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Fatores de risco para mortalidade infantil por causas evitáveis em nascidos vivos de Novo Hamburgo, RS, 2008-2013 : análise através de vinculação de bases de dados

Baldi, Fernanda Maria Wolff January 2014 (has links)
No Brasil e internacionalmente, a mortalidade infantil é conhecido problema de saúde pública. Embora suas taxas estejam diminuindo, a maior parte desses óbitos ocorre por causas evitáveis, sendo sua redução uma questão de justiça social. Este estudo trata do risco de morte infantil evitável nos últimos seis anos e foi realizado em uma coorte retrospectiva de recém nascidos de mães residentes no município gaúcho de Novo Hamburgo de 2008 a 2013, por meio da vinculação dos bancos de dados do Sistema de Informações sobre Nascidos Vivos (SINASC), Sistema de Informações sobre Mortalidade (SIM) e dos dados das investigações de óbitos infantis dos residentes naquele município. O município onde se deu o estudo obteve uma taxa de mortalidade infantil de 14,0 por mil nascidos vivos para o período, sendo em sua totalidade, investigados; desta taxa de óbitos, 10,4 ocorreram por causas evitáveis. Houve predomínio de ocorrência no período neonatal precoce. Conforme a classificação de evitabilidade SUS, os óbitos seriam reduzíveis principalmente por ações adequadas de promoção à saúde vinculadas a ações adequadas de atenção à saúde, por adequada atenção à mulher na gestação e por ações adequadas de diagnóstico e tratamento. Este estudo identificou grupos expostos a maior risco de morte infantil evitável, onde os seguintes fatores mostraram associação com a mortalidade infantil evitável: Condições socioeconômicas e reprodutivas maternas, nas variáveis raça/cor, escolaridade, situação conjugal, situação reprodutiva e ausência de trabalho remunerado; Pré-natal e nascimento, onde o número de consultas e o local de nascimento e finalmente, a Saúde da criança ao nascimento, onde a idade gestacional, peso ao nascimento, vitalidade do recém-nascido, malformação congênita e gemelaridade, foram preponderantes; todos com χ2; p ≤ 0,01, denotando associação estatística significativa com o óbito infantil. Conferir visibilidade aos determinantes da mortalidade infantil é essencial à tomada de decisões e o conhecimento produzido será potencialmente útil para informar políticas e programas voltados à redução da mortalidade e à promoção da saúde populacional, especialmente a infantil. / Infant mortality is a known public health problem in Brazil and worldwide. Although its rates are decreasing, most of these deaths could be avoided, and its reduction is a matter of social justice. This study talks about the risk of avoidable infant mortality in the last six years in a retrospective cohort of infants from mother who lived in the city of Novo Hamburgo, Rio Grande do Sul, Brazil, from 2008 to 2013. Government data regarding births and infant mortality were analyzed. The city where the study was conducted presented an infant mortality rate of 14.0 every 1000 infants born alive for the period, and mostly occurring in the early neonatal period. They were all investigated, and 10.4 every 1000 infants born alive were avoidable. According to SUS's classification of avoidability, these rates could be lowered mainly with appropriate actions to promote health, linked to appropriate actions of health care by providing specialized care to women during pregnancy and adequate measures for the diagnosis and treatments. This study identified high-risk groups. The main factors associated with infant mortality were: Socio-economical and reproductive conditions of the mother, race/color of the skin, schooling, marital status, absence of paid work; Prenatal and birth, with the number of queries and the birthplace, and, finally, the Health of the child at the moment of birth, where gestational age, birth weight, vitality of the newborn, congenital malformation and twin pregnancy were the most important, all at χ2; p ≤ 0,004, a meaningful statistical association. It is important that the circumstances that determine infant mortality be made visible. This is essential so that the necessary measures will be taken to control it. The knowledge produced here will be potentially useful in programs aimed at improving the quality of health care and decreasing infant mortality rates.
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Synthèse stéréocontrôlée de dérivés, accepteurs potentiels des glycosyltransférases impliquées dans les voies de biosynthèse des protéoglycanes / Stereocontroled synthesis of derivatives, potential acceptors of the glycosyltransferases involved in the proteoglycan’s biosynthesis

Ait-Mohand, Katia 20 December 2012 (has links)
L’arthrose est un processus menant à la dégénérescence du cartilage articulaire dont l’un des principaux composants est un protéoglycane (PG) : l’aggrécane. Il est constitué de glycosaminoglycanes (GAGs), essentiellement le sulfate de chondroitine (CS), liés de façon covalente à un squelette peptidique par l’intermédiaire d’une zone de liaison tétrasaccharidique commune aux principaux types de GAGs (CS et sulfate d’héparane (HS)). La biosynthèse des PGs met en jeu l’action séquentielle de O-glycosyltransférases qui additionnent spécifiquement chaque unité saccharidique. Lors de cette biosynthèse, encore mal connue, la zone de liaison subit des modifications (sulfatation et phosphorylation) qui peuvent être importantes pour la polymérisation des PGs en faveur des CS ou des HS.L’objectif de ce travail était de synthétiser, pour la première fois, une collection complète de trisaccharides biotinylés diversement monosulfatés ou non de la zone de liaison des PGs ainsi que des tétrasaccharides biotinylés (zone de liaison et amorces de CS) dans le but de déterminer le rôle des différentes sulfatations possibles dans la biosynthèse des PGs par les O-glycosyltransférases. / Osteoarthritis is a process leading to the degeneration of articular cartilage in which one of the major component is the proteoglycan (PG) aggrecan. It is composed of glycosaminoglycans (GAGs), mainly chondroitin sulfate (CS), covalently linked to a peptide backbone through the tetrasaccharide linkage region which is common to the two principal types of GAGs (CS and heparan sulfate (HS)). The PGs biosynthesis involves the sequential action of O-glycosyltransferases that add specifically each saccharide unit. In this biosynthesis, still poorly understood, the linkage region undergoes changes (sulfation and phosphorylation) that may be important for the polymerization of PGs in favor of the CS or the HS.The objective of this work was to synthesize, for the first time, a full collection of biotinylated trisaccharides variously monosulfated or not of the linkage region of PGs and biotinylated tetrasaccharides (linkage region and first aminosugar of CS), in order to determine the role of the possible sulfation within the biosynthetic pathway of PGs by the O-glycosyltransferases.
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Rovinné mechanismy / Planar mechanisms

HOFFMAN, Jan January 2013 (has links)
This work thesis is dealing with planar mechanisms. It?s concentrated on definition the topic, enumeration methods of mathematical description of mechanisms and occasion of simulation with usage information technology. It?s going mainly on GeoGebra program, in which were created most of schemes and models mechanisms. Created models are recorded on attached CD. Important charter of this theses are mechanisms used to draving planar curves, ending with mechanisms used to drawing straight line.
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Estrutura genômica de uma população de suínos base Landrace / Genomic structure of admixed Landrace pig population

Joaquim, Letícia Borges [UNESP] 22 February 2016 (has links)
Submitted by LETÍCIA BORGES JOAQUIM null (leticiajoaquim@gmail.com) on 2016-03-18T19:56:09Z No. of bitstreams: 1 DissertaçãoLeticia.pdf: 1246720 bytes, checksum: 72c61040420200f71667f56d8d424fec (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-03-22T12:39:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 joaquim_lb_me_jabo.pdf: 1246720 bytes, checksum: 72c61040420200f71667f56d8d424fec (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-22T12:39:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 joaquim_lb_me_jabo.pdf: 1246720 bytes, checksum: 72c61040420200f71667f56d8d424fec (MD5) Previous issue date: 2016-02-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os painéis de marcadores de alta densidade têm demonstrado a sua funcionalidade nos estudos de estrutura da população e conservação genética. Esses painéis permitem avaliar similaridades no padrão do desequilíbrio de ligação em toda população, assim como informações sobre parentesco da população. Segmentos de homozigose são utilizados como indicativo da estrutura da população e fornecem informações sobre o histórico demográfico e eventos de endogamia da mesma. O objetivo deste trabalho foi estudar a estrutura genômica de uma linhagem sintética base Landrace por meio de (i) análises de desequilíbrio de ligação; (ii) estimação do coeficiente de endogamia utilizando dados genômicos e de pedigree; (iii) análise do número e tamanho de segmentos de homozigose e (iv) determinação da estratificação da população. Foram utilizados registros de 300 fêmeas e 25 machos de uma linhagem fêmea sintética base Landrace genotipados com o painel Illumina PorcineSNP60 v2 BeadChip. A edição dos dados foi realizada no programa PLINK v.1.9 para remoção de marcadores SNPs (“Single Nucleotide Polymorphism”) que falharam em mais de 10% das amostras (“call rate”) e amostras que falharam em mais de 10% dos marcadores. A extensão do desequilíbrio de ligação foi avaliada entre todos os pares SNPs adjacentes presentes nos cromossomos autossômicos por meio da medida r2. O coeficiente de endogamia foi calculado usando registros de pedigree e de dados genômicos. Os segmentos de homozigose foram detectados para os cromossomos autossômicos com o programa computacional PLINK v.1.9, considerando pelo menos 50 SNPs homozigotos dentro de tamanho mínimo de 1.000 Kb por animal, permitindo um SNP heterozigoto e um SNP faltante/perdido dentro de uma janela de 50 SNPs. Os segmentos de homozigose detectados foram utilizados para cálculo do coeficiente de endogamia genômica e como indicativo do histórico da população. A estratificação da população foi avaliada utilizando análises de componentes principais e pelo modelo de ancestralidade por metodologia bayesiana aplicado no programa STRUCTURE. Na análise de ancestralidade foram testados valores de K (número de “clusters”) variando de um a oito usando período de burn-in de 1.000 iterações e Cadeia de Markov e Monte Carlo de 10.000 iterações. As análises foram repetidas dez vezes para cada K e a determinação do melhor número para K foi estimada utilizando a estatística Delta K. O valor médio de r² encontrado para todos os SNPs adjacentes que estão a uma distância menor que 100 Kb foi de 0,291 ± 0,312. Os coeficientes de endogamia médios obtidos a partir dos segmentos de homozigose e de registros de pedigree foram de 0,119 e 0,00011, respectivamente. A baixa correlação (r<0,04) encontrada entre os coeficientes de endogamia pode ser explicada pelo efeito de recombinação gênica sobre aqueles estimados a partir dos segmentos de homozigose que não é considerada nas estimativas obtidas à partir de registros de pedigree e devido aos erros de identificação dos animais no pedigree. A identificação de um grande número de longos segmentos de homozigose pode ser indicativa de endogamia recente na população estudada. O estudo da estratificação da amostra indicou que a mesma estaria dividida em duas populações (k=2), sendo que a separação pode ser explicada pelo cruzamento entre as raças ocidentais e orientais utilizadas na formação da linhagem. Os dados de genotipagem permitiram concluir que a população estudada possui endogamia recente, sugerindo-se que seja priorizado acasalamento entre indivíduos menos aparentados para assegurar a manutenção da diversidade genética. / High-density single nucleotide polymorphism (SNP) panels have been used in genomic studies, such as population structure and conservation genetic studies. These panels allow to assess similarities in the patterns of linkage disequilibrium across populations and to estimate relatedness between populations. Runs of homozygosity are used as indicative of population structure and it provides information about demographic history and recent inbreeding. The aim of this study was to describe the genomic structure of a synthetic Landrace line by (i) linkage disequilibrium (LD) analyses; (ii) inbreeding estimates through pedigree and genomic data; (iii) analysing the number and length of runs of homozygosity (ROH); and (iv) determination of population structure. A total of 300 females and 25 males from synthetic Landrace line were genotyped using Illumina PorcineSNP60 v2 BeadChip. Data editing was performed using PLINK v.1.9. The SNPs and samples with a call rate lower than 0.90 were excluded from the data set. Only the autosomal chromosomes were considered for LD an ROH analyses. The LD between all pairs of SNPs were measured by the means of the genotype correlation coefficient (r²) and it determined the decay of LD with physical distance. The coefficient of inbreeding was calculated using genomic and pedigree data. ROH were detected using PLINK v.1.9 considering the follow parameters: a minimum ROH of 50 SNPs with a minimum length of 1000 (Kb), one heterozygous SNP and one missing SNP were allowed within the sliding window of 50 SNPs. The individual genomic inbreeding and population history were identified from estimated ROH. The population structure was evaluated using principal component analysis and Bayesian admixture model. The number of clusters (K) was tested from two to eight considering a burning period of 1,000 followed by 10,000 Markov chain Monte Carlo repetitions and replicated ten times for each K. The best K was estimated using the Delta K statistic. For all SNPs adjacent less than 100 kilobase (kb) apart, the average r2 was 0.291 ± 0.312. The average inbreeding coefficient, calculated by ROH and pedigree analyses, were 0.119 and 0.00011, respectively. The low correlation between the inbreeding coefficients can be justified by the genetic recombination effect over those estimated from runs of homozygosity that were no considered on the estimates from the traditional pedigree. The high number of long ROH is an evidence of recent inbreeding in this population. The population structure analysis revealed K=2 was the best number of clusters and separation. This result can be explained by the crossbreeding between the Eastern and Western breeds used in the formation of the line. The genotyping data helped confirm that the inbreeding in the studied population is recent, which suggests that mating between individuals less related occurred to ensure the maintenance of genetic diversity.
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Avaliação do desequilíbrio de ligação e da origem genética em duplo-haplóides de milho

Barbosa, Mauricio Pires Machado [UNESP] 07 July 2009 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-07-07Bitstream added on 2014-06-13T20:03:33Z : No. of bitstreams: 1 barbosa_mpm_dr_jabo.pdf: 358402 bytes, checksum: d85997fcfe0314483cdbbbf3d2c88ca2 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Estudos de associação baseados em desequilíbrio de ligação (DL) são importantes ferramentas para construção de mapas de ligação e utilização em programas de melhoramento assistidos por marcadores. Em geral, são utilizadas populações segregantes ou linhagens isogênicas para composição destes programas. Com o objetivo de comparar o desequilíbrio de ligação em linhagens duplo-haplóides (DH) e linhagens obtidas por meio de autofecundação, duzentas e quarenta e cinco linhagens – cento e setenta e cinco convencionais e setenta DHs – foram submetidas à análise de marcadores do tipo Single Nucleotide Polymorphism (SNP), utilizando-se mil duzentos e trinta e quatro marcadores distribuídos pelos dez cromossomos. O resultado da regressão entre as distâncias mostrou um R2 de 0,6546 para linhagens duplo-haplóides e uma equação de tendência logarítmica, sendo y= -0,024ln(x) + 0,159. Para as linhagens convencionais, o R2 foi de 0,5727, com a equação que explica a tendência, sendo y = -0,008ln(x) + 0,0659. Os dados de DL foram analisados individualmente, por cromossomo; e, assim como na análise conjunta, individualmente, todos os cromossomos tiveram o mesmo comportamento quando se comparam o DL de linhagens DH e os convencionais, sendo que os valores de DL nas linhagens DH foram em geral mais altos que nas convencionais. Os resultados indicam que, para a obtenção de linhagens DH, a recombinação ocorre em blocos maiores quando comparado com as linhagens convencionais. / Association studies based on linkage disequilibrium (LD) are important tools for linkage maps construction and to use in marker-assisted breeding programs. Typically, segregating populations or isogenic lines are used to compose them. With objective of compare the linkage disequilibrium on double haploid lines (DH) and lines obtained by self pollination (Conventional), two hundred and forty five inbred lines, where one hundred seventy five conventional and seventy DHs where submitted to the analysis of Single Nucleotide Polymorphism (SNP) molecular markers, using one thousand two hundred and thirty four markers random distributed over the ten chromosomes. The regression output among the distances showed R2 of 0.6546 for double haploids lines and one logarithmic trend equation, being y = -0.024ln(x) + 0.159 For conventional lines, R2 was 0.5727, with an equation that explains the trend, being y = -0.008ln(x) + 0.0659. LD data were analyzed by chromosomes individually and as such in the joint analysis, all individual chromosomes showed the same patternr when comparing the LD of DH lines versus conventional lines, being the LD of DH lines generally higher that the conventional lines. Results show that to obtain DH lines the recombination occurs in larger blocks when compared against the conventional lines.
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Caracterização fenotípica de RIL s de feijão derivadas da população Rudá x AND 277

Silva, Leonardo Corrêa da 16 July 2013 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-26T13:40:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 927669 bytes, checksum: f83f22161a7d44b4d00efbcaead43a73 (MD5) Previous issue date: 2013-07-16 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Recombinant inbred lines (RIL s) are useful for building linkage maps. The maintainance the population genetic structure for mapping over their production is important for the construction of accurate maps. The existence of genetic variability within those populations is essential for detection of the association between molecular markers and controlling loci of quantitative or qualitative traits. Thus, the objective of this work was to quantify the diversity of a RIL population derived from Rudá x AND 277 cross. Five hundred plants from the F2 population of Rudá x AND 277 cross were conducted up to the F10 generation by the single seed descent method (SSD) to obtain those RIL s. Then, a group of 393 RIL's plus the parents and five control plants were evaluated in the field in a 20 x 20 triple lattice design, for seven quantitative traits. Because of the low efficiency of the lattice, the data were analyzed in randomized blocks with additional treatments (parents) with three replications. The five controls were eliminated from this analysis. The 393 RIL s and parents were characterized in the greenhouse for their reaction resistance to breeds 65 and 89 of Colletotrichum lindemunthianum, the causal agent of anthracnose. The effect of RIL s was significant for all traits evaluated (P < 0.01), indicating the existence of genetic variability in such population. The RIL s vs parents contrast was significant for number of days to flowering (DF) and to harvest (DC), grain yield (PROD) and weight of one hundred grains (M100) and not significant for architecture of plants (ARQ), degree of seed flattening (H) and seed shape (J). Significance of these contrasts indicates that the mean of RIL's differs from that of the parents. Coincidence between these means is expected only in the absence of epistasis. Thus, these results indicate the occurrence of additive x additive epistatic interactions for DF, DC, PROD and M100. The low values of the coefficient of experimental variation obtained indicate good precision of the experiment. Values of heritability ranged from 82.81 to 97.09%. In relation to breeds 65 and 89 of anthracnose, it was observed a 3:1 (resistant: susceptible) and 1:1 segregations respectively in the population of 393 RIL s, indicating the maintenance of genetic structure of such RIL s. The characters that formed the lowest and the highest number of groups of means were ARQ and M100, four and ten groups, respectively, by the Skott-Knott test at 5% probability. The 393 RIL s were grouped by Tocher method in 10 groups and the characters that most contributed to the genetic dissimilarity were M100 and DF, while ARQ was the character that contributed the least. The population made up by 393 RIL s present genetic variability for all traits, which is essential for detecting associations with molecular markers and genetic mapping. / Linhagens endogâmicas recombinantes (Recombinante Imbred Lines - RIL s) são de utilidade na construção de mapas de ligação. A manutenção da estrutura genética das populações para o mapeamento ao longo de sua obtenção é importante para a construção de mapas acurados. A existência de variabilidade genética nessas populações é fundamental para a detecção da associação entre marcadores moleculares e locos controladores de caracteres qualitativos ou quantitativos. Assim, o objetivo deste trabalho foi quantificar a diversidade de uma população de RIL s derivadas do cruzamento entre os genitores Rudá e AND 277. Na obtenção destas RIL s, 500 plantas F2 do cruzamento Rudá x AND 277 foram conduzidas até a geração F10 pelo método do descendente de uma única semente (Single Seed Descent - SSD). Em seguida, um grupo de 393 RIL s mais os genitores e cinco testemunhas foi avaliado em campo no delineamento látice triplo 20 x 20, quanto a sete caracteres quantitativos. Dada a baixa eficiência do látice, os dados foram analisados em blocos casualizados com testemunhas adicionais (genitores) e três repetições. As outras cinco testemunhas foram eliminadas dessa análise. As 393 RIL s e os genitores foram caracterizados quanto à reação de resistência às raças 65 e 89 de Colletotrichum lindemuthianum, causador da antracnose do feijoeiro, em casa-de- vegetação. Observou-se significância do efeito de RIL s para todos os caracteres avaliados (P < 0,01), indicando a existência de variabilidade genética nessa população. O contraste RIL s vs. Genitores foi significativo (P < 0,01) para os caracteres número de dias ao florescimento (DF) e à colheita (DC), produtividade de grãos (PROD) e massa de cem grãos (M100) e não significativo para a arquitetura de plantas (ARQ), grau de achatamento da semente (H) e forma da semente (J). A significância desses contrastes indica que a média das RIL s difere da média dos genitores. Igualdade entre as médias das RIL s e dos genitores é esperada apenas na ausência de epistasia. Assim, estes resultados indicam a ocorrência de interações epistáticas do tipo aditiva x aditiva para os caracteres DF, DC, PROD e M100. Os baixos valores do coeficiente de variação experimental obtidos indicam boa precisão do experimento. Os valores da herdabilidade variaram de 82,81 a 97,09%. Em relação às raças 65 e 89 de antracnose observou-se segregação de 3:1 (resistentes:suscetível) e de 1:1, respectivamente, na população de 393 RIL s, indicando manutenção da estrutura genética destas RIL s. Pelo teste de Skott-Knott, a 5% de probabilidade, os caracteres que formaram menor e maior número de grupos de médias foram ARQ e M100, com quatro e dez grupos cada, respectivamente. As 393 RIL s foram agrupadas pelo método de Tocher em 10 grupos e os caracteres que mais contribuíram para a dissimilaridade genética foram M100 e DF, e o que menos contribuiu foi ARQ. A população constituída de 393 RIL s apresenta variabilidade genética para todos os caracteres avaliados, imprescindível para detecção de associações com marcas moleculares e mapeamento genético.
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Mapeamento de marcas moleculares e identificação de QTL com base em desequilíbrio de fase gamética / Constructing genetic map and indentifying QTL based on linkage disequilibrium

Silva, Admilson da Costa e 26 March 2008 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 338043 bytes, checksum: a834b14ee2a313c551703de0f053cc4d (MD5) Previous issue date: 2008-03-26 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / In the study of genetic linkage between two marker loci or between markers and a QTL it is usually necessary to have appropriate designed populations (experimental populations). However, for some species such designed populations could be hard to obtain. In this scenario, the linkage disequilibrium (LD) has been used to build genetic map and to identify QTL. In this work, we used simulation to evaluate the efficiency of LD to construct genetic maps (LD-genetic map) of molecular markers as well as to map QTL (LD-QTL mapping) in non- structured families of outbreed populations. As for the LD- genetic map study, we designed genomes with high saturation level (markers apart from each other less than 5 cM), and random saturation level (markers apart from each other ranging from 0 to 20 cM), five linkage groups and 20 markers per linkage group. We simulated compounds of second generation with 200 and 1000 individuals, derived from the mating of two parental populations of size 200, under four levels (1.0, 0.9, 0.8 and 0.7) of difference in the frequency of each marker (marker-frequency difference) between parental populations. These compounds were used to obtain the sampled genomes, which were compared with the designed genomes to measure the efficiency of LD to construct genetic map. In the LD-QTL mapping study, we adopted, with slightly modifications, the steps to obtain the designed genome and the compounds as described above. We designed genomes with ten linkage groups, each with 20 markers, but for linkage group 1 which had just five markers. We distributed 200 genes controlling quantitative traits along the ten linkage groups. However, only the linkage group 1 had a major QTL along with 19 minor genes. All other linkage groups had 20 minor genes each. In the LD-QTL mapping study, for the detection, estimation of substitution effects and of dominance, we idealized three quantitative traits, each being affected by a major QTL. The trait yield (g/ear) had a QTL with positive dominance; the trait expansion capacity (mL/g) had a QTL with bidirectional dominance; and the trait relative liquid growth (%) had a QTL with negative dominance. We used the method of single marker analysis base on regression to model the QTL effects. The analyses of power for QTL identification and substitution effect estimation were done by linear regression. On the other hand, the analysis of dominance effect was done by polynomial regression with the quadratic term included in the model. In the LD-genetic map study the linkage groups were satisfactory recovered, with only few exceptions. The bias in recovering the designed genome increased with the decreasing of the marker- frequency difference between parental populations from 1.0 to 0.7. Based on the percentage of correct ordered markers in the genome, we found that the LD-genetic map was efficient, with correct ordering of markers superior to 86%. Our results support that the most efficient population for LD-genetic map was the one equivalent to an F2 intercross population. With respect to the QTL detection, in general, the power of detection was satisfactory, independent of the quantitative trait simulated. The results of effect substitution of marker revealed that markers closer to the QTL had bigger effects. The detections of dominance effects were efficient only on the compounds from the mating of parental populations with marker-frequency difference superior than 0.9 and sample size of 1.000. The results of dominance direction analyses on the markers for the trait yield were efficient in determining the direction of dominance of QTL, with few exceptions where complete dominance was present. For the trait expansion capacity, the specification of which markers had positive or negative effect was not possible because of the bidirectional nature of the simulated dominance effects. For the trait liquid growth the estimated effects of dominance at markers often revealed the correct dominance effects direction of the QTL. It is important to point out that the results of our LD-QTL mapping study were based on traits in which the phenotypic variance explained by the QTL is between 10 and 30% of the total phenotypic variance. / No estudo de ligação entre dois locos marcadores e análise de QTL é preciso realizar cruzamentos apropriados para o mapeamento das populações. No entanto, a realização de cruzamentos pode ser difícil em algumas espécies. Nestes casos, tem-se utilizado desequilíbrio de ligação (LD) ou de fase gamética. Este trabalho, realizado por meio de simulação de dados, teve como objetivos avaliar a eficiência do mapeamento de marcas moleculares e identificar o QTL em populações não-endogâmicas e não-estruturadas em famílias, com base em desequilíbrio de fase gamética. Para o mapeamento de marcas moleculares foram simulados genomas com nível de saturação alto (distância menor que 5 cM) e aleatório (distância entre 0 e 20 cM), cinco grupos de ligação e 20 marcas por grupo. Para obtenção dos genomas amostrais foram simulados compostos de segunda geração, com 1.000 e 200 indivíduos, derivados do cruzamento entre duas populações parentais, com tamanho 200, sob quatro níveis (1,0, 0,9, 0,8 e 0,7) de diferença mínima de freqüência de mesma marca entre os genitores. A partir dos genomas amostrais foi avaliada a eficiência de recuperação dos genomas paramétricos. Na detecção de QTL, seguiu-se o mesmo processo para simulação dos genomas e dos compostos, porém com algumas particularidades. Foram simulados genomas com dez grupos de ligação, devendo ser ressaltado que em cada genoma somente o grupo de ligação 1 foi simulado com cinco locos marcadores. Nestes grupos também foram distribuídos 200 genes controladores de características quantitativas. Porém, somente no grupo de ligação 1 foram alocados QTL e 19 genes de efeito menor. Em cada um dos demais grupos de ligação foram alocados mais 20 genes de efeito menor. Na análise de QTL, incluindo detecção e estimação dos efeitos de substituição e desvios de dominância, foram idealizadas três características quantitativas, com um QTL controlando cada característica. As características foram: produção (g/espiga), com direção de dominância positiva; capacidade de expansão (ml/g), com direção de dominância bidirecional; e crescimento líquido relativo (%), com direção de dominância negativa. Neste trabalho, foi empregado o método das marcas simples com base em análise de regressão. A avaliação do poder de detecção de QTL e os efeitos de substituição foram obtidos por regressão linear, enquanto os efeitos de dominância foram obtidos por regressão polinomial, incluindo o termo quadrático. No mapeamento de marcas moleculares, verificou-se que os grupos de ligação foram recuperados de forma satisfatória, com algumas exceções. Maior viés na recuperação dos genomas paramétricos foi verificado à medida que se diminuiu a diferença de freqüência de mesma marca entre os genitores de 1,0 para 0,7. Com base no porcentual de marcas ordenadas corretamente o mapeamento foi eficiente, apresentando valores superiores a 86%. Diante dos resultados obtidos concluiu-se que a população mais eficiente para o mapeamento é a equivalente a uma F2. Quanto à detecção de QTL, de modo geral, o poder de detecção foi satisfatório, independentemente do caráter idealizado. A análise do efeito de substituição de marca revelou maior magnitude de efeito para as marcas mais próximas ao QTL. Em relação ao teste de dominância nos locos marcadores, foi verificada eficiência na detecção de dominância apenas nos compostos obtidos do cruzamento entre genitores com diferença de freqüência de mesma marca maior ou igual a 0,9 e com tamanho de amostra igual 1.000. Avaliando o sinal do efeito de dominância, para a característica produção, verificou-se que os efeitos estimados nos locos marcadores foram consistentes em revelar a direção de dominância no loco do QTL, com algumas exceções quando dominância completa. Para característica capacidade de expansão, em virtude de ter sido considerada sob direção de dominância bidirecional, não foi possível a determinação de quais marcas têm efeito positivo ou negativo. Para a característica crescimento líquido relativo, as estimativas dos efeitos de dominância nos marcadores revelaram, quase sem exceção, a direção de dominância no loco do QTL. É importante ressaltar que os resultados obtidos neste trabalho, para o mapeamento de QTL, são válidos para QTLs que expliquem entre 10 e 30% a variação fenotípica do caráter.
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A clínica de família no centro de atenção psicossocial III : psicose e configurações vinculares

Omena, Nara Amaral de 25 August 2014 (has links)
The objective of the present research was to analyze the links of families crossed by a psychotic crisis and the outcome of such crisis in the institutional care at CAPS (Centers of Psychosocial Attention), having the linkage clinic as focus. The framework proposed is the family clinic, apprehending the family as a founder of the subjectivity of the subject, a mediator between the subject and society, essential in the work with psychosis and consonant with the practices of care in the psychosocial attention in mental health. The methodology used was study of a clinical case based on the psychoanalytic method of investigation. From the analysis of the case presented, the family links and the family care were discussed. We have noticed that the group of family members was an important care asset for the family, from the listening of their suffering. Just as family therapy allows, in a unique way, the event and the intervention on the link configuration typical of the family, we believe that family therapy at CAPS, with the focus on link configurations, is essential to orient the practice of mental health care. / A presente pesquisa teve como objetivo analisar os vínculos de famílias atravessadas por uma crise psicótica e o que advém desta crise no atendimento institucional em CAPS, tendo como enfoque a clínica vincular. O recorte proposto é a clínica de família por apreender a família como fundante da subjetividade do sujeito, mediadora entre o sujeito e a sociedade, essencial no trabalho com a psicose e consonante com as práticas de cuidado na atenção psicossocial em saúde mental. A metodologia utilizada foi o estudo do caso clínico, baseada no método psicanalítico de investigação. A partir da análise do caso apresentado, discutiu-se os vínculos familiares e o atendimento da família. Percebemos que o grupo de familiares, foi um importante dispositivo de cuidado para a família, a partir da escuta de seu sofrimento. Assim como a terapia familiar possibilita, de modo singular, o acontecimento e a intervenção sobre a configuração vincular própria da família, acreditamos que a terapia familiar no CAPS, com enfoque nas configurações vinculares, é fundamental para orientar a prática de cuidados em saúde mental. / Mestre em Psicologia Aplicada
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Condições de risco ao nascer relacionadas aos critérios de near miss neonatal : estudo de linkage entre o SINASC e o SIM no estado de Sergipe / Conditions of risk at birth related to near miss neonatal criteria : linkage study between SINASC and SIM in the state of Sergipe

Silva, Márcia Estela Lopes da 29 August 2018 (has links)
The technological advance has been contributing to the survival of newborns considered to be at risk for infant mortality. The concept of Near Miss Neonatal, defined as a newborn who presented a severe complication at birth but survived the neonatal period, came to define further studies on those infants who overcame causes of probable early neonatal death, and to evaluate the conditions of perinatal care. Objective: To identify the birth risk conditions related to the Near Miss Neonatal criteria from the secondary database analysis through a linkage between SINASC and SIM, in the period from 2011 to 2016 in the State of Sergipe. Methodology: an analytical retrospective cohort study with analysis of secondary data in a historical series in the official databases, through the linkage between SINASC and SIM. Data were collected on live births resident in the State of Sergipe, and the sample was selected from all newborns with early Near Miss Neonatal criteria: gestational age less than 31 weeks, birth weight less than 1,500 g and APGAR at the fifth minute below 7. We selected variables present in the SINASC: sociodemographic, obstetric and newborn, categorized and analyzed within the sample. The final statistical analysis evaluated the results by determining the relative risk and their respective confidence intervals, which identified the probability of the outcome selected by the study. Results: the variables that most had relation with the risk conditions at birth with a relative risk greater than 1 were: place of birth in the capital, home birth, illiteracy or low maternal schooling, age under 20 years and over 35 years, losses fetal abortions, prenatal care with 6 or fewer visits, number of prenatal consultations not suitable for gestational age at the start of follow-up, multiple gestation, non-cephalic presentation and congenital anomaly. The variables identified as protection factors with relative risk less than 1 were: the presence of partners, pregnant women aged between 20 and 35 years, maternal schooling over 4 years, cesarean delivery and induced labor. And the variables unrelated to the outcome, with relative risk crossing the 1 value in their confidence interval, were the maternal color / race and the sex of the newborn. Conclusion: In this study it was verified that the variables found as risk factors come according to what the literature has described and, therefore, it is intended that it serve as support for other studies on the subject and contributes to the survey of evidences that can subsidize bases for the construction of programs and public policies directed to the reduction of the infant morbimortality. / O avanço tecnológico vem colaborando para a sobrevida de recém-nascidos considerados de risco para mortalidade infantil. O conceito de Near Miss Neonatal, definido como um recém-nascido que apresentou uma complicação grave ao nascer, mas sobreviveu ao período neonatal, veio para que se delimitassem mais estudos sobre essas crianças que superaram causas de provável óbito neonatal precoce, e se avaliasse as condições de assistência perinatal. Objetivo: Identificar as condições de risco ao nascer relacionadas aos critérios de Near Miss Neonatal a partir da análise secundária de banco de dados através de um linkage entre o SINASC e o SIM, no período de 2011 a 2016 no Estado de Sergipe. Metodologia: estudo analítico de coorte retrospectiva com análise de dados secundários em uma série histórica nos bancos de dados oficiais, através do linkage entre o SINASC e o SIM. Foram coletados os dados referentes aos nascidos vivos residentes no Estado de Sergipe, sendo que a amostra selecionada foi de todos recém-nascidos com os critérios de Near Miss Neonatal precoce: idade gestacional menor que 31 semanas, peso ao nascer menor que 1.500g e APGAR no quinto minuto menor que 7. Foram selecionadas variáveis presentes no SINASC: sociodemograficas, obstétricas e do recém nascido, categorizadas e analisadas dentro da amostra. A análise estatística final avaliou os resultados através da determinação do risco relativo e de seus respectivos intervalos de confiança os quais identificaram a probabilidade do desfecho selecionado pelo estudo. Resultados: as variáveis que mais tiveram relação com as condições de risco ao nascer apresentando risco relativo maior que 1 foram: local de ocorrência na capital, parto domiciliar, analfabetismo ou baixa escolaridade materna, idade menor a 20 anos e maior que 35 anos, perdas fetais/abortos prévios, pré-natal com 6 ou menos consultas, número de consultas pré-natais inadequadas à idade gestacional de início do acompanhamento, gestação múltipla, apresentação não cefálica e anomalia congênita. As variáveis identificadas como fatores de proteção com risco relativo menor que 1 foram: presença de companheiro, gestantes com idade entre 20 e 35 anos, escolaridade materna maior que 4 anos, parto cesáreo e trabalho de parto induzido. E as variáveis sem relação com o desfecho, com risco relativo perpassando o valor 1 em seu intervalo de confiança, foram a cor/raça materna e o sexo do recém-nascido. Conclusão: Neste estudo verificou-se que as variáveis encontradas como fatores de risco vêm de acordo com o que a literatura tem descrito e, assim sendo, pretende-se que o mesmo sirva de apoio a demais estudos sobre o tema e contribua para o levantamento de evidências que possam subsidiar bases para a construção de programas e políticas públicas direcionadas à diminuição da morbimortalidade infantil. / Aracaju
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Desequilíbrio de Ligação e Blocos de Haplótipos Determinados pela Análise de 250K SNPs em Três Remanescentes de Quilombos / Linkage Disequilibrium and Haplotype Blocks Determined by the Analysis of 250K SNPs in Three Quilombo Remnants Communities

Edilene Santos de Andrade 20 September 2013 (has links)
A associação não aleatória entre alelos de diferentes lócus caracteriza o que é chamado de desequilíbrio de ligação (DL) entre eles. A extensão do DL nas populações humanas pode ser influenciada por muitos fatores, tais como taxa de recombinação, características demográficas (idade, tamanho e taxa de crescimento) e fatores evolutivos (deriva genética, efeito fundador, gargalos populacionais, mutação, seleção e fluxo gênico). Portanto, o conhecimento dos padrões do DL fornecem dados que auxiliam na descrição dos eventos demográficos e evolutivos sofridos pelas populações. O objetivo deste estudo foi descrever os padrões de DL de quatro populações brasileiras e correlacioná-los com suas respectivas histórias demográficas, uma vez que estas populações experimentaram alguns dos eventos evolutivos que geram ou retardam o decréscimo do DL, como fundação por poucos indivíduos, miscigenação no momento da fundação e posterior isolamento. Foram analisadas amostras de três populações remanescentes de quilombos do Estado do Piauí, Gaucinha (GAU, n = 14), Mimbó (MIB, n = 15) e Sítio Velho (STV, n = 15) e da população urbana de Teresina, Piauí (TES, n = 15), além de sete amostras populacionais do projeto HapMap (CEU, CHB, JPT, ASW, LWK, MKK, YRI, todas com n = 15). Foram genotipados mais de 250 mil SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) utilizando-se o GeneChip® Human Mapping 250K Nsp I Array - Affymetrix® nas amostras das quatro populações brasileiras. Os dados brutos das populações do HapMap para este array foram obtidos na página do projeto. Os genótipos para todas as amostras foram determinados pelo algoritmo CRLMM após comparação com o algoritmo BRLMM, e as análises de DL e determinação dos blocos de haplótipos foram realizadas com o uso do programa Haploview. Considerando-se o número de blocos de haplótipos detectados em cada população estudada, padrão semelhante foi observado em todos os autossomos. Em geral, a população europeia (CEU) e as duas populações asiáticas (CHB e JPT) do HapMap apresentaram os maiores números de blocos, enquanto que os menores números foram observados nos quilombos GAU e MIB e na população TES. As populações africanas LWK, MKK e YRI e a população afro-americana ASW apresentaram os valores intermediários e a população afro-brasileira STV, apresentou um número de blocos apenas inferior a CEU, CHB e JPT. A grande contribuição africana nos quilombos GAU e MIB pode explicar o menor DL observado nestas comunidades. Por outro lado, o menor DL em TES se deve, provavelmente, à sua fundação, que envolveu um maior número de indivíduos e foi seguida por um rápido crescimento. A possível explicação para o maior DL observado em STV, em relação aos demais quilombos, consiste em sua peculiar história demográfica: esta comunidade experimentou uma miscigenação no momento de sua fundação, que foi seguida por um crescimento lento e pouca diferenciação. Assim, foi demonstrado como os eventos demográficos de cada população influenciam seus respectivos padrões de DL. / The non-random association between alleles of different loci characterizes what is called linkage disequilibrium (LD) between them. The LD extent in human populations can be influenced by many factors, such as recombination rate, demographic features (age, size and growth rate) and evolutionary events (genetic drift, founder effects, population bottlenecks, mutation, selection and gene flow). Therefore, knowledge of the LD patterns provides data that assists in describing the evolutionary and demographic events experienced by populations. The aim of this study was to describe the LD patterns of four Brazilian populations and correlate these patterns with their respective demographic histories, since these populations have experienced some of the evolutionary events that produce or retard the LD decrease, such as foundation by few individuals, admixture at the founding moment and subsequent isolation. Samples from three quilombo remnants populations of the Piauí State, Gaucinha (GAU, n = 14), Mimbó (MIB, n = 15) and Sítio Velho (STV, n = 15) and the urban population of Teresina, Piauí (TES, n = 15), and seven population samples from the HapMap Project (CEU, CHB, JPT, ASW, LWK, MKK, YRI, all with n = 15) were analyzed. More than 250 thousand SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) were genotyped using the GeneChip ® Human Mapping 250K Nsp Array I - Affymetrix ® in the samples of the four Brazilian populations. Raw data of the HapMap population samples for this array were obtained from the HapMap homepage. Genotypes for all samples were determined by CRLMM algorithm after comparison with the BRLMM algorithm. LD analyzes and determination of haplotype blocks were performed using the Haploview software. Considering the number of haplotype blocks detected in each population, a consistent pattern was observed for all autosomes. The European population (CEU) and the two Asian populations (CHB and JPT) of the HapMap showed the highest numbers of blocks, while the lowest numbers were observed in the GAU and MIB quilombos and in the TES population. The African populations, LWK, MKK and YRI, and the African-American ASW exhibited intermediate values and the African-Brazilian population STV, presented a number of blocks smaller than that observed for CEU, CHB and JPT. The great African contribution in the GAU and MIB quilombos may explain the lower LD observed in these communities. On the other hand, the lower LD in TES is probably due to its foundation that involved a larger number of individuals and was followed by a fast growth. A possible explanation for the higher LD observed in STV, compared to other quilombos, consists in its particular demographic history: this community experienced admixture at the time of its foundation, which was followed by slow growth and low differentiation. Thus, it was shown how the demographic events of each population influence their respective LD patterns.

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