Made available in DSpace on 2015-04-11T13:38:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Adriel Lira.pdf: 4318214 bytes, checksum: 17a49f6b03049018fdcff3167210aafd (MD5) Previous issue date: 2013-10-29 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A larga comercialização dos grandes bagres migradores amazônicos iniciou-se em meados década de 70 com o aumento dos incentivos fiscais na abertura de novos portos de desembarque pesqueiro e frigoríficos locais. A piraíba preta (Brachyplatystoma capapretum) compõe uma das espécies de bagres amazônicas largamente comercializadas, compartilhando sua captura com a piraíba (Brachyplatystoma filamentosum), devido a difícil discriminação dos seus caracteres morfológicos. Esta dissertação divide-se em dois capítulos no formato de artigos científicos. No capítulo I foram desenvolvidos 24 locos microssatélites por bibliotecas genômicas enriquecidas e testado sua amplificação nas demais espécies do gênero Brachyplatystoma. Apenas três locos foram monomórficos nas amplificações em 26-38 indivíduos de B.capapretum. O número de alelos por loco variou de 1 à 12 e valores na heterozigosidade observada e esperada variaram de 0.02 à 0.93, e 0.08 à 0.81, respectivamente. Três locos apresentaram desvio de HWE e foi sugerida a presença de alelos nulos em outros seis locos microssatélites. Na amplificação heteróloga, locos monomórficos espécie-específicos (BC04 e BC06) apresentaram polimorfismo nas demais espécies. Estes locos desenvolvidos podem servir de ferramentas para posteriores estudos de genética de populações nas demais espécies do gênero Brachyplatystoma. No capítulo II foram descriminados geneticamente 194 indivíduos de Brachyplatystoma pertencentes a cinco espécies de bagres comerciais (B.filamentosum, B.capapretum, B.rousseauxii, B.vaillantii e B.platynemum). A análise da estrutura populacional foi inferida por marcadores mitocondriais (região controle) com base em 186 exemplares de B.capapretum provenientes de nove localidades amazônicas. Foram sequenciados 914 pb da região controle do DNAmt onde se observou 75 haplótipos e 58 haplótipos únicos. A média da diversidade haplotípica (HD) foi de 0,939 e diversidade nucleotídica (π) de 0,0034. Posteriormente, 164 indivíduos de B.capapretum foram genotipados com base em oito locos microssatélites, selecionados de acordo com sua eficiência de amplificação e conteúdo de polimorfismo. Agrupamentos significantes para as localidades do rio Purus e Rio Madeira foram evidenciados pela AMOVA dos dados mitocondriais, onde 12,03% da variação genética estavam contidas nesses tributários, quando comparados às demais localidades. Outros agrupamentos também foram revelados através dos oitos locos microssatélites, onde o Rio Branco apresentou valores significativos de FST e baixos números de migrantes. Contudo, as análises Bayesianas para estrutura populacional em ambos os marcadores não descartam a hipótese de panmixia nas populações de B.capapretum, sendo observadas fortes tendências ao fluxo gênico entre as localidades. Os resultados obtidos foram contextualizados nas principais mudanças geológicas ocorridas na bacia Amazônica e enfocado medidas conservacionistas para B.capapretum.

Cariniana legalis Mart. O. Kuntze (Lecidiaceae) is the largest tree of the Atlantic Forest. To contribute to in situ and ex situ genetic conservation programs for the species, herein we investigate the genetic diversity, inbreeding, intrapopulation spatial genetic structure (SGS), mating system and contemporary pollen flow in three fragmented populations of this species. We found 65 adult trees in the Ibicatu population, 22 in MGI, and four in MGII. Seeds were hierarchically sampled among and within fruits directly from the canopy of 15 seed-trees in Ibicatu (n= 40), five seed-trees in MGI (n= 50), and two seed-trees in MGII (n= 100). Thirteen specific microsatellite loci were developed and validated for 51 C. legalis trees. Eleven loci were polymorphic, revealing a maximum of two to 15 alleles per locus. Using the progeny arrays and seed-tree genotypes, we investigated the Mendelian inheritance, genetic linkage and genotypic disequilibrium of seven microsatellite loci specifically isolated for C. legalis and two previously developed heterologous microsatellite loci. No notable deviations from the expected Mendelian segregation, linkage, or genotypic disequilibrium were detected. The average allelic richness in the adult cohort of Ibicatu was 11.65 and 14.29 for MGI-II and for seeds it was 14.18 in Ibicatu and 10.85 in MGI-II; the average observed heterozygosity for adults of Ibicatu was 0.811 and 0.838 for MGI-II and for seeds it was 0.793 in Ibicatu and 0.786 in MGI-II; the average expected heterozygosity for adults of Ibicatu was 0.860 and 0.900 for MGI-II and for seeds it was 0.856 in Ibicatu and 0.853 in MGI-II. The average fixation index was significantly greater than zero for adults and seeds from both populations. Multilocus outcrossing rate ( m t ) in the three populations was significantly lower than unity (1.0), especially in MGII ( m t = 0.830). The rate of mating among relatives was significant when compared to zero only for Ibicatu ( ????0.266) m s t t . Paternity correlation is substantially higher within than among fruits. The average coancestry coefficient ( ??) was higher and variance effective size ( e N ) was lower than expected for halfsib progenies in all three populations. The number of seed-trees necessary for seed collection to obtain progeny arrays with an effective size of 150 was estimated between 54 to 58 seedtrees. The pollen immigration rate was low, especially for the small stands (maximum of 0.4% for MGI), indicating significant genetic isolation of MGI and MGII. The effective pollination radius was also low in MGI (68 m) and MGII (191 m). For MGII, we also found higher levels of selfing (18%) than for Ibicatu (6%) and MGI (6.4%). The substantial genetic isolation of these stands suggest that we can expect an increase in SGS in the future and strategies to increase gene flow and effective population size, such as transplanting individuals among the populations, are desirable for long term in situ conservation. In conclusion, this study produced valuable information for the management of fragmented populations of C. legalis, contributing to breeding programs and providing guidelines for seed collection aimed at conservation and reforestation programs. / Cariniana legalis Mart. O. Kuntze (Lecidiaceae) é a maior árvore da Mata Atlântica. Para contribuir com a conservação in e ex situ nós investigamos a diversidade genética, endogamia, estrutura genética espacial intrapopulacional (EGE), sistema de reprodução e fluxo contemporâneo de pólen em três populações fragmentadas da espécie. Encontrámos 65 árvores adultas na população Ibicatu, 22 em MGI, e quatro em MGII. As sementes foram colhidas e amostradas hierarquicamente entre e dentro de frutos diretamente da copa de 15 árvores matrizes em Ibicatu (n = 40), cinco em MGI (n = 50), e duas em MGII (n = 100). Treze locos microssatélites foram desenvolvidos e validados em 51 indivíduos de C. legalis. Onze deles foram polimórficos, revelando um máximo de dois a 15 alelos por loco. Usando os genótipos das progênies e matrizes, foi investigada a herança mendeliana, ligação genética e desequilíbrio genotípico de sete locos isolados de C. legalis e dois heterólogos. Não foram detectados desvios notáveis da segregação mendeliana, de ligação, ou desequilíbrio genotípico. A riqueza alélica média de adultos de Ibicatu foi 11,65 e 14,29 para MGI-II e para as sementes foi de 14,18 em Ibicatu e 10,85 na MGI-II, a heterozigosidade média observada para adultos em Ibicatu foi 0,811 e 0,838 para MGI-II, para as sementes foi de 0,793 em Ibicatu e 0,786 em MGI-II, a heterozigosidade média esperada para adultos de Ibicatu foi 0,860 e 0,900 para MGI-II, para as sementes foi de 0,856 em Ibicatu e 0,853 em MGI-II. O índice médio de fixação foi significativamente maior do que zero para adultos e sementes de ambas as populações. A taxa de cruzamento Multilocus (? ) nas três populações foi significativamente menor do que a unidade (1,0), especialmente para MGII ( = 0,830). A taxa de acasalamento entre parentes foi significativa apenas para Ibicatu ( . A correleção de paternidade foi substancialmente maior dentro do que entre os frutos. O coeficiente médio de coancestria (?) foi maior e variação de tamanho efetivo (Ne ) foi menor do que o esperado para progênies de meio-irmãos em todas as populações. O número estimado de árvores matrizes necessárias para a coleta de sementes para se obter um tamanho efetivo de 150 foi de 54-58 árvores. A taxa de imigração de pólen foi baixa, especialmente para os fragmentos menores (máximo de 0,4% para MGI), indicando isolamento genético significativo. O raio efetivo de polinização foi baixo em MGI (68 m) e MGII (191 m). Para MGII também encontramos níveis mais elevados de autofecundação (18%) do que para Ibicatu (6%) e MGI (6,4%). O isolamento genético substancial desses estandes sugerem que podemos esperar um aumento na EGE e que estratégias para aumentar o fluxo gênico e tamanho efetivo da população, como o transplante de indivíduos nas populações, são desejáveis para o longo prazo. Em conclusão, este estudo gerou informações valiosas para a gestão de populações fragmentadas de C. legalis, contribuindo para programas de melhoramento e fornecendo orientações para a coleta de sementes destinadas a programas de conservação e reflorestamento.

Genetic variation is essential for biological evolution, for maintaining viability of populations, and to ensure ecosystem resilience. Increased human exploitation and environmental change result in rapid loss of biological variation, including genetic diversity. Measures to halt this trend require that biological diversity is assessed and monitored. Assessment of biodiversity includes identifying patterns of distribution of genetic variation within individual species. This thesis focuses on spatial genetic structure and assessment of units for conservation in continuous environments without apparent migration barriers. Empirical data refer to Scandinavia and the model species are northern pike (Esox lucius), brown trout (Salmo trutta), and harbour porpoise (Phocoena phocoena). Questions regarding monitoring genetic diversity and releases of alien populations are also addressed.  The spatial genetic structure of the northern pike in the Baltic Sea is characterized by isolation by distance and continuous genetic change. Positive genetic correlation was found among pike within geographical distances of less than 150 km. This distance may be used to suggest management units in this area. For the brown trout, genetic monitoring identified two sympatric populations within a small mountain lake system. The situation is characterized by a clear genetic but no apparent phenotypic dichotomy. Scientific support for a genetically distinct Baltic harbour porpoise population is limited, and the spatial genetic structure of the harbour porpoise in Swedish waters needs to be clarified. Data for launching conservation genetic monitoring programs is available for only a few Swedish species. Millions of forest trees, fish, and birds are released annually in Sweden and the documentation on these releases is poor. To meet responsibilities of safeguarding biodiversity and surveying biological effects of releases, there is an urgent need for studies aimed at evaluating genetic diversity. / At the time of the doctoral defense, the following paper was unpublished and had a status as follows: Paper 2: Manuscript.

Bumblebees have shown both long and short-term declines throughout their range. These declines may be attributed to a range of factors including changes in land use, alterations in climatic conditions and species introductions. However, management strategies for bumblebee conservation often focus on provision of summer forage resources and other factors are frequently overlooked. Provision of spring forage and nesting sites for bumblebee queens are rarely considered, though colony foundation and early colony growth are two of the most sensitive stages in bumblebee life history. Here, the efficacy of certain agri-environment prescriptions for providing spring forage and nest sites for bumblebees is assessed, highlighting a need for specific schemes targeted towards the provision of these vital resources in the rural environment. The nesting ecology of bumblebees is poorly understood because wild colonies are difficult to locate. However, a greater knowledge of the colony-level effects of environmental change is crucial to understanding bumblebee declines. Attracting bumblebee queens to nest in artificial domiciles could provide a valuable tool for studying colony-level responses. However, domicile trials and the findings of a literature review presented here demonstrate that this approach may be largely impractical for use in the UK. Conversely, a nationwide public bumblebee nest survey produced numerous data regarding nest site preferences among bumblebee species and also demonstrated that citizen science may also provide a sensitive method for detecting declines in currently common bumblebee species. An understanding of the ecology of species interactions and coexistence can provide valuable insights into factors that may influence declines. Data presented here suggest that coexistence between some bumblebee species may be maintained by resource partitioning based on diel activity patterns that are linked to species-specific environmental tolerances. If this is the case, the potential role of climate change in bumblebee declines may be severely underestimated. There is also increasing evidence that genetic factors may play a role in bumblebee losses, accelerating declines of small, fragmented populations as a result of reduction in genetic diversity and inbreeding depression. Here, the feasibility of reintroducing British B. subterraneus (now extinct in the UK) from New Zealand into England is assessed using population genetic techniques. The findings suggest that the population history of B. subterraneus in New Zealand has resulted in a dramatic loss of genetic diversity and high genetic divergence from the original UK population, suggesting that it may not be a suitable for use in the reintroduction attempt. This work draws together some understudied aspects of bumblebee ecology with a particular focus on nest site requirements, availability of spring forage, mechanisms of avoidance of inter-specific competition and population genetic processes. The potential role of these in bumblebee declines is considered and new data relevant to the conservation of these important species is presented. It is hoped that this work will inform future management strategies for bumblebee conservation, highlight areas in need of further study and provide a sound starting point for future research in these areas.

The objectives of this thesis relate to questions needed to be addressed in the context of genetic monitoring for implementing the Convention on Biological Diversity for the gene level. Genetic monitoring is quantifying temporal changes in population genetic metrics. Specific goals of this thesis include i) synthesizing existing information relevant to genetic monitoring of Swedish species, ii) providing a genetic baseline for the Swedish moose, iii) evaluating the relative performance of nuclear versus organelle genetic markers for detecting population divergence, iv) actually monitoring the genetic composition, structure, level of variation, and effective population size (Ne) and assessing the relation between Ne and the actual number of individuals for an unexploited brown trout population. The concept of conservation genetic monitoring is defined and Swedish priority species for such monitoring are identified; they include highly exploited organisms such as moose, salmonid fishes, Norway spruce, Atlantic cod, and Atlantic herring. Results indicate that the Swedish moose might be more genetically divergent than previously anticipated and appears to be divided into at least three different subpopulations, representing a southern, a central, and a northern population. The relative efficiency of nuclear and organelle markers depends on the relationship between the degree of genetic differentiation at the two types of markers. In turn, this relates to how far the divergence process has progressed. For the monitored brown trout population no indication of systematic change of population structure or allele frequencies was observed over 30 years. Significant genetic drift was found, though, translating into an overall Ne-estimate of ~75. The actual number of adult fish (NC) was assessed as ~600, corresponding to an Ne/NC ratio of 0.13. In spite of the relatively small effective population size monitoring did not reveal loss of genetic variation.

Orientador: Adriane Pinto Wasko / Resumo: O Brasil apresenta umas das maiores diversidades de avifauna do mundo, sendo estimada a ocorrência de 1.919 espécies distribuídas em todo seu território. Entretanto, a destruição de habitats, poluição e captura excessiva, muitas vezes associadas ao comércio ilegal, têm levado a um declínio no número de indivíduos desse grupo animal. Uma das formas de combater esse tipo de crime ambiental e de reverter ou minimizar seus efeitos concerne à implementação de um banco de dados forenses com registros de ocorrências e informações biológicas sobre os animais apreendidos e desenvolvimento de ações de conscientização da população sobre esta problemática. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivo desenvolver estratégias multidisciplinares para a proteção jurídica à conservação biológica de aves oriundas do tráfico de animais. Amostras de DNA de aves comercializadas ilegalmente e encaminhadas ao Centro de Medicina e Pesquisa em Animais Silvestres (CEMPAS), mantido pela Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia da Universidade Estadual Paulista, foram utilizadas para geração de perfis genéticos sexo-específicos, por meio da amplificação de segmentos dos genes CHD-Z e CHD-W (Chromo Helicase DNA Binding). Adicionalmente, perfis de duas subespéciesde papagaio-verdadeiro (Amazona aestiva aestiva e Amazona aestiva xanthopteryx foram gerados por meio da amplificação e sequenciamento nucleotídico de segmentos dos genes mitocondriais citocromo C oxidase subunidade I (COI) e citocrom... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Brazil has one of the largest avifauna diversity in the world, with estimated 1,919 species distributed throughout its territory. However, habitat destruction, pollution and over-harvesting, often associated with illegal trade, have led to a decline in the number of individuals of this animal group. One possible approach to combat this type of environmental crime and to reverse or minimize its effects concerns the implementation of a forensic database with records of occurrences and biological information about the captured animals and the development of actions to raise population awareness about this problem. Therefore, the present work aimed to develop multidisciplinary strategies for the legal protection to the biological conservation of birds originated from the animal traffic. DNA samples of illegally traded birds, that were sent to the Center for Medicine and Research in Wild Animals (CEMPAS) maintained by the Faculty of Veterinary Medicine and Animal Science of the São Paulo State University, were used to generate sex-specific genetic profiles, through the amplification of segments of the CHD-Z and CHD-W (Chromo Helicase DNA Binding) genes. In addition, profiles of two subspecies of the Blue-fronted Amazon (Amazona aestiva aestiva and Amazona aestiva xanthopteryx) were generated, through amplification and nucleotide sequencing of segments of the mitochondrial genes cytochrome C oxidase subunit I (COI) and cytochrome b (CYB) and a segment of the 5S ribosomal DNA gene (... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Estudos em genética de paisagem, das espécies zootécnicas, podem impulsionar o entendimento dos processos adaptativos, bem como, a maneira que o ambiente afeta o sucesso destas populações. O objetivo principal do projeto foi identificar assinaturas de seleção no genoma populações de suínos naturalizados brasileiros. Procurando obter a maior representatividade da variabilidade genética e ambiental dos suínos dentro do território brasileiros, amostras de DNA de pelo menos um animal e de pelo menos um grupo genético foram obtidas dentro do Banco de Germopalsma da EMBRAPA, totalizando 191 animais de 18 grupos genéticos suínos brasileiras que foram genotipadas, e classificadas de acordo com sua origem dentro de raça ou grupo genético, estado bioma, bacia hidrográfica, tipo de solo, ecoregião e tipo de vegetação. Após um controle de qualidade os genótipos resultantes foram utilizados no calculo das estatísticas F de Wright, equilíbrio de Hardy-Weinberg. Análise de componentes principais, coeficiente de endogamia, analise da variância molecular, testes de Mantel, e a determinação do número ideal de populações. Os dados ambientais foram convertidos em layers através do Qgis e utilizados na detecção de assinaturas de seleção através do BayeScan v2.1 (Foll & Gaggiotti 2008) e do Samβada (Stucki et al. 2014) Os resultados obtidos mostram que as populações estudadas têm uma estrutura variada entre e dentre si. A maior parte da variabilidade genética esta presente nos indivíduos dentro de grupos genéticos, e indivíduos dentro de estados. Existe diferenciação genética dos suínos dentro das variáveis ambientais classificatórias. As raças Monteiro e Marajó foram as que mostraram maiores níveis de estruturação. Os componentes principais mostram proximidade entre as raças comerciais, assim como o elevado grau de variação na composição genéticas das demais raças, com marcante separação dos animais Monteiro e Marajó. Níveis elevados de endogamia foram encontrados. Foram encontrados pelo menos 8 assinaturas de seleção no genoma das raças suínas localmente adaptadas. A freqüência dos genótipos destes marcadores divide o território brasileiro em duas regiões latitudinais distintas. Os níveis de estruturação das populações demonstram uma grande variabilidade genética entre e dentre as raças. As marcas de seleção encontradas demonstram a influência do meio ambiente no sucesso adaptativo destes animais ao território brasileiro. / Study of landscape genetics in livestock species can help understand the adaptive processes and the way that the environment affects the success of these populations. The main objective was the identification of genetic signatures of selection in the Brazilian autochthone swine breeds. We aim the higher representation of genetic and environmental variability from Brazilian territory sampling at least one animal from one genetic group per sampling point. The samples were obtained on CENARGEN-EMBRAPA Germplasm Bank in a total of 191 DNA samples from 19 Brazilian locally adapted swine genetic groups, classified into state, region, biome, hydrological basins, soil type, ecoregion and vegetation type. These samples were genotyped and after a quality control, we calculated Wright’ F-statistics, individual inbreeding coefficient, Hardy-Weinberg equilibrium, Principal components, IBD, Mantel test, an ideal number of subpopulations and an analysis of molecular variance. Environmental data was converted in layers through Qgis and used to detect signatures of selection by BayeScan v2.1 (Foll & Gaggiotti 2008) and Samβada ((Stucki et al. 2014) Population studied had genetic structure among different subpopulations, in a same category. The biggest part of genetic variability is the individual within breed and in individual within state. We found different intensity of population structure in the categories studied, been the he Monteiro and Marajó breeds that ones with highest values from population genetic structure. Principal component analyses showed proximity between commercial breeds, as well as the high degree of genetic variation among other breeds, with great detachment of Monteiro and Marajó animals from others. High inbreeding levels were found. Signatures of selection were found on the genome of Brazilian locally adapted swine pig. The genotypic frequency of these signatures of selection divides the Brazilian territory into two distinct latitudinal regions. The population structure levels demonstrate a wide genetic variability inside and among races. The signatures of natural selection found demonstrate the influence of the environment to successful adaptation of swine in Brazil.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3339.pdf: 3467173 bytes, checksum: 0bde7cebe4b7fdf5c09347167fc42231 (MD5) Previous issue date: 2010-11-24 / Universidade Federal de Minas Gerais / Dourado (Salminus brasiliensis Cuvier, 1816) is an excellent migratory fish, possessing large body and wide distribution in South America, with presence in Paraná, Uruguay, Paraguay and La Plata River Basins (Argentina, Brazil, Uruguay and Paraguay), in drainage of Laguna dos Patos (Rio Grande do Sul state, Brazil) and the upper portion of the Mamoré and Chaparé River system (Bolivia). This fish is much appreciated in gastronomy and sport fishing. However, with increasing habitat degradation, overfishing and damming of rivers due to electric power generation, the fauna of these areas has suffered large impacts, and studies aimed at conservation are needed. In this approach, microsatellite markers have been used to assess the genetic structure of natural populations in order to provide data for management and conservation programs. Despite the microsatellite markers are extremely useful for many organisms including dourado, there are not species-specific loci described yet. Thus, in the present study we used heterologous loci, described for three species related to S. brasiliensis in eight populations of this fish (four residents and four migratory). Samples of 201 animals were collected in the Mogi-Guaçú River (Cachoeira de Emas, Pirassununga, SP) during the years 2007-2009, including reproductive periods (November-February) and non-reproductive (March-October). DNA was extracted using protocol phenol: chloroform: isoamyl alcohol. We tested 29 microsatellite loci, 16 were described for Salminus franciscanus, six for Brycon hilarii and seven for Brycon opalinus. Of this total, only ten loci (nine for S. franciscanus and one for B. opalinus) have demonstrated excellent amplification and high polymorphism, being used in population analysis of S. brasiliensis. Statistical analysis was performed in Genepop 4.0 (HWE, heterozygosity, linkage disequilibrium), FSTAT 2.9.3. (FST, genetic diversity and allelic richness, Fis), GenAlEx 6 (private alleles), Popgene 1.31. (distance and genetic identities), Micro-Checker (null alleles) and Structure 2.3.1. (assignment test and population differentiation). The number of alleles ranged from eight (Sfra18) to 48 (Sfra02), considering all populations together. The levels of observed heterozygosity ranged from 0,668 (RT- 07/2008) to 0,776 (MT-01/2009), and seven populations were out of the HWE at least for one locus. The values of Nei's distance and genetic identity varied, respectively, from 0,08 to 0,29 and 0,75 to 0,92. The data show that these populations have high intra-population genetic variability and low population differentiation between them. The FST values, together with the data of gene and genotypic differentiation and the analysis in the software Structure pointed to the existence of at least two populations outside the breeding period in the analysis. For populations sampled within the reproductive period no structure was identified. These results may help to better understand about the migratory behavior and their reproduction in the region of Cachoeira de Emas, contributing to management actions related to fisheries and conservation of this important migratory fish species. / O dourado (Salminus brasiliensis Cuvier, 1816) é um excelente peixe migrador, possuindo grande porte e larga distribuição na América do Sul, com presença nas bacias dos rios Paraná, Uruguai, Prata e Paraguai (Brasil, Argentina, Uruguai e Paraguai), na drenagem da Laguna dos Patos (Rio Grande do Sul, Brasil) e na porção superior do sistema do alto rio Mamoré e Chaparé (Bolívia). Este peixe é muito apreciado na pesca esportiva e gastronomia. Porém, com a crescente degradação de habitats, a sobrepesca e o represamento de rios para fins de geração de energia elétrica, a fauna dessas áreas vem sofrendo grandes impactos, sendo necessários estudos que visem sua conservação. Dentro desta abordagem, marcadores moleculares microssatélites vêm sendo utilizados para avaliar a estrutura genética de populações naturais com o objetivo de subsidiar programas de manejo e conservação. Apesar dos microssatélites serem marcadores extremamente úteis, para muitos organismos incluindo o dourado, não há locos espécie-específicos descritos. Desta forma, no presente trabalho foram utilizados locos heterólogos descritos para três espécies relacionadas à S. brasiliensis em oito populações (sendo quatro residentes e quatro migradoras). Amostras de 201 animais foram coletadas no rio Mogi-Guaçu (região da Cachoeira de Emas, município de Pirassununga, SP) durante os anos de 2007 a 2009, incluindo os períodos reprodutivos (Novembro a Fevereiro) e não reprodutivo (Março a Outubro). O DNA foi extraído utilizando protocolo fenol:clorofórmio:álcool isoamílico. Foram testados 29 locos microssatélites, sendo 16 descritos para Salminus franciscanus, seis para Brycon hilarii e sete para Brycon opalinus. Deste total, apenas dez locos (nove de S. franciscanus e um de B. opalinus) demonstraram excelente padrão de amplificação e alto polimorfismo, sendo utilizados nas análises populacionais de S. brasiliensis. As análises estatísticas foram feitas nos programas Genepop 4.0 (EHW, níveis de heterozigosidade, desequilíbrio de ligação), FSTAT 2.9.3. (FST, diversidades gênica e riqueza alélica, Fis), GenAlEx 6 (alelos privados), Popgene 1.31. (distância e identidades genéticas), Micro-Checker (alelos nulos) e Structure 2.3.1. (teste de atribuição e diferenciação populacional). O número de alelos variou de oito (Sfra18) a 48 (Sfra02), considerando as oito populações conjuntamente. Os níveis de heterozigosidade média observada variaram de 0,668 (RT-07/2008) a 0,776 (MT-01/2009), sendo que sete populações apresentaram-se fora do EHW para pelo menos um loco. Os valores de distância e identidade genética de Nei variaram, respectivamente, de 0,08 a 0,29 e 0,75 a 0,92. Os dados obtidos demonstram que estas populações apresentam alta variabilidade genética intra-populacional e baixa diferenciação entre as populações aqui analisadas. Os valores de FST, juntamente com os dados de diferenciação gênica e genotípica e análises no programa Structure apontam para a provável existência de pelo menos duas populações residentes diferenciadas. Para as populações amostradas dentro do período reprodutivo nenhuma estruturação foi identificada. Estes resultados podem auxiliar a entender melhor o comportamento migratório e reprodutivo destes animais na região de Cachoeira de Emas, contribuindo para proposições de ações de manejo relacionadas à pesca e conservação desta importante espécie de peixe migrador.

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No. of bitstreams: 1 TeseASMCS.pdf: 3312400 bytes, checksum: c898700835e5f7333425c663a26a29d4 (MD5) Previous issue date: 2015-08-14 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / The intense destruction of the environment contributed to the decline and isolation of wild populations, providing an intensification of genetic drift and inbreeding effects. These factors reduce the ability of individuals to adapt to environmental changes, making them more vulnerable to extinction. The two largest predators of the Americas, the cougar (Puma concolor) and jaguar (Panthera onca) are animals which are threatened by the reduction and fragmentation of habitats, especially in the Atlantic Forest, which is one of the most degraded biomes in the world due to human actions. The present study aimed to investigate both demographic parameters and the distribution of the genetic diversity of cougar and jaguar populations within Atlantic Forest remnants. The chosen areas (Serra da Mantiqueira, Serra do Mar continuous and Iguaçu National Park) are among the most important for the conservation of these cats. Mostly non-invasive samples (feces and hair) were collected in protected areas present in those remaining. The depositor species was confirmed by amplification of the ATP6 gene and the samples were individualized using microsatellite loci, which were also employed in population analyses. The sex of the individuals was determined using a small fragment of amelogenin gene. The results suggest that at least seven individuals of jaguars (4F:3M) inhabit the Iguaçu National Park and 12 (5F:7M) are present in the Serra do Mar continuous. These populations seem to be different, with evidence of low gene flow between them (lack of migrant and mixed individuals and pairs of highly related individuals). In Iguaçu is also estimated to exist at least seven cougars (3F:4M), also four (1F:3M) in the Serra da Mantiqueira and 14 (5F:9M) in the Serra do Mar continuous. Genetic structure was detected in this species, but evidencing gene flow maintenance between two detected populations (sign of migrants and mixed individuals and predominantly non related individuals). In both species high genetic diversity could be observed. This study obtained critical information and still unknown, about the demographic and structure of jaguar and cougar populations in the Atlantic Forest remain. These data will provide substantial information that can be used in monitoring, as well as being crucial and decisive in the increase of effective strategies for the conservation of these species. / A intensa devastação no ambiente vem contribuindo significativamente para o declínio e isolamento de populações selvagens, proporcionando uma intensificação dos efeitos da deriva genética e na taxa de endogamia. Estes fatores, por sua vez, reduzem a habilidade dos indivíduos se adaptarem às mudanças ambientais, tornando-os vulneráveis à extinção. Os maiores predadores das Américas, a onça-parda (Puma concolor) e a onça-pintada (Panthera onca) estão entre os animais ameaçados pela redução e fragmentação dos habitats, principalmente na Mata Atlântica, que é um dos biomas mundiais mais antropizados. Assim, o presente trabalho teve como objetivo investigar parâmetros demográficos e a distribuição da diversidade genética de populações de onças presentes em remanescentes de Mata Atlântica. Os fragmentos elegidos (Serra da Mantiqueira, contínuo da Serra do Mar e Parque Nacional do Iguaçu) estão entre os mais importantes para a conservação desses felinos. Amostras predominantemente não invasivas (fezes e pelos) foram coletadas em Unidades de Conservação presentes nesses remanescentes. A espécie depositora das fezes foi confirmada através da amplificação do gene ATP6 e as amostras foram individualizadas por meio de locos de microssatélites, os quais também foram empregados nas análises populacionais. O sexo dos indivíduos foi determinado por meio de um fragmento do gene da amelogenina. Os resultados indicaram que ao menos sete indivíduos de onças-pintadas (4F:3M) habitam o Parque Nacional do Iguaçu e 12 (5F:7M) estão presentes no contínuo da Serra do Mar. Essas populações parecem estar diferenciadas, com evidência de baixo fluxo gênico entre elas (ausência de indivíduos migrantes e misturados, além de pares de indivíduos altamente relacionados). No Iguaçu também foi estimado existir pelo menos sete onças-pardas (3F:4M), além de quatro (1F:3M) na Serra da Mantiqueira e 14 (5F:9M) no contínuo da Serra do Mar. Estruturação genética foi detectada nessa espécie, entretanto, com indícios de fluxo gênico entre as duas populações detectadas (evidência de indivíduos migrantes e misturados, além de pares de indivíduos predominantemente não relacionados). Em ambas as espécies foram exibidos altos níveis de diversidade genética. Este estudo gerou informações primordiais, ainda desconhecidas, sobre a demografia e a estruturação de populações de onças na Mata Atlântica. Tais dados poderão ser utilizados em monitoramentos, além de serem cruciais e decisivos no incremento de estratégias efetivas para a conservação dessas espécies.

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Entretanto, a destruição de habitats, poluição e captura excessiva, muitas vezes associadas ao comércio ilegal, têm levado a um declínio no número de indivíduos desse grupo animal. Uma das formas de combater esse tipo de crime ambiental e de reverter ou minimizar seus efeitos concerne à implementação de um banco de dados forenses com registros de ocorrências e informações biológicas sobre os animais apreendidos e desenvolvimento de ações de conscientização da população sobre esta problemática. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivo desenvolver estratégias multidisciplinares para a proteção jurídica à conservação biológica de aves oriundas do tráfico de animais. Amostras de DNA de aves comercializadas ilegalmente e encaminhadas ao Centro de Medicina e Pesquisa em Animais Silvestres (CEMPAS), mantido pela Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia da Universidade Estadual Paulista, foram utilizadas para geração de perfis genéticos sexo-específicos, por meio da amplificação de segmentos dos genes CHD-Z e CHD-W (Chromo Helicase DNA Binding). Adicionalmente, perfis de duas subespéciesde papagaio-verdadeiro (Amazona aestiva aestiva e Amazona aestiva xanthopteryx foram gerados por meio da amplificação e sequenciamento nucleotídico de segmentos dos genes mitocondriais citocromo C oxidase subunidade I (COI) e citocromo b (CYB) e de um segmento do gene de DNA ribossomal 5S (DNAr 5S), a partir de amostras de animais mantidos no CEMPAS. A sexagem molecular, em exemplares de aves de diferentes famílias, permitiu a identificação de um ou de dois fragmentos de DNA em machos e fêmeas, respectivamente. Entre os marcadores moleculares utilizados para caracterizar Amazona aestiva, apenas o citocromo b evidenciou diferenças nucleotídicas entre as duas subespécies. Os dados dos perfis genéticos foram utilizados para implementação de uma plataforma online denominada de Forensic Bird Base, com acesso para fins de pesquisa e criminalística. Como produtos adicionais desse trabalho, foram gerados uma cartilha educativa visando popularizar a aplicação das Ciências Forenses no combate ao tráfico de aves silvestres e um manual jurídico para profissionais das áreas de biológicas, visando demonstrar as normas e leis vigentes no país acerca dos direitos dos animais, e as condutas que podem ser tipificadas ou não como crime contra a fauna. Os resultados e produtos gerados podem servir de subsídio para o delineamento de programas de manutenção e/ou reprodução de espécies de aves em cativeiro, elaboração de estratégias de reintrodução de exemplares em ambiente natural e para combater ou minimizar o tráfico ilegal de animais e seus efeitos, / Brazil has one of the largest avifauna diversity in the world, with estimated 1,919 species distributed throughout its territory. However, habitat destruction, pollution and over-harvesting, often associated with illegal trade, have led to a decline in the number of individuals of this animal group. One possible approach to combat this type of environmental crime and to reverse or minimize its effects concerns the implementation of a forensic database with records of occurrences and biological information about the captured animals and the development of actions to raise population awareness about this problem. Therefore, the present work aimed to develop multidisciplinary strategies for the legal protection to the biological conservation of birds originated from the animal traffic. DNA samples of illegally traded birds, that were sent to the Center for Medicine and Research in Wild Animals (CEMPAS) maintained by the Faculty of Veterinary Medicine and Animal Science of the São Paulo State University, were used to generate sex-specific genetic profiles, through the amplification of segments of the CHD-Z and CHD-W (Chromo Helicase DNA Binding) genes. In addition, profiles of two subspecies of the Blue-fronted Amazon (Amazona aestiva aestiva and Amazona aestiva xanthopteryx) were generated, through amplification and nucleotide sequencing of segments of the mitochondrial genes cytochrome C oxidase subunit I (COI) and cytochrome b (CYB) and a segment of the 5S ribosomal DNA gene ((DNAr 5S), from animal samples kept at CEMPAS. Molecular sexing, in different Family birds, allowed the identification of one or two fragments of DNA in males and females, respectively. Among the molecular markers used to characterize Amazona aestiva, only cytochrome b evidenced nucleotide differences between the two subspecies. Genetic profile data were used to implement an online platform called Forensic Bird Base, with access for research and criminalistic purposes. As an additional product of this work, an educational booklet was created, to popularize the application of Forensic Sciences against the traffic of wild birds, and a legal manual for professionals of the biological areas, aiming to demonstrate the norms and laws in force in the country regarding animals rights, and conducts that may be criminalized as a crime against wildlife. The generated results and products can be used as a subsidy to the design of programs for the maintenance and/or reproduction of bird species in captivity, the elaboration of strategies to reintroduce specimens in natural environments and to combat or minimize animals´s illegal trade and its consequences.