Submitted by LÍDIA DE AZEVEDO DUARTE null (lazevedoduarte@yahoo.com) on 2016-07-04T15:36:55Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Lídia de Azevedo Duarte.pdf: 2363305 bytes, checksum: efa260f700d1944dbbb8f78e537f82bb (MD5) / Rejected by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: O arquivo submetido não contém a folha de aprovação. A versão submetida por você é considerada a versão final da dissertação/tese, portanto não poderá ocorrer qualquer alteração em seu conteúdo após a aprovação. Corrija esta informação e realize uma nova submissão contendo o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2016-07-06T18:26:39Z (GMT) / Submitted by LÍDIA DE AZEVEDO DUARTE null (lazevedoduarte@yahoo.com) on 2016-07-06T20:38:38Z No. of bitstreams: 1 Dissertalção Lídia com ata.pdf: 2427339 bytes, checksum: e6fb9503c3f65f041e5d4bbd461b2ce6 (MD5) / Rejected by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: A data que consta na capa do trabalho deve ser a mesma da folha de aprovação. Corrija estas informações e realize uma nova submissão contendo o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2016-07-07T19:13:57Z (GMT) / Submitted by LÍDIA DE AZEVEDO DUARTE null (lazevedoduarte@yahoo.com) on 2016-07-08T03:10:48Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Lídia Duarte 2.pdf: 2427239 bytes, checksum: 42c587d0dec38f33c9746c78a8b45621 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-07-12T13:59:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 duarte_la_me_rcla.pdf: 2427239 bytes, checksum: 42c587d0dec38f33c9746c78a8b45621 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-12T13:59:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 duarte_la_me_rcla.pdf: 2427239 bytes, checksum: 42c587d0dec38f33c9746c78a8b45621 (MD5) Previous issue date: 2016-06-20 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A alta atividade industrial e a utilização do petróleo como principal recurso energético atual são alguns dos fatores que colaboram com a frequente liberação dos produtos petroquímicos no ambiente. Ambientes marinhos são suscetíveis à contaminação por petróleo devido à sua estreita relação com as indústrias petrolíferas e micro-organismos derivados desses ambientes possuem potencial para atuar na biorremediação sob estas condições. Neste contexto, o objetivo deste trabalho foi analisar a detoxificação e degradação de amostras de petróleo bruto e óleo diesel, a partir da estruturação de dez consórcios microbianos compostos pelos seguintes micro-organismos em combinações variadas: quatro fungos ligninolíticos (basidiomicetos e não basidiomicetos) isolados de invertebrados marinhos, duas bactérias isoladas de reservatório de petróleo (off-shore), duas leveduras lipolíticas marinhas da Antártica e um fungo marinho lipolítico da costa brasileira. A avaliação da detoxificação dos compostos estudados foi realizada por meio da análise de toxicidade aguda em Microtox (Vibrio fischeri) e com o microcrustáceo Artemia sp. O consórcio constituído pelos micro-organismos Aspergillus sclerotiorum CBMAI 849, Cladosporium cladosporioides CBMAI 857, Bacillus sp. CBMAI 707 e Cryptococcus laurentii CRM 707, se destacou com 46% e 60% de sobreviventes de Artemia sp. quando incubado por 21 dias com óleo diesel e petróleo, respectivamente. Estes resultados corroboraram com os dados do microtox, que mostrou uma diminuição da toxicidade quando incubado com diesel, justificando a seleção deste consórcio para prosseguir nas etapas posteriores do trabalho. O planejamento experimental permitiu determinar condições ótimas de temperatura e agitação para o consórcio selecionado, o qual foi posteriormente submetido a dois planejamentos do tipo Plackett–Burman e os melhores ensaios obtidos foram validados experimentalmente. Os ensaios de validação confirmaram o potencial do consórcio na detoxificação dos poluentes estudados e o planejamento experimental possibilitou aumentar a concentração do diesel e utilizar apenas extrato de malte como fonte de carbono adicional, reduzindo o custo do processo. Para o petróleo, houve bons resultados com incubação a 7 dias, mostrando a possibilidade de redução do tempo de ensaio. Não foi detectada atividade de lacase, Manganês Peroxidase e Lignina Peroxidase nos ensaios de validação. A atividade de lipase foi maior nos ensaios com petróleo e óleo diesel do que na ausência destes, indicando que houve indução da atividade enzimática pelos poluentes. A análise de CG/EM mostrou mudanças na no perfil cromatográfico do petróleo e do óleo diesel após a incubação com os micro-organismos. Os resultados do presente trabalho destacam a relevância de micro-organismos de ambientes marinhos na detoxificação de poluentes ambientais e estimula novos estudos envolvendo a aplicação de consórcios microbianos marinhos na biorremediação, as enzimas envolvidas no processo e a avaliação da expressão gênica, por meio de estudos de metatranscriptômica. / The high industrial activity and the use of petroleum as the current primary energy resource are some of the factors that contribute to the release of petrochemical products in the environment. Marine environments are susceptible to contamination by petroleum due to its close relationship with the oil industry. Micro-organisms derived from these environments have the potential to act in bioremediation under these conditions. Thus, the aim of this study was to analyze the detoxification and degradation of crude oil and diesel samples by ten microbial consortia composed with the following microorganisms in combinations: four ligninolytic fungi (basidiomycetes and not basidiomycetes) isolated from marine invertebrates, two isolated from oil reservoir (off-shore), two marine lipolytic yeast from Antarctic and a marine lypolitic fungus from the Brazilian coast. The evaluation of detoxification was performed by acute toxicity analysis with Microtox (Vibrio fisheri) and the microcrustacean Artemia sp. The consortium composed by Aspergillus sclerotiorum CBMAI 849, Cladosporium cladosporioides CBMAI 857, Bacillus sp. CBMAI 707 e Cryptococcus laurentii CRM 707, showed 46% and 60% of Artemia sp. survivors after incubation for 21 days with diesel oil and petroleum, respectively. These results corroborate the microtox data, which showed a decrease in toxicity when incubated with diesel, justifying the selection of this consortium to the next steps of the study. The experimental design allowed us to determine optimal conditions of temperature and agitation to the selected consortium. Two Plackett-Burman experiments were carried out and the best assays were validated experimentally. Validation tests confirmed the potential of the consortium to detoxifify the pollutants. The experimental design enabled the increasing in diesel concentration and the use of only malt extract as additional source, reducing the cost of the process. For petroleum, results after 7 days of incubation showed the possibility of reducing the treatment time. Laccase, Manganese Peroxidase and Lignin Peroxidase activities were not detected in the validation experiments. The lipase activity was higher in the assays with petroleum and diesel oil in comparison with the assays without the pollutants, indicating that there was an induction on the enzymatic activity by the pollutants. The GC/MS analysis showed changes in the chromatographic profiles of petroleum and diesel oil after incubation with the micro-organisms. Results from the presente work, highlight the relevance of marine-derived micro-organisms in the detoxification of environmental pollutants and stimulate new studies in the field of marine consortium application, the enzymes involved in the process and the evaluation of gene expression by using metatranscriptomic approach. / FAPESP: 2014/13205-2

Submitted by Marcelo Teixeira (mvteixeira@ucs.br) on 2014-06-03T17:26:08Z No. of bitstreams: 1 Tese Fernanda Bettin.pdf: 3264365 bytes, checksum: 15d4eaeafc7deb4520c2e8ae285e8490 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-06-03T17:26:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Fernanda Bettin.pdf: 3264365 bytes, checksum: 15d4eaeafc7deb4520c2e8ae285e8490 (MD5)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-08-13Bitstream added on 2014-06-13T19:58:53Z : No. of bitstreams: 1 habeck_tr_me_araiq_parcial.pdf: 87507 bytes, checksum: a5cda579adb4bd812a69b86d82f4dc92 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-06-03T11:42:36Z: habeck_tr_me_araiq_parcial.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-03T11:44:03Z : No. of bitstreams: 1 000713247_20150813.pdf: 261187 bytes, checksum: f1e27782cfa6406cc49618843f347b6e (MD5) Bitstreams deleted on 2015-08-13T15:38:49Z: 000713247_20150813.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-13T15:39:23Z : No. of bitstreams: 1 000713247.pdf: 2583526 bytes, checksum: ce37241bbbaa2e758fd19d7dd8768327 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os fungos endofíticos são micro-organismos que residem nos espaços intercelulares das plantas superiores. Estão comumente presentes em quase todas as plantas e são importantes fontes de produtos naturais com atividades biológicas diversificadas. Este trabalho teve como objetivo a obtenção de substâncias potencialmente bioativas a partir do fracionamento do extrato bruto em Czapek® produzido pelo fungo endofítico Camarops sp. isolado das folhas saudáveis de Alibertia macrophylla (Rubiaceae) e para o melhor entendimento da relação entre os fungos endofíticos e as espécies hospedeiras. Inicialmente o fungo endofítico foi cultivado em pequena escala nos meios sólido (arroz) e líquido: meio de dextrose e batata (MDB) extrato de malte (EM), extrato de levedura (YM), Czapek® e Nutrient®. Os extratos brutos obtidos foram submetidos a bioensaios para avaliação das atividades antifúngica, antioxidante, tripanocida e anticolinesterásica, sendo também analisados por Cromatografia em Camada Delgada (CCD), Cromatografia Líquida de Alta Eficiência com Detector em Arranjo de Diodos (CLAE-DAD) e Ressonância Magnética Nuclear de Hidrogênio (RMN de 1H). Esta avaliação nos permitiu selecionar o meio de cultura Czapek® como o meio mais promissor para cultivo do endófito em escala ampliada. Após o período de fermentação (21 dias) de Camarops sp. em meio de Czapek®, sucessivas extrações com acetato de etila foram realizadas e o extrato bruto foi obtido após evaporação do solvente. Este foi submetido ao fracionamento por técnicas cromatográficas convencionais, o que resultou no isolamento e identificação estrutural de 7 substâncias, que foram determinadas por RMN de 1H e 13C 1D e 2D / Endophytic fungus are microorganisms that reside in the intercellular spaces of higher plants. They are commonly present in almost all plants and are important sources of natural products with diverse biological activities. This study aimed to obtain potentially bioactive substances from the fractionation of crude extract in Czapek® produced by the endophytic fungus Camarops sp. isolated from healthy leaves of Alibertia macrophylla (Rubiaceae) and to contribute to a better understanding of the relationship between endophytes and host species. Initially the endophytic fungus was grown, in small-scale, on solid media (rice) and liquid: potato dextrose broth (PDB), Malt Extract (ME), Yeast Maintenance (YM), Czapek® and Nutrient®. The extracts were subjected to bioassays for evaluation of antifungal, antioxidant, anticholinesterase and trypanocidal activity, and was also analyzed by thin layer chromatography (TLC), High Pressure Liquid Chromatography with Diode Array Detector (HPLC-DAD) and Nuclear Magnetic Ressonance of Hydrogen (NMR 1H). This assessment allowed us to select the Czapek® culture medium as the most promising for cultivation of endophytes on an enlarged scale. After the fermentation period (21 days) of Camarops sp. in Czapek® medium, successive extractions were performed with ethyl acetate and the crude extract was obtained after evaporation of the solvent. This was subjected to fractionation by conventional chromatographic techniques, which resulted in the isolation of seven substances that determined by NMR 1H and 13C 1D and 2D

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:11Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-06-22Bitstream added on 2014-06-13T20:19:04Z : No. of bitstreams: 1 somensi_a_me_araiq_parcial.pdf: 755004 bytes, checksum: e4cb6a8a7eb9151e858628e8b3911a51 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Uma fonte de novas substâncias potencialmente bioativas e úteis como fármacos são os produtos naturais, principalmente os metabólitos oriundos de plantas e microrganismos (fungos, bactérias, actinomicetos). Os fungos endofíticos são microrganismos que residem nos espaços intercelulares das plantas e estabelecem uma interação não-patogênica com a planta. Portanto, o estudo dos endófitos parece ser uma estratégia promissora na obtenção ou identificação e substâncias potencialmente bioativas. Phomopsis stipata isolado como endófito da espécie vegetal Styrax camporum foi cultivado em diferentes meios de cultivo para se avaliar a produção metabólica e a bioatividade dos extratos brutos obtidos. Com esta avaliação, realizada por RMN de 1H e CLAE-DAD, os meios MDB e Milho foram escolhidos para o cultivo de P. stipata em escala ampliada. O extrato bruto obtido em MDB foi fracionado utilizando técnicas cromatográficas adequadas fornecendo nove frações, sendo que as frações foram submetidas à desreplicação utilizando a técnica de simulação de espectro de RMN de 1H e 13C com o auxílio do software MestreNova®, e posteriormente a EM. Esta avaliação permitiu a identificação de cinco dicetopiperazinas, que são substâncias que apresentam inúmeras atividades biológicas: a Rel.ciclo (Pro-Val), Rel.ciclo (Pro-Leu), Rel.ciclo (Pro-Phe), Rel.ciclo (Pro-Ile) e Rel.ciclo (Pro-Tyr) e uma mistura de acilglicerídeos, evidenciando P. stipata como um potencial produtor de biocombustíveis. O fungo P. stipata também foi cultivado em escala ampliada em milho e o extrato bruto obtido foi fracionado utilizando técnicas cromatográficas apropriadas. Deste fracionamento foi obtido uma mistura de acilglicerídeos, que após analises por Cromatografia Gasosa de Alta Resolução a Altas Temperaturas (CGARAT) evidenciou a presença... / One source of new bioactive substances and potentially useful as drugs are the natural products, mainly, the metabolites from plants and microorganisms (fungi, bacteria, actinomycetes). Endophytes are microorganisms that reside in the intercellular spaces of plants and establish a non-pathogenic interaction with the plant. Therefore, the study of endophytes, seems to be a promising strategy for identifying or obtaining potentially bioactive substances. Phomopsis stipata isolated as endophytes of the plant Styrax camporum was cultivated in different culture medium to evaluate the metabolic production and bioactivity of crude extracts. In this evaluation, carried out by 1H NMR and HPLC-DAD, the culture medium of MDB and corn were chosen for the cultivation of P. stipata on a large scale. The obtained crude extract was fractionated using MDB suitable chromatographic techniques providing nine fractions, these fractions are subjected to dereplication using simulation technique of NMR spectra of 1H and 13C with software MestreNova ®, and then the MS. This evaluation allowed identification of five diketopiperazines, which are substances that have several biological activities: a Rel. cyclo (Pro-Val), Rel. cyclo (Pro-Leu), Rel. cyclo (Pro-Phe), Rel.ciclo (Pro-Ile) and Rel.ciclo (Pro-Tyr) and a mix of glycerides, showing P. stipata as a potential producer of biofuel. The fungi P. stipata was also cultivated on a large scale in corn and the crude extract obtained was fractionated using suitable chromatographic techniques. From this fractionation was obtained a mixture of glycerides, that after analysis by High Resolution Gas Chromatography at High Temperatures (HRGCHT) revealed the presence of monoglycerides. The results obtained... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:11Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-09-19Bitstream added on 2014-06-13T20:59:22Z : No. of bitstreams: 1 ropero_dr_me_araiq.pdf: 1613178 bytes, checksum: 4039eae1665cf85998495d5bfd16da01 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / No trabalho foi abordado o estudo de extratos do fungo Phomopsis stipata cultivado em diferentes meios de cultura na implementação da metodologia in silico utilizando cromatografia gasosa acoplada à espectrometria de massas e cromatografia líquida de alta eficiência acoplada à espectrometria de massas de alta resolução conjugados com a base de dados do dicionário de produtos naturais (http://dnp.chemnetbase.com). Foi realizada a comparação da diversidade na produção metabólica do fungo endofítico quando cultivado em diferentes meios de cultura comerciais e em cereal (milho), através do perfil cromatográfico, assim como avaliação das atividades antioxidante e propriedades de inibição da polimerização do heme. Nos extratos diclorometânicos foram identificadas oito substâncias. No extrato diclorometânico do fungo endofítico, crescido em milho, cinco substâncias foram detectadas, sendo elas: 1- derivado -lactônico; 2- ácido n-hexadecanóico; 3- ácido 16-octadecanóico; 4- di-hexanoato de 2-etilhexila e 5- hexadecanoato de iso-propilodiol. E, para o extrato diclorometânico de P. stipata, crescido em meio batata dextrose, três substâncias foram detectadas, dentre elas: 6- ciclohexen-2-ol- 3,5,5-trimetil-ona; 7- hexahidropirrolol [1,2-a] pirazina-1,4-diona-3-benzil e 8- hexahidropirrolol [1,2-a] pirazina-1,4-diona-3-isometil. O emprego de CLAE-DAD-EM e espectrometria de massas tandem possibilitou a identificação, diretamente a partir dos extratos brutos do fungo, de seis substâncias que já foram relatadas para outras espécies do gênero Phomopsis e duas substâncias já antes identificadas na espécie Phomopsis stipata, totalizando oito substâncias detectadas. Para o extrato acetato de etila, crescido em extrato de malte, no modo estático, três substâncias foram detectadas, sendo elas: 10- phomopsidina; 11- phomopsilactona e 12- phomosina... / This work show the study of extracts of the fungus Phomopsis stipata grown in different culture broth in the implementation of in silico methods using gas chromatography coupled to mass spectrometry and high performance liquid chromatography coupled to mass spectrometer for high resolution, combined with the database dictionary of natural products (http://dnp.chemnetbase.com). A comparison of diversity in the metabolic production of endophytic fungus when grown in different culture broth and cereal (corn) by the chromatographic profile was made, as well as assessment of activities of antioxidant properties and inhibition of heme polymerization. In dichloromethane extracts eight substances were identified. In dichloromethane extract of the endophytic fungus, grown in corn, five substances were detected, which were: 1- -lactone derivative; 2- n-hexadecanoic acid; 3- 16- octadecenoic acid; 4- hexanedioic acid, bis(2-ethylhexyl) ester and 5- hexadecanoic acid, 2-hydroxy-1-(hydroxymetil)ethyl ester, And for the dichloromethane extract of P. stipata, grown on potato dextrose broth, three substances were detected, among them:... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:11Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-12-10Bitstream added on 2014-06-13T19:58:56Z : No. of bitstreams: 1 valadao_ib_me_araiq_parcial.pdf: 494280 bytes, checksum: f71a3fc25bfa0b073162ad9acbc99940 (MD5) Bitstreams deleted on 2014-11-14T12:16:52Z: valadao_ib_me_araiq_parcial.pdf,Bitstream added on 2014-11-14T12:17:42Z : No. of bitstreams: 1 000713243.pdf: 1355332 bytes, checksum: 8d17f83281f9a02e2ab6dbfd4fd13b99 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O presente trabalho teve como objetivo principal a obtenção de substâncias bioativas apartir do estudo químico/biológico do extrato bruto produzido pelo fungo endofíticoHypoxylonsp., isolado dos talos da alga vermelhaDichotomariamarginata. Este fungofoi cultivado em meio sólido (arroz) fornecendo o extrato bruto em AcOEt, após maceração, filtração a vácuo e evaporação do solvente. Neste avaliou-se a produção metabólica em CCDC, CLAE-DAD e RMN de 1H e foi submetidoabioensaios para avaliar a seu potencial antifúngico in vitro contra patógenos humanos e fitopatógenos, onde demonstrou ser promissor. Fracionamento em coluna de sílica gel de fase reversa (C-18) resultou no isolamento de três substâncias da classe das antraquinonas: 1,5-dimetoxi-2,6- dihidroxi-antraquinona, 1,5,6-trimetoxi-2-hidroxi-antraquinona, 1,2,5,6-tetrametoxiantraquinona, sendo este o primeiro relato de antraquinonas isoladas do fungo Hypoxylon sp.. O extrato bruto do fungo endofíticoHypoxylonsp. apresentoumoderada atividade antifúngica frente ao patógeno humano Cryptococcusneoformans e frente ao fitopatógenoCladosporiumsphaerospermum. Os resultados do trabalho reforçam a importância do estudo de microrganismo como fonte de metabolitos secundários / The present work main objective is to obtain bioactive substances from the chemical/biological study of crude extract produced by the endophytic fungus Hypoxylon sp., isolated from the stems of the seaweed Dichotomariamarginata. This endophyte was cultivated in solid medium(rice) providing the crude extract in AcOEt, after vacuum filtration and solvent evaporation. The metabolic production of this extracts was evaluated in CCDC, HPLC-DAD and 1H-NMR and the extracts were subjected to bioassays to evaluation the antifungal potential against human pathogens and phytopathogens, which proved to be promising. The crude extract was fractionated on a column of silica gel reverse phase (C-18) resulting in the isolation of three substances, 1,5-dimethoxy-2,6-dihydroxy-anthraquinone, 1,5,6-trimethoxy-2-hydroxy-anthraquinone, 1,2,5,6-tetramethoxy-anthraquinone. This was the first report of isolated anthraquinones from Hypoxylon sp.The crude extract of endophytic fungus Hypoxylon sp. showed moderate antifungal activity against the human pathogen Cryptococcus neoformans and against the phytopathogensCladosporiumsphaerospermum. The results of the study reinforce the importance of the study of microorganisms as a source of secondary metabolites

Orientador: André Rodrigues / Banca: Sérgio Florentino Pascholati / Banca: Sandra Verza da Silva / Resumo: As formigas cortadeiras, ao longo da evolução, desenvolveram o hábito de cultivar fungos e utilizá-los como fonte de alimento. Esses insetos utilizam folhas e flores frescas como substrato para o cultivo do mutualista fúngico (Leucoagaricus gongylophorus). As culturas desses insetos são continuamente ameaçadas por fungos do gênero Escovopsis, considerados parasitas do fungo cultivado pelas formigas. Embora sejam conhecidos os efeitos danosos sobre L. gongylophorus, o mecanismo de ação do parasitismo de Escovopsis sp. ainda é pouco compreendido. Nesse contexto, avaliamos a natureza do antagonismo de várias linhagens de Escovopsis sp. frente ao fungo cultivado pelas formigas cortadeiras. Adicionalmente, avaliamos o potencial antagonista de Escovopsioides sp., um fungo recentemente descrito e para o qual desconhece-se o papel nos ninhos desses insetos. Primeiramente, foram realizados ensaios clássicos de culturas pareadas in vitro para avaliar a interação entre L. gongylophorus e os dois fungos filamentosos teste. Posteriormente, a ação antifúngica de compostos secretados pelos fungos filamentosos frente a L. gongylophorus foi avaliada. Para tanto, foram obtidos extratos brutos utilizando os cultivos de Escovopsis sp. e Escovopsioides sp. na (i) ausência (EBA) e na (ii) presença do fungo mutualista (EBP), além da (iii) fração acetato e (iv) butanol. Esses extratos foram incorporados em meio de cultivo e o crescimento micelial de L. gongylophorus foi avaliado. A interação física entre os fungos filamentosos e o fungo cultivado pelas formigas foi avaliada através de ensaios de antagonismo aliados a microscopia eletrônica de varredura. Nos ensaios de culturas pareadas, todos os fungos filamentosos (Escovopsis sp. e Escovopsioides sp.) afetaram negativamente o crescimento de L. gongylophorus. No geral, a maioria dos extratos brutos EBA e EBP de Escovopsis sp. e Escovopsioides sp. inibiu significativamente o crescimento do... / Abstract: The leaf-cutting ants, across the evolution, developed the ability to grow fungi and use them as food resource. These insects use fresh leaves and flowers as substrate to grow the mutualistic fungus (Leucoagaricus gongylophorus). The farming of these insects are continuously threatened by fungi of the genus Escovopsis, considered parasites of the fungus reared by the ants. Although the harmful effects on L. gongylophorus are known, the mechanism of action of the parasitism of Escovopsis sp. is still poorly understood. In this context, we evaluated the nature of the antagonism of various strains of Escovopsis sp. towards the fungus cultivated by the leaf-cutting ants. In addition, we evaluated the potential antagonistic role of Escovopsioides sp., a recently described fungus for which its role in the ant nests is unknown. First, in vitro co-culture assays were carried out to evaluate the interaction between L. gongylophorus and the two filamentous fungi. Then, the antifungal activities of compounds secreted by the filamentous fungi against L. gongylophorus were evaluated. Crude extracts were obtained using grows of Escovopsis sp. and Escovopsioides sp. (i) in the absence (EBA) and (ii) in the presence (EBP) of the mutualistic fungus, in addition to (iii) acetate and (iv) butanol fractions. These extracts were incorporated in the culture medium and the micelial growth of L. gongylophorus was evaluated. The physical interaction between the filamentous fungi and the fungus cultivated by the ants was evaluated using antagonism assays associated with scanning electron microscopy. In the co-culture assays, all the Escovopsis sp. and Escovopsioides sp. filamentous fungi negatively affected the growth of L. gongylophorus. In general, the majority of the EBA and EBP crude extracts from Escovopsis sp. and Escovopsioides sp. significantly inhibited the growth of the mutualistic fungus. The results indicate that both Escovopsis sp. and Escovopsioides sp / Mestre

Orientador: Maurício Bacci Júnior / Banca: Klaus Hartmann Hartfelder / Banca: Claudio José Von Zuben / Resumo: As associações de mutualismo afetam a vida de todos os organismos vivos. Um modelo biológico muito útil para estudos sobre o mutualismo são as formigas da tribo Attini, cuja nutrição depende da associação com fungos basidiomicetos. Estes fungos produzem despolimerases que degradam a matéria vegetal, gerando açúcares simples que são essenciais para a sobrevivência das formigas. Estudos bioquímicos sugerem que pode haver vias metabólicas mutualistas, iniciando com passos catalisados por enzimas fúngicas e terminando com passos catalisados por enzimas das formigas. Estudos genômicos indicam que as formigas podem não ser capazes de sintetizar alguns aminoácidos, que seriam supridos pelos fungos. Estudos em microbiologia sugerem que as formigas utilizam antibióticos microbianos para proteção contra eventuais entomopatógenos. Desta forma, caracteriza-se uma dependência nutricional e de metabólitos microbianos pelas formigas. Para avaliar a extensão desta dependência, na presente dissertação de mestrado nós anotamos o transcriptoma da formiga Attini Atta sexdens rubropilosa em busca das vias metabólicas com elementos mais expressos. Foram avaliadas a presença e expressão de genes a partir de dados de transcriptômica de nova... / Abstract: Mutualistic associations affect all living organisms. A useful biological model for studies of mutualism are Attini ants, whose nutrition depends on the association with basidiomycete fungi. These fungi produce depolymerases that act on degrading plant material, producing simple sugars that are essential for the survival of ants. Biochemical studies suggest that may be metabolic pathways, starting with steps catalyzed by fungal enzymes and ending with steps catalyzed by enzymes of the ants. Genomic studies indicate that the ants may not be able to synthesize some amino acids that would be supplied by the fungi, thus characterizing nutritional mutualistic dependence. To assess the extent of this metabolic dependence, in this thesis we aimed to annotate the transcriptome of Attine ant Atta sexdens rubropilosa in search of metabolic pathways. The presence and expression of genes from transcriptomics data of next generation sequencing were evaluated / Mestre

Orientador: André Rodrigues / Banca: Derlene Attili de Angelis / Banca: Maisa Ciampi Guillardi / Abstract: Fungus-growing "attine" ants forage diverse substrates to grow mutualistic fungi for food. In addition to the fungal partner, colonies of these insects harbor a rich microbiome composed of bacteria, filamentous fungi and yeasts. Previous studies investigated ecological aspects of filamentous fungi in gardens of leaf-cutter ants and reported some Trichoderma species; however, no studies systematically addressed the putative association of Trichoderma species with attine ants, especially in non-leafcutter ants. Here, a total of 68 strains of Trichoderma preserved in our collection were analyzed using three molecular markers (ITS, tef1 and rpb2). In addition, 30 out of 68 strains were also morphologically examined. The strains correspond to samples collected from leaf-cutter and non-leafcutter ants in 12 points from four states in Brazil and two points in Texas (USA), comprising the largest sampling carried out so far for Trichoderma in attine ant environment. Our results revealed the richness of Trichoderma in this environment, since we found 19 Trichoderma species, including three new species described in the present work (T. attinis, T. texana and T. longifialidicum). Moreover, we show that all 68 strains grouped within different clades across the Trichoderma phylogeny, which are identical or closely related to strains derived from several other environments, supporting for a transient nature of the genus Trichoderma in attine ant colonies. The discovery of three new species suggests that the dynamic foraging behavior of these insects might be responsible for accumulation of transient fungi into their colonies, which might hold several fungal taxa still unknown for science / Mestre

Orientador: André Rodrigues / Coorientador: Henrique Ferreira / Banca: Simone Possedente de Lira / Banca: Lara Durães Sette / Resumo: As coleções de culturas são importantes pilares na preservação, catalogação e prospecção da biodiversidade microbiana. Com o propósito de atender ao depósito e fornecimento de material biológico de qualidade, a Central de Recursos Microbianos da UNESP (CRM-UNESP) iniciou sua adequação para alcançar os padrões internacionais de operação e gerenciamento; o que inclui a autenticação taxonômica das culturas mantidas na coleção. Utilizando um método de triagem molecular adaptado nesse estudo (microssatélites), aliado ao uso de marcadores morfológicos e moleculares, realizamos a identificação taxonômica de 189 isolados, de um total de 201 fungos filamentosos selecionados com base na diversidade de fontes de isolamento e mantidos no acervo de pesquisa da CRM-UNESP. Com o intuito de agregar informações sobre o potencial biotecnológico desses isolados, também avaliamos a produção de compostos antimicrobianos. Após a reativação e purificação dos isolados, foram identificados 66 gêneros e 116 espécies, sendo que os gêneros mais abundantes foram: Fusarium (18,9%), Clonostachys (11,4%), Trichoderma (7%) e Penicillium (6,5%). Todos os 201 isolados foram avaliados quanto à produção de metabólitos secundários com propriedade antibacteriana e antifúngica, segundo um método de alto desempenho (também adaptado neste estudo), frente a micro-organismos de interesse agrícola (Xanthomonas citri subsp. citri) e clínico (Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Candida albicans, Candida krusei e Candida parapsilosis). Do total dos cultivos brutos avaliados, a maioria (62,7%) apresentou atividade antagonista frente, a pelo menos, um dos micro-organismos de referência. Os cultivos brutos dos fungos Penicillium aurantiogriseum LESF 194, Clonostachys rosea LESF 389, Penicillium dodgei LESF 487, Xylaria sp. 4 LESF 502 e de um isolado não identificado LESF 227 inibiram o crescimento de todos os micro-organismos de... / Abstract: Culture collections are keystones in the preservation, cataloging and exploration of microbial diversity. In order to meet international standards of deposit and supply of biological materials, the UNESP-Microbial Resources Center (CRM-UNESP) started their suitability for functioning and management to reach international standards; which include taxonomic authentication of cultures preserved in the collection. Using an adapted molecular screening protocol (microsatellites) coupled with morphological and molecular markers, we obtained the taxonomic identification of 189 out of 201 filamentous fungi from the CRM-UNESP research collection. In order to gather information on the biotechnological potential of these isolates, we also evaluated the production of antimicrobial compounds. After revival and purification of fungal isolates, we identified 66 genera and 116 species; comprehending the most abundant genera: Fusarium (18.9%), Clonostachys (11.4%), Trichoderma (7%) and Penicillium (6.5%). All isolates were evaluated for the production of secondary metabolites with antibacterial and antifungal properties, according to a high-throughput method (also adapted in this study), towards agricultural (Xanthomonas citri subsp. citri) and clinical-relevant (Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Candida albicans, Candida krusei and Candida parapsilosis) reference strains. The majority of culture broths (62.7%) showed antagonist activity against at least one of the reference strains. Culture broths of Penicillium aurantiogriseum LESF 194, Clonostachys rosea LESF 389, Penicillium dodgei LESF 487, Xylaria sp. 4 LESF 502 and from the non-identified fungus LESF 227 inhibited the growth of all reference strains. Our results contributed for the establishment of two screening approaches in the routine of CRM-UNESP. These methods allowed the identification of the various fungal isolates examined as well as the evaluation of the antimicrobial potential of ... / Mestre