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Diagnóstico e redução da influência da multicolinearidade na estimação de efeitos genéticos aditivos e não-aditivos em uma população de bovinos compostos (Bos taurus x Bos indicus) / Diagnostic and reduction of the influence of multicollinearity in the estimation of genetic additive and non-additive effects in multibreed population of cattle (Bos taurus x Bos indicus)

Dias, Raphael Antonio Prado 28 January 2009 (has links)
Os efeitos genéticos aditivos e de heterozigoses são importantes na avaliação genética de populações compostas. Quando existem fortes relações lineares entre as variáveis explanatórias, os coeficientes de regressão tem erros-padrão elevados, são sensíveis a mudanças nos dados e a adição ou eliminação de variáveis explicativas no modelo. A alternativa usada na tentativa de diminuir esse problema foi aplicar o método de regressão de cumeeira - RC, pois na presença de multicolinearidade, pode permitir a obtenção de estimativas mais estáveis dos efeitos aditivos de origem genética e de heterozigose, em relação às obtidas pelo método dos quadrados mínimos - QM. Foram analisados os dados de pesos ao nascimento - PESNAS, ao desmame - PESDES, perímetro escrotal aos 390 dias - CE e escore para musculosidade aos 390 dias - MUSC de bovinos compostos Montana Tropicalr, com diferentes composições raciais NABCs, obtidos em várias fazendas brasileiras, relativos aos animais nascidos no período de 1994 a 2008. O modelo incluiu os efeitos aditivos e não aditivos. O grau da multicolinearidade foi obtido através do valor do fator de inflação da variância - V IF, dos índices de condição e da decomposição proporcional da variância. Os parâmetros de cumeeira foram obtidos a partir da multiplicação de uma constante, pela razão entre o V IF da covariável correspondente e o maior V IF. O traço de cumeeira foi utilizado para verificar se as estimativas dos coeficientes se estabilizaram, para o parâmetro de cumeeira obtido para cada variável explicativa. Duas análises foram aplicadas: i) os efeitos foram estimados por quadrados mínimos; ii) os efeitos foram estimados por regressão de cumeeira. Para cada variável resposta foi identificado o número de colinearidades, seus respectivos graus e as variáveis explicativas envolvidas em cada uma. As covariáveis envolvidas no modelo, para peso ao nascimento participaram de uma colinearidade forte e quatro colinearidades fracas; para peso ao desmame e escore de musculosidade aos 390 dias, houve duas relações de quase dependência fortes e três fracas, enquanto que para perímetro escrotal aos 390 dias obteve-se três colinearidades fortes e três fracas. O método que estimou os coeficientes por regressao de cumeeira foi melhor que o método dos quadrados mínimos, para todas as caracter´sticas. A m´edia dos V IFs para PESNAS, PESDES, CE e MUSC reduziram de 15, 5; 16; 17, 5 e 23, 9 para 5, 8; 5, 3; 5, 7 e 5, 1 respectivamente, após o uso da RC. Os erros-padrão diminuíram fornecendo estimativas mais estáveis que as obtidas por quadrados mínimos. Apenas para a covariável A sobre a variável resposta peso ao nascimento as soluções obtidas por QM e RC diferiram em direção, no mais, houve diferenças em magnitude / The genetic additive and heterozygosity effects are important in the genetic evaluation of multibreed populations. When there is strong linear relation between the explanatory variables, the regression coefficients have large standard errors and are sensitive to changes in the data set and to the addition or removal of explanatory variables in the model. The alternative used to try to reduce this problem was to apply the method of ridge regression - RC, which could allow for the estimation of more stable coefficients of direct and maternal breed additive effects of genetic origin and heterozygosity in relation to those obtained by the method of least squares QM . The objective is to analyze the data of birth weight - PESNAS, weaning - PESDES, the scrotal perimeter 390 days - CE and scoring for the muscularity 390 days - MUSC of cattle compounds Montana Tropical r, with different racial compositions NABCs, obtained in several Brazilian farms on of animals born from 1994 to 2008. The model included additive and non-additive effects. The degrees of multicollinearity were obtained through the value of the variance inflation factor - V IF, the index conditions - IC and by proportional decomposition of Variance. The ridge parameters were obtained from the multiplication of a constant to the ratio of the VIF from each covariate and the highest VIF. For each explanatory variable, the ridge trace was used to verify that the estimated coefficients were stabilized using the ridge parameter. Two different methods were applied: i) the effects were estimated by least squares; ii) the effects were estimated by ridge regression. For each response variable the number of colinearities was identified, their degrees and the variables involved in each. The covariates used in the model for birth weight participated in a strong colinearity and four other weak colinearities; for weaning weight and muscle score for 390 days, there were two strong relations of dependency and three almost weak, while for the perimeter scrotal 390 days it was observed three strong and three weak colinearities. The ridge regression coefficients method was considered better than that of least squares for all factors. The V IFs average for PESNAS, PESDES, CE and MUSC reduced from 15.5, 16, 17.5 and 23.9 to 5.8, 5.3, 5.7 and 5.1 respectively, after using the RC. The standard errors of the estimators decreased providing estimates more stable than those obtained by least squares. Only for A covariate on the response variable weight at birth the solutions obtained by QM and RC differ in direction, where the other ones differed only in magnitude.
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Testes de hipóteses para componentes de variância utilizando estatísticas U / U-tests for variance components in linear mixed models.

Juvencio Santos Nobre 09 August 2007 (has links)
Nós consideramos decomposições de estatísticas $U$ para obter testes para componentes de variância. As distribuições assintóticas das estatísticas de testes sob a hipótese nula são obtidas supondo apenas a existência do quarto momento do erro condicional e do segundo momento dos efeitos aleatórios. Isso permite sua utilização em uma classe bastante ampla de distribuições. Sob a suposição adicional de existência do quarto momento dos efeitos aleatórios, obtemos também a distribuição assintótica das estatísticas sob uma seqüência de hipóteses alternativas locais. Comparamos a eficiência dos testes propostos com aqueles dos testes clássicos, obtidos sob suposição de normalidade, por meio de estudos de simu-lação. Os testes propostos se mostram mais adequados nas situações em que a amostra é de tamanho moderado ou grande, independentemente da distribuição das fontes de variação, e nas situações em que existe fortes afastamentos da normalidade. / We consider decompositions of U-statistics to obtain tests for null variance components in linear mixed models. Their asymptotic distributions under the null hypothesis are obtained only assuming the existence of the first four moments of the conditional error distribution and the existence of the first two moments of the random effects distribution. Thus, the proposed U-tests may be employed in a large class of models. Under the additional assumption of the existence of the fourth moment of the distribution of the random effects, we also obtain the asymptotic distribution of the U-tests under a sequence of local hypothesis. We compare their efficiency with that of classical tests derived under the assumption of normality, through simulation studies. The proposed tests are more efficient in situations where the sample size is moderate or large, independently of the distribution of the sources of variation; they also perform better in situations where the underlying distributions are far from normal.
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Parâmetros genéticos de características de produção e qualidade de ovos em linhagens nacionais de galinhas caipiras / Genetic parameters of egg production and egg quality in national free-range chickens

Bogdanski, Fátima Auler 02 July 2019 (has links)
A avicultura é uma das principais atividades agropecuárias no Brasil, no entanto apresenta grande dependência de material genético importado. Além disso, o crescente interesse por produtos avícolas oriundos de sistemas alternativos de criação, onde as aves são criadas fora das gaiolas, pode exigir animais mais adaptados a esse sistema de criação bem como ao clima tropical brasileiro. Desta forma, dois estudos foram desenvolvidos. No primeiro, o objetivo foi estimar os parâmetros genéticos para características de produção e qualidade dos ovos de oito linhagens de galinhas caipiras. Foram utilizadas as medidas de idade à primeira postura (IPP), produção total de ovos até a 45ª semana (PROD), peso do ovo (PO), altura do albúmen (AA), cor da gema (CG), unidades Haugh (HU), resistência da casca (RC), espessura da casca (EC), peso da gema (PG) e peso da casca (PC) de 2030 ovos, oriundos de 645 aves. Os componentes de variância foram obtidos por meio de um modelo misto animal, onde foram incluídos os efeitos fixos de grupo de contemporâneas, corredor da gaiola e linhagem da galinha e os efeitos genético aditivo, ambiente permanente e residual. As herdabilidades variaram de 0,03 a 0,33. As correlações genéticas entre PROD e as características de qualidade dos ovos foram negativas e variaram entre -0,42 e -0,05. Correlações genéticas altas e positivas, entre 0,36 e 0,69, foram estimadas entre as características de qualidade externa do ovo. No segundo estudo, o objetivo foi estimar os parâmetros genéticos para características de cor da casca do ovo, bem como as correlações genéticas e fenotípicas entre estas características e as características de produção e qualidade dos ovos avaliadas no primeiro estudo. Foram realizadas análises colorimétricas (coordenadas L*, a*, b*, do sistema de cor CIELab) de 1142 ovos oriundos de 597 aves. As herdabilidades estimadas para estas coordenadas variaram de 0,35 a 0,48 e as correlações genéticas entre elas foram altas. No geral, as correlações genéticas entre a cor da casca e as características de qualidade do ovo foram baixas, sugerindo que a cor da casca não influencia a qualidade interna e externa do ovo. / Poultry farming is one of the main agricultural activities in Brazil, but it is highly dependent on imported genetic material. Moreover, the growing interest in poultry products from cage-free systems may require animals better adapted to free- range systems and tropical climate. Regarding this subject, two studies were developed. The aim of the first one was to estimate genetic parameters for egg production and egg quality traits in eight alternative poultry lines. The traits of interest were age at first egg (AFE), total egg production up to the 45th week (PROD), egg weight (EW), albumen height (AH), yolk color (YC), Haugh units (HU), eggshell strength (ESS), eggshell thickness (EST), yolk weight (YW) and eggshell weight (ESW). Phenotypic records of 645 laying hens and 2030 eggs were used. Variance components were estimated from a mixed animal model, which included the fixed effects of contemporary groups, cage location and hen line, and the additive genetic, permanent environmental and residual effects. Heritabilities ranged from 0.03 to 0.33. Genetic correlations between PROD and egg quality traits were negative and varied between -0.42 and -0.05. High and positive genetic correlations were estimated between eggshell quality traits. In the second study, the aim was to estimate genetic parameters for eggshell color and also genetic and phenotypic correlations between eggshell color and egg quality traits which were evaluated in the first study. Color coordinates from CIELab color space L* (brightness), a* (red/green scale) and b* (yellow/blue scale) of 1142 eggs were determined. The estimated heritabilities ranged from 0.35 to 0.48 and the genetic correlations between them were high. In general, the genetic correlations between eggshell color and egg quality traits were low, suggesting that the eggshell color does not influence internal and external egg quality.
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Transformação de box-cox e escores de blom para correção da heterogeneidade de variâncias do peso de bovinos / Box-cox transformation and blom scores for correction of variances heterogeneity of weight of cattle

Miranda, Gislane Natália de Souza 26 April 2013 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-26T13:32:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 508483 bytes, checksum: ed19e15dac174ba29cb7068c7f83a289 (MD5) Previous issue date: 2013-04-26 / The objective of this work was to verify the efficiency of Box-Cox and Blom scores transformations in correcting the phenotypic heterogeneity of variance adjusted weights of cattle Tabapuã the Brazilian Northeast to the factors producing regions, ages and sex. We used data Tabapuã the Brazilian Northeast, collected from 1970, from the control of weight development Brazilian Association of Zebu Breeders (ABCZ) with information concerning the weights adjusted to 205, 365 and 550 days of age. The Box-Cox and Blom scores transformations were used in an attempt to correct the heterogeneity of variances for the factors of production regions, ages and sex. Bartlett's test was applied before and after the transformation of the data to see if there was a reduction of heterogeneity of phenotypic variances. The Blom scores transformation was effective in reducing the coefficients of skewness and kurtosis and was more appropriate than the Box-Cox transformation to correct the phenotypic heterogeneity of variance between production regions, ages and sex, since produced significantly more favorable results. / O objetivo deste trabalho foi verificar a eficiência das transformações de Box- Cox e escores de Blom na correção da heterogeneidade de variâncias fenotípicas dos pesos ajustados de bovinos da raça Tabapuã do Nordeste brasileiro para os fatores regiões de produção, idades e sexos. Foram utilizados dados da raça Tabapuã do Nordeste brasileiro, coletados a partir de 1970, provenientes do controle de desenvolvimento ponderal da Associação Brasileira de Criadores de Zebuíno (ABCZ) com informações relativas a pesos ajustados para 205, 365 e 550 dias de idade. As transformações em escores de Blom e Box-Cox foram utilizadas na tentativa de corrigir a heterogeneidade de variâncias para os fatores regiões de produção, idades e sexos. O teste de Bartlett foi aplicado antes e após a transformação dos dados para verificar se houve redução da heterogeneidade de variâncias fenotípicas. A transformação em escores de Blom foi efetiva na redução dos coeficientes de assimetria e curtose e mostrou-se mais adequada do que a transformação de Box-Cox para correção da heterogeneidade de variâncias fenotípicas entre regiões de produção, idades e sexos, uma vez que apresentou um maior número de resultados favoráveis.
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Os componentes da variância da taxa de crescimento da firma

Brito, Luiz Artur Ledur 08 April 2005 (has links)
Made available in DSpace on 2010-04-20T20:48:02Z (GMT). No. of bitstreams: 3 127134.pdf.jpg: 12197 bytes, checksum: d6555859e3afc1a8ebe7115f20f404ff (MD5) 127134.pdf.txt: 441358 bytes, checksum: 6bf500377ea30cc7c585ee3246d889e7 (MD5) 127134.pdf: 3942764 bytes, checksum: ab6d5ef911934f9ff2a64b24c336789b (MD5) Previous issue date: 2005-04-08T00:00:00Z / One of the main characteristics of strategy as a field of research is its focus on the individuality of firms in contrast with economics where the focus moves to the industry. Firms differ in several dimensions and these differences constitute the essence of the research interest in strategy. One of these dimensions is the rate at which firms increase or decrease in size – firm growth. This dissertation analyzed the structure of variability of firm growth rates with the objective of identifying groups of factors that determine this variability and its relative influence. The research was done using an international sample of 13,221 firms, from 47 countries and 216 industries during the period of 1994 to 2002. Data was obtained from the Compustat Global database, maintained by Standard and Poor’s. The raw data was made comparable by accounting for inflation and currency changes using indexes form the World Bank Development Indicators. The variance components technique, normally used in field such as genetics and biology to study the naturally occurring variability, was used to understand the variance composition of firm growth rates. The main finding was that individual, idiosyncratic factors of each firm are responsible for the greatest portion of explained variance. Firm effects dominate the explanation of observed variance while country and industry effects have shown a much smaller influence. The predominance of firm effects has relevant theoretical implications. First, it offers a strong support to the approach of Penrose (1959) to firm growth, who considered growth as a natural, endogenous process, deriving from the use of firm specific resources. It can also be used to question the relevance of some economic approaches to firm growth that prioritize effects associated to industry like industry evolution and concentration. This connection between firm growth and individual firm resources also allows one to see growth as an additional dimension of competitive advantage linking this research with the resource-based view of strategy (RBV). One of the managerial implications of this finding relates to the efficacy of public policies to promote firm growth. Industry effects were found to be generally small, often smaller than country effects. Public policies targeted at industry level may then be affecting a less significant source of variation in firm growth rates. The results suggest that policies targeted at the individual firm level, and their individual resources may be much more effective in promoting growth. Even policies that address country infrastructure, like health, education, transport may be more effective than industry oriented policies due to the higher relevance of country effects in relation to industry effects in most cases. Besides its main contribution, the study also explored several other aspects about growth rates and their variability allowing several secondary conclusions. / Uma das principais características da estratégia como campo de conhecimento é o seu foco no estudo da individualidade das empresas em contraste com a economia que foca prioritariamente os ramos de negócios. As empresas diferem entre si em várias dimensões e estas diferenças constituem a essência do interesse de pesquisa em estratégia. Uma destas dimensões é a velocidade com que as empresas crescem ou diminuem de tamanho. Esta tese analisou a estrutura de variabilidade das taxas de crescimento das empresas tendo como objetivo identificar grupos de fatores que influem nesta variabilidade e a magnitude relativa desta influência. O estudo foi feito sobre uma amostra internacional com 13.221 empresas de 47 países e 216 ramos de negócios diferentes no período 1994 a 2002. Os dados originais foram obtidos da base de dados Compustat Global, mantida pela Standard and Poor’s, e combinados com índices do World Bank Development Indicators para considerar o efeito de inflação e mudanças de moedas nos vários países. A técnica de componentes de variância, normalmente utilizada para analisar a variabilidade natural em áreas como genética e biologia, foi usada para entender a composição da variância das taxas de crescimento. O principal achado foi que os aspectos individuais, idiossincráticos a cada empresa, respondem pela maior parcela da variância. Outros fatores como o país e o ramo de negócios têm uma influência menor. No plano teórico, a predominância do efeito empresa individual na explicação da variabilidade das taxas de crescimento oferece suporte empírico à abordagem de Penrose (1959) que considera o crescimento como um processo natural, endógeno decorrente dos recursos da empresa e se contrapõe a abordagens econômicas que usam efeitos prioritariamente associados ao ramo de negócios como determinantes do crescimento das firmas. Estes resultados também permitem ver o crescimento como um dos resultados do uso de recursos superiores e, portanto, como uma dimensão adicional do construto vantagem competitiva, ligando o trabalho à visão baseada em recursos da estratégia (RBV). Uma das possíveis implicações gerenciais da pesquisa refere-se à eficácia de políticas públicas de crescimento. Sendo o efeito do ramo de negócios no crescimento tão pequeno, estes dados colocam em dúvida a eficácia de políticas setoriais e indica que políticas que dêem recursos à empresa individual ou que se direcionem ao fortalecimento de instituições de infraestrutura do país, como educação, transporte, saúde, possam ter maior eficácia em promover o crescimento das empresas através do efeito país. Além da contribuição principal o estudo permitiu várias conclusões secundárias sobre o a variabilidade das taxas de crescimento das empresas.
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Estudo genético e quantitativo da contagem de células somáticas em bubalinos leiteiros

Mendoza-Sánchez, Geovanny [UNESP] 05 November 2007 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-11-05Bitstream added on 2014-06-13T19:02:48Z : No. of bitstreams: 1 mendozasanchez_g_dr_jabo.pdf: 284774 bytes, checksum: 92c1507cf74421e8e38247e70aded393 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Considerando-se que a contagem de células somáticas (CCS) de amostras de leite é um valioso indicador da saúde do úbere de búfalas, foi desenvolvido este trabalho com o objetivo de estimar a relação existente entre a CCS e a produção de leite (PL). Foram analisadas informações de 9404 amostras de controles de CCS e PL, referentes a 2198 lactações de animais da raça Murrah com idades entre 2 e 15 anos, filhas de 187 reprodutores, que ocorreram entre os anos 1997 e 2005. Para quantificar as perdas de PL em relação à CCS, nas análises de variância para a variável PL, foram incluídos no modelo os efeitos fixos de fazenda, ordem e ano de parto e estação do parto o escore da contagem de células somáticas (ECCS) como covariável, o efeito de animal dentro da fazenda foi considerado como aleatório. Para a estimação de parâmetros genéticos para a CCS, utilizaram-se “test day models”, a média da contagem de células somáticas na lactação (CCSt270) e a produção de leite aos 270 dias (PL270); os componentes de (co) variância foram estimados usando método de máxima verossimilhança restrita. A CCS de cada mês da lactação foi considerada como uma característica distinta, em análises uni e bicaracterísticas, o modelo incluiu como efeitos aleatórios, o genético aditivo direto e de ambiente permanente e residual. Além disso, foram considerados como efeitos fixos: grupo de contemporâneos, número de controle e idade da vaca ao parto como covariável (efeito linear e quadrático). Para a CCSt nos diferentes meses, os grupos de contemporâneos foram definidos como... / Considering that the somatic cells count (SCC) of samples of milk is a valuable indicator of the health of the buffaloes’ udder, this work was developed with the objective of estimating the relationship between SCC and milk yield (MY). Information on 9404 SCC and MY controls were analyzed. Data contained 2198 lactations of Murrah animals aging between 2 and 15 years, daughters of 187 sires, from 1997 and 2005. To quantify the decreases of MY in relation to SCC, the analyses of variance for the variable MY, included in the model a random animal effect nested in farm and the fixed effects of farm, order and year of parity and season of parity, somatic cells count score (SCCE) as covariate. For estimating genetic parameters for SCC, “test day models were used. For average of somatic cells count in the lactation (SCCt270) and milk yield to 270 days (MY270); the (co) variance components were estimated using Restricted Maximum Likelihood (MTDFREML). SCCs of every month of lactation were considered as different traits in single and double trait analyses. The model included genetic additive, permanent environmental (for SCCt270 and for MY270) and residual random effects. Other fixed effects were: contemporary group; control number and age of cow at parity as a covariate (linear and quadratic effects). For CCSt, contemporary groups were defined as flock-year-month of the control, and for SCCt270 and MY270 as herd-year- season of the parity. x It was found that all effects influenced the expression of SCCE. For first parity females, no relationship between MY and SCC was found. The results indicated that the largest decreases were observed in females with more than one parity. This category... (Complete abstract click electronic access below)
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Persistência da lactação e Influência da estrutura de dados sobre a estimação de parâmetros genéticos para a produção de leite de bovinos da raça Holandesa

Sousa Júnior, Severino Cavalcante de [UNESP] 24 February 2010 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:32Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-24Bitstream added on 2014-06-13T18:45:22Z : No. of bitstreams: 1 sousajunior_sc_dr_jabo.pdf: 1454758 bytes, checksum: 5d233cf3c874be7d7b3c671f43249a20 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Para o presente estudo foram utilizadas 3.202 primeiras lactações, de vacas da raça Holandesa pertencentes a quatro fazendas da região Sudeste, registradas semanalmente, com o objetivo de verificar a influência da estrutura de dados de produção de leite no decorrer da lactação, sobre os parâmetros genéticos estimados por modelos de regressão aleatória. Foram testados quatro arquivos contendo estruturas diferentes de dados. O arquivo de controles semanais (CS) contava com 122.842 controles, o arquivo mensal (CM) com 30.883 controles, o bimestral (CB) com 15.837 controles, e por fim, o arquivo de controles trimestrais (CT) continha de 12.702 controles. O modelo utilizado foi o de regressão aleatória, e como aleatórios foram considerados os efeitos genético aditivo e o de ambiente permanente de animal. A ordem das funções de covariância para estes dois efeitos foi de sexta ordem para efeito genético aditivo e de sétima ordem para o efeito de ambiente permanente, com variâncias residuais heterogêneas a estrutura de variâncias residuais foi modelada por meio de uma “step function” O modelo teve como efeito fixo os grupos de contemporâneos (GC) comuns para todos os arquivos de dados. Os GC foram compostos por fazenda, mês e ano do controle,e como co-variável a idade da vaca ao parto (regressão linear e quadrática) e o número de dias em lactação (regressão fixa para a média populacional). Todos os arquivos de dados estudados foram analisados incluindo arquivo de genealogia composto por 4.380 animais com 3202 mães e 228 touros. As estimativas de herdabilidades para produção de leite apresentaram tendências semelhantes entre os arquivos de dados analisados, com maior semelhança entre os bancos CS, CM e CB. As estimativas de herdabilidade para produção de leite no dia do controle (PLDC) do banco CT apresentou pequenas diferenças, em relação aos demais... / To this study the first 1293 Holstein dairy lactation registered weekly were used, having cows belonging to four farms in the Southeast region of Brazil, aiming verify the milk production data structure influence during lactation under genetic parameters estimated by random regression models. Four files with different data structures were tested. The week control files (CS) counted with 122,842 controls; the month files (CM), 30,883 controls; the bimestrial (CB) had 15,837 controls and finally the quarterly (CT) had 12,702 controls. It was used the random regression model and, as random, the genetic additive and the animal permanent environmental effects were considered. The covariance function to these two effects was the sixth grade to the genetic effect additive and the seventh grade to the permanent environmental effect, having heterogeneous residual variances, and the residual variance structure was modeled by a “step function”. The model had as the fixed effect the contemporaneous groups (GC) commons to all data set, GC were compounded by farm, month, and year of control. The co-variable was the cow age at birth (linear and quadratic regression) and the milking days (fixed regression to the population average). All evaluated data files presented genealogy file composed by 4,380 animals having 1,416 mothers and 228 bulls. The estimate of heritability presented tendencies similar among the analyzed data, having the higher similarity CS, CM and CB. The CT presented small differences in the estimate of heritability when compared to the others. The CB data file presented all the analyzed genetic parameters estimative with the same tendency and magnificence of the CS and CM, allowing the milk control in a CB structure, random regression model in genetic evaluations speaking. The genetic values (VG) to partial milking period production were predicted (MRA100, MRA200, MRA300 e MRA90_305) ...(Complete abstract click electronic access below)
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PARÂMETROS GENÉTICOS E CURVA DE CRESCIMENTO PARA CARACTERÍSTICAS DE DESEMPENHO DE EQUINOS DO EXÉRCITO BRASILEIRO / GENETIC PARAMETERS AND GROWTH CURVE FOR PERFORMANCE TRAITS TO BRAZILIAN ARMY HORSES

Dornelles, Mariana de Almeida 28 February 2011 (has links)
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / This study aimed in the Article 01, to compare the magnitude of the coefficients of heritability and genetic correlations estimated by two different methodologies, and to estimate the genetic and phenotypic trends for the characteristics of height at the withers (AC24) and weight at 24 months of age (P24). In Article 02 the objective was to identify among the various mathematical functions mentioned in the literature, which of them best describes the growth curve for the Brasileiro de Hipismo equine breed Brazilian Equestrian (BH) and for animals without definite breed (SRD) for a population of horses belonging to the Brazilian Army. The estimation of variance components to estimate genetic parameters and predict breeding values, was performed by the Derivative-Free Restricted Maximum Likelihood Method (REML) and by Bayesian Inference Method (BIM). The average heritability estimates obtained by BIM for AC24 (0.54) and P24 (0.41) presented higher values than those obtained by REML (0.37 and 0.52, respectively). The regression of average additive genetic merit on the year of birth, showed that the average breeding values for AC24 presented a slight downward trend over the years, with virtually no genetic tendency, the average breeding values for P24 animals showed oscillatory behavior, with negative genetic trend of -0.38 kg. The genetic correlation between traits, high and positive, suggest that selection for AC24 will increase P24 at the same age. Estimated genetic trends indicate that the selection, which aims to reduce P24 and increase AC24 in this population, has been relatively successful in reducing the P24, however, it is not being efficient to increase AC24. In Article 02 the values obtained for Absolute Mean Deviation were low, ranging from 0.01 to 0.18 for the BH breed animals and from 0.02 to 0.17 for SRD horses, revealing the occurrence of small variations, being lower for the Brody (1924) and Bianchini Sobrinho and higher for the Papajcsik & Bodero (1988) model. The values obtained for the Residual Mean Square were low, ranging from 0.002 to 0.089 for BH breed animals and from 0.002 to 0.042 for SRD animals. Nonlinear models of Brody (1924) and Bianchini Sobrinho were the ones that provided the best fit for the wither height characteristic for BH breed and for SRD animals in a Brazilian Army population. / Este trabalho teve por objetivo no Artigo 01, comparar a magnitude coeficientes de herdabilidade e de correlação genética estimados pelo Método da Máxima Verossimilhança Restrita (REML) e por Inferência Bayesiana (IB), além de estimar as tendências genéticas e fenotípicas para as características de altura na cernelha (AC24) e peso aos 24 meses de idade (P24); no Artigo 02 o objetivo foi identificar entre as diversas funções matemáticas citadas na literatura, as que melhor descrevem a curva de crescimento de equinos da raça Brasileiro de Hipismo (BH) e de animais sem raça definida (SRD) para uma população de equinos do Exército Brasileiro. As estimativas de herdabilidade médias obtidas por IB para AC24 (0,54) e P24 (0,41) foram superiores àquelas obtidas por análise bicaracterística pelo REML (0,37 e 0,52, respectivamente). A partir da regressão do mérito genético aditivo sobre o ano de nascimento, observou-se que a média dos valores genéticos dos animais para AC24 apresentou tendência genética praticamente nula, a média dos valores genéticos dos animais para P24 apresentou tendência genética negativa de -0,38 kg. A correlação genética entre as características, alta e positiva, sugere que a seleção para AC24 deve promover aumento do P24 a esta mesma idade. As tendências genéticas obtidas para as características avaliadas, próximas de zero, indicam que a seleção realizada vem promovendo pequena redução no P24; porém não está promovendo aumento para AC24 a esta mesma idade, nesta população. Nos dez modelos avaliados no Artigo 02 os valores obtidos para o Desvio Médio Absoluto foram baixos, variando de 0,01 a 0,18 para animais da raça BH e de 0,02 a 0,17 para animais SRD, revelando a ocorrência de pequenas variações, sendo as menores para os modelos Brody (1924) e Bianchini Sobrinho e as maiores para o modelo Papajcsik & Bodero (1988). Os valores obtidos para o Quadrado Médio do Resíduo foram baixos, variando de 0,002 a 0,089 para animais da raça BH e 0,002 a 0,042 para animais SRD. Os modelos não lineares de Brody (1924) e Bianchini foram os que forneceram melhor ajuste para a característica altura na cernelha, para a raça BH e para animais SRD do Exército Brasileiro.
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PARÂMETROS GENÉTICOS E TENDÊNCIAS GENÉTICAS E FENOTÍPICAS PARA CARACTERÍSTICAS PRODUTIVAS PARA UMA POPULAÇÃO DA RAÇA ABERDEEN ANGUS / GENETIC PARAMETERS AND GENETIC AND PHENOTIPIC TRENDS FOR PRODUCTIVE CHARACTERISTICS FOR AN ABERDEEN ANGUS BREED POPULATION

Weber, Tomás 29 February 2008 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / This study had as objective to estimate genetic parameters and genetic and phenotypic progress for growing characteristics at pre and post weaning for an Aberdeen Angus cattle breed. The covariance components were obtained by the REML using an animal model. In the article 01 they were analyzed the characteristics birth weight (PN), average daily gain from birth to weaning (GMDND), weaning weight adjusted to 205 days of age (P205) and visual scores (EVs) of conformation (C), precocity (P), musculature (M) and size (T), at the pre weaning phase, from 23,176 animals born between the years 1994 and 2004. The direct and maternal heritabilities were: 0.27 and 0.11, 0.26 and 0.21, 0.24 and 0.07, 0.15 and 0.17, 0.12 and 0.08, 0.12 and 0.10, and 0.19 and 0.09, respectively to PN, GMDND, P205, C, P, M, and T. The genetic correlations between GMDND and EVs ranged from 0.55 to 0.66 and for the EVs in between themselves, from 0.50 to 0.92. The genetic trends for PN, GMDND, P205 (g/year) and for C, P, M e T (points/year) were: 17.5, 1.1, 220.9, 0.0046, 0.003, 0.0044, and 0.0063 and the phenotypic were 29.8, -3.3, 467.9, 0.0037, -0.0044, 0.0153, and -0.0163 respectively. The direct heritabilities suggest that it can be possible to get genetic gain by selection in this population, although for the EVs, this must be expected in low proportions. The genetic correlations between GMDND and EVs shows that selection for GMDND promotes improvement in EVs and vice-versa, suggesting that selection index combining these characteristics can be an efficient alternative selection method. The positive genetic trends indicate that it is occurring genetic progress; however the phenotypic, negative, for same characteristics suggest the necessity that to improve the environmental conditions to permit the expression of the genotype. In article 02 it were analyzed the post weaning characteristics yearling weight adjusted to 550 days of age (P550), average daily gain from weaning to yearling (GMDDS), and the EVs, according to Article 01. In post weaning phase the data were composed by observations on 28,349 animals, born from 1993 to 2003. The direct heritabilities estimated were: 0.23, 0.16 , 0.13, 0.11, 0.16 and 0.13, to P550, GMDDS, C, P, M and T, respectively. The genetic correlations between GMDDS and the EVs range from 0.27 a 0.43 and between the EVs ranged from 0.01 a 0.92. The genetic trends estimated for P550 and GMDDS (g/year) and for C, P, M, and T (points/year) were: 193.2; 0.1, 0.0054, 0.0035, 0.0057, and 0.0026, respectively. The phenotypic trends for the same characteristics were: 3,868, -2.2, 0.0189, -0.0013, 0.0217 and -0.0016, respectively. The direct heritabilities estimated suggest to be possible to get genetic gain by selection in this population. The genetic correlations between GMDDS and the EVs suggest that the selection for GMDDS promote improvement in EVs and vice-versa; for the EVs between themselves the correlations were height between C, P and M (0.79 to 0.92) and low between these and T (0.01 to 0.30). The genetic trends indicate that the selection is promoting, although low, genetic progress; however the phenotypic, negative, for same characteristics suggest that more attention must be given to the environmental conditions to permit the expression of the genotype. / Este estudo teve como objetivo estimar parâmetros genéticos e o progresso genético para as características de desempenho na pré e na pós-desmama, para uma população bovina da raça Aberdeen Angus. Os componentes de (co)variância foram estimados por REML, utilizando modelo animal. No artigo 01 foram analisadas as características peso ao nascer (PN), ganho médio diário do nascimento a desmama (GMDND), peso a desmama ajustado para 205 dias (P205) e os escores visuais (EVs) conformação (C), precocidade (P), musculatura (M) e tamanho (T), na fase pré-desmama, de 23.176 animais, nascidos entre os anos de 1994 e 2004. As herdabilidades diretas e maternas foram: 0,27 e 0,11, 0,26 e 0,21, 0,24 e 0,07, 0,15 e 0,17, 0,12 e 0,08, 0,12 e 0,10 e 0,19 e 0,09, para PN, GMDND, P205, C, P, M e T, respectivamente. As correlações genéticas entre o GMDND e os EVs variaram de 0,55 a 0,66, e para os escores visuais entre si de 0,50 a 0,92. As tendências genéticas para PN, GMDND, P205 (g/ano) e para C, P, M e T (pontos/ano) foram 17,5; 1,1; 220,9; 0,0046; 0,003; 0,0044 e 0,0063 e as fenotípicas foram 29,8; -3,3; 467,9; 0,0037; -0,0044; 0,0153 e -0,0163, respectivamente. As herdabilidades diretas sugerem ser possível obter ganho genético através da seleção nesta população, embora, para os EVs, esse deve ser esperado em pequena proporção. As correlações genéticas entre GMDND e os EVs indicam que a seleção para GMDND promove melhoria nos EVs e vice versa, sugerindo que a adoção de índices de seleção combinando essas características pode ser uma alternativa eficiente de seleção. As tendências genéticas, positivas, indicam estar havendo progresso genético; porém, as fenotípicas, negativas para algumas características, sugerem a necessidade de melhorias nas condições ambientais para viabilizar a expressão do genótipo. No artigo 02 foram analisadas as características peso ao sobreano ajustado para 550 dias de idade (P550), ganho médio diário de peso da desmama ao sobreano (GMDDS) e os EVs conforme o Artigo 01. Na fase pós-desmama o banco de dados continha registros de 28.349 animais, nascidos entre os anos de 1993 e 2003. As estimativas de herdabilidade foram: 0,23; 0,16; 0,13; 0,11; 0,16 e 0,13, para P550, GMDDS, C, P, M e T, respectivamente. As correlações genéticas entre o GMDDS e os EVs variaram de 0,27 a 0,43 e para os escores visuais entre si de 0,01 a 0,92. As tendências genéticas estimadas para P550 e GMDDS (g/ano), e para C, P, M e T (pontos/ano) foram: 193,2; 0,1; 0,0054; 0,0035; 0,0057, e 0,0026, respectivamente. As tendências fenotípicas para as mesmas características foram: 3,868; -2,2; 0,0189; -0,0013; 0,0217 e -0,0016, respectivamente. As herdabilidades diretas estimadas sugerem ser possível obter ganho genético através da seleção nesta população. As correlações genéticas entre GMDDS e os EVs sugerem que a seleção para GMDDS promove melhoria nos EVs e vice versa; para os EVs entre si foram altas as correlações entre C, P e M (0,79 a 0,92) e baixas entre estes e T (0,01 a 0,30). As tendências genéticas demonstram que a seleção praticada está promovendo, embora pequeno, ganho genético; entretanto as fenotípicas, negativas para algumas características, indicam que deve ser dada mais atenção ao ambiente visando favorecer a expressão do genótipo.
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Modelos de curvas de crescimento e regressão aleatória em linhagens nacionais de frango caipira / Models of growth curves and random regression lines in national free-range chickens

Gregorí Alberto Rovadoscki 07 December 2012 (has links)
A avicultura é uma das principais atividades agropecuárias do Brasil, em 2011 o país produziu 12.230 toneladas de carne de frango, sendo o 3º maior produtor de frango do mundo, apenas atrás dos EUA e China. Parte deste êxito se deve principalmente ao melhoramento genético animal implantado nas últimas décadas. Os objetivos nesse estudo foram: 1º - Comparar as funções das curvas de crescimento: von Bertalanffy, Gompertz, Logística, Richards e Brody, pelo método dos Mínimos Quadrados Ordinários (QMO) e Quadrados Mínimos Ponderados (QMP) a dados de peso vivo para as linhagens experimentais de frango caipira (7P, Caipirão da ESALQ, Caipirinha da ESALQ e Carijó Barbado) e selecionar uma curva de crescimento que melhor descreva o padrão de crescimento para cada linhagem, e estimar os componentes genéticos (herdabilidades e correlações genéticas) dos parâmetros destas funções sob análise bicaracterística; 2º - Comparar modelos com diferentes ordens de ajuste por meio de funções polinomiais de Legendre, sob modelos de regressão aleatória, com variância residual heterogênea, para a estimação dos componentes de (co) variância e avaliação genética de linhagens experimentais de frango caipira (7P, Caipirão da ESALQ, Caipirinha da ESALQ e Carijó Barbado). O modelo que melhor se adequou a curva de crescimento para as linhagens estudadas foi à função de Gompertz ajustado pelo método dos Quadrados Mínimos Ponderados (QMP). Os parâmetros genéticos estimados para as medidas e dos modelos Gompertz ponderado podem ser utilizados como critérios de seleção, pois parecem ter efeito genético considerável para estas características. No entanto, deve-se haver cautela na utilização do parâmetro como critério de seleção para a linhagem Carijó Barbado devido a baixa herdabilidade. As correlações genéticas e fenotípicas entre as características e foram negativas e altas. Indicando que quanto maior o peso assintótico menor a taxa de crescimento. Dentre os modelos de Regressão Aleatória estudados o polinômio de 3ª ordem foi o que melhor se adequou para descrever as curvas de crescimento das linhagens estudadas. As estimativas de variâncias, herdabilidades foram afetadas pela modelagem da variância residual. Em geral as herdabilidades estimadas para as idades de 1 a 84 dias variaram de moderadas a altas para as linhagens estudadas, indicando que qualquer idade pode ser utilizada como critério de seleção. A seleção aos 42 dias de idade pode ser mantida como critério de seleção. / Aviculture is one of the main agribusiness activities in Brazil, in 2011 the country produced 12,230 tons of broiler meat, was the 3rd largest producer of broiler in the world, only behind the USA and China. Part of this success is mainly due to animal genetic improvement implemented in recent decades. In this study, our objectives were: 1 - to compare the functions of the Von Bertalanffy, Gompertz, Logistic, Richards and Brody growth curves by the Ordinary Least Squares and Weighted Least Squares method, from data for body weight from experimental free-range chicken lines (7P, Caipirão da ESALQ, Caipirinha da ESALQ and Carijó Barbado) and select a growth curve that best describes their growth. From this, estimates of the genetic components (heritability and genetic correlations) of the parameters of these functions under bivariate analysis; 2 - Comparing models with different orders of adjustment by means of Legendre polynomial functions under random regression models with heterogeneous residual variance for the estimation of (co) variance and genetic evaluation of experimental free-range chicken lines (7P, Caipirão da ESALQ, Caipirinha da ESALQ and Carijó Barbado). The model that best adapted the growth curve for all lines studied was the Gompertz function adjusted using weighted least squares. Genetic parameters for measurements and can be used as selection criteria because they seem to have considerable genetic effects for these characteristics. There should be caution in using the parameter as a selection criterion for the Carijó Barbado line due to low heritability. The genetic and phenotypic correlations between traits and were negative and high, indicating that the higher the asymptotic weight, the lower the growth rate. Among the Random Regression models studied the 3rd order polynomial was best adapted to describe the growth curves of the lines studied. Estimates of variances and heritabilities were affected by residual variance modeling. Overall heritability estimates between 1 to 84 days of age ranged from moderate to high for all lines, indicating that any age can be used as a selection criterion, including maintaining the current selection at 42 days of age.

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