Submitted by JACIARA CRISTINA ALMEIDA DO AMARAL (jaciaramaral@ufpa.br) on 2018-09-20T14:17:41Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) TESE FINAL SYMARA RODRIGUES ANTUNES.pdf: 4324719 bytes, checksum: 76805fd159ce04400941bdf804256d36 (MD5) / Approved for entry into archive by JACIARA CRISTINA ALMEIDA DO AMARAL (jaciaramaral@ufpa.br) on 2018-09-20T14:19:27Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) TESE FINAL SYMARA RODRIGUES ANTUNES.pdf: 4324719 bytes, checksum: 76805fd159ce04400941bdf804256d36 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-20T14:19:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) TESE FINAL SYMARA RODRIGUES ANTUNES.pdf: 4324719 bytes, checksum: 76805fd159ce04400941bdf804256d36 (MD5) Previous issue date: 2018-06-15 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Câncer é o nome dado a uma variedade de doenças que podem ocorrer em diferentes regiões do corpo, que se caracteriza principalmente pela proliferação desregulada de células. Uma organela muito importante, tanto em células normais quanto em células mutadas, é a mitocôndria, responsável pela maior parte da produção de ATP na célula. Mutações no DNA mitocondrial podem acarretar apoptose ou influenciar na eficiência da formação de ATP. Considerando diversas estimativas diferentes, o câncer gástrico sempre figura entre os cinco mais incidentes na população mundial, bem como na população brasileira e paraense. Dessa forma, entender o comportamento tumoral torna-se importante para o combate dessa patologia. O objetivo do trabalho, portanto, é analisar a presença de alterações no DNA mitocondrial de linhagens de carcinoma gástrico implantadas em um modelo animal. Foram analisados quatro genes mitocondriais (COI, ATPase 8, ND1 e ND3) de quatro linhagens de câncer gástrico (AGP01, ACP02, ACP03 e PG100) e uma controle (Carcinossarcoma 256 de Walker) para avaliar as possíveis mutações do DNA mitocondrial. Essas linhagens foram inoculadas em primatas não humanos da espécie Sapajus apella, sendo que alguns animais receberam concomitantemente com as linhagens a substância carcinogênica N-metil-N-nitrosurea (MNU). Os tumores gástricos que se desenvolveram nos animais foram retirados cirurgicamente, após isso foi feita a extração do DNA, amplificação e sequenciamento das sequencias de interesse. Foram observadas alterações nos genes ND1 e ND3. As duas transições encontradas em ND1, uma na posição 3594 (CT) e 3693 (GA) do DNA mitocondrial, não possuíam registro associado a nenhuma patologia, tendo sido relacionadas com marcadores populacionais. Os resultados sugerem que alterações nos genes codificadores de proteínas que participam do Complexo I da cadeia respiratória são mais frequentes que em outras porções do mtDNA nas linhagens de carcinoma gástrico analisadas. / Cancer is the name given to a variety of diseases that can occur in different regions of the body, which is characterized primarily by the deregulated proliferation of cells. A very important organelle in both normal and mutated cells is mitochondria, responsible for most of the ATP production in the cell. Mutations in mitochondrial DNA can lead to apoptosis or influence the efficiency of ATP formation. Considering several different estimates, gastric cancer still in the five most incidental in world population, as well as in Brazilian and local population. In this way, understanding tumor behavior becomes important for fight against this pathology. With this, the objective of the present work was to analyze presence of mitochondrial DNA alterations of gastric carcinoma lines implanted in an animal model. Four mitochondrial genes (COI, ATPase 8, ND1 and ND3) from four gastric cancer strains (AGP01, ACP02, ACP03 and PG100) and one control (Carcinossarcoma 256 from Walker) were analyzed to evaluate possible mitochondrial DNA mutations. These strains were inoculated in non-human primates of the Sapajus apella species, and some animals received the carcinogenic substance N-methyl-N-nitrosurea (MNU) concomitantly with the strains. The gastric tumors that developed in the animals were surgically removed, after which DNA extraction, amplification and sequencing of the sequences of interest were done. Changes were observed in the ND1 and ND3 genes. The two transitions found in ND1, one at position 3594 (CT) and 3693 (GA) of mitochondrial DNA, had no associated pathological record and were related to population markers. The AG transition at position 10398 of the ND3 gene resulted in the change from one threonine to alanine in the resulting amino acid, only in lines with more aggressive behavior or after MNU administration. Two heteroplasms were also identified in the ND1 gene at positions 3594 (C / T) and 3693 (A / G) only in the PG100 line after MNU, suggesting a difference in the DNA repair system of this line compared to the others. The results suggest that changes in the genes encoding proteins that participate in Complex I of the respiratory chain are more frequent than in other portions of the mtDNA in the analyzed gastric carcinoma strains. / FAMAZ - Faculdade Metropolitana da Amazônia / UNINASSAU - Faculdade Maurício de Nassau

Submitted by Silvana Teresinha Dornelles Studzinski (sstudzinski) on 2015-11-30T11:09:24Z No. of bitstreams: 1 Jaqueline Brummelhaus_.pdf: 909672 bytes, checksum: a67cf8e4fb697cea521fe93f204b4187 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-30T11:09:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jaqueline Brummelhaus_.pdf: 909672 bytes, checksum: a67cf8e4fb697cea521fe93f204b4187 (MD5) Previous issue date: 2013-11-21 / UNISINOS - Universidade do Vale do Rio dos Sinos / O pinguim-antártico (Pygoscelis antarcticus) tem suas populações distribuídas principalmente nas Ilhas Sandwich do Sul, Georgia do Sul e Shetlands do Sul e na região da Península Antártica. Algumas de suas características são o baixo dimorfismo sexual, a monogamia e o comportamento filopátrico. Esta tese tem como objetivos: 1) quantificar o dimorfismo sexual através de medidas morfológicas, testar uma função discriminante e avaliar o dimorfismo sexual entre duas áreas de reprodução distantes (Ilhas Rei George e Elefante, Shetlands do Sul); 2) caracterizar a distribuição espacial da variabilidade genética populacional entre colônias de reprodução nas Ilhas Rei George e Elefante, através de marcador mitocondrial. Na avaliação do dimorfismo sexual de tamanho, através de caracteres morfológicos, foi encontrado que machos são 6 a 9,4% maiores que as fêmeas e a equação discriminante formulada classifica corretamente 80,6% das aves. Não foi encontrada diferença no dimorfismo sexual entre as colônias de reprodução das Ilhas Rei George e Elefante. Mesmo sendo uma alternativa na determinação sexual, as equações discriminantes devem ser usadas com cautela em locais diferentes do que foram produzidas por causa dos erros de classificação. Quando equações discriminantes das Ilhas Deception e Rei George foram testadas para os dados da Ilha Elefante, obteve-se apenas 67,7% e 71% de acerto. Desta forma, a abordagem molecular é uma opção eficiente na resolução de dúvidas relacionadas à sexagem. Quanto à variabilidade genética com uso de marcador mitocondrial, foram encontrados 38 haplótipos para 61 indivíduos analisados, sendo apenas dois compartilhados nas colônias e todos os demais são exclusivos. Os valores de FST e da AMOVA revelam que a divergência entre as populações é baixa e que a maioria da variação genética (98,3%) ocorreu dentro das populações. Isso poderia ser justificado por um alto fluxo gênico entre as populações, mas não corrobora com o comportamento filopátrico da espécie. Os testes de neutralidade e de expansão demográfica apontam para uma evolução neutra e possibilidade de expansão, que ocorreu há mais de dois milhões de anos atrás e no último um milhão de anos o tamanho efetivo populacional manteve-se constante. Os resultados ressaltam a ocorrência de uma expansão populacional a partir de uma população geneticamente homogênea e a manutenção do tamanho efetivo em longa escala de tempo pode ter amplamente contribuído para a falta de estruturação genética entre as colônias recentes de pinguim-antártico. / Chinstrap penguin (Pygoscelis antarcticus) has their populations distributed mainly in South Sandwich, South Georgia and South Shetlands Islands, and the Antarctic Peninsula. This specie presents low sexual dimorphism, monogamy and philopatric behavior. This thesis aims to: 1) to evaluate sexual dimorphism among males and females and among two breeding areas (King George and Elephant Islands) using morphological characters and to obtain a discriminant function based on the characters that best identify the sex of Chinstrap penguins; 2) to determine the spatial structuring of population genetic variation among breeding colonies at King George and Elephant Islands, using mitochondrial control region. In the assessment of sexual dimorphism using morphological characters, were found that males were 6 to 9.4% larger than females and discriminant equation formulated correctly classifies 80.6% of the birds. There was no difference in sexual dimorphism between the breeding colonies of King George and Elephant Islands. However, the discriminant function should be used with caution in different locations than are produced because penguins may be misclassified. When discriminant equations from Deception and King George Islands were tested for Elephant Island data, we obtained only 67.7% and 71% accuracy. Where there is doubt in the field, it would be interesting to apply molecular sexing technique. For genetic variability using mitochondrial control region, were found 38 haplotypes for 61 individuals analyzed, only two were shared in the colonies and all others are exclusive. FST and AMOVA values revealed that the divergence between populations is low and that most of genetic variation (98.3%) occurred within populations. This could be explained by a high gene flow among populations, but does not corroborate with the philopatric behavior of this specie. The neutrality tests and Mismatch distribution point to a neutral evolution and possibility of expansion, which occurred more 2 Mya and the last 1 Mya, the effective population size remained constant. The results show the occurrence of a population expansion from a genetically homogeneous population and maintenance of effective size in long time scale can have widely contributed to the lack of genetic structuring among the current colonies of Chinstrap penguin.

A genética forense tem grande importância na geração de provas em casos de violência sexual, paternidade criminal, identificação de cadáveres e investigação de evidências de locais de crime. A análise de STRs apresenta grande poder de discriminação, mas é uma metodologia multi-etapas, trabalhosa, cara e em muitos casos a análise genética é prejudicada pela baixa quantidade e qualidade das evidências coletadas. Este estudo teve como objetivo desenvolver e caracterizar uma metodologia de triagem de amostras forenses através da análise de perfis de dissociação em alta resolução (HRM) de regiões do DNA mitocondrial, o qual está presente em maior número de cópias e mais resistente a degradação. Para tanto, foram extraídos DNAs de 68 doadores. Estas amostras foram sequenciadas e analisadas por HRM para sete alvos no DNA mitocondrial. Também foram realizados ensaios para determinar a influência do método de extração, da concentração e nível de degradação do DNA no perfil de HRM obtido para uma amostra. Os resultados demonstraram a capacidade da técnica de excluir indivíduos com sequências diferentes da referência comparativa em cinco regiões amplificadas. Podem ser analisadas em conjunto, amostras de DNA com variação de concentração de até a ordem de 100 vezes e extraídas por diferentes metodologias. Condições de degradação de material genético não prejudicaram a obtenção de perfis de dissociação em alta resolução. A sensibilidade da técnica foi aprimorada com a análise de produtos de amplificação de tamanho reduzido. A fim de otimizar o ensaio foi testada a análise de HRM em reações de PCR duplex. Um dos pares de amplificação forneceu perfis de HRM compatíveis com resultados obtidos de reações com amplificação de apenas um dos alvos. Através da análise conjunta das cinco regiões, esta metodologia visa a identificação de indivíduos não relacionados com as referências comparativas, diminuindo o número de amostras a serem analisadas por STRs, reduzindo gastos e aumentando a eficiência da rotina de laboratórios de genética forense. / The forensic genetics has an important role in the generation of evidence in cases of sexual assault, criminal paternity, identification of corpses and crime scenes investigation. The analysis of STRs has great power of discrimination, but it is a multi-stage methodology, complex, expensive and in many cases the genetic analysis is hampered by the low quantity and quality of evidence collected. This study aimed to develop and characterize a forensic samples screening methodology to examine high resolution melting profiles (HRM) of regions of the mitochondrial DNA, which is present in more copies and more resistant to degradation. Thus, we extracted DNA from 68 donors. These samples were sequenced and analyzed by HRM to seven mitochondrial DNA targets. Tests were also conducted to determine the influence of extraction method, concentration and DNA degradation level of HRM profile obtained for a sample. The results demonstrated the technical ability to exclude individuals with different sequences of comparative reference amplified in five regions. Can be analyzed together samples with varying concentration to the order of 100 times and extracted by different methods. Genetic material degradation conditions did not prevent obtaining high resolution melting profiles. The sensitivity of the technique was improved with the analysis of reduced size amplification products. In order to optimize the assay HRM analysis was tested in duplex PCR reactions. A pair of amplification provided HRM profiles consistent with results from amplification in reactions with only one of the targets. Through the joint analysis of the five regions, this approach aims to identify individuals not related to comparative references, reducing the number of samples to be analyzed by STRs, reducing costs and increasing the efficiency of the routine of forensic genetics laboratories.

INTRODUÇÃO: A forma clássica de encefalomiopatia mitocondrial associada à mutação do DNA mitocondrial m.3243A>G é a Mitochondrial Encephalomyopathy with Lactic Acidosis and Stroke-like episodes (síndrome de MELAS). Entretanto, o espectro de manifestações clínicas dos indivíduos que apresentam essa mutação é bastante amplo. OBJETIVO: Descrever o espectro clínico, laboratorial e de imagem de pacientes com doença mitocondrial decorrente da mutação m.3243A>G. MÉTODOS: Estudo descritivo retrospectivo de uma série de casos de pacientes com a mutação m.3243A>G em seguimento no ANEM/HCFMRP-USP. Os dados clínicos e informações sobre exames complementares foram coletados através de revisão sistemática dos prontuários médicos dos pacientes selecionados. Os exames de neuroimagem foram revisados juntamente com neurorradiologista experiente para descrição das lesões encontradas. RESULTADOS: No período compreendido entre maio de 2000 e maio de 2015, a mutação m.3243A>G foi pesquisada em um total de 817 pacientes, em DNA extraído de células do sangue periférico (n= 441), de fragmentos de biópsia de músculo esquelético (n= 293), de ambos (n= 82) e mais raramente de células do sedimento urinário (n=1). Dentre esses, 16 indivíduos de 12 famílias apresentaram a referida mutação, resultando em uma taxa de detecção da mutação de 1,96% nessa população. Foram incluídos no estudo 12 indivíduos de 9 famílias que estavam em seguimento no nosso serviço. Os achados mais comuns nesta série foram em ordem de frequência: sinais de miopatia, transtornos neurocomportamentais, epilepsia, endocrinopatias, ataxia cerebelar, migrânea, episódios semelhantes a AVC, vômitos recorrentes, distúrbios de condução cardíaca, neuropatia periférica e sinais de disautonomia, mioclonias, surdez neurossensorial, cegueira cortical, comprometimento ocular, e proteinúria. Em nossa série, identificamos que cinco pacientes foram classificados com a forma clássica de MELAS, dois apresentaram CPEO associada a outros sintomas como transtornos psiquiátricos e diabetes mellitus. Os demais pacientes apresentavam características clínicas que não configuravam uma síndrome clinica definida. Além das lesões semelhantes a AVC, as lesões reveladas por neuroimagem mais frequentes nessa população foram alteração de sinal dos núcleos da base, atrofia encefálica e alteração de sinal da substância branca, sendo igualmente prevalentes entre os pacientes com a síndrome clássica de MELAS e os pacientes que não apresentaram lesões semelhantes a AVC. Dos pacientes com MELAS, 100% apresentaram pico anômalo de lactado e 60% redução do NAA à espectroscopia de prótons; enquanto que entre os pacientes sem lesões semelhantes a AVC essas alterações foram encontradas em dois e em um paciente Caracterização clínica, laboratorial e de neuroimagem de pacientes com doença mitocondrial associada à mutação m.3243A>G 8 respectivamente. Nós identificamos o achado inédito de azoospermia associada à mutação m.3243A>G. Essa é a maior série de casos de pacientes brasileiros com a mutação m.3243A>G até o momento. CONCLUSÃO: O amplo espectro de apresentação clínica e de neuroimagem é uma característica notável entre os pacientes com a mutação m.3243A>G do DNAmt. Essa desordem deve ser considerada em pacientes com evidência de sinais e sintomas que sugiram acometimento multissistêmico. / INTRODUCTION: The classic form of mitochondrial encephalomyopathy associated with m.3243A>G mutation is the Mitochondrial Encephalomyopathy with Lactic Acidosis and Stroke-like episodes (MELAS syndrome). However, the spectrum of clinical manifestations of patients with this mutation is quite wide. OBJECTIVE: To describe the clinical, laboratory and imaging spectrum of patients with mitochondrial disease due to m.3243A>G mutation METHODS: A retrospective descriptive study of a series of cases of patients with the m.3243A>G mutation in follow-up in ANEM/HCFMRP-USP. Clinical data and information about additional tests were collected through systematic review of medical records of selected patients. Neuroimaging studies were reviewed with supervision of experienced neuroradiologist and the lesions were described. RESULTS: Between May 2000 and May 2015, the mutation m.3243A>G was evaluated in a total of 817 patients, on DNA extracted from peripheral blood (n = 441), skeletal muscle biopsy samples (n = 293), both (n = 82) and more rarely urinary sediment cells (n = 1). We founded 16 individuals 12 families with the mutation, resulting in a mutation detection rate of 1.96 % that population. 12 individuals from nine families, who were following at our service, were included in this study. The most common findings in this series were in order of frequency: myopathy signs, neurobehavioral disorders, epilepsy, endocrine disorders, cerebellar ataxia, migraine, stroke-like episodes, recurrent vomiting, cardiac conduction disorders, peripheral neuropathy and signs of dysautonomia, myoclonus, sensorineural deafness, cortical blindness, uveitis, and proteinuria. In our series, we found that five of the patients were classified with the classical MELAS syndrome, two patients had CPEO associated with other symptoms such as psychiatric disorders and diabetes mellitus. The remaining patients had other features of mitochondrial disease not consistent with another recognised syndrome. In addition to stroke-like lesions, the more frequent lesions revealed in neuroimaging studies were deep gray matter changes, brain atrophy and white matter changes. These changes had similar prevalences between the patients with the classic syndrome of MELAS and patients who did not have stroke-like lesions. All patients with classical MELAS have lactate peak and 60% of them have reduction of NAA at spectroscpopy; while these changes were found in two and one patient respectively, in the group of patients without stroke-like lesions. We identified azoospermia in one paciente with classic MELAS, a finding not previously associated with m.3243A>G. At moment, this is the largest Brazilian case series of patients with the m.3243A>G mutation. Clinical, laboratory and neuroimaging features of patients with mitochondrial disease associated with mutation m.3243A > G 10 CONCLUSION: The wide spectrum of clinical presentation and neuroimaging is a notable feature among patients with the mutation m.3243A> G mtDNA. This disorder should be considered in patients with evidence of signs and symptoms suggestive of multisystem involvement.

As abelhas da tribo Euglossini, possuem elevada representatividade nas florestas tropicais (25% da comunidade apícola existente) distribuindo-se do sul dos EUA ao centro da Argentina, sendo restritas à região Neotropical. A espécie Euglossa pleosticta, com ocorrência relatada exclusivamente no território brasileiro, possui hábito de vida solitário e costuma estar presente em levantamentos realizados em remanescentes da Mata Atlântica. Pouco se sabe sobre sua estrutura populacional e os efeitos da fragmentação florestal sobre as mesmas. Sendo assim, a realização de um estudo populacional para esta espécie é algo relevante, uma vez que colabora para a compreensão dos efeitos da fragmentação florestal na variabilidade genética do grupo, sendo objetivo deste trabalho, caracterizar a variabilidade genética e morfológica desta espécie, utilizando ferramentas morfológicas (Morfometria Geométrica de asas e Assimetria Flutuante), e moleculares (DNA microssatélite e DNA mitocondriais). Sendo assim, trabalhamos com 293 amostras de E. pleosticta coletadas em três fragmentos de mata no Estado de São Paulo. Para as análises morfológicas, foram marcados 18 marcos anatômicos nas intersecções das nervuras das asas anterior direita de cada abelha. Nas análises de microssatélite, trabalhamos com oito loci heterólogos e para realizarmos as análises de DNA mitocondrial, analisamos 20 abelhas por localidade, amplificando segmentos do Citocromo B. Nas análises de Morfometria Geométrica e Microssatélites de DNA, as localidades estudadas formaram dois grupos, os quais corroboraram quanto às características de fitofisionomia, clima, altitude e distância geográfica compartilhadas entre as localidades. Nossos dados sugerem a presença de ecotipos localmente adaptados, o que pode ser explicado em função da plasticidade fenotípica, a qual é muito comum em insetos que vivem em ambientes variados. Na análise de Assimetria Flutuante, observamos valores significativos de assimetria flutuante e assimetria direcional para as três localidades estudadas. Já na análise de DNA mitocondrial, encontramos nove haplótipos, com diversidade nucleotídica (? = 0,01636) e diversidade haplotípica (Hd = 0,777), sendo apenas um destes haplótipos compartilhado (H2). O teste de Fst par a par indicou estruturação genética populacional, e na AMOVA a maior taxa de variação observada foi quando consideramos a estruturação de um único grupo com variação interpopulacional (61,9%). Os testes de Mantel realizados tanto para distância genética quanto para distância morfológica, não apresentaram correlação quando relacionadas com distância geográfica. A falta de concordância entre os marcadores moleculares, é algo que já foi relatado em outros trabalhos e pode ser explicado em função da diferente taxa de evolução dos mesmos, uma vez que o marcador mitocondrial é mais conservado quando comparado com o de microssatélite. Em conjunto, estes marcadores apontam para a formação de subpopulações localmente adaptadas (ecotipos) para a espécie de E. pleosticta, provavelmente em decorrência dos processos recentes de fragmentação de habitat. / The bees from Euglossini tribe have high representativeness in tropical forests (25% of existing bee community) and are distributed from the south of USA to the center of Argentina, being restricted to Neotropical region. The Euglossa pleosticta species, with occurrence reported exclusively in the Brazilian territory, has solitary behaviour and, according to some researches, use to be present in Atlantic forest remnants. Little is known about its population structure and the forest fragments effects over them. Therefore, the realization of a population study of this species is relevant, since it contributes to the comprehension of the forest fragmentation effects in the genetic variability of this group. The ultimate goal of this research was to characterize the genetic and morphological variability of this species, usinging morphological tools (Geometric Morphometrics of forewings and Fluctuation Asymmetry) and molecular tools (Microsatellite DNA and Mitocondrial DNA). Thus, we have worked with 293 samples of E. pleosticta, which were collected from three forest fragments in São Paulo state. For the morphological analyses, 18 landmarks were plotted in the vein intersections of the right forewing of each bee. On the Microsatellite DNA analysis, we have worked with eight heterologous loci and on the Mitocondrial DNA analysis, we amplified the Cytochrome B segments to 20 bees per locality. In the Geometric Morphometry and DNA Microsatellites analyzes, two groups were formed from the studied localities, which corroborated to the characteristics of phytophysiognomy, climate, altitude and geographic distance shared between the localities. Our data suggest the presence of locally adapted ecotypes, which can be explained by phenotypic plasticity, which is very common in insects living in different environments. In the Fluctuation Asymmetry analysis, we observed significant values of Fluctuation and Directional Asymmetry for all studied localities. In the mitochondrial DNA analysis, we found nine haplotypes with nucleotide diversity (? = 0.01636) and haplotypic diversity (Hd = 0.777), where only one was shared (H2). The Fst pairwise test indicated population genetic structuring and, in AMOVA, the highest rate of variation was observed when we considered the structuring of a single group with interpopulation variation (61.9%). The Mantel test performed for both genetic and morphological distances, did not present correlation when related to geographic distance. The disagreement between the molecular markers has already been reported in other studies and can be explained by the different rate of evolution of these markers, since the mitochondrial marker is more conserved when compared to the microsatellite. Together, these markers indicate the formation of locally adapted subpopulations (ecotypes) for the species E. pleosticta, probably due to the recent cases of habitat fragmentation.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-08-07T13:32:58Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AvaliacaoIntegridadeGenomica.pdf: 3262220 bytes, checksum: 24d59a5c29a5adba9fe98c186808c670 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-08-08T12:38:22Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AvaliacaoIntegridadeGenomica.pdf: 3262220 bytes, checksum: 24d59a5c29a5adba9fe98c186808c670 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-08T12:38:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AvaliacaoIntegridadeGenomica.pdf: 3262220 bytes, checksum: 24d59a5c29a5adba9fe98c186808c670 (MD5) Previous issue date: 2016-12-14 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O câncer se caracteriza pela a rápida proliferação de células anormais que crescem além dos seus limites habituais, podendo invadir partes adjacentes ou à distância. O câncer do SNC representa 2% de todas as neoplasias no mundo, sendo ligeiramente mais alta em homens que em mulheres. As mitocôndrias, responsáveis pela produção da maior parte do ATP celular através da oxidação fosforilativa (OXPHOS), pode também atuar através da glicólise com a mesma finalidade, não necessitando exclusivamente de oxigênio. Esta opção é característica das células cancerosas, conhecida como efeito Warburg. Uma hipótese para explicar essa alteração metabólica pode estar relacionada aos defeitos no DNA mitocondrial (mtDNA) causados pela OXPHOS, onde essas mutações podem induzir as células cancerosas à glicólise. Foram analisadas oito regiões do mtDNA (D-LOOP, ND1, ND3, CO I, CO II, CO III, ATPase 6 e ATPase 8) em tecidos neoplásicos de pacientes acometidos por câncer de células da glia na população paraense, relacionando os dados obtidos com as características clínicas e patológicas dos pacientes. Dentre as alterações encontradas, as do complexo I parecer ser determinantes para a progressão dos tumores de alto grau, assim como, as alterações indel parecem comprometer estruturas importantes para a OXPHOS. As deleções 4977 pb, quando associadas a outras alterações no ND1/ND3 ou a heteroplasmias, sugerem mau prognostico, porém, parecem ter uma redução no risco quando as alterações nos ND1 e ND3 são simultâneas. / Cancer is characterized by fast abnormal cells proliferation which grow beyond their normal limits and may invade adjacent or distant tissue. Cancer CNS represents 2% of all cancers in the world, being slightly higher in men than in women. Mitochondria are responsible for producing most of the cellular ATP by oxidative phosphorylation (OXPHOS), may also act through glycolysis for same purpose, not requiring only oxygen. This option is a particular cancer cell property, also known as the Warburg effect. One hypothesis to explain this metabolic change may be related to mitochondrial DNA (mtDNA) defects caused by OXPHOS where these mutations can lead cancer cells to glycolysis. Eight mtDNA regions (D-LOOP, ND1, ND3, CO I, CO II CO III, ATPase 6 and ATPase 8) were analyzed in patients’ neoplastic tissues with glial cell cancer in Pará population, relating the data with the pathological and clinical characteristics of the patients. Among the changes found, the complex I seem to be decisive for the progression of high-grade tumors, as well as changes indel seem compromising important structures for OXPHOS. Deletions 4977 bp, when combined with other changes in ND1 / ND3 or heteroplasmias suggest poor prognosis, however, seem to have a reduced risk when changes in ND1 and ND3 are simultaneous.

As abelhas da tribo Euglossini, possuem elevada representatividade nas florestas tropicais (25% da comunidade apícola existente) distribuindo-se do sul dos EUA ao centro da Argentina, sendo restritas à região Neotropical. A espécie Euglossa pleosticta, com ocorrência relatada exclusivamente no território brasileiro, possui hábito de vida solitário e costuma estar presente em levantamentos realizados em remanescentes da Mata Atlântica. Pouco se sabe sobre sua estrutura populacional e os efeitos da fragmentação florestal sobre as mesmas. Sendo assim, a realização de um estudo populacional para esta espécie é algo relevante, uma vez que colabora para a compreensão dos efeitos da fragmentação florestal na variabilidade genética do grupo, sendo objetivo deste trabalho, caracterizar a variabilidade genética e morfológica desta espécie, utilizando ferramentas morfológicas (Morfometria Geométrica de asas e Assimetria Flutuante), e moleculares (DNA microssatélite e DNA mitocondriais). Sendo assim, trabalhamos com 293 amostras de E. pleosticta coletadas em três fragmentos de mata no Estado de São Paulo. Para as análises morfológicas, foram marcados 18 marcos anatômicos nas intersecções das nervuras das asas anterior direita de cada abelha. Nas análises de microssatélite, trabalhamos com oito loci heterólogos e para realizarmos as análises de DNA mitocondrial, analisamos 20 abelhas por localidade, amplificando segmentos do Citocromo B. Nas análises de Morfometria Geométrica e Microssatélites de DNA, as localidades estudadas formaram dois grupos, os quais corroboraram quanto às características de fitofisionomia, clima, altitude e distância geográfica compartilhadas entre as localidades. Nossos dados sugerem a presença de ecotipos localmente adaptados, o que pode ser explicado em função da plasticidade fenotípica, a qual é muito comum em insetos que vivem em ambientes variados. Na análise de Assimetria Flutuante, observamos valores significativos de assimetria flutuante e assimetria direcional para as três localidades estudadas. Já na análise de DNA mitocondrial, encontramos nove haplótipos, com diversidade nucleotídica (? = 0,01636) e diversidade haplotípica (Hd = 0,777), sendo apenas um destes haplótipos compartilhado (H2). O teste de Fst par a par indicou estruturação genética populacional, e na AMOVA a maior taxa de variação observada foi quando consideramos a estruturação de um único grupo com variação interpopulacional (61,9%). Os testes de Mantel realizados tanto para distância genética quanto para distância morfológica, não apresentaram correlação quando relacionadas com distância geográfica. A falta de concordância entre os marcadores moleculares, é algo que já foi relatado em outros trabalhos e pode ser explicado em função da diferente taxa de evolução dos mesmos, uma vez que o marcador mitocondrial é mais conservado quando comparado com o de microssatélite. Em conjunto, estes marcadores apontam para a formação de subpopulações localmente adaptadas (ecotipos) para a espécie de E. pleosticta, provavelmente em decorrência dos processos recentes de fragmentação de habitat. / The bees from Euglossini tribe have high representativeness in tropical forests (25% of existing bee community) and are distributed from the south of USA to the center of Argentina, being restricted to Neotropical region. The Euglossa pleosticta species, with occurrence reported exclusively in the Brazilian territory, has solitary behaviour and, according to some researches, use to be present in Atlantic forest remnants. Little is known about its population structure and the forest fragments effects over them. Therefore, the realization of a population study of this species is relevant, since it contributes to the comprehension of the forest fragmentation effects in the genetic variability of this group. The ultimate goal of this research was to characterize the genetic and morphological variability of this species, usinging morphological tools (Geometric Morphometrics of forewings and Fluctuation Asymmetry) and molecular tools (Microsatellite DNA and Mitocondrial DNA). Thus, we have worked with 293 samples of E. pleosticta, which were collected from three forest fragments in São Paulo state. For the morphological analyses, 18 landmarks were plotted in the vein intersections of the right forewing of each bee. On the Microsatellite DNA analysis, we have worked with eight heterologous loci and on the Mitocondrial DNA analysis, we amplified the Cytochrome B segments to 20 bees per locality. In the Geometric Morphometry and DNA Microsatellites analyzes, two groups were formed from the studied localities, which corroborated to the characteristics of phytophysiognomy, climate, altitude and geographic distance shared between the localities. Our data suggest the presence of locally adapted ecotypes, which can be explained by phenotypic plasticity, which is very common in insects living in different environments. In the Fluctuation Asymmetry analysis, we observed significant values of Fluctuation and Directional Asymmetry for all studied localities. In the mitochondrial DNA analysis, we found nine haplotypes with nucleotide diversity (? = 0.01636) and haplotypic diversity (Hd = 0.777), where only one was shared (H2). The Fst pairwise test indicated population genetic structuring and, in AMOVA, the highest rate of variation was observed when we considered the structuring of a single group with interpopulation variation (61.9%). The Mantel test performed for both genetic and morphological distances, did not present correlation when related to geographic distance. The disagreement between the molecular markers has already been reported in other studies and can be explained by the different rate of evolution of these markers, since the mitochondrial marker is more conserved when compared to the microsatellite. Together, these markers indicate the formation of locally adapted subpopulations (ecotypes) for the species E. pleosticta, probably due to the recent cases of habitat fragmentation.

Orientador: Adriane Pinto Wasko / Resumo: O Brasil apresenta umas das maiores diversidades de avifauna do mundo, sendo estimada a ocorrência de 1.919 espécies distribuídas em todo seu território. Entretanto, a destruição de habitats, poluição e captura excessiva, muitas vezes associadas ao comércio ilegal, têm levado a um declínio no número de indivíduos desse grupo animal. Uma das formas de combater esse tipo de crime ambiental e de reverter ou minimizar seus efeitos concerne à implementação de um banco de dados forenses com registros de ocorrências e informações biológicas sobre os animais apreendidos e desenvolvimento de ações de conscientização da população sobre esta problemática. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivo desenvolver estratégias multidisciplinares para a proteção jurídica à conservação biológica de aves oriundas do tráfico de animais. Amostras de DNA de aves comercializadas ilegalmente e encaminhadas ao Centro de Medicina e Pesquisa em Animais Silvestres (CEMPAS), mantido pela Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia da Universidade Estadual Paulista, foram utilizadas para geração de perfis genéticos sexo-específicos, por meio da amplificação de segmentos dos genes CHD-Z e CHD-W (Chromo Helicase DNA Binding). Adicionalmente, perfis de duas subespéciesde papagaio-verdadeiro (Amazona aestiva aestiva e Amazona aestiva xanthopteryx foram gerados por meio da amplificação e sequenciamento nucleotídico de segmentos dos genes mitocondriais citocromo C oxidase subunidade I (COI) e citocrom... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Brazil has one of the largest avifauna diversity in the world, with estimated 1,919 species distributed throughout its territory. However, habitat destruction, pollution and over-harvesting, often associated with illegal trade, have led to a decline in the number of individuals of this animal group. One possible approach to combat this type of environmental crime and to reverse or minimize its effects concerns the implementation of a forensic database with records of occurrences and biological information about the captured animals and the development of actions to raise population awareness about this problem. Therefore, the present work aimed to develop multidisciplinary strategies for the legal protection to the biological conservation of birds originated from the animal traffic. DNA samples of illegally traded birds, that were sent to the Center for Medicine and Research in Wild Animals (CEMPAS) maintained by the Faculty of Veterinary Medicine and Animal Science of the São Paulo State University, were used to generate sex-specific genetic profiles, through the amplification of segments of the CHD-Z and CHD-W (Chromo Helicase DNA Binding) genes. In addition, profiles of two subspecies of the Blue-fronted Amazon (Amazona aestiva aestiva and Amazona aestiva xanthopteryx) were generated, through amplification and nucleotide sequencing of segments of the mitochondrial genes cytochrome C oxidase subunit I (COI) and cytochrome b (CYB) and a segment of the 5S ribosomal DNA gene (... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-08-29T21:44:32Z No. of bitstreams: 1 Taisa Manuela Bonfim Machado. Migração estrutura populacional Tese 2012.pdf: 1095441 bytes, checksum: 16e3cea3a6b286c226470a459e5720fb (MD5) / Made available in DSpace on 2012-08-29T21:44:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Taisa Manuela Bonfim Machado. Migração estrutura populacional Tese 2012.pdf: 1095441 bytes, checksum: 16e3cea3a6b286c226470a459e5720fb (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / A migração é o fator evolutivo capaz de dispersar a diversidade genética entre populações, inserindo novas características fenotípicas e genotípicas. A dinâmica matrimonial, juntamente como a estrutura da população são fatores que podem alterar a frequência destas características. Exemplo dessas características são as doenças genéticas, onde a frequência e distribuição destas auxilia na compreensão da influência de fatores evolutivos em uma população. No município de Monte Santo, localizado no interior da Bahia, foram encontradas doenças genéticas com elevada frequência, como mucopolissacaridose do tipo VI e fenilcetonúria. Existem evidências que algumas doenças mostram associação entre a raça e o risco de sua ocorrência. Dados moleculares mostraram que na Bahia a contribuição africana é de 47,2%, entretanto, dados baseados em classificação fenotípica apontam para o aumento da contribuição europeia com o afastamento do litoral. Para inferir a origem de algumas doenças genéticas em Monte Santo foram analisados marcadores informativos de ancestralidade autossômicos (AT3-I/D, APO, PV92 e SB19.3 genotipados por PCR; GC*1F e GC*1S por PCR/RFLP; e os marcadores FYnull, CKMM e LPL por PCR em tempo real) e marcadores uniparentais do mtDNA (sequenciamento da região HVS-I) e do cromossomo Y (marcador YAP por PCR; DYS 199, 92R7 e M207 por PCR/RFLP; e M60, PN2, PN3, M34, M89, M9 por sequenciamento). Assim, através da identificação da origem desses marcadores foi possível inferir a contribuição das populações que formaram a população de Monte Santo, e a origem de algumas das alterações gênicas responsáveis pelas doenças genéticas aqui estudadas (síndrome de Treacher Collins, hipotireoidismo congênito, fenilcetonúria, mucopolissacaridose tipo VI, surdez hereditária não sindrômica e osteogênese imperfeita). Os dados do cromossomo Y e dos autossômicos apontam para maior contribuição europeia, e os resultados dos marcadores mitocondriais para elevada contribuição africana e ameríndia. A elevada contribuição europeia tanto paterna quanto autossômica sugere origem europeia para as mutações c.35delG e R252W, responsáveis por aproximadamente 24% dos casos de surdez hereditária não sindrômica e por todos os casos de fenilcetonúria, respectivamente. A mucopolissacaridose do tipo VI tem como causa a mutação p.H178L, a presença desta alteração apenas em pacientes brasileiros, que compartilham o mesmo haplótipo intragênico sugere origem autóctone. Além de marcadores moleculares também foram analisados os tipos de casamentos (endogâmicos, exogâmicos e entre imigrantes) e sua frequência no município. Foi observada elevada frequência de casamentos endogâmicos e baixa taxa de migração, sugerindo crescimento populacional interno. Além disso, a maioria da população reside em povoados, cujo tamanho varia de 113 a 582 pessoas por povoado. Nesta cidade 80% da população tem renda mensal equivalente a meio salário mínimo, o que explica a baixa taxa de migração por ausência de atrativos econômicos. Avaliando os casamentos dentro das genealogias dos afetados é possível observar que a maioria deles é filho de pais consanguíneos. Estes resultados mostram que o elevado grau de endogamia e endocruzamento assim como possível efeito fundador e deriva genética estão associados ao aumento da frequência e manutenção das doenças genéticas neste município. / Migration is the evolutionary factor able to disperse the genetic diversity among populations, inserting new phenotypic and genotypic characteristics. The dynamic of marriage and population structure are factors that may maintain or eliminate these characteristics. Examples of these traits are genetic diseases, where the frequency of these helps in understanding the evolutionary factors influence in a population. In Monte Santo city, situated in county of Bahia, were found genetic diseases with high frequency such as mucopolysaccharidosis type VI and phenylketonuria. It has been shown that some diseases have an important racial factor in determining risk of its occurrence. Molecular results show that in Bahia the African contribution is 47.2%. However, phenotypic classification data show an increase of European contribution with the distance from the coast. To infer the origin of some genetic disease in Monte Santo were analyzed autosomal ancestry informative markers (AT3-I/D, APO, PV92 and SB19.3 genotyped by PCR, GC*1F and GC*1S by PCR/RFLP and FYnull, CKMM and LPL genotyped by real time PCR) and uniparental markers of mtDNA (sequencing of the HVS-I region) and the Y chromosome (YAP marker by PCR; DYS199, 92R7 and M207 by PCR/RFLP, and M60, PN2, PN3, M34, M89, M9 by sequencing). Thus, by identifying the origin of these markers was possible to infer the contribution of the populations that formed Monte Santo, and the origin of some genetic mutations responsible for genetic diseases studied here (Treacher-Collins syndrome, congenital hypothyroidism, phenylketonuria, mucopolysaccharidosis type VI, hereditary non-syndromic deafness and osteogenesis imperfecta). The Y chromosome and autosomal results indicate greater European contribution, and the results from mtDNA show high contribution of African and Amerindian contribution. The high European contribution both paternal and autosomal suggests European origin for the c.35delG and R252W mutations, responsible for approximately 24% of cases of hereditary non-syndromic deafness and all phenylketonuria cases, respectively. The mucopolysaccharidosis type VI is caused by p.H178L mutation, the presence of this mutation only in Brazilian patients, who share the same intragenic haplotype suggest an autochthonous origin. In addition to molecular markers were also analyzed the types of marriages (endogamic, exogamous and between immigrant) and how often they occur in the city. We observed a high frequency of endogamic marriages and low migration rates, suggesting internal population growth. The population of Monte Santo is characterized by division into villages, where the majority of the population, the number of inhabitants varies from 113 to 582 people per village. In this city 80% of the population has income equivalent to half the minimum wage, which reinforces the absence of compelling economic and low migration rate. Evaluating the marriages inside the genetic diseases pedigree families can be observed that most of those affected are children of consanguineous parents. These results suggest that the high degree of inbreeding as well as the occurrence of founder effect and genetic drift were associated with increased frequency and maintenance of genetic diseases in the city.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A chegada dos primeiros habitantes há cerca de 15.000 anos e de colonos portugueses e escravos africanos, desde o século 15, em sucessivas migrações na América do Sul, levaram à formação de populações miscigenadas com raízes consideravelmente diversificadas. É notável a heterogeneidade populacional decorrente dessas migrações e do processo de amalgamento de indígenas a partir dos contatos entre os diferentes grupos étnicos, iniciados com a colonização da América pelos europeus. A despeito da elevada miscigenação, ainda se pode encontrar no Brasil populações que, majoritariamente, mantém a identidade genética dos seus ancestrais mais remotos. O objetivo desse estudo foi caracterizar a ancestralidade da população de Santa Isabel do Rio Negro, Amazonas, com fortes traços fenotípicos ameríndios, e da tribo indígena Terena de Mato Grosso do Sul. Para isto, foram estudados marcadores uniparentais paternos ligados à região não recombinante do cromossomo Y e maternos presentes na região controle do DNA mitocondrial (mtDNA). Em relação à herança paterna, foram genotipados 31 indivíduos de Santa Isabel do Rio Negro, sendo que os Terena já haviam sido estudados sob este aspecto. Quanto ao mtDNA, foram estudados 76 indivíduos de ambos os sexos e 51 Indivíduos do sexo masculino de Santa Isabel do Rio Negro e dos Terena, respectivamente. A análise de marcadores Y-SNPs possibilitou a caracterização de 55% dos cromossomos Y dos indivíduos de Santa Isabel do Rio Negro como pertencentes ao haplogrupo Q1a3a*, característico de ameríndio. Através do mtDNA, foi verificado que o haplogrupo A é o mais frequente nas duas populações, com percentuais de 34% e 42% em Santa Isabel do Rio Negro e na tribo Terena, respectivamente, observando-se no tocante à ancestralidade materna a não ocorrência de diferenciação genética significativa entre as duas populações. Por outro lado, a análise do cromossomo Y revelou a ocorrência de distância genética significativa entre elas, o que pode ser resultante da diferença entre os tamanhos das amostras populacionais ou refletir diferenças entre rotas migratórias dos ameríndios anteriormente à colonização. Os resultados mostram ainda que os genomas mitocondriais autóctones foram melhor preservados, e que novos haplogrupos do cromossomo Y foram introduzidos recentemente na população ameríndia. É, portanto, possível concluir que a população de Santa Isabel do Rio Negro e a tribo indígena Terena apresentam um significativo grau de conservação da ancestralidade ameríndia, apesar do longo histórico de contato com europeus e africanos, os outros povos formadores da população brasileira. / The arrival of the first inhabitants approximately 15.000 years ago and Portuguese settlers and Africans slaves since the 15th century in successive migrations in South America, lead to the formation of a mixed population with considerable diverse background. It is remarkable that population heterogeneity derives from this migrations and from the indigenous amalgamation process after contacts between different ethnic groups, started with Americas colonization by Europeans. Despite of the high genetic heterogeneity, populations that majority keep the genetic identity from their most remote ancestors can still be found in Brazil. The purpose of this research was characterizing the ancestry of the population of Santa Isabel do Rio Negro, Amazonas, with strong Amerindian phenotypic features, and of the indigenous tribe Terena, from Mato Grosso do Sul. We studied paternal uniparental markers linked to no-recombinant region of Y chromosome and maternal markers present in the control region of mitochondrial DNA (mtDNA). Thirty one individuals from Santa Isabel do Rio Negro were genotyped for paternal inheritance. Genotype information of paternal markers from the Terena tribe was already available from a previously study. MtDNA markers were studied in 76 individuals from Santa Isabel do Rio Negro, both male and female, and in 51 male individuals from Terena tribe. Analysis of Y-SNPs markers allowed characterization of Q1a3a* haplogroup, typical of Amerindian, in 55% of Y chromosomes from individuals of Santa Isabel do Rio Negro . By mtDNA markers this study established that haplogroup A is the most common in both populations, occuring in 34% of individuals from Santa Isabel do Rio Negro and 42% of individuals from the Terena tribe. This observation suggests that regarding maternal ancestry, there is no occurrence of significant genetic differentiation among the two populations. On the other hand, Y chromosome analysis revealed occurrence of significant genetic distance between this populations, which can be a result of the difference among populations sample sizes, or can reflect differences between Amerindians migratory routes previously to colonization. The result also shows that autoctones mitochondrial genomes were better preserved, and new Y chromosome haplogroups were introduced recently in Amerindian population. Therefore, it is, possible to conclude that Santa Isabel do Rio Negro population and Terena indigenous tribe show significant degree of Amerindian ancestry conservation, despite of the long historic contact with European and African, the others people formers the Brazilian population.