Made available in DSpace on 2016-06-02T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 6527.pdf: 2310287 bytes, checksum: 6b506abf65a5fa7b4ec9bb3b44d34a22 (MD5) Previous issue date: 2014-08-14 / Financiadora de Estudos e Projetos / Species kept in captivity are of great importance for in situ conservation of natural populations. In order to fulfill this role, they need to be properly managed with the aim to avoid the consequences of a captive environment, such as: loss of genetic diversity, inbreeding depression, accumulation of deleterious alleles and genetic adaptation to captivity (the first three due to the small number of breeding stock). Thus, with the aim to test founder effects in captive ―populations‖, we used as study model the spectacled bears from Brazilian zoos. This ―population‖ consists of twenty-one bears found in eight zoos along the country, which are originated from just twelve founding individuals. To test a possible founder effect, we analyzed twelve heterologous microsatellite loci for all the specimens of the species in Brazil. Results for the number of alleles and allelic richness obtained through the rarefaction method showed that spectacled bears in captivity have reduced levels of allelic richness in relation to three natural populations (Colombia, Ecuador and Venezuela) studied by other authors; suggesting that bears from Brazilian zoos suffered the consequences of a founding effect, as they have only a fraction of the gene pool of the ancestral population. From the information present in the studbook was possible to verify that there are two families of spectacled bears, and according to the individuals´s multilocus genotypes, we found alleles that are present in a same family and absent in the other. Regarding the kinship, there was a discrepancy in the results with the molecular estimators through the softwares ML-Relate and Coancestry and the information given by the institutions. The information obtained in this work are fundamental to the ex situ conservation program in Brazil with the objective of maintain as high as possible the genetic diversity for future reintroduction plans of the species in nature. / Espécies mantidas em cativeiro são de grande importância na conservação in situ de populações naturais. A fim de que possam desempenhar este papel é necessário que sejam devidamente manejadas, para que as consequências que o cativeiro traz sejam evitadas, como por exemplo: perda de diversidade genética, depressão endogâmica, acúmulo de alelos deletérios e adaptação genética ao cativeiro (as três primeiras devido ao pequeno número de espécimes dos plantéis). No Brasil, uma espécie de mamífero que vem sendo criada em cativeiro desde 1970 e que passou por um efeito fundador, é o urso de óculos (Tremarctos ornatus). O plantel existente hoje totaliza o número de vinte e um ursos, encontrados em oito zoológicos do país, o qual se originou de apenas doze indivíduos fundadores. Para avaliar as consequências de um conhecido efeito fundador, analisamos doze locos heterólogos de microssatélites para todos os exemplares da espécie nos zoos do país, através de amostragem não-invasiva. Resultados referentes ao número de alelos e à riqueza alélica obtida por meio do método de rarefação mostraram que os ursos de óculos de cativeiro possuem valores reduzidos de riqueza alélica em relação a três populações naturais (Colômbia, Equador e Venezuela) estudadas por outros autores; sugerindo que os ursos dos zoológicos brasileiros sofreram as consequências de um efeito fundador, pois possuem apenas uma fração do pool gênico da população ancestral. A partir das informações presentes no studbook foi possível verificar que existem duas famílias de ursos de óculos, e de acordo com os genótipos multilocos dos indivíduos, encontramos alelos que estão presentes em uma mesma família e ausentes na outra. Em relação ao parentesco, houve uma discrepância nos resultados encontrados com os estimadores moleculares através dos softwares ML-Relate e Coancestry e o histórico cedido pelas instituições. As informações obtidas em nosso trabalho, portanto, são fundamentais para que os ursos encontrados nos zoológicos do Brasil possam participar na formação de casais em futuros programas de reprodução ex situ com o propósito de serem utilizados em planos de reintrodução da espécie na natureza.

Amostras populacionais de Oc. scapularis foram coletadas nos municípios de Tremembé-SP (TRE), São Paulo-SP (SPA) e Itaboraí-RJ (ITA). Foram empregados como marcadores biológicos: o gene mitocondrial Citocromo Oxidase Subunidade-1 (COI), geometria alar e análise da genitália masculina. Tais marcadores são tradicionalmente reconhecidos pelo poder discriminante em estudos desta natureza. As populações ITA, TRE e SPA mostraram-se distintas quanto à forma alar, sugerindo baixo fluxo gênico entre elas. Foi verificado dimorfismo sexual em relação ao tamanho isométrico, à forma alar e ao grau de diferenciação populacional. A população de ITA apresentou menor tamanho dos centróides que as demais populações estudadas. Foi verificado amplo polimorfismo genético, tendo sido detectados 51 haplótipos de COI e apenas 11 compartilhados entre as populações ITA, TRE e SPA. Quando comparados com as populações de estudo anteriormente realizado por Devicari, 2010 encontramos um padrão parecido. Analisando conjuntamente os presentes dados com aqueles obtidos por Devicari, 2010, computamos 52 haplótipos sendo apenas alguns compartilhados. Os valores do índice de diferenciação genética <font face=\"Symbol\">Fst observados foram moderados somente entre SPA e ITA, nas demais populações estudadas a diferenciação foi baixa, a diferenciação observada foi compatível com a hipótese de distanciamento geográfico das populações coletadas. Analisando cada marcador biológico, concluímos que as populações estudadas não se tratam de complexo de espécies. Ainda não descartamos a existência de complexo dentro de Oc. scapularis, porém, para definitiva resposta a essa questão serão necessários mais estudos envolvendo populações de outras regiões. / Samples of Oc. scapularis were collected in the municipalities of Tremembé-SP (TRE), São Paulo-SP (SPA) and Itaboraí-RJ (ITA). We used the following biological markers: mitochondrial cytochrome oxidase subunit-1 gene (COI), wing geometry and shape of male genitalia. These markers are traditionally known by its discriminating power in studies of this nature. ITA, SPA and TRE populations, showed distinct wing shape, suggesting low gene flow. We observed sexual dimorphism concerning the isometric size, wing shape and the degree of populational differentiation. ITA sample exhibited the lowest centroid sizes. We found high genetic polymorphism in all populational samples, being 51 COI haplotypes. Out of them, only 11 haplotypes were noted to be shared between at least two or three populations. When comparing our results with those of a previous survey conducted by Devicari (2010), we found a quite similar pattern of hign polymorfism. In total, both studies comprised 52 haplotypes. The <font face=\"Symbol\">Fst index of genetic differentiation values were considered \"moderate\" between ITA and SPA and \"low\" in the other comparisons. Present results are consistent with the hypothesis that populations are subjected to isolation by geographical distance. Analyzing together each biologcal marker, we conclude that populations studied do not consist a species complex. We do not rule out the possible occurence of a complex in Oc. scapularis, however, a definitive answer to this question will require further studies and sampling of populations from elsewhere.

O pinhão-manso (Jatropha curcas L.) é uma planta versátil e com diversos usos potenciais em especial para produção de biodiesel. O óleo obtido de suas sementes é seu produto mais rentável e atualmente desperta grande interesse econômico em diversos setores. A caracterização molecular e a avaliação do potencial reprodutivo dos acessos de pinhão-manso são aspectos ainda pouco abordados no Brasil, sendo necessária a caracterização de acessos brasileiros e suas potencialidades. Os objetivos do presente trabalho foram analisar a diversidade genética e a divergência genética em acessos comerciais de pinhão-manso, coletados no estado de São Paulo (Alvinlândia, Lins, Itatinga e Jales), Minas Gerais (Janaúba) e Mato Grosso do Sul (Dourados). Primeiramente, foram comparadas as técnicas de RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA), RAPD-RFLP (Restrinction Fragment Length Polymorphism a partir do RAPD) e AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism), quanto à potencialidade de detectar polimorfismos dentro dos acessos e entre os acessos. Posteriormente, os acessos foram caracterizados através de AFLP. Além disso, este trabalho visou detectar se há diferença nas estruturas e no desenvolvimento floral e na taxa de viabilidade polínica dos acessos de São Paulo (Alvinlândia), Minas Gerais e Mato Grosso do Sul. Nessa parte do estudo, foram analisadas e identificadas as estruturas dos órgãos florais e do grão de pólen através das técnicas de microscopia de luz, eletrônica de varredura e transmissão. Na comparação entre as técnicas moleculares, apenas AFLP permitiu a detecção de polimorfismos, com base em um acesso escolhido para os testes (Alvinlândia, SP). As análises de todos acessos através de AFLP mostraram considerável polimorfismo, que foi refletido nas estimativas de diversidade genética de Nei e Índice de Shannon. Na análise de agrupamento, as amostras de cada acesso foram agrupadas coerentemente. Os acessos de Dourados e de Itatinga formaram um grupo separado, apresentando cerca de 76% de similaridade com o segundo grupo (Alvinlândia, Jales, Lins, Janaúba). Dentro deste último, os acessos de São Paulo ficaram agrupados (com cerca de 84% de similaridade), enquanto que Janaúba mostrou-se separado, com 82% de similaridade genética. Estes resultados indicam que os acessos de São Paulo provavelmente tenham origem a partir de Janaúba. No entanto, Itatinga provavelmente tenha origem a partir de Dourados. Quanto à morfologia floral, não foi observada nenhuma diferença a nível microscópico na formação e nas estruturas dos órgãos florais. Quando comparada a viabilidade polínica entre os dois acessos coletados em campo (Minas Gerais e Mato Grosso do Sul), notou-se que há diferença significativa na taxa de viabilidade, mesmo os valores sendo muito próximos (Mato Grosso do Sul - 81,91% e Minas Gerais - 77,20%), mostra que tanto os acessos de Minas Gerais como os de Mato Grosso do Sul podem ser utilizados como parentais masculinos em programas de melhoramento genético. A divergência genética moderada e a baixa variabilidade morfológica sugerem que coletas de materiais em poucos locais poderiam representar a diversidade genética da espécie. Estudos mais aprofundados, empregando técnicas como de microssatélites e mais acessos, são 11 necessários para o conhecimento da diversidade e estrutura genética do pinhão-manso no Brasil / Physic nut (Jatropha curcas L) is a very versatile plant with several potential uses especially for the production of biodiesel. The oil obtained from its seeds is the most profitable product of this specie and it is currently attracting great interest in various economic sectors. Molecular characterization and evaluation of reproductive potential of the accessions of pysic nut have still little attention in Brazil, it still need the characterization of Brazilian accessions and its potenciality. The ains of this study were: to analyze the genetic diversity and genetic divergence in commercial accessions of physic nut, from the States of São Paulo (Alvinlândia, Lins, Jales and Itatinga), Minas Gerais (Janaúba)and Mato Grosso do Sul (Dourados). Firstly we compared the RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) RAPD-RFLP (Fragment Length Polymorphism Restriction from RAPD) and AFLP (Amplified Fragment Length Polymprphism) regarding the potencial to detect polymorphism within the accessions and among accessions. Subsequently, the accessions were characterized by AFLP. Moreover this work aimed to detect whether there are differenced on flower structures and development and the rate of pollen viability on the accessions of São Paulo (Alvinlândia), Minas Gerias and Mato Grosso do Sul. On this part of the study were analysed and identified the structures of the floral organs and pollen grain through the techniques of, light microscopy, scanning electron and transmission microscopy. Comparing the molecular techniques, only AFLP allowed the detection of polymorphisms based on the accession chosen for testing (Alvinlândia, SP). Analyses of all accesses by AFLP showed considerable polymorphism, wich was reflected in estimates of genetic diversity index of Nei and Shannon. In cluster analysis, samples of each accessions were grouped consistently. The accessions of Dourados and Itatinga formed a separated group, with approximately 76% similarity with the second group (Alvinlândia, Jales, Lins, Janaúba). Within the last, accessions of São Paulo werte grouped (about 84% similarity), while Janaúba showed p separately, with 82% of genetic similarity. These results indicates that the accessions of São Paulo probably originates from Janaúba. However Itatinga probably originates from Dourados. As floral morphology, we observed no difference at microscope level on the formation and on the structures of floral organs. When compared the pollen grain viability between the two accessions collected in the field (Minas Gerais and Mato Grosso do Sul), it was noted that the viability rated were significantly different, even though the values being very close (Mato Grosso do Sul Minas Gerais 81,91% - 77,20%), shows that both the accessions of Minas Gerais as the Mato Grosso do Sul can be used as male parental in breeding programs. The moderate and low genetic divergence suggests that morphological variability collections of materials in a few locations could represent the genetis diversity of the species. Further studies employing techniques such as microsatellite and more accessions are required for an understanding of diversity and genetic structure of physic nut in Brazil

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:32:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2217621 bytes, checksum: 73d2ddc4b72290d7ed609d146e107caf (MD5) Previous issue date: 2010-12-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The genetic diversity study is an important tool in the identification of genetically divergent individuals, wich, can increase the effect of heterosis in the progeny when combinaded. A statistical technique usually applied in this type of study is the cluster analysis. However, before applying this technique, it must be obtained a similarity matrix (or distance) between the genotypes. These distances can be calculated in several ways, which different proposals are found in the literature for quantitative variables, binary and multicategoric. The transformation of quantitative variables in multicategoric can be used to facilitate their characterization with preliminary useful information. There are quite a few methods to make such changes, but they need to be better understood so that the loss of information occurred in such changes does not damage significantly the results of the analysis. Therefore the purposes of this study are: to determine which of these variables categorization methods are efficient; to research the influence of the choice of different coefficients of dissimilarity in cluster analysis, made from simulated data by using quantitative variables and multicategoric; and to investigate whether some hierarchical methods group efficiently the simulated data. For that, there were made 50 simulations of ten quantitative variables to twenty genotypes of a species of reference as corn, each one with four replications. These data were converted in multicategoric using the following methods: equitable division of amplitude, equitable percentage, square rule, Sturges rule and normal distribution. A number of classes had to be established for the first two methods, which were used four and five classes for both. Were used to create distance matrices, in the original data and multicategoric, the dissimilarity measures: Euclidean distance, the average Euclidean, squared Euclidean distance, Mahalanobis distance and weighted distance. Subsequently, the grouping was done by the method of nearest neighbor and the average linkage between groups (UPGMA). The efficiency of these was verified by the statistics of efficiency cophenetic correlation coefficient, stress and distortion degree between the phenetic and cophenetic matrices. The results showed that the cluster method UPGMA was superior to method of nearest neighbor for all distance measures used. Euclidean distances and average Euclidean showed similar performance in all cluster analysis done. Moreover, these two measures got the best performance in all groups performed. All methods of data categorization achieved a satisfactory performance when grouped by UPGMA, except the method of equal percentage with four and five classes. However, the data which have their classes estimated by the square rule had the most similar dendrogram when compared to the obtained using the original data, and therefore, this is the recommended method to perform the categorization of data. / O estudo da divergência genética é uma ferramenta importante na identificação de indivíduos geneticamente divergentes que, ao serem combinados, possam aumentar o efeito heterótico na progênie. Uma técnica estatística muito aplicada nesse tipo de estudo é a análise de agrupamento. Entretanto, antes dessa técnica ser empregada, deve ser obtida uma matriz de similaridade (ou distância) entre os genótipos. Essas distâncias podem ser calculadas de diversas maneiras, sendo que diferentes propostas são encontradas na literatura para as variáveis quantitativas, binárias e multicategóricas. A transformação de variáveis quantitativas em multicategóricas pode ser utilizada para facilitar sua caracterização com informações preliminares de grande utilidade. Existem vários métodos para se fazer essa transformação, porém estes precisam ser melhor entendidos para que a perda de informações ocorrida na transformação não prejudique significativamente os resultados da análise. Portanto, este trabalho teve como objetivos: verificar quais desses métodos de categorização de variáveis são eficientes; pesquisar a influência da escolha de diferentes coeficientes de dissimilaridades na análise de agrupamentos, feita a partir de dados simulados utilizando variáveis quantitativas e multicategóricas; e averiguar se alguns métodos hierárquicos agrupam com eficiência os dados simulados. Para isto, foram feitas 50 simulações de dez variáveis quantitativas para vinte genótipos de uma espécie de referência como o milho, cada um com quatro repetições. Estes dados foram transformados em multicategóricos através dos métodos: divisão equitativa da amplitude, percentual equitativo, regra do Quadrado, regra de Sturges e distribuição normal. O número de classes tinha que ser estabelecido para os dois primeiros, no caso, foi utilizado quatro e cinco classes para ambos. Foram utilizadas para construir as matrizes de distâncias, nos dados originais e multicategóricos, as medidas de dissimilaridade: distância euclidiana, euclidiana média, quadrado da distância euclidiana, distância de Mahalanobis e distância ponderada. Posteriormente, o agrupamento foi feito pelo método do vizinho mais próximo e pela ligação média entre grupos (UPGMA). A eficiência destes foi verificada através das estatísticas de eficiência coeficiente de correlação cofenética, estresse e grau de distorção entre as matrizes fenéticas e cofenéticas. Os resultados mostraram que o método de agrupamento UPGMA foi superior ao método do vizinho mais próximo para todas as medidas de distância utilizadas. As distâncias euclidiana e euclidiana média apresentaram a mesma performance em todas as análises de agrupamento feitas. Além disso, essas duas medidas obtiveram os melhores desempenhos em todos os agrupamentos realizados. Todos os métodos de categorização de dados conseguiram um desempenho satisfatório quando agrupados por UPGMA, exceto o método do percentual equitativo com quatro e cinco classes. Contudo, os dados que possuem suas classes estimadas pela regra do Quadrado apresentaram o dendrograma mais semelhante com o obtido pormeio dos dados originais, sendo este, então, o método mais recomendado para se fazer a categorização de dados.

Made available in DSpace on 2015-04-17T14:55:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Arquivototal.pdf: 1356123 bytes, checksum: 7115ed47a5956fbd95bdffd700b48424 (MD5) Previous issue date: 2012-11-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Trichogramma species are identified by the morphology of the male genitalia, making the identification difficult due to the small size of the individual (0.25 mm) and/or the presence of cryptic species. Therefore molecular biology constitutes a good alternative for the identification of Trichogramma species and is also used in the identification of Proteobacteria of the genus Wolbachia, known to induce parthenogenesis in Trichogramma species. The purpose of this thesis was to use molecular methods to identify Trichogramma species, verify the diversity of Trichogramma pretiosum populations in 11 cities in Brazil and its association with bacteria of the genus Wolbachia. The samples of Trichogramma pretiosum species and Trichogramma populations were submitted to extraction of genomic DNA for PCR using the forward primer ITS-2- 5 TGTGAACTGCAGGACACATG-3 and the reverse primer IT2-5 GTCTTGCCTGCTCTGCTCTGAG.-3`. The DNA products obtained from Trichogramma species and populations of T. pretiosum were purified and sequenced. To detect the presence of bacteria of the Wolbachia genus in T. pretiosum populations, the amplifications were done using wsp specific primers, with a final reaction volume of 25 μl. The size of PCR products was determined using a molecular weight marker 100 bp using a negative control without DNA, the remaining components and a positive control containing Wolbachia. It can be verified that it was possible to extract DNA from all the Trichogramma species with quantities and qualities sufficient for electrophoretic profiles with genomic DNA concentrations ranging from 15.3 to 50ng/μl. Using PCR, the fragments of the ITS2 region of ribosomal DNA were amplified and one can identify the species of Trichogramma with the sequencing by using the similarity search of the BLAST program in the GenBank database (NCBI - National Center for Biotechnology Information) and dendrogram analysis performed according to the genetic distance matrix, from which three groups were formed, the first by T. exigum, the second by T. pretiosum and the third by T. galloi. With the results of the query by similarity using the BLAST program in the GenBank database a maximum identification average of 92,2% was obtained regarding the species of Trichogramma pretiosum, confirming the correct sequencing. The size of the sequences ranged from 355 to 503 bp. The average G + C content (guanine + cytosine) was 53,2%. After aligning the 11 sequences of T. pretiosum, 391 sites were found conserved, reflecting 73% of the total of 536 sites found, confirming the similarity between samples, as well as confidence in the sequences obtained. The average found for this distance matrix was 0.30. According to the dendrogram obtained from the genetic distance matrix using the neighbor-joining method one can verify the presence of four groups, the first formed by the TPAES, TPPARS, TPRMT TPCVMT populations and the second by the TPSPMT population, the third group by the TPPPE, TPMVCE, TPPPB, TPPPMT, TPJSP populations, and the fourth by the TPPLMT population, being the most genetically distant population. The geographical distance did not affect the genetic similarity or dissimilarity between parasitoids having no significant difference between geographic distance and genetic similarity of the T. pretiosum samples in the locations collected. Of the T. pretiosum populations analyzed, the presence of viii endobacterias occurred in the population from the state of Espírito Santo, the first local record of the presence of this α proteobacteria for the species. / As espécies de Trichogramma são identificadas por meio da morfologia da genitália do macho, sendo dificultada pelo tamanho reduzido do indivíduo (0,25 mm) e/ou a presença de espécies crípticas. Por esta razão, a biologia molecular se constituí em uma boa alternativa para a identificação de espécies de Trichogramma, sendo também utilizada na identificação de proteobactéria do gênero Wolbachia, conhecida por induzir partenogênese em espécies de Trichogramma. O objetivo desta tese foi utilizar métodos moleculares para identificação de espécies de Trichogramma, verificar a diversidade de populações de Trichogramma pretiosum em 11 municípios no Brasil e sua associação com a bactéria do gênero Wolbachia. As amostras de espécies do gênero Trichogramma e de populações de Trichogramma pretiosum foram submetidas à extração de DNA genômico para a realização de PCR utilizando o primer direto ITS-2- 5 TGTGAACTGCAGGACACATG-3 e o reverso IT2-5 GTCTTGCCTGCTCTGCTCTGAG.-3`. Os produtos de DNA obtidos das espécies de Trichogramma e das populações de T. pretiosum foram purificados e submetidos ao seqüenciamento. Para detectar a presença de bactérias do gênero Wolbachia em populações de T. pretiosum, as amplificações foram realizadas com primers específicos wsp, com um volume final da reação de 25 μl. O tamanho dos produtos de PCR foi determinado utilizando um marcador de peso molecular de 100 pb, sendo utilizado um controle negativo sem DNA e o restante dos componentes e um controle positivo com a presença de Wolbachia. Pode-se verificar que foi possível extrair DNA de todas as espécies de Trichogramma estudadas com quantidades e qualidades suficientes para obter perfis eletroforéticos, com concentrações do DNA genômico variando entre 15,3 e 50 ng/μl. Por meio da técnica de PCR, os fragmentos da região ITS2 do DNA ribossomal foram amplificados, sendo possível identificar as espécies de Trichogramma pelo sequenciamento, sendo realizada a busca por similaridade utilizando o programa BLAST, no banco de dados do GenBank (NCBI National Center for Biotechnology Information) e feita a análise de dendrograma de acordo com a matriz de distância genética, onde foi obtido três grupos, o primeiro formado pela espécie T. exigum, o segundo pela espécie T. pretiosum e o terceiro pela espécie T. galloi. Com o resultado da busca por similaridade utilizando o programa BLAST, no banco de dados do GenBank, obteve-se uma média de 92,2% de máxima identificação referente à espécie de Trichogramma pretiosum, confirmando o correto sequenciamento. O tamanho das sequências variaram de 355 a 503 pb. A média do conteúdo G + C (Guanina + Citosina) foi de 53,2%. Após o alinhamento das 11 sequências de T. pretiosum, foram encontrados 391 sítios conservados, que refletem 73 % do total de 536 sítios encontrados, confirmando a semelhança entre as amostras, bem como a confiança nas sequências obtidas. A média encontrada para essa matriz de distância foi de 0,30. De acordo com o dendrograma obtido a partir da matriz de distância genética pelo método do vizinho próximo (Neighbor-Joining), pode-se verificar a presença de quatro grupos: o primeiro, formado pelas populações TPAES, TPPARS, TPRMT e TPCVMT; o segundo, pela população de TPSPMT; o terceiro grupo, pelas populações de TPPPE, TPMVCE, TPPPB, TPPPMT, TPJSP e o quarto pela população de TPPLMT, sendo a população mais distante geneticamente. A distância geográfica não afetou a similaridade ouvi dissimilaridade genética entre os parasitóides, não existindo, diferenças significativas entre distância geográfica e a similaridade genética das amostras de T. pretiosum nas localidades coletadas. Das populações de T.pretiosum analisadas, a presença da endobactérias ocorreu na população proveniente do Estado do Espírito Santo, sendo o primeiro registro local da presença dessa α proteobactéria para a espécie.

Resumo: O objetivo do presente trabalho foi estudar a divergência genética por meio de caracteres morfológicos de frutos, diásporos, ráquilas e plântulas, entre palmeiras matrizes de Oenocarpus bacaba Mart., em três populações naturais do Amapá, Comunidade Lontra da Pedreira, Parque Zoobotânico em Macapá e Município de Porto Grande. A divergência genética foi avaliada pela análise de agrupamento, através do algaritmo de Tocher e do método do Ward, obtido a partir da matriz de dissimilaridade pela Distância Euclidiana. A técnica dos componentes principais foi utilizada para identificar a importância relativa de cada variável para a divergência genética. Houve certa concordância nos dois métodos de agrupamento. Dos 17 caracteres avaliados 10 deles (60%) são passíveis de descarte nas três áreas de estudo / Abstract: The objective of this work was to study the genetic divergence for morphological characters of fruits, disseminules, rachilles and seedlings, among matrices of Oenocarpus bacaba Mart. palm, in three natural populations of Amapa city, Lontra da Pedreira community, Park Zoobotany in Macapa and Porto Grande municipality. The genetic divergence was assessed by clusters analysis by the Tocher algaritmo and Ward's method, obtained from the matrix of dissimilarity of the Euclidian distance. The technique of principal components was used to identify the relative importance of each variable for genetic divergence. There was some agreement among the two groups The twenty characters evaluated, 10 of them (60%) are likely to discard of the three areas of study / Orientadora: Fabíola Vitti Môro / Coorientador: Antônio Sérgio Ferraudo / Coorientador: Fabiano Cesarino / Banca: Raquel Silva Costa / Banca: Ricardo Machado da Silva / Mestre

Orientador: Nilton Luiz de Souza / Banca: Edson Luiz Furtado / Banca: Marli Teixeira de Almeida Minhoni / Banca: Luiz Eduardo Aranha de Camargo / Banca: Eiko Kuramae / Resumo: Rhizoctonia solani Kuhn (teleomorfico: Thanatephorus cucumeris (Frank) Donk) e um fungo basidiomycota, fitopatogeno anamorfico com uma ampla gama de hospedeiros, incluindo mais de 500 generos de plantas. Causam doencas em varias culturas importantes no mundo, infectando sementes, raizes, folhas, hastes e frutos. A diversidade genetica de 274 isolados de Rhizoctonia spp. coletados, em diversas partes do mundo, foram caracterizados utilizando-se a analise de sequencia da regiao ITS1-5.8S rDNA-ITS2, para avaliar o grau de variabilidade genetica dentro e entre grupos de anastomose (AGs), incluindo os isolados padroes dos respectivos AGs. A arvore filogenetica gerada pela analise das sequencias da regiao ITS foi suportada por 66% gbootstraph para a separacao em nove maiores grupos. De maneira geral, o agrupamento dos isolados de Rhizoctonia spp. ocorreu de acordo com os grupos de anastomose ja previamente determinados. A similaridade de sequencias entre isolados de mesmo hospedeiro, mas de diferente origem geografica foi elevada. Por exemplo, isolados de melao do Brasil e Espanha mostraram 97,2% de similaridade na regiao ITS1 e de 98,6 a 99,3 % na regiao ITS2. Isolados de batata do Brasil e da Espanha mostram similaridade de sequencia de 94%. Para melhorar a qualidade das sequencias da regiao ITS1-5.8S rDNA-ITS2 dos isolados CBS316.84 (Waitea circinata) e CBS569.83 (Ceratobasidium globisporum) foram gerados clones, e a analise das sequencias dos clones apresentaram variacao de 94,9 a 100 % de identidade 2 entre os clones do isolado CBS316.84 e de 91,9 ate 100 % para os clones do isolado CBS569.83. Os 44 isolados selecionados previamente, a partir do cladograma gerado da regiao ITS1-5.8S-ITS2 foram submetidos ao sequenciamento dos genes ATP sintase subunidade 6 mitocondrial (ATP6), fator de elongacao 1-alpha (EF-1ƒ¿), RNA polimerase 2 (RPB2) e a regiao ITS. As arvores filogeneticas baseadas na analise gneighbor-joiningh geradas a partir das... / Abstract: Rhizoctonia solani Kuhn (teleomorph: Thanatephorus cucumeris (Frank) Donk) is an anamorphic plant pathogenic basidiomycota fungus with a wide host range, including more than 500 genera of higher plants. Species cause disease in several important crops worldwide by infecting the seeds, roots, leaves, stems and fruits. Two hundred seventy four isolates from plant pathogenic fungus Rhizoctonia spp. collected worldwide was characterized using ITS1-5.8S rDNA-ITS2 sequence analysis to assess the degree of genetic variability within and among anastomosis groups (AGs), including tester isolates of the respective AGs. Within the ITS phylogenetic tree, there was support (66% bootstrap value) for the separation into nine major groups. In general the clustering isolates of Rhizoctonia species agreed with previously determined anastomosis groups. Nucleotide sequence similarity between isolates from the same host but from different geographic origin was high e.g. isolates from melon from Brazil and Spain showed from 97.2 % similarity in ITS1 region and 98.6 to 99.3 % in ITS2 region. Potato isolates from Brazil and Spain showed a sequence similarity about 94%. Several isolates from the same geographic origin were found closely related to different anastomosis groups such as isolates from potato, tomato, soybeans, beans, sugar beet and have been reported different symptoms around the world. Were generated cloning of ITS region from CBS 316.84 (Waitea circinata) and CBS 569.83 (Ceratobasidium globisporum) isolates to improve the sequence quality. The clones showed 94.9 to 100% and 91.9 to 100% identity respectively. Fourty four isolates were selected from the ITS1-5.8S rDNA-ITS2 phylogenetic tree for sequencing using the genes of ssembling the Fungal tree of Life (AFTOL) such as ATP 4 synthase subunit 6 mitocondrial (ATP6), elongation factor 1-alpha (EF-1ƒ¿) and RNA polymerase 2 (RPB2). The phylogenetic tree generated by sequences of EF-1ƒ¿ and RPB2 in general. / Doutor

O gênero Paspalum L. compreende aproximadamente 400 espécies no mundo e cerca de 220 no Brasil. Paspalum é ecologicamente e economicamente importante e tem sido utilizado como pastagem. Paspalum notatum Flügge (grama-forquilha) é uma valorosa gramínea forrageira nos subtrópicos. Esta espécie consiste de vários biótipos sexuais (diplóides) e apomíticos (tetraplóides, ocasionalmente tri e pentaplóides). Neste trabalho, os Inter Simple Sequence repeat (ISSR) foram utilizados para acessar a diversidade genética da grama-forquilha (Paspalum notatum). Os tecidos vegetativos de 95 acessos de grama-forquilha foram obtidos de vários locais da América do Sul (Brasil, Argentina e Uruguai). Um total de 91 de fragmentos reproduzível ISSR foi observado. Oitenta e nove fragmentos (97,5% do total observado) foram polimórficos. A análise de agrupamento (UPGMA) foi realizada para o conjunto de dados ISSR. Os resultados ilustram as relações genéticas entre 95 acessos de Paspalum notatum. A comparação entre dados moleculares, morfológicos e nível de ploidia foi realizada. Em resumo, os marcadores moleculares ISSR mostraram-se eficientes para distinção dos genótipos analisados e observou-se uma variabilidade ampla para a espécie. Estes resultados adicionam novas informações sobre a diversidade genética em Paspalum notatum, conseqüentemente contribuindo para o conhecimento biológico desta espécie e fornecendo subsídios para futuros programas de melhoramento genético e para programas de conservação. / The genus Paspalum L. comprises approximately 400 species worldwide and about 220 in Brazil. Paspalum is ecologically and economically important, and has been very useful as pasture and Paspalum notatum Flügge (bahiagrass) is a valuable forage grass in the subtropics. This species consists of several sexual (diploid) and apomictic (tetraploid, ocasionally tri and pentaploids) biotypes. In this work, inter Simple Sequence Repeats (ISSR) markers were used to assess the genetic variability of a bahiagrass (Paspalum notatum) collection. Vegetative tissues of 95 bahiagrass accessions were obtained from various locations in South America (Brazil, Argentina and Uruguay). A total of 91 reproducible ISSR fragments were observed and eighty nine fragments (97.5% of the total observed) were polymorphic. Cluster analyses (UPGMA) were performed from the ISSR data set and the results illustrate the genetic relationships among the 95 accessions of Paspalum notatum. A comparison among molecular, morphological and ploidy levels data were done. ISSR markers were effective in distinguishing the genotypes analyzed, and a wide variability was observed for this species. These results add new information regarding the genetic diversity in Paspalum notatum, thus contributing towards the biological knowledge of this species, and providing with subsides for future plant breeding and conservation programs.

This thesis is focused on the dispersal, distribution, and genetic diversity of the taxonomically highly diverse Melampyrum subalpinum group. A complete revision of the localities of M. subalpinum in the Czech Republic and Slovakia is presented. The genetic variation and population structure of the M. subalpinum group across its distribution range is described based on allozymes, nuclear and chloroplast gene sequencing, and genome size. Signs of historical hybridization with M. nemorosum were found in some populations. A comparison of seed dispersal by ants between the co-occurring M. subalpinum and M. pratense and the influence of differences in this process are presented. A new mean of seed dispersal (endozoochory) is introduced for Melampyrum. Myrmecochorous dispersal distances are tested and Holocene migration possibilities are discussed taking into account endozoochory.

The tropical region harbors an extraordinary biodiversity, but the evolutionary processes responsible for this pattern remain obscure. Several factors were suggested to play a role in the species diversification in this region. Herein, we test the relative role of the Pleistocene climate oscillations as well as the presence of the São Francisco River on the morphological and genetic structure of Amphisbaena pretrei, an amphisbaenid widely distributed in the Atlantic Forest with a fossorial lifestyle, conserved morphology and low vagility. The goals of this study were (1) to identify climatically stable areas suitable for the occurrence of A. pretrei and (2) to assess whether patterns of morphological and genetic diversity of the species are associated with these areas of environmental suitability or with the São Francisco River. The climatic stability map shows that since 21 thousand years ago there is a large area of environmental suitability for the species that extends from the south of the São Francisco River until the northernmost portion of northeastern Brazil. The morphology data show a distinct group in the southernmost part of the species distribution, suggesting that in this locality morphological diversification has already occurred. Phylogenetic analyses suggest that diversification within this species started at least 1.31 million years ago. Furthermore, there is a strong genetic differentiation related to geographic distance and the presence of the São Francisco River. These results suggest that the process of diversification in A. pretrei began during the Pleistocene, probably due to the climatic oscillations, and continues in the present due to current barriers. / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A região tropical abriga uma biodiversidade extraordinária, porém os processos evolutivos responsáveis por esse padrão permanecem obscuros. Diferentes fatores foram elencados como responsáveis pela diversificação das espécies nessa região. Aqui, testamos o papel relativo de dois desses fatores, as oscilações climáticas do Pleistoceno e a presença do rio São Francisco na estruturação morfológica e genética de Amphisbaena pretrei, um anfisbenídeo largamente distribuído na Mata Atlântica que possui um estilo de vida fossorial, morfologia conservada e baixa vagilidade. Os principais objetivos deste estudo foram (1) identificar áreas climaticamente estáveis adequadas para a ocorrência de A. pretrei e (2) avaliar se os padrões de diversidade morfológica e genética da espécie estão associados com essas áreas de adequabilidade ambiental ou com a posição do rio São Francisco. O mapa de estabilidade climática mostra que desde 21 mil anos atrás há uma grande área de adequabilidade ambiental para a espécie que se inicia ao sul do rio São Francisco e se estende até o extremo norte do nordeste do Brasil. Por sua vez, os dados morfológicos mostram um grupo distinto no extremo sul da distribuição da espécie, sugerindo que nesta localidade uma diversificação morfológica já ocorreu. Análises filogenéticas sugerem que a diversificação na espécie começou há pelo menos 1,31 milhões de anos atrás e uma forte diferenciação genética relacionada à distância geográfica e a presença do rio São Francisco. Esses resultados sugerem que o processo de diversificação em A. pretrei iniciou durante o Pleistoceno, provavelmente devido às oscilações climáticas, e continua no presente devido às barreiras atuais.