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Estudo da rela??o entre o polimorfismo c.98T>C do gene UGT1A9 e n?veis plasm?ticos de ?cido micofen?lico em pacientes transplantados renais

Ruschel , Lizania Rodrigues 15 May 2015 (has links)
Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2015-10-20T10:56:16Z No. of bitstreams: 1 475810 Texto Completo.pdf: 380863 bytes, checksum: d1fcdd6e53d6287f6c48e59678eb0404 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-10-20T10:56:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 475810 Texto Completo.pdf: 380863 bytes, checksum: d1fcdd6e53d6287f6c48e59678eb0404 (MD5) Previous issue date: 2015-05-15 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / After the proceeding of a transplant, it is of huge concem the use of all therapeutic resource available in order to prevent graft rejection. The incidence and severity of acute rejection have been reduced along time due to the development of new immunosuppressive agents such as cyclosporin, tacrolimus, mycophenolate mofetil (MMF), specific polyclonal and monoclonal antibodies. Mofetil mycophenolate (MMF) is a prodrug active only after its hydrolysis to mycophenolic acid (MPA). Once it, has a large variability on inter-individual response, an increasing need of therapeutic monitoring arises. This will permit an individualization of MMF therapy, optimizing immunosuppression and minimizing potential toxic effects.The aim of pharmacogenetics is to evaluate the association between individual genetic characteristics and different responses to the same therapeutic regimen. When considering immunosuppressive drugs, genetic changes on a single nucleotide (single nucleotide polymorphisms - SNPs) of genes encoding proteins involved in transport or drug metabolism may affect patient?s response to therapy. UDP-glucuronosyltransferases (UGTs) belong to a group of enzymes involved in phase II reactions, responsible for the detoxification of endogenous and exogenous substrates. UGT1A9 is of particular interest once it is the primary enzyme involved in the metabolism of the MPA. This enzyme is encoded by the UGT1A9 gene.In the present study, we investigated the effect of UGT1A9 c.98T>C (rs72551330; g. 87289T>C) allelic variants on MMF metabolism in 39 renal transplant volunteers. MPA levels were measured by high pressure liquid chromatography using ultraviolet detection (HPLC/UV). The analysis of c.98T>C polymorphism was performed by polymerase chain reaction (PCR), followed by fragment purification and sequencing. All investigated individuals showed having the same polymorphism genotype (c.98TT) evaluation of variants or genotype influence on plasma levels of MPA and MPAG was not possible, even though different levels were observed in the study. / Ao realizar um transplante, ? de fundamental import?ncia que, seja utilizado todo o arsenal terap?utico dispon?vel e cuidados para evitar a rejei??o do enxerto. A incid?ncia e a intensidade da rejei??o aguda t?m sido reduzidas gra?as ao uso de f?rmacos imunossupressores, como ciclosporina, tacrolimus, micofenolato de mofetil (MMF), anticorpos monoclonais e policlonais. O MMF ? um pr?-f?rmaco com atividade ap?s sua hidr?lise a ?cido micofen?lico (MPA). No entanto, possui grande variabilidade inter-individual de resposta e por isso ? crescente a import?ncia da realiza??o de seu monitoramento terap?utico, o qual permite individualizar a dose de MMF e otimizar a imunossupress?o, minimizando os potenciais efeitos t?xicos. A farmacogen?tica estuda a rela??o entre as caracter?sticas gen?ticas do indiv?duo e as diferentes respostas a uma mesma terapia farmacol?gica.No caso de f?rmacos imunossupressores, altera??es gen?ticas de um ?nico nucleot?deo (single nucleotide polymorphisms - SNPs) em genes que codificam prote?nas envolvidas no transporte ou no metabolismo do f?rmaco podem modificar a resposta do paciente ? terap?utica. As UDP-glucuronosiltransferases (UGTs) pertencem a um grupo de enzimas envolvidas na fase II, respons?vel pela detoxifica??o de subst?ncias end?genas e ex?genas. A UGT1A9 ? de especial interesse por ser a principal enzima envolvida no metabolismo do ?cido micofen?lico. Esta enzima ? codificada pelo gene UGT1A9. No presente estudo, foi investigado o efeito das variantes al?licas de UGT1A9 c.98T>C (rs72551330; g. 87289T>C) no metabolismo de MMF em 39 pacientes volunt?rios transplantados renais.Foram dosados os n?veis de MPA por cromatografia l?quida de alta efici?ncia utilizando detec??o com ultravioleta (HPLC/UV) e a an?lise do polimorfismo c.98T>C do gene UGT1A9 foi realizada utilizando rea??o em cadeia de polimerase (PCR), seguida de purifica??o do fragmento e sequenciamento. Todos os indiv?duos investigados apresentaram o mesmo gen?tipo (c.98TT) para este polimorfismo, n?o possibilitando a avalia??o da influ?ncia das variantes ou gen?tipos deste polimorfismo sobre os n?veis plasm?ticos de MPA e MPAG, apesar de n?veis diversos destes compostos terem sido identificados nos pacientes.
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Paisagens tecnológicas: Emergências Hominianas na contemporaneidade. / Technology view

Oliveira, Marcia Ferreira de 25 October 2005 (has links)
Made available in DSpace on 2016-04-25T20:20:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Marcia Ferreira de Oliveira.pdf: 596991 bytes, checksum: 2a1e8019ec099a28a90dd186031a1ade (MD5) Previous issue date: 2005-10-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / ABSTRACT During the last few decades, research development in genetics and biology in symbiosis with computer sciences technology has significantly redefined the relationship between human beings and techniques; humans are no longer mediators but action tools that act on themselves. This scenario has raised questions about our representation of the word, the nature of our bodies, diseases, and deficiencies, and about the conception of the being human. The use of life technologies, particularly of genetic engineering impacts the definition of our own selves and represents the last manifestation of human control over the word, disclosing what and how we like to be, and how we think nature should be. Techno-science has the power of not only satisfying our deepest desires by promising a disease-free and no-suffering word under our control, but also raise the most complicate questions about the history of science thought. This thesis aims at reestablishing the relationship between the natural sciences and the humanities by exposing the complexity of the relationship between human beings and technology, thereby pointing to determinants that have led people to live as if life were meant to be under domination. I also point out the etical and biological consequences of continuing to live according to this perspective. / Nas últimas décadas, os avanços das pesquisas nas áreas da genética e biologia, em simbiose com as tecnologias da informática, redefinem de forma marcante a relação entre homem e técnica, o qual deixa de ser um instrumento mediador para tornar-se um instrumento de ação sobre si mesmo. Esse cenário tem nos colocado algumas questões acerca da nossa representação sobre o mundo, a natureza do corpo, da doença, da deficiência e a própria concepção de humano. O uso das tecnologias da vida, em especial a engenharia genética, abala nossa própria autodefinição e representa a última expressão do controle humano sobre o mundo, demonstrando a forma e o modo como gostaríamos de ser e como imaginamos que deveria ser a natureza viva. A tecnociencia possui tanto o poder de satisfazer nossos mais profundos desejos, pois nos promete um mundo sem doenças, sofrimento e sob controle, como levanta as mais complicadas questões da história do pensamento científico. Esta tese tem por objetivo religar os conhecimentos das ciências naturais e os das humanidades como forma de complexificar a relação homem-técnica, apontando para os determinantes que nos fizeram tomar a vida como algo a ser dominado, bem como de apontar as conseqüências éticas e biológicas de prosseguirmos guiados por essa perspectiva.
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Paisagens tecnológicas: Emergências Hominianas na contemporaneidade. / Technology view

Oliveira, Marcia Ferreira de 25 October 2005 (has links)
Made available in DSpace on 2016-04-26T14:53:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Marcia Ferreira de Oliveira.pdf: 596991 bytes, checksum: 2a1e8019ec099a28a90dd186031a1ade (MD5) Previous issue date: 2005-10-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / ABSTRACT During the last few decades, research development in genetics and biology in symbiosis with computer sciences technology has significantly redefined the relationship between human beings and techniques; humans are no longer mediators but action tools that act on themselves. This scenario has raised questions about our representation of the word, the nature of our bodies, diseases, and deficiencies, and about the conception of the being human. The use of life technologies, particularly of genetic engineering impacts the definition of our own selves and represents the last manifestation of human control over the word, disclosing what and how we like to be, and how we think nature should be. Techno-science has the power of not only satisfying our deepest desires by promising a disease-free and no-suffering word under our control, but also raise the most complicate questions about the history of science thought. This thesis aims at reestablishing the relationship between the natural sciences and the humanities by exposing the complexity of the relationship between human beings and technology, thereby pointing to determinants that have led people to live as if life were meant to be under domination. I also point out the etical and biological consequences of continuing to live according to this perspective. / Nas últimas décadas, os avanços das pesquisas nas áreas da genética e biologia, em simbiose com as tecnologias da informática, redefinem de forma marcante a relação entre homem e técnica, o qual deixa de ser um instrumento mediador para tornar-se um instrumento de ação sobre si mesmo. Esse cenário tem nos colocado algumas questões acerca da nossa representação sobre o mundo, a natureza do corpo, da doença, da deficiência e a própria concepção de humano. O uso das tecnologias da vida, em especial a engenharia genética, abala nossa própria autodefinição e representa a última expressão do controle humano sobre o mundo, demonstrando a forma e o modo como gostaríamos de ser e como imaginamos que deveria ser a natureza viva. A tecnociencia possui tanto o poder de satisfazer nossos mais profundos desejos, pois nos promete um mundo sem doenças, sofrimento e sob controle, como levanta as mais complicadas questões da história do pensamento científico. Esta tese tem por objetivo religar os conhecimentos das ciências naturais e os das humanidades como forma de complexificar a relação homem-técnica, apontando para os determinantes que nos fizeram tomar a vida como algo a ser dominado, bem como de apontar as conseqüências éticas e biológicas de prosseguirmos guiados por essa perspectiva.
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Articulações entre ciência e mercado : a biotecnologia como uma atividade econômica no Rio Grande do Sul

Mello, Pedro Dionizio de January 2017 (has links)
A pesquisa se propõe a investigar o campo empírico da produção de bens e serviços com atividade biotecnológica em Porto Alegre, levando em consideração a pluralidade de interesses profissionais que movem cientistas de carreira acadêmica da área de biociências à esfera do mercado, bem como a articulação de contatos em diferentes redes necessária à viabilização comercial de empresas de biotecnologia criadas. Os tipos de racionalidades e os interesses implicados no comportamento dos agentes analisados em um contexto mercantil foram interpretados à luz do conceito de “ação econômica”, de Max Weber. Essa noção conceitual foi interligada com a de “redes de relações sociais”, de Mark Granovetter, como forma de interpretar o processo de identificação e exploração de oportunidades econômicas. No que se refere a procedimentos metodológicos, a pesquisa realizou um estudo de caso, articulando diferentes técnicas de pesquisa, como entrevistas semiestruturadas e análise de documentos. Considerando as limitações empíricas desse estudo, a pesquisa demonstrou, de maneira geral, uma tendência de conciliação entre interesses ideais e materiais, expressos no interesse dos agentes de produzir bens não apenas com valor econômico, mas também com sentido social e com acréscimos de experiências significativas em suas trajetórias pessoais e profissionais. Por fim, demonstrou que a trajetória profissional anterior dos agentes exerce influência em suas transações mercantis, expressa na mobilização de contatos com complementariedade técnica e com vínculos de intimidade e confiança. / The research investigates the empirical field of the production of goods and services related to biotechnology in Porto Alegre, considering the diversity of professional interests that move academic career scientists from the biotechnology area to the market and the establishment of the necessary networks that commercially enabled the creation of biotechnology companies. The types of rationalities and the interests implied in the analyzed agents’ behaviors in a mercantile context are interpreted with the “economic action” concept, by Max Weber. This conceptual notion is connected to the “social relationship net” concept, by Mark Granovetter, to form a way to interpret the process of identification and exploration of economic opportunities. The research methodological procedures include a study case that varies different research techniques, like semi structured interviews and document analysis. Considering the empirical limitations, the research shows that, in a general manner, there is a tendency to reconcile ideal and material interests that are expressed in the agents’ interests in not only producing goods with economic value, but also with social meaning and significant experiences additions in their personal and professional trajectory. In the end, the research shows that the agents’ previous professional trajectory influences their mercantile transactions, expressed in the mobilization of contacts with technical complementarity and bonds of intimacy and trust.
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Estudo neuroanatômico do éncefalo bovino por ressonância magnética /

Bueno, Laís Melicio Cintra. January 2015 (has links)
Orientador: Vânia Marai Vasconcelos Machado / Banca: Maria Cristina Ferrarini Nunes Soares Hage / Banca: Seizo Yamachita / Resumo: A imagem originada por ressonância magnética (MRI) revolucionou a medicina veterinária na área de diagnóstico por imagem. Tecnologia considerada atualmente como a metodologia mais sensível para análise de tecidos moles, como o encéfalo, ultrapassando os demais métodos diagnósticos. Essa tecnologia fundamenta-se no fenômeno da ressonância magnética nuclear que ocorre quando os núcleos atômicos com propriedades magnéticas presentes no corpo dos humanos e dos animais são submetidos a um campo magnético intenso. Suas vantagens na produção de imagens do encéfalo são método não invasivo, caracteriza-se por alta resolução, intenso contraste, plano bidimensional, em tons de cinza, produz menos artefatos e não utiliza formatos ionizantes de energia eletromagnética. Não apresenta riscos comprovados para o paciente e profissionais submetidos ao exame. Apesar da MRI ser a técnica de eleição para examinar o encéfalo, essas informações são escassas quando relacionadas com características anatômicas encefálicas em ruminantes domésticos. A finalidade deste estudo é descrever neuroanatomia encefálica bovina (Bos taurus domesticus) normal objetivando correlações com achados normais de ressonância magnética. Este trabalho reveste-se de importância pois, a definição neuroanatômica normal propiciará diagnósticos acurados de diferentes enfermidades traumáticas, vasculares, infecciosas, degenerativas ou neoplásicas, dentre outras Os cérebros foram cuidadosamente extraídos e fixados em formol para cortes anatômicos convencionais. Cortes transversais e sagitais de MRI foram obtidos de duas cabeças frescas de bovinos adultos pelo aparelho ESAOTE 0.25 T Vet-MR GRANDE através da bobina C-shaped coil nas sequências efetuadas no plano transversal T1 e T2 no plano sagital, T1 e T2 e no plano dorsal. Após a aquisição, imagens foram transferidas em formato DICON para o aplicativo... / Abstract: Magnetic resonance imaging (MRI) has revolutionized veterinary medicine in the field of diagnostic imaging. Technology currently considered as the most sensitive method for the analysis of soft tissues such as the brain, bypassing the other diagnostic methods. This technology is based on nuclear magnetic resonance phenomenon that occurs when atomic nuclei with magnetic properties present in the body of humans and animals are subjected to an intense magnetic field. Its advantages in the production of brain images are noninvasive, is characterized by high resolution, high contrast, two-dimensional plane, grayscale, produces less artifacts and does not use ionizing formats of electromagnetic energy. Presents no risk to the patient and proven professionals submitted to the examination. Although MRI is the preferred technique to examine the brain, this information is scarce when related brain anatomical features in domestic ruminants. The purpose of this study is to describe normal bovine brain neuroanatomy (Bos taurus domesticus) order correlations with normal magnetic resonance imaging findings. This research is of importance because, normal neuroanatomical definition will provide accurate diagnosis of different diseases traumatic, vascular, infectious, degenerative or neoplastic, among other. Brains were carefully extracted and fixed for conventional anatomical cuts. Transverse and sagittal MRI were obtained from two fresh heads of adult cattle at 0.25T ESAOTE Vet-MR GRANDE device through the coil C-shaped coil in the sequences performed in the transverse plane T1 and T2 sagittal, T1 and T2 and the plan dorsal. After the acquisition, images were transferred in DICON format for Synapse® PACS application and analyzed by an observer at ClearCanvas Workstation program. The most clinical interest neuroanatomical structures were set according to the methodology of Yokoshi & Rohen and named after neuroanatomy texts / Mestre
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Controle epigenético de genes "imprinted" em placentas de gestações produzidas por transferência embrionária, fecundação in vitro e transferência nuclear em bovinos /

Penteado, João Carlos Torrente. January 2015 (has links)
Resumo:O processo de desenvolvimento embrionário e placentário está sob controle epigenético intenso, com os diversos processos epigenéticos regulando a diferenciação de células pluripotentes em células especializadas. Um desenvolvimento placentário anormal é observado com frequência em gestações de clones, e está associado a uma alteração na reprogramação epigenética da célula doadora e do embrião formado. O objetivo deste trabalho foi avaliar a expressão dos genes "imprinted" TSSC4 e PHLDA2 em tecido cotiledonário e intercotiledonário, aos 60 dias de gestação, de placentas produzidas por Transferência Embrionária (TE), Fecundação In Vitro (FIV) e Transferência Nuclear (TN) em bovinos, e também investigar o controle epigenético desses genes na placenta bovina, avaliando o perfil epigenético dos mesmos em tecidos cotiledonários dos grupos experimentais (TE, FIV e TN). A expressão do gene TSSC4 foi reduzida em 30% na região cotiledonária do grupo produzido por TN, no entanto a expressão do gene PHLDA2 aumentou em aproximadamente onze vezes nos grupos TN e FIV, quando comparados ao grupo TE. Análises de ChIP para a histona H3 na região promotora proximal dos genes TSSC4 e PHLDA2 mostraram um aumento para a marcação permissiva H3K4me2 e uma redução para a inibitória H3K9me2 em cotilédones de placentas clonadas em relação às placentas produzidas por TE. Interessantemente, ambas as marcações de histonas para o gene TSSC4 também estavam significativamente alteradas também em placentas produzidas por FIV, quando comparadas ao grupo TE. Esses resultados mostram que a expressão dos genes "imprinted" TSSC4 e PHLDA2 está alterada em placentas de gestações produzidas por transferência nuclear. Ainda, alterações na expressão do gene PHLDA2 e das modificações de histona no gene TSSC4, nos cotilédones produzidos por FIV, indicam que o cultivoo...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract:The process of embryonic and placental development is under high epigenetic control, with different epigenetic processes regulating the differentiation of pluripotent cells into specialized cells. An abnormal placental development is observed frequently in pregnancies produced by nuclear transfer, and is associated with incomplete epigenetic reprogramming of the donor cell and formed embryo. The objective of this study was to evaluate the expression of the imprinted genes TSSC4 e PHLDA2 in cotiledonary and intercotiledonary tissues, after 60 days of pregnancy, in placentas produced by Embryo Transfer (ET) In Vitro Fertilization (IVF) and Nuclear Transfer (NT) in cattle, and also to investigate the epigenetic control of this gene in the bovine placenta evaluating the epigenetic profile of cotiledonary tissues of the experimental groups (ET, IVF and NT). The TSSC4 gene expression was reduced by 30% in the cotyledons in the NT group, however PHLDA2 expression of the gene was elevated by 11-fold in NT compared to ET. ChIP analysis for histone H3 at the proximal promoter region of TSSC4 and PHLDA2 genes showed an increase to the permissive mark H3K4me2 and a reduction for the inhibitory mark H3K9me2 in the cotyledons of cloned placentae, in relation to placentae produced by ET, for both genes. Interestingly, the inhibitory mark H3K9me2 for TSSC4 gene was also significantly reduced in placentae produced by IVF, compared to ET control group. These results show that expression of the "imprinted" genes TSSC4 and PHLDA2 is affected in placenta of pregnancies produced by nuclear transfer. Further, changes in expression of gene PHLDA2 and histone modifications in TSSC4 gene cotyledons produced by IVF indicate that the in vitro culture can contribute to the observed changes in NT group. / Orientador:Flavia Lombardi Lopes / Banca:Calie Castilho / Banca:Gisele Zoccal Mingoti / Mestre
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Produção de bioetanol utilizando cascas de banana, maracujá e coco verde por co-fermentação de Zymomonas mobilis e Pachysolen tannophilus /

Ferreira, Juliana. January 2017 (has links)
Orientador: Crispin Humberto Garcia Cruz / Banca: Vanildo Luiz Del Bianchi / Banca: Mauricio Boscolo / Banca: Sandra Regina Ceccato Antonini / Banca: Harvey Alexander Villa Vélez / Resumo: As crises no fornecimento de petróleo, a possibilidade de sua escassez, instabilidade dos preços e, principalmente, os efeitos negativos ao meio ambiente, aumentaram, nos últimos anos, o interesse pela procura de fontes alternativas para produção de energia. A possibilidade de produzir etanol a partir de resíduos lignocelulósicos é um grande atrativo para os pesquisadores, pois reduziria a necessidade em aumentar as áreas plantadas para incremento da produção, a competição direta com a produção de alimentos e o custo de matéria-prima. Diante do exposto, o objetivo deste trabalho foi estudar a produção de etanol por culturas individuais e co-culturas de Zymomonas mobilis e Pachysolen tannophilus usando cascas de banana, maracujá e coco verde hidrolisadas. O pré-tratamento ácido, seguido de hidrólise enzimática das cascas de banana, maracujá e coco, promoveram a liberação de 74,1, 87,2 e 13,4 g L-1 de açúcares totais, respectivamente. Foram avaliadas três concentrações de substrato (5, 10 e 15%) e três pH iniciais dos meios de fermentação (4,5; 5,0 e 5,5). Nas fermentações com a bactéria Z. mobilis, com os três resíduos, foi verificado que o substrato mais concentrado não contribuiu para um aumento significativo da produção de etanol. Além disso, a maior concentração do produto foi de 2,9 g L-1, obtido nas fermentações de cascas de banana hidrolisadas com concentração de 5%. Já nas fermentações com a levedura P. tannophilus, as maiores produções de etanol foram determinadas... / Abstract: Crises in oil supply, the possibility of their scarcity, price instability and, especially, the negative effects to the environment have increased the interest in alternative sources for energy production, in recent years. The possibility of producing ethanol from lignocellulosic residues is a great attractive to the researchers, because it would reduce the need for increasing the planted areas to increase production, the direct competition with food production and the high costs of raw materials. In this context, the objective of this work was to study the ethanol production by individual cultures and co-cultures of Zymomonas mobilis and Pachysolen tannophilus using banana, passion fruit and coconut peels hydrolysate. The acid pretreatment, followed by enzymatic hydrolysis of banana, passion fruit and coconut peels promoted the liberation of 74.1, 87.2 and 13.4 g L-1 of total sugars, respectively. Three substrate concentrations (5, 10 and 15%) and three initial pH of fermentation media (4.5; 5.0 and 5.5) were evaluated. In the fermentations with Z. mobilis bacteria, using the three residues, it was found that the most concentrated substrate did not contribute to a significant increase in ethanol production. In addition, the highest product concentration was 2.9 g L-1, obtained in hydrolysed banana peels fermentations at 5% concentration. In the fermentations with yeast P. tannophilus, the highest ethanol yields were determined using passion fruit peel hydrolysates at 10% solids concentration, providing the ethanol production of 10 g L-1 . And the association of Z. mobilis bacteria and P. tannophilus yeast, in the co-culture process, showed potential for the lignocellulosic hydrolysates fermentation. The inoculation system that showed the best results was the one in which the bacterium was inoculated at the beginning of the process, and after 7 h of fermentation, the yeast ... / Doutor
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Estudos estruturais e funcionais das enzimas beta-galactosidases de bactérias / Structural and functional studies of beta-galactosidases enzymes from bacteria

Godoy, Andre Schützer de 29 August 2016 (has links)
As β-galactosidases são dissacaridases capazes de realizar a reação de hidrólise das ligações β(1→4) de um galactosídeo, tendo a lactose como principal substrato natural. Essas enzimas são amplamente utilizadas na ciência e na indústria, apresentando um alto potencial biotecnológico. Além das propriedades hidrolíticas, as β-galactosidases possuem a característica de sintetizar açúcares complexos chamados galactooligossacarídeos, que são conhecidos como prebióticos. Nesse projeto, nos propusemos a estudar enzimas do tipo β-galactosidase com alto potencial biotecnológico. Foram escolhidos genes dos organismos Xanthomonas campestris pv. campestris e Bifidumbacterium bifidum, os quais possuem alta atividade β-galactosídica, conforme a literatura. Foram clonados nove genes, dos quais o produto de quatro foram purificados, cristalizados e tiveram sua estrutura cristalográfica determinada. A enzimas BbgII foi resolvida pela técnica de single anomalous diffraction. Sua estrutura revelou um trímero em forma de barril, no qual foi possível observar interações entre os resíduos do sítio ativo e a galactose. Adicionalmente, realizamos a caracterização bioquímica e cinética da enzima nativa e de mutantes pontuais. Também foram resolvidas as estruturas cristalográficas das enzimas XCC_1754, XCC_2404 e XCC_2895. A enzima XCC_1754 exibiu uma significativa alteração no loop 11 nas cadeias entre os dois monômeros da unidade assimétrica. Esse loop exibe as conformações aberta e fechada sobre o sítio de interação com os substratos e, através de ensaios de mutação, propomos que essas diferenças são mediadas pelas glicinas 294 e 302, que atuam como uma dobradiça. Apesar de apresentar menor afinidade pelo substrato, o mutante G294P exibiu uma atividade 50% maior do que a enzima nativa. Enquanto isso, o mutante G302P, apesar de exibir um ganho em sua afinidade, perdeu a capacidade de processar eficientemente o substrato. A enzima XCC_2895 também possui três domínios, porém características bioquímicas similares a XCC_1754. Apesar de haver ainda a necessidade de mais estudos para podermos comparar ambas, acreditamos que o fato da enzima XCC_2404 possuir uma estabilidade térmica mais elevada que a enzima XCC_1754, pode estar relacionado com a formação de grandes oligômeros. / The β-galactosidases are glycosyl hydrolases that act at the β(1→4) bonds from galactosides, with lactose as the main natural substrate. The use of such enzymes in both science and industry is very common, due its high biotechnological applicability. Beside its hydrolytic capacity, the β-galactosidases are also commonly used for the synthesis of galactoligossacharydes, well-known prebiotics. The focus of this project was to study β-galactosidases with high biotechnological potential. For that, genes from the organisms Xanthomonas campestris pv. campestris, e Bifidumbacterium bifidum were selected due the high β-galactosidic activity of those organisms, according previous works. Such genes were cloned, and four of them were expressed, crystalized and had its x-ray structure determined. The enzyme BbgII was solved applying the single anomalous diffraction method. Its structure shows a trimer forming a barrel, in which it was also possible to observe interactions between residues of the active site and galactose. The native and site direct mutants were biochemically characterized, revealing important features and the different roles of amino acids of active site. We also solved the structure of the enzymes XCC_1754, XCC_2404 and XCC_2895. The enzyme XCC_1754 showed a significant difference between the loop 11 of the two monomers at the asymmetric unit. This loop presented both open and closed conformations, which we believe it was caused by glycines 294 and 302, acting as a hinge. Despite the mutant G294P exhibited a decrease in enzyme affinity for the substrate, its general activity increased up to 50%. Meanwhile, the mutant G302P has gain affinity for the substrates, but it fails into process the substrate efficiently. The enzyme XCC_2895 shows three domains, but its biochemical properties are similar to the enzyme XCC_1754. Although there is still a need for further studies to be able to compare the enzymes, we believe that the higher thermal stability of XCC_2404 compared to XCC_1754 could be related to the formation of large oligomers.
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Avaliação da técnica de eletroestimulação para colheita de sêmen em diversas ordens de aves / Evaluation of the electro stimulation technique for semen collection in several bird orders

Frediani, Mayra Hespanhol 01 February 2017 (has links)
A criação de aves em cativeiro pode ser uma ferramenta importante de auxílio à conservação de espécies ameaçadas de extinção. No entanto, a reprodução natural em cativeiro nem sempre é viável, e os animais que se encontram pareados muitas vezes não oferecem descendentes geneticamente interessantes para a manutenção da espécie em longo prazo. Na tentativa de contornar tais problemas, biotécnicas como a colheita de sêmen, inseminação artificial e criopreservação de gametas podem ser ferramentas interessantes no manejo genético de populações ex situ e in situ. Nesse sentido, a padronização de uma técnica de colheita de sêmen, bem como o conhecimento sobre parâmetros seminais das diferentes espécies são de extremo valor para programas de reprodução assistida. Por se tratar de espécies silvestres, a colheita por eletroestimulação encaixa-se bem às necessidades devido ao fato de não exigir treinamento prévio dos animais e ser de rápida execução. Neste trabalho verificamos a importância deste método na colheita de sêmen de animais não condicionados, visto que a pré-estimulação resultou em amostras seminais apenas em Anseriformes, e, já a eletroestimulação, possibilitou a obtenção de sêmen em todas as ordens em que foi testada, em pelo menos uma espécie de cada ordem. Observou-se uma tendência a sazonalidade da produção espermática para a maioria das espécies em que foi possível obter amostras de sêmen, sendo que apenas urubu rei, cisne do pescoço preto e pato coscoroba tiveram amostras em três ou quatro estações do ano. Por fim, oferecemos alguns dados a respeito das características seminais encontradas nessas espécies. Acreditamos que os resultados dessa pesquisa servirão como base não apenas para o estabelecimento de programas de inseminação artificial, como também para a formação de bancos de germoplasma para espécies raras ou ameaçadas no Brasil. / Breeding birds in captivity can be an important tool to aid conservation of endangered species. However, the natural reproduction in captive is not always viable, and animals that are matched often do not offer genetically interesting offspring to maintain the species in the long term. In the attempt to overcome these problems, biotechniques such as semen collection, artificial insemination and gamete cryopreservation can be interesting tools for the genetic maintenance of ex situ and in situ populations. In this regard, the standardization of a semen collection technique and the knowledge of seminal parameters for different species are extremely valuable for assisted reproduction programs. Since those are wild species, semen collection by electro stimulation fits well into the needs due to the fact that it does not require prior training of animals and the execution is fast. In this work we verified the importance of this method in the collection of semen from unconditioned animals, since pre-stimulation resulted in seminal samples only in Anseriformes, and the electrical stimulation enables obtaining semen of all orders that were tested in at least one species of each order. Seasonality of sperm production was observed for most of the species from which it was possible to obtain semen samples. Only vulture king, black neck swan and coscoroba duck had samples at three or four seasons of the year. Finally, we offer some data about the seminal characteristics found in these species. We believe that the results of this research will serve as a basis not only for the establishment of artificial insemination programs, but also for the formation of germplasm banks for rare or endangered species in Brazil..
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Estudo da biossíntese de poli-3-hidroxibutirato-co-hidroxialcanoatos de cadeia média (P3HB-co-3HAmcl) a apartir de ácidos graxos livres e óleo vegetal. / Biosynthesis study of poly-3hydroxybutirate-co-hydroxyalkanoates of medium chain length (P3HB-co-3HAmcl) from fatty acids and plant oil.

Vanzin, Cézar 19 May 2008 (has links)
Os polihidroxialcanoatos constituem um grupo de poliésteres acumulados por inúmeras bactérias na forma de grânulos intracelulares, que podem representar até 80% da massa seca celular. No presente trabalho, foi avaliado o comportamento de diferentes linhagens quanto a capacidade de metabolizarem ácidos graxos livres e óleo de soja para a produção de biopolímeros e, posteriormente, em biorreator, algumas linhagens selvagens e recombinantes foram testadas na presença ou não de um inibidor da b-oxidação. Experimentos em frascos agitados, mostraram valores de teor de PHA em até cerca de 70% na biomassa total com cerca de 5% de monômeros de cadeia média permitindo selecionar as linhagens Cupriavidus necator e Burkholderia cepacia para os ensaios seguintes. Experimentos em biorreator mostraram que, as variáveis manipuláveis quanto ao fluxo de óleo de soja, de co-substratos e o inibidor de b-oxidação não influenciaram, significativamente, no rendimento de P3HB/3HAmcl formado quando utilizado Burkholderia cepacia IPT-048, entretanto, contribuíram na síntese de 3HV. Durante os ensaios, o aumento do número de cópias do gene phaB em Cupriavidus necator, aparentemente, não contribuíram para o aumento do rendimento de 3HHx, porém, outras variáveis manipuláveis deverão ser propostas para a confirmação. / The poly-3-hydroxyalkanoates (PHA) are a group of polyesters accumulated for several bacteria in the intracellular granule form, that can represent up to 80% of the dry mass cellular. The main advantage of the biopolymers on the synthetic materials is its degradation in the environment. Recycable raw materials can be used as carbon sources for the production biodegradable polymer. Some polymers have appeared in literature having mechanical characteristic considered appropriate in such a way for use in packings (flexible and covering films), how base for controlled release of asset to be applied in the pharmacological-medical and foods area. The P3HB-co-3HAmcl are 3-hydroxybutyrate copolymers and 3-hydroxyacyl of 6 or more carbon atoms which has aroused interest for to present intermediate properties between HB and HAmcl, having taken care of the requirements for diverse applications. Some strains are distinguished, however, assays in bottles agitated with the Cupriavidus sp. and Burkholderia sp. strains, using as substratum greasy free acid and soy oil, had led the promising results. In the present work, first, was evaluated the behavior of different strains (Cupriavidus necator DSM545 IPT-026, C. necator H16 IPT-027, Pseudomonas sp. IPT-066, Burkholderia cepacia IPT-048 and B. sacchari IPT-189) how much to metabolizer capacity of free fatty acids and soybean oil for the production of biopolymers and, later, in tank bioreactor some wild strains and recombinant had been tested together or not of an inhibitor of the boxidation (acid acrylic). Experiments in bottles with agitation, had shown values of PHA in about 70% of the total biomass with about 5% monomers chain average allowing to select the Burkholderia cepacia IPT-048 and Cupriavidus necator DSM545 strains for the following assays. Experiments in tank bioreactor had shown that, the interactions between the substratum, co-substratum and the inhibitor of boxidation had influenced in the amount of formed P3HB/3HAmcl when used the Burkholderia cepacia IPT-048 strains, contributing for the synthesis of 3HV and 3HHx. When used only the soybean oil (5g/L) was gotten an amount of HHx with about 6 mol% with Burkholderia cepacia strains. In this same condition was verified that after some determined period also proved monomer HV in an amount of 0.20 mol%. Adding the acid acrylic (0.18 g/L) were gotten 1.50 mol% of HHx, however, differently of the previous condition the amount of HV varied of 0.91 - 2.77 mol%. A conclusion for the condition soybean oil and acrylic acid is that, the strains is using the acrylic fatty acid as carbon source, or either, the formation of acrylil-CoA with consequent formation of chains with 5 carbons. Similar results had been gotten when analyzed extracted polymer, or either, after the stage of extraction with chloroform was verified that the amount varied of 1.60 - 2.14 mol%. When added to a cosubstratum in the phase of accumulation (caproic fatty acid) and absence of the acrylic acid, it did not have the increase of HHx in relation to the previous variable, as much that, the amount of monomer reached about 0.50 mol%. In this condition, the presence of the acrylic fatty acid also did not contribute for the HV synthesis, not having been observed monomers during the assays. In the following phase, in which we work with Cupriavidus necator and a recombinant (Cupriavidus necator::phaB) strains, was verified that the gotten amount of HHx had been similar, about 0.30 mol%. Our hypothesis, we believe that the increase of the number of copies of the gene phaB could contribute for the increase of the carbon flow in the direction to raise the amount of 3HB how much of other monomers. As in the assays in bottles with agitation substrat caproic and caprylic fatty acids they had been distinguished also when availabled 2g/L and the soybean oil of in a concentration of 5g/L, we analyze the strains recombinant with soybean oil and caprylic fatty acid with 5 g/L. The insistence in the use of the caprylic fatty acid was based on the fact of the possibility of strains to oxidate part of fatty acids for the production of cells and energy and, at the moment that had the nitrogen limitation, to begin the accumulation phase dividing two carbons for the production of acetyl-CoA and the remain of the chain was stored in the form of 3HHx. The caprylic fatty acid disponibility it did not have the monomer attainment, therefore, Cupriavidus necator and Cupriavidus necator::phaB had its replyed inhibited capacity by the substratum. In the added soybean oil bottles with and without the acrylic fatty acid the behavior it was the opposite to the observed with caprylic fatty acid. During the incubation period, for both the strains, the amount of PHA, and consequently, the percentage of 3HB in the dry mass cellular was of 22.95% (100 mol%) and 25.90% (100 mol%) in 28ª and 24ª hours, respectively. In this condition, in the recombinant strains, also was observed the presence of HHx between 32ª and 49ª hour with a maxim amount of 1.10 mol%. From the results it can be concluded that the Burkholderia cepacia is considered a promising strains for the attainment of HHx and HV allowing that soybean oil with and without the acrylic fatty acid, respectively. The increase in the number of copies of the gene phaB in Cupriavidus necator apparently did not contribute with the increase of 3HHx efficiency however, other handling variables will be proposed for confirmation.

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