Les maladies infectieuses sont encore responsables de plusieurs millions de morts chaque année et nécessitent des tests de diagnostic basés sur la détection des acides nucléiques pour améliorer leur diagnostic et ainsi leur traitement. Afin de pouvoir détecter différents microbes à partir d'un même test, il est souhaitable de pouvoir réaliser l'amplification de plusieurs acides nucléiques dans une même réaction. Les techniques d'amplifications multiplexes existantes sont généralement limitées en nombre de cibles différentes qu'elles peuvent amplifier simultanément. Il semblerait que les interactions non spécifiques entre les amorces constituent la principale raison de ce phénomène. Ce mémoire a pour but de vérifier s'il est possible d'augmenter l'efficacité des PCR multiplexes en réalisant ces amplifications sur support solide. Plus spécifiquement, l'objectif de ce projet était d'attacher des amorces PCR sur des nano ou microparticules iafin que ces amorces ne puissent interagir entre elles de façon non spécifique dans le cas de PCRs multiplexes où le nombre de paires d'amorces est élevé. Il a été possible de fonctionnaliser des microbilles magnétiques et des nanoparticules d'or avec des oligonucleotides. Cependant, dans le cas de ces deux supports, la majorité, voir la totalité (dans le cas de nanoparticules d'or) du produit d'amplification a été retrouvée dans le surnageant de la réaction. Dans les deux cas, il semblerait que ce phénomène soit associé au décrochage des amorces PCR et/ou de l'amplicon. Les microbilles magnétiques/nanoparticules d'or ou encore la méthode de fonctionnalisation choisie ne permettent donc pas pour l'instant, de faire des amplifications PCRs en phase solide. Cependant, nous verrons que de telles particules fonctionnalisées peuvent avoir d'autres applications notamment dans un cadre diagnostique.

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Cette recherche s'intéresse aux dysfonctionnements et aux difficultés d'apprentissage et de manipulation des déterminants possessifs français que rencontre la communauté hispanophone (spécifiquement la communauté mexicaine) lors de l'apprentissage du FLE. Basée sur les recherches sur l'interlangue et les modèles constructivistes conférant à l'erreur un statut beaucoup plus positif qu'auparavant, cette étude retrace , à l'intérieur des quatre chapitres, les différentes étapes parcourues, tout d'abord, pour mieux identifier et analyser les difficultés écrites et orales des apprenants et deuxièmement pour arriver à structurer, sur la base des analyses réalisées, le parcours le mieux adapté pour pallier les diverses difficultés constatées. L'analyse menée à partir d'une évaluation diagnostique nous permet d'explorer et de vérifier le degré de répercussion des diverses hypothèses associées aux dysfonctionnements et aux difficultés lors de l'utilisation des déterminants possessifs en L2

Ce travail a pour objet l'étude de méthodes de diagnostic d'erreurs de systèmes parallèles communicants, pour des spécifications exprimées dans une logique temporelle arborescente. Sa motivation est l'élaboration de diagnostics d'erreurs détectées par Xesar, outil de vérification de protocoles décrits dans une variante du langage Estelle. Xesar génère a partir du programme décrivant un protocole, un graphe fini dont les séquences représentent les exécutions. Vérifier consiste a comparer ce graphe aux spécifications. En cas de non satisfaction des spécifications, un diagnostic doit etre fourni, permettant de cerner la cause de l'erreur. On s'intéresse aux erreurs dont les diagnostics sont des séquences d'exécution du graphe représentant le comportement du programme. Un prototype d'un système de diagnostics d'erreurs, Cleo, a été réalisé et intégré a Xesar. Générer un diagnostic consiste a calculer un ensemble de séquences d'exécution dont l'existence est la cause de l'erreur. L'utilisation de Cleo nous a conduit a étudier les points suivants: définition d'un critère de minimalité d'un ensemble de diagnostics. Une relation d'ordre dans l'ensemble (éventuellement infini) des diagnostics est définie. Dans le cas des systèmes finis, il existe un sous-ensemble fini de diagnostics minimaux tel que chaque diagnostic a un minorant minimal. Simplification des diagnostics. Les diagnostics sont fournis sous une forme simplifiée, modulo une classe d'actions observables. Nous définissons une relation d'équivalence entre modèles appelée équivalence explicationnelle, qui préserve les diagnostics simplifies, et dont l'originalité est de dépendre de la formule exprimant les spécifications. Les diagnostics simplifies sont calcules dans un modèle réduit équivalent

Ce travail se situe dans le cadre des systèmes informatiques pour l'enseignement intégrant des capacités de raisonnement. Les exigences de ces EIAO (Environnement Interactif d'Apprentissage avec Ordinateur) sont à la fois d'ordre didactique et d'ordre informatique : exigence d'un contrat didactique à la sémantique claire et pré­cise; exigence d'une liberté maximale donnée à l'enseignant dans la formulation de ce contrat; exigence de capacités de déduction complètes; exigence de performances garantissant un niveau d'interactivité suffisant. Concrétement, nous avons conçu et réalisé le système TALC (Tuteur d'Aide Logique à la Construction) pour l'enseignement de la géométrie, dont l'objectif est de diagnostiquer la correction de la construction d'un apprenant vis-à-vis de la spécification d'une figure donnée par un enseignant. La définition du contrat didactique constitue le point central de notre travail. Notre point de vue est que son expression à l'aide de la logique du premier ordre est nécessaire à la fois pour obtenir une définition claire et pour fournir de bonnes explications à l'apprenant. Nous donnons ainsi une sémantique précise aux langages manipulés par le système : le langage logique LDL - à partir duquel est déterminé le diagnostic - et les langages d'interface. Nous présentons aussi les principes de la formulation de la théorie logique représentant les connaissances présupposées de l'élève. Nous établissons, par étapes de dérivation successives, l'expression logique de la correction d'une construction. Cette attitude est fructueuse. Elle nous a amenés à proposer le concept d'extension logique d'une formule par rapport à une autre, nécessaire pour prendre en compte des objets non décrits dans la spécification. Les perspectives ouvertes sont les suivantes : amélioration de la formulation du contrat didactique (par une meilleure définition de la négation), extension des langages d'interface, constitution de séquences didactiques, construction d'un modèle de l'apprenant à l'aide de techniques d'apprentissage et définition d'un langage d'expression des dialogues à tenir.

Deux enquêtes épidémiologiques mises en place dans les forêts de Brotonne et de Mauny, en Normandie, ont montré que la tuberculose à Mycobacterium bovis était présente à des pourcentages de prévalence importants chez les cerfs élaphes (Cervus elaphus) et les sangliers (Sus scrofa). La souche de M. bovis isolée est la même que celle qui circule dans les élevages bovins voisins depuis au moins 1995. Les sensibilité, spécificité et valeurs prédictives de l'examen nécropsique en tant qu'outil diagnostique indiquent qu'il peut être utilisé pour suivre la maladie dans les populations de cerfs élaphes où la tuberculose bovine est bien installée. La différence du cadre lésionnel entre les cerfs et les sangliers suggère que le cerf joue un rôle plus important dans la dissémination de l'infection. Un modèle déterministe montre qu'une stratégie de lutte fondée sur l'éradication des cerfs élaphes et sur un ramassage exhaustif de viscères permettrait d'obtenir une disparition de l'infection.

L'intérêt des prédateurs généralistes dans la lutte biologique par conservation est peu étudié en verger de pommiers. Cette thèse visait à déterminer le rôle de prédateurs généralistes invertébrés (principalement carabes et araignées) et vertébrés (mésanges et chauves souris) dans le contrôle de trois ravageurs clés du pommier et de définir les éléments paysagers qui leur sont favorables. Pour cela, nous avons effectué des suivis de populations dans des vergers en agriculture biologique et nous les avons associés à des mesures de prédation des ravageurs par analyse moléculaire des contenus stomacaux et faeces des prédateurs à l'aide d'amorces spécifiques développées à cet effet. Nous montrons que les ravageurs sont consommés dès leur apparition dans les vergers, notamment les pucerons par les araignées de la frondaison, ce qui suggère que ces prédateurs ont un potentiel de régulation important. De plus une complémentarité temporelle semble exister entre araignées et carabes dans le contrôle des tordeuses. L'influence des éléments paysagers intra et extra verger diffère selon les taxa de prédateurs considérés. Ce dernier résultat suggère des compromis dans les aménagements à réaliser pour favoriser leur action et la nécessité d'une meilleure compréhension de leur écologie.

Onchocerciasis is a severely debilitating yet neglected tropical disease (NTD) currently affecting approximately 15.5 million people, including 12.2 million people with skin disease and 1.025 million with vision loss. The disease causes social stigma, generates and perpetuates poverty, and leads ultimately to irreversible unilateral or bilateral blindness if untreated. Consequently, onchocerciasis is a major impediment to socioeconomic development in addition to being a major public health concern in some African countries. Many control programs have been launched against the disease with moderate successes achieved in Africa. These limited outcomes are partially due to the unavailability of reliable, non-invasive and easily applicable diagnostic tools for mapping endemic regions, monitoring control program successes, determining treatment endpoints and post-elimination surveillance. The current WHO recommendations for certification of elimination include the use of the Ov16 antibody detection ELISA which is flawed by an intrinsic systematic error as 15-25% of infected populations may not produce antibodies against this antigen due to genetic restrictions. With the recent shift in the global health goal of onchocerciasis from control to elimination, there is a need for the development of novel appropriate tools. These tools include amongst others, drugs, diagnostics, and vaccines. In this work, bioinformatics analyses combined with immunological assays were applied in a bid to develop potential tools for the current elimination programs. With regards to chemotherapy, Ivermectin which has been the sole drug for onchocerciasis treatment for over 30 years kills only the microfilariae (mf) leaving the adult worms intact which continue to produce the mf. Moreover, there is a recent problem of development of parasite resistance to this drug. In addition, moxidectin which was recently approved for treatment is contra-indicated in pregnant women and children under 12 who could continue to serve as reservoirs for infection. There is therefore a need to develop new treatment strategies, preferably for macrofilaricidal drugs. For a total eradication of onchocerciasis, diagnosis and treatment must be complemented with vaccine development. The aim of this work was therefore (i) to characterise an O. volvulus antigen, Ov58GPCR and (ii) to design an epitope-based chimeric antigen, which we designated, Ov-DKR-1, within the framework of the development of onchocerciasis control tools. In order to achieve the first goal, towards diagnosis, synthetic peptides representing linear B-epitopes and the recombinant extracellular domain of a G-protein coupled receptor (GPCR) with diagnostic potential were tested for their immune responses using serum from onchocerciasis-infected individuals and various controls. The results obtained indicate that (i) the O. volvulus antigen, Ov58GPCR is a G-protein coupled receptor (GPCR) conserved in related nematodes, (ii) synthetic peptides predicted to be in the extracellular domain (ECD) of Ov58GPCR are indeed immunogenic epitopes in onchocerciasis-infected individuals, (iii) synthetic peptide cocktails discriminate between actively-infected individuals, treated non-infected individuals and healthy African controls, (iv) polyclonal antibodies against one of the peptides or against the bacterially-expressed ECD reacted specifically with the native antigen in O. volvulus total and surface extracts, (v) Ov58GPCR is transcribed in both larvae and adult parasite stages, (vi) IgG and IgE responses to the recombinant ECD decline with Ivermectin treatment. All these findings suggest that the recombinant extracellular domain and synthetic peptides of Ov58GPCR, as well as the specific immune responses generated, could be harnessed in the context of disease diagnosis and surveillance. To assess the potential role of Ov58GPCR in drug or vaccine target development, preliminary examination on the essentiality of the Ov58GPCR for parasite survival was evaluated through RNA interference. A short-interfering RNA (siRNA) sequence targeting the gene designed and tested by soaking with O. volvulus male worms resulted in a reduction in motility. Results indicated that the gene may be involved primarily in motility. Further investigations are recommended in this light. With regards to the second goal, towards the development of a potential immune-protective tool, many indicators reveal the possibility of the development of protective tools against onchocerciasis. Consequently, an immuno-informatics approach was applied to design a filarial-conserved multi-epitope subunit vaccine candidate consisting of B-and T-cell epitopes of proteins reported to be potential novel vaccine candidates. Conservation of the selected proteins in other nematode parasitic species and predicted epitopes suggests that the generated chimera protein (Ov-DKR-1) could be vital in cross-protection. The 3D structure was predicted, refined and validated bioinformatically. Protein-protein docking of the chimeric vaccine candidate with the TLR4 receptor predicted efficient favourable binding. Immune simulation predicted significantly high levels of IgG1, T-helper, T-cytotoxic cells, INF-γ, and IL-2 responses. Overall, the designed chimeric peptide demonstrated antigenicity superior to the current vaccine candidates. / L’onchocercose est une maladie tropicale sévèrement débilitante mais négligée qui touche actuellement environ 15,5 millions de personnes, dont 12,2 millions de souffrant de maladies de la peau et 1,025 millions de souffrant de perte de vision. La maladie provoque une stigmatisation sociale, génère et perpétue la pauvreté et finit par conduire à une cécité unilatérale ou bilatérale irréversible si elle n'est pas traitée. En conséquence, l’onchocercose est un obstacle majeur au développement socioéconomique en plus d’être une préoccupation majeure pour la santé publique. De nombreux programmes de lutte ont été lancés contre la maladie, avec quelques succès en Afrique. Ces résultats sous-optimaux (limités) sont en partie dus à l’absence d’outils fiables, non invasifs et facilement applicables pour la cartographie des régions endémiques, le suivi des succès des programmes de contrôle, la détermination des paramètres de traitement et la surveillance post-élimination. Les recommandations actuelles de l’OMS pour la certification de l’élimination incluent l’utilisation du test ELISA de détection d’anticorps Ov16, entaché d’une erreur systématique intrinsèque puisque 15 à 25% des populations infectées peuvent ne pas produire d’anticorps contre cet antigène en raison de restrictions génétiques. Avec l’évolution récente de l’objectif de santé mondial de l’onchocercose de passé de la lutte à l’élimination, il est donc nécessaire de mettre au point de nouveaux outils appropriés. Ces outils nécessaires incluent, entre autres, des médicaments, des diagnostics et des vaccins. Dans ce travail, des analyses bio-informatiques combinées à des tests immunologiques ont été appliquées dans le but de développer des outils potentiels pour les programmes d'élimination actuels. En ce qui concerne la chimiothérapie, l’ivermectine, qui est le seul médicament utilisé depuis plus de 30 ans pour le traitement de l’onchocercose, ne tue que les microfilaires (mf) laissant intacts les vers adultes qui continuent à produire le mf. A ceci joint, il y a le problème récent du développement de la résistance des parasites à ce médicament. En outre, un traitement récemment approuvé, la moxidectine, est contre-indiquée chez les femmes enceintes et les enfants de moins de 12 ans qui pourraient continuer à servir de réservoirs d’infection. Il est donc absolument nécessaire d’élaborer de nouvelles stratégies de traitement, de préférence pour les médicaments macrofilaricides. Pour une éradication totale de l’onchocercose, le développement du vaccin doit être complété par le diagnostic et le traitement. Le but de ce travail est donc de caractériser un antigène d'O. volvulus, Ov58GPCR et de concevoir un antigène chimérique à base d'épitope, que nous avons appelé Ov-DKR-1, dans le cadre du développement d'outils de contrôle de l'onchocercose.Concernant le premier objectif, des peptides synthétiques représentant des épitopes B linéaires et le domaine extracellulaire (DEC) recombinant d'un récepteur couplé à la protéine G (GPCR) présentant un potentiel diagnostique ont été testés pour déterminer leur réponse immunitaire en utilisant du sérum d'individus infectés par l'onchocercose et divers témoins. Les résultats obtenus indiquent que (i) l'antigène d'O. volvulus, Ov58GPCR est un récepteur couplé à la protéine-G (GPCR) conservé dans les nématodes apparentés (ii) les peptides synthétiques prédits comme localisés dans le domaine extracellulaire de Ov58GPCR sont bien des epitopes immunogéniques chez les individus infectés par l’onchocercose, (iii) les cocktails de peptides synthétiques établissent une distinction entre les individus activement infectés avec l’onchocercose, les individus non-infectés traités et les témoins africains en bonne santé, (iv) les anticorps polyclonaux contre un des peptides ou le domaine extracellulaire exprimé au bactéries réagisent spécifiquement avec l'antigène natif dans les extraits total et de surface d'O. volvulus, (v) Ov58GPCR est transcrit aux stades larvaire et adulte, (vi) les niveaux détectés d’IgG et IgE grâce à le DEC recombinant diminuent au cours du traitement par l'ivermectine. Toutes ces découvertes suggèrent que le domaine extracellulaire recombinant et les peptides synthétiques de Ov58GPCR, ainsi que les réponses immunitaires spécifiques générées, pourraient être exploités dans le contexte du diagnostic et de la surveillance de la maladie. Pour évaluer le rôle potentiel d’Ov58GPCR dans le développement de médicaments ou de vaccins cible, un examen préliminaire de l’indispensabilité du gène Ov58GPCR pour la survie du parasite a été évalué par interférence d’ARN. Une séquence d'ARN interférant court (ARNic) ciblant le gène conçu et testé par trempage avec des vers mâles d'O. volvulus a entraîné une réduction de la motilité. Les résultats ont indiqué que le gène pourrait être impliqué principalement dans la motilité. Des investigations complémentaires sont recommandées dans cette optique.Concernant le deuxième objectif, de nombreux indicateurs révèlent la possibilité de développer des outils de protection contre l’onchocercose. En conséquence, une approche immuno-informatique a été appliquée pour concevoir un candidat-vaccin des sous-unités de multi-épitopes conservées-filarienne consistant des épitopes de cellules B et T de protéines qui seraient de nouveaux candidats vaccins. La conservation des protéines sélectionnées chez d'autres espèces parasitaires de nématodes et d'épitopes prédits suggère que la protéine chimère générée (Ov-DKR-1) pourrait être vitale pour la protection croisée. La structure 3D a été prédite, raffinée et validée bioinformatiquement. La fixation protéine-protéine du candidat vaccin chimère au récepteur TLR4 prédit une liaison favorable efficace. La simulation immunitaire prédit des niveaux significativement élevés d'IgG1, de réponses T-helper, de cellules T-cytotoxiques, de INF-γ et d'IL-2. Globalement, le peptide chimère conçu a démontré une antigénicité supérieure aux candidats vaccins actuels. / Option Biologie moléculaire du Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Bien que le test de Rorschach soit l’outil d’évaluation de la personnalité le plus utilisé en France, peu d’études se sont consacrées à la validation ou l’analyse des propriétés psychométriques de cet instrument. C’est pourquoi, les objectifs de notre étude sont les suivants : Réétudier et vérifier la validité du test de Rorschach en Système Intégré pour le diagnostic de la dépression (1) évaluer l’indice de dépression (DEPI) (2) évaluer l’indice d’incompétence sociale (CDI) (3) réétudier les variables actif et passif (a:p) et (4) la validité des réponses reflets (Fr+ rF> 0)(5) comparer les résultats de notre étude avec ceux de Sultan et al. (2004).Pour opérationnaliser nos objectifs, deux échantillons d’adultes français (18- 70 ans), ont été recrutés : un échantillon normatif et un échantillon dépressif. Cinq outils ont été utilisés : Rorschach Système Intégré, GHQ.12, BDI, T.A.T, SFSC.Les résultats montrent (1) Qu’il n’y pas de différence significative sur l’indice dépression sauf lorsque DEPI=6 ; (2) Une différence significative est observée entre nos deux échantillons normatif et dépressif sur l’indice CDI; (3 et 4)Concernant l’échantillon normatif, il n’y a pas de corrélation entre le score obtenu au Rorschach sur la variable p>a+1 et le score des sujets au TAT, ni de corrélation entre le score S au SF-SC et le score des réponses reflètes ; (5) la comparaison entre l’échantillon normatif combiné et l’échantillon normatif d’Exner indique une différence significative sur les variables suivantes : SumSha, Fr+rF, X-%, WSum6, XA %. Enfin, les résultats montrent un intérêt clinique du Rorschach Système Intégré à savoir qu’un DEPI= 6 est à considérer comme une indication psychopathologique, et que l'indice CDI est très pertinent pour le diagnostic psychologique des troubles dépressifs. / Despite the fact that, the Rorschach test is the most used personality assessment tool in France; few studies have focused on the validation or analysis of the psychometric properties of this instrument. Therefore, the objectives of our study are the following: To re-examine and verify the validity of the Rorschach Comprehensive System for the diagnosis of depression (1) to evaluate the depression index (DEPI) (2). evaluate the social incompetence index (CDI) (3) re-study the active and passive variables (a: p) and (4) the validity of the reflective answers (Fr + rF> 0) (5) compare the results of our study with those of Sultan et al. (2004).To operationalize our objectives, two samples of French adults (18-70 years old) were recruited: a normative sample and a depressive sample. Five tools were used: Rorschach Comprehensive System, GHQ.12, BDI, T.A.T, SFSC.The results show (1) that there is no significant difference on the depression index except when DEPI = 6; (2) A significant difference is observed between our two normative and depressive samples on the CDI index; (3 and 4) Regarding the normative sample, there is no correlation between the Rorschach score on the p> a + 1 variable and the TAT subjects score, or the correlation between the S score and the SF score. -SC and the score of the reflective answers;(5) The comparison between the combined normative sample and the Exner normative sample indicates a significant difference on the following variables: SumSha, Fr + rF, X-%, WSum6, XA%. Finally, the results show a clinical interest of the Rorschach Comprehensive System namely that a DEPI = 6 is to be considered as a psychopathological indication, and that the CDI index is very relevant for the psychological diagnosis of depressive disorders.

Il existe un nombre croissant de tests de langues sur le marché. Ces derniers se répartissent en plusieurs catégories selon leur forme et leur fonction: tests de positionnement, d’acquisition et de progrès, de compétence, de certification, tests diagnostiques et enfin tests d’aptitude. La conception du test de positionnement POSILANG, entièrement adossé au Cadre européen commun de référence pour les langues (CECRL), force à s’interroger sur le processus général d’évaluation des compétences en LVE, à définir ce que sont les bonnes pratiques, à explorer la compatibilité de l’approche communicative-actionnelle prônée par le Cadre avec le format automatisé. Les atouts visés par le dispositif sont la gratuité, la praticité, la fiabilité, l’accessibilité, l’interactivité ainsi que l’authenticité. L’élaboration des items doit tenir compte des usages situés de la langue dans des situations de communication réelles. Conçu localement, en intégrant la situation particulière du site universitaire bordelais, le test est prévu pour évaluer le niveau de compétences des bacheliers en anglais, accédant à l’Enseignement Supérieur. L’évaluation de la version pilote de POSILANG, menée dans le cadre de la présente recherche, montre que POSILANG permet bien de déterminer à la fois le niveau en langue global de candidats et leur niveau par domaine de compétence. Le test remplit aussi une fonction diagnostique, en pointant les lacunes des candidats. Le positionnement par domaines de compétences permet de créer différents groupes de niveaux aussi homogènes que possible pour les enseignements obligatoires d’anglais et pour remédier aux difficultés langagières repérées. / In education today, a great number of language tests are available. These tests can be divided into different categories according to their features and function: placement tests, acquisition and progress tests, certification tests and aptitude tests. The POSILANG placement test offers many advantages. The test is conceived in accordance with the Common European framework of reference for languages (CEFR). It therefore complies with the majority of the parameters laid down in this official document and adheres to an action-oriented approach. POSILANG also benefits from being free of charge, readily available, reliable, interactive and authentic. The latter is achieved by using language taken from real life situations for the conception of items. The test has been designed for local use on the campus of Bordeaux University and takes into account the specificities of this environment. Its aim is to assess the competence level of secondary school leavers as they enter the higher education system. POSILANG is able not only to assess the overall language level of participants, but also the level in three separate areas of competence. It has a diagnostic function centered on pinpointing the weaknesses of students. The placement of students according to the different areas of competence enables teachers to form student groups with similar language levels, so as to address the specific instructional needs identified by the test.