Made available in DSpace on 2014-06-11T19:25:18Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-15Bitstream added on 2014-06-13T20:13:35Z : No. of bitstreams: 1 lavagnini_tc_me_jabo.pdf: 549020 bytes, checksum: e38c026a1cc6fc8bb5122d61b6349138 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os crisopídeos são insetos com grande potencial para uso em programas de controle biológico de pragas agrícolas. Populações de Chrysoperla externa apresentam ampla distribuição geográfica, abrangendo desde o sul dos Estados Unidos até o sul da América do Sul, ocorrendo em diferentes ambientes. Contudo, há relativamente poucos estudos buscando compreender a estrutura genética de agentes de controle biológico, especialmente insetos predadores. Desta forma, os principais objetivos deste trabalho foram caracterizar geneticamente as populações de C. externa por meio de sequências do gene mitocondrial COI e compreender sua estrutura populacional nos municípios amostrados no Estado de São Paulo. Para tanto, indivíduos adultos foram coletados em pomares de citros, e da região torácica foi extraído o DNA total. O gene COI foi amplificado por meio da técnica de PCR e as amostras foram purificadas e sequenciadas. As populações de C. externa analisadas apresentaram elevada diversidade genética, bem distribuída entre os municípios amostrados. Esta homogeneização pode ser decorrência de fluxo gênico, ação antrópica, correntes de ar, proximidade das fazendas com matas nativas e elevado potencial reprodutivo de C. externa. A partir dos resultados obtidos é possível inferir que o agroecossistema, por ser um ambiente homogêneo, esteja contribuindo para a perda de estruturação que havia entre estas populações quando elas viviam em ecossistemas nativos, sendo assim, é fundamental que as populações de C. externa sejam estudas neste ambiente, para que possam ser compreendidas em seu habitat de origem e sem a influência da ação antrópica / The green lacewings are insects with great potential for use in programs of biological control of agricultural pests. Populations of Chrysoperla externa are widely distributed geographically, being found from the southern United States until the southern South America, occurring in different environments. However, there are relatively few studies trying to understand the genetic structure of biological control agents, especially predatory insects. Thus, the main objectives of this work were to characterize genetically the populations of C. externa through COI mitochondrial gene sequences and to understand its population structure in sampled municipalities in the State of São Paulo. For this purpose, adult individuals were collected in citrus orchards, and from its torax were extracted the total DNA. The COI gene was amplified by PCR and the samples were purified and sequenced. The populations showed high genetic diversity, well distributed among the municipalities. This homogenization may be due to gene flow, human action, action of winds, proximity of farms to native forests, and high reproductive potential of C. externa. From the results, is possible to infer that the agroecosystem, a homogeneous environment, may be contributing to the loss of structure that existed among the populations when they lived in native ecosystems, and therefore, the populations of C. externa must be studied in this environment, so they could be understood in its natural habitat and without the influence of the human action

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-26Bitstream added on 2014-06-13T20:03:31Z : No. of bitstreams: 1 cavalcanteneto_a_dr_jabo.pdf: 4939501 bytes, checksum: 3f74c1d904d705f2ad4cef0bc2ccbc70 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Com os objetivos de elucidar a origem genética do suíno casco-de-burro e de contribuir para sua conservação, realizou-se uma caracterização genética em 110 animais, oriundos das regiões Nordeste (NE), Centro-Oeste (CO) e Sudeste (SE), usando-se duas classes de marcador molecular e análises citogenéticas. Foram encontrados 13 haplótipos mitocondriais entre os cascos-de-burro, sendo que apenas um foi comum às três subpopulações (NE, CO e SE). O valor médio da diversidade haplotípica e o da nucleotídica na população total foram 0,61 e 0,05 respectivamente. Por meio do DNA mitocondrial, as subpopulações de casco-de-burro apresentaram menor distância genética da população da raça portuguesa bísara. No entanto o haplótipo mais frequente nos cascos-de-burro e o único comum a todas as subpopulações pertence à raça ibérica. A variabilidade genética média obtida por meio dos 25 microssatélites na população total foi: número de alelo = 9,8; conteúdo de informação polimórfica = 0,73; heterozigose esperada = 0,69; heterozigose observada = 0,58; consaguinidade (Fis) = 0,15; e apenas seis loci apresentaram-se em equilíbrio de Hardy-Weinberg. Considerando-se a divisão da população nas três subpopulações que, por meio do DNA nuclear, estiveram mais próximas da população duroc e da bísara , os valores observados para os índices de fixação foram: 0,10 para Fis, 0,09 para Fst e 0,18 para Fit. Os cascos-de-burro possuem o número diploide 2n = 38, não sendo verificado miscigenação com o javali. Os resultados demonstram origem genética ibérica para os cascos-de-burro, com posterior introgressão alélica das raças internacionais importadas no século passado / With the purpose of elucidating the genetic origin of Brazilian Mulefoot pigs and to contribute to their conservation, 110 animals from Northeast (NE), Central- West (CW), and Southeast (SE) Brazil were characterized using two molecular marker classes and cytogenetic analysis. A total of 13 mitochondrial haplotypes was found, but only one was common to the three subpopulations (NE, CW, SE) of Brazilian Mulefoot pigs. The total population presented mean haplotype and nucleotide diversity values of 0.61 and 0.05, respectively. Mitochondrial DNA analysis showed that the Brazilian Mulefoot pig subpopulations presented the shortest genetic distance from the Portuguese Bísara breed. However, the most frequent haplotype found in the Brazilian Mulefoot population, and the only one common to all subpopulations belongs to the Ibérica breed. The mean genetic variability of the total population, obtained using 25 microsatellites, was: allele number = 9.8; polymorphic information content = 0.73; expected heterozygosity = 0.69; observed heterozygosity = 0.58; inbreeding = 0.15; and only six loci displayed Hardy-Weinberg equilibrium. Considering the three studied subpopulations which were closer to the Bísara and Duroc populations, based on nuclear DNA the values observed for the fixation indexes were: 0.09 for Fis, 0.10 for Fst, and 0.18 for Fit. Brazilian Mulefoot pigs have a diploid number of 2n = 38, which indicates that there is no interbreeding with wild boars. The results demonstrate that the genetic origin of Brazilian Mulefoot pigs is Iberian, with later allele introgression from foreign breeds imported during the 20th century

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2680.pdf: 6485015 bytes, checksum: 80308a62623a9b81cad38c987461252a (MD5) Previous issue date: 2009-09-24 / Universidade Federal de Minas Gerais / The present work studied populations of Ardea alba egretta (Great Egret) family Ardeidae (Aves), sampled from four Brazilian regions situated at different latitudes (Rio Grande do Sul, Pantanal, São Paulo and Amapá). Species-specific primers developed in this study allowed the sequencing of 194 individuals in the Domain I of mitochondrial DNA control region (fragment of 586 bp). Fifty-eight polymorphic sites were found, defining 74 haplotypes. Haplotype Hap9 was the most frequent and the majority of the remaining haplotypes occurred in low frequencies. Average nucleotide diversity was 0.006 and average haplotype diversity 0.908. Distribution of nucleotide diversity followed a descending order: Amapá> Pantanal> São Paulo> Rio Grande do Sul, and the differences between Amapá and the other populations were statistically significant. Results of AMOVA analysis indicated that there is genetic differentiation among populations of the four regions (Fct = 0.02145, p = 0.03324). Values of the pairwise F-statistics showed low genetic structuring among the colonies within each region, but significant structuring among the four regions. It was evident by the analysis of structuring that the genetic composition of Amapá is different from other regions. Significant differences revealed by the tests of Fu's Fs, Tajima's D, R2 and analyses of mismatch distribution, together with star-shaped haplotype networks, indicated signals of demographic expansion in the populations of Rio Grande do Sul and Pantanal. For the Amapá population only biases of Fu's Fs were significant and the curves of "mismatch distribution" can be explained by the unimodal standard distribution. The estimated time of expansion (τ) for Rio Grande do Sul population was 7,195 years before present, for Pantanal population was 32,009 and for Amapá population was 68,674. Obtained results are consistent with the hypothesis that the equatorial region likely was a refuge for populations of this species during the Pleistocene glaciations. / Foram estudadas populações de Ardea alba egretta (garça-branca-grande) da família Ardeidae (Aves), amostradas em quatro regiões brasileiras, com latitudes diferentes (Rio Grande do Sul, Pantanal, São Paulo e Amapá). Oligonucleotídeos espécie-específicos desenvolvidos nesse estudo possibilitaram o seqüenciamento de um fragmento de 586 pb do Domínio I da região controladora do DNA mitocondrial em 194 individuos. Cinqüenta e oito sítios polimórficos foram encontrados, definindo 74 haplótipos. O haplótipo de maior freqüência foi o Hap9 e a maioria dos demais haplótipos apresentaram freqüências baixas. A diversidade nucleotídica média foi de 0,006 e a diversidade haplotípica média 0,908. A distribuição da diversidade nucleotídica seguiu ordem decrescente do Amapá > Pantanal > São Paulo > Rio Grande do Sul e as diferenças entre Amapá e as demais populações foram estatisticamente significativas. Os resultados da análise AMOVA indicaram que há diferenciação genética entre as populações das quatro regiões (Fct = 0,02145; p = 0,03324). Valores de Fst par-a-par revelaram baixa estruturação entre as colônias dentro de cada região, mas estruturação entre as quatro regiões foi detectada. Ficou evidente pelas análises de estruturação que a composição genética do Amapá difere das demais regiões estudadas. Significantes desvios nos testes de Fs de Fu, D de Tajima, R2 e as análises da distribuição das diferenças par-a-par ( mismatch distribution ) e redes haplotípicas em formato de estrela apontam para sinais de expansão demográfica nas populações do Rio Grande do Sul e do Pantanal. Para o Amapá apenas os desvios de Fs de Fu foram significativos e as curvas de mismatch distribution podem ser explicadas pelo padrão unimodal. A estimativa do tempo de expansão (τ) para o Rio Grande do Sul foi de 7.195 anos antes do presente, para o Pantanal foi de 32.009 e para o Amapá foi de 68.674, anos antes do presente. Os resultados obtidos foram concordantes com a hipótese de que a região equatorial possivelmente foi o refúgio para as populações dessa espécie durante glaciações ocorridas no Pleistoceno.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3758.pdf: 2809059 bytes, checksum: b38018f70b56ac8d09c7f5cf7e865731 (MD5) Previous issue date: 2011-05-27 / Financiadora de Estudos e Projetos / ABSTRACT The cougar (Puma concolor) is the second largest feline species in Brazil. It has a wide distribution across the Americas, occurring from southwestern Canada to the Strait of Magellan, in the extreme south of Argentina and Chile, throughout the Brazilian territory. In this study we estimated the minimum number of individuals and genetic diversity of cougars in the Santa Virginia Unit, Serra do Mar State Park (PESM), São Paulo, based on fecal DNA analysis. Hair snares were also used to an attempt to obtain more samples. For the diagnosis of the species, we amplified a 146bp fragment of the cytochrome b gene of mitochondrial DNA. We used six microsatellite loci for the fecal samples individualization, to estimate the minimum number of individuals and genetic characterization of the population. No hair sample was obtained during the study. Among the 40 fecal samples obtained, 34 were successfully diagnosed, and we found 25 samples of P. concolor, eight of Leopardus tigrinus and one of Leopardus pardalis. The multiloci genotypes were obtained for only 15 samples belonging to 12 different puma individuals. The allelic dropout average rate was 10.43%. The mean observed heterozygosity was 0.6202, lower than that found for the species in fragmented areas of Cerrado, in the northeastern São Paulo. There were deviations in Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) for one locus and a deficit of heterozygous for the set loci used. However, there was no evidence of recent population bottleneck. Therefore, the deviation in HWE could be caused by the presence of null alleles or the low number of samples. Little relationship was found between individuals (6.1% Half-Sibs), indicating a possible continuous stream of cougars in the region. Thus, the PESM deserves special attention for being the largest continuous remnant of Brazilian Atlantic Forest and, therefore, similar studies are needed in the others Units of this Park so that together they can provide a more comprehensive view of the P. concolor situation in this biome. / A onça-parda (Puma concolor) é a segunda maior espécie de felino do Brasil. Possui uma ampla distribuição pelo continente americano, ocorrendo desde o sudoeste do Canadá até o Estreito de Magalhães, no extremo sul da Argentina e do Chile, passando por todo o território brasileiro. Nesse estudo foi estimado o número mínimo de indivíduos e a diversidade genética da onça-parda a partir de DNA fecal, no Núcleo Santa Virgínia, Parque Estadual da Serra do Mar (PESM), São Paulo. Armadilhas de pelos também foram utilizadas para uma mais uma tentativa na obtenção de amostras. Para o diagnóstico da espécie foi amplificado um pequeno fragmento do gene citocromo b do DNA mitocondrial. Ao todo foram utilizados seis locos de microssatélites para a individualização das amostras de fezes, estimativa do número mínimo de indivíduos e caracterização genética da população. Nenhuma amostra de pelo foi obtida durante o estudo. Dentre as 40 amostras de fezes obtidas, 34 foram diagnosticadas com sucesso, sendo encontradas 25 amostras de P. concolor, oito de Leopardus tigrinus e uma de Leopardus pardalis. Os genótipos multilocos foram obtidos para apenas 15 amostras, pertencentes a 12 indivíduos diferentes de onça-parda. A taxa média de allelic dropout foi de 10,43%. A heterozigosidade média observada foi de 0,6202, inferior a encontrada para a espécie em áreas fragmentadas do Cerrado, na região nordeste do Estado de São Paulo. Houve desvio no equilíbrio de Hardy-Weinberg (HWE) para um dos locos e déficit de heterozigotos para o conjunto de locos utilizados. Contudo, não houve evidência de gargalo populacional recente. Dessa forma, o desvio no HWE pode ter sido causado pela presença de alelos nulos ou pelo baixo número de amostras. Pouca relação foi encontrada entre os indivíduos (6,1% de HS), indicando um possível fluxo contínuo de onças-pardas na região. Sendo assim, o PESM merece especial atenção por ser o maior remanescente contínuo da Mata Atlântica brasileira e, por isso, estudos similares são necessários nos demais Núcleos desse Parque para que juntos possam fornecer uma visão mais abrangente da situação da espécie P. concolor nesse bioma.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:29:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3186.pdf: 3703923 bytes, checksum: d87900ff0307615395d72a84051c1051 (MD5) Previous issue date: 2010-06-18 / Salminus brasiliensis is a migratory fish which is distributed in all parts of the rio de la Plata Basin. The Dourado is called the king of the river . It´s one of the most sought after fish by amateur and/or professional fishermen. However, in some regions it is considered to be a vulnerable species. Recent reports have shown the existence of some populations of migratory fish that are genetically structured in the same basin. Considering that the evaluation of variability and genetic structure in natural populations is of great importance for conservation of this species, this study has the objective of examining this question in the populations of S. brasilienses in the region of the Pantanal in Mato Grosso by verifying the existence or not of the genetic structure by means of markers of mitochondrial DNA. Later a phylogeographic approach was carried out to investigate the aspect of genetic evolution of this group of fish, its distribution in all the basin and its relation with the history of the formation of the basins- the relation between the Pantanal, the Parana and Uruguay Rivers Basins. The results shown high genetic diversity and absence of genetic structure, suggesting gene flow between populations of north and south of the Pantanal, probably facilitated by the migratory ability of the species and by the structural characteristics of the region. The presence of shared rare haplotypes evidences this pattern even though exclusive variants occur in each river studied. In relation to the phylogeographic aspects of the group in the limits of the basin of the Rio de la Plata, an old historical contact was verified between the sub-basin of the Parana and Upper Paraguay Rivers, probably occurring at the moment of the formation of the Pantanal. However, analyses has disclosed a current genetic distance between the populations of Dourado in these two areas. Genetic structure was only observed in the Parana River Basin. The Uruguay River Basin and the Pantanal demonstrate genetic similarity. However, it is important to continue evaluation and monitoring of genetic diversity of the natural populations of Dourado to confirm if with other molecular markers if the same pattern will occur as the on in the Pantanal and in the other regions that have been analyzed. / Salminus brasiliensis é um peixe migrador distribuído em toda bacia do Prata. Denominado rei do rio , o dourado está entre os mais almejados na pesca esportiva e/ou profissional. Porém, em algumas regiões está sendo considerada uma espécie vulnerável. Relatos recentes demonstraram a existência de algumas populações de peixes migradores geneticamente estruturadas dentro de uma mesma bacia. Considerando que a avaliação da variabilidade e estrutura genética em populações naturais é de grande importância para conservação dessa espécie, este estudo objetivou primeiramente abordar esta questão em populações de S. brasilienses na região do Pantanal Mato-grossense, verificando a existência de estruturação ou não nessa região, por meio de marcadores de DNA mitocondrial. Depois foi realizada uma abordagem filogeográfica para discutir aspectos referentes à genética evolutiva desse grupo de peixes, sua distribuição por toda bacia e sua relação com a história de formação das bacias; uma relação entre o pantanal e a bacia do Paraná e do Uruguai. Os resultados mostraram alta diversidade genética e ausência de estruturação, sugerindo fluxo gênico entre populações das localidades norte e sul do Pantanal, provavelmente facilitada pela habilidade migratória da espécie e pelas características ecológicas da região. A presença de haplótipos raros compartilhados evidencia esse padrão, embora variantes exclusivos ocorram em cada rio estudado. Quanto aos aspectos filogeográficos do grupo nas limitações da bacia do rio da Prata, foi verificado um contato histórico antigo entre a sub-bacia do Paraná e o Alto Paraguai, provavelmente ocorrido no momento da formação do Pantanal. No entanto, análises revelaram um distanciamento genético atual entre as populações de dourado nessas duas áreas. Estruturação genética só foi observada para o Paraná, sendo que Uruguai e Pantanal demonstraram similaridade genética. Entretanto, é importante continuar a avaliação e o monitoramento da diversidade genética das populações naturais do dourado para confirmar se com outros marcadores moleculares ocorrerá o mesmo padrão ora encontrado no Pantanal e nas demais regiões analisadas.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1282746 bytes, checksum: d5f8ba3af7eb078bf78d9451deb025b3 (MD5) Previous issue date: 2008-07-29 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Melipona quadrifasciata, regionally known as mandaçaia , presents two distinct subspecies: M. quadrifasciata anthidioides and M. quadrifasciata quadrifasciata. They differ in the yellow tergal stripes, which are continuous in M. q. quadrifasciata and discontinuous in M. q. anthidioides. The correlation between geographic distribution and metasomal coloration was investigated and characterized the restriction sites in the mtDNA of both morphotypes of M. quadrifasciata, as determined by the tergal stripes patterns. Specimens from 198 localities were examined, and the variation observed in the pattern of tergal stripes was grouped into four distinct classes. The distribution pattern of M. quadrifasciata found in the present work agrees with the previously reported pattern for this species, i.e., M. q. quadrifasciata, a form characterized by continuous tergal stripes, inhabits the southern portion of the distribution, from Rio Grande do Sul to southern São Paulo, including Misiones, in Argentina, and southeastern Paraguay to the west, whereas M. q. anthidioides, a form with interrupted stripes, occurs from northeastern São Paulo to the northern portion of Diamantina Plateau, in Bahia, and westwards to the western tip of Minas Gerais and central portion of the Goiás State. The data of RFLP showed two restriction patterns, one present in M. q. quadrifasciata, and another in M. q. anthidioides and in populations with continuous tergal stripes from northern Minas Gerais and northeastern Bahia and Sergipe. The phylogeography was evaluated across its range of M. quadrifasciata populations. Using 852 bp of mtDNA COI gene of 145 individuals from 56 locates of RS RS, SC, PR, SP, RJ, MG, ES, BA and SE states in Brazil. Fifty haplotypes were identified 50 with a nucleotide diversity (π) of 0,0055 and a haplotypic diversity (Hd) of 0,957. The phylogenetic analysis showed the presence of two clades: the south clade comprising the subspecies M. q. quadrifasciata, and the north clade formed by the subspecies M. q. anthidioides and the populations with continuous tergal stripes from northern Minas Gerais and northeastern Bahia and Sergipe. AMOVA showed a percentage of variation between the clades of 68,56% and a ΦST 0,905. The barrier of gene flow, estimated with SAMOVA, was located close to Ribeira do Iguape River Valley in the south of the State of São Paulo. The unimodal mismatch distribution suggested bottleneck events affecting both clades. Coalescence analysis estimated time of divergence estimated between 490.000 and 390.000 years B.P. Other species of Melipona of the Atlantic forest, M. bicolor and M. marginata, also present subspecies that display morphological differences along north-south ranges that match the distribution of M. q. quadrifasciata and M. q. anthidioides. Concordant phylogeographyc patterns have been reported for other animal groups, as birds (Xiphorhynchus fuscus) and serpents (Bothrops jararaca). / A abelha Melipona quadrifasciata, conhecida popularmente como mandaçaia, apresenta duas subespécies: M. q. anthidioides e M. q. quadrifasciata. A principal diferença entre as subespécies são as faixas tergais amarelas, que são contínuas em M. q. quadrifasciata e descontínuas em M. q. anthidioides. A correlação entre a distribuição geográfica e a coloração metassomal e os sítios de restrição do DNA mitocondrial foi caracterizado de ambos morfotipos de M. quadrifasciata, como determinado pelos padrões de faixas tergais. Foram examinados exemplares provenientes de um total de 198 localidades no Brasil, e com base na variação observada os exemplares foram distribuidos em quatro classes. A distribuição geográfica de M. quadrifasciata observada mostra M. q. quadrifasciata, uma forma com faixas tergais contínuas, ocupando a porção sul da distribuição, do Rio Grande do Sul até a metade sul de São Paulo, indo a oeste até a província de Misiones, na Argentina e porção sudeste do Paraguai. A forma com faixas interrompidas, M. q. anthidioides, distribui-se da metade nordeste de São Paulo até o extremo norte da região da Chapada Diamantina, na Bahia, estendendo-se a oeste pelo Triângulo Mineiro e região central do estado de Goiás. Dois padrões RFLP foram identificados, sendo um presente em M. q. quadrifasciata, e o outro em M. q. anthidioides e nas populações com padrão de faixas tergais continuo do norte de Minas Gerais e Sergipe e nordeste da Bahia. Avaliou-se também o padrão filogeográfico das populações de M. quadrifasciata ao longo de sua área de distribuição. Para análise filogeográfica foram utilizados 852 pb referentes a parte do gene COI do mtDNA de 145 indivíduos de M. quadrifasciata provenientes de 56 localidades dos estados do RS, SC, PR, SP, RJ, MG, ES, BA e SE. Foram identificados 50 haplótipos, com uma diversidade nucleotídica (π) de 0,0055 e uma diversidade haplotípica (Hd) de 0,957. Foi evidenciado, na inferência filogenética e na rede de haplótipos, a presença de dois clados: o clado sul compreendendo à subespécie M. q. quadrifasciata, e o clado norte formado pela subespécie M. q. anthidioides e as populações de faixa tergal contínua do norte de Minas Gerais e do Sergipe e nordeste da Bahia. A AMOVA mostrou um percentual de variação entre os clados de 68,56% e um ΦST de 0,905. A barreira de fluxo gênico, estimada pela SAMOVA, foi localizada próxima ao Vale do Ribeira do Iguape no sul do estado de São Paulo, concordando também com a separação dos clados. A mismatch distribution evidenciou gargalos populacionais em ambos clados por meio de distribuição unimodal. O tempo de divergência estimado pela análise de coalescência foi entre 490.000 e 390.000 anos A.P. Outras espécies de abelhas, M. bicolor e M. marginata, exibem diferenciação morfológica que recebe o status de subespécies, apresentando zona de separação entre as subespécies concordante com M. quadrifasciata. Padrões filogeográficos com vicariância semelhante foram reportados para pássaros (Xiphorhynchus fuscus) e serpentes (Bothrops jararaca).

Submitted by BIANCA PICADO GONÇALVES null (bi_picado@hotmail.com) on 2018-03-27T19:06:54Z No. of bitstreams: 1 Tese_versão final 1.pdf: 3691717 bytes, checksum: 54912fed5f6b404afadb8be90dd16bf8 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Pizzani null (luciana@btu.unesp.br) on 2018-03-28T15:29:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 gonçalves_bp_dr_bot.pdf: 3691717 bytes, checksum: 54912fed5f6b404afadb8be90dd16bf8 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-28T15:29:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 gonçalves_bp_dr_bot.pdf: 3691717 bytes, checksum: 54912fed5f6b404afadb8be90dd16bf8 (MD5) Previous issue date: 2018-03-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O Brasil apresenta umas das maiores diversidades de avifauna do mundo, sendo estimada a ocorrência de 1.919 espécies distribuídas em todo seu território. Entretanto, a destruição de habitats, poluição e captura excessiva, muitas vezes associadas ao comércio ilegal, têm levado a um declínio no número de indivíduos desse grupo animal. Uma das formas de combater esse tipo de crime ambiental e de reverter ou minimizar seus efeitos concerne à implementação de um banco de dados forenses com registros de ocorrências e informações biológicas sobre os animais apreendidos e desenvolvimento de ações de conscientização da população sobre esta problemática. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivo desenvolver estratégias multidisciplinares para a proteção jurídica à conservação biológica de aves oriundas do tráfico de animais. Amostras de DNA de aves comercializadas ilegalmente e encaminhadas ao Centro de Medicina e Pesquisa em Animais Silvestres (CEMPAS), mantido pela Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia da Universidade Estadual Paulista, foram utilizadas para geração de perfis genéticos sexo-específicos, por meio da amplificação de segmentos dos genes CHD-Z e CHD-W (Chromo Helicase DNA Binding). Adicionalmente, perfis de duas subespéciesde papagaio-verdadeiro (Amazona aestiva aestiva e Amazona aestiva xanthopteryx foram gerados por meio da amplificação e sequenciamento nucleotídico de segmentos dos genes mitocondriais citocromo C oxidase subunidade I (COI) e citocromo b (CYB) e de um segmento do gene de DNA ribossomal 5S (DNAr 5S), a partir de amostras de animais mantidos no CEMPAS. A sexagem molecular, em exemplares de aves de diferentes famílias, permitiu a identificação de um ou de dois fragmentos de DNA em machos e fêmeas, respectivamente. Entre os marcadores moleculares utilizados para caracterizar Amazona aestiva, apenas o citocromo b evidenciou diferenças nucleotídicas entre as duas subespécies. Os dados dos perfis genéticos foram utilizados para implementação de uma plataforma online denominada de Forensic Bird Base, com acesso para fins de pesquisa e criminalística. Como produtos adicionais desse trabalho, foram gerados uma cartilha educativa visando popularizar a aplicação das Ciências Forenses no combate ao tráfico de aves silvestres e um manual jurídico para profissionais das áreas de biológicas, visando demonstrar as normas e leis vigentes no país acerca dos direitos dos animais, e as condutas que podem ser tipificadas ou não como crime contra a fauna. Os resultados e produtos gerados podem servir de subsídio para o delineamento de programas de manutenção e/ou reprodução de espécies de aves em cativeiro, elaboração de estratégias de reintrodução de exemplares em ambiente natural e para combater ou minimizar o tráfico ilegal de animais e seus efeitos, / Brazil has one of the largest avifauna diversity in the world, with estimated 1,919 species distributed throughout its territory. However, habitat destruction, pollution and over-harvesting, often associated with illegal trade, have led to a decline in the number of individuals of this animal group. One possible approach to combat this type of environmental crime and to reverse or minimize its effects concerns the implementation of a forensic database with records of occurrences and biological information about the captured animals and the development of actions to raise population awareness about this problem. Therefore, the present work aimed to develop multidisciplinary strategies for the legal protection to the biological conservation of birds originated from the animal traffic. DNA samples of illegally traded birds, that were sent to the Center for Medicine and Research in Wild Animals (CEMPAS) maintained by the Faculty of Veterinary Medicine and Animal Science of the São Paulo State University, were used to generate sex-specific genetic profiles, through the amplification of segments of the CHD-Z and CHD-W (Chromo Helicase DNA Binding) genes. In addition, profiles of two subspecies of the Blue-fronted Amazon (Amazona aestiva aestiva and Amazona aestiva xanthopteryx) were generated, through amplification and nucleotide sequencing of segments of the mitochondrial genes cytochrome C oxidase subunit I (COI) and cytochrome b (CYB) and a segment of the 5S ribosomal DNA gene ((DNAr 5S), from animal samples kept at CEMPAS. Molecular sexing, in different Family birds, allowed the identification of one or two fragments of DNA in males and females, respectively. Among the molecular markers used to characterize Amazona aestiva, only cytochrome b evidenced nucleotide differences between the two subspecies. Genetic profile data were used to implement an online platform called Forensic Bird Base, with access for research and criminalistic purposes. As an additional product of this work, an educational booklet was created, to popularize the application of Forensic Sciences against the traffic of wild birds, and a legal manual for professionals of the biological areas, aiming to demonstrate the norms and laws in force in the country regarding animals rights, and conducts that may be criminalized as a crime against wildlife. The generated results and products can be used as a subsidy to the design of programs for the maintenance and/or reproduction of bird species in captivity, the elaboration of strategies to reintroduce specimens in natural environments and to combat or minimize animals´s illegal trade and its consequences.

Made available in DSpace on 2015-05-14T12:14:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 3134384 bytes, checksum: 253c3fb1aaec508b89c44bcd7766a50c (MD5) Previous issue date: 2013-08-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / In this thesis, we investigate aspects of similarity between sequences of complete mitochondrial DNA. This line of study falls within the framework from the analysis of statistical properties of DNA sequences based on methods that seek to understand the information contained in these sequences a topic of renewed interest in the context of the so called Complex Systems. Previous approaches were used to obtain the frequencies of certain segments of nucleotides, regarded as the words of a given size, contained in sequences. These methods, inspired by studies devoted to the statistical properties of words distribution in linguistic and symbolical sequences, can be considered an alternative to techniques and algorithms for aligning sequences, and have been successful in the description of characteristics that allow to infer similarity and possible species grouping criteria, it means, biological afnity between DNA sequences. Previously, this methodology has been applied to evaluate the diferences between coding and nocoding DNA sequences and to extract linguistic aspects of these sequences by detecting keywords that describe relevant information embedded in the threads. In this dissertation, these studies are expanded in order to directly compare the contents of pairs of complete sequences of mitochondrial DNA, setting parameters that depend on the frequency distribution of sequences of words which highlight both the relevance of certain words as well as the possibility of grouping species estimating the distance between these words. Our results show that the best clusters between diferent species are obtained when we calculate the rate of agglomeration considering only frequencies of words. We have also observed that the larger the word size is, its greater clustering between sequences. The prospect of applying our results to analyze DNA sequences also belong to a single biological species, may be relevant in the construction of phylogenetic trees that are appropriate structures for understanding the evolutionary history of organisms. / Nesta dissertação, investigamos aspectos da similaridade entre sequências completas de DNA mitocondriais. Esta linha de estudo se insere no âmbito da análise de propriedades estatísticas de sequências de DNA baseadas em métodos que buscam entender a informação contida nessas sequências, tema de renovado interesse no contexto dos chamados Sistemas Complexos. Abordagens anteriores foram utilizadas para obtenção das frequências de determinados segmentos de nucleotídeos, considerados como palavras de um dado tamanho, contidos nas sequências. Tais métodos, inspirados em estudos dedicados às propriedades estatísticas de distribuição de palavras em textos linguísticos e sequências simbólicas, podem ser considerados uma alternativa às técnicas e algoritmos de alinhamento de sequências, e têm sido bem sucedidos na descrição de características que permitem inferir similaridade e possíveis critérios de agrupamentos de espécies, ou seja, afinidade biológica entre sequências de DNA. Anteriormente, esta metodologia foi aplicada para avaliar as diferenças entre sequências de DNA codificadas e não codificadas e para extrair aspectos linguísticos dessas sequências através da detecção de palavras-chaves que descrevem informações relevantes embutidas nas sequências. Nesta dissertação, ampliamos tais estudos, no sentido de comparar diretamente o conteúdo de pares de sequências completas de DNA mitocondriais, definindo parâmetros que dependem da distribuição de frequências de palavras das sequências que ressaltam tanto a relevância de determinadas palavras, bem como a possibilidade de agrupamentos de espécies estimando a distância entre essas sequências. Nossos resultados mostram que os melhores agrupamentos entre espécies distintas são obtidos quando calculamos a taxa de aglomeração levando em conta apenas as frequências das palavras. Notamos, também, que quanto maior o tamanho da palavra mais consistente é o agrupamento entre as sequências. A perspectiva de aplicação de nossos resultados, para analisar também sequências de DNA pertencentes a uma única espécie biológica, pode ser relevante na construção de árvores filogenéticas que são estruturas adequadas para se compreender a história evolucionária dos organismos.

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:05:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 EuricoADJ_TESE.pdf: 2589936 bytes, checksum: be1dedfbfc2d5720f10af387bc96dda3 (MD5) Previous issue date: 2012-06-01 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / Esp?cies da fam?lia Lutjanidae representam um importante recurso pesqueiro em todas as ?reas de sua ocorr?ncia. No Brasil a explora??o comercial se iniciou na d?cada de 60 e nos anos 80, j? demonstrava decl?nio nos volumes de captura. A diminui??o de capturas aponta que os lutjan?deos devem ser manejados conservativamente. Estudos sobre a estrutura gen?tica das popula??es e dados gen?ticos para monitoramento dos estoques ao longo da costa brasileira atrav?s de marcadores moleculares, s?o escassos. Nesta regi?o, as esp?cies Lutjanus analis e L. jocu desempenham papel social para a subsist?ncia das comunidades de pescadores artesanais. O presente trabalho avaliou a variabilidade gen?tica inter e intrapopulacional, assim como o n?vel de estrutura??o gen?tica populacional de L. analis ( cioba) e L. jocu ( dent?o) ao logo do litoral brasileiro, analisando a regi?o hipervari?vel 1 da regi?o controle D-loop do DNAmt. Ambas as esp?cies demonstram constituir um ?nico grande estoque que permite compreend?-los como popula??es panm?ticas. De fato, a elevada variabilidade gen?tica demonstrada pelos altos ?ndices de diversidade nucleot?dica e haplot?pica, n?o revelam sinais de deprecia??o gen?tica frente a explora??o pesqueira. Os padr?es demogr?ficos hist?ricos destas esp?cies demonstram concord?ncia com eventos ocorridos no Pleistoceno. Os dados gen?ticos n?o excluem riscos futuros para ambas as esp?cies decorrentes da cont?nua explora??o destes estoques

A genética forense tem grande importância na geração de provas em casos de violência sexual, paternidade criminal, identificação de cadáveres e investigação de evidências de locais de crime. A análise de STRs apresenta grande poder de discriminação, mas é uma metodologia multi-etapas, trabalhosa, cara e em muitos casos a análise genética é prejudicada pela baixa quantidade e qualidade das evidências coletadas. Este estudo teve como objetivo desenvolver e caracterizar uma metodologia de triagem de amostras forenses através da análise de perfis de dissociação em alta resolução (HRM) de regiões do DNA mitocondrial, o qual está presente em maior número de cópias e mais resistente a degradação. Para tanto, foram extraídos DNAs de 68 doadores. Estas amostras foram sequenciadas e analisadas por HRM para sete alvos no DNA mitocondrial. Também foram realizados ensaios para determinar a influência do método de extração, da concentração e nível de degradação do DNA no perfil de HRM obtido para uma amostra. Os resultados demonstraram a capacidade da técnica de excluir indivíduos com sequências diferentes da referência comparativa em cinco regiões amplificadas. Podem ser analisadas em conjunto, amostras de DNA com variação de concentração de até a ordem de 100 vezes e extraídas por diferentes metodologias. Condições de degradação de material genético não prejudicaram a obtenção de perfis de dissociação em alta resolução. A sensibilidade da técnica foi aprimorada com a análise de produtos de amplificação de tamanho reduzido. A fim de otimizar o ensaio foi testada a análise de HRM em reações de PCR duplex. Um dos pares de amplificação forneceu perfis de HRM compatíveis com resultados obtidos de reações com amplificação de apenas um dos alvos. Através da análise conjunta das cinco regiões, esta metodologia visa a identificação de indivíduos não relacionados com as referências comparativas, diminuindo o número de amostras a serem analisadas por STRs, reduzindo gastos e aumentando a eficiência da rotina de laboratórios de genética forense. / The forensic genetics has an important role in the generation of evidence in cases of sexual assault, criminal paternity, identification of corpses and crime scenes investigation. The analysis of STRs has great power of discrimination, but it is a multi-stage methodology, complex, expensive and in many cases the genetic analysis is hampered by the low quantity and quality of evidence collected. This study aimed to develop and characterize a forensic samples screening methodology to examine high resolution melting profiles (HRM) of regions of the mitochondrial DNA, which is present in more copies and more resistant to degradation. Thus, we extracted DNA from 68 donors. These samples were sequenced and analyzed by HRM to seven mitochondrial DNA targets. Tests were also conducted to determine the influence of extraction method, concentration and DNA degradation level of HRM profile obtained for a sample. The results demonstrated the technical ability to exclude individuals with different sequences of comparative reference amplified in five regions. Can be analyzed together samples with varying concentration to the order of 100 times and extracted by different methods. Genetic material degradation conditions did not prevent obtaining high resolution melting profiles. The sensitivity of the technique was improved with the analysis of reduced size amplification products. In order to optimize the assay HRM analysis was tested in duplex PCR reactions. A pair of amplification provided HRM profiles consistent with results from amplification in reactions with only one of the targets. Through the joint analysis of the five regions, this approach aims to identify individuals not related to comparative references, reducing the number of samples to be analyzed by STRs, reducing costs and increasing the efficiency of the routine of forensic genetics laboratories.