Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-03-20T12:32:19Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_EstudoPapelProteinas.pdf: 1960769 bytes, checksum: 15d801dd31a9d124e97a22426c8157fb (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-03-22T15:10:14Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_EstudoPapelProteinas.pdf: 1960769 bytes, checksum: 15d801dd31a9d124e97a22426c8157fb (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-22T15:10:14Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_EstudoPapelProteinas.pdf: 1960769 bytes, checksum: 15d801dd31a9d124e97a22426c8157fb (MD5) Previous issue date: 2015-04-28 / O câncer gástrico (CG) é o quarto tipo câncer mais frequente e a segunda maior causa de mortalidade em todo o mundo. Um melhor entendimento da biologia da progressão dessa neoplasia é crucial para redução da taxa de mortalidade com o desenvolvimento de novas estratégias terapêuticas e de tratamento dos pacientes. Em nosso estudo, foram analisadas amostras de câncer gástrico, encontrando-se expressão elevada de mRNA e de proteínas das quinases SRC e LYN, e níveis diminuídos da quinase CKB. Essas alterações podem ter um papel na invasão e na metástase dos tumores gástricos. A expressão dessas três quinases também foram associadas com a expressão do oncogene MYC, um possível biomarcador para o câncer gástrico. Objetivando-se entender os mecanismos que regulam a expressão desses genes, avaliou-se os padrões de metilação dessas três quinases. Assim, descobriu-se que a hipometilação de SRC e LYN e a hipermetilação de CKB estavam presentes apenas nas amostras neoplásicas gástricas. A perda de metilação de SRC e LYN foi associada com aumento nos níveis de expressão de seus mRNA e proteínas, sugerindo que a metilação do DNA está envolvida na regulação da expressão dessas quinases. A frequência de hipermetilação e metilação parcial de CKB foi mais elevada em amostras de câncer gástrico do que em amostras gástricas não-neoplásicas; no entanto, a expressão de CKB estava apenas parcialmente regulada por metilação do DNA. Analisando os dados de expressão, descobriu-se que alterações nos padrões de metilação do DNA das três quinases estudadas também estavam associadas com o avanço do câncer gástrico, invasão tumoral mais profunda e a presença de metástase. Portanto, a expressão de SRC, LYN e CKB ou a metilação do DNA, relacionada a esses genes, podem ser marcadores preditivos úteis para a progressão tumoral e alvos estratégicos em terapêutica anticâncer. / Gastric cancer (GC) is the fourth most frequent cancer type and the second ighest cause of câncer mortality worldwide. A better understanding of the biology of the progression of this neoplasia is crucial to reducing the mortality rate with the development of novel patient management and therapeutic strategies. In this study, we analyzed gastric cancer samples and found elevated expression of SRC and LYN kinase mRNA and protein but decreased levels of CKB kinase, alterations that may have a role in the invasiveness and metastasis of gastric tumors. Expression of the three studied kinases was also associated with MYC oncogene expression, a possible biomarker for gastric cancer. To understand the mechanisms that regulate the expression of these genes, we evaluated the DNA methylation patterns of the three kinases. We found that SRC and LYN hypomethylation and CKB hypermethylation were only present in neoplastic gastric samples. The loss of SRC and LYN methylation was associated with increased levels of mRNA and protein expression, suggesting that DNA methylation is involved in regulating the expression of these kinases. The frequency of hypermethylation and partial methylation of CKB was higher in the gastric cancer samples than in the non-neoplastic gastric samples; however, CKB expression was found to be only partly regulated by DNA methylation. In an analysis of the expression data, we found that alterations in the DNA methylation pattern of the three studied kinases were also associated with advanced gastric cancer, deeper tumor invasion and the presence of metastasis. Therefore, SRC, LYN and CKB expression or DNA methylation could be useful markers for predicting tumor progression and targeting in anti-cancer strategies.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:51:41Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo2823_1.pdf: 9037757 bytes, checksum: fa5b9563e9f3a0baec78ac68dd1bc1a2 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / As infecções causadas por papilomavírus humanos (HPV) destacam-se por sua elevada frequência, implicações clínicas e interpessoais, além de serem identificadas como fatores relacionados à oncogenese. A infeção pelo HPV é considerada uma doença sexualmente transmissível relatada entre 10% a 20% da população adulta mundial. O HPV DNA está prevalente em 2% a 68% dos adultos. O HPV é considerado o agente etiológico essencial no desenvolvimento de neoplasias de colo uterino, que é a segunda causa mais importante de mortes em mulheres. A infecção pelo HPV tem sido correlacionada também com o câncer de anus, em 85% dos casos (Palesfsky, 1998), 35% a 50% dos casos de cânceres de vulva, vagina e pênis e em 10% dos casos de neoplasias de laringe, trato respiratório e digestivo (zur Hausen, 2009). O câncer gástrico é uma das principais causas de óbitos em todo mundo. Sua heterogeneidade o transforma em modelo para estudos em carcinogênese. A identificação de papilomavírus humano em neoplasias gástricas e esofágicas sugere a possibilidade de seu envolvimento na oncogênese destas neoplasias. Normalmente, amostras oriundas de biópsias diagnósticas e exéreses cirúrgicas são inclusas em parafina para posterior estudo histopatológico. Estas amostras podem servir de fonte para identificação genômica, através de técnicas adequadas. A presente Tese buscou o desenvolvimento de uma nova técnica de identificação de genes a partir de materiais biológicos conservados em parafina. Foram utilizadas amostras provenientes de pacientes portadores de adenocarcinoma gástrico e carcinoma epipermóide perianal. Os fragmentos do gene da proteína viral L1 foram amplificados através de PCR com o primer GP5+/6+ e o primer MY09/11, identificados com o uso dos equipamentos Bioanalyzer e Papillocheck. A técnica desenvolvida demonstrou-se eficiente na identificação do gene da proteína viral L1, em amostras fixadas em parafina

INTRODUÇÃO: O adenocarcinoma gástrico precoce (AGP) atinge até a camada submucosa em profundidade, independentemente da presença de metástases linfonodais (MLF). Tumores mucosos, bem diferenciados, menores que 20 mm e sem ulceração são candidatos à ressecção endoscópica (RE) por mucosectomia com taxas de MLF praticamente nulas. Com o advento da técnica de dissecção endoscópica da submucosa (ESD) e após observar ausência de MLF em grande série de pacientes no Japão, foi sugerido que os critérios clássicos pudessem ser expandidos, evitando a gastrectomia em alguns pacientes. Em países ocidentais autores e sociedades têm visto com restrição a ESD para critérios expandidos devido à observação de MLF em alguns subgrupos. A análise crítica e validação dos critérios expandidos de RE para tratamento do AGP em coorte brasileira poderá indicar os pacientes com menor risco de metástases linfonodais nesta população, de modo a individualizar o tratamento com excelência e qualidade de vida. OBJETIVO: Avaliar a presença MLF em produtos de gastrectomia com linfadenectomia de pacientes elegíveis à ressecção endoscópica seguindo os critérios clássicos e expandidos. MÉTODO: Inclusão de pacientes com AGP submetidos a tratamento cirúrgico com dissecção linfonodal. Estadiamento linfonodal e avaliação de características clínicas, macroscópicas e histopatológicas segundo critérios de RE. RESULTADOS: Foram incluídos 389 espécimens cirúrgicos de gastrectomia, dentre os quais 135 cumpriam critérios para ressecção endoscópica. Nenhum dos 31 pacientes com critérios clássicos apresentou MLF (N = 31; 0% IC95% 0 - 13,4%). Dos 104 com critérios expandidos, 3 apresentaram MLF (N = 104; 2,9% IC95% 0,7 - 8,6%), todos pertencentes ao grupo de tumores indiferenciados sem ulceração e menores que 20 mm. Dos pacientes com indicação de tratamento cirúrgico houve 50 MLF positivos (N = 254; 19,7% IC95% 15,3 - 25,1%). CONCLUSÃO: Existe risco mínimo de metástases linfonodais quando adotados os critérios expandidos de RE. Este risco é praticamente nulo para os critérios clássicos e quando se exclui o tumor indiferenciado do critério expandido / INTRODUCTION: Early gastric cancer (EGC) is known to present low rate of lymph nodal metastasis (LNM). Gastrectomy with D2 lymphadenectomy is usually curative for EGC. Endoscopic submucosal dissection (ESD) is a well-accepted treatment modality for lesions that meet the classic criteria, a well-differentiated adenocarcinoma measuring less than 20 mm size and without ulceration. Expanded criteria for ESD have been recently proposed, based on null LNM rate from large gastrectomies series coming from Japan. The expanded criteria for ESD are as follows: intramucosal non-ulcerative well-differentiated tumor > 20 mm, intramucosal ulc mo <= 30 mm, intramucosal non-ulcera mo <= 20 mm, or superficially submucosal ( m1) mo <= 30 mm. There is some resistance to adoption of the expanded criteria, since patients with positive LNM have already been reported in western centers. OBJECTIVE: Evaluate LNM staging in patients who met the expanded endoscopic treatment criteria for ESD. METHOD: Evaluation of gastrectomy specimens including LNM staging of patients submitted to gastrectomy for EGC in a 39-year retrospective cohort. A senior pathologist reviewed the histology slides. RESULTS: A total of 389 surgical specimens were included, of whose 135 met criteria for endoscopic resection. None of the 31 patients with classic criteria had LNM. Of the 104 patients with expanded criteria, 3 had LNM (n = 104, 2.9% CI 95% 0.7 - 8.6%), all of them with undifferentiated tumors without ulceration and less than 20 mm. In the patients with surgical criteria there were 50 LNM positive (n = 254; 19.7% CI 95% 15.3 - 25.1%). CONCLUSION: There is minimal risk of LNM in EGC when expanded criteria for ESD are met. This risk is practically nil for the classic criteria and when the undifferentiated tumor is excluded of the expanded criteria. Refinement of the expanded criteria for the risk of LNM may be desirable. Meanwhile the decision to complement the endoscopic treatment with LNM dissection or D2 gastrectomy will have to take into consideration the individual risk of perioperative morbidity and mortality

Introdução: Agregação familial é observada em cerca de 10% dos casos de câncer e 1 a 3% é hereditário. O tipo difuso pode estar relacionado à agregação familial e a alterações genéticas no gene CDH1, que codifica a proteína E-caderina. Alterações na imunoexpressão de Beta-catenina e p53 também são observadas. Objetivos: Analisar a imunoexpressão da E-caderina, Beta-catenina e TP53 em adenocarcinomas gástricos de pacientes com câncer gástrico familial e comparar com os dados clinicopatológicos, além dos achados das alterações genéticas destes pacientes, estudadas previamente nesta Instituição. Casuística e Métodos: Vinte e seis casos de adenocarcinoma gástrico em blocos de parafina de pacientes do HC-FMUSP foram submetidos ao estudo imunoistoquímico para detecção e análise do padrão de imunoexpressão da E-caderina, Beta-catenina e TP53 através do método da streptavidina-biotina-peroxidase. A análise da imunoexpressão dos marcadores foi classificada segundo escala de intensidade e distribuição e os testes estatísticos utilizados foram o Teste t de Student e Exato de Fisher. Resultados: A localização predominante do tumor foi no antro (61,5%). 11 (42,3%) casos alterados para a imunoexpressão da E-caderina, sendo todos do tipo difuso; 15 (57,7%) casos normais, sendo 9 do tipo difuso e 6 do tipo intestinal (p=0,02). Em estudo prévio realizado nesta instituição, uma mutação missense no exon 12 do gene CDH1, códon 617, nucleotídeo 1849 G>A foi encontrada no mesmo caso em que foi observada ausência de imunorreatividade da E-caderina. 11 (42,3%) casos alterados para a imunoexpressão de Beta-catenina e 46,2% de imunorreatividade nuclear positiva para TP53. Conclusões: 1) O tipo difuso de Laurén está associado à alteração da imunoexpressão da E-caderina no Câncer Gástrico Familial; 2) Não houve associação entre a imunoexpressão da E-caderina, idade, gênero e localização do tumor; tampouco houve associação entre a imunoexpressão da Beta-catenina e os dados clínico-patológicos; houve associação inversa entre a imunoexpressão da E-caderina e TP53; 3) Nos casos em que foram detectadas alterações na imunoexpressão, parece haver duas rotas distintas de carcinogênese envolvidas no CGF. / Introduction: Familial clustering is observed in about 10% of the gastric cancer cases and 1-3% is hereditary. Diffuse type gastric cancer is related to genetic alterations in CDH1 gene, which translates the E-cadherin protein. The abnormal expression of E-cadherin is characterized by low expression of cytoplasmatic staining, or loss of membranous immunoreactivity. Aim: to analyze the immunoexpression of E-cadherin, Beta-catenin and TP53 in gastric adenocarcinomas in patients with Familial Gastric Cancer and compare with clinical-pathologic data, including the genetic alterations of these patients, found previously on this institution. Methods: 26 cases of paraffin-embedded gastric adenocarcinoma tissue of patients of Hospital das Clinicas - School of Medicine of University of Sao Paulo underwent immunostaining to detect the presence and to analyze the pattern of immunoexpression of E-cadherin, Beta-catenin and TP53 using Streptavidine-Biotine-Peroxidade technique. The immunoexpression evaluation was performed utilizing a semiquantitative scale for intensity and distribution. The statistical analysis was done through Students t test and Fishers Exact test. Results: E-cadherin immunoexpression was negative in 11 cases (42.3%), and all of them were diffuse type of Laurén. 15 cases (57.7%) were positive for E-cadherin, from which 9 were of the diffuse type and 6 of intestinal type (p=0.02). In previous study performed on this institution, one missense mutation in exon 12 of CDH1 gene, codon 617, nucleotide 1849 G>A was found on the same case that absence of E-cadherin immunostaining was observed. 61.5% of the tumors were located in the antrum. Beta-catenin immunoexpression was altered in 43.2% and TP53 nuclear immunoreactivity was positive in 46.2% of the tumors. TP53 was solely detected in 12 (46.2%) of the tumors, while E-cadherin was altered in 10/26 (38.5%) negative TP53 tumors, p=0.01. Conclusions: 1) Diffuse type of Laurén is associated to E-cadherin immunoexpression alteration in Familial Gastric Cancer; 2) There was no association between E-cadherin immunoexpression and age, gender or tumor location, as well as there was no association between Beta-catenin and the clinical-pathologic data; there was an inverse association between immunoexpression of TP53 and E-cadherin; 3) There may be two distinct carcinogenesis pathways on familial gastric cancer cases that imunoexpression alterations were detected.

Os objetivos deste trabalho foram, em indivíduos com câncer de coto gástrico: identificar o padrão de disseminação de linfonodos acometidos, quantificar a invasão tumoral da linha de anastomose, correlacionar a invasão da linha de anastomose com o comprometimento linfonodal e mesenterial, correlacionar o acometimento linfonodal com sobrevivência e correlacionar o acometimento da linha de anastomose com sobrevivência. Foi realizado estudo retrospectivo com revisão de prontuários, peças cirúrgicas e exames anátomo-patológicos de 113 pacientes. O câncer de coto gástrico não tem um padrão de disseminação linfonodal específico; 75% dos pacientes apresentaram invasão tumoral da linha de anastomose; em 66,7% dos casos ocorreu invasão da linha anastomótica e linfonodal concomitantes; menos de 10% dos casos exibiam invasão mesenterial; houve óbito em 86,5% dos casos com invasão linfonodal e 64,7% com invasão da linha de anastomose e em 100% com invasão mesenterial. / The objectives of this study are to identify the metastatic pattern of lymph node for gastric stump cancer; to quantify the invasion of anastomotic site by tumor; to relate the invasion of anastomotic site with metastasis lymph node or mesenterial lymph node and these parameters with the survival of patients with gastric stump cancer. One hundred and thirteen patients with gastric stump cancer were retrospectively analyzed along with their medical records, surgical pieces and histopathologic exam. The metastatic pattern of lymph node isnt specific to gastric stump cancer. 75% of patients had tumoral invasion in the anastomotic site. In 66.7% of the cases there was an invasion of the anastomotic site with metastatic lymph nodes. 9% of patients had mesenterial lymph node invasion by tumor. Fatal cases occurred in 86,5% of the patients with metastatic lymph node, 64,7% with invasion of the anastomotic site and 100% with mesenterial lymph node invasion.

A técnica de análise de sobrevivência tem sido muito utilizada por pesquisadores na área de saúde. Neste trabalho foi usada uma distribuição em análise de sobrevivência recentemente estudada, chamada distribuição exponencial generalizada. Esta distribuição foi estudada sob todos os aspectos: para dados completos e censurados, sob a presençaa de covariáveis e considerando sua extensão para um modelo multivariado derivado de uma função cópula. Para exemplificação desta nova distribuição, foram utilizados dados reais de câncer (leucemia mielóide aguda e câncer gástrico) que possuem a presença de censuras e covariáveis. Os dados referentes ao câncer gástrico tem a particularidade de apresentar dois tempos de sobrevida, um relativo ao tempo global de sobrevida e o outro relativo ao tempo de sobrevida livre do evento, que foi utilizado para a aplicação do modelo multivariado. Foi realizada uma comparação com outras distribuições já utilizadas em análise de sobrevivência, como a distribuiçãoo Weibull e a Gama. Para a análise bayesiana adotamos diferentes distribuições a priori para os parâmetros. Foi utilizado, nas aplicações, métodos de simulação de MCMC (Monte Carlo em Cadeias de Markov) e o software Winbugs. / Survival analysis methods has been extensively used by health researchers. In this work it was proposed the use a survival analysis model recently studied, denoted as generalized exponential distribution. This distribution was studied in all respects: for complete data and censored, in the presence of covariates and considering its extension to a multivariate model derived from a copula function. To exemplify the use of these models, it was considered real cancer lifetime data (acute myeloid leukemia and gastric cancer) in presence of censored data and covariates. The assumed cancer gastric lifetime data has two survival responses, one related to the total lifetime of the patient and another one related to the time free of the disease, that is, multivariate data associated to each patient. In these applications there was considered a comparative study with standard existing lifetime distributions, as Weibull and gamma distributions.For a Bayesian analysis we assumed different prior distributions for the parameters of the model. For the simulation of samples of the joint posterior distribution of interest, we used standard MCMC (Markov Chain Monte Carlo) methods and the software Winbugs.

Submitted by JACIARA CRISTINA ALMEIDA DO AMARAL (jaciaramaral@ufpa.br) on 2018-11-05T17:28:58Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) PROJETO DE MESTRADO FERNANDA FARIAS DE ALCÂNTARA.pdf: 1138273 bytes, checksum: 8a0c741f6de9fa8fefac60fbbc74ae4b (MD5) / Approved for entry into archive by JACIARA CRISTINA ALMEIDA DO AMARAL (jaciaramaral@ufpa.br) on 2018-11-05T17:30:47Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) PROJETO DE MESTRADO FERNANDA FARIAS DE ALCÂNTARA.pdf: 1138273 bytes, checksum: 8a0c741f6de9fa8fefac60fbbc74ae4b (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-05T17:30:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) PROJETO DE MESTRADO FERNANDA FARIAS DE ALCÂNTARA.pdf: 1138273 bytes, checksum: 8a0c741f6de9fa8fefac60fbbc74ae4b (MD5) Previous issue date: 2018-10-11 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O câncer gástrico nas últimas décadas vem apresentando uma queda em número de casos, o que muito se deve ao progresso no que tange a saúde sanitária, e ao maior acesso da população a políticas educacionais. No entanto, continua sendo a terceira causa de morte a nível mundial entre homens e mulheres. Tais mortes, geralmente estão vinculadas ao diagnóstico tardio. O presente estudo pretende pelas dosagens de homocisteína, vitamina B12 e ácido fólico, montar um perfil de biomarcadores de triagem, os quais possam ser inseridos na rotina comum de exames, visando o diagnóstico célere da doença. Foram analisadas 207 amostras de caso controle e 207 de pacientes com câncer gástrico, em ambos foram realizadas as dosagens bioquímicas de homocisteína, ácido fólico e vitamina B12, pareadas em relação a idade, localização do tumor, sub-tipo, classificação tumoral, infecção por EBV (Epstein-Barr Vírus), e Helicobacter pilory. Para dosagem da tríade, foram utilizadas técnicas quimioluminescência, e as demais variáveis foram obtidas pelas informações hospitalares. Como resultados, foram encontradas diferenças significativas entre as médias da tríade dos pacientes com câncer em relação ao controle, em todas as variáveis pareadas. Em conclusão, nosso estudo mostrou que a análise da tríade (homocisteína, vitamina b12 e ácido fólico) tem seu valor no diagnóstico do câncer gástrico, podendo futuramente ser um eficaz marcador de triagem para este tipo de câncer. / Gastric cancer in the last decades has shown a decrease in the number of cases, which is much due to the progress in sanitary health, and the greater access of the population to educational policies. However, it remains the third leading cause of death worldwide between men and women. Such deaths are usually linked to late diagnosis. The present study intends to establish a profile of screening biomarkers by the homocysteine, vitamin B12 and folic acid dosages, which can be inserted in the routine routine of examinations, aiming the rapid diagnosis of the disease. A total of 207 control and 207 cases of gastric cancer patients were analyzed, both of which were biochemical measurements of homocysteine, folic acid and vitamin B12, matched in relation to age, tumor location, subtype, tumor classification, EBV (Epstein-Barr Virus), and Helicobacter pylori. For the triad dosage, chemiluminescence techniques were used, and the other variables were obtained by hospital information. As results, significant differences were found between the means of the triad of cancer patients in relation to the control, in all paired variables. In conclusion, our study showed that the triad analysis (homocysteine, vitamin b12 and folic acid) has its value in the diagnosis of gastric cancer, and may in the future be an effective marker of screening for this type of cancer. / UFPA - Universidade Federal do Pará

A técnica de análise de sobrevivência tem sido muito utilizada por pesquisadores na área de saúde. Neste trabalho foi usada uma distribuição em análise de sobrevivência recentemente estudada, chamada distribuição exponencial generalizada. Esta distribuição foi estudada sob todos os aspectos: para dados completos e censurados, sob a presençaa de covariáveis e considerando sua extensão para um modelo multivariado derivado de uma função cópula. Para exemplificação desta nova distribuição, foram utilizados dados reais de câncer (leucemia mielóide aguda e câncer gástrico) que possuem a presença de censuras e covariáveis. Os dados referentes ao câncer gástrico tem a particularidade de apresentar dois tempos de sobrevida, um relativo ao tempo global de sobrevida e o outro relativo ao tempo de sobrevida livre do evento, que foi utilizado para a aplicação do modelo multivariado. Foi realizada uma comparação com outras distribuições já utilizadas em análise de sobrevivência, como a distribuiçãoo Weibull e a Gama. Para a análise bayesiana adotamos diferentes distribuições a priori para os parâmetros. Foi utilizado, nas aplicações, métodos de simulação de MCMC (Monte Carlo em Cadeias de Markov) e o software Winbugs. / Survival analysis methods has been extensively used by health researchers. In this work it was proposed the use a survival analysis model recently studied, denoted as generalized exponential distribution. This distribution was studied in all respects: for complete data and censored, in the presence of covariates and considering its extension to a multivariate model derived from a copula function. To exemplify the use of these models, it was considered real cancer lifetime data (acute myeloid leukemia and gastric cancer) in presence of censored data and covariates. The assumed cancer gastric lifetime data has two survival responses, one related to the total lifetime of the patient and another one related to the time free of the disease, that is, multivariate data associated to each patient. In these applications there was considered a comparative study with standard existing lifetime distributions, as Weibull and gamma distributions.For a Bayesian analysis we assumed different prior distributions for the parameters of the model. For the simulation of samples of the joint posterior distribution of interest, we used standard MCMC (Markov Chain Monte Carlo) methods and the software Winbugs.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-08-01T11:39:24Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_FarmacogenomicaFluoropirimidinasTratamento.pdf: 2103074 bytes, checksum: 4b674e4e6a4bd6b263c285b489fb6096 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-08-01T14:23:50Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_FarmacogenomicaFluoropirimidinasTratamento.pdf: 2103074 bytes, checksum: 4b674e4e6a4bd6b263c285b489fb6096 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-01T14:23:50Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_FarmacogenomicaFluoropirimidinasTratamento.pdf: 2103074 bytes, checksum: 4b674e4e6a4bd6b263c285b489fb6096 (MD5) Previous issue date: 2016-12-29 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / Nas últimas décadas, o câncer se tornou um evidente problema de saúde pública mundial. O esquema terapêutico com base em Fluoropirimidinas tem sido a conduta quimioterápica mais utilizada em todo o mundo em vários tipos de tumores sólidos, incluindo câncer gástrico e colorrectal. Do total de pacientes tratados com 5-Fluorouracil (5-FU), de 10-40% apresentam toxicidades severas, em geral estes casos resultam em hospitalizações prolongadas e onerosas. O principio da medicina personalizada consiste em estudar as respostas a medicamentos baseados na informação genômica individual. O elevado grau de miscigenação é um desafio para a implementação mundial da medicina personalizada na prática clínica. Poucos estudos na literatura especializada relataram a influência de marcadores farmacogenômicos em populações miscigenadas como a população brasileira. O objetivo deste estudo foi investigar a variabilidade farmacogenômica de diferentes biomarcadores em farmacogenes envolvidos na via de metabolismo das Fluoropirimidinas em pacientes com câncer gástrico ou câncer colorrectal, subestuturados de acordo com a resposta e toxicidade ao tratamento. Para a realização da investigação utilizamos 216 pacientes com câncer colorretal ou gástrico que receberam tratamento quimioterápico a base de 5-FU. Foram investigados 33 polimorfismos genéticos em 17 farmacogenes (ABCB1, ABCC2; ABCC4; ABCG2, CYP2A6, DPYD, FPSG, ITGB5, MTHFR, SLC22A7, SLC29A1, TP53, TYMS, UMPS, GGH, RRM1, TYMP) envolvidos na via de metabolizacão das fluoropirimidinas. Nossos resultados demonstraram que 77.3% dos pacientes apresentaram algum tipo de toxicidade relacionada ao tratamento com 5-FU e destes, 22% apresentaram toxicidades severas classificadas em grau 3 e 4. O óbito ocorreu em 23 pacientes, onde três casos foram relacionados à toxicidade e quatro casos com a progressão tumoral e toxicidade quimioterápica. O subestruturamento populacional não foi influente nos resultados de associação para os polimorfismos farmacogenéticos com o uso de 5-FU. O gene FPGS (rs4451422) mostrou-se significativo em associação com a toxicidade geral (p=0,0052; OR 0,32) e com eventos de toxicidades (p=0,0004; OR 0,22). O gene ABCC4 (rs148551) apresentou associação significativa para a resposta clínica (p=0,0056; OR 0,28). O gene SLC29A1 (rs760370) demonstrouse significativo para toxicidades de grau 3 e 4 (p=0,0033; OR 4,73). Em conclusão, devido ao elevado grau de miscigenação da população brasileira, e particularmente do Norte do Brasil, os dados gerados de farmacogenômica do 5- FU são particularmente únicos se comparados com as populações homogêneas investigadas ate o presente. Os genes ABCC4, FPGS e SLC29A1 demonstraram ser importantes biomarcadores preditivos para a medicina personalizada da terapia com uso de 5-FU. / Recently, cancer has become an obvious public health problem worldwide. The Fluoropyrimidine-based regimen has been the most widely used chemotherapy regimen worldwide in several types of solid tumors, including gastric and colorectal cancer. Of the total number of patients treated with 5-Fluorouracil (5-FU), 10-40% have severe toxicities, which usually result in prolonged and costly hospitalizations. The principle of personalized medicine is to study responses to medications based on individual genomic information. The high degree of miscegenation is a challenge for the worldwide implementation of personalized medicine in clinical practice. Many studies in the specialized literature have reported the influence of pharmacogenomic markers in mixed populations such as the Brazilian population. The aim of this study was to investigate the pharmacogenomic variability of different biomarkers in pharmacogenes involved in the metabolism pathway of Fluoropyrimidines in patients with gastric cancer or colorectal cancer, which are sub-strutured according to response and toxicity to treatment. To perform the research we used 216 patients with colorectal or gastric cancer who received 5-FU chemotherapy treatment. We investigated 33 genetic polymorphisms in 17 pharmacogens (ABCB1, ABCC2, ABCC4, ABCG2, CYP2A6, DPYD, FPSG, ITGB5, MTHFR, SLC22A7, SLC29A1, TP53, TYMS, UMPS, GGH, RRM1, TYMP) involved in the metabolism pathway of fluoropyrimidines. Our results showed that 77.3% of the patients presented some type of toxicity related to 5-FU treatment, of which 22% presented severe toxicities classified in grade 3 and 4. Death occurred in 23 patients, where three cases were related to toxicity and four cases with tumor progression and chemotherapeutic toxicity. Population substructuration was not influential in the association results for pharmacogenetic polymorphisms with the use of 5-FU. The FPGS gene (rs4451422) was shown to be significant in association with overall toxicity (p = 0.0052; OR 0.32) and toxicity events (p = 0.0004; OR 0.22). The ABCC4 gene (rs148551) had a significant association with the clinical response (p = 0.0056; OR 0.28). The SLC29A1 gene (rs760370) was shown to be significant for grade 3 and 4 toxicities (p = 0.0033; OR 4.73). In conclusion, due to the high degree of miscegenation in the Brazilian population, and particularly in the North of Brazil, the generated 5-FU pharmacogenomics data are particularly unique when compared to the homogenous populations investigated to date. The ABCC4, FPGS and SLC29A1 genes have been shown to be important biomarkers predictive of personalized medicine therapy using 5-FU.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-12-17Bitstream added on 2014-06-13T20:14:35Z : No. of bitstreams: 1 jorge_yc_me_sjrp.pdf: 4700733 bytes, checksum: 1fa001424eaf0ffba4a8cdeb55c5fce5 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / No presente estudo foram investigados os níveis de expressão gênica e protéica da anexina-1 (ANXA1/AnxA1) e galectina-1 (LGALS1/Gal-1) na carcinogênese do estômago e associações com infecção pela Helicobacter pylori e o genótipo de virulência bacteriano cagA+. A análise foi realizada em 40 biópsias de mucosa gástrica com gastrite crônica (CG), 20 de câncer gástrico (GA) e 10 de mucosa normal (C), pelas técnicas de qPCR para quantificar os níveis de RNAm; imuno-histoquímica para caracterizar a expressão protéica na mucosa gástrica, e PCR para diagnóstico molecular da H. pylori e cepa cagA+. O estudo mostrou resultados inéditos quanto à expressão desses genes em gastrite crônica, ainda sem descrições na literatura. Foi demonstrada expressão relativa elevada do mRNA de ANXA1 em 80% dos casos de GA (média de 4,38 + 4,77) e em 90% dos casos de CG (média de 4,26 + 2,03), sem diferença significante entre os grupos (p = 0,33). O gene LGALS1 apresentou expressão elevada em 60% dos casos GA (média de 2,44 + 3,26) e, expressão constitutiva na CG (média de 0,43 + 3,13), mostrando, portanto, diferença significante entre os grupos (p < 0,01). A imuno-histoquímica revelou que as proteínas AnxA1 e Gal-1 não são expressas na mucosa normal. Ao contrário, durante o processo inflamatório de CG, imunomarcação citoplasmática positiva para a AnxA1 foi observada na porção basal do epitélio e estroma e, para Gal-1 a expressão foi constatada na porção apical e borda estriada do epitélio além do estroma. No adenocarcinoma tipo intestinal foi observada expressão citoplasmática em toda extensão epitelial e estroma tanto para a AnxA1 quanto para a Gal-1. Por outro lado, no tipo difuso imunomarcação positiva também foi observada no núcleo e membrana plasmática... / In this study we investigated the levels of gene and protein expression of annexin-1 (ANXA1/Anxa1) and galectin-1 (LGALS1/Gal-1) in gastric carcinogenesis and associations with Helicobacter pylori infection and bacterial virulence genotype cagA+. The analysis was performed in 40 biopsies of gastric mucosa with chronic gastritis (CG), 20 with gastric cancer (GA) and 10 of normal mucosa (C), by the techniques of qPCR to quantify mRNA levels, immunohistochemistry to characterize the protein expression in gastric mucosa, and PCR for molecular diagnosis of H. pylori cagA+ strains. This is the first study regarding the expression of these genes in chronic gastritis. High ANXA1expression levels were demonstrated in 80% of GA cases (mean 4.38 + 4.77) and in 90% of GC cases (mean 4.26 + 2.03), with no significant difference between groups (p = 0.33). High LGALS1 gene expression was found in 60% of GA cases (average 2.44 + 3.26), and constitutive expression was found in CG (mean 0.43 + 3.13), showing therefore a significant difference between groups (p <0.01). Immunohistochemistry revealed that the proteins AnxA1 and Gal-1 are not expressed in normal mucosa. In contrast, during the inflammatory process of CG, positive cytoplasmic immunostaining for AnxA1 was observed in the basal epithelium and stroma, and Gal-1 expression was detected in the apical portion and striated border of the epithelium and stroma. In intestinal-type adenocarcinoma was observed cytoplasmic expression in all epithelial and stromal extension for both AnxA1 and Gal-1. On the other hand, in diffuse-type adenocarcinoma positive immunostaining was also observed in the nucleus and plasma membrane of both proteins. Infection by H. pylori showed no association with the expression of both genes, but the genotype cagA+ is associated with about 2.5 times... (Complete abstract click electronic access below)