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Technique de visualisation pour l’identification de l’usage excessif d’objets temporaires dans les traces d’exécution

Duseau, Fleur 12 1900 (has links)
De nos jours, les applications de grande taille sont développées à l’aide de nom- breux cadres d’applications (frameworks) et intergiciels (middleware). L’utilisation ex- cessive d’objets temporaires est un problème de performance commun à ces applications. Ce problème est appelé “object churn”. Identifier et comprendre des sources d’“object churn” est une tâche difficile et laborieuse, en dépit des récentes avancées dans les tech- niques d’analyse automatiques. Nous présentons une approche visuelle interactive conçue pour aider les développeurs à explorer rapidement et intuitivement le comportement de leurs applications afin de trouver les sources d’“object churn”. Nous avons implémenté cette technique dans Vasco, une nouvelle plate-forme flexible. Vasco se concentre sur trois principaux axes de con- ception. Premièrement, les données à visualiser sont récupérées dans les traces d’exécu- tion et analysées afin de calculer et de garder seulement celles nécessaires à la recherche des sources d’“object churn”. Ainsi, des programmes de grande taille peuvent être vi- sualisés tout en gardant une représentation claire et compréhensible. Deuxièmement, l’utilisation d’une représentation intuitive permet de minimiser l’effort cognitif requis par la tâche de visualisation. Finalement, la fluidité des transitions et interactions permet aux utilisateurs de garder des informations sur les actions accomplies. Nous démontrons l’efficacité de l’approche par l’identification de sources d’“object churn” dans trois ap- plications utilisant intensivement des cadres d’applications framework-intensive, inclu- ant un système commercial. / Nowadays, large framework-intensive programs are developed using many layers of frameworks and middleware. Bloat, and particularly object churn, is a common per- formance problem in framework-intensive applications. Object churn consists of an ex- cessive use of temporary objects. Identifying and understanding sources of churn is a difficult and labor-intensive task, despite recent advances in automated analysis tech- niques. We present an interactive visualization approach designed to help developers quickly and intuitively explore the behavior of their application with respect to object churn. We have implemented this technique in Vasco, a new flexible and scalable visualization platform. Vasco follows three main design goals. Firstly, data is collected from execu- tion traces. It is analyzed in order to calculate and keep only the data that is necessary to locate sources of object churn. Therefore, large programs can be visualized while keeping a clear and understandable view. Secondly, the use of an intuitive view allows minimizing the cognitive effort required for the visualization task. Finally, the fluidity of transitions and interactions allows users to mentally preserve the context throughout their interactions. We demonstrate the effectiveness of the approach by identifying churn in three framework-intensive applications, including a commercial system.
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Chaos multiplicatif Gaussien, matrices aléatoires et applications / The theory of Gaussian multiplicative chaos

Allez, Romain 23 November 2012 (has links)
Dans ce travail, nous nous sommes intéressés d'une part à la théorie du chaos multiplicatif Gaussien introduite par Kahane en 1985 et d'autre part à la théorie des matrices aléatoires dont les pionniers sont Wigner, Wishart et Dyson. La première partie de ce manuscrit contient une brève introduction à ces deux théories ainsi que les contributions personnelles de ce manuscrit expliquées rapidement. Les parties suivantes contiennent les textes des articles publiés [1], [2], [3], [4], [5] et pré-publiés [6], [7], [8] sur ces résultats dans lesquels le lecteur pourra trouver des développements plus détaillés / In this thesis, we are interested on the one hand in the theory of Gaussian multiplicative chaos introduced by Kahane in 1985 and on the other hand in random matrix theory whose pioneers are Wigner, Wishart and Dyson. The first part of this manuscript constitutes a brief introduction to those two theories and also contains the personal contributions of this work rapidly explained. The following parts contain the texts of the published articles [1], [2], [3], [4], [5] and pre-prints [6], [7], [8] on those results where the reader can find more detailed developments
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Contribution to the Control of the Hybrid Excitation Synchronous Machine for Embedded Applications / Contribution à la commande d’une machine synchrone à double excitation pour des applications embarquées

Mbayed, Rita 12 December 2012 (has links)
Le travail présenté dans cette thèse est une contribution à la commande de la Machine Synchrone à Double Excitation (MSDE) pour des applications embarquées. La MSDE allie les avantages de la machine synchrone à aimants permanents et la machine synchrone à rotor bobiné. Le flux d'excitation dans cette machine est généré par deux sources : les aimants permanents et un enroulement qui est placé au stator afin d'éviter les contacts glissants. Cette dernière source permet de régler le flux dans l'entrefer. Le modèle de la machine est basé sur un modèle de Park et prend en considération les pertes fer et la saturation des circuits magnétiques. Les paramètres du prototype existant au laboratoire ont été identifiés. La commande de la MSDE est effectuée en deux modes : générateur et moteur. En génératrice, l'application visée est la génération électrique en avionique. Deux réseaux de distribution sont traités : Réseau à haute tension et à fréquence variable et réseau haute tension DC. Dans ce dernier cas, la MSDE est associée à un pont redresseur à diodes. Dans les deux cas, la commande est élaborée dans le but de maintenir l'amplitude de la tension constante via le control du courant d'excitation uniquement. Le control est scalaire. L'approche est validée par simulation avec Matlab/Simulink et par expérimentation. Pour le mode moteur, l'application visée est la propulsion dans un véhicule électrique. Une commande optimale des courants est étudiée en vue de minimiser les pertes. Les pertes joules sont considérées premièrement. Ensuite, les pertes fer sont ajoutées. Finalement, le problème de minimisation est étendu pour inclure les pertes dues à l'onduleur et au hacheur. L'optimisation par la méthode des multiplicateurs de Lagrange (Kuhn-Tucker conditions) est utilisée pour trouver des expressions analytiques des courants statoriques et inducteur optimaux. Des simulations avec Matlab/Simulink prouvent que la solution obtenue est celle qui assure les pertes minimales tout au long du nouveau cycle de conduite européen. / This thesis is a contribution to the control of the Hybrid Excitation Synchronous Machine (HESM) in embedded applications. The HESM combines the advantages of the Permanent Magnets (PM) machine and the wound rotor machine. The excitation flux in this machine is produced by two different sources: the PMs and a DC field winding that is placed at the stator to preserve a brushless structure. The latter source is used to control the flux in the air gap. The machine model is based on a Park model and takes into account the iron losses and the magnetic circuit saturation effect. The electric parameters of the laboratory prototype are identified. The machine is controlled in generator mode and motor mode. In power generation system, the study treats in particular the aircraft power supply in more electric aircrafts. Two distribution networks are studied: High voltage variable frequency network and high voltage DC network. In the latter case, the HESM is coupled to a diode bridge rectifier. In both cases, the control aims to maintain the output voltage magnitude equal to its reference via action on the field current only. The control is scalar. Simulation with Matlab/Simulink and experiments validate the approach. For the motor mode, the attention is paid to the electric propulsion in an electric vehicle. An optimal current control with minimal losses is elaborated. The copper losses are considered in a first place. Iron losses are added next. Finally, the optimization problem is extended and it includes the losses due to the inverter and the chopper. Analytical expressions of the reference armature and field currents are computed using extended Lagrange multiplier method (Kuhn-Tucker conditions). Simulation with Matlab/Simulink software proves that the analytical solution yields indeed to the current combination that guarantees the minimal losses over the New European Driving Cycle.
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Filtre mosaïque hyperspectral / Hyperspectral mosaic filter

Sorce, Stéphane 20 December 2012 (has links)
L'utilisation de filtre mosaïque hyperspectral semble être la solution idéale pour alléger les imageurs spectraux utilisés lors des missions spatiales. Les contraintes liées à ce type d'utilisation imposent l'emploi de filtres interférentiels multicouches. Ces travaux ont pour but de trouver des solutions pour réaliser un filtre mosaïque hyperspectral avec des filtres interférentiels et non avec les résines colorées traditionnellement utilisées. Pour ce faire une étude théorique sur la simplification des designs des empilements interférentiels a été effectuée. Il en ressort que les empilements restent épais, ce qui complique leur structuration. Plusieurs méthodes de structurations ont été étudiées. En particulier le lift-off qui est la technique actuellement utilisé aujourd'hui et le lift-up. Cette dernière présente l'avantage de ne pas mettre en série le risque technologique associé à chaque réalisation de filtre. Un trade-off entre ces deux techniques a été fait ainsi que des réalisations expérimentales. Celles-ci ont ensuite été caractérisées par un banc de mesure développé dans ce but qui a permis de valider expérimentalement la technique utilisée. / Hyperspectral mosaic filter appears to be the perfect solution to lighten the spectral imagers used in space missions. Such applications require the use of multilayer interference filters. This work aims to find solutions to achieve hyperspectral mosaic filter with interference filters rather than the conventionally used coloured resins. In order to achieve this, a theoretical study on the simplification of multilayer designs was performed. It appears that the stacks are thicker, which makes them difficult to pattern. Several methods of patterning were studied, especially the lift-off technique which is traditionally used and the lift-up. The latter has the advantage to avoid adding the technological risk associated with each filter production. A trade-off between these two techniques was done as well as experimental productions. These were then characterized by a bench developed for this purpose which has experimentally validate the technique used.
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Etude de nouvelles oxydo-réductases impliquées dans la dégradation de la biomasse végétale chez les champignons du genre Pycnoporus : de l'expression des gènes aux applications biothechnologiques

Uzan-Boukhris, Eva 30 November 2011 (has links)
Cette étude a pour objectif la mise en évidence, chez les basidiomycetes du genre Pycnoporus, de nouvelles oxydo-réductases impliquées dasn la dégradation de la biomasse végétale: de l'expression des gènes aux applications biotechnologiques. Les champs d'application visés concernent essentiellement le domaine de la chimie verte, dans le cadre du projet européen BIORENEW. Le travail s'est articulé autour de trois axes principaux. Le premier a concerné l'exploration de la biodiversité naturelle en particulier tropicale, pour la sélection de souches productrices de nouvelles laccases de haut potentiel d'oxydo-réduction. Le gène codant pour la laccase Lac1 chez Pycnoporus a été utilisé comme marqueur moléculaire d'identification et de relation phylogénie-fonction, mettant en évidence une distribution des souches fortement corrélée avec leur écozone. Le deuxième axe a porté sur l'isolement de trois nouvelles laccases issues de P.sanguineus et P. coccineus qui exhibent des caractéristiques biochimiques complémentaires: haute thermostabilité, résistance aux solvants, au pH, constantes catalytiques et potentiels rédox élevés. Ces enzymes constituent de bons modèles pour des applications en biotechnologies blanches:décoloration de colorants polyphénoliques, oxydation de composés modèles de type lignine non-phénolique, oligomérisation de flavonoides naturels adaptés aux applications cosmétiques et pharmaceutiques. Enfin, dans le cadre de l'annotation du génome des souches monocaryotiques P. cinnabarinus BRFM 137 et P; sanguineus BRFM 1264, dont le séquençage a été réalisé par notre Unité, un regard tout à fait nouveau est porté sur le système lignolytique du genre Pycnoporus, longtemps décrit comme produisant que de la laccase comme enzyme du système lignolytique. Pour la première fois, nous avons montré la présence de gènes codant pour tout l'arsenal enzymatique de dégradation des lignines, c'est à dire plusieurs laccases mais surtout de nombreuses peroxydases et des enzymes auxilliaires génératrices d'H2O2 comme les glyoxal oxydases. Ces nouvelles enzymes ont été caractérisées in silico. Pour la première fois également, la sécrétion effective de peroxydases, de glyoxal oxydases et d'autres FOLymes dans nos conditions de culture a également pu être démontrée par analyse protéomique. / The purpose of this work was to prospect, in the genus Pycnoporus, for new oxido-reductases involved in the degradation of lignocellulosic biomass: from gene expression to biotechnological applications. This research was conducted in the framework of green chemistry applications according to BIORENEW European Project. The study was divided in three main research axes. Firstly, the exploration of natural biodiversity, especially tropical biodiversity, for the selection of new high redox potential-laccase producing strains. These strains were repositionned in a context of phylogenomic/function through the lac1 gene. Molecular clustering based on lac1 sequences enabled the distribution of P. sanguineus and P. coccineus through four distinct, well supported clades and subclades. This distribution was highly correlated with ecozones. The second part of the work deals with the biochemical and molecular characterization of three novel laccases from P. coccineus and P. sanguineus, and their applicability on natural or model phenolic substrates. The three laccases showed complementary biochemical features: high thermo- and pH stability, high catalytic efficiency and resistance to organic solvents. The three novel laccases proved to be suitable models for white biotechnology processes: polyphenolic dye decolourization, non-phenolic lignin model compound oxidation, and synthesis of new oligomers from natural flavonoids suitable for cosmetic or pharmaceutical applications. Finally, annotation of genomic data from the monocaryotic strains P. cinnabarinus BRFM 137 and P. sanguineus BRFM 1264 (genomes sequenced by the UMR1163 BCF ) was performed for lignolytic enzymes. For the first time, new oxidases (peroxidases, glyoxal oxidases and other FOLymes) were evidenced in Pycnoporus and in silico characterized. Moreover, the active secretion of several of these enzymes has been demonstrated in our culture conditions by 1D-proteomic analysis
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Analyse du potentiel des macrophages double-déficients en MafB et c-Maf en tant qu'agent de thérapie cellulaire / Analyse of the potential of MafB/c-Maf double deficient macrophages as cellular therapeutic agent

Lahmar, Qods 27 June 2013 (has links)
Chez les métazoaires, les cellules spécialisées se caractérisent par la sortie du cycle cellulaire alors que les cellules souches et progénitrices se caractérisent par un intense potentiel d'auto-renouvellement, lequel est perdu durant la différenciation. L'auto-renouvellement est contrôlé par une combinaison de facteurs intrinsèques et extrinsèques qui déclenchent une prolifération cellulaire équilibrée. Dans ce contexte, nous avons montré que le knock-out des facteurs de transcription MafB et c-Maf dans les monocytes, résulte en une expansion prolongée des monocytes et macrophages matures en culture, sans aucun signe de perte du phénotype différencié ou de la fonction. Etant donné que les macrophages sont impliqués dans la majorité des maladies dégénératives, les maladies inflammatoires ainsi que la biologie du cancer, l'amplification de macrophages consisterait en un atout considérable pour les applications thérapeutiques. Dans cette optique, et comme les macrophages sont également connus pour promouvoir le développement tumoral, nous avons étudié le comportement des macrophages Maf-DKO dans le contexte tumoral. Initialement, nous avons montré que les macrophages Maf-DKO sont capables d'empêcher l'installation de la tumeur ainsi que de réduire une masse tumorale établie, et ce indépendamment du model tumoral étudié. Ceci consiste en une nouvelle approche thérapeutique contre le cancer. Nous nous sommes ensuite intéressés à fournir une « preuve de principe » quant à la prolifération des monocytes humains après inhibition de l'expression des gènes MafB et c-Maf humains et à étudier leur potentiel dans des applications thérapeutiques. / In metazoans, specialized cells are typically withdrawn from the cell cycle, whereas stem cells and progenitor cells have extensive self-renewal potential that is usually lost on differentiation. Self-renewal is controlled by a combination of cell-intrinsic and extrinsic signals that trigger balanced cellular proliferation. In this context, we previously reported that the knock-out of two monocytic transcription factors, MafB and c-Maf, enables extended expansion of mature monocytes and macrophages in culture without loss of differentiated phenotype and function. As macrophages are involved in degenerative diseases, inflammatory diseases and cancer biology, amplified macrophages may provide potential therapeutic applications. In this context and since macrophages are also known to enhance tumor development, we aim to investigate Maf-DKO macrophages behavior in a tumor context Initially, we have shown that regardless of tumor model (ID8 ovarian carcinoma or B16 melanoma), Maf-DKO macrophages have the ability to prevent tumor growth and reduce established tumor mass in tumor bearing mice. The potential provides a novel therapeutic approach for cancer cell therapies. Next we aimed to provide a proof of principle for the amplification of human monocytes by the inhibition of MafB/c-Maf genes and to investigate their potential in therapeutic applications. So far, we have shown that the down-regulation of MafB and c-Maf in human monocytes results in a colony formation in semi-solid medium, reflecting that the knock down of MafB and c-Maf results in proliferative advantage.
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Application du Modèle à Distribution de Points au corps humain pour la ré-identification de personnes / Alignment of a Point Distribution Model onto the human body for person re-identification

Huynh, Olivier 31 May 2016 (has links)
L'essor des systèmes mobiles pose de nouvelles problématiques dans le domaine de vision par ordinateur. Les techniques de ré-identification s'appuyant sur un réseau de caméras fixes doivent être repensées afin de s'adapter à un décor changeant. Pour répondre à ces besoins, cette thèse explore, dans le cadre du corps humain, l'utilisation d'un modèle structurel habituellement employé pour de la reconnaissance faciale. Il s'agit de l'alignement d'un modèle à distribution de points (Point Distribution Model ou PDM). L'objectif de ce pré-traitement avant la ré-identification est triple, segmenter la personne du décor, améliorer la robustesse vis-à-vis de sa pose et extraire des points clés spatiaux pour construire une signature basée sur son comportement.Nous concevons et évaluons un système complet de ré-identification, découpé en trois modules mis en séquence. Le premier de ces modules correspond à la détection de personnes. Nous proposons de nous baser sur une méthode de l'état de l'art utilisant les Channel Features avec l'algorithme AdaBoost.Le second module est l'alignement du PDM au sein de la boîte englobante fournie par la détection. Deux approches sont présentées dans cette thèse. La première s'appuie sur une formulation paramétrique du modèle de forme. L'alignement de ce modèle est guidé par la maximisation d'un score d'un modèle d'apparence GentleBoost utilisant des caractéristiques locales de type histogrammes de gradients orientés. La seconde approche exploite une technique de cascade de régressions de forme. L'idée principale est le regroupement de déformations homogènes en clusters et la classification de ces derniers dans le but d'aligner le PDM itérativement.Enfin, le troisième module est celui de la ré-identification. Nous montrons que l'utilisation d'un PDM en support permet d'améliorer les résultats de ré-identification. Nos expérimentations portent sur des signatures d'apparence classique, les histogrammes de couleurs, et sur un descripteur de forme, le Shape Context. L'évaluation de ce dernier fournit des résultats encourageants pour une perspective d'utilisation des PDM au sein d'une reconnaissance de démarches. / The emergence of mobile systems brings new problematics in computer vision. Static camera-based methods for re-identification need to be adapted in this new context. To deal with dynamical background, this thesis proposes to employ the well known Point Distribution Model (PDM), usually applied for face alignment, on the human body. Three advantages come from this pre-processing before re-identification, segment the person from background, enhance robustness to the person pose and extract spatial key points to build a behavioural-based signature.We implement and evaluate a complete framework for re-identification, divided in three sequential modules. The first one corresponds to the pedestrian detection. We use an efficient method of the state of the art employing the Channel Features with the algorithm AdaBoost.The second one is the PDM alignment within the bounding box provided by the detection step. Two distinct approaches are presented in this thesis. The first method relies on a parametric formulation to describe the shape, similar to the ASM or AAM. To fit this shape model, we maximize the score of an appearance model defined by GentleBoost, which employs local histograms of oriented gradients. The second approach is based on the cascade regression shape scheme. The main idea is the approximation for each step into a classification of homogeneous deformations, grouped by unsupervised clustering.The third module is the re-identfication one. We show that employing a PDM as a structural support improves re-identification results. We experiment classic appearance-based signatures, color histograms and the shape descriptor Shape Context. The results are encouraging for application perspective of PDM for the gait recognition.
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Modélisation du rayonnement thermique en immersion de volume / Numerical radiative transfer using an immerse volume method

Schmid, Quentin 14 December 2016 (has links)
Dans le cadre des procédés de chauffage et de trempe réalisés lors d’opération de mise en forme des matériaux, le rayonnement thermique joue un rôle prépondérant. Lors de l’élaboration de modèles numériques permettant la simulation de ces procédés, il est donc nécessaire de disposer d’outils performants pour simuler ce phénomène.La simulation numérique de tels procédés soulèvent de nombreuses problématiques, comme la représentation d’un environnement complexe impliquant plusieurs composants (pièces, bruleurs, buses d’injection, parois), la gestion des divers phénomènes physiques couplés (écoulement, transfert thermiques, ébullition, rayonnement). Dans cette perspective, les méthodes dites « d’immersion », permettant un traitement généraliste de ces divers problèmes, rencontrent depuis quelques années un intérêt grandissant dans la communauté scientifique.C’est dans ce contexte que s’inscrit le projet Thost, au sein duquel est réalisée cette thèse. L’objectif est donc de développer des outils pour la modélisation du rayonnement dans le contexte d’immersion de volume propre au logiciel Thost. Deux approches sont développées : l’une consistant en l’adaptation d’une méthode existante au contexte de l’immersion de volume, l’autre explorant l’élaboration d’une formulation pour un modèle particulier de rayonnement. Les outils développés sont ensuite mis à l’épreuve sur des simulations de cas industriels fournis par nos partenaires. / For heating and quenching operations occurring during material forming processes, thermal radiation is the the predominant physical phenomenon. Hence, when one tries to simulate such processes, it is important to have at disposal powerful tools for the numerical modelling of thermal radiation.The numerical simulation of these processes often rises numerous problems and questions, as the representation of a complex environment, involving several components ( ingots, burners, nozzles, walls), to deal with different coupled physical phenomena ( flow, heat transfer, boiling, thermal radiation). In this regard, some “immersed” numerical methods, allows a generalist treatment of these different problems, have gained popularity and drag interest of the scientific community in the recent years.The Thost project, aiming to produce a software for heat transfer during material forming processes, fits in the framework, and this PhD is part of this project. The goal is therefore to design tools for numerical modelling of thermal radiation within the immersed volume method of the Thost software. Two approaches are presented: one consisting in the adaptation of an existing method to the context of the immersed volume method, another concerning the development of a formulation for a specific model of radiation. These methods are then tested on industrial applications provided by our partners.
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Coordination and reconfiguration of distributed cloud applications / Coordination et reconfiguration des applications reparties dans le nuage

Abid, Rim 16 December 2015 (has links)
Les applications reparties dans le nuage sont constituées d'un ensemble de composants logiciels interconnectés et répartis sur plusieurs machines virtuelles. Cet environnement nécessite des protocoles pour configurer dynamiquement ces applications. Nous présentons dans la première partie de cette thèse un nouveau protocole pour résoudre les dépendances dans ces applications. Ce protocole consiste à (dé) connecter et démarrer/arrêter les composants dans un ordre spécifique. Il supporte les pannes des machines virtuelles et les opérations de reconfiguration se terminent toujours avec succès. Ces machines virtuelles interagissent à travers un «publish-subscribe communication media» et se reconfigurent d'une manière décentralisée. La conception de ces protocoles étant une source d'erreurs, nous avons étudié l'utilisation du langage formelle LNT pour spécifier le protocole et les outils disponibles dans la boîte à outils CADP pour le vérifier. D'autre part, la gestion des applications reparties dans le nuage est une tâche complexe car l'administration manuelle n'est plus réaliste pour ces systèmes. Nous avons proposé d'automatiser certaines fonctions d'administration en utilisant des boucles de contrôle appelées gestionnaires autonomes. Plusieurs gestionnaires peuvent être déployés pour la gestion de la même application. Cependant, leur utilisation sans coordination peut conduire à des incohérences et des situations d'erreur. Dans la deuxième partie de cette thèse, nous avons proposé une nouvelle approche pour coordonner plusieurs gestionnaires autonomes. Cette approche repose sur une langue de coordination simple, de nouvelles techniques asynchrone pour la synthèse de contrôleur et la génération de code Java. Nous avons appliqué notre approche pour coordonner les applications de cloud computing dans le monde réel. / Cloud applications are composed of a set of interconnected software components distributed over several virtual machines. There is a need for protocols that can dynamically reconfigure such distributed applications. We present in the first part of this thesis a novel protocol, which can resolve dependencies in these applications, by (dis)connecting and starting/stopping components in a specific order. The protocol also supports virtual machine failures. The virtual machines interact through a publish-subscribe communication media and reconfigure themselves upon demand in a decentralised fashion. Designing such protocols is an error-prone task. Therefore, we investigated the use the LNT value-passing process algebra to specify the protocol and the model checking tools available in the CADP toolbox to verify it.Managing distributed cloud applications is a challenging problem because manual administration is no longer realistic for these complex distributed systems. Thus, autonomic computing is a promising solution for monitoring and updating these applications automatically. This is achieved through the automation of administration functions and the use of control loops called autonomic managers. Multiple autonomic managers can be deployed in the same system and must make consistent decisions. Using them without coordination may lead to inconsistencies and error-prone situations. In the second part of the thesis, we propose our approach for coordinating stateful autonomic managers, which relies on a simple coordination language, new techniques for asynchronous controller synthesis and Java code generation. We used our approach for coordinating real-world cloud applications.
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Análise de instabilidade de microssatélites em pacientes com câncer colo-retal (CCR): correlação do fenótipo RER (+) com os aspectos clínicos e histopatológicos / Microsatellite instability analysis in patients with Colorectal Cancer (CRC) of the RER phenotype correlation (+) with clinical and histopathological

Carvalho, Claudia Muraro de 08 August 2002 (has links)
A síndrome do câncer de colo-retal hereditário não relacionado a polipose (HNPCC) foi caracterizada na década de 60 e por volta dos anos 90 os critérios de Amsterdam para o diagnóstico clínico de HNPCC foram estabelecidos, envolvendo história familiar em duas gerações sucessivas, com três indivíduos apresentando acometimento do cólon e/ou reto e um dos indivíduos diagnosticados abaixo dos 45 anos. A instabilidade de microssatélites (MSI) começou a ser descrita em 1993 em pacientes portadores do HNPCC, mas é comum em outras neoplasias esporádicas. Em 1996 os critérios de Bethesda, que envolvem o acometimento preferencial do cólon proximal, histologia indiferenciada ou mucosecretora, presença de tumores sincrônicos e metacrônicos ou associação a tumores extracólicos, além da história familiar, foram propostos pelo Grupo Internacional Colaborativo para o estudo do HNPCC (ICG-HNPCC), com o intuito de rastrear maior número de pacientes suspeitos de serem portadores da síndrome. A MSI é caracterizada pela perda ou ganho de unidades repetitivas em regiões do DNA contendo mono, di, tri ou tetranucleotídeos dispostos seguidamente no genoma. No presente estudo, nosso objetivo foi analisar a freqüência de instabilidade de microssatélites (MSI) pela análise de 7 regiões microssatélites (BAT25, BAT26, D5S346, D2S123, D17S250, BAT40, TP53), correlacionando os dados obtidos com algumas características clinicopatológicas dos pacientes. O DNA de 106 pares de amostras de tecido normal e tumor provenientes de portadores de carcinoma colo-retal (CCR), foi estudado mediante a realização da reação em cadeia pela polimerase (PCR), seguida pela análise em gel de poliacrilamida desnaturante. Os pacientes foram divididos em dois grupos, um com 75 pacientes com pelo menos um dos critérios de Bethesda (tumor no cólon proximal, histologia pouco diferenciada, padrão indiferenciado ou mucinoso, idade igual ou inferior a 45 anos, sincronicidade ou metacronicidade dos tumores) e 31 pacientes sem nenhum desses critérios. Dos 106 casos, 14,1% (15/106) apresentaram MSI em 30% ou mais dos marcadores analisados, sendo classificados com instabilidade de microssatélite de alto grau (MSI-H), 17,9% (19/106) dos casos foram classificados com instabilidade de microssatélite de baixo grau (MSI-L) e 67,9% (72/106) com estabilidade de microssatélites (MSS). Se considerarmos apenas a análise do grupo com pelo menos um dos critérios de Bethesda considerados, observamos que 18,6% (14/75) dos casos apresentaram MSI-H, 18,6% (14/75) foram MSI-L e 62,6% (47/75) MSS. No grupo sem nenhum dos critérios de Bethesda analisados, 3,2% (1/31) apresentaram MSI-H, enquanto 16,1% (5/31) e 80,6% (25/31) foram MSI-L e MSS respectivamente. Quando consideramos os marcadores propostos pelo Grupo Colaborativo Internacional para o estudo do HNPCC - ICG-HNPCC (BAT25, BAT26, D5S346, D2S123, D17S250) observamos que no grupo sem critérios de Bethesda passamos a ter apenas casos classificados como MSI-L e MSS. No grupo com pelo menos um dos critérios passamos a ter 21 ,3% (16/75) dos casos classificados com MSI-H e 14,7% (11/75) de casos MSI-L. Os marcadores mais sensíveis para a análise de MSI-H foram BAT25 e BAT26, enquanto os marcadores D17S250 e TP53 foram os mais freqüentes no casos MSI-L. Ao considerarmos os casos com pelo menos um dos critérios de Bethesda e apenas o painel proposto pelo ICG-HNPCC, o marcador BAT25 identificou os casos MSI-H com 100% de sensibilidade e 96,6% de especificidade, enquanto o BAT26 apresentou 93,7% e 98,9% de sensibilidade e especificidade respectivamente. A avaliação dos critérios de Bethesda considerados neste estudo mostrou que a localização proximal do tumor se correlacionou com os casos MSI-H. / The Hereditary Non-Polyposis Colorectal Cancer Syndrome (HNPCC) was characterized in the 60\'s, and the Amsterdam criteria for the clinical HNPCC diagnosis were established in the 90\'s involving the family history of two successive generations with three individuals having their colon and/or rectum affected, one of them having been diagnosed when under 45 years of age. The microsatellite instability (MSI) was first described in 1993 in bearers of HNPCC, but it is common in other sporadic tumors. In 1996, the Bethesda criteria, which include the preferential involvement of the proximal colon, undifferentiated or mucosecretory histology, presence of synchronic and metachronic tumors or association to extracolonic tumors, besides family history, were proposed by the International Colaborative Group for the study of HNPCC (ICG-HNPCC) with the purpose of tracking a higher number of bearers of that syndrome. The MSI is characterized by the loss or gain of repetitive units in DNA regions containing mono-, di-, tri- or tetranucleotides sequentially arranged in the genome. The aim of this paper was to evaluate the frequency MSI by analyzing 7 microsatellite regions (BAT25, BAT26 , D5S346, D2S123, D17S250, BAT40, TP53), and correlating the data so obtained with clinicopathologic characteristics of the patients. The DNA of 106 pairs of samples taken from normal tissues and colorectal carcinomas (CRC) was studied through the polimerase chain reaction (PCR) followed by analysis in denaturing poliacrylamide gel. The patients were separated into two groups, one consisting of 75 patients with at least one of the Bethesda criteria (tumor in the proximal colon, poorly differentiated histology, undifferentiated or mucinous pattern, age equal to or below 45 years, tumor synchronicity or metachronicity) and 31 patients without any of such criteria. From the 106 cases, 14.1% (15/106) exhibited MSI in 30% or more of the markers, then classified as having high microsatellite instability (MSI-H); 17.9% (19/106) were classified as low microsatellite instability (MSI-L) and 67.9% (72/106) as having microsatellite stability (MSS). If we consider only the analysis of the group with at least one of the Bethesda criteria, we observe that 18.6% (14/75) of the cases showed MSI-H, 18.6% were MSI-L and 62.6% (47/75) were MSS. In the group without any of the Bethesda criteria, 3.2% (1/31) showed MSI-H, while 16.1% (5/31) and 80.6% (25/31) were respectively MSI-L and MSS. When we consider the markers proposed by the Intenational Colaborative Group for the study of HNPCC - ICG-HNPCC (BAT25, BAT26, D5S346, D2S123, D17S250), we observe, in the group without Bethesda criteria, only cases which were classified as MSI-L and MSS. In the group with at least one of the Bethesda criteria we find 21.3% (16/75) of the cases classified as MSI-H and 14.7% (11/75) as MSI-L. The most sensitive markers for MSI-H were BAT25 and BAT26, whereas the markers D17S250 and TP53 were the most frequent in MSI-L cases. When the cases with at least one of the Bethesda criteria, were evalueted only with the panel propose by ICG-HNPCC, the BAT25 marker identified MSI-H cases with 100% sensitivity and 96.6% specificity, while the BAT26 exhibited respectively 93,7% and 98,9%. The evaluation of the Bethesda criteria considered in this paper showed that the proximal location of the tumor correlated significantly with the cases of MSI-H.

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