Orientador: Paula Rahal / Coorientador: Yury Khudyakov / Banca: Ana Carolina Gomes Jardim / Banca: Isabel Maria Vicente Guedes de Carvalho Mello Membro / Banca: Camila Malta Romano / Banca: Paola Jocelan Scarin Provazzi Trabulsi / Banca: Cintia Bittar / Resumo: Embora novos medicamentos de ação direta anti-HCV tenham sido recentemente aprovados no mercado, com exceção do genótipo 1, a terapia mais utilizada ainda é baseada em Interferon (IFN) e Ribavirina. Desta forma, o genótipo 3 é o que apresenta mais baixa taxa de sucesso no tratamento, no atual cenário. Um dos fatores determinantes do insucesso deste tratamento no paciente é a variabilidade viral. O HCV apresenta alta taxa de mutação durante a replicação, implicando na produção de variantes intra-hospedeiro, denominadas quasispecies. A região hipervariável 1 (HVR1) da proteína do envelope é uma região de alta variabilidade do genoma viral. A detecção das quasispecies minoritárias pode ser realizada de forma confiável e eficiente por pirossequenciamento de alta cobertura (UPDS), técnica capaz de detectar variantes presentes em frequência <1% na população. Com base neste contexto, foram determinados quasispecies da HVR1-HCV de 14 pacientes infectados com o genótipo 3 do vírus, utilizando a técnica de UPDS. No total, 64.400 sequencias da HVR1 foram obtidas de amostras pré-tratamento. Destas, 27.398 sequências de alta qualidade foram filtradas e corrigidas. Valores de distância genética e entropia de Shannon não foram correlacionados a resposta ao tratamento. Estas sequências foram posteriormente submetidas a construção de redes median-joining e análise Bayesiana de estrutura populacional (BAPS). A análise identificou amostras com diferentes estruturas, desde altamente conservadas (apenas uma população de quasispecies) até altamente estratificadas (6 subpopulações). Este resultado foi condizente com a estrutura das redes median-joining. Várias mutações ao longo da HVR1 do mesmo paciente e algumas repetiram em pacientes do mesmo grupo de resposta. Quanto a avaliação de análise das sequências de aminoácidos, embora haja grande variação quanto a sequência e propriedades físico-químicas, pode-se ... / Abstract: Hepatitis C is a major public health problem. New HCV antiviral drugs were released on market on 2010; however, excluding for genotype 1, the most used therapy used currently is still based on Interferon (IFN) and Ribavirin. Nowadays, genotype 3 is the one with the highest rate of treatment failure. Viral genome variability is one of the factors that lead in therapy failure. HCV presents a high mutability during replication course, implicating in arising of intra-host variants called quasispecies. The hypervariable region 1 (HVR1) from envelope protein presents as quasispecies and may be related to IFN therapy resistance. Resistant quasispecies may not represent majority of variants population in the host, therefore, in these cases traditional sequencing techniques are unable to detect. For detection of minority quasispecies, ultra-deep pyrosequencing (UPDS) is a reliable and efficient tool, being able to detect even variants with frequency <1% in the population. Regarding this issue, we determined HVR1 quasispecies from 14 patients infected with HCV genotype 3 using the UPDS approach. In total, 64,400 HVR1 sequences were obtained from pre-therapy sample. From these sequences, 27,398 ones with high quality were filtered. Genetic distance and Shannon entropy values were not related to therapy outcome. These sequences were analyzed using median-joining networks and Bayesian population structural analysis. These analysis identified samples with different structures, from high conserved (one sub-population) to high stratified ones (6 sub-populations). Networks analysis also confirmed this result. Mutations exclusive for a type of response of therapy were identified along HVR1. Amino acid sequences indicated that this region presents conserved structure, even if sequence and physical and chemicals properties seem flexible. Especially in turns and coils positions, this conservation seems notable. Potential epitopes positions are concentrated ... / Doutor

Orientador: Arlindo Leal Boiça Júnior / Coorientador: Ignácio José de Godoy / Coorientador: Marcos Doniseti Michelotto / Banca: André Luiz Lourenção / Banca: Valter Arthur / Banca: Júlio César Galli / Banca: Ricardo Antonio Polanczyk / Resumo: As pragas e doenças estão entre as principais limitações para a cultura do amendoim e a resistência a esses agentes constitui importante objetivo para o melhoramento genético. Entre as pragas, as que mais limitam a produtividade, principalmente no estado de São Paulo, estão o tripes-do-prateamento, Enneothrips flavens Moulton, 1941 (Thysanoptera: Thripidae) e a lagarta-do-pescoço-vermelho, Stegasta bosquella (Chambers, 1875) (Lepidoptera: Gelechiidae). Moderada variabilidade para resistência tem sido observada no amendoim cultivado, Arachis hypogaea, mas, no germoplasma silvestre de Arachis, trabalhos recentes têm mostrado significativas diferenças entre espécies quanto às infestações e danos causados por ambas as pragas. Este trabalho teve como objetivos avaliar e identificar acessos de germoplasma de Arachis potencialmente resistentes ao tripes e lagarta-do-pescoço-vermelho e estudar os possíveis mecanismos envolvidos nesta resistência. Incluem-se entre esses acessos alguns anfidiplóides, híbridos obtidos de cruzamentos entre espécies. Os experimentos foram conduzidos em campo e em laboratório, na Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias/UNESP - Campus de Jaboticabal, SP, nos anos agrícolas de 2009/2010 e 2010/2011. Na etapa de campo, no primeiro ano, dezoito acessos de espécies silvestres, um anfidiploide e dois cultivares de A. hypogaea e, no segundo, oito espécies, cinco anfidiplóides e um cultivar foram avaliados quanto à infestação e sintomas de danos causados pelos dois insetos, e quanto à porcentagem de redução de crescimento vegetativo e produção de sementes em tratamentos com e sem aplicação de inseticidas. Na etapa de laboratório, estudaram-se os acessos e anfidiploide que se destacaram na etapa de campo. No primeiro ano... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Insect pests and diseases are major limitations to the peanut crop, and resistance to these agents is an important breeding objective. Among the insects, thrips Enneothrips flavens, Moulton, 1941 (Thysanoptera: Thripidae) and rednecked worm, Stegasta bosquella, (Chambers, 1875) (Lepidoptera: Gelechiidae) are the major key-pests especially in the state of São Paulo. Moderate variability for resistance has been observed in A. hypogaea cultivars, but, within the germplasm pool of Arachis, recent works have shown significant differences between species as to infestations and damages from both insects. This research was done with the objectives of evaluating and identifying Arachis germplasm accessions potentially resistant to E. flavens and S. bosquella, and study possible mechanisms involved with this resistance. Some amphidiploids, hybrids between wild species, were also included. The experiments were carried out in field and laboratory stages at the Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias/UNESP - Campus de Jaboticabal, SP, during the growing seasons of 2009/2010 and 2010/2011. In the field stage, in the first year, eighteen Arachis accessions, one amphidiploid and two A. hypogaea cultivars were evaluated and, in the second year eight accessions, five amphidiploids and a cultivar were assessed for infestation and damage ratings caused by both insects, as well as for percentage of reduction in vegetative growth and seed yield with and without insecticide application for insect cultivars. In the lab stage, accessions and amphidiploids that had the best behavior in the field were studied. In the first year, eight accessions and a A. hypogaea, and in the second, five accessions, an amphidiploids and a cultivar were evaluated for non preference of feeding and insect biology. In field conditions, the large majority of the wild... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Silvia Regina Rogatto / Banca: Jair Cortez Montovani / Banca: Carla Rosenberg / Resumo: O Angiofibroma Nasofaríngeo Juvenil (ANJ) é um tumor vascular e localmente invasivo e, por ocorrer predominantemente em adolescentes do sexo masculino, sugere-se que é uma neoplasia hormônio dependente. Embora seja um tumor bastante raro e de crescimento lento, o ANJ pode progredir para lesões avançadas, tendo sérias seqüelas para seu portador. Por estas razões, este tumor pouco relatado em literatura é um modelo interessante para análise de alterações genômicas e moleculares. Neste estudo foi utilizada a metodologia de hibridação genômica comparativa de alta resolução (HR-CGH) para a triagem de perdas e ganhos cromossômicos em 18 amostras de ANJs. Em nove destes casos, as células endoteliais e os fibroblastos foram isolados por microdissecção a laser e analisados separadamente por HRCGH. As regiões genômicas consistentemente alteradas foram investigadas em bancos de dados com o objetivo de identificar genes candidatos que pudessem estar relacionados com a etiologia destes tumores. Baseando-se na função e localização, dois genes foram selecionados e validados pela análise de expressão quantitativa em tempo real (qRT-PCR) em 18 amostras de ANJs. Entre os 18 ANJs, foram detectadas 281 regiões genômicas preferencialmente alteradas. A análise dos componentes celulares isolados revelou aproximadamente 90 regiões cromossômicas significativamente alteradas. Os ganhos genômicos foram mais prevalentes nas células endoteliais do que nas células estromais. Regiões consistentes de perdas e ganhos comuns entre as mesmas amostras microdissecadas (dois componentes isolados) e não microdissecadas revelaram concordância de 58%. A análise individualizada dos dois componentes celulares presentes no tumor mostrou diversas regiões significativamente alteradas incluindo 3p, 4q, 8q, 16q e X. Ganhos em 8q21-q22, 4q25 e Xq11.2-q12 foram detectados nos dois componentes... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Juvenile Nasopharyngeal Angiofibroma (JNA) is a locally invasive vascular tumor that occurs predominantly in male adolescents, suggesting that the tumor may be hormonedependent. Although this tumor is rare and presents a slow growth, JNA may evolve to advanced lesions, resulting in severe consequences for the patient. For these reasons, this tumor, which is scarcely reported on literature, is an interesting subject to research for genomic and molecular alterations. In this study, the high-resolution comparative genomic hybridization (HR-CGH) methodology was performed to screening of genomic gains and losses in 18 JNA samples. In nine out of 18 cases, the endothelial and stromal components were isolated by laser microdissection and they were analyzed by HR-CGH separately. The consensus abnormal genomic regions were investigated using databases to identify potential candidate genes which could be associated to JNA etiology. According to the function data, two potential genes were selected and validated in a second group of 18 JNA samples by quantitative real-time reverse transcriptase-polymerase chain reaction (qRT-PCR) method. In 18 JNA cases, were observed 281 significant altered genomic regions. The differential analysis of the endothelial and stromal components identified about ninety significant altered chromosomal regions. The genomic gains were more prevalent in endothelial than fibroblasts cells. The comparison between non-microdissected and microdissected sample HR-CGH data showed concordance in 58% genomic regions. The individual analysis of each cellular component identified many chromosome regions significantly altered, including 3p, 4q, 8q, 16q e X. Gains in 8q21-q22, 4q25 and Xq11.2-q12, were detected in both endothelial and fibroblastic components. Genomic losses on 16q22.1 were frequently observed in stromal cells (8/9 cases) and 3p21 gain in endothelial cells (4/9 cases)... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Agnes Cristina Fett Conte / Banca: Carina Tatiana Giunco / Banca: Ana Elizabete Silva / Resumo: As Doenças do Espectro Autístico incluem o Autismo, o Transtorno Invasivo do Desenvolvimento Sem Outra Especificação e a Síndrome de Asperger. A etiologia é muito discutida, devido a sua variação e complexidade. São doenças que se manifestam nos três primeiros anos de vida, com uma variação clínica que inclui comportamento ritualístico, fala ausente ou pouco desenvolvida, além de problemas graves de relacionamento. Em 5 a 37 % dos casos são observadas em comorbidade com outras afecções. Em indivíduos com estas doenças já foram descritas alterações em todos os cromossomos e há genes propostos como candidatos de estarem envolvidos na etiopatogenia. Também, há relatos de casos com alterações subteloméricas, especialmente deleções, envolvendo as extremidades distais dos braços longos dos cromossomos 2 e 22. Mais recentemente foram observadas mutações no gene SHANK3, que está localizado em 22q13.3, na população com Doenças do Espectro Autístico. Este trabalho apresenta os resultados de um estudo citogenético e molecular realizado em 48 indivíduos com doenças do espectro autístico. Foram estudados o cariótipo por bandamento GTG convencional, as regiões 2q37 e 22q13 pela técnica de bandamento GTG em alta resolução, os éxons 8 e 22 do gene SHANK3 por seqüenciamento direto. A análise cariotípica convencional e dos éxons 8 e 22 revelaram resultados normais. A análise em alta resolução de um indivíduo mostrou resultado com possível deleção em 2q37, que não foi confirmada por técnica complementar. O número restrito de pacientes estudados deve ser considerado, porém pode ser sugerido que alterações em 2q37, 22q13 e dos éxons 8 e 22 do gene SHANK3, sejam eventos mais raros do que se supunha em Doenças do Espectro Autístico e sua investigação pode ser indicada na triagem de pacientes e para o aconselhamento genético... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The autism spectrum disorders including autism, Pervasive Developmental Disorder Not Otherwise Specified and Asperger syndrome. The etiology is much debated due to its variation and complexity. These are disorders that are manifested in the first three years of life, with a clinical variant that includes ritualistic behavior, speech absent or poorly developed, in addition to serious relationship. In 5 to 37% of cases are observed in association with other diseases. In individuals with these diseases have been described changes in all chromosomes and genes are proposed as candidates to be involved in pathogenesis. Also, there are reports of cases with subtelomeric changes, especially deletions involving the distal ends of the long arms of chromosomes 2 and 22. More recently, mutations were observed in the gene SHANK3, which is located on 22q13.3, in the population with autism spectrum disorders. This paper presents the results of a cytogenetic and molecular study performed in 48 individuals with autistic spectrum disorders. We studied the karyotype by GTG conventional regions 2q37 and 22q13 by GTG banding technique in high resolution, the exons 8 and 22 SHANK3 gene by direct sequencing. The conventional karyotype analysis and exons 8 and 22 point normal results. The high resolution analysis of an individual with demonstrated results possible deletion in 2q37, which was not confirmed by complementary technique. The small number of patients should be considered, but may be suggested that changes in 2q37, 22q13 and exons 8 and 22 of the gene SHANK3, are more rare than previously thought on the autism spectrum disorders and their investigation may be indicated in screening of patients for genetic counseling of families is not justified. However, these investigations could be cited in this population when it is selected for the presence of dysmorphic features indicative of possible... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Paula Rahal / Banca: Dorotéia Rossi Silva Souza / Banca: Cleslei Fernando Zanelli / Banca: Cláudia Regina Bonini Domingos / Banca: Paulo Peitl Júnior / Resumo: Os tumores de cabeça e pescoço ocupam, mundialmente, a quinta posição na lista das neoplasias mais freqüentes. O tipo histológico predominante é o carcinoma de células escamosas, que acomete a cavidade oral, a orofaringe, a hipofaringe e a laringe. O tumor de laringe é um dos tipos mais comuns, correspondendo a 25% dos casos, com alto índice de mortalidade e prognóstico reservado. O principal fator etiológico para o seu desenvolvimento é o consumo combinado de álcool e fumo. O desenvolvimento do câncer de cabeça e pescoço é um processo multipasso acompanhado por mudanças genéticas e epigenéticas. Recentemente, estudos envolvendo a tecnologia microarray têm identificado genes específicos, cuja expressão está alterada em câncer de cabeça e pescoço quando comparado ao tecido normal. No entanto, a maioria dos estudos são realizados usando tumores de diferentes sítios. Neste estudo, foi analisado somente amostras de carcinoma de laringe para minimizar as diferenças genéticas. Dessa forma, os objetivos do presente projeto foram identificar e validar possíveis biomarcadores moleculares envolvidos na carcinogênese de laringe. Para tanto, foi construído um cDNA microarray com 340 genes previamente identificados pelo Head and Neck Annotation Consortium. A expressão desses genes foi analisada em 8 amostras de tecido tumoral e em 4 amostras de tecido histologicamente normal de laringe pela técnica de microarray. Foram identificados 35 genes diferencialmente expressos (SNR ½1.0½, p-value 0.001), os quais estão envolvidos em diversos processos celulares como adesão celular, apoptose, ciclo celular, inibição de proteases, metabolismo, proteólise, reparo de DNA, regulação da transcrição e transdução de sinal. A robustez da assinatura dos 35 genes diferencialmente expressos foi confirmada em um conjunto adicional de 5 amostras tumorais e 6 amostras... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) is the fifth most common cancer world-wide. More than 90% of this cancer type has a squamous origin and common sites include oral cavity, oropharynx, hypopharynx and larynx Laryngeal squamous cell carcinoma is very common in head and neck cancer, corresponding to 25% of cases, with high mortality rates and poor prognosis. Tobacco use and/or alcohol consumption are the two principal risk factors involved in development of HNSCC. The development of head and neck cancer is a multistep process accompanied by genetic and epigenetic changes. In recent years, studies involving microarrays have identified specific genes whose expression has changed in head and neck cancer compared with normal tissue. However, most microarray studies are performed using tumors from different sites in head and neck. In our study, we analyzed only larynx carcinoma samples to minimize the genetic differences. Thus, the purpose of this work was to identify and to validater molecular biomarkers involved in larynx carcinogenesis. Therefore, we constructed a cDNA microarray containing 340 genes previously identified by Head and Neck Annotation Consortium. Expression analysis was applied to 8 larynx tumor samples and 4 larynx normal samples. We identified 35 differentially expressed genes between tumor and non-tumor adjacent tissue of larynx (SNR ½1.0½, p-value 0.001). Genes detected were involved in processes as apoptosis, cell adhesion, cell cycle, DNA repair, metabolism, protease inhibition, proteolysis, signal transduction and transcription regulation. The robustness of the 35-gene signature was confirmed using data from an additional set of 5 larynx tumor samples and 6 adjacent non-tumor larynx tissues. For real time RT-PCR validation we selected fourteen genes, of which 10 (ADCY6, AES, AL2SCR3, CRR9, CSTB, DUSP1, MAP3K5, PLAT, UBL1 and ZNF706) were validated... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Paula Rahal / Coorientador: Cintia Bittar Oliva / Coorientador: Ana Carolina Gomes Jardim / Banca: Ana Carolina Bernardes Terzian / Banca: Paola Jocelan Scarin Provazzi / Resumo: A Hepatite C, causada pelo vírus da Hepatite C (HCV), afeta cerca de 170 milhões de pessoas em todo o mundo. O HCV pertence à família Flaviviridae e gênero Hepacivirus, possuí genoma de RNA fita simples de polaridade positiva que codifica uma poliproteína posteriormente clivada por proteases virais e do hospedeiro, resultando em 10 proteínas virais. O tratamento atual, baseado na administração de Interferon e dos novos antivirais de ação direta, possuí um alto custo e a resposta virológica sustentada varia de acordo com o genótipo viral. Acridonas, um grupo de compostos extraído de fontes naturais, mostrou potencial ação antiviral contra o HCV, entretanto sua possível atividade antiviral foi pouco explorada em cultura de células. Dessa forma, esse estudo visou avaliar a influência de 14 acridonas sintéticas no ciclo replicativo do HCV. Os compostos foram triados utilizando a linhagem celular Huh 7.5 expressando estavelmente o replicon subgenômico SGR-JFH1-FEO. Células foram incubadas na presença e ausência de compostos por 72 horas. Viabilidade celular e níveis de replicação foram obtidos por ensaios de MTT e expressão de luciferase, respectivamente. A acridona Fac4 apresentou uma inibição de replicação de aproximadamente 90 % a 50 µM, com 100 % de viabilidade celular. O Fac4 foi selecionado para a realização dos experimentos seguintes. O efeito de Fac4 nas etapas de replicação e entrada viral foi avaliado em células Huh 7.5 infectadas com partículas virais de HCV JFH1 produzidas em laboratório (HCVcc). Fac4 inibiu a replicação do JFH1 em aproximadamente 70 %, enquanto que na etapa de entrada nenhum efeito foi observado. A expressão da proteína viral NS5A foi avaliada pelo ensaio de Western Blotting e não foi detectada na amostra tratada com Fac4, corroborando os resultados anteriores. Apesar desses resultados, nenhum efeito inibitório... / Abstract: Hepatitis C, caused by Hepatitis C Virus (HCV), affects about 170 million people worldwide. HCV belongs to Flaviviridae family and Hepacivirus genus, has a positive single stranded RNA genome that codifies a polyprotein, which is cleaved by host and viral proteases, resulting in 10 viral proteins. The current treatment, based on Interferon and the new Direct Acting Antivirals, has a high cost and variable response rates according to the virus genotype. Acridones, a group of compounds extracted from natural sources, showed potential antiviral actions against HCV, however their possible antiviral activity have been poorly explored in cell culture. Thus, this study aimed to evaluate the influence of a panel of 14 synthetic acridones on HCV life cycle. The compounds were screened using Huh 7.5 cell line expressing the HCV subgenomic replicon SGR-JFH1-FEO. Cells were incubated in the presence and absence of compounds for 72 hours. Cell viability and replication levels were accessed by MTT and luciferase assays, respectively. The Acridone Fac4 presented a replication inhibition of approximately 90 % at 50 µM and 100 % of cell viability and was selected for the follow-up experiments. The effect of Fac4 was evaluated in the replication and entry steps using Huh 7.5 cells infected with viral particles from JFH-1 strain produced in laboratory (HCVcc). Fac4 inhibited the replication of JFH-1 by approximately 70 %, while no effect was observed on virus entry. The expression of the viral protein NS5A was evaluated by Western Blotting assay and was undetectable in Fac4 treated sample, corroborating previous results. Despite these results, no inhibitory effect was observed against genotype 3 replication. Some acridones are known to intercalate in dsRNA molecules, which are replication intermediates, disrupting replication. We performed a dsRNA intercalation assay in order to test if this ... / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-08-29Bitstream added on 2014-06-13T21:00:53Z : No. of bitstreams: 1 pinto_cs_me_botfca.pdf: 1125735 bytes, checksum: 911ee854430bff9965e0ec58e6a7b681 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A ferrugem causada pelo fungo Puccinia psidii Winter é uma das doenças mais limitantes no estabelecimento de novos plantios e na condução de brotações de algumas espécies e procedências de Eucalyptus. O método de controle mais eficiente é o plantio de populações de Eucalyptus resistentes à doença. O presente trabalho tem como objetivo estudar a variabilidade genética em progênies de Eucalyptus dunnii Maiden para resistência à ferrugem causada pelo fungo Puccinia psidii Winter. Foram instalados dois testes de progênies de Eucalyptus dunnii no campo, em áreas com histórico de observação de ocorrência da ferrugem pertencentes à empresa Suzano Papel e Celulose, plantados em espaçamento 3x2m, e um teste de progênies em ambiente controlado (câmara de inoculação), conduzido no Departamento de Produção Vegetal. Os experimentos foram instalados em blocos casualizados, o primeiro com 60 progênies, na região de Itapetininga/SP, o outro com 48 progênies de Eucalyptus dunnii, ambos com oito plantas por parcela e repetidos em seis blocos. Foram feitas medições de altura de planta, avaliação da severidade de ataque do fungo. A estimativa da variabilidade genética foi determinada utilizando o programa computacional SELEGEN. As progênies de Eucalyptus dunnii apresentaram uma boa variabilidade genética para resistência a ferrugem e altura das plantas; não houve correlação entre progênies atacada e redução no crescimento em altura / Rust caused by Puccnia psidii Winter fungus is a limiting factor to establish new plantings and to conduct sprouting of some Eucalyptus species and its origin. The more efficient control method is Eucalytpus population planting resistant to the disease. This work has as an objective to study the genetic viability in Eucalyptus dunnii Maiden progenies resistant to Rust caused by Puccinia psidii Winter. It was installed two Eucalyptus dunnii progenies tests in the field, at Suzano Paper and Cellulose Company areas where rust was observed in the past, spacing 3x2m, and one progeny test in controlled environment (inoculation chamber), conducted at Plant Production Department. Both were installed in randomized blocks, the first with 60 progenies, in Itapetininga/SP Region, and the other with 48 progenies of Eucalytpus dunnii. Both with eight plants per plot and repeated in six blocks. The high of the plants were measured and evaluated the fungus attack. Genetic variability estimates was determinate thought SELEGEN (a computer program). The Eucalyptus dunnii progenies presented a good genetic variability for rust resistance and plants high; there was no correlation between infected progenies and decrease in high development

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas, 2014. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2014-05-26T13:03:22Z No. of bitstreams: 1 2014_FernandaCoutinhodeAlmeida.pdf: 1469747 bytes, checksum: 5ae1caa6e961a509c5101fa2738e9f6a (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2014-05-26T14:09:08Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_FernandaCoutinhodeAlmeida.pdf: 1469747 bytes, checksum: 5ae1caa6e961a509c5101fa2738e9f6a (MD5) / Made available in DSpace on 2014-05-26T14:09:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_FernandaCoutinhodeAlmeida.pdf: 1469747 bytes, checksum: 5ae1caa6e961a509c5101fa2738e9f6a (MD5) / A doença celíaca (DC) é uma enteropatia imuno-mediada caracterizada por inflamação crônica do intestino delgado, que resulta em atrofia das vilosidades intestinais, hiperplasia de criptas e infiltração linfocitária. A doença ocorre em indivíduos geneticamente predispostos pela presença dos genes do sistema HLA DQ2 e/ou DQ8. Esses genes codificam as moléculas MHC de classe II presentes nas células apresentadoras de antígenos, que fazem apresentação antigênica aos linfócitos T, iniciando a resposta imunitária inflamatória presente na DC. Os genes HLA DQ2 e DQ8 são responsáveis por 40% da suscetibilidade genética da doença celíaca (DC), sua prevalência tem mostrado variações em diferentes regiões do mundo, e até o momento não foi determinada na população brasileira. Com base nestes dados, o presente estudo pretende estimar a frequência dos alelos HLA predisponentes para DC em um grupo populacional de recém-nascidos brasileiros. Os genes HLA-DQ2 e DQ8 foram tipados em 329 recém-nascidos pela técnica qPCR e os resultados foram confirmados por um kit comercial que utiliza a metodologia PCR-SSP. Os resultados revelaram uma prevalência de 33,44% para os heterodímeros DQ2 e DQ8, semelhante aos obtidos em estudos realizados nos países europeus. Em uma segunda análise dos dados, quando a presença de pelo menos um dos alelos predisponentes para DC foi considerado, observamos uma porcentagem aumentada dos alelos de alto risco para desenvolvimento de DC nos recém-nascidos brasileiros. Diante destes achados é possível concluir que os dados encontrados na população brasileira são semelhantes aos encontrados nos países europeus, embora as características populacionais sejam distintas, e que a metodologia empregada, e que foi validada e confirmada é confiável e poderá ser reproduzida facilmente em novos estudos. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Celiac disease (DC) is an immune-mediated enteropathy characterized by chronic inflammation of the small bowel which results in intestinal villi atrophy, crypt hyperplasia and lymphocyte infiltration. This disease only affects genetic susceptible individuals who carry the genes that integrate the HLA DQ2 and/or DQ8 system. These genes code for MHC class II molecules present in antigen-presenting cells, which will interact with T-lymphocytes leading to the characteristic inflammatory response of DC. Forty percent of the genetic susceptibility to DC is associated with class II HLA-DQ2 and -DQ8 genotypes. The prevalence of these genes has shown significant variations among different world regions and has not been previously determined among the Brazilian population. The aim of this study was to estimate the prevalence of celiac disease HLA-predisposing alleles in Brazilian newborns. DQ2 and DQ8 genes were typed in 329 newborns using qPCR and the results were confirmed by a PCR-SSP commercial kit. The prevalence of DQ2 and/or DQ8 heterodimers was 33.44%, which is similar to the results obtained in European screening studies. However, if only considering the presence of at least one of the CD predisposing alleles, an increased percentage of high-risk alleles could be observed among the Brazilian newborns. Analyzing our results, we could conclude that, the prevalence of DQ2 and/or DQ8 heterodimers in our population is similar to that observed in European population screening studies although the characteristics of both populations highly differ and that the applied technic proved to be reliable and can be easily reproduced in further studies.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2011. / Submitted by Elna Araújo (elna@bce.unb.br) on 2012-06-29T18:48:05Z No. of bitstreams: 1 2011_FlavioRomeroPalma.pdf: 7739794 bytes, checksum: 413946c4981c38b1b880f939bd6d7a04 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2012-08-21T12:15:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_FlavioRomeroPalma.pdf: 7739794 bytes, checksum: 413946c4981c38b1b880f939bd6d7a04 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-08-21T12:15:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_FlavioRomeroPalma.pdf: 7739794 bytes, checksum: 413946c4981c38b1b880f939bd6d7a04 (MD5) / O dendê, Elaeis guineensis Jacq., espécie de origem africana, e o caiaué, Elaeis oleifera (Kunth) Cortés, estão entre culturas oleaginosas mais importantes do mundo. No entanto, o progresso no melhoramento genético destas culturas perenes tem sido relativamente lento em comparação com outras culturas oleaginosas anuais. O melhoramento genético visando a resistência a doenças é ainda limitado, sendo a identificação de novas fontes de resistência às principais doenças uma prioridade. Os objetivos deste estudo foram isolar RGAs NBS-LRR e explorar sua diversidade em acessos de E. guineensis e E. oleifera utilizados em programas de melhoramento locais, testando plantas que representam o centro de origem de cada espécie e que contrastam em resistência à murcha vascular. Esta doença, causada pelo fungo Fusarium oxysporum Schlechtend.:Fr. f.sp. elaeidis Toovey, é considerada uma das mais destrutivas em dendê. Usando primers degenerados desenhados para amplificar RGAs NBS-LRR em genomas de monocotiledôneas, TIR e não-TIR, relatamos a primeira análise em grande escala de RGAs NBS-LRR no gênero Elaeis. De um total de 486 seqüências de DNA de alta qualidade, que foram geradas a partir de plasmídeos recombinantes contendo insertos de produtos de PCR, 365 apresentaram similaridade significativa para genes de resistência NBSLRR e seqüências de RGAs conhecidos. A montagem de grupos de seqüências de alta qualidade gerou um total de 60 seqüências contíguas não redundantes, entre clusters e singletons. Foram identificados 54 RGAs NBS-LRR não-TIR distintos, os quais apresentaram o domínio NB-ARC em teste feito utilizando o Genewise, e codificavam proteínas com os motivos de aminoácidos esperados para o domínio NBS. Um total de 39 sequências continham ORFs contíguas. Foram determinadas as similaridades entre as seqüências e considerável polimorfismo foi observado. Em análises feitas por Biolayout, foi verificado o agrupamento de diversas seqüências em dois clusters principais sendo que um deles reuniu apenas contigs que possuíam seqüências provenientes de tratamentos com acessos resistentes. A construção de um dendrograma pelo método Neighbor Joinig não permitiu a verificação de tendência nos agrupamentos. Os dados gerados neste estudo enriquecem os recursos genômicos para o gênero Elaeis e podem ser explorados para a descoberta de genes candidatos de resistência e para o desenvolvimento de marcadores moleculares. O mapeamento genético de tais marcadores para QTLs pode abrir oportunidades para a seleção assistida por marcadores, com introgressão de genes através do melhoramento convencional ou por técnicas de transformação genética. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The African Oil Palm, Elaeis guineensis Jacq., and the American Oil Palm, Elaeis oleifera (Kunth) Cortés, are amongst the world´s most important oil-bearing crops. Progress in genetic improvement in these perennial crops has, however, been relatively slow, in comparison with other annual oil crops. Genetic improvement in relation to disease resistance has been limited, with identification of new sources of resistance to major disease regarded as a priority. The objectives of this study were to isolate NBS-LRR RGAs and explore their diversity across E. guineensis and E. oleifera accessions used in local breeding programs, together with material representing the centre of origin of each species and material contrasting in resistance to oil palm vascular wilt. This disease, caused by the fungal pathogen Fusarium oxysporum Schlechtend.:Fr. f.sp. elaeidis Toovey, is today considered one of the most destructive in oil palm. Using degenerate primers for targeted NBS-LRR RGA amplification across monocotyledon genomes, together with universal TIR and non-TIR NBS-targeting primers, we report the first large scale analysis of NBS-LRR RGAs in the genus Elaeis. From a total of 486 high quality DNA sequences which were generated from PCR product insert-containing recombinant plasmids, 365 showed significant similarity to known NBS-LRR R-genes and RGA sequences. Clustering assembly of high quality sequence data generated a total of 60 non-redundant contiguous sequences and singletons. Fifty four distinct non-TIR-NBS-LRR RGAs were identified, all of which tested positive for the expected NB-ARC domain using Genewise, and encoded proteins with the expected NBS domain amino acid motifs. A total of 39 sequences contained contiguous ORFs. Sequence similarities between sequences were determined, with considerable polymorphism observed. Biolayout analysis showed the clustering of several sequences in two main clusters, with one of these grouping only contigs derived from treatments with resistant accessions. The construction of a phylogenetic tree using Neighbor Joining method revealed considerable diversity in the NBS-LRR RGAs obtained, but did not show any obvious trend in the clusters, with specific clades grouping sequences from various treatments. The data generated in this study enrich the genomic resources for the genus Elaeis, which can be exploited for candidate resistance gene discovery and molecular marker development. Genetic mapping of such markers to quantitative trait loci could open up opportunities for marker assisted selection, with gene introgression through conventional breeding or genetic modification approaches.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2009. / Submitted by Allan Wanick Motta (allan_wanick@hotmail.com) on 2010-03-10T15:40:01Z No. of bitstreams: 1 2009_CristianeLopesdeOliveira.pdf: 723424 bytes, checksum: 1df9631ff7757bb5507a5df1735a30ad (MD5) / Approved for entry into archive by Lucila Saraiva(lucilasaraiva1@gmail.com) on 2010-04-29T22:19:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_CristianeLopesdeOliveira.pdf: 723424 bytes, checksum: 1df9631ff7757bb5507a5df1735a30ad (MD5) / Made available in DSpace on 2010-04-29T22:19:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_CristianeLopesdeOliveira.pdf: 723424 bytes, checksum: 1df9631ff7757bb5507a5df1735a30ad (MD5) Previous issue date: 2009 / O amendoim-bravo (Euphorbia heterophylla) é uma importante planta daninha em diversos países por interferir na produção de plantas cultiváveis e por servir como reservatório de vírus de plantas. O objetivo desse trabalho foi estudar a diversidade dos begomovírus coletados em amendoim-bravo e caracterizar molecular e biologicamente um isolado permitindo a sua completa identificação. Sete amostras de amendoim-bravo foram coletadas apresentando sintomas de mosaico amarelo em diferentes cidades do estado de Goiás e Distrito Federal. Elas foram avaliadas por PCR usando primers universais para begomovírus, que confirmou que todas as sete amostras estavam infectadas. As amostras de DNA foram utilizadas para a realização da amplificação via círculo rolante (RCA) utilizando a enzima phi-29 DNA polimerase. Cada produto amplificado foi digerido com uma enzima de restrição que cortou o DNA em apenas um único ponto e foi clonado no vetor pBluescript (Stratagene). As sequências completas de ambos os componentes (oito clones de DNA-A e três clones de DNA-B) foram obtidas usando primers para o vetor e primers internos em seqüenciador automático. Para a caracterização biológica, clones infecciosos foram preparados e inoculados através de bombardeamento de partículas em plantas cultivadas e daninhas. A infecção foi confirmada por PCR em plantas de Capsicum annuum, Datura stramonium, Nicotiana benthamiana e Euphorbia heterophylla. Todas as oito sequências do DNA-A compartilham uma identidade 86,9% com o Euphorbia mosaic virus Peru (acesso AM886131; sequência de begomovírus mais próxima ao vírus), enquanto que o DNA-B compartilha uma identidade nucleotídica 61,6% com o Tomato commom mosaic virus (acesso NC_010836). De acordo com o Comitê Internacional de Taxonomia de Vírus (ICTV), um vírus é considerado como uma nova espécie quando a identidade de sequência do DNA-A com outro vírus é menor que 89%, sugerindo que esse vírus é distinto do Euphorbia mosaic virus Peru. Portanto, de acordo com os critérios estabelecidos pelo ICTV, o vírus caracterizado nesse trabalho pode ser considerado uma nova espécie do gênero Begomovirus, sendo o nome Euphorbia yellow mosaic virus proposto. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The “amendoim-bravo” (Euphorbia heterophylla; also known as painted euphorbia) is an important weed in several countries, interferes in the production of cultivated plants, and has a great potential as a reservoir of plant viruses. The objective of this study was to study the diversity of begomoviruses that infect “amendoim-bravo” plants, and characterize molecular and biologically one isolate enabling its complete identification. Seven samples were collected of “amendoim-bravo” showing yellow mosaic at distinct localities in Goiás State and Federal District/Brazil. They were tested by PCR using universal begomovirus primers and it was confirmed that all seven samples were positively infected. These DNA samples were used as template for rolling circle amplification (RCA) using the enzyme phi-29 DNA polymerase. Each amplified product was digested with a single-cutting restriction enzyme and cloned into pBluescript vector (Statagene). The complete sequence of both components (eight DNA-A clones and three DNA-B clones) were obtained using internal and vector primers. For the biological characterization, infectious clones were prepared and inoculated by particle bombardment to cultivated plants and weeds. The infection was confirmed by PCR in plants of Capsicum annuum, Datura stramonium, Nicotiana benthamiana and Euphorbia heterophylla. All eight DNA-A sequences shared 86,9% nucleotide identity with Euphorbia mosaic virus Peru (accession AM886131, the most closely related begomovirus sequence), while DNA-B shared 61,6% nucleotide identity with Tomato commom mosaic virus (accession NC_010836). According to the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) a virus is considered as a new species when the sequence identity with another virus is less than 89%, suggesting that it is distinct from Euphorbia mosaic virus Peru. Therefore, according to the criteria established by the ICTV, the viruses characterized in this work can be considered as a new species within the genus Begomovirus, and the name Euphorbia yellow mosaic virus is proposed.