Submitted by Programa de Pós-graduação em Biotecnologia (mebiotec.ufba@gmail.com) on 2017-09-14T13:40:00Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Final - Ismael Fernandes.pdf: 2809362 bytes, checksum: d02368409d3300bdd35bf441997c2297 (MD5) / Approved for entry into archive by Edvaldo Souza (edvaldosouza@ufba.br) on 2017-10-02T20:28:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação Final - Ismael Fernandes.pdf: 2809362 bytes, checksum: d02368409d3300bdd35bf441997c2297 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-02T20:28:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação Final - Ismael Fernandes.pdf: 2809362 bytes, checksum: d02368409d3300bdd35bf441997c2297 (MD5) / capes / Surfactantes sintéticos ou tensoativos tornam-se um dos principais poluentes encontrados na natureza. Devido a vasta gama de utilização, são geralmente encontrados em efluentes urbanos bem como nos corpos hídricos receptores. A substituição desses tensoativo pelos biossurfactantes que apresentam características ambientalmente compatíveis tornou-se um tema relevante à pesquisa. O processo de produção dos biossurfactantes é o que inviabiliza sua produção em larga escala. Diversos estudos estão em desenvolvimento para descobrir novas fontes de carbono e energia que possibilitem um processo de produção mais barato. Esse trabalho teve como objetivo avaliar a utilização da manipueira como fonte alternativa de carbono e energia para a produção de biossurfactante pelo microrganismo Paenibacillus sp. Parâmetros como o consumo de amido, produção de açúcares redutores e a variação da concentração de oxigênio no meio foram utilizados para acompanhar o crescimento bacteriano. Medição da tensão superficial, índice de emulsificação e diluição micelar crítica foram realizados para avaliar a presença de biossurfactante no meio de cultura. Adicionalmente, testes de estabilidade em função do pH, salinidade e temperatura foram realizados. Os resultados mostraram que a manipueira (agroresíduo da produção de farinha) poder ser utilizada como meio de crescimento bacteriano na produção de biossurfactante que apresenta propriedades tensoativas estáveis podendo ser utilizado em condições extremas de acidez, alcalinidade, salinidade e temperatura. A otimização e o escalonamento do processo de produção são importantes ferramentas no desenvolvimento de tecnologias ambientalmente amigáveis e economicamente viáveis para a produção de biossurfactantes com promissora aplicabilidade industrial.

Submitted by Hiolanda Rêgo (hiolandar@gmail.com) on 2013-06-12T19:11:31Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_Brena Moitinho.pdf: 6153217 bytes, checksum: e4fc8f7d7d76e88833122d2b9cbfbf06 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-06-12T19:11:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_Brena Moitinho.pdf: 6153217 bytes, checksum: e4fc8f7d7d76e88833122d2b9cbfbf06 (MD5) / A goma xantana é um biopolímero largamente utilizado nas indústrias alimentícias, farmacêuticas e de petróleo, e é sintetizada, naturalmente, por bactérias do gênero Xanthomonas. A biossíntese da xantana envolve 12 genes inseridos no grupamento gênico gum (denominados gumB a gumM), contudo, o estudo de sua expressão gênica pode ser baseado apenas nas regiões promotoras que conduzem sua transcrição. Baseado em estudos in silico de bioinformática, foram determinados promotores inseridos em seis regiões, upstream aos genes gumB C F H L e M. Primers para estas regiões foram então desenhados e sintetizados com base em parâmetros aplicados a PCR em tempo real e verificados por esta técnica, utilizando a sequência de uma linhagem de Xanthomonas arboricola como molde. Foi observado a especificidade dos primers desenhados para os genes gumB, C e M, que representam-se essenciais para estudos da expressão de genes que codificam moléculas relacionadas com a estrutura e a reologia da goma xantana. / Salvador

Tese (dourorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Jurídicas. Programa de Pós-Graduação em Direito. / Made available in DSpace on 2013-07-16T02:46:13Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Esta pesquisa investiga a atual situação do Marco Jurídico Regulatório da Biotecnologia, no Brasil, e seus principais impactos para o País. O trabalho consiste em caracterizar e analisar, de forma exploratória, as possibilidades da produção da biotecnologia (seus produtos e processos e sua aplicabilidade industrial) e as categorias jurídicas da propriedade intelectual, especialmente no contexto da concessão das patentes de invenção e no contexto do registro de cultivares (Direito de Melhorista). A pesquisa apresenta as categorias relativas à propriedade intelectual, tendo-se como ponto de partida a categoria analítica da propriedade, levando-se em consideração que o bem objeto de apropriação é essencialmente imaterial, intangível e incorpóreo que funciona como um meio de produção e reprodução econômica e social. Essa abordagem tem implicações, no processo de acesso à apropriação de valores econômicos, bem como na valorização do capital; e, configura-se como um mediador na definição das alternativas mais de acesso aos benefícios do processo de desenvolvimento econômico e do bem-estar social. A mediação dessas relações, ao longo do tempo, é assegurada pela regulação das relações de propriedade, por meio do direito de propriedade. A proteção da biotecnologia, no Brasil, foi estruturada em duas vertentes: na primeira, no âmbito da Lei de Propriedade Industrial, a apropriação se efetiva, por intermédio da patente de invenção e, na segunda, por meio do reconhecimento estatal do registro das cultivares. Para institucionalizar a apropriação da biotecnologia, o Estado brasileiro construiu, ao longo do tempo, um amplo arsenal de normas (Leis, Decretos, Medidas Provisórias, Portarias, Atos Normativos), delineando o Marco Jurídico da Propriedade Intelectual da Biotecnologia. Esse contexto normativo, em vigor, no Brasil, é fruto da adesão do País a inúmeros Tratados e Convenções Internacionais que influenciaram - e que influenciam - o Direito Brasileiro, especialmente as disposições estipuladas na Organização Mundial do Comércio, por intermédio do TRIPS. Na medida em que o Brasil possibilita e reconhece a propriedade intelectual da biotecnologia, a ciência e a tecnologia passam a incorporar o sistema produtivo, tornando-se mercadorias, cuja titularidade é atribuída, como regra, às pessoas jurídicas. Sendo assim, os próprios inventores são expropriados dos produtos e dos processos por eles concebidos e realizados.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Biociências, Florianópolis, 2016. / Made available in DSpace on 2017-05-23T04:09:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 345479.pdf: 3561137 bytes, checksum: 17ff6b7ae54764099b30b769d9024cac (MD5) Previous issue date: 2016 / O leite se destaca como importante produto do agronegócio catarinense e brasileiro por sua importância econômica e social. A globalização do mercado promoveu investimentos em produtividade e qualidade composicional, mas ainda há negligência para com a biosseguridade do leite como alimento. Na rotina da cadeia láctea não existe uma metodologia para identificação e triagem rápida de patógenos de importância em saúde pública e, os métodos tradicionais são laboriosos, demorados e pouco eficientes. Dados epidemiológicos sobre a circulação de agentes zoonóticos em rebanhos leiteiros são escassos, bem como informações sobre ocorrência de doenças transmitidas por alimentos (DTAs). Neste contexto, desenvolvemos e avaliamos um método analítico via PCR multiplex para detecção simultânea de seis patógenos com potencial zoonótico, Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae, Brucella abortus, Listeria monocytogenes, Escherichia coli e Salmonella spp., em leite. O método compreende uma etapa de concentração da amostra, posterior enriquecimento em cultura por 8 horas/ 37ºC, seguido de tratamento térmico para extração do DNA e amplificação de genes espécie específicos. O limite de detecção analítica do método proposto foi 100 fg de DNA genômico purificado por reação e 100 CFU.mL-1 em leite contaminado, exceto para B. abortus (104 CFU.mL-1). A comparação do método desenvolvido com testes de referência para o diagnóstico de cada patógeno, em amostras de leite de tanques resfriadores, mostrou eficiência diagnóstica semelhante (p McNemar > 0,05) e concordância entre os testes, kappa de 0,81 a 1,00, para S. aureus, S. agalactiae e E. coli (p > 0,0001), kappa de 0,61 a 0,80 L. monocytogenes (p > 0,0001), kappa de 0,21 a 0,40 para B. abortus (p > 0,0001) e insignificante (kappa 0,00 a 0,20) para Salmonella spp., mostrando eficiência, rapidez e baixo custo do método proposto. A elevada ocorrência de S. aureus (86,3%) e S. agalactiae (39,2%) observada em leite de tanques (n = 102), pode ser o principal obstáculo para a não obtenção dos limites legais de qualidade do leite em muitas propriedades catarinenses. A identificação de L. monocytogenes em 11,8% das unidades de produção, alerta para o risco na saúde pública de uma enfermidade negligenciada. No levantamento epidemiológico de patógenos em vacas lactantes (n = 1077), realizado por metodologia de referência, S. aureus foi identificado como principal agente infeccioso com potencial zoonótico em circulação, enquanto que em 0,46% das vacas foram detectados anticorpos anti-brucelas lisas. Em conjunto, nossos resultados mostram que o método desenvolvido poderá ser uma importante ferramenta na detecção de infecções com potencial zoonótico em bovinos leiteiros e contribuir para a implementação de estratégias racionais de vigilância e controle de patógenos de interesse no agronegócio do leite e na saúde pública.<br> / Abstract : Milk stands out as an important agribusiness product for Santa Catarina and Brazil due to its economic and social importance. Market globalization promotes investments in productivity and composition quality. However there is lack of biosecurity scrutiny for milk as food. In the dairy chain routine there is no methodology available for rapid screening and identification of pathogens of public health importance, as traditional methods are laborious, time consuming and have low efficiency. Moreover, epidemiological data on the circulation of zoonotic agents in dairy cows, as well as information on the occurrence of milk-borne disease are scarce. In this context, we have developed and evaluated a multiplex PCR analytical method for simultaneous detection in milk of six pathogens with zoonotic potential, Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae, Brucella abortus, Listeria monocytogenes, Escherichia coli and Salmonella spp. The method comprises a sample concentration step, culture enrichment for 8 hours/ 37ºC, followed by heat treatment for DNA extraction and amplification of species-specific genes. The analytical limit detection of the proposed method was of 100 fg of purified genomic DNA per reaction and 100 CFU.mL-1 in infected milk, except for B. abortus (104 CFU.mL-1). The comparison of the proposed method with reference tests for the diagnosis of each pathogen in cooled milk tank samples showed similar diagnostic efficiency (p McNemar > 0.05) and concordance between tests, kappa 0.81 to 1.00, S. aureus, S. agalactiae and E. coli (p < 0.0001), kappa 0.61 to 0.80 for L. monocytogenes (p > 0.0001), kappa 0.21 to 0.40 for B. abortus (p > 0.0001) and a nonsignificant (kappa 0.00 - 0.20) for Salmonella spp., showing efficiency, speed and low cost of the proposed method. The high incidence of S. aureus (86.3%) and S. agalactiae (39.2%) in milk tanks (n = 102), may be the main obstacle for not obtaining the legal limits milk quality in many farms in Santa Catarina. The identification of L. monocytogenes in 11.8% of the farms alerts for the public health risk of a neglected disease. In epidemiological survey of pathogens in dairy cows (n = 1077), by reference methodology assays, S. aureus was identified as the main infectious agent with zoonotic potential whereas 0.46% of cows were detected anti-smooth Brucella antibodies. Taken together, our results reveal that the proposed mPCR may be an important tool for detection of zoonotic pathogens infections in dairy cattle and contribute to the implementation of rational strategies for monitoring and control of pathogens of interest in the milk agribusiness and public health.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Biociências, Florianópolis, 2016. / Made available in DSpace on 2017-05-23T04:12:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 345650.pdf: 1330328 bytes, checksum: 55dfae15bfefc3739493e70fb1ce1cd7 (MD5) / Cylindrospermopsis raciborskii é uma cianobactéria planctônica de água doce, conhecida por produzir cilindrospermosina, toxinas paralisantes e alguns outros compostos ainda não identificados. Esta espécie, originalmente identificada como restrita a regiões tropicais, apresenta grande capacidade de invasão e adaptação em corpos d?água ao redor do mundo. Na lagoa do Peri, um lago polimítico subtropical, localizado na costa sul do Brasil, C. raciborskii representa cerca de 90% da densidade do fitoplâncton total, mostrando-se dominante durante a maior parte do ano. O objetivo geral deste trabalho foi caracterizar duas cepas, LP1, isolada em 2006, e LP2, isolada em 2013, ambas na Lagoa do Peri, quanto sua morfologia, ecofisiologia e seu perfil de toxinas, bem como, sua filogenia, além de relacionar o conteúdo de toxinas com os níveis relativos de transcritos dos genes sxtA, sxtB, sxtI e sxtS, presentes no agrupamento responsável pela biossíntese da saxitoxina. As duas, LP1 e LP2, cepas apresentaram 100% de identidade nas sequências parciais correspondentes aos genes 16S rRNA, ITS e rpoC1, entretanto, possuem características morfológicas, ecofisiológicas e toxicológicas distintas. As cepas apresentam morfologias distintas e diferenças significativas quanto ao comprimento e volume dos tricomas. A cepa LP2 mostrou uma tendência a maiores taxas de crescimento que a cepa LP1, nas três temperaturas (17°C, 22°C e 28°C) e nas três razões N:P (4,5:1, 10:1 e 40:1) testadas. Ambas as cepas apresentam baixo requerimento de luz, mas foram capazes de tolerar intensidades luminosas em torno de 200 µmol photons.m-2.s-1. A cepa LP2 apresentou maior concentração de clorofia-a e também maior dissipação de energia não fotoquímica (NPQ) que a cepa LP1, e quando exposta a altas intensidades luminosas, apresentou tricomas com maior volume. Com relação à produção de toxinas, a cepa LP2 apresentou um potencial tóxico maior que a cepa LP1, uma vez que apresentou uma maior variedade de análogos, sendo, portanto, considerada mais tóxica, de acordo com o nível de toxicidade de cada variante. A cepa LP1 não amplificou nenhum dos geneselecionados da via de biossíntese da saxitoxina, logo, apresentou ausência de expressão dos mesmos. De um modo geral, a expressão relativa dos genes sxtA, sxtB, sxtI e sxtS, foi menor na cepa LP2, quando comparada com os níveis relativos de transcritos da cepa C. raciborskii T3, usada como controle. Entretanto, só foi observada diferença estatística nos níveis de transcritos do gene sxtA. Também não foi observada diferença estatística entre os níveis relativos de transcritos dos quatro genes, dentro da mesma cepa. Esses resultados reforçam a hipótese que existam diferentes ecótipos desta espécie, que provavelmente se originaram em resposta às variações ambientais existentes na Lagoa do Peri. A sua dominância durante grande parte do ano pode ser explicada pela alternância desses ecótipos na contribuição de biomassa total de acordo com suas vantagens fisiológicas, contribuindo para o sucesso ecológico da espécie.<br. / Abstract : Cylindrospermopsis raciborskii is a freshwater planktonic cyanobacteria recognized to produce the alkaloid cylindrospermopsin, paralytic shellfish poisoning (PSP) toxins, and some other unknown compounds. This species, previously restricted to the tropics, has great ability of invasion and adaptation, and is currently found in water bodies from a wide range of latitudes. In Peri Lagoon, a subtropical polimytic lake located at the southern coast of Brazil, the species represents about 90% of the total phytoplankton, being dominant for most part of the year. In the present work we attempted to characterize two strains of C. raciborskii, LP1, isolated in 2006, and LP2, isolated in 2013, from Peri Lagoon, for their morphology, ecophysiology, phylogeny and toxin profiles. In addition, the relationship between the toxin content and the relative transcripts level of sxtA, sxtB, sxtI and sxtS genes were evaluated. Both LP1 and LP2 strains showed 100% identity in the partial sequences corresponding to the 16S rRNA, ITS and rpoC1 genes, however, they have different morphological, ecophysiological and toxicological characteristics. The strains showed different morphologies and significant differences in the length and volume of trichomes. LP2 strain showed a tendency to higher growth rates than the LP1 strain at the three temperatures (17 °C, 22 °C and 28 °C) and N: P ratios (4.5:1, 10:1 and 40:1) tested. Both strains showed low light requirements, but were able to tolerate irradiances around 200 µmol photons.m-2.s-1. LP2 strain showed higher chlorophyll-a concentration and also a higher non-photochemical quenching (NPQ) than LP1 strain, and when exposed to high light intensities, showed higher trichomes volume. Regarding toxin content, the LP2 strain LP2 strains exhibited a higher toxic potential than the LP1 strain, and a wider range of analogs, being therefore more toxic. LP1 strain did not amplify any of the selected genes of the biosynthesis pathway of saxitoxin, as well as, showed no expression. In general, the relative transcripts' level of the sxtA, sxtB, sxtI and sxtS genes was lower in the LP2 strain when compared to the relative transcripts level of the C. raciborskii T3 strain used as control. However, only significant difference was observed in the sxtA gene transcript levels. In addition, no significant difference was observed between the relative levels of transcripts of the four genes within the same strain. These results support the hypothesis of ecotypes selection for this species, which probably were originated in response to environmental fluctuations in Peri Lagoon. Dominance duringalmost the whole year can be explained by the alternation of these ecotypes in the total biomass contribution according to their physiological advantages, contributing to the ecological success of this species.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Biociências, Florianópolis, 2016. / Made available in DSpace on 2017-05-23T04:14:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 345763.pdf: 708683 bytes, checksum: bbc296b4036c71f24e8951c86d93bc47 (MD5) Previous issue date: 2016 / As microalgas têm recebido atenção frequente devido a sua alta taxa de crescimento, alta eficiência fotossintética, capacidade de algumas espécies crescerem em diferentes metabolismos energéticos (mixotrófico e heretotrófico) e apresentarem abundância de lipídios e pigmentos. Os microrganismos extremófilos (ex. acidófilos), ganharam interesse devido à sua capacidade de acumular e produzir compostos de alto valor e crescerem em condições especiais, excludentes para eventuais contaminantes. O objetivo deste trabalho é caracterizar a morfologia e a ultraestrutura de Chlamydomanas acidophila, uma cepa isolada da drenagem ácida de minas (DAM) na região de Criciúma/SC e Parachlorella kessleri, isolada de uma estação experimental de tratamento de esgoto localizada na UFSC, nos sistemas fototrófico, mixotrófico e heterotrófico e avaliar o crescimento, produção de lipídios e carotenóides em diferentes condições de cultivo. Esse trabalho está dividido em quatro capítulos. No primeiro capítulo foi realizada uma revisão bibliográfica. No segundo capítulo foi avaliada a influência de quatro meios de cultivo (MAM, BBM, BG-11 e NPK) no crescimento, morfologia e na produção de lipídios e carotenóides das duas cepas. No terceiro e quarto capítulo foram avaliados o crescimento, a morfofisiologia, a ultraestrutura e a produção de lipídios e carotenóides em condições fototrófica, mixotrófica e heterotrófica das duas cepas. Foram utilizadas técnicas de Microscopia de Luz, Confocal, Microscopia Eletrônica de Transmissão, Citometria de Fluxo e Cromatografia (HPLC e CG). O crescimento foi avaliado por contagem celular (câmara de Neubauer) e biomassa seca (método gravimétrico). A partir dos resultados foi possível concluir que: (a) C. acidophila possui um perfil de ácidos graxos adequado para a produção de biocombustíveis; (b) C. acidophila apresentou maior biomassa seca e produção de lipídios no meio MAM; (c) C. acidophila apresentou maior crescimento e produção de lipídios em sistema fototrófico; (d) A glicose e o acetato a 1% não resultaram em qualquer aumento significativo no crescimento e na produção de lipídios de C. acidophila, sendo o acetato tóxico para a cepa nas condições testadas (meio ácido); (e) P. kessleri apresentou maior biomassa seca, produção de lipídios e carotenóides no meio BBM; (f) P. kessleri apresentou crescimento em todos os sistemas de cultivo (fototrófico, mixotrófico e heterotrófico) com maior biomassa seca no sistema mixotrófico com glicose; (g) a maior produção de lipídios foi na condição mixotrófica com acetato (h). A luteína foi o carotenóide mais abundante detectado em todos os tratamentos, com maior produção no sistema mixotrófico com glicose.<br> / Abstract : Frequently, microalgae has received attention because of their high growth rate and photosynthetic efficiency, some species ability to grow in different energy metabolisms (mixotrophic and heretotrophic), and abundant lipids and pigments. Extremophiles microorganisms (eg. Acidophilus) gained interest due to their capacity to accumulate and produce high value compounds besides grow under special conditions, excluding contaminants. The main objective of this work was to characterize morphology and ultrastructure of Chlamydomanas acidophila, an isolated strain of acid mine drainage (AMD). This specie was isolated from the region of Criciúma / SC, and Parachorella kessleri from an experimental sewage treatment station located at UFSC. We have evaluated different culture conditions in phototrophic, mixotrophic and heterotrophic systems, estimating the growth, lipids and carotenoids production. This work was divided into four chapters. In the first chapter a bibliographical review was carried out addressing the topics of the thesis. The second chapter evaluated the influence of four culture media (MAM, BBM, BG-11 and NPK) on growth, morphology, lipid and carotenoid production of the two strains. The third and fourth chapters evaluated the growth, morphophysiology, ultrastructure and the lipids and carotenoids production under phototrophic, mixotrophic and heterotrophic conditions of the strains. We have used Light Microscopy, Confocal, Transmission Electron Microscopy, Flow Cytometry and Chromatography (HPLC and GC) techniques. The growth was evaluated by cell counting (Neubauer hemocytometer), and yield dry biomass (gravimetric method). The results indicate that (A) C. acidophila has a fatty acid profile suitable for the production of biofuels; (B) C. acidophila showed higher dry biomass and lipid production in MAM medium; (C) C. acidophila demonstrated greater growth and production of lipids in the phototrophic system; (D) 1% glucose and acetate did not result in any significant increase in the growth and production of C. acidophila lipids; acetate was toxic to the strain under the conditions tested (acid medium); (E) P. kessleri presented higher dry biomass, production of lipids and carotenoids in BBM medium; (F) P. kessleri obtained growth in all cultivation systems (phototrophic, mixotrophic and heterotrophic) with higher dry biomass in the mixotrophic system with glucose; (G) the mixotrophic condition with acetate showed the highest lipid production (H) Lutein was the most abundant carotenoid detected in all treatments, with higher production in the myxotrophic system with glucose.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Florianópolis, 2009 / Made available in DSpace on 2012-10-24T11:58:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 269692.pdf: 913786 bytes, checksum: 13e90e5a3ec769acc38839c40bde474c (MD5) / O vírus da síndrome da mancha branca (WSSV) é o agente infeccioso que trouxe maiores prejuízos à carcinicultura brasileira e mundial. Métodos de detecção do vírus são importantes na medida em que possibilitam a identificação da infecção dos camarões, permitindo que os criadores tomem medidas de contenção da disseminação viral, amenizando assim as perdas econômicas. As proteínas estruturais do WSSV, principalmente a VP28, são amplamente empregadas na obtenção de anticorpos poli e monoclonais, que por sua vez são utilizados no desenvolvimento de testes de detecção do WSSV. A síntese protéica em sistemas recombinantes é amplamente empregada para obtenção de proteínas recombinantes. Neste estudo, a região gênica mais hidrofílica da proteína do envelope viral VP28 foi amplificada, clonada, seqüenciada e expressa. A expressão por meio da cepa de E. coli BL21(DE3) plysS resultou em uma proteína recombinante de aproximadamente 21 KDa, denominada VP28r. A proteína recombinante possui uma cauda de histidinas na região N-terminal e permaneceu no interior da bactéria na forma de agregados insolúveis conhecidos como corpos de inclusão. Os corpos de inclusão foram solubilizados com uréia 8M e a proteína foi purificada através de cromatografia de afinidade por íons metálicos imobilizados em condições desnaturantes. A metodologia para expressão e purificação da VP28r desenvolvida no presente estudo demonstrou um bom rendimento protéico final possibilitando o futuro emprego desta proteína na produção de anticorpos que potencialmente podem ser empregados no desenvolvimento de testes de detecção do WSSV.

Marismas são ecossistemas entremarés altamente produtivos que suportam grandes variações de salinidade e são cobertos por vegetação herbácea adaptada que abriga diversos microrganismos. Os objetivos do presente trabalho foram isolar e avaliar a diversidade e o potencial biotecnológico de leveduras associadas ao filoplano de macrófitas aquáticas de uma marisma da Ilha da Pólvora – RS. Foram realizadas cinco coletas de hastes e folhas de três espécies de macrófitas Scirpus maritimus, Spartina alterniflora e Spatirna densiflora entre junho de 2012 e janeiro de 2013. As amostras foram colocadas em solução de Tween 20 a 0,5% e incubadas a 200 rpm por 30 minutos. Em seguida foram realizadas diluições decimais seriadas (10-1, 10-2 e 10-3) e um volume de 0,1mL foi inoculado em ágar malte levedura acidificado ao pH 4.0 e suplementado com 0.04% de cloranfenicol e 0.01% de bifenila. As placas foram incubadas por 7 dias a 20 – 25 oC e as colônias isoladas e purificadas em meio Glucose Yeast Peptone. Isolados de leveduras e fungos leveduriformes foram agrupados de acordo com a morfologia de colônia e testados quanto a afinidade ascomicética ou basidiomicética em meio uréia/DBB. O potencial biotecnológico dos isolados foi avaliado por meio de testes enzimáticos para a produção das enzimas de interesse industrial amilase, esterase, caseinase, celulase, gelatinase e lipase. As leveduras que obtiveram maior produção também foram testadas quanto à capacidade de degradar o corante azóico Acid Red 357. Foram obtidos 102 isolados, 37 leveduras de afinidade basidiomicética, 27 leveduras de afinidade ascomicética e 38 fungos leveduriformes. Cinco linhagens tiveram as regiões D1/D2 e/ou região ITS do DNA sequenciadas, sendo duas delas pertencentes à espécie Hortaea werneckii, de importância clínica. Dos 102 isolados, todos produziram lipase, 63,7% esterase, 50% gelatinase, 47% amilase, 45% caseinase e 45% celulase. As linhagens testadas no meio com o corante azóico obtiveram crescimento muito rápido e foram capazes de clarear a cor do meio, porém devem ser futuramente testadas em outras concentrações de corante para uma melhor visualização do resultado. Os resultados do trabalho demonstram o grande potencial biotecnológico de leveduras e fungos leveduriformes associados ao filoplano de plantas de marismas e, portanto, sua capacidade de contribuir para o avanço da biotecnologia. / Salt marshes are highly productive intertidal ecosystems that support large variations in salinity and are covered by herbaceous vegetation that home many microorganisms. The objectives of this study were to isolate and evaluate the diversity and the biotechnological potential of yeasts associated with phylloplane of aquatic weeds in a salt marsh on the island of Pólvora - RS. Five surveys were carried, between June 2012 and January 2013, and stems and leaves of three species of macrophytes, Scirpus maritimus, Spartina alterniflora and Spartina densiflora, were collected. The samples were placed in 0.5% Tween 20 solution and incubated at 200 rpm for 30 minutes. Decimal serial dilutions (10-1, 10-2 and 10-3) were performed, and a volume of 0.1 mL was inoculated onto YM acidified to pH 4.0 and supplemented with 0.04% chloramphenicol and 0.01% biphenyl. Plates were incubated for 7 days at 20 - 25 ° C, and colonies were isolated and purified in GYP medium. Isolates of yeasts and yeast-like fungi were grouped according to colony morphology, and tested for ascomycetous or basidiomycetous affinity in urease / DBB medium. The biotechnological potential of the isolates was assessed by enzymatic assays for the production of enzymes of industrial interest amylase, esterase, caseinase, cellulase, lipase and gelatinase. Yeasts with the greatest production were also tested for their ability to degrade azo dye Acid Red 357. 102 yeast isolates were obtained, 37 with basidiomycetous affinity, 27 with ascomycetic affinity and 38 yeast-like fungi. Five strains had the D1 / D2 regions and / or the ITS region of rDNA sequenced, two of which is Hortaea werneckii, a species of clinical importance. Of the 102 isolates, all produced lipase, 63.7% esterase, 50% gelatinase, 47% amylase, 45% caseinase and 45% cellulase. The strains tested in the medium with the azo dye grew very rapidly, and were able to lighten the color of the medium, but they must be further tested in other dye concentrations for a better evaluation of the result. Our results demonstrate the great biotechnological potential of yeasts and yeast-like fungi associated with the phylloplane of macrophytes, and therefore their ability to contribute to the advancement of biotechnology.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação, Florianópolis, 2014 / Made available in DSpace on 2015-02-05T20:28:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 331443.pdf: 1788516 bytes, checksum: f0f3608dbed78c3559ca285e874e1844 (MD5) Previous issue date: 2014 / O presente trabalho propõe um algoritmo de alocação de dados distribuídos baseado na anidade de dados e perfis de uso com foco em bancos de dados (BD) relacionais biológicos. A proposta visa instruir os administradores de banco de dados (DBAs) sobre como alocar os dados nos nós de um cluster visando obter o melhor desempenho possível nas consultas e demais requisições dos usuários. O esquema e verificado através de testes em laboratório. Os experimentos são realizados sobre o sistema data warehouse (DW) Intermine (SMITH et al., 2012) utilizando o pgGrid, que adiciona funções de reaplicação e fragmentação no PostgreSQL e o HadoopDB (implementação do modelo Map-Reduce para bancos de dados relacionais). O algoritmo e comparado com outras propostas de alocação geradas por algoritmos desenvolvidos em pesquisas recentes.<br> / Abstract: This work proposes a data allocation algorithm based on distributed data affinity and query profile with focus on biological relational databases.The proposal aims to help database administrators (DBAs) about how to allocate the data across nodes in a cluster in order to obtain the maximum performance improvements on query time and executing other user requests. The allocation schema is verified in laboratory tests. The Intermine datawarehouse (DW) system (SMITH et al., 2012) was chosen as subject of this evaluation. The experiments were executed on distributed database platforms such as pgGrid, which adds replication and fragmentation functions to PostgreSQL and HadoopDB(implementation of Map-Reduce model for relational databases). Finally, the algorithm is compared with other allocation methods developed in recent researches.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Biociências, Florianópolis, 2014. / Made available in DSpace on 2015-02-05T20:33:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 332308.pdf: 1927780 bytes, checksum: bac3d6624f9545f4001af33becb735d1 (MD5) Previous issue date: 2014 / Atualmente, existem diversos relatos de indivíduos que se expuseram ao HIV e não se infectaram, sugerindo a existência de mecanismos de resistência natural. Esses indivíduos podem ser representados por parceiros soronegativos de casais sorodiscordantes. O objetivo deste estudo foi analisar possíveis fatores que podem conferir resistência à infecção pelo HIV em indivíduos expostos ao HIV e não infectados, que foram comparados com indivíduos HIV-soropositivos e com um grupo controle composto por indivíduos saudáveis não expostos ao vírus. Foi realizada análise do subtipo e do tropismo do vírus presente nos pacientes soropositivos e a pesquisa da mutação CCR5?32 em todos os indivíduos estudados. Identificou-se a presença do subtipo C do HIV em quatro (44,4%) dos nove indivíduos soropositivos analisados, subtipo B em dois indivíduos (22,2%), forma recombinante BC em dois pacientes (22,2%) e forma recombinante CFB em apenas um paciente (11,1%). Dessa forma, observou-se um predomínio do subtipo C. No entanto, devido ao pequeno número de indivíduos analisados, não foi possível realizar uma análise de prevalência ou uma relação de categoria de exposição com o subtipo encontrado. Não foi observado nenhum indivíduo homozigoto para a mutação CCR5?32, sendo dois (22,2%) indivíduos heterozigotos para essa mutação entre os nove HIV-soropositivos, dois (22,2%) entre os nove indivíduos soronegativos expostos ao HIV e um (9,1%) entre os indivíduos controle. Entre os pacientes infectados pelo HIV somente um apresentava infecção por um vírus X4; interessantemente, nesse mesmo paciente foi encontrada a forma heterozigota para a mutação CCR5?32, assim como para seu parceiro soronegativo. Esse resultado indica forte evidência de adaptação viral. Além disso, foi realizada a quantificação dos níveis dos transcritos de genes cujas proteínas estão envolvidas na infecção pelo HIV (APOBEC3G, CFLAR, TRIM5?, LEDGF/p75, BST-2 e SAMHD1) em linfócitos T CD4+ e monócitos de todos os grupos estudados. Não foram observadas diferenças significativas na expressão desses genes em linfócitos T CD4+ e monócitos de pacientes soropositivos, soronegativos e expostos e indivíduos controle. Dessa forma, considera-se que a capacidade de controlar a infecção ou retardar a progressão da doença é regulada por um equilíbrio entre fatores virais e do hospedeiro, sendo o estudo desses fatores muito importante para o esclarecimento dos mecanismos envolvidos na resistência ao HIV.<br> / Abstract : Currently there are many reports of individuals who were exposed to HIV and were not infected, suggesting the existence of mechanisms that lead to natural resistance to this virus. These individuals can be represented by seronegative partners of serodiscordant couples. The aim of this study was to analyze possible factors of resistance to HIV infection in HIV-exposed seronegative individuals when compared to HIV positive individuals and a control group of healthy individuals. Analysis of subtype and tropism viral present in HIV-seropositive patients and presence of CCR5?32 in all individuals were performed. Four (44.4%) out of nine HIV-1 isolates analyzed were classified as subtype C, 2 (22.2%) as B/C inter-subtype recombinants, 2 (22.2%) as subtype B, and one (11.1%) as B/C/F mosaic form. The most frequent HIV genetic form was subtype C. However, due to the small sample number, it was not possible to conduct a prevalence analysis or establish a relationship between exposure category and subtype found. The absence of the homozygous deletion CCR5?32 among HIV-seropositive, exposed seronegative subjects and HIV-seronegative volunteers was observed. In addition, two individuals (22.2%) among the nine HIV-positive were heterozygous for this mutation. Considering the HIV-seropositive individuals, only one showed infection by X4 virus. Interestingly, the same patient showed heterozygosity for the CCR5?32, as well as their HIV-negative partner. This result indicates strong evidence of viral adaptation. In addition, study of mRNA levels of genes whose proteins are involved in HIV infection (APOBEC3G, CFLAR, TRIM5?, LEDGF/p75, BST-2 and SAMHD1) in T CD4+ lymphocytes and monocytes was performed. Similar mRNA levels of these genes where found in T CD4+ lymphocytes and monocytes from HIV-infected patients, HIV-exposed seronegative subjects, and healthy controls. Thus, it might be considered that the ability to control infection or delay disease progression is regulated by a balance between viral and host factors. Hence, the study of these factors is very important for the elucidation of mechanisms involved in the resistance to HIV-infection.