Orientador: Prof. Dr. Filipe Ieda Fazanaro / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do ABC, Programa de Pós-Graduação em Engenharia da Informação, 2017. / O uso do big-data aliado a técnicas de mineração de textos vem crescendo a cada ano em diversas áreas da ciência, especialmente na área da saúde, na medicina de precisão, em prontuários eletrônicos entre outros. A motivação desse trabalho parte da hipótese de que é possível usar conceitos de big-data para analisar grandes quantidades de dados sobre as doenças da dengue, chikungunya e zika vírus, para monitorar e antecipar informações sobre possíveis surtos dessas doenças. Entretanto, a análise de grandes volumes de dados - inerente ao estudo em big-data - possui desafios, particularmente, devido à falta de escalabilidade dos algoritmos e à complexidade do gerenciamento dos mais diferentes tipos e estruturas dos dados envolvidos. O principal objetivo desse trabalho é apresentar uma implementação de técnicas de mineração de textos, em especial, aqueles oriundos de redes sociais, tais como o Twitter, aliadas à abordagem de análises em big-data e aprendizado de máquina, para monitorar a incidência das doenças da dengue, chikungunya e zika vírus, todas transmitidas pelo mosquito Aedes aegypti. Os resultados obtidos indicam que a implementação realizada, baseado na junção dos algoritmos de aprendizado de máquina K-Means e SVM, teve rendimento satisfatório para a amostra utilizada em comparação aos registros do Ministério da Saúde, indicando, assim, um potencial para utilização do seu propósito. Observa-se que a principal vantagem das análises em big-data está relacionada à possibilidade de empregar dados não estruturados os quais são obtidos em redes sociais, sites de e-commerce, dentre outros. Nesse sentido, dados que antes pareciam, de certo modo, de pouca importância, passam a ter grande potencial e relevância. / The use of the big-data allied to techniques of text mining has been growing every year in several areas of science, especially in the area of health, precision medicine, electronic medical records among others. The motivation from this work, is based on the hypothesis that it is possible to use big-data concepts to analyze large volumes of data about the dengue disease, chikungunya and zika virus, to monitor and anticipate information about possible outbreaks for diseases. However, the analysis of large volumes of data - inherent in the big-data study - has some challenges, particularly due to the lack of scalability of the algorithms and the complexity of managing the most different types and structures of the data involved. The main objective of this work is to present the implementation of text mining techniques - especially from social networks such as Twitter - allies to the approach of big-data and machine-learned analyzes to monitor the incidence of Dengue, Chikungunya and Zika virus, all transmissions by the mosquito Aedes aegypti. The results obtained indicate that the implementation made based on the combination of machine learning algorithms, K-Means and SVM, got a satisfactory yield for a sample used, if compared the publications of the records of the Ministry of Health, thus indicating a potential for the purpose. It is observed that a main advantage of the big-data analyzes is related to the possibility of employing unstructured data, e-commerce sites, among others. In this sense, data that once seemed, in a way, of little importance, have great potential and relevance.

Submitted by Automação e Estatística (sst@bczm.ufrn.br) on 2018-05-02T22:35:05Z No. of bitstreams: 1 MarfranClaudinoDomingosDosSantos_DISSERT.pdf: 7511200 bytes, checksum: d8be11bd8f0c6202cb65071e4726dff1 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2018-05-04T23:57:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 MarfranClaudinoDomingosDosSantos_DISSERT.pdf: 7511200 bytes, checksum: d8be11bd8f0c6202cb65071e4726dff1 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-04T23:57:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MarfranClaudinoDomingosDosSantos_DISSERT.pdf: 7511200 bytes, checksum: d8be11bd8f0c6202cb65071e4726dff1 (MD5) Previous issue date: 2018-01-30 / O objetivo dos estudos reportados nesta dissertação é avaliar o uso da Espectroscopia de infravermelho em conjunto com técnicas quimiométricas de análise multivariada, como uma nova ferramenta para detecção e tipagem de arbovírus presentes em amostras clínicas. Nesta dissertação constam 4 artigos: 1 artigo de revisão e 3 artigos de pesquisa. O artigo de revisão faz um levantamento das principais técnicas espectroscópicas e técnicas de análise multivariada utilizadas em estudos no campo da virologia nos últimos 10 anos, bem como as vantagens destas, frente às técnicas padrão. No primeiro artigo de pesquisa, modelos multivariados baseados em análise discriminante foram construídos com o objetivo de discriminar quantitativamente o sorotipo DENV-3 presente em quatro diferentes concentrações em amostras de soro e sangue. No segundo estudo, técnicas de seleção de variáveis foram aplicadas com o objetivo de discriminar amostras de soro e sangue infectadas em laboratório, e ainda, predizer qual o sorotipo é responsável pela infecção. No terceiro estudo, foi avaliada a capacidade da técnica em discriminar entre 4 grupos de amostras: dengue (amostras de sangue de pacientes diagnosticados com dengue), Chikungunya (amostras de sangue de pacientes diagnosticados com Chikungunya), Zika (amostras de sangue de pacientes diagnosticados com Zika) e saudáveis (amostras de sangue de voluntários saudáveis). Os algoritmos de análise multivariada utilizados foram Análise de Componentes Principais-Análise Discriminante Linear (PCA-LDA), Algoritmo de Projeções Sucessivas-Análise Discriminante Linear (SPA-LDA) e Algoritmo Genético-Análise Discriminante Linear (GA-LDA). O desempenho da técnica foi avaliado através de cálculos de sensibilidade, especificidade, valores preditivos positivos e negativos, índice de Youden e razão de verossimilhança positiva e negativa. Os resultados foram animadores, e mostraram que a espectroscopia utilizada em conjunto com técnicas de análise multivariada tem o potencial de detectar e identificar as variações provocadas pela presença do vírus da dengue em amostras biológicas, e fornecer resultados rápidos em comparação às técnicas de diagnóstico utilizadas em rotinas clínicas. / The objective of the studies reported in this dissertation is to evaluate the use of infrared spectroscopy in conjunction with chemometric techniques of multivariate analysis, as a new tool for detection and typing of arboviruses present in clinical samples. In this dissertation there are 4 articles: 1 review article and 3 research articles. The review article is a survey of the main techniques spectroscopic and multivariate analysis techniques used in studies in the field of virology in the last 10 years, as well as the advantages of these techniques against standard techniques. In the first research article, multivariate models based on discriminant analysis were constructed with the objective of quantitatively discriminating the DENV-3 serotype present in four different concentrations in serum and blood samples. In the second study, variable selection techniques were applied with the objective of discriminating infected serum and blood samples in the laboratory, and also to predict which serotype is responsible for the infection. In the third study, the ability of the technique to discriminate between 4 groups of samples: dengue (blood samples from patients diagnosed with dengue), Chikungunya (blood samples from patients diagnosed with Chikungunya), Zika (blood samples from patients diagnosed with Zika) and healthy (blood samples from healthy volunteers). The multivariate analysis algorithms used were Principal Component Analysis-Linear Discriminant Analysis (PCA-LDA), Successive Projections Algorithm-Linear Discriminant Analysis (SPA-LDA) and Genetic Algorithm-Linear Discriminant Analysis (GA-LDA). The performance of the technique was evaluated through calculations of sensitivity, specificity, positive and negative predictive values, Youden index and positive and negative likelihood ratio. The results were encouraging, and showed that the spectroscopy used in conjunction with multivariate analysis techniques has the potential to detect and identify the variations caused by the presence of dengue virus in biological samples, and to provide a fast result in comparison to the diagnostic techniques used in clinical routines.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2016-07-25T22:06:08Z No. of bitstreams: 1 FranklinLearctonBezerraDeOliveira_DISSERT.pdf: 1813226 bytes, checksum: 94cc6f07139de7ed36c9e4adcb10e9bd (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2016-08-03T20:50:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 FranklinLearctonBezerraDeOliveira_DISSERT.pdf: 1813226 bytes, checksum: 94cc6f07139de7ed36c9e4adcb10e9bd (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-03T20:50:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FranklinLearctonBezerraDeOliveira_DISSERT.pdf: 1813226 bytes, checksum: 94cc6f07139de7ed36c9e4adcb10e9bd (MD5) Previous issue date: 2016-01-29 / A dengue e o v?rus da Febre do Chikungunya (CHIKV) s?o consideradas doen?as de notifica??o compuls?ria transmitas por mosquitos do g?nero Aedes, sendo o Aedes aegypti o principal vetor. Encontram-se amplamente distribu?das no Brasil, ocasionando um dos maiores problemas de sa?de p?blica, devido as altera??es epidemiol?gicas que vem ocorrendo nos ?ltimos anos e por caracterizarem-se pela ampla distribui??o em todas as regi?es. O presente projeto tem como objetivo analisar a atua??o dos enfermeiros das Estrat?gias de Sa?de da Fam?lia (ESF) no controle da Dengue e Febre Chikungunya nos munic?pios de Parnamirim e Santa Cruz. Trata-se de pesquisa de cunho explorat?rio-descritivo, com abordagem quantitativa e qualitativa, que fora desenvolvida com enfermeiros dos munic?pios de Parnamirim e Santa Cruz. A pesquisa obteve parecer favor?vel do Comit? de ?tica em Pesquisa da Universidade Federal do Rio Grande do Norte com o Certificado de Apresenta??o para Aprecia??o ?tica (CAAE), n? 48378515.8.0000.5537. A coleta de dados foi realizada no m?s de novembro e dezembro atrav?s de entrevista com question?rios semiestruturados compostos por quest?es abertas e fechadas, organizados em tr?s partes: o perfil dos entrevistados, o conhecimento sobre a doen?a e descri??o das pr?ticas realizadas. Os dados levantados foram categorizados e tabulados, utilizando o Microsoft Office Excel 2010. As tabula??es do instrumento das perguntas fechadas passaram por an?lises, utilizando o Programa Estat?stico Statistical Package for the Social Sciences (SPSS 22), e para as perguntas abertas utilizou a an?lise de conte?do de Bardin. Como resultado, os enfermeiros foram questionados quanto ao agente transmissor da Dengue e Febre Chikungunya, cinco enfermeiros responderam que o agente transmissor da Dengue ? o Aedes aegypti e somente um por ele e pelo Aedes albopictus; enquanto que para Febre Chikungunya, dois responderam que a doen?a ? transmitida pelos mosquitos Aedes aegypti e Aedes albopictus e os demais somente pelo Aedes aegypti. Versando relativamente os sorotipos virais, tr?s enfermeiros responderam que s?o 4 sorotipos da Dengue, dois disseram que s?o cinco e somente um que s?o dois sorotipos. Para a febre Chikungunya, um n?o soube responder, dois responderam que tamb?m s?o cinco sorotipos, dois responderam que existe somente um sorotipo e um que s?o dois. Todos desconhecem quais os tipos de dep?sitos que mais s?o encontrados focos do mosquito em sua regi?o, como tamb?m desconhecem o Programa Nacional de Controle da Dengue. Os profissionais de enfermagem sabem reconhecer um caso suspeito de Dengue, mas se confundem quando tentam explicar para a Febre Chikungunya, expondo os mesmos sintomas da Dengue. Nota-se que, apesar de todos terem participado de uma capacita??o sobre Febre Chikungunya e Dengue, um conhecimento bastante limitado dos enfermeiros a respeito do manejo cl?nico. Outra abordagem dos profissionais ? uso de medicamentos para os casos sintom?ticos das doen?as. Destarte, conclui-se o estudo com a aus?ncia de refer?ncias devidas que a equipe de sa?de deve se apropriar para planejar a??es de preven??o e controle vetorial, como treinamentos mais espec?ficos para estes profissionais. / The research aimed to analyze the role of nurses in the Family Health Strategy (FHS) in the control of Dengue and Chikungunya fever in the cities of Parnamirim and Santa Cruz. It is exploratory and descriptive nature of research, with a qualitative approach, which was developed with nurses of the Family Health Strategy in the municipalities of Parnamirim and Santa Cruz. All research process followed the ethical standards laid out research in Resolution No. 466/2012 of the National Health Council about research involving human beings. Data collection was performed using a semi-structured questionnaire with open and closed questions, organized into three parts: the profile of respondents, knowledge of the disease (transmission, prevention, control) and description of practices. The actions performed by nurses are punctual performed when there is growing disease of the number of cases in order to try to reduce the number of cases. The principal methodology used for them is to talk and guidelines resulting from campaigns and home visits, using leaflets and social networks. Regarding knowledge of nurses in the city of Santa Cruz on Dengue Fever and Chikungunya, is clearly some gaps. Nursing professionals know recognize a suspected case of dengue, but get confused when trying to explain to the Chikungunya fever, exhibiting the same symptoms of dengue. Although everybody had participated in a training on Chikungunya Fever and Dengue, a very limited knowledge of nurses regarding the clinical management. It is suggested that further studies are developed on the ground a few nurses have accepted to participate in the study, so that we can identify strategies, interventions, activities and nursing actions that are consistent with the reality of working in favor of coping Aedes epidemics aegypti that have positive impact on reducing the infestation rates and may be suitable and applied in other regions.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2018-02-15T11:46:47Z No. of bitstreams: 1 AmandaBarbosaDaSilva_DISSERT.pdf: 2101947 bytes, checksum: 78c8744b1b5012818a8ed33b550e36cb (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2018-02-16T14:34:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 AmandaBarbosaDaSilva_DISSERT.pdf: 2101947 bytes, checksum: 78c8744b1b5012818a8ed33b550e36cb (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-16T14:34:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AmandaBarbosaDaSilva_DISSERT.pdf: 2101947 bytes, checksum: 78c8744b1b5012818a8ed33b550e36cb (MD5) Previous issue date: 2017-12-05 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / O estudo teve como objetivo Validar o resultado de Enfermagem Mobilidade apresentado pela Nursing Outcomes Classification em idosos acometidos por Febre de Chikungunya. Estudo metodol?gico, segundo referencial de Pasquali (2010) realizado em tr?s etapas: revis?o integrativa da literatura, valida??o sem?ntica e valida??o cl?nica, a partir de um instrumento proposto por Moreira (2011), o qual apresentou para o Resultado de Enfermagem Mobilidade, oito indicadores bem como suas defini??es constitutivas, operacionais e magnitudes operacionais. Estes foram revistos e adaptados em nove indicadores direcionados ? popula??o idosa acometida por Febre de Chikungunya. A primeira etapa ocorreu mediante revis?o integrativa da literatura para adapta??o de instrumento validado em estudo anterior. A revis?o integrativa ocorreu entre os meses de fevereiro e abril de 2017, nas bases de dados: CINAHL, Cochrane, LILACS, PubMed, Scopus, Science Direct e Web of Science. Realizou-se uma busca n?o controlada das produ??es cient?ficas, sem recorte temporal, pelos descritores indexados e n?o indexados e os 12 indicadores da Nursing Outcomes Classification para o Resultado de Enfermagem Mobilidade. Em seguida, para a etapa de valida??o sem?ntica, o instrumento foi entregue no m?s de junho, a 12 enfermeiros que trabalhavam na aten??o prim?ria ? sa?de. Para avalia??o quanto a sua inteligibilidade. Ap?s atender as sugest?es propostas pelos enfermeiros nesta etapa, procedeu-se o estudo piloto e valida??o cl?nica. Esta etapa foi realizada nos meses de julho e agosto, por duas duplas de enfermeiros treinados, em Unidades de Sa?de do munic?pio de Natal/RN, com 90 idosos acometidos por Febre de Chikungunya. Uma dupla aplicou o instrumento proposto pela NOC para o Resultado de Enfermagem Mobilidade e outra com o instrumento adaptado e revisado. Para an?lise de conte?do textual da revis?o integrativa, utilizou-se o software Interface de R pour les Analyses Multidimensionnelles de Textes et de Questionnaires (IRAMUTEQ) vers?o 0.7 Alpha 2. Os dados da valida??o sem?ntica e cl?nica foram organizados em planilha no programa Microsoft Office Excel 2012 e exportados para o programa estat?stico Statistical Package for Social Sciences vers?o 22.0 for Windows. Na valida??o sem?ntica foi aplicado teste binominal com concord?ncia igual ou superior a 85%. Na valida??o cl?nica, para an?lises descritivas foram calculadas as medidas do centro da distribui??o e suas variabilidades. Aplicou-se o teste de Friedman para verificar diverg?ncia entre avaliadores e calculado o Coeficiente de Correla??o Intraclasse para comparar a correla??o das avalia??es realizadas pelos enfermeiros avaliadores. O estudo foi aprovado pelo Comit? de ?tica em Pesquisa da Universidade Federal do Rio Grande do Norte sob CAAE n? 64880017.9.0000.5537. Na revis?o integrativa, a Classifica??o Hier?rquica Descendente apontou dois eixos principais relacionados ? Febre de Chikungunya relacionados a artigos que priorizam evid?ncias cl?nicas da fase aguda, fase subaguda e cr?nica. O indicador Dor articular foi adicionado por ser considerado importante na literatura, representado na nuvem de palavras e foi constru?do suas defini??es operacionais, defini??es constitutivas e magnitudes operacionais. Quanto ? etapa de valida??o sem?ntica, o instrumento foi considerado intelig?vel para avalia??o proposta, por parte dos enfermeiros. Oito indicadores alcan?aram ou excederam o ?ndice de concord?ncia de 0,85, com exce??o do indicador Desempenho na transfer?ncia, pois a concord?ncia foi de 0,83 e p<0,05. Na etapa de valida??o cl?nica, houve uma predomin?ncia de participantes homens (75,56%), com mediana de idade de 70,00, com maioria de casados, aposentados, com ensino fundamental incompleto e renda mensal de at? um sal?rio m?nimo. O teste de Friedman indicou diferen?as entre avalia??o das duplas em sete indicadores, a saber: Equil?brio, Andar, Movimento dos m?sculos, Movimento das articula??es, Desempenho no posicionamento do corpo, Desempenho na transfer?ncia e Dor articular. Para os indicadores Coordena??o e Marcha n?o foram identificadas diferen?as significativas pelo teste de Friedman. Todos os indicadores apresentaram-se estatisticamente significantes (p< 0,001) e satisfat?rios, segundo o Coeficiente de Correla??o Intraclasse. Ao analisar os resultados mediante os testes estat?sticos, tem-se que os resultados foram satisfat?rios para maioria dos indicadores presentes no instrumento com as defini??es. Assim, a utiliza??o de instrumentos para uma popula??o espec?fica como os idosos acometidos por Febre de Chikungunya, s?o eficazes e devem ser continuamente realizados no intuito de refin?-los e aperfei?o?-los. / The study aimed to validate the result of Nursing Mobility presented by Nursing Outcomes Classification in elderly people affected by Chikungunya Fever. Methodological study, according to Pasquali's (2010) referential in three stages: integrative literature review, semantic validation and clinical validation, based on an instrument proposed by Moreira (2011), which presented for the Nursing Nursing Outcome, eight indicators as well as their constitutive, operational definitions and operational magnitudes. These were reviewed and adapted in nine indicators aimed at the elderly population affected by Chikungunya Fever. The first stage occurred through an integrative review of the literature for instrument adaptation validated in a previous study. The integrative review occurred between February and April 2017, in the databases: CINAHL, Cochrane, LILACS, PubMed, Scopus, Science Direct and Web of Science. There was an uncontrolled search of the scientific productions, without temporal cut, by the indexed and non-indexed descriptors and the 12 indicators of the Nursing Outcomes Classification for the Nursing Outcome Mobility. Then, for the semantic validation stage, the instrument was delivered in the month of June to 12 nurses who worked in primary health care. For evaluation as to its intelligibility. After following the suggestions proposed by the nurses at this stage, the pilot study and clinical validation were carried out. This stage was carried out in July and August, by two pairs of trained nurses, in Health Units of the city of Natal / RN, with 90 elderly people affected by Chikungunya Fever. One pair applied the instrument proposed by the NOC for the Mobility Nursing Outcome and another with the instrument adapted and revised. In order to analyze the textual content of the integrative review, we used the software Interface for Multidimensionnelles of Textes et de Questionnaires (IRAMUTEQ) version 0.7 Alpha 2. The data of the semantic and clinical validation were organized in a spreadsheet in the program Microsoft Office Excel 2012 and exported to the statistical program Statistical Package for Social Sciences version 22.0 for Windows. In the semantic validation, a binomial test with agreement equal or superior to 85% was applied. In the clinical validation, for the descriptive analyzes the measures of the distribution center and its variabilities were calculated. The Friedman test was used to verify divergence among raters and the Intraclass Correlation Coefficient was calculated to compare the correlation of the evaluations performed by the rater nurses. The study was approved by the Research Ethics Committee of the Federal University of Rio Grande do Norte under CAAE n? 64880017.9.0000.5537. In the integrative review, the Descending Hierarchical Classification pointed out two main axes related to Chikungunya Fever related to articles that prioritize clinical evidences of the acute phase, subacute and chronic phase. The articular pain indicator was added because it was considered important in the literature, represented in the word cloud and its operational definitions, constitutive definitions and operational magnitudes were constructed. As for the semantic validation stage, the instrument was considered intelligible for the proposed evaluation, by the nurses. Eight indicators reached or exceeded the agreement index of 0.85, except for the transfer performance indicator, since the agreement was 0.83 and p <0.05. In the clinical validation stage, there was a predominance of male participants (75.56%), with a median age of 70.00, most married, retired, with incomplete primary education and monthly income up to a minimum wage. The Friedman test indicated differences between the pairs' evaluation in seven indicators, namely: Balance, Walking, Muscle movement, Movement of joints, Performance in body positioning, Performance in transference and Joint pain. For the Coordination and March indicators, no significant differences were identified by the Friedman test. All indicators were statistically significant (p <0.001) and satisfactory, according to the Intraclass Correlation Coefficient. When analyzing the results through the statistical tests, it has been that the results were satisfactory for most of the indicators present in the instrument with the definitions. Thus, the use of instruments for a specific population such as the elderly affected by Chikungunya Fever are effective and must be continuously carried out in order to refine and improve them.

Áreas verdes urbanas são ambientes que podem oferecem oportunidade de interação entre reservatórios e vetores dos meios urbano e silvestre, potencializando o risco de transmissão de doenças e de mudanças em seu perfil epidemiológico. Entender como as alterações da paisagem interferem na composição da fauna de culicídeos e conhecer quais espécies de vetores ocorrem nessas áreas, pode auxiliar na predição da distribuição espacial das espécies frente à urbanização, fornecendo importantes ferramentas para o controle de endemias e planejamento urbano. O objetivo desse estudo foi verificar a ocorrência de espécies de mosquitos vetores e avaliar a relação entre os diferentes tipos de uso e cobertura do solo e a composição da fauna de culicídeos. As coletas ocorreram quinzenalmente entre outubro de 2012 a março de 2013 com a utilização de armadilhas de oviposição instaladas em oito áreas verdes com diferentes características de paisagem do município de Porto Alegre, sul do Brasil. Foram coletados 4179 culicídeos de pelo menos 10 espécies. Destas, Aedes albopictus e Limatus durhami foram eudominante/dominantes, juntos representando 90% do total de indivíduos. Esse estudo foi o primeiro registro de ocorrência de Sabethes albiprivus e Li. durhami em Porto Alegre. As espécies de culicídeos demonstraram responder de maneira diversa aos tipos de uso e cobertura do solo, indicando que as afinidades mais evidentes se mantém nas três escalas avaliadas. A abundância relativa de Ae. albopictus foi relacionada às áreas verdes mais urbanizadas, enquanto a de Li. durhami, Haemagogus leucocelaenus e Toxorhynchites sp., à presença da mata nativa. A ocorrência de Aedes aegypti não demonstrou ser influenciada pelo tipo de uso e cobertura do solo. Foram coletadas três espécies relacionadas à transmissão de febre amarela, febre chikungunya e dengue, Ae. albopictus, Hg. leucocelaenus e Ae. aegypti e verificada a ocorrência simultânea dessas em algumas áreas, o que pode representar a oportunidade para o surgimento de surtos epidêmicos e a mudança do perfil epidemiológico dessas doenças. / Urban green areas can offer opportunity for interactions between reservoirs and vectors of urban and wild environments, increasing the risk of disease transition and changes in their epidemiological profile. The understanding of how changes in the landscape affect the composition of culicid fauna and which vector species occur in these areas may help and prediction the spatial distribution of the species along urbanized areas, providing important tools to control endemic disease. This study aimed to verify the occurrence of mosquito vector species and to evaluate the relationship between different types of land cover and land use with the composition of Culicidae fauna. Sampling occurred biweekly, from October 2012 to March 2013, where oviposition traps were installed in eight green areas with different landscape traits, in Porto Alegre, Southern Brazil. 4179 mosquitoes belonging to et least ten species were sampled. Aedes albopictus and Limatus durhami were eudominants/dominant representing together 90% of total individuals. This is the first report of Sabethes albiprivus and Li. durhami occurrence in Porto Alegre. The mosquitos species responded differently to types of land use cover and land use, indicating that the most obvious affinities are maintained in three scales evaluated. The relative abundance of Ae. albopictus was related to the more urbanized green area, while the abundance of Li. durhami , Haemagogus leucocelaenus and Toxorhynchites sp., was related to the presence of preserved areas. The occurrence of Aedes aegypti was not influenced by land use and land cover. Three species related to dengue, chikungunya and yellow fever transmission were sampled, Ae. albopictus, Hg. leucocelaenus and Ae. aegypti. We also verified the simultaneous occurrence of these species, which may represent an opportunity of changes in the epidemiologic of these diseases.

Áreas verdes urbanas são ambientes que podem oferecem oportunidade de interação entre reservatórios e vetores dos meios urbano e silvestre, potencializando o risco de transmissão de doenças e de mudanças em seu perfil epidemiológico. Entender como as alterações da paisagem interferem na composição da fauna de culicídeos e conhecer quais espécies de vetores ocorrem nessas áreas, pode auxiliar na predição da distribuição espacial das espécies frente à urbanização, fornecendo importantes ferramentas para o controle de endemias e planejamento urbano. O objetivo desse estudo foi verificar a ocorrência de espécies de mosquitos vetores e avaliar a relação entre os diferentes tipos de uso e cobertura do solo e a composição da fauna de culicídeos. As coletas ocorreram quinzenalmente entre outubro de 2012 a março de 2013 com a utilização de armadilhas de oviposição instaladas em oito áreas verdes com diferentes características de paisagem do município de Porto Alegre, sul do Brasil. Foram coletados 4179 culicídeos de pelo menos 10 espécies. Destas, Aedes albopictus e Limatus durhami foram eudominante/dominantes, juntos representando 90% do total de indivíduos. Esse estudo foi o primeiro registro de ocorrência de Sabethes albiprivus e Li. durhami em Porto Alegre. As espécies de culicídeos demonstraram responder de maneira diversa aos tipos de uso e cobertura do solo, indicando que as afinidades mais evidentes se mantém nas três escalas avaliadas. A abundância relativa de Ae. albopictus foi relacionada às áreas verdes mais urbanizadas, enquanto a de Li. durhami, Haemagogus leucocelaenus e Toxorhynchites sp., à presença da mata nativa. A ocorrência de Aedes aegypti não demonstrou ser influenciada pelo tipo de uso e cobertura do solo. Foram coletadas três espécies relacionadas à transmissão de febre amarela, febre chikungunya e dengue, Ae. albopictus, Hg. leucocelaenus e Ae. aegypti e verificada a ocorrência simultânea dessas em algumas áreas, o que pode representar a oportunidade para o surgimento de surtos epidêmicos e a mudança do perfil epidemiológico dessas doenças. / Urban green areas can offer opportunity for interactions between reservoirs and vectors of urban and wild environments, increasing the risk of disease transition and changes in their epidemiological profile. The understanding of how changes in the landscape affect the composition of culicid fauna and which vector species occur in these areas may help and prediction the spatial distribution of the species along urbanized areas, providing important tools to control endemic disease. This study aimed to verify the occurrence of mosquito vector species and to evaluate the relationship between different types of land cover and land use with the composition of Culicidae fauna. Sampling occurred biweekly, from October 2012 to March 2013, where oviposition traps were installed in eight green areas with different landscape traits, in Porto Alegre, Southern Brazil. 4179 mosquitoes belonging to et least ten species were sampled. Aedes albopictus and Limatus durhami were eudominants/dominant representing together 90% of total individuals. This is the first report of Sabethes albiprivus and Li. durhami occurrence in Porto Alegre. The mosquitos species responded differently to types of land use cover and land use, indicating that the most obvious affinities are maintained in three scales evaluated. The relative abundance of Ae. albopictus was related to the more urbanized green area, while the abundance of Li. durhami , Haemagogus leucocelaenus and Toxorhynchites sp., was related to the presence of preserved areas. The occurrence of Aedes aegypti was not influenced by land use and land cover. Three species related to dengue, chikungunya and yellow fever transmission were sampled, Ae. albopictus, Hg. leucocelaenus and Ae. aegypti. We also verified the simultaneous occurrence of these species, which may represent an opportunity of changes in the epidemiologic of these diseases.

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Antecedentes:La infección por arbovirus es una de las causas más comunes de síndrome febril agudo y un problema de salud emergente en América del Sur. En el Perú, el número de casos de dengue se ha duplicado en el último año; sin embargo, menos del 50% de los síndromes febriles agudos fueron confirmados por laboratorio, lo que conduce a un diagnóstico limitado de otros arbovirus importantes. Objetivo:Evaluar la frecuencia de Dengue (DENV), Oropuche (OROV), Chikungunya (CHIKV), Mayaro (MAYV) and Zika ZIKV) en pacientes con síndrome febril agudo de Puerto Maldonado, Perú. Metodología:Se obtuvieron muestras de pacientes con síndrome febril agudo entre enero de 2016 y marzo de 2016. Se recolectaron un total de 139 especímenes y se evaluó la presencia de DENV, OROV, CHIKV, MAYV y ZIKV con la técnica de RT-PCR. Resultados: Los arbovirus de mayor frecuencia fueron CHIKV 9.35% (13/139) y OROV 8.63% (12/139), seguidos de DENV (6.47%) y ZIKV (5.04%). Entre todos los pacientes, los síntomas más comunes que acompañaron la fiebre fueron: Cefalea 79.86% (111/139), mialgias 65.47% (91/139) y artralgias 63.31% (88/139). Conclusiones:CHIKV y OROV fueron los arbovirus más frecuentes en nuestro estudio. Es crucial mejorar la vigilancia de los arbovirus para poder entender el papel de estos patógenos en el Perú. La PCR representa una prueba confiable para la vigilancia de arbovirus y debe ser considerada como el método más adecuado para la confirmación por laboratorio en el Perú. / Background:Arboviruses are one of the most common causes of acute febrile illness and an emerging health problem in South America. In Peru, the number of Dengue cases have double in the last year; however, less than 50% of acute febrile illnessare laboratory confirmed leading to an underdiagnoses of other important arboviruses. Aim:To assess the frequency of Dengue (DENV), Oropuche (OROV), Chikungunya (CHIKV), Mayaro (MAYV) and Zika ZIKV) in patients with acute febrile illness from Puerto Maldonado, Peru. Methodology: Samples were obtained from patients with acute febrile illness during January 2016 to March 2016.A total of 139 specimens were collected and assessed for the presence of DENV, OROV, CHIKV, MAYV and ZIKV via RT-PCR. Results: CHIKV in 9.35% (13/139) and OROV in 8.63% (12/139) were the most prevalent arboviruses, followed by DENV (6.47%) and ZIKV (5.04%). Among all patients, the most common symptoms accompanying fever were: Headache 79.86% (111/139), Muscle pain 65.47% (91/139) and Joint pain 63.31% (88/139). Conclusions: CHIKV and OROV were the most common arboviruses in our study. To enhance arbovirus surveillance is crucial to understand the role of these pathogens in Peru. PCR represents a reliable test for arboviral surveillance and should be considered as the preferred method for laboratory confirmation in Peru. / Tesis

Chikungunya virus (CHIKV) is classified as an alphavirus in the Togaviridae family. This virus is known to rely on Aedes arthropod vectors for its dissemination. Human infection is characterized by rash, high fever, and severe chronic polyarthritis that can last for years. Recently, efforts in developing animal models have been made in an attempt to better understand CHIKV pathogenesis. CHIKV infection starts with a 7 to 10 day long febrile acute phase, in which most of the symptoms occur (rash, fever, and incapacitating pain in joints and muscle). Once the immune system clears most of the viral infection, a chronic phase starts in as many as 70% of the infected patients. Long term virus-related polyarthralgia is the hallmark of the CHIKV chronic phase. It is believed that CHIKV-infected macrophages infiltrate the joints during the acute phase, and CHIKV infects joint tissue and persists in it. Research into the effects of CHIKV infection in human and murine macrophages revealed that CHIKV-infected human macrophages produce high amounts of virions as well as induce the production of pro-inflammatory cytokines and monocyte recruiting chemokines. This contrasts with murine macrophage infection where low quantities of the virus were detected as well as lower production of pro-inflammatory cytokines. This may contribute to the lack of polyarthritis in murine animal models. Current literature suggests that CHIKV’s viral proteins bind and interact with human host cell machinery promoting viral replication more efficiently in humans than in mice. CHIKV-related neuropathology is not the most common outcome of the disease. However, recent outbreaks suggest that this pathology is becoming more prevalent, affecting as many as 30% of confirmed patients. The role of adaptive and innate immunity in CHIKV disease amelioration has been extensively, yet separately, explored. A RAG2-/-γc-/- Balb/c mouse model was used to study the role of these immune pathways and their associated immune cells in CHIKV infection. The mice in this study developed local arthritis at the site of inoculation as well as showed signs of viral invasion in the brain. This study added to the hypothesis that both innate and adaptive immune responses are necessary to ameliorate the disease and that the lack of adequately matured lymphocytes and STAT6-activation deficient macrophages may result in more severe pathologies.

For decades, dengue virus has been a cause of major public health concern in Costa Rica, due to its landscape and climatic conditions that favor the circumstances in which the vector, Aedes aegypti, thrives. The emergence and introduction throughout tropical and subtropical countries of the chikungunya virus, as of 2014, challenged Costa Rican health authorities to provide a correct diagnosis since it is also transmitted by the same vector and infected hosts may share similar symptoms. We study the 2015–2016 dengue and chikungunya outbreaks in Costa Rica while establishing how point estimates of epidemic parameters for both diseases compare to one another. Longitudinal weekly incidence reports of these outbreaks signal likely misdiagnosis of infected individuals: underreporting of chikungunya cases, while overreporting cases of dengue. Our comparative analysis is formulated with a single-outbreak deterministic model that features an undiagnosed class. Additionally, we also used a genetic algorithm in the context of weighted least squares to calculate point estimates of key model parameters and initial conditions, while formally quantifying misdiagnosis.