La fermentation malolactique permet une désacidification et une amélioration de la qualité du vin. Elle est réalisée par des bactéries lactiques principalement de l’espèce Oenococcus oeni : cette espèce est privilégiée pour son efficacité et ses intérêts organoleptiques. La capacité de O. oeni à résister au stress du vin et à garder son activité fermentaire est un sujet d’intérêt majeur. Les prélèvements des fûts de chêne ont montré que O. oeni adhère au bois et est capable de persister plusieurs mois dans le vin. Or, dans la majorité des habitats naturels, les microorganismes se développent attachés à un support, au sein d’un écosystème structuré appelé biofilm. Sous cette forme de vie, les cellules bénéficient d’une résistance accrue au stress. Ces deux propriétés que sont l’adhésion à une surface ainsi que la résistance au stress ont donc été étudiées pour O. oeni. Des observations par microscopie électronique à balayage ont ainsi permis de mettre en évidence la formation de biofilms par O. oeni. Puis, nous avons évalué la capacité de résistance au stress du vin de O. oeni sous forme de biofilm. L’intérêt pour le biofilm est croissant dans les industries agroalimentaires et biotechnologiques, en raison de la conservation de son activité métabolique en milieu stressant. C’est pourquoi la fermentation malolactique avec un biofilm de O. oeni a été suivie dans le vin. Enfin, l’influence du biofilm de O. oeni sur les transferts de composés aromatiques entre le bois et le vin a été étudiée. Cette étude est la première caractérisation du biofilm de O. oeni, de sa résistance au stress du vin et de son potentiel fermentaire / Malolactic fermentation improves wine quality, mainly by decreasing acidity. It is carried out by lactic acid bacteria, mainly Oenococcus oeni. This species is favored for its efficiency and its organoleptic outcome. O. oeni ability to withstand wine stress and to keep its fermentation activity is a subject of major interest.Samples of oak showed that O. oeni adheres to wood and is able to persist for several months in wine. However, in the majority of natural habitats, microorganisms grow attached to a surface, within a structured ecosystem called biofilm. In this form of life, cells benefit from an increased stress resistance.These two properties, adherence to a surface and stress resistance, were studied for O. oeni. Observations by scanning electron microscopy have highlighted biofilm formation by O. oeni. Then, we evaluated the wine stress resilience of O. oeni biofilm. Biofilm is a growing interest in food and biotechnology industries, due to the conservation of its metabolic activity in stressful environment. Therefore, malolactic fermentation with an O. oeni biofilm was monitored in wine. Finally, the influence of O. oeni biofilm on transfers of aromatic compounds between wood and wine was studied.This study is the first characterization of O. oeni biofilm, its wine stress resistance and its fermentation potential.

L’Amazonie est soumise depuis plusieurs décennies à un changement rapide d’occupation du sol du fait de la déforestation, l’installation de systèmes de production agricole, notamment l’élevage bovin et plus récemment le soja. L’un des défis majeurs est de mieux comprendre la dynamique spatiale de ces processus et ses déterminants. Avec la réduction de la déforestation et l’évolution agraire sur les fronts pionniers, les ressources et contraintes naturelles semblent gagner en importance dans les choix opérés par les agriculteurs. L'objectif de la présente recherche est d'évaluer le rôle des facteurs biophysiques dans la dynamique de l’occupation du sol depuis 2000 et d’anticiper sur des futurs possibles dans un territoire amazonien d’ancien front pionnier, aujourd’hui consolidé, la municipalité de Paragominas. Nous avons mis en œuvre un modèle spatialement explicite, afin d’identifier la distribution spatiale des processus de changement en relation avec différents facteurs. Des entretiens réalisés avec des producteurs explicitent les logiques sous-jacentes. Les résultats montrent qu'il y a différentes logiques d'usage des ressources biophysiques, qui varient selon les types de production, la taille des exploitations, la distance aux routes et villages, et la distribution spatiale des ressources biophysiques dans l'exploitation. Elles évoluent au fil du temps, en fonction des productions et des avancées technologiques, et sont organisées dans l'espace. La mise en évidence de ces relations spatiales constitue une avancée significative pour représenter l'évolution de l’ usage des sols et constituer un appui dans la définition de politiques de développement territorial. / The Amazon has been subject to a rapid change in land use due to deforestation for several decades and more recently to the expansion of annual crops like soybeans. One of the major challenges is to understand better the spatial dynamics of these processes and its determinants. With the reduction of deforestation and the consolidation of pioneer fronts, natural resources and constraints seem to be gaining in importance in farmers' choices. The objective of this research was to assess the role of biophysical factors in land use dynamics since 2000 and to anticipate possible futures in a consolidated Amazonian pioneer frontier, the municipality of Paragominas. We implemented a spatially explicit model to identify the spatial distribution of change processes in relation to different factors. Interviews with farmers explain the underlying strategy. The results show different strategies for the use of biophysical resources according to the types of production, the size of the farms, the distance to roads and villages and the spatial distribution of biophysical resources in the farm. The strategies evolve over time, in relation to production and technological advances, and are organized in space. A better understanding of the importance of biophysical resources on the evolution of pioneer fronts through this type of method could provide support for land-use policies.

Lagriculture et lélevage occupent plus de 80% de la population des zones semi-arides de lAfrique de lOuest. Ces populations en tirent lessentiel de leur alimentation et de leurs revenus. Lun des problèmes de cette agriculture est la pauvreté des sols. Dans les pays comme le Niger où prédominent les agroécosystèmes culture- élevage, le rôle du bétail dans le recyclage de la matière organique et des éléments minéraux azote, phosphore et potassium peut constituer un atout pour laugmentation de la production agricole et animale et assurer une sécurité alimentaire durable. Les bilans et flux de ces matières organiques et éléments minéraux ont été utilisés comme indicateurs détat qui caractérisent la durabilité des systèmes de production. Cette recherche porte sur lévaluation de ces flux et bilans organiques et minéraux aux échelles de l'exploitation agricole et du terroir dans le sud-ouest du Niger et la mise au point d'un indicateur de risque d'épuisement de la fertilité des terres des exploitations. L'étude porte sur trois terroirs agropastoraux de cette région couvrant une superficie de 500 km2 et sur un échantillon de 461 exploitations agropastorales. Les trois terroirs diffèrent essentiellement par leur pression agricole sur les terres, et par l'importance de l'élevage. Dans ces systèmes mixtes culture-élevage, la dualité de l'organisation spatiale qui les caractérise avec une gestion des cultures à l'échelle parcellaire centralisée à l'échelle de l'exploitation agricole et une gestion de l'élevage liée aux ressources pastorales communautaires de tout le terroir, fait que les modèles classiques de gestion sont confrontés à cette intégration d'échelles. Deux modèles ont été donc été utilisés pour lévaluation des flux et bilans partiels de N, P, K à des échelles différentes, celle de lexploitation agricole et celle des occupations de sol à léchelle du terroir. NUTMON, un modèle existant, est utilisé dans la détermination des flux à léchelle de lexploitation et de ses composants. La modélisation spatiale des flux à laide des systèmes dinformation géographique est opérée par articulation de NUTMON avec loutil NUTPAST développé dans cette thèse. Cet outil développé avec les systèmes d'information géographique prend en compte la dynamique spatio-temporelle de la végétation et du cheptel pour lévaluation de lingestion et de lexcrétion animale à léchelle de l'ensemble des occupations au sein d'un terroir. Un indicateur de risque intégré d'épuisement de la fertilité des terres a été conçu par exploitation à partir de variables de viabilité biophysiques relatives à l'utilisation de l'espace communautaire et de variables socio-économiques en lien avec la propriété des terres et du cheptel. Les bilans partiels obtenus à l'échelle du terroir montrent globalement un équilibre entre les flux de gestion agricoles et de l'élevage à l'échelle des terres des exploitations, avec des valeurs de N,P,K moyens respectifs de 0.3 ± 0.6, 1.2 ±0.2, 0.9 ± 0.5 kg/ha.Ce bilan fait ressortir une grande disparité entre les exploitations qui montrent un bilan fortement positif chez les propriétaires de bétail et négatif chez les villageois ayant très peu de bétail. Les indicateurs de risque, basés sur les facteurs de pression sur les terres, les dotations en terres et bétail par habitant, laissent apparaître qu'en dépit d'une faible intensification par la fumure, la pression agricole sur les terres combinée à la faible dotation des exploitations agricoles en bétail est un facteur de risque d'épuisement relatif de la fertilité des sols très élevé à l'échelle des villages. Ce qui peut compromettre la durabilité de l'agriculture dans ces régions. Les problèmes d'utilisation des ressources communautaires au profit des seuls propriétaires de bétail posent le problème en termes de politique foncière dans ces agroécosystèmes. Avec la pression agricole actuelle, un autre mode d'intensification agricole est à rechercher avec une politique foncière d'accès aux ressources équitable.

Le virus de l’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP) de type H5N1 apparu en Chine en 1996 constitue une menace pour la santé humaine en raison de sa circulation endémique dans les volailles domestiques et de son potentiel zoonotique. La sévérité de l'infection liée à l'IAHP H5N1 est variable selon les espèces d'oiseaux: certains anatidés sont porteurs sains et asymptomatiques du virus tandis que dans les élevages de poulets, l'IAHP est fortement contagieux et caractérisé par des taux de mortalité supérieurs à 90%. Chez les humains, l'impact de l'IAHP H5N1 reste à ce jour modéré (630 cas humains dont 375 morts, World Health Organization Juin, 2013) en raison de la faible transmission du virus des volailles aux humains et d'humain à humain. Cependant, étant donné les taux de létalité élevés (>50%), un changement des modalités de transmission pourrait mener à un impact beaucoup plus élevé.<p>Depuis son émergence, l'IAHP H5N1 a eu un impact économique important dans de nombreux pays d’Asie du Sud-Est. La Thaïlande, pays qui fait partie des principaux exportateurs mondiaux de viande de volaille, a été sévèrement touchée par les multiples vagues épidémiques entre 2003 et 2005. Ces épisodes ont eu un impact sur les revenus des petits et moyens producteurs, mais également causé des pertes économiques importantes dans le secteur de la production intensive de volailles en raison de l'embargo imposé par les principaux marchés d'exportation. <p>L'objectif de ce travail est d’étudier quantitativement l'association entre la production intensive de la volaille et la distribution spatio-temporelle de l'IAHP H5N1 en Thaïlande. Deux approches ont été développées pour aborder cette étude: le développement d’une part de modèles statistiques visant à identifier les déterminants du risque d'IAHP H5N1, et d'autre part, de modèles mécanistiques visant à simuler des trajectoires épidémiques sur base de la connaissance des mécanismes de transmission de l'IAHP H5N1, de la structure du secteur de la production de volaille et des mesures d'intervention mises en place. <p>A l’aide de facteurs environnementaux et anthropogéniques, nous montrons que: (i) la distribution des canards domestiques en Asie peut être prédite en utilisant des modèles de régression non-linéaire, et (ii) la production de volailles peut être désagrégée entre production extensive et intensive sur base du nombre de volailles par éleveur. Enfin (iii), nous montrons en utilisant des arbres de régression boostés ("Boosted Regression Trees", BRT) que les principaux déterminants de la distribution du risque d'IAHP H5N1 sont les canards élevés en systèmes intensifs, le nombre de cycles de culture de riz et la proportion d'eau présente dans le paysage. Finalement, nous illustrons les potentialités des modèles mécanistiques pour évaluer l'efficacité des mesures d'intervention implémentées, tester des scénarios alternatifs d'intervention et identifier des stratégies optimales de prévention et d'intervention contre de futures épidémies<p> / Doctorat en Sciences agronomiques et ingénierie biologique / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les vallées d'Imintanoute offrent un exemple des vallées montagnardes du Haut Atlas occidental en crise. Ayant longtemps été considéré par ses habitants comme un « espace refuge », le pays d'Imintanoute apparaît, aujourd?hui, comme une « zone d'émigration » par excellence. Malgré une certaine diversification des cultures, occupant l'espace irrigué (bled targa) du fond des vallées et la culture céréalière pluviale d'orge du bled bour* (espace de culture pluviale), associée à un élevage et à une arboriculture diversifiée (amandiers et oliviers) comme source de revenu complémentaire de la paysannerie, actuellement, des signes de crise apparaissent de façon évidente. L'agriculture de subsistance souffre de la sécheresse persistante, du manque d'irrigation, d'un rendement à l'hectare très faible, d'une arboriculture en cours de dégradation et d'un élevage toujours en déclin. La collectivité traditionnelle et l'espace imintanoutiens n'ont pas non plus échappé aux mutations profondes. La majorité des vieux systèmes d'irrigation (la naoura et la sania) a été laissé à l'abandon ou remplacé par la motopompe. Cette technique moderne a transformé le paysage du bled targa voire du bled bour*. Tous les villages sont touchés aujourd'hui par l'émigration sans exception. Beaucoup de jeunes quittent leurs douars pour cause de pauvreté. Aujourd'hui, de nouvelles structures socio-économiques, culturelles et politiques ont changé les comportements et les modes de vie des populations. Face aux transformations, l'espoir repose sur la nouvelle autoroute Marrakech-Agadir et sur d'autres projets encore afin de redynamiser l'économie de façon à améliorer la qualité de vie des Aït Imintanoute. / Imintanoute valleys constitute an example of mountain valleys in Western Atlas undergoing severe crisis. Long considered a "place of refuge" by its inhabitants, the Imintanoute area - with its three aspects: mountain, piedmont and plain - now appears as a major "expulsion zone".Even though agriculture has diversified to some extent - based in the irrigated zones (bled targa) at the bottom of valleys and on the rainfed barley crops of the bled bour* (rainfed agricultural area), together with breeding and diversified fruit tree crops (almond and olive trees) as a source of complementary income for farmers - obvious signs of crisis appear today. Subsistence agriculture suffers from persistent draughts, lack of irrigation, a very low average yield rate per hectare, the gradual degradation of fruit tree crops and the decline of breeding. The traditional community and the area of Imintanoute have undergone profound changes. Most of the old irrigation systems (naoura and sania) have been abandoned or replaced by power pumps. That modern technology has transformed the landscape of the bled targa and possibly even of the bled bour*. All villages without exception are affected by emigration. Many young people are driven out from their douars by poverty. Today, new social, economic, cultural and political structures have changed the behaviours and the ways of life of the populations. In view of those changes, hope rests on the new motorway from Marrakech to Agadir and on still other projects to redynamize the economy and thus improve the quality of life of the Aït Imintanoute.

L’agriculture est un secteur d’activité privilégié pour notre objet qui est l’étude de la dynamique sociotechnique et du travail. Nous montrons dans cette étude comment des éleveurs transformés de plus en plus en agro-pasteurs, à la suite de la sécheresse et la surcharge des hommes et du cheptel sur les ressources naturelles des parcours collectifs, sont amenés à changer progressivement leurs systèmes de production et partant leurs rapports sociaux.<p><p>Au-delà d’une vision figée et homogénéisante de la paysannerie véhiculée par certains modèles sociologiques et par la vulgarisation agricole au Maroc, nous mettons l’accent sur l’hétérogénéité de la paysannerie et les aspects dynamiques de l’activité agricole et de ses acteurs.<p><p>Bien que les éleveurs/agriculteurs évoluent dans un environnement physique et économique souvent défavorable à leurs activités, ils manifestent de différentes stratégies pour améliorer leurs conditions de vie ou renforcer leurs acquis. <p><p>A partir d’une étude sur le terrain rurale de la Commune de Ben Smim, au Moyen Atlas berbère marocain et ayant mobilisé différents instruments de recueil d’informations, nous avons relevé que l’activité agricole n’est pas simplement une activité de production mais aussi de repositionnement des acteurs dans le système social. L’ethnique, le social et le politique se mêlent dans l’orientation des rapports de production. C’est pourquoi il est difficile d’isoler une pratique agricole des autres pratiques qui lui sont intimement liées et qui peuvent concerner d’autres domaines de vie des agriculteurs.<p><p>Avec la crise du nomadisme, les éleveurs/agriculteurs se fixent dans les douars ou les villages et élargissent ainsi leurs réseaux sociaux et professionnels. Ils deviennent ainsi de plus en plus perméables aux innovations techniques et organisationnelles et améliorent la performance de leurs troupeaux, introduisent de nouvelles cultures de marché et diversifient leurs stratégies de vente. Les minorités du point de vue ethnique et économique, d’intégration dans le système social local, les notables sont à même d’apporter de nouvelles variantes à leurs systèmes de production.<p><p>En fin de compte, chacun, en fonction de sa situation et de son projet, participe à la dynamique socio-technique locale. <p> / Doctorat en sciences sociales, Orientation sciences du travail / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Cette étude s'inscrit dans cette analyse des mécanismes naturels et sociaux dans la Basse Vallée du Ferlo ; qui ont été qualifiés souvent par beaucoup de chercheurs et d'experts du fléau naturel ou de crise écologique profonde. Certes des mutations ont été observées dans le paysage rural du Bas-Ferlo. D'une part, celles-ci s'expliquent essentiellement par l'ampleur de la dégradation des terres agricoles due à des pratiques culturales intenses favorisées par l'arrivée de colons mourides et de nouveaux paysans grâce à la remise en eau d'une partie du Bas-Ferlo. Et d'autre part, elles sont la résultante d'une concentration excessive du bétail dans un espace de plus en plus réduit autour des forages et de certaines mares, entraînant ainsi des auréoles de dégradation tout autour et des conflits exacerbés entre les différents usagers. L'ambiguïté des règles de tenure foncière demeure sans nul doute la véritable cause des conflits dans la Basse Vallée du Ferlo. Les difficultés d'accès à l'eau par le manque de couloirs de passage et la viabilité des parcours obligent à une plus grande mobilité pastorale pour minimiser les risques. Mais en définitive, malgré les discours alarmistes sur le Ferlo, l'analyse des paysages agraires nous révèle des zones agricoles se reproduisant quasiment à l'identique, en terme de superficie, de 1954 à nous jours : la Basse Vallée du Ferlo reste un espace essentiellement pastoral. Donc, le caractère apparemment alarmant du milieu, n'est qu'une forme d'adaptation des paysages ruraux à un espace fragile.

Cette thèse déchiffre les défis rencontrés par les petits producteurs dans l'approvisionnement alimentaire urbain dans les Andes du Nord en Équateur, avec une étude de la structure et du fonctionnement du système d'approvisionnement urbain en produits laitiers à l'échelle nationale. Les stratégies de production et de commercialisation des petits producteurs sont observées au niveau local à travers deux exemples: Machachi et Nono. Le système d'approvisionnement est analysé comme un réseau spatial où les zones de production, les points de vente et de consommation sont interconnectés, ceci générant des dynamiques dialectiques de transformation mutuelle il travers les interactions des différents acteurs. Historiquement, le système s'est structuré en fonction des besoins et des caractéristiques des producteurs de moyenne et grande taille. Cependant, au cours des dernières décennies, les petits producteurs sont devenus des acteurs essentiels grâce à des stratégies entre les villes et la campagne. L'incorporation des petits producteurs dans cette dynamique montre leur grande capacité d'adaptation face aux opportunités générées par un marché en pleine croissance. Malgré tout, leur interaction avec les autres acteurs dénote une inégalité dans les relations de pouvoir qui reste encore peu modifiée. D'autres modalités d'intégration des petits producteurs restent à construire. / This thesis focuses on the small producers challenges in the food supply to cities in the Northern Andes in Ecuador. It analyses the structure and functioning of the complex of dairy product supply to cities at national level. Production and commercialisation strategies adopted by small producers' are studied at local level with two examples: Machachi and Nono. The supply complex is analysed as a spatial network where the areas of production and points of sale and consumption arc interconnected generating dialectical dynamics of mutual transformation through the interaction of all the different stakeholders. Historically the complex has been structured according to the needs and characteristics of the medium and large-sized producers. In the last decades though, small producers have been using different strategies between the countryside and cities und have become key stakeholders. The incorporation of small producers in this dynamic shows their great ability to adapt to opportunities created by a growing market. However, their interactions with the other stakeholders show inequality in the power relations, which has only marginally been addressed. Different modes of integration for small producers are yet to be created. / Esta tesis se interesa por los desafíos de los pequeños productores en el abastecimiento alimentario urbano a través del caso de los Andes norte en Ecuador. Se estudia la estructura y el funcionamiento del complejo de aprovisionamiento urbano de productos lácteos en una escala nacional. Las estrategias productivas y de comercialización de los pequeños productores son observados en una escala local a través de dos ejemplos: Machachi y Nono. El complejo de abastecimiento es analizado como una red espacial, donde las áreas de producción, los puntos de comercialización y de consumo están interelacionados generando dinámicas dialécticas de transformación mutua a través de las interacciones de los diversos actores.Históricamente el complejo ha sido estructurado acorde a las necesidades y características de los productores medianos y grandes. En las últimas décadas, los pequeños productores empleando diversas estrategias productivas y comerciales entre campos y ciudades se han convertido en actores fundamentales.La inclusión de los pequeños productores en esta dinámica muestra su gran capacidad de adaptación frente a las oportunidades generadas por un mercado en crecimiento. A pesar de esto, sus interacciones con a otros actores muestran las inequidades en las relaciones de poder que no han podido ser sino débilmente modificadas. Diferentes modalidades de integración de los pequeños productores lácteos quedan por construirse.

Holothuria scabra est l'holothurie comestible à haute valeur marchande la plus distribuée et la plus exploitée dans l'Indo-Pacifique tropical. Dès lors, et à cause de la demande croissante des pays importateurs et consommateurs, les stocks naturels de l'espèce sont confrontés actuellement un problème de surexploitation. A Madagascar, les situations économique, sociale et politique difficiles ainsi que l'insuffisance d'un plan efficace pour l'aménagement de cette exploitation, rendent la situation plus délicate encore. La surexploitation se traduit par la diminution de la production, la raréfaction de certaines espèces, la dégradation de la qualité du produit et entraîne une forte concurrence entre les exploitants et le non respect de la législation existante. Un plan d'aménagement de cette exploitation est proposé dans ce travail. Celui-ci concerne la gestion de la pêche, la restauration et la pérennisation des stocks naturels, et la valorisation des produits. L'holothuriculture est considérée comme la solution d'avenir pour pallier une demande sans cesse croissante en trépang, restaurer les stocks naturels et sauver les espèces d'holothuries menacées d'extinction. <p>\ / Doctorat en sciences, Spécialisation biologie animale / info:eu-repo/semantics/nonPublished