Orientador: Arnaldo Yoshiteru Kuaye / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-08-07T02:52:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Borges_MariadeFatima_D.pdf: 904414 bytes, checksum: dab57575c28ef69977aa61268afabf0d (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: O queijo é considerado um veículo freqüente de patógenos de origem alimentar e, em especial os queijos frescos artesanais. Dentre estes, destaca-se o queijo de coalho por ser comumente elaborado a partir de leite cru e sob condições insatisfatórias de higiene, em pequenas indústrias que não adotam de forma plena as Boas Práticas de Fabricação (BPF). Portanto, a contaminação microbiológica deste produto assume destacada relevância para a saúde pública, pelo risco de causar doenças transmitidas por alimentos. Neste trabalho, foi realizado um diagnóstico da contaminação por coliformes fecais, Escherichia coli, Listeria monocytogenes, Salmonella sp. e Staphylococcus spp. na linha de produção de queijo de coalho em uma indústria de laticínios, na região metropolitana de Fortaleza - CE. Um total de 100 amostras de alimentos, incluindo leite cru, leite pasteurizado, coalhada, queijo, e 165 amostras ambientais, incluindo ar ambiente, superfícies de equipamentos, móveis, utensílios, embalagem de polietileno, drenos, pisos, paredes e luvas utilizadas pelos manipuladores, foi coletado durante a fabricação de cinco lotes diferentes, a intervalos de 45-50 dias, no período de maio a outubro de 2004. As amostras ambientais foram analisadas quanto à presença de L. monocytogenes, Staphylococcus spp., enquanto as amostras de alimentos, também, foram analisadas quanto ao número mais provável (NMP) de coliformes totais e fecais, pesquisa de E. coli e de Salmonella sp. A contagem e identificação das bactérias analisadas foi realizada pelos métodos preconizados pelo Bacteriological Analytical Manual (FDA), exceto para L. monocytogenes que foi analisada segundo metodologia do Canadiam Health and Food Branch. Os isolados característicos do gênero Listeria foram identificados utilizando-se o kit API® Listeria e por meio da amplificação de fragmentos dos genes hly e actA, utilizando a técnica PCR. Cem isolados característicos de Staphylococcus sp. foram identificados pelo sistema API ¿ Staph (BioMérieux) e os 23 isolados identificados como S. aureus foram confirmados através da amplificação de um fragmento do gene femA pela técnica da PCR. A pesquisa dos genes sea, seb, sec, sed, see, sei e sej foi realizada em 32 cepas de Staphylococcus, utilizando PCR. A detecção de enterotoxinas foi realizada em 20 amostras compostas, através do método imunoenzimático ELFA empregando o sistema automatizado VIDAS® Staph enterotoxin II (BioMérieux). O leite cru apresentou elevada população de bactérias do grupo coliformes totais e fecais, com confirmação da presença de E. coli, evidenciando deficiências nas condições higiênico-sanitárias durante o processo de obtenção do leite. A presença de E. coli não foi constatada no leite pasteurizado, na coalhada e no queijo. Os níveis de coliformes totais e fecais detectados apresentaram-se superiores ao limite legal estabelecido para queijo de coalho (1.0 x 103NMP/g) em apenas um lote. Em 100% das amostras dos alimentos analisadas verificou-se ausência de Salmonella spp. A avaliação de 18 isolados característicos do gênero Listeria através do kit API® Listeria revelou três isolados de L. monocytogenes ¿atípicas¿, que não foram confirmadas, uma vez que não apresentaram amplificação dos fragmentos específicos para os genes hly e actA, indicando assim a possível ausência desse patógeno no ambiente de produção de queijo de coalho. A população de Staphylococcus sp. e de Staphylococcus coagulase positiva reduziram de 1,5 x 107UFC/mL e 5,0 x 106UFC/mL no leite cru para zero e no leite pasteurizado, respectivamente. Staphylococcus coagulase positiva foi detectado em 100% das amostras de leite cru (25/25) e em 8% das amostras de queijos (2/25). As contagens de Staphylococcus sp. em equipamentos e utensílios oscilaram entre <102 a 3,2 x 104UFC/cm2. Identificou-se 12 espécies de Staphylococcus através do kit API® Staph, sendo nove coagulase negativa e três coagulase positiva. No leite cru observou-se alta freqüência de espécies coagulase positiva, com prevalência de S. aureus. Nas demais amostras de produtos, luvas dos manipuladores, superfícies de equipamentos e utensílios a prevalência foi de espécies coagulase negativa. A presença de enterotoxinas estafilocócicas foi constatada em todas as amostras de um mesmo lote processado, desde a matéria prima até o produto final (queijo). De um total de 23 cepas de S. aureus identificados fenotípicamente (API® Staph - BioMérieux), 82,6% (19/23) foram positivas para o gene femA, demonstrando maior especificidade e poder discriminatório da analise molecular. A presença dos genes sea e sec foi detectada em 37,5% (12/32) das cepas analisadas, sendo estas pertencentes a cinco espécies de Staphylococcus / Abstract: Cheese is considered to be a frequent vehicle of food borne pathogens, especially fresh artisan cheeses. Amongst these, ¿coalho¿ cheeses stand out since they are frequently made from non-pasteurised milk, under unsatisfactory conditions of hygiene, in small-scale industries that fail to completely adopt the Good Manufacturing Practices (GMP). Thus the microbiological contamination of this product assumes prominent relevance with respect to public health, due to the risk of transmitting foodborne diseases. In this study a diagnosis for the contamination by faecal coliforms, E. coli, L. monocytogenes, Salmonella sp. and Staphylococcus spp. was carried out on the ¿coalho¿ cheese production line of a dairy in the metropolitan region of Fortaleza ¿ CE, Brazil. A total of 100 samples were taken from 5 different batches processed at intervals of 45-50 days from May to October, 2004, and comprised non-pasteurised and pasteurised milks, curd, cheese and 145 environmental samples, including the air, equipment and utensils surfaces, drains, floors, walls and gloves worn by cheese handlers. The environmental samples were analysed for the presence of L. monocytogenes and Staphylococcus spp., whilst the food samples were also analysed for the most probable number (MPN) of total and faecal coliforms and examined for the presence of E. coli and Salmonella spp. The isolation and counts of the microorganisms analysed were carried out using the methods presented in the Bacteriological Analytical Manual (FDA), except for L. monocytogenes, which was analysed according to the Canadian Health and Food Branch methodology. Isolates characteristic of the genus Listeria were identified using the API® Listeria kit and by amplifying fragments of the genes hly and actA using the PCR technique. A hundred isolates characteristic of Staphylococcus sp., were selected for identification by the API® - Staph system (BioMérieux). Twenty-three S. aureus strains were identified at the molecular level by amplifying a fragment of the gene femA. A search for the genes sea, seb, sec, sed, see, sei and sej was carried out by PCR in 32 strains of Staphylococcus. Enterotoxin detection was carried out for 20 compound samples using the ELFA immuno-enzymatic assay with the automatated VIDAS® Staph enterotoxin II (BioMérieux). The non-pasteurised milk presented a high count of the total and faecal coliform group with confirmation of the presence of E. coli, as evidence of deficiencies in the hygiene-sanitary conditions during milking. E. coli was not found in the pasteurised milk, curd or cheese, and the levels of total and faecal coliforms found were above the legal limits for ¿coalho¿ cheese (103MPN/mL) for one single batch. Salmonella spp. were absent in 100% of the samples analysed. Eighteen isolates characteristic of the genus Listeria were evaluated using the API® Listeria kit, and three ¿atypical¿ isolates of L. monocytogenes were found. These did not present amplification of the fragments specific for the genes hly and actA, raising the possibility of their absence in the ¿coalho¿ cheese production environment. The Staphylococcus sp. Population decreased from 1.5 x 107CFU/mL in the raw milk to zero in the pasteurised milk, whilst coagulase positive Staphylococcus decreased from 5.0 x 106CFU/mL in the raw milk to zero in the pasteurised milk. Coagulase positive Staphylococcus was detected in 100% of the raw milk samples (25/25) and in 8% of the cheese samples (2/25). Staphylococcus sp. counts oscillated between <102 and 3.2 x 104CFU/cm2 on the equipment and utensils. Both coagulase positive and negative Staphylococcus species were identified on the gloves of the cheese handlers. Twelve species of Staphylococcus were identified, 9 being coagulase negative and 3 being coagulase positive. A high frequency of coagulase positive species was observed in the raw milk, with prevalence for S. aureus. The prevalence of coagulase negative species was verified in the other samples of product, handlers¿ gloves, equipment and utensils surfaces. Staphylococcal enterotoxins were found in all the samples from one particular batch, from the raw material to the final product (cheese). Out of a total of 23 strains of S. aureus phenotypically identified (API® Staph ¿ BioMérieux), 82.6% (19/23) were positive for the gene femA, demonstrating the greater specificity and discriminatory power of the molecular analysis. The presence of the genes sea and sec was detected at a level of 37.5% (12/32) of the strains analysed of 5 Staphylococcus species / Doutorado / Doutor em Tecnologia de Alimentos

Orientador: Hyun Mo Yang / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Matematica, Estatistica e Computação Cientifica / Made available in DSpace on 2018-08-10T22:53:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jun_Yu_M.pdf: 2124885 bytes, checksum: eae1b1fab7ccca82763a311192386812 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: Bactérias que vencem a barreira física do organismo normal podem provocar reações inflamatórias localizadas. Essa reação é um dos componentes do sistema imunológico para conter invasão de micro-organismos ao corpo humano. Desenvolve-se um modelo matemático para descrever essa resposta do sistema imunológico, levando em consideração a patogenicidade das bactérias. Aplica-se os resultados para explicar a diferença de comportamento entre as bactérias estafilococos e estreptococos. O modelo mostra que a bactéria menos patogênica tem mais chances de superar a resposta do sistema imunológico inato / Abstract: When bacteria overcome physical barrier (skin or mucus of digestive and intestinal tracts), they induce local inflammatory reaction due to the action of innate immune system. We develop a mathematical model to describe the bacterial infection taking into account the its pathogenicity. The results are applied to assess the invasion by two species of bacteria (staphylococcus and streptococcus) through the human skin and respiratory tract. Streptococcus and staphylococcus are bacterial pathogens that cause infections in the skin and soft tissue. They present distinct characteristics. The staphylococcus invade the tissues releasing lethal toxins. While the streptococcus don¿t cause intense local destruction. However, we observe that streptococcus has a greater disposition in spreading into the host body and cause harms, although the staphylococcus is much more destructive to the tissues. The explanation for this phenomenon resides in the bacterium¿s capacity in provoking immune reactions. According to the mathematical model, the bacteria which managed to invade through the physical barrier of an healthy and immunecompetent individual, generally, are eliminated. The model showed that higher the lethality of toxins released by bacteria during multiplication process, stronger is the immune response. However, when the bacterium acts ¿silently¿, i.e., the bacterium can evade the local inflammatory reaction and escape to the blood vessels and spread out in the host organism causing infections in the multiple organs. This is due to the weak signalizing to attract macrophages to the infection site. The streptococcus cause relatively less destruction to the tissue cells, which induce few macrophage migration, as consequence, low per-capita rate of destruction of bacteria caused by macrophages / Mestrado / Matematica Aplicada e Computacional / Mestre em Matemática Aplicada

Orientador: Marcelo Brocchi / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-11T01:11:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Micas_AndreFernandoDitondo_M.pdf: 1496595 bytes, checksum: c51897315ae5950ced334700741f31cf (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: A violaceína é um composto indol, de intensa cor violeta que é produzido por Chromobacterium violaceum, uma bactéria ubíqua de zonas tropicais e subtropicais. Esta molécula apresenta inúmeras propriedades antimicrobianas, tais como agente antimicótico, antiviral e atividade contra certos protistas. Observações importantes apontam para uma atividade bactericida considerável, tornando premente um estudo mais aprofundado a cerca desta propriedade. No presente trabalho sondou-se a sensibilidade a este composto para algumas bactérias de interesse médico e um fitopatógeno, sua cinética de inibição do crescimento bacteriano, assim como se obtiveram importantes pistas sobre o mecanismo de ação. Foi encontrada atividade inibitória considerável para Staphylococcus aureus e Staphylococcus epidermidis, com uma maior inibição durante a fase estacionária, assim como para Xanthomonas axonopodis p.v passifloraceae. Através de micrografias eletrônicas pôde-se constatar profundas alterações na parede celular em S. aureus, indicando esta estrutura como sítio de atuação da violaceína, assim como através de espectrometria de massa (MALDI-TOF) a identificação de proteínas diferencialmente expressas por S. aureus na presença ou ausência de violaceína, indicando uma grande perturbação no metabolismo bacteriano, com inibição a alguns fatores de patogenicidade e também inibição da síntese protéica / Abstract: Violacein is a deeply violet indol compound produced by Chromobacterium violaceum, an ubique tropical and subtropical bacterium. This molecule presents many antimicrobial properties, like antimycotic, antiviral and activity against some protists. Important reports pointed to a considerable bactericide activity, which brings an extremely necessary quest. This work evaluated the resistance of many clinical bacteria, the violacein kinetic of bacterial growth inhibition and some cues about the mechanism of action of this molecule. It was obtained significant inhibition activity against Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis and Xanthomonas axonopodis p.v passifloraceae. From transmission electron micrographs it was observed profound disturbs on S. aureus cell wall, which indicates this structure as violacein site of action. By using mass spectrometry (MALDI-TOF) of proteins differently expressed from bidimensional gel electrophoresis of S. aureus treated and not-treated with violacein, it was found a strong metabolic disturb, with inhibition of some pathogenical factors and inhibition of proteic synthesis / Mestrado / Microbiologia / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Linezolida foi o primeiro fármaco da classe das oxazolidinonas a ser aprovado para o uso clínico. Esta nova oxazolidinona inibe a síntese protéica impedindo a formação do complexo de iniciação formado pelo mRNA, tRNA f-Met e a subunidade 50S do ribossomo bacteriano. Embora a resistência à linezolida possa ser mediada pelo produto do gene cfr ou por mutações nas proteínas ribossômicas L3, L4 e L22, o mecanismo de resistência mais comum envolve mutações no domínio V do gene rRNA 23S. Entre março de 2008 a dezembro de 2011, 38 cepas de estafilococos coagulase-negativos (SCNs) resistentes à linezolida (20 S. epidermidis, 14 S. haemolyticus, 3 S. hominis e 1 S. warneri) isoladas de hemoculturas e pontas de cateter de pacientes internados em dois hospitais terciários do Estado de São Paulo foram incluídas neste estudo para a determinação dos mecanismos de resistência e análise da estabilidade do fenótipo resistente. As cepas de SCNs apresentaram altos níveis de resistência à linezolida (CIMs de 16-128 &#181;g/ml) e foram multi-resistentes, permanecendo sensíveis à vancomicina e teicoplanina. A mutação G2576T foi identificada no domínio V do gene rRNA 23S em todas as cepas de SCNs, exceto em uma cepa de S. haemolyticus. O gene cfr e mutações nas proteínas L4 e L22 não foram detectados. Em relação à proteína L3, todas as cepas de S. epidermidis do hospital A, incluindo a cepa controle sensível à linezolida, apresentaram a substituição Leu101Val, sugerindo que essa mutação seja um marcador clonal dessa população sem envolvimento com a resistência à linezolida. A única cepa proveniente do hospital B (S. epidermidis) foi selvagem para essa proteína ribossômica. Somente uma cepa de S. haemoyticus teve uma mutação no gene rplC, resultando na alteração Val154Leu. Em S. hominis, a mutação Phe147Ile foi identificada em uma cepa, enquanto a associação de Gly139Arg e Met156Thr foi observada nas outras duas cepas dessa espécie. A identificação dessas mutações na proteína L3 de cepas de S. haemoyticus e S. hominis resistentes à linezolida reforça o papel desses sítios na aquisição da resistência ao fármaco em Staphylococcus spp. No entanto, a presença de G2576T no rRNA 23S torna difícil determinar exatamente qual o envolvimento das mutações na L3 com os elevados níveis de resistência à linezolida apresentados por essas cepas. Na ausência da pressão seletiva do antimicrobiano, após 130 passagens, a resistência à linezolida mediada pela mutação G2576T permaneceu estável nas cepas de SCNs deste estudo, as quais, de acordo com os perfis de restrição do domínio V gerados por NheI, tinham tanto alelos rRNA 23S selvagens como mutados. O sequenciamento individual do domínio V das diferentes cópias do gene rRNA 23S mostrou G2576T em todas as cópias amplificadas por PCR: 4/4 e 5/5 em S. epidermidis e 3/3 em S. haemolyticus (CIMs de 16-32 &#181;g/ml). A estabilidade da cópia rRNA 23S mutada foi observada mesmo em uma cepa S. epidermidis sensível à linezolida, a qual apresentou uma redução da CIM de 4 para 1 &#181;g/ml mantendo seu único alelo mutado ao longo do processo de reversão ao fenótipo sensível. A similaridade genética foi determinada por PFGE e mostrou uma disseminação clonal das diferentes espécies de SCNs resistentes à linezolida. A análise das cepas de S. epidermidis por MLST mostrou a ocorrência do clone ST-2 (CC2) nos dois hospitais. O aumento da pressão seletiva devido a exposições cada vez mais frequentes à linezolida, provavelmente, favoreceu a seleção e a disseminação de clones endêmicos de SCNs com a mutação G2576T na instituição A desde 2008. De forma diferente, o uso mais restrito do fármaco na instituição B poderia explicar a ocorrência isolada de uma única cepa resistente desde 2005. / Linezolid was the first agent of the oxazolidinone class to be introduced clinically. This oxazolidinone inhibits protein biosynthesis by preventing the formation of the initiation complex that consists of the mRNA, the f-Met tRNA and the 50S subunit of the ribosome. Although linezolid resistance has been mediated by the cfr-encoded product or by ribosomal proteins (L3, L4 and L22), the most common mechanism of resistance involves mutations in the central loop of domain V of the 23S rRNA gene. From March 2008 to December 2011, 38 coagulase-negative staphylococci (CNS) strains (20 S. epidermidis, 14 S. haemolyticus, 3 S. hominis e 1 S. warneri) exhibiting resistance to linezolid were isolated from blood and catheter cultures from patients in two tertiary care hospitals in the State of São Paulo and were included in this study for the ascertainment of the resistance mechanisms to this antimicrobial agent and for the analysis of the stability of this resistance. The strains exhibited high-level resistance to linezolid (MICs 16-128 &#181;g/ml) and all were multidrug resistant, remaining susceptible to vancomycin and teicoplanin. The G2576T mutation in domain V region of 23S rRNA was identified in all isolates, except in a linezolid-resistant S. haemolyticus strain. The cfr gene and mutations in ribosomal proteins L4 and L22 were not detected. Regarding L3 protein analysis, all S. epidermidis strains of hospital A, including the linezolid-susceptible control strain, showed the L3 Leu101Val mutation, suggesting that this alteration is probably not involved in linezolid resistance. The one strain from hospital B (S. epidermidis) was wild-type for this ribosomal protein. Only one S. haemolyticus strain had a mutation in the L3 protein, Val154Leu. Two S. hominis strains showed Gly139Arg/Met156Thr mutations whereas one strain had Phe147Ile in L3 protein. The identification of these mutations in L3 protein of the linezolid-resistant S. haemolyticus and S. hominis strains strengthens the role of these sites in the acquisition of linezolid resistance in Staphylococcus spp. However, the presence of G2576T in the 23S rRNA gene makes difficult to determine exactly the role of L3 mutations in conferring elevated linezolid MIC values showed by these clinical strains. In the absence of antibiotic pressure, after 130 passages, linezolid resistance was stable in the clinical strains of this study, which did not have all copies of the 23S rRNA gene mutated, according to the restriction of the domain V fragment with NheI enzyme. Sequencing of the individual copies of the 23S rRNA gene in the serially passaged strains showed G2576T in all amplified copies by PCR: 4/4 and 5/5 in S. epidermidis and 3/3 in S. haemolyticus strains (MIC of 16-32 &#181;g/ml). The stability of the mutant rRNA copy was also observed in the linezolid-susceptible S. epidermidis strain (MIC of 4 &#181;g/ml). After the passages in antibiotic-free medium, the linezolid MIC of this strain fell to 1 &#181;g/ml and the G2576T mutation persisted in one 23S rRNA gene copy. The clonal relatedness of the strains was determined by PFGE and revealed a clonal dissemination of different CNS species. Regarding MLST analysis, all S. epidermidis strains belonged to the sequence type ST2 (CC2). Most likely, the increased selective pressure has contributed to the selection of endemic linezolid-resistant CNS clones showing the G2576T mutation that have been disseminated in the institution A since 2008. Differently, the restricted use of linezolid in the institution B could explain the occurrence of a single resistant strain since 2005.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:07:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao greyciele.pdf: 888336 bytes, checksum: 01c4c81ad67f9086695cf5933094cc38 (MD5) Previous issue date: 2011-03-01 / Muitas terapias antimicrobianas são usadas para o tratamento das piodermites, inflamação cutânea piogênica associada à infecção bacteriana, sendo o Staphylococcus pseudintermedius a principal espécie envolvida. As infecções estafilocócicas se tornam mais graves quando a cepa envolvida na doença é multirresistente, acarretando dificuldade adicional para o controle de infecções causadas por esse agente. O presente estudo pesquisou a presença de Staphylococcus spp. multirresistentes e verificou o perfil de suscetibilidade a antimicrobianos de isolados de cães sadios e com piodermite. As amostras foram colhidas com suabes estéreis da pele de 50 cães sadios e de 40 cães apresentando quadro clínico de piodermite (não importando a etiologia). Foram realizados cultura bacteriológica do material colhido e isolamento das cepas de Staphylococcus spp. para identificação das espécies de acordo com suas características fenotípicas. Posteriormente, os isolados foram testados quanto ao perfil de suscetibilidade aos antimicrobianos por meio de antibiograma. Realizou-se ainda, teste fenotípico de resistência à oxacilina e técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) para detecção de cepas de Staphylococcus spp. multirresistentes, portadoras do gene mecA. A resistência à oxacilina (prova fenotípica e identificação do gene mecA) foi apresentada por 23,6% (17/72) dos isolados e a multirresistência por 29,7% (21/72). As maiores suscetibilidades foram verificadas para os seguintes antimicrobianos: Cefalexina (84,7%); Amoxacilina (75%); Oxacilina (72,2%); Cefoxitina (79,2%). As maiores resistências: Tetraciclina (40,3%); Eritromicina (34,7%); Clindamicina (33,3%); Ciprofloxacina (26,4%); Oxacilina (23,6%); Sulfametazol-trimetoprim (22,2%). Apesar do isolamento de cepas multirresistentes, os resultados indicaram um alto nível de suscetibilidade das mesmas aos antimicrobianos normalmente utilizados no tratamento de infecções estafilocócicas. O isolamento de Staphylococcus spp. resistentes à meticilina (MRS), em espécimes clínicos e sadios, demonstrou que os cães podem atuar como reservatórios e posteriormente disseminarem esses patógenos na comunidade

Made available in DSpace on 2017-07-10T17:48:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Gilberto_Henrique_Simoes.pdf: 609344 bytes, checksum: c392f5329a574e72a4a5033766bd505a (MD5) Previous issue date: 2014-04-15 / The complexity and diversity of the dairy production chain in the country are due to the different types of dairy production systems and their specific characteristics, among them, the spatial and cultural differences found across the country, making it difficult to standardize the production, planning, technicization and especially the microbiological quality of the raw material in the dairy chain. In order to illustrate the dairy production systems, the managements, critical points of contamination, isolation and identification of the main factors involved in the contamination in Marechal Cândido Rondon - PR, some experiments were conducted. Initially it was performed a selection among 735 dairy production systems for semi - structured guides (production characteristics and general management) and cluster analyzes, which formed five distinct and homogeneous groups of dairy production systems. Only 10% of properties were selected to represent each group, totalizing 73 properties. Subsequently it was analyzed the milk cooling tanks for the somatic cell count (SCC) and total the bacterial count (TBC). After the counts, only 35 properties were selected for the research because they showed contaminations rates above current limits for SCC and TBC according to the MAPA regulation (IN 62). After the formation of the systems, collections related to the research were made, which consisted of the semi-structured questionnaire guide (hygienic-sanitary management), milk collection of the tank and swabs of critical points of contamination in milk production (hand of the milker, milking machine and cooling tank). The experiment was proceeded with microbiological analysis and quantification of Staphylococcus sp, hand of the milker, milking machine, tank and milk 9.6 x103, 2.2 x104, 1.4 x104 and 3.8 x103 CFU/mL respectively, and quantification, isolation and identification of proteolytic and lipolytic bacterias, in which the agents of highest incidence were Escherichia coli, Escherichia fergusoni, Yersinia enterocolitica and Klebsiella oxytoca both with 8.6% frequency in the different dairy production systems studied / A complexidade e diversidade da cadeia produtiva leiteira existente no país devem-se aos diferentes tipos de sistemas produtivos leiteiros e as características próprias que os envolvem, entre elas as diferenças espaciais e culturais encontradas em todo o território nacional, dificultando assim uma padronização na produção, planejamento, tecnificação e principalmente da qualidade de produção microbiológica da matéria-prima na cadeia leiteira. Afim de caracterizar os sistemas de produção leiteiros, os manejos empregados, pontos críticos de contaminação e de isolamento e identificação dos principais agentes envolvidos nas contaminações da microrregião de Marechal Cândido Rondon PR, estudos foram realizados. Inicialmente efetuou-se seleção dentre 735 sistemas de produção leiteiros, nestes foram aplicados guias semiestruturados para levantamento de características de produção e manejo produtivo. A partir destes resultados foram empregadas técnicas de formação de clusters. Foram definidos cinco grupos homogêneos e distintos. Em cada grupo, 10% dos casos foram selecionados, totalizando 73 sistemas produtivos leiteiros. Posteriormente analisou-se o leite dos tanques de resfriamento para contagem de células somáticas (CCS) e contagem bacteriana total (CBT). Após as contagens, 35 propriedades foram selecionadas paras as pesquisas, pois obtiveram contaminações acima dos limites vigentes de CCS e CBT de acordo com IN 62 do MAPA. Após a formação dos sistemas sucedeu-se coletas referentes às pesquisas, que consistiram de questionário semi-estruturado, contemplando variáveis relativas ao manejo higiênico-sanitário, bem como, coleta de leite do tanque e swabs de pontos críticos de contaminação na produção leiteira, tais como: mão do ordenhador, ordenhadeira e tanque de resfriamento. Procedeu-se com análises microbiológicas e a quantificação de Staphylococcus sp da mão-do-ordenhador, ordenhadeira, tanque e leite 9,6x103, 2,2x104, 1,4x104 e 3,8x103 UFC/mL respectivamente; e quantificação, isolamento e identificação de bactérias proteolíticas e lipolíticas, nos quais os agentes de maior incidência foram a Escherichia coli, Escherichia fergusoni, Klebsiella oxytoca e Yersinia enterocolitica ambos com 8,6% de frequência nos diferentes sistemas de produção leiteiros estudados

Orientador: Luiz Augusto do Amaral / Banca: Laura Satiko Okada Nakaghi / Banca: Karina Paes Bürger / Banca: Ana Maria Centola Vidal Martins / Resumo: A carcinicultura é uma atividade que vem se expandindo, assim como o consumo do camarão, considerado um alimento saudável por sua qualidade nutricional. Nesse contexto é importante garantir a oferta de um produto de qualidade microbiológica, que atenda às exigências do mercado alimentício e não ofereça riscos à saúde do consumidor. Assim, objetivou-se verificar a relação entre a contaminação do camarão Macrobrachium amazonicum e o ambiente de criação, além de comparar os resultados obtidos com a legislação vigente. Para tanto, foi verificada a qualidade microbiológica do camarão, sedimento e água do viveiro onde estes foram cultivados, enumerando coliformes totais e termotolerantes e Staphylococcus coagulase positiva, e verificando a presença de Escherichia coli patogênica e Salmonella spp. Os resultados evidenciaram que as amostras de água encontraram-se em conformidade com os limites estabelecidos pela legislação, enquanto que para camarão uma amostra estava fora do limite exigido para Staphylococcus coagulase positiva e para Salmonella spp. as demais apresentavam-se de acordo com a legislação. As amostras de camarão apresentaram correlação com a água e sedimento do viveiro, demonstrando que a contaminação microbiológica do viveiro reflete na qualidade do camarão. O monitoramento da qualidade da água e a adoção do manejo correto na carcinicultura assumem grande importância para garantir a produção de camarões de boa qualidade, atendendo às exigências do mercado para comercialização e a segurança na saúde do consumidor / Abstract: Shrimp farming is an activity that is expanding, as well as the consumption of shrimp, considered a healthy food due to your nutritional quality. In this context, it is important to ensure the supply of a product of microbiological quality, which meets the requirements of the food market and does not offer risks to consumer health. Thus, this study aim to verify the relationship between contamination of shrimp Macrobrachium amazonicum and culture environment and to compare the results obtained with the Brazilian legislation for water and shrimp. Thereunto, we investigated the microbiological quality of the shrimp, sediment and water of the pond where they were grown, enumerating total and thermotolerant coliforms and Staphylococcus coagulase positive, and investigating the presence of pathogenic Escherichia coli and Salmonella. The water samples were obeying the limits established by legislation, while a sample of shrimp was out of range required for Staphylococcus coagulase positive and for Salmonella all samples were in accordance with the law. Samples of shrimp were correlated with the water and sediment of the pond, showing that the microbiological contamination of the pond reflects the quality of shrimp. The monitoring of water quality and the adoption of the correct management in shrimp farming are very important to ensure that shrimp production of good quality, acordding the market requirements and consumer health safety / Mestre

A nivel mundial la piodermia es una de las enfermedades de la piel más diagnosticada en caninos. Entre los agentes involucrados se encontraba Staphylococcus intermedius, el que se creía el principal agente de las piodermias caninas; sin embargo, en el año 2005 fue reclasificado en 3 especies: S. intermedius, S. pseudintermedius y S. delphini. Posteriormente, estudios en diferentes países reportaron que el Staphylococcus pseudintermedius es en realidad el agente bacteriano más frecuentemente aislado en piodermias, seguidamente surgieron los primeros reportes de aislados resistentes a meticilina. Por otro lado, Staphylococcus aureus, patógeno importante en medicina humana, se aísla con más frecuencia en muestras de piodermias caninas, siendo estos potenciales reservorios para reinfecciones en humanos de cepas resistentes a antibióticos. Por ello, este estudio buscó determinar la presencia S. pseudintermedius y S. aureus en 141 aislados de Staphylococcus sp. provenientes de casos de piodermia canina del periodo 2016 - 2018. El ADN de los 141 aislados fue extraído y analizado mediante PCR-RFLP, el cual consistió en la amplificación del gen pta y la digestión con la enzima MboI. Obteniendo que los aislados de Staphylococcus sp. fueron identificados como Staphylococcus pseudintermedius en un 87.9%, 12.1% como otros Staphylococcus sp. y no se detectó Staphylococcus aureus. Concluyéndose que el Staphylococcus más frecuentemente involucrado en piodermias caninas es el Staphylococcus pseudintermedius; sin embargo, no se debe omitir el rol potencial que puede cumplir Staphylococcus aureus como patógeno en caninos. / Universidad Nacional Mayor de San Marcos (Lima). Vicerrectorado de Investigación y Posgrado / Tesis

Orientador: Maria Lourdes Ribeiro de Souza da Cunha / Banca: Carlos Magno Castelo Branco Fortaleza / Banca: Elisabeth Loshchagin Pizzollitto / Banca: Elisa Yoko Hirooka / Bnaca: Tereza Cristina Rocha Moreira de Oliveira / Resumo: Staphylococcus aureus juntamente com outras espécies de estafilococos coagulase-negativa são importantes patógenos responsáveis por infecções nosocomiais associadas ao uso de dispositivos implantáveis. O fator mais importante na patogênese de infecções estafilocócicas associadas a estes dispositivos é a habilidade do patógeno de formar biofilme, que confere proteção contra o sistema imunológico do hospedeiro e da ação de antimicrobianos, sendo o Polissacarídeo de Adesão Intercelular (PIA) codificado pelo operon icaADBC o principal componente do biofilme estafilocócico. Esse estudo objetivou estudar a estrutura do biofilme de diferentes espécies de Staphylococcus, avaliar a antibioticoterapia utilizada para tratamento dessas infecções em células livres e em biofilme e alternativas para prevenção da formação de biofilme. Foram estudadas 200 amostras de Staphylococcus spp. sendo 50 da espécie S. aureus e 150 do grupo dos estafilococos coagulase-negativa (ECN), incluindo 50 amostras de S. epidermidis, 20 S. haemolyticus, 20 S. warneri, 20 S. hominis, 20 S. lugdunensis e 20 amostras de S. saprophyticus isoladas de pacientes do Hospital das Clínicas (HC) da Faculdade de Medicina de Botucatu (FMB). As amostras foram submetidas à pesquisa dos genes icaADBC pela reação em cadeia da polimerase (PCR) e à expressão pela técnica de Transcriptase Reversa-PCR (RT-PCR). A produção de biofilme foi verificada através dos métodos fenotípicos de aderência ao tubo de borossilicato e na placa de poliestireno. A determinação da concentração inibitória mínima em células planctônicas e em biofilme foi testada para as drogas oxacilina, vancomicina, eritromicina, gentamicina, linezolida e sulfametoxazol-trimetropim pelo método de microdiluição em caldo. O teste do peptídeo (RIP) na prevenção da formação de biofilme foi realizado com cultura de bactérias em TSB glicose 2% com pontas de cateteres e ... / Abstract: Staphylococcus aureus, together with other coagulase-negative staphylococci (CoNS), is an important pathogen that causes nosocomial infections associated with the use of implantable devices. The most important factor in the pathogenesis of staphylococcal infections associated with these devices is the ability of the pathogen to form a biofilm, which protects bacteria against the host immune system and against the action of antimicrobial drugs. The main component of staphylococcal biofilms is polysaccharide intercellular adhesin (PIA), which is encoded by the icaADBC operon. The objectives of this study were to investigate the structure of biofilms of different Staphylococcus species, to evaluate the effect of antibiotics used to treat these infections on planktonic and biofilm cels, and to identify alternatives for the prevention of biofilm formation. A total of 200 Staphylococcus spp., including 50 S. aureus and 150 CoNS strains (50 S. epidermidis, 20 S. haemolyticus, 20 S. warneri, 20 S. hominis, 20 S. lugdunensis and 20 S. saprophyticus), isolated from patients seen at the University Hospital of the Botucatu School of Medicine (HC-FMB), were studied. The presence of the icaADBC genes was investigated by the polymerase chain reaction (PCR) and their expression was determined by reverse transcriptase-PCR (RT-PCR). Biofilm formation was evaluated using the phenotypic method of adherence to borosilicate tubes and polystyrene plates. The minimum inhibitory concentration (MIC) of oxacillin, vancomycin, erythromycin, gentamicin, linezolid and sulfamethoxazole-trimethoprim for planktonic and biofilm cells was determined by the broth microdilution method. The effect of RNA-inhibiting peptide (RIP) on the prevention of biofilm formation was tested using bacterial cultures grown in TSB-2% glucose containing catheter tips and visualization by scanning electron microscopy and on polystyrene plates. The icaA gene was detected by PCR in 97 (48.5%) ... / Doutor

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2016-09-06T20:24:13Z No. of bitstreams: 1 ThiagoAndreCidral_DISSERT.pdf: 3578139 bytes, checksum: bcb8c85feab01e028e946691a0776a04 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2016-09-06T23:31:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ThiagoAndreCidral_DISSERT.pdf: 3578139 bytes, checksum: bcb8c85feab01e028e946691a0776a04 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-06T23:31:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ThiagoAndreCidral_DISSERT.pdf: 3578139 bytes, checksum: bcb8c85feab01e028e946691a0776a04 (MD5) Previous issue date: 2016-01-15 / Os Estafilococos Coagulase Negativos (ECN) s?o microrganismos pertencentes ? microbiota normal da pele e de mucosas dos seres humanos e de animais. A maioria das infec??es causadas por ECN est?o relacionadas ao uso de dispositivos m?dicos invasivos que ao lesionar a integridade da pele servem de base para a forma??o de biofilmes, um importante fator de virul?ncia. Grande parte dos isolados de coagulase negativo s?o provenientes de hemoculturas e pontas de cateter e nos ?ltimos anos vem se tornando um grave problema no que diz respeito ? antibioticoterapia, em virtude do n?mero elevado de cepas multirresistentes descritas. O objetivo deste trabalho foi pesquisar resist?ncia ? linezolida em estafilococos coagulase negativos resistentes ? meticilina isolados de ponta de cateter e hemocultura de hospitais p?blicos e privados da cidade do Natal. Os isolados bacterianos foram coletados a partir de demanda espont?nea em Hospitais P?blicos e Privados. O g?nero Staphylococcus foi confirmado atrav?s dos testes de rotina como colora??o de Gram, prova da catalase da coagulase livre. A identifica??o a n?vel de esp?cie foi realizada atrav?s de testes bioqu?micos convencionais. Algumas amostras tiveram sua identifica??o confirmada pelos sistemas VITEK 2 e MALDI-TOF. O perfil de resist?ncia aos antimicrobianos foi avaliado atrav?s da t?cnica de disco-difus?o (CLSI 2013). A Concentra??o Inibit?ria M?nima para vancomicina e linezolida foi determinada atrav?s do uso de E-test e a presen?a dos genes mecA e cfr foi confirmada pela t?cnica da Rea??o em Cadeia da Polimerase. Algumas amostras tiveram a regi?o V da subunidade 23S do gene do rRNA sequenciadas e analisadas. Posteriormente, as mesmas foram submetidas a t?cnica do PFGE para determina??o do seu pulsotipo. Dos 43 estafilococos coagulase negativos resistentes ? oxacilina inclu?dos neste estudo, 33 (77%) foram identificados como S. epidermidis, 6 (14%) como S. haemolyticus, 3 (7%) como S. homins e 1 (2%) como S. capitis. Os isolados de hemocultura representaram 86% (37) e os de ponta de cateter 14% (6). As amostras apresentaram um perfil de multirresist?ncia, uma vez que 42 dos 43 isolados apresentaram resist?ncia ? 4 ou mais classes de drogas. Todas apresentaram o gene mecA. Nenhuma amostra apresentou resist?ncia ? vancomicina. Tr?s cepas de S. hominis e duas de S. epidermidis, apresentaram resist?ncia ? linezolida com CIM variando entre 6 e 64 ?L/mL. Quando investigadas, apresentaram duas muta??es pontuais (C2190T e G2603T) na regi?o V do gene para rRNA 23S. Nenhuma destas apresentou o gene cfr. O PFGE dos S. hominis revelou a presen?a de um ?nico pulsotipo em 3 hospitais, enquanto n?o foi encontrado semelhan?a gen?tica entre os S. epidermidis. Estes achados destacam a import?ncia da vigil?ncia continuada em rela??o a resist?ncia a linezolida no g?nero Staphylococcus. / Coagulase Negative Staphylococci (CoNS) belong to the normal microbiota of the skin and mucous membranes of humans and animals. The most of the infections caused by CoNS are a serious problem, since an elevated number of multi-drug resistant strains. The objective of this study was to investigate resistance to linezolid in methicillin-resistant coagulase negative staphylococci isolates from hospitals in the city of Natal. Bacterial samples were collected from spontaneous demand from Public and Private Hospitals of the city of Natal-RN. The identification staphylococci of the species were conducted by conventional biochemical. Some Samples had the identification to the species level confirmed by automated methodologies VITEK 2? and VITEK MS?. The resistance profile was evaluated with use of the disk diffusion technique (CLSI, 2013). The MIC to vancomycin and linezolid were determined by using E-test method. The antimicrobial resistance profile was evaluated by disk diffusion technique (CLSI 2013). The Minimum Inhibitory Concentration linezolid and vancomycin were determined by using E-test and the presence of the mecA gene and cfr was confirmed by the technique of Polymerase Chain Reaction. Some samples had the V region of the subunit 23S rRNA gene sequenced and subjected to PFGE technique for determining its pulsotype. Of the 43 coagulase negative staphylococci resistant to methicillin included in this study, 33 (77%) were identified as S. epidermidis, 6 (14%) as S. haemolyticus, 3 (7%) as S. homins and 1 (2%) as S. capitis. The catheter tip isolates accounted for 14% (6) and the blood culture 86% (37). Samples showed an alarming resistance profile, since 98% of the isolates were resistant to four or more class drugs. All were positive for mecA gene. No samples were resistant to vancomycin. Three S. hominis and two S. epidermidis exhibited linezolid resistance with MIC ranging from 6 to 64 ?L/mL. None of the samples had the cfr gene. When investigated, they showed two point mutations each (C2190T and G2603T) in the V region of the 23s rRNA gene. None of them was the cfr gene. The S.hominis of PFGE showed the presence of a single pulsotype in three hospitals, suggesting a clonal spread, while it was not found genetic similarity among S. epidermidis. These findings highlight the importance of continued vigilance of linezolid resistance in the genus Staphylococcus.