Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 238175 bytes, checksum: a9d67e9f3b8d66a6cab9291a15bd82d9 (MD5) Previous issue date: 2006-03-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The root knot nematodes, belonging to the genus Meloidogyne Goeldi, 1887, are economically most important group of plant nematodes in the agriculture, producing knobs or galls on the roots of host plants. The losses are greater when infection occurs at the seedling stage. In the botanical family there are species like that of wild mustard (Brassica rapa), that contain glucosinolates, which after enzymatic hydrolyses can generate toxic volatile compounds such as isothiocyanates. It is believed that the incorporation of mustard tissues controls plant nematodes present in the planting substrates used in nursery and seedling production and in the small areas destined for vegetable crops. Thus this can be a viable alternative to the synthetic soil fumigants such as methyl bromide that are harmful to the environment. To evaluate the biofumigant potential of mustard in the management of plant nematodes, dried leaves, seed meal and defatted seed meal were studied to find the efficient tissue and the dose to be incorporated to the substrate to control Meloidogyne incognita. After determining the ideal tissue and the dose they were also used to study the in vitro effect on the mortality of Heterodera glycines, M. javanica, M. exigua, M. mayaguensis and M. incognita. The biofumigant effect was evaluated on the general microbial population of soil. The amount of allyl isothiocyanate liberated in the soil was also determined. The leaves, seed meal and defatted seed meal efficiently controlled M. incognita, but the defatted seed meal proved to be most efficient. The nematicidal effect of mustered was attributed to the volatile compounds. The defatted seed meal efficient in causing the mortality of juveniles of all the nematode species tested. The dehydrated mustard leaves when incorporated into the soil increased the population of bacteria and actinomycetes. The maximum of allyl isothiocyanate was liberated by the defatted seed meal during the biofumigation process. It was concluded that the use of mustard as biofumigant is a viable alternative to control plant nematodes and has the potential to substitute the methyl bromide for seedling substrates treatment. / Os nematóides das galhas, pertencentes ao gênero Meloidogyne Goeldi, 1887, constituem o grupo de fitonematóides com maior importância econômica na agricultura, causando a formação de galhas em raízes hospedeiras. Os prejuízos são maiores quando a infecção ocorre ainda na fase de mudas. A família Brassicaceae tem representantes como a mostarda (Brassica rapa), que produzem glucosinolatos, que ao sofrerem hidrólise enzimática vão gerar produtos tóxicos como os isotiocianatos. Acredita-se que sua incorporação permitirá o controle de fitonematóides presentes em substratos para viveiros e em pequenas áreas destinadas ao cultivo de olerícolas. Assim, esta pode ser uma alternativa viável ao uso de fumigantes sintéticos, como o brometo de metila, prejudiciais ao meio ambiente. Para avaliar o potencial biofumigante da mostarda no manejo de fitonematóides, folha desidratada, farinha de sementes e farinha de sementes desengordurada foram estudados para determinar a melhor dose destes produtos a ser incorporada ao solo visando o controle de Meloidogyne incognita. Conhecidas as doses, estas foram utilizadas para avaliar o efeito in vitro sobre a mortalidade de Heterodera glycines, M. javanica, M. exigua, M. mayaguensis e M. incognita. A ação biofumigante da mostarda foi avaliada sobre populações microbianas do solo, assim como a quantificação de isotiocianato de alila liberado no solo durante o processo de biofumigação. Folha, farinha de sementes e farinha de sementes desengordurada foram eficientes no controle de M. incognita, sendo que a farinha de sementes desengordurada foi a que apresentou melhores resultados. Foi possível comprovar que o efeito nematicida da mostarda se deve aos seus subprodutos voláteis, e foi verificada a sua eficiência em causar a morte dos juvenis de todas as espécies de nematóides testadas. A folha de mostarda ao ser incorporada ao solo aumentou o número de ufc s de bactérias e actinomicetos. A farinha de sementes desengordurada apresentou as maiores quantidades de isotiocianato de alila liberadas durante a fumigação. Conclui-se que o uso da mostarda como biofumigante de solo é uma alternativa para o controle de fitonematóides e apresenta potencial para a substituição do brometo de metila no tratamento de solo e substratos.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2148996 bytes, checksum: 0f782ede5a559058721ff442c36a8c2f (MD5) Previous issue date: 2012-07-16 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Ceratocystis fimbriata sensu lato (s.l.) is a complex of many species that are important pathogens of a large number of woody and herbaceous plants. One of this hosts is rubber tree (Hevea sp.), that is native to the Amazon and belong to the family Euphorbiacea. Rubber tree is grown in order to produce latex, the main raw material for obtaining natural rubber that is used in many different industries. Ceratocystis fimbriata infects the rubber tree panel, causing gray mold that affects latex production. C. fimbriata is considered now as a "species complex" containing cryptic species, and many of them remain undescribed. Thus, the aim of this work was to determine the morphology and phylogenetic relationships of the fungus that causes gray mold in rubber tree in order to confirm whether it is a new species of fimbriata complex. For this, it was used 20 isolates obtained from rubber tree for analysis of genetic variability. Of these, four isolates were selected for morphological and phylogenetic analysis and of those, two isolates were used for pathogenicity tests. According to the sequences of ITS r-DNA, the isolates of C. fimbriata of rubber tree belong to the Latin American clade, with two ITS genotypes, that is related to their geographical origin. One genotype was originated from the state of Acre and the other one from the state of Bahia, which was also confirmed by microsatellite markers. The inoculations showed no specialization to the host, since they were pathogenic to different host species (mango, crotalaria, acacia, eucalyptus and kiwi). Therefore, according to the results of this work, the isolates of rubber tree belong to the Latin American clade and confirmed as C. fimbriata and not a distinct species. / Espécies do complexo Ceratocystis fimbriata sensu lato (s.l.) são importantes patógenos de um grande número de plantas arbóreas e herbáceas, dentre elas a seringueira (Hevea sp.), nativa da região amazônica e pertencente a família Euphorbiaceae. A seringueira é cultivada visando a produção do látex, a principal matéria prima para obtenção da borracha natural que é utilizada em diversos setores. Ceratocystis fimbriata infecta o painel da seringueira, causando uma doença conhecida como mofo cinzento que afeta negativamente a produção de látex. Ceratocystis fimbriata s.l. considerado, atualmente, como um complexo de espécies contendo várias espécies crípticas, muitas das quais ainda não descritas. Deste modo, objetivou-se com este trabalho, determinar a morfologia, o relacionamento filogenético e especificidade de hospedeiro do fungo causador do mofo cinzento em seringueira, de modo a confirmar se é uma nova espécie do complexo fimbriata. Para isso, foram utilizados 20 isolados de seringueira para análise de variabilidade genética. Dentre estes, quatro isolados foram selecionados para análises morfológicas e filogenéticas e destes, dois foram utilizados para testes de patogenicidade. De acordo com as sequências de ITS r-DNA analisadas, os isolados de C. fimbriata de seringueira pertencem ao clado da América Latina, com dois genótipos de ITS, de acordo com a origem geográfica, sendo eles originados do Estado do Acre e o outro do Estado da Bahia, também confirmados por análises de microssatélites. As inoculações mostraram que não há especialização, quanto ao hospedeiro, uma vez que foram patogênicos a diferentes espécies hospedeiras (manga, crotalária, acácia, eucalipto e kiwi). Portanto, de acordo com os resultados deste trabalho, os isolados de seringueira pertencem ao clado da América Latina e são confirmados como C. fimbriata e não uma espécie distinta.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1080649 bytes, checksum: 0b734c22ca6fdd3994db4802005b6004 (MD5) Previous issue date: 2012-07-18 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The Ralstonia wilt of eucalyptus, caused by Ralstonia solanacearum, is potentially one of the major disease of culture. Because of its high genetic and phenotypic variability, currently R. solanacearum is considered a "species complex", subdivided into four taxonomic levels: species, filotipo, sequevar and clone. In order to understand the variability among isolates of R. solanacearum from eucalyptus and develop a protocol for inoculation and screening of resistant clones of eucalyptus to Ralstonia wilt this work was performed. The work was divided into two articles: (i) Molecular characterization of isolates of Ralstonia solanacearum in Eucalyptus spp. and (ii) Method of inoculation and evaluation of resistant clones of Eucalyptus spp. to Ralstonia wilt caused by Ralstonia solanacearum. In Article 1, 19 isolates were analyzed from different regions of eucalyptus in Brazil based on new classification (filotipo and sequevar) and its genetic variability. A product of 372 bp generated by multiplex-PCR amplification using primers Nmult permitted the identification of all isolates analyzed as pertaining to filotipo II. Eighteen isolates were grouped in subclade IIA and just one isolate in IIB. The phylogenetic tree generated from the endoglucanase (egl) gene sequences confirmed the classification of the isolates in filotipo II and separated them into sequevares. The strains AMC22, IBSBF2568 and IBSBF2576 were grouped into a single clade, as well as isolates UFV18 and UFV20, with 89% and 78% posterior probability, respectively, forming two new possible sequevares not defined yet. We also identified isolates belonging to sequevar 41 (100% probability) and 37 (88% probability). However, most of the isolates did not fit in any of previously described sequevar, or formed defined clades. The analysis of results of obtained fragments amplified by ERIC-PCR technique suggested a great genetic diversity among the isolates analyzed in this work. In addition, a high correlation between the geographical origin of isolates and the similarity showed by them was observed. In Article 2, three methods of inoculation and resistant of Eucalyptus spp. clones to Ralstonia wilt was evaluated: (i) soil infestation with R. solanacearum, (ii) dipping of sectioned roots in bacterial suspension, and (iii) injection of a bacterial suspension in the base of the stem. The injection method of a bacterial suspension at the stem base was the most efficient inoculation method of R. solanacearum on eucalyptus. Four, out of 21 clones tested for Ralstonia wilt resistance by this method, were classified as resistant by not showing symptoms of wilt and bacterial exudation up to 30 days after inoculation. / A murcha-de-Ralstonia do eucalipto, causada por Ralstonia solanacearum, constitui potencialmente, uma das principais doenças da cultura. Devido à sua ampla variabilidade, atualmente R. solanacearum é considerada um complexo de espécies , subdividida em quatro níveis taxonômicos: espécie, filotipo, sequevar e clone. Com o intuito de entender a variabilidade entre isolados de R. solanacearum provenientes de eucalipto e desenvolver um protocolo de inoculação e avaliação da resistência de clones de eucalipto à murcha-de-Ralstonia realizou-se este trabalho. Ele foi dividido em dois artigos: (i) Caracterização molecular de isolados de Ralstonia solanacearum de Eucalyptus spp. e (ii) Método de inoculação e avaliação de resistência de clones de Eucalyptus spp. à murcha-de-Ralstonia causada por Ralstonia solanacearum. No artigo 1, foram analisados 19 isolados de R. solanacearum obtidos de eucalipto de diferentes regiões do Brasil quanto à nova classificação (filotipo e sequevar) e quanto à variabilidade genética. Um produto de 372 pb gerado pela amplificação por PCR-multiplex, utilizando primers Nmult, permitiu identificar todos os isolados analisados no filotipo II. Dezoito isolados foram agrupados no subclado IIA e apenas um no IIB. A árvore filogenética gerada a partir das sequências do gene da endoglucanase (egl) confirmou a classificação dos isolados no filotipo II e os separou em sequevares. Os isolados AMC22, IBSBF2568 e IBSBF2576 agruparam-se em um único clado, assim como os isolados UFV18 e UFV20, com 89% e 78% de probabilidade posteriori, respectivamente, compondo dois novos possíveis sequevares, ainda não definidos. Foram identificados também isolados pertencentes ao sequevar 41 (100% de probabilidade) e 37 (88% de probabilidade). Entretanto, a maioria dos isolados não se enquadrou em nenhum sequevar descrito, nem formaram clados definidos. O resultado da análise de fragmentos amplificados pela técnica de ERIC-PCR indicou grande diversidade genética entre os isolados avaliados neste trabalho, havendo, em geral, uma alta correlação entre a origem geográfica dos isolados e a similaridade entre eles. No artigo 2, avaliaram-se três métodos de inoculação e a resistência de clones de Eucalyptus spp. à murcha-de-Ralstonia: (i) infestação do solo com R. solanacearum; (ii) imersão de raízes seccionadas em suspensão bacteriana; e (iii) injeção de suspensão bacteriana na base do caule. O método de inoculação de injeção de suspensão bacteriana na base do caule destacou-se como o mais eficiente para inoculações de R. solanacearum em eucalipto. De 21 clones avaliados quanto à resistência à murcha-de-Ralstonia por esse método, apenas quatro foram classificados como resistentes por não apresentarem sintomas de murcha e exsudação bacteriana até 30 dias após a inoculação.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 668759 bytes, checksum: 554c480543a7e27e41087d744a247db0 (MD5) Previous issue date: 2013-03-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Begomoviruses (genus Begomovirus, family Geminiviridae) comprise a group of plant viruses of great economic importance causing serious economic losses in tropical and subtropical crops. It is believed that the emergence of begomoviruses in Brazil occurred through horizontal transfer of viruses previously restricted to non-cultivated plants by the B biotype of Bemisia tabaci. Little is known about the genetic variability of weedinfecting begomoviruses. The study of this variability is important to understand how viruses evolve in order to adopt strategies for the development of crop cultivars with durable resistance. In this study we investigated the genetic variability of two weedinfecting begomoviruses, Euphorbia yellow mosaic virus (EuYMV) and Macroptilium yellow vein virus (MaYVV), which infect Euphorbia heterophylla and Macroptilium lathyroides, respectively. Our results, based on 19 DNA-A sequences of EuYMV and 18 of MaYVV obtained from samples collected in 2011 and 2012, support the hypothesis that the genetic structure of begomoviruses can be modulated by their hosts by common processes of selection, mutation and recombination. We observed distinct degrees of genetic variability between the two viruses. EuYMV presented a higher variability, similar to other weed-infecting begomoviruses, while MaYVV presented a lower variability. The nucleotide diversity of EuYMV (0.00819) was four-fold higher than that of MaYVV (0.00197). The mutation frequency of EuYMV (2.5×10-3) was higher than that of MaYVV (4.2×10-4). This difference was supported by the higher nucleotide diversity of all genes of EuYMV compared to MaYVV: CP (~three-fold), Rep (~seven-fold), Trap (~32-fold), Ren (~four-fold), AC4 (~eight-fold). Therefore the higher variability of EuYMV can be explained mostly by the Trap gene. The lower diversity observed for MaYVV could be due to its recent emergence compared to EuYMV, reported since the 1950's in Brazil. / Os begomovírus (gênero Begomovirus, familia Geminiviridae) são um grupo vírus de plantas de grande importância econômica causando sérias perdas em diversas culturas tropicais e subtropicais. Acredita-se que a emergência dos begomovírus presentes no Brasil se deu por meio da transferência horizontal de vírus anteriormente restritos a plantas silvestres e invasoras para plantas cultivadas mediada pelo biótipo B de Bemisia tabaci. A maioria dos trabalhos realizados até o presente tiveram enfoque na caracterização molecular dos begomovírus e pouco se sabe sobre a variabilidade genética das populações destes no campo. O estudo desta variabilidade é importante para entender como os vírus evoluem no sentido de serem adotadas estratégias para o desenvolvimento de cultivares com resistência durável. Neste trabalho foi investigada a variabilidade genética de dois begomovírus encontrados em plantas invasoras, Euphorbia yellow mosaic virus (EuYMV) e Macroptilium yellow vein virus (MaYVV), que infectam Euphorbia heterophylla e Macroptilium lathyroides, respectivamente. Os resultados, baseados em 19 sequências de EuYMV e 18 de MaYVV obtidas de amostras coletadas em 2011 e 2012, reforçam a hipótese de que a estrutura genética de begomovírus pode ser modulada pelo hospedeiro por processos comuns de seleção, mutação e recombinação. Foram observados diferentes graus de variabilidade genética entre os dois vírus. O EuYMV apresentou maior variabilidade, semelhante a outros begomovírus que infectam plantas não cultivadas, enquanto o MaYVV apresentou baixa variabilidade. A diversidade nucleotídica do EuYMV (0,00819) foi aproximadamente quatro vezes mais elevada do que a do MaYVV (0,00197). A frequência de mutação do EuYMV (2,5×10-3) foi superior à do MaYVV (4,2×10-4). Esta diferença foi suportada pela maior diversidade nucleotídica de todos os genes do EuYMV em comparação ao MaYVV: CP (aprox. três vezes maior), Rep (sete vezes), Trap (32 vezes), Ren (quatro vezes), AC4 (oito vezes). Esses resultados indicam que a maior variabilidade genética de EuYMV pode ser explicada, principalmente, pelo gene Trap. A menor variabilidade observada para o MaYVV pode ser devido à sua provável emergência recente em comparação ao EuYMV, relatado desde a década de 1950 no Brasil.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1284492 bytes, checksum: 553a1e66f159f200babfafbb0bac0ccd (MD5) Previous issue date: 2013-02-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / In vitro and greenhouse tests were carried out in order to: (i) assess the compatibility of the nematophagous fungi Pochonia chlamydosporia and Duddingtonia flagrans; (ii) evaluate the control of Meloidogyne javanica by the nematophagous fungi applied together and separately; (iii) evaluate the development of tomato plants inoculated with the nematophagous fungi and study the action of the fungi on plant nutritional status. All the compatibility tests, with the exception of an antibiosis test, indicated that P. chlamydosporia and D. flagrans are compatible to be applied toghether. An experiment in microcosm soil, in which predation of M. javanica by D. flagrans was assessed, the number of juveniles reduced in up to 72.7%. In a second assay, in microcosm soil, with different doses of the fungi applied together and separately, the application of P. chlamydosporia and D. flagrans reduced in up to 81.35% the number of juveniles when 10.000 chlamydospores of each fungus were applied per g of soil. Two experiments were conducted in a greenhouse to evaluate the effect of different concentration of P. chlamydosporia and D. flagrans in the control M. javanica and growth of tomato. The number of galls, number of eggs, height and dry weight of plants were evaluated. In both experiments the antagonists reduced the number of galls and egg production of root-knot nematode and did not affect plant height. In the first experiment, the addition of P. chlamydosporia increased plant dry matter, what was not observed in second one. An assay, in greenhouse conditions, was also carried out to evaluate growth promotion and mineral nutrients content in the tomato plants depending on the application of P. chlamydosporia and D. flagrans in combination and separated. The content of N, P, K, Ca, Mg and S and dry matter of the plants were evaluated. The two fungi increased total dry matter and mineral nutrients content in tomato plants. The combination of the two antagonists provides greater control of root-knot nematode and proved to be a promising strategy in the biological control of plant nematodes. Growth promotion and the positive effect in the nutritional status of the plants inoculated with the studied fungi indicated the great potential of these organisms for agricultural use, not only for the control of nematodes but also by its direct effect on plant growth and for providing better use of fertilizers. / Testes in vitro e em casa de vegetação foram realizados com os objetivos de: (i) avaliar a compatibilidade dos fungos nematófagos Pochonia chlamydosporia (Pc) e Duddingtonia flagrans (Df); (ii) avaliar a influência do nematoide Meloidogyne javanica e de ambos os fungos nematófagos no desenvolvimento de plantas de tomate; (iii) estudar a ação dos fungos sobre o estado nutricional das plantas. Nos ensaios de compatibilidade de Pc e Df in vitro, com exceção do teste de antibiose, todos os testes de compatibilidade dos isolados indicaram que os organismos são compatíveis. No primeiro experimento no solo em microcosmo em que foi avaliado a predação de M. javanica por Df, houve redução no número de juvenis em até 72,7%. No segundo experimento em microcosmo, em que foram avaliadas doses dos fungos em conjunto e em separado, a aplicação em conjunto dos dois organismos aumentou o controle, reduzindo em até 81,35% o número de juvenis quando 10.000 clamidósporos de cada fungo foram aplicados por g de solo. Dois experimentos foram realizados em casa de vegetação para avaliar o efeito de diferentes concentrações dos fungos nematófagos Pc e Df, isoladamente ou em mistura, no controle de M. javanica e no crescimento do tomateiro. Foram avaliadas as variáveis: número de galhas g-¹ de raiz, número de ovos g-¹ de raiz, altura e massa seca das plantas. Em ambos os experimentos observou-se o efeito dos dois antagonistas na redução do número de galhas e de ovos do nematoide das galhas. Os tratamentos não influenciaram a altura das plantas nos dois experimentos. No experimento 1, a adição de Pc aumentou a massa seca das plantas, o que não ocorreu no experimento 2. Um ensaio em casa de vegetação também foi realizado para avaliar a promoção de crescimento e aquisição de nutrientes minerais no tomateiro em função da aplicação de ambos os fungos. Após 60 dias avaliou-se a massa seca das plantas e o conteúdo de N, P, K, Ca, Mg e S. Houve efeito positivo dos dois fungos aplicados sobre a massa seca total do tomateiro e conteúdo de nutrientes minerais nas plantas. Dos resultados obtidos, conclui-se que a ação conjunta dos dois antagonistas proporciona maior controle do nematoide das galhas, mostrando-se uma estratégia promissora no controle biológico de fitonematoides. Adicionalmente, a promoção de crescimento vegetal pelos dois fungos estudados, associada à melhoria do estado nutricional das plantas, indica o potencial de uso agrícola desses organismos, não apenas para o controle de nematoides, mas também por sua ação direta no desenvolvimento do tomateiro e na economia de fertilizantes.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 6115511 bytes, checksum: f9a6de95b1f160207c633c70ff99d635 (MD5) Previous issue date: 2012-07-19 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A partir da iniciativa do Governo Federal em introduzir o biodiesel na matriz energética brasileira, surgiu a necessidade de se pesquisar plantas oleaginosas potenciais para produção de matéria-prima para este biocombustível. O pinhão manso (Jatropha curcas) tem se destacado por ser uma planta perene, de fácil manejo, além de produzir sementes com alto teor de óleo. A grande expansão das áreas de cultivo tem sido acompanhada pelo surgimento de diversas enfermidades, do qual pouco se conhece sobre os reais agentes etiológicos. Atualmente, em diversas áreas do Brasil, tem-se relatado a ocorrência de uma nova doença que não apenas reduz a produtividade, como tem causado a morte das plantas. Esta doença está associada a uma podridão das raízes e do colo das plantas. Alguns patógenos já foram relatados para essa doença, sendo mais frequente a ocorrência de fungos da família Botryosphaeriaceae, grupo conhecido pela dificuldade de separação das espécies utilizando características morfológicas. Assim, o objetivo deste trabalho foi identificar os possíveis agentes etiológicos, investigar a diversidade de Botryosphaeriaceae associado a essa doença, utilizando características morfológicas aliadas às ferramentas moleculares, bem como provar a potogenicidade dos isolados. Foram realizadas coletas nos estados de Minas Gerais e Espírito Santo. Em adição a estes, foram obtidas amostras dos estados do Piauí e São Paulo. Isolados monospóricos foram obtidos e armazenados. Estes tiveram o DNA extraído e as regiões ITS e TEF1-α sequenciadas. A partir dos resultados das análises filogenéticas, foram separados dois a três isolados de cada espécie para a caracterização morfológica. Nove espécies de Botryosphaeriaceae foram identificadas, sendo Lasiodiplodia theobromae, L. parva, L. pseudotheobromae, L. iraniensis, Neoscytalidium dimidiatum, Macrophomina phaseolina e três a serem propostas como novas espécies (Lasiodiplodia sp.1, Lasiodiplodia sp.2 e Macrophomina sp.1). Todas as espécies distinguiram morfologicamente e filogeneticamente, com exceção de Macrophomina sp.1 que não esporulou em meio de cultura. Até o momento, apenas Lasiodiplodia theobromae, Lasiodiplodia sp.1 e Neoscytalidium dimidiatum tiveram a patogenicidade comprovada. Pelos testes de Blotter foram encontrados associados às sementes: Lasiodiplodia theobromae, Macrophomina phaseolina e Macrophomina sp.1. Espécies de Botryosphaeriaceae ocorrem em uma ampla gama de hospedeiros e ambientes, e são frequentemente referidos como endofíticos, patógenos latentes ou oportunistas, devido a manifestação da doença estar diretamente associada à ocorrência de estresse do hospedeiro. A expansão das áreas de pinhão manso no mundo tem contribuído para o surgimento de várias doenças que até o momento não tinham seus agentes etiológicos conhecidos. Este estudo fornece informações novas para futuros estudos de manejo da doença, programas de quarentena e especialmente para o desenvolvimento de variedades resistentes à podridão do colo e raiz do pinhão-manso. / The introduction of biodiesel in the Brazilian energy matrix by initiative of the Federal Government, encouraged the search for potential oleaginous crops to supply raw material for biofuel production. The physic nut (Jatropha curcas) has been highlighted since it is a perennial plant, easy to manage, and produces seeds with a high oil content. The expansion of areas of Jatropha in the world has contributed to the emergence of various diseases. Currently in Brazil, the occurrence of a new disease that not only reduces the productivity, since it causes death of the plants. This disease is associated with a collar and root rot of plants. A number of pathogens have been associates with this disease, the occurrence of Botryosphaeriaceae fungi being the most frequent, which is a group known to be difficult to delimit species based on morphological characters. Thus, the purposes of this work was to investigate the diversity of Botryosphaeriaceae associated with collar and root rot of J. curcas, with the aid of morphology and molecular tools and to asses the pathogenicity of the species involved. Samples were colleted in states of Minas Gerais and the Espirito Santo. In addition, samples were obtained from Piauí and São Paulo states. Single spore cultures were obtained and stored. These had their DNA extracted and the ITS and TEF1-α regions were sequenced. From the results of the phylogenetic analyses, two to three isolates of each species were separated for the morphological characterization and pathogenicity tests. With the purpose of investigating the association of the pathogens in seeds, Blotter tests were performed. Nine Botryosphaeriaceae species were identified: Lasiodiplodia theobromae, L. parva, L. pseudotheobromae, L. iraniensis, Neoscytalidium dimidiatum, Macrophomina phaseolina and three to be proposed as new species (Lasiodiplodia sp.1, Lasiodiplodia sp.2 and Macrophomina sp.1). All species were distinguished morphologically and phylogenetically, except Macrophomina sp.1 that failed sporulate in culture.Currently, only Lasiodiplodia theobromae, Lasiodiplodia sp.1 and Neoscytalidium dimidiatum have proven to be pathogenic. Lasiodiplodia theobromae, Macrophomina phaseolina and Macrophomina sp.1 were associated with seeds. Botryosphaeriaceae species occur in a wide range of hosts and environments, and are often referred to as endophytes and latent or opportunistic pathogens, because manifestation of the disease is directly linked with host stress. The great expansion of Jatropha areas in the world have contributed to the emergence of several diseases, which so far, the etiological agent have remained unknown. This study will provide new information for future studies of disease management, quarantine programs and especially, the development of resistant varieties for collar and root rot of J. curcas.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:51:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 310696 bytes, checksum: e605f10bbbe4b744866d2e079c4a4535 (MD5) Previous issue date: 2003-08-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Alcohol dehydrogenase, ADH, activity was investigated in Streptococcus thermophilus NCDO 1968, Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC 11842, Lactobacillus acidophilus ATCC 4356, and the probiotic strain Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20, after growth at 37°C for 12 hours, and storage at 4°C for 21 days. L. delbrueckii subsp. bulgaricus and L. acidophilus presented positive results for ADH activity in Alcohol Indicator Medium, while L. delbrueckii UFV H2b20 presented negative results after 21 days. This method was not discriminatory for S. thermophilus. ADH activity was also measured by the oxidation of NAD(P)H and expressed as μmol of NAD(P)H oxydized per min per mg protein. The average activity in L. acidophilus was 1,06x10-7 µmol.min-1.mg-1. The activity increased to 9,17x10-7µmol.min-1.mg-1 after cells were kept in MRS medium at 4°C, for 5 days. Increases in ADH activity were also detected in cell free extracts of L. delbrueckii subsp. bulgaricus and S. thermophilus. The three strains displayed low ADH activity in MRS broth after 21 days at 4°C. The headspace analysis by Gas Chromatography/ Mass Spectroscopy revealed acetaldehyde production by L. delbrueckii subsp. bulgaricus, L. acidophilus and S. thermophilus. The latter produced acetaldehyde only after storage at 4°C. Ethanol production was not detected. Despite some ADH activity was detected in liquid medium, the combined results do not support completely the hypothesis that ADH activity would be induced itself after storage at low temperatures. Other studies are still needed. / A atividade de etanol desidrogenase, ADH, foi investigada em espécies de bactérias usadas na fabricação do iogurte, Streptococcus thermophilus NCDO 1968, Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC 11842, Lactobacillus acidophilus ATCC 4356, e da linhagem probiótica Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20, após crescimento a 37°C por 12 horas e estocagem a 4°C por 21 dias. Em meio indicador de álcool, L. delbrueckii subsp. bulgaricus e L. acidophilus apresentaram resultado positivo para atividade de ADH, enquanto L. delbrueckii UFV H2b20, resultado negativo. A detecção da atividade, nesse meio, não foi discriminatória para S. thermophilus. A atividade de ADH, em meio líquido, foi determinada pela medida da oxidação de NAD(P)H e expressa em µmoles de NAD(P)H oxidado por minuto por mg de proteína. A atividade em L. acidophilus foi, em média de 1,06x10-7 µmol.min-1.mg-1, aumentando para 9,17x10- 7µmol.min-1.mg-1, após a estocagem das células em meio MRS, por 5 dias, a 4°C. Também houve aumento de atividade de ADH nos extratos livres de células de L. delbrueckii subsp. bulgaricus e S. thermophilus. Os resultados em meio líquido mostraram que as três culturas apresentaram baixa atividade de ADH durante a estocagem por 21 dias, a 4°C. A metodologia baseada em GC/MS, por headspace, permitiu detectar acetaldeído produzido por L. delbrueckii subsp. bulgaricus, L. acidophilus e S. thermophilus, o qual produziu acetaldeído somente após a estocagem a 4°C. Entretanto, a atividade de ADH não foi observada após a incubação para crescimento a 37°C, por 12 h, nem após a estocagem a 4°C por 21 dias, não sendo observada a produção de etanol, nas condições estudadas. Estes resultados não confirmam a hipótese de uma ADH que se manifestaria após longos períodos em baixas temperaturas, embora baixa atividade da enzima tenha sido detectada em meio líquido. Outros estudos são necessários.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:51:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 355631 bytes, checksum: 3e49bb2d2677506413b7513516919754 (MD5) Previous issue date: 2011-02-21 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Endophytic bactéria in fruits inhabits internal tissues without cause visible damage or symptons. However, there is no report of their presence and the diversity in Coffea canephora fruits. Thereby, this work aimed to determine the existence and diversity of cultivable endophytic bacteria in fruits of that specie in three maturation stages. Bacterial isolation and quantification were performed in R2A medium and resulted in 140 isolates gathered in 21 morphotypes, being 55 % of Gram-positive bacteria. The community is composed by 14 genera and 18 bacterial species belonging to phylum Actinobacteria, Firmicutes, Bacteroides, Alpha and Gamma- Proteobacteria. For the first time, Kocuria turfanensis and Pantoa vagans are identified as endophytic species. From 18 species identified as endophytic in C. canephora fruits, seven are not described as endophytic in fruits, namely: Bacillus thuringiensis, Bacillus licheniformis, Agrobacterium tumefaciens, Escherichia coli, Enterobacter hormaechei, Chryseobacterium sp. and Ochrobactrum sp.. The diversity of cultivable endophytic bacteria was distinct in the three maturation stages of C. canephora fruits, being larger in green fruits, where Bacillus subtilis was predominant. The number of Gram-positive isolates was higher than that for Gram-negative in the first two development stage, while in mature fruits the number of colonies from both Gram-positive and Gram-negative was similar. In the last maturation stage, diversity of endophytic bacteria species was smaller and Klebsiella oxytoca was the predominant specie, what was assigned to probable effects of higher caffeine and sugar concentration in the fruits. / Bactérias endofíticas em frutos são as que habitam partes internas sem causar danos ou sintomas aparentes. Entretanto, a presença e diversidade delas em frutos de Coffea canephora não foram ainda relatadas na literatura. Assim, o presente trabalho objetivou determinar a existência e diversidade de bactérias endofíticas cultiváveis nos frutos dessa espécie em três estádios de maturação. O isolamento e a quantificação foram realizados em meio R2A, sendo obtidos 140 isolados que, pelas características morfológicas das colônias, foram agrupadas em 21 morfotipos, sendo 55 % de Gram-positivas. Na comunidade foram identificadas representantes de Actinobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes, Alpha- e Gamma-Proteobacteria, com 14 gêneros e 18 espécies. Kocuria turfanensis e Pantoea vagans são pela primeira vez identificadas como espécies endofíticas. Sete das 18 espécies identificadas como endofíticas em frutos de C. canephora não são espécies descritas como endofíticas em frutos, a saber: Bacillus thuringiensis, Bacillus licheniformis, Agrobacterium tumefaciens, Escherichia coli, Enterobacter hormaechei, Chryseobacterium sp. e Ochrobactrum sp.. A diversidade das bactérias endofíticas cultiváveis mostrou-se distinta nos três estádios de maturação de frutos de C. canephora, sendo maior nos frutos verdes, nos quais a predominância foi de Bacillus subtilis. Nos dois primeiros estádios de desenvolvimento o número de isolados de Gram-positivas foi maior que o de Gram-negativas, enquanto nos frutos maduros o número de colônias de Gram-positivas e Gram-negativas foi similar. No último estádio de maturação a diversidade de espécies de bactérias endofíticas foi menor e a Klebsiella oxytoca foi a espécie dominante, fato atribuído a prováveis efeitos da maior concentração de cafeína e açúcares nos frutos.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:51:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 638022 bytes, checksum: 770358d90456348a933e0711ab667f05 (MD5) Previous issue date: 2011-07-26 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Polycyclic aromatic hydrocarbons (PAH) consist exclusively of carbon and hydrogen atoms arranged in a linear, angular or clustered. Several PAH suffer enzymatic activation and tend to bind to DNA, causing mutations and replication errors. Many of these molecules are known to be toxic, mutagenic and carcinogenic. The PAH are recalcitrant compounds due to its low water solubility and high sorption to soil. The use of biosurfactants has been an option usually effective for removing hydrophobic organic contaminants in complex matrices such as soil. The surfactin is a lipopeptide synthesized by Bacillus subtilis and highly effective in reduction of tension between water and hydrophobiccompounds.Unlike of an exhaustive extraction, the biosurfactants act by increasing the bioavailability of the contaminant and facilitates its degradation.In this work the experiment of phenanthrene biodegradation was conducted in clayed soils contaminated with 14C-phenanthrene and 4 12C-phenanthrene concentrations (1, 10, 40 and 100 mg g-1). Biodegradation was evaluated with the addition of supplements: surfactin (0.825 mg g-1), yeast extract (1.0 mg g-1) and an inoculum (30 mg g-1) obtained from the addition of diesel to a compost made of the municipal solid waste, for enrichment of microorganisms degraders of hydrocarbons. The flasks were kept at 35 °C for 49 days. The 14CO2 produced was captured in scintillation vials containing 2 ml of KOH (1 mol L-1). The bottles were changed on days 8, 18, 25, 32, 37, 44 and 49. After replacing the vials on the thirtieth-second day, was made a second application of surfactin (0.230 mg g-1) in all treatments. The highest degradation activity was achieved in the first 8 days of incubation, only treatments that received the inoculum. After the eighth day until the new surfactin supplementation (32 days), increased activity was not significant in any of the treatments. The activity increased again after the addition of surfactin further, but at a lower rate than achieved in the first 8 days. This result was attributed to the lower concentration of surfactin and the effects of adsorption of phenanthrene to the soil. The degradation activity in samples with the highest concentration of phenanthrene (100 mg g-1) did not differ in the treatments with and without surfactin. This result suggests that the concentration of bioavailable phenanthrene on this dose remained high enough to sustain the activity of degradation. Supplementation with yeast extract resulted in a lower degradation activity in treatments with 10, 40 and 100 mg g-1 of phenanthrene. In the treatments with the lowest dose of phenanthrene (1 mg g-1), yeast extract stimulated the degradation of the contaminant. It is concluded that supplementation with yeast extract stimulated the degradation of surfactin, which resulted in reducing the degradation of phenanthrene in higher concentrations of the contaminant. The results of the work indicate that the bioremediation of soils contaminated with PAH requires the maintenance of solubilizing agents such as surfactin. Due to the rapid degradation of biosurfactant on the ground, it is suggested that the best strategy is to inoculate microorganisms producers of this class of compounds and the maintenance of favorable conditions to ensure the production of biosurfactants in situ, during the process of bioremediation. / Os hidrocarbonetos policíclicos aromáticos (HPAS) são constituídos exclusivamente por átomos de carbono e hidrogênio e organizados sob forma linear, angular ou agrupada. Diversos HPA ao sofrerem ativação enzimática, tendem a ligar-se ao DNA, c ausando erros de replicação e mutações. Muitas dessas moléculas são reconhecidas como tóxicas, mutagênicas e carcinogênicas. Os HPA são compostos recalcitrantes, em razão de sua baixa solubilidade em água e alta sorção ao solo. O uso de biossurfactantes é uma opção geralmente eficaz na remoção de contaminantes orgânicos hidrofóbicos de matrizes complexas, como o solo. A surfactina é um lipopeptídeo sintetizado por Bacillus subtilis e possui alta atividade de redução da tensão entre compostos hidrofóbicos e a água. Diferente de uma extração exaustiva, os biossurfactantes agem aumentando a biodisponibilidade do contaminante e facilitam a sua biodegradação. Neste trabalho, foi conduzido um experimento de biodegradação de fenantreno em latossolo argiloso, contaminado com 14C-fenantreno e com 4 concentrações de 12C-fenantreno (1, 10, 40 e 100 μg g-1). A biodegradação foi avaliada com a adição dos suplementos surfactina (0,825 mg g-1), extrato de levedura (1,0 mg g-1) e de um inóculo (30 mg g-1), obtido a partir da adição de óleo diesel a composto de resíduo sólido urbano, para enriquecimento de micro-organismos degradadores de hidrocarbonetos. Os frascos foram mantidos a 35 °C por 49 dias. O 14CO2 produzido foi capturado em tubos de cintilação, contendo 2 mL de KOH (1 mol L-1). Os frascos foram substituídos nos dias 8, 18, 25, 32, 37, 44 e 49. Após a troca do frasco no trigésimo segundo dia, foi feita uma segunda aplicação de surfactina (0,230 mg g-1), em todos os tratamentos. A maior atividade de degradação foi alcançada nos primeiros 8 dias de incubação, somente nos tratamentos que receberam o inóculo. Após o oitavo dia, até a nova suplementação com surfactina (32° dia), o aumento da atividade não foi significativo em nenhum dos tratamentos. A atividade voltou a aumentar após a adição suplementar de surfactina, porém, em uma taxa inferior à alcançada nos primeiros 8 dias. Esse resultado foi atribuído à menor concentração da surfactina e a efeitos de adsorção do fenantreno ao solo. Nas amostras com a maior concentração de fenantreno (100 μg g-1) a atividade de degradação não diferiu em função dos tratamentos com e sem surfactina. Esse resultado sugere que a concentração do fenantreno biodisponível, nessa dose, se manteve suficientemente alta para sustentar a atividade de degradação. A suplementação com extrato de levedura resultou em menor atividade de degradação, nos tratamentos com 10, 40 e 100 μg g-1 de fenantreno. Nos tratamentos com a menor dose de fenantreno (1 μg g-1), o extrato de levedura estimulou a degradação do contaminante. Conclui-se que a suplementação com extrato de levedura estimulou a degradação da surfactina, o que resultou em redução da degradação do fenantreno nas maiores concentrações do contaminante. Os resultados do trabalho indicam que a biorremediação de solos contaminados com HPA requer a manutenção de agentes solubilizadores, como a surfactina. Em razão da rápida degradação do biossurfactante no solo, sugere-se que a melhor estratégia seja a inoculação de micro-organismos produtores dessa classe de compostos e a manutenção de condições favoráveis a produção de biossurfactantes in situ, ao longo do processo de biorremediação.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:51:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 462563 bytes, checksum: 8c4d15a05d7b212d40f89724706d1c9a (MD5) Previous issue date: 2006-09-19 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Considering that the acid tolerance is an important virulence factor related to survival at low pH of gastric barrier of foodborne pathogens and the expressive increasing of prevalence of Salmonella serovar Enteritidis in recent years as etiologic agent of human salmonelosis, this work aimed to evaluate the effect of acid and storage under low temperatures on Salmonella serovar Enteritidis. The growth of S. Enteritidis CCS3 isolated of swine carcass and S. Enteritidis ATCC 13076 at Trypticasein and Soya Broth (TSB) with pH values between 3.5 and 7.2 and the survival in the same media with pH values between 1.5 and 3.5 were investigated. The tolerance to simulated gastric fluid (SGF) of these cells previously sublethal acid treatment pH 4.0, 4.5 and 5.0 inoculated in pork maintained storage by 7 days at 4 ± 1°C and by 84 days at freezing temperature (-18°C ± 1) was also evaluated. S. Enteritidis CCS3 presented higher values of specific growth rate in acidified TSB and this culture had longer time survival in pH < 3,5 than S. Enteritidis ATCC 13076. The storage in pork by seven days at 4 ± 1°C did not effect the populations of S. Enteritidis studied. After 84 days of cold storage, the media of population reductions of S. Enteritidis CCS3 and ATCC 13076 were 0.8 and 1.5 log cycle, respectively. The previous acid treatment did not enhance the survival of both cultures at low temperatures. After low temperature storage, the cells of S. Enteritidis CCS3 were tolerant until three hours SFG exposure. Instead, cells of S. Enteritidis ATCC 13076 lost culturability after 10 minutes of SFG challenge. S. Enteritidis CCS3 cells submitted to acid treatment at pH 4.0 showed are more tolerant to 180 minutes SFG exposure (15% of population reduction) than cells submitted to other acid treatments (pH 4.5 and 5.0) and cells of control (without acid treatment) with 30% of population reduction. / Considerando que a tolerância ao ácido é um importante fator de virulência relacionado à sobrevivência ao baixo pH da secreção gástrica em patógenos veiculados por alimentos e o expressivo aumento da prevalência de Salmonella sorovar Enteritidis nos últimos anos, como agente etiológico de salmonelose humana, este trabalho teve como objetivo avaliar o efeito de ácido e da estocagem sob temperaturas baixas em Salmonella sorovar Enteritidis. O crescimento de S. Enteritidis CCS3, isolada de carcaça suína, e S. Enteritidis ATCC 13076 foi determinado em Caldo Tripticaseína e Soja (TSB) com valores de pH que variaram de 3,5 a 7,2. A sobrevivência foi avaliada no mesmo meio com pH entre 1,5 e 3,5. A tolerância ao Fluido Gástrico Simulado (FGS) dessas bactérias previamente submetidas a tratamento ácido subletal em pH 4,0; 4,5 e 5,0 inoculadas em carne suína estocada por sete dias a 4 ± 1°C e por 84 dias sob congelamento a -18 ± 1°C foi também avaliada. S. Enteritidis CCS3 apresentou valores maiores de velocidade específica de crescimento em TSB acidificado e sobreviveu por mais tempo em pH inferior a 3,5 do que S. Enteritidis ATCC 13076. A estocagem em carne suína por sete dias a 4 ± 1°C não afetou as populações de S. Enteritidis investigadas. Após 84 dias de congelamento, as reduções médias das populações de S. Enteritidis CCS3 e ATCC 13076 foram de 0,8 e 1,5 ciclos logarítmicos, respectivamente. O tratamento ácido aplicado previamente não teve efeito sobre a sobrevivência das duas culturas sob baixas temperaturas. Após a estocagem sob temperaturas baixas, as células de S. Enteritidis CCS3 apresentaram tolerância à exposição ao FGS por até três horas. Contrariamente, células de S. Enteritidis ATCC 13076 perderam a culturabilidade após 10 minutos de desafio ao FGS. Células de S. Enteritidis CCS3 submetidas a tratamento ácido prévio em pH 4,0 mostraram-se mais tolerantes à exposição por 180 minutos ao FGS (redução de 15%) que células submetidas aos tratamentos ácidos em pH 4,5 e 5,0 e células do tratamento controle (sem tratamento ácido) com redução de 30% da população.