Submitted by Priscila Azarak (priscilazarak@hotmail.com) on 2018-11-23T12:36:47Z No. of bitstreams: 4 Tese_Priscila Azarak.pdf: 5265527 bytes, checksum: 9ef468a213bf6ff7c0d54430b3c0f225 (MD5) Ata de Defesa de Tese_Discente Priscila Alencar Azarak.pdf: 724256 bytes, checksum: 6056b126e2c68dc54645a6684a748b01 (MD5) CartaEncaminhamentoAutodepósito.pdf: 152003 bytes, checksum: 4ed216d6127242c14ee12a426a831dd1 (MD5) Autorização para divulgar.pdf: 17500 bytes, checksum: d30e94c038cbf77bbe0d715102a7968e (MD5) / Approved for entry into archive by PPGDivBio Diversidade Biológica (ppgdivbio@gmail.com) on 2018-11-23T17:18:34Z (GMT) No. of bitstreams: 4 Tese_Priscila Azarak.pdf: 5265527 bytes, checksum: 9ef468a213bf6ff7c0d54430b3c0f225 (MD5) Ata de Defesa de Tese_Discente Priscila Alencar Azarak.pdf: 724256 bytes, checksum: 6056b126e2c68dc54645a6684a748b01 (MD5) CartaEncaminhamentoAutodepósito.pdf: 152003 bytes, checksum: 4ed216d6127242c14ee12a426a831dd1 (MD5) Autorização para divulgar.pdf: 17500 bytes, checksum: d30e94c038cbf77bbe0d715102a7968e (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-11-23T18:04:56Z (GMT) No. of bitstreams: 4 Tese_Priscila Azarak.pdf: 5265527 bytes, checksum: 9ef468a213bf6ff7c0d54430b3c0f225 (MD5) Ata de Defesa de Tese_Discente Priscila Alencar Azarak.pdf: 724256 bytes, checksum: 6056b126e2c68dc54645a6684a748b01 (MD5) CartaEncaminhamentoAutodepósito.pdf: 152003 bytes, checksum: 4ed216d6127242c14ee12a426a831dd1 (MD5) Autorização para divulgar.pdf: 17500 bytes, checksum: d30e94c038cbf77bbe0d715102a7968e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-23T18:04:56Z (GMT). No. of bitstreams: 4 Tese_Priscila Azarak.pdf: 5265527 bytes, checksum: 9ef468a213bf6ff7c0d54430b3c0f225 (MD5) Ata de Defesa de Tese_Discente Priscila Alencar Azarak.pdf: 724256 bytes, checksum: 6056b126e2c68dc54645a6684a748b01 (MD5) CartaEncaminhamentoAutodepósito.pdf: 152003 bytes, checksum: 4ed216d6127242c14ee12a426a831dd1 (MD5) Autorização para divulgar.pdf: 17500 bytes, checksum: d30e94c038cbf77bbe0d715102a7968e (MD5) Previous issue date: 2018-09-21 / The Neotropical region is the area which houses the largest quantity of species in the world, the Amazon being the South America biome with the greatest anuran species diversity. The Branco River basin, in the extreme north of the Amazon, represents a gap in the knowledge on the amazon amphibians. This thesis aimed: (1) To carry out a inventory of amphibians of the areas on the influence of the Branco River basin, including the records present in the literature, and to discuss the regional distribution of the species; and (2) To investigate the presence of cryptic lineages within the anurofauna of the Branco River basin, using the amphibian DNA barcodes tools. In this study 43 localities were sampled along the Branco River basin, covering differnt environments. We recorded 47 amphibian species belonging to two orders, 19 genera and 8 families, which together with other 21 species recorded in the literature, totalized 68 species of amphibians for that basin. Three species are new records to the region: Boana calcarata, Dendropsophus leucophyllatus and Osteocephalus leprieuri. The analysis of similarity (ANOSIM) showed that the upper and lower Branco River basin present significative differences in their species composition. The 16S rRNA mitochondrial DNA and four algoritims of delimitation (mPTP, locMin, bGMYC, GMYC) were used to investigate the presence of cryptic species in the anurofauna of that region. It was identified 41 morphological species, of that 10 have lineages restricted to the Branco River basin. / A região Neotropical é a área que abriga a maior quantidade de espécies do mundo, sendo a Amazônia o bioma sulamericano com a maior diversidade de espécies desse grupo de vertebrados. A bacia do rio Branco, situada no extremo norte da Amazônia, constitui uma lacuna no conhecimento da fauna de anfíbios amazônicos. Esta tese teve como objetivo: (1) Realizar um inventário dos anfíbios das áreas de influência da bacia do rio Branco, incluindo os registros da literatura e discutir a distribuição regional das espécies e (2) Investigar a presença de linhagens crípticas dentro da anurofauna da bacia do rio Branco, utilizando a ferramenta do DNA Barcode. Neste estudo foram amostrados 43 pontos de coletas ao longo da bacia do rio Branco, abrangendo diferentes ambientes. Foram registradas 47 espécies de anfíbios pertencentes a duas ordens, 19 gêneros e 8 famílias, que somadas a outras 21 espécies registradas na literatura, totalizam 68 espécies de anfíbios para esta bacia. Três espécies são novos registros para a região: Boana calcarata, Dendropsophus leucophyllatus e Osteocephalus leprieurii. A análise de similaridade ANOSIM mostrou que as porções alta e baixa da bacia do rio Branco apresentaram diferenças significativas na composição de espécies. Foi utilizado o gene mitocondrial 16S rRNA e quatro algoritmos de delimitação (mPTP, locMin, bGMYC, GMYC) para investigar a presença de espécies crípticas na anurofauna da região. Foram identificadas morfologicamente 41 espécies, das quais 10 apresentaram linhagens restritas à bacia do rio Branco.

O paradigma de sistemas de moléculas auto-replicantes é o modelo de quase-espécies, no qual as moléculas são representadas por seqüências binárias de tamanho L e o mecanismo de replicação é suposto imperfeito. Em particular, cada seqüência é gerada corretamente com probabilidade Q = qL, onde q é a probabilidade de cópia exata por dígito. Um dos resultados mais intrigantes no modelo para o relevo de replicação de pico único, no qual há apenas um tipo de molécula com vantagem seletiva a em relação aos outros tipos, é a observação de um limiar de erro a partir do qual toda informação biológica relevante é perdida. A transição de limiar de erro verificada para Qc = l /a pode ser visualizada como uma transição de fase do tipo ordem-desordem. Verificamos que a largura dessa transição decresce com L de acordo com L-1. Concluímos também que as grandezas físicas de interesse são bem descritas por meio de funções de escala. Elaboramos ainda uma versão estocástica (isto é, tamanho de população N finito) para o modelo de quase-espécies, no qual a dinâmica é descrita por uma cadeia de Markov. Mostramos que o tempo característico &#964 para o desaparecimento de seqüências mestras na população obedece uma relação de escala bem definida. A transição em nosso modelo é constatada através da divergência de &#964 em Qc no limite de N &#8594 &#8734 ,sendo que a largura da transição decresce de acordo com N -1/2. Em nossa abordagem não utilizamos nenhuma definição arbitrária para o limiar de erro para população finita. Como solução para o problema da crise de informação associada ao limiar de erro estudamos o modelo de hiperciclos. Neste modelo, as macromoléculas se replicam com o auxílio de outros membros do hiperciclo por meio do mecanismo de catálise. Estudamos analiticamente a propagação de erro no hiperciclo e obtemos os diagramas de fases no espaço de parâmetros para vários tamanhos de hiperciclo n. Esses diagramas descrevem as regiões de estabilidade das diversas soluções de estado estacionário do sistema. Constatamos que para hiperciclos com n &#8804 4 existe um limiar de erro menor que aquele verificado no modelo de quase-espécies. Desde que o suporte catalítico realizado por uma molécula no hiperciclo pode ser considerado de fato um comportamento altruísta, modelos para evolução do altruísmo como, a teoria de seleção de grupos, têm sido utilizados no contexto de evolução pré-biótica. Aqui investigamos a evolução da produção de enzimas e os efeitos de sinergia utilizando esses conceitos. / The quasi-species model is the paradigm of systems composed of self-replicating molecules, which are represented by sequences of fixed length L. The replication machinery is assumed to be imperfect. Particularly, each sequence is copied exactly with probability Q=qL, where q denotes the probability of exact copy per digit. One of the most intriguing results of the model for the single-peak replication landscape, which considers the existence of a master sequence that has a selective advantage a in comparison to the other types, is the occurrence of an error threshold phenomenon beyond the biological information is completely lost. The error threshold transition can be viewed as an order-disorder phase-transition. We investigated the sharpness of the threshold and found that its characteristics persist across a range of Q of order L-1 about Qc. Other physical quantities of interest are also well described by universal functions. We formulate a stochastic version (i.e., finite population size N) for the quasispecies model, in which a Markov chain defines the dynamics. We show that the characteristic time r for the disappearance of master sequences in the population obeys a well defined scaling relation. The transition in this model is signalized by the divergente of t at Qc in the limit N &#8594 &#8734, and the sharpness of the transition decreases like N -1/2. In our approach we do not use any arbitrary definition of the error threshold for finite population. As a solution for the information crisis associated to the error threshold, here we considered the hypercycle model, where the macromolecules self-replicate with the catalytic support of the other members of the hypercycle. We study analytically the error propagation in the hypercycle and obtain the phases diagrams in the space of parameters for several hypercycle sizes n. These diagrams describe the stability regions of the steady state solutions of the system. We find that for hypercicle size n &#8804 4 the error threshold is smaller than that for the quasispecies model. Since the catalytic support developed by a molecule is in fact an altruistic behavior, some models for the evolution of altruism, for instance, the selection group theory, have been investigated in the context of pre-biotic evolution. Specifically, here we analyze the evolution of enzyme production and the effects of synergism.

A vitamina A apresenta importantes papéis no sistema cardiovascular, desde a fase embrionária até a vida adulta. Além disso, propriedades antioxidantes são atribuídas a essa vitamina; Contudo, propriedades pró-oxidantes lhe são atribuídas. Portanto, nosso objetivo foi comparar parâmetros energéticos/redox (no sistema cardiovascular) entre animais submetidos a uma suplementação com vitamina A e animais não submetidos a essa suplementação. Ratos adultos Wistar machos foram tratados com 4 diferentes doses (1000-9000 UI.Kg-1.dia-1) de palmitato de retinol ou com salina (controle) ao longo de 3 diferentes períodos (3, 7 e 28 dias). Após o tratamento, a artéria aorta e o coração foram retirados para as análises. Foram avaliados parâmetros de estresse oxidativo em ambas as estruturas, e parâmetros de estresse nitrosativo e energéticos no coração dos animais tratados por 28 dias. A análise estatística foi realizada por Anova de uma via, seguida do pos hoc de Dunnet, com significância de ρ ≤ 0,05. Na artéria aorta, foi observada uma diminuição na lipoperoxidação após 7 e 28 dias, bem como aumento de sulfidril em 3 dias e alterações enzimáticas em todos períodos. No coração, foi detectado um aumento de lipoperoxidação e de carbonilação após 7 e 28 dias e uma dimuição na reatividade não enzimática nos 3 períodos. Alterações enzimáticas foram vistas nos 3 períodos. No período mais longo, foi observado aumento de nitração na fração mitocondrial e diminuição da atividade dos complexos da cadeia transferidora de elétrons. Concluímos que ocorre uma adaptação oposta entre coração e artéria, onde há um aumento de estresse oxidativo no coração e uma diminuição na aorta, no entanto, uma futura análise fisiológica ainda é necessária para se sugerir um ou outro como positivo ou negativo. Além disso, o estresse cardíaco crônico está associado com um possível bloqueio energético e um estado de estresse nitrosativo mitocondrial. / Vitamin A plays important roles on cardiovascular system, since development until adult life. Besides physiological roles, antioxidants properties are also attributed to its. However, pro-oxidants properties have been associated to vitamin A. Therefore, our aim was to compare redox parameters among animals supplemented with vitamin A and one not. Adult male Wistar rats were treated with different doses (1000-9000 IU.Kg-1.day-1) of retinyl palmitate or saline (control) for 3 different periods (3, 7 and 28 days). Thereafter, the aorta artery and the heart were removed to follow analysis. Oxidative stress parameters were assessed in both organs, while nitrosative stress and energetic parameters were evaluated only at heart from animals treated for 28 days. Statistics were conducted with Anova one way, followed by Dunnet’s pos hoc, and significance of ρ ≤ 0.05. On arterial level it was observed a decrease in lipoperoxidation after 7 and 28 days, as well as an increase in sulfhydryl after 3 days and changed enzymatic activity for all periods. In the heart, it was detected an increased lipoperoxidation and carbonyl levels after 7 and 28 days, and a decreased non-enzimatic reactivity for all periods. Additionally, enzymatic changes were also seen. For the chronic treatment we could observe an increase in mitochondrial nitration and a decrease in respiratory chain complexes activities. Thus, we concluded that happens an opposite adaptation between heart and aorta, since there is an increased oxidative stress status in the heart, while in the aorta there is a decreased status. However, a physiological evaluation is needed to suggest what is positive or negative. Furthermore, the cardiac oxidative stress is associated to an energetic impairment and a mitochondrial nitrosative stress.

A Hipertensão Arterial Pulmonar (HAP) é uma doença que acomete os vasos pulmonares, essencialmente pré-capilares, levando ao remodelamento da parede vascular. Caracteriza-se como síndrome hemodinâmica, que consiste no aumento da resistência vascular pulmonar e da pós-carga ventricular direita. Um grande número de evidências apresenta a participação do estresse oxidativo no desenvolvimento das mudanças cardiopulmonares decorrentes da HAP. Assim, a proposta desse estudo foi avaliar alterações estruturais e de estresse oxidativo tempo-dependentes produzidas pela monocrotalina, droga que mimetiza a HAP em humanos, sobre o pulmão de ratos e sua repercussão tardia na função cardíaca ventricular esquerda. Utilizamos ratos Wistar com 2 meses de idade, sendo que os procedimentos experimentais foram divididos em 2 momentos distintos: a primeira etapa direcionada a análise pulmonar e a segunda para análise cardíaca. A indução de HAP foi feita por injeção de monocrotalina (MCT) 60 mg/kg. No primeiro momento, investigamos as alterações morfométricas e oxidativas pulmonares aos 7 e 21 dias após MCT, sendo que os pulmões foram homogeneizados para análise das substâncias reativas ao ácido tiobarbitúrico, carbonilação das proteínas, ânion radical superóxido por meio da reação de NitroBlue Tetrazolium, atividades da mieloperoxidase (MPO) e da catalase (CAT). Após, investigamos as alterações do ventrículo esquerdo (VE) aos 7, 21 e 31 dias, sendo avaliadas a função do VE por meio de ecocardiografia e marcadores oxidativos no homogeneizado de VE pela razão das glutationas (GSSG/GSH), tioredoxina redutase (TrxR), peróxido de hidrogênio (H2O2) e concentração de vitamina C. Observamos hipertrofia do VD e congestão pulmonar nos grupos MCT 21 e 31 dias. A estereologia do pulmão apresentou redução nas densidades de volume e área, associada ao aumento do espaço alveolar aos 21 dias após MCT, bem como aumento da lipoperoxidação no homogeneizado de pulmão, maior concentração de radical superóxido e maior atividade da CAT e MPO. A ecocardiografia apresentou modificação na onda de fluxo da artéria pulmonar, característica de aumento de resistência, a partir de 21 dias após MCT, bem como aumento do tempo de ejeção e nos parâmetros de função ventricular esquerda aos 31 dias após MCT. A concentração de H2O2 no homogeneizado de VE esteve aumentada nos grupos MCT 21 e 31 dias e na análise dos antioxidantes observamos redução na concentração de ácido ascórbico e aumento de TrxR no VE. Foi demonstrado aumento da resistência vascular pulmonar, bem como aumento de pró-oxidantes e do dano oxidativo a lipídios no homogeneizado de pulmão após 21 dias de indução de HAP por MCT; esse dano é acompanhado por aumento na atividade da CAT e histologia sugestiva de congestão pulmonar nesse tecido, seguida por alteração ventricular direita. Estas mudanças no ventrículo direito promovidas pela HAP podem contribuir, a longo prazo, para a disfunção ventricular esquerda observada aos 31 dias após MCT. Essas alterações do VE estão associadas ao aumento de peróxido de hidrogênio e redução de vitamina C no homogeneizado ventricular esquerdo. / Pulmonary Arterial Hypertension (PAH) is a disease that affects the pulmonary vessels, essentially pre-capillaries, leading to remodeling of the vascular wall. It is characterized hemodynamic syndrome, which is the increase in pulmonary vascular resistance and right ventricular afterload. A growing body of evidence shows the involvement of oxidative stress in the development of the cardiopulmonary changes due to PAH. Thus, the purpose of this study was to evaluate structural changes and time-dependent oxidative stress produced by monocrotaline, a drug that mimics the human PAH, on the rat lung and its impact on late left ventricular cardiac function. Wistar rats with 2 months of age were used in this research. The experimental procedures were divided into two distinct periods: the first step aimed at analyzing lung and the second for cardiac analysis. Induction of PAH was performed by injection of monocrotaline (MCT) 60 mg/kg. At first we investigated morphological changes and oxidative lung at 7 and 21 days after MCT, and the lungs were homogenized for analysis of thiobarbituric acid reactive substances, protein carbonylation, superoxide anion radical by the reaction of nitroblue tetrazolium, activities myeloperoxidase (MPO) and catalase (CAT). After, we analyzed changes in left ventricular (LV) at 7, 21 and 31 days and evaluated LV function by echocardiography and oxidative markers in the LV homogenate by the ratio of glutathione (GSSG / GSH), thioredoxin reeducates (TrxR ), hydrogen peroxide (H2O2) and concentration of vitamin C. Was Observed cardiac hypertrophy, pulmonary congestion and RV in MCT groups 21 and 31 days. The stereology showed a reduction in lung volume and area densities, associated with an increased alveolar space on day 21 after MCT, as well as increased lipid peroxidation in lung homogenate, increased concentration of superoxide anion and increased activity of CAT and MPO. Echocardiography showed wave of change in pulmonary artery flow from 21 days after MCT, and increase in ejection time and the parameters of left ventricular function at 31 days after MCT. The concentration of H2O2 in homogenized LV was increased in MCT groups 21 and 31 days and the analysis of antioxidants observed reduction in the concentration of ascorbic acid and increased TrxR in the LV. Our findings showed increased pulmonary vascular resistance, as well as increased pro-oxidants and oxidative damage to lipids in lung homogenate after 21 days of induction of PAH by MCT, this damage is accompanied by increased activity of CAT and histological pulmonary congestion in this tissue, followed by right ventricular changes. These changes in the right ventricle promoted by the PAH can contribute in the long run, to left ventricular dysfunction observed at 31 days after MCT. These changes are associated with increased LV for hydrogen peroxide and vitamin C reductions in the left ventricular homogenate.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ecologia, 2015. / Os Pipridae são pequenos pássaros frugívoros de sub-bosque que habitam ambientes florestais da região Neotropical. Esta família se destaca por apresentar um sistema de acasalamento em leques poligínicos, com displays de corte, sons não vocais (“mecânicos”) e elaborada plumagem ornamental dos machos (Prum 1998). Apresentam a maior diversidade na região Amazônica com mais da metade das espécies encontradas no Brasil (ao norte do rio Negro e entre os rios Xingu e Purus) e entre os rios Madre de Dios, na Bolívia e Marañon, ao norte do Peru (Snow 2004). Neste estudo investigou-se, por meio da análise de fragmentos do gene mitocondrial ND2 (subunidade 2 da NADH desidrogenase), a estrutura populacional de quatro espécies de Pipridae (Machaeropterus pyrocephalus, Lepidothrix nattereri, Ceratopipra rubrocapilla e Pipra fasciicauda) na região de contato do bioma Amazônico com o bioma Cerrado, incluindo também, áreas de Cerrado e de floresta Amazônica. Para as três primeiras espécies de Pipridae, as análises genéticas foram conduzidas com o intuito de determinar o modelo de estruturação populacional que as mesmas apresentaram na região de ecótono. Para isso, a variabilidade genética, grau de isolamento, fluxo gênico e distância genética entre as subpopulações destas espécies foram analisadas, bem como sua demografia histórica. A população de M. pyrocephalus apresentou-se fortemente subdividida entre a região de transição leste (alto rio Xingu) e oeste (sub-bacia do rio Guaporé e Juruena) e exibiu uma estrutura populacional em conformidade com o modelo de metapopulações, com baixas taxas de migração e isolamento pela distância. Entretanto, em direção às áreas de Cerrado, a migração foi bem mais acentuada, ocorrendo de modo mais restrito no sentido oposto. Com isso, os haplótipos constatados nas regiões de transição leste e oeste também estiveram presentes no Cerrado. Nesta região, não foram detectados haplótipos exclusivos, somente aqueles compartilhados com as áreas de transição dos extremos leste e oeste dos estados de Mato Grosso e Rondônia. Estas evidências sugerem a relevância das áreas amazônicas para a diversidade genética das subpopulações de M. pyrocephalus, situadas no Cerrado. Moderada estruturação genética foi evidenciada em L. nattereri, que também exibiu características concordantes com o modelo de metapopulações. Em C. rubrocapilla não houve subdivisão entre as regiões de transição leste e oeste em decorrência da combinação entre as maiores taxas de migração e menor tamanho populacional efetivo (do que L. nattereri). A organização espacial desta espécie, na região de transição, apresentou-se em conformidade com o modelo de populações em manchas, com taxas mais elevadas de migração entre as subpopulações, formando um único agrupamento genético. As diferenças quanto à estrutura populacional destas aves podem ser consequência de suas particularidades ecológicas, tais como, maior associação ao ambiente de sub-bosque (em M. pyrocephalus - particularmente durante sua fase juvenil); dieta insetívora e menor massa corporal (em L. nattereri); habitat- generalista e maior massa corporal (em C. rubrocapilla). Todos estes fatores relacionam-se à vagilidade e, indiretamente, à habilidade de dispersão das aves. As características apresentadas pelas duas primeiras espécies estão vinculadas a uma menor vagilidade, o que pode conduzir à estruturação populacional. As características apresentadas pela última são comuns em espécies com maior vagilidade, o que pode direcionar para uma ausência de estruturação genética, dependendo do tamanho efetivo da população. No caso de C. rubrocapilla, a não subdivisão populacional ocorreu devido à combinação de uma taxa de migração ligeiramente mais elevada com um menor tamanho populacional efetivo. Em Pipra fasciicauda, ao se realizar as primeiras estimativas de variabilidade genética, verificou-se que suas populações se encontravam altamente diferenciadas e, portanto, deveriam ser avaliadas de modo diferenciado, com o uso de outras ferramentas de análise, que permitissem melhor investigar o nível de diferenciação destas populações. Deste modo, com a reconstrução das relações evolutivas dos espécimes, por meio dos métodos de máxima verossimilhança e de inferência Bayesiana, verificou-se a existência de duas linhagens notoriamente distintas, uma encontrada na região de ecótono, no oeste do estado de Mato Grosso e sudeste do estado de Rondônia, no cerrado ao sul do estado de Mato Grosso e no Pantanal, situado no sudoeste do estado de Mato Grosso (linhagem Sul-Oeste). A outra, detectada na região de ecótono no nordeste do estado de Mato Grosso, cerrado no noroeste do Estado de Tocantins e na região Amazônica e no estado do Pará (linhagem Norte-Leste). Estas linhagens devem corresponder às subespécies P. f. calamae (linhagem Sul-Oeste) e P. f scarlatina (linhagem Norte-Leste) e possivelmente, se separaram durante o período do Pleistoceno. As análises de demografia histórica indicaram que a linhagem Sul-Oeste apresentou sinais de expansão populacional e sua rede haplotípica demonstrou que também teria sofrido uma expansão em sua distribuição, alcançando a região da linhagem Norte-Leste. Por último, também foi avaliado, o papel do médio rio Araguaia na estruturação genética das subpopulações da linhagem Norte-leste. A ausência de estruturação genética e o compartilhamento de haplótipo entre as subpopulações oriundas de margens opostas do médio rio Araguaia, sugeriram um baixo potencial deste rio em promover divergência populacional desta espécie. A presença de ilhas ao longo do rio deve aumentar sua permeabilidade para os indivíduos de P. fasciicauda, que podem estar utilizando-as como stepping stones para se deslocar de uma margem a outra. / The Pipridae are small fruit-eating birds that live in the understory environment of the Neotropics’s forest. Some notable characteristics of the manakins are their lek-based mating systems, extraordinary courtship displays, not vocal sounds ("mechanical") and males with ornamental plumage (Prum 1998). This family exhibits the greatest diversity in the Amazon region with more than half of the species found in Brazil (north of the Negro River and between the Xingu and Purus rivers) and between the Madre de Dios rivers, Bolivia and Marañon, in northern Peru (Snow 2004). In this study it was investigated the population structure of four species of Pipridae (Machaeropterus pyrocephalus, Lepidothrix nattereri, Ceratopipra rubrocapilla and Pipra fasciicauda), through the analysis of mitochondrial fragment ND2 gene (NADH dehydrogenase subunit 2), in the ecotone region of Amazon biome and the Cerrado biome. The analysis also includes areas of the Cerrado and the Amazon forest. For the first three Pipridae’s species genetic analyzes were conducted in order to determine the population structure model that they showed in the ecotone region. For this, the genetic variability, degree of isolation, gene flow and genetic distance between subpopulations of these species were examined as well as its historical demographic. The population of M. pyrocephalus was strongly divided between the east transition region (upper Xingu River) and west region (sub-basin of the River Juruena and Guaporé). These species exhibited a population structure in accordance with the metapopulation model, with low rates migration and isolation by distance. However, towards the Cerrado areas, the migration was much more accentuated, being more limited in the opposite direction. Thus, the haplotypes observed in the east and west transition regions also occurred in the Cerrado. In this region unique haplotypes were detected, only those shared with the transition areas of the extreme east and west of Mato Grosso and Rondônia states. This evidence suggests the importance of the Amazon areas to the genetic diversity of subpopulations of M. pyrocephalus, located in the Cerrado. Moderate genetic structure was observed in L. nattereri, which also showed characteristics consistence with the metapopulation model. The C. rubrocapilla species showed no division between the regions of east and west transition due to the combination of the highest migration rates and lower effective population size (than L. nattereri). The spatial organization of this species, in the transition region, agreed with the model populations in patches with higher rates of migration between subpopulations, forming a single genetic group. The differences in the population structure of these birds must be due to their ecological characteristics, such as greater association with understory environment in the case of M. pyrocephalus (particularly during their juvenile stage). Another case is the insectivorous diet and lower body mass of L. nattereri and also the habitat generalist and higher body mass characteristics of the C. rubrocapilla. All these factors relate to vagility and indirectly to the dispersion ability of the bird. The characteristics shown by the first two species are linked to a lower vagility, which can lead to population structure. The features displayed in the latter are common in vagile species, which can direct to an absence of genetic structure, depending on the effective population size. In the case of C. rubrocapilla, the subdivision of the population did not occurred, due to the combination of a slightly higher migration rate with a smaller effective population size. In Pipra fasciicauda, to be held the first estimates of genetic variability, it was found that their populations were highly differentiated and therefore should be assessed using other analysis tools, which allowed investigate the level of difference of these populations. Thus, the reconstruction of specimens’ evolutionary relationships by the methods of maximum likelihood and Bayesian analysis indicated the existence of two markedly distinct lineages. One of them (S-O lineage) was found in the ecotone region, (in the western state of Mato Grosso and southeastern state of Rondônia), in the Cerrado region (southern Mato Grosso) and in Pantanal region (southwestern Mato Grosso). The other one (N-L lineage) was detected in the ecotone region (in northeastern Mato Grosso), in the Cerrado region (northwestern state of Tocantins) and in the Amazon region (state of Pará). These lineages must correspond to P. f. calamae (S-O lineage) and P. f. scarlatina (N-L lineage) and possibly their sorting occurred during the Pleistocene period. The historical demographic analysis showed signs of population expansion for the S-O lineage, and the haplotype network suggested that this lineage experienced lineage experienced expansion of its distribution and it reached the area of occurrence of the N-L lineage. Finally, it was also evaluated the role of the middle Araguaia river in the genetic structure of the N-L lineage subpopulations. The lack of genetic structure and haplotype sharing among subpopulations from opposite banks of the middle Araguaia river, suggests a low potential of this river to promote population divergence for this species. The presence of islands along the river should increase its permeability for individuals of P. fasciicauda that may use them as stepping stones to move between the banks.

Orientador: Gisele Zoccal Mingoti / Resumo: As vesículas lipídicas unilamelares gigantes (GUVs) são consideradas ótimas ferramentas em sistemas de estudos que mimetizam membranas biológicas, devido à sua composição fosfolipídica e sensibilidade ao estresse oxidativo, além de possuírem capacidade de encapsular macromoléculas. Este foi o primeiro estudo a utilizar vesículas unilamelares gigantes como carreadoras de antioxidante (cisteina) em sistema de produção in vitro de embriões (PIVE). Sua utilização aliada ao sistema de cultivo é interessante, pois acredita-se poder ocorrer liberação do antioxidante de acordo com a demanda do sistema de PIVE. O objetivo desse estudo foi avaliar o comportamento das GUVs co-cultivadas in vitro com embriões bovinos, definir o método de indução ao estresse oxidativo e sua efetividade ao encapsular e carrear antioxidantes sob condições de estresse oxidativo. Foram testados indutores de estresse oxidativo [menadiona (MD) e peróxido de hidrogênio (H2O2)] nas GUVs, sendo o H2O2 em altas concentrações eficaz em induzir o estresse oxidativo através da alteração do diâmetro [Controle (18,96 μm) vs. H2O2 0,1 mM (17,71 μm), H2O2 0,5 mM (17,32 μm) e H2O2 1,0 mM (16,63 μm)]. Houve redução na taxa de desenvolvimento embrionário (P<0,05) dos grupos co-cultivados com GUVs e submetidos ao estresse oxidativo pela MD [Controle (26,70%) GUV (25,18%) vs. GUV+MD 5,0 μM (6,95%) e GUV+MD 7,5 μM (0,95%)]. As maiores concentrações intracelulares de ROS em embriões bovinos (P<0,05), foi no grupo GUV+MD 5,0 μM (... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Giant unilamellar lipid vesicles (GUVs) are considered to be great tools in study systems that mimic biological membranes due to their phospholipid composition and sensitivity to oxidative stress, as well as their ability to encapsulate macromolecules. This was the first study to use giant unilamellar vesicles as antioxidant (cysteine) carriers in an in vitro embryo production system (PIVE). Its use combined with the cultivation system would be interesting because it is believed that antioxidant release could occur according to the demand of the PIVE system. The aim of this study was to evaluate the behavior of GUVs co-cultured in vitro with bovine embryos, to standardize the oxidative stress induction method and its effectiveness to encapsulate and carry antioxidants under oxidative stress conditions. Oxidative stress inducers [meanadione (MD) and hydrogen peroxide (H2O2)] were tested in GUVs, and H2O2 at high concentrations was effective in inducing oxidative stress by changing the diameter [Control (18.96 μm) vs. 0.1 mM H2O2 (17.71 μm), 0.5 mM H2O2 (17.32 μm) and 1.0 mM H2O2 (16.63 μm)]. Embryonic development rate (P <0.05) was reduced in groups co-cultivated with GUVs and submitted to oxidative stress by DM [Control (26.70%) GUV (25.18%) vs. GUV + MD 5.0 μM (6.95%) and GUV + MD 7.5 μM (0.95%)]. The highest intracellular ROS concentrations in bovine embryos (P <0.05) were in the GUV + MD 5.0 μM group (16.28) vs. Control (3.76) and GUV (3.99 ± 0.33). By co-cultivating GUVs ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Luciane Alarcão Dias-Melicio / Resumo: A paracoccidioidomicose é uma micose granulomatosa sistêmica, prevalente na América Latina, e que até recentemente acreditava-se ser causada apenas por uma espécie de fungo, o Paracoccidioides brasiliensis (P. brasiliensis). No entanto, em 2006, pesquisadores descreveram três espécies crípticas: S1, PS2, PS3 e, posteriormente o PS4. Em 2009, o Paracoccidioides lutzii (Pb01-like) foi descrito, e ano passado, em 2017, uma nova nomenclatura foi proposta para esses agentes etiológicos distintos: P. brasiliensis (S1), P. Americana (PS2), P. restrepiensis (PS3) e P. venezuelensis (PS4). Todos esses agentes são fungos termodimórficos que crescem como levedura in vivo, no hospedeiro, em tecidos ou em culturas in vitro a 37°C e como micélio à temperatura ambiente (4 a 28°C). As espécies não são uniformemente distribuídas pela América Latina, sendo algumas mais proeminentes em algumas regiões do que em outras. O Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu é polo de estudo da paracoccidioidomicose e situado na região centro-oeste do estado de São Paulo, considerada uma área endêmica. Devido à existência de espécies crípticas de Paracoccidioides, análises mais detalhadas nas amostras de pacientes tornaram-se necessárias para uma melhor compreensão de distribuição e ocorrência das espécies recentemente descritas nessa região, favorecendo uma possível correlação entre os grupos genéticos e características micológicas e clínicas. Os objetivos foram obtenção de dados epidemiol... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Paracoccidioidomycosis is a chronic granulomatous mycosis prevalent in Latin America, that until recently it was believed to be caused only by Paracoccidioides brasiliensis (P. brasiliensis). However, in 2006, researchers described cryptic species: S1, PS2, PS3, and PS4. In 2009, Paracoccidioides lutzii (Pb01-like) was described, and now, a new nomenclature was proposed for the other different agents: P. brasiliensis (S1), P. Americana (PS2), P. restrepiensis (PS3), and P. venezuelensis (PS4). All these agents are thermodimorphic fungi that develop as yeast in vivo, in host tissues or in vitro cultures at 37°C in culture media. It also grows as mycelium at room temperature ranging from 4 to 28°C. These species are not uniformly distributed throughout Latin America, some are more prominent in some regions than in others. The Hospital of Medical School of Botucatu - UNESP, which is a paracoccidioidomycosis study pole, is in São Paulo state midwest region, that is classified as an endemic area. Due to the existence of cryptic species of Paracoccidioides, further analyses of patient samples are needed for a better understanding the distribution and occurrence of these recently described species in Botucatu region, that could favor a possible correlation between genetic groups and mycological and clinical characteristics. Given the importance of this disease to the region, the aims of this study were to perform a retrospective epidemiological, geographical and clinical study gathe... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Marcelo Ferrarezi de Andrade / Resumo: Essa pesquisa avaliou o efeito da Terapia Fotodinâmica (PDT) sobre diferentes protocolos de cimentação de pinos de fibra de vidro com cimentos resinosos convencionais ou autoadesivos, assim como os cimentos ionoméricos, através da resistência de união e penetrabilidade dentinária por meio de ensaio mecânico “push-out”, análise do padrão de fratura e microscopia confocal à laser. Foram utilizados dentes humanos, com raízes padronizadas em 15mm e tratados endodonticamente com o sistema ProTaper (Dentsply, Ballaigues, SW), irrigados com hipoclorito de sódio a 2,5% e obturados pela técnica do cone único com cimento endodôntico contendo resina epóxi (AH Plus; Dentsply DeTrey GmbH, Konstanz, Germany). Após armazenamento em estufa com umidade a 37ºC por 7 dias, foi preparado o espaço e instalado o pino de fibra de vidro com o sistema White Post DC 2 (FGM, Joinville, SC, BR). De forma aleatória, as raízes foram divididas em 6 grupos (n=10) de acordo com o sistema de cimentação e a utilização da PDT. Os grupos que fazem parte da utilização da PDT tiveram seu canal radicular irrigado com soro fisiológico, seco, preenchido com fotossensibilizador (azul de metileno), permaneceu em repouso por 5 minutos e irradiado por uma fibra ótica adaptada em fonte de emissão, então foi removido o corante e seguido o protocolo de cimentação do pino conforme o fabricante recomenda tanto para o tratamento do pino, quanto para o tratamento da dentina radicular e manipulação do cimento. Nessa etapa foi a... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to evaluate the effects of photodynamic therapy (PDT) on the glass-fiber post cementation protocols using conventional or self-adhesive resin cements and a glass ionomer cement (GIC) on the bond strength and dentinal penetrability. The specimens were submitted to the push-out test, failure mode and laser confocal microscopy evaluation. Human canine roots standardized in 15mm were endodontically-treated using ProTaper (Dentsply, Ballaigues, SW) system, irrigated with 2.5% sodium hypochlorite and obturated with single cone technique and epoxi-based sealer (AH Plus; Dentsply DeTrey GmbH, Konstanz, Germany). The specimens were stored under 100% relative humidity, at 37oC for 7 days. Afterwards, the intracanal prosthetic space was prepared and the glass-fiber post (White Post DC 2, FGM, Joinville, SC, BR) was placed. The roots were randomly divided into 6 groups (n = 10) according to the cementation system and PDT use. The groups that used PDT were irrigated with saline, dried, filled with photosensitizer (methylene blue), left untouched for 5min and irradiated using a laser emission source. The pigment was removed, the post cementation protocol was handled according to the manufacturer´s recommendations. Rhodamine B was added in the cementation system to facilitate the evaluation of confocal laser microscopy. The roots were vertically placed inside plastic matrices and filled with polyester resin. After 24h, the set was sectioned in 3 slices according t... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:03:25Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O sistema imune inato é a primeira linha de defesa contra infecções. A erradicação de microorganismos invasores pelos neutrófilos, monócitos e macrófagos depende em grande parte da capacidade fagocítica e posterior geração de espécies reativas de oxigênio (EROs), assim como produção de óxido nítrico (NO). Neste trabalho avaliouse a produção de EROs e NO em monócitos e neutrófilos do sangue periférico, em um mesmo indivíduo durante o tratamento da sepse. Casuística e métodos: Foi coletado sangue em heparina sódica de 50 pacientes sépticos nos dias zero (D0), até 48h após o evento sepse. Foi realizada uma segunda coleta em 30 destes pacientes sete dias (D7) após a primeira. A produção de EROs e de NO foi mensurada por citometria de fluxo, utilizando-se como substrato DCFH-DA e DAF-FM-DA, respectivamente. Os dados foram adquiridos e analisados no programa CellQuest. Nos ensaios foi observada a produção espontânea e após os estímulos com S. aureus e P. aeruginosa. Resultados: A produção de EROs no dia 0 em monócitos e neutrófilos foi maior nos pacientes sépticos comparado aos controles sadios nas três situações avaliadas: sem estímulo, estimulado com P.aeruginosa e S. aureus. A produção EROs em monócitos e neutrófilos no DO não apresentou correlação com idade, gênero e os escores APACHE II e SOFA. Não houve diferença na produção de EROs e NO entre pacientes com sepse grave e choque séptico. Também não houve diferença na produção de EROs entre pacientes que sobreviveram e que evoluíram para óbito no D0. Os monócitos dos pacientes apresentaram diminuição da produção de EROs no dia 7 em relação ao dia 0 em todas as situações analisadas, enquanto essa diminuição nos neutrófilos ocorreu somente na situação estimulada com S. aureus. Nas coletas de seguimento em relação ao desfecho clínico dos pacientes na alta hospitalar (mortalidade ou sobrevida), os monócitos dos pacientes que sobreviveram apresentaram diminuição da produção de EROs no dia 7 em relação ao dia 0 em todas as situações avaliadas. Nos neutrófilos essa diminuição ocorreu nas situações estimuladas com P. aeruginosa e S. aureus. A produção de NO em monócitos no dia 0 foi maior nos pacientes sépticos comparado aos controles sadios nas três situações avaliadas: sem estímulo, estimulado com P. aeruginosa e S.aureus enquanto que nos neutrófilos isso ocorreu somente na situação sem estímulo. A produção de No em monócitos e neutrófilos no DO não apresentou correlação com idade, gênero e os scores APACHE II e SOFA. Não houve diferença na produção de NO entre pacientes com sepse grave e choque séptico. Também não houve diferença na produção de NO entre pacientes que sobreviveram e que evoluíram para óbito no D0. A produção de NO nos monócitos mostrou-se aumentada no D0 comparado ao D7 na situação sem estímulo. Nos neutrófilos isso ocorreu nas condições sem estímulo e estimulado com S. aureus. Nas coletas de seguimento em relação ao desfecho clínico dos pacientes na alta hospitalar (mortalidade ou sobrevida), os monócitos e neutrófilos dos pacientes que sobreviveram apresentaram uma diminuição de NO no dia 7 em relação ao dia 0 nas situações sem estímulo e estimulado com S. aureus. Conclusão: O aumento da produção de EROs e NO no início da sepse contribui para uma resposta eficaz do hospedeiro para erradicação do patógeno do organismo, mas a persistência exacerbada desses mediadores pode ter impacto negativo na sobrevida do paciente com sepse. / The innate immune system is the first line of defense against infections. The eradication of invading microorganisms by neutrophils, monocytes and macrophages depends largely on the phagocytic ability and subsequent generation of reactive oxygen species (ROS) and nitric oxide (NO). This study evaluates the production of ROS and NO by monocytes and peripheral blood mononuclear cells, during the treatment of sepsis. Blood samples from 50 septic patients, in which the event of sepsis was diagnosed until 48 hours, was collected as day zero (D0) and a second sample from 30 of these patients was collected seven days (D7) after the defining event of sepsis. The production of ROS and NO was measured by flow cytometry, using DCFH-DA and DAF-FMDA as substrates, respectively. Data were acquired and analyzed using CellQuest software. Spontaneous production of ROS as well ROS generation after stimulation with S. aureus and P. aeruginosa was observed. The production of ROS by monocytes and neutrophils on D0 was higher in septic patients when compared to the healthy controls in three situations: without stimulation, stimulated with P. aeruginosa and stimulated with S. aureus. This production was not correlated with age, gender, APACHE II and SOFA scores. There were no differences in ROS and NO production among patients with severe sepsis and septic shock. Also, there were no differences in ROS production between survivors and patients who died. Comparative production of ROS on D7 in relation to D0 demonstrated a decrease in the ROS production by monocytes of septic patients, in the three conditions evaluated. When the same analysis was run to neutrophils, a decrease in ROS production was observed in D7 when cells were stimulated with S. aureus. Monocytes of patients who survived showed a decrease in ROS production on D7 compared to D0 in all situations evaluated. This decrease occurred in neutrophils stimulated with P. aeruginosa and S. aureus. NO production in monocytes on D0 was higher in septic patients compared to the healthy controls in three situations evaluated: without stimulation, stimulated with P. aeruginosa and S. aureus. A decrease in NO production in neutrophils occurred only when cells were not stimulated. NO production in monocytes and neutrophils in the DO did not correlate with age, gender, APACHE II and SOFA. There was no difference in NO production among patients with severe sepsis and septic shock. There was also no difference in NO production among patients who survived and who died on D0. The production of NO on D7 increased significantly when compared to D0 in monocytes without stimulation. In neutrophils this increase in the production occurred in the conditions without stimulation and when cells were stimulated with S. aureus. A decrease of NO production in D7 in relation to D0 by monocytes and neutrophils without stimulation and stimulated with S. aureus was observed in those patients who survived when compared to those who died. The increased production of ROS and NO in early sepsis may be contributing to an effective response of the host in an attempt to eradicate the pathogen, however the persistence of these mediators may contribute to exacerbate the negative impact on survival of patients with sepsis. / FAPESP: 2006/ 58744-1 / BV UNIFESP: Teses e dissertações

A interação espontânea entre pirita e íons mercúrio foi acompanhada por meio de voltametria cíclica. Eletrodos de carbono grafite e parafina sólida recobertos com grãos de pirita foram mergulhados em soluções contendo íons mercúrio, retirados, lavados e introduzidos na solução de trabalho (solução tampão de ácido acético 0,25M e acetato de sódio 0,25M). Eletrodos que previamente estiveram imersos na solução contendo íons Hg(II) apresentaram um potencial de circuito aberto maior que o potencial típico da pirita na mesma solução. Com o elevado número de novos processos eletroquímicos detectados verifica-se a complexidade do sistema pirita/íons Hg(II) e que mais de uma espécie de mercúrio se deposita espontaneamente sobre o mineral. A possibilidade de formação de sulfeto de mercúrio sobre a pirita foi investigada construindo eletrodos com duas espécies de sulfeto (HgS(preto) e HgS(vermelho)). A resposta eletroquímica do HgS(preto) apresenta processos catódicos e anódicos semelhantes aos processos observados no voltamograma da pirita, após sua interação com íons Hg(II). Entretanto, o perfil eletroquímico do HgS(vermelho) não apresenta qualquer semelhança com voltamograma do sistema pirita/íons Hg(II). Realizou-se estudos para verificar a influência de variáveis químicas (concentração e pH) e físicas (tempo, temperatura e transporte de massa). Observou-se que o transporte de massa acelera o processo de adsorção de espécies de mercúrio sobre a pirita e determinou-se a melhor condição experimental de retirada de íons mercúrio. / The spontaneous interaction between pyrite and mercury ions was studied employing cyclic voltammetry. The electrodes, consisting of solid paraffin and graphite covered by pyrite particles, were immersed in solutions containing mercury ions. After mineral/mercury ions interaction, the electrode was washed and introduced in the working solution (acetic acid 0,25M and acetate of sodium 0,25M). Eletrodes which were immersed in the solution containing mercury ions, presented a open circuit potential more positive than that of the pyrite in the same solution. The high number of new electrochemical processes detected denotes the complexity of the system pyrite/mercury ions and indicates that several species of mercury may deposit spontaneously on the mineral surface. The possibility of formation of mercury sulfide on the pyrite was investigated employing electrodes constructed with HgS(Black) and HgS(red). The electrochemical response of HgS(black) presents cathodic and anodic processes similar to that observed in the voltammogram of pyrite, after interaction with mercury ions. The potentiodynamic profile of HgS(red) it does not present any similarity with the voltammogram of the system pyrite/mercury ions. Studies were carried out to verify the influence of chemical (concentration and pH) and physical variables (time, temperature and mass transport). It was observed that the mass transport accelerates the adsorption process of mercury species on the pyrite surface and the optimal experimental condition for scavenging mercury ions was determined.