Orientadora: Claudia Regina Bonini-Domingos / Banca: Ana Cristina Silva Pinto / Banca: Maria Stella Figueiredo / Banca: Flávia Cristina Rodrigues Lisoni / Banca: Marília de Freitas Calmon / Resumo: Níveis elevados de Hb F na vida adulta podem apresentar efeitos benéficos para indivíduos com anemia falciforme e talassemia beta. Dentre os elementos genéticos que atuam na regulação da expressão da Hb F são conhecidos os fatores de transcrição e os microRNAs. Os objetivos do trabalho foram rastrear, por footprinting filogenético, fatores de transcrição que apresentam sítios de ligação nas regiões não-codificantes dos genes da γ-globina, e microRNAs candidatos à regulação desses genes, além de avaliar a expressão desses microRNAs selecionados in silico em diferentes grupos de indivíduos com perfis distintos de expressão de Hb F. As análises in silico para o rastreamento dos fatores de transcrição foram realizadas comparando as sequências dos genes HBG1 e HBG2 de espécies de primatas do Velho e do Novo Mundo com as sequências da espécie Homo sapiens. O rastreamento in silico dos microRNAs preditos à regulação dos genes da γ-globina foi realizado a partir da utilização de bancos de dados públicos de microRNA. Para as análises de expressão dos microRNAs selecionados foram analisadas 38 amostras de sangue periférico, divididas em cinco grupos de estudo: grupo controle, anemia falciforme em uso ou não de hidroxiureia (HU), e talassemia beta na presença e ausência do alelo β0. Todas as amostras foram submetidas aos testes clássicos de diagnóstico de hemoglobinopatias, quantificação das frações de globinas por cromatografia e análise molecular para a genotipagem dos indivíduos com anemia falciforme (PCR-RFLP) e talassemia beta (PCR-AE e sequenciamento genômico), além da caracterização dos haplótipos βS e β-Tal (PCR-RFLP). Os reticulócitos foram isolados a partir do sangue total e submetidos à extração de microRNA. As análises de expressão dos microRNAs foram realizadas por PCR em tempo real (RT-PCR e q-PCR). As análises in silico apontaram... / Abstract: High levels of Hb F in adulthood may have beneficial effects for sickle cell anemia and beta-thalassemia. Some of the genetic elements that act in the regulation of Hb F expression are transcription factors and microRNAs. The aim of this study was to use phylogenetic footprinting to screen transcription factors that have binding sites in the γ-globin genes' noncoding regions, and miRNAs candidates to modulating Hb F levels, also evaluating the expression of microRNAs selected from in silico analyses in different groups with distinct profiles of Hb F expression. In silico analysis to screening of transcription factors were performed using bioinformatics tool VISTA, comparing the sequences of HBG1 and HBG2 genes in species of the Old and New World primates with the Homo sapiens sequences. The screening of predicted microRNAs to regulation of γ-globin genes was performed using public databases of microRNA. For the expression analyses of the selected microRNAs, we analized thirty-eight peripheral blood samples, divided into five groups: control group, sickle cell anemia using or not hydroxyurea (HU), and beta-thalassemia with and without allele β0. All samples were tested to hemoglobinopathies by classical diagnostic tests, quantification of globin fractions by chromatography and molecular analyses for genotyping of sickle cell anemia (PCR-RFLP) and beta-thalassemia (PCR-AE and genomic sequencing), and the characterization of haplotypes βS and β-Tal (PCR-RFLP). The reticulocytes were isolated from whole blood and submitted to microRNAs extraction. The analyses of the microRNAs expression were performed by real-time PCR (RT-PCR and qPCR). In silico analyses showed 13 transcription factors conserved between the analyzed species, which have binding sites in non-coding regions of both γ-globin genes, involved in regulating of the Hb F expression: BP1, CDC5, c-MYB, COUPTFII, CP2, GATA-1, GATA-2, NF-E2... / Doutor

Orientador: Claudia Regina Bonini Domingos / Coorientador: Sonia Maria Oliani / Banca: Débora Aparecida Pires de Campos Zuccari / Banca: Nicola Amanda Conran Zorzetto / Banca: Flávio Augusto Naoum / Banca: Ana Elizabete Silva / Resumo: A doença falciforme (DF) é uma anemia hemolítica hereditária causada pela presença da hemoglobina S (Hb S). No Brasil, as formas mais comuns são a homozigose (Hb SS) e a associação da Hb S com as hemoglobinas C (Hb SC), D-Punjab (Hb SD) e beta-talassemia (Hb Sβ-tal). A inflamação na DF é uma condição crônica, com constante liberação de citocinas pró-inflamatórias, e relacionada aos eventos de hipóxia e angiogênese, também característicos da doença. O comportamento desses eventos nos genótipos da DF podem explicar as variações frequentemente encontradas nas manifestações clínicas da doença nos indivíduos. Assim, o objetivo desse estudo foi analisar os processos de inflamação, hipóxia e angiogênese nos genótipos Hb SS, Hb SD, Hb Sβ-tal e Hb SC da DF, comparando os resultados obtidos com um grupo controle sem hemoglobinopatias. Inicialmente, o perfil hemolítico dos indivíduos com DF foi avaliado, considerando-se a porcentagem de reticulócitos e os níveis de lactato desidrogenase (LDH), aspartato aminotransferase (AST) e bilirrubina indireta (BI). O perfil inflamatório foi avaliado pela quantificação dos níveis plasmáticos de citocinas pró-inflamatórias (IL-1β, IL-8 e TNF-α), proteínas antiinflamatórias (TGF-β1 e ANXA1), fatores responsivos à hipóxia (HIF-1α e VEGF) e polimorfismos genéticos capazes de influenciar nas vias estudas. A porcentagem de reticulócitos e os níveis de LDH, AST e BI foram mais elevados no genótipo Hb SS, seguido pelo genótipo Hb SD, enquanto os grupos com Hb Sβ-tal e Hb SC apresentaram perfil hemolítico mais brando. Os níveis plasmáticos dos marcadores inflamatórios IL-1β, IL-8, TNF-α e TGF-β1 foram aumentados na DF em relação ao controle, especialmente no genótipo Hb SS, evidenciando a inflamação presente e mais grave no grupo com maior intensidade hemolítica. A ANXA1 esteve reduzida... / Abstract: Sickle cell disease (SCD) is a hereditary hemolytic anemia caused by the presence of hemoglobin S (Hb S). In Brazil, the most common forms of SCD are the homozygous (Hb SS) and the association of Hb S with hemoglobins C (Hb SC), D-Punjab (Hb SD) and beta thalassemia (Hb Sβ-thal). Inflammation in SCD is a chronic condition, with the recurrent release of pro-inflammatory cytokines, and is related to hypoxic and angiogenenic events, which are characteristics of the disease. The behavior of these events in SCD genotypes could explain variations frequently found in the clinical manifestations of patients. Thus, the aim of the study was to verify the inflammation, hypoxia and angiogenesis processes in the Hb SS, Hb SD, Hb Sβ-thal and Hb SC genotypes of SCD, comparing the results to a control group without hemoglobinopathies. At first, the hemolytic profile of SCD individuals was evaluated considering the reticulocytes percentage and the lactate dehydrogenase (LDH), aspartate aminotransferase (AST), and indirect bilirubin (IB) levels. The inflammatory profile was analyzed by quantifying the plasma levels of proinflammatory cytokines (IL-1β, IL-8, and TNF-α), anti-inflammatory proteins (TGF-β1 and ANXA1), responsive factors to hypoxia (HIF-1α and VEGF), and genetic polymorphisms able to influence the studied pathways. The percentage of reticulocytes and the LDH, AST, and IB levels were higher in the Hb SS genotype, followed by Hb SD, while the Hb Sβ-thal and Hb SC genotypes presented milder hemolytic profile. The plasma levels of inflammatory markers IL-1β, IL-8, TNF-α, and TGF-β1 were higher in SCD than in the control group, especially in the Hb SS genotype, demonstrating the presence of more severe inflammation in the group with greater hemolytic intensity. The ANXA1 was reduced in SCD, reflecting the imbalance between inflammatory response propagation and inflammation ... / Doutor

Orientador: Agnes Cristina Fett-Conte / Banca: Ana Elizabeth Silva / Banca: Paula Rahal / Banca: Ana Luiza Bossolani Martins / Banca: Flávio Naoum / Resumo: Síndromes Mielodisplásicas (SMDs) é a denominação de um grupo de doenças neoplásicas clonais das células hematopoéticas, mais frequentemente observadas em idosos, caracterizadas por citopenias, displasia, hematopoese ineficaz e risco elevado para leucemia mielóide aguda (LMA). Citopenia(s) persistente(s), por mais de seis meses, e ausência de critérios diagnósticos para SMD, caracteriza a Citopenia Idiopática de Significado Indeterminado (ICUS). ICUS foi definida recentemente e é pouco conhecida quanto aos fatores etiológicos. Já as SMDs são consideradas protótipos de doenças epigenéticas, uma vez que distúrbios na metilação de alguns genes que regulam proliferação e diferenciação celular têm sido considerados fatores causais. O gene SOX17, por exemplo, é um supressor de tumor expresso em vários tecidos e alterações no seu padrão de metilação já foram observadas em tumores sólidos e neoplasias hematológicas, entretanto, foram pouco estudadas nas SMDs e não há descrições de estudos em ICUS. Do mesmo modo, alguns microRNAs vem sendo utilizados como marcadores moleculares para diagnóstico e prognóstico para diversas anormalidades hematológicas, mas seu papel na etiologia e desenvolvimento das SMDs também é pouco conhecido. Neste contexto, este estudo propos investigar o padrão de metilação do gene SOX17 por MSP-PCR em células da medula óssea (MO) de pacientes com SMD e ICUS ao diagnóstico, e analisar alterações no padrão de expressão de microRNAs por RT-PCR em células da MO de... / Abstract: Myelodysplastic syndromes (MDS) denominates a group of neoplastic diseases of the hematopoietic cells, most commonly observed in elderly patients, characterized by cytopenias, dysplasia, ineffective hematopoiesis and high risk of acute myeloid leukemia (AML). Persistent cytopenia (s), for more than six months, and absence of diagnostic criteria for MDS, characterizes Idiopathic Cytopenia of Undetermined Significance (ICUS). ICUS has been recently defined, and little is known about its etiological factors. The MDSs are considered as prototypes of epigenetic diseases, due to the fact that methylation disorders of some genes that regulate cell proliferation and differentiation have been considered as causal factors. The SOX17 gene, for example, is a tumor suppressor expressed in several tissues and changes in its methylation pattern have already been observed in solid tumors and hematological malignancy, however, these changes have been little studied in MDS and there are no descriptions of studies in ICUS. Similarly, some microRNAs are being used as molecular markers for diagnosis and prognosis for various hematological abnormalities, but its role in the etiology and development of MDS is also poorly understood. In this context, this study aimed to investigate the methylation pattern of the SOX17 gene by MSP-PCR in bone marrow (BM) cells of patients diagnosed with MDS and ICUS, and to analyze changes in the expression pattern of microRNAs by RT-PCR in cells of BM for adults and ... / Doutor

Estudia la asociación del SNP rs3749166 con la diabetes tipo 2 en una muestra peruana. Este estudio incluyó a 264 individuos (67 pacientes diagnosticados con diabetes tipo 2 y 197 controles). Se identificaron los genotipos mediante la técnica de análisis de alta resolución de fusión. Para determinar las asociaciones de genotipos con la diabetes tipo 2, utilizamos las proporciones de probabilidades de los modelos de regresión logística ajustados y en crudo. Se encontró 2 alelos (A>G) con frecuencias similares. La frecuencia del alelo menos común fue de 0.44 y 0.43 para el grupo control y paciente, respectivamente. También se encontraron 3 genotipos (A/G > A/A > G/G), en equilibrio de Hardy-Weinberg, en ambos grupos; sin embargo, el rs3749166 no mostró ninguna asociación significativa con la diabetes tipo 2, ya sea en los modelos en crudo o ajustado. En conclusión, el SNP rs3749166 no está asociado con la diabetes tipo 2 en la muestra estudiada. Por lo revisado, tal parece que este trabajo sería el primero que ha estudiado la asociación entre rs3749166 con diabetes tipo 2 en una muestra peruana. Se espera que esta investigación proporcione información valiosa acerca del componente genético de esta enfermedad en la población peruana, mediante la muestra de Lima acá estudiada. / Tesis

Con el propósito de genotipificar las mutaciones de resistencia a antiretrovirales existentes en una porción de la Trancriptasa Reversa (TR) del Virus de la Inmunodeficiencia Humana 1 Subtipo B (codones 151 a 261), se colectaron once muestras (n=11) provenientes del Comité de Prevención y Control de SIDA (COPRECOS) del Hospital Militar Central como parte del proyecto: “Detección de Mutaciones Puntuales en VIH-1 relacionadas a Resistencia a Antiretrovirales”. Todas las muestras se sometieron a amplificación por PCR y secuenciamiento mediante el método de Sanger para proceder al análisis de las mutaciones con el Software HIV db versión 4.1.2 de la Universidad de Stanford (disponible online). De acuerdo a los resultados de genotipificiación de la secuencia parcial de la TR, sólo dos de las 11 muestras presentaron mutaciones primarias relacionadas a resistencia a antiretrovirales, el resto de muestras mostraron mutaciones de tipo compensatorias para posiblemente alguna otra mutación fuera de esta región genética de la TR, encontrandose además algunos otros polimorfismos. Este es el primer estudio en el Perú que demuestra la presencia de mutaciones de resistencia en sujetos con tratamiento a antirretrovirales usando un sistema de genotipificación de VIH desarrollado en laboratorio. / In order to genotype the resistance mutations to antiretrovirals drugs from a portion of the Reverse Transcriptase (RT) from the Human Immunodeficiency Virus 1 Subtype B (codons 151 to 261), eleven samples coming from the “Committee of Prevention and Control of AIDS” (COPRECOS) were collected from the “Hospital Central Militar” as part of the Project: “Detection of Punctual Mutations in HIV-1 related to resistance to antiretrovirals drugs “. All samples were subjected to amplification by PCR and sequencing trough the Sanger method. Then RT sequences were analyzed using the HIV db Software version 4.1.2. from Stanford University (available online). According to genotyping results of the partial sequence of RT only two samples were found to have punctual primary related to resistance mutations for antiretroviral drugs, the remainder samples showed some mutations that might be compensatory to other mutations abroad of this RT genetic region and also finding some other polimorfisms. This is the first study made in Peru that detects punctual resistance mutations from patients receiving antirretroviral treatment by using genotyping system entirely developed in laboratory.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:36Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-12-11Bitstream added on 2014-06-13T19:58:12Z : No. of bitstreams: 1 couto_eb_me_botfca.pdf: 859715 bytes, checksum: 112956f8c222cc32cb4262cfa4afff81 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Empresa Privada / O psilídeo-de-concha Glycaspis brimblecombei é uma praga originária da Austrália, sendo detectado no Brasil em junho de 2003, na região de Mogi-Guaçu, SP. O ataque da praga causa descoloração das folhas, redução da área fotossintética com conseqüente redução no crescimento e secamento dos ponteiros, podendo levar as árvores à morte após ataques sucessivos. Devido à facilidade de dispersão deste inseto e aos danos causados em plantações de Eucalyptus, é considerada uma das principais pragas do eucalipto.Além do controle biológico com o parasitóide, há relatos de uso de inseticidas químicos e de espécies de eucalipto resistentes ou mesmo imunes ao psilídeo-de-concha. Entretanto, os mecanismos dessa resistência ainda são desconhecidos. A indução de resistência, pela ativação de indutores, como o metil jasmonato (MJ) vem sendo estudado intensamente nos últimos anos, principalmente através da seleção de genótipos com elevada capacidade de expressão de MJ. O presente trabalho teve como objetivo estudar a indução de resistência através da aplicação exógena de metil jasmonato como forma alternativa para o controle do psilídeo-de-concha. O trabalho foi realizado em condições de laboratório, utilizando mudas da espécie Eucalyptus camaldulensis e do clone híbrido de E. grandis x E. camaldulensis (gracam), sendo esses materiais escolhidos por serem altamente suscetíveis à praga. Foram realizados quatro experimentos com aplicacao de diferentes concentracoes de MJ (5, 50 e 500 ÊM) em plantas de eucalipto para avaliar o efeito na preferencia e capacidade de oviposicao dos adultos do psilideo-de-concha. No primeiro experimento verificou-se que as maiores concentracoes afetaram alguns parametros da biologia do psilideo, sendo que a testemunha apresentou maior numero de ovos e, consequentemente, maior numero de adultos produzidos. Nos dois experimentos... / Red gum lerp psyllid Glycaspis brimblecombei is an Australian eucalypt pest, being detected in Brazil in June 2003, in municipality of Mogi-Guacu, SP. The pest causes leaf fall, reduction of photosynthetic area and consequent reduction in plant growth and dieback, could carry the trees death, after successive defoliations. Due to the dispersion rates of this insect and the damages caused in eucalypt plantations, it is considered one of the eucalyptus main pests. The biological control is the main control method used, with parasitoid Psyllaephagus bliteus (Hymenoptera: Encyrtidae). Besides the biological control, there are reports of chemical insecticides applications and resistant eucalyptus species against red gum lerp psyllid. However, factors of this resistance are still ignored. The resistance induction, by elicitors activation, as methyl jasmonate (MJ) has been studied intensely in last years, mostly through the genotypes selection with high expression capacity of MJ. The work was accomplished in laboratory conditions, using young plants of Eucalyptus camaldulensis and of E. grandis x E. camaldulensis (gracam-h) hybrid clone, being these materials chosen due the high susceptibility to the pest. It was accomplished four experiments with application of different MJ concentrations (5, 50 and 500 ÊM) in eucalyptus plants to verify the effect in red gum lerp psyllid adults preference and oviposition capacity. In the first experiment it was verified that the highest concentration affected some psyllid biology parameters, and control treatment presented larger egg number and, consequently, larger number of adults produced. In the two experiments with free chance choice, independently of genetic material, it was observed the insect preference by control plants. As larger MJ concentration, less adults and eggs occurred in the leaves. In relation... (Complete abstract, click electronic access below)

Resumo: Visando contribuir para o melhor entendimento do papel dos polimorfismos em genes de citocinas na susceptibilidade para hanseníase, foi conduzido um estudo de associação do tipo caso-controle investigando polimorfismos de base única (SNPs) nas regiões promotoras dos genes IL10 (-819C>T, -1082A>G, -2763A>C, -2849A>G e -3575T>A) e TNF (TNF-308G>A) e no gene LTA (LTA+80C>A e LTA252A>G). Amostras de DNA genômico foram obtidas de 545 pacientes com hanseníase e 380 controles, provenientes do Estado de São Paulo. As genotipagens foram feitas pelas técnicas de PCR e polimorfismo de comprimento dos fragmentos de restrição (RFLP). Para as análises estatísticas foram calculadas as freqüências alélicas, de genótipos e de portadores para cada polimorfismo avaliado. As freqüências de haplótipos foram estimadas por meio do método de máxima verossimilhança. Desvios da lei do equilíbrio de Hardy-Weinberg foram testados empregando testes de Qui-quadrado. Modelos de regressão logística com cálculo de odds ratio (OR) e p-valor com ajustes para as co-variáveis gênero e etnia foram utilizados nas comparações das freqüências entre casos e controles. Em análise isolada, os polimorfismos TNF-308G>A e LTA252A>G não apresentaram associação significativa com a doença, já para o polimorfismo LTA+80C>A, os genótipos AA e CA mostraram-se marginalmente associados com OR de proteção (0,68 e 0,80, respectivamente e mesmo p-valor corrigido=0,07) para hanseníase per se. Confirmando ainda o sentido desta associação, a análise de carreador para o polimorfismo no locus LTA+80 mostrou associação com proteção para hanseníase per se para os carreadores do alelo A (OR=0,78; p-valor corrigido=0,04). Na análise de haplótipos, LTA+80A/LTA+252A/TNF-308G foi também associado com proteção (OR=0,74; p-valor corrigido=0,02). Para a região promotora do gene IL10, o SNP - 819C>T foi ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: To the better understanding of the role of genetic polymorphisms at cytokines genes on leprosy susceptibility, we conducted a case-control association study investigating single nucleotide polymorphisms (SNPs) located at promoter region of IL10 (-819C>T, -1082A>G, -2763A>C, -2849A>G and -3575T>A) and TNF genes (TNF-308G>A) and LTA gene (LTA+80C>A e LTA252A>G) gene. Genomic DNA samples were obtained from 545 leprosy patients and 380 controls, from State of São Paulo. Genotyping were done by PCR followed by restriction fragments length polymorphisms (RFLP) analyses. For statistical analyses were calculated allelic, genotypes and carriers frequencies for each polymorphism. The haplotypes frequencies were estimated using maximum-likelihood estimation method. Chisquare tests for deviation from Hardy-Weinberg equilibrium were also performed. Logistic regression models for odds ratio (OR) and p-value calculations, with adjusting for the ethnicity and gender covariates, were performed in comparisons of frequencies. Isolated, TNF-308G>A and LTA252A>G were not significantly associated to the disease, while the CC and CA genotypes to LTA+80C>A locus were marginally associated with protection (0.68 e 0.80, respectively and identical corrected p-value=0.07) for leprosy per se. In the same line, carrier analysis for LTA+80 locus showed association with protection for leprosy per se for allele A carriers (OR=0.78; corrected p-value=0.04). In the haplotype analysis, LTA+80A/LTA+252A/TNF-308G was also associated to protection (OR=0.74; corrected p-value=0.02). From IL10 promoter region analysis, -819C>T SNP was associated with susceptibility to leprosy per se to TT (OR=1.58; p-value=0.05) and CT genotypes (OR=1.36; p=0.05). This association could be confirmed in the carriers analysis for -819T allele (OR=1.40; p-value=0.02 and OR=1.39; corrected pvalue= 0.03). From haplotypic analysis for IL10 ... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Ana Carla Pereira / Coorientador: Vânia Nieto Brito de Souza / Banca: Cynthia Chester Cardoso / Banca: Maria Sueli Parreira de Arruda / Mestre

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Determina los genes qnr en aislamientos clínicos de enterobacterias productoras de betalactamasas de espectro extendido. El estudio es de tipo transversal, descriptivo y prospectivo. El presente trabajo se realizó en el Laboratorio de Epidemiologia Molecular y Genética (LEMYG) del Instituto de Medicina Tropical de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos (UNMSM) Lima- Perú. La población fue Aislamientos clínicos de enterobacterias productoras de BLEE del cepario obtenido del proyecto N° 3300066 anexo 3201, realizado en el Instituto Nacional de Salud del Niño (INSN) durante el 2012. Los aislamientos de enterobacterias fueron sembrados en medio Agar Tripticasa de Soya y Mac Conkey, para posteriormente realizar el estudio fenotípico de sensibilidad a quinolonas por el método de Kirby Bauer, también se obtuvo ADN bacteriano, el mismo que se almacenó a -20 °C para el estudio de PCR en el LEMYG. Los resultados obtenidos son que se trabajó con un total de 138 aislamientos que cumplían con los criterios de selección requeridos, se halló una frecuencia de qnrB de 44%, qnrS de 56% y ningún gen qnrA. Se concluye que la frecuencia de los genes qnr en enterobacterias que poseen betalactamasas de espectro extendido es de 62%. / Tesis

Dissertação (mestrado) - Pontifícia Universidade Católica do Paraná, Curitiba, 2011 / Inclui bibliografias / O câncer é uma neoplasia maligna originada por um conjunto de causas, onde o acúmulo de deficiências genéticas hereditárias ou adquiridas parece ser fundamental. Dentre os genes relacionados aos fatores genéticos predisponentes a carcinogênese existem dua / Breast cancer (BC) is the most common cancer in women and is responsible for the greatest number of female deaths from tumors. It is estimated that worldwide, more than one million women are diagnosed with BC every year (1). In Brazil, more than 11 thousa

Dissertação (mestrado) - Pontifícia Universidade Católica do Paraná, Curitiba, 2011 / Inclui bibliografias / No sistema reprodutor feminino há dois ovários localizados na região pélvica, laterais ao útero. Suas principais funções são: a liberação do ovócito secundário e a produção de hormônios progesterona e estrógeno, os quais desempenham papel importante no ci