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Staphylococcus spp. isolados de mastite subclínica bovina em diferentes estados brasileiros: resistência antimicrobiana, detecção dos fatores de virulência e identificação do perfil clonal / Staphylococcus spp. aislados de mastite subclinica bovina en diferentes estados brasileños: resistencia antimicrobiana, detección de los factores de virulencia y identificación del perfil clonal

Mello, Priscila Luiza [UNESP] 21 February 2017 (has links)
Submitted by PRISCILA LUIZA MELLO (priscila_mello@msn.com) on 2017-06-13T15:16:16Z No. of bitstreams: 1 Tese Priscila Luiza Mello - versao final.pdf: 2607615 bytes, checksum: e303ccde84189b3e5dee79662db55303 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-06-13T17:37:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 mello_pl_dr_bot.pdf: 2607615 bytes, checksum: e303ccde84189b3e5dee79662db55303 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-13T17:37:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 mello_pl_dr_bot.pdf: 2607615 bytes, checksum: e303ccde84189b3e5dee79662db55303 (MD5) Previous issue date: 2017-02-21 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A mastite é considerada um grande problema na pecuária leiteira e o uso frequente de antimicrobianos contribui para o aumento da pressão seletiva de micro-organismos resistentes aos principais fármacos. A Organização Mundial da Saúde Animal tem alertado para o risco da resistência antimicrobiana resultante do uso indevido de antimicrobianos no tratamento de animais doentes. O presente trabalho tem como objetivos identificar e caracterizar o perfil clonal, bem como os fatores de virulência e de resistência aos antimicrobianos em Staphylococcus spp. isolados do leite de bovinos com mastite subclínica de várias regiões do Brasil. As amostras foram concedidas pela Embrapa Gado de Leite, provenientes de 6 estados brasileiros, incluindo Paraná, Santa Catarina, Rio Grande do Sul, Minas Gerais, São Paulo e Pernambuco. Foram incluídas 181 amostras de Staphylococcus spp. no estudo. A identificação fenotípica revelou um total de 82 (45,3%) Staphylococcus aureus e 99 (54,7%) Staphylococcus coagulase negativa (CoNS). Destes, a espécie mais isolada foi S. chromogenes com 27 (14,9%) amostras, seguido de S. epidermidis com 26 (14,3%). Realizou-se a confirmação genotípica utilizando a técnica Internal Transcribed Spacer - PCR (ITS-PCR) de todas as amostras, demonstrando um total de 98% de concordância com o teste fenotípico. Quanto à determinação da Concentração Inibitória Mínima (CIM), S. aureus revelou 99% de sensibilidade à oxacilina, enquanto os CoNS apresentaram 32% de resistência à esse antimicrobiano. Já para a vancomicina, todas as amostras foram sensíveis, apresentando apenas susceptibilidade reduzida pelo método de triagem, onde 13 amostras cresceram em BHI ágar com concentrações de 4μg/mL e 6 μg/mL de vancomicina. Com referência à produção de beta-lactamase foi possível observar que 96% das amostras de Staphylococcus spp. foram positivas. O gene mecA foi detectado em 8 amostras, todas do grupo CoNS e a tipagem do SCCmec revelou isolados do tipo I e tipo IV. Nas amostras em que não foram encontrados o gene mecA, foi realizada pesquisa do mecA homólogo (LGA251) e um total de 12 amostras apresentaram um produto de PCR com tamanho semelhante ao esperado para o gene mecC. No entanto o sequenciamento das amostras revelou similaridade de 99% com um gene ancestral do mecA. Através da técnica de PCR foram pesquisados os genes do operon ica responsáveis pela produção de biofilme,sendo detectados o gene icaA em 79 amostras (43,6%), o icaB em 24 (13,2%), o icaC em 57 (31,4%) e o icaD em 127 (70,1%). O gene bap foi detectado em 66 amostras (36,4%), enquanto o gene bhp foi encontrado apenas em 9 (4,9%) amostras de S. epidermidis. Já os ensaios de expressão por RT-qPCR comprovaram a expressão do gene icaA em 60 amostras (33%) do icaB em 6 (3,3%), do icaC em 26 (14,3%) e do icaD em 80 (44%). Quanto aos genes de enterotoxinas, o estudo revelou o gene sea como o mais frequente, sendo detectado em 18,2% das amostras, o gene seb em 7,7%, o sec em 14,9%, o sed 0,5%, o see em 8,2%, o sei em 6,6%, e o ser em 1,6%. Os genes ses, set e tst não foram detectados em nenhuma das amostras. A tipagem do perfil clonal das amostras pela técnica de Pulsed Field Gel Electrophoresis permitiu a identificação de oito clones de S. aureus que incluíram simultaneamente, ≥3 amostras, com similaridade ≥80%. Em relação às outras espécies estudadas, houve a formação de três grupamentos para a espécie S. chromogenes, enquanto para S. epidermidis quatro clusters foram detectados. Já ao analisar S. saprophyticus, foi possível observar apenas um grupamento. Quanto ao Multilocus Sequence Type (MLST) para o sequenciamento dos sete genes housekeeping, os ST prevalentes em S. aureus foram ST126 e ST1 enquanto em S. epidermidis, os ST foram todos distintos. / Mastitis is considered a major problem in dairy farming and the frequent use of antimicrobials contributes to increased selection pressure of resistant micro-organisms to the main drugs. The World Organisation for Animal Health are aimed at the protection of animal and human health against the risk of antimicrobial resistance resulting from the treatment of sick animals. This study aims to identify and characterize the clonal profile and the virulence as well as the virulence factors and the antimicrobial resistance to Staphylococcus spp. isolated from bovine milk with subclinical mastitis from several regions of Brazil. The samples were provided by Embrapa Gado de Leite (Embrapa Dairy Cattle), from 6 Brazilian states, including Paraná, Santa Catarina, Rio Grande do Sul, Minas Gerais, São Paulo and Pernambuco. A total of 181 samples of Staphylococcus spp. were included in the study. Phenotypic identification revealed a total of 82 (45.3%) Staphylococcus aureus and 99 (54.7%) Coagulase-Negative Staphylococci (CoNS) and, of these, the most isolated species was S. chromogenes with 27 (14.9%) samples, followed by S. epidermidis with 26 (14.3%). We realized the genotypic confirmation by using the technique Internal Transcribed Spacer - PCR (ITS-PCR) of all samples, demonstrating a total of 98% of concordance with the phenotypic test. As for the determination of Minimum Inhibitory Concentration (MIC), S. aureus showed 99% of susceptibility to oxacillin, while CoNS showed 32% resistance to this drug. As for vancomycin, all samples were susceptible, by displaying only reduced susceptibility screening method, where 13 samples grown on BHI agar at concentrations of 4μg/mL and 6 g/mL of vancomycin. With reference to the production of beta-lactamase was observed that 96% of Staphylococcus spp. strains were positive. The mecA gene was detected in 8 samples, all of CoNS group and typing of isolates revealed SCCmec type I and type IV. In the samples that were not found mecA gene, an homologous mecA (LGA251) survey was conducted and a total of 12 samples showed a PCR product with size similar to that expected for mecC gene. However, the sequencing of the samples revealed a similarity of 99% with an ancestral gene mecA. Through PCR technique were investigated genes of the ica operon responsible for the production of biofilm, being detected icaA gene in 79 samples (43.6%), the icaB in 24 (13.2%), icaC in 57 (31 , 4%) and icaD in 127 (70.1%). The bap gene was detected in 66 samples (36.4%), while bhp gene was found only in 9 (4.9%) samples of S. epidermidis. Yet, the expression assays by RT-qPCR demonstrated the expression of icaA gene in 60 samples (33%), of icaB 6 (3.3%) of icaC in 26 (14.3%) and icaD 80 (44 %). As for enterotoxin genes, the study revealed the sea gene as the most frequent, being detected in 18.2% of samples, the seb gene in 7.7%, sec in 14.9%, sed 0.5% , see in 8.2%, sei at 6.6% and the ser in 1.6%. The ses, set and tst genes were not detected in any of the samples. The typing of clonal profile of the samples by the Pulsed Field Gel Electrophoresis technique, permitted the identification of eight clones of S. aureus, included both ≥3 samples, with ≥80% similarity. For the other species studied, there was the formation of three groups for the S. chromogenes species, while for S. epidermidis, four clusters were detected. Have to analyze S. saprophyticus, we observed only one grouping. As for the Multilocus Sequence Type (MLST) that is the sequencing of seven housekeeping genes, the ST prevalent in S. aureus were ST126 and ST1 while in S. epidermidis, the ST were all different. / FAPESP: 2012/24135-0
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Produção e caracterização estrutural, molecular e morfológica de nanocristais a partir de diferentes amidos e sua aplicação em biofilmes / Production and structural, molecular and morphological characterization of nanocrystals from different starches and their application in biofilms

Costa, Mariana Souza [UNESP] 07 June 2017 (has links)
Submitted by Mariana Costa (marianasouza.costa@yahoo.com.br) on 2017-07-04T12:56:53Z No. of bitstreams: 1 Tese Mariana Souza Costa.pdf: 4289214 bytes, checksum: e02df698b97b7e118c82e27bd730c504 (MD5) / Rejected by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: No campo “Versão a ser disponibilizada online imediatamente” foi informado que seria disponibilizado o texto completo porém no campo “Data para a disponibilização do texto completo” foi informado que o texto completo deverá ser disponibilizado apenas 6 meses após a defesa. Caso opte pela disponibilização do texto completo apenas 6 meses após a defesa selecione no campo “Versão a ser disponibilizada online imediatamente” a opção “Texto parcial”. Esta opção é utilizada caso você tenha planos de publicar seu trabalho em periódicos científicos ou em formato de livro, por exemplo e fará com que apenas as páginas pré-textuais, introdução, considerações e referências sejam disponibilizadas. Se optar por disponibilizar o texto completo de seu trabalho imediatamente selecione no campo “Data para a disponibilização do texto completo” a opção “Não se aplica (texto completo)”. Isso fará com que seu trabalho seja disponibilizado na íntegra no Repositório Institucional UNESP. Por favor, corrija esta informação realizando uma nova submissão. Agradecemos a compreensão. on 2017-07-04T18:23:53Z (GMT) / Submitted by Mariana Costa (marianasouza.costa@yahoo.com.br) on 2017-07-04T18:44:13Z No. of bitstreams: 1 Tese Mariana Souza Costa.pdf: 4289214 bytes, checksum: e02df698b97b7e118c82e27bd730c504 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-07-04T19:45:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 costa_ms_dr_sjrp.pdf: 4289214 bytes, checksum: e02df698b97b7e118c82e27bd730c504 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-04T19:45:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 costa_ms_dr_sjrp.pdf: 4289214 bytes, checksum: e02df698b97b7e118c82e27bd730c504 (MD5) Previous issue date: 2017-06-07 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O efeito do padrão cristalino do amido na obtenção e na morfologia, características estruturais, moleculares e físico-químicas de nanocristais de amido (NCA) e sua aplicação em biofilmes foram estudados. Amidos de mandioca, milho e batata foram isolados e caracterizados. Suspensões de amido (14,7% p/v) em 3,16 M H2SO4 foram hidrolisadas durante 1, 3, 5 e 7 dias a 40 °C. As amilodextrinas obtidas foram caracterizadas quanto ao teor de amilose (titulação potenciométrica), espectroscopia vibracional por refletância total atenuada (FTIR-ATR), padrão cristalino e cristalinidade relativa (difração de raios-X), propriedades térmicas (DSC), análise termogravimétrica, distribuição das cadeias de amilodextrinas por cromatografia de troca aniônica de alta eficiência com detecção amperométrica pulsada (HPAEC-PAD), morfologia (MEV e MET) e tamanho (zetasizer). O amido de mandioca foi o mais suscetível à hidrólise devido às imperfeições na sua estrutura cristalina. Os padrões cristalinos das amilodextrinas mantiveram-se inalterados e a cristalinidade e as temperaturas de pico aumentaram com o tempo de hidrólise, enquanto a temperatura de degradação térmica diminuiu, independentemente do tempo de tratamento e da fonte de amido. As amilodextrinas (amidos de mandioca e milho) com padrão tipo A foram estrutural e termicamente mais estáveis que aquelas com padrão B (amido de batata), mas suas partículas tiveram maior tendência para aglomeração. NCA foram observados em MET a partir do terceiro dia de hidrólise nas amilodextrinas de mandioca, enquanto naquelas de milho e batata a partir do quinto dia. As amilodextrinas eram constituídas de duas estruturas com escalas micro- (partículas cristalinas) e nano- (organização das duplas hélices). Os NCA tipo A tiveram formato de plaquetas, enquanto os NCA tipo B eram redondos. NCA foram fracionados em coluna Bio-Gel P6 e frações de alto e baixo peso molecular foram coletadas. As frações I e III foram tratadas enzimaticamente (a: β-amilase seguido de isoamilase e pululanase; b: enzimas desramificantes seguido de β-amilase) e analisadas por HPAEC-PAD. Os NCA eram formados por duas populações de dextrinas compostas por cadeias lineares (grau de polimerização - GP 11-15) e uniramificadas (GP 22-25). NCA tipo A continham cadeias internas mais longas ligadas aos pontos de ramificação, as quais ficaram protegidas durante a hidrolise. NCA, independente do padrão cristalino, eram constituídos de duplas hélices estáveis formadas por cadeias com GP 10-15, porém com características distintas: enquanto NCA tipo A continham maior quantidade de ramificações localizadas principalmente na extremidade redutora de sua estrutura, os NCA tipo B tinham menos ramificações que estavam localizadas na extremidade não-redutora. A localização dos pontos de ramificação na estrutura cristalina influenciou o formato dos NCA. NCA de batata obtidos após 5 e 7 dias (BA5 e BA7) e NCA de mandioca e milho obtidos após 3 (MA3 e MI3), 5 (MA5 e MI5) e 7 (MA7 e MI7) dias de hidrólise foram adicionados em biofilmes de amido de mandioca em diferentes proporções (0, 1, 3 e 5%) que foram caracterizados. Os filmes adicionados de NCA tiveram menor teor de umidade e maior solubilidade, independente do tipo cristalino e concentração de NCA, com exceção daqueles com NCA de MI3. A adição de NCA de BA5, BA7, MA3, MA5, MI3 e MI5, independente da concentração, reduziu a permeabilidade ao vapor d’água (PVA) dos biofilmes melhorando as propriedades de barreira, enquanto NCA de MA7 e MI7 provocaram aumento na PVA devido aglomeração das partículas. A análise de componentes principais permitiu agrupar as amostras em quatro grupos de acordo com as propriedades mecânicas. Filmes adicionados de NCA 3%BA5, 5%BA7, 3%MA5, 1%MI3 e 5%MI3 se destacaram dos demais por apresentar melhores propriedades de barreira e mecânicas. A morfologia dos NCA não influenciou as propriedades mecânicas, mas a dispersão das partículas na matriz polimérica e a estabilidade das superfícies dos cristais melhoraram as forças de tensão. NCA de MI3 na concentração de 1% foi o mais adequado para serem aplicados em filmes à base de amido. / The effect of the crystalline pattern of starch on the obtainment and on the morphology, structural, molecular and physicochemical characteristics of starch nanocrystals (SNC) and their application in biofilms have been studied. The cassava, corn and potato starches were isolated and characterized. Suspensions of starch (14.7% w/v) in 3.16 M H2SO4 were hydrolyzed for 1, 3, 5 and 7 days at 40 °C. The amylodextrins obtained were characterized regarding amylose content (potentiometric titration), attenuated total reflectance vibration spectroscopy (FTIR-ATR), crystalline pattern and relative crystallinity (X-ray diffraction), thermal properties (DSC), thermogravimetric analysis, distribution of amylodextrins chains in high-performance anion-exchange chromatography with pulsed amperometric detection (HPAEC-PAD), morphology (SEM and TEM) and size (zetasizer). Cassava starch was the most susceptible to hydrolysis due to imperfections in its crystalline structure. The crystalline patterns of amylodextrins kept unchanged and crystallinity and peak temperature increased with hydrolysis time, while thermal degradation temperature decreased, independently of treatment time and starch source. A-type amylodextrins (cassava and corn starches) were structurally and thermally more stable than B-amylodextrins (potato starch), but their particles had a greater tendency to agglomeration. SNC were observed by TEM from the third day of hydrolysis in cassava amylodextrins, while corn and potato amylodextrins displayed SNC only on the fifth day. The amylodextrins were formed by two structures: micro- (crystalline particles) and nano- (organization of double helices). A-type SNC displayed platelet shapes, while B-type SNC were rounded. SNC were fractionated in column of Bio-Gel P6 and the fractions of the high and low molecular weight were collected. Fractions I and III were treated enzymatically (a: β-amylase followed by isoamylase and pullulanase; b: debranching enzymes followed by β-amylase) and analyzed by HPAEC-PAD. SNC were formed by two populations of dextrins compound by linear chains (degree of polymerization - DP 11-15) and single branched (DP 22-25). A-type SNC contained inner longer chains linked to the branching points, which were protected during acid action. SNC, regardless the crystalline pattern, were compound by stable double helices formed by chains with DP 10-15, but with distinct characteristics: while SNC A-type contained a greater amount of branches located mainly in the reducing end of their structure, SNC B-type had fewer branches, which were located at the non-reducing end. The location of the branching points in the crystalline structure influenced the shape of the SNC. Potato SNC obtained after 5 and 7 days (PO5 and PO7) and cassava and corn SNC obtained after 3 (CA3 and CO3), 5 (CA5 and CO5) and 7 (CA7 and CO7) days of hydrolysis were added in biofilms of cassava starch in different proportions (0, 1, 3 and 5%) and were characterized. The films added of the SNC had lower moisture content and higher solubility, regardless the crystalline type and concentration of SNC, except for those added with CO3 SNC. The addition of SNC of PO5, PO7, CA3, CA5, CO3 and CO5, regardless concentration, reduced the water vapour permeability (WPV) of the biofilms by improving the barrier properties, while the CA7 and CO7 SNC caused increase in the WPV due to particle agglomeration. Principal component analysis allowed to group the samples into four groups according to the mechanical properties. Films added by SNC 3%PO5, 5%PO7, 3%CA5, 1%CO3 and 5%CO3 were distinguished the other SNC for presenting better barrier and mechanical properties. The morphology of the SNC did not influence the mechanical properties, but the dispersion of the particles in the polymer matrix and the stability of the crystal surfaces improved the tensile forces. The CO3 SNC at 1% concentration was the most suitable to be applied in starch-based films. / FAPESP: 2013/01500-7
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Avaliação dos efeitos probióticos de cepas clínicas de Lactobacillus spp. sobre diferentes espécies de Candida / Evaluation of probiotic effects of clinical strains of Lactobacillus spp.on different species of Candida

Santos, Rafaella Braga [UNESP] 05 February 2018 (has links)
Submitted by RAFAELLA BRAGA SANTOS null (rafinha_braga@yahoo.com.br) on 2018-04-05T13:48:44Z No. of bitstreams: 1 Tese Rafaella Braga Santos 05-04-2018.pdf: 1418361 bytes, checksum: 246a611d76714b96078f039fcebfa018 (MD5) / Approved for entry into archive by Silvana Alvarez null (silvana@ict.unesp.br) on 2018-04-16T15:49:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 santos_rb_dr_sjc.pdf: 1418361 bytes, checksum: 246a611d76714b96078f039fcebfa018 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-16T15:49:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 santos_rb_dr_sjc.pdf: 1418361 bytes, checksum: 246a611d76714b96078f039fcebfa018 (MD5) Previous issue date: 2018-02-05 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Devido ao aumento das infecções causadas por Candida albicans e espécies não-albicans, surge a necessidade de novas estratégias terapêuticas, como a identificação de cepas bacterianas com características probióticas. Assim, o objetivo foi avaliar a ação antimicrobiana de cepas clínicas de Lactobacillus paracasei, Lactobacillus fermentum e Lactobacillus rhamnosus sobre diferentes espécies de Candida (C. albicans, C. glabrata, C. krusei e C. tropicalis). Foram utilizadas cepas de Lactobacillus isoladas da cavidade bucal de indivíduos livres de cárie e cepas de Candida isoladas de lesões de candidose orofaríngea obtidas em estudos anteriores. Para estudo in vitro, foram formados biofilmes monoespécies de Candida (Grupo controle) e biofilmes mistos de Candida e Lactobacillus, nos quais os lactobacilos foram acrescentados antes da cepa de Candida (Grupo Profilático), após a cepa de Candida (Grupo Terapêutico) ou ao mesmo tempo da cepa de Candida (Grupo Simultâneo). Após 48 h de incubação, foi realizada a contagem do número de células viáveis de Candida (UFC/mL). Para estudo in vivo, os micro-organismos foram inoculados em larvas de G. mellonella e o desenvolvimento da candidose foi monitorado pela curva de sobrevivência, estudando-se os grupos experimentais descritos acima. Nos resultados in vitro, foi verificado que os efeitos inibitórios mais significativos de Lactobacillus sobre Candida ocorreram nos grupos profiláticos. As cepas de C. tropicalis e C. krusei foram mais sensíveis a ação de Lactobacillus do que C. albicans e C. glabrata. Além disso, foi verificado que as três espécies de Lactobacillus estudadas (L. paracasei, L. rhamnosus e L. fermentum) tiveram ação inibitória sobre Candida. Em relação ao estudo in vivo, também foi verificado que os grupos profiláticos tiveram maiores efeitos inibitórios sobre a candidose experimental em relação aos grupos terapêuticos, levando a um aumento significativo nas taxas de sobrevivência das larvas. Em relação as cepas estudadas, os efeitos profiláticos de Lactobacillus sobre a candidose, foram encontrados, de forma semelhante, para todas as cepas de Candida e Lactobacillus estudadas. Assim, concluiu-se que as cepas clínicas de L. paracasei 28.4, L. rhamnosus 5.2 e L. fermentum 20.4 foram capazes de inibir a formação de biofilme e desenvolvimento de candidose causados por C. albicans, C. krusei, C. tropicalis e C. glabrata, principalmente quando Lactobacillus foi administrado de forma profilática. / Due to the increase of infections caused by Candida albicans and non-albicans species, there is a need for new therapeutic strategies, such as the identification of bacterial strains with probiotic characteristics. The objective of this study was to evaluate the antimicrobial action of Lactobacillus paracasei, Lactobacillus fermentum and Lactobacillus rhamnosus strains on different Candida species (C. albicans, C. glabrata, C. krusei and C. tropicalis). We used Lactobacillus strains isolated from the oral cavity of caries-free and Candida strains isolated from lesions of oropharyngeal candidiasis. For in vitro study, monospecies of Candida (Control Group) and mixed biofilms of Candida and Lactobacillus were prepared, in which the lactobacillus were attached before the Candida strain (Profile Group), after a Candida (Therapeutic Group) strain or same time as the Candida strain (Simultaneous Group). After 48 h of incubation, we counting the number of viable Candida cells (CFU/mL). For in vivo study, we inoculate the microorganisms in larvae of G. mellonella and the development of the application for monitoring by survival curve, studying the experimental groups described above. In the in vitro results, we find that the most significant inhibitory effects of Lactobacillus on Candida occurred in the prophylactic groups. The strains of C. tropicalis and C. krusei were more sensitive to the action of Lactobacillus than C. albicans and C. glabrata. In addition, it we verified that the three species of Lactobacillus studied (L. paracasei, L. rhamnosus and L. fermentum) had an inhibitory action on Candida. In relation to the in vivo study, we verified that the prophylactic groups had more inhibitory effects on an experimental candidose in relation to the therapeutic groups, leading to a significant increase in the survival rates of the larvae. In relation to the studied strains, the prophylactic effects of Lactobacillus on candidiasis were similarly for all Candida and Lactobacillus strains studied. Thus, it concluded that the clinical strains of L. paracasei 28.4, L. rhamnosus 5.2 and L. fermentum 20.4 were able to inhibit a biofilm formation and development of Candida caused by C. albicans, C. krusei, C. tropicalis and C. glabrata, especially when Lactobacillus was given prophylactically. Keywords:
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Susceptibilidade antifúngica, produção de biofilme e caracterização do gene ALS3 em isolados de Candida albicans e não-albicans do hospital das clínicas, UNESP, Botucatu /

Nascimento, Ariane Cristina Mendes de Oliveira Bruder. January 2009 (has links)
Orientador: Eduardo Bagagli / Banca: Marcia de Souza Carvalho Melhem / Banca: Paulo José Fortes Villas Boas / Resumo: Leveduras oportunistas do gênero Candida são capazes de disseminar-se em hospedeiros susceptíveis, num processo crescente nos últimos anos. Um fator complicador destes quadros ocorre quando estas leveduras são capazes de produzir biofilme, principalmente quando associadas a cateteres ou outros dispositivos médicos, elevando o poder de penetração e invasão em órgãos do hospedeiro. Por também conferir maior resistência às drogas antifúngicas do que as células dispersas, o biofilme fúngico tornou-se um dos maiores problemas no combate a estas infecções. A base genética da produção de biofimes nestas leveduras é complexa, porém já foi determinado o envolvimento de genes da família ALS, codificadores de glicoproteínas de adesão. Dentre os oito genes desta família (ALS1 ao ALS7 e ALS9), destaca-se o papel de ALS3. O gene ALS3, assim como todos os outros genes da família, apresenta uma estrutura composta por 3 domínios. O domínio 5', região bem conservada; um domínio central que apresenta motifs de 108pb repetidos em tandem, com variações de tamanho entre os genes da mesma família e entre o mesmo gene em diferentes espécies, em uma mesma espécie e até mesmo entre alelos de uma mesma cepa, e o domínio 3, menos conservado que o domínio 5', que pode apresentar variações de tamanho e de algumas seqüências de aminoácidos. Tendo em vista a crescente incidência de infecções por esse microrganismo em todo o mundo, o presente estudo objetivou investigar a freqüência das diferentes espécies de Candida em nossa região e caracterizá-las quanto à susceptibilidade a drogas antifúngicas e produção de biofilme, e possível correlação da produção de biofilme com polimorfismos de tamanho do gene ALS3. Os resultados obtidos confirmam a crescente incidência de espécies não-albicans, principalmente isoladas de infecções invasivas como cultura... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Opportunistic yeasts of the genus Candida are able to disseminate into the bloodstream in susceptible hosts, in an increasing course in the recent years. A complicating factor is when these yeasts are capable of producing biofilms, especially associated with catheters or other medical devices. Biofilm also confers greater resistance to antifungal drugs than dispersed cells, so the fungal biofilm has become one of the greatest problems in combating these infections. The genetic basis of the biofim production by yeasts is complex, but it has been know the involvement of ALS gene family, encoders of adhesion glycoproteins. Among the eight genes of this family (ALS1 to ALS7 and ALS9), the ALS3 are considered the most important. The ALS3 gene, such as the others members of the family, have three general domains: the 5'domain, conserved, with approximately 1300-pb; followed by a central domain consisting entirely of tandem-repeats of a 108-pb sequence, that are somewhat variable; and the 3' domain, which is least conserved in length and sequence. Considering the increase incidence of these infections worldwide, the aims of this study were identify the frequency of Candida species in our region, to characterize the profile of antifungal susceptibility; to quantify the biofilm production and to correlate this production with the ALS3 gene length polymorphism. Our data confirm the increase incidence of non-albicans species, mainly when obtained from invasive infections, such as blood and peritoneal fluid, in which C. parapsilosis was the most frequent isolated species. The same was also observed to biofilm production, in which isolates obtained from invasive infections (blood and peritoneal fluid) are more biofilm producers than that obtained from vaginal secretion and urine. Among the different species, isolates of non-albicans also are more biofilm producers than C. albicans. Polimerase... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Análise transcricional de genes relacionados à formação de biofilme e virulência em cepas de Listerua Monocytogenes cultivadas em diferentes temperaturas / Transcriptional analysis of genes related to biofilm formation and virulence in Listeria monocytogenes strains grown at different temperatures

Pieta, Luiza January 2013 (has links)
Dentre as oito espécies do gênero Listeria, a única transmitida por alimentos, patogênica para humanos, é a Listeria monocytogenes. De grande preocupação para a indústria alimentícia, este microrganismo pode ser encontrado em diversas superfícies de plantas processadoras de alimentos, sendo capaz de se aderir e formar persistentes biofilmes. No presente trabalho, foi estudada a influência da concentração de glicose e do tempo de incubação na formação de biofilme por uma cepa de L. monocytogenes, sorotipo 1/2a, cultivada em três diferentes temperaturas, 7°C, 25°C e 37°C, através de planejamento experimental utilizando a Metodologia de Superfície de Resposta. As duas variáveis testadas, para os intervalos estudados, foram significativas (p<0,05) na formação de biofilme somente na temperatura de 37°C e, tanto concentrações de glicose tendendo a zero combinadas com tempos de incubação próximos a 26 h, como maiores concentrações de glicose combinadas com menores tempos de incubação, dentro da faixa de estudo aplicada, representaram boas condições para a formação de biofilme. Foi também realizada a análise transcricional de genes relacionados à formação de biofilme e virulência em duas cepas de L. monocytogenes, sorotipos 1/2a e 4b, cultivadas a 7°C e 37°C (condição controle), pela técnica de PCR quantitativo em tempo real (RT-qPCR). Para ambas as cepas, os genes sigB, prfA, luxS, sufS, sufU, ltrC e flaA apresentaram transcrição significativamente aumentada (p<0,05) a 7°C, em comparação aos resultados para a condição de cultivo a 37°C, enquanto que o gene hly não variou significativamente a sua transcrição entre as duas temperaturas. O gene actA foi mais transcrito a 7°C para a cepa denominada 55, do sorotipo 1/2a, enquanto que não variou significativamente a sua transcrição entre as duas condições de crescimento para a cepa denominada 47, do sorotipo 4b. No entanto, para a cepa 55, o gene degU não demonstrou diferença estatisticamente significativa entre seus níveis de transcrição nas duas temperaturas estudadas, mas para a cepa 47, apresentou transcrição significativamente aumentada a 7°C. Interessantemente, a presença do gene agrA não foi detectada na cepa 47, e os seus níveis de transcrição foram menores a 7°C para a cepa 55. Estes resultados demonstram que os dois sorotipos estudados, responsáveis por muitos dos casos humanos de listeriose, apresentam mecanismos moleculares diferentes, nas temperaturas de 7°C e 37°C. / Among the eight species of genus Listeria, the only transmitted by food, pathogenic for humans, is Listeria monocytogenes. Of great concern to the food industry, this microorganism can be found in various areas of food processing plants, being able to adhere and form persistent biofilms. In the present work, the influence of glucose concentration and incubation time on biofilm formation by a strain of L. monocytogenes, serotype 1/2a, grown in three different temperatures, 7°C, 25°C and 37°C, have been studied, through an experimental design using the Response Surface Methodology. The two variables tested, for the studied intervals, were significant (p<0,05) in the biofilm formation only at a temperature of 37°C and, both glucose concentrations tending to zero combined with incubation times near to 26 h, and higher glucose concentrations combined with lower incubation times, within the applied range study, represented good conditions for biofilm formation. Transcriptional analysis of genes related to biofilm formation and virulence in two strains of L. monocytogenes, serotypes 1/2a and 4b, grown at 7°C and 37°C (control condition), was also performed, by real-time quantitative PCR (RT-qPCR). For both strains, sigB, prfA, luxS, sufS, sufU, ltrC and flaA genes showed significantly increased transcription (p<0,05) at 7°C, in comparison with results for the growth condition at 37°C, whereas hly gene did not varied significantly its transcription between the two temperatures. The actA gene was more transcribed at 7°C for the 55 strain, serotype 1/2a, while did not varied significantly its transcription between the two growth conditions for the 47 strain, serotype 4b. However, for 55 strain, the degU gene did not showed statistically significant difference for its transcription levels between the two studied temperatures, but for 47 strain, presented significantly increased transcription at 7°C. Interestingly, the presence of agrA gene was not detected in 47 strain, and its transcription levels were lower at 7°C for 55 strain. These results demonstrate that the two studied serotypes, responsible for many of the human listeriosis cases, have different molecular mechanisms, at temperatures of 7 and 37°C.
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Caracterização estrutural e funcional de FleQ, fator de transcrição envolvido na expressão de genes flagelares e de formação de biofilme / Structural and functional characterization of FleQ, a transcriptional factor related to flagellar gene expression and biofilm formation

Bruno Yasui Matsuyama 11 March 2016 (has links)
Bactérias podem formar comunidades bacterianas sésseis, conhecidas como biofilmes, os quais possuem um grande impacto tanto na indústria, por serem responsáveis pelo entupimento e corrosão de tubulações, quanto na saúde, por serem resistentes ao tratamento com antibióticos. Nos últimos anos, o mensageiro secundário c-di-GMP foi descoberto como um importante regulador nas vias de sinalização envolvidas na capacidade da bactéria alternar entre esses dois fenótipos: livre nadante ou em biofilme. Um dos alvos moleculares de c-di-GMP é FleQ, uma Enhancer binding protein bacteriana (bEBP), que regula a expressão dos genes flagelares de forma dependente do fator &sigma;54, em um processo dependente de ATP. FleQ também atua no controle da transcrição dos genes envolvidos na síntese do exopolissacarídeo PEL, principal constituinte da matriz protetora que reveste o biofilme bacteriano em Pseudomonas aeruginosa, possivelmente em um processo dependente do fator &sigma;70. A atividade de FleQ é regulada pelos níveis de c-di-GMP e por uma segunda proteína, FleN, que se liga diretamente à FleQ. Apesar do papel do complexo FleQ:FleN na regulação do operon pel ter sido estudado, seu efeito na transcrição dos genes flagelares ainda é desconhecido. Para um melhor entendimento do mecanismo regulatório de FleQ, foram resolvidas as estruturas cristalográficas do domínio REC e do domínio AAA+ em seu estado apo e em complexo com ADP, ATP&gamma;S e c-di-GMP. Também foi identificado e confirmado o sítio ativo da proteína, as diferentes formas oligoméricas de FleQ, além da proposição de como a atividade da proteína é controlada por FleN. Esses resultados sugerem um mecanismo único na transcrição mediada por uma bEBP não convencional que atua tanto com o fator &sigma;54 e &sigma;70, no qual a oligomerização do complexo FleQ:FleN possui um papel essencial na regulação dos genes flagelares e de formação do biofilme. Estes estudos também levam à hipótese que outras bEBPs, associadas a diferentes fenótipos, podem ser reguladas por c-di-GMP. / Bacteria can form sessile communities known as biofilm, which has a major industrial impact, causing tubing obstruction and corrosion, and in the health, due to its resistance against antibiotic treatment. In recent years, a novel secondary messenger molecule named c-di-GMP has been discovered as a key regulator in signaling pathways related to the bacteria capacity to alternate between two distinct phenotypes: free-swimming cells and biofilm community. One of the molecular targets of c-di-GMP so far identified is FleQ, a bacterial enhancer binding protein (bEBP), which regulates flagellar gene expression in a &sigma;54 dependent mechanism. FleQ acts also controlling transcription of genes involved in PEL exopolysaccharide synthesis, main component of the protective matrix, possibly in a &sigma;70 dependent process. FleQ activity is regulated by a second protein, FleN, which directly interacts with FleQ. Although the role of FleQ:FleN complex in regulating pel operon has been studied, its effect in flagellar gene transcription has not. For a better understanding of FleQ regulatory mechanism, we obtained the crystallographic structure of the REC domain and the AAA+ domain in its apo state and bound to ADP, ATP&gamma;S and c-di-GMP. It has also been identified and confirmed c-di-GMP binding site, the distinct oligomers of FleQ, and also proposed a mechanism by which FleN regulates FleQ. These results suggest an unique mechanism in the transcription mediated by an unusual bEBP that acts in conjunction with both &sigma;54 and &sigma;70 factors, in which oligomerization of FleQ:FleN complex has a crucial role in the regulation of flagellar and biofilm formation genes. These studies also lead to the hypothesis that others bEBP, related to distinct phenotypes, may be regulated by c-di-GMP.
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Estudo da ativação de biossíntese do polissacarídeo PEL na formação de biofilme de Pseudomonas aeruginosa PA14 / Study of the activation of PEL polysaccharide biosynthesis in biofilm formation in Pseudomonas aeruginosa PA14

Naiara Utimura Torres 20 January 2016 (has links)
Nos últimos anos, um estilo de vida celular vem ganhando destaque no mundo científico: o biofilme. O biofilme é uma comunidade celular em que as células permanecem aderidas a um substrato e envoltas em uma matriz de biopolímeros. Bactérias no estado de biofilme possuem algumas características alteradas, como o aumento da resistência a antibióticos e a facilidade de troca de genes de resistência, sendo um grande inconveniente na área médica e industrial. O patógeno humano Pseudomonas aeruginosa é uma bactéria gram-negativa causadora de infecções associadas a pacientes que apresentam o sistema imune debilitado, sendo muito comum em casos de fibrose cística. Além disso, P. aeruginosa é um organismo modelo no estudo de formação de biofilme, podendo produzir três tipos distintos de exopolissacarídeos: alginato, PSL e PEL. Devido ao pouco conhecimento do polissacarídeo PEL, a cepa P. aeruginosa PA14 vem sendo amplamente estudada, uma vez que essa é a única cepa em que PEL é o principal polímero responsável pela estabilidade da matriz de polissacarídeos. No processo de produção e exportação de PEL, sete proteínas são necessárias: Pel(A-G). Segundo predições computacionais e comparações com outros tipos de complexos biossintéticos de exopolissacarídeos, um modelo de arranjo molecular das proteínas Pel foi proposto, embora algumas proteínas não possuam uma função bem determinada no processo de síntese de PEL. Nesse contexto, o trabalho buscou estudar as proteínas envolvidas na formação de PEL para a melhor elucidação do mecanismo de ativação, produção e exportação desse polissacarídeo, com destaque para a enzima glicosiltransferase PelF e a investigação de uma possível interação de PelF com a proteína reguladora de produção do polissacarídeo, PelD, e a transportadora de membrana interna, PelG. Foram realizados diversos testes de interação entre PelF, PelG e construções solúveis de PelD por cromatografia de exclusão molecular, crosslinking e pull-down que não apresentaram interações entre tais construções, indicando que frações de membrana de PelD ou outros parceiros de interação podem ser necessários para a formação do complexo de síntese e exportação de PEL da membrana interna. Adicionalmente, mutantes de PelD sítio-dirigidos foram construídos em P. aeruginosa PA14 e tiveram sua capacidade de formação de biofilme avaliadas para investigação do mecanismo de ativação de PelD. A diminuição da formação de biofilme de mutantes de algumas regiões de PelD como a hélice S (resíduos 158-176), o core hidrofóbico ocupado pela hélice S e resíduos que estabilizam a ligação de c-di-GMP nos levou a propor um mecanismo de ativação desse importante regulador proteico de formação de biofilme em P. aeruginosa nunca descrito anteriormente. / In the last years, a cellular lifestyle has been in the spotlight in the scientific world: the biofilm. Biofilm is a cellular community in which cells are attached to a substrate and surrounded by a biopolymeric matrix. Bacteria in a biofilm lifestyle has some altered characteristics, as a higher antibiotics tolerance and facility in resistance genes exchange, turning them into a big problem in medical and industrial fields. The human pathogen Pseudomonas aeruginosa is a gram-negative bacterium which causes infections associated to patients with an impaired immune system, as frequently found in patients with cystic fibrosis. Moreover, P. aeruginosa is a model organism in biofilm formation studies, producing three distinct types of exopolysaccharides: alginate, PSL and PEL. Since there is few information about PEL polysaccharide, the strain PA14 has been broadly studied because this is the unique strain in which PEL is the main polymer that gives stability of the polysaccharide matrix. In the process of PEL production and exportation, seven proteins are required: Pel(A-G). Computational predictions and comparison with other similar exopolysaccharides biosynthetic complexes led to a model of molecular complex of Pel proteins, though some proteins do not have a clear role in the PEL synthesis process. In this context, the work aimed to study the proteins related to PEL synthesis for a better understanding of the mechanism of production and exportation of this polysaccharide, focusing on the glycosyltransferase PelF and the investigation of its possible interaction with PelD, the regulatory protein of the polysaccharide production, and PelG, the putative inner membrane transporter. Several interaction assays were performed with PelF, PelG and soluble constructs of PelD using size exclusion chromatography, crosslinking and pull-down. No interaction was detected, showing that membrane fractions of PelD or other interaction partners can be required to the inner membrane complex of synthesis and export of PEL. Additionally, site-directed mutants of PelD in P. aeruginosa PA14 were constructed to evaluate their biofilm formation ability and investigate PelD activation mechanism. Mutants in regions as S-helix (residues 158-176), hydrophobic core occupied by the S-helix and residues of c-di-GMP stabilization presented a decrease of biofilm formation compared to the wild type strain. Those results allowed us to propose an activation mechanism of this important regulator of biofilm formation in P. aeruginosa never described before.
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Capacidade de dissolução do hipoclorito de sódio e da clorexidina sobre biofilme oral formado \'in situ\' / Biofilm dissolution and cleaning ability of different irrigant solutions on intraorally infected dentin

Aldo Enrique Del Carpio Perochena 18 April 2011 (has links)
O objetivo deste estudo foi avaliar o efeito do hipoclorito de sódio e a clorexidina sobre biofilme dental formado in situcom relação a: concentração do hipoclorito de sódio (1%, 2.5% e 5%) e clorexidina 2%, tempo de exposição à solução irrigadora (5, 15 e 30 minutos.), volumes das soluções (500 µl e 1 mL), espessura do biofilme e área de limpeza segundo analise morfométrica. Foram utilizados 120 blocos de dentina bovina esterilizada, colocados em um aparelho intraoral e utilizados por um voluntário durante 3 dias. Transcorrido o período experimental as amostras foram retiradas e coradas com 50 µl de laranja de acridina para determinar a espessura do biofilme pre irrigação por meio do Microscopio confocal de varredura laser (CLSM). Foram conformados 12 grupos experimentais com 10 blocos cada um e irrigados com NaOCl e clorexina. Dez amostras foram irrigadas com 500 µl (N=5) e 1mL (N=5) de NaOCl 1% por: 5 min (G1), 15 min (G2) e 30 min (G3). Dez amostras foram irrigadas com 500 µl (N=5) e 1mL (N=5) de NaOCl 2.5% por: 5 min (G4), 15 min (G5) e 30 min (G6). Dez amostras foram irrigadas com 500 µl (N=5) e 1mL (N=5) de NaOCl 5% por: 5 min (G7), 15 min (G8) e 30 min (G9). Dez amostras foram irrigadas com 500 l (N=5) e 1mL (N=5) de Clorexidina 2% por: 5 min (G10), 15 min (G11) e 30 min (G12). Para cada sub grupo experimental (N=5) se deixou um sexto bloco o qual foi irrigado com água destilada estéril para procedimentos de controle. Nos grupos de 15 e 30 minutos a solução de NaOCl e clorexidina foi renovada a cada 5 minutos. Os segmentos de dentina foram lavados com 200 µl de água destilada estéril para eliminar resíduos não aderidos e corados com 50 µl de Laranja de acridina para determinar a espessura do biofilme após irrigação por meio do CLSM. Foram encontrados altos valores de dissolução do biofilme e dentina limpa após contato com NaOCl a 5% durante 5 e 15 min. e com todos os grupos de NaOCl durante 30 min. O uso de Clorexidina a 2% não dissolveu o biofilme e nem aumentou a limpeza dentinária quando comparado com o NaOCl (P < 0.05). / Introduction: The aim of this study is to evaluate the biofilm dissolution and cleaning ability of different irrigant solutions on intraorally infected dentin. Methods: 120 bovine dentin specimens were infected intraorally using a removable orthodontic device. 30 samples were used for each irrigant solution; 2% Chlorhexidine, 1%, 2.5% and 5.25% of sodium hypochlorite (NaOCl). The solutions were used for 5, 15 and 30 minutes and 2 experimental volume 500µl and 1mL. The samples were stained using the acridine orange dye before and after the experiments and evaluated using a confocal microscope. The percentage of biofilm, isolated cells and no colonized dentin was measured using a grid system. Differences in the reduction or increase of the studied parameters was assessed using non-parametric methods ( P < 0.05). Results: The higher values of biofilm dissolution and clean dentin were found in the 30 minutes NaOCl groups and in the 5 and 15 minutes of 5.25% NaOCL. The use of 2% chlorhexidine solution does not improve the biofilm dissolution neither increases the cleaning of the dentin in comparison to the NaOCl solutions (P < 0.05). Conclusions: 2% chlorhexidine does not dissolve the biofilms. 30 minutes of sodium hypochlorite are necessary to have the higher values of biofilm dissolution and to increase the cleaning of the dentin independently of the concentration in comparison to the 5 min and 15 min contact time.
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Unveiling the effect of global regulators in the regulatory network for biofilm formation in Escherichia coli / Entendendo o efeito dos reguladores globais na rede regulatória para a formação de biofilme em Escherichia coli

Gerardo Ruiz Amores 29 March 2017 (has links)
In nature, biofilm is a complex structure resulted of multicellular bacterial communities that provide important nutritional functions and the acquisition of protective traits such as antibiotics resistance and horizontal gene transfer. The development from the planktonic, lonely bacteria, to the mature multilayered biofilm structure consists of three main phases: motility, attachment and biofilm maturation. At cellular level, the process is controlled by several genes such as flhD, fliA, rpoS, csgD, adrA, cpxR all acting as master regulators. Additionally, the global regulators CRP, IHF, Fis, and others in less frequency, have been related to biofilm formation, although blurry information has been provided. In this thesis we used synthetic, molecular and cellular biology approaches to understand the effect of CRP, IHF and Fis in the transcriptional regulatory network in the bacterium Escherichia coli. In the first chapter, we employed network analysis to reconstruct and analyze part of the entire regulatory network described to modulate the flagella-biofilm program. With this analysis we identified some critical interactions responsible for the planktonic-biofilm transition. Next, we selected the top ten effectors nodes of the network and cloned the promoter region of those genes in a reporter system. As extensively explained in chapter II, this system allowed us to validate as well as suggest new interactions in the network. Additionally, the measurement of the promoter activity during bacterial development show that CRP, IHF and Fis differentially modulate most of the surveyed genes suggesting that those Global Regulators participate to modulate gene expression in different phases of the planktonic-biofilm development. At chapter three, to get a better overview of the entire process, we performed motility, adherence/early biofilm and mature biofilm assays. We describe the intrinsic ability of E. coli to perform motility, adherence and mature biofilm at 37?C. In contrast, the absence of ihf, fis as well as Carbon Catabolite Repression (CCR), lead to altered phenotypes at both motility and biofilm development. At the end, we discussed how the changes of promoter activity of target genes, together with our network analysis, could explain part of the altered phenotypes observed. For instance, we observed changes at the main stress responders rpoS and rpoE that, in combination with alterations at specific genes such as fliA, can explain the enhanced motility in the E. coli ?ihf strain. Altogether, in this thesis, we provided evidence that CRP, IHF and Fis control the activity of the promoter regions of genes involved in the planktonic-biofilm development. / Na natureza, o biofilme é uma estrutura complexa resultante de comunidades bacterianas multicelulares que fornece importantes funções nutricionais e a aquisição de traços de proteção como resistência a antibióticos e transferência horizontal de genes. O desenvolvimento das bactérias planctônicas solitárias para uma estrutura de biofilme maduro consiste em três fases principais: motilidade, fixação e maturação do biofilme. Ao nível celular, o processo é controlado por vários genes tais como flhD, fliA, rpoS, csgD, adrA, cpxR, todos agindo como reguladores mestre. Além disso, os reguladores globais CRP, IHF, Fis e outros em menor freqüência, têm sido relacionados à formação de biofilme, embora tenham sido fornecidas informações nao conclusivas sobre esse processo. Nesta tese foram utilizadas abordagens de bioinformática, assim como de biologia molecular e celular para entender o efeito de CRP, IHF e Fis na rede reguladora da transição de motilidade para biofilme na bactéria Escherichia coli. No primeiro capítulo, utilizamos a análise de rede para reconstruir e analisar parte da rede regulatória descrita para modular o programa flagelo-biofilme. Com esta análise identificamos algumas interações críticas responsáveis pela transição planctônica-biofilme. Em seguida, selecionamos os dez principais nós efetores da rede e clonamos a região promotora desses genes em um sistema repórter. Conforme explicado amplamente no capítulo II, este sistema nos permitiu validar e sugerir novas interações na rede. Adicionalmente, a medição da atividade do promotor durante o desenvolvimento bacteriano mostra que a CRP, a IHF e a Fis modulam diferencialmente a maioria dos genes analisados sugerindo que estes Reguladores Globais participam para modular a expressão génica em diferentes fases do desenvolvimento de estado planctónico para biofilme. No capítulo três, para obter uma melhor visão geral de todo o processo, realizamos ensaios de motilidade, aderência / biofilme precoce e biofilmes maduros. Descrevemos a capacidade intrínseca de E. coli para realizar motilidade, adesão e biofilme maduro a 37 °C. Em contraste, a ausência de ihf, fis, bem como o fenômeno de Repressão de Catabolite de Carbono (CCR), levam a fenótipos alterados, tanto na motilidade como no desenvolvimento do biofilme. No final, discutimos como as mudanças da atividade do promotor de genes alvo, juntamente com a nossa análise de rede, poderia !xi explicar parte dos fenótipos alterados observados. Por exemplo, observamos mudanças nos principais respondedores de estresse rpoS e rpoE que, em combinação com alterações em genes específicos como fliA, podem explicar a motilidade aumentada na estirpe de E. coli ?ihf. Em conjunto, nesta tese, apresentamos evidências de que CRP, IHF e Fis controlam a atividade das regiões promotoras de genes envolvidos no desenvolvimento planctônico-biofilme.
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Avaliação de biofilmes formados por isolados de Listeria monocytogenes provenientes de laticínios e perfil de resistência a agentes sanitizantes / Evaluation of biofilms formed by Listeria monocytogenes isolated from dairy plants and resistance to sanitizing agents

Drucila Cristina Factor Carandina 15 March 2013 (has links)
O objetivo do presente estudo foi avaliar a capacidade de isolados de Listeria monocytogenes em formar biofilmes em superfícies inertes, bem como sua resistência a agentes sanitizantes. Foram utilizados 37 isolados provenientes de ambiente de laticínios, amostras de queijos e salmoura, pertencentes à coleção do Laboratório de Microbiologia e Micotoxicologia de Alimentos (LMMA) do Departamento de Engenharia de Alimentos da FZEA/USP. Dos 37 isolados avaliados, 67,6% eram pertencentes ao sorotipo 4b. Três isolados de L. monocytogenes foram obtidos de salmoura, 5 foram obtidos de caixas plásticas, 1 de queijo Prato, 1 da mão de manipulador de embalagens, e 27 foram isolados de superfícies sem contato com alimentos (piso da sala de pasteurização, piso da câmara fria, ralo da câmara fria ou estrado da câmara fria). Os isolados de L. monocytogenes apresentaram maior capacidade de produzir biofilme nos ensaios com cupons de aço inox (43,2% dos isolados), seguido dos ensaios em microplaca de poliestireno (16,2%), cupons de borracha (13,5%) e discos de silicone (2,7%). As células de L. monocytogenes aderidas nas superfícies do aço inox foram visualizadas sob microscopia eletrônica de varredura após 48 horas de incubação a 37ºC. Dezenove isolados de L.monocytogenes, os quais produziram biofilmes nos ensaios com aço inox, borracha ou silicone, foram testados para determinação da eficiência de sanitizantes pelo método de concentração inibitória mínima (CIM), utilizando-se ácido peracético (2%), cloreto de banzalcônio (1%), digluconato de clorexidina (2%), hipoclorito de sódio (2%) e tintura de iodo (2%). Os isolados de L. monocytogenes analisados apresentaram resistência a ácido peracético, hipoclorito de sódio e tintura de iodo, cujos valores de CIM foram 3,12%, 6,25% e 6,25%, respectivamente. Nenhum isolado apresentou resistência a cloreto de benzalcônio e digluconato de clorexidina, os quais foram eficientes para inibição de isolados de L. monocytogenes provenientes de amostras de queijos e ambientes de laticínios. A L. monocytogenes apresenta capacidade de persistir em ambiente de laticínios sob a forma de biofilme em várias superfícies inertes como aço inox, borracha e silicone, o que pode representar uma fonte permanente de contaminação para produtos e processos de obtenção de leite e derivados. / The objective of the present study was to evaluate the ability of isolates of Listeria monocytogenes to form biofilms and their resistance to sanitizers. Thirty seven strains belonging to the collection of the Laboratory of Microbiology and Food Mycotoxicology (LMMA), Department of Food Engineering of FZEA / USP, were used. Of the 37 isolates, 67.6% belonged to serotype 4b. Three isolates of L. monocytogenes were obtained from brine, 5 were obtained from plastic boxes, one of Prato cheese, one from the packaging handler\'s hand, and 27 were isolated from non-food contact surfaces (pasteurization room floor, the floor of the cold room, the drain cold or pallet from the cold chamber). The isolates of L. monocytogenes showed greater ability to produce biofilm in the assays with stainless steel coupons (43.2% of isolates), followed by polystyrene micro plate (16.2%), rubber coupons (13.5%) and silicone disks (2.7%) assays. Cells of L. monocytogenes attached to stainless steel surfaces were viewed under scanning electron microscopy after 48 hours incubation at 37°C. Nineteen strains of L. monocytogenes, which were considered biofilms producers in the assays with stainless steel, rubber or silicone, have been tested to evaluate the efficiency of the sanitizing method by means of the minimum inhibitory concentration (MIC), using peracetic acid (2%), sodium chloride benzalkonium (1%), chlorhexidine digluconate (2%), sodium hypochlorite (2%) and iodine solution (2%). The isolates of L. monocytogenes analyzed showed resistance to peracetic acid, sodium hypochlorite and iodine tincture, with MIC values of 3.12%, 6.25% and 6.25%, respectively. No isolate showed resistance to benzalkonium chloride and chlorhexidine digluconate, which were effective for inhibiting the isolates of L. monocytogenes from samples of cheeses and dairy environments. In conclusion, L. monocytogenes has the ability to persist in the environment of dairy products by forming biofilms in several inert surfaces such as stainless steel, rubber and silicone, which may represent a continuing source of contamination to manufacture processes of dairy products.

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