Orientadores: Anete Pereira de Souza, Antonio Augusto Franco Garcia / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-17T01:28:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Vigna_BiancaBacciliZanotto_D.pdf: 11101038 bytes, checksum: 673b1f6718032badeb8a155d352235ed (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: As pastagens cultivadas constituem a forma mais econômica de fornecer alimentação abundante e de qualidade aos animais. As gramíneas do gênero Brachiaria representam as forrageiras mais utilizadas no Brasil, dentre as quais a espécie B. humidicola caracteriza-se por ser tolerante à solos úmidos, à cigarrinha-das-pastagens, principal praga das pastagens, e apresentar elevada produção. O conhecimento da extensão da variabilidade genética contida dentro dos bancos de germoplasma pode auxiliar no planejamento de estratégias para maximizar os ganhos genéticos em programas de melhoramento. Além disso, a construção de mapas de ligação é uma importante fonte de informações a respeito da estrutura do genoma e da genética de características de interesse agronômico. Nesse contexto, foram isolados e caracterizados marcadores microssatélites para a espécie como ferramenta para o estudo da diversidade genética de acessos do banco de germoplasma de B. humidicola e a construção de um mapa genético e posterior mapeamento do modo de reprodução por apomixia do tipo aposporia Foram desenvolvidos 154 marcadores microssatélites para a espécie. Os resultados da análise do banco de germoplasma revelaram quatro grupos de acessos que apresentam diferenças significativas entre si, além do único acesso sexual, o qual ficou isolado dos demais acessos, mostrando-se bem distante geneticamente. Esses dados fornecem importantes subsídios para o programa de melhoramento da espécie, orientando cruzamentos e futuras coletas de acessos. O mapa genético desenvolvido conta com 124 marcas em dose-única (geradas a partir de 79 locos microssatélites polimórficos na população de mapeamento) distribuídas em 38 grupos de ligação, com uma cobertura de 1.543,8cM do genoma hexaplóide (2n=6x=36) da espécie, com uma densidade de 12,3cM. O modo de reprodução por aposporia foi mapeado em um único grupo de ligação, de acordo com o esperado, por provavelmente estar associada a uma região genômica específica associada à aposporia (ASGR). Com base no perfil de amplificação dos locos microssatélite e em dados sobre o comportamento meiótico de 45 desses híbridos, pode-se sugerir que os genótipos hexaplóides desta espécie tenham origem autoalopoliplóide, corroborando alguns estudos citogenéticos e moleculares para a espécie / Abstract: Cultivated pastures are the most economic way to produce quality feed in abundance to the animal herd. Grasses from the genus Brachiaria are the ones most plants for pastures in Brazil. Among those, the species B. humidicola is the most adapted to poor drained soils, is tolerant to spittlebugs, the major pest of the tropical forage grasses and is very productive. The knowledge about extension of the genetic variability in the germplasm banks can help to plan out strategies to maximize the gains in breeding programs. The construction of genetic maps is an important source of information about the genome structure and the genetics of characteristics that are important to agronomic studies. Based on this, microsatellite loci have been isolated and characterized for this species as a tool to study genetic diversity in the germplasm bank and the construction of a linkage map and apospory mapping. In total, 154 microsatellite loci were developed for this species. The results obtained from the germplasm analysis show that the germplasm is divided into four major groups and the only sexual accession was keep separated, showing its high divergence from the other accessions. These data are important to the breeding program of the species to define crosses and for future collections. The genetic map developed is formed by 124 single-dose markers (generated from 79 polymorphic SSR loci in the mapping population) distributed in 38 linkage groups, covering 1.543,8cM of the hexaploid genome (2n=6x=36) of the species, with a density of 12,3cM. The reproductive mode hrough apospory has been mapped in only one linkage group, as expected, as it is probably linked to an apospory-specific genomic region (ASGR), described in other grasses. Based on the amplification pattern of the microsatellite loci and in meiotic behaviour data of 45 hybrids from the mapping population, an autoallopolyploid origin can be suggested for the hexaploid genotypes of this species, corroborating some molecular and cytogenetics studies in B. humidicola / Doutorado / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Mangaba (Hancornia speciosa Gomes) is a native fruit tree and geographically widespread in the Northeast Region and the Cerrado of Brazil. Currently, the increasing degradation and consequent reduction of natural occurrence areas resulting from anthropogenic activities has been putting strong pressure on native populations of this species. The aim of this study was to evaluate the diversity and genetic structure of remaining populations of mangaba tree in Northeastern Brazil by means of microsatellite (SSR) markers. From 6 to 20 individuals per population were randomly sampled, totaling 94 individuals and six populations proceeding from the States of Sergipe (Reserva do Caju, Barra dos Coqueiros, and Abaís), Ceará (Jacarecoara and Tapera), and Pernambuco (Tamandaré). Microsatellite regions were amplified by using nine primers previously developed. All populations had positive inbreeding coefficients (f), indicating that they are endogamous populations, with excess of homozygotes, absence of random outcrossing and existence of factors influencing allelic randomness. The highest value of genetic variability was observed in the population Jacarecoara from the State of Ceará and the lowest value, in the population Barra dos Coqueiros from the State of Sergipe. The values of genetic diversity indices GST, RST, and FST estimated for the six populations were equal to 0.14 (p < 0.05), showing moderate genetic differentiation among them. The lowest value of FST pairs (p > 0.05) was found between the populations Jacarecoara and Tapera (0.005), while the highest value was observed between populations Barra dos Coqueiros and Jacarecoara (0.287). The population Jacarecoara was the most divergent in relation to the others. Bayesian clustering analysis showed genetic differentiation of H. speciosa populations in two groups (K = 2). Therefore, the results show that populations of H. speciosa have moderate interpopulational genetic diversity, with the greatest variation due to differences within populations (83.18%), and that these populations have genetic potential for in situ conservation of the species, as well as for germplasm collection for ex situ conservation. / A mangabeira (Hancornia speciosa Gomes) é uma árvore frutífera nativa e de ampla distribuição geográfica na Região Nordeste e no Cerrado do Brasil. Atualmente, a crescente degradação e a consequente redução das áreas de ocorrência naturais resultantes de atividades antrópicas vêm exercendo forte pressão sobre as populações nativas da espécie. O objetivo deste estudo foi avaliar a diversidade e a estrutura genética de populações de mangabeira remanescentes no Nordeste brasileiro, por meio de marcadores microssatélites (SSR). Foram amostrados aleatoriamente de 6 a 20 indivíduos por população, num total de 94 indivíduos e seis populações oriundas dos Estados de Sergipe (Reserva do Caju, Barra dos Coqueiros e Abaís), Ceará (Jacarecoara e Tapera) e Pernambuco (Tamandaré). As regiões com microssatélites foram amplificadas utilizando-se nove primers, previamente desenvolvidos. Todas as populações apresentaram coeficientes de endogamia (f) positivos, indicando que são endogâmicas, com excesso de homozigotos, ausência de cruzamento aleatório e existência de fatores influenciando a aleatoriedade alélica. Observou-se o maior valor de variabilidade genética na população Jacarecoara (Ceará) e, o menor na população Barra dos Coqueiros (Sergipe). Os valores dos índices de diversidade genética GST, FST e RST estimados para as seis populações foram iguais a 0,14 (p < 0,05), revelando moderada diferenciação genética entre elas. Verificou-se o menor valor de pares de FST (p > 0,05) entre as populações Jacarecoara e Tapera (0,005), enquanto o maior foi observado entre as populações Barra dos Coqueiros e Jacarecoara (0,287). A população Jacarecoara foi a mais divergente em relação às demais. A análise Bayesiana de agrupamentos evidenciou diferenciação genética das populações de H. speciosa em dois grupos (K = 2). Portanto, com base nesses resultados, depreende-se que as populações de H. speciosa apresentam moderada diversidade genética interpopulacional, sendo a maior variação devida a divergências dentro de populações (83,18%), e que essas populações têm potencial genético para a conservação in situ da espécie, bem como para coleta de germoplasma visando à conservação ex situ.

Made available in DSpace on 2014-07-29T14:42:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Raquel dos Santos.pdf: 904848 bytes, checksum: 74f190158b8b3da599b4a0be0d32b13e (MD5) Previous issue date: 2011-04-11 / The knowledge of the genetic variability of the bushy cashew is important to maximize the use of its genetic resources to future programs of improvement and conservation of the species. In this report, the genetic variability of 122 accesses of A. humile coming from 11 cities (provenances) from Cerrado was quantified through RAPD markers. The primers with bigger expression were OPA11 and 08. The ten primers used generated 157 bands, being 156 polymorphic (99%), with an average of 15,6 bands/ primer. It was detected a great variability in the towns, being the polymorphism higher than 90%, except the ones original from Jataí-GO. The accessions of Caiapônia-GO and Santo Antônio do Descoberto-GO were the most distant genetically. The total dissimilarity between accesses ranged from 0,103 to 0,796, with averages of 0,390. The accesses 87 and 114 from Serranópolis-GO and Santo Antônio do Descoberto-GO, respectively, were the most distant genetically, showing the importance of these prevenances in the enrichment of the germoplasm bank of the specie. The cajuzinho-do-cerrado presents a high rate of genetic variability is considered a potential species in conservation programs in sit u and ex situ and in breeding programs is that most of this is within their populations. / O conhecimento da variabilidade genética do cajuzinho-do-cerrado é importante para maximizar o uso dos seus recursos genéticos para futuros programas de melhoramento e de conservação da espécie. No presente trabalho, a variabilidade genética de 122 acessos de A. humile procedentes de 11 municípios (procedências) do Cerrado, foi quantificada por meio de marcadores RAPD. Os primers com maior expressão foram OPA11 e 08. Os dez primers utilizados geraram 157 bandas, sendo 156 polimórficas (99%), com média de 15,6 bandas/primer. Grande variabilidade dentro de municípios foi detectada, sendo o polimorfismo superior a 90 %, exceto da procedência Jataí-GO. Os acessos de Caiapônia-GO e Santo Antônio do Descoberto-GO foram os mais distantes geneticamente. A dissimilaridade total entre acessos variou de 0,103 a 0,796, com médias de 0,390. Os acessos 87 e 114 de Serranópolis-GO e Santo Antônio do Descoberto-GO, respectivamente, foram os mais distantes geneticamente, demonstrando a importância dessas procedências no enriquecendo do banco de germoplasma da espécie. O cajuzinho-do-cerrado apresenta alta taxa de variabilidade genética sendo considerada uma espécie potencial em programas de conservação in situ e ex situ e em programas de melhoramento genético sendo que a maior parte desta está dentro de suas populações.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:30:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Bruna Coelho Carvalho.pdf: 623511 bytes, checksum: 1b8b7e76b1e1a914d834251448a49ea4 (MD5) Previous issue date: 2011-02-21 / Regional differences in the molecular epidemiology of HIV-1 have been reported in Brazil, where there is scarce publication about the epidemic in north region. Despite the large number of antiretroviral drugs (ARV) belonging to nucleoside and non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NRTI and NNRTI) and protease inhibitors (PI) classes, the selection of resistance-associated mutations may compromise the therapeutic efficacy. Primary resistance mutations, present prior to ARV use, occur mainly due to the transmission of resistant virus. This study describes the prevalence and profile of primary resistance mutations to ARV and the molecular epidemiology of HIV-1 in ARV naive patients from Tocantins State. For HIV-1 genotyping of the entire protease gene (PR) and 750 bp of reverse transcriptase (RT) gene, plasma RNA was extracted, reverse transcribed into cDNA) and used as the target for nested polymerase chain reaction (K1/K2 and F2/DP10 primers) and fragments were sequenced (kit DYEnamic ET Dye Terminator, GE Healthcare; ABI Prism 3130). The sequences were edited by the Staden Package software. Primary drug resistance was analyzed using the Calibrated Population Resistance (CPR) tool employing the Stanford Surveillance Drug Resistance Mutation (SDRM). The susceptibility profile of ARV mutations was analyzed by Stanford HIV Drug Resistance Database (hivdb.stanford.edu). HIV-1 genetic subtypes were identified by REGA HIV-1 and SIMPLOT softwares and by phylogenetic inference. Naïve patients (n=52) were recruited in LACEN/Palmas/TO between 2008-2010. The majority of investigated patients (59.6%) were males and 73.1% reported heterosexual exposure. Primary mutations that confer resistance to ARV were identified in 11.5% (06/52) of the isolates: BRTO08-43: M41L, L210W, T215D (NRTI); BRTO02-83: Y181C (NNRTI); BRTO13-83: D67G, K219E (NRTI); BRTO20-83: V108I, Y181C (NNRTI); BRTO02-66: M46L (PI); e BRTO13-66: V90I, K103N (NNRTI). Isolates with concordant subtypes in PR/RT regions represented 86.5% (45/52): subtype BPRBRT=78.8% (41/52), subtype CPRCRT=5.8% (3/52), subtype F1PRF1RT=1.9%. Isolates with discordant subtypes in PR and RT genes indicating intersubtype recombination represented 13.5% (07/52): BPRF1TR=1.9% (01/52); BPRBF1TR=7.7% (04/52) e CPRCF1TR=3.9% (02/52). Our study among naive patients from Tocantins State describes moderate prevalence of primary resistance to ARV, the predominance of subtype B that co-circulates with subtype C and a significant number of B/F1 and C/F1 recombinant forms. These results indicate the transmission of ARV resistant HIV-1 isolates among patients from a small inland city in north Brazil, where the epidemic is more recent. In this context, it is important to monitor the prevalence of primary drug resistance in order to assess the need and the cost-benefit of the implementation of pre-treatment genotipic tests aiming to optimize the choice of the ARV regimen among naive patients from Tocantins State. / Diferenças regionais na epidemiologia molecular do HIV-1 têm sido descritas no Brasil e publicações sobre a epidemia da região Norte do país são restritas. Apesar do grande número de drogas antirretrovirais (ARV) das classes inibidores nucleosídicos e não-nucleosídicos (INTR e INNTR) da transcriptase reversa e inibidores da protease (IP), mutações associadas à resistência podem comprometer a eficácia terapêutica. Mutações de resistência primária presentes antes do uso de ARV ocorrem principalmente por transmissão de vírus resistentes. Este estudo descreve a prevalência e o perfil de mutações de resistência primária aos ARVs e subtipos do HIV-1 identificados em pacientes virgens de tratamento do estado do Tocantins. A genotipagem do gene completo da protease (PR) e 750pb da transcriptase reversa (TR) do HIV-1 foi feita a partir de RNA plasmático e incluiu retrotranscrição, nested PCR (primers K1/K2 e F2/DP10) e sequenciamento (kit DYEnamic ET Dye Terminator, GE Healthcare; ABI Prism 3130). As sequências foram editadas pelo software Staden Package. A resistência primária foi analisada pela ferramenta de Calibração da População com Resistência (CPR), empregando a ferramenta do Stanford Surveillance Drug Resistance Mutation (SDRM). O perfil de susceptibilidade dos isolados com mutação de resistência aos ARVs foi analisado pelo Stanford HIV Drug Resistance Database (hivdb.stanford.edu). Os subtipos genéticos do HIV-1 foram identificados pelos softwares REGA HIV-1, SIMPLOT e por inferência filogenética. Pacientes virgens de tratamento (n=52) foram recrutados no LACEN/Palmas/TO entre 2008-2010. A maioria dos pacientes estudados (59,6%) era do sexo masculino e 73,1% referiu exposição heterossexual. Mutações que conferem resistência primária aos ARVs foram identificadas em 11,5% (06/52) dos isolados: BRTO08-43: M41L, L210W, T215D (INTR); BRTO02-83: Y181C (INNTR); BRTO13-83: D67G, K219E (INTR); BRTO20-83: V108I, Y181C (INNTR); BRTO02-66: M46L (IP); e BRTO13-66: V90I, K103N (INNTR). Isolados com subtipos concordantes nas regiões PR/TR representaram 86,5% (45/52): subtipo BPRBTR=78,8% (41/52), subtipo CPRCTR=5,8% (03/52), subtipo F1PRF1TR=1,9%. Isolados com subtipos discordantes em PR e TR indicando recombinação intersubtipo representaram 13,5% (07/52): BPRF1TR=1,9% (01/52); BPRBF1TR=7,7% (04/52) e CPRCF1TR=3,9% (02/52). Nosso estudo em pacientes virgens de tratamento do estado do Tocantins identificou prevalência moderada de resistência primária aos ARVs, predomínio do subtipo B que co-circular com o subtipo C e um percentual significativo de formas recombinantes intersubtipos B/F1 e C/F1. Estes dados indicam a transmissão do HIV-1 resistentes a ARVs em pequenos centros urbanos no interior do Brasil, onde a epidemia é mais recente. Neste contexto, o monitoramento da prevalência de resistência primária é importante para avaliar a necessidade e custo-benefício da implantação do teste de genotipagem pré-ARV para otimizar a escolha do esquema ARV em pacientes do estado do Tocantins.

Submitted by JÚLIO HEBER SILVA (julioheber@yahoo.com.br) on 2017-09-11T17:30:34Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Patricia Rasteiro Ordiale Oliveira - 2016.pdf: 3557568 bytes, checksum: 4383c57681415fa2dc0cc4edfbd1bf59 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-09-15T15:54:18Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Patricia Rasteiro Ordiale Oliveira - 2016.pdf: 3557568 bytes, checksum: 4383c57681415fa2dc0cc4edfbd1bf59 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-15T15:54:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Patricia Rasteiro Ordiale Oliveira - 2016.pdf: 3557568 bytes, checksum: 4383c57681415fa2dc0cc4edfbd1bf59 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-05-05 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / The Euphorbiaceae family is one of the largest and most diverse of the Angiosperms, predominating trees and shrubs and is present in most of the world. The genus Manihot belongs to the family Euphorbiaceae and its origin is recent probably dates from the Miocene and possible in the south of Mexico. It is a group that presents a numerically stable set of chromosomes (2n=36). M. irwinii is an endemic species from the state of Goiás with a disjunct and restricted distribution to the rupestrian cerrado and M. violacea can be found in the states of Goiás, Minas Gerais, Distrito Federal and Mato Grosso occurring in cerrado rock and in other types of formations. Most studies of genetic diversity in the genus are with the species Manihot esculenta (cassava). That is why it is important to study the distribution of genetic variability in populations of two species Manihot irwinii and Manihot violacea. Leaves of individuals from three localities of the species M. irwinii and three others of M. violacea were sampled. To obtain the genotypes, seven microsatellite markers developed for Manihot esculenta and transferred to M. irwinii and M. violacea were used. The six populations were genotyped in an automatic DNA analyzer in two multiplex systems. The M. irwinii species presented a mean of 5,5 alleles per locus and a moderate diversity (He=0,446) and the values of θ=0.241 and F=0.207 indicated a high genetic structure among the populations. It was detected for M. violacea a mean of 8,5 alleles per locus and a moderate diversity (He=0,478) and high divergence among populations of M. violacea (θ=0.420 and F=0.441). For both species the result of the Structure program contributes with this result showing that there is little mixture between the populations that can be result of restricted genetic flow and possible action of the genetic drift, since the global f values were not significant indicating that the system of Is not responsible for the high structuring of populations. The two species that occur in the Serra dos Pireneus State Park share 23 alleles (M. irwinii: 76% and M. violacea: 79%), with five alleles being exclusive to the Park. The divergence between the two was high (θ=0.298) and lower than that found among populations of M. violacea. It is possible that the high percentage of shared alleles is trace of a historical flow and that at present there is a barrier between species. / A família Euphorbiaceae é uma das maiores e mais diversificadas dentre as Angiospermas, predominam árvores e arbustos e está presente na maior parte do mundo. O gênero Manihot pertence à família Euphorbiaceae e sua origem é recente provavelmente data do mioceno e possível no sul do México. É um grupo que apresenta conjunto de cromossomos numericamente estável (2n=36). M. irwinii é uma espécie endêmica do estado de Goiás de distribuição disjunta e restrita ao cerrado rupestre e M. violacea pode ser encontrada nos estados de Goiás, Minas Gerais, Distrito Federal e Mato Grosso ocorrendo em cerrado rupestre e em outros tipos de formações campestres. A maioria dos estudos de diversidade genética no gênero são com a espécie Manihot esculenta (mandioca). Por isso é importante estudar a distribuição da variabilidade genética em populações de Manihot irwinii e Manihot violacea. Foram amostradas folhas de indivíduos de três localidades da espécie M. irwinii e outros três de M. violacea. Para a obtenção dos genótipos foram utilizados sete marcadores microssatélites desenvolvidos para Manihot esculenta e transferidos para M. irwinii e M. violacea. As seis populações foram genotipadas em analisador automático de DNA em dois sistemas multiplex. A espécie M. irwinii apresentou uma média 5,5 alelos por loco e uma diversidade moderada (He=0,446) e os valores de θ=0,241 e F=0,207 indicam alta estruturação genética entre as populações. Foi detectado para M. violacea média de 8,5 alelos por loco e uma diversidade moderada (He=0,478) e elevada divergência entre as populações de M. violacea (θ=0,420 e F=0,441). Para ambas as espécies o resultado do programa Structure contribui com esse resultado mostrando que há pouca mistura entre as populações que pode ser resultado de fluxo gênico restrito e possível atuação da deriva genética, já que os valores f global não foram significativos indicando que o sistema de cruzamento não é responsável pela alta estruturação das populações. As duas espécies que ocorrem no Parque Estadual da Serra dos Pireneus compartilham 23 alelos (M. irwinii: 76% e M. violacea: 79%), sendo que cinco alelos são exclusivos do Parque. A divergência entre as duas foi alta (θ=0,298) e menor do que encontrado entre as populações de M. violacea. É possivel que a alta porcentagem de alelos compartilhados seja vestígio de um fluxo histórico e que no presente exista uma barreira entre as espécies.

O dengue vírus é o responsável por uma das mais importantes doenças transmitidas por vetores em todo o mundo, causando cerca de 390 milhões de infecções anualmente em mais de 100 países. Estima-se que mais de 3,51 bilhões de pessoas (40% da população mundial) estejam vivendo em regiões de risco. A distribuição geográfica dos tipos de dengue aumentou drasticamente nas últimas décadas, impulsionada pela expansão de sua principal espécie de vetor, o Aedes aegypti, o crescimento da população humana, as viagens, o comércio internacional e a crescente urbanização nos trópicos e subtrópicos. Objetivos: Realizar a caracterização molecular do genoma completo do vírus da DENGUE; Avaliar tendências evolutivas que possam estar ocorrendo na epidemia brasileira, comparando nossos achados com os pré-existentes na literatura; Métodos: Amostras de doadores e receptores de sangue coletadas entre 15 de fevereiro a 15 de junho de 2012 em bancos de sangue e hospitais nas cidades de Recife, PE e Rio de Janeiro, RJ. Foi realizado o genoma viral de 90 amostras e posteriormente foram realizadas analises de filodinâmica viral e modelo matemático para estimar dados epidemiológicos. Resultados: As análises filogenéticas indicam que o surto foi causado pelo dengue vírus 4 genótipo II, embora dois isolados do genótipo I também tenham sido detectados pela primeira vez no Rio de Janeiro. A análise evolutiva e as estimativas de modelagem são congruentes, indicando um número reprodutivo acima de 1 entre janeiro e junho, com pelo menos dois terços das infecções sendo despercebidas. A análise de modelos sugere que a transmissão viral começou no início de janeiro, o que é consistente com múltiplas introduções, muito provavelmente dos estados do norte do Brasil, e com um aumento simultâneo de viagens aéreas dentro do país para o Rio de Janeiro. Discussão: O sistema nacional de vigilância notificou 213.000 casos de dengue no RJ e PE em 2012, por outro lado, inferimos pelo menos um número 3,4 vezes maior de infecções de dengue, de acordo com as estimativas anteriores com base em dados sorológicos. Modelos baseados na temperatura e pesquisas entomológicas mostraram que a região amazônica do Brasil é altamente adequada para a transmissão do DENV durante todo o ano. A explicação mais parcimoniosa para a ausência de casos notificados em centros urbanos estudados até 2012. O Rio de Janeiro recebe consistentemente novas linhagens de DENV mostrando ser improvável que as cadeias de transmissão dentro deste estado sejam sustentadas em várias estações do ano e, portanto, necessitarão de reintrodução da origem. Conclusão: A combinação de dados genéticos e epidemiológicos de doadores de sangue pode ser útil para antecipar a disseminação epidêmica de arbovírus. / Dengue virus is responsible for one of the most important vector-borne diseases in the world, causing about 390 million infections annually in more than 100 countries. It is estimated that more than 3.51 billion people (40% of the world\'s population) are living in regions at risk. The geographic distribution of dengue types has increased dramatically in recent decades, driven by the expansion of its major vector species, Aedes aegypti, human population growth, travel, international trade and increasing urbanization in the tropics and subtropics. Objectives: To carry out the molecular characterization of the complete genome of the DENGUE virus; Evaluate evolutionary trends that may be occurring in the Brazilian epidemic, comparing our findings with those in the literature; Methods: Samples of donors and blood recipients collected between February 15 and June 15, 2012 in blood banks and hospitals in the cities of Recife, PE and Rio de Janeiro, RJ. A viral genome of 90 samples was performed and phylodynamics and mathematical models were analyzed to estimate epidemiological data. Results: Phylogenetic analyzes indicated that the outbreak was caused by dengue virus 4 genotype II, although two genotype I isolates were also detected for the first time in Rio de Janeiro. Evolutionary analysis and modeling estimates are congruent, indicating a reproductive number above 1 between January and June, with at least two-thirds of the infections being unnoticed. Model analysis suggests that viral transmission began in early January, consistent with multiple introductions, most likely from the northern states of Brazil, and with a simultaneous increase in air travel within the country to Rio de Janeiro. Discussion: The national surveillance system reported 213,000 dengue cases in RJ and PE in 2012, on the other hand, we inferred at least a 3.4 times higher number of dengue infections, according to previous estimates based on serological data. Temperature based models and entomological surveys have shown that the Amazon region of Brazil is highly suitable for DENV transmission throughout the year. The most parsimonious explanation for the absence of reported cases in urban centers studied by 2012. Rio de Janeiro consistently receives new DENV lineages showing that it is unlikely that the transmission chains within this state will be sustained at various seasons of the year and therefore will require reintroduction of origin. Conclusion: The combination of genetic and epidemiological data from blood donors may be useful in anticipating the epidemic spread of arboviruses

A grande biodiversidade nas florestas tropicais, a elevada exploração de florestas e as poucas espécies estudadas do ponto de vista genético levaram a este estudo que é essencial para o manejo sustentável e a conservação genética de espécies, sendo importante no controle da redução da diversidade genética natural permitindo que as espécies se mantenham vivas e reprodutivas ao longo dos tempos. Entre as diversas espécies arbóreas brasileiras submetidas a práticas de manejo, tem-se a candeia (Eremanthus erythropappus). Os objetivos foram quantificar e comparar a variabilidade genética intrapopulacional e sistema de reprodução de candeia e antes e após o manejo, através da técnica de eletroforese de isoenzimas em uma população natural de candeia. Para as progênies as heterozigosidades observadas foram altas 0,357 e 0,423 e heterozigosidades esperadas 0,403 e 0,425. Para os adultos foram 0,299 e 0,399. A porcentagem dos locos polimórficos variou de 76 a 100% entre progênies e adultos. O número de alelos por loco variou de 2,3 nos adultos e 2,57 em progênies antes e após o manejo. Nas progênies não houve diferença significativa entre estes valores indicando que a população encontra-se em EHW, tal fato pode ser comprovado pelo índice de fixação significativamente igual a zero (0,112 e 0,005) antes e após manejo, respectivamente. Os resultados do sistema de reprodução foram: taxa de cruzamento alta na análise antes (0,963) e pós manejo (0,967) indicando que a espécie é de reprodução mista; ocorreram cruzamentos entre aparentados tanto na população antes do manejo como na pós manejo, com estimativas entre 3 e 5%; as estimativas da correlação de autofecundação ( s rˆ ) foi alta nas duas populações (0,188 e 0,179), sendo ambas significativas, sugerindo que os indivíduos de autofecundação encontram-se aleatoriamente distribuídos nas progênies não existindo a tendência de algumas progênies apresentarem mais indivíduos de autofecundação do que outros. A correlação de paternidade foi significativamente diferente de zero (0,414 e 0,368), sugerindo que uma parte das progênies de cruzamentos foi gerada pelo mesmo parental materno e paterno, indicando haver a presença de cruzamentos biparentais dentro das populações. As estimativas do número médio de indivíduos polinizadores efetivos por árvore, foram baixas, em torno de 2 a 3 polinizadores por árvore. O sistema misto tem implicações na estimativa do tamanho efetivo de variância (Ne(v)), os valores estimados para este parâmetro foram de 1,99 e 2,08 para população antes do manejo e posterior ao manejo, respectivamente. O valor estimado para o coeficiente de coancestria dentro das progênies antes do manejo (0,229) e posteriores ao manejo (0,222) foram superiores em 83,2% e 77,6% ao esperado em progênies de meios-irmãos (0,125). O tamanho efetivo de endogamia foi de 178,4, 51 e 49 indivíduos em adultos, progênies antes e após o manejo, respectivamente. Os resultados indicam forte estrutura genética espacial na população, com árvores próximas até 200 m apresentando algum grau de parentesco, com 95% de probabilidade. Estes resultados indicam que a espécie é passível de manejo e que este não afetou a diversidade nesta geração. / The great biodiversity in the tropical forests, high level of forest exploitation and the few arboreal species which have been studied from the genetic point of view led to this study that is essential for the sustained handling and the genetic conservation of the species. They are important in controlling the natural genetic diversity reduction thus allowing the species to be alive and reproduce, in time. Among the various Brazilian arboreal species submitted to the handling practice there is the candeia (Eremanthus erythropappus). The objectives have been of quantifying and comparing the intrapopulational genetic variability and the mating system of candeia and before and after the allozyme electrophoresis technique has been applied in a natural population of candeia two different times (before and after the handling). In the progenies, the observed heterozigosity was high (0,357 and 0,423) and expected heterozogosity (0,403 and 0,425).For the adults the results were (0,299 and 0,399). The percentage of the polymorphic loci varied from 76 % to 100% among progenies and adults. The number of alleles per loci varied from 2,3 in adults and 2,57 in progenies before and after the handling. In the progenies there was no significant difference between those values indicating that the population is in.HWE. That fact can be proven by the fixation index significantly equal to zero (0,112 and 0,005) before and after handling, respectively. The results of the reproduction system were: the crossing rate was high in the analysis that was done before (0,963) and in the one that was done after the handling ( 0,967). The estimates of the self-fertilization correlation were high in the two populations (0,188 and 0,179), and both were significant suggesting that the selffertilization individuals are distributed at random in the progenies and there is no tendency of some progenies to present more individuals of self fertilization than others. The paternity correlation was significantly different from zero (0,414 and 0,368), suggesting that a part of the progenies of crossings were bred by the same maternal and paternal begetter thus indicating that there was the presence of biparental crossings within the populations. The mixed system is involved in the average effective number variance (Ne(v), the estimated values for that parameter were of 1,99 and 2,08 for the population before the handling and after the handling, respectively. The estimated value of the coefficient of coancestry within the progenies before the handling ( 0,229) and after the handling (0,222) were superior in 83,2% and 77,6% than the expected in progenies of half-sib (0,125).The effective size of inbreeding was of 178,4, 51 and 49 individuals in adults, progenies before and after the handling, respectively. The results indicate a strong spatial autocorrelation analysis in the population, with trees next to each other as far as approximately 200 m presenting some degree of relationship, with 95% of probability. Those results indicate that the species is unresistant to handling and that did not affect the diversity in this generation and future works must be considered to assure the sustainability of the handling that is done from the genetic point of view.

Cedrela fissilis Vell. é árvore alta (10 a 30 m) por 40 a 50 cm de diâmetro. Tronco retilíneo com sapopemas pouco desenvolvidas ou ausentes, mas quando atacado pela broca do ponteiro, Hypsipila grandela, é tortuoso. Casca grossa, dura, fissurada, de marrom a pardo - acinzentada. Folhas alternas com 8 a 24 pares de folíolos. Flores actinomorfas, unissexuadas, de 5 a 10 mm de comprimento reunidas em tirsos axilares. Os frutos são cápsulas lenhosas deiscentes de 3 a 10 cm de comprimento, que encerram de 30 a 300 sementes aladas, com até 35 mm de comprimento por 15 mm de largura. A polinização é realizada por insetos, possivelmente mariposas e abelhas e a dispersão de sementes é anemocórica. C. fissilis é uma das espécies arbóreas mais ameaçadas pelo corte seletivo e destruição da Mata Atlântica no centro-sul do Brasil, sua principal área de ocorrência, tornando a conservação dos seus recursos genéticos extremamente ameaçada pela redução populacional que vem sofrendo. Por outro lado, esta espécie tem um grande potencial para produção de madeira de alta qualidade, principalmente em plantios mistos, que estão se tornando economicamente viáveis pela escassez de madeira no mercado nacional e internacional, bem como, está sendo também muito utilizada em projetos de restauração de florestas tropicais. Neste contexto, torna-se fundamental o estudo da diversidade genética das populações remanescentes desta espécie e da estruturação desta diversidade. Este trabalho analisou dez populações de C. fissilis em cinco estados da região centro-sul do Brasil, visando analisar sua estrutura genética e inferir estratégias para sua conservação, bem como estabelecer critérios para a utilização dos recursos genéticos existentes. Foram desenvolvidos nove locos microssatélites para a espécie revelando 130 alelos em todas as populações. A endogamia nas populações foi relativamente baixa. As populações apresentaram diferenciação genética segundo o modelo de isolamento pela distância. As populações tanto da floresta estacional semidecidual como da floresta ombrófila densa apresentaram maior similaridade entre si. A estrutura genética interna de duas populações (Parque Estadual Intervales SP e Parque Estadual do Rio Doce - MG) mostrou uma distribuição aleatória dos genótipos. Já na população da Reserva Florestal do Matão PR, a estruturação espacial foi significativa, revelando uma similaridade genética entre os indivíduos mais próximos (até 30m). Indivíduos jovens e adultos foram analisados em duas populações (Parque Estadual Intervales - SP e Reserva Florestal do Matão PR) revelando uma diversidade gênica semelhante para os dois estádios nas duas populações. No entanto, observa-se uma tendência de aumento da diversidade gênica e diminuição de endogamia nos adultos em relação aos jovens. Estes dados permitem também inferir sobre outras espécies florestais similares, uma vez que não existem dados disponíveis sobre a diversidade genética em grandes regiões geográficas em espécies arbóreas da Mata Atlântica. / Cedrela fissilis Vell. is a high tree (10 a 30 m) with a DBH between 40 and 50 cm. Rectilinear trunk with little developed or absent sapopemas, but when attacked by the Cedar Shoot Borer is crooked. Thick, hard, brown to gray bark. Alternate leaves from 8 to 24 leaflet pairs. Actinomorfic unisexual flowers, from 5 to 10 mm length, produced in groups. Fruits are wood deiscent capsules from 3 to 10 cm length, with 30 to 300 winged seeds, till 35 mm length by 15 mm wide. Pollination is conducted by insects, probably moths and bees and seed dispersion is anemocoric. Cedrela fissilis is one of the most endangered tree species due to the selective logging and destruction of Atlantic Forest in southern-center Brazil, its main distribution region. On the other side, this species has a grate production potential of a high quality wood, mainly in mixed stands, what becomes economically viable because the lack of wood in national and international market, as well as it is being used in restoration projects of tropical forests. Besides these facts, the conservation of genetic resources of this species is very critical by the drastic population reduction that it is suffering. In this context, it becomes very important the study of the genetic diversity of the remnant populations of this species and the structure of this variation. This study analyzed ten natural populations of C. fissilis in five states in the southern-center region of Brazil, aiming to examine their genetic structure and infer strategies for genetic conservation, as well as, establishes criteria to use the genetic resources. Nine microssatellites loci were developed for this species and revealed 130 alleles in all populations. Populations inbreeding was relatively low. Populations presented genetic differentiation following the isolation by distance model. Populations from the seasonal semi deciduous forest, as well as from the evergreen forest presented higher similarity among them. Internal genetic structure of two populations (Intervales State Park SP and Rio Doce State Park - MG) showed a random spatial distribution of genotypes. The population of Matão Forest Reserve PR showed a significant spatial structure, revealing a genetic similarity among near trees (till 30 m). Juveniles and adult plants were analyzed in two populations (Intervales State Park - SP and Matão Forest Reserve PR), showing similar genetic diversity for the two classes in both populations. But, we observe a tendency of increase in genetic diversity and decrease in inbreeding in adult plants in relation to juveniles. These data also allow inferring about other similar tree species, since there is no available data on the genetic diversity of Atlantic Forest tree species in large geographical regions.

Este estudo trata da estrutura e diversidade genética de uma espécie típica do Cerrado brasileiro, Qualea grandiflora Mart (Vochysiaceae), presente nas diversas fisionomias do bioma. Foram desenvolvidos oito locos microssatélites para analisar 420 amostras de indivíduos adultos pertencentes a quatro populações distribuídas no estado de São Paulo, sendo três delas em unidades administradas pelo Instituto Florestal de São Paulo (Assis, Itirapina e Pedregulho) e uma em propriedade particular (Brotas) além de 300 progênies coletadas de 25 matrizes na área de estudo em Assis. Os resultados mostraram a ocorrência média de 12,9 alelos por loco, sendo que o número médio de alelos efetivos foi seis, além de terem sido encontrados 26 alelos exclusivos nas populações. A média dos valores de Heterozigosidade esperada foi de 0,803 enquanto de Heterozigosidade observada foi de 0,512. O Conteúdo de Informação Polimórfica (PIC) variou de 0,708 a 0,801 nos locos estudados. A média dos valores de fixação foi de 0,349 indicando a presença de endogamia nas populações. Não há presença de clones em nenhuma população. O teste de adesão ao Equilíbrio de Hardy Weinberg confirma o desvio de equilíbrio em todas as populações. Há formação de estrutura populacional nas primeiras classes de distância em todas as populações estudadas, variando de 30 a 40 metros e há uma formação de 3 possíveis grupos de genótipos. A influência do efeito Wahlund foi variável nas populações (de 8,5% até 53,3%). As estimativas de tamanho efetivo populacional foram baixas (menos de 10 indivíduos) e a área mínima viável foi estimada de 4 a 184 hectares, considerando estimativas de curto, médio e longo prazos. Com relação ao sistema reprodutivo, os resultados indicam que Q. grandiflora Mart se reproduz por cruzamentos entre indivíduos parentes e não parentes (0,913). A taxa uniloco foi de 0,632, indicando que há mais cruzamentos entre não aparentados do que aparentados. A taxa de autofecundação foi baixa (0,087) indicando que a espécie é alógama, com pouca pré disposição para autofecundação. Aproximadamente 35% das plantas dentro de progênies eram parentes no grau de irmãos-completos e aproximadamente 57% eram meios-irmãos. Além disso, aproximadamente 8% das progênies eram irmãos de autofecundação. O coeficiente de coancestria estimado nas progênies foi de 0,139 enquanto o índice de fixação foi de aproximadamente 27%. A estimativa do tamanho efetivo indicou que a representatividade genética da descendência é inferior à esperada em progênies de cruzamentos aleatórios: as amostras analisadas correspondem a apenas 13,2 indivíduos de uma população panmítica ideal. Os resultados demonstram que a espécie possui potencial para conservação genética in situ embora a coleta de sementes para manter o tamanho efetivo deva utilizar de um número elevado de árvores. Sugere-se que as áreas estudadas sejam tratadas como Unidades Significativas Evolutivas (USE) e como Unidades Independentes para o Manejo (UIM). / This study deals with the structure and genetic diversity of a species typical of the Brazilian Cerrado, Qualea grandiflora Mart (Vochysiaceae), present in different physiognomies of this biome. We developed eight microsatellite loci to analyze 420 samples of adult individuals from four populations distributed in the state of São Paulo, three of them in units managed by the Forestry Institute of Sao Paulo (Assis, Itirapina and Pedregulho) and one in a private property (Brotas). We also analyzed 300 progeny collected from 25 matrix in Assis. The results showed an average occurrence of 12.9 alleles per locus. The average number of effective alleles was six, and 26 exclusive alleles were found in the populations. The average expected heterozygosity was 0.803 while the observed heterozygosity was 0.512. The polymorphic information content ranged from 0.708 to 0.801 at the loci studied. The mean fixation was 0.349, therefore indicating the presence of inbreeding within populations. There is no presence of clones in the populations. The test of adherence to the Hardy Weinberg Equilibrium confirms the deviation from equilibrium in all populations. There is formation of population structure in the first distance classes in all populations studied, ranging from 30 to 40 meters, and there is a formation of three possible genotype groups. The influence of the Wahlund effect varied among populations (from 8.5% to 53.3%). The effective population size estimates were low (less than 10 individuals) and the minimum viable area was estimated between 4 to 184 hectares, taking into account estimates of short, medium and long terms. Regarding the reproductive system, results indicate that Q. grandiflora Mart reproduces by crosses between relatives and unrelated individuals (0.913). The single locus rate was 0.632, indicating that there are more crosses between unrelated than related individuals. The self-fertilization rate was low (0.087), therefore indicating that the species is allogamous, with little predisposition for self-fertilization. Approximately 35% of the plants within progenies were full-sibs and approximately 57% were half-sibs. In addition, approximately 8% of progenies were self-fertilized brothers. The estimated coefficient of coancestry in progenies was 0.139, while the rate of fixation was about 27%. The estimated effective size indicated that the genetic representativeness of the offspring is lower than the expected in random cross progenies: the samples analyzed account for only 13.2 individuals in a ideal panmitic population. The results show that this species has potential for in situ genetic conservation, although the collection of seeds to maintain the effective size should use a large number of trees. It is suggested that the studied areas be treated as evolutionary significant units and as independent units for management.

O bioma Mata Atlântica tem sofrido com a fragmentação florestal e como forma de reestabelecer ambientes florestais são realizados plantios de restauração. Porém, por muito tempo houve preocupação somente com a composição florística das áreas e a diversidade genética foi negligenciada. Além disso, muitas áreas são implantadas a partir de sementes coletadas em áreas florestais geralmente pouco conservadas, pequenas e isoladas, o que pode comprometer a qualidade genética das mudas, produzindo indivíduos menos adaptados em decorrência da depressão endogâmica. Assim este trabalho teve como objetivo principal analisar o aspecto genético em áreas de restauração na região do Pontal do Paranapanema e área natural de referência, o Parque Estadual Morro do Diabo (PEMD), utilizando o jatobá (Hymenaea courbaril L.) como espécie modelo. No capítulo 1 com o objetivo de verificar a diversidade genética de H. courbaril em áreas de restauração florestal, foram selecionadas duas áreas de plantio com espécies nativas. Nestas áreas e no PEMD foram coletadas amostras foliares de indivíduos adultos que foram genotipadas para oito locos microssatélites. No PEMD ainda foram coletados frutos em 12 matrizes para caracterização do sistema reprodutivo. As três áreas estudadas apresentaram diversidade genética e níveis de endogamia similares. Nas três áreas de estudo foi identificada baixa estruturação genética espacial. Houve predomínio de fecundação cruzada para a produção de frutos na área natural, porém a taxa de cruzamentos entre indivíduos aparentados foi até dez vezes maior que a observada em outras populações da espécie. No capítulo 2 com o objetivo de verificar se há depressão endogâmica em progênies provenientes do PEMD foram selecionadas 320 sementes de 12 matrizes. Estas e seus frutos foram medidos. As plântulas a que deram origem também foram mensuradas, mensalmente, durante 15 meses. Todos os indivíduos foram genotipadas para oito locos microssatélites. A coancestria, foi estimada e os indivíduos separados em: não aparentados (tu), aparentados (tr) e autofecundação (s). Foi verificada diferença entre as métricas das plantas de acordo com o nível de coancestria entre indivíduos. Também foram estimados os valores de depressão endogâmica (ID). A quantidade de indivíduos irmãos de autofecundação foi muito pequena, sendo a maioria proveniente de cruzamento entre indivíduos não aparentados. A depressão endogâmica por autofecundação foi mais evidente no peso e tamanho dos frutos, e amena ou inexistente para os demais caracteres. Isto provavelmente por estas sementes terem sido coletadas em um fragmento grande e bem conservado e que ainda não sofre as consequências da depressão endogâmica. Assim, nosso trabalho mostrou que áreas de restauração florestal que seguiram as recomendações genéticas de implantação, apresentam diversidade genética suficiente para H. courbaril, podendo estas áreas serem fonte de coleta de sementes no futuro. E que os indivíduos provenientes de sementes do PEMD não apresentaram efeito de depressão endogâmica até 15 meses de desenvolvimento em viveiro. / The Brazilian Atlantic Forest was severely deforested and restoration initiatives are necessary to reestablish environments. However, for a long time there is only concern over floristic composition and the genetic diversity has been neglected. In addition, several restoration areas are planted from seeds collected in forest areas that are generally poorly preserved, small and isolated, which may compromise the genetic quality of the seedlings, producing less adapted individuals due to inbreeding depression. The aim of this work was to analyze the genetic aspects of Hymenaea courbaril L. in restoration areas in Pontal do Paranapanema region, and a natural reference forest, the Morro do Diabo State Park (PEMD), where seeds were also collected. In Chapter 1, to verify the genetic diversity of H. courbaril in areas of forest restoration, using eight microsatellites, two restoration areas were selected. In these areas and in the PEMD, leaf samples from adult individuals were collected. In the PEMD, fruits were collected in 12 seed trees for mating system characterization. The three areas presented similar genetic diversity and levels of inbreeding. Low spatial genetic structure was identified in the three studied areas. In the natural forest, fruits were mainly produced through outcrossings, but the rate of mating among relatives was up to ten times higher than the observed in other H. courbaril populations. In Chapter 2, to verify the inbreeding depression in the PEMD were selected 320 seeds from eight seed trees. The seeeds and their fruits were measured. The seedlings were also measured monthly, during 15 months. All seedlings were genotyped with eight microsatellite loci. From the pairwise coancestry the seedlings were separated into three categories: outcrossing among unrelated individuals (tu), outcrossing among related individuals (tr), and selfing (s). We verified differences among groups in the metrics of seedlings according to the level of coancestry among individuals. The values of inbreeding depression (ID) were also estimated. The number of selfed seedlings were very small, and the majority were from outcrossing among unrelated individuals. Inbreeding depression by selfing was more evident in weight and size fruit, and was insignificant or non-existent for other characters. This is probably because these seeds were collected in a large and preserved forest fragment, that does not suffer the consequences of inbreeding depression yet. Thus, our work showed that forest restoration areas that followed the genetic recommendations present enough genetic diversity for H. courbaril, and these areas may be a source of seeds for collection in the future. Besides that, seedlings from seed trees in PEMD did not present inbreeding depression effect up to 15 months of nursery development.