Made available in DSpace on 2015-03-26T13:58:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1156754 bytes, checksum: ec0b59041b7c6272f3daf112a5c980d1 (MD5) Previous issue date: 2013-12-12 / In Brazil, the control of the boll weevil population has been highlighted by the consolidation of a public-private partnership, through the State Agencies for Animal and Plant Production and Health, Ministry of Agriculture, EMBRAPA, State Foundations, Growers Associations, and State Funds of Incentives for Cotton Production, that coordinate and promote the Programs of Prevention, Control and of Suppression of the Cotton Boll Weevil. These efforts have shown satisfactory results in suppressing the pest over the years, sharply reducing yield losses and reducing insecticide applications. Based on the results of research and experience with the legislative control for implementation of the Programs in the State of Goias, in this study is proposed a legislation to meet the interests of cotton growers that adopt the methodologies of the weevil population suppression. The legislation proposed is based on the guidelines of the International Standards for Phytosanitary Measures - ISPM for determining a Low Prevalence Area of Pest - LPAP for the Boll Weevil - Anthonomus grandis, which will subsidize a government policy aimed at the phytossanitary control of the weevil. / No Brasil, o controle populacional do bicudo-do-algodoeiro vem se destacando pela consolidação de uma parceria pública e privada, através dos Órgãos Estaduais de Defesa Agropecuária, do Ministério da Agricultura, da EMBRAPA, das Fundações Estaduais, das Associações de Produtores e Fundos de Incentivos Estaduais à Cotonicultura, que coordenam e fomentam os Programas de Prevenção, Controle e de Supressão do Bicudo-do-Algodoeiro. Ao longo dos anos essas ações demonstraram resultados satisfatórios na supressão da praga, reduzindo acentuadamente as perdas provocadas e diminuindo as aplicações de inseticidas. Baseando-se nos resultados de pesquisas e na experiência obtida no acompanhamento da fiscalização do controle legislativo para implantação dos Programas de Controle e Supressão no Estado de Goiás, é proposto no presente estudo uma legislação para atender ao interesse dos produtores que realizam as metodologias de supressão populacional do bicudo. A minuta de legislação é baseada nas diretrizes das Normas Internacionais de Medidas Fitossanitárias NIMF, para a determinação de uma Área de Baixa Prevalência da Praga ABPP para o Bicudo-do-Algodoeiro Anthonomus grandis, a qual subsidiará uma política governamental voltada para o controle fitossanitário da praga.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os INDELs são polimorfismos de comprimento, gerados a partir de inserções e/ou deleções de um ou mais nucleotídeos. Os marcadores INDELs, que estão amplamente distribuídos pelo genoma e se caracterizam pela alta estabilidade devido à baixa taxa mutacional (10-9), podem ser analisados a partir da amplificação por PCR (Reação em Cadeia da Polimerase). A facilidade de análise e a possibilidade de construção de sistemas multiplex capazes de gerar amplicons curtos (menores que 100 pb) tornam os INDELs uma importante ferramenta para identificação humana por DNA. Para avaliar a eficiência e validar a metodologia que emprega os polimorfismos de inserção/deleção na identificação humana, utilizamos o sistema Indel-plex ID, capaz de amplificar simultaneamente 38 loci INDELs bialélicos de cromossomos autossomos. Diferentes amostras biológicas (cabelo, saliva, sangue, sêmen e urina) foram genotipadas apresentando reprodutibilidade entre todas as tipagens. A concentração mínima de DNA necessária para amplificação dos 38 loci INDELs foi de 0,5 ng. Artefatos do tipo split peaks foram observados em algumas amostras. Os produtos da PCR foram purificados em resina Sephadex proporcionando melhores condições de análise, redução de artefatos e aumento na intensidade média de fluorescência dos alelos amplificados. A eficiência do sistema Indel-plex ID na amplificação de DNA degradado foi verificada durante as análises das amostras de DNA extraídas de restos mortais (ossos e dentes). Comparativamente ao sistema Identifiler, o Indel-plex ID, se mostrou mais eficiente em termos de número de loci genotipados e qualidade de amplificação. Nas investigações de vínculos genéticos realizadas com o sistema Indel-plex ID foi possível corroborar resultados anteriores obtidos pela análise de marcadores STR. Nas análises com amostras in vivo foram obtidos valores máximos de Probabilidades de Paternidade de 99,99998%. Para casos envolvendo supostos pais falecidos, o sistema Indel-plex ID reforçou resultados obtidos com o sistema Identifiler e Minifiler. A Probabilidade de Paternidade de 99,953%, obtida com o sistema Indel-plex ID, conjugada com a Probabilidade de Paternidade de 99,957%, obtida como o sistema Minifiler, possibilitou um índice final de 99,99998%. Os resultados evidenciaram que os loci INDELs do sistema Indel-plex ID são altamente informativos, constituindo uma ferramenta importante em estudos de identificação humana e de relações de parentesco / INDELs are length polymorphisms, generated from insertions and/or deletions of one or more nucleotides. The INDEL markers, which are widely distributed throughout the genome and characterized by high stability due to their low mutational rate (10-9), can be analyzed based on amplification by PCR (Polimerase Chain Reaction). This ease in being analyzed and the possibility of building multiplex systems capable of generating short amplicons (smaller than 100 pb), render INDELs an important tool for DNA-based human identification. So as to evaluate the efficiency and validate the methodology which makes use of insertion/deletion polymorphisms in human identification, we have employed the Indel-plex ID system, capable of simultaneously amplifying 38 INDEL loci of biallelic autosome chromosomes. Different biological samples (hair, saliva, blood, semen and urine) were genotyped showing reproducibility of all typing. The minimum DNA concentration for the amplification of the 38 INDEL loci is 0,5 ng. Artifacts of the split peaks type were observed in some samples. The purification of the PCRs products in Sephadex resin provided better conditions for analysis, reduction of artifacts and increased the average intensity of allele fluorescence. The efficiency of the Indel-plex ID system in the amplification of degraded DNA was verified in analysis of DNA samples extracted from mortal remains (bones and teeth). In comparison with the Identifiler system, the Indel-plex ID has proven more efficient in terms of the number of genotyped loci and amplification quality. During the investigation of genetic relations, carried out with the Indel-plex ID system, it was possible to corroborate previous results obtained through the analysis of STR markers. In investigations based on in vitro samples, maximum values of 99,99998% in Paternity Probabilities were obtained. In genetic investigations related to deceased supposed parents, the Indel-plex ID system corroborated results obtained with the Identifiler and Minifiler systems. The Paternity Probability of 99,953% obtained with the Indel-plex ID system, allied with the Paternity Probability of 99,957% obtained with the Minifiler rendered possible the final indicator of 99,99998%. The results have made evident that the INDEL loci of the Indel-plex ID system are highly informative and constitute an important tool for studies in both human identification and parenthood relations identification

Orientador: Maricilda Palandi de Mello / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Insituto de Campinas / Made available in DSpace on 2018-08-13T00:56:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Coeli_FernandaBorchers_D.pdf: 7777269 bytes, checksum: 053a66d2bc3df6ad0d5de7c2038f3246 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: A hiperplasia congênita da adrenal é causada pela deficiência de uma das cinco enzimas responsáveis pela síntese do cortisol na esteroidogênese, sendo que mais de 90% dos casos ocorrem devido à deficiência de 21-hidroxilase (21-OH). O genoma haplóide humano possui duas cópias em tandem do gene que codifica para a 21-OH, denominados CYP21A2 e o CYP21A1P. Embora as duas cópias, CYP21A1P e CYP21A2, tenham aproximadamente 98% de homologia, CYP21A1P é classificado como um pseudogene, devido a algumas alterações deletérias em sua seqüência. Foram mapeados no braço curto do cromossomo 6, assim como os genes RP, C4 e TNX também duplicados em tandem. Este loco é denominado modulo RCCX, onde cada letra representa um gene. Uma conseqüência esperada deste tipo de organização é que esta favorece eventos de crossingover desigual, produzindo cromátides irmãs assimétricas e pares de gametas com um número variável de unidades completas. O crossover desigual não gera somente um tipo definido de deleção (alelos monomodulares), de duplicação (alelo trimodular) ou de conversão (alelo bimodular), mas pode, dependendo da sua exata localização, produzir um grande número de alelos diferentes, com significados funcionais variáveis. O objetivo deste trabalho foi investigar a variabilidade dos genes híbridos CYP21A21P/CYP21A2 quanto à região de recombinação nos alelos monomodulares, bimodulares e trimodulares de indivíduos com deficiência de 21- hidroxilase. Foram incluídos 55 pacientes com deficiência de 21 - hidroxilase, que foram avaliados por Southern blot, Multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA), PCR - Alelo especifico (ASO-PCR) e seqüenciamento. Na triagem por Southern blot foram identificados 26 alelos mono-, 26 bi- e 5 trimodulares com prováveis genes híbridos. Foi identificado um alelo monomodular novo portador da variante C4A [6,4 kb] que se mostrou único inclusive quanto à formação híbrida CYP21A21P/CYP21A2. Com a técnica de MLPA foi possível mapear três regiões principais de recombinação dos genes híbridos CYP21A21P/CYP21A2 nas três configurações alélicas. Além disso, foram identificados possíveis híbridos dos genes C4A e B, tanto nas configurações mono quanto nas bimodulares. Assim, ficaram definidos 5 haplótipos monomodulares, 7 bimodulares e 3 trimodulares. As técnicas de ASO-PCR e sequenciamento para análise dos híbridos CYP21A21P/CYP21A2 e dos CYP21A21P nos alelos bi e trimodulares refinaram a caracterização subdividindo estes haplótipos em 10 mono, 15 bi e 5 trimodulares. Dado o alto grau de variabilidade encontrado não foi possível se identificar efeito fundador de nenhum haplótipo específico para a deficiência de 21-hidroxilase. Por outro lado, um haplótipo novo correspondendo a cerca de 15% dos monomodulares foi caracterizado como portador das mutações p.P34L e p.H62L e um haplótipo igualmente não descrito portador da p.H62L foi encontrado entre os bimodulares. SNPs no terminal 5'UTR, no íntron 2 e no éxon 7 responderam pela diferenciação principal entre os híbridos tanto nos haplótipos de mesmo grupo como na comparação entre os de grupos diferentes. Este trabalho indica que a combinação de quatro técnicas e o estudo de segregação nas famílias foram fundamentais para o esclarecimento dos genótipos dos pacientes. Os genes híbridos podem estar relacionados às formas clínicas perdedora de sal, não perdedora de sal e não clássica dependendo da região onde ocorre a recombinação para sua formação. / Abstract: Congenital adrenal hyperplasia is caused by deficiency of one of the five enzymes responsible for cortisol synthesis in the steroidogenesis. More than 90% of the cases occur due to deficiency of 21-hidroxilase (21-OH). The haploid human genome bears two copies in tandem of 21-OH coding gene, CYP21A2 and CYP21A1P. Although the two copies are approximately 98% homologous, CYP21A1P is a pseudogene, due to some deleterious mutations. They map to the short arm of chromosome 6, as well as RP, C4 and TNX genes which are also duplicated in tandem. This locus is called RCCX module, each letter representing one gene. An expected consequence of such organization is that it favors events of unequal crossing-overs, producing pairs of gametes with different number of complete units. The aim of this investigation was to estimate the variability of CYP21A21P/CYP21A2 chimeric genes based on the region of recombination in the monomodular, bimodular and trimodular alleles in patients with 21-hydroxylase deficiency. Fifty-five patients were included for Southern blot, Multiplex ligationdependent probe amplification (MLPA), Allele-specific PCR (ASO-PCR) and sequencing analyses. Southern blot identified alleles which were: mono (n = 26), bi (n = 26) and trimodular (n = 5) with chimeric genes. A novel monomodular allele was identified that carry C4A [6,4 kb] variant and also bore an unique CYP21A21P/CYP21A2 formation. MLPA technique mapped three main recombination regions in CYP21A21P/CYP21A2 chimerical genes in the three RCCX configurations. Moreover, it indicated possible chimeric C4A and B genes in both mono- and bimodular configurations. Therefore, five mono-, seven bi- and three trimodular haplotypes had been defined. Both ASO-PCR and sequencing techniques for CYP21A21P/CYP21A2 and CYP21A21P analysis had refined the characterization subdividing these haplotypes in ten mono-, fifteen bi- and five trimodular. Considering the high degree of variability observed it was not possible to identify a founder effect of any specific haplotype for the deficiency of 21-hidroxilase. Conversely, a novel haplotype corresponding to about 15% of the monomodular alleles was characterized as carrying the mutations p.P34L and p.H62L and, similarly one haplotype carrying the p.H62L was found among bimodular alleles. SNPs in the 5 ' UTR, intron 2 and exon 7 were responsible for the main differentiation among chimerical genes within a group as well as upon comparison between different groups. The results presented here indicate that the combination of four different techniques and the study of segregation in the families had been essential for defining the genotypes of the patients. It is also shown that CYP21A21P/CYP21A2 chimeric genes can be related to different clinical forms: salt losing, non-salt losing and non-classical depending on the region where the recombination for its formation occurs. / Doutorado / Genetica Animal e Evolução / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Os modelos logísticos trinomiais podem ser interpretados como uma extensão natural do modelo logístico binomial para situações em que a resposta admite apenas três resultados. Introduzimos inicialmente os modelos logísticos trinomiais e discutiremos em seguida alguns aspectos inferenciais, tais como estimação e testes. Medidas de qualidade do ajuste são também apresentadas. Contudo, o principal foco deste trabalho é a apresentação de métodos de diagnóstico. Mostramos que as técnicas usuais de diagnóstico desenvolvidas para o modelo logístico binomial podem ser adaptadas para o caso trinomial. O desenvolvimento de métodos diretos para o modelo logístico trinomial é mais complexo do ponto de vista computacional, embora seja sempre possível. Discutimos alguns desses métodos, dentre os quais, o desenvolvimento de resíduos, de métodos para detectar pontos de alavanca, métodos de deleção de pontos e influência local. Comparamos os métodos adaptados com alguns métodos diretos através de exemplos. / The trinomial logistic models can be interpreted as a natural extension of the traditional binomial logistic model to situations in which the response allows only three possible results. We firts introduce the trinomial logistic modles and then some inferential aspects, such as estimation and hypothesis testing are discussed. Good-of-fit measures are also given. However, the aim of this work is the presentation of some diagnostic procedures for trinomial logistic models. We show that methods developed for binomial logistic models can adapted straightforward for trinomial models. The developement of direct methods, even though possible, in general requires more complex calculation. Some of these direct methods, suchs as evaluation of residuals, measures of high leverage points, deletion methods and local influence are apresented. Coparisons between adapted and direct methods are made via examples with real data.

A incidência dos tumores adrenocorticais na região sul do Brasil é 10-15 vezes maior que a incidência mundial. Mutações no gene supressor tumoral p53, localizado na região 17p13.1 têm sido identificadas em diversos tumores humanos. Uma distinta mutação germinativa, Arg337His, localizada no domínio de tetramerização da proteína supressora tumoral P53 foi identificada em 35 de 36 crianças da região sul do Brasil. No presente trabalho, investigamos a presença da mutação Arg337His em 71 pacientes não relacionados, 41 adultos e 30 crianças, portadores de tumores adrenocorticais benignos e malignos. Adicionalmente, análise de perda de heterozigose do locus p53, mapa de deleção do cromossomo 17 e instabilidade cromossômica foram estudados em DNA genômico destes pacientes. Nenhum dos pacientes estudados apresentava histórico familial compatível com a síndrome de Li-Fraumeni. Sequenciamento automático permitiu a identificação da mutação Arg337His, em DNA extraído a partir de sangue periférico e/ou tecido tumoral, em 29 (24 crianças e 5 adultos) dos 71 pacientes. Nas 10 famílias em que foi possível analisar o DNA genômico de ambos os pais verificamos que a mutação Arg337His tem caráter hereditário. Por outro lado, esta mutação não foi encontrada em DNA de 160 indivíduos do grupo controle, não relacionados, analisados por sequenciamento automático e/ou digestão enzimática. A análise pareada de DNA gênomico de sangue periférico e de tecido tumoral revelou perda de heterozigose para o locus p53 em 18 de 21 (86%) pacientes portadores da mutação Arg337His. Não observamos correlação entre a presença desta mutação e o comportamento maligno dos tumores. O estudo de dois marcadores polimórficos intragênicos do p53, pelo programa de análise de tamanho de fragmento GeneScan, evidenciou um mesmo haplótipo associado à mutação Arg337His em 91% dos pacientes com tumores adrenocorticais, configurando uma origem comum para esta mutação. O estudo de 6 marcadores polimórficos ao longo do cromossomo 17 (D17S926, VNTRP53, D17S1856, D17S942, D17S1351 e D17S928) em DNA genômico pareado de 29 pacientes demonstrou uma freqüência elevada (81%) de perda do cromossomo 17 em associação à mutação Arg337His. Não observamos correlação entre a perda do cromossomo 17 e a agressividade tumoral nestes pacientes. Instabilidade cromossômica envolvendo os cromossomos 2, 9 e 11 nos 17 pacientes que perderam o cromossomo 17 foi identificada em 47%, 47% e 71%, respectivamente. Perda dos cromossomos 2 e 11 foi evidenciada em tumores benignos e malignos. A perda do cromossomo 9 foi evidenciada exclusivamente nos tumores malignos, assim como a perda concomitante de 3 ou mais cromossomos. Em conclusão, confirmamos uma freqüência elevada da mutação Arg337His em crianças brasileiras com tumores adrenocorticais benignos e malignos. Esta mutação também foi encontrada no grupo de adultos, embora em menor freqüência. Não houve correlação entre sua presença e o comportamento maligno dos tumores adrenocorticais. Efeito fundador para a mutação Arg337His e inativação bialélica do p53, caracterizada pela presença da mutação Arg337His e a perda do cromossomo 17 foram demonstradas na maioria dos casos analisados. Finalmente, a instabilidade cromossômica envolvendo três ou mais cromossomos contribuiu para o diagnóstico de carcinoma adrenocortical / The incidence of adrenocortical tumors in the South region of Brazil is 10 to 15 times higher than the worldwide one. Mutations in the tumor suppressor p53 gene, located in chromosome 17p13.1, have been described in different human tumors. A germline mutation, Arg337His, in the tetramerization domain of the tumor suppressor P53 was identified in 35 of 36 children from the South region of Brazil. In the present study we have searched for Arg337His mutation in genomic DNA of 71 non-related patients, 41 adults and 30 children, with benign or malignant adrenocortical tumors. Additionally, we also analyzed the loss of heterozigosity of p53 locus, deletion mapping of chromosome 17 and chromosome instability, in genomic DNA of these patients. None of the patients had a familial history of Li-Fraumeni syndrome. Automatic sequencing identified the Arg337His mutation in genomic DNA from peripheral leukocytes and/or tumor tissues in 29 (24 children and 5 adults) of these 71 patients. In 10 families in which the study of both parent\'s DNA was possible, the Arg337His mutation was inherited from one of the parents. Sequencing analysis and/or enzymatic restriction showed that this mutation was not present in DNA of 160 non-related control subjects. Paired analysis of genomic DNA of peripheral leukocytes and tumor tissue revealed loss of heterozigosity of p53 locus in 18/21 (86%) patients with Arg337His mutation. There was no correlation between the presence of this mutation and the malignant behavior of these tumors. The study of two intragenic polymorphic markers of p53 through GeneScan software showed the association of the same haplotype with the Arg337His mutation in 91% of patients with adrenocortical tumors, indicating a common origin of this mutation. The study of 6 polymorphic markers along chromosome 17 (D17S926, VNTRP53, D17S1856, D17S942, D17S1351, D17S928) in paired genomic DNA of 29 patients showed an increased frequency (81%) of chromosome 17 loss in association with the presence of the Arg337His mutation. We did not observe any correlation between the loss of chromosome 17 and aggressive tumor behavior in these patients. In the 17 patients who lost chromosome 17, chromosome instability of chromosomes 2, 9 and 11 was identified in 47%, 47% e 71%, respectively. Loss of chromosomes 2 and 11 was observed in benign and malignant tumors, whereas the loss of chromosome 9 was observed exclusively on malignant tumors. Similarly, the concomitant loss of 3 or more chromosomes was only observed in malignant tumors. In conclusion we confirmed an increased frequency of Arg337His mutation in Brazilian children with benign or malignant adrenocortical tumors. This mutation was also found in the adult group, although at a lower frequency. There was no correlation between the presence of the mutation and the malignant behavior of adrenocortical tumor. We demonstrated a founder effect for this mutation and also a biallelic inactivation of p53 characterized by the presence of the Arg337His mutation and the loss of chromosome 17 in most of the cases studied. Finally, chromosome instability involving 3 or more chromosomes contributed for the diagnosis of adrenocortical carcinoma in these

Orientadores: Wanderley Dias da Silveira, Marcelo Brocchi / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-25T05:13:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Paiva_JacquelineBoldrinde_D.pdf: 5619127 bytes, checksum: 79177e4233fdbb891e6530eb0f3438bd (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: Escherichia coli patogênica para aves (APEC) é responsável por inúmeras perdas no setor avícola mundial, por causar uma série de doenças nas aves que se apresentam de forma sistêmica ou localizada as quais são, coletivamente, denominadas colibacilose. Os mecanismos de virulência destas linhagens patogênicas para aves e, possivelmente, patogênicas para seres humanos ainda não foram totalmente elucidados. Este trabalho foi desenvolvido com o intuito de estudar genes possivelmente envolvidos com a patogenicidade de uma linhagem APEC causadora de Síndrome da Cabeça Inchada (SCI-07) ONT:H31, a partir de resultados obtidos em um microarranjo realizado in vitro, o qual comparou a linhagem em estudo à linhagem padrão E. coli EHEC 8624 (linhagem enterohemorrágica). Nove genes, detectados como sendo super-expressos no microarranjo, nas condições estudadas, foram selecionados para construção de mutantes nulos e de seus complementos [feoA (transporte de ferro), nirC (transportador de nitrito), flgE ( gancho flagelar), tyrR (regulador de transcrição da síntese de aminoácidos aromáticos), potF (subunidade periplasmática do transportador putrescina), yehD (possível fimbria), bfr (bacterioferrina), csgA ( subunidade principal da curlina) e entD (enteroquelina)]. Os mutantes construídos foram avaliados quanto as suas capacidades de adesão e invasão em cultivos celulares, e quanto ao seu potencial patogênico em aves de um dia de idade em comparação à cepa selvagem. As linhagens ?bfr, ?csgA e ?nirC apresentaram diminuição da capacidade de adesão em fibroblastos de aves (linhagem FEG) em comparação à linhagem selvagem em ambos os modelos adotados: na presença e ausência de alpha-D-mannopyranoside; a linhagem ?potF apresentou diminuição da adesão apenas na ausência de alpha-D-mannopyranoside. Os mutantes ?csgA e ?tyrR apresentaram redução na capacidade de invadir linhagem de células de trato respiratório humano (linhagem Hep-2). Nenhum mutante avaliado mostrou alteração na capacidade de invadir fibroblastos de aves (linhagem CEC-32). Os mutantes ?flgE e ?tyrR mostraram diminuição na capacidade de invadir e sobreviver em macrófagos de aves (linhagem HD11). A motilidade das linhagens mutantes ?csgA, ?bfr, ?yehD, ?potF, ?entD, ?nirC e ?feoA foi aumentada enquanto o mutante ?tyrR mostrou redução de motilidade e o mutante ?flgE tornou-se imóvel. Nenhuma linhagem mutante obtida mostrou a mesma capacidade da linhagem selvagem em causar mortalidade em aves de um dia; ?feoA tornou-se hipervirulenta e todos os demais mutantes apresentaram atenuação em diferentes graus, sendo a linhagem ?entD totalmente atenuada e, portanto, promissora quanto ao seu uso como linhagem vacinal.para o combate à colibacilose em aves, ou como linhagem carreadoras de epítopos presentes em outras linhagens APEC / Abstract: Avian Pathogenic Escherichia coli (APEC) is responsible for significant economic loses in the poultry industry worldwide, by cause a range of systemic or localized diseases in poultry collectively termed colibacillosis. The virulence mechanisms of these pathogenic strains for poultry and possibly pathogenic for humans have not been fully elucidated. This work was developed in order to study genes potentially involved in the pathogenicity of an APEC strain isolated from a Swollen Head Syndrome case (SCI- 07) ONT:H31; since the results obtained in a microarray performed in vitro, which compared the SCI-07 strain to the standard strain E. coli 8624 EHEC (enterohemorrhagic strain). Nine overexpressed genes in microarray under the conditions studied were selected for construction of null mutants and their complements [feoA (iron transport), nirC (nitrite transporter), flgE (flagellar hook), tyrR (transcriptional regulator of the aromatic amino acids biosynthesis), potF (periplasmic putrescine transporter subunit), yehD (putative adhesin), bfr (bacterioferritin), csgA (major curling subunit) and entD (enterochelin)]. The mutants constructed were evaluated for their capacity for adhesion and invasion in cell cultures, and for its pathogenic potential in one-day-old chickens in comparison to the wild type strain (WT). The ?bfr, ?csgA and ?nirC strains showed decreased adhesion capacity on avian fibroblasts (CEF cells) compared to the WT in both models adopted: in the presence and absence of alpha-D-mannopyranoside, the ?potF strain showed decrease on adhesion only in the absence of alpha-D-mannopyranoside. The ?csgA and ?tyrR mutants had reduced ability to invade human larynx cell line (Hep-2 cells). No mutant showed changes in the capacity of invade avian fibroblasts birds (CEC-32cells). The ?flgE and ?tyrR mutants showed decreased ability to invade and survive into avian macrophages (HD11 cells). The motility of mutant strains ?csgA, ?bfr, ?yehD, ?potF, ?entD, ?nirC and ?feoA was increased while the ?tyrR mutant showed reduced motility and the mutant ?flgE became nonmotile. No mutant strain showed the same capacity of the WT in cause mortality in one-day-old chickes; ?feoA became hipervirulenta and all other mutants showed attenuation in different degrees, including the ?entD that was completely attenuated and a promising vaccine candidate strain to combat colibacillosis in poultry, or as a carrier strain of epitopes present in other APEC strains / Doutorado / Genetica de Microorganismos / Doutora em Genética e Biologia Molecular

Orientador: Marcelo Brocchi / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-23T20:40:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ota_MeirePriscilla_M.pdf: 2076382 bytes, checksum: 656fb21011c6e51639a88741d801237c (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: S. enterica provoca desde enterocolítes até infecções sistêmicas sendo S. enterica I 4,5,12:i:- (flagelar monofásica) responsável por diversos surtos de salmonelose em diversas partes do mundo. Sua incidência tem aumentado consideravelmente nas últimas décadas e ela é caracterizada pela ausência da variação de fase flagelar, processo no qual dois tipos de flagelinas são expressos. Este trabalho teve como objetivo estudar a estabilidade do operon fljBA, responsável pela variação de fase flagelar, sob diferentes condições de cultivo. Para isso, o gene cat (resistência ao cloranfenicol) foi inserido próximo ao operon fljBA em linhagens de S. enterica Typhimurium uma vez que este sorovar deu origem a S. enterica I 4,5,12:i:- por deleção de fljBA. A estabilidade do operon foi verificada in vitro e in vivo e após tratamento da cultura com mitomicina C, antibiótico indutor de profagos. Este último tratamento foi utilizado em virtude da presença do fago Fels-2 próximo ao operon fljBA, uma vez que dados da literatura sugerem que a deleção do operon foi em decorrência da excisão/recombinação imprecisa de profagos. Os resultados obtidos sugerem que a deleção do operon parece ser um evento raro, dado que em nenhuma condição testada houve a reversão da resistência frente ao cloranfenicol. Essas observações abrem discussões sobre a essencialidade da variação de fase flagelar na patogenicidade de S. enterica. É possível que os clones que deram origem a S. enterica I 4,5,12:i:- apresentem características genotípicas e fenotípicas compensatórias a perda de variação de fase. Ainda neste trabalho a ausência dos genes fljA e fljB foram confirmadas em amostras clínicas de S. enterica I 4,5,12:i:- isoladas no Brasil, mas a análise de isolados provenientes de granjas sugerem a existência de um novo padrão de deleção do operon fljBA, dados estes que precisam ser melhor investigados. Além disso, foi desenvolvida uma reação de PCR-Duplex para detecção de S. enterica I 4,5,12:i:- (Clone Americano) e diferenciação deste de outros sorovares, particularmente Typhimurium. Este PCR se mostrou eficiente na identificação e diferenciação de S. enterica I 4,5,12:i:- (clone Americano) podendo ser utilizado como técnica complementar as técnicas tradicionais de sorotipagem, visto ser um método rápido, preciso e acurado. Os testes sorológicos são laboriosos e devido ao fato do flagelo de fase II nem sempre ser expresso, amostras do sorovar Typhimurium podem ser erroneamente identificadas como S. enterica I 4,5,12:i: / Abstract: S. enterica causes from enterocolitis to systemic infections with S. enterica serovar I 4,5,12:i:- (monophasic flagelar) responsible for multiple salmonellosis outbreaks worldwide. Its incidence increased considerable in recent years and it is characterized by absence of flagellar phase variation, a process in which normally two flagellins are expressed. This work aimed to study the instability of fljBA operon, responsible for flagellar phase variation under different conditions growth. For this goal, cat gene (resistant for chloramphenicol) was inserted next to fljBA operon in S. enterica Typhimurium strains once this serovar originated S. enterica I 4,5,12:i:- by fljBA deletion. Stability of operon was verified "in vitro", "in vivo" and culture treatment with Mitomycin C, prophages antibiotic inductor. This last treatment was used due the presence of Fels-2 prophage next to fljBA operon since previous works suggest that the deletion of operon is a result of imprecise excision/recombination of prophages. Results from this work suggest that the deletion of operon appear to be a rare event, since in none of condition tested were observed reversion of resistance mark to chloramphenicol. This observation leads to discussions about the essentiality of flagellar phase variation in pathogenicity of S. enterica. It is possible that clones whom originated S. enterica I 4,5,12:i:- presented compensatory genotypic and phenotypic features to the loss of phase variation. Absence of fljA and fljB genes was confirmed in clinic samples of S. enterica serovar I 4,5,12:i:- isolated in Brazil, but poultry samples suggest the presence of a new deletion pattern of fljBA operon, data that needs to be better investigated. Furthermore a Duplex-PCR were designed aiming S. enterica I 4,5,12:i:- (American Clone) and differentiation of it along others serovars, specially Typhimurium. This PCR showed efficient to identification and differentiation of S. enterica I 4,5,12:i:- (American Clone) technique that can be used as a complementary assay to traditional serotyping, since it is a fast, precise and accurate test. Serological tests are laborious and due phase flagellar II not always be expressed, samples of serovar Typhimurium can be misidentified as S. enterica I 4,5,12:i:- / Mestrado / Clinica Medica / Mestra em Clínica Médica

Orientadores: Vera Lúcia Gil da Silva Lopes, Iscia Teresinha Lopes Cendes / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-21T11:59:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Monteiro_FabiolaPaoliMendes_M.pdf: 4745618 bytes, checksum: 220053db4f2a750f68c332b998074576 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: A deleção 22q11. 2 é a mais frequente deleção intersticial na espécie humana, ocorrendo em aproximadamente 1/4000 nascidos vivos. Esta pode manifestar-se através de amplo espectro fenotípico, já sendo descritas mais de 180 manifestações clínicas asociadas. Frequências da deleção variando de 0% a 75% têm sido encontradas em diferentes estudos dependendo da manifestação primária escolhida, bem como do desenho do estudo e critérios de inclusão utilizados. Muitos estudos foram realizados com o propósito de definir quais pacientes deveriam ser triados para a deleção 22q11.2 em populações com distintas manifestações da mesma, visando uma abordagem com maior custo-efetividade, porém ainda hoje um consenso não foi atingido e a questão ainda é debatida. Até o presente momento, não existem estudos direcionados a definir, de maneira objetiva, qual ou quais destes dismorfismos sugestivos têm maior relevância durante a avaliação dismorfológica de indivíduos com diferentes manifestações do espectro da deleção. Com o objetivo de contribuir na definição de critérios clínicos e dismorfológicos que possam otimizar a indicação da realização de exame confirmatório, foram investigados 194 pacientes divididos em quatro grupos clínicos - Suspeita de deleção com alterações palatais {Grupo 1), suspeita de deleção sem alterações palatais (Grupo 11), malformações cardíacas associadas ao espectro da deleção 22ql1.2 {Grupo III) e indivíduos com dignóstico de esquizofrenia {Grupo IV). Todos foram testados para a deleção 22q11.2 por meio da técnica de Multiplex Ligant-Probe Amplification (MLPA). Para cada grupo, um checklist específico, incluindo dismorfismos e outras características clínicas, foi desenvolvido e aplicado. Pacientes do Grupo IV foram examinados independentemente por dois geneticistas clínicos, a fim de definir a presença de dismorfismos relacionados às síndromes de deleção 22ql1.2 (22q11.2DS) e a concordância na indicação de testes confirmatórios. A deleção 22q11.2 foi detectada em 45 pacientes {23,2%), assim distribuídos: 35/101 {34;7%) do Grupo I, 4/18 (22,2%) do Grupo 11, 6/52 {11,5%) do Grupo III e em nenhum indivíduo do Grupo IV. A taxa de concordância entre os dois observadores para indicação de exame confirmatório para o Grupo IV foi de 91,3%. Os dados clínicos foram analisados por distribuição de frequência e estatisticamente em cada um dos grupos e subgrupos. Cada grupo clínico foi discutido de forma independente e seus resultados comparados àqueles previamente descritos por outros pesquisadores. Sinais clínicos entre indivíduos com deleção e sem deleção foram comparados, sendo signifcantes para a suspeição das 22q11.2DS: face alongada (p<0,001), pálpebras "hooded" (p=0,015), nariz típico (p=0,041), conformação tubular do nariz (p=0,046) e hipoplasia alar (p=0,012). Os resultados demonstram objetivamente que algumas características dismórficas têm maior probabilidade de estarem associadas à presença da deleção 22q11.2. Baseados nos resultados obtidos e na revisão da literatura, é proposta uma abordagem sistemática para triagem de pacientes com manifestações distintas do espectro da deleção 22q11.2, visando uma melhor relação de custo-efetividade / Abstract: The 22q11.2 deletion is the most frequent intersticial deletion in the human species, occurring in approximately 1/4000 live births. It is associated with a wide phenotypic spectrum, with over 180 clinical manifestations already described. Distinct approaches have detected frequencies of the deletion ranging from 0% to 75%, depending on the primary manifestation of the studied population and selection criteria. Many studies have been conducted to define which patients would be eligible for screening for the 22q11.2 deletion, though so far the issue is still up for debate. To the best of our knowledge, no study has been directed towards objectively defining which suggestive dysmorphisms are relevant while evaluating individuals with distinct manife.stations of the 22q11.2 deletion syndromes (22q11.2DS) . In order to contribute to the delineation of possible clinical and dysmorphologic guidelines and to optimize decision to proceed with confirmatory testing, 194 individuals were evaluated. Group I- clinical suspicion of 22q11.2DS with palatal anomalies, Group II -clinical suspicion without palatal anomalies, Group Ill -cardiac malformations associated with the 22q11.2DS and Group IV- schizophrenic patients. All of them were evaluated and tested for the 22q11.2 deletion using Multiplex ligation-dependent probe amplification (M LPA). Group-specific checklists were developed to collect dysmorphologic and clinical data. Also, patients from Group IV were examinated independently by two clinical geneticists, in order to define the presence of suggestive 22ql1.2DS dysmorphisms and concordance rate in indication to proceed with laboratorial investigation. The 22q11.2 deletion was detected in 45 patients (23.2%), distributed as such: Group I 35/101 (34.7%), Group 114/18 (22.2%), Group Ill 6/52 (11.5%) and none from Group IV. Concordance of clinical features and indication of confirmatory test in Group IV by two examiners was 91.3%. Clinical data was analyzed by frequency and statistical tests. Each group was independently discussed and the results compared to those previously described by other researchers. Several independent dysmorphisms were compared between individuals with and without the 22q11.2 deletion, and a long face (p<0.001), hooded eyelids (p=0.015), a tubular conformation (p=0.046) or other forms of typical nose (p=0.041), and alar hypoplasia (p=0.012) were statiscally more likely to be found in patients that tested positive for the deletion. Conclusions: The results objectively demonstrate that some dysmorphic features have a higher probability of being correlated to the presence of the 22q11.2DS. Based on these results and the review of the literature, a systematic approach for screening patients with distinct manifestations of the 22ql1.2DS in a more cost-effective way is proposed / Mestrado / Genetica Medica / Mestra em Ciências Médicas

The aim of this study is to analyse the problems met when translating culture-specific items in a text about Australian and New Zealand colonial and post-colonial children’s literature into Swedish. The analysis quantifies and describes the different translation procedures used, and contrasts different strategies when there was more than one possible choice. It also outlines the reasons for the choices made when creating a text adapted for a Swedish audience. The translation methods applied are dynamic equivalence and domestication. As for the categorization of the material, the theories of Newmark (1988) have primarily been followed. The study shows that the frequency of each translation procedure depends on the type of culture-specific item, and the chosen translation method. It is argued that transference is the most commonly used procedure, and recognized translations are not as frequent as could have been expected with the choice of domestication. This is the case for proper nouns and references to literary works, where transference and dynamic equivalence has been given priority over domestication whenever the factual content was considered to be the most important aspect to follow. As for culture-specific items of the category social culture, neutralisation is the most commonly used procedure. In such cases the domestication method was more influential than dynamic equivalence as the consideration of ethics as well as avoidance of cultural taboos in the target culture were considered to be more important than content.

La délétion du chromosome 7q est l'anomalie cytogénétique la plus caractéristique du lymphome de la zone marginale splénique (LZMS). Une étude par hybridation génomique comparative de haute résolution a été conduite sur une série de 27 échantillons de LZMS afin de détecter des micro-remaniements du chromosome 7q. Une région commune de délétion (RCD) de 10,6 Mb a été délimitée sur le chromosome 7q. De plus, une microdélétion somatique du gène AHCYL2 (S-adenosyl-homocystéine hydrolase-like 2) a été détectée au sein de la RCD, définissant la plus petite RCD connue sur le chromosome 7q32 dans le SMZL et l'anomalie la plus fréquente de notre série (10/27, 37%). Bien que le séquençage du gène AHCYL2 n'a pas mis en évidence de mutation somatique, la délétion monoallélique du gène AHCYL2 est corrélée à la sous-expression de transcrits du gène AHCYL2 indiquant une haplo-insuffisance. La fonction précise de AHCYL2 reste inconnue, mais certaines données suggèrent que les protéines de type AHCYL peuvent réguler l'activité de l'enzyme AHCY (Sadénosyl- homocystéine hydrolase) et par conséquent affecter les mécanismes de transméthylation. En outre, nous avons identifié, pour la première fois dans le LZMS, une mutation R882H du gène DNMT3A (1/27, 3,7%) impliqué également dans les processus de méthylation. Ces résultats suggèrent que la dérégulation des voies métaboliques impliquées dans la méthylation peut jouer un rôle crucial dans la pathogenèse du LZMS / The chromosome 7q deletion is the most characteristic alteration in splenic marginal zone lymphoma (SMZL). High-resolution genome-focused approach was performed on 27 SMZL samples to identify submicroscopic genetic alterations on chromosome 7q. A 10.6 Mb-length common deleted region (CDR) of chromosome 7q was precisely delineated and a somatic microdeletion of the S-adenosyl-homocysteine hydrolase-like 2 (AHCYL2) gene was further detected within the CDR, defining the most frequent finding in this series (10/27, 37%) and the smallest CDR on chromosome 7q32. Although the sequencing of AHCYL2 gene did not show any evidence of somatic mutation, the monoallelic AHCYL2 gene deletion was directly correlated with underexpression of AHCYL2 transcripts, indicating a typical pattern of haploinsufficiency. The precise role of AHCYL2 remains unknown, but some data suggest that the AHCY-like proteins may regulate the activity of AHCY (S adenosylhomocysteine hydrolase) and consequently may affect the methylation metabolism. In addition, we report on a DNMT3A-R882H mutation (1/27, 3.7%) for the first time in SMZL. These findings suggest that methylation pathway dysfunction may play a crucial role in the pathogenesis of SMZL