A Fibrose cística (FC) é uma condição genética que predispõe os portadores a infecções crônicas repetidas do trato respiratório. O complexo Burkholderia cepacia (CBC), formado por espécies (variantes genômicas) intimamente relacionadas, são microorganismos comumente associados a essas infecções. A variante genômica do CBC envolvida na colonização de um determinado paciente influencia diretamente na progressão da sua doença e sobrevida. A identificação fenotípica do CBC é difícil por se tratar de um bacilo Gram-negativo não fermentador e a identificação de suas espécies é ainda mais complexa devido à similaridade fenotípica que existe entre elas. Os principais objetivos do estudo foram a padronização de uma técnica molecular de PCR-RFLP ("polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism") para identificação do CBC e de suas espécies e o estabelecimento da prevalência dessas espécies entre os pacientes com FC atendidos no Hospital de Clínicas de Porto Alegre no período de fevereiro a dezembro de 2006. Na análise por PCR foram utilizados iniciadores específicos para o gene recA (BCR1 e BCR2). Para o RFLP foram utilizadas as enzimas de restrição HaeIII e Mnll (New England Biolabs Inc., Hitchin, England). No período do estudo foram submetidas ao laboratório amostras de 244 pacientes com FC, sendo que em amostras de 26 pacientes foram identificadas bactérias pertencentes ao CBC. Nesse período, 10.6% (26/244) dos pacientes com fibrose cística que entraram no critério de inclusão estavam colonizados pelo CBC. A análise molecular do gene recA mostrou que B. cenocepacia foi isolada de 53.8% (14) dos pacientes, B. multivorans; 15.4% (4); B. vietnaminsis 7.7% (2) e B. ambifaria 7.7% (2). Dois pacientes 7.7% (2) estiveram colonizados por B. cenocepacia IIIA and IIIB em diferentes momentos. Em dois pacientes não foi possível realizar a identificação em nível de espécie. As técnicas moleculares, como PCR-RFLP são mais eficientes para a identificação do CBC e as únicas capazes de identificar suas variantes genômicas, o que é imprescindível para o acompanhamento clínico dos pacientes portadores de fibrose cística.

A Fibrose cística (FC) é uma condição genética que predispõe os portadores a infecções crônicas repetidas do trato respiratório. O complexo Burkholderia cepacia (CBC), formado por espécies (variantes genômicas) intimamente relacionadas, são microorganismos comumente associados a essas infecções. A variante genômica do CBC envolvida na colonização de um determinado paciente influencia diretamente na progressão da sua doença e sobrevida. A identificação fenotípica do CBC é difícil por se tratar de um bacilo Gram-negativo não fermentador e a identificação de suas espécies é ainda mais complexa devido à similaridade fenotípica que existe entre elas. Os principais objetivos do estudo foram a padronização de uma técnica molecular de PCR-RFLP ("polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism") para identificação do CBC e de suas espécies e o estabelecimento da prevalência dessas espécies entre os pacientes com FC atendidos no Hospital de Clínicas de Porto Alegre no período de fevereiro a dezembro de 2006. Na análise por PCR foram utilizados iniciadores específicos para o gene recA (BCR1 e BCR2). Para o RFLP foram utilizadas as enzimas de restrição HaeIII e Mnll (New England Biolabs Inc., Hitchin, England). No período do estudo foram submetidas ao laboratório amostras de 244 pacientes com FC, sendo que em amostras de 26 pacientes foram identificadas bactérias pertencentes ao CBC. Nesse período, 10.6% (26/244) dos pacientes com fibrose cística que entraram no critério de inclusão estavam colonizados pelo CBC. A análise molecular do gene recA mostrou que B. cenocepacia foi isolada de 53.8% (14) dos pacientes, B. multivorans; 15.4% (4); B. vietnaminsis 7.7% (2) e B. ambifaria 7.7% (2). Dois pacientes 7.7% (2) estiveram colonizados por B. cenocepacia IIIA and IIIB em diferentes momentos. Em dois pacientes não foi possível realizar a identificação em nível de espécie. As técnicas moleculares, como PCR-RFLP são mais eficientes para a identificação do CBC e as únicas capazes de identificar suas variantes genômicas, o que é imprescindível para o acompanhamento clínico dos pacientes portadores de fibrose cística.

Submitted by Claudia Rocha (claudia.rocha@udesc.br) on 2018-03-07T15:15:55Z No. of bitstreams: 1 PGCS15MA156.pdf: 2654919 bytes, checksum: 53e7b0ccf7729ee5d0e5bb39ed4bd14b (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-07T15:15:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGCS15MA156.pdf: 2654919 bytes, checksum: 53e7b0ccf7729ee5d0e5bb39ed4bd14b (MD5) Previous issue date: 2015-12-21 / Biological nitrogen fixation involves a series of processes beginning with the adaptation of the bacteria to the plant and terminate in fixation of atmospheric N2, being mediated by a portion of prokaryotes that, though relatively small, exhibits high morphological diversity, physiological, genetic and Phylogenetic. The study aimed to Morphophysiological and genetic characterization of nitrogen fixing bacteria nodulation seven forest legume trees. In all, 79 isolates obtained in winter and summer period, the studied species. Based on the morphological and physiological properties, the isolates were classified into eight groups. For DNA analysis of isolated after amplification with OPA-4 RAPD, there has been a high degree of genetic diversity, obtaining 19 different groups, and for the amplification ERIC gave 18 groups, both with 90% similarity. The populations of rhizobia differ even by PCR-RFLP of the 16S ribosomal gene with the digestion by HinfI restriction endonuclease and were obtained 54 groups with 90% similarity, which could indicate the occurrence of different species within the genus Burkholderia the which prevailed in the study. Although there was a predominance genus Burkholderia, the results indicate that this predominance was due to nutritional and adaptive versatility of its kind, characterizing the high degree of polymorphism and dominance in the study / A fixação biológica do nitrogênio (FBN) envolve uma sucessão de processos que começam com a adaptação da bactéria à planta e culminam na fixação do nitrogênio atmosférico, sendo mediada por uma parcela dos procariotos que, apesar de relativamente pequena, apresenta alta diversidade morfológica, fisiológica, genética e filogenética. O estudo teve por objetivo a caracterização morfofisiológica e genética de bactérias fixadoras de nitrogênio nodulantes de sete leguminosas arbóreas florestais. Ao todo, foram obtidos 79 isolados no período do inverno e verão, nas espécies estudadas. Com base nas propriedades morfofisiológicas, os isolados foram classificados em oito grupos. Pela análise do DNA dos isolados após a amplificação com OPA-4 em RAPD, foi possível constatar um grau elevado de diversidade genética, com a obtenção de 19 grupos distintos e, pela amplificação por ERIC obteve-se 18 grupos, ambas com 90% de similaridade. As populações de rizóbios diferiram ainda pela técnica de PCR-RFLP do gene ribossomal 16S, com a digestão pela endonuclease de restrição HinfI, e foram obtidos 54 grupos com 90% de similaridade, que poderiam indicar a ocorrência de espécies distintas dentro do gênero Burkholderia a qual prevaleceu no estudo. Os resultados indicam que a predominância do gênero Burkholderia ocorreu devido a versatilidade nutricional e adaptativa do gênero, caracterizando assim o elevado grau de polimorfismo e dominância no estudo

O Complexo Burkholderia cepacia (CBc) é um grupo de 17 espécies intimamente relacionadas que estão associadas à deterioração pulmonar e aumento da mortalidade em pacientes com Fibrose Cística (FC). Essas espécies variam entre si em relação à prevalência, quadros clínicos e virulência. Pouco é conhecido em relação ao perfil de resistência aos antimicrobianos. Uma vez estabelecida a infecção, a abordagem terapêutica e as medidas de controle atualmente adotadas são baseadas no CBc, sem considerar cada espécie em particular. O objetivo deste estudo foi determinar a prevalência das espécies do CBc em pacientes atendidos em dois centros de referência no Rio de Janeiro, bem como estabelecer perfis de resistência a antimicrobianos e avaliar a diversidade molecular entre as espécies. Cem amostras do CBc isoladas de 38 pacientes com FC no período de janeiro de 2010 a fevereiro de 2012 foram identificadas por métodos fenotípicos e pelo sequenciamento do gene recA. As CIMs para amicacina, aztreonam, ceftazidima, trimetoprim/sulfametoxazol e tobramicina foram determinadas por microdiluição e a genotipagem das espécies foi realizada por PFGE com a enzima SpeI. B. vietnamiensis (44%) foi a espécie mais prevalente, seguida de B. cenocepacia IIIA (36%), B. multivorans (10%), B. cenocepacia IIIB (1%) e B. stabilis (1%). Cinco por cento das amostras não foram identificadas. B. vietnamiensis foi identificada em mais da metade dos pacientes (58,3%). Foram observadas diferenças no perfil de susceptibilidade entre as espécies do CBc. B. cenocepacia IIIA foi a espécie que apresentou as maiores taxas de resistência aos antimicrobianos, sobretudo para trimetoprim/ sulfametoxazol (80,5%), principal antimicrobiano utilizado no tratamento de infecções causadas pelo CBc. Amostras com perfis MDR ocorreram em todas as espécies, destacando-se o perfil A, resistente simultaneamente aos cinco antimicrobianos, observado em 58,8% das amostras de B.cenocepacia IIIA. A análise do polimorfismo genético mostrou que, apesar de B. vietnamiensis ter sido a espécie mais prevalente, a ocorrência de nove grupos clonais sugere que a aquisição dessas cepas tenha se dado a partir de uma fonte ambiental comum. Para B. cenocepacia IIIA, 52,9% das amostras foram atribuídas a um mesmo grupo clonal (BcA), compartilhado entre nove pacientes atendidos em um mesmo centro de referência. Oitenta por cento dessas amostras apresentaram ainda resistência a todos os antimicrobianos testados. Os dados mostram que, mesmo com o emprego de técnicas moleculares, é difícil a identificação do CBc em nível de espécie; que B. cenocepacia IIIA é caracterizada por índices de resistência superiores às outras espécies e que a transmissão cruzada entre os indivíduos aponta para a necessidade do estabelecimento de medidas de vigilância do CBc nos centros de referência. / The Burkholderia cepacia complex (BCC) is a group of 17 closely related species that are associated with pulmonary deterioration and increased mortality in patients with Cystic Fibrosis (CF). These species differ from each other in prevalence, clinical status and virulence. Little is known about the profile of antimicrobial resistance. Once the infection, the therapeutic approach and the control measures currently adopted are based on BcC, without considering each particular species. The aim of this study was to determine the prevalence of BcC species in patients from two reference centers in Rio de Janeiro, as well as establishing antimicrobial resistance profiles and assess the molecular diversity among them. One hundred samples of BcC isolates from 38 CF patients from January 2010 to February 2012 were identified by phenotypic methods and by sequencing the recA gene. The MIC for amikacin, aztreonam, ceftazidime, trimethoprim /sulfamethoxazole and tobramycin were determined by microdilution species and genotyping was carried out by PFGE with the enzyme SpeI. B. vietnamiensis (44%) was the most prevalent species, followed by B. cenocepacia IIIA (36%), B. multivorans (10%), B. cenocepacia IIIB (1%) and B. stabilis (1%). Five percent of the samples were not identified. B. vietnamiensis was identified in over half of patients (58.3%). There were differences in susceptibility profiles among BcC species. B. cenocepacia IIIA showed the highest rates of antimicrobial resistance, particularly to trimethoprim/ sulfamethoxazole (80.5%), primary antimicrobial used to treat infections caused by BcC. Samples with MDR profiles were observed for all species, highlighting the profile A, simultaneously resistant to five antibiotics, observed in 58.8% of B.cenocepacia IIIA samples. The analysis of genetic polymorphism showed that despite B. vietnamiensis was the most prevalent species, the occurrence of nine clonal groups suggests that these strains acquisition has taken place from a common environmental source. For B. cenocepacia IIIA, 52.9% of the samples were assigned to the same clonal group (BcA), shared among nine patients treated at a single referral center. Eighty percent of these samples also showed resistance to all antimicrobials tested. The data show that, even with the use of molecular techniques, the identification of BcC on species level is difficult; that B. cenocepacia IIIA is characterized by higher levels of resistance to other species and that the cross transmission between individuals points to the need for the establishment of BcC surveillance in reference centers.

FundaÃÃo Cearense de Apoio ao Desenvolvimento Cientifico e TecnolÃgico / BactÃrias do gÃnero Burkholderia possuem a capacidade de biodegradar inÃmeros compostos considerados poluentes. Mediante o exposto, este trabalho visou a identificaÃÃo molecular do isolado SMF042 oriundo de uma coleÃÃo de espÃcies de Burkholderia, verificar sua capacidade biodegradar o herbicida Ãcido 2,4-diclorofenoxiacÃtico (2,4-D), identificar as enzimas envolvidas neste processo por eletroforese bidimensional (2D) e a analisar a expressÃo dos genes tfdA e tfdB da via TFD de biodegradaÃÃo do 2,4-D. A fim de fazer a extraÃÃo de RNA e proteÃnas foi realizado o crescimento bacteriano em dois meios de cultivo BH (meio mineral), um controle, suplementado com glicose (600 mg/L), e outro suplementado com 2,4-D (600 mg/L). A extraÃÃo de RNA foi realizada na fase logarÃtmica enquanto a extraÃÃo de proteÃnas foi feita no inicio da fase estacionÃria de crescimento bacteriano. A partir das proteÃnas extraÃdas foi determinado o mapa bidimensional de referÃncia para cada condiÃÃo. O ajuste das imagens dos gÃis bidimensionais, a detecÃÃo de spots protÃico e a avaliaÃÃo dos dados para determinar variaÃÃes quantitativas e qualitativas, massa molecular (MW) e ponto isoelÃtrico (pI) dos spots foi feito pelo programa ImageMaster e a anÃlise da expressÃo dos genes, foi realizado por qRT-PCR empregando o mÃtodo da expressÃo relativa 2-ΔΔCT. Por meio da anÃlise do gene 16S rRNA o isolado SMF042 foi identificado como Burkholderia phymatum. No tocante a abordagem proteÃmica, o nÃmero mÃdio de spots das rÃplicas dos gÃis foi de 535 (controle) e 705 (tratado). A maior abundÃncia de proteÃnas foi observado nos gÃis na faixa de MW 20 e 40 KDa e pH 5-6. Enzimas envolvidas na biodegradaÃÃo do 2,4-D foram identificadas utilizando os valores de pI e MW do spot em comparaÃÃo com o banco de dados de proteÃnas no ExPASy, foram elas: 2,4-D alfa KG-dependente dioxigenase (tfdA) e clorocatecol 1,2-dioxigenase (tfdC) pertencentes a via TFD e 2,4-D oxigenase da via cadRABK, ambas de biodegradaÃÃo do 2,4-D. ProteÃnas envolvidas na resistÃncia ao estresse quÃmico, tambÃm foram identificadas, sendo elas: proteÃna GrpE e chaperona DnaK. O nÃvel de expressÃo do gene tfdA aumentou cerca de 23 vezes em relaÃÃo ao controle. Pelo exposto, o isolado SMF042 foi capaz de crescer em um meio contendo 2,4-D como Ãnica fonte de carbono, expressou proteÃnas de vias de biodegradaÃÃo do 2,4-D, resistÃncia ao estresse quÃmico e aumentou a expressÃo gÃnico de tfdA, o que indica a importÃncia desta bactÃria na biodegradaÃÃo deste poluente. / Burkholderia bacteria it has ability to biodegrade pollutants considered numerous compounds. By the above, this study aimed to identify molecular SMF042 come from an isolated collection of Burkholderia species, verify their ability to biodegrade the herbicide 2,4-dichlorophenoxyacetic acid (2,4-D), to identify the enzymes involved in this process by electrophoresis two-dimensional (2D) and to analyze the expression of genes and TFDA tfdB track TFD biodegradation of 2,4-D. In order to make the extraction of RNA and protein bacterial growth was performed in two culture media BH (mineral medium), a control supplemented with glucose (600 mg / L) and another supplemented with 2,4-D (600 mg / L). RNA extraction was performed in the logarithmic phase while protein extraction was done at the beginning of the stationary phase of bacterial growth. The extracted proteins from two-dimensional map was determined for each reference condition. The adjustment of images of two-dimensional gels, the protein spot detection and evaluation of data to determine quantitative and qualitative changes, molecular weight (MW) and isoelectric point (pI) of the spots was made by the ImageMaster software and analysis of gene expression was qRT-PCR performed by using the method of relative expression 2-ΔΔCT. Through the analysis of the 16S rRNA isolate SMF042 was identified as Burkholderia phymatum. Regarding proteomics approach, the average number of spots of the replicas of the gels was 535 (control) and 705 (treated). The most abundant protein in the gels was observed in the range of 20 and 40 MW kDa and pH 5 and 6. Enzymes involved in the biodegradation of 2,4-D were identified using the values of pI and MW of spot against a database of proteins at ExPASy, they were: 2,4-D alpha KG-dependent dioxygenase (TFDA) and chlorocatechol 1 ,2-dioxygenase (tfdC) belonging saw PDT and 2,4-D oxygenase pathway cadRABK, both biodegradation of 2,4-D. Proteins involved in resistance to chemical stress, have also been identified, which are: protein chaperone DnaK and GrpE. The level of gene expression TFDA increased about 23 times compared to control. As shown, the isolated SMF042 was able to grow on a medium containing 2,4-D as sole carbon source expressed protein degradation pathways of 2,4-D, resistance to chemical stress and increased expression of gene TFDA, which indicates the importance of this bacterium in this pollutant biodegradation.

Dentre os vários microrganismos que fazem parte de microecossistemas de solos, as bactérias do gênero Burkholderia apresentam-se de interesse por possuírem amplo potencial agrícola e biotecnológico. São portadores de uma infinidade de características, como por exemplo: promotoras de crescimento em plantas com a fixação biológica do nitrogênio e produção de fitormônios, supressores de algumas doenças, biorremediadores, agentes de biocontrole e produtores de biopolímeros. Descrito por Yabuuchi et. al. (1992), o gênero ainda precisa ser melhor caracterizado, pois sua taxonomia vem sendo modificada de tal forma que novos componentes estão sendo frequentemente propostos, especialmente pela identificação de novos nichos ecológicos e sua ação no ambiente. No Parque Nacional de Caxiuanã - Pará, Amazônia Oriental, os solos de origem antropogênica denominados Terra Preta Arqueológica (TPA) são caracterizados pelos elevados materiais orgânicos, que se auto-sustentam. Neste estudo, a diversidade do gênero Burkholderia foi avaliada por meio de técnicas microbiológicas (cultivo) e moleculares, como a Eletroforese em Gel com Gradiente Desnaturante (DGGE) com sequências iniciadoras específicas para o gênero, usando o gene 16S rRNA. Os fragmentos amplificados foram analisados pelo sequenciador automático ABI 3100, com o intuito de gerar informações sobre as principais espécies de Burkholderia presentes em sítios de TPA e comparados com as espécies encontradas em solo de floresta nativa natural, adjacente à TPA. Apesar da maior estabilidade e presença de matéria orgânica em sítio TPA, os resultados revelam que as espécies do gênero Burkholderia são numericamente superiores em solo de floresta nativa natural, vindo a confirmar que aspectos físico-químicos (ex. pH) e a vegetação predominante nas áreas de estudo afetam diretamente na composição das comunidades microbianas. Algumas estirpes encontradas destacam-se pelo seu papel funcional no solo, muitas delas comumente associadas à fixação biológica de nitrogênio. Foram encontradas as espécies Burkholderia silvatlantica, Burkholderia vietnamiensis, Burkholderia nodosa, Burkholderia terrae, Burkholderia hospita / Amongst the various microorganisms from soil microecossystems, the genus Burkholderia has been studied since several properties have been discovered more recently, with high potential for agricultural and biotechnological exploitation. Species from this genus have infinite features, e.g. plant growth promoter with biological nitrogen fixation and production of phytohormones, capability for suppression of some diseases, bioremediation, biological control and production of biopolymers. Described by Yabuuchi et al. (1992), the genus still needs to be better characterized, since its taxonomy is frequently modified and several new species have been proposed, especially after recent identification of new ecological niches and their action in the environment. In the National Park of Caxiuanã at the Eastern Amazon region are found anthrosols with past anthropogenic activity, constructed by the pre-historic Amerindians. These anthrosols are known as Archaeological Dark Earth (ADE) which has high and stable concentration of organic matter, thus keep their self-sustainability due to this high soil fertility. In this study, the diversity of genus Burkholderia was evaluated by means of microbiological (bacterial cultivation) and the molecular technique Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) using short and specific sequences designed for this genus, using the gene 16S rRNA. The amplified fragments from TPA were automated sequenced (ABI 3100) and the ADE diversity was compared with a pristine forest soil, located adjacent to TPA. Although the high stability and organic matter content in the ADE, the results showed a greater number of species from the genus Burkholderia in the pristine forest soil, located at the surrounding of the TPA soil. These data indicate that physical-chemical parameters (e.g. pH) and the prevalent vegetation in the studied areas can affect directly the structure of the microbial communities. Some strains could be distinguished by their functional role in soil, such as those associated with the ability for biological nitrogen fixation. The main species were Burkholderia silvatlantica, Burkholderia vietnamiensis, Burkholderia nodosa, Burkholderia terrae, Burkholderia hospita

A Fibrose cística (FC) é uma condição genética que predispõe os portadores a infecções crônicas repetidas do trato respiratório. O complexo Burkholderia cepacia (CBC), formado por espécies (variantes genômicas) intimamente relacionadas, são microorganismos comumente associados a essas infecções. A variante genômica do CBC envolvida na colonização de um determinado paciente influencia diretamente na progressão da sua doença e sobrevida. A identificação fenotípica do CBC é difícil por se tratar de um bacilo Gram-negativo não fermentador e a identificação de suas espécies é ainda mais complexa devido à similaridade fenotípica que existe entre elas. Os principais objetivos do estudo foram a padronização de uma técnica molecular de PCR-RFLP ("polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism") para identificação do CBC e de suas espécies e o estabelecimento da prevalência dessas espécies entre os pacientes com FC atendidos no Hospital de Clínicas de Porto Alegre no período de fevereiro a dezembro de 2006. Na análise por PCR foram utilizados iniciadores específicos para o gene recA (BCR1 e BCR2). Para o RFLP foram utilizadas as enzimas de restrição HaeIII e Mnll (New England Biolabs Inc., Hitchin, England). No período do estudo foram submetidas ao laboratório amostras de 244 pacientes com FC, sendo que em amostras de 26 pacientes foram identificadas bactérias pertencentes ao CBC. Nesse período, 10.6% (26/244) dos pacientes com fibrose cística que entraram no critério de inclusão estavam colonizados pelo CBC. A análise molecular do gene recA mostrou que B. cenocepacia foi isolada de 53.8% (14) dos pacientes, B. multivorans; 15.4% (4); B. vietnaminsis 7.7% (2) e B. ambifaria 7.7% (2). Dois pacientes 7.7% (2) estiveram colonizados por B. cenocepacia IIIA and IIIB em diferentes momentos. Em dois pacientes não foi possível realizar a identificação em nível de espécie. As técnicas moleculares, como PCR-RFLP são mais eficientes para a identificação do CBC e as únicas capazes de identificar suas variantes genômicas, o que é imprescindível para o acompanhamento clínico dos pacientes portadores de fibrose cística.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-11-28T12:42:51Z No. of bitstreams: 1 Walkiria Alves da Silva.pdf: 874748 bytes, checksum: 5da61c26a69ee185c1ff223877497242 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-28T12:42:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Walkiria Alves da Silva.pdf: 874748 bytes, checksum: 5da61c26a69ee185c1ff223877497242 (MD5) Previous issue date: 2016-07-29 / The onion is the third vegetable in economic importance on the world, with emphasis on Brazil as one of the most economically important vegetable, both by the volume and the income produced. This culture can be affected by various diseases, especially the scale rot, caused by bacteria of the Burkholderia cepacia complex. In an attempt to determine the favorable conditions for the development of epidemics, the knowledge of host-pathogen-environment interaction is essential. Thus, the appropriate inoculum concentration, the temperature range, the period of humidification exposure and the age, which the plant host becomes more susceptible to the establishment of high levels of disease, should be identified for each host-pathogen association. Although these epidemiological characteristics are the key factors for infection and subsequent development of rot in scale, there is no consistent information about the influence of these parameters on the behavior of the disease. Therefore, this study aimed to select and identify six isolates of B. cepacia complex, and determine the in vitro temperature, evaluate the effect of the inoculum concentration, temperature, presence and exposure to moisture chamber and the age of the bulbs in the severity of scale rot onion. Through Bayesian inference, the isolates CRMB31, and CRMB109 CRMB259 were identified as B. cenocepacia, while the isolates CRMB76, and CRMB199 CRMB222 were identified as B. arboris. The optimum temperature for in vitro growth of the isolates B. cenocepacia was 30°C, while for the isolates of B. arboris was 28°C. The conditions that predispose the occurrence of rot severity scale at higher inoculum were load of 108 CFU/mL, together on a wetness of 48 h, temperature between 35 and 40°C and more young tissues. To our knowledge, this is the first study to determine the environmental factors favorable to the development of rot in onion scale. In addition, the information obtained in this study will be useful for understanding the epidemics of the rot in scale and will assist in the implementation of strategies to control the disease. / A cebola é a terceira hortaliça em importância econômica no mundo, tendo destaque no Brasil como uma das hortaliças economicamente mais importantes, tanto pelo volume produzido como pela renda gerada. Esta cultura pode ser acometida por várias doenças, destacando-se a podridão em escama causada por bactérias do complexo Burkholderia cepacia. Na tentativa de determinar as condições favoráveis ao desenvolvimento de epidemias, o conhecimento da interação patógeno-hospedeiro-ambiente é imprescindível. Assim sendo, a concentração de inóculo adequada, a faixa de temperatura, o período de exposição à umidificação e a idade em que a planta hospedeira se torna mais suscetível para o estabelecimento de altos níveis de doença devem ser definidos para cada associação patógeno-hospedeiro. Embora essas características epidemiológicas sejam fatores primordiais para infecção e posterior desenvolvimento da podridão em escama, não existem informações consistentes a respeito da influência desses parâmetros sobre o comportamento da doença. Portanto, o presente trabalho teve como objetivos selecionar e identificar seis isolados do complexo B. cepacia e determinar a temperatura in vitro, avaliar o efeito da concentração de inóculo, temperatura, presença e tempo de exposição à câmara úmida e idade dos bulbos na severidade da podridão em escama da cebola. Por meio de Inferência Bayesiana, os isolados CRMB31, CRMB109 e CRMB259 foram identificados como B. cenocepacia, enquanto os isolados CRMB76, CRMB199 e CRMB222 foram identificados como B. arboris. A temperatura ideal de crescimento in vitro para os isolados de B. cenocepacia foi de 30°C, enquanto para os isolados de B. arboris foi de 28°C. As condições que predispuseram a ocorrência de severidade da podridão em escama mais elevadas foram carga de inóculo de 108 UFC/mL, em conjunto com um período de molhamento de 48 h, temperaturas entre 35 e 40°C e tecidos mais novos. Para o nosso conhecimento, este é o primeiro estudo realizado para determinação dos fatores ambientais favoráveis ao desenvolvimento da podridão em escama da cebola. Além disso, as informações obtidas neste estudo serão úteis para o entendimento de epidemias da podridão em escama e auxiliarão a implementação de estratégias para o controle da doença.

Os polihidroxialcanoatos (PHA) são poliésteres bacterianos. Na sua biossíntese, a PHA sintase incorpora monômeros 3HA à cadeia polimérica. O objetivo deste trabalho foi estudar o potencial da PHA sintase de 2 isolados do gênero Burkholderia sp. na produção de copolímeros. Construiram-se linhagens recombinantes que abrigavam os genes da PHA sintase classe I, em mutantes de Pseudomonas sp. e Burkholderia sacchari, que não acumulam PHA. Foram realizados ensaios de acúmulo de PHA usando glicose como fonte de carbono, apresentando a produção de unidades de 3HB, 3HO e 3HD nas linhagens recombinantes de Pseudomonas sp. As linhagens recombinantes de B. sacchari incorporaram como único constituinte P(3HB). Ensaios de acúmulo de PHA foram realizados nas linhagens recombinantes de B. sacchari, usando como co-substratos diferentes ácidos graxos, sendo detectada a incorporação de unidades de 3HV e 3HHx além do 3HB, quando foram fornecidos acido hexanóico e valérico. Estes resultados indicam que as PHA sintases classe I são capazes de incorporar diferentes unidades monoméricas. / The polyhydroxyalkanoates (PHA) are bacterial polyester. In their biosynthesis, the PHA synthase incorporates monomers 3HA to the polymer chain. The objective of this work was to study the potential of PHA synthase of 2 isolates of the genus Burkholderia sp. in the production of copolymers. Were constructed recombinant strains that housed the genes of PHA synthase class I mutants of Pseudomonas sp. and Burkholderia sacchari, which do not accumulate PHA. PHA accumulation assays were performed using glucose as carbon source, showing the production of units of 3HB, 3HO and 3HD in recombinant strains of Pseudomonas sp. The recombinant strains of B. sacchari incorporated as single constituent P(3HB). PHA accumulation assays were performed on the recombinant strains of B. sacchari, Using as co-substrates different fatty acids, being detected the incorporation of units of 3HV and 3HHx beyond the 3HB, when were supplied hexanoic acid and valerico. These results indicate that the PHA synthases class I are able to incorporate different monomer units.

Polihidroxialcanoatos (PHA) são poliésteres acumulados por diversas bactérias a partir de fontes renováveis e são termoplásticos, biodegradáveis e biocompatíveis. A variabilidade da composição monomérica de PHA determina suas propriedades mecânicas e permite seu uso em diversas aplicações. A PHA sintase é a enzima responsável pela polimerização do PHA. O objetivo deste trabalho foi à busca por genes codificadores desta enzima, construção e avaliação de recombinantes portando tais genes. Inicialmente buscaram-se novos genes de PHA sintase a partir de clones de uma biblioteca metagenômica previamente detectados por PCR como positivos para algum tipo de PHA sintase. Posteriormente buscou-se PHA sintases de classe III e construiram-se recombinantes de Pseudomonas sp e B. sacchari pela introdução de genes de C. vinosum (phaECCv). Nas duas recombinantes, os genes inseridos foram capazes de aumentar a fração de 3HHx em relação a linhagem selvagem, quando se utilizou glicose e hexanoato como fontes de carbono. / Polyhydroxyalkanoates (PHA) are polyesters accumulated from renewable sources by several bacteria and are thermoplastic, biodegradable and biocompatible. The variability of the PHA monomer composition determines its mechanical properties and allows their use in many applications. PHA synthase is the enzyme responsible for the polymerization of PHA. The objective was to search for genes encoding this enzyme, construction and the assessment of recombinant bacteria carrying such genes. Initially a screening of PHA synthase genes was made from a metagenomic library clones previously identified as positive by PCR for any type of PHA synthase. Later a search for class III PHA synthases was made as a construction of a recombinant Pseudomonas sp and B. sacchari by introducing genes of C. vinosum (phaECCv). In the two recombinant strains, the genes inserted were able to increase the fraction of 3HHx compared to the wild strain when glucose and hexanoate was used as carbon sources.