Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-15Bitstream added on 2014-06-13T19:12:55Z : No. of bitstreams: 1 dias_es_me_sjrp.pdf: 1177689 bytes, checksum: f1f230e591b3ef47a8155f3bc9916e14 (MD5) / Três modelos têm sido propostos para explicar o modo de expansão dos elementos de transposição nos genomas – master gene, transposon e intermediário. O modelo master gene aplica-se à situação em que existe apenas uma única sequência ativa, de uma subfamília particular, que dá origem às demais sequências, as quais não apresentam capacidade de mobilização, enquanto o modelo transposon assume que todas as sequências de uma subfamília são ativas. Por outro lado, o modelo intermediário, considera que algumas cópias apresentam capacidade de mobilização e outras permanecem inativas. Os modelos propostos podem ser relacionados aos mecanismos de transposição, copy-and-paste e cut-and-paste, característicos das classes de elementos transponíveis I e II, respectivamente. Contudo, os estudos de dispersão intragenômica se concentram em elementos da classe I sem LTRs. Com o objetivo de ampliar o entendimento da dinâmica de dispersão genômica dos elementos de transposição e buscando verificar se os modelos propostos para a dispersão dos retroposons ajustam-se aos transposons e aos retrotransposons, foram analisados o transposon Bari e o retrotransposon 412 no genoma das espécies do grupo melanogaster de Drosophila e em populações naturais de D. melanogaster e D. simulans. Assim, buscas por seqüência similares a ambos os elementos selecionados foram realizadas nos genomas seqüenciados de seis espécies do grupo melanogaster; bem como, foram amplificadas, clonadas e sequenciadas cópias presentes nas populações naturais de ambas as espécies. Foram reconstruídas as relações evolutivas entre as sequências dos genomas, como também entre aquelas das populações naturais por meio do programa Network, utilizando o algoritmo Median Joining. Nossos resultados indicam a ausência de um modelo único de dispersão para ambos os elementos... / Three models have been proposed to explain the expansion of transposable elements within genomes - master gene, transposon and intermediate. The master gene model applies to situations in which there is only one active sequence of a particular subfamily, which gives rise to other sequences which have no capacity for mobilization, while the transposon model assumes that all sequences of a subfamily are active. On the other hand, the intermediate model considers that some copies have the capacity for mobilization and others remain inactive. The proposed models can be related to mechanisms of transposition, copy-and-paste and cut-and-paste, characteristic of class I and II of transposable elements, respectively. However, studies of intragenomic dispersion concentrate on elements of the class I without LTRs. Aiming at enhancing the understanding of the transposable elements genomic dynamics of dispersion and trying to verify whether the proposed models for dispersion of retroposons fit to transposons and retrotransposons, we analyzed the retrotransposon 412 and Bari transposon in the genome of the species melanogaster group of Drosophila and in natural populations of D. melanogaster and D. simulans. Thus, searches for sequences similar to both elements were done in the sequenced genomes of six species of the melanogaster group; as well as copies present in natural populations of both species were amplified, cloned and sequenced. We reconstructed the evolutionary relationships between the sequences of the genomes, as well as those amplified from samples of wild populations through the Network program, using the Median Joining algorithm. Our results indicate the absence of a single model of dispersion for both transposable elements, Bari and 412, in the different species analyzed, as well as in the populations of both species... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-06-28Bitstream added on 2014-06-13T18:43:16Z : No. of bitstreams: 1 marchesin_src_dr_sjrp.pdf: 719824 bytes, checksum: 27f6c7b9b1235bdfcec78f2741f543a0 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / A proposta do presente trabalho foi analisar as relações de proximidade genética e evolutiva entre espécies de Chiroptera, a partir da utilização da técnica PCR-RFLP para a obtenção de dados moleculares para os genes mitocondrial 12/16S e nuclear RAG2. A variabilidade detectada no presente estudo para as diferentes espécies é extremamente importante e poderá orientar ou subsidiar estudos com diferentes finalidades. A complexidade dos táxons de Chiroptera observada em outras análises, como citogenética e morfológica também foi revelada pela análise de RFLP, reforçando a importância dessa metodologia nos estudos evolutivos do grupo. / The aim of this study was to assess the relationships of genetic and evolutive proximity among Chiroptera species, through the obtention of molecular data through mitochondrial (12/16S) and nuclear (RAG2) genes by PCR-RFLP technique. The variability detected by this study to the different species is extremely important and can direct or subsidize studies with different purposes. The complexity of Chiroptera taxa observed in cytogenetic and morphologic analyses was also revealed by the RFLP technique, reinforcing the importance of this methodology in evolutive studies of the group.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-25Bitstream added on 2014-06-13T18:43:21Z : No. of bitstreams: 1 lopes_fr_dr_sjrp.pdf: 1411366 bytes, checksum: ca55952aff87e294af96683898e3b1e3 (MD5) / Elementos de transposição (TEs) são entidades genéticas que podem ter profundos impactos, estrutural, funcional, intra e interespecíficos na evolução dos genomas. A contribuição dos TEs para formação de novas seqüências codificadoras de proteínas é de particular interesse porque sua inserção em exons pode alterar a seqüência protéica influenciando diretamente o fenótipo. Além disso, o estudo das condições que provocam a ativação de TEs, e os mecanismos que os regulam, justifica o interesse de se identificar TEs expressos em tecidos ou condições específicas. Este estudo foca tais questões usando um modelo vegetal: C. arabica, única espécie híbrida e poliplóide do seu gênero, derivada de uma hibridização recente e natural entre C. canephora e C. eugenioides. As análises foram realizadas por meio de uma variedade de abordagens: 1) análises computacionais usando uma combinação de RepeatMasker, tBLASTx e diversas bibliotecas de TEs referência estocadas no Repbase; 2) análises de expressão baseadas em macroarranjos de DNA; e 3) avaliação do número de cópias e distribuição cromossomal de TEs ativos por Hibridização in situ fluorescente (FISH). Foram identificados 180 unigenes com fragmentos de TEs nas três espécies de café. Em uma primeira análise, com base em unigenes selecionados, foi possível sugerir 26 putativas proteínas com inserção de cassetes de TEs, demonstrando uma provável contribuição para a variabilidade do repertório protéico hospedeiro. Por outro lado, 327 ESTs similares a TEs expressos foram identificadas com uma possível abundância diferencial para duas famílias de Ty3/Gypsy (dea1 e Retrosat) identificadas em apenas duas bibliotecas de C. canephora (sementes e pericarpo). Análises de expressão mostraram que muitos dos mRNAs quiméricos e TEs ativos apresentam baixa expressão... / Transposable elements (TEs) are genetic entities that can have profound structural, intra, interspecific impacts in evolution of the genomes. The contribution of the TEs in the protein coding region is of particular interest because insertions of TE into exons can alter the protein sequence influencing directly the phenotype. Moreover, the analysis of the conditions that cause the TE activation and the mechanisms that regulate them justify the interest of identifying expressed TEs in tissues or specific conditions. This study focus such subjects using the plant model: C. arabica, unique hybrid species and polyploidy of their genus, derived of a recent and natural hybridization between C. canephora and C. eugenioides. The analyses were performed by a variety of approaches: 1) computational analyses using a combination of RepeatMasker, tBLASTx e several libraries of reference TEs stored in Repbase; 2) expression analysis based in macroarrays; and 3) evaluation of copy number e chromosomal distribution of expressed TEs by Fluorescent in situ hybridization (FISH). 180 unigenes containing TE fragments were identified in the three Coffea species. Based in selected unigenes, it was possible to identify 26 putative proteins harboring TE-cassettes, demonstrating a probable contribution for the host protein repertory variability. In addition, 327 ESTs similar to expressed TEs were identified with a probable differential abundance for two families of Ty3/Gypsy (dea1 and Retrosat) identified only in two cDNA libraries from C. canephora (seeds and pericarp). Our expression analyses showed that most of the chimerical mRNAs and expressed TEs has low or null expression. On the other hand, several transcripts had their expression reestablished in cell culture treated with Cycloheximide, a drug that permit the accumulation of transcripts previously silenced by reverting a mechanisms... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-03-04Bitstream added on 2014-06-13T19:02:43Z : No. of bitstreams: 1 commar_ls_dr_sjrp.pdf: 852767 bytes, checksum: e3a9c62f0db6a8539e3d084f2426b7ee (MD5) / Zaprionus indianus é uma espécie de mosca de origem africana que se dispersou pelas regiões tropicais da Ásia e das Américas. Grande interesse tem sido despertado sobre essa espécie, principalmente pela recente expansão da sua área de distribuição com a invasão do continente americano, ocorrida na década de 90. Hoje, indivíduos dessa espécie são encontrados em uma larga amplitude latitudinal, do Uruguai a Belém (Brasil), além do Panamá (América Central) e Flórida (Estados Unidos). Tem sido proposta que a introdução de Z. indianus no Brasil ocorreu no Estado de São Paulo e de lá a espécie se propagou para outros estados brasileiros por meio do comércio de frutas. Entretanto, a rota de dispersão dessa espécie não foi ainda completamente estabelecida. Na tentativa de esclarecer essa questão, avaliamos a variabilidade genética de dois marcadores, um fragmento do gene COI (citocromo oxidase I), de 612 pb, e do gene ortólogo ao Est-6 de Drosophila melanogaster, de 747 pb, em 19 populações de Z. indianus, de diversas regiões geográficas, englobando África, Ásia e Américas. A análise do polimorfismo do gene ortólogo ao Est–6 mostrou uma elevada diversidade nucleotídica, resultado de substituições sinônimas, indicando seleção purificadora atuando neste gene, tanto nas populações ancestrais como nas invasoras. Para o propósito de estabelecer a rota de dispersão de Z. indianus, foi construída uma rede de haplótipos por meio do método “median-joning network” para os dois marcadores. Os resultados são inéditos, pois indicam a ocorrência de duas invasões no Brasil, ao contrário de estudos anteriores que sugeriram apenas uma. Esses resultados também sugerem que a invasão de Z. indianus na América do Norte se deu a partir de migrantes de populações brasileiras, e não africanas ou asiáticas. Essa invasão pode estar diretamente... / Zaprionus indianus is a species of an African origin which has dispersed through tropical Asian as well as South and North America regions. Great interest has been taken at this species, mainly for the fact that recently its distribution has been expanded to American continent due to the invasion probably occurred in the nineties. Nowadays individuals from this species are found in wide latitudinal extent, from Uruguay to Belem (Brazil), besides Panama (Central America) and Florida (The United States). It has been proposed that Z. indianus introduction in Brazil happened from the São Paulo to other Brazilian states through fruit trading, though this species’ dispersion route has not been completely established. In order to clarify this issue we evaluated genetic variability of two markers, a sequence of the gene COI (cytochrome oxidase I), 612 bp long and of the ortholog to Est-6 gene from Drosophila melanogaster, 747 bp long, in 19 populations of Z. indianus from several geographic regions, covering Africa, Asia and America. Polymorphism analysis of ortholog to Est-6 gene showed an elevated nucleotide diversity, resulting from synonym substitutions, indicating a purifying selection acting on this gene, which occurred in ancestral populations, as well as in the invader ones. Aiming at establishing the Z. indianus dispersion route, a haplotype network was built, using median-joining network method for the two markers. The results are unreleased, for they indicate the occurrence of two invasions in Brazil, in opposition to previous studies that have indicated just one. They also demonstrate that Z. indianus’ invasion in North America has happened from Brazilian population migrants, not African or Asian ones. This invasion can be directly related to the fact that Brazil is currently the third largest world fruit producer and exports over... (Complete abstract click electronic access below)

Os vírus, possuem uma rápida taxa evolutiva, acumulando variação genética em um intervalo de tempo acessível aos estudos epidemiológicos. Entre os vírus de RNA, o vírus da dengue Flavivirus é o agente da mais ampla doença viral transmitida por um inseto vetor do gênero Aedes que afeta países das regiões tropicais e subtropicais. Através de técnicas de inferência bayesianas por cadeia de Markov Monte Carlo, este estudo avaliou padrões de distribuição viral e evolução molecular dos quatro sorotipos de vírus da Dengue (DENV-I, II, III e IV) em 603 amostras da região do envelope distribuídas em 71 países e isolados por um período de 64 anos (1944 a 2008). Os resultados mostraram semelhanças nas taxas médias de evolução dos sorotipos (em torno de 7.5 x 10^-4 substituições/por sítio/por ano) com uma considerável sobreposição de 95% de probabilidade posterior. A coalescência das amostras conjuntas sugere que a primeira divergência entre os sorotipos aconteceu por volta de 330 d.C com processos de extinção, aparecimento e expansão de novas linhagens responsáveis pela diversidade intrasorotípica atualmente observada. As análises populacionais revelaram altas taxas de crescimento epidêmico relacionadas com introduções de sorotipos ocorridos principalmente nas Américas Central e do Sul. Padrões de distribuição geográfica mostraram forte estrutura espaço-temporal, principalmente no sudeste asiático e nas Américas. / Viruses evolve at a fast rate, allowing them to accumulate genetic variation in a range of time accessible to epidemyological studies. Among RNA viruses, the dengue virus Flavivirus is the agent of the most widespread viral disease transmited by a insect borne vector of the Aedes genus and affects tropical and subtropical zones. The MCMC Bayesian inference was used in this study assessed the patterns of the viral distribution and molecular evolution of four serotypes of dengue virus (DENV-I, II, III and IV). In total, 603 samples of the envelope from 71 countries that have been isolated for 64 years (1944-2008) were evaluated. Our results show similarities for the average rate of evolution of each serotype (about 7.5 x 10^-4 subst/site/year), with a considerable 95% superposition of HPD. When samples are taken together, the analysis coalescence suggests that the first divergence among serotypes happened at about 330 AD. Extinctions, expansions and the emergence of new lineages are responsible by the intra-serotypical diversity currently observed. Analysis of population show high rate of epidemic increase related to the introduction of new serotypes in Central and South America. Geographic distribution pattern show strong spatial and temporal subdivision, mainly in America and South Asia.

Submitted by Izabel Franco (izabel-franco@ufscar.br) on 2016-10-10T13:11:28Z No. of bitstreams: 1 DissJLO.pdf: 1924288 bytes, checksum: 2b2ce6a9b82a3dfb41ddb5f343fde1b7 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-20T19:39:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissJLO.pdf: 1924288 bytes, checksum: 2b2ce6a9b82a3dfb41ddb5f343fde1b7 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-20T19:39:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissJLO.pdf: 1924288 bytes, checksum: 2b2ce6a9b82a3dfb41ddb5f343fde1b7 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-20T19:39:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissJLO.pdf: 1924288 bytes, checksum: 2b2ce6a9b82a3dfb41ddb5f343fde1b7 (MD5) Previous issue date: 2014-02-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / The genus Anastrepha (Tephritidae) has several species of great economic importance due to their impact in fruticulture. We are particularly interested in the evolutionary history of Anastrepha fraterculus, the most relevant species in the closely related group of species fraterculus, which has undergone recent divergence and holds the majority of species of economic importance in the genus. To better understand the differentiation process and identification in the group, we need to find molecular and morphological markers that are involved with the differences between species. Reproductive genes have, in general, been very informative in this regard due to their rapid evolutionary rates, although few of them have been studied and characterized in this species so far. Therefore, the present study focuses on the exuperantia gene (exu), which participates in both oogenesis (localization of bicoid and oskar mRNAs) and spermatogenesis, since exu embryos from mutant mothers are unviable and males are sterile. Thus, the first step was to use Next generation sequencing strategies (RNA-seq) to structurally characterize and define expression patterns of this gene between sexes in the cephalic and reproductive tissues of A. fraterculus. A. fraterculus has similar structural and expression patterns to Drosophila melanogaster in reproductive tissues, in which the transcripts differ between sexes for the 5’ and 3’ untranslated regions (UTRs). We describe for the first time the expression of exu in cephalic tissues, involving a new isoform that is common to both sexes. All these alternative spliced transcripts share a common coding region, resulting in the same protein. We used the exu coding region, along with sequences from several Diptera to investigate the molecular evolution of exu in Cyclorrhapha. This group has experienced an enormous adaptive radiation, associated with molecular and morphological changes, and by comparing the dN/dS ratio between Cyclorrhapha and other Diptera we found that exu was subjected to positive selection in Cyclorrhapha for at least two sites in the coding region. One of the sites is present in the RNA exonuclease-like domain of exu. The second site is located in a not characterized region that is conserved and under purifying selection in Diptera, suggesting that it may be an important region of the protein. The adaptive changes found in exu may reflect an evolutionary gain that allowed its co-option for a new function the gene performs in Cyclorrhapha: the localization of bicoid in the anterior region of the oocyte, since bcd is a gene exclusive of Cyclorrhapha. / O gênero Anastrepha (Tephritidae) é de grande importância econômica devido ao seu impacto na fruticultura nacional. Estudamos aqui a história evolutiva de Anastrepha fraterculus, a espécie mais relevante do grupo fraterculus, o qual sofreu divergência recente e contém a maioria das espécies de importância econômica do gênero. Para entender melhor o processo de especiação nesse grupo, e auxiliar no processo de identificação taxonômica, precisamos estabelecer marcadores morfológicos e moleculares envolvidos com as diferenças entre as espécies. Genes envolvidos com a reprodução têm se mostrado bastante informativos para estes propósitos, devido às rápidas taxas evolutivas que apresentam, embora poucos tenham sido estudados e caracterizados nessas espécies até o momento. Nesse sentido, esse trabalho tem como foco o gene exuperantia (exu), que participa tanto da ovogênese (localização dos mRNAs bicoid e oskar) quanto da espermatogênese, uma vez que embriões formados a partir de fêmeas mutantes exu são inviáveis e machos mutantes exu são estéreis. Assim, o primeiro passo foi caracterizar estruturalmente e definir padrões de expressão desse gene entre os sexos nos tecidos cefálicos e reprodutivos em A. fraterculus. Utilizando sequenciamento de próxima geração (RNA-seq), identificamos um padrão estrutural e de expressão semelhante àquele de Drosophila melanogaster em tecidos reprodutivos: os transcritos diferem nas regiões não traduzidas (UTRs) 5’ e 3’ entre os sexos. Pela primeira vez identificamos a expressão de exu em tecidos cefálicos, envolvendo uma nova isoforma que é igual nos dois sexos. Em todos os casos, as regiões codificadoras são iguais, resultando na sequência proteica. Utilizamos essa região codificadora de exu junto com sequências de outras espécies de Diptera para investigar a evolução molecular de exu em Cyclorrhapha, que sofreu uma grande radiação adaptativa associada com alterações morfológicas e moleculares. Comparando a relação dN/dS entre Cyclorrhapha e outros Diptera, encontramos dois sítios sob seleção positiva em Cyclorrhapha, um deles presente no domínio semelhante à RNA exonuclease de exu. O segundo está presente em uma região não caracterizada para domínios proteicos, mas que é bem conservada e está sob seleção purificadora em Diptera, sugerindo ser uma região importante da proteína. As mudanças adaptativas encontradas em exu podem refletir um ganho evolutivo que permitiu sua co-optação para uma nova função em Cyclorrhapha: a de localização de bicoid na região anterior do ovócito, visto que bcd é um gene exclusivo de Cyclorrhapha.

Orientador: Eliana Morielle-Versute / Banca: Fernando de Camargo Passos / Banca: Luciana Bolsoni Lourenço / Banca: Guaracy Tadeu Rocha / Banca: Wagner André Pedro / Resumo: A proposta do presente trabalho foi analisar as relações de proximidade genética e evolutiva entre espécies de Chiroptera, a partir da utilização da técnica PCR-RFLP para a obtenção de dados moleculares para os genes mitocondrial 12/16S e nuclear RAG2. A variabilidade detectada no presente estudo para as diferentes espécies é extremamente importante e poderá orientar ou subsidiar estudos com diferentes finalidades. A complexidade dos táxons de Chiroptera observada em outras análises, como citogenética e morfológica também foi revelada pela análise de RFLP, reforçando a importância dessa metodologia nos estudos evolutivos do grupo. / Abstract: The aim of this study was to assess the relationships of genetic and evolutive proximity among Chiroptera species, through the obtention of molecular data through mitochondrial (12/16S) and nuclear (RAG2) genes by PCR-RFLP technique. The variability detected by this study to the different species is extremely important and can direct or subsidize studies with different purposes. The complexity of Chiroptera taxa observed in cytogenetic and morphologic analyses was also revealed by the RFLP technique, reinforcing the importance of this methodology in evolutive studies of the group. / Doutor

A família gênica Forkhead P {FOXP) tem sido alvo de muitos estudos envolvendo evolução do cérebro e comportamento animal. Destacam-se particularmente as investigações com o gene FOXP2, que indicam que mudanças neste gene estariam associadas com a evolução da vocalização em algumas espécies de mamíferos, incluindo o Homo sapiens. Recentemente, estudos de desordem intrínseca de proteínas (IDPs) tem ganhado ênfase no contexto evolut ivo, visto que uma correlação posit iva entre regiões de desordem e altas taxas evolutivas tem sido observada. Através de um conjunto de abordagens que inclui predizer o conteúdo de desordem e os motivos lineares de interação, bem como as taxas evolutivas, buscamos desvendar a historia evolutiva dos genes da subfamília FOXP. Concentramos nossas análises sobre regiões desordenadas das proteínas FOXPl, FOXP2, FOXP3 e FOXP4 encontradas em 77 espécies de tetrápodes. Tais regiões proteicas são normalmente negligenciadas em estudos dessa natureza, pois se localizam fora de seus tra dicionais domínios conservados, normalmente associados à função principal da proteína. Sít ios apontados estando sob seleção positiva e relaxamento da restrição seletiva mostraram-se hotspots importantes para mudanças que podem impactar na capacidade de interação das proteínas. Encontramos que os maiores valores de w são mais prevalentes em regiões desordenadas que em ordenadas. Ainda, alto e similar valor de desordem (70%) foi encontrado nas 77 proteínas ortólogas de FOXPl , FOXP2, e FOXP4, indicando a manutenção de um "padrão geral" sobre um longo tempo evolutivo. Portanto, a variabilidade tanto de aminoácidos quanto de motivos lineares dentro das regiões de desordem foi marcante. A proteína FOXP3 apresentou menor nível de desordem (30%), mas signif icante sinal de seleção positiva em alguns sítios. Composição idênt ica de resíduo de aminoácido e/ou motivos lineares em espécies filogeneticamente distantes, indica clara convergência molecular, provavelmente associada a pressões seletivas similares. Sucessivamente, nossos achados mostraram uma clara diferença na composição de motivos lineares entre mamíferos e não mamíferos, dando suporte para a importância dos estudos de evolução da interatividade proteica para as compreensões de características taxa-específicas. / Forkhead Family P (FOXP) has been target of many studies about brain and behavior evo lution among species. FOXP2 receives special attention in academic society, due associations with vocalízation evolution in mammals, including Homo sapiens. Recently, intrinsically disorder proteins studies have gained emphasis in the evolutionary context, as positive correlation between disorder regions and higher evolutionary rate has been observed. Through a set of approaches, including disorder and linear motif predictions, as well as estimate evolutionary rates, we aimed to unveil the evolutionary history of FOXP subfamily genes. We focused our ana lysis over disordered regions of FOXPl, FOXP2, FOXP3 and FOXP4 proteins retrieved in 77 tetrapods. Such protein regions are usually neglected in studies of this nature, for being localized out of the traditional conserved domains, usua lly associated with the main function of the protein. Sites indicated as under relaxation of selective constrains or positive selection have shown to be important hotspots for changes that can impact in protein interaction capability. Higher w va lues are prevalent in disordered regions than in ordered ones. Still, high and similar disorder proportion (~70%) was found among 77 orthologues proteins of FOXPl, FOXP2 and FOXP4, indicating general pattern of disorder maintenance, along tetrapod's evolutionary tree. However, amino acid and linear motifs variability within disordered regions was observed. FOXP3 protein presented lower disorder leveis (~30%), when compared with other paralogues, but signal of positive selection was observed in some sites. ldentical composition of amino acid residues and/or linear motifs is, probably, associated with similar selective pressure. Successively, ou r results showed clear differences in linear motif composition between mammals and non-mammals, supporting the importance of evolutionary studies on protein interaction for the understanding of taxa-specifics characteristics.

Retrovírus endógenos (ERVs) são vírus altamente difundidos no genoma de vertebrados. ERVs surgem quando retrovírus exógenos infectam células germinativas e se disseminam no genoma de seus hospedeiros, transmitindo seu material genético através das gerações por meio de herança mendeliana. ERVs são fundamentais na evolução dos genomas, sendo eles responsáveis por uma parte da diversidade genética de seus hospedeiros. O conhecimento sobre ERVs na família Felidae (Mammalia, Carnivora) estava praticamente restrito ao gato doméstico, e não se conhecia diversidade e padrões de evolução desses retroelementos em outras espécies. Este estudo teve como objetivo investigar diversidade, distribuição e padrões evolutivos de ERVs em espécies de gatos silvestres. Utilizando ferramentas de biologia molecular e bioinformática, foram identificadas e caracterizadas 85 sequências similares a retrovírus endógenos nos representantes das oito espécies brasileiras: Leopardus pardalis, L. wiedii, L. colocolo, L. geoffroyi, L. tigrinus, Puma concolor, P. yagouaroundi e Panthera onca. Encontrou-se uma predominância de ERVs similares a Gammaretrovirus, um padrão característico em muitas espécies de mamíferos. As análises filogenéticas evidenciaram três grupos principais de Gammaretrovirus, cada um evoluindo de maneira peculiar. Em uma visão geral, os ERVs provenientes de diferentes hospedeiros apresentaram-se distribuídos de forma heterogênea nas filogenias, dificultando a constatação de um padrão coevolutivo. No entanto, análises mais detalhadas de algumas sequências demonstraram peculiaridades, como no caso de um grupo de sequências similares a de um ERV oriundo do morcego Myotis lucifugus. Através de análises filogenéticas em comparação com dados obtidos na literatura, sugere-se que a infecção desse retrovírus ocorreu em uma espécie ancestral de felídeo, na segunda metade do Mioceno. Os resultados obtidos permitiram demonstrar que os felídeos neotropicais apresentam ERVs que seguem padrões semelhantes aos descritos a respeito de outros mamíferos, sugerindo também alguns casos de infecções de retrovírus muito similares entre diferentes ordens de mamíferos. / Endogenous retroviruses (ERVs) are widespread viruses in vertebrate genome. ERVs arise when exogenous retrovirus infects germinal cells and spread in the genome of their hosts, transmitting its genetic material throughout the generations by means of Mendelian inheritance. ERVs are fundamental for the evolution of genomes, being responsible for some part of the genetic diversity of their hosts. The knowledge on ERVs in felids (Mammalia, Carnivora, Felidae) was basically restricted to domestic cats, and the diversity and patterns of evolution of these retroviral elements in other species were not known. This study aimed to investigate diversity, distribution and evolutionary patterns of ERVs in wildcat species. Hence, by utilizing molecular biology and bioinformatics tools, 85 endogenous retrovirus-like sequences were identified and characterized in eight representative Brazilian species: Leopardus pardalis, L. wiedii, L. colocolo, L. geoffroyi, L. tigrinus, Puma concolor, P. yagouaroundi and Panthera onca. The analyses of these novel felid ERVs showed the predominance of Gammaretroviruslike sequences, which is a characteristic pattern present in many mammal species. Phylogenetic analyses have evidenced three major groups of Gammaretrovirus, each one evolving in a peculiar manner. ERVs from different hosts were distributed in a mixed way in the phylogenies, differently of a coevolutionary pattern. However, more detailed analyses of some sequences demonstrated peculiarities, as in the case of a group of sequences similar to an ERV from the bat Myotis lucifugus. Notably, through phylogenetic analyses, and in comparison to data obtained in the literature, it may be suggested that some infection by a retrovirus occurred in a felid ancestral species in the second half of the Miocene. Therefore, the results obtained demonstrate that ERVs from Neotropical felids follow patterns which are very similar to the ones described for other mammals, also suggesting some cases of similar retrovirus lineage infecting different mammal orders.

As bases moleculares da diversidade fenotipica dentro de espécies são de grande interesse aos biólogos evolutivos porque a evolução morfológica adaptival depende da seleção de variantes genéticas. Entretanto, há poucos exemplos da variação fenotípica cuja a base molecular é compreendida, especialmente entre animais vertebrados. Biólogos em geral concordam que o processo da seleção natural é a fonte predominante de diversificação morfológica. Tem sido documentado previamente que existe diversificação adaptativa da morfologia craniana entre os taxa mais elevados de Platyrrhini e também em espécies e em muitos géneros, que aparentemente diversificaram na morfologia do crânio por seleção natural. O hormônio de crescimento (GH) é um hormônio multifunctional, produzido principalmente pela glândula pituitária de todos os animais vertebrados para regular o metabolismo e para promover o crescimento pos-natal linear. A evolução molecular do GH foi estudada extensivamente em um grande número espécies de vertebrados, incluindo primatas. A evolução rápida do gene do GH em primatas, especiamente em regiões funcionalmente importantes, sugere a seleção darwiniana positiva. Entretanto, o relaxamento da seleção purificadora depois de múltiplas duplicações do locus GH não podem ser descartadas. O objetivo deste estudo era investigar a evolução molecular do gene do GH em primatas neotropicais, tentando identificar diferenças potenciais e funcionais entre taxa. As análises de máxima verossimilhança deste trabalho mostraram que a relação dN/dS no gene GH1 de primatas de Neotropicais é diferente entre gêneros, demonstrando que a evolução do GH1 no Platyrrhini não é compatível com o modelo neutro da evolução molecular. Estes resultados sugerem que o gene GH1 está sobre seleção positiva em alguns sítios na proteína durante o processo de diversificação dos primatas de Neotropical. / The molecular bases of phenotipic diversity within and between species are of great interest to evolutionary biologists because the adaptive morphological evolution depends on the selection of genetics variants. However, there are few examples of phenotypic variation whose molecular basis is understood, especially among vertebrates, while most biologists agree that the natural selection process is the predominant source of morphological diversification. Is has been previously documented that there is adaptive diversification of cranial morphology among the higher taxa of Platyrrhini and also in species in most genera that apparently diversified in skull morphology by natural selection. The Growth Hormone (GH) is a multifunctional hormone, mainly produced by the pituitary gland of all vertebrates to modulate the metabolism and promote linear postnatal growth. The molecular evolution of GH has been extensively studied in a large number of vertebrate species, including primates. The rapid GH gene evolution on primates, especially on sites that are functionally important, suggest positive Darwinian selection. However, the hypothesis of purifying selection relaxation after multiple duplications of the GH locus cannot be ruled out either. The aim of this study was to investigate the molecular evolution of the GH gene on neotropical primates, trying to identify potential and functional differences between taxa. The analyses of Maximum likelihood of this work has shown that the ratio dN/dS in the GH1 gene of Neotropical primates are different among genera, demonstrating that the evolution of the GH1 in the Platyrrhini is not compatible with the neutral model of molecular evolution. These results suggest that the GH1 gene suffered positive selection at some sites inside the protein during the process of diversification of the Neotropical primates.