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O ocaso da noção de combinatória do Tractatus / How the notion of rules came to occupy the place of truthfunction calculusAvendano, Diego de Souza 21 November 2016 (has links)
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Previous issue date: 2016-11-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The aim of this dissertation is outline the course by which the concept of rule "arises" in Wittgenstein's thought. I shall consider that the origin of the approach to the concept of "rule" lies in the rapid development of the author's thinking between 1929-1934. His immediate problem was to remedy the glaring error, presented by Ramsey, on the Tractarian remarks about the logical necessity. In order to correct this error, Wittgenstein introduces two major innovations with which he believes that can solve the problem and still preserve the rigid tractarian demarcation between logical truth and empirical truth. First, he will replace the combinatorial model underlying the natural language that prevailed in the Tractatus by a conception which he describes as a system of propositions (Satzsysteme), in which language would be considered as a complex system of autonomous propositional calculi. This change make possible preserves the thesis that all necessity is a logical necessity, however, it will be necessary to abandon the referential conception of meaning and the logical independence of elementary propositions. Thus, our proposal in this dissertation is to establish all aspects of the Tractarian philosophy that precede and sustain the proposal of language as correspondence, emphasizing that the abandonment shall result in changes such as: 1) a word has its meaning only in the context of its propositional system; 2) the meaning of any word is the totality of the rules governing its use in this system; 3) The meaning of a proposition is the method of its verification. Finally, in order to understand the context of these changes, it seems to be the case, that in one hand, we need to establish the essence and general form of the proposition in the Tractatus, and thereby elucidate some aspects of what are the essential traits of language and the world; On the other, to establish the limits and the scope of analysis, so we can understand its mutation outlined in accordance with the new criterion of sense – the rules – since what counts as the object of analysis will not be determined by a general form, but displayed by a “possible calculus”. / Em minha dissertação buscarei esboçar o percurso pelo qual o conceito de regra “surge” no pensamento de Wittgenstein. Irei considerar que a origem da abordagem do conceito de “regra” encontra-se no rápido desenvolvimento do pensamento do autor entre 1929 – 1934. Nesta época, seu problema imediato era remediar o erro das considerações Tractarianas acerca da necessidade lógica apresentado por Ramsey. Para corrigir este erro, Wittgenstein introduz duas inovações com as quais ele acredita poder resolver o problema e, ainda, preservar a rígida demarcação tractariana entre verdade lógica e verdade empírica. Primeiro, ele irá substituir o modelo único de cálculo subjacente à linguagem natural que imperava no Tractatus por uma concepção que ele descrever
como sistema de proposições (Satzsysteme), no qual a linguagem seria vista como um complexo emaranhado de sistemas proposicionais autônomos, cada qual constituindo um espaço lógico distinto. Desta maneira, ele preserva a tese de que toda necessidade é uma necessidade lógica, contudo, será preciso abandonar a concepção referencial de significado e a independência lógica das proposições elementares. Assim, nossa proposta nesta dissertação é estabelecer todos os aspectos da filosofia do Tractatus que antecedem e fundamentam a proposta da linguagem enquanto correspondência, enfatizando que o abandono desta última resulta em mudanças como: 1) uma palavra só tem significado no contexto do seu sistema proposicional; 2) o significado de uma palavra qualquer é a totalidade das regras que governam seu uso neste sistema; 3) o sentido de uma proposição é o método de sua verificação. Por fim, para que possamos compreender o contexto dessas mudanças, parece ser o caso de, por um lado, estabelecer a essência e a forma geral da proposição no Tractatus e, com isso, elucidar alguns aspectos do que, segundo o autor, são traços essências da linguagem e do mundo; por outro, estabelecer os limites do âmbito da análise, para que possamos compreender a sua mutação esboçada em conformidade com o novo critério do sentido, as regras, pois o que conta como objeto de análise será menos determinado por uma forma geral e mais exibido por um “cálculo” possível.
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Análise Combinatória: teoria e aplicações para o ensino básicoPassos, Gilvan da Silva, 92992831239 28 March 2018 (has links)
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Previous issue date: 2018-03-28 / This work aims to study combinatorial analysis, which is an important branch of mathematics which is not usually subtly treated and through many years was teached as the mechanical memorization, leaving aside the learning process, self-learning and logical construction. It is important to emphasize the application of combinatorial analysis in set theory and probabilities theory that are often present in problem solving. It is necessary to present to our students the potential and beauty of the logical construction of ideas of combinatorial analysis, not excluding formulas applications, that can be used when the concepts and structure is well assimilated. We present counting methods beyond those used in basic education such as repetition chaotic permutations combinations, inclusion and exclusion principles, Kaplansky and Dirichlet lemmas, but we also highlight basic methods such as simple arrangements, simple combinations, and simple permutations. Beyond that, we present a generalization of the factorial numbers through the Gamma function besides olympics problems resolutions. / Este trabalho tem por objetivo estudar Análise Combinatória, que é um importante ramo da matemática que normalmente não é tratado com sutileza e transmitida ao longo dos anos através de memorização mecânica deixando o processo aprendizagem, auto-aprendizagem e construção lógica de lado. É importante enfatizar a aplicação da Análise Combinatória nas teorias dos conjuntos e teoria das probabilidades que muitas vezes se fazem presentes nas resoluções de problemas. Se faz necessário apresentar para nossos alunos o potencial e a beleza da construção lógica de ideias que a Análise Combinatória proporciona não excluindo as aplicações de fórmulas mas que elas possam ser usadas quando os conceitos e a estrutura forem bem assimiladas. Apresentamos métodos de contagem além dos usados no ensino básico como permutações caóticas combinações com repetição, princípio da inclusão e exclusão, lemas de Kaplansky e de Dirichlet mas também destacamos os métodos básicos como arranjos simples, combinações simples e permutações simples. Além disso, para apresentamos uma generalização dos números fatoriais definida pela função Gama e resoluções de problemas de olimpíadas.
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Modelos teóricos e algoritmos para a otimização da alocação de canais em redes móveis sem fioDias, Bruno Raphael Cardoso 20 March 2014 (has links)
Submitted by Geyciane Santos (geyciane_thamires@hotmail.com) on 2015-06-18T15:59:03Z
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Previous issue date: 2014-03-20 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The channel allocation problem is addressed, where, as a wireless mobile network
with transmission antennas distributed in the region of interest and one or more given track limited frequency discretized broadcast channels, is to promote allocation of such channels by the antennas in such a way to meet the demand for calls optimizing the use of resources, which in this case prioritized to optimize the use of channels allocated in an optimization problem Min-Max distribution channel - the Span -, where the highest allocated channel must be as small as possible. This problem has a increasingly important given the large demand growth and limiting technological resources of communication involved. The approach to the problem is Optimization Combinatorics and related fields. Therefore, a literature study is presented on the topic, focusing on mobile phones and networks based on cognitive radio networks. The From this, it is proposed new theoretical model for the problem representation using special stains on graphs, task scheduling on parallel machines resource constraints and geometry distances with constraint programming, and possible to identify specific characteristics of some application scenarios of the problem general. Based on these models, the developed algorithms are presented and implemented, and approximate methods based on local search with emphasis on meta-heuristic simulated annealing, and exact methods, involving branch-and-cut with IBM / ILOG CPLEX tool and, finally, hybrid methods, prune-branch-and-bound. The computational experiments are presented with a comparative analysis
of performance, either using classical literature instances, as set Philadelphia and its variants as well as artificial instances proposals to cover variants discussed, as well as larger involving network 70 to to 150 stations. The results validate the proposed theoretical models and algorithms developed and implemented, since, equal or better results to the literature were obtained with several great solutions proven, beyond theoretical discussion and variants proposals believed to strengthen the understanding of the problem and the related literature / O problema de alocação de canais é abordado, onde, dado uma rede móvel sem fio com antenas de transmissão distribuídas na região de interesse e dada uma ou mais faixa de frequência limitada discretizada em canais de transmissão, consiste em promover uma alocação de tais canais pelas antenas de tal modo a atender as chamadas em demanda otimizando o uso dos recursos, que neste caso priorizou-se a otimização do uso dos canais alocados, em um problema de otimização Min-Max da distribuição dos canais - o span -, onde o maior canal alocado deve ser o menor possível. Tal problema possui uma
importância cada vez maior dado o grande crescimento da demanda e a limitação dos recursos tecnológicos de comunicação envolvidos. A abordagem ao problema é de Otimização
Combinatória e áreas afins. Sendo assim, é apresentado um estudo da literatura sobre o tema, com enfoque em redes celulares e redes baseadas em rádios cognitivos. A partir disto, propõe-se novos modelos teóricos para representação do problema utilizando colorações especiais em grafos, escalonamento de tarefas em máquinas paralelas com restrições de recursos e geometria de distâncias com programação por restrições, sendo possível identificar características específicas de alguns cenários de aplicação do problema geral. Com base em tais modelos, são apresentados os algoritmos desenvolvidos
e implementados, sendo métodos aproximados, baseados em busca local com ênfase na meta-heurística simulated annealing, e métodos exatos, envolvendo branch-and-cut com a ferramenta IBM/ILOG CPLEX e, por fim, métodos híbridos, branch-prune-and-bound. Os experimentos computacionais realizados são apresentados com uma análise comparativa de desempenho, usando tanto instâncias clássicas da literatura, como o conjunto Philadelphia e suas variantes, como também instâncias artificiais propostas para contemplar variantes abordadas, bem como de maior tamanho, envolvendo redes entre 70 a 150 estações.
Os resultados obtidos validam os modelos teóricos propostos e os algoritmos desenvolvidos e implementados, uma vez que, resultados iguais ou melhores aos da literatura foram obtidos, com várias soluções ótimas comprovadas,além da discussão teórica e variantes propostas que se acredita robustecer o entendimento do problema e a literatura relacionada.
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k-árvores de custo mínimo / Minimum cost k-treesMarcio Takashi Iura Oshiro 11 June 2010 (has links)
Esta dissertação trata do problema da k-árvore de custo mínimo (kMST): dados um grafo conexo G, um custo não-negativo c_e para cada aresta e e um número inteiro positivo k, encontrar uma árvore com k vértices que tenha custo mínimo. O kMST é um problema NP-difícil e portanto não se conhece um algoritmo polinomial para resolvê-lo. Nesta dissertação discutimos alguns casos em que é possível resolver o problema em tempo polinomial. Também são estudados algoritmos de aproximação para o kMST. Entre os algoritmos de aproximação estudados, apresentamos a 2-aproximação desenvolvida por Naveen Garg, que atualmente é o algoritmo com melhor fator de aproximação. / This dissertation studies the minimum cost k-tree problem (kMST): given a connected graph G, a nonnegative cost function c_e for each edge e and a positive integer k, find a minimum cost tree with k vertices. The kMST is an NP-hard problem, which implies that it is not known a polynomial algorithm to solve it. In this dissertation we discuss some cases that can be solved in polynomial time. We also study approximation algorithms for the kMST. Among the approximation algorithms we present the 2-approximation developed by Naveen Garg, which is currently the algorithm with the best approximation factor.
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Técnicas de otimização combinatória multiobjetivo aplicadas na estimação do desempenho elétrico de redes de distribuição. / Multiobjective combinatorial optimization techniques applied on electrical performance estimation of distribution networks.Kleber Hashimoto 27 September 2004 (has links)
Neste trabalho são apresentadas contribuições para a estimação do desempenho elétrico na distribuição de energia elétrica, com implicações nos mais diversos problemas da operação e do planejamento da distribuição. Entende-se por desempenho elétrico, a avaliação dos parâmetros de congestionamento de redes, as perdas e o nível de tensão. A motivação deste trabalho está na agregação dos esforços advindos da campanha de medição compulsória das concessionárias de distribuição e da necessidade do órgão regulador de estabelecer parâmetros de avaliação do desempenho operacional das empresas, como previsto no documento intitulado Procedimentos da Distribuição da Aneel. A estimação do desempenho elétrico é formulada segundo um problema de otimização multiobjetivo onde as funções objetivo compõem uma avaliação de probabilidade de ocorrência e uma avaliação de proximidade dos parâmetros elétricos calculados com os valores obtidos por medição. Os valores das cargas são discretizados segundo probabilidades de ocorrência em cada intervalo, de modo que a formulação resulte em um problema de otimização combinatória multiobjetivo de dimensão exponencial. Propõe-se um procedimento de redução de rede, que diminua consideravelmente o espaço de decisões, e um procedimento de expansão de redes para recompô-la. Também são propostas heurísticas específicas para a obtenção de soluções com cargas diversificadas e desequilibradas. Para uma aplicação adequada destas heurísticas, propôs-se e aplicou-se um método evolucionário metaheurístico para composição das soluções factíveis, ordenadas de acordo com o conceito de dominância de Pareto. Para cada fronteira de dominância, ou conjunto de fronteiras, o aplicativo constrói a distribuição probabilística da corrente e fluxo de potência de cada trecho, o nível de tensão em todas as barras e as perdas técnicas totais do circuito. A formulação matemática de otimização é flexível o bastante para a aplicação prática, considerando os diversos estágios de implementação dos atuais sistemas supervisórios. O modelo evolucionário metaheurístico proposto foi aplicado para um caso ilustrativo evidenciando as suas potencialidades e os pontos a serem aprimorados. / This thesis aims at contributing for the estimation of electrical performance in the distribution of electrical energy. Electrical performance is assumed to be the evaluation of network congestion parameters, losses and voltage level. The development of this work was impelled due to distribution utilities compulsory measurement permanent campaigns, and due to the need of the regulatory agency in establishing operational performance standards, as stated in the Distribution Code of Aneel, the Brazilian Energy Regulatory Agency. The electrical performance estimation is formulated according to an optimization problem where the objective functions correspond to an evaluation of occurrence probability, and correspond to a proximity evaluation of calculated parameters with values obtained by measurement as well. Load values are discretized according to ocurrence probabilities within each interval, so that formulation results in a multiobjective combinatorial optimization of exponential dimension. Network reduction procedures to substantially reduce Decision Domain and network expansion procedures to recompose it are proposed. Specific heuristics are also proposed to get solutions with load diversity and unbalanced loads. In order to adequately apply these heuristics, a metaheuristic evolutionary method to build feasible solutions is proposed and applied, and ranked according to Pareto´s concept. For each dominance frontier or group of frontiers, the application builds the probabilistic: current and load flow distribution of for each branch, voltage level for each bar and circuit technical losses. The mathematical formulation of optimization is flexible enough to be effectively applied taking into account different levels of supervisory systems developed in the utilities. The metaheuristic evolutionary model proposed was applied to a representative case with main potentialities and weak points to be improved.
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Desempenho do algoritmo genético com iteração retroviral para otimização de funções com representação real / Performance evaluation of genetic algorithm with retroviral iteration for real-valued functions optimizationFRANCO, Dielle da Silva Corrêa 30 June 2015 (has links)
Submitted by camilla martins (camillasmmartins@gmail.com) on 2017-03-27T12:02:05Z
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Previous issue date: 2015-06-30 / A ideia da infecção viral vem sendo utilizada nos Algoritmos Genéticos (AG) para melhorar a taxa de busca dos algoritmos, superando a convergência prematura por meio do controle da diversidade da população, visto que na natureza a recombinação genética por vírus apresenta alta velocidade de replicação e frequente mutação. [Romano 2009].
A meta-heurística denominada AGRI adotou como fonte de inspiração biológica a família retroviridae, cujos vírus são baseados em RNA e atendem à necessidade de maior variação alélica do AG, visto que o RNA não possui os mecanismos de correção em seu genoma para eliminar o material viral recombinado.
Neste algoritmo, os vírus são tratados como uma população separada da população de indivíduos. A cada infecção, o material genético viral é transmitido verticalmente entre os hospedeiros difundindo trechos de soluções dos vírus com melhor desempenho por toda população.
A diversidade viral é mantida por meio de um mecanismo que substitui todos o vírus fora da taxa de elitismo viral. Nessa técnica, a população viral evolui junto com a população cromossômica, pois os vírus ineficientes são criados a partir do material genético dos indivíduos mais adaptados e de outros genes novos.
O AGRI segue os princípios biológicos em vários aspectos da infecção e multiplicação viral. Por exemplo: cria a primeira população viral sem o material genético da população somática; escolhe aleatoriamente os vírus que irão infectar um indivíduo, possibilitando que parte da população nunca seja infectada por alguns vírus e que certos vírus infectem mais indivíduos. Além disso, a partir da segunda geração do AG, os vírus substituídos são criados com material genético de dois indivíduos, e tem diferentes quantidades de genes.
Nesta abordagem, a maximização do espaço de busca é realizado utilizando três mecanismos: alta variabilidade genética da população viral com tamanhos diferentes dos trechos de soluções; efetivação da infecção apenas quando há um aumento no fitness do indivíduo; e possibilidade de um indivíduo ser infectado por quaisquer dos vírus da população viral.
Para analisar o efeito dos parâmetros da infecção viral do AGRI e seu desempenho em comparação com outras meta-heurísticas bem conceituadas, as seguintes funções de benchmarking relacionadas com problemas de minimização foram selecionadas: F1
(Shifted Sphere Function), F2 (Shifted Schwefel’s Problem), F3 (Shifted Rotated High Conditioned Elliptic Function) e F5 (Schwefel’s Problem 2.6 with Global Optimum on Bounds).
Os resultados mostraram que para funções unimodais propostas, o AGRI tem boa performance em comparação com as outras meta-heurísticas selecionadas podendo alcançar o ótimo global ou boas soluções com poucas iterações. / Viral Infection is used to improve the performance in Genetic Algorithms (GA) by reducing premature convergence through the population diversity control, since viruses presents high replication and mutation rates in the nature.
The metaheuristic called AGRI is inspired biologicaly in a viruses family based on RNA, which provide a high allelic variation to GA, since RNA doesn’t have genoma correction mechanisms to remove re-combined viral genetic material .
In this algorithm, the viruses are a separate population. To each infection, the better performance viruses genomes are transmitted vertically spreading parts of solutions to GA population.
The diversity viral is maintained through a mechanism that substitutes all viruses out of elitism viral rate. In this method, the virus population evolves along with GA population, so the inefficient viruses are created from genetic material of the better adapted individuals and other new genes.
The algorithm AGRI follows biological principles in several viral infection and multiplication aspects. For example: it creates the first viral population without GA population genetic material; it sorts the viral population before infect an individual, making possible some viruses doesn’t infected a part of the population and other viruses infect more individuals. Since GA second-generation, the replaced viruses are created by both individuals genetic material and have different genes quantities.
In this approach, the search space maximization is increased by three mechanisms: high viral population genetic variability by variety of sizes to solutions pieces; infection validation process that confirms the fitness increases in each individual and infection possibility by any viruses in the viral population.
To analyse the AGRI’s viral infection parameters effects and comparate his performance with others high-performing metaheuristics, the following minimization benchmarking are selected: F1 (Shifted Sphere Function), F2 (Shifted Schwefel’s Problem), F3 (Shifted Rotated High Conditioned Elliptic Function) e F5 (Schwefel’s Problem 2.6 with Global Optimum on Bounds).
The results to the functions unimodais proposed showed that AGRI has a good performance in comparison with others metaheuristics reaching in few iterations the global best or good results.
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Técnicas de otimização combinatória multiobjetivo aplicadas na estimação do desempenho elétrico de redes de distribuição. / Multiobjective combinatorial optimization techniques applied on electrical performance estimation of distribution networks.Hashimoto, Kleber 27 September 2004 (has links)
Neste trabalho são apresentadas contribuições para a estimação do desempenho elétrico na distribuição de energia elétrica, com implicações nos mais diversos problemas da operação e do planejamento da distribuição. Entende-se por desempenho elétrico, a avaliação dos parâmetros de congestionamento de redes, as perdas e o nível de tensão. A motivação deste trabalho está na agregação dos esforços advindos da campanha de medição compulsória das concessionárias de distribuição e da necessidade do órgão regulador de estabelecer parâmetros de avaliação do desempenho operacional das empresas, como previsto no documento intitulado Procedimentos da Distribuição" da Aneel. A estimação do desempenho elétrico é formulada segundo um problema de otimização multiobjetivo onde as funções objetivo compõem uma avaliação de probabilidade de ocorrência e uma avaliação de proximidade dos parâmetros elétricos calculados com os valores obtidos por medição. Os valores das cargas são discretizados segundo probabilidades de ocorrência em cada intervalo, de modo que a formulação resulte em um problema de otimização combinatória multiobjetivo de dimensão exponencial. Propõe-se um procedimento de redução de rede, que diminua consideravelmente o espaço de decisões, e um procedimento de expansão de redes para recompô-la. Também são propostas heurísticas específicas para a obtenção de soluções com cargas diversificadas e desequilibradas. Para uma aplicação adequada destas heurísticas, propôs-se e aplicou-se um método evolucionário metaheurístico para composição das soluções factíveis, ordenadas de acordo com o conceito de dominância de Pareto. Para cada fronteira de dominância, ou conjunto de fronteiras, o aplicativo constrói a distribuição probabilística da corrente e fluxo de potência de cada trecho, o nível de tensão em todas as barras e as perdas técnicas totais do circuito. A formulação matemática de otimização é flexível o bastante para a aplicação prática, considerando os diversos estágios de implementação dos atuais sistemas supervisórios. O modelo evolucionário metaheurístico proposto foi aplicado para um caso ilustrativo evidenciando as suas potencialidades e os pontos a serem aprimorados. / This thesis aims at contributing for the estimation of electrical performance in the distribution of electrical energy. Electrical performance is assumed to be the evaluation of network congestion parameters, losses and voltage level. The development of this work was impelled due to distribution utilities compulsory measurement permanent campaigns, and due to the need of the regulatory agency in establishing operational performance standards, as stated in the Distribution Code of Aneel, the Brazilian Energy Regulatory Agency. The electrical performance estimation is formulated according to an optimization problem where the objective functions correspond to an evaluation of occurrence probability, and correspond to a proximity evaluation of calculated parameters with values obtained by measurement as well. Load values are discretized according to ocurrence probabilities within each interval, so that formulation results in a multiobjective combinatorial optimization of exponential dimension. Network reduction procedures to substantially reduce Decision Domain and network expansion procedures to recompose it are proposed. Specific heuristics are also proposed to get solutions with load diversity and unbalanced loads. In order to adequately apply these heuristics, a metaheuristic evolutionary method to build feasible solutions is proposed and applied, and ranked according to Pareto´s concept. For each dominance frontier or group of frontiers, the application builds the probabilistic: current and load flow distribution of for each branch, voltage level for each bar and circuit technical losses. The mathematical formulation of optimization is flexible enough to be effectively applied taking into account different levels of supervisory systems developed in the utilities. The metaheuristic evolutionary model proposed was applied to a representative case with main potentialities and weak points to be improved.
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Um método para modificar vias de sinalização molecular por meio de análise de banco de dados de interatomas / A method to modify molecular signaling networks through examination of interactome databasesWu, Lulu 14 August 2015 (has links)
A capacidade das células para responder corretamente a sinais externos e perceber mudanças no seu microambiente é a base do desenvolvimento, reparação de tecidos e de imunidade, bem como a homeostase do tecido normal. Transdução de sinal é o principal meio pelo qual as células respondem a sinais externos de seu ambiente e coordenam alterações celulares complexas. O estudo das vias de sinalização molecular permite-nos tentar compreender o funcionamento dessas transduções de sinais e, consequentemente, as respostas celulares a estímulos externos. Uma abordagem adequada para tais estudos é o uso de modelos matemáticos para simular a cinética das reações químicas que descrevem uma dada via de sinalização, o que nos permite gerar predições testáveis de processos celulares. Construir modelos cinéticos preditivos de vias de sinalização molecular através de dados de alto rendimento produzidos utilizando técnicas ômicas (i.e., genômica, transcriptômica, (fosfo-)proteômica) constitui um dos atuais desafios enfrentados pelos pesquisadores na área de Biologia Molecular. Recentemente, para lidar com este desafio, o arcabouço de e-Science SigNetSim foi introduzido pelo Grupo de Biologia Computacional e de Bioinformática do Instituto Butantan. Esse arcabouço permite fazer a descrição de vias de sinalização molecular através da descrição da estrutura de um modelo através de um conjunto de reações químicas, que por sua vez é mapeado para um sistema de Equações Diferencias Ordinárias (EDOs), numericamente simuladas e avaliadas. Todavia, modificações na estrutura das vias precisam ser feitas manualmente, o qual restringe severamente o número de estruturas da via que precisam ser testadas, especialmente no caso de modelos grandes. Portanto, diante desse panorama, este trabalho propõe o desenvolvimento de um método para modificar vias de sinalização molecular. Esse método se baseia no uso de bancos de dados de interatomas para fornecer um conjunto de espécies químicas candidatas para serem incluídas na via de sinalização. Um componente integrado ao arcabouço SigNetSim capaz de testar diferentes hipóteses de modificação de vias foi desenvolvido neste projeto utilizando a metodologia de heurística incremental. Para avaliar a eficiência do componente implementado, utilizamos como estudo de caso um modelo de vias sinalização de MAPKs e PI3K/Akt para realizar testes experimentais e analisar os resultados obtidos. / The ability of cells to respond correctly external signals and to perceive changes in their microenvironment is the basis for development, tissue repair and immunity as well as normal tissue homeostasis. Signal transduction is the primary means by which cells respond to external signals from their environment and coordinate complex cellular changes. The study of molecular signaling pathways allows us to understand the operation of each process of cellular signal transduction. The use of mathematical models to simulate the kinetics of chemical reactions that describe a given signaling pathway, allow us to generate testable predictions of the cell processos. To Build Kinetic predictive models to molecular signaling pathways through massive data omics produced using modern techniques, Genomics, transcriptomics, (Phospho) proteomics, is one of the current challenges faced by researchers in the field of molecular biology. Recently, the \\textit SigNetSim e-Science was introduced by the Biological Computacional and Bioinformatical Group from the Butantan Institute to face this challenge. This \\textit makes the description of molecular signaling pathways through a set of chemical reactions, which are mapped into a system of ordinary differential equations, this system will be numerically simulated and evaluated . However, changes in the structure of the pathways need to be updated manually presented in this work, which severely restricts the number of track structures that need to be tested, especially for the large models. Therefore, given this background, we present the method to modify the molecular signaling pathways. This method relies on the use of interactome database to provide a set of chemical species candidates to be included in the signaling pathway. An component integrated to SigNetSim framework able to test different hypotheses of pathways modification was developed in this project using the incremental heuristic methodology. To evaluate the implemented component, we used the MAPKs and PI3K/Akt pathways model as case study, in order to perform experimental tests and to analyze the obtained results.
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Problema de cobertura por vértices em redes complexasSilva, Mariana Oliveira da 30 August 2013 (has links)
A teoria dos grafos é uma ferramenta matemática muito utilizada na resolução de problemas algorítmicos e computacionais em que se quer modelar conjuntos de elementos e relações entre estes elementos. Sistemas naturais e tecnológicos de diversos domínios podem ser representados matematicamente por grafos que possuem propriedades estatísticas bem conhecidas, sendo uma destas propriedades a distribuição de graus dos vértices do grafo seguindo a lei de potência (power law). Exemplos destes grafos, conhecidos como grafos power law são a internet, World-Wide Web, as redes sociais, redes biológicas. No contexto de problemas algorítmicos em grafos, estamos interessados em problemas computacionalmente difíceis de serem resolvidos que pertencem à classe NP-Difícil (ou NP-Hard), mais especificamente no problema de cobertura por vértices. Neste trabalho será estudado experimentalmente o comportamento de um algoritmo baseado em uma estratégia gulosa para o problema de cobertura de vértices e compararemos com outro algoritmo de aproximação e com a solução exponencial ótima. Em particular esta solução será aplicada e analisada em redes complexas. / Graph theory is a mathematical tool used in solving many algorithmic and computational problems in that both sets of model elements and relationships between these elements. Most natural and technological systems can be mathematically modeled by graph having many well known properties, in particular the power law distribution of the vertex degree sequence. Examples of such graphs, called power law graphs are the Internet, World-Wide Web, social networks, biological networks. In the context of algorithmic problems on graphs, we are interested in problems in class NP-Hard, more specifically in the vertex cover problem. This work will be studied experimentally the behavior of an algorithm based on a greedy strategy for the vertex cover problem and compare with other approximation algorithms and with the exponential optimal solution. In particular this solution will be applied and analyzed in complex networks.
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Uma nova abordagem baseada em algoritmos evolutivos multiobjetivo aplicado ao problema do caixeiro viajante biobjetivo / A new approach based on a multiobjective evolutionary algorithm applied to the biobjective traveling salesman problemMoraes, Deyvid Heric de 02 August 2017 (has links)
Neste trabalho é apresentada uma nova abordagem de algoritmo evolutivo multiobjetivo, denominado MOEA/NSM (do inglês, Multiobjective Evolutionary Algorithm integrating NSGA-II, SPEA2 and MOEA/D features). O algoritmo preserva em geral, características de um algoritmo evolutivo, concentrando qualidades de outras abordagens de sucesso na literatura em uma única abordagem, para que elas trabalhem em conjunto, por meio de subpopulações. O objetivo do estudo foi combinar as principais características dos algoritmos NSGA-II, SPEA2 e MOEA/D, e incluir ainda uma técnica de busca local para melhorar a busca no espaço de objetivos. O algoritmo MOEA/NSM foi comparado às demais abordagens clássicas utilizando 9 datasets para o problema do caixeiro viajante biobjetivo. Além disso, foram realizados experimentos aplicando também a busca local nas abordagens clássicas, resultando em considerável melhora nos resultados para esses algoritmos. A partir das fronteiras de Pareto resultantes dos experimentos, foram aplicadas as métricas de avaliação por Hipervolume, Epsilon (ε), R2, EAF, além do teste de hipótese estatístico Shapiro-Wilk. Os resultados apontaram um melhor desempenho do MOEA/NSM em relação aos demais, mesmo aplicando a busca local nas outras abordagens. Nesse sentido, o MOEA/NSM pode ser considerado um algoritmo que consegue encontrar soluções não denominadas de qualidade, tanto quanto os algoritmos clássicos da literatura. / This work presents a new approach to the multiobjective evolutionary algorithm, called MOEA/NSM (Multiobjective Evolutionary Algorithm integrating NSGA-II, SPEA2 and MOEA/D features). The algorithm preserves, in general, the characteristics of an evolutionary algorithm, concentrating qualities of other approaches of success in the literature in a single approach, so that they work together, through subpopulations. The objective of the study was to combine the main characteristics of the NSGA-II, SPEA2 and MOEA/D algorithms, and also to include a local search technique to improve the objective space search. The MOEA/NSM algorithm was compared to the other classical approaches using 9 datasets for the biobjective traveling salesman problem. In addition, experiments were carried out also applying the local search in the classical approaches, resulting in a considerable improvement in the results for these algorithms. From the Pareto frontiers resulting from experiments, we applied the evaluation metrics by Hypervolume, Epsilon (ε), R2, EAF, in addition to the Shapiro-Wilk statistical hypothesis test. The results showed a better performance of the MOEA/NSM in relation to the others, even applying the local search in the others approaches. In this sense, the MOEA/NSM can be considered an algorithm that is able to find solutions not dominated of quality, as much as the classic algorithms of the literature.
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