A recombinação durante a transcrição reversa é um fator importante no aumento da diversidade genética e adaptação do HIV-1, permitindo que mutações vantajosas presentes em diferentes linhagens sejam combinadas em um mesmo genoma. No Brasil, vários recombinantes foram descritos e seis formas recombinantes circulantes (CRFs) já foram identificados, demonstrando a relevância destes recombinantes na epidemia brasileira. Portanto, um dos objetivos desta tese foi analisar os dados gerados pela Rede de Diversidade Genética Viral (VGDN) (sequências parciais de gag, pol e env), a fim de identificar recombinantes inter-subtipos de HIV-1 e avaliar a frequência e distribuição geográfica destes vírus. Utilizando diferentes técnicas foram identificados 152/1083 pacientes portadores de recombinantes BF. A frequência destes recombinantes foi maior em cidades como São Vicente (30%) e Sorocaba (22,6%), sendo que os recombinantes circulantes em São Vicente foram geralmente relacionados às CRF28 e CRF29, enquanto que os vírus presentes na região de Sorocaba comumente apresentam um envelope subtipo F1, independente do subtipo nos demais genes. Além disso, o gene da integrase de 159 pacientes foi amplificado e sequenciado. A análise deste gene revelou mais 10 pacientes infectados com recombinantes BF e nenhuma mutação de resistência primária aos inibidores da integrase foi encontrada. O segundo objetivo foi isolar e caracterizar recombinantes BF in vitro. O isolamento viral foi realizado por co-cultivo e ao final foram obtidos 10 isolados primários. O sequenciamento do genoma quase completo desses dez isolados primários revelou que três isolados primários pertencem ao grupo da CRF28_BF, três ao grupo da CRF29_BF e quatro foram classificados como formas recombinantes únicas (URFs). Ainda, o uso de correceptores desses isolados foi avaliado in vitro em ensaios com as células GHOST(3), e revelou três duplo-trópicos (X4/R5) vírus, quatro CXCR4 (X4) e três isolados utilizaram apenas CCR5 (R5). Em suma, uma alta frequência de URFs foi encontrada em algumas cidades do Estado de São Paulo, e também foi desenvolvido e caracterizado um painel de isolados primários representando as CRF28_BF, CRF29_BF e algumas URFs. / Recombination during reverse transcription is an important factor promoting HIV-1 diversity and adaptive change, allowing advantageous mutations arising on different genomes to undergo linkage in the same progeny recombinant genome more frequently than what would be expected under random mutation alone. In Brazil, several recombinant viruses were reported, and six circulating recombinant forms (CRFs) have already been identified. Therefore, the first objective of this Thesis was to analyze the data generated by the Viral Genetic Diversity Network (VGDN) (gag, pol and env partial sequences), in order to identify HIV-1 intersubtype recombinants and evaluate the frequency and geographical distribution of these viruses. Using different techniques we identified 152/1083 patients harboring BF recombinants. The frequency of these recombinants was higher in cities like São Vicente (30%) and Sorocaba (22.6 %). The recombinant viruses circulating in São Vicente were generally related to CRF28 and CRF29, while those viruses circulating in Sorocaba commonly presented an envelope region of subtype F1, irrespective the subtype composition on the remaining genes. Additionally, the integrase gene of HIV-1 from 159 patients was further amplified and sequenced. The analysis of this viral gene revealed ten more patients infected with BF recombinants and no primary mutations related to integrase inhibitor resistance were found. The second objective was to isolate and characterize BF recombinants in vitro, which resulted in ten primary HIV-1 isolates. The near full-length genomes of these ten primary isolates revealed that three were related to CRF28_BF, three to CRF29_BF and four were unique recombinant forms (URFs), according to their breakpoints profile determined with the jpHMM program. Additionally, the coreceptor usage of these isolate was investigated in vitro using GHOST assays, which revealed three dual-tropic (X4/R5) viruses, four CXCR4 (X4) viruses and three CCR5 (R5) viruses. In sum, we report a high frequency of URFs in some cities of São Paulo State, and also developed a well-characterized panel of viruses representing CRF28_BF, CRF29_BF and URFs.

Submitted by Daniele Amaral (daniee_ni@hotmail.com) on 2016-09-23T19:47:17Z No. of bitstreams: 1 DissAPS.pdf: 2015917 bytes, checksum: 31bf5daab82e3945d6aa1df3e4b5854b (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-09-26T18:36:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissAPS.pdf: 2015917 bytes, checksum: 31bf5daab82e3945d6aa1df3e4b5854b (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-09-26T18:36:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissAPS.pdf: 2015917 bytes, checksum: 31bf5daab82e3945d6aa1df3e4b5854b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-26T18:36:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissAPS.pdf: 2015917 bytes, checksum: 31bf5daab82e3945d6aa1df3e4b5854b (MD5) Previous issue date: 2015-06-10 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / This study describes the genetic diversity of a population of Hoary foxes (Lycalopex vetulus), animal whose habitat is in the physiognomy of Cerrado, one of the most fragmented and disturbed areas of Brazil. To this end, 33 individuals were captured in a region of cattle ranches in northern Minas Gerais and southeast of Goiás. We amplified 10 microsatellite loci. Our data reveal that these loci are useful in the study of genetic conservation. The genetic diversity present in individuals captured in this study, can be considered high, despite the high degree of fragmentation in the area. The effective population size calculated in this study shows that the genetic diversity supported by the animals studied is representative of a population of approximately 1,300 individuals. We conducted kinship estimates using three methods, one by reading the genotype by software, another through information obtained by field observation studies and a final one, used only when the first two were at odds, based on par visual analysis to analyze all alleles of all loci. With the aid of GPS, the distance between related individuals, paying attention to possible gender’s variation. We conclude that the fox is able to move long distances (over thirty kilometers) and that apparently there is no difference in the male and female dispersal capacity. / Neste estudo descrevemos a diversidade genética de uma população de raposas do campo (Lycalopex vetulus), animal cujo habitat se encontra na fitofisionomia de Cerrado, uma das mais fragmentadas e antropizadas do Brasil. Para tanto, foram capturados 33 indivíduos em uma região de fazendas de gado no norte de Minas Gerais e no sudeste de Goiás. Foram amplificados 10 loci de microssatélites. Os dados revelam que tais loci são úteis no estudo de genética da conservação. A diversidade genética, presente nos indivíduos capturados neste estudo, pode ser considerada alta, apesar do alto grau de fragmentação da área. O tamanho efetivo populacional calculado neste trabalho demonstra que a diversidade genética sustentada pelos animais estudados é representativa de uma população de aproximadamente 1.300 indivíduos. Realizamos estimativas de parentesco utilizando três métodos, um através da leitura dos genótipos por um software, outro através de informações obtidas por estudos de observação de campo e um último, utilizado somente quando os dois primeiros estavam em dissonância, baseado na análise visual par a par de todos os alelos dos loci. Com auxílio de georeferenciamento calculamos a distância entre indivíduos aparentados, atentando para possíveis variações de gênero. Concluímos que a raposa é capaz de se movimentar por grandes distâncias (superiores a trinta quilômetros) e que, aparentemente, não há diferença na capacidade de dispersão de machos e fêmeas.

Submitted by Maria de Lourdes Mariano (lmariano@ufscar.br) on 2017-01-10T13:10:23Z No. of bitstreams: 1 RIBEIRO_Paulianny de Moura_2015.pdf: 5411404 bytes, checksum: 0c49e97d507d656d40daf77bf7d00c91 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria de Lourdes Mariano (lmariano@ufscar.br) on 2017-01-10T13:10:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 RIBEIRO_Paulianny de Moura_2015.pdf: 5411404 bytes, checksum: 0c49e97d507d656d40daf77bf7d00c91 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria de Lourdes Mariano (lmariano@ufscar.br) on 2017-01-10T13:10:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 RIBEIRO_Paulianny de Moura_2015.pdf: 5411404 bytes, checksum: 0c49e97d507d656d40daf77bf7d00c91 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-10T13:10:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RIBEIRO_Paulianny de Moura_2015.pdf: 5411404 bytes, checksum: 0c49e97d507d656d40daf77bf7d00c91 (MD5) Previous issue date: 2015-06-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Pilosocereus aureispinus (Buining & Brederoo) F. Ritter is a narrow endemic columnar cactus of eastern Brazil, occurring at Ibotirama and Oliveira dos Brejinhos, Bahia. In this work the genetic diversity and population structure were assessed for eight microsatellite loci in four P. aureispinus localities of occurrence, covering its known distribution. Genetic diversity levels were relatively high (A = 4,2 e HE = 0,451) comparing with closely related species and other narrowly distributed plant species. Significant Hardy-Weinberg Equilibrium departures and linkage disequilibrium were not detected. Private alleles in low frequencies and low levels of genetic structure (FST =0,071 e G”ST = 0,132) were detected. STRUCTURE software analysis did not identified structure, showing that samples from four analyzed localities represent a unique genetic group (K=1). These results pointed to high level of ongoing gene flow among sampled localities, which may counteract differentiation effects and genetic diversity loss. Despite P. aureispinus is not suffering genetic variability erosion due its narrow distribution, the species should be classified as endangered (EN) at IUCN Red List of Threatened Species due existent anthropogenic disturbs in regions where it occurs. / Pilosocereus aureispinus (Buining & Brederoo) F. Ritter é um cacto colunar microendêmico e com distribuição restrita na porção do leste do Brasil, na região dos municípios de Ibotirama e Oliveira dos Brejinhos, Bahia. Nesse trabalho foram estimados os níveis de diversidade genética e estruturação populacional a partir de oito locos de DNA microssatélite em quatro localidades de ocorrência de P. aureispinus, abrangendo sua distribuição conhecida. Os níveis de diversidade genética foram relativamente altos (A = 4,2 e HE = 0,451) quando comparados com outras espécies proximamente relacionadas e com espécies de distribuição restrita. Não foram detectados locos com desvios significativos em relação às proporções do Equilíbrio de Hardy-Weinberg e desequilíbrio de ligação. Alelos exclusivos foram detectados em baixa frequência, assim como baixos níveis de estruturação genética (FST = 0,071 e G”ST = 0,132). A análise no programa STRUCTURE não identificou estruturação, indicando que as amostras das quatro localidades analisadas representam apenas um grupo genético (K=1). Esses resultados permitem inferir que há acentuado fluxo gênico recente entre as localidades amostradas, o qual pode neutralizar os efeitos de diferenciação e a perda de diversidade genética. Embora nossos resultados indiquem que P. aureispinus não esteja sofrendo perda de variabilidade genética devido à sua distribuição restrita, a espécie deveria ser classificada como ameaçada (EN) na Lista Vermelha de Espécies Ameaçadas da IUCN devido aos distúrbios antrópicos existentes nas regiões onde ocorre.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:40:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 927669 bytes, checksum: f83f22161a7d44b4d00efbcaead43a73 (MD5) Previous issue date: 2013-07-16 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Recombinant inbred lines (RIL s) are useful for building linkage maps. The maintainance the population genetic structure for mapping over their production is important for the construction of accurate maps. The existence of genetic variability within those populations is essential for detection of the association between molecular markers and controlling loci of quantitative or qualitative traits. Thus, the objective of this work was to quantify the diversity of a RIL population derived from Rudá x AND 277 cross. Five hundred plants from the F2 population of Rudá x AND 277 cross were conducted up to the F10 generation by the single seed descent method (SSD) to obtain those RIL s. Then, a group of 393 RIL's plus the parents and five control plants were evaluated in the field in a 20 x 20 triple lattice design, for seven quantitative traits. Because of the low efficiency of the lattice, the data were analyzed in randomized blocks with additional treatments (parents) with three replications. The five controls were eliminated from this analysis. The 393 RIL s and parents were characterized in the greenhouse for their reaction resistance to breeds 65 and 89 of Colletotrichum lindemunthianum, the causal agent of anthracnose. The effect of RIL s was significant for all traits evaluated (P < 0.01), indicating the existence of genetic variability in such population. The RIL s vs parents contrast was significant for number of days to flowering (DF) and to harvest (DC), grain yield (PROD) and weight of one hundred grains (M100) and not significant for architecture of plants (ARQ), degree of seed flattening (H) and seed shape (J). Significance of these contrasts indicates that the mean of RIL's differs from that of the parents. Coincidence between these means is expected only in the absence of epistasis. Thus, these results indicate the occurrence of additive x additive epistatic interactions for DF, DC, PROD and M100. The low values of the coefficient of experimental variation obtained indicate good precision of the experiment. Values of heritability ranged from 82.81 to 97.09%. In relation to breeds 65 and 89 of anthracnose, it was observed a 3:1 (resistant: susceptible) and 1:1 segregations respectively in the population of 393 RIL s, indicating the maintenance of genetic structure of such RIL s. The characters that formed the lowest and the highest number of groups of means were ARQ and M100, four and ten groups, respectively, by the Skott-Knott test at 5% probability. The 393 RIL s were grouped by Tocher method in 10 groups and the characters that most contributed to the genetic dissimilarity were M100 and DF, while ARQ was the character that contributed the least. The population made up by 393 RIL s present genetic variability for all traits, which is essential for detecting associations with molecular markers and genetic mapping. / Linhagens endogâmicas recombinantes (Recombinante Imbred Lines - RIL s) são de utilidade na construção de mapas de ligação. A manutenção da estrutura genética das populações para o mapeamento ao longo de sua obtenção é importante para a construção de mapas acurados. A existência de variabilidade genética nessas populações é fundamental para a detecção da associação entre marcadores moleculares e locos controladores de caracteres qualitativos ou quantitativos. Assim, o objetivo deste trabalho foi quantificar a diversidade de uma população de RIL s derivadas do cruzamento entre os genitores Rudá e AND 277. Na obtenção destas RIL s, 500 plantas F2 do cruzamento Rudá x AND 277 foram conduzidas até a geração F10 pelo método do descendente de uma única semente (Single Seed Descent - SSD). Em seguida, um grupo de 393 RIL s mais os genitores e cinco testemunhas foi avaliado em campo no delineamento látice triplo 20 x 20, quanto a sete caracteres quantitativos. Dada a baixa eficiência do látice, os dados foram analisados em blocos casualizados com testemunhas adicionais (genitores) e três repetições. As outras cinco testemunhas foram eliminadas dessa análise. As 393 RIL s e os genitores foram caracterizados quanto à reação de resistência às raças 65 e 89 de Colletotrichum lindemuthianum, causador da antracnose do feijoeiro, em casa-de- vegetação. Observou-se significância do efeito de RIL s para todos os caracteres avaliados (P < 0,01), indicando a existência de variabilidade genética nessa população. O contraste RIL s vs. Genitores foi significativo (P < 0,01) para os caracteres número de dias ao florescimento (DF) e à colheita (DC), produtividade de grãos (PROD) e massa de cem grãos (M100) e não significativo para a arquitetura de plantas (ARQ), grau de achatamento da semente (H) e forma da semente (J). A significância desses contrastes indica que a média das RIL s difere da média dos genitores. Igualdade entre as médias das RIL s e dos genitores é esperada apenas na ausência de epistasia. Assim, estes resultados indicam a ocorrência de interações epistáticas do tipo aditiva x aditiva para os caracteres DF, DC, PROD e M100. Os baixos valores do coeficiente de variação experimental obtidos indicam boa precisão do experimento. Os valores da herdabilidade variaram de 82,81 a 97,09%. Em relação às raças 65 e 89 de antracnose observou-se segregação de 3:1 (resistentes:suscetível) e de 1:1, respectivamente, na população de 393 RIL s, indicando manutenção da estrutura genética destas RIL s. Pelo teste de Skott-Knott, a 5% de probabilidade, os caracteres que formaram menor e maior número de grupos de médias foram ARQ e M100, com quatro e dez grupos cada, respectivamente. As 393 RIL s foram agrupadas pelo método de Tocher em 10 grupos e os caracteres que mais contribuíram para a dissimilaridade genética foram M100 e DF, e o que menos contribuiu foi ARQ. A população constituída de 393 RIL s apresenta variabilidade genética para todos os caracteres avaliados, imprescindível para detecção de associações com marcas moleculares e mapeamento genético.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1115190 bytes, checksum: 59a57a7de0ffd2857c380732aed24230 (MD5) Previous issue date: 2011-07-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The objective of this work was to characterize the genetic variability of 378 accesses of the bean (Phaseolus vulgaris L.) of the Bean Germplasm Active Bank of the Universidade Federal de Viçosa (UFV) by means of morphoagronomic descriptors. The 378 accesses were evaluated in four stages (experiments) in Coimbra-MG: 97 accesses during the 2007 dry crop; 99 accesses during the 2007 winter crop; 97 accesses during the 2008 winter crop and 100 accesses during the 2009 winter crop. The Ouro Negro and BRS Supremo (black grains), Pérola and BRSMG Majestoso (carioca-type grains) and Ouro Vermelho (red grains) were used as checks common to all the experiments. The experiments were arranged in a randomized block design, with three repetitions and plots constituted by two 2 m long lines, 0.5 m spaced. Twenty-one morphoagronomic descriptors, 18 qualitative and three quantitative, were used in the evaluation. The data were submitted to genetic divergence analysis, with multivariate analysis being employed by the grouping method of Tocher and principal components. Genetic variability was detected in the UFV bean germplasm for all the traits. Many accesses were found to be potential sources of phenotypes of interest for common bean breeding. Genetic diversity analysis allowed the classification of the accesses in 25 groups of similarity, according to the commercial group and gene pool. The variable that contributed the least for access discrimination was the form of the pod apex. / O presente trabalho teve como objetivo principal caracterizar a variabilidade genética de 378 acessos de feijão (Phaseolus vulgaris L.) do Banco Ativo de Germoplasma de Feijão da Universidade Federal de Viçosa (BAGF-UFV) por meio de descritores morfoagronômicos. Os 378 acessos foram avaliados em quatro etapas (experimentos) em Coimbra-MG, sendo: 97 acessos na safra da seca de 2007; 99 acessos na safra de inverno de 2007; 97 acessos na safra de inverno de 2008 e 100 acessos na safra de inverno de 2009. Como testemunhas comuns a todos os experimentos, foram utilizadas as cultivares Ouro Negro e BRS Supremo (grãos pretos), Pérola e BRSMG Majestoso (grãos tipo carioca) e Ouro Vermelho (grãos vermelhos). Os experimentos foram conduzidos em blocos ao acaso, com três repetições e parcelas constituídas por duas linhas de dois metros, espaçadas de 0,5 m. Foram utilizados na avaliação 21 descritores morfoagronômicos, sendo 18 qualitativos e três quantitativos. Os dados foram submetidos à análise de divergência genética, empregando-se a análise multivariada, por intermédio do método de agrupamento de Tocher e de componentes principais. Detectou-se variabilidade genética no germoplasma de feijão da UFV para todas as características. Muitos acessos apresentam-se como potenciais fontes de fenótipos de interesse no melhoramento do feijoeiro. A análise de diversidade genética possibilitou reunir os acessos em 25 grupos de similaridade sendo essa similaridade relacionada à classificação segundo o grupo comercial e o pool gênico. A variável de menor contribuição na discriminação dos acessos foi a forma do ápice da vagem.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 550307 bytes, checksum: 0df08c84d82f26ea26cca91aae2a1b91 (MD5) Previous issue date: 2011-07-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Knowledge about the genetic structure of the population of Sclerotinia sclerotiorum can help decide the most adequate white mold management strategies, especially the development and use of resistant cultivars. The objective of this work was to study the genetic structure of populations of S. sclerotiorum on bean crops in Minas Gerais. We quantified the genetic variability of 127 isolates from four beanproducing regions (subpopulations), based on eight microsatellite markers. There was high genetic variability, with most variation due to differences among individuals within subpopulations. We identified 59 alleles and 65 haplotypes, with 49 haplotypes represented by a single isolate. There was no evidence of random mating in the subpopulations. Highest clonal fraction was recorded for the Zona da Mata subpopulation. The total population is moderately structured. However, there was no genetic differentiation between subpopulations of Noroeste, Zona da Mata, and Triângulo. However, all three subpopulations differed from that of Sul. Six cluster of isolates were detected, with evidence of immigrants among them. Most of the isolates from Sul subpopulation constituted a single group. In other groups there was mixing of individuals from other subpopulations. The high genetic variability observed in the population of S. sclerotiorum warns for greater care in the selection of bean genotypes resistant to white mold. The selection process should be performed in different regions of Minas Gerais in order to minimize the risk of supplanting resistance. / O conhecimento sobre a estrutura genética da população de Sclerotinia sclerotiorum é importante para direcionar as estratégias de controle do mofo-branco do feijoeiro, principalmente o desenvolvimento e uso de cultivares resistentes ao patógeno. Objetivou-se estudar a estrutura genética das populações de S. sclerotiorum em lavouras de feijão em Minas Gerais. Analisaram-se 127 isolados provenientes de quatro regiões produtoras de feijão (subpopulações) em Minas Gerais quanto ao polimorfismo identificado por oito marcadores microssatélites. Houve alta diversidade genética, com maior parte da variação decorrente de diferenças entre indivíduos dentro das subpopulações. Identificaram-se 65 haplótipos, sendo 49 representados por um único isolado e 59 alelos. Não houve evidência de acasalamento aleatório nas subpopulações. Maior fração clonal foi registrada na subpopulação da Zona da Mata. A população está moderadamente estruturada. Contudo, não houve diferenciação genética entre as subpopulações do Noroeste, Zona da Mata e Triângulo Mineiro. Houve diferença da subpopulação Sul em relação às demais. Pela análise de agrupamento detectou-se a existência de seis grupos, com a presença de imigrantes entre eles. A maioria dos isolados da subpopulação Sul constituiu um único grupo. Nos outros grupos houve mistura de indivíduos das diferentes subpopulações. A alta variabilidade genética observada nas populações de S. sclerotiorum, implica em maiores cuidados na seleção de materiais resistentes ao mofo branco. O processo de seleção deve ser realizado em diferentes regiões de Minas Gerais a fim de minimizar os riscos de suplantação de resistência.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1342445 bytes, checksum: 3173736fe2ef2bd06f0426301a5db782 (MD5) Previous issue date: 2012-09-05 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The knowledge of how genetic variation is partitioned among populations may have important implications in evolutionary, ecology and conservation biology. The Cedrela fissilis species (Meliaceae) is a tree associated with Seasonal and Moist Forest. In addition, this species is considered "endangered" on the red list of the IUCN due to the loss of habitat and its high timber value. C. fissilis is formed by two phylogenetic lineages that are not a monophyletic clade, comprising sequences of C. odorata and C. balansae, called C. fissilis complex. The aim of this study was to characterize the genetic diversity of C. fissilis complex intra and inter populations in Brazil and Bolivia. Eight microsatellites were used to genotype 245 individuals, then it was obtained high values of heterozygosity (HO=0.73, HE=0.81), with positive values of FIS (FIS=0.11), indicating excess of homozygotes. For AMOVA, 94.39% of the variation were within populations and 5.61% were among populations which also reflected low levels of genetic divergence (FST=0.075). The populations of the Atlantic range showed slightly more diverse, with 20 of 37 private alleles found. It presented FST value (FST=0.063) greater than the populations of Amazonic-Chiquitano range (FST=0.022). It has been found weak populations structure showing a number of groups equal to eight and being greater than the number of known phylogenetic lineages based on DNA sequences. The low interpopulation differences found suggest the same mechanisms for conservation management. Furthermore, some populations showed conservation relevance due to the presence of peculiar genetic material and characteristics of refuge. / O conhecimento de como a variação genética está dividida nas populações pode ter implicações importantes na biologia evolutiva, ecológica e na conservação. A espécie Cedrela fissilis (Meliaceae) é uma espécie arbórea associada à Floresta Estacional e Ombrófila. Além disso, esta espécie é considerada ameaçada na lista vermelha de espécies da IUCN devido à perda de habitat e ao alto valor econômico da sua madeira. C. fissilis é formada por duas linhagens genealógicas não monofiléticas, compreendendo sequências de C. odorata e C. balansae e, portanto, denominadas de complexo C. fissilis. O objetivo geral deste trabalho foi caracterizar a diversidade genética intra e interpopulacional do complexo C. fissilis no Brasil e Bolívia. Oito microssatélites foram utilizados para genotipar 245 indivíduos e foram obtidos elevados valores de heterozigosidades (HO=0,73; HE=0,81), com valores de FIS positivos (FIS=0,11), indicando excesso de homozigotos. Para AMOVA, 94,39% da variação foram dentro de populações e 5,61% entre populações e que também refletiu em baixos valores de divergência genética (FST=0,075). As populações da área de distribuição do Atlântico se mostraram ligeiramente mais diversificadas, com 20 dos 37 alelos privados encontrados e apresentaram valor de FST (FST=0,063) maior que as populações do AC (FST=0,022). Foi constatada fraca estruturação das populações, exibindo um número de grupos igual a oito, sendo maior que o número de linhagens conhecidas, com base em sequências de DNA. A baixa diferença interpopulacional encontrada sugere iguais mecanismos de manejo para conservação. Além disso, algumas populações apresentaram relevância de conservação devido à presença de material genético peculiar e às características de refúgio.

Made available in DSpace on 2016-12-06T17:42:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGPV15DA027.pdf: 2635714 bytes, checksum: 9fedcf32c2d61705eeb4922fbdccd654 (MD5) Previous issue date: 2015-08-03 / Santa Catarina is characterized by the predominance of a model of family agriculture of the small farms. The local varieties exercise a fundamental role in developing agroecological systems and family agriculture, because they are able to maintain satisfactory yields in adverse environmental conditions, such as often found in family agriculture. The upland rice is cultivated on almost all the state and has significant relevance to family agriculture. The production is made with seeds of local varieties selected by farmers, destined in their majority consumption by the family and sales only the surplus. The identification of the productive local varieties of upland rice with quality of seeds and adapted to the place of cultivation could be constitute a way to stimulate and diversify opportunities return these farmers. Within this context, this work was developed aiming to characterize and determine the productivity in organic farming system of some local varieties of upland rice used by farmers in the region of the Campos Novos/SC as well as to characterize the physiological quality and the chemical composition of the seeds of these varieties to indicate the most promising for this cultivation system, in relation to productivity, physiological potential seeds and providing quality food. Three experiments have been conducted in the municipality of Campos Novos/SC, in seasons of 2011/2012 (season 1), 2012/2013 (season 2) and 2013/2014 (season 3) with 11 local varieties of upland rice (Agulha, Rosa 15, Mato Grosso, Gomes, Preto, Argentino, Kinsel, Camilo, Piriquito, Casca Roxa and Caipira) and two commercial varieties (Primavera and Cambará). In the first season, the experiment was conducted in organic farming system in randomized blocks with four replications and the second and third season in organic and conventional farming system in randomized blocks the using split plots. In the field were evaluated the phenological stages, morphological characteristics and yield components of culture. After harvesting the the seeds were evaluated for seed quality (germination and vigor) and chemical composition. Is found genetic diversity among the varieties for all traits. The varieties showed mean productivity of 2.303 kg ha-1 in the first season; 1.711kg ha -1 in the second season; 3.534 kg ha-1 in the third season, and the highest yield was obtained where the sowing was earlier and the temperature during seed maturation was maintained near to 20 °C. The varieties Piriquito, Argentino, Gomes and Kinsel produced more than 2.000 kg ha-¹ in all seasons. The varieties Agulha, Rosa 15, Caipira, Gomes and Argentino have produced seeds with germination percentage above 80% (standard for marketing rice seed) and high vigor in the three seasons and two the cultivation systems evaluated. The varieties Agulha, Preto, Caipira, Casca Roxa, Primavera and Cambará had seeds with higher contents crude protein, phosphorus, potassium, iron and zinc these being the best chemical composition. The Gomes and Argentino varieties showed high productivity and seeds with high physiological quality, which are more adapted the region evaluated and indicated as promising for the region under organic growing conditions. Because ample genetic diversity observed none of the varieties should be discarded, but preserved due to other characteristics of these varieties may be and which must be searched and evaluated. Based on this work was possible to verify the potential of these varieties in the organic farming system conditions and the importance of conservation of varieties as genetic variability source / Santa Catarina se caracteriza pela predominância de um modelo de agricultura familiar de pequenas propriedades. As variedades locais exercem um papel fundamental no desenvolvimento de sistemas agroecológicos e da agricultura familiar, pois são capazes de manter produções satisfatórias mesmo em condições ambientais adversas, como as frequentemente encontradas na agricultura familiar. O arroz de sequeiro é cultivado em praticamente todo o Estado e apresenta significativa relevância para a agricultura familiar. A produção é feita com sementes de variedades locais, selecionadas pelos próprios agricultores, destinadas ao consumo familiar e comercialização do excedente. A identificação de variedades locais produtivas, com sementes de qualidade e adaptadas ao local de cultivo, podem se constituir em uma maneira de incentivar e diversificar as oportunidades de rentabilidade desses produtores. Esse trabalho foi desenvolvido com o objetivo de caracterizar e determinar a produtividade no sistema de cultivo orgânico de algumas variedades locais de arroz de sequeiro utilizadas pelos agricultores da região de Campos Novos/SC, bem como caracterizar a qualidade fisiológica e a composição química das sementes dessas variedades e indicar as mais promissoras para este sistema de cultivo, em relação à produtividade, potencial fisiológico de sementes e fornecimento de alimento de qualidade. Foram conduzidos três experimentos no município de Campos Novos, SC, nas safras de 2011/2012 (safra 1), 2012/2013 (safra 2) e 2013/2014 (safra 3) com 11 variedades locais (Agulha, Rosa 15, Mato Grosso, Gomes, Preto, Argentino, Kinsel, Camilo, Piriquito, Casca Roxa e Caipira) e duas variedades comerciais (Primavera e Cambará). Na safra 1, o experimento foi conduzido em cultivo orgânico, em blocos ao acaso, com quatro repetições e nas safras 2 e 3 em cultivo orgânico e convencional em blocos ao acaso no arranjo de parcelas subdivididas. Foram avaliados os estádios fenológicos, caracteres morfológicos e componentes do rendimento da cultura. Após a colheita as sementes foram avaliadas quanto a qualidade fisiológica (vigor e germinação) e composição química. Constatou se diversidade genética entre as variedades para todos os caracteres avaliados. A produtividade média das variedades foi de 2.303 kg ha-1 na safra 1, de 1.711kg ha-1 na safra 2 e de 3.534 kg ha-1 na safra 3. As melhores produtividades foram obtidas onde a semeadura foi mais precoce e a temperatura durante a maturação das sementes se manteve próxima a 20 °C. As variedades, Piriquito, Argentino, Gomes e Kinsel apresentaram produtividade superior a 2.000 kg ha-¹ em todas as safras. As variedades Agulha, Rosa 15, Caipira, Gomes e Argentino produziram sementes com percentual de germinação acima de 80% (padrão para comercialização de sementes de arroz) e alto vigor em todas as safras. As variedades Agulha, Preto, Caipira, Casca Roxa, Primavera e Cambará apresentaram sementes com os maiores teores de proteína bruta, fósforo, potássio, ferro e zinco sendo estas as de melhor composição química. As variedades Gomes e Argentino apresentaram alta produtividade e sementes com alta qualidade fisiológica, sendo estas mais adaptadas à região avaliada e indicadas como promissoras para região sob condições de cultivo orgânico. Devido a ampla diversidade genética observada nenhuma das variedades deve ser descartada, e sim preservadas em função de características que estas possam ter e que devem ser resgatas e avaliadas. Com base nesse trabalho foi possível verificar o potencial dessas variedades na condição de cultivo orgânico e a importância da conservação das variedades como fonte de variabilidade genética

Made available in DSpace on 2016-12-08T16:24:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGCA13MA117.pdf: 974615 bytes, checksum: 1adc6a24dc175e42ba61d10eb2f142ea (MD5) Previous issue date: 2013-02-28 / The domestic chicken (Gallus gallus domesticus) was originated by the jungle red flow chicken (Gallus gallus) and the bankiva chicken (Gallus gallus bankiva). Since the domestication, around 7000 years ago in the Asian Southeast, the chicken came with the human migration, and then scattered to the entire world and arrived to Brazil around 1500 BC. In Brazil has came breeds from Europe and Asia, and they were let in freedom and they crossed at random breeding generating the chicken as know as Brazilian caipira chicken. With development of the national chicken producing the caipira s chickens were forgotten in countryside in third world countries, to be considered less productive. However, with the growing consumption of product considered healthier, this chicken was recovered. In additional, to be more rustic and disease resistance, because their high genetic variability, these chickens are considered an important source for alleles which can be use in the animal genetic improvement. The mitochondrial DNA (mtDNA) is characterized by had an exclusively maternal inheritance and the most used method amplify the mtDNA control region (D-loop), which has a high genetic variability. This study aimed to investigate the origin and composition of the maternal lines on these lineages. . We collected blood samples from 105 Brazilian blue-egg caipira s chickens. The fragments were amplified by PCR, sequenced, and analyzed by the MEGA 4.0 software. As result, 89,52% of the chicken belong to the clade A, 7,62% to C e 2,86% to E, which means that participated animals most from Asian and few from European origin, in the maternal lineages. The results indicate that these strains analyzed of Brazilian chickens, have a higher genetic variability so that observed in non-commercial poultry and conserve a strong founder effect / A galinha doméstica (Gallus gallus domesticus) é originária da galinha vermelha do mato (Gallus gallus) e galinha bankiva (Gallus gallus bankiva). Desde a sua domesticação, que ocorreu por volta de 7000 anos atrás no Sudeste asiático, a galinha acompanhou a migração humana, e assim se espalhou pelo mundo inteiro, chegando ao Brasil por volta do ano de 1500. No Brasil chegaram aves oriundas da Europa e da Ásia, e aqui foram deixadas em liberdade e cruzaram de forma aleatória gerando o que hoje se conhece como galinha caipira. Com o desenvolvimento da avicultura, estas aves foram esquecidas nos quintais de casa, por serem consideradas menos produtivas. No entanto, com o crescente aumento no consumo de produtos considerados naturais, esta ave voltou ao mercado. Por ser mais rústica e resistente a doenças, em virtude de sua variabilidade genética alta, estas aves também são consideradas uma importante fonte de alelos que podem ser utilizados no melhoramento animal. O DNA mitocondrial (mtDNA) caracteriza-se por ser de exclusiva herança materna, sendo o método mais utilizado consiste em amplificar a região controle (alça-D), que possui grande variabilidade genética. Desta forma, este trabalho tem como objetivo determinar a origem e composição das linhas maternas nestas linhagens. Foram coletadas amostras de sangue de 105 galinhas caipiras de ovos azuis oriundas do município de Dois Lajeados-RS. Os fragmentos foram amplificados pela PCR, sequenciados, e analisados pelo software MEGA 4.0. Como resultado, 89,52% das aves pertencem ao haplogrupo A, 7,62% ao C e 2,86% ao E. Para a composição desta ave foram utilizados em sua maioria aves de origem asiática e um pouco de origem europeia, em sua linhagem materna. Os resultados obtidos indicam que estas aves analisadas, apresentam uma variabilidade genética semelhante a aves não comerciais e conservam ainda um efeito fundador muito forte

Submitted by Cecília Luzia Dourado (douradocl.cl@gmail.com) on 2017-05-23T14:32:39Z No. of bitstreams: 1 Cecília_Dourado_Tese_final.pdf: 2809054 bytes, checksum: 3b7bae6fc7d04f1ab484508fc4a7496d (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-05-23T18:22:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 dourado_cl_dr_ilha.pdf: 2809054 bytes, checksum: 3b7bae6fc7d04f1ab484508fc4a7496d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-23T18:22:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dourado_cl_dr_ilha.pdf: 2809054 bytes, checksum: 3b7bae6fc7d04f1ab484508fc4a7496d (MD5) Previous issue date: 2016-11-10 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O objetivo principal do trabalho foi o de quantificar a variabilidade genética em progênies de seringueira fundamentando-se na avaliação de caracteres quantitativos e na caracterização molecular do tipo microssatélites (SSR). A primeira população do estudo é originária da floresta primária de Rio Branco- Acre (população selvagem-PS), e a outra, trata-se de uma população, originada de matrizes clonais (população melhorada-PM). Encontram-se instaladas na forma de teste de progênies na Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão da Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira/UNESP (FEPE), localizada em Selvíria, MS. Para as duas populações foram avaliados os seguintes caracteres silviculturais de crescimento, altura (ALT), altura comercial (AC), diâmetro médio de copa (DMC), forma do fuste (FOR), perímetro do caule (PAP e P50) e produção de borracha seca (PBS), aos oito (PM) e 23 (PS) anos de idade. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos casualizados, compostos por 31 famílias, quatro repetições e parcelas lineares de 10 plantas, no espaçamento de 3 x 3 m (PM). Para PS o delineamento experimental foi de blocos causalizados com 37 famílias distribuídas em três repetições, de forma desbalanceada com no máximo 10 plantas por progênies no espaçamento de 5 x 3 m (PS). As estimativas dos parâmetros genéticos foram feitas utilizando-se a metodologia de modelo linear misto univariado aditivo REML/BLUP e ganhos na seleção pelo método índice multiefeitos (IME). O DNA genômico foi extraído, quantificado e genotipado para as duas populações de estudo. As análises do sistema de reprodução e diversidade foram baseadas no modelo misto de reprodução e modelo de cruzamentos correlacionados. Foram detectadas diferenças significativas pelo teste da razão de verossimilhança na análise de deviance das procedências para os caracteres, diâmetro médio de copa (DMC), perímetro a 50 cm do solo (P50), perímetro a 1,30m do solo (PAP) e produção de borracha seca (PBS), para PM. Para população selvagem foram significativos, os caracteres ALT, DMC, P50 e PAP. Os caracteres que apresentaram maior magnitude para as herdabilidades foram a PBS, para população melhorada e PAP, PBS para a população selvagem, com herdabilidades acima de 60%. As estratégias de seleção de 50%, 40% e 22% dos indivíduos para o caractere PBS e PAP utilizando o índice multiefeitos revelaram de altos e baixos ganhos na seleção as duas populações. Para PM foi mais indicado a estratégia de seleção entre e dentro e para PS a seleção individual. Os ganhos obtidos na seleção foram de 54% para o caráter PBS na população melhorada e de 0,46% para o caráter PAP para população selvagem. A heterozigosidade observada foi de 0,839 a 0,747 para adultos e de 0,425 a 0,399 para as progênies, para as duas populações estudas. A taxa de cruzamento multiloco ( ) variou de 0,726 (PM) a 0,798 (PS), indicando que grande parte das sementes foram originadas por cruzamentos, mas houve presença de autofecundação, caracterizado por um sistema de reprodução misto. A endogamia apresentada foi gerada por cruzamentos correlacionados e não por autofecundação. Devido ao ao tamanho efetivo (Ne) menor que 4, resultou na necessidade de coletar-se sementes para fins de conservação genética, recuperação ambiental e melhoramento florestal de pelo menos 94 e 89 árvores, para PM e PS respectivamente. / The main objective of this work is to quantify the genetic variability in progenies of rubber tree, based on the quantitative characterization and the molecular characterization of the microsatellite type (SSR). The first population of the study originated in the primary forest of Rio Branco-Acre (wild population-PS), and the other population is a population originated from clonal matrices (improved population-PM). They are installed as progeny tests at the Teaching, Research and Extension Farm, That belongs to Engeneering College of the Julio Mesquita Filho State University of São Paulo, In Selvira, State of South Mato Grosso Brazil. For the two populations, the following silvicultural characteristics of growth, height (ALT), commercial height (AC), average crown diameter (DMC), stem shape (FOR), stem perimeter (PAP and P50) and dry rubber yield (PBS) at eight (PM) and 23 (PS) years old. The experimental design consisted of randomized blocks, composed of 31 families, four replications and linear plots of 10 plants, spaced 3 x 3 m (MP). For PS the experimental design was of causalized blocks with 37 families distributed in three replications, unbalanced with a maximum of 10 plants per progeny in the spacing of 5 x 3 m (PS). Estimates of the genetic parameters were made using the mixed linear univariate model (REML / BLUP) methodology and gains in selection by multi-effects index (MEI). Genomic DNA was extracted, quantified and genotyped for the two study populations. The analyzes of the breeding and diversity system were based on the mixed breeding model and correlated crosses model. Significant differences were detected by the likelihood ratio test in the deviance analysis for the characters, mean crown diameter (DMC), stem perimeter at 50 cm from soil (P50), stem perimeter at 1,30m from soil (PAP) and dry rubber yield (PBS) for PM. For wild populations were significant, the characters ALT, DMC, P50 and PAP. The characters that presented the greatest magnitude for the heritabilities were PBS, for improved population and PAP, PBS for the wild population, with heritabilities above 60%. The selection strategies of 50%, 40% and 22% of individuals for the PBS and PAP using the multi-effects index revealed high and low gains in the selection of the two populations. For PM it was more indicated the strategy of selection between and within and for PS the individual selection. The gains obtained in the selection were 54% for the PBS character in the improved population and 0,46% for the PAP character for the wild population. The observed heterozygosity was 0,839 to 0,747 for adults and 0,425 to 0,399 for the progenies, for the two populations studied. The multilocus crossing rate ( ) varied from 0,726 (MP) to 0,798 (PS), indicating that most of the seeds originated by crosses, but there was a presence of self-fertilization, characterized by a mixed mating system.The presented inbreeding was generated by correlated crosses and not by self-fertilization. Due to the effective size (Ne) of less than 4, it resulted in the need to collect seeds for purposes of genetic conservation, environmental recovery and forest improvement of at least 94 and 89 trees, for PM and PS respectively. / FAPESP: 2013/03074-5