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Interacción entre proteínas de las familias H-NS y Hha/YmoA: regulación de la expresión génica en "Enterobacteriaceae"

Rodríguez Rodríguez, Sonia 29 June 2005 (has links)
La proteína Hha fue identificada como un modulador de la expresión de la toxina alfa-hemolisina en Escherichia coli y pertenece a la familia de proteínas Hha/YmoA que participan en la termo y osmoregulación de la expresión génica en bacterias entéricas. Además, Hha interacciona con la proteína H-NS y ambas regulan el operón hemolítico (hly) en E. coli.En este trabajo se ha estudiado la funcionalidad de la proteína Hha a través de la construcción de mutaciones puntuales en dicha proteína y a la construcción de proteínas truncadas de la misma. Al analizar la capacidad de estas proteínas mutadas de unirse a la proteína H-NS se ha visto que la totalidad de la proteína está implicada en la unión con H-NS, y por tanto, Hha estaría constituida por un único dominio funcional. La observación anterior unida a los datos conocidos sobre la regulación del operón hemolítico, en los que H-NS es la proteína con capacidad para unirse al ADN, indican que Hha realiza su función a través de su unión a H-NS u otras proteínas y no a través de una unión directa con el ADN. Esta hipótesis se apoya en la similitud entre la longitud de las proteínas de la familia Hha y del dominio de oligomerización de la familia H-NS y también en la presencia de cajas conservadas a lo largo de estas secuencias (también descrito en este trabajo). Los datos obtenidos a través de la construcción de una proteína híbrida entre la proteína Hha y el dominio de unión al ADN de H-NS, sugieren que Hha (y toda su familia) podría ser equivalente al dominio N-terminal de H-NS, ya que dicha proteína híbrida es capaz de complementar algunos de los fenotipos característicos de un mutante hns, por ejemplo, el fenotipo hemolítico, el fenotipo beta-glucósido o la deficiencia de un mutante hns para crecer en un medio mínimo suplementado con serina. Para esta complementación es importante la dosis presente de la proteína híbrida.Por otra parte, la proteína H-NS de E. coli fue descrita hace más de 30 años como una proteína asociada al nucleoide y presenta un importante papel en la regulación global de la expresión génica. H-NS se encuentra ampliamente distribuida entre bacterias Gram-negativas y se ha observado su capacidad para interaccionar con otras proteínas como la proteína Hha.En Yersinia enterocolitica la regulación de la expresión de la virulencia ha sido ampliamente estudiada, especialmente la termorregulación y en este proceso participa la proteína reguladora YmoA (homóloga de Hha), aunque la implicación de H-NS nunca había sido demostrada. En este trabajo se ha identificado el gen hns y su correspondiente proteína y se ha planteado su importancia para la regulación de la expresión de factores de virulencia en Y. enterocolitica.Los datos obtenidos demuestran la interacción existente entre YmoA y H-NS de Y. enterocolitica lo que implica que la interacción existente entre las proteínas Hha y H-NS de E. coli es extensible a otros miembros de ambas familias de proteínas.Mutaciones en el gen hns han sido obtenidas de forma rutinaria en diferentes especies bacterianas como E. coli, Salmonella o Shigella pero sin embargo en esta memoria se observa que el gen hns es esencial para Y. enterocolitica. Sólo se puede obtener un mutante hns complementándolo en trans (por ejemplo con el plásmido salvaje R27 portador de una orf del gen hns). También es posible obtener el mutante complementando con el gen stpA (parágolo de hns en E. coli no presente en Y. enterocolitica). De esta forma se pueden estudiar los genes afectados por la mutación hns de una forma similar al mutante hns de E. coli. / The Hha protein from "Escherichia coli" belongs to a new family of thermomodulators of gene expression, the Hha/YmoA family. Hha interacts with H-NS protein and together regulate the hly operon in E. coli.In this work, it has been studied the functionality of Hha protein. It has been shown that all the protein is involved in the interaction with H-NS, then Hha would be constituted by only one functional domain.This observation, together with the data available about the regulation of the hly operon, indicates that Hha perform its function due to its interaction with H-NS or other proteins. Hha has not direct interaction with DNA.A comparison of the amino acid sequences corresponding to the Hha family and the N-terminal end of the H-NS family shows the existence of conserved regions. In this work it has been demonstrated that the replacement of the N-terminal domain of H-NS by Hha sequences generates a functional chimeric protein that, when expressed in hns mutants, restores different hns mutant phenotypes. These latter results suggested that Hha-like proteins might have evolved to be functionally equivalent to the N-terminal oligomerization domain of H-NS.In other hand, H-NS from E. coli was described almost thirty years ago as a chromosome associated protein. H-NS has an important role on the global regulation of gene expression.In Yersinia enterocolitica the thermoregulation of the expression of virulence factors it has been thoroughly studied. YmoA participates in this process but the implication of H-NS it has not been demonstrated yet. In this memory it has been identified the hns gene. Also, it has been showed that interaction between Hha and H-NS proteins it is common to other members of both families of proteins.The hns gene is essential for Y. enterocolitica. The hns mutant is only obtained with the complementation in trans (for example with the plasmid R27). Moreover, is possible to obtain the hns mutant with the complementation with stpA, an hns gene paralogue wich is not present in Y. enterocolitica. This mutant allows study the genes affected by the hns mutation similar to that occurs in E. coli.
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Perfiles de expresión de tumores de distinto origen genético de "Drosophila melanogaster"

Mendizabal Oyarzabal, Leire 21 June 2012 (has links)
El término “cáncer” agrupa un amplio grupo de enfermedades que implican proliferación celular descontrolada y que afectan a casi cualquier tejido del organismo. Es la principal causa de mortalidad a nivel mundial; 7,6 millones de personas fallecieron por cáncer en 2008 y se prevé que la cifra de defunciones alcanzará los 11 millones en 2030. El denominador común de todas estas muertes es la malignidad tumoral, definida como la capacidad para invadir tejidos sanos y formar metástasis, que aparecen incluso años después del tratamiento del tumor primario. La mayor limitación en la búsqueda de soluciones terapéuticas efectivas contra el cáncer es la heterogeneidad de los tumores. Estos se componen de distintos tipos celulares que varían en su morfología, índice de proliferación, grado de diferenciación, anomalías genéticas, capacidad metastásica y resistencia a tratamientos, hasta tal punto que un tumor llega a desarrollar características específicas en cada paciente. Conocer cuáles son los mecanismos responsables de esta heterogeneidad es un objetivo clave en el estudio de la biología del cáncer, ya que permitiría abordar la génesis de la enfermedad y desarrollar terapias dirigidas a la/s célula/s que originan el tumor. Este abordaje requiere de modelos experimentales en los que se pueda inducir la formación de un tumor desde un origen conocido, seguir su evolución en comparación con el desarrollo normal del tejido control y analizar las alteraciones que desencadenan la transformación maligna. Estudios pioneros en Drosophila identificaron el primer ejemplo de ¿gen supresor de tumores¿. Sucesivos trabajos en este sistema modelo han permitido conocer un número considerable de genes implicados en oncogénesis, muchos de los cuales son reguladores esenciales de la división de las células madre. El desarrollo de protocolos para la inducción y el crecimiento de estos tumores ha permitido recapitular en Drosophila, a partir de mutaciones génicas únicas, la formación e inmortalización de tumores malignos que comparten muchas de las características esenciales del cáncer en humanos. Sin embargo, aún queda un largo camino hasta identificar qué alteraciones son responsables de la transformación maligna. En este contexto, las técnicas de transcriptómica proporcionan una herramienta clave para analizar los perfiles de expresión génica característicos de tumores en distinto estadio de desarrollo y/o de distinto origen, y su aplicación en tumores de Drosophila es el objetivo de este trabajo.
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Experiències publicades de desenvolupament didàctic de l'expressió escrita a l'Educació Secundària Obligatòria

Vila Monclús, Jordi 25 February 2010 (has links)
Aquesta tesi té la intenció principal o fonamental de fer veure de manera global la feina perseverant i tossuda d'un bon nombre de professors i professores de llengua d'Educació Secundària que, de gra de sorra en gra de sorra, arriben a aixecar una torre de propostes i d'idees relacionades amb l'ensenyament i l'aprenentatge de la composición escrita que faríem bé de tenir en compte i d'aplicar, amb les variacions i les actualitzacions necessàries i pertinents, a les classes de llengua dels centres educatius. Pel que fa a l'estructura, els quatre primers capítols són una revisió sumària de l'estat de la qüestió dels estudis relacionats amb la composición escrita en general, basant-se en la bibliografia existent sobre aspectes diferents d'aquesta disciplina. Quant al capítol 5è ("El taller com a instrument per a l'aprenentatge cooperatiu de l'escriptura"), hem de veure la relació entre aprenentatge i espais d'aprenentatge en una estratègia o en un context de fer desenvolupar la composición escrita entre l'alumnat. Al 6è capítol ("La interacción professor/alumne i l'aprenentatge"), parlarem de la relació entre el professorat i els estudiants quan es tracta d'escriure un text. Pel que fa al 7è capítol ("L'escriptura al currículum de l'ESO") donarem información sobre l'ensenyament de la compsociió escrita en el marc de les tres lleis educatives que s'han despelgat en el sistema educatiu català des dels anys vuitanta. Començarem el capítol 8è ("Les experiències didàctiques del professsorat de secundària") amb un decàleg d'opcions per ajudar a desenvolupar l'escriptura entre els estudiants. En aquesta direcció, pensum que la presentación del material didàctic que conforma el corpus de la recerca podria fer un doble servei: ser una ajuda pedagògica per al professorat i servir els estudiants en les seves tasques d'aprenentatge. En el capítol 9è plantejarem les preguntes de la tesi que han de dur a la realització de la part pràctica del treball i que, bàsicament, hauran d'estar relacionades amb models i propostes per a la realització de textos escrits. El capítol 10è ("Descripció del corpus") farà referència al conjunt d'experiències publicades a diverses revistes especialitzades que han de ser objecte d'anàlisi en aquesta recerca. En el capítol 11è farem saber el mètode de treball usat en aquesta recerca i que té la intenció d'aconseguir els objectius generals proposats. Per la seva banda, el capítol 12è recull la relació de propostes didàctiques (setenta-una en total) publicades que conformen el corpus de treball de la recerca. El capítol 13è planteja una enquesta teòrica per a l'anàlisi de les experiències didàctiques a què fem referència al capítol desè. El capítol 14è significa la presentació del treball d'anàlisi pròpiament dit, i és la part més extensa de la recerca. S'hi revisaran les propostes didàctiques que hem relacionat al capítol dotzè. Els capítols quinzè, setzè, dissetè i divuitè relacionen els resultats de l'anàlisi amb les preguntes de la recerca. Per tant, per una banda indicaran models teòrics que puguin ser a la base de les experiències didàctiques, així com tipus i gèneres textuals desenvolupats, i per una altra banda, faran explícites les propostes concretes d'ensenyament del desenolvupament de l'escriptura a partir dels autors i autores de referència. Finalment, al capítol 19è es presenten les conclusions, on es farà saber entre d'altres coses el nivell de coneixements i el marge de seguiment de models teòrics de desenvolupament de l'escriptura, la relació entre la recerca didàctica universitària i la práctica educativa als centres de secundària o l'estat de l'ensenyament de la composició escrita com a procés.
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El aprendizaje-servicio en la enseñanza superior: una aplicación en el ámbito de la educación física

Gil Gómez, Jesús 26 March 2012 (has links)
El Aprendizaje-Servicio es una metodología experiencial que tiene un doble objetivo: procurar que el alumnado aprenda contenidos curriculares a la vez que presta un servicio a la sociedad. La tesis indaga en el impacto que tiene su uso en alumnado universitario. Desde este planteamiento, en esta tesis se ha realizado una aplicación relacionada con la innovación educativa en el ámbito de la didáctica de la Educación Física, concretamente dentro del campo de la Anatomía, la Artrología y la Fisiología. Alumnado universitario de 1º de Magisterio en la especialidad de Educación Física (grupo experimental), ha prestado un servicio en diversas entidades del entramado social de la ciudad de Castellón, interviniendo en la modalidad de servicio directo con personas de diversas edades que presentan dificultades en su movilidad. Aplicando un diseño cuasi-experimental, se han recogido datos mediante documentos creados ad-hoc en tres dimensiones: académica, percepción de la universidad como entidad que promueve la participación y ciudadanía. Con una estructura pretest-postest y grupo de control, se ha aplicado el programa de Aprendizaje-Servicio durante 5 meses, siguiendo la estructura clásica en fases de este tipo de intervenciones. Los resultados se han analizado cualitativa y cuantitativamente, empleando los programas SPSS y NudistVivo. Las conclusiones obtenidas indican la idoneidad de la metodología del Aprendizaje-Servicio para aprender contenidos curriculares, para cambiar la percepción del alumnado sobre la concepción de la universidad y para desarrollar valores y actitudes relacionadas con la ciudadanía.
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Control transcripcional i caracterització molecular de l’alanina aminotransferasa mitocondrial en l’orada (Sparus aurata)

Salgado Martín, María del Carmen 25 November 2011 (has links)
Els peixos carnívors presenten baixa capacitat per metabolitzar carbohidrats i per mantenir la glucèmia. En aquests organismes, la baixa capacitat per metabolitzar carbohidrats condueix a estats d’hiperglicèmia més marcats i sostinguts que els descrits per a mamífers, després de l’administració de glucosa o la ingesta de dietes amb elevat contingut de carbohidrats. L’alanina aminotransferasa (ALT) catalitza la transaminació reversible entre L-alanina i α-cetoglutarat per formar L-glutamat i piruvat. Mitjançant la interconversió d’aquests quatre metabòlits, l’ALT esdevé un nexe d’unió entre el metabolisme d’aminoàcids i el de carbohidrats. En estudis previs del nostre grup es va descriure la presència de tres isoformes ALT en S. aurata, els isoenzims citosòlics, cALT1 i cALT2, i la isoforma mitocondrial mALT. L’expressió hepàtica de cALT2 incrementa en situacions gluconeogèniques, mentre que la de cALT1 és predominant durant el període postprandial per a l’utilització dels nutrients de la dieta. L’objectiu d’aquest treball és incrementar el coneixement del metabolisme intermediari en peixos i així permetre realitzar futures intervencions biotecnològiques amb la intenció de millorar la utilització metabòlica dels nutrients de la dieta. Per comprendre millor la funció d’mALT vam estudiar la distribució tissular, la caracterització cinètica i la regulació nutricional i hormonal de l’expressió d’mALT en S. aurata. Addicionalment, vam analitzar l’expressió tissular i la regulació hormonal dels enzims aspartat aminotransferasa mitocondrial (AST2), glutamat deshidrogenasa (GDH) i glutamina sintetasa (GlnS), relacionats tots ells amb el metabolisme d’aminoàcids. En orades alimentades, mALT, GDH i GlnS s’expressen majoritàriment a fetge, intestí i ronyó. Els nostres estudis indiquen que l’expressió de mALT, GDH, AST2 i GlnS és elevada en animals alimentats, mentre que disminueix en condicions associades amb la gluconegènesi, com ara el dejú i el tractament amb estreptozotocina (STZ). Estudis cinètics de l’activitat enzimàtica mALT indiquen que l’enzim catalitza de manera més eficient la conversió d’L-alanina a piruvat, que no pas la reacció inversa. Per conèixer el mecanisme molecular implicat en la regulació transcripcional de l’expressió d’mALT, vam aïllar el promotor mALT d’orada, i vam mostrar que HNF4α incrementa la transcipció d’mALT per unió a una caixa HRE. El dejú i l’administració d’STZ disminuïren els nivells d’HNF4α en ronyó d’S. aurata, portant a un descens en la transcripció d’mALT. Els nostres resultats suggereixen que HNF4α té un paper important en la regulació transcripcional del gen mALT en ronyó d’S. aurata. En conclusió, els nostres resultats suggereixen que mALT i cALT1, que presenten una distribució tissular i un patró d’expressió en dejú i tractament amb STZ similars, podrien cooperar per direccionar els aminoàcids de la dieta al mitocondri per destinar-los a l’obtenció d’energia. Per tant, ALT es podria utilitzar com a diana per realitzar una intervenció biotecnològica a fi de reduir la utilització de proteïnes amb finalitats energètiques i optimitzar així l’ús dels nutrients de la dieta en el cultiu de peixos. / Carnivorous fish have poor ability to use dietary carbohydrates and to control the blood glucose levels. Compared with mammals, these animals show prolonged hyperglycemia after a glucose load or when feeding on high carbohydrate diets. Alanine aminotransferase (ALT) links carbohydrate and amino acid metabolism through catalyzing the reversible transamination between L-alanine and 2-oxoglutarate to form pyruvate and L-glutamate. Our group, in previous studies showed the presence of three ALT isoforms in Sparus aurata: the cytosolic isoenzymes cALT1 and cALT2 and a mitochondrial isoform, mALT. In fish liver, increased expression of cALT2 is associated to enhanced gluconeogenesis while cALT1 is predominant during the postprandial utilization of dietary nutrients. The aim of the present study was to increase the current knowledge of fish intermediary metabolism to allow future biotechnological actions in order to improve metabolic utilization of dietary nutrients. To better understand the functional role of mALT we analysed the tissue distribution, kinetic characterization and nutritional and hormonal regulation of mALT expression in S. aurata. Furthermore, cloning and characterization of the mALT promoter was also addressed. Additionally, tissue expression and nutritional regulation of glutamate dehydrogenase (GDH), mitochondrial aspartate aminotransferase (AST2) and glutamine synthetase (GlnS), also involved in amino acid metabolism, was followed. In S. aurata under feeding conditions, mALT, GDH and GlnS are mainly expressed in liver, intestine and kidney. Our studies indicate that the expression of mALT, GDH, AST2 and GlnS is increased in fed animals, while decreased in conditions associated with gluconeogenesis, such as fasting or treatment with streptozotocin (STZ). Kinetic analysis of mALT enzyme activity indicated that this enzyme catalyses more efficiently the conversion of L-alanine to pyruvate than the reverse reaction. To understand the molecular mechanism underlying the transcriptional regulation of mALT expression, we isolated the S. aurata mALT promoter, and showed that HNF4α enhances mALT transcription through binding to an HRE box. Starvation and administration of STZ decreased HNF4α levels in the kidney of S. aurata, leading to downregulation of mALT transcription. Our results suggest that HNF4α may play an important role in the transcriptional regulation of mALT gene in kidney of S. aurata. In conclusion, our findings suggest that mALT and cALT1, which present a similar tissue distribution and pattern expression under starvation and STZ-treatment, can cooperate to redirect dietary amino acids to the mitochondria for energetic pourposes. This points to ALT as a target for a biotechnological action to spare protein and optimize the use of dietary nutrients for fish culture.
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Les construccions de temps transcorregut en el català de l’edat moderna i contemporània: acostament segons la lingüística de corpus i la gramàtica cognitiva

Garcia Sebastià, Josep Vicent 12 July 2018 (has links)
Totes les llengües tenen la possibilitat d’expressar la quantitat de temps transcorregut entre la realització o l’inici d’una situació verbal i un altre punt de referència posterior, generalment el moment de l’enunciació (Haspelmath 1997; Kurzon 2008; Franco 2012). Evidentment, el català no és una excepció. Amb aquest estudi, doncs, volem contribuir a ampliar el coneixement dels principals recursos que té la llengua catalana per a establir aquesta mena de relacions cronològiques. Segons Kurzon (2008), les estratègies de què disposen les llengües per fer referència al concepte de [TEMPS TRANSCORREGUT] es divideixen en dos grans tipus: les solucions adposicionals (com ara l’ús de ago en anglès) i les adverbials (com, per exemple, l’ús de nazad en rus). Tanmateix, en català, de la mateixa manera que en altres llengües romàniques, com l’espanyol (Porto Dapena 1983; Pérez Toral 1992; Herce 2017), l’italià (Vanelli 2001; Franco 2012; Benincà, Berizzi i Vanelli 2016), el portuguès (Móia 2011a; 2013) o el francès (Rigau 2001; Howe i Ranson 2010), també hi ha construccions oracionals autònomes que fan aquesta funció. Actualment, les formes oracionals es constitueixen, sobretot, amb el verb fer; p. ex.: Fa dos anys que no el veig. Però en altres estadis anteriors es conformaven amb el verb haver i, en menor mesura, amb el verb ser (Martines 2014; 2015; en premsa). Precisament, la present investigació se centra a analitzar els canvis que s’esdevingueren al llarg de l’edat moderna i a l’inici del període contemporani, moment en què aquestes construccions experimentaren un seguit de transformacions sintàctico-semàntiques profundes que desembocaren en la substitució de les construccions amb haver per les alternatives amb fer en el s. XIX. Per a poder contextualitzar millor els processos de canvi que s’esdevingueren en aquesta etapa, l’estudi també revisa de manera general els sistemes d’expressió del [TEMPS TRANSCORREGUT] en llatí i en català medieval. Aquest treball aporta una nova perspectiva a la descripció que s’ha fet fins ara de les construccions de temps transcorregut en català (Sancho 2000; Rigau 2001; Solà 2000; Solà i Pujols 2002; Martines 2014; 2015; en premsa), per diverses raons. La primera és que aborda l’anàlisi del tema des d’una òptica diacrònica i en un període que fins ara no s’havia investigat. D’altra banda, la tesi es basa en dades lingüístiques d’ús real extretes de corpus informatitzats: el CIMTAC —que conté textos del català medieval, modern i contemporani— i el CTILC —que complementa el buidatge d’exemples de l’època contemporània—. Finalment, per a la interpretació dels fenòmens lingüístics, l’estudi aplica alguns conceptes de la Lingüística Cognitiva i de la Gramàtica de Construccions basada en l’ús, com són la Teoria de la Inferència Invitada del Canvi Semàntic (Traugott i Dasher 2002) i el concepte de construccionalització (Traugott i Trousdale 2013).
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Estudio de sistemas evolutivamente conservados de regulación coordinada de la expresión génica en bacterias

Hüttener Queiroz, Mario 30 November 2012 (has links)
Una de las características de las células bacterianas es la capacidad de adaptarse rápidamente a los frecuentes cambios en las condiciones ambientales del entorno donde se encuentran. En los procariotas la regulación de la expresión génica constituye una herramienta fundamental para dicha adaptación a las condiciones ambientales, posibilitando que tales cambios se vean reflejados en los patrones de expresión génica. La capacidad de modificar el patrón de expresión génica en función de parámetros ambientales es un aspecto crucial en la supervivencia tanto de bacterias que se encuentran en el medio ambiente externo como de bacterias patógenas localizadas en el interior de un organismo hospedador. En este trabajo el primer objetivo fue establecer un modelo de regulación del gen hilA de Salmonella por las proteínas asociadas a cromatina H-NS y Hha, para intentar posteriormente extrapolar este modelo a los reguladores de tipo HilA de la cepa de E. coli 042. Posteriormente, nos planteamos caracterizar el fenotipo resultante de la mutación hha en la cepa de E. coli 042. Los resultados obtenidos revelaron que el gen hilA se induce en fase estacionaria en cultivos crecidos en medio LB a 37ºC. Las proteínas asociadas a cromatina H-NS y Hha reprimen la expresión de hilA bajo un conjunto de condiciones ambientales. En condiciones de baja temperatura, es decir a 25ºC, H-NS posee los papeles mayoritarios en la represión de hilA. Bajo condiciones las cuales simularían la presencia de un hospedador, es decir 37ºC, H-NS deja de actuar y si tiene lugar la inducción de hilA en fase estacionaria. Además de los factores temperatura y osmolaridad que interfieren con la represión de hilA por H-NS se caracterizó la acción antagonista de la proteína IHF sobre la represión mediada por H-NS en el gen hilA utilizando ensayos de transcripción in vitro. En atención a las proteínas tipo HilA encontradas en la cepa de E. coli 042, se pudo caracterizar que ambas proteínas EilA e YgeH son capaces de complementar en trans la mutación hilA en la cepa de Salmonella SV5015. La activación de proteínas efectoras por parte de las proteínas EilA e YgeH en Salmonella parece tener lugar de la misma manera que HilA, a través de la activación del gen invF. Los resultados de regulación transcripcional de los genes eilA e ygeH revelaron una represión por parte de la proteína H-NS, y los ensayos de EMSA apoyan estos resultados. Existe una regulación cruzada entre las islas de patogenicidad ETT2 y eip de la cepa 042. La proteína EilA parece poder activar la expresión de EivF en ausencia de la proteína YgeH. El fenotipo encontrado en el mutante hha de la cepa de E. coli 042 se resume en un aumento de la agregación celular y una deficiencia en la formación de biofilms a 37ºC. El fenotipo es dependiente de temperatura, solamente se observa a 37ºC. Dados de proteómica obtenidos con la construcción AggR::3XFLAG revelaron una sobreexpresión del regulador transcripcional AggR en el mutante hha de la cepa de E. coli 042. Finalmente, la secuenciación masiva de ARN del mutante hha de la cepa de E. coli 042 apoyan estos resultados y revelaron que la transcripción del gen hha envuelve dos patrones diferentes en función de la temperatura. Mientras que a 37ºC la transcripción tiene lugar en la cadena codificante a 25ºC se produce también una importante transcripción en la cadena antisentido, lo que podría interpretarse como que, a baja temperatura se expresa menos el gen hha. / In this work our first goal was to understand and clarify the regulatory role of the nucleoid-associated proteins H-NS and Hha in the regulation of the master regulator of Salmonella pathogenicity island 1 (SPI1), the hilA gene. Due to the presence of HilA orthologous proteins of E. coli 042 strain (EilA and YgeH), we extrapolated the regulation patterns of hilA gene to eilA and ygeH genes. Subsequently, we characterized the phenotype of the hha mutant in the E. coli 042 strain. The results obtained on hilA regulation showed a high induction in the stationary phase of growth when cells were grown in LB medium at 37ºC. The H-NS and Hha proteins repressed the hilA expression under determinate environmental conditions. At low temperature (25ºC) H-NS repressed the hilA gene and Hha enhanced the repression. At high temperature (37ºC) H-NS no longer repressed hilA and the induction of hilA gene took place. Besides temperature and osmolarity factors that interfere with the repression of H-NS in the hilA gene, we characterized an antagonist effect of IHF protein in the H-NS-mediated repression of hilA gene using in vitro transcription assays. In relation to the HilA type proteins found in the strain of E. coli 042, YgeH and EilA, both proteins were able to complement in trans the hilA mutation in Salmonella strain SV5015. The activation of effector proteins by EilA and YgeH proteins in Salmonella seemed to work in the same way than HilA, through invF gene activation. The EMSA assays and the results of transcriptional regulation of genes and ygeH and eilA suggested a repression by H-NS. We also observed a cross-regulation pathway between pathogenicity islands eip and ETT2 in the E. coli 042 strain. EilA protein activated EivF expression in the absence of YgeH proteins. The phenotype found in the hha mutant in the strain of E. coli 042 was both an increase in cell aggregation and a deficiency in biofilm formation. The phenotype was temperature dependent, and it was only observed at 37°C. Proteomics results of the AggR::3xFLAG construction obtained, revealed an overexpression of the transcriptional regulator AggR in the mutant strain hha. Finally, the whole transcriptome shotgun sequencing of the hha mutant of the E. coli 042 supported these findings and revealed that hha gene transcription involved two different patterns depending on the temperature. The transcriptional data suggested that at 37°C the transcription occurred in the coding strand, while at 25°C the transcription occurred in the antisense strand.
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Genes asociados con la deposición y composición de grasas en porcino: estudios de expresión génica, proteínas y genética funcional y estructural

Cánovas Tienda, Angela 08 March 2011 (has links)
La present Tesi Doctoral s’emmarca dins d’una línia d’investigació dedicada a l’estudi de les bases genètiques del metabolisme dels greixos en relació a la producció de carn de porcí d’alta qualitat i saludable. L’objectiu final és la identificació de polimorfismes i mecanismes de regulació responsables de la variabilitat genètica d’aquests caràcters complexes en l’espècie porcina. En aquest context, s’han utilitzat mètodes de genòmica estructural (mapes de QTL d’expressió (eQTL); estudis de gens candidats) i funcional (estudis d’expressió gènica) a més a més d’anàlisis proteics i cel·lulars en mostres de múscul i greix de porcs seleccionats per les seves característiques de qualitat de carn. Així, mitjançant la tècnica de microarrays s’ha analitzat el patró d’expressió d’ARNm en mostres de múscul gluteus medius obtingudes a partir de porcs d’una població comercial Duroc amb fenotips divergents per diversos paràmetres relacionats amb la deposició dels lípids. Com a resultat, s’han observat nombrosos gens diferencialment expressats entre els animals amb perfils divergents d’engreixament. Un estudi ontològic/funcional va revelar que aquests gens estaven particularment relacionats amb el metabolisme lipídic, el creixement i la diferenciació muscular, la immunitat i la captació de glucosa en la ruta de la insulina. D’altra banda, les anàlisis d’eQTL han revelat l’existència de regions genòmiques responsables de la variació de l’expressió gènica en el múscul gluteus medius porcí; algunes de les quals mostren una concordança posicional amb varis QTL per caràcters de qualitat de cran i engreixament detectats prèviament a la mateixa població Duroc. Complementàriament, s’ha realitzat un estudi més exhaustiu de quatre gens candidats (ACACA, HMGCR, SCD i 6D), directament implicats en caràcters relacionats amb la qualitat de la carn al ser els principals responsables de la síntesis i dessaturació d’àcids grassos i colesterol. Combinant els resultats de l’anàlisi d’expressió gènica, mapes d’eQTL i els gens candidats estudiats s’ha elaborat una llista de gens candidats funcionals i posicionals que serà la base de futures investigacions cap a l’establiment de les xarxes gèniques i els mecanismes moleculars implicats en el metabolisme dels lípids musculars i els caràcters relacionats amb la qualitat de la carn en porcí. / La presente Tesis Doctoral se enmarca en una línea de investigación dedicada al estudio de las bases genéticas del metabolismo de las grasas en relación a la producción de carne de porcino de alta calidad y saludable. El objetivo final es la identificación de polimorfismos y mecanismos de regulación responsables de la variabilidad genética de estos caracteres complejos en porcino. Para ello se han utilizado métodos de genómica estructural (mapas de QTL de expresión (eQTL); estudio de genes candidatos) y funcional (estudios de expresión génica) y también de análisis proteico y celular en muestras de músculo y grasa de cerdos seleccionados por sus características de calidad de carne. Así, mediante la técnica de microarrays se ha analizado el patrón de expresión de ARNm en muestras de músculo gluteus medius obtenidas a partir de cerdos de una población comercial Duroc con fenotipos divergentes para varios parámetros relacionados con la deposición de los lípidos. Como resultado, se han observado numerosos genes diferencialmente expresados entre los animales con perfiles divergentes de engorde. Un estudio ontológico/funcional mostró que estos genes estaban particularmente relacionados con el metabolismo lipídico, el crecimiento y la diferenciación muscular, la inmunidad, y la captación de glucosa en la ruta de la insulina. Por otra parte, un análisis de eQTL ha revelado la existencia de regiones genómicas responsables de la variación de la expresión génica en el músculo gluteus medius porcino, algunas de las cuales muestran una concordancia posicional con varios QTL para caracteres de calidad de carne y engorde detectados previamente en la misma población Duroc. Complementariamente, se ha realizado un estudio más exhaustivo de cuatro genes candidatos (ACACA, HMGCR, SCD y 6D) directamente implicados en caracteres relacionados con la calidad de la carne al ser los principales responsables de la síntesis y desaturación de ácidos grasos y colesterol. Combinando los resultados del análisis de expresión génica, mapas de eQTL y los genes candidatos estudiados se ha elaborado una lista de genes candidatos funcionales y posicionales que será la base de futuras investigaciones hacia el establecimiento de las redes génicas y los mecanismos moleculares implicados en el metabolismo de los lípidos musculares y los caracteres relacionados con la calidad de la carne en porcino. / This PhD is part of a line of research devoted to studying the genetic basis of lipid metabolism and fat deposition in pigs with a view to producing healthy and high quality meat. The main objective is the identification of polymorphisms and regulatory mechanisms responsible for the genetic variability of these complex characters in pigs. In this sense, we have used several methods in the fields of structural (expression QTL (eQTL) maps; candidate genes studies) and functional (gene expression studies) genomics and also protein and cell studies in muscle and fat samples from pigs selected by meat quality parameters. In this context, using microarrays we analyzed the mRNA expression pattern in gluteus medius muscle samples obtained from a commercial Duroc pig population with divergent phenotypes for several parameters related to lipid deposition. As a result, we have obtained a list of genes differentially expressed between animals with divergent profiles related to lipid deposition. The ontological/functional study showed that these genes were particularly related to lipid metabolism, growth and muscle differentiation, immunity and glucose uptake in the insulin pathway. Moreover, analysis of eQTL has revealed the existence of genomic regions responsible for the variation of gene expression in porcine gluteus medius muscle. Some of these eQTL show positional concordance with several QTL related to meat quality and fat deposition previously identified in the same Duroc population. Additionally, we have performed a comprehensive study of four candidate genes (ACACA, HMGCR, SCD and 6D) directly involved in traits related to meat quality, playing an important role in fatty acids and cholesterol synthesis and desaturation. Combining the results of gene expression analysis, eQTL maps and candidate genes studied have resulted in a list of functional and positional candidate genes representing a valuable contribution to the understanding of the genetic regulation of skeletal muscle individual gene expression in swine species. This is a first step towards disentangling gene networks and molecular mechanisms involved in muscular lipid metabolism and meat quality traits in pigs.
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Contribuciones al diseño óptimo de pernos intrarradiculares dentarios

González Lluch, Carmen 13 January 2012 (has links)
Las restauraciones endodónticas han evolucionado en las últimas décadas hacia el uso de técnicas conservadoras que mantengan la mayor parte posible de estructura dental sana y en las que es habitual la utilización de pernos intrarradiculares dentarios como elemento de soporte de la restauración. En la actualidad existe una gran variedad de modelos de pernos prefabricados. El objetivo general planteado en esta tesis doctoral es la obtención de conclusiones claras sobre el efecto individual y combinado de los diferentes parámetros de diseño de los pernos intrarradiculares dentarios prefabricados en el comportamiento biomecánico de las restauraciones endodónticas. Para tal fin se desarrolló un modelo de elementos finitos del sistema dental restaurado y se validó dicho modelo a partir de datos experimentales obtenidos in vitro. El modelo desarrollado es paramétrico, permitiendo la modificación de la configuración geométrica y de las características de los materiales del sistema restaurado y en especial del perno intrarradicular. Utilizando dicho modelo se realizaron estudios de sensibilidad para determinar los parámetros de diseño del perno más influyentes en la resistencia biomecánica de la restauración. Posteriormente los parámetros más influyentes se combinaron en un estudio estadístico mediante un plan factorial, utilizando el modelo de elementos finitos desarrollado, con el fin de conocer si su influencia sobre la resistencia de la restauración era o no significativa de forma estadística y la posible interacción entre los diferentes parámetros de diseño. Las conclusiones de la tesis indican que entre los parámetros de diseño del perno intrarradicular, el módulo de elasticidad del material es el más influyente, teniendo una influencia claramente significativa en la resistencia de la restauración. Los pernos de fibra de vidrio dan lugar a restauraciones más resistentes, frente a los metálicos. Los parámetros geométricos del perno resultan poco influyentes en la biomecánica final por lo que se recomienda seleccionarlos en función del mejor ajuste al canal radicular. El espesor del cemento de unión entre perno y dentina debe ser pequeño, en torno a 0.1 mm.
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Mejoras en la gestión colaborativa de la cadena de diseño cerámica. Incorporación de las impresiones subjetivas del cliente

Agost Torres, María Jesús 16 December 2011 (has links)
La tesis doctoral es el resultado del trabajo realizado en dos líneas de investigación complementarias, con el objetivo de lograr mejoras en la gestión colaborativa de los procesos de diseño y desarrollo de nuevos productos cerámicos. Para ello, desarrolla una propuesta metodológica que enfatiza la colaboración entre los participantes en la cadena de diseño, aprovechando el soporte de las nuevas tecnologías de información, e integra en el proceso aspectos de diseño semántico y emocional, considerando así al cliente como un nuevo agente de colaboración en el desarrollo de producto. La propuesta se concreta en un modelo conceptual de un sistema de diseño colaborativo y un modelo de actividades para un sistema de diseño cerámico, que considera mecanismos para la gestión y la colaboración (en especial, funcionalidades PLM). El enriquecimiento de estos modelos se logra mediante un enfoque hacia el diseño para las impresiones subjetivas, a través de un nuevo modelo conceptual y la extensión del modelo de actividades. Los resultados muestran que el establecimiento de modelos de referencia cerámicos centrados en la colaboración y la aplicación de mecanismos colaborativos ayudan a estructurar las relaciones entre los agentes implicados, fortaleciendo la integración funcional y mejorando la gestión de la información. La cooperación entre clientes seleccionados y los agentes adecuados permitirá conocer qué significados y emociones influyen en mayor medida en las preferencias para cada tipo de producto y mercado objetivo.

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