Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-03-25. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:27Z : No. of bitstreams: 1 Publico-00241.pdf: 1343802 bytes, checksum: c09cdd2f6fac68d70a68a3328dedd440 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Apesar do subtipo B ser o mais predominante na epidemia de aids no Brasil, existem evidências que esse subtipo não é homogêneo. O subtipo B apresenta no Brasil uma assinatura no tetrâmero da coroa V3 da gp120 que é a presença de um triptofano (W) ao invés de prolina (P) que é o aminoácido mais freqüente nessa posição do genoma do HIV-1. Aproximadamente metade dos isolados do subtipo B no Brasil possuem um triptofano (W) no tetrâmero do loop V3 da gp120 (GWGR). Essa freqüência não é observada em outros subtipos e nem mesmo no subtipo B em outras epidemias de aids no mundo. Para explorar mais as características das variantes GWGR e GPGR foi realizada uma análise detalhada incluindo inferências filogenéticas, análise de diversidade genética e de pressão seletiva em seqüências dos genes env, pol e gag. Os resultados da análise de diversidade genética e pressão seletiva mostraram que os valores da razão entre dN/dS entre os genes são distintos. Para uma aferição mais precisa da pressão seletiva sugerida pelo método par-a-par foram realizadas análises usando um método de verossimilhança que estima os valores de dN/dS em cada códon individualmente presente no alinhamento de seqüências. Os resultados obtidos com essa análise indicaram códons sob seleção positiva ao longo da seqüência da região dos genes env, pol e gag do HIV-1 em ambas as variantes. Para realmente definir se amostras GWGR e GPGR são variantes distintas ou amostras que contêm apenas uma assinatura diferenciada em env, foi composta uma seqüência concatâmera e comparada a distribuição de ambas as amostras em um agrupamento filogenético. Essa análise mostrou que as amostras GWGR não são variantes distintas do subtipo B brasileiro, mas apenas seqüências com assinaturas diferentes. A distribuição encontrada demonstrou que não houve separação das amostras GWGR e GPGR e sim uma total mistura entre elas. Essas análises mostraram que os vírus que contém W ou P no loop V3 não estão evoluindo diferencialmente na epidemia de aids no Brasil e não são variantes distintas. Possivelmente, os vírus que contêm a variante GWGR entraram cedo na epidemia (efeito fundador), sofrendo disseminação no Brasil. / FAPESP: 06/53818-6 / FAPESP: 06/53818-7 / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2014-05-29T12:22:16Z (GMT). No. of bitstreams: 4 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 69454.pdf: 3220079 bytes, checksum: ad1e72dadcd293d4a32a15873a7c32bc (MD5) 69454.pdf.txt: 173452 bytes, checksum: 865484e8785a1ef6e4df76199b7a28d1 (MD5) 69454.pdf.jpg: 1493 bytes, checksum: f82ee0049dd9c66b2a3810a63085821e (MD5) Previous issue date: 2014-05-07 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Os vírus influenza são a causa mais frequente de doença respiratória aguda com necessidade de intervenção médica afetando indivíduos de todas as faixas etárias. O subtipo A(H3N2) tem sido dominante em epidemias sazonais de influenza desde 1968. Estudos anteriores sugerem que a dinâmica evolutiva do influenza A(H3N2) é modelada pela interação complexa entre elevadas taxas de mutação viral, os rearranjos gênicos, a seleção exercida pelo sistema imune, e o fluxo de migração populacional dentro e entre distintas regiões do mundo. No Brasil, o conhecimento da epidemiologia e evolução dos vírus influenza ainda é incipiente. Nosso objetivo, portanto, foi estudar a evolução do vírus influenza A(H3N2) no Brasil a fim de verificar o papel do País no cenário global de dispersão do vírus, reconstruir o perfil de migração viral nas diferentes regiões e verificar a compatibilidade da vacina com as cepas virais circulantes no período compreendido neste estudo. Para isso, fizemos análises de distâncias genéticas assim como análises evolutivas e filogeográficas da porção HA1 do gene hemaglutinina (HA) de amostras de influenza A(H3N2) coletadas nas regiões Sudeste, Sul e Nordeste do Brasil entre 1999-2012, comparando-as com sequências de cepas vacinais e de sequências de outras regiões geográficas representativas de cada continente, para o mesmo período Observamos que a composição da vacina não foi a mais adequada para sete dos 14 anos avaliados e que poucas mutações em resíduos de aminoácidos localizados nos sítios antigênicos da HA podem dar origem a novas cepas antigenicamente distintas num relativo curto período de tempo. A taxa média de evolução da porção HA1 do gene HA influenza A(H3N2) foi estimada em 5,1x10-3 subst./sítio/ano. As análises filogenéticas e filogeográficas das sequências de influenza A(H3N2) indicaram uma forte estrutura temporal e uma menor, porém significativa, estrutura geográfica. Verificamos que o Brasil desempenha um papel marginal na emergência e disseminação de novas variantes no nível global. As principais fontes de disseminação do vírus influenza A(H3N2) para o Brasil são outros países das Américas sendo que a principal porta de entrada no País é a região Sudeste. Dentro do Brasil, o maior fluxo parece acontecer entre as regiões Sudeste e Sul, e em menor escala, entre as Regiões Sul e Nordeste / The influenza virus is the most frequent cause of acute respiratory illness requiring medical intervention, affecting individuals from all age groups. The viral subtype A(H3N2) has been dominant in most seasonal influenza epidemics since 1968. Previous research suggests that the evolutionary dynamics of influenza A(H3N2) is characterised by a complex interaction between the high viral mutation rate, gene rearrangements, selection exerted by the immune system and the migration flow of populations within and between different regions of the world. In Brazil, knowledge of influenza virus epidemiology and evolution is still incipient. Thus, our objective was to investigate the evolution of influenza A(H3N2) in Brazil in order to verify the role of the country in the global spread of the virus, to reconstruct the profile of viral migration in different regions of Brazil and check the compatibility between the vaccine and the virus strains circulating in the country during the period of this study. Sequences of the HA1 portion of the hemagglutinin (HA) gene from strains collected in the Northeast, Southeast and South of Brazil between 1999 to 2012, were compared with sequences of vaccine strains and sequences from other geographical regions and subjected to genetic distance, evolutionary and phylogeographic analyses. Our analysis showed that the vaccine composition was not the most suitable for seven of the 14 years evaluated and that a few mutations in amino acid residues located in the antigenic sites of HA are able to give rise to new variants in a relatively short period of time. The evolution rate of the HA1 portion of the HA gene of influenza A(H3N2) was estimated at 5.1 x10-3 subst./site/year. The phylogenetic and phylogeographic analysis of influenza A(H3N2) showed a strong temporal structure and a minor, however significant geographical structure. The reconstruction of the worldwide dissemination dynamic of influenza A(H3N2) allows us to verify that Brazil has a marginal role in the emergence and dissemination of new viral variants at a global scale. Brazil was tightly connected to other American countries and the major entrance of influenza A(H3N2) in Brazil seems to be by the Southeast region. Within Brazil, the major flux of transmission appears to be from the Southeast to the South and to a less extent from the South to the Northeast.

Made available in DSpace on 2016-05-11T13:04:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 juliana_barros_ioc_dout_2015.pdf: 7829654 bytes, checksum: a4309e2441019b6944a6a5f68e61acd1 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Os nematoideos pertencentes ao gênero Physaloptera estão incluídos na ordem Spirurida e caracterizam-se por possuir a extremidade anterior com simetria bilateral. O gênero Physaloptera tem como espécie tipo P. clausa parasito de Erinaceus europeus. No Brasil, Vaz e Pereira (1935) encontrou Physaloptera bispiculata no estômago de um roedor selvagem Nectomys squamipes Brants, 1827 (rato d\2019água) no estado de São Paulo, Brasil. Esta espécie foi posteriormente relatada parasitando Sigmodon hispidus, Cynomys ludovicianus e Ondatra zibethicus. As limitações das características morfológicas para identificação taxonômica, as dificuldades em analisar o ciclo de vida completo e seus hospedeiros alternativos, tem suscitado o uso de técnicas moleculares como instrumento de auxílio na taxonomia. Neste trabalho foi descrita uma nova espécie de Physaloptera coletada parasitando o estômago do roedor Cerradomys subflavus (Cricetidae: Sigmodontinae) coletado Serra da Canastra, Minas Gerais, Brasil (20°13\201928.30\201DS; 46°30\201939.20\201DO). A espécie foi caracterizada através das técnicas morfológicas (ML e MEV) e histológicas. Além disso, a filogenia foi estudada do gênero através de sequências moleculares do gene 18S rRNA e MT-COI 1 produzindo sequências para as espécies P. bispiculata parasita do roedor Nectomys squamipes, P. turgida 1 parasita do marsupial Didelphis aurita, P. mirandai 1 e 2 parasita do marsupial Metachirus nudicaudatus, P. galvaoi parasita do roedor Cerradomys subflavus, P. retusa parasita do réptil Tupinambis teguixin, Protospirura numidica 1 parasita do roedor Oxymycterus dasythricthus, P. numidica 2 parasita do roedor Oxymycterus delator, Physocephalus lassancei parasita do roedor Thrichomys fosteri, Pterigodermatites jagerskioldi parasito de Thylamys macrurus e Gnatostoma turgidum parasito de Philander opossum Todos os nematoides utilizados foram coletados do estômago e identificados por ML. As análises morfológicas por ML e MEV revelaram a presença de dimorfismo sexual com as exemplares fêmeas maiores que os macho, extremidade cefálica com abertura bucal com dois grandes pseudolábios laterais, cada um com dente tripartite semicircular de pontas desiguais (dois arredondados e um pontiagudo) e um único grande dente triangular, um par pseudodentes na borda externa lateral de cada lábio e duas papilas em cada lábio. As análises filogenéticas dentro do gênero Physaloptera revelaram um monofiletismo sugerindo uma rápida e simultânea diversificação de espécies. As observações histológicas contribuíram também com novas informações da constituição celular/ tecidual e da biologia dos nematódeos. Sendo assim, a combinação dos métodos morfológicos, moleculares e histológicos apresentaram resultados satisfatórios para descrição de espécies, caracterização do gênero Physaloptera / Abstract: Nematodes belonging to the genus Physaloptera are included in the order Spirurida, and are characterized by having anterior end provided with bilateral symmetry. The genus Physaloptera present as type species P. clausa parasite of Erinaceus europeus. In Brazil, Vaz and Pereira (1935) found Physaloptera bispiculata in the stomach of the rodent Nectomys squamipes Brants, 1827 (water rat) in São Paulo, Brazil. Later, this species was reported parasitizing Sigmodon hispidus, Cynomys ludovicianus and Ondatra zibethicus. The limitations of the morphological features for taxonomic identification, the difficulties to study the complete life cycle and their alternatives hosts, has favored the use of molecular techniques as a tool for solving these questions. This present study describes a new species of Physaloptera of stomach from the rodent Cerradomys subflavus (Cricetidae: Sigmodontinae) collected from Serra da Canastra, Minas Gerais, Brasil (20°13\201928.30\201DS; 46°30\201939.20\201DO). The species was characterized by morphological techniques (ML and SEM) and histological. Furthermore, phylogeny of the genus was performed through molecular sequences of region 18S rRNA and MT-CO 1 producing sequences for the species P. bispiculata rodent parasite of Nectomys squamipes, P. turgida parasite of marsupial Didelphis aurita, P. mirandai 1 and 2 parasite of marsupial Metachirus nudicaudatus, P. galvaoi parasite of the rodent Cerradomys subflavus, P. retusa parasite of reptile Tupinambis teguixin, Protospirura numidica 1 parasite of rodent Oxymycterus dasythricthus, P. numidica 2 parasite of rodent Oxymycterus delator, Physocephalus lassancei parasite of rodent Thrichomys fosteri, Pterigodermatites jagerskioldi parasite of Thylamys macrurus and Gnatostoma turgidum parasite of Philander opossum All nematodes used were collected from the stomach and identified by ML. Morphological analysis by ML and SEM revealed the presence of sexual dimorphism presenting females larger than the male cephalic end. Oral opening with two large lateral, semicircular pseudolabia, each bearing three internal lateral teeth, forming a tripartite structure and single large external lateral triangulate tooth. Phylogenetic analyzes within the Physaloptera genus revealed a monophyletism suggesting a rapid and simultaneous species diversification. The histological observations also contribute to new information of cell / tissue formation and biology of nematodes. So the combination of morphological, molecular and histological methods showed satisfactory results for describing species, characterization of the Physaloptera genus

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia de Fungos, Algas e Plantas, Florianópolis, 2017. / Made available in DSpace on 2017-12-05T03:15:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 348347.pdf: 10142061 bytes, checksum: 99e104989d902adf873de038d62a247f (MD5) Previous issue date: 2017 / O gênero Agaricus é monofilético e possui ampla distribuição com mais de 400 espécies descritas. Os cogumelos desse gênero são caracterizados pelas lamelas livres, inicialmente de coloração branca, depois rosada e finalmente marrom com a maturação dos esporos, presença de anel e crescimento no solo. Embora o gênero seja facilmente reconhecido em campo, a identificação de espécies é difícil devido à falta de caracteres morfológicos e às variações intraespecíficas. Foram analisadas sequências de DNA das regiões ITS, LSU e tef-1a de 73 espécimes coletados no domínio Mata Atlântica, nos estados de Paraíba, Espírito Santo, Rio de Janeiro, São Paulo, Paraná, Santa Catarina e Rio Grande do Sul. As análises moleculares e taxonômicas demonstraram a existência de dois novos clados e cinco espécies novas. Mais de 70% das sequências analisadas foram agrupadas em Agaricus subg. Minores nas seções Minores e Laeticolores, e Agaricus subg. Flavoagaricus na seção Arvenses. O restante das sequências foram agrupadas em outras quatro seções: Agaricus; Rarolentes e Subrutilescentes; e Xanthodermatei, representantes dos outros três subgêneros: Agaricus, Spissicaules e Pseudochitonia, respectivamente. A inclusão de novas sequências de espécimes subtropicais, as diferentes relações filogenéticas encontradas entre as seções e os subgêneros, além da descrição de novas espécies reforçam a potencialidade de estudo do gênero Agaricus no Brasil. / Abstract : The genus Agaricus is monophyletic and has a worldwide distribution with more than 400 described species. Mushrooms of the genus are characterized by free lamellae, initially white, then pinkish and finally brown with spore maturation, presence of annulus and growth in the soil. Although the genus is easily recognized in the field, species identification is difficult because the lack of characters and intraspecific variability. ITS, LSU and tef-1a DNA sequences from 73 specimens collected in the Atlantic Rain Forest, in the states of Paraíba, Espírito Santo, Rio de Janeiro, São Paulo, Paraná, Santa Catarina and Rio Grande do Sul were analyzed. Molecular and taxonomic analyzes demonstrated the existence of two new clades and five new species. More than 70% of the analyzed sequences clustered in Agaricus subg. Minores into sections Minores and Laeticolores, and Agaricus subg. Flavoagaricus into section Arvenses. The other specimens clustered into four other sections: Agaricus; Rarolentes and Subrutilescentes; Xanthodermatei, representatives of the other three subgenera: Agaricus, Spissicaules and Pseudochitonia, respectively. The inclusion of new sequences of subtropical specimens, the different phylogenetic relationships found between the sections and the subgenera, and the description of new species reinforce the potentiality of study of the genus Agaricus in Brazil.

Os heteropteros são o maior grupo de insetos hemimetábolos. Pentatomidae é composta por cerca de 4.700 espécies com hábito predominantemente fitosuccívoro. Estudos filogenéticos nesta família são escassos, sendo os agrupamentos taxonômicos baseados principalmente em similaridades morfológicas. Euschistus Dallas é um dos mais especiosos gêneros de Pentatomidae e tem distribuição no novo mundo. Algumas espécies do gênero podem causar danos a plantas cultivadas, sendo consideradas espécies pragas. Nesta tese, são descritas três espécies dentro de Carpocorini: Euschistus. (Euschistus) baranowskii sp. nov., Euschistus (Mitripus) saramagoi sp. nov., e Ladeaschistus borgesi sp. nov. Também são abordadas as relações entre quatro os subgêneros de Euschistus (Euschistus, Euschistomorphus, Lycipta, Mitripus) e gêneros relacionados em uma análise filogenética de evidência total utilizando quatro marcadores meleculares e 85 caracteres morfológicos. Euschistus é recuperado como não monofilético, sendo os subgêneros Euschistomorphus e Mitripus indicados como taxa fora de Euschistus. O relacionamento entre Ladeaschistus, Sibaria e Euschistus (Mitripus) é corroborado. Com base nos resultados, Mitripus new rank é elevado a gênero, e Adustonotus gen. n. é proposto. Uma análise filogenética utilizando seis marcadores moleculares é realizada para testar a hipótese de monofilia do grupo-Euschistus proposto inicialmente por L. Rolston. Este agrupamento de gêneros não foi recuperado na nossa análise, no entanto, relações genéricas destes carpocorineos, que até então eram baseadas em similaridades taxonômicas, agora possuem uma hipótese filogenética testada. Analisamos a evolução de caractéres de genitália interna de fêmea. As estruturas da espermateca apresentam grande variação dentro da nossa amostra. A reconstrução de estado ancestral detectou muitas mudanças de estado para maior parte dos caracteres.

Pachycorinae é o maior da subfamília na região Neotropical, incluindo também sete gêneros com distribuição em todo o continente americano e um gênero com distribuição exclusivamente Neártica. Seus representantes caracterizam-se, historicamente, por apresentar áreas estriadas estridulatórias nos esternitos IV a VII, plectrum nas metatíbias e veia pós-cubital nas asas posteriores. Os pachycoríneos variam em comprimento de 5 a 20 milímetros e são bastante diversificadas na coloração, apresentando cores presumivelmente aposemáticas e criptozóicas. Entretanto, apesar dessas características, Pachycorinae tem recebido pouca atenção e muito pouco se sabe acerca do grupo, sendo que alguns gêneros precisam urgentemente de revisão. Este trabalho traz, pela primeira vez, um estudo detalhado sobre a morfologia externa do sistema odorífero (característica sinapomórfica para Heteroptera), apresentando imagens em microscopia eletrônica de varredura e descrições de 22 dos 24 gêneros atualmente conhecidos da subfamília. As características do sistema odorífero externo de Pachycorinae podem ser utilizadas na distinção entre os gêneros e também em estudos filogenéticos. Também, pela primeira vez, um estudo sobre a filogenia do grupo é realizado com metodologia cladística, baseados em caracteres morfológicos. Testou-se a hipótese de monofilia para Pachycorinae, incluindo 22 dos 24 gêneros (50 espécies), utilizando como grupo externo, 16 espécies representantes das demais subfamílias de Scutelleridae. Pachycorinae foi corroborada parafilética, mas evidenciou-se a existência de um grupo monofilético com 43 espécies das 50 incluídas neste estudo. Todos os gêneros da subfamília que tiveram mais de uma espécie incluída nesse estudo foram recuperados monofiléticos.

A metodologia aqui denominada de “Cladismo Reverso” foi aplicada no estudo da musculatura da coxa dos tetrápodes coronais, objetivando o entendimento das origens e inserções musculares femorais e pélvicas de tecodôncios fósseis, mais especificamente em crocodilotársios e avemetatarsálios basais. A idéia central é de que um modelo plesiomórfico hipotético arcossauriano resulta da intersecção entre os modelos plesiomórficos hipotéticos aviário e crocodiliano, e a diferença encontrada entre ambos seria representativa de aquisições no intervalo Archosauria-Aves e Archosauria-Crocodylia. Da mesma forma, o modelo plesiomórfico hipotético sauriano é resultado da intersecção entre os modelos plesiomórficos hipotéticos lepidossauriano e arcossauriano, e as diferenças encontradas em ambos, representativa de aquisições nos intervalos Sauria-Lepidosauria e Sauria-Archosauria. As hipóteses propostas são então testadas em espécimens fósseis, procurando-se seguir seu padrão de diferenciação temporal através de hipóteses cladistas prévias. Estruturas topográficas femorais e pélvicas foram relacionadas às origens e inserções musculares, procurando-se um entendimento homológico para aplicação em futuras análises filogenéticas. Especial atenção foi dado às estruturas comumente denominadas como “trocânteres”. Propostas prévias de reconstruções musculares utilizando formas fósseis foram discutidas e comparadas com o modelo proposto. No que se refere à nomenclatura miológica, foi relacionada sua aplicação em cada grupo coronal, visando hipóteses de homologia e propostas de universalização nomenclatural. Grande parte da nomenclatura sistemática filogenética, principalmente dos intervalos Sauria-Aves e Sauria-Crocodylia, foi revista, com definições nodais e estemáticas, além de proposição de novos nomes. Regras nomenclaturais foram discutidas, também com novas propostas operacionais. É descrito novo material triássico sul-rio-grandense, incluindo táxons dinossaurianos e crocodilotarsianos (Karamuru vorax, tax.n.), com comentários sobre os táxons relacionados, em especial a Staurikosaurus, Guaibasaurus e Prestosuchus. O modelo plesiomórfico hipotético miológico proposto é aplicado e considerações biomecânicas são feitas. Análises filogenéticas prévias são discutidas e alguns resultados são falseados. / The method named “Extant Phylogenetic Brackets Approach” is used in study of tetrapod thigh musculature, trying to understand the femoral and pelvic muscle origins and insertions in fossil thecodontians, mainly in basal crocodylotarsians and avemetatarsalians. The central idea is that an archosaurian hypothetic plesiomorphic model is the result of the intersection between the avian and crocodylian hypothetic plesiomorphic models, and the differences in both are acquisitions in the interval Archosauria-Aves and Archosauria-Crocodylia. In the same way, the saurian hypothetic plesiomorphic model is the result of the intersection between the lepidosaurian and archosaurian hypothetic plesiomorphic models, and the differences in both are acquisitions in the interval Sauria-Lepidosauria and Sauria-Archosauria. The hypothesis proposed are tested in fossil specimens, following their temporal diferentiation pattern using previous cladistic hypothesis. Femoral and pelvic topographic structures were related to muscle origins and insertions, trying a homologic knowledge for application in future phylogenetic analyses. Special attention was dealed to structures commonly denominated as “trochanters”. Previous proposals in myological reconstructions are discussed and compared with the proposed model. In reference to myological nomenclature, its application on each crown group was related, proposing homological hypothesis and universalization of names. Great part of the systematic phylogenetic nomenclature, mainly from the interval Sauria-Aves and Sauria-Crocodylia, were reviewed, applying node and stem based definitions, beyond proposition of new names. Nomenclatural rules were also discussed, with new operational proposals. New material from the Triassic of the State of Rio Grande do Sul (Brazil) is described, including dinosaurian and crocodylotarsan (Karamuru vorax, tax.n.) taxa, with comments on other taxa related, specially Staurikosaurus, Guaibasaurus and Prestosuchus. The proposed myological hypothetic plesiomorphic model is applied with biomechanic considerations. Previous phylogenetic analyses were discussed and some results falsified.

A monofilia do gênero Scleronema (Siluriformes: Trichomycteridae), sua posição taxonômica dentre os tricomicterídeos e as relações internas são investigadas através de uma análise integrada de dados morfológicos e moleculares. Uma análise filogenética de evidência total incluindo nove espécies de Scleronema como grupo interno (três nominais e seis reconhecidas como novas) e 24 espécies como grupo externo contemplando todas as subfamílias de Trichomycteridae foi realizada com base em 192 caracteres morfológicos e 2728 caracteres moleculares. Os resultados suportam o monofilia do gênero Scleronema e suas espécies estão agrupadas em dois clados irmãos, grupo Scleronema operculatum e grupo Scleronema minutum, diagnosticáveis através de caracteres da morfologia externa, osteologia e padrão de coloração. O grupo Scleronema operculatum é composto por Scleronema operculatum e uma espécie nova proposta e descrita. O grupo Scleronema minutum compreende Scleronema angustirostre, S. minutum e seis espécies novas reconhecidas, cinco delas descritas aqui. A monofilia de todas as subfamílias de Trichomycteridae foram recuperadas com exceção de Trichomycterinae. A afinidade do gênero Scleronema com os membros das subfamílias Glanapteryginae, Sarcoglanidinae, Stegophilinae, Tridentinae e Vandelliinae é corroborada e discutida. / The monophyly of the genus Scleronema (Siluriformes: Trichomycteridae), its taxonomic position and the internal relationships are investigated through an integrated analysis of morphological and molecular data. A total evidence phylogenetic analysis including nine species of Scleronema in the ingroup (three nominal species plus six recognized as new), and 24 species as outgroup, including all subfamilies of Trichomycteridae, was performed on the basis of 192 morphological and 2728 molecular characters. The results support the monophyly of the genus Scleronema. Its species are grouped into two sister clades, the Scleronema operculatum group and the Scleronema minutum group, diagnosed by characters of external morphology, osteology and color pattern. The Scleronema operculatum group consists of Scleronema operculatum and one new species described here. The Scleronema minutum group comprises Scleronema angustirostre, S. minutum and six new species, five described herein. The monophyly of all subfamilies of Trichomycteridae were recovered except for Trichomycterinae. The affinity of the genus Scleronema with members of the subfamilies Glanapteryginae, Sarcoglanidinae, Stegophilinae, Tridentinae and Vandelliinae is supported and discussed.

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Trichomycteridae é caracterizada morfologicamente pela presença de um sistema opercular altamente modificado, envolvendo os ossos operculares e pré-operculares, assim como pela variação no tamanho do corpo e padrões de coloração. Também apresentam uma ampla diversidade trófica incluindo espécies onívoras, insetívoras, lepidófagas e hematófagas. A monofilia da família e suas subfamílias são bem suportadas por caracteres morfológicos, exceto Trichomycterinae, a qual inclui Trichomycterus, um grupo não-monofilético, taxonomicamente complexo, com elevado número de espécies e desconhecida diversidade. Embora múltiplos estudos tenham focado nas relações supragenéricas com reduzida representatividade de espécies, ainda não existem estudos utilizando caracteres moleculares com ampla amostragem de Trichomycteridae. Neste contexto, o presente trabalho tem como objetivo principal estudar as relações filogenéticas de Trichomycteridae através da análise de sequências de DNA, usando duas aproximações: a análise multilocus, incluindo três genes mitocondriais e dois nucleares, e a implementação de análises filogenômicas usando 851 elementos ultraconservados do genoma (ultraconserved elements, UCEs). Com base na filogenia obtida, analisamos padrões de origem e diversificação, assim como sua correlação com a evolução do tamanho do corpo. Além disso, foram realizadas análises de biogeografia paramétrica para a reconstrução das áreas ancestrais. Os resultados obtidos pelas duas metodologias corroboram hipóteses morfológicas em relação à monofilia das subfamílias, exceto Glanapteryginae e Sarcoglanidinae, e revelam novas hipóteses de relacionamento dentro do clado Tridentinae-Stegophiliniae-Vandelliinae-Sarcoglanidinae-Glanapteryginae (TSVSG). As análises de divergência indicaram que a origem de Trichomyctreridae data do Cretaceo inferior com múltiplos eventos cladogenéticos ocorridos durante o final do Eoceno e inicio do Mioceno. A família apresenta uma alta heterogeneidade nas taxas de diversificação, com um shift evidente na origem da subfamília Trichomycterinae, o qual não está correlacionado com a evolução do tamanho do corpo. A reconstrução de áreas ancestrais indicou que o ancestral comum mais recente de Trichomycteridae esteve amplamente distribuído na região amazônica e drenagens costeiras do Atlântico Sul do Brasil. Diferentes processos geomorfológicos de dispersão e vicariância, principalmente associados com eventos de captura de cabeceira modelaram a distribuição atual dos membros de Trichomycteridae. / Trichomycteridae is one of the most specious families in the superfamily Loricarioidea with approximately 300 valid species including 41 genera and eight subfamilies, widely distributed through the rivers in South and Central America. Trichomycteridae is characterized morphologically by the presence of a highly modified opercular system, involving the opercular and pre-opercular bones, as well as by variation in body size and coloration patterns. Trichomycterids also present a wide trophic diversity including omnivorous, insectivorous, lepidophagous and hematophagous species. The monophyly of the family and its subfamilies are well supported by morphological characters except Trichomycterinae, which includes Trichomycterus, a taxonomically complex non-monophyletic group with a high number of species and unknown diversity. Although, multiple studies have focused on suprageneric relationships with reduced species representativity, there are no studies using molecular characters with a large sample of Trichomycteridae. In this context, the main objective of this research is to study the phylogenetic relationships of Trichomycteridae through the analysis of DNA sequences using two approaches: multilocus analysis, including three mitochondrial and two nuclear genes, and the implementation of phylogenetic analyzes using 851 ultraconserved elements of the genome (ultraconserved elements, UCEs). Based on the phylogeny obtained, we analyzed patterns of origin and diversification, as well as their correlation with the evolution of body size. In addition, analyzes of parametric biogeography were carried out for the reconstruction of the ancestral areas. The results obtained by the two methodologies corroborate morphological hypotheses supporting the monophyly of the subfamilies, except Glanapteryginae and Sarcoglanidinae, and reveal new hypotheses of relationship within the clade Tridentinae-Stegophiliniae-Vandelliinae-Sarcoglanidinae-Glanapteryginae (TSVSG). The analysis of divergence indicated that the origin of Trichomyctreridae dates from the lower Cretaceous with multiple cladogenetic events occurring during the late Eocene and early Miocene. The family shows a high heterogeneity in the rates of diversification, with an evident shift in the origin of the subfamily Trichomycterinae, which is not correlated with the evolution of body size. The reconstruction of ancestral areas indicated that the most recent common ancestor of Trichomycteridae was widely distributed in the Amazon region and coastal drains of the South Atlantic of Brazil. Different geomorphological processes of dispersal and vicariance mainly associated with river capture events modeled the current distribution of Trichomycteridae species / 2014/06853-8

A heterogeneidade ambiental, seja ela espacial ou temporal, traz desafios aos organismos e a forma como eles respondem a ela é através de mudanças no fenótipo para a sobrevivência e fitness (i.e. plasticidade fenotípica). Investigamos se atributos foliares de cinco espécies de Passiflora respondiam de forma plástica à variações na disponibilidade de luz (Radiação Fotossinteticamente Ativa) em ecótonos de floresta-­‐ campo. O estudo abrangeu três regiões geomorfológicas do estado do Rio Grande do Sul e os atributos foliares escolhidos foram: área total e específica, espessura, dureza e forma. Utilizamos informações genéticas e filogenéticas dos indivíduos bem como medidas de luz como preditores da expressão fenotípica. Observamos plasticidade (maior influência do ambiente de luz) em três atributos: SLA, espessura e dureza, apenas observada em três espécies, de clados distintos, indicando que a plasticidade neste grupo não é conservada. Ainda, nestes ecótonos, a dinâmica de expansão e retração florestal pode estar levando à plasticidade de atributos foliares e, possivelmente, de uma radiação adaptativa no recurso de luz, através da criação de oportunidades para as plantas de colonizar novos ambientes.