Huntington disease (HD) is a devastating and fatal neurodegenerative disease. At the moment, no disease modifying therapies are available, with only symptomatic treatment offered to alleviate psychiatric and some types of motor deficits. As a result, many people will continue to suffer and die from this disease. Small molecule therapies have failed to provide benefit in HD, necessitating more complex gene therapy approaches and the identification of less traditional therapeutic targets. A previous study demonstrated that preventing cleavage of the huntingtin (HTT) protein, the protein that when mutated causes HD, by caspase 6 (C6) at amino acid 586 prevents the onset of disease in transgenic HD model mice. This suggests that inhibiting the toxicity initiated by N586 cleavage could be a promising therapeutic strategy, but a safe and specific way to do this in humans has not been identified. General C6 inhibition is not a feasible strategy due to the vital functions it plays throughout life. Thus, the purpose of this study was to investigate whether the C6 cleavage fragment of HTT, N586, is itself a toxic species of HTT or if it initiates a toxic proteolytic pathway in order to identify more viable therapeutic strategies for HD. To accomplish this, we are using novel and highly sensitive immunoprecipitation and flow cytometry (IP-FCM) protein detection assays, specific for the N586 neoepitope of HTT, to evaluate the in vivo persistence of N586 in HD model mice. If N586 is detected, it is likely that it is itself toxic and promoting its degradation may be beneficial. Conversely, if it is not detected, N586 cleavage likely initiates a toxic degradation pathway and promoting its stability may be beneficial. The results of these studies have the potential to define new therapeutic strategies for HD that can be addressed more specifically than generalized C6 inhibition for the prevention of N586-mediated toxicity. The selective targeting of N586 toxicity, either to promote or prevent its degradation depending on our results, would ensure that therapeutic activity is restricted to HTT and reduce the potential for deleterious off-target effects

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I explore five topics in topology using set-theoretic techniques. The first of these is a generalization of 2-point sets called slice sets. I show that, for any small-in-cardinality subset A of the real line, there is a subset of the plane meeting every line in a topological copy of A. Under Martin's Axiom, I show how to improve this result to any totally disconnected A. Secondly, I show that it is consistent with and independent of ZFC to have a topologically rigid subset of the real line that is smaller than the continuum. Thirdly, I define and examine a new cardinal function related to cleavability. Fourthly, I explore the Toronto Problem and prove that any uncountable, Hausdorff, non-discrete Toronto space that is not regular falls into one of two strictly-defined classes. I also prove that for every infinite cardinality there are precisely 3 non-T1 Toronto spaces up to homeomorphism. Lastly, I examine a notion of dimension called the "neight", and prove several theorems that give a lower bound for this cardinal function.

L’Égypte est l’un des pays où la prévalence de femmes excisées est parmi les plus élevées au monde (DHS, 2009). Depuis les années 1940, plusieurs Égyptiens se sont installés au Canada (Hayani, 1999) et un grand nombre à Montréal (Gouvernement du Québec, 2014). Cette recherche se veut donc un travail exploratoire portant sur l’évolution, ou non, des conceptions de l’excision chez les Égyptiens, avant et après leur migration à Montréal. Pour ce faire, quatre hommes et quatre femmes, nés en Égypte, ont participé à une entrevue semi-structurée où il était question de leurs parcours migratoires et de leur expérience relative à l’excision. On constate diverses prises de position par rapport à cette pratique qui seront mises en relation avec certaines données sociodémographiques et avec les liens que les participants entretiennent avec leur pays d’origine. Ces derniers se sont dissociés de l’excision par différents clivages afin de préserver leur groupe d’appartenance religieux ou socio-économique. De plus, la maîtrise de la langue française, en Égypte, semble être un facteur ayant influencé leur choix de destination migratoire et est utilisée pour exprimer des différences entre eux et certains Égyptiens. / Excision is a widespread practice in Egypt; it is considered one of the highest places of prevalence of excised women in the world (DHS, 2009). Since 1940, many Egyptians migrate to Canada (Hayani, 1999) and choose Montreal as their host city (Gouvernement du Québec, 2014). This exploratory research concerns evolution, or not, in Egyptian’s conceptions of excision, before and after their migration in Montreal. In a context of semi-structured interview, four Egyptian men and four Egyptian women shared their migratory journey and relative experience of excision. We can notice different point of view according to their socio demographic profiles and relations with their native country. They use cleavage to protect their religious or socioeconomics groups against any association with the practice of excision. Their use of French language, in Egypt, influences their choice of migratory destination and illustrates some differences between them and other Egyptians. Keywords:

Le mercure est présent dans l'environnement à cause de phénomènes naturels (volcans) ou des activités humaines (combustion de combustibles fossiles). Le mercure existe sous forme de mercure élémentaire (Hg0), ionique (HgII) ou organique tel le méthylmercure (MeHg). Ces diverses formes sont en flux constant les uns avec les autres dans le cycle biogéochimique naturel. De par leur grande hydrophobicité et leur capacité à pénétrer les membranes biologiques, les composés organomercuriels contituent la forme la plus toxique de mercure retrouvée dans l’environnement Des niveaux élevés de MeHg ont d’ailleurs été détectés dans la chaire de poissons de nombreuses régions du monde. Conséquemment, une consommation de produits de la mer contaminés représente un grave danger pour la santé humaine. Certaines bactéries isolées à partir d'environnements contaminés par le mercure ont évolué vers un système qui leur permet de convertir efficacement les composés mercuriels présents autant sous forme ionique qu’organique en un mercure élémentaire moins toxique. Cette résistance au mercure s’explique par l'acquisition d'un élément génétique connu sous le nom d’opéron mer. L’opéron mer code entre autre pour deux enzymes importants : la lyase organomercurielle MerB et la réductase mercurielle MerA. MerA catalyse la réduction du HgII conduisant à la formation du mercure élémentaire Hg0 qui est un composé volatile et moins toxique. MerB, quant à elle, catalyse la protonolyse de la liaison carbone-mercure de composés organomercuriels pour produire un composé réduit de carbone et du mercure ionique (HgII). Au vu des effets des organomercuriels et de la réduction de HgII, MerA et MerB sont considérés comme des enzymes clés pouvant servir à la biorestauration des cours d'eau contaminés par les organomercuriels. Une compréhension claire des détails mécanistiques de la façon dont MerA et MerB fonctionnent ensemble au niveau atomique est donc cruciale dans la mise en œuvre de biotechnologies implicant l’opéron mer dans les efforts de bioremédiation. Dans cette étude, nous avons utilisé la résonance magnétique nucléaire (RMN)et la cristallographie aux rayons X pour caractériser la structure et le mécanisme enzymatique de MerB de E. coli. Sur la base d’études structurales précédentes de MerB de E. coli, trois résidus (Cys96, Asp99 et Cys159) ont été identifiés comme constituant la triade catalytique nécessaire au clivage de la liaison carbone-Hg. En guise de suivi aux études antérieures, mon projet consiste d’abord à utiliser la cristallographie aux rayons X afin de définir les rôles de Cys96, Asp99 et Cys159 dans la liaison du substrat et dans le clivage. Deux approches ont été mises en œuvre pour atteindre cet objectif. Tout d'abord, les mutants MerB ont été testés pour définir le rôle des résidus catalytiques. Deuxièmement, les inhibiteurs de MerB et d'autres substrats non organicomercuriels potentiels ont été utilisés pour explorer le site actif de MerB. Une sérine se retrouve à la position de Asp99 dans quatre variants de MerB répertoriés chez les bactéries. Pour mieux comprendre le rôle de Asp99, nous avons comparé la sérine présente dans le variants MerB de Bacillus megaterium (MerB2) et introduit un variant D99S à la protéine MerB du type sauvage d’E. coli (MerB D99S). Nous avons pu constater que la forme purifiée de MerB D99S se caractérisait par une couleur rose après avoir visualisé sa structure cristalline aux rayons X, révélant la présence d'un métal lié au niveau de son site actif. Les analyses par spectrométrie de masse à plasma à couplage inductif (ICP-MS) et par fluorescence des rayons X indiquèrent que MerB D99S se liait au cuivre au niveau du site actif. En outre, les analyses par résonance paramagnétique électronique (EPR) et des études de RMN ont identifié la forme CuII du cuivre. L'addition de substrats organomercuriels a pu déplacer le CuII entrainant ainsi une diminution de l’activité catalytique de MerB D99S. En revanche, MerB2 n'a pu être co-purifié avec le cuivre, bien que la structure aux rayons X du complexe MerB2-Hg soit pratiquement identique à la structure du complexe MerB D99S-Hg. Ceci suggère que le résidu Asp99 est essentiel au clivage des liaisons carbone-Hg de composés organiques du mercure et dirige la spécificité de la liaison au métal. De plus, la liaison cuivre-MerB D99S propose un lien possible entre l'évolution de MerB et son homologue structural, la protéine NosL. Dans la seconde approche, nous nous sommes intéressés au site actif de MerB en testant sa liaison à des composés organostanniques et à des composés organoplombiques avec un inhibiteur de MerB connu sous le nom de triéthylétain (TET) qui se lie au résidu Asp99 sans s’associer aux cystéines du site actif. Une liaison similaire a été observée avec un autre inhibiteur à savoir le triméthylplomb (TML). Quant au diméthylétain (DMT), il inhibe MerB à l'aide d'un mécanisme alternatif en se liant d'abord à Asp99 puis à Cys96 conduisant à un changement critique dans le site actif perturbant ainsi l’interaction π-cation entre Trp95 et Arg155. D’autres inhibiteurs comme le diéthylétain (DET) et le diéthylplomb (DEL) ont été caractérisés comme étant un substrat de MerB où les deux groupes éthyle ont été clivés pour donner les produits ioniques SnIV PbIV qui se lient au site actif de manière similaire à HgII. DMT, DET et DEL présentent une affinité pour la liaison à MerB supérieure à celle de son substrat initial MeHg. Ces résultats suggèrent que les composés organomercuriels ne sont pas les seuls substrats pour MerB et Asp99 est le premier résidu à se lier aux composés organométalliques suivis de la liaison à Cys96 et Cys159. Ces observations suggèrent un agrandissement de l’éventail d'applications possibles pour MerB dans la bioremédiation de certains sites contaminés par des composés organométalliques tels les organoplombiques et organostanniques. Mot-clé: Organomercuriallyase, Merb, organoplombiques. Organostanniques, protéine de liaison cuivre, carbone liaison métallique clivage, méthylmercure, Organomercuriels, biorestauration, résonance magnétique nucléaire, la cristallographie aux rayons X. / Mercury is introduced into the environment from either natural occurrences (volcanoes) or from human activities (combustion of fossil fuels). Mercury exists as elemental mercury (Hg0), ionic mercury (HgII) or organic mercury like methylmercury (MeHg) and these forms are in constant flux with each other as part of the natural biogeochemical cycle. Organomercurial compounds like MeHg are the most toxic form because of their hydrophobicity and their ability to efficiently permeate membranes and bioaccumulate in organisms. High levels of MeHg have been found in fish in many areas around the world, and therefore human consumption of contaminated seafood represents a serious danger for human health. Bacteria isolated from mercury-contaminated environments have evolved a system that allows them to efficiently convert both ionic and organic mercury compounds to the less toxic elemental mercury. The mercury resistance is due to the acquisition of a transferable genetic element known as the mer operon. The mer operon encodes for several proteins including two enzymes, the organomercurial lyase MerB and the mercuric ion reductase MerA. MerB catalyzes the protonolysis of the carbon-mercury bond of organomercurial compounds to produce a reduced-carbon compound and inorganic ionic mercury HgII. MerA catalyzes the reduction of HgII to elemental mercury Hg0, which is volatile and less toxic. Due to their ability to cleave MeHg and reduce the resulting HgII product, MerB and MerA are considered crucial to bioremediation efforts to clean up MeHg from contaminated waterways. A clear understanding of the mechanistic details of how MerB and MerA function together at the atomic level is crucial for appropriate utilization of the mer system in bioremediation efforts. We have been using nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy and X-ray crystallography to structurally and mechanistically characterize E. coli MerB. Based on previous structural studies of E. coli MerB, three residues (Cys96, Asp99 and Cys159) have been identified as a catalytic triad which is required for carbon-Hg bond cleavage. As a follow up to the earlier studies, my project involves using X-ray crystallography to define the roles of Cys96, Asp99 and Cys159 in substrate binding and cleavage. Two different approaches were implemented to fulfill this goal. Firstly, MerB mutants were tested to define the role for the catalytic residues. Secondly, MerB inhibitors and other potential non-organomercurial substrates were used to probe MerB active site. The Cys,-Asp-Cys catalytic triad found in E.coli MerB is conserved in all MerB variants except four variants where aspartic acid is replaced by a serine. To understand the role of Asp99, we compared a serine-containing MerB variant (Bacillus megaterium MerB2) and an E. coli MerB mutant (MerB D99S) to wild type E. coli MerB. Interestingly, the purified MerB D99S protein was found to contain a pink color. X-ray crystal structure indicated the presence of a bound metal in the active site of MerB D99S. Analysis by inductively coupled plasma mass spectrometry (ICP-MS) and X-ray fluorescence indicated that MerB D99S binds copper in the active site. Further, electron paramagnetic resonance (EPR) and NMR studies identified the copper as CuII. Addition of organomercurial substrate displaces bound CuII but MerB D99S shows diminished catalytic activity. In contrast, MerB2 did not co-purify with copper although the X-ray structure of MerB2-Hg complex is virtually identical to the structure of the MerB D99S-Hg. This suggests that the aspartic acid residue is crucial for the cleavage of carbon-Hg bonds of organomercurials as well as metal-binding specificity. Furthermore, the binding of copper to the MerB D99S protein suggests a possible evolutionary link between MerB and its structural homolog, the copper-binding protein NosL. In the second approach, we probed the active site of MerB through testing its binding to organotin and organolead compounds. The known MerB inhibitor triethyltin (TET) binds to Asp99 without binding to any of the active site cysteines. A similar binding has been observed with trimethylead (TML). Dimethyltin (DMT) inhibits MerB using an alternative mechanism. It first binds to Asp99 then Cys96, which induces a dramatic change in the active site by disrupting a cation-π interaction between Try95 and Arg155. In contrast, diethyltin (DET) and diethylead (DEL) were found to be substrates for MerB, where both ethyl groups were cleaved and the SnIV and PbIV products bound to the active site in a similar manner to HgII. DMT, DET and DEL show higher binding affinity to MerB than its initial substrate MeHg. These results suggest that organomercurials may not be the only substrates for MerB and Asp99 is the first residue to bind to organometals followed by subsequent binding to Cys96 and Cys159. In addition, these observations suggest that there are other possible applications for employing MerB in bioremediation of organolead and organotin contaminated sites while other organometals may have implications when using MerB in bioremediation systems. Keyword: Organomercuriallyase, MerB, Organolead. Organotin, Copper binding protein, Carbon metal bond cleavage, Methylmercury, Organomercuriels, Bioremédiation, Nuclear magnetic resonance, X ray crystallography.

Résumé: Chaque année, les épidémies saisonnières d’influenza causent de 3 à 5 millions de cas sévères de maladie, entraînant entre 250 000 et 500 000 décès mondialement. Seulement deux classes d’antiviraux sont actuellement commercialisées pour traiter cette infection respiratoire : les inhibiteurs de la neuraminidase, tels que l’oseltamivir (Tamiflu) et les inhibiteurs du canal ionique M2 (adamantanes). Toutefois, leur utilisation est limitée par l’apparition rapide de résistance virale. Il est donc d’un grand intérêt de développer de nouvelles stratégies thérapeutiques pour le traitement de l’influenza. Le virus influenza dépend de l’activation de sa protéine de surface hémagglutinine (HA) pour être infectieux. L’activation a lieu par clivage protéolytique au sein d’une séquence d’acides aminés conservée. Ce clivage doit être effectué par une enzyme de l’hôte, étant donné que le génome du virus ne code pour aucune protéase. Pour les virus infectant l’humain, plusieurs études ont montré le potentiel de protéases à sérine transmembranaires de type II (TTSP) à promouvoir la réplication virale : TMPRSS2, TMPRSS4, HAT, MSPL, Desc1 et matriptase, identifiée récemment par notre équipe (Beaulieu, Gravel et al., 2013), activent l’HA des virus influenza A (principalement H1N1 et H3N2). Toutefois, il existe peu d’information sur le clivage de l’HA des virus influenza B, et seulement TMPRSS2 et HAT ont été identifiées comme étant capables d’activer ce type de virus. Les travaux de ce projet de maîtrise visaient à identifier d’autres TTSP pouvant activer l’HA de l’influenza B. L’efficacité de clivage par la matriptase, hepsine, HAT et Desc1 a été étudiée et comparée entre ces TTSP. Ces quatre protéases s’avèrent capables de cliver l’HA de l’influenza B in vitro. Cependant, seul le clivage par matriptase, hepsine et HAT promeut la réplication virale. De plus, ces TTSP peuvent aussi supporter la réplication de virus influenza A. Ainsi, l’utilisation d’un inhibiteur de TTSP, développé en collaboration avec notre laboratoire, permet de bloquer significativement la réplication virale dans les cellules épithéliales bronchiques humaines Calu-3. Cet inhibiteur se lie de façon covalente et lentement réversible au site actif de la TTSP par un mécanisme slow tight-binding. Puisque cet inhibiteur cible une composante de la cellule hôte, et non une protéine virale, il n’entraîne pas le développement de résistance après 15 passages des virus en présence de l’inhibiteur dans les cellules Calu-3. L’inhibition des TTSP activatrices d’HA dans le système respiratoire humain représente donc une nouvelle stratégie thérapeutique pouvant mener au développement d’antiviraux efficaces contre l’influenza. / Abstract: Seasonal influenza epidemics cause between 3 and 5 millions severe cases of disease, leading to 250 000 to 500 000 deaths worldwide. Only two classes of drugs are currently available to treat influenza infections: neuraminidase inhibitors, such as oseltamivir (Tamiflu) and M2 channel inhibitors (adamantanes). However, the use of these antivirals is restricted by rapid emergence of viral resistance. It is therefore of great interest to develop new therapeutic strategies for the treatment of influenza disease. The influenza virus requires activation of its surface protein hemagglutinin (HA) to become infectious. This activation is achieved by proteolytic cleavage in a highly conserved amino acid sequence of the protein. Host cell proteases are responsible for this cleavage since the viral genome doesn’t encode any protease. For viruses that infect humans, many studies have shown the potential of type II transmembrane serine proteases (TTSP) to promote viral replication: TMPRSS2, TMPRSS4, HAT, MSPL, Desc1 and matriptase, recently identified by our team (Beaulieu, Gravel et al., 2013), activate HA of influenza A viruses (mainly H1N1 and H3N2). However, little is known about cleavage of influenza B virus HA, and only TMPRSS2 and HAT have been identified as being capable of activating this type of virus. This project aimed to identify other TTSPs able to activate influenza B HA. Cleavage efficacies of matriptase, hepsin, HAT and Desc1 were studied and compared. These four proteases were shown to be able to cleave influenza B HA using in vitro assays. However, only cleavage by matriptase, hepsin and HAT promoted viral replication. Moreover, these TTSPs also supported the replication of influenza A viruses. Thus, the use of a slow, tight-binding inhibitor (developed in collaboration with our laboratory) that binds to the TTSP active site, forming a covalent and reversible bond, significantly blocked viral replication in human bronchial epithelial Calu-3 cells. Since this inhibitor targets a host cell component, instead of a viral protein, viruses did not develop resistance after 15 passages in presence of the inhibitor in Calu-3 cells. Thus, inhibition of HA-activating TTSPs in the human respiratory tract represents a novel therapeutic strategy against influenza.

Les autotransporteurs monomériques, appartenant au système de sécrétion de type V, correspondent à une famille importante de facteurs de virulence bactériens. Plusieurs fonctions, souvent essentielles pour le développement d’une infection ou pour le maintien et la survie des bactéries dans l’organisme hôte, ont été décrites pour cette famille de protéines. Malgré l’importance de ces protéines, notre connaissance de leur biogenèse et de leur mécanisme d’action demeure relativement limitée. L’autotransporteur AIDA-I, retrouvé chez diverses souches d’Escherichia coli, est un autotransporter multifonctionnel typique impliqué dans l’adhésion et l’invasion cellulaire ainsi que dans la formation de biofilm et d’agrégats bactériens. Les domaines extracellulaires d’autotransporteurs monomériques sont responsables de la fonctionnalité et possèdent pratiquement tous une structure caractéristique d’hélice β. Nous avons mené une étude de mutagenèse aléatoire avec AIDA-I afin de comprendre la base de la multifonctionnalité de cette protéine. Par cette approche, nous avons démontré que les domaines passagers de certains autotransporteurs possèdent une organisation modulaire, ce qui signifie qu’ils sont construits sous la forme de modules fonctionnels. Les domaines passagers d’autotransporteurs peuvent être clivés et relâchés dans le milieu extracellulaire. Toutefois, malgré la diversité des mécanismes de clivage existants, plusieurs protéines, telles qu’AIDA-I, sont clivées par un mécanisme qui demeure inconnu. En effectuant une renaturation in vitro d’AIDA-I, couplée avec une approche de mutagenèse dirigée, nous avons démontré que cette protéine se clive par un mécanisme autocatalytique qui implique deux acides aminés possédant un groupement carboxyle. Ces résultats ont permis la description d’un nouveau mécanisme de clivage pour la famille des autotransporteurs monomériques. Une des particularités d’AIDA-I est sa glycosylation par une heptosyltransférase spécifique nommée Aah. La glycosylation est un concept plutôt récent chez les bactéries et pour l’instant, très peu de protéines ont été décrites comme glycosylées chez E. coli. Nous avons démontré que Aah est le prototype pour une nouvelle famille de glycosyltransférases bactériennes retrouvées chez diverses espèces de protéobactéries. La glycosylation d’AIDA-I est une modification cytoplasmique et post-traductionnelle. De plus, Aah ne reconnaît pas une séquence primaire, mais plutôt un motif structural. Ces observations sont uniques chez les bactéries et permettent d’élargir nos connaissances sur la glycosylation chez les procaryotes. La glycosylation par Aah est essentielle pour la conformation d’AIDA-I et par conséquent pour sa capacité de permettre l’adhésion. Puisque plusieurs homologues d’Aah sont retrouvés à proximité d’autotransporteurs monomériques putatifs, cette famille de glycosyltranférases pourrait être importante, sinon essentielle, pour la biogenèse et/ou la fonction de nombreux autotransporteurs. En conclusion, les résultats présentés dans cette thèse apportent de nouvelles informations et permettent une meilleure compréhension de la biogenèse d’une des plus importantes familles de protéines sécrétées chez les bactéries Gram négatif. / Monomeric autotransporters, a family of proteins that use the type V secretion pathway, are important mediators of virulence for many bacterial pathogens. Many functions important for host colonization and survival have been described for these proteins. Despite the recognized importance of this family of proteins, the mechanisms that are required for the biogenesis and functionality of monomeric autotransporters still remain poorly understood. The Escherichia coli adhesin involved in diffuse adherence (AIDA-I) is a classical multifunctional autotransporter protein that mediates bacterial aggregation and biofilm formation, as well as adhesion and invasion of cultured epithelial cells. Extracellular domains of autotransporters are responsible for the protein function and fold into a characteristic β-helical structure. We performed a random mutagenesis of the AIDA-I passenger domain in order to identify regions involved in the various phenotypes associated with the expression of this protein. Our study suggests that the passenger domain of AIDA-I possesses a modular organization, which means that AIDA-I is built with individual functional modules. Autotransporter passenger domains can be cleaved from the β-domain and released into the extracellular milieu. However, despite the fact that diverse cleavage mechanisms have been previously described, many autotransporters, like AIDA-I, are cleaved by an unknown mechanism. By monitoring the in vitro refolding and cleavage following by site-directed mutagenesis, we showed that AIDA-I processing is an autocatalytic event that involves two acidic residues. Our results unveil a new mechanism of auto-processing in the autotransporter family. AIDA-I is one of the few glycosylated proteins found in Escherichia coli. Glycosylation is mediated by a specific heptosyltransferase encoded by the aah gene, but little is known about the role of this modification and the mechanism involved. Our findings suggest that Aah represents the prototype of a new large family of bacterial protein O-glycosyltransferases that modify various substrates recognized through a structural motif. Furthermore, we showed that glycosylation occurs in the cytoplasm by a cotranslational mechanism. These observations are unique in bacteria and represent a significant advance in our comprehension of prokaryotic glycosylation. We also showed that glycosylation is required to ensure a normal conformation of AIDA-I and, as a consequence, is necessary for its cell-binding function. The finding that other autotransporters or large adhesin-encoding genes are linked to Aah homologue-encoding genes suggests that glycosylation may be important, if not essential, for the function of these proteins, as for AIDA-I. In conclusion, the results presented in this thesis bring new information about the autotransporter family and also give new insight into the mechanisms that are important for different aspects of the biogenesis of monomeric autotransporters.

A newly discovered cysteine protease, Prp, has been shown to perform an essential, site-specific cleavage of ribosomal protein L27 in Staphylococcus aureus. In Firmicutes and related bacteria, ribosomal protein L27 is encoded with a conserved N-terminal extension that must be removed to expose residues critical for ribosome function. Uncleavable and pre-cleaved variants were unable to complement an L27 deletion in S. aureus, indicating that this N-terminal processing event is essential and likely plays an important regulatory role. The gene encoding the responsible protease (prp) has been shown to be essential, and is found in all organisms encoding the N-terminal extension of L27. Cleavage of L27 by Prp represents a new target for potential antibiotic therapy. In order to characterize this protease, Prp has been overexpressed and purified. Using an assay we have developed, based on cleavage of a fluorogenic peptide derived from the conserved L27 cleavage sequence, we have undertaken an analysis of the enzyme kinetics and substrate specificity for Prp cleavage and tested predictions made based on a structural model using active-site mutants.

Dans un contexte de raréfaction des ressources pétrolières et de pressions environnementales, l’industrie chimique a besoin d'innover en développant de nouvelles filières destinées à l'élaboration de bioproduits, à partir de matières premières d'origine végétale. Les acides gras insaturés obtenus à partir des huiles végétales, constituent ainsi une ressource renouvelable à fort potentiel permettant de diversifier les approvisionnements d'origine pétrolière. Notre intérêt s'est porté sur la réaction de scission oxydative d’acides gras insaturés pour conduire à des monoacides et diacides à chaînes courtes et impaires, peu ou pas disponibles à l’état naturel. Ce type de chaînes hydrocarbonées est recherché dans l’industrie, car elles possèdent des propriétés spécifiques, mais elles ne sont actuellement produites qu'à partir de ressources fossiles. L'objectif était donc de mettre au point un procédé de clivage oxydatif performant, moins onéreux et moins polluant que l’ozonolyse, le seul procédé industriel opérationnel. Les conditions oxydantes sélectionnées font appel à l’eau oxygénée en tant qu’oxydant, associée à un catalyseur de transfert de phase, sans avoir recours à un solvant organique. Plusieurs catalyseurs de transfert de phase Q3{PO4[WO(O2)2]4} ont été préparés à partir de l’acide tungstophosphorique, d’eau oxygénée et d'un sel d’ammonium quaternaire (Q+,Cl-), afin de comparer leur efficacité à transférer l'oxygène vers le substrat en phase organique. Une optimisation des paramètres réactionnels a été effectuée avec le catalyseur le plus performant. De plus, deux protocoles ont été mis au point, pour la préparation in-situ du catalyseur et pour sa récupération en fin de réaction. Le procédé a été généralisé à des dérivés d’acides gras dans le but d’obtenir d'autres acides à chaînes courtes, répondant à une large gamme d'applications. Le gain environnemental lié à ce nouveau procédé a été évalué par le calcul d’indicateurs verts. Afin d’envisager un recyclage plus aisé du catalyseur, l’anion oxodiperoxotungstate {PO4[WO(O2)2]4}3-, l’espèce active du catalyseur, a été supporté sur des résines échangeuses d’anions. Deux types de résines macroporeuses ont été testées : des résines commerciales (Amberlite IRA 900 et Lewatit K7367) et des résines modifiées (type Merrifield). Nous avons montré que ces dernières conduisent à de meilleurs rendements de scission oxydative de l’acide oléique que les résines commerciales, et ce, malgré la présence de solvants. Cependant, l’immobilisation de l’anion oxodiperoxotungstate sur les résines commerciales a permis la synthèse en une seule étape d’acétals, composés présentant un grand intérêt pour la synthèse de dérivés à haute valeur ajoutée. En utilisant l’acétone, à la fois comme réactif et solvant, nous avons obtenu de bons rendements en cétal. De plus, la réaction d’acétalisation « one-pot » de l’acide oléique a pu être étendue à d’autres solvants (alcools), offrant la possibilité de synthétiser un large panel d’acétals. Le procédé développé est particulièrement intéressant car il conduit directement à la synthèse d’acétals ou de cétals à partir d’un acide gras insaturé biosourcé, en évitant les étapes de réactions intermédiaires. / In a context of scarce oil resources and environmental pressures, the chemical industry needs to innovate by developing new production chains aiming the design of bioproducts from biobased raw materials. Unsaturated fatty acids derived from vegetable oils, thus represents renewable resources with a great potential, allowing to diversify petroleum based supplies. Our interest is focused on the oxidative cleavage reaction of unsaturated fatty acids to yield mono-acids and di-acids with shorter and odd hydrocarbon chains, which are not available at a natural state. Such hydrocarbon chains are attractive for industry because they meet specific properties. But, they are currently only produced from fossil resources. Therefore, the objective was to develop an efficient method for oxidative cleavage, less expensive and less polluting than ozonolysis, the only operational industrial process. The selected oxidizing conditions employs hydrogen peroxide as oxidant, together with a phase transfer catalyst, without using an organic solvent. Several phase transfer catalysts Q3{PO4[WO(O2)2]4} were prepared from tungstophosphoric acid, hydrogen peroxide and a quaternary ammonium salt (Q+,Cl-), in order to compare their effectiveness in transferring oxygen to the substrate in the organic phase. An optimization of reaction parameters was carried out with the most performing catalyst. In addition, two protocols have been developed for the in-situ preparation of the catalyst and its recovery after reaction. The method was extended to fatty acids derivatives, in order to obtain other short chain acids, having a wide range of applications. The environmental benefits associated with this new method were evaluated by calculating green indicators. To consider an easier recycling of the catalyst, the oxodiperoxotungstate anion {PO4[WO(O2)2]4}3-, the active species of the catalyst was supported on anion-exchange resins. Two types of macroporous resins were tested: commercial resins (Amberlite IRA 900 and Lewatit K7367) and modified resins (type Merrifield). We showed that the modified resins, lead to the oxidative cleavage of oleic acid with higher yields than commercial ones, despite the presence of solvent. However, the immobilisation of the oxodiperoxtungstate anion on commercial resins allows the one-step synthesis of acetals, compounds of great interest for the synthesis of derivatives with a high added value. Using acetone as both reagent and solvent, we obtained good yields in ketal. Furthermore, the "one-pot" acetalization reaction of oleic acid was extended to other solvents (alcohols) as an opportunity to synthesize a wide range of acetals. The developed process is particularly interesting as it leads to the direct synthesis of ketal or acetals from an unsaturated fatty acid, avoiding the intermediate reaction steps

Ce travail de thèse propose d’approfondir la compréhension de l’anorexie de l’adolescente à partir d’une méthodologie projective (Rorschach et T.A.T.).Il révèle notamment la présence d’une instabilité des frontières du Moi et un dépassement insuffisant des conflits prégénitaux venant influer sur la construction du féminin et favoriser le recours à des défenses de type phalliques narcissiques permettant d’éviter tout autant le vécu de séparation que celui de dépendance.Ce travail met par ailleurs en évidence un traitement singulier des fantasmes de séduction marqué par un renversement de la construction hystérique, l’insuffisance du refoulement et l’impossibilité à investir une position passive venant entraîner un vécu spécifique marqué par une exacerbation des angoisses persécutives qui paraît liée au caractère insuffisamment sécurisé des frontières propres et à la difficulté de régulation de l’excitation pulsionnelle.Dans son approche différentielle, ce travail révèle également chez les patientes présentant un profil restrictif une plus grande efficience des défenses narcissiques en comparaison des patientes présentant un tableau d’anorexie-boulimie où la problématique de porosité des enveloppes et les difficultés de maniement pulsionnel se dévoilent davantage. Les problématiques mobilisées paraissent néanmoins semblables. L’apport de cette recherche se situe davantage dans la mise en évidence de mouvements de clivage au Moi pouvant conduire à deux types d’aménagements distincts venant s’exercer soit sur un mode persécutif, soit sur un mode adhésif, avec une influence sur le type de structuration psychique de ces adolescentes se révélant indépendante des formes symptomatiques tout en pouvant correspondre à deux temps distincts de la maladie. / This paper attempts to go further into female teen anorexia from the perspective of a projective methodology. It brings particularly to light the presence of a blurred frontier of the Ego and an insufficient expansion of pregenital conflicts which affects the construction of the feminine and facilitates resorting to a narcissistic phallic type of defense which helps avoid the experience of separation as much as that of dependency.This paper brings further to light a particular handling of seduction fantasies marked by a reversal of hysterical construction, insufficient repression and the impossibility to invest a passive position. This leads to a specific real life experience marked by an exacerbation of persecution anxiety which seem to be linked to both the insufficiently secured nature of instinctive excitation and the difficulty to regulate it. From its differential approach, this paper also highlights a better efficiency of narcissist defense in those female patients presenting a restrictive profile compared with those presenting anorexia-bulimia stigmas where porosity of envelopes and difficulty of handling drive are more apparent. However, the issues raised appear to be similar.This research paper brings brings further highlight to the cleavage process phenomenon in the Ego leading of anorectic patients to two distinctive types of psychic adjustments which expresses itself either on a persecution mode or adhesive one. This in turn has an influence on the type of psychic structures in female teens which turn out to be independent from symptomatic forms while they may at the same time correspond to two different stages of the illness.