Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-06-13T16:49:11Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2589446 bytes, checksum: 488587dd7434b0b05eec49788b376b0b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-13T16:49:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2589446 bytes, checksum: 488587dd7434b0b05eec49788b376b0b (MD5) Previous issue date: 2010-02-18 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Entre os fatores abióticos que limitam a produtividade das plantas destaca-se a disponibilidade hídrica do solo. Compreender os mecanismos como plantas respondem ao estresse hídrico é crucial para prever os impactos das alterações climáticas sobre a produtividade das culturas e dos ecossistemas. O presente trabalho teve por objetivo identificar proteínas cuja alteração de sua expressão esteja associada à maior tolerância a seca em soja e que permita fornecer evidencias sobre mecanismos moleculares e fisiológicos envolvidos na resposta ao deficit hídrico em soja, caracterizando fisiologicamente os genótipos contrastantes. As plantas foram avaliadas em condições de plena irrigação (controle) e sob deficit hídrico imposto pela suspensão da irrigação até que as plantas atingissem um potencial hídrico na antemanhã (ψ am ) de -1,0 MPa (moderado) e -1,5MPa (severo). As plantas do cultivar BRS 16 (sensível à seca) alcançaram o ψ am com uma média de atraso de dois dias para ambos os níveis de deficit em relação ao cultivar Embrapa 48 (tolerante à seca). Estes resultados são consistentes com uma melhor economia hídrica no cultivar tolerante. As análises de trocas gasosas e fluorescência da clorofila a mostraram que estes cultivares exibem mecanismos diferenciais em resposta às condições de deficit hídrico. Sob estresse moderado, a fotossíntese (A) foi maior no cultivar tolerante, embora não fosse detectada diferença em condutância estomática (gs) e na razão Ci/Ca entre os cultivares. A redução proporcional da transpiração (E) sob estresse hídrico progressivo sempre foi menor no cultivar tolerante, contribuindo para que o mesmo tenha tido sempre um maior nível de eficiência do uso da água. Na ausência de estresse e sob deficit hídrico moderado, houve um paralelismo entre a redução da A e a ETR, mostrando sempre o cultivar tolerante as maiores taxas. Quando sob condições de deficit hídrico, ambos os cultivares apresentaram um aumento na fração de luz absorvida que não é dissipada termicamente e nem utilizada na fase fotoquímica do FSII (P E ). Analisando a fração de luz absorvida que é dissipada termicamente (D), o cultivar tolerante Embrapa 48 apresentou menores valores de D, quando comparados ao cultivar sensível BRS 16, tanto em condições irrigadas, quanto sob deficit. Entretanto este aparente excesso de energia não foi traduzido em dano oxidativo, sugerindo que os mecanismos antioxidativos teriam uma maior atividade frente a maior geração de espécies reativas de oxigênio no cultivar sensível. As proteínas diferencialmente expressas de folhas de soja foram analisadas através de géis bidimensionais associados a identificação por espectrometria de massas (MALDI-TOF-TOF). Os dados da análise proteômica diferencial dos cultivares contrastantes revelam que existe uma modulação na expressão de proteínas com destaque para proteínas do metabolismo, como as de síntese de aminoácidos e fotossintéticas, as quais mostraram-se mais abundantes no cultivar tolerante tanto na condição irrigada como sob deficits, sendo que sob estresse severo houve uma redução na expressão de proteínas Fe-SOD relacionadas ao estresse oxidativo, o que confirma os dados de maior atividade enzimática desta enzima no cultivar sensível, nestas condições. O estudo do proteoma diferencial no cultivar tolerante apresentou somente duas proteínas com possíveis funções na sinalização da resposta ao estresse hídrico. Uma delas é a anexina 1, expressa em maiores níveis sob estresse moderado. A outra proteína de sinalização induzida no cultivar Embrapa 48 sob estresse hídrico é uma proteína da classe do fator transcricional MYB R2R3. Este trabalho ilustra o valor do uso combinado de estudos fisiológicos associados à análise do proteoma diferencial. Melhor encadeamento de evidencias é obtido, e uma seleção mais clara de mecanismos de tolerância potenciais pode ser realizada, apesar do limitado numero de proteínas de função conhecidas identificadas como diferencialmente expressas. / Among the abiotic factors that limit plant productivity stands out the soil water availability. Understanding the mechanisms how plants respond to drought stress is crucial for predicting the impacts of climate change on crop productivity and ecosystem. This study aimed to identify proteins whose change in expression is associated with greater tolerance to drought in soybean and that can provide evidence about physiological and molecular mechanisms involved in the response to water deficit in soybean, characterizing physiologically contrasting genotypes. The plants were evaluated under full irrigation (control) and under water deficit imposed by suspending irrigation until the plants reached a water potential at predawn (ψ am ) of -1.0 MPa (moderate) and -1.5 MPa (severe ). Plants of the cultivar BRS 16 (sensitive to drought) ψ am reached with an average delay of two days for both levels of deficit in relation to cultivar Embrapa 48 (drought tolerant). These results are consistent with improved water economy in the tolerant cultivar. The analysis of gas exchange and chlorophyll fluorescence showed that these cultivars exhibit differential mechanisms in response to water deficits. Under moderate stress, photosynthesis (A) was higher in tolerant cultivar, though not detect any difference in stomatal conductance (g s ) and Ci/Ca between the cultivars. The proportional reduction in transpiration (E) under progressive water stress was always lower in the tolerant cultivar, contributing to it has always had a higher level of efficiency of water use. In the absence of stress and under moderate water deficit, there was a parallelism between the reduction of A and ETR, always showing the highest rates tolerant cultivar. When under water deficits, both cultivars showed an increase in the fraction of light absorbed that heat is not dissipated and not used in phase photochemistry of PSII (PE). Looking at the fraction of light absorbed that is dissipated thermally (D), the tolerant cultivar had lower values of D, when compared to the sensitive cultivar, both in irrigated conditions, and under deficit. However, this apparent excess energy has not been translated into oxidative damage, suggesting that the mechanisms would have a higher antioxidant activity against higher generation of reactive oxygen species in sensitive genotype. The proteins differentially expressed in soybean leaves were analyzed by two-dimensional gels associated with identification by mass spectrometry (MALDI-TOF-TOF). Data from the differential proteomic analysis of contrasting cultivars show that there is a modulation in the expression of proteins with emphasis on protein metabolism, such as amino acid synthesis and photosynthesis, which were more abundant in both the tolerant cultivar under irrigated condition as deficits, and under severe stress there was a reduction in the expression of Fe-SOD proteins related to oxidative stress, which confirms the data of higher enzyme activity of this enzyme in sensitive genotype under these conditions. The study of proteome differential tolerant cultivar showed only two proteins with potential roles in signaling in response to water stress. One is annexin 1, expressed at higher levels under moderate stress. The other signaling protein induced in Embrapa 48 under water stress protein is a class of R2R3 MYB transcription factor. This work illustrates the value of combined use of physiological studies related to analysis of proteome differential. Best chain of evidence is obtained, and a lighter selection of potential mechanisms of tolerance can be achieved despite the limited number of proteins of known function identified as differentially expressed. / Dissertação antiga

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-09-08T16:01:47Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 488702 bytes, checksum: 1e1829e1af662851d27c919c54798d3c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-08T16:01:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 488702 bytes, checksum: 1e1829e1af662851d27c919c54798d3c (MD5) Previous issue date: 2015-09-18 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Para se determinar a quantidade de lignina em materiais lignocelulósicos é necessário o seu isolamento através do método Klason. Este consiste basicamente em solubilizar os carboidratos presentes na amostra em ácido sulfúrico concentrado, restando como precipitado a lignina insolúvel em ácido. Porém, em 1971, Goldshimid relatou a necessidade de analisar o hidrolisado, através de espectroscopia no Ultravioleta (UV), pois neste haveria fragmentos de lignina, conhecida como lignina solúvel em ácido. Além da lignina, alguns compostos derivados de carboidratos degradados absorvem no UV e no mesmo comprimento de onda desta, o que pode gerar erros na metodologia. Portanto, com o avanço dos métodos analíticos, este estudo foi realizado para caracterizar amostras de hidrolisados de materiais lignocelulósicos quanto à constituição química de componentes que absorvem no UV e até mesmo confirmar a existência da própria lignina. Para isto, utilizou-se a pirólise acoplada à cromatografia gasosa e espectrometria de massas (Pi-CG/EM). Foram realizadas análises de Pi-CG/EM dos hidrolisados Klason de serragem livre de extrativos de híbridos de Eucalyptus grandis x urophylla e Pinus taeda e dos hidrolisados de polpas celulósicas livre de extrativos derivadas da polpação kraft e pré-hidrolise kraft de híbridos de Eucalyptus grandis x urophylla e Pinus taeda. Na análise dos pirogramas dos hidrolisados da serragem das duas madeiras, comprovou-se a presença de lignina devido aos picos referentes aos monômeros fenólicos derivados da lignina. Com relação à análise dos pirogramas dos hidrolisados das polpas celulósicas, foram encontrados picos que também comprovam a presença da lignina, porém, os compostos que possuíam maior relação percentual eram os relativos aos compostos furfural e hidroximetilfurfural. Estes absorvem no mesmo comprimento de onda da lignina, gerando erros na leitura da análise de lignina solúvel. Neste estudo ficou evidente que a análise da composição de lignina de serragens livres de extrativos deve ser acompanhada de uma leitura da absorção no UV dos hidrolisados, já que no hidrolisado haverá uma parte da lignina. Para as amostras de polpa celulósica, independentemente do processo e da matéria-prima, o percentual de compostos que interferem na análise de UV é bastante elevado, o que gera erros no teor de lignina presente nessas amostras. / To determine the amount of lignin in lignocellulosic materials is required isolation by Klason method. This method consists in to solubilize the carbohydrate present in the sample in concentrated sulfuric acid to precipitate remaining lignin insoluble in acid. However, in 1971, it reported Goldshimid the need of analyzing the hydrolyzate by means of spectroscopy Ultraviolet (UV), since this would lignin fragments, known as acid soluble lignin, in addition to degraded carbohydrates. In addition lignin, some derivatives of these compounds degraded carbohydrates absorb light in the same wavelength, which can cause errors in the methodology. Therefore, with the advance of analytical methods, this study was performed to characterize samples from lignocellulosic material and the formation of chemical components that absorb in the UV and even confirm the existence of the lignin in the hydrolyzate. For this, we used the pyrolysis and gas chromatography coupled to mass spectrometry (Py-GC / MS). Were conducted Pi-CG analysis / MS of hydrolyzed Klason of extractive free sawing of hybrid Eucalyptus grandis x urophylla e Pinus taeda and hydrolyzed free pulps extractives derived from the kraft pulping and pre-hydrolysis kraft of hybrid Eucalyptus grandis x urophylla e Pinus taeda. In the analysis of the pyrograms hydrolysates of both wood sawdust, it proved the presence of the peaks due to lignin derivatives related to the phenolic lignin monomer. Regarding the analysis of pyrograms the hydrolysates of pulps were found satisfactory peaks which show the presence of lignin, however, compounds that had greater percentage ratio were related to furfural and hydroxymethylfurfural compounds. These absorb the same wavelength of lignin, causing errors in the reading of lignin analysis. In this study it became evident that the analysis of the extractive free sawdust lignin composition must be accompanied by an absorption in the UV reading of hydrolysates, as in the hydrolyzate will be a part of the lignin. For pulp samples, regardless of the process and the raw material, the percentage of compounds that interfere with the UV analysis is quite high, which causes errors in the lignin content in such samples.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-10-05T13:02:02Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3228996 bytes, checksum: 780644153c363d1add4ea91f8694ce39 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-05T13:02:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3228996 bytes, checksum: 780644153c363d1add4ea91f8694ce39 (MD5) Previous issue date: 2003-03-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / As doenças infecciosas estão entre as principais causas de morte da população humana. Esse fato é causado, em grande parte, pelo surgimento de microrganismos multi-resistentes aos antibióticos. Portanto, apesar da disponibilidade de um grande número de antibióticos de última geração, torna-se ainda fundamental buscar compostos que possam atuar como novas drogas a serem utilizadas no combate as doenças infecciosas. Em plantas, a atividade antimicrobiana pode ser demonstrada por vários tipos de moléculas, como as proteínas relacionadas com a patogenicidade, os componentes orgânicos das plantas, as famílias de peptídeos antimicrobianos e as espécies ativas de oxigênio e nitrogênio. Atualmente, peptídeos antimicrobianos de origem vegetal estão sendo utilizados como modelos para o desenho de novas drogas com aplicação nas áreas agrícolas e de saúde. Deste modo, nosso trabalho objetivou a determinação da metodologia mais eficaz para a purificação dos peptídeos catiônicos, presentes em sementes maduras de soja, com atividade antimicrobiana ou outras, e a caracterização bioquímica destes peptídeos visando à obtenção de informações de importância para a elucidação de suas funções biológicas. Os peptídeos de semente madura de soja foram extraídos, na proporção de 1:5 (gramas semente : mL tampão), em tampão fosfato de sódio 25 mM, pH 7,4, contendo KCl 100 mM, EDTA 2 mM, PVP 1,5% (p/v), tiouréia 2 mM, PMSF 1 mM e benzamidina 1 mM por homogeneização do extrato durante 2 h a 4 °C, em banho de gelo. O extrato obtido foi centrifugado a 20.300 x g a 4 °C e o sobrenadante obtido após o final da extração foi fracionado com sulfato de amônio sólido 35% sat. e centrifugado sob as mesmas condições. O sobrenadante foi aquecido a 80°C por 15 min e novamente centrifugado sob as mesmas condições. Após a diálise do extrato em membrana de exclusão de 1.000 Da, foram realizadas as cromatografias de troca aniônica, em coluna DEAE- Sepharose equilibrada com tampão Tris-HCl 50 mM, pH 8,0; a de exclusão molecular, em coluna Superdex Peptide equilibrada com tampão Tris-HCl 50 mM, pH 8,0, contendo 150 mM de NaCl; e a de fase reversa, em coluna C 18 equilibrada com acetonitrila 80% e TFA 0,1%, para obtenção dos peptídeos catiônicos purificados. A análise em espectrômetro de massa das frações eluídas do HPLC indicou a presença de compostos de massas moleculares menores do que 500 Da, 678,61 Da e 700,60 Da, a presença de peptídeos com massas moleculares de 5.809,11 Da, 8.526,97 Da e 14.113,18 Da. A seqüência de aminoácidos do peptídeo de 5.809,11 Da foi determinada e mostrou alta homologia com as cadeias B da pró-insulina humana e de vários outros organismos, da insulina bovina e da insulina de feijão-de-porco (Canavalia ensiformes). Os compostos presentes em dois pools eluídos da cromatografia de exclusão molecular, pool 2 e pool 3, inibiram o crescimento da bactéria Gram-negativa Ralstonia solanacearum, enquanto que, para a bactéria Gram-positiva Clavibacter michiganensis, somente o pool 3 exerceu alguma ação, mas com a inibição do crescimento muito menor do que a obtida para a Ralstonia solanacearum. Assim, estes compostos apresentam potencial antimicrobiano a ser explorado na indústria agrícola. / The infectious diseases are among the main causes of death of the human population. That fact occurs, mainly, for the appearance of multi-resistant microrganisms to the antibiotics. Therefore, in spite of the readiness of a great number of antibiotics of last generation, it becomes still important to look to substances new that can act as new drugs it be used in the combat the infectious diseases. In plants, the antimicrobial activity can be demonstrated by several types of molecules, as the proteins related with the patogenicity, the organic components from the plants, the families of antimicrobial peptides and the active species of oxygen and nitrogen. Now, antimicrobial peptides of vegetable origin are being used as models for the drawing of new drugs with application in the agricultural areas and health. In this way, our work objectified the determination of the most effective methodology for the purification of the cationic peptides, presents in mature seeds of soybean, with antimicrobial activity or other, and the biochemical characterization of these peptides seeking to the obtaining importance information for the elucidation of its biological functions. The peptides of mature seed of soybean was extracted, in the proportion of 1:5 (grams seed: mL), in 25 mM buffer phosphate, pH 7.4, with 100 mM KCl, 2 mM EDTA, 1.5% (p/v) PVP, 2 mM thioureia, 1 mM PMSF and 1 mM benzamidine for stirring of the extract during 2 h at 4 °C and centrifuged (20,300 x g, 4 °C). As the first steps of purification, proteins were recovered from a 35% sat. ammonium sulfate precipitation (2h, 4 o C) after centrifugation, incubated at 80 o C for 15min and centrifuged again. After the dialysis of the extract in membrane of 1,000 Da, they were accomplished the chromatography of anion exchangers, in DEAE-Sepharose column equilibrated in 50 mM Tris-HCl, pH 8.0; the one of gel filtration, in Superdex Peptide column equilibrated in 50 mM Tris-HCl, pH 8.0, with 150 mM of NaCl; and the one RP- HPLC, in C18 column equilibrated with acetonitrile 80% and TFA 0,1%, for obtaining of the cationic peptides purified. The analysis in mass spectrometer of the fractions eluted from HPLC indicated the presence of composed of smaller molecular mass than 500 Da, 678.61 Da and 700.60 Da, the peptides presence with molecular mass of 5,809.11 Da, 8,526.97 Da and 14,113.18 Da. The sequence of amino acids of the peptide of 5,809.11 Da was determined and it showed high homology with the chain B of the human pro-insulin and of several other organisms, of the bovine insulin and of jack bean insulin (Canavalia ensiformes). The present compositions in two pools eluted of the chromatography of molecular exclusion, pool 2 and pool 3, inhibited the growth of the bacteria Gram-negative Ralstonia solanacearum, while, for the bacteria Gram-positive Clavibacter michiganensis, only the pool 3 exercised some action, but with the inhibition smaller growth than obtained it for the Ralstonia solanacearum. Thus, these matters own antimicrobial potential to be explored in the agricultural industry. / Dissertação importada do Alexandria

Made available in DSpace on 2012-09-06T01:11:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 1023.pdf: 3877291 bytes, checksum: 2253966b7b6ea5abc545b74056922a00 (MD5) Previous issue date: 2008 / O Brasil é o 4º consumidor mundial de agrotóxicos, e o maior da América Latina. Estima-se que dois terços do total de agrotóxicos existentes sejam utilizados na agricultura. A poluição do ambiente por estes produtos é uma das maiores preocupações ambientais e de Saúde Pública. Os efeitos da exposição a agrotóxicos não atingem apenas os trabalhadores rurais, mas a população como um todo, pois estes produtos se dispersam pelo ar e são carreados através do solo representando um risco para a qualidade da água em regiões próximas a áreas agrícolas. O município de Paty do Alferes RJ possui uma tradição agrícola de mais de 200 anos com destaque para a cultura do tomate, que é uma das mais intensivas na utilização de agrotóxicos. A Portaria nº. 518 do Ministério da Saúde, define diretrizes para o controle da qualidade da água potável, entretanto, apresenta limitações, pois contempla apenas 24 agrotóxicos, não define valores máximos permitidos (VMP) para organofosforados e piretróides, e não eselece valores limites para o somatório de agrotóxicos. Devido ao grande número de agrotóxicos utilizados na agricultura, as análises exigem métodos multi-resíduos capazes de detectar concentrações consideradas de alerta para a saúde humana. Acromatoia em fase gasosa (CG) acoplada a espectrometria de massas (EM) permite a análise simultânea de dezenas de compostos a níveis de traços. O objetivo deste trabalho foi a validação de um método multi-resíduos utilizando CG-EM para a avaliação do nível de contaminação por agrotóxicos nas águas de consumo humano, em Paty do Alferes - RJ. As características de desempenho do método investigadas no processo de validação foram: especificidade, linearidade; faixa linear de trabalho, sensibilidade; exatidão, limite de detecção e limite de quantificação. / A validação do método por CG-EM foi realizada para 46 agrotóxicos (quantificáveis e/ou qualificáveis). Coletas de amostras de água e entrevistas com agricultores foram realizadas entre outubro de 2007 a janeiro de 2008. Observou-se que agrotóxicos extremamente tóxicos ainda são muito utilizados na região, os agricultores não recebem orientação especializada quanto ao uso destes produtos, e o descarte de resíduos de agrotóxicos é feito de forma inadequada. Não foi detectada a presença de agrotóxico nas águas analisadas. A partir de dados climáticos locais, se verificou prolongados períodos de seca e ausência de chuva nos dias que antecederam as coletas. O transporte de agrotóxicos através do solo com possíveis perdas para águas superficiais, depende de diversos fatores, sobretudo da ocorrência e volume de precipitações, sugerindo que condições, principalmente climáticas, determinam a ocorrência destes compostos nas águas analisadas. Para aumentar a probabilidade de detectar contaminação por agrotóxicos nos sistemas hídricos, as coletas devem ser feitas no período em que a aplicação de agrotóxicos coincida com épocas de chuva. A diminuição do uso de agrotóxicos e o desenvolvimento de práticas agrícolas sustentáveis devem ser estimulados, pois contribuirá para a manutenção da capacidade produtiva, conservação do ambiente e a minimização dos efeitos negativos desses compostos na saúde humana.

NOGUEIRA, F. C. S. Análise Proteômica da Deposição de Proteínas em Sementes em Desenvolvimento e Suspensões Celulares Embriogênicas de Feijão-de-Corda [Vigna unguiculata (L.) Walp.]. 2007. 115 f. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2007. / Submitted by Francisco Lacerda (lacerda@ufc.br) on 2015-01-20T17:44:07Z No. of bitstreams: 1 2007_dis_fcsnogueira.pdf: 6829018 bytes, checksum: 30255479dbcd955131fd948802974d2e (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa(jairo@ufc.br) on 2015-02-27T19:30:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_dis_fcsnogueira.pdf: 6829018 bytes, checksum: 30255479dbcd955131fd948802974d2e (MD5) / Made available in DSpace on 2015-02-27T19:30:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_dis_fcsnogueira.pdf: 6829018 bytes, checksum: 30255479dbcd955131fd948802974d2e (MD5) Previous issue date: 2007 / Cowpea (Vigna unguiculata) is a leguminous plant highly utilized by low-income earners of Northeastern Brazil. However, proteins found in the crop are highly deficient in sulfur-containing amino acids. In line with this, improvement of nutritional quality of cowpea seeds has been one of the major goals of breeding programs of the crop. A starting point in this respect is a concerted effort to study the basic biochemical and physiological aspects of the development of cowpea seed. Besides determining the protein deposition pattern during the development of zygotic embryos and somatic embryos of the species, we set out to identify genes with specific pattern of expression during the two processes which will be of immense importance in cowpea breeding. Using the technique of two-dimensional electrophoresis (2D-PAGE), we compared the protein deposition pattern of developing cowpea seeds with 10 days after anthesis (DAA) and mature seeds and embryogenic cell suspension (ECS). From each developmental stage and for ECS, we obtained proteomic reference maps that were highly reproducible within the pH of 3-10 and 4-7. Various spots were selected based on quantity or relative volume and rate of expression. About 800 (for seeds development) and 130 (for ECS) proteins spots up- or down-regulated, remained constantly expressed and were specific for each developmental stage. The spots were removed from the 2-D gels, processed, and subjected to mass spectrometry. Some strategies like peptide mass fingerprinting (PMF) and non-processed data search (MS/MS ion search) were employed for protein identification. Over 400 proteins in seeds and over 70 proteins in ECS were identified. A large number of these proteins were found to be primary metabolism proteins, energy, protein destination and storage and defense proteins and others related to stress. / O feijão-de-corda (Vigna unguiculata) é uma leguminosa bastante utilizada na alimentação de famílias de baixa renda da região nordeste do Brasil. Embora suas sementes sejam ricas em proteínas, estas são deficientes em aminoácidos sulfurados na sua composição. Dessa forma, um aumento na qualidade nutricional dessas sementes tem sido um dos principais objetivos dos programas de melhoramento genético para essa espécie. Além de determinar o padrão de deposição de proteínas durante o desenvolvimento de embriões zigóticos e somáticos, nós pretendemos identificar genes com padrões específicos de expressão durante a embriogênese com a finalidade de utilizá-los em programas de melhoramento genético. Utilizando a técnica de eletroforese bidimensional (2D-PAGE) foi comparado o padrão protéico de sementes em desenvolvimento com 10 dias após a antese (DAA), sementes maduras e de suspensões celulares embriogênicas (SCE) obtidas de calos embriogênicos friáveis (CEF) de feijão-de-corda. Para cada estágio de desenvolvimento da semente e para as SCE foram obtidos mapas de referência proteômicos altamente reprodutíveis numa faixa de pH de 3-10 e 4-7. Vários “spots” foram selecionados baseando-se na quantidade ou volume relativo de cada “spot” e na taxa de expressão. Cerca de 800 (para sementes em desenvolvimento) e 130 (para SCE) “spots” protéicos regulados para cima, para baixo, que se mantêm constantes ou que são específicos durante o desenvolvimento foram retirados dos géis 2D para análise por espectrometria de massa. Algumas estratégias foram utilizadas para a identificação das proteínas, como: PMF (peptide mass fingerprinting) e busca através de dados não processados (MS/MS ion search). Dessa forma, cerca de 400 proteínas foram identificadas em sementes e cerca de 70 proteínas foram identificadas para SCE. A maioria das proteínas fram classificadas como proteínas do metabolismo primário, energético, proteínas de destinação/proteínas de reserva e proteínas de defesa ou relacionadas a algum tipo de estresse.

Orientadora: Patrícia Soares Santiago / Coorientadora: Patrícia Gleydes Morgante / Banca: Eduardo Maffud Cilli / Banca: Norival Alves Santos Filho / Resumo: As hemoglobinas extracelulares apresentam alta estabilidade oligomérica, resistência à oxidação, cooperatividade e afinidade para ligar oxigênio, além do potencial uso em aplicações biotecnológicas como substituto sanguíneo e biossensores de contaminação ambiental. Devido a estas propriedades, os objetivos desta dissertação foram caracterizar a estrutura e a estabilidade da hemoglobina extracelular gigante do anelídeo Amynthas gracilis (HbAg) por diferentes técnicas biofísicas, tais como, absorção ótica, intensidade de espalhamento de luz (LSI), espalhamento de luz dinâmico (DLS), eletroforese SDS-PAGE, ultracentrifugação analítica (AUC), espectrometria de massas por tempo de voo (MALDI-TOF-MS) e microscopia de força atômica (AFM). Em pH 7,0, a HbAg apresentou espectro de absorção ótica com máximo em 415 nm (banda de Soret) e em 540 e 575 nm (bandas Q). A alcalinização do meio deslocou os máximos de absorção para 405 nm e uma única banda Q alargada em 540 nm, devido à oxidação do grupo heme. O perfil proteico apresentado pela HbAg por eletroforese SDS-PAGE foi semelhante, mas não igual a hemoglobina extracelular de Glossoscolex paulistus (HbGp). A HbAg apresentou três bandas com massa molar (MM) entre 25-37 KDa associadas as cadeias L, enquanto a HbGp apresenta apenas duas bandas nesta faixa de massa. As análises dos dados de MALDI-TOF-MS mostraram que a HbAg apresenta quatro isoformas para o monômero d (d1 - d4) com MM entre 16,2-16,8 kDa, três linkers (L1, L2 e L3), 25,8-26... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The extracellular hemoglobin molecules present high oligomeric stability, resistance to oxidation, cooperativity and affinity to bind oxygen, besides the potential use in biotechnological applications a s blood substitute and biosensors of environmental contam ination. Considering that, this dissertation aimed to characterize the structure and stability of the giant extracellular hemoglobin of the annelid Amynthas gracilis (HbAg) by different biophysical t echniques, such as optical absorption, light scattering intensity (LSI), dynamic light scattering (DLS), SDS - PAGE electrophoresis, analytical ultracentrifugation (AUC), Matrix Assisted Laser Desorption Ionization - Time of Fly - Mass Spectrometry (MALDI - TOF - MS ) and atomic force microscopy . The HbAg had an optical absorption spectrum with a maximum of 415 nm (Soret band), and 540 and 575 nm (Q bands) at pH 7.0 . The alk alinization of the medium shifted the absorption maxima to 405 nm and a single broad Q band at 54 0 nm due to the oxidation of the heme group. The protein profile presented by HbAg by SDS - PAGE electropho resis was similar but not identical to the extracellular hemoglobin of Glossoscolex paulistus (HbGp). HbAg presented three bands with molecular mass (MM) ranging 25 - 37 KDa associated with the L chains, whereas HbGp presented only two bands in this MM range. MALDI - TOF - MS data show ed that HbAg presents four isoforms for the monomer d ( d 1 - d 4 ) with MM ranging 16.2 - 16.8 kDa, three linkers... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Medicamentos antimicrobianos são cada vez mais utilizados, com finalidades diversas, em medicina veterinária. Esta conduta pode ocasionar a presença de resíduos destes compostos em alimentos de origem animal. Desta forma, o controle da presença destes contaminantes se torna imprescindível do ponto de vista de saúde pública. Este trabalho teve como objetivo o desenvolvimento, validação e posterior utilização de metodologias para análise de antimicrobianos em produtos destinados à alimentação animal e produtos de origem animal destinados ao consumo humano. Diferentes metodologias, com abordagem tanto qualitativa como quantitativa, foram desenvolvidas, contemplando as seguintes classes de antimicrobianos: sulfonamidas, quinolonas, fluorquinolonas, tetraciclinas, beta-lactâmicos, macrolídeos, lincosamidas, além de trimetoprima e bromexina. Os métodos multirresíduos desenvolvidos contemplaram um total de até 46 compostos diferentes numa mesma análise. A cromatografia líquida acoplada à espectrometria de massas foi utilizada, com diferentes abordagens: cromatografia líquida acoplada à espectrometria de massas em modo tandem (LC-MS/MS) e cromatografia líquida acoplada à espectrometria de massas híbrida quadrupolo-tempo de voo (LC-QTOF). Os diferentes procedimentos de preparo de amostras foram desenvolvidos com o enfoque comum de reunir eficiência, praticidade, baixo custo e baixa produção de resíduos, combinação ideal para análises de rotina. As metodologias validadas foram aplicadas à análise de 4962 amostras provenientes do Serviço de Inspeção Federal (SIF), do Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, sendo 2728 amostras de músculos de animais de diferentes espécies, 1105 amostras de leite bovino e 1129 amostras de rações. Foram detectados resíduos em 130 das 1126 amostras de rações, representando 11,25% das amostras analisas. Já para os alimentos de origem animal, o número de amostras contendo resíduos acima do limite de quantificação foi 39, que corresponde a 1,02% do total de amostras analisadas (3833). Entretanto, as amostras não conformes, que são aquelas com concentração de resíduos acima do limite máximo de resíduo estabelecido para o composto naquela matriz, foram apenas 13, representando 0,34% do total de amostras analisadas.Por fim, as metodologias desenvolvidas se mostraram adequadas para detecção simultânea de antimicrobianos em matrizes biológicas, proporcionando maior rapidez, menor custo de análise e geração de resultados confiáveis quando testadas em amostras reais nas condições existentes nos serviços de inspeção. / The objective of this work was the development, validation and subsequent use of methodologies for analyzing antimicrobials in products intended for animal nutrition and products of animal origin for human consumption. Different methodologies, with both qualitative and quantitative approaches, were developed, covering the following classes of antimicrobials: sulfonamides, quinolones, fluoroquinolones, tetracyclines, beta-lactams, macrolides, lincosamides, in addition to trimethoprim and bromexin. Liquid chromatography coupled to mass spectrometry was used with different approaches: liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) and liquid chromatography coupled to quadrupole-time hybrid mass spectrometry (LC-QTOF). The different preparation of samples developed with the common approach of to bringing efficiency, practicity, low cost and low waste generation, ideal combination for routine analysis. Developed methodologies were applied to 4962 samples of the Federal Inspection Service (SIF), of the Ministry of Agriculture, Livestock and Food Supply, 2728 samples of muscles of different species, 1105 samples of bovine milk and 1129 samples of rations. Positive results were obtained in 130 of 1126 feed samples, representing 11.25% of the analyzed samples. For animal origin products, the number of samples above the quantification limit was 39 to 3833 samples analyzed, corresponding to 1.02% of the total. However, non-compliant samples, which are those with a concentration above the maximum residue limit established for the compound in that matrix, were only 13, representing 0.34% of the total samples analyzed. Finally, the methodologies developed were suitable for the simultaneous detection of different antimicrobials of different classes in different foods of animal origin, providing greater speed and lower analytical cost when tested in real samples under conditions in the inspection service.

Submitted by Elizabete Silva (elizabete.silva@ufes.br) on 2015-01-09T17:49:28Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) CALINE DESTEFANI.pdf: 5672196 bytes, checksum: 8f16b74425349b8b280d230ed8ed03b2 (MD5) / Approved for entry into archive by Elizabete Silva (elizabete.silva@ufes.br) on 2015-01-16T18:41:43Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) CALINE DESTEFANI.pdf: 5672196 bytes, checksum: 8f16b74425349b8b280d230ed8ed03b2 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-01-16T18:41:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) CALINE DESTEFANI.pdf: 5672196 bytes, checksum: 8f16b74425349b8b280d230ed8ed03b2 (MD5) Previous issue date: 2014 / Um complexo de alta fotoluminescência é proposto como marcador óptico para a identificação de resíduos de tiro (GSR). O marcador é o complexo [Eu(PIC)3(NMK)3], de fórmula molecular Eu(C6H2N3O7)3.(C7H13NO)3, que apresenta o íon Eu3+ e os ligantes ácido pícrico (PIC) e n-metil-Ɛ-caprolactama (NMK). Foi realizada a caracterização quimicamente através de espectroscopia de emissão, espectroscopia de infravermelho com transformada de Fourier (FTIR), termogravimetria e análise térmica diferencial (TG/DTA), e espectrometria de massas com ionização por eletrospray e ressonância ciclotrônica de íons por transformada de Fourier (ESI-FT-ICR MS), e, em seguida, foram adicionadas diferentes massas do complexo a munições convencionais (de 2 a 50 mg por cartucho). Após os tiros, o GSR marcado foi visualmente e quimicamente detectado por irradiação UV (ʎ = 395 nm) e ESI-FT-ICR MS, respectivamente. Os resultados mostraram uma fotoluminescência eficiente e duradoura, sendo facilmente visível sobre a superfície do alvo, no ambiente, no cartucho deflagrado, na arma de fogo, e sobre as mãos e braços do atirador quando utilizada massa a partir de 25 mg do marcador em cartuchos .38 e 50 mg em cartuchos .40. Sua toxicidade aguda também foi avaliada empregando-se o Protocolo 423 da Organização para a Cooperação e Desenvolvimento Econômico (OECD) e apresentou DL50 de 1000 mg.kg-1, sendo classificado como de categoria 4 na escala do Sistema Globalmente Harmonizado de Classificação e Rotulagem de Produtos Químicos (GHS), considerado, portanto, de média toxicidade. O composto mostrou ser menos tóxico do que os componentes inorgânicos de munições convencionais (em especial o Pb), justificando o seu emprego como marcador de GSR. / A complex of high photoluminescence is proposed as optical marker for the gunshot residues (GSR) indentification. The marker is the complex [Eu(PIC)3(NMK)3], of molecular formula Eu(C6H2N3O7)3.(C7H13NO)3, which has the Eu3+ ion and the ligands picric acid (PIC) and n-methyl caprolactam (NMK). It was performed to chemical characterization by emission spectroscopy, Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR), thermogravimetric and differential thermal analysis (TG/DTA), and electrospray ionization Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry (ESI-FT-ICR MS), and, then, were added to conventional munitions different masses of complex (from 2 to 50 mg by cartridge). After the shots, the marked GSR was visually and chemically detected by UV irradiation (ʎ = 395 nm) and ESI-FT-ICR MS, respectively. The results showed an efficient and lasting photoluminescence, being easily visible on the surface of the target, in the environment, in the cartridge triggered, on the firearm, and on the hands and arms of the shooter when used mass from 25 mg marker in .38 cartridges and 50 mg in .40 cartridges. Its acute toxicity was also evaluated using the Protocol 423 of the Organisation for Economic Co-operation and Development (OECD) and presented LD50 of 1000 mg.kg-1, being classified as a category 4 on the scale of the Globally Harmonized System of Classification and Labelling of Chemicals (GHS), therefore considered of medium toxicity. The compound was shown to be less toxic than the inorganic components of conventional ammunition (especially Pb), justifying its use as GSR marker.

Submitted by Elizabete Silva (elizabete.silva@ufes.br) on 2015-04-08T20:23:10Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Lilian Valadares Tose.pdf: 22786688 bytes, checksum: 4b658f7b5444bc01ea9bd4002e47455e (MD5) / Approved for entry into archive by Elizabete Silva (elizabete.silva@ufes.br) on 2015-04-14T19:21:33Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Lilian Valadares Tose.pdf: 22786688 bytes, checksum: 4b658f7b5444bc01ea9bd4002e47455e (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-14T19:21:33Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Lilian Valadares Tose.pdf: 22786688 bytes, checksum: 4b658f7b5444bc01ea9bd4002e47455e (MD5) Previous issue date: 2014-12 / A análise de hidrocarbonetos por técnicas de ionização a pressão atmosférica ou ambiente continua a ser um desafio na espectrometria de massas. Normalmente, a ionização ocorre através de mecanismos de protonação e desprotonação. Para isso, as moléculas de interesse devem apresentar um grupo básico ou ácido que proporcionem a geração de íons [M+H]+ ou [M-H]-. Para superar essa limitação, um método analítico simples, fácil, rápido e poderoso foi desenvolvido com sucesso, adaptado a partir da literatura, para ionizar saturado e insaturado, linear, ramificado, e hidrocarbonetos cíclicos, bem como hidrocarbonetos poliaromáticos e heteroaromáticos presentes em frações de hidrocarbonetos e de misturas de parafina/petróleo bruto utilizando ionização química à pressão atmosférica (APCI), favorecido pela utilização de solventes alifáticos de cadeia curta em um espectrômetro de massas FT-ICR. Entre os reagentes alifáticos estudados, isoctano proporcionou os melhores resultados quando comparado com outros solventes. Além disso, foram estudados outros interferentes do processo de ionização, como concentração da solução injetada e misturas parafina/óleo, que influenciavam desde o perfil dos espectros até as principais classes de compostos identificados. O método torna possível a ionização de hidrocarbonetos pela produção de íons [M -H]+ sem ocorrência de fragmentação. / The analysis of hydrocarbon using atmospheric or ambient ionization techniques still remains a challenge in mass spectrometry. Traditionally, the ionization occurs via protonation or deprotonation. The molecules of interest must have a basic or acidic group to generated [M + H]+ or [M - H]- ions. To overcome such limitation, it is proposed a simple, easy, fast and powerful analytical methodology to ionize saturated (linear and branched), unsaturated, and cyclic hydrocarbons as well as polyaromatic and heteroaromatic hydrocarbonsby atmospheric pressure chemical ionization (APCI) using small hydrocarbons as reagents in a FT-ICR mass spectrometer. These molecules may be present in hydrocarbon fraction samples and paraffin/crude oil blends. Among the APCI hydrocarbon reagents studied, isooctane provided the best results when compared to pentane, hexane, cyclohexane and heptane. The method renders the ionization of hydrocarbons to yield [M – H]+ ions with no associated fragmentation using nitrogen as sheath gas.

Submitted by Elizabete Silva (elizabete.silva@ufes.br) on 2015-10-13T20:15:06Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Estudo da corrosão naftênica por espectrometria de massas.pdf: 10701056 bytes, checksum: 7912e39576c3f3d1c9b91b6618a7c1b5 (MD5) / Approved for entry into archive by Patricia Barros (patricia.barros@ufes.br) on 2015-11-17T11:00:49Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Estudo da corrosão naftênica por espectrometria de massas.pdf: 10701056 bytes, checksum: 7912e39576c3f3d1c9b91b6618a7c1b5 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-17T11:00:49Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Estudo da corrosão naftênica por espectrometria de massas.pdf: 10701056 bytes, checksum: 7912e39576c3f3d1c9b91b6618a7c1b5 (MD5) Previous issue date: 2014 / Capes / Os ácidos naftênicos são considerados os principais responsáveis pela corrosão no processo de refino do petróleo, e se não for devidamente monitorada, a corrosão naftênica pode causar graves prejuízos para a indústria petroquímica. No primeiro capítulo deste trabalho duas amostras de petróleo, tratadas a 300°C/2h e 350°C/6h, foram postas em contato com aço carbono AISI 1020 durante 15 dias. A acidez do óleo original e dos produtos oriundos do tratamento térmico foi monitorada por número de acidez total (NAT), espectrometria de massas de altíssima resolução e exatidão (ESI(-)- FT-ICR) e a corrosão no aço foi monitorada por microsospia de força atômica (AFM). Os dados de ESI(-)-FT-ICR MS mostraram que na classe O2, as principais espécies majoritárias detectadas foram de número de carbono C25-C32 e DBE = 3. Para o tratamento a 350ºC/6h, observou-se uma redução de ~ 80% no NAT. Os resultados obtidos por AFM mostraram que a topografia da superfície do aço exposto ao óleo tratado a 300°C/2h possui efeitos mais pronunciados de corrosão, pois, o padrão de rugosidade medido pela "altura de pico a pico" da superfície, indicou que a superfície exposta ao óleo 300°C/2h, embora apresente uma série de irregularidades é menos pronunciada, que a superfície do aço exposto ao óleo tratado a 350°C/6h. No segundo capítulo, dois petróleos com acidez distinta, J e G, foram caracterizados por ESI (-) - FT-ICR MS. O aço AISI 316 foi analisado por microscopia ótica, microscopia de força atômica e por espectroscopia Raman. Os resultados mostraram que as principais classes identificadas nas amostras foram as classes O2 e N2. Em relação à classe O2, as principais espécies majoritárias detectadas foram de número de carbono C24-C35 e DBE= 3 e C29-C35 e DBE= 4. As imagens de AFM revelaram que para o intervalo de 14 dias, o aço exposto ao óleo J, apresentou fortes alterações topográficas em relação ao branco,caracterizando o início do processo corrosivo. Essas informações são compatíveis com os espectros de Raman, em que para este intervalo de tempo foram evidenciados a formação de Goetita, Magnetita e Hematita. As alterações topográficas para o aço exposto ao petróleo G, só puderam ser observadas após 21 dias de análise por AFM. No terceiro capítulo, uma amostra de petróleo foi tratada termicamente, na presença e ausência de catalisador, a 300 e 350 ºC pelo período de 2, 4 e 6 horas. A acidez do petróleo original e dos produtos oriundos do tratamento térmico com catalisador foi determinada pelo NAT. A variação do conteúdo de polares nas amostras, em especial a classe O2, foi monitorada por ESI (-)-FT-ICR MS. De uma maneira geral, as principais classes identificadas para ambas às amostras foram O2, N e NO2, respectivamente. Em relação à classe O2 correspondente aos ácidos naftênicos, as principais espécies majoritárias foram de C25-C32 e DBE = 4. Observou-se uma redução de 43,50% no petróleo degradado á 350°C durante 4h na presença do catalisador evidenciando assim a eficiência da remoção dos ácidos naftênicos nas condições avaliadas. / Naphthenic acids are considered primarily responsible for corrosion in the oil refining process, and if not properly monitored, the naphthenic corrosion can cause severe damage to the petrochemical industry. In the first chapter of this work, two oil samples treated at 300°C/2h 350°C/6h, were brought in contact with carbon steel AISI 1020 for 15 days. The acidity of the original and products from oil heat treatment was monitored by TAN ESI (-) - FT-ICR-MS and corrosion on steel was monitored by AFM. The ESI (-) - FT-ICR MS showed that the O2 class, the major species detected were majority carbon number of C25-C32 and DBE = 3. For treatment at 350°C/6h, there was a reduction of ~ 80% in the TAN. The results showed that AFM topography of the steel surface exposed to the oil treated at 300°C/2h has higher effects of corrosion, since the pattern of roughness measured by "peak to peak height" of the surface, indicated that the surface exposed to the oil 300°C/ 2h, although it presents a number of irregularities is less pronounced, the surface exposed to the oil-treated steel at 350°C/6h. In the second chapter, two oils with different J and G acidity were characterized by ESI (-) - FT-ICR MS. The AISI 316 steel was analyzed by optical microscopy, atomic force microscopy and Raman spectroscopy. The results showed that the major classes were identified in the samples classes O2 and N2. Regarding O2 class, the major species detected were majority of carbon number C24 and C35 = 3 DBE and DBE and C29-C35 = 4. The AFM images showed that the interval for 14 days, the steel exposed to oil J, showed strong topographic changes from white, characterizing the onset of the corrosion process. This information is consistent with the Raman spectra that for this period of time the formation of goethite, hematite and magnetite were evidenced. Topographical changes to the exposed steel to oil G could only be observed after 21 days of analysis by AFM. The third chapter, a sample oil was thermally treated in the presence and absence of catalyst at 300 and 350 ° C for a period of 2, 4 and 6 hours. The acidity of the original oil and products derived from thermally treated catalyst was determined by TAN. The variation in the content of polar samples, particularly class O2 was monitored by ESI (-) - FT-ICR MS. Generally, the major classes identified for both samples were N, NO2, and O2, respectively. Regarding O2 class corresponding to naphthenic acids, the major species were majority of C25-C32 and DBE = 3. There was a 43.50% reduction in the degraded oil at 350°C for 4h in the presence of the catalyst thus demonstrating the efficiency of removal of naphthenic acids under the conditions evaluated.