Ce manuscrit se compose de 3 grandes parties. La première présente d'une part, un court curriculum vitae et d'autre part, une notice exposant l'ensemble de mes activités en matière d'enseignement, de recherche, d'administration et autres responsabilités individuelles et collectives depuis 1997. La deuxième grande partie est consacrée à une description du projet de recherche mené au CRAN depuis 2002-2003, dans le domaine de la caractérisation de tissus biologiques à l'aide de méthodes d'imagerie et de spectroscopie optique UV-Visible, au travers d'une approche "multi-échelles" et "multi-modalités". Leurs applications notamment au photodiagnostic in vivo en cancérologie (vessie, peau) sont développée au travers de 2 axes de recherche en : - imagerie endoscopique panoramique en lumière blanche (LB) et fluorescence (F), avec la construction automatique et rapide d'images panoramiques de parois internes de vessies par recalage et mosaïquage des images cystoscopiques, les validations quantitatives et qualitatives des performances des algorithmes développés, et la validation de la superposition d'images panoramiques LB/F au moyen d'un système d'excitation et d'acquisition Visible/UV multiplexées dans le temps, - spectroscopie fibrée d'autofluorescence (AF) et de diffusion élastique (DE) résolue spatialement, avec le développement et la validation métrologique d'un système de multiple excitation d'AF 360- 460 nm et de DE 360-760 nm, le traitement des données spectroscopiques multi-dimensionnelles, l'extraction, la sélection et la classification supervisée / non-supervisée de caractéristiques spectrales, l'identification de paramètres optiques de tissus à l'aide de simulations statistiques (Monte Carlo, modèles multi-couches), enfin l'application de la méthode à plusieurs études de différenciation in vivo entre les états sains/inflammatoires/cancéreux de la vessie de rats et entre les états sains/hyperplasiques/dysplasiques de la peau de souris. Pour chacun de ces axes, les problématiques, objectifs, principaux résultats et perspectives sont précisées. Finalement, la troisième et dernière grande partie de ce manuscrit donne la production scientifique et la version intégrale de plusieurs articles représentatifs.

Cette thèse traite de la détection automatique d’outils chirurgicaux de géométrie linéaire tels que des aiguilles ou des électrodes en imagerie ultrasonore 3D. Une localisation précise et fiable est nécessaire pour des interventions telles que des biopsies ou l’insertion d’électrode dans les tissus afin d’enregistrer leur activité électrique (par exemple dans le cortex cérébral). Le lecteur est introduit aux bases de l’imagerie ultrasonore (US) médicale. L’état de l’art des méthodes de localisation est rapporté. Un grand nombre de méthodes sont basées sur la projection comme la transformation de Hough ou la Projection Intégrale Parallèle (PIP). Afin d’améliorer l’implantation des méthodes PIP connues pour être assez lentes, nous décrivons une possible accélération par approche multirésolution. Nous proposons d’utiliser une méthode d’ajustement de modèle utilisant une approche RANSAC et une optimization locale. C’est une méthode rapide permettant un traitement temps réel et qui a l’avantage d’être très robuste en présence d’autres structures fortement échogènes dans le milieu environnant. Nous proposons deux nouveaux modèles d’apparence et de forme de l’outil dans les images US 3D. La localisation de l’outil peut être améliorée en exploitant son aspect tubulaire. Nous proposons un modèle d’outil utilisant un filtrage rehausseur de ligne que nous avons incorporé dans le schéma de recherche de modèle. La robustesse de cet algorithme de localisation est améliorée au prix d’un temps additionnel de pré-traitement. La localisation temps-réel utilisant le modèle de forme est démontrée par une implantation sur l’échographe Ultrasonix RP. Toutes les méthodes proposées on été testée sur des données de simulation US, des données de fantômes (qui sont des tissus synthétiques imitant les tissus biologiques) ainsi que sur des données réelles de biopsie du sein. Les méthodes proposées ont montré leur capacité à produire des résultats similaires en terme de précision mais en limitant d’avantage le nombre d’échecs de détection par rapport aux méthodes de l’état de l’art basées sur les projections. / This thesis deals with automatic localization of thin surgical tools such as needles or electrodes in 3D ultrasound images. The precise and reliable localization is important for medical interventions such as needle biopsy or electrode insertion into tissue. The reader is introduced to basics of medical ultrasound (US) imaging. The state of the art localization methods are reviewed in the work. Many methods such as Hough transform (HT) or Parallel Integral Projection (PIP) are based on projections. As the existing PIP implementations are relatively slow, we suggest an acceleration by using a multiresolution approach. We propose to use model fitting approach which uses randomized sample consensus (RANSAC) and local optimization. It is a fast method suitable for real-time use and it is robust with respect to the presence of other high-intensity structures in the background. We propose two new shape and appearance models of tool in 3D US images. Tool localization can be improved by exploiting its tubularity. We propose a tool model which uses line filtering and we incorporated it into the model fitting scheme. The robustness of such localization algorithm is improved at the expense of additional time for pre-processing. The real-time localization using the shape model is demonstrated by implementation on the 3D US scanner Ultrasonix RP. All proposed methods were tested on simulated data, phantom US data (a replacement for a tissue) and real tissue US data of breast with biopsy needle. The proposed methods had comparable accuracy and the lower number of failures than the state of the art projection based methods.

Dans les examens médicaux et les actes de thérapie, les techniques minimalement invasives sont de plus en plus utilisées. Des instruments comme des aiguilles de biopsie, ou des électrodes sont utilisés pour extraire des échantillons de cellules ou pour effectuer des traitements. Afin de réduire les traumatismes et de faciliter le suivi visuelle de ces interventions, des systèmes d’assistance par imagerie médicale, comme par exemple, par l’échographie 2D, sont utilisés dans la procédure chirurgicale. Nous proposons d’utiliser l’échographie 3D pour faciliter la visualisation de l’aiguille, mais en raison de l’aspect bruité de l’image ultrasonore (US) et la grande quantité de données d’un volume 3D, il est difficile de trouver l’aiguille de biopsie avec précision et de suivre sa position en temps réel. Afin de résoudre les deux principaux problèmes ci-dessus, nous avons proposé une méthode basée sur un algorithme RANSAC et un filtre de Kalman. De même l’étude est limitée à une région d’intérêt (ROI) pour obtenir une localisation robuste et le suivi de la position de l’aiguille de biopsie en temps réel. La méthode ROI-RK se compose de deux étapes: l’étape d’initialisation et l’étape de suivi. Dans la première étape, une stratégie d’initialisation d’une ROI en utilisant le filtrage de ligne à base de matrice de Hesse est mise en œuvre. Cette étape permet de réduire efficacement le bruit de granularité du volume US, et de renforcer les structures linéaires telles que des aiguilles de biopsie. Dans la deuxième étape, après l’initialisation de la ROI, un cycle de suivi commence. L’algorithme RK localise et suit l’aiguille de biopsie dans une situation dynamique. L’algorithme RANSAC est utilisé pour estimer la position des micro-outils et le filtrage de Kalman permet de mettre à jour la région d’intérêt et de corriger la localisation de l’aiguille. Une stratégie d’estimation de mouvement est également appliquée pour estimer la vitesse d’insertion de l’aiguille de biopsie. Des volumes 3D US avec un fond inhomogène ont été simulés pour vérifier les performances de la méthode ROI-RK. La méthode a été testée dans des conditions variables, telles que l’orientation d’insertion de l’aiguille par rapport à l’axe de la sonde et le niveau de contraste (CR). La précision de la localisation est de moins de 1 mm, quelle que soit la direction d’insertion de l’aiguille. Ce n’est que lorsque le CR est très faible que la méthode proposée peut échouer dans le suivi d’une structure incomplète de l’aiguille. Une autre méthode, utilisant l’algorithme RANSAC avec apprentissage automatique a été proposée. Cette méthode vise à classer les voxels en se basant non seulement sur l’intensité, mais aussi sur les caractéristiques de la structure de l’aiguille de biopsie. Les résultats des simulations montrent que l’algorithme RANSAC avec apprentissage automatique peut séparer les voxels de l’aiguille et les voxels de tissu de fond avec un CR faible. / In medical examinations and surgeries, minimally invasive technologies are getting used more and more often. Some specially designed surgical instruments, like biopsy needles, or electrodes are operated by radiologists or robotic systems and inserted in human’s body for extracting cell samples or delivering radiation therapy. To reduce the risk of tissue injury and facilitate the visual tracking, some medical vision assistance systems, as for example, ultrasound (US) systems can be used during the surgical procedure. We have proposed to use the 3D US to facilitate the visualization of the biopsy needle, however, due to the strong speckle noise of US images and the large calculation load involved as soon as 3D data are involved, it is a challenge to locate the biopsy needle accurately and to track its position in real time in 3D US. In order to solve the two main problems above, we propose a method based on the RANSAC algorithm and Kalman filter. In this method, a region of interest (ROI) has been limited to robustly localize and track the position of the biopsy needle in real time. The ROI-RK method consists of two steps: the initialization step and the tracking step. In the first step, a ROI initialization strategy using Hessian based line filter measurement is implemented. This step can efficiently reduce the speckle noise of the ultrasound volume, and enhance line-like structures as biopsy needles. In the second step, after the ROI is initialized, a tracking loop begins. The RK algorithm can robustly localize and track the biopsy needles in a dynamic situation. The RANSAC algorithm is used to estimate the position of the micro-tools and the Kalman filter helps to update the ROI and auto-correct the needle localization result. Because the ROI-RK method is involved in a dynamic situation, a motion estimation strategy is also implemented to estimate the insertion speed of the biopsy needle. 3D US volumes with inhomogeneous background have been simulated to evaluate the performance of the ROI-RK method. The method has been tested under different conditions, such as insertion orientations angles, and contrast ratio (CR). The localization accuracy is within 1 mm no matter what the insertion direction is. Only when the CR is very low, the proposed method could fail to track because of an incomplete ultrasound imaging of the needle. Another methodology, i.e. RANSAC with machine learning (ML) algorithm has been presented. This method aims at classifying the voxels not only depending on their intensities, but also using some structure features of the biopsy needle. The simulation results show that the RANSAC with ML algorithm can separate the needle voxels and background tissue voxels with low CR.

La microscopie multiphotonique est une modalité d’imagerie de pointe offrant des opportunités d’avancées remarquables en biologie mais aussi dans le domaine médical. Afin d’en exploiter pleinement le formidable potentiel au cœur même de la pratique clinique, le développement de nombreuses sondes miniaturisées à fibre optique pour l’endomicroscopie multiphotonique (EMMP) a eu lieu depuis de nombreuses années et dans de nombreux laboratoires français et étrangers. Il s’est pour l'instant confronté à des limitations majeures comme l’impossibilité de recueillir les signaux d’auto-fluorescence des tissus qui sont intrinsèquement faibles comme ceux venant des co-enzymes métaboliques NADH et FAD. Cette limitation compromet l'utilité de l’EMMP en la restreignant à une imagerie morphologique requérant un marquage exogène des tissus. Ce manuscrit présente une architecture d’EMMP permettant de dépasser cette limitation, capable de proposer une imagerie fonctionnelle du métabolisme cellulaire en temps réel, in vivo, in situ, sans marquage. Le prototype d’EMMP proposé est une amélioration du précédent, où les Grisms en réflexions sont remplacés par des Grisms en transmission, permettant d’élargir la bande spectrale d’utilisation et la transmission du système. Ce prototype voit aussi l’adjonction d’un second laser excitateur afin d’accéder aux fluorescences du NADH et du FAD. Les résultats démontrent capable que nous sommes à même d’imager les fluorescences cellulaires intrinsèques au travers de 5 mètres de fibre optique avec une résolution subcellulaire. Parmi celles-ci nous sommes capables d’exciter et de collecter spécifiquement les fluorescences du NADH et du FAD. Enfin nous détectons assez de photons pour disposer d‘informations quantitatives et donc de proposer une image du rapport d’oxydo-réduction optique en endomicroscopie. / Nonlinear microscopy is a cutting edge imaging modality leading to remarkable step forward in biology but also in the clinical field. To use it at its full potential and at the very heart of clinical practice, there has been several development of fiber-based micro-endoscope. The application for those probes is now limited by few major restrictions, such as the impossibility to collect auto-fluorescence signal from tissues theses being inherently weak such as the fluorescence from NADH or FAD. This limitation reduces the usefulness of the micro-endoscope effectively restraining it to morphological imaging modality requiring staining of the tissue. Our aim is to go beyond this limitation, showing cellular metabolism monitoring, in real time, without any staining. The experimental setup is an upgrade of our precedent one where the reflection- based Grism stretcher is replace with a new generation transmission-based Grism stretcher. Another Laser was also added in order to tune the first laser at 860nm to allow FAD imaging and the second one to 760nm for NADH. The results prove that we assess and image the level of NADH and FAD at subcellular resolution through a five-meter-long fiber. Thus we demonstrate that we are capable of measuring the optical redox ratio in a micro-endoscopic configuration.

Objectives: The study aimed to evaluate the prediction of Prostate Imaging Reporting and Data System (PI-RADS) with respect to the prostate cancer (PCa) detection rate and tumor aggressiveness in magnetic resonance imaging (MRI)/ultrasound-fusion-biopsy (fusPbx) and in systematic biopsy (sysPbx). Materials and Methods: Six hundred and twenty five patients undergoing multiparametric MRI were investigated. MRI findings were classified using PI-RADS v1 or v2. All patients underwent fusPbx combined with sysPbx (comPbx). The lesion with the highest PI-RADS was defined as maximum PI-RADS (maxPI-RADS). Gleason Score ≥ 7 (3 + 4) was defined as significant PCa. Results: The overall PCa detection rate was 51% ( n = 321; 39% significant PCa). The detection rate was 43% in fusPbx ( n = 267; 34% significant PCa) and 36% in sysPbx ( n = 223; 27% significant PCa). Nine percentage of significant PCa were detected by sysPbx alone. A total of 1,162 lesions were investigated. The detection rate of significant PCa in lesions with PI-RADS 2, 3, 4, and 5 were 9% (18/206), 12% (56/450), 27% (98/358), and 61% (90/148) respectively. maxPI-RADS ≥ 4 was the strongest predictor for the detection of significant PCa in comPbx (OR 2.77; 95% CI 1.81–4.24; p < 0.005). Conclusions: maxPI-RADS is the strongest predictor for the detection of significant PCa in comPbx. Due to a high detection rate of additional significant PCa in sysPbx, fusPbx should still be combined with sysPbx.

Les masses kystiques latérales du cou (MKLC) bénignes et malignes sont difficiles à différencier cliniquement. L’utilité des modalités d’imagerie et de prélèvement doit être clarifiée. Une revue rétrospective de cas entre 2010 et 2016. Les données d’imagerie ont été récoltées et plusieurs variables propres à la masse furent analysées. Les rapports de cytoponction à l’aiguille fine (CAAF), de la biopsie au trocart (BT) et des examens extemporanés (EE) ont été analysés. La sensibilité, la spécificité, la valeur prédictive positive (VPP) et la valeur prédictive négative (VPN) pour prédire la malignité ont été calculées pour toutes les variables comparées entre les masses kystiques bénignes et malignes. Aucune variable d’imagerie n’a pu différencier les masses kystiques bénignes de malignes. La sensibilité de la CAAF est plus basse que celle de la BT (59% vs 83%; p=0.036) et de l’EE (59% vs 93%; p=0.01). L’EE a une meilleure VPN que la CAAF (92% vs 40%; p<0.001) et que la BT (92% vs 50%; p=0.062). La VPP et la spécificité étaient similaires dans tous les groupes. Les cliniciens ne peuvent pas se fier uniquement à l’imagerie pour différencier les masses bénignes des masses malignes. Vu sa VPP adéquate (92%), la CAAF devrait être utilisée initialement pour tous les patients avec une MKLC. Si la CAAF s’avère négative, la BT devrait être utilisée vu sa meilleure sensibilité. Un examen extemporané devrait toujours suivre une BT négative vu la faible VPN de la BT. Un résultat positif à l’une des trois modalités de prélèvement indique la présence de malignité. / Benign and malignant lateral cystic neck masses (LCNM) are difficult to distinguish clinically. The usefulness of imaging and sampling modalities in clarifying the diagnosis remains unclear. Retrospective review of cases between 2010 and 2016. Imaging data was reviewed and the variables pertaining to the mass were assessed including the following: size, nodal level, fat stranding, extracapsular spread, calcifications, vascularity, necrosis and standardized uptake value. Sampling reports of fine-needle aspiration (FNA), core-needle biopsy (CNB) and frozen section (FS) were also assessed. Sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV) and negative predictive value (NPV) for predicting malignancy were calculated for all variables and compared between benign and malignant cystic neck masses. Ultrasound was used in 47.2% and CT-Scan in 90.5% of patients. No variables on imaging could definitely differentiate benign from malignant LCNM. FNA had a lower sensitivity then CNB (59% vs 83%; p=0.036) and FS (59% vs 93%; p=0.01). FS had a better NPV when compared to FNA (92% vs 40%; p<0.001) and CNB (92% vs 50%; p=0.062). Specificities and PPV were similar among all groups. Clinicians cannot rely on imaging to differentiate benign from malignant LCNM. Given its adequate PPV (92%), FNA should be used initially on lateral cystic neck masses. Because of its high sensitivity, CNB should be considered if FNA is not diagnostic of malignancy. FS should always follow a CNB not indicative of malignancy, because of the low NPV. Any result diagnostic of malignancy on either FNA, CNB or FS strongly indicates presence of malignancy.

The sentinel lymph node biopsy is part of recommended surgical staging guidelines in patients with early stages of cervical cancer. High success rates of bilateral detection of SLN are achieved in sites with adequate experience with this procedure. The sentinel lymph node biopsy without systematic pelvic lymph node dissection is currently considered inadequate procedure for stages IB to IIA of the disease. One of the benefits of sentinel lymph node detection is extensive histopathological examination using the ultrastaging protocol enabling detection of small metastases (i.e. micrometastases). At the moment, there is lack of evidence about oncological safety of sentinel lymph node biopsy which might replace systematic lymph node dissection in the future. Prognostic significance of micrometastases is also controversial due to the lack of data about their potential presence in non-sentinel lymph nodes in cases with negative sentinel lymph nodes. This dissertation deals with the concept of sentinel lymph node biopsy in the cervical cancer and focuses on several topics. We have shown that the presence of micrometastasis is associated with significant negative impact on patients' prognosis on the largest retrospective cohort of patients ever published. Only 67% of patients with micrometastasis have...

Pour le diagnostic et la stratification de la fibrose hépatique, la rigidité du foie est un biomarqueur quantitatif estimé par des méthodes d'élastographie. L'élastographie par ondes de cisaillement (« shear wave », SW) utilise des ultrasons médicaux non invasifs pour évaluer les propriétés mécaniques du foie sur la base des propriétés de propagation des ondes de cisaillement. La vitesse des ondes de cisaillement (« shear wave speed », SWS) et l'atténuation des ondes de cisaillement (« shear wave attenuation », SWA) peuvent fournir une estimation de la viscoélasticité des tissus. Les tissus biologiques sont intrinsèquement viscoélastiques et un modèle mathématique complexe est généralement nécessaire pour calculer la viscoélasticité en imagerie SW. Le calcul précis de l'atténuation est essentiel, en particulier pour une estimation précise du module de perte et de la viscosité. Des études récentes ont tenté d'augmenter la précision de l'estimation du SWA, mais elles présentent encore certaines limites. Comme premier objectif de cette thèse, une méthode de décalage de fréquence revisitée a été développée pour améliorer les estimations fournies par la méthode originale de décalage en fréquence [Bernard et al 2017]. Dans la nouvelle méthode, l'hypothèse d'un paramètre de forme décrivant les caractéristiques spectrales des ondes de cisaillement, et assumé initialement constant pour tous les emplacements latéraux, a été abandonnée permettant un meilleur ajustement de la fonction gamma du spectre d'amplitude. En second lieu, un algorithme de consensus d'échantillons aléatoires adaptatifs (« adaptive random sample consensus », A-RANSAC) a été mis en œuvre pour estimer la pente du paramètre de taux variable de la distribution gamma afin d’améliorer la précision de la méthode. Pour valider ces changements algorithmiques, la méthode proposée a été comparée à trois méthodes récentes permettant d’estimer également l’atténuation des ondes de cisaillements (méthodes de décalage en fréquence, de décalage en fréquence en deux points et une méthode ayant comme acronyme anglophone AMUSE) à l'aide de données de simulations ou fantômes numériques. Également, des fantômes de gels homogènes in vitro et des données in vivo acquises sur le foie de canards ont été traités. Comme deuxième objectif, cette thèse porte également sur le diagnostic précoce de la stéatose hépatique non alcoolique (NAFLD) qui est nécessaire pour prévenir sa progression et réduire la mortalité globale. À cet effet, la méthode de décalage en fréquence revisitée a été testée sur des foies humains in vivo. La performance diagnostique de la nouvelle méthode a été étudiée sur des foies humains sains et atteints de la maladie du foie gras non alcoolique. Pour minimiser les sources de variabilité, une méthode d'analyse automatisée faisant la moyenne des mesures prises sous plusieurs angles a été mise au point. Les résultats de cette méthode ont été comparés à la fraction de graisse à densité de protons obtenue de l'imagerie par résonance magnétique (« magnetic resonance imaging proton density fat fraction », MRI-PDFF) et à la biopsie du foie. En outre, l’imagerie SWA a été utilisée pour classer la stéatose et des seuils de décision ont été établis pour la dichotomisation des différents grades de stéatose. Finalement, le dernier objectif de la thèse consiste en une étude de reproductibilité de six paramètres basés sur la technologie SW (vitesse, atténuation, dispersion, module de Young, viscosité et module de cisaillement). Cette étude a été réalisée chez des volontaires sains et des patients atteints de NAFLD à partir de données acquises lors de deux visites distinctes. En conclusion, une méthode robuste de calcul du SWA du foie a été développée et validée pour fournir une méthode de diagnostic de la NAFLD. / For diagnosis and staging of liver fibrosis, liver stiffness is a quantitative biomarker estimated by elastography methods. Ultrasound shear wave (SW) elastography utilizes noninvasive medical ultrasound to assess the mechanical properties of the liver based on the monitoring of the SW propagation. SW speed (SWS) and SW attenuation (SWA) can provide an estimation of tissue viscoelasticity. Biological tissues are inherently viscoelastic in nature and a complex mathematical model is usually required to compute viscoelasticity in SW imaging. Accurate computation of attenuation is critical, especially for accurate loss modulus and viscosity estimation. Recent studies have made attempts to increase the precision of SWA estimation, but they still face some limitations. As a first objective of this thesis, a revisited frequency-shift method was developed to improve the estimates provided by the original implementation of the frequency-shift method [Bernard et al 2017]. In the new method, the assumption of a constant shape parameter of the gamma function describing the SW magnitude spectrum has been dropped for all lateral locations, allowing a better gamma fitting. Secondly, an adaptive random sample consensus algorithm (A-RANSAC) was implemented to estimate the slope of the varying rate parameter of the gamma distribution to improve the accuracy of the method. For the validation of these algorithmic changes, the proposed method was compared with three recent methods proposed to estimate SWA (frequency-shift, two-point frequency-shift and AMUSE methods) using simulation data or numerical phantoms. In addition, in vitro homogenous gel phantoms and in vivo animal (duck) liver data were processed. As a second objective, this thesis also aimed at improving the early diagnosis of nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD), which is necessary to prevent its progression and decrease the overall mortality. For this purpose, the revisited frequency-shift method was tested on in vivo human livers. The new method's diagnosis performance was investigated with healthy and NAFLD human livers. To minimize sources of variability, an automated analysis method averaging measurements from several angles has been developed. The results of this method were compared to the magnetic resonance imaging proton density fat fraction (MRI-PDFF) and to liver biopsy. SWA imaging was used for grading steatosis and cut-off decision thresholds were established for dichotomization of different steatosis grades. As a third objective, this thesis is proposing a reproducibility study of six SW-based parameters (speed, attenuation, dispersion, Young’s modulus, viscosity and shear modulus). The assessment was performed in healthy volunteers and NAFLD patients using data acquired at two separate visits. In conclusion, a robust method for computing the liver’s SWA was developed and validated to provide a diagnostic method for NAFLD.

Detection of early pathophysiological changes of breathing in children with chronic respiratory disease MD. Vaclav Koucky - Ph.D. thesis Abstract Introduction: Currently, there are different methods for infant pulmonary function testing (iPFT) and morphological assessment of microscopic changes in endobronchial biopsy samples (EBB). In research setting, they allow detection of early pathophysiological changes of breathing in small children with chronic respiratory disease, respectively in risk of its development. Their clinical significance, however, is not fully acknowledged. The aim of this thesis is to evaluate the safety, feasibility and clinical significance of iPFT and EBB in infants younger than 2 years of age. In addition, the relationship between functional and morphological changes of respiratory tract and the function of peripheral chemoreceptors was studied in selected patients' subgroups. Methods: Fifty-five infants with cystic fibrosis (CF), 35 physician-confirmed recurrent wheezers (AB), 9 infants with congenital diaphragmatic hernia, 7 with interstitial lung disease (chILD) and 3 with primary ciliary dyskinesia (PCD) were enrolled. All infants underwent iPFT and relevant clinical history data were recorded. Based on patients' age, CF group was divided into CFmalí (< 6 months) and CFvelcí (>...