de 44 isolados. Observou-se que 59,1% dos isolados apresentaram todos os genes pesquisados e que os demais apresentaram pelo menos dois dos cinco genes de virulência estudados. Os mesmos isolados foram analisados quanto à susceptibilidade aos antimicrobianos, empregando-se as fitas M.I.C Evaluator (Oxoid) com os antimicrobianos ampicilina, cefotaxima, ciprofloxacina, gentamicina, imipenem e tetraciclina. Dos 44 isolados estudados, todos foram sensíveis a cefotaxima, ciprofloxacina, gentamicina e imipenem, enquanto que 5 (11,4%) foram resistentes à ampicilina e à tetraciclina simultaneamente. O perfil de macrorrestrição, feito por FPGE, mostrou que os isolados expressaram 26 perfis genéticos distintos, sendo que maioria dos perfis (92,3%) foi constituída por apenas um ou dois isolados. Os resultados indicam que Salmonella spp está presente no abatedouro estudado. A ocorrência de isolados pertencentes ao mesmo sorovar e ao mesmo perfil de macrorrestrição no couro de animais e também nas carcaças CA1 e CA2 indica possível contaminação cruzada durante o processo de abate, reforçando a necessidade da adoção de Boas Práticas de Higiene para evitar a disseminação do patógeno na cadeia de produção da carne bovina. / Beef is exposed to contamination at all stages of the production chain, particularly in operations where it is more manipulated and when Good Hygiene Practices are not properly followed. The most relevant pathogen in bovine meat is Salmonella spp, the major causative agent of foodborne diseases in the world. Several studies have shown that Salmonella spp can occur in raw bovine meat at retail level, but little is known about this pathogen in meat produced for export. The present study aimed to determinate the prevalence, antimicrobial susceptibility test, the presence of virulence genes and PFGE macrorestriction profiles of Salmonella spp isolates obtained at different points of the production chain. The survey was conducted in a large slaughterhouse that produces bovine meat for export. Surface samples were collected from 200 animals, at three points of the slaughtering process: hide right (CO), carcass after removal of the hide (CA1) and carcass after cleaning but before chilling (CA2), with a total of 600 samples. The methodology used for detection of Salmonella spp was that recommended by ISO 6579:2002, and results were confirmed by PCR and complete serotyping. The pathogen was found in CO of 31 animals (15.5%), in CA1 of 7 animals (3.5%) and CA2 of 6 animals (3%). The prevalent serovar was S. Infantis (54.5%), followed by S. Enteritidis (13.6%). The presence of virulence genes invA, sitC, spaN, sifA and msgA was investigated by PCR in 44 isolates. All these genes were detected in 59.1% of the isolates, and the others had at least two of these virulence genes. The same isolates were tested for antimicrobial susceptibility using the MIC Evaluator strips (Oxoid) with the antimicrobials ampicillin, cefotaxime, ciprofloxacin, gentamicin, imipenem and tetracycline. All 44 isolates were sensitive to cefotaxime, ciprofloxacin, gentamicin and imipenem, whereas five (11.4%) were resistant to ampicillin and tetracycline simultaneously. The macrorestriction profiles, determined by PFGE, the 44 isolates expressed 26 different genetic profiles, and most profiles (92.3%) contained only one or two isolates. The results indicate that Salmonella spp is present in the studied abattoir. The occurrence of isolates belonging to the same serovar and presenting the same macrorestriction profile in the hides and in the carcasses indicates possible cross contamination during the slaughtering process, strengthening the need of adoption of Good Hygiene Practices to avoid dissemination of the pathogen in beef the production chain.

Made available in DSpace on 2016-05-02T13:55:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Milene Bueno Marques-Dissertacao.pdf: 825475 bytes, checksum: cd33a50c8ba95cbc3e9504abcf1d976c (MD5) Previous issue date: 2015-02-25 / Sedum praealtum DC. (Crassulaceae) is one of 350 species pharmacologically active from the genus Sedum, whose actions in treatment of eyes (pain and swelling) and ulcer, inflammatory problems, as contraception and anti-fertilization, antinociceptive and anti-inflammatory have been reported. The objective was to evaluate the hydroethanolic extract of S. praealtum regarding their potential antimicrobial in vitro (some bacteria, yeasts and micobactéria strains), cytotoxic in vitro and genotoxic in vivo. A fast phytochemical screening of this extract was also performed. The antimicrobial activities were carried out by microdilution in broth and agar diffusion methods (CLSI). The genotoxic effects and systemic toxic and cytotoxicity were evaluated by micronucleus assay in mice bone marrow and cell cultures of Aedes albopictus, respectively. The selectivity index was also established (SI = CI50/MIC). Dosages of flavonoids and phenolic compounds were done by colorimetric and precipitation techniques. A high amount of phenolic compounds were identified in S. praealtum root. The S. praealtum leaves showed broad spectrum of action and variables MICs: Gram-negative bacteria (E. aerogenes, E. coli, P. aeruginosa, P. mirabilis, S. marcescens and S. typhimurium), gram-positive (B. cereus, B. subtilis, E. faecalis, M. luteus and S. aureus) and yeast (S. cerevisiae). The stem and root were restricted to gram-positive bacteria and S. cerevisiae, other than E. coli (stem) and P. mirabilis (root) microbicidal action microorganism- and anatomical part-dependent (leaf, stem or root). S. praealtum showed no inhibition against C. albicans, M. tuberculosis and M. bovis. The root showed acceptable SI (SI &#61502; 1) for P. mirabilis; B. subtilis; B. cereus; M. luteus; E. faecalis; S. aureus and S. cerevisiae, whereas the sheet only for S. cerevisiae. The hydroalcoholic extract of S. praealtum leaves revealed no genotoxic effects (no clastogeny and/or aneugeny) and toxicity in bone marrow of mice, dose (0.5-2 g.Kg-1) and time-independent (24-48 hours), but sex-dependent (male and female). This was the first scientific study of this nature involving S. praealtum and partially the results provide a theoretical basis for comprehensive development and utilization of plant resources. However, advanced phytochemical characterization together with the various pharmacological and pharmacogenomic studies should be conducted in order to characterize their effects and, importantly, for the establishment of limits for human consumption, the delineation of potential risks to human health, and for rational strategies for implementing chemo-preventive measures. / Sedum praealtum DC. (Crassulaceae) é uma das 350 espécies farmacologicamente ativas do gênero Sedum, cujas ações no tratamento dos olhos (dores e inchaços) e úlcera, de problemas inflamatórios, como contraceptivo e antifertilização, antinociceptiva e anti-inflamatória foram relatadas. O objetivo foi avaliar o extrato hidroetanólico de S. praealtum quanto aos seus prováveis potenciais antimicrobiano in vitro de algumas cepas de bactérias, de leveduras e de micobactérias, citotóxico in vitro e genotóxico in vivo. Uma rápida triagem fitoquímica desse extrato também foi realizada. As atividades antimicrobianas foram realizadas empregando-se os métodos de microdiluição em caldo e em difusão em agar (CLSI). Os efeitos genotóxicos e tóxicos sistêmicos e a citotoxicidade foram avaliados pelo ensaio do micronúcleo na medula óssea de camundongos e pelas culturas celulares de Aedes albopictus, respectivamente. O índice de seletividade também foi estabelecido (IS = CI50/CIM). Dosagens de flavonoides e compostos fenólicos foram feitas usando técnicas colorimétricas e de precipitação. Uma elevada quantia de compostos fenólicos foi identificada na raiz de S. praealtum. As folhas de S. praealtum mostraram ação de amplo espectro e CIM variáveis: bactérias gram-negativas (E. aerogenes, E. coli, P. aeruginosa, P. mirabilis, S. marcescens e S. typhimurium), gram-positivas (B. cereus, B. subtilis, E. faecalis, M. luteus e S. aureus) e levedura (S. cerevisiae). O caule e a raiz foram restritos às bactérias gram-positivas e S. cerevisiae, exceto E. coli (caule) e P. mirabilis (raiz) ação microbicida micro-organismo-dependente e parte anatômica-dependente (folha, caule ou raiz). S. praealtum não apresentou ação contra C. albicans, M. tuberculosis e M. bovis. A raiz mostrou IS aceitável (IS &#61502; 1) para P. mirabilis; B. subtilis; B. cereus; M. luteus; E. faecalis; S. aureus e S. cerevisae, enquanto que a folha apenas para S. cerevisae. O extrato hidroalcoólico das folhas de S. praealtum revelou efeitos não genotóxicos (ausência de clastogenia e/ou aneugênia) e efeitos tóxicos na medula óssea de camundongos, dose- (0,5-2 g.Kg-1) e tempo-independente (24-48h), porém sexo-dependente (macho e fêmea). Este foi o primeiro estudo científico dessa natureza envolvendo S. praealtum e, parcialmente, os resultados fornecem uma base para a utilização e para o desenvolvimento compreensivo de recursos vegetais. Todavia, a caracterização fitoquímica avançada aliada aos diversos estudos farmacológicos e farmacogenômicos deveriam ser conduzidos a fim de caracterizar os seus efeitos e, mais importante, estabelecer limites para o consumo popular, delinear os riscos potenciais à saúde humana, e implementar estratégias racionais e medidas quimio-preventivas.

Resistensbestämningar som genererar ett kvantitativt MIC-värde är värdefullt för att kunna välja adekvat antibiotikabehandling. Referensmetoden för MIC-bestämning är mikrobuljongspädning där kommersiella antibiotikapaneler underlättar handhavandet av metoden på kliniska laboratorier. Syftet med studien var att verifiera mikrobuljongspädning med Sensititre™-panelerna SEMSE7 och SEMST7 avsedda för grampositiva kocker, genom att jämföra erhållet resultat med tidigare uppmätta referensvärden av MIC samt SIR-kategorier. Mikrobuljongspädning utfördes med SEMSE7-panel och MH-buljong för Staphylococcus spp. (n=21) och Enterococcus spp. (n=13) samt med SEMST7-panel och MH-F buljong för Streptococcus pneumoniae (n=20). Avläsning av MIC utfördes samt tolkades enligt SIR-systemet. Resultaten jämfördes mot kända referensvärden tidigare uppmätta med mikrobuljongspädning. Isolat analyserade med SEMSE7-panel och SEMST7-panel erhöll en överensstämmelse av MIC på 88,2% respektive 96,7%. Motsvarande kategorisk överensstämmelse av SIR var 92,5% respektive 92,6%. Resultatet visar att Sensititre™-panelen SEMST7 är godkänd i verifieringen av mikrobuljongspädning med god överensstämmelse med referensvärden av MIC samt SIR-kategorier. Vidare bedöms att fortsatt verifiering krävs av SEMSE7-panelen eftersom ej tillfredställande överenstämmelse med referensvärden av MIC erhölls, trots god överenstämmelse av SIR-kategorier. Studien visar att SEMST7-panelen kan implementeras för Streptococcus pneumoniae i den kliniska verksamheten på mikrobiologilaboratoriet, Jönköping. / Antimicrobial susceptibility testing methods generating a quantitative MIC are valuable for choosing adequate antibiotic treatment. Broth microdilution is the reference method for MIC determination and commercial panels with antibiotics facilitate the procedure in clinical laboratories. The aim of the study was to verify broth microdilution with the Sensititre™ panels SEMSE7 and SEMST7 designed for gram-positive cocci, by comparing results with previously measured reference values of MIC and SIR. Broth microdilution was performed using the SEMSE7 panel with MH broth for Staphylococcus spp. (n=21) and Enterococcus spp. (n=13), and using the SEMST7 panel with MH-F broth for Streptococcus pneumoniae (n=20). Reading MIC endpoints was performed and interpreted according to SIR system. Isolates analysed with the SEMSE7 and SEMST7 panel obtained essential agreement of 88,2% and 96,7%, and categorical agreement of 92,5% and 92,6% respectively. In conclusion, the Sensititre™ panel SEMST7 is approved in the verification of broth microdilution with satisfactory essential agreement and categorical agreement. Furthermore, it is considered that further verification is required for the SEMSE7 panel as unsatisfactory essential agreement was obtained, despite satisfactory categorical agreement. The study shows that the SEMST7 panel can be implemented for Streptococcus pneumoniae in the clinical practice at the microbiology laboratory, Jönköping.

Thesis (M.Sc.(Medical Sciences)) -- University of Limpopo, 2022 / Background: Wound infections continue to be problematic in clinical practice where empiric treatment of infections is a routine, with non-healing wounds being a burden to the health care system. A gap has been noted between antimicrobial resistance and demographic factors as an existing relationship. This necessitates an investigation of patterns of isolates and susceptibility profiles of microorganisms in wounds to modify the preventative and therapeutic strategies against the resistant strains leading to the stall of wound healing, which could aid in empiric treatment. Objective: The aim of this study was to determine the antimicrobial patterns and their associated demographic determinants in bacteria isolated from patients with non healing wounds at Pietersburg and Mankweng Hospitals, Limpopo Province. Methods: The study was conducted using antimicrobial susceptibility data collected from National Health Laboratory Service through Academic Affairs and Research Management System for the period 2016-2020. A total of 797 Antimicrobial Susceptibility Test results were analysed using Statistical Package for Social Sciences version 27.0. The susceptibility rates for the bacterial isolates by age and gender were calculated. The mean percentages for sensitivity and resistance were also calculated. Pearson’s Chi-square test was used to compare age and gender with drug susceptibility. A p-value of ≤ 0.05 was considered significant. Results: Of the 797 patient Antimicrobial Susceptibility Test results, 372 (46.7%) were males and 425 (53.3%) females, with mean age of 31.42 ± 21.75 years. The most common isolates were, Klebsiella pneumoniae (23%), Pseudomonas aeruginosa (21.7%), Escherichia coli (16%) and Proteus mirabilis (13.5%). Highest percentage of resistance to any antibiotic was amoxicillin, ampicillin (85.15%) then trimethoprim sulfamethoxazole (60.85%), amoxicillin ampicillin (49.1%), tigecycline (46.35%), cefepime (32.7%), gentamycin (25.4%), ciprofloxacin (22.5%), colistin (17.6%), and meropenem (12.3%). Furthermore, the general view of the study is no statistically clinical significance on the effect of age and gender on bacterial resistance although statistical significance was noted on age the resistance Acinetobacter baumannii vi (p=0.018), and gender on K. pneumoniae (p=0.015), P. mirabilis (p=0.024). Major resistance to A. baumannii, K. pneumoniae and P. mirabilis were from female patients. Conclusions: The most effective antibiotics were meropenem, colistin, and ciprofloxacin. The highest number of isolates were K. pneumoniae, E. coli, P. aeruginosa, P. mirabilis and A. baumannii with the most effective antibiotics gentamycin, meropenem, ciprofloxacin, and cefepime. Although the general view of the study is that no statistically clinical significance was noted on the effect of age and gender on bacterial resistance, it is important to note the significant observation that there was an observed relation of age to amoxicillin-clavulanic acid and Ciprofloxacin and gender to amoxicillin ampicillin. As such, there is insufficient evidence that supports the effect of age and gender on antimicrobial susceptibility. The study suggests caution against the use of amoxicillin ampicillin in the treatment of wound infections as it confers low levels of efficacy and high resistance and ultimately the call to revise minimum inhibitory concentrations and critical concentrations of all less effective drugs to increase their efficacy. / National Research Foundation (NRF)