Orientador: Agnes Cristina Fett Conte / Banca: Roseli Maria Zechi Ceide / Banca: Luiz Carlos de Mattos / Resumo: Os defeitos congênitos resultam de causas genéticas e não genéticas, afetam cerca de 3 a 5% dos recém-nascidos e são reconhecidos como uma das maiores causas de morbidade e mortalidade no primeiro ano de vida, além de serem a causa de muitas mortes embrionárias e fetais. Possuem etiologia e fatores de risco variados, muitos ainda desconhecidos. Dados epidemiológicos brasileiros são escassos. O estudo dos fatores epidemiológicos pode ampliar o conhecimento sobre tais defeitos e propiciar estratégias de prevenção, além do Aconselhamento Genético adequado para as famílias envolvidas. O presente trabalho realizou um estudo genético clínico prospectivo de todos os recém-nascidos e natimortos com defeitos congênitos atendidos no período de um ano no Hospital de Base de São José do Rio Preto/SP (HB), com o objetivo de estimar a prevalência, caracterizar em tipos de doenças, diagnósticos ou categorias diagnósticas, verificar as possíveis causas e consequências dos defeitos. Para cada criança foi realizada a análise cariotípica (nos casos indicados), a avaliação física, o registro fotográfico, análise de dados de prontuário médico e coleta de informações complementares com a família. Foram estudados 110 indivíduos, 103 recém-nascidos e sete natimortos. A prevalência foi de 2,8%. Em 82% dos casos o diagnóstico específico pode ser sugerido. Os defeitos congênitos de etiologia genética foram mais frequentes que os de etiologia não genética. Os de herança multifatorial foram os mais freqüentes (29%), seguidos dos de etiologia heterogênea (22%), monogênica (19%), desconhecida (13,5%), cromossômica (12%) e ambiental (4,5%). A idade materna, a consangüinidade parental e a predisposição familial (presença de defeitos congênitos na família) foram alguns fatores de risco identificados. A maioria dos afetados eram prematuros e a hospitalização... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Birth defects, resulting from genetic and non-genetic causes, affect about 3 to 5% of newborns and are recognized as a major cause of morbidity and mortality within the first year of life, as well as being the cause of many embryonic and fetal deaths. Not infrequently the varied etiology and risk factors remain unknown. Brazilian epidemiological data are scarce. The study of epidemiological factors may increase knowledge about these defects and make prevention strategies and genetic counseling possible for affected families. This work constitutes a prospective clinical genetic study of all newborn and stillborn infants with birth defects seen over one year in Hospital de Base in São José do Rio Preto, Sao Paulo, in order to estimate the prevalence, characterize the disease types, diagnoses or diagnostic categories and evaluate possible causes and consequences of the defects. Karyotypic analysis, a physical assessment, photographic records, an analysis of the patients' medical records and the collection of additional information with the family was performed for each infant. The study assessed 103 newborn and 7 stillborn subjects. The prevalence of birth defects was of 2.8%. A specific diagnosis was suggested in 82% of cases. Genetically-related birth defects were more prevalent than those with non-genetic etiology. Infants with multifactorial inheritance patterns were the most common (29%), followed by heterogeneous etiology (22%), monogenic inheritance patterns (19%), unknown (13,5%), chromosomal etiologies (12%) and environmental factors (4.5%). Maternal age, parental consanguinity and family susceptibility (the presence of defects in the family) were some of the identified risk factors. Most affected infants were premature and the most commonly observed consequences were prolonged hospital stays and death. Hence, birth defects are frequent in the population; several causes are... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Identifica genéticamente a especies de Plasmodium en base al gen que codifica la subunidad 18S ARNr en muestras de sangre de primates no humanos en cautiverio. El diseño de este estudio es observacional y transversal. Esta investigación es un estudio secundario en el que se usa muestras biológicas e información de un grupo de primates no humanos entre adultos, jóvenes y crías de ambos sexos pertenecientes al género Saimiri y Lagothrix evaluados durante los años 2011 y 2012 en algunas ciudades de Perú. El análisis es realizado mediante el software MEGA v6.0 y el programa Excel. Se realiza análisis descriptivo de las variables de las pruebas ensayadas usando los siguientes métodos: evaluación microscópica por gota gruesa, técnicas moleculares de PCR para confirmar la infección y secuenciamiento del gen 18S ARNr. Se encuentra que el 7.05 % (6/85) de primates no humanos están infectados con Plasmodium spp. En base al secuenciamiento y análisis filogenético molecular del gen 18S ARNr se observa infección por Plasmodium brasilianum en una muestra de primate Lagothrix lagotricha y por Plasmodium malariae en cuatro muestras de primates Saimiri sciureus. Concluye que los parásitos identificados en las muestras de estudio son Plasmodium malariae y Plasmodium brasilianum, este último previamente reportado como especie que infecta a primates no humanos del Nuevo Mundo. / Tesis

Resumo: A composição de quasiespécies do vírus da Hepatite C (HCV) pode ter implicações importantes com relação à persistência viral e à resposta a terapia baseada em Interferon. A região NS5A completa foi analisada para avaliar se a composição de quasiespécies do HCV 1a/1b está relacionada à resposta ao tratamento combinado de interferon peguilado (PEGIFN) e ribavirina. Seiscentos e noventa seqüências correspondentes a região não estrutural 5A (NS5A) completa foram geradas a partir de amostras coletadas antes, durante a após a administração da terapia de pacientes respondedores, não respondedores e respondedores ao final do tratamento. Este estudo apresenta evidências de que a homogeneidade da composição de quasiespécies, e a baixa complexidade e diversidade da região NS5A em amostras préterapia estão associados à resposta virológica sustentada. Portanto, a alta diversidade e complexidade de quasiespécies podem fornecer ao vírus melhores oportunidades de evadir a terapia antiviral. Análises filogenéticas não demonstraram o agrupamento das seqüências de acordo os padrões específicos de resposta ao tratamento. Contudo, o agrupamento distinto de seqüências pré e pós-terapia foi observado, sugerindo que um processo adaptativo ocorreu durante o período analisado. Adicionalmente, a dinâmica evolutiva da composição de quasiespécies demonstrou estar sob pressão seletiva purificadora ou purificadora relaxada, o que é condizente com a população de quasiespécies diversificada no pré-terapia, seguida de um aumento em freqüência de quasiespécies predominantes nas amostras pós-tratamento, provavelmente devido a conferirem alguma vantagem ao vírus. Estes resultados sugerem que a diversidade de quasiespécies da região NS5A pode ser importante para o entendimento dos mecanismos de baixa resposta virológica sustentada em pacientes com Hepatite C crônica / Abstract: The quasispecies composition of Hepatitis C virus (HCV) could have important implications with regard to viral persistence and response to interferon-based therapy. The complete NS5A was analyzed to evaluate whether the composition of NS5A quasispecies of HCV 1a/1b is related to responsiveness to combined interferon pegylated (PEG-IFN) and ribavirin therapy. Six hundred and ninety full-length NS5A sequences were generated from samples collected before, during and after treatment from virological sustained responder, non-responder and the end-of-treatment responder patients. This study provides evidence that homogeneity of quasispecies composition, low diversity and less complexity of the NS5A region pre-therapy are associated with viral clearance. Therefore, higher diversity and complexity of quasispecies could offer the virus a better opportunity of evading anti-viral therapy. Phylogenetic relationships concerning complete NS5A sequences obtained from patients did not demonstrate clustering associated with specific response patterns. However, distinctive clustering of pre/post-therapy sequences was observed, suggesting that an evolutionary process occurred during the time course examined. In addition, the evolution of quasispecies over time was subjected to purifying or relaxed purifying selection. This could explain the initial diversified composition of quasispecies at baseline, followed by an increase in the frequency of a predominant quasispecies in 'after treatment' samples of non-responders and end-of-treatment responders, probably because it offers some advantage for the virus. These results suggest that quasispecies diversity of the NS5A region could be important for elucidating the mechanism underlying treatment failure in patients infected with chronic hepatitis C / Orientador: Paula Rahal / Coorientador: Isabel Maria Vicente Guedes Carvalho-Mello / Banca: Camila Malta Romano / Banca: Jonny Yokosawa / Banca: Maurício Lacerda Nogueira / Banca: Fátima Pereira de Souza / Doutor

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-05-09T11:58:38Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1604827 bytes, checksum: df8ba7a8a56ddaa2ff7ce5bb4491e896 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-09T11:58:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1604827 bytes, checksum: df8ba7a8a56ddaa2ff7ce5bb4491e896 (MD5) Previous issue date: 2003-10-23 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A caracterização e a avaliação dos acessos de abóbora conservados nos Bancos de Germoplasma devem ser prioritárias na estratégia de manejo dos recursos genéticos, pois proporcionam melhor conhecimento do germoplasma disponível, essencial para seu uso em etapas subseqüentes. Dentro deste contexto, o estudo teve como objetivos: (a) Avaliar parte da coleção dos acessos de abóbora pertencentes ao Banco de Germoplasma de Hortaliças da Universidade Federal de Viçosa (MG) e do Banco Ativo de Germoplasma de Cucurbitáceas da Embrapa Semi-Árido (PE) para identificar fontes de resistência ao Zucchini yellow mosaic virus; (b) Obter estimativas da divergência genética entre acessos e híbridos comerciais de abóbora, para promover o seu agrupamento, e (c) Caracterizar os ambientes de coleta de uma amostra de acessos de abóbora do BGH da UFV e do BAG de Cucurbitáceas para o Nordeste brasileiro aplicando descritores ecogeográficos. Cem acessos de abóbora foram inoculados, com o vírus ZYMV, na fase cotiledonar. As plantas que persistiram sem sintomas, após um período de 30 dias após a primeira inoculação, foram testadas para a presença do ZYMV por ELISA indireto. Para obtenção da estimativa da divergência genética entre 16 acessos de abóbora foram utilizados 17 descritores morfoagronômicos e um nutricional (teor de caroteno total). As plantas foram cultivadas em condições de campo na Universidade Federal de Viçosa (MG), utilizando-se o delineamento experimental em blocos ao acaso com três repetições. O desempenho dos acessos foi avaliado pela análise univariada e a divergência estimada mediante a análise multivariada, utilizando-se a distância generalizada de Mahalanobis (D 2 ) e o método Tocher como técnica de agrupamento. Para o levantamento exploratório da distribuição espacial de abóbora, fez-se a análise ecogeográfica com os mapas ambientais no Sistema de Informação Geográfica (SIG), cujos descritores ecogeográficos utilizados foram os mapas do Brasil, prontos para processamento em ambiente de SIG. Dentre os acessos avaliados, três mostraram-se imunes ao ZYMV (BGH-1943, BGH-1934 e BGH-1937) quando inoculados no mês de janeiro. Em relação ao estudo da divergência genética entre os acessos de abóbora houve considerável variabilidade em relação aos descritores qualitativos e quantitativos avaliados; por meio da análise univariada e multivariada, foi constatada a existência de variabilidade genética entre os acessos estudados. Todos os descritores avaliados contribuíram para a determinação da divergência genética entre os acessos, em maior ou menor proporção. Houve formação de um banco de dados digitalizados da coleção de germoplasma de abóbora pertencentes ao BGH-UFV e de 148 acessos do BAG-Embrapa Semi-Árido, como também a caracterização ecogeográfica dos acessos, permitindo assim, a intensificação do uso de recursos genéticos. / The characterization and evaluation of the accessions preserved by germplasm banks must be a priority in strategies of genetic resources management since they provide a better understanding of the germplasm available. Within this context, this study aimed to: (a) evaluate part of the Cucurbita moschata collections owned by the UFV Vegetable Germplasm Bank and the Embrapa SemiArido Germplasm Active Bank of Cucurbitaceae, to identify sources of resistance to the Zucchini Yellow Mosaic Virus (ZYMV); (b) obtain estimates of genetic divergence among accessions and commercial hybrids of Cucurbita moschata to promote its grouping, and (c) characterize the collection environments of 368 accessions from the UFV’ BAG and Embrapa BAG in Northeastern Brazil by applying ecogeographic descriptors. A total of 100 pumpkin accessions were inoculated with the ZYMV at the cotyledon phase. The plants which remained without symptoms for 30 days after the first inoculation were tested for ZYMV by indirect ELISA. To obtain genetic divergence estimate among 16 accessions, 22 morph agronomic descriptors and a nutritional one (total carotene content) were used. The plants were cultivated under field conditions at the Universidade Federal de Viçosa (MG), using an experimental randomized performance was design evaluated by with three univariate repetitions. analysis and Access divergence estimated by means of multivariate analysis, using the Mahalanobis (D 2 ) distance and the Tocher method as grouping technique. For the exploratory assessment of Cucurbita moschata special distribution, an eco- geographic analysis was performed using the Geographic Information System (GIS), with maps of Brazil as ecogeographic descriptors, ready to be processed under GIS. Among the accessions evaluated, three were found to be immune to ZYMV (BGH-1934, BGH-1937 and BGH-1943), when inoculated in January. Considerable variability was found in the qualitative and quantitative descriptors evaluated, regarding the study of genetic divergence among the pumpkin accessions; univariate and multivariate analyses confirmed the existence of genetic variability among the accessions studied. All the descriptors evaluated contributed for determining genetic divergence among the accessions, at a higher or lower proportion. A computerized data bank of the Cucurbita moschata germplasm collection owned by BAG-UFV and of 148 accessions owned by BAG-Embrapa was created, and an eco-geographic characterization of the accessions was made leading to an intensified use of the genetic resources. / Não foi localizado o cpf do autor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-12-17Bitstream added on 2014-06-13T20:14:35Z : No. of bitstreams: 1 jorge_yc_me_sjrp.pdf: 4700733 bytes, checksum: 1fa001424eaf0ffba4a8cdeb55c5fce5 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / No presente estudo foram investigados os níveis de expressão gênica e protéica da anexina-1 (ANXA1/AnxA1) e galectina-1 (LGALS1/Gal-1) na carcinogênese do estômago e associações com infecção pela Helicobacter pylori e o genótipo de virulência bacteriano cagA+. A análise foi realizada em 40 biópsias de mucosa gástrica com gastrite crônica (CG), 20 de câncer gástrico (GA) e 10 de mucosa normal (C), pelas técnicas de qPCR para quantificar os níveis de RNAm; imuno-histoquímica para caracterizar a expressão protéica na mucosa gástrica, e PCR para diagnóstico molecular da H. pylori e cepa cagA+. O estudo mostrou resultados inéditos quanto à expressão desses genes em gastrite crônica, ainda sem descrições na literatura. Foi demonstrada expressão relativa elevada do mRNA de ANXA1 em 80% dos casos de GA (média de 4,38 + 4,77) e em 90% dos casos de CG (média de 4,26 + 2,03), sem diferença significante entre os grupos (p = 0,33). O gene LGALS1 apresentou expressão elevada em 60% dos casos GA (média de 2,44 + 3,26) e, expressão constitutiva na CG (média de 0,43 + 3,13), mostrando, portanto, diferença significante entre os grupos (p < 0,01). A imuno-histoquímica revelou que as proteínas AnxA1 e Gal-1 não são expressas na mucosa normal. Ao contrário, durante o processo inflamatório de CG, imunomarcação citoplasmática positiva para a AnxA1 foi observada na porção basal do epitélio e estroma e, para Gal-1 a expressão foi constatada na porção apical e borda estriada do epitélio além do estroma. No adenocarcinoma tipo intestinal foi observada expressão citoplasmática em toda extensão epitelial e estroma tanto para a AnxA1 quanto para a Gal-1. Por outro lado, no tipo difuso imunomarcação positiva também foi observada no núcleo e membrana plasmática... / In this study we investigated the levels of gene and protein expression of annexin-1 (ANXA1/Anxa1) and galectin-1 (LGALS1/Gal-1) in gastric carcinogenesis and associations with Helicobacter pylori infection and bacterial virulence genotype cagA+. The analysis was performed in 40 biopsies of gastric mucosa with chronic gastritis (CG), 20 with gastric cancer (GA) and 10 of normal mucosa (C), by the techniques of qPCR to quantify mRNA levels, immunohistochemistry to characterize the protein expression in gastric mucosa, and PCR for molecular diagnosis of H. pylori cagA+ strains. This is the first study regarding the expression of these genes in chronic gastritis. High ANXA1expression levels were demonstrated in 80% of GA cases (mean 4.38 + 4.77) and in 90% of GC cases (mean 4.26 + 2.03), with no significant difference between groups (p = 0.33). High LGALS1 gene expression was found in 60% of GA cases (average 2.44 + 3.26), and constitutive expression was found in CG (mean 0.43 + 3.13), showing therefore a significant difference between groups (p <0.01). Immunohistochemistry revealed that the proteins AnxA1 and Gal-1 are not expressed in normal mucosa. In contrast, during the inflammatory process of CG, positive cytoplasmic immunostaining for AnxA1 was observed in the basal epithelium and stroma, and Gal-1 expression was detected in the apical portion and striated border of the epithelium and stroma. In intestinal-type adenocarcinoma was observed cytoplasmic expression in all epithelial and stromal extension for both AnxA1 and Gal-1. On the other hand, in diffuse-type adenocarcinoma positive immunostaining was also observed in the nucleus and plasma membrane of both proteins. Infection by H. pylori showed no association with the expression of both genes, but the genotype cagA+ is associated with about 2.5 times... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:04Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-26Bitstream added on 2014-06-13T19:53:57Z : No. of bitstreams: 1 oliveira_cif_me_sjrp.pdf: 1431703 bytes, checksum: 19bdfb08ccbb18b978cdc957759cb23d (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os defeitos congênitos resultam de causas genéticas e não genéticas, afetam cerca de 3 a 5% dos recém-nascidos e são reconhecidos como uma das maiores causas de morbidade e mortalidade no primeiro ano de vida, além de serem a causa de muitas mortes embrionárias e fetais. Possuem etiologia e fatores de risco variados, muitos ainda desconhecidos. Dados epidemiológicos brasileiros são escassos. O estudo dos fatores epidemiológicos pode ampliar o conhecimento sobre tais defeitos e propiciar estratégias de prevenção, além do Aconselhamento Genético adequado para as famílias envolvidas. O presente trabalho realizou um estudo genético clínico prospectivo de todos os recém-nascidos e natimortos com defeitos congênitos atendidos no período de um ano no Hospital de Base de São José do Rio Preto/SP (HB), com o objetivo de estimar a prevalência, caracterizar em tipos de doenças, diagnósticos ou categorias diagnósticas, verificar as possíveis causas e consequências dos defeitos. Para cada criança foi realizada a análise cariotípica (nos casos indicados), a avaliação física, o registro fotográfico, análise de dados de prontuário médico e coleta de informações complementares com a família. Foram estudados 110 indivíduos, 103 recém-nascidos e sete natimortos. A prevalência foi de 2,8%. Em 82% dos casos o diagnóstico específico pode ser sugerido. Os defeitos congênitos de etiologia genética foram mais frequentes que os de etiologia não genética. Os de herança multifatorial foram os mais freqüentes (29%), seguidos dos de etiologia heterogênea (22%), monogênica (19%), desconhecida (13,5%), cromossômica (12%) e ambiental (4,5%). A idade materna, a consangüinidade parental e a predisposição familial (presença de defeitos congênitos na família) foram alguns fatores de risco identificados. A maioria dos afetados eram prematuros e a hospitalização... / Birth defects, resulting from genetic and non-genetic causes, affect about 3 to 5% of newborns and are recognized as a major cause of morbidity and mortality within the first year of life, as well as being the cause of many embryonic and fetal deaths. Not infrequently the varied etiology and risk factors remain unknown. Brazilian epidemiological data are scarce. The study of epidemiological factors may increase knowledge about these defects and make prevention strategies and genetic counseling possible for affected families. This work constitutes a prospective clinical genetic study of all newborn and stillborn infants with birth defects seen over one year in Hospital de Base in São José do Rio Preto, Sao Paulo, in order to estimate the prevalence, characterize the disease types, diagnoses or diagnostic categories and evaluate possible causes and consequences of the defects. Karyotypic analysis, a physical assessment, photographic records, an analysis of the patients’ medical records and the collection of additional information with the family was performed for each infant. The study assessed 103 newborn and 7 stillborn subjects. The prevalence of birth defects was of 2.8%. A specific diagnosis was suggested in 82% of cases. Genetically-related birth defects were more prevalent than those with non-genetic etiology. Infants with multifactorial inheritance patterns were the most common (29%), followed by heterogeneous etiology (22%), monogenic inheritance patterns (19%), unknown (13,5%), chromosomal etiologies (12%) and environmental factors (4.5%). Maternal age, parental consanguinity and family susceptibility (the presence of defects in the family) were some of the identified risk factors. Most affected infants were premature and the most commonly observed consequences were prolonged hospital stays and death. Hence, birth defects are frequent in the population; several causes are... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-10-05Bitstream added on 2014-06-13T19:21:42Z : No. of bitstreams: 1 mendiburu_cf_dr_sjrp.pdf: 1598889 bytes, checksum: aabab02662f822fd33d6f9740c1b5a84 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Famerp - Pab / O subtipo Anemia Refrataria com Excesso de Blastos (AREB) representa cerca de 30% dos casos de Síndromes Mielodisplásicas (SMD). Os pacientes apresentam uma sobrevida media de poucos meses e risco alto de progressão para Leucemia Mielóide Aguda. As bases moleculares da doença não estão elucidadas. O objetivo do presente trabalho foi investigar a expressão gênica das células da medula óssea (MO) de pacientes com AREB. Foi gerada a primeira biblioteca SAGE de AREB, ao diagnostico, a partir de amostras de MO de seis pacientes. A comparação entre as bibliotecas AREB e normal evidenciou genes diferencialmente expressos. Cinco genes hipo-expressos, TXNIP, SGPL1, NUMB, FOXO e MSH2, e outros cinco hiper-expressos, MIF, RHOG, ICAM3, CHI3L1 e NOTCH1 foram selecionados para validação nas amostras coletadas ao diagnostico e dos mesmos pacientes após seis meses do diagnóstico, por PCR em tempo real. O padrão de expressão dos cinco genes hipo-expressos e dois hiper-expressos, MIF e RHOG foi confirmado, ao diagnostico, em 60% dos pacientes. Os genes NUMB e RHOG mostraram o mesmo padrão de expressão após seis meses de evoluçlão da doença, enquanto o gene. NOTCH1 apresentou hiper-expressão em duas amostras. Os dados aqui obtidos mostram que a criação da biblioteca SAGE de AREB permite o estudo de genes possivelemente envolvidos na origem e evolução da doença. As células da MO de pacientes com AREB apresentam um perfil de expressão gênica diferente das celulas de MO normal. Os genes TXNIP, SGPL1, NUM e, FOXO3, e MSH2, MIF e RHOG, estão hipo e hiper-expressos, respectivamente, ao diagnóstico. NUMB e RHOG mantêm seu padrão de expressão após seis meses, mas NOTCH1 parece aumentar sua expressão após este período.,Estes resultados devem ser confirmados em um número maior de amostras, no entanto, demonstram que a expressão alterada dos genes FOXO3, NUMB, SGPL1, TXNIP, MSH2... / The refractory anemia with excess blast (RAEB) subtype represents approximately 30% of Myelodysplastic Syndrome (MDS) cases. Patients with RABE have survival rates of a few months and a high risk for progression to acute myeloid leukemia. The molecular basis of the disease is not elucidated yet. This study aimed at analyzing the gene expression profile of bone marrow (BM) cells in patients with RAEB. We created the first SAGE library of RAEB at diagnosis using the BM cells of six patients. A comparison between RAEB and normal SAGE libraries show differentially expressed genes. Five under-expressed genes, TXNIP, SGPL1, NUMB, FOXO3 and MSH2 and five over-expressed genes, MIF, RHOG, ICAM3, CHI3L1 and NOTCH1, were selected for validation using real time PCR with samples collected at diagnosis and samples from the same patients collected six months after diagnosis. The pattern of expression of the five under-expressed genes and two overexpressed genes (MIF and RHOG) was validated at diagnosis in 60% of the patients. The NUMB and RHOG genes show the same expression pattern six months after diagnosis. NOTCH1 continued over-expressed in two samples six months after diagnosis. Our results show that the creation of the RAEB SAGE library allowed an analysis of genes passively involved in the genesis and progression of disease. BM cells from patients with REAB show a different gene expression profile to normal BM. The TXNIP, SGPL1, NUMB, FOXO3, and MSH2 genes are under-expressed and MIF and RHOG are over-expressed at diagnosis. NUMB and RHOG conserved their expression pattern six months after diagnosis and NOTHC1 gene increase its expression in this period. However, the results should be confirmed in studies with a larger number of cases with abnormal expressions for the FOXO3, NUMB, SGPL1, TXNIP, MSH2, MIF, RHOG and NOTCH1 genes. As these genes may play a role in the pathogenesis and progression... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-10-09Bitstream added on 2014-06-13T18:43:20Z : No. of bitstreams: 1 duarte_mc_dr_sjrp.pdf: 1624040 bytes, checksum: 20ecff772fa883fe77038e593b4fc422 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A carcinogênese gástrica apresenta um modelo de múltiplas etapas, que pode iniciar a partir de uma gastrite crônica, frequentemente associada à infecção pela bactéria Helicobacter pylori, e progredir para atrofia gástrica, metaplasia intestinal, displasia e câncer gástrico. Outra via, trata do surgimento do câncer gástrico a partir de um sítio de úlcera péptica benigna. Há relatos de algumas alterações genéticas bem estabelecidas nos estágios iniciais e avançados da carcinogênese gástrica, mas em lesões benignas precursoras como a metaplasia intestinal e a úlcera gástrica, relativamente pouco é conhecido. Deste modo, estudos genéticos destas lesões poderão fornecer informações importantes sobre os eventos iniciais da carcinogênese do estômago e contribuir para estratégias de diagnóstico precoce e prevenção. A partir de dados da literatura foram selecionados genes envolvidos com a carcinogênese do estômago como TERT, COX-2, NOS2, HGF, MET, KRAS, TFF1 e CLDN18, que atuam na manutenção dos telômeros, processos celulares e proteção da mucosa gástrica. Diante do exposto, este trabalho teve por objetivos avaliar mudanças de expressão gênica e protéica destes genes selecionados, em metaplasia intestinal (MI - 37 casos) e úlcera gástrica (UG - 30 casos), comparadas com suas respectivas mucosas normais (MN) e com adenocarcinoma gástrico (CG - 22 casos) e verificar possíveis correlações entre a expressão destes genes nos três grupos estudados, bem como associações entre os níveis de expressão gênica e protéica e fatores como infecção pela H. pylori e tipo histológico de MI e CG. A expressão relativa do RNAm dos referidos genes foi analisada pela técnica de PCR em tempo real, enquanto a expressão das respectivas proteínas foi avaliada por imuno-histoquímica. A avaliação da expressão gênica revelou níveis médios relativos do RNAm... / Gastric carcinogenesis presents a model of multiple steps, which can be triggered by a chronic gastritis, often associated with infection caused by the bacterium Helicobacter pylori, and progress to gastric atrophy, intestinal metaplasia, dysplasia and gastric cancer. However, another pathway has attracted interest in recent decades and refers to origin of gastric cancer from one site of benign peptic ulcer. There are reports of some well-established genetic alterations in the early stages and advanced gastric carcinogenesis, however, in precursor benign lesions as intestinal metaplasia and gastric ulcer, relatively little is known. Thus, genetic studies of these lesions may provide important information regarding the initial events of carcinogenesis of the stomach and contribute to strategies for early diagnosis and prevention. The genes selected for this study TERT, COX-2, NOS2, HGF, MET, KRAS, TFF1 and CLDN18, act, usually, in cell cycle processes, telomere maintenance and protection of the gastric mucosa. So, this study aimed to evaluate changes in gene and protein expression of these genes, altered in intestinal metaplasia (IM- 37 cases) and gastric ulcer (GU- 30 cases), compared with their corresponding normal mucosa (NM) and gastric cancer (GC - 22 cases) and to verify possible correlations between the expressions of these genes among the three groups studied, and also examine associations between gene and protein expression levels and factors such as H. pylori infection and histological type of IM and GC. The relative mRNA expression of these genes was analyzed by real time PCR, while the expression of respective proteins was assessed by immunohistochemistry. Evaluation of gene expression showed mRNA relative mean levels, increased in GC compared to NM to TERT (17.3-fold), COX-2 (27.6-fold), NOS2 (12.8-fold), HGF (1.8-fold), MET (3.5-fold) and KRAS (1.7-fold). For TFF1, there was... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-25Bitstream added on 2014-06-13T20:03:27Z : No. of bitstreams: 1 jardim_acg_dr_sjrp.pdf: 1650863 bytes, checksum: 6ecdc00802358d3e90fac9c3024108d4 (MD5) / A composição de quasiespécies do vírus da Hepatite C (HCV) pode ter implicações importantes com relação à persistência viral e à resposta a terapia baseada em Interferon. A região NS5A completa foi analisada para avaliar se a composição de quasiespécies do HCV 1a/1b está relacionada à resposta ao tratamento combinado de interferon peguilado (PEGIFN) e ribavirina. Seiscentos e noventa seqüências correspondentes a região não estrutural 5A (NS5A) completa foram geradas a partir de amostras coletadas antes, durante a após a administração da terapia de pacientes respondedores, não respondedores e respondedores ao final do tratamento. Este estudo apresenta evidências de que a homogeneidade da composição de quasiespécies, e a baixa complexidade e diversidade da região NS5A em amostras préterapia estão associados à resposta virológica sustentada. Portanto, a alta diversidade e complexidade de quasiespécies podem fornecer ao vírus melhores oportunidades de evadir a terapia antiviral. Análises filogenéticas não demonstraram o agrupamento das seqüências de acordo os padrões específicos de resposta ao tratamento. Contudo, o agrupamento distinto de seqüências pré e pós-terapia foi observado, sugerindo que um processo adaptativo ocorreu durante o período analisado. Adicionalmente, a dinâmica evolutiva da composição de quasiespécies demonstrou estar sob pressão seletiva purificadora ou purificadora relaxada, o que é condizente com a população de quasiespécies diversificada no pré-terapia, seguida de um aumento em freqüência de quasiespécies predominantes nas amostras pós-tratamento, provavelmente devido a conferirem alguma vantagem ao vírus. Estes resultados sugerem que a diversidade de quasiespécies da região NS5A pode ser importante para o entendimento dos mecanismos de baixa resposta virológica sustentada em pacientes com Hepatite C crônica / The quasispecies composition of Hepatitis C virus (HCV) could have important implications with regard to viral persistence and response to interferon-based therapy. The complete NS5A was analyzed to evaluate whether the composition of NS5A quasispecies of HCV 1a/1b is related to responsiveness to combined interferon pegylated (PEG-IFN) and ribavirin therapy. Six hundred and ninety full-length NS5A sequences were generated from samples collected before, during and after treatment from virological sustained responder, non-responder and the end-of-treatment responder patients. This study provides evidence that homogeneity of quasispecies composition, low diversity and less complexity of the NS5A region pre-therapy are associated with viral clearance. Therefore, higher diversity and complexity of quasispecies could offer the virus a better opportunity of evading anti-viral therapy. Phylogenetic relationships concerning complete NS5A sequences obtained from patients did not demonstrate clustering associated with specific response patterns. However, distinctive clustering of pre/post-therapy sequences was observed, suggesting that an evolutionary process occurred during the time course examined. In addition, the evolution of quasispecies over time was subjected to purifying or relaxed purifying selection. This could explain the initial diversified composition of quasispecies at baseline, followed by an increase in the frequency of a predominant quasispecies in ‘after treatment’ samples of non-responders and end-of-treatment responders, probably because it offers some advantage for the virus. These results suggest that quasispecies diversity of the NS5A region could be important for elucidating the mechanism underlying treatment failure in patients infected with chronic hepatitis C

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-11-05Bitstream added on 2014-06-13T19:02:48Z : No. of bitstreams: 1 mendozasanchez_g_dr_jabo.pdf: 284774 bytes, checksum: 92c1507cf74421e8e38247e70aded393 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Considerando-se que a contagem de células somáticas (CCS) de amostras de leite é um valioso indicador da saúde do úbere de búfalas, foi desenvolvido este trabalho com o objetivo de estimar a relação existente entre a CCS e a produção de leite (PL). Foram analisadas informações de 9404 amostras de controles de CCS e PL, referentes a 2198 lactações de animais da raça Murrah com idades entre 2 e 15 anos, filhas de 187 reprodutores, que ocorreram entre os anos 1997 e 2005. Para quantificar as perdas de PL em relação à CCS, nas análises de variância para a variável PL, foram incluídos no modelo os efeitos fixos de fazenda, ordem e ano de parto e estação do parto o escore da contagem de células somáticas (ECCS) como covariável, o efeito de animal dentro da fazenda foi considerado como aleatório. Para a estimação de parâmetros genéticos para a CCS, utilizaram-se “test day models”, a média da contagem de células somáticas na lactação (CCSt270) e a produção de leite aos 270 dias (PL270); os componentes de (co) variância foram estimados usando método de máxima verossimilhança restrita. A CCS de cada mês da lactação foi considerada como uma característica distinta, em análises uni e bicaracterísticas, o modelo incluiu como efeitos aleatórios, o genético aditivo direto e de ambiente permanente e residual. Além disso, foram considerados como efeitos fixos: grupo de contemporâneos, número de controle e idade da vaca ao parto como covariável (efeito linear e quadrático). Para a CCSt nos diferentes meses, os grupos de contemporâneos foram definidos como... / Considering that the somatic cells count (SCC) of samples of milk is a valuable indicator of the health of the buffaloes’ udder, this work was developed with the objective of estimating the relationship between SCC and milk yield (MY). Information on 9404 SCC and MY controls were analyzed. Data contained 2198 lactations of Murrah animals aging between 2 and 15 years, daughters of 187 sires, from 1997 and 2005. To quantify the decreases of MY in relation to SCC, the analyses of variance for the variable MY, included in the model a random animal effect nested in farm and the fixed effects of farm, order and year of parity and season of parity, somatic cells count score (SCCE) as covariate. For estimating genetic parameters for SCC, “test day models were used. For average of somatic cells count in the lactation (SCCt270) and milk yield to 270 days (MY270); the (co) variance components were estimated using Restricted Maximum Likelihood (MTDFREML). SCCs of every month of lactation were considered as different traits in single and double trait analyses. The model included genetic additive, permanent environmental (for SCCt270 and for MY270) and residual random effects. Other fixed effects were: contemporary group; control number and age of cow at parity as a covariate (linear and quadratic effects). For CCSt, contemporary groups were defined as flock-year-month of the control, and for SCCt270 and MY270 as herd-year- season of the parity. x It was found that all effects influenced the expression of SCCE. For first parity females, no relationship between MY and SCC was found. The results indicated that the largest decreases were observed in females with more than one parity. This category... (Complete abstract click electronic access below)