Orientador: Emmanuel Dias-Neto / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-10T18:55:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Martins-de-Souza_Daniel_D.pdf: 2995342 bytes, checksum: bba6d65f7fb9ab2fd672a1027a054163 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: A esquizofrenia é um distúrbio mental debilitante que afeta aproximadamente 1% da população mundial, caracterizado por sintomas produtivos como delírios e alucinações e sintomas negativos como apatia e decréscimo das emoções. Nesta tese, realizamos estudos do transcriptoma e do proteoma em tecido cerebral de pacientes com esquizofrenia, buscando identificar genes e proteínas envolvidas com esta doença. Em nossas análises transcricionais, utilizamos a técnica de Serial Analysis of Gene xpression (SAGE), uma abordagem ainda inédita em esquizofrenia. Os dados permitiram a análise de mais de 20 mil transcritos, e apontaram para o possível envolvimento de genes associados a processos como mielinização, função sináptica, metabolismo energético e homeostase de cálcio, incluindo genes anteriormente envolvidos com esquizofrenia, e também uma boa parcela de genes até então não associados com a doença. Uma pequena fração destes novos marcadores foi avaliada por Real-Time PCR permitindo a confirmação de alguns achados de SAGE. ossas análises de proteoma foram feitas com as técnicas de eletroforese de duas dimensões, seguida por espectrometria de massas e pela técnica de shotgun proteomics, também inédita em esquizofrenia. Estas análises foram realizadas com amostras de diferentes regiões cerebrais, incluindo córtex pré-frontal e lobo temporal anterior, e apontaram para alterações quantitativas em proteínas relacionadas com a homeostase de cálcio, citoesqueleto, metabolismo energético e de oligodendrócitos. De modo geral, observamos uma boa consistência entre os resultados obtidos quando estudamos diferentes classes de marcadores potenciais (genes e proteínas). Por muitas vezes os genes alterados não corresponderam a alterações quantitativas nas mesmas proteínas, no entanto, na maior parte dos casos, observamos alterações consistentes nas mesmas vias. Observamos a regulação diferencial do metabolismo de oligodendrócitos, energético, sináptico e revelamos a provável alteração da homeostase de cálcio em cérebros de pacientes com esquizofrenia, além de identificarmos genes e proteínas diferencialmente expressas nunca relacionadas à doença. Nossos dados reforçam achados prévios, apontam potenciais biomarcadores e podem fornecer novas pistas na compreensão da esquizofrenia / Abstract: Schizophrenia is a mental debilitating disorder that affects 1% of the world population. It is characterized by positives symptoms such as delirium and hallucinations and negative symptoms such as apathy and emotion decrease. Here, we have studied the ranscriptome and proteome of brain samples of patients with schizophrenia, in an attempt to identify genes and proteins markers of the disease. Our transcriptome analyses of pre-frontal cortex were performed with Serial Analysis of Gene Expression (SAGE), here used for the first time in the study of schizophrenia. The data obtained allowed the analysis of approximately 20,000 transcripts, which suggested the importance of myelinization, synaptic function, energy metabolism and calcium homeostasis, in the genesis of schizophrenia. A series of genes previously implicated in the disease were identified, together with new potential markers which were revealed here for the first time. A small fraction of these was validated using realtime PCR, which confirmed some of the SAGE findings. Two-dimensional gel electrophoresis, mass spectrometry and shotgun proteomics were the approaches used here for large-scale protein analysis in schizophrenia. These approaches were used in brain samples derived from distinct areas such as pre-frontal cortex and anterior temporal lobe, and indicated quanitative alterations of proteins involved with calcium homeostasis, energy and oligodendrocyte metabolism and cytoskeleton. In general, a good correlation was observed when the different approaches (transcriptome and proteome) were used. In may cases, the alterations of some genes was not reflected by a correspondent alteration of the encoded protein. However, in most cases, reproducible alterations were found in the same pathways. Beside the identification of new schizophrenia-related genes and proteins, we also confirmed the the differential regulation of oligodendrocyte, synaptic and energetic metabolism, in this disease.Our data reinforce previous findings, and suggest new potential biomarkers that may contribute to the understanding of schizophrenia / Doutorado / Bioquimica / Doutor em Biologia Funcional e Molecular

Orientadores: Benito Pereira Damasceno, Valder Roberval Arruda / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-02T22:17:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Voetsch_Barbara_D.pdf: 55176396 bytes, checksum: f274efe61664e0541b7ed17b893440eb (MD5) Previous issue date: 2002 / Resumo: Introdução e Objetivo: A etiologia de acidentes vasculares cerebrais isquêmicos (AVCi) em pacientes jovens permanece desconhecida em um terço dos casos, justificando a procura por novos fatores de risco protrombóticos. Causas comuns de trombofilia hereditária incluem o fator V de Leiden, a mutação G20210A no gene da protrombina, e hiperhomocisteinemia moderada secundária à variante termolábil da metilenotetrahidrofolato redutase (MTHFR-T). A atividade da paroxonase (PON1), uma esterase associada a lipoproteínas de alta densidade (HDL) com propriedades antioxidantes e antiaterogênicas, é determinada pelos polimorfismos Q192R e L55M da região codificadora e pelas substituições C(-107)T e G(-824)A no promotor do seu gene. A correlação destes fatores genéticos com o risco de AVCi é controversa. Além disso, foi recentemente descrita em crianças com AVCi uma deficiência hereditária de glutationa peroxidase plasmática (GPx-3), uma enzima com função de inativar espécies reativas de oxigênio que limitam a biodisponibilidade e os efeitos antiplaquetários do óxido nítrico. Porém, a base molecular dessa alteração ainda não foi identificada. Métodos: Analisamos e 118 a 167 pacientes jovens (< 45 anos) com AVCi não-fatal de etiologia indeterminada e um número equivalente de controles pareados por sexo e idade quanto à presença de fatores de risco protrombóticos. O fator V de Leiden, a variante da protrombina, homozigose para MTHFR-T, e as substituições Q192R, L55M e G(-824)A no gene da PON1 foram determinados através de PCR e digestão com enzimas de restrição. O polimorfismo PON1 C(-1O7)T foi detectado através de análise por single-strand conformational polymorphism (SSCP). Rastreamento do gene da GPx-3 foi realizado através de análise por SSCP, seguido de seqüenciamento de fragmentos com shift eletroforético. Resultados: A prevalência do genótipo 192RR da PON1 foi significativamente mais elevada em pacientes jovens com AVCi que controles (P=0.006), sendo o fator de risco que demonstrou a associação mais forte com AVCi de todos os fatores genéticos estudados (OR=4.1, 95% CI, 1.14 to 14.73). A presença isolada do alelo de baixa expressão -107T causou um aumento modesto no risco de AVCi, porém demonstrou ação sinergística com o genótipo 192RR, elevando a estimativa de risco de AVCi em portadores de ambas as variantes para 17 (95% CI, 1.74 to 166.35; P=0.015). Através de rastreamento do gene da GPx-3 por SSCP, identificamos quatro polimorfismos novos, ligados, no promotor do gene, associados ao risco de AVCi: A(-68)T, A(-622)T, T(-688)C e A(-703)C. Portadores do haplótipo combinando os nucleotídeos -622T, -688C e -703C foram significativamente mais prevalentes entre pacientes que controles (27.6% vs. 15.4%; P=0.020) e tiveram um risco de AVCi duas vezes maior quando comparado a não-portadores (OR=2.09, 95% CI, 1.12 to 3.92). O risco de AVCi associado ao genótipo PON1 192RR e aos polimorfismos do promotor da GPx-3 foi potenciado em indivíduos simultaneamente expostos a fatores de risco vasculares convencionais. Nenhuma diferença significativa na prevalência de fator V de Leiden, da variante da protrombina, ou homozigose para MTHFR-T foi encontrada entre pacientes e controles, com exceção de uma freqüência elevada de MTHFR-T em um grupo pequeno de indivíduos de origem negróide (OR=5.9, 95% CI, 0.88 to 49.2). Conclusões: Estes dados demonstram que variantes genéticas em enzimas antioxidantes predispõem ao desenvolvimento precoce de AVCi e sugerem um novo mecanismo para trombose arterial que envolve a biodisponibilidade diminuída de óxido nítrico. Além disso, a interação dos fatores genéticos com fatores de risco convencionais concordam com o conceito atual de que as doenças aterotrombóticas, incluindo AVCi em jovens, têm etiologia multifatorial / Abstract: Background and Purpose: The etiology of arterial ischemic stroke (AIS) in the young remains unknown in up to one-third of patients, warranting the search for novel prothrombotic risk factors. Common causes of inherited thrombophilia inc1ude factor V Leiden, the prothrombin G20210A mutation, and mild hyperhomocysteinemia due to the thermolabile variant ofmethylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR-T). Activity levels of paraoxonase (PON1), an antioxidant and antiatherogenic HDL-bound esterase, are determined by the Q192R and L55M coding region polymorphisms and the C(-107)T and G(-824)A substitutions in the gene promoter. The correlation of these genetic factors with the risk of AIS is controversial. In addition, a heritable deficiency of plasma glutathione peroxidase (GPx-3), a reactive oxygen species scavenger that protects the bioavailability and antiplatelet effects of nitric oxide (NO), was recently described in association with childhood stroke, yet a molecular basis for this defect has not been identified. Methods: We analyzed up to 167 young patients (< 45 years ofage) with non-fatal AIS of undetermined etiology and an equivalent number of age- and gender-matched controls for the presence of inherited prothrombotic risk factors. Factor V Leiden, the prothrombin variant, homozygosity for MTHFR-T, and the Q192R, L55M, and G(-824)A substitutions in the PON1 gene were determined by PCR amplification and restriction digestion. The PON1 C(-107)T polymorphism was detected by single-strand conformational polymorphism (SSCP) analysis. Screening ofthe GPx-3 gene for genetic abnormalities was performed by SSCP, followed by sequencing offtagments with electrophoretic shifts. Results: The prevalence of the PONl 192RR genotype was significantly higher among patients than controls (P=0.006),showing the strongest independent association with the risk of AIS among all the genetic risk factors studied (OR=4.1, 95% CI, 1.14 to 14.73). The presence of the low expressor PON1 -107T allele was only modest1yassociated with AIS when ana1yzed alone, yet further increased the risk conferred by the 192RR genotype, yielding an adjusted risk estimate of 17 in carriers ofboth variants (95% CI, 1.74 to 166.35; P=0.015). By SSCP screening of the GPx-3 gene we identified four novel linked polymorphisms in the promoter associated with the risk of AIS: A(-68)T, A(-622)T, T(-688)C, and A(-703)C. Carriers ofthe haplotype combining nucleotides -622T, -688C, and -703C were significantly more frequent among patients than controls (27.6% vs. 15.4%; P=0.020) and had twice the risk of AIS as compared to non-carriers (OR=2.09, 95% CI, 1.12 to 3.92). The risk associated with the PON1 192RR genotype and the GPx-3 promoter polymorphisms was potentiated in individuaIs simultaneously exposed to conventional vascular risk factors. No significant difference in the prevalence of factor V Leiden, the prothrombin variant, and homozygosity for MTHFR-T was found between patients and controls, with the exceptio~ of a higher frequency of MTHFR-T in a small group ofindividuals of African descent (OR=5.9, 95% CI, 0.88 to 49.2). Conclusions: These data indicate that genetic variants in antioxidant enzymes predispose to the early development of AIS and support a novel mechanism for arterial thrombosis that involves reduced bioavailablity ofNO. In addition, the interaction ofthese genetic markers with conventional vascular risk factors support the current concept that atherothrombotic disease is a complex trait and multifactorial in nature / Doutorado / Neurologia / Doutor em Ciências Médicas

Orientadores: Antonia Paula Marques-de-Faria, Edi Lucia Sartorato / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-07-25T23:53:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oliveira_GiseleSantosde_M.pdf: 3142351 bytes, checksum: 23845103231aa67432f14b24cd818907 (MD5) Previous issue date: 2000 / Resumo: A síndrome Kabuki (SK), descrita pela primeira vez no Japão, em 1981, por NIIKA W A et ai. e KUROKI et ai., é uma condição rara, de etiologia desconhecida, caracterizada por fades peculiar, com sobrancelhas arqueadas, fendas palpebrais alongadas e evertidas no terço distal, lembrando a maquiagem usada pelos atores do teatro Kabuki, além de retardo mental, baixa estatura, anomalias esqueléticas e de padrão dermatoglífico. Sua incidência no Japão foi estimada em 1:32.000, sendo considerada ainda mais rara fora desse pais, dado que vem sendo contestado pelo registro crescente de casos em populações não orientais. No Brasil, são poucos os relatos a respeito, em geral correspondendo a descrições de casos esporádicos e não ao resultado de um estudo sistemático, o que motivou o presente trabalho. Entre junho de 1998 e dezembro de 1999, 18 indivíduos com características da SK, predominantemente caucasóides, foram examinados seguindo um protocolo específico de avaliação, desenvolvido a partir das principais manifestações da condição. Entre os exames complementares, foi incluída a análise molecular do gene TUBA2, devido à sugestão de que houvesse alguma relação do mesmo com a SK, o que não se confirmou. O diagnóstico foi mantido em 10 pacientes (3 meninas e 7 meninos), enquanto entre os 8 restantes (4 meninas e 4 meninos), 3 receberam diagnóstico de síndrome de Noonan (SN), 2 de síndrome de Turner (ST), 1 de monossomia 18p, e 2 ainda permaneceram sem etiologia definida Entre aqueles com SK, 1000.10 tinham o aspecto fàcial peculiar dessa condição e retardo mental em graus variados, 800.10 mostraram alterações dermatuglíficas, 600.10 apresentaram anomalias vertebrais e a baixa estatura foi evidenciada em 50%. Quando comparada a outros estudos, a presente amostra foi similar à maioria deles, praticamente em todos os aspectos. Não houve desvio da razão de sexo, bem como relato de consangüinidade entre os genitores ou de recorrência familial. O protocolo de investigação utilizado mostrou-se adequado enquanto instrumento de caracterização da amostra, sendo sugerida sua aplicação sistemática na investigação diagnóstica de indivíduos com hipótese inicial de SK Merece destaque o fato das características faciais ocorrerem ainda em outras entidades, apontando para um possível fenótipo Kabuki determinado pela associação de fenda palpebral alongada, eversão de terço distal de pálpebra inferior e sobrancelhas arqueadas. Ficou mais evidente a concomitância de sinais com relação à ST, em especial nos casos associados a anéis do cromossomo X, bem como com a SN, reforçando a necessidade de uma avaliação criteriosa que considere tais diagnósticos diferenciais. Estudos mis detalhados, envolvendo diferentes centros e levando em conta esses aspectos, poderiam contribuir para uma melhor caracterização da SK / Abstract: The Kabuki (Niikawa- Kuroki) syndrome (KS), first and independent1y described in Japan in 1981 by Niikawa et a!. and Kuroki et ai., is a multiple congenital anomaly/mental retardation syndrome. This syndrome is characterized by a peculiar facies which resembles the Kabuki theatre make-up, with long palpebral fissures and eversion of lower lids, arched eyebrows, depressed nasal tip and prominent ears, mild to moderate mental retardation, postnatal growth retardation, skeletal abnormalities and dermatoglyphic anomalies. The incidence in Japan was estimated around 1 :32,000 newboms; the frequency of non-Japanese patients is not available, although the number of cases has been increasing each year. The etiology remains undetermined and most cases have been sporadic. In Brazil there have been a few reports of this condition, all of them corresponding to isolated descriptions. In order to better characterize KS among the children referred to the Department of Genetics, we applied strict clinical and laboratory criteria. Between June, 1998 and December, 1999, 18 patients were found to have KS. The molecular analysis of TUBA2 gene was included because some investigators have suggested that it could be related to this syndrome. Of 17 patients examined all of them did not have mutations of the TUBA2 gene, which had not confirmed the previous suggestion. Three females and seven males, most1y Caucasians, fulfilled the clinical criteria for KS. The remaining four females and four males were considered to have Noonan syndrome (3), Tumer 'syndrome (2), monosomy 18p (1). Two patients did not complete their clinical evaluation. Among the KS patients, 100% presented the peculiar facial aspect, besides mental retardation in different degrees, 80% had dermatoglyphic abnormalities, 60% had vertebral anomalies and 50% presented with short stature. There was no sex predilection, family history of other cases, parental consanguinity or familial recurrences suggesting that these cases occur sporadically. Taken together these data support the hypothesis that the etiology of KS results from a de novo mutation in a dominant gene. The clinical and laboratory assessment developed in our study is useful by characterizing patients with KS and should be applied to patients with clinical features suggestive of KS. The high degree of overlapping clinical features between KS and Noonan and Tumer syndrome, especially in patients with chromosome X rings, reinforces the necessity of a thorough evaluation when one of these conditions are contemplated as a possible diagnosis. Until a specific genetic marker is available, multicenter studies might contribute to a better characterization of KS / Mestrado / Genetica Medica / Mestre em Ciências Médicas

Submitted by Amauri Alves (amauri.alves@ufv.br) on 2015-11-16T12:06:02Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 878278 bytes, checksum: a5bc538eab025dbd1c8aa2ee43aee778 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-16T12:06:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 878278 bytes, checksum: a5bc538eab025dbd1c8aa2ee43aee778 (MD5) Previous issue date: 2014-07-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Na interação planta/patógeno, a modulação da transcrição gênica é fundamental para montar uma resposta de defesa eficaz nas células do hospedeiro.Os fatores de transcrição estão entre os principais alvos em plantas para o aumento da tolerância a estresses, uma vez que estas proteínas controlam a expressão de vários genes ao mesmo tempo. Membros da família de fatores de transcrição bZIP podem atuar na defesa contra patógenos. Apesar da função de bZIPs na defesa contra patógenos ser conhecida, poucos trabalhos caracterizaram bioquimicamente membros dessa família que participam de vias de defesa. O GmbZIPE2 (Glyma05g30170.1) é um membro do grupo E da família bZIP de soja, que é responsivo à infecção por Phakopsora pachyrhizi. Esse trabalho teve como objetivo principal caracterizar funcionalmente o transfator GmbZIPE2, mapeando cis-elementos que ele se liga, bem como genes responsivos a GmbZIPE2. A proteína GmbZIPE2 foi capaz de se ligar ao H-box, cis-elemento que é relacionado a patógenos. GmbZIPE2 induz genes de vias importantes para a defesa da planta, como CHS15-6 e PR-1. GmbZIPE2 reprime ANK1, um regulador negativo de morte celular. Os resultados desse trabalho indicam uma relação do fator de transcrição GmbZIPE2 na defesa da planta contra o ataque de patógenos. Maiores conhecimentos sobre o GmbZIPE2 pode contribuir com o conhecimento acerca da resposta da planta a estresse biótico e poderá ser útil para a obtenção de novos alvos para a modificação genética de cultivares. / In a plant/pathogen interaction, modulation of gene transcription is essential to mount an effective defense response in host cells. Transcription factors are among the major targets in plants for increasing stress tolerance, since these proteins control the expression of several genes simultaneously. Members of the bZIP family of transcription factors can act in defense against pathogens. Despite the role in defense against pathogens bZIPs be known, few studies biochemically characterized members of this family that participate in the process of defense. The GmbZIPE2 (Glyma05g30170.1) is a member of the bZIP E group of soybean, which is responsive to infection by Phakopsora pachyrhizi. The objective of this study was functionally characterize the transfator GmbZIPE2, mapping the cis-elements that it binds as well as the responsive genes of GmbZIPE2. The GmbZIPE2 protein was able to bind to the H- box cis-element is related to pathogens. GmbZIPE2 induces genes important for plant defense pathways, as CHS15-6 and PR-1. GmbZIPE2 represses ANK1, a negative regulator of cell death. The results of this study indicate a relationship of GmbZIPE2 transcription factor in plant defense against pathogen attack. Improved knowledge of the GmbZIPE2 can contribute to the knowledge of plant response to biotic stress and may be useful for obtaining new targets for genetic modification of crops.

Orientadores: Andrea Trevas Maciel Guerra, Roberto Benedito de Paiva e Silva / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-04T01:13:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Suzigan_LigiaZuppiConceicao_M.pdf: 719674 bytes, checksum: 0fd7aced48effd8567e687fc3397c183 (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: Objetivo: Identificar a percepção das pacientes com Síndrome de Turner (ST) a respeito de sua condição. Casuística e Método: Entrevistas individuais com 36 pacientes com ST entre 15 e 25 anos e mais de 2 anos de acompanhamento, abordando temas referentes ao impacto no momento do diagnóstico, compreensão a respeito da ST, seu impacto sobre a vida atual e expectativas de futuro. Resultados: Apenas 1/3 compreendeu o diagnóstico de ST imediatamente, e o sentimento associado a esse momento foi freqüentemente neutro (17) ou de preocupação (12). Cerca de 1/3 não soube explicar a etiologia da ST, não relacionou a ela os sintomas que apresenta e(ou) acredita haver cura. Em sua vida atual, embora a grande maioria declare que a ST não interfere em sua vida (2/3) e se considere feliz (3/4), em mais da metade dos casos há evidências de dificuldades de interação social e de relacionamento amoroso, baixa auto-estima, insatisfação com a aparência física, em particular a baixa estatura e sofrimento com a questão da esterilidade. Suas expectativas de futuro estão predominantemente ligadas a trabalho e estudo; mesmo estando com 19 anos, em média, uma em cada duas ainda espera crescer. Conclusão: Além da abordagem médica da ST, é fundamental que o conhecimento das pacientes a respeito dessa síndrome e as questões referentes a esterilidade, baixa estatura, auto-imagem e interações sociais sejam alvo de atenção especial e contínua a partir do momento do diagnóstico; a situação ideal seria a de atuação de um psicólogo juntamente com a equipe médica / Abstract: Objective: To identify the perception of patients with Turner syndrome (TS) about their condition. Methodology: Thirty-six women with TS, aged between 15 and 25 years and with over two years of medical follow-up, were individually interviewed about: the impact of TS at the moment of the diagnosis, their understanding of the syndrome, its effect in their current lives and their expectations for the future. Results: Only one third of the patients understood the diagnosis immediately and their feelings associated to that moment were neutral (17) or concerned (12). About one third of the interviewed women were unable to explain the etiology of TS, they have not related their symptoms with TS and/or believe there might be a cure for it. Although most say that the syndrome has no interference in their current lives (2/3) and that they consider themselves happy persons (3/4), in more than half of the interviews there are evidences of difficulties with social interactions and love relationships, low self-esteem, dissatisfaction with their physical appearances, mainly short stature, and worries about infertility. Their hopes for the future refer mainly to study and have a job; growing up expectation was mentioned by one in two of the women, in spite of their mean age of 19 years. Conclusion: Besides medical treatment, it is important that the knowledge of the patients about the syndrome and some issues as infertility, short stature, self-image and social interactions receive proper and continuous attention from the moment of the diagnosis. The ideal situation should be a joint-action of the psychologist and the medical team / Mestrado / Saude da Criança e do Adolescente / Mestre em Saude da Criança e do Adolescente

La malaria causada por Plasmodium vivax es la más predominante en los diferentes casos reportados en el Perú, siendo característico las infecciones asintomáticas y las muestras con baja parasitemia. La poca cantidad de ADN parasitario que se recupera de muestras de baja parasitemia de P. vivax (sub-microscópicas) limita la inclusión de esta población parasitaria en estudios de genética y genómica de poblaciones. La subestimación de la diversidad genética sesga el entendimiento de la transmisión de P. vivax, especialmente en condiciones de baja endemicidad, donde las infecciones sub-microscópicas son predominantes. Diferentes métodos han sido desarrollados para sobrellevar este problema, siendo la Amplificación selectiva del genoma completo (SWGA) una herramienta promisoria. Sin embargo, su efectividad aún no ha sido reportada en muestras de baja parasitemia de P. vivax. El objetivo de la tesis fue optimizar y estandarizar preliminarmente el método SWGA en muestras sub-microscópicas o de baja concentración de ADN de P. vivax. Para ello, se modificaron las condiciones del ciclado y componentes del método propuesto por Cowell et al. (2017) para mejorar el enriquecimiento de ADN parasitario, se calculó la cantidad mínima de ADN para una amplificación genómica exitosa, se evaluó la fidelidad del SWGA y se aplicó el método optimizado en ADN almacenado (-20°C) de 20 muestras de campo. Primero se modificaron diferentes componentes y parámetros del método SWGA, se cuantificó el ADN parasitario y humano por PCR tiempo real antes y después de la amplificación genómica; así se calculó el enriquecimiento del ADN parasitario. El método optimizado permitió que las muestras del panel (muestras simuladas) incrementaran su concentración de ADN parasitario (>805 veces) y porcentaje de ADN parasitario (>218 veces) en comparación a su estado inicial. La concentración mínima de ADN parasitario, para generar una amplificación genómica exitosa de más 1200 moléculas/µL, fue 1.29 moléculas/µL. Luego de la aplicación del método SWGA optimizado, el 97.22% de todos los alelos no presentaron diferencias en sus tamaños y solo hubo una pérdida de datos del 3.57%. El 80% de la muestras de campo tuvieron una amplificación genómica exitosa. Se demostró que el método optimizado mejoró su desempeño en el enriquecimiento del ADN de P. vivax a partir de ADN total, provenientes de muestras de baja densidad parasitaria, y así permitió una mayor cobertura de las muestras para ser incluidas en los análisis genéticos. / International Center of Excellence for Malaria Research / VLIR-UOS / Universidad Peruana Cayetano Heredia (Lima) / Tesis

La diabetes tipo 2 (DT2) es una enfermedad multifactorial considerada un problema de salud pública en el Perú. Su aumento rápido se relaciona con la falta de estrategias apropiadas para abordar el problema. Una detección temprana puede ayudar a prevenir futuras complicaciones y por ende una mejor calidad de vida. Diversos estudios han reportado la presencia de moléculas circulantes en la sangre que pueden ser útiles como marcadores de detección temprana, seguimiento y tratamiento de la DT2. Dentro de este conjunto de moléculas se encuentran los miRNAs, los cuales juegan un papel crucial en la patogénesis de la DT2 ya que regulan importantes vías metabólicas como la secreción de insulina y la homeóstasis de glucosa. En la presente tesis se estudió la expresión génica de los miRNAs miR-126 y miR-375 que, de acuerdo a la literatura, han sido estudiados para evaluar su potencial uso como marcadores de la DT2. Los miRNAs fueron obtenidos a partir de muestras de sangre y su expresión fue cuantificada por RT-qPCR. Los análisis estadísticos se llevaron a cabo usando el software R. Aunque no se encontró ninguna asociación estadísticamente significativa entre cualquiera de los miRNAs y los estados prediabetes y/o DT2, se encontró una tendencia de aumento en el nivel de expresión de miR-375 desde el grupo control al grupo DT2. Otras variables evaluadas debido a su estrecha relación con el desarrollo de DT2 tales como índice de masa corporal, circunferencia abdominal, concentración de glucosa en sangre, hemoglobina glicosilada, colesterol HDL, colesterol VLDL, triglicéridos, hipertensión y antecedentes familiares mostraron diferencias entre los grupos (p < 0.05). / Tesis

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Identifica los genotipos circulantes del VHC en el Perú durante el periodo 2010 – 2012. Se realiza un estudio exploratorio descriptivo. Se identifican 52 muestras con serología reactiva e indeterminada a anticuerpos anti-VHC, se utiliza el kit INNOTEST® HCV Ab, y se realiza la confirmación con un inmunoblot INNO-LIATM HCV Score, ambos kits de la marca INNOGENETICS®. Sólo se procesan 44 muestras mediante varias pruebas de PCR con diferentes juegos de cebadores dirigidos a la región NS5b y Core. El secuenciamiento es realizado por el método de Sanger, se utilizan secuencias de referencia del GenBank para la limpieza, alineamiento y construcción del árbol filogenético. Las secuencias se analizan con los programas ClustalX, Sequencher v.5.4.1, BioEdit y Mega v.6. / Tesis

Resumo: O carcinoma de esôfago apresenta um modelo de progressão tumoral a partir da seqüência esofagite, atrofia, displasia, carcinoma in situ e carcinoma invasivo, com algumas alterações genéticas bem estabelecidas nos estágios iniciais e avançados da carcinogênese.Contudo em lesões benignas precursoras como o megaesôfago e esofagite crônica os estudos genéticos são escassos. Portanto, com o objetivo de identificar o envolvimento de algumas proteínas que participam da regulação do ciclo celular e apoptose, no presente estudo foi avaliada a expressão das proteínas p53, p16, Fhit, caspase-3 e do antígeno Ki67, por imuno-histoquímica. Foram utilizados cortes histológicas de mucosa de pacientes chagásicos crônicos sem (CD) e com megaesôfago (CM), este último grupo por apresentar maior risco de desenvolvimento de carcinoma esofágico, e pacientes com esofagite crônica (CE), devido à relação entre o processo inflamatório e carcinogênese. Estas amostras foram comparadas com carcinoma de células escamosas de esôfago (ESCC) e mucosa esofágica histologicamente normal (NM). Também se avaliou a ocorrência de concordâncias utilizando o Teste Kappa, entre os casos com a expressão alterada das proteínas nos diferentes grupos, assim como a ocorrência de associações, entre padrões alterados de expressão das proteínas com sexo, idade, hábitos tabagistas e etilistas. Outro objetivo do estudo foi avaliar o padrão de perdas e ganhos cromossômicos de genes freqüentemente descritos como relacionados com a carcinogênese esofágica, FHIT, TP63, PIK3CA, EGFR, FGFR1, MYC, CDKN2A, YES1, NCOA3, e centrômeros 3, 7 e 9, como controles, por FISH. A avaliação imuno-histoquímica revelou que a proporção de casos positivos para a proteína p53 aumentou progressivamente de acordo com a severidade da lesão, CD (7,7%), CM (26,1%), CE (52,2%) and ESCC (100%)... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Esophagus carcinoma presents a tumor progression model from the sequence esophagitis, atrophy, dysplasia, carcinoma in situ and invasive carcinoma, with some well-established genetic changes in early and advanced stages of carcinogenesis. In benign precursor lesions such as megaesophagus and chronic esophagitis genetic studies are scarce. Therefore, to identify the involvement of certain cell cycle and apoptosis regulatory proteins, the present study evaluated the expression of p53, p16, Fhit, caspase-3 and Ki67 antigen by immunohistochemistry. Histological sections of esophageal mucosa were obtained from chronic chagasic patients without (CD) and megaesophagus (CM), the latter group presents higher risk of developing esophageal cancer, and patients with chronic esophagitis (CE), because the relationship between the inflammatory process and carcinogenesis. These samples were compared with squamous cell carcinoma of the esophagus (ESCC) and histologically normal esophageal mucosa (NM). It also assessed the occurrence of agreement using the Kappa test, among the cases with altered expression of proteins in different groups as well as the occurrence of associations, and altered patterns of protein expression with sex, age, smoking and alcohol habits. Another aim of the study was to evaluate the pattern of chromosomal gains and losses of genes frequently described as related to esophageal carcinogenesis, FHIT, TP63, PIK3CA, EGFR, FGFR1, MYC, CDKN2A, YES1, NCOA3 and centromere 3, 7 and 9, as controls for FISH. The immunohistochemical evaluation showed that the proportion of cases positive for p53 protein increased progressively according to the severity of the injury, CD (7.7%), CM (26.1%), CE (52.2%) and ESCC (100%). However, the proteins p16 and Fhit showed no statistically significant differences between groups, but also in CE was observed a greater number... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Ana Elizabete Silva / Coorientador: Marileila Varella-Garcia / Banca: Juliana Karina Ruiz Heinrich / Banca: Agnes Cristina Fett Conte / Banca: Silvia Regina Rogatto / Banca: Paula Rahal / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-02-20Bitstream added on 2014-06-13T19:42:42Z : No. of bitstreams: 1 bellini_mf_dr_sjrp.pdf: 4712849 bytes, checksum: eaed69017a355062338fd2f384e1c381 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O carcinoma de esôfago apresenta um modelo de progressão tumoral a partir da seqüência esofagite, atrofia, displasia, carcinoma in situ e carcinoma invasivo, com algumas alterações genéticas bem estabelecidas nos estágios iniciais e avançados da carcinogênese.Contudo em lesões benignas precursoras como o megaesôfago e esofagite crônica os estudos genéticos são escassos. Portanto, com o objetivo de identificar o envolvimento de algumas proteínas que participam da regulação do ciclo celular e apoptose, no presente estudo foi avaliada a expressão das proteínas p53, p16, Fhit, caspase-3 e do antígeno Ki67, por imuno-histoquímica. Foram utilizados cortes histológicas de mucosa de pacientes chagásicos crônicos sem (CD) e com megaesôfago (CM), este último grupo por apresentar maior risco de desenvolvimento de carcinoma esofágico, e pacientes com esofagite crônica (CE), devido à relação entre o processo inflamatório e carcinogênese. Estas amostras foram comparadas com carcinoma de células escamosas de esôfago (ESCC) e mucosa esofágica histologicamente normal (NM). Também se avaliou a ocorrência de concordâncias utilizando o Teste Kappa, entre os casos com a expressão alterada das proteínas nos diferentes grupos, assim como a ocorrência de associações, entre padrões alterados de expressão das proteínas com sexo, idade, hábitos tabagistas e etilistas. Outro objetivo do estudo foi avaliar o padrão de perdas e ganhos cromossômicos de genes freqüentemente descritos como relacionados com a carcinogênese esofágica, FHIT, TP63, PIK3CA, EGFR, FGFR1, MYC, CDKN2A, YES1, NCOA3, e centrômeros 3, 7 e 9, como controles, por FISH. A avaliação imuno-histoquímica revelou que a proporção de casos positivos para a proteína p53 aumentou progressivamente de acordo com a severidade da lesão, CD (7,7%), CM (26,1%), CE (52,2%) and ESCC (100%)... / Esophagus carcinoma presents a tumor progression model from the sequence esophagitis, atrophy, dysplasia, carcinoma in situ and invasive carcinoma, with some well-established genetic changes in early and advanced stages of carcinogenesis. In benign precursor lesions such as megaesophagus and chronic esophagitis genetic studies are scarce. Therefore, to identify the involvement of certain cell cycle and apoptosis regulatory proteins, the present study evaluated the expression of p53, p16, Fhit, caspase-3 and Ki67 antigen by immunohistochemistry. Histological sections of esophageal mucosa were obtained from chronic chagasic patients without (CD) and megaesophagus (CM), the latter group presents higher risk of developing esophageal cancer, and patients with chronic esophagitis (CE), because the relationship between the inflammatory process and carcinogenesis. These samples were compared with squamous cell carcinoma of the esophagus (ESCC) and histologically normal esophageal mucosa (NM). It also assessed the occurrence of agreement using the Kappa test, among the cases with altered expression of proteins in different groups as well as the occurrence of associations, and altered patterns of protein expression with sex, age, smoking and alcohol habits. Another aim of the study was to evaluate the pattern of chromosomal gains and losses of genes frequently described as related to esophageal carcinogenesis, FHIT, TP63, PIK3CA, EGFR, FGFR1, MYC, CDKN2A, YES1, NCOA3 and centromere 3, 7 and 9, as controls for FISH. The immunohistochemical evaluation showed that the proportion of cases positive for p53 protein increased progressively according to the severity of the injury, CD (7.7%), CM (26.1%), CE (52.2%) and ESCC (100%). However, the proteins p16 and Fhit showed no statistically significant differences between groups, but also in CE was observed a greater number... (Complete abstract click electronic access below)