Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-10-25Bitstream added on 2014-06-13T19:53:56Z : No. of bitstreams: 1 silveira_cgt_me_botib.pdf: 1519150 bytes, checksum: a9b385b6f94ede5c4547fc86be166f72 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A Síndrome Mielodisplásica (SMD) consiste em um grupo heterogêneo de doenças hematológicas de origem monoclonal e potencialmente maligna. É caracterizada por uma hematopoese ineficaz das células-tronco pluripotentes e morfologia displásica nas três linhagens celulares não-linfóides, evoluindo freqüentemente para leucemia mielóide aguda. A SMD é rara em crianças e adolescentes e apresentam características clínicas e laboratoriais distintas. Este estudo teve como principal objetivo a pesquisa de anormalidades cromossômicas em 23 pacientes pediátricos (0 a 18 anos) com SMD utilizando as metodologias de citogenética clássica (banda GTG) e molecular (Hibridação in situ Fluorescente - FISH). A análise após bandamento GTG revelou a presença de alterações cromossômicas envolvendo, principalmente, deleções nos cromossomos 12 e 17 e monossomia 20. Pela FISH, uma média 150 núcleos interfásicos foi analisada com as sondas RP11-275J11 (3p25) (19 casos), RP11-46J20 (7q22.3) (17 casos), D17Z1 e RP11-89D11 (17p13.1 - TP53) (5 e 19 casos, respectivamente) e RP11-62N23 (17q21) (16 casos). As perdas homozigotas e heterozigotas significativas em 3p25.1 foram observadas em 17/19 casos (acima de 30% das células). Os genes MKRN2, TSEN2, e PPARG estão mapeados em 3p25.1 e são compatíveis de função. Quinze em dezessete casos apresentaram perdas homozigotas e heterozigotas no cromossomo 7. Em 7q22.3 estão mapeados os genes candidatos a perdas DUS4L, BCAP29, SLC26A3, SLC26A4, LAMB1 e HBP1. Em 18/19 casos foram confirmadas a perda significativa do gene supressor tumoral TP53. Apenas um caso de SMD relacionada à terapia não apresentou perda deste gene. Este gene codifica uma fosfoproteína nuclear responsável pela regulação da duplicação do DNA, proliferação celular e apoptose. Assim, mutações ou deleções neste gene podem promover sua inativação gerando instabilidade... / Myelodysplasic Syndrome (MDS) is a heterogeneous and potentially malign group of hematological diseases with monoclonal origin. Inefficient hematopoesis of pluripotent stem cells, dysplasic morphology in the three non-lymphoid lineages, and progression to acute myeloid leukemia are features of the disease. MDS is rare in children and adolescents showing distinct clinical and laboratorial features. In this study we investigated chromosomal abnormalities in 23 MDS patients (age ranging from 0 to 18 years) using GTG banding and FISH (Fluorescent in situ Hybridization). The most common chromosomal alterations detected by G-banding were deletions at 12p and 17p and monosomy 20. Using FISH, a mean of 150 interphasic nuclei were evaluated with the probes RP11-275J11 (3p25) (19 cases), RP11-46J20 (7q22.3) (17 cases), D17Z1 and RP11-89D11 (17p13.1 - TP53) (5 and 19 cases, respectively), and RP11-62N23 (17q21) (16 cases). Homozygous and hemizygous losses at 3p25 were observed in 17/19 cases (over 30% of the cells). The potential candidate genes to losses MKRN2, TSEN2, and PPARG are mapped at 3p25.1. Fifteen out of 17 cases showed homozygous and hemizygous losses at chromosome 7. In 7q22.3 are mapped the putative candidates to losses: DUS4L, BCAP29, SLC26A3, SLC26A4, LAMB1, HBP1. In 18 out of 19 cases it was detected significant losses of the tumor suppressor gene TP53. Only one case of MDS therapy-related presented absence of TP53 losses. The TP53 gene codes a nuclear phosphoprotein responsible for DNA replication regulation, cell proliferation and apoptosis. Mutations or deletions on TP53 may promote its inactivation leading to genomic instability and contributing to tumor progression. According to our study, the TP53 gene may be considered a molecular marker in pediatric primary MDS. The ERBB2/HER-2 sequence... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-03-29Bitstream added on 2014-06-13T19:02:39Z : No. of bitstreams: 1 acencio_ml_dr_botib.pdf: 1267432 bytes, checksum: cf302219e637097689d48f5505b349bb (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Virtualmente, todas as células normais, com exceção das células hematopoieticas, precisam estar aderi das à matriz extracelular para que elas possam se proliferar. Na ausência de adesão, essas células não se proliferam mais e acabam sofrendo apoptose. Porém, após transformação oncogênica, as células adquirem a capacidade de proliferação na ausência de adesão à matriz extracelular. Essa capacidade, cuja base molecular está na regulação anormal da transição G tiS do ciclo celular pela adesão, é uma das propriedades fundamentais das células cancerosas e também requisito para que essas células adquiriam sua capacidade metastática. Como as metástases correspondem a aproximadamente 90% das mortes por câncer, a elucidação dos mecanismos moleculares subjacentes à regulação da transição G IIS do ciclo celular pela adesão à matriz extracelular é, portanto, essencial para o desenvolvimento de drogas que possam inibir a formação das metástases. Com o intuito de elucidar esses mecanismos, nós adotamos neste trabalho uma abordagem estritamente computacional baseada em teoria das redes e aprendizado de máquina através do desenvolvimento de novos métodos de (i) construção de redes que representam a provável regulação entre dois diferentes processos (nesse caso, regulação da transição G l/S pela adesão à matriz extracelular), (á) predição de interações oncogênicas, (iii) determinação de sub-redes de vias de sinalização oncogênica entre dois genes de interesse em uma rede (batizado de graph2sig) e (iv) predição de potenciais alvos de drogas. A rede potencialmente envolvida na regulação da transição G l/S do ciclo celular pela matriz extracelular construída (Gccam) possui ~ 2000 genes e ~ 20.000 interações e representa ~ 78% dos processos biológicos conhecidamente envolvidos nessa regulação... / Virtually all normal cells, excluding the hematopoietic cells, require anchorage to the extracellular matrix for their proliferation and survival. When such cells are deprived of anchorage, they arrest in the G1 phase of the cell cycle and eventually undergo apoptosis. Cancer cells, on the other hand, acquire the ability to perform anchorage-independent proliferation as a result of the disruption of the regulation of the G1/S cell cycle transition by adhesion to extracellular matrix. Anchorage-independent proliferation is the foundation for tumorigenicity and metastatic capability of cancer cells. As metastases are the cause of 90% of human cancer deaths, it is crucial to decipher the molecular mechanisms underlying the regulation of the G1/S cell cycle transition by the adhesion to extracellular cell matrix. In order to decipher such mechanisms, we developed in this present work machine learning and graph theory-based computational methods for the (i) construction of networks representing the regulatory relationships between two biological processes of interest, (ii) prediction of oncogenic interactions, (iii) extraction of oncogenic signaling subnetworks between two genes and (iv) prediction of druggable genes. The network representing the regulatory relationships between G1/S cell cycle transition and adhesion to extracellular matrix, Gccam, is comprised by 2,000 genes and 20,000 interactions. Moreover, 78% of known biological process involved in the regulation of G1/S cell cycle transition by adhesion to extracellular matrix are embedded in Gccam. Through the prediction of oncogenic interactions and the extraction of oncogenic signaling subnetworks between EGFR and CDC6, genes that encode proteins likely to be relevant to anchorage-independent proliferation, we postulate the following hypotheses for the molecular mechanisms underlying the anchorage-independent proliferation: cancer... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:25:01Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-02. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:46:49Z : No. of bitstreams: 1 000844051_20160202.pdf: 74503 bytes, checksum: 3065191a65eda9cd7bfc8f76f6aa3493 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-02-03T15:35:13Z: 000844051_20160202.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-03T15:35:54Z : No. of bitstreams: 1 000844051.pdf: 1448842 bytes, checksum: 0191fb81323b4f9d06aea102f7679d09 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / As neoplasias mamárias são os tumores mais comuns nas mulheres e fêmeas caninas. Fibroblastos associados ao câncer (CAFs) são células abundantes no microambiente tumoral, capazes de intermediar respostas inflamatórias atuando na diferenciação e progressão tumoral. A melatonina está associada a mecanismos de ação com efeitos oncostáticos e oncoprotetores, e atua na redução da formação de fibroblastos circundantes no câncer de mama. Os objetivos desse estudo foram verificar a ação da melatonina nas linhagens tumorais mamárias metastáticas humana e canina (MDA-MB-231 e CF-41) bem como em co-cultivo com CAFs primários na viabilidade celular e na expressão de proteínas envolvidas nos processos de angiogênese, inflamação e apoptose, buscando o entendimento da interação destas proteínas nas principais vias de sinalização atuantes no processo tumorigênico. A viabilidade celular foi verificada pelo ensaio MTT e a expressão proteica pelo Membrane Antibody Array após o tratamento com melatonina. Verificou-se que 1 mM de melatonina reduziu a viabilidade celular em ambas as linhagens, CAFs humanos e caninos e em seus co-cultivos (p < 0,05). A análise proteica semiquantitativa, após tratamento com melatonina, mostrou redução da expressão de sete proteínas pró-angiogênicas e aumento das proteínas TIMP-1 e IL-6 nas células MDA-MB-231 e redução de IL-6 e MCP-1 e aumento da leptina, TGF-β, trombopoietina e VEGF na co-cultura (p < 0,05). Houve redução de dezenove proteínas pró-inflamatórias e aumento da citocina I-309 nas células MDA-MB-231 (p < 0,05). No co-cultivo, seis proteínas pró-inflamatórias apresentaram-se menos expressas e as proteínas IL-4, MCP-3 e SCF aumentaram sua expressão (p < 0,05). Das proteínas pró-apoptóticas, doze aumentaram a expressão e houve redução da caspase-3 nas células MDA-MB-231 (p < 0,05). Na co-cultura, houve aumento das proteínas BIM, HPS27 e IGF-1R e redução de... / Mammary tumors are the most common tumors among women and female dogs. Fibroblasts associated with cancer (CAFS) are the most abundant cells in the tumor microenvironment, able to mediate inflammatory responses acting in the differentiation and tumor progression. Melatonin is associated with mechanisms of action with oncostatics effects and oncoprotectors, and works to reduce the formation of surrounding fibroblasts in breast cancer. The objectives of this study were to assess the action of melatonin on mammary tumor cell lines human and canine metastatic (MDA-MB-231 and CF-41) and in co-culture with primary CAFS on cell viability and expression of proteins involved in the processes of angiogenesis, inflammation and apoptosis searching for the understanding of proteins interaction in the main signaling pathways active in the tumorigenic process. Cell viability was assessed by MTT assay and the semi-quantitative protein analysis by Membrane Antibody Array after treatment with melatonin. It was found that 1 mM of Melatonin reduced cell viability in both cell lines, human and canine CAFS and their co-culture (p <0.05). The semi-quantitative protein analysis after melatonin treatment showed a reduction of the expression of seven pro-angiogenic proteins and increased TIMP-1 and IL-6 protein in MDA-MB-231 cells and reduced IL-6 and MCP-1 and increased leptin, TGF-β, VEGF and thrombopoietin in the co-culture (p <0.05). Nineteen pro-inflammatory cytokine protein were reduced and I-309 increased in MDA-MB-231 cells (p <0.05). In the co-culture, six pro-inflammatory proteins were underexpressed and the IL-4, MCP-3 and SCF proteins were increased the expression (p <0.05). Twelve pro-apoptotic proteins increased and decreased expression of caspase-3 in MDA-MB-231 cells (p <0.05). In the co-culture, an increase of BIM, HPS27 and IGF-1R proteins and TNF-RII reduction was observed (p <0.05)...

Orientadora : Profª Drª Lupe Furtado Alle / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 09/05/2014 / Inclui referências / Área de concentração :Genética / Resumo: Ainda que as formas de tratamento da obesidade estejam estabelecidas, existe uma variação interindividual na resposta aos tratamentos, assim, genes relacionados à obesidade, os chamados genes candidatos à obesidade e seus polimorfismos, tem sido investigados visando esta compreensão. O objetivo deste estudo foi investigar a resposta à restrição calórica por meio de uma intervenção dietética em mulheres portadoras e não-portadoras de polimorfismos dos genes ADRB2, ADRB3 e GHRL sobre parâmetros antropométricos e bioquímicos. Foi realizada restrição calórica por meio de uma intervenção dietética para perda de peso, com desenho quasi-experimental em adultas obesas (n=120). Foram coletados dados de peso e estatura, para cálculo de índice de massa corpórea (IMC), de circunferência da cintura, colesterol total, colesterol da LDL, colesterol da HDL e triglicérides. Foram analisados os polimorfismos Arg16Gly e Gln27Glu do gene ADRB2; Trp64Arg do gene ADRB3 e Leu72Met do gene GHRL por genotipagem TaqMan . Para testar o efeito dos polimorfismos sobre as variáveis de estudo, foi utilizado o análise de variância ANOVA 2 x 2 para medidas repetidas para o IMC, e regressão logística stepwise forward conditional para as demais variáveis. Para avaliar a diferença entre antes e após a intervenção dietética foi utilizado o teste de Wilcoxon. Para comparação das médias da circunferência da cintura e do perfil lipídico entre os grupos na pré e na pós-intervenção foi utilizado o teste U de Mann-Whitney. Valores <0,05 foram considerados significantes. Na análise longitudinal, verificando o efeito dos polimorfismos, não foi identificada resposta diferente à restrição calórica para as portadoras e não-portadoras dos polimorfismos Arg16Gly e Gln27Glu do gene ADRB2; Trp64Arg do gene ADRB3 e Leu72Met do gene GHRL sobre o IMC, circunferência da cintura, colesterol, HDL-C, LDL-C, e triglicérides plasmáticos. A intervenção dietética reduziu o IMC (p< 0.001), a circunferência da cintura (p<0,001), o colesterol (p=0,003) e o HDL-C (p<0,001), entretanto, uma média maior de redução para o colesterol foi encontrada para as portadoras do polimorfismo Arg16Gly (p=0.015) e Gln27Glu (p=0.046) e para as não-portadoras do Leu72Met (p=0.002). Analisando a variabilidade interindividual (ANOVA), a comparação das médias entre portadoras e não-portadoras, apontou que as portadoras do polimorfismo Gln27Glu apresentaram média do IMC menor (p=0.006). Na análise transversal, a média dos triglicérides para as portadoras do polimorfismo Arg16Gly foi maior tanto na pré (p=0,014) quanto na pós-intervenção (p=0,018). Concluindo, não foi identificado efeito dos polimorfismos Arg16Gly e Gln27Glu do gene ADRB2, Trp64Arg do gene ADBR3 e Leu72Met do gene GHRL sobre IMC, circunferência da cintura, colesterol, HDL-C, LDL-C e triglicérides. Entretanto, os dados encontrados sugerem que os polimorfismos Arg16Gly, Gln27Glu e Leu72Met tem algum efeito sobre o metabolismo lipídico e o controle de peso. A intervenção dietética reduziu o IMC, a circunferência da cintura, o colesterol e o HDL-C. Palavras-chave: Obesidade. Redução de peso. Polimorfismos. ADRB2. ADRB3. GHRL. Nutrigenética. / Abstract: Although the obesity treatment is well established, there is an interindividual variation to the response, thus, genes and polymorphisms related to obesity have been studied. The aim of this study was to assess the answer to a caloric restriction in women carriers and non-carriers of the ADRB2, ADRB3 and GHRL gene polymorphisms over biochemical and anthropometrical parameters. This study was a caloric restriction through a dietary intervention for weight loss with 120 obese adult women. The study design was a quasi-experimental intervention. Height was measured at pre-intervention, and waist circumference and weight at pre-intervention and post-intervention. The body mass index (BMI) was calculated. Blood samples were collected from participants to analyze cholesterol, triacylglycerol, HDL-C, LDL-C and for DNA analyses. Genotyping of ADRB2 (Arg16Gly and Gln27Glu), ADRB3 (Trp64Arg) and GHRL (Leu72Met) polymorphisms were achieved using a TaqMan SNP Genotyping Assay. Two-way repeated-measures ANOVA (2 x 2) were used to analyze the intervention effect between polymorphisms and the BMI over the period - two groups (carrier and non-carrier subjects) for each polymorphism (Arg16Gly, Gln27Glu, Trp64Arg and Leu72Met) and two periods (pre-intervention and postintervention) - analyzing the effect of period, group, and the interaction between period and group. To asses the polymorphisms effect over waist circumference and lipid profile variables it was used stepwise forward conditional. The difference of the parameters between pre and post intervention was assessed by Wilcoxon test, and the difference between groups for waist circumference and lipid profiles, was assessed by Mann-Whitney U test. For all statistical analyses p <0.05 was considered significant. There was no difference between any polymorphisms carriers and non-carrieres for any parameter. The weight loss intervention reduced the BMI (p< 0.001), waist circumference (p<0,001), cholesterol (p=0,003) and HDL-C (p<0,001). However, the medium difference for cholesterol pre and post intervention for the Arg16Gly, Gln27Glu carriers and Leu72Met non-carriers was greater. Comparing the differences between groups (cross-sectional assessment), the Arg16Gly carriers have shown a greater mean for triacylglycerol. Although in this study the polymorphism Arg16Gly, Gln27Glu, Trp64Arg and Leu72Met carriers and non-carriers did not respond differently to the weight loss diet intervention, the results suggest that Arg16Gly, Gln27Glu and Leu72Met polymorphisms may have a role related to lipid metabolism and weight control. Key-words: Obesity. Weight loss. ADRB2. ADRB3. GHRL. Polymorphism. Nutrigenetics.

Orientador: Cláudia Aparecida Rainho / Banca: Marcos Vinícius de Marcos Gomes / Banca: José Carlos Souza Trndade Filho / Resumo: Os padrões anormais de metilação do DNA, especialmente a hipermetilação de genes com provável função supressora de tumor, representam um dos mais promissores marcadores moleculares do câncer por levarem à inativação funcional de genes críticos. Estudos prévios documentaram altos níveis de expressão do gene H19 em carcinoma de bexiga recorrentes. O gene H19 é regulado por imprinting, está localizado em 11p15.5 adjacente ao gene IGF2 (insulin-like growth factor 2 - somatomedin A) e codifica um transcrito não codificador de proteínas (micro RNA miR-675). Uma região que atua de forma coordenada no controle da expressão desses genes, chamada DMR (Differentially Methylated Region), atua na determinação do imprinting recíproco e na expressão mutuamente exclusiva dos genes IGF2 e H19. Ela encontra-se não metilada no homólogo materno e metilada no homólogo paterno e contém sete regiões de ligação da proteína CTCF (proteína bloqueadora do acentuador), que é sensível à metilação do DNA. Um relato prévio da literatura sugeriu que somente o sexto sítio de ligação do fator CTCF apresenta metilação parental específica. Este achado foi correlacionado com o padrão de expressão regulado por imprinting dos genes IGF2 e H19 em câncer de bexiga. No presente estudo, o padrão de metilação alelo-específico do gene H19 foi determinado em duas regiões distintas: no sexto sítio de ligação do fator CTCF contido na DMR e no primeiro éxon do gene H19 utilizando-se três abordagens diferentes: MSRE-PCR-RFLP (Methylation Sensitive Restriction Enzyme - Polymerase Chain Reaction - Restriction Fragment Length Polymorphism), qMSP (quantitative real time Methylation Specific Polymerase Chain Reaction) para o sexto sítio e MSP-CTPP (Methylation Specific Polymerase Chain Reaction with Confontring Two Pair-Primers) para a região do primeiro éxon em 52 amostras de tecidos... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Abnormal patterns of DNA methylation, especially hypermethylation of genes demonstrating tumoral suppressor functions represent one of the most promising molecular markers of cancer because they can lead to functional inactivation of critical genes. Previous studies have documented high levels of H19 gene expression in recurrent bladder carcinomas. The H19 gene is regulated by imprinting, is located at 11p15.5 adjacent to the IGF2 gene (insulin-like growth factor 2 - somatomedin A) and encodes a non-coding transcript (micro RNA miR-675). A Differentially Methylated Region (DMR) region acts in a coordinated manner to control the expression of the IGF2 and H19 genes by determining their reciprocal imprinting and mutually exclusive expression patterns. The H19-DMR contains seven potential CTCF-binding sites. These sites are located upstream to the transcriptional initiation site, and the gamete-specific methylation acts as an insulator by precluding CTCF binding in the paternal allele. A previous literature report have suggested that only the sixth CTCF-binding site shows parental specific methylation. This finding was correlated with the imprinting expression pattern of IGF2 and H19 genes in bladder cancer. In the present study, the allele-specific methylation pattern of the H19 gene was evaluated in two distinct target regions: the sixth CTCF-binding site located in the DMR and the first exon of the H19 gene using three different approaches: MSRE-PCR-RFLP (Methylation Sensitive Restriction Enzyme - Polymerase Chain Reaction - Restriction Fragment Length Polymorphism), qMSP (quantitative real time Methylation Specific Polymerase Chain Reaction) for the sixth CTCF-binding site, and the first exon of the H19 gene was analyzed by MSP-CTPP (Methylation Specific Polymerase Chain Reaction with Confronting Two-Pair Primers) in 52 samples of bladder tumors matched to normal adjacent tissues obtained... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Resumo: A metilação de ilhas CpG em regiões regulatórias de vários genes tem sido descrita como um processo importante no silenciamento de genes supressores de tumor e diretamente envolvida no processo de carcinogênese de uma série de tumores. O estudo desses genes afetados pela metilação em tumores visa identificar possíveis marcadores moleculares para o diagnóstico, prognóstico e tratamento de tumores, além de possibilitar a descoberta de fatores importantes no processo biológico do câncer. Neste sentido, ao estudar o perfil diferencial de metilação de genes em carcinomas de células escamosas de cabeça e pescoço, o gene MX1 foi identificado como diferencialmente expresso. Correlação também foi encontrada entre o silenciamento de ADAM23 e estágios tardios da progressão tumoral neste tipo de câncer. Dessa forma, o presente estudo envolveu a identificação de ligantes celulares das proteínas ADAM23 e MX1 por meio de rastreamentos de duplo- híbrido, usando bibliotecas de cDNA de cérebro fetal humano. Inicialmente, foi realizado rastreamento com os domínios desintegrina e rico em cisteína (DIS-ACR) de ADAM23, com um total de 5,1x105 transformantes obtidos, dos quais somente 1 foi confirmado pelo ensaio de "plasmid linkage". O candidato confirmado pelo "plasmid linkage", identificado como SPRY1, foi considerado como falso positivo por ser uma proteína estritamente citoplasmática, não podendo, portanto, interagir fisicamente com os domínios DIS-ACR de ADAM23, que são extracelulares. Ainda, foi realizado rastreamento com a proteína MX1, que resultou em aproximadamente 1,0x106 transformantes, dos quais 74 foram confirmados pelo ensaio de duplo- híbrido e codificam para 9 ligantes já conhecidos e 21 ligantes prováveis de MX1. Entre esses ligantes prováveis estão proteínas que já haviam sido descritas como ligantes de MX1, incluindo a própria proteína MX1, ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The methylation of CpG islands at regulatory regions of various genes has been described as an important process for the silencing of tumor suppressor genes and is directly involved in the carcinogenesis of a series of tumors. The study of these methylation-affected genes in tumors aims at identifying possible molecular markers for diagnostic, prognostic and treatment of such tumors, besides making possible the discovery of factors important for cancer biology. On this purpose, the study of differential pattern of gene methylation in head and neck squamous cell carcinoma identified the gene MX1 as differentially methylated. Together with this result, it was found a correlation between ADAM23 silencing and late stages of tumor progression in this type of cancer. In order to identify cellular ligands of ADAM23 and MX1, we performed two-hybrid screenings using fetal brain cDNA libraries. Initially, a screening with the disintegrin and cystein rich (DIS-ACR) domains of ADAM23 was accomplished, with an amount of 5,1x105 transformants obtained, out of which just one was confirmed by plasmid linkage assay and identified as SPRY1. However, it was considered a false positive since this protein is restricted to the cytoplasmatic compartment and, therefore, it may not physically bind the DIS-ACR domains of ADAM23, known to be extracellular. Additionally, a screening with the MX1 protein was performed, resulting in approximately 1.0x106 transformants, out of which 74 were confirmed by two-hybrid assay and revealed 9 already known and 21 putative ligands of MX1. Among the putative ligands there are proteins previously described as MX1 ligands, including MX1 itself, corroborating the results obtained in our screening. Moreover, most of the identified ligands are factors involved in protein SUMOylation, PML-NB assembly and proteins that are related to transcriptional control and apoptosis. The results ... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Sandro Roberto Valentini / Coorientador: Cleslei Fernando Zanelli / Banca: Márcia Aparecida Silva Graminha / Banca: Eloiza Helena Tajara da Silva / Mestre

Orientador: Maurício Dutra Zanotto / Banca: Juliana Parisotto Poletine / Banca: Leo Zimback / Banca: Tammy Aparecida Manabe Kiihl / Banca: Mirina Luiza Myckowski / Resumo: O crambe (Crambe abyssinica Hochst) é uma planta da família Brassicaceae cuja principal matéria prima é o óleo extraído de suas sementes, com ampla utilização em diferentes segmentos de indústrias. No Brasil seu cultivo é recente, sendo que o interesse pela oleaginosa ocorreu por se tratar de uma planta de ciclo curto, e que pode ser cultivada na entressafra de culturas importantes como a soja e o milho. O único genótipo registrado no Brasil é a cultivar 'FMS Brilhante', obtida após pesquisas na Fundação MS. Embora a cultivar apresente bons resultados, ganhos podem ser obtidos com a seleção de plantas superiores. O objetivo do presente trabalho foi verificar a existência de variabilidade genética na cultivar 'FMS Brilhante' e avaliar a eficiência do método da seleção individual com teste de progênies em crambe, com base no progresso genético com a seleção para produtividade de grãos. Foram selecionadas 82 plantas por meio da colheita individual e posteriormente foram avaliadas as progênies, juntamente com a testemunha comercial (cv.'FMS Brilhante'). A seleção e os experimentos de avaliação das progênies foram realizados nas Fazendas Experimentais da Faculdade de Ciências Agronômicas, Unesp, Botucatu, situadas nos municípios de Botucatu (SP) e São Manuel (SP), nos anos agrícolas de 2009, 2010 e 2011, em condições de safrinha. As progênies foram avaliadas quanto à massa de mil grãos (g), número de ramos, produtividade de grãos (kg ha-1) e teor de óleo no grão (%). Os dados foram submetidos à análise de variância individual e conjunta, e obteve-se as estimativas das variâncias fenotípicas, genéticas, ambientais, da interação progênies x ambientes, bem como os coeficientes de herdabilidade, coeficiente de... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Crambe (Crambe abyssinica Hochst) is a plant of the Brassicaceae family whose main raw material is the oil extracted from its seeds, with wide use in different segments of industries. Its cropping in Brazil is recent, the interest in this oilseed is due to its short cycle and possibility of offseason growth of crops such as soybeans and corn. 'FMS Brilhante' cultivar is the only genotype recorded in Brazil, obtained from research in the MS Foundation. Although the cultivar shows great results, gains can be obtained by selection of higher plants. This study aimed to verify the existence of genetic variability in 'FMS Brilhante' cultivar and to evaluate the efficiency of the method of individual selection with progeny test in crambe, based on genetic progress by selection for grain yield. Were selected 82 plants by individual harvesting and subsequent progenies evaluation, against control ('FMS Brilhante'). The selection and experiments were carried out on off-season, from 2009 to 2011, in the Experimental Farms of the São Paulo State University in Botucatu and São Manuel. The progenies were evaluated for thousand grain weight (g), number of branches, seed yield (kg ha-1) and oil content in grain (%). Data were subjected to individual and joint variance analysis, then, phenotypic, genetic, environmental and progeny x environment interaction variances was estimated. After that, the heritability and genetic variation coefficients and ratio between genetic and environmental coefficients variation. The genetic progress, estimated and performed, for grain yield were calculated with basis on the average of progeny, with 10% selection intensity. The progenies showed significant differences for most of traits in nearly all evaluations. The progenies x local x years interaction was significant for all traits, showing that... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Paula Rahal / Coorientador: Marilia de Freitas Calmon / Coorientador: Luis Octavio Regasini / Banca: Ana Paula Girol / Banca: Aripuanã Sakurada Aranha Watanabe / Resumo: Os Papilomavírus humanos (HPVs) são vírus de DNA divididos em dois grupos. O de baixo risco, associado a lesões benignas, e o de alto risco, associado a diversos tipos de câncer. As oncoproteínas E6 e E7 são as principais proteínas envolvidas no processo de carcinogênese decorrente da infecção por esses vírus, de forma que compostos naturais têm sido utilizados na busca por drogas que inibam a expressão viral. Paralelamente, devido aos diversos efeitos colaterais e alto índice de reincidência dos tratamentos tradicionais contra o câncer, a procura por agentes antitumorais é intensa. Nesse contexto, diversas pesquisas estão sendo realizadas afim de explorar as inúmeras propriedades da curcumina, uma substância que apresenta atividade antiinflamatória, imuno-modulatória, antioxidante, anti-angiogênica, quimioprotetora, antiproliferativa, antitumoral e antimicrobiana. Assim, uma estratégia promissora utilizada é a busca por análogos de curcumina que consigam aumentar a eficácia terapêutica desse fitoterápico. Dessa forma, o objetivo desse trabalho é analisar in vitro a ação de diferentes derivados semi-sintéticos de curcumina (AC1, AC2, AC7, AC10 E AC13) sobre a expressão dos oncogenes virais E6 e E7 em linhagem de carcinoma cervical HPV-16 positiva (CasKi) e a atividade antitumoral do composto AC13 em diferentes linhagens tumorais (CasKi, HeLa, MDA-MB- 231, MCF-7 e 786-O). Para isso, após a incubação com os compostos em diferentes concentrações, a viabilidade das células foi analisada por ensaio MTT e uma linhagem imortal transformada de queratinócito humano (HaCaT) foi utilizada como controle para análise da citotoxicidade. Posteriormente, a avaliação da expressão do RNAm de E6 e E7 foi realizada por PCR em tempo real, a determinação da expressão da proteína p53 por Western Blotting e a detecção da atividade das caspases 3 e 7 foi... / Abstract: High risk Human Papilomavírus (HPVs) are DNA vírus divided in two groups. Low risk, associated with benign lesions, and high risk, associated with several types of cancer. Oncoproteins HPV E6 and E7 are the main proteins involved in the carcinogenesis process due to infection by this virus, so that natural coumponds have been used in the search for drugs that inhibit viral expression. At the same time, due to various side effects and high relapse rate of traditional cancer treatments, the search for antitumor agents is intense. In this context, several studies are being conducted in order to explore the numerous properties of curcumin, a substance that has anti-inflammatory, immune-modulatory, anti-oxidant, anti-angiogenic, chemoprotective, anti-proliferative, anti-tumor and anti-microbial properties. Thus, a promising strategy used is the search for curcumin analogues which are able to increase the therapeutic efficacy of phytotherapy. Thus, the aim of this study is to analyze the action of different semi-synthetic derivatives of curcumin (AC1, AC2, AC7, AC10 and AC13) on the E6 and E7 viral oncogenes expression in positive HPV-16 cervical carcinoma cell line (CasKi) and the antitumor activity of AC13 compound in different tumor cell lines (CasKi, HeLa, MDA 231, MCF-7 and 786-O). For this, after incubation with the compounds at different concentrations, cell viability was analyzed by MTT assay and a spontaneously transformed immortal keratinocyte cell line (HaCaT) was used as a control to analyze the cytotoxicity. Subsequently, E6 and E7 mRNA expression evaluation was performed by real-time PCR, p53 protein expression determination was analyzed by Western Blotting, and detecting the caspases 3 and 7 activity was analyzed using the luminescent assay of apoptosis. Although no compound has inhibited E6 and E7 expression in the CasKi cell line, AC13 cytotoxicity analyzes suggest ... / Mestre

Orientador: Debora Aparecida Pires de Campos Zuccari / Banca: Sonia Maria Oliani / Banca: Flávia Cristina Rodrigues Lisoni / Banca: Dorotéia Rossi Silva Souza / Banca: Marina Gobbe Moschetta / Resumo: O câncer de mama apresenta alta incidência e alta taxa de mortalidade devido a rápida progressão tumoral e disseminação metastática que ocorrem com o incentivo da angiogênese. MicroRNAs (miRNAs) são pequenas moléculas de RNA mensageiro (RNAm) não codificantes que desempenham papel fundamental na regulação gênica. A desregulação dessas moléculas está relacionada com a iniciação e progressão de diferentes tipos tumorais humanos, incluindo o câncer de mama. Existem fortes evidências de miRNAs atuando como oncogenes e supressores tumorais, regulando o processo de angiogênese, crescimento tumoral e metástase. É neste cenário que a melatonina, hormônio secretado pela glândula pineal, vem ganhando destaque como potencial tratamento contra o câncer de mama por apresentar efeitos oncostáticos, antiangiogênicos, além de atuar na regulação da expressão de miRNAs. Assim, o objetivo deste estudo foi avaliar o potencial valor terapêutico da melatonina na regulação do supressor tumoral miR148a-3p e relação com a progressão tumoral e angiogênese. Inicialmente, células tumorais de mama MDA-MB-231 foram cultivadas nas condições experimentais controle e tratamento com melatonina (1 mM). O PCR Array foi realizado para análise da expressão de 84 miRNAs relacionados com o câncer de mama e, após análise em banco de dados e literatura, o miR-148a-3p foi selecionado para validação. As células MDA-MB-231 foram cultivadas em quatro grupos experimentais: controle, tratamento com melatonina (1 mM),... / Abstract: Breast cancer has a high incidence and high mortality rate due to rapid tumor progression and metastatic dissemination that occur with the encouragement of angiogenesis. MicroRNAs (miRNAs) are small non-coding messenger RNA (mRNA) molecules that play a key role in gene regulation. Deregulation of these molecules is related to the initiation and progression of different human tumor types, including breast cancer. There is strong evidence for miRNAs acting as oncogenes and tumor suppressors, regulating the process of angiogenesis, tumor growth and metastasis. It is in this scenario that melatonin, a hormone secreted by the pineal gland, has been gaining prominence as a potential treatment against breast cancer for having oncostanic and antiangiogenic effects, in addition to regulating the expression of miRNAs. Thus, the objective of this study was to evaluate the potential therapeutic value of melatonin in the regulation of the tumor suppressor miR-148a-3p and its relation to tumor progression and angiogenesis. Initially, MDA-MB-231 breast tumor cells were cultured under the experimental control and treatment conditions with melatonin (1 mM). The PCR Array was performed to analyze the expression of 84 miRNAs related to breast cancer and, after analysis in the database and literature, miR-148a-3p was selected for validation. MDA-MB-231 cells were cultured in four experimental groups: control, treatment with melatonin (1 mM), overexpression of miR-148a-3p and control of the ... / Doutor

Orientador: Sandra Helena Unêda-Trevisoli / Coorientador: Janete Apparecida Desidério / Co-orientador: Antonio Orlando Di Mauro / Banca: Ana Cristina Pinto Juhász / Banca: José Baldin Pinheiro / Banca: Ricardo Machado da Silva / Banca: Gustavo Vitti Moro / Resumo: Os programas de melhoramento de soja visam principalmente o incremento na produtividade aliado a resistência a estresses bióticos e abióticos. O objetivo deste trabalho foi a seleção de progênies portadoras de genes de resistência à ferrugem asiática da soja, com caracteres agronômicos de interesse, através de análises univariadas e multivariadas, e definir quais os principais caracteres que influenciaram no processo de seleção destes genótipos. Os experimentos foram realizados com as gerações F4 e F5 de soja conduzidos através do delineamento de blocos aumentados com testemunhas intercalares e a geração F6 por blocos casualizados com duas repetições. Foram avaliadas as principais características de interesse agronômico. Os resultados obtidos com os parâmetros genéticos identificaram maior variabilidade entre os genótipos do que dentro deles. A herdabilidade no sentido amplo e restrito entre genótipos também foi superior à herdabilidade dentro deles. A partir do índice de seleção foi possível realizar seleção entre os genótipos com ganhos principalmente nos componentes primários de produção da soja. Na análise de componentes principais na geração F4 e F5 três autovalores explicaram 85,17% e 83,82%, respectivamente, da variância contida nas informações originais, sendo caracterizados pelas variáveis número de vagens, número de sementes, produção por planta, altura da inserção da primeira vagem... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The soybean breeding programs mainly target the increase in yield coupled with resistance to biotic and abiotic stresses. The objective of this work was the selection of progenies carrying resistance genes to soybean rust with agronomic traits of interest, using univariate and multivariate analyzes, and define what the main characters that influenced the selection process of these genotypes. The experiments were performed with generations F4 and F5 soybean conducted through augmented block with check interim F6 generation and block design with two replications. We evaluated the main characteristics of agronomic interest. The results obtained with the parameters identified greater genetic variability among genotypes than within them. The broad-sense heritability and narrow between genotypes was also higher than the heritability within them. From the index selection was possible selection among genotypes with gains mostly in primary components of soybean production. In principal components analysis to generate F4 and F5 three eigenvalues explained 85.17% and 83.82%, respectively, of the variance contained in the original information, which are characterized by variable number of pods, number of seeds produced per plant, height first pod, plant height at maturity and weight of hundred seeds that allowed ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor