Made available in DSpace on 2016-12-23T13:28:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Thais de Assis Volpi.pdf: 2306298 bytes, checksum: 2140568058b31aa143951295f1f9bea4 (MD5) Previous issue date: 2012-02-28 / O golfinho-rotador-pantropical (Stenella longirostris longirostris) ocorre em águas tropicais e subtropicais de todos os oceanos. No litoral brasileiro, ocorre principalmente em águas tropicais entre 170 e 2700m de profundidade, sendo muito comum em Fernando de Noronha. Pouco se sabe sobre o seu fluxo gênico e diversidade genética no oceano Atlântico Sul. O presente estudo teve como objetivo avaliar a variabilidade genética de golfinhos-rotadores em diferentes localidades do litoral brasileiro. Duas regiões do DNA mitocondrial foram analisadas: região controle (D-loop) e citocromo oxidase subunidade I (COI). 82 indivíduos foram amostrados, correspondentes a quatro grupos de golfinhos amostrados no Nordeste do Brasil (G1), em Fernando de Noronha (G2 e G3) e no Sudeste e Sul do Brasil (G4). As amostras foram obtidas por raspagem de pele, biópsia com balestra e de animais mortos encalhados. 79 sequências com 414bp de D-loop e 48 com 714bp da região COI foram analisadas. Além destas, 45 sequências foram geradas a partir de fragmentos concatenados entre D-loop e COI. 115 sequências do GenBank (109 de D-loop e seis COI) foram incluídas para compreender a relação dos haplótipos brasileiros com outras populações mundiais. Os quatro grupos brasileiros avaliados apresentaram diferenciação genética significativa entre eles (Fst>0,05 com P<0,05) e, portanto, cada um deles foi considerado como sendo uma população diferente. G4 apresentou os maiores índices de diversidade nucleotídica e haplotípica, enquanto G2 e G3 apresentaram os menores. O baixo fluxo gênico entre as populações de golfinhos-rotadores de Fernando de Noronha em relação às populações não insulares pode indicar a fidelidade de sítio desses animais em águas insulares. As populações do litoral brasileiro são geneticamente diferentes; no entanto, todos compartilharam haplótipos com golfinhos dos oceanos Índico e Pacífico, além de animais da porção norte do Atlântico. G4 mostrou maior similaridade genética com golfinhos de outros oceanos do que com as populações de outros golfinhos-rotadores brasileiros. A população G2 (com maior número de amostras) apresentou maior similaridade genética com a população do Pacífico, mesmo quando comparado com a outra população de Fernando de Noronha (G3). Assim, é possível que o fluxo gênico de golfinhos no Brasil não é atribuído a distância geográfica entre eles, mas por outros fatores históricos, ecológicos e comportamentais / The pantropical spinner dolphin (Stenella longirostris longirostris) occurs in tropical and subtropical waters of all oceans. In the Brazilian coast, it occurs mainly in tropical waters between 170 and 2700m depth, being very common in Fernando de Noronha Archipelago. Little is known about its gene flow and genetic diversity in South Atlantic Ocean. The present study aimed to evaluate the genetic variability of spinner dolphin in different localities of the Brazilian coast. Two regions of the mitochondrial DNA were analyzed, control region (D-loop) and cytochrome Oxidase subunit I (COI). 82 individuals were sampled, corresponding to four putative groups of dolphins sampled in Northeast Brazil (G1), in Fernando de Noronha (G2 and G3) and in the Southeast and South of Brazil (G4). The samples were obtained by skin swabbing, skin biopsy, and dead animals found stranded. 79 sequences with 414bp for D-loop and 48 with 714bp for COI region were analyzed. In addition to these, 45 sequences were generated from the link between fragments of D-loop and COI. 115 GenBank sequences (109 of D-loop and six of COI) were included to understand the relationship of Brazilian haplotypes with other world populations. The four Brazilian groups evaluated showed significant intergroup genetic differentiation (Fst>0.05 with P<0.05), therefore, each one of them was considered to be a different population. G4 presented the highest nucleotide and haplotypic diversity indices, while G2 and G3 showed the lowest. The low gene flow between the spinner dolphin populations from Fernando de Noronha in relation to the non insular populations may indicate site fidelity of these animals to insular waters. The populations in the Brazilian coast are genetically distinct; however all share haplotypes with dolphins from Indian and Pacific oceans, in addition to animals of the northern portion of the Atlantic. G4 showed more genetic similarity with dolphins from other oceans than with other spinner dolphin Brazilian populations. The population G2 (with the highest number of samples) showed greater genetic similarity with the Pacific population, even when compared with another population of Fernando de Noronha (G3). Thus, it is possible that the gene flow of spinner dolphins in Brazil is not given by the geographical distance among them, but by other historical, ecological and behavioral factors

Submitted by VITO ANTONIO MASTROCHIRICO FILHO null (vito.oceano@gmail.com) on 2016-04-09T21:47:55Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Repositório Vito.pdf: 3114594 bytes, checksum: fe4a528d166d3a59bfac7d3a244a016c (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-04-11T13:38:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 mastrochiricofilho_va_me_jabo.pdf: 3114594 bytes, checksum: fe4a528d166d3a59bfac7d3a244a016c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-11T13:38:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 mastrochiricofilho_va_me_jabo.pdf: 3114594 bytes, checksum: fe4a528d166d3a59bfac7d3a244a016c (MD5) Previous issue date: 2016-02-29 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Pacu (Piaractus mesopotamicus) é uma espécie de peixe Neotropical amplamente distribuída nas bacias dos rios Paraná e Paraguai, e uma das espécies de peixe neotropicais de maior valor para a aquicultura. Uma melhor compreensão do genoma do pacu é necessária para o manejo genético na conservação dos estoques naturais e cultivados. O principal objetivo foi identificar SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) gene-associados no transcriptoma de fígado do pacu e, em seguida, aplicar em análises de variabilidade genética e de parentesco visando um manejo adequado desta importante espécie não modelo na aquicultura. O sequenciamento do transcriptoma foi realizado por meio da plataforma Roche/454, que resultou na formação de 4.110 contigs não redundantes. Destes, 2.051 genes foram identificados e funcionalmente anotados a fim de revelar genes relacionados às características econômicas interessantes para a aquicultura. Foram encontrados 464 SNPs localizados em 5’UTR (10.0%), 3’UTR (17.2%) e em regiões CDS (71,1%), e classificados como sinônimos (70,6%) e não sinônimos (29,4%). Foram genotipados 32 SNPs por meio da técnica Sequenom MassARRAY, dos quais alguns estavam relacionados com sistema imune. A variabilidade genética foi estimada em populações de indivíduos selvagens (Rio Paraná) e de indivíduos cultivados em sete pisciculturas do estado de São Paulo (FF1, FF2, FF3, FF4, FF5, FF6 e FF7). Não foram observadas diferenças significativas entre heterozigosidade observada (Hobs) e esperada (Hexp) para cada população. Análises de diferenciação genética mostraram baixo nível de estruturação genética entre as populações (Fst = 0.064, AMOVA = 93,59% da variação dentro de populações, P<0,05). Análises de parentesco mostraram que a maioria das estações de piscicultura possuíam pelo menos 40% de indivíduos aparentados, com risco de endogamia e necessidade de realização de um programa de acasalamentos direcionados. Nossos resultados proporcionaram importantes recursos genéticos para o pacu, com aplicabilidade para a aquicultura. / Pacu (Piaractus mesopotamicus) is a Neotropical freshwater fish widely distributed in Parana, Paraguay Basin. Wild populations of pacu are threatened by overfishing and it is one of the fish species of highest commercial value for aquaculture. An understanding of the pacu genome is appropriate to genetic management in the conservation of wild and cultivated stocks. The main objective was identify gene-associated SNPs in liver transcriptome of pacu. We used SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) to perform genetic variability and kinship analysis for suitable management of this important non-model species in aquaculture. Transcriptome sequencing was done with the Roche/454 technology and yielded 4,110 non-redundant contigs. Of these, 2,051 genes were identified and functionally annotated to reveal genes correlated to economical traits in aquaculture. We found 464 SNPs in 5’UTR (10.0%), 3’UTR (17.2%) and CDS (71,1%), classified in synonymous (70,6%) and non-synonymous (29,4%). We genotyped 32 feasible SNPs through Sequenom MassARRAY platform and we obtained some SNPs related to immune system. Genetic diversity was estimated in wild individuals (Parana river) and in seven farm fish populations (FF1, FF2, FF3, FF4, FF5, FF6 and FF7). There were no significant differences between observed heterozygosity (Hobs) and expected (Hexp) for each population; and also between observed heterozygosity, expected heterozygosity and minimum allele frequency (MAF), when the population averages were compared (P <0.05). In addition, genetic differentiation analyzes showed low genetic structure of wild and cultivated populations of pacu (Fst = 0.064; AMOVA = 93.59% of the variation within populations; P<0,05). Kinship analysis showed most hatchery stations had at least 40% of related individuals, at risk of inbreeding and the need to perform a directed mating program. Our results showed unprecedented genomic resources for pacu. / FAPESP: 2014/12412-4

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Grapevines are one of the most cultivated fruits in the world, and many factors can affect its potential income and longevity, including pathogens attack. In 1990, black foot disease of grapevine began to worry producers and agronomists in various places of the planet where the crop was grown. Since 1999, plants with disease symptoms have been observed in Brazil. However, little is known about this disease in the southern region of the country. Thus, this study aimed to: 1) characterize isolates of the Ilyonectria spp. and Campylocarpon pseudofasciculare associated with black foot disease and study their pathogenicity; 2) evaluate Bacillus subtilis and Trichoderma spp. on the control in vitro and in vivo of Ilyonectria macrodidyma. For that, symptomatic plants were collected in georeferenced vineyards of Rio Grande do Sul. Isolation of the pathogen occurred from necrotic fragments of roots and crown for further study of the etiology and pathogenicity. In vitro tests (volatile metabolites and pairing of cultures) and in vivo (Vitis vinifera cv. Merlot grafted on Paulsen 1103) were performed to evaluate the control efficiency of Bacillus subtilis and Trichoderma spp., obtained from different commercial products, over Ilyonectria macrodidyma. Morphological characterization and multi-gene analysis of three regions (ITS, β-tubulin and histone H3) confirmed the existence of Ilyonectria macrodidyma, Ilyonectria robusta, "Cylindrocarpon" pauciseptatum and Campylocarpon pseudofasciculare associated with black foot disease. All 20 isolates were pathogenic to Vitis labrusca cv. Bordô, resulting in reduced mass of roots and shoots, roots and crown necrosis, vascular lesions, wilting of shoots and plant death. Bacillus subtilis and Trichoderma spp. were effective in inhibiting the mycelial growth of I. macrodidyma through volatile metabolites and pairing of culture tests. / A videira é uma das principais frutíferas cultivadas no mundo, sendo que diversos fatores podem afetar seu potencial de rendimento e longevidade, incluindo o ataque de patógenos. A partir da década de 90, a doença pé-preto da videira começou a preocupar viticultores e técnicos em várias locais do planeta onde a cultura é cultivada. Desde 1999, vem sendo observadas plantas com sintomas da doença no Brasil. Porém, pouco se conhece sobre essa enfermidade na região sul do país. Assim, este trabalho objetivou: 1) caracterizar isolados de Ilyonectria spp. e Campylocarpon pseudofasciculare associados à doença pé-preto, bem como estudar sua patogenicidade e 2) avaliar Bacillus subtilis e Trichoderma spp. no controle in vitro e in vivo de Ilyonectria macrodidyma. Para isso, plantas sintomáticas foram coletadas em vinhedos georreferenciados do Rio Grande do Sul. Isolamento do patógeno se deu a partir de fragmentos necrosados de raízes e colo para posteriores estudos de etiologia e patogenicidade. Foram realizados testes in vitro (metabólitos voláteis e pareamento de culturas) e in vivo (Vitis vinifera cv. Merlot enxertada em Paulsen 1103) para avaliar a eficiência de Bacillus subtilis e Trichoderma spp., obtidos de diferentes produtos comerciais no controle de Ilyonectria macrodidyma. O estudo de caracterização morfológica e análise multi-gene de três regiões (ITS, β-tubulina e histona H3) confirmaram a existência de Ilyonectria macrodidyma, Ilyonectria robusta, Cylindrocarpon pauciseptatum e Campylocarpon pseudofasciculare associados à doença pé-preto. Todos os 20 isolados foram patogênicos a Vitis labrusca cv. Bordô, resultando em redução de massa de raízes e parte aérea, necrose no colo e raízes, lesões vasculares, murchamento de parte aérea e morte de plantas. Bacillus subtilis e Trichoderma spp. foram eficazes na inibição do crescimento micelial de I. macrodidyma através de testes de metabólitos voláteis e pareamento de culturas.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-08-02Bitstream added on 2014-06-13T19:46:52Z : No. of bitstreams: 1 costa_mr_me_jabo.pdf: 565961 bytes, checksum: c8eff938fb73584dff30e69ce86bede4 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O crescimento da produção e o aumento da capacidade competitiva da soja brasileira estão associados aos avanços científicos e à disponibilização de tecnologias ao setor produtivo. A fim de maximizar os benefícios da FBN, o estudo da diversidade genética de Bradyrhizobium japonicum e Bradyrhizobium elkanii relacionada com diferentes sistemas de manejo da cultura da soja é imprescindível para entender as interações entre a população de rizóbios presentes no solo com as estirpes de inoculantes em ambientes diferentes. O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética de rizóbios em solos cultivados com soja sob diferentes sistemas de manejo caracterizados com rotação e sucessão de culturas recomendadas para o estado de Mato Grosso do Sul. A partir de amostras de DNA extraídos destas bactérias foi utilizado o marcador molecular fAFLP para estimar a diversidade genética dos 119 isolados de nódulos de soja, e em seguida realizado o sequenciamento parcial do gene 16S rDNA para definir a posição das bactérias em nível de gênero e, em alguns casos, em nível de espécie. Os resultados obtidos, com base no fAFLP, permitiu a divisão dos isolados em dois grupos. No primeiro grupo posicionaram se a maioria dos isolados do sistema plantio direto e dois representantes do sistema convencional que pertencem à safra 2006-2007. Em relação ao segundo grupo, foi observada uma heterogeneidade elevada entre os isolados de diferentes safras e sistemas de manejo (convencional, plantio direto e sistema integrado lavoura pecuária. Com a análise de diversidade genética com base no sequenciamento do gene 16S rDNA, as sequências das 42 estirpes (incluindo as estirpes padrões recomendadas para a fabricação de inoculantes para soja) foi constatado a formação de 2 filos: Proteobactérias... / The growth of crop production and increased competitiveness of Brazilian soybean are associated with scientific advances and the availability of technology to the productive sector. In order to maximize the benefits of BNF, the study of genetic diversity of Bradyrhizobium japonicum and Bradyrhizobium elkanii related to different management systems of the soybean crop is essential to understand the interactions between the population of rhizobia in the soil with the inoculant strains in different environments. The objective of this study was to assess the genetic diversity of rhizobia in soils cultivated with soybean under different management systems characterized by crop rotation and succession recommended for the state of Mato Grosso do Sul. Fluorescent AFLP molecular marker was used to estimate the genetic diversity of 119 isolates from soybean nodules. Samples of DNA extracted from these bacteria were used and partial sequencing of the 16S rDNA was performed to define the position of bacteria at genus level and, in some cases, species level. The results, based on fAFLP, allowed the division of the isolates into two groups. Most isolates of the no-tillage system and two isolates from the conventional system that belong to the 2006-2007 season represented the first group. The second group was represented by a high heterogeneity among the isolates from different crops and management systems (conventional, no-tillage and integrated crop-livestock). The analysis of genetic diversity based on the sequencing of the 16S rDNA of forty-two strains (including standard strains recommended for the production of inoculants for soybeans) allowed the formation of two phyla: Proteobacteria (with the alpha, beta and gamma classes) and Firmicutes. Also a sister group of Firmicutes was... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-26Bitstream added on 2014-06-13T19:02:41Z : No. of bitstreams: 1 arruda_mp_dr_sjrp.pdf: 3154075 bytes, checksum: 425658b7ce3ff42cf3fde44c2f7d4d75 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A destruição e a modificação do hábitat são aceitas, entre os biólogos conservacionistas, como as causas primárias da perda da biodiversidade, e a situação para os anfíbios não é exceção. Diversos processos antropogênicos contribuem para a deterioração das paisagens, podendo afetar negativamente as populações de anfíbios, por alterar fisicamente os ambientes aquáticos e terrestres, reduzindo a conectividade dos hábitats e estruturando as populações. Contudo, poucos dados existem sobre os efeitos do cultivo agrícola para as populações de anfíbios. Os programas de preservação atuam na recuperação de populações ameaçadas e, em geral, estão baseados na manutenção da máxima quantidade de diversidade genética, de tal forma que, a primeira etapa de um programa conservacionista, consiste na avaliação da variabilidade genética e distribuição desta entre as populações. A estruturação gênica populacional dos organismos, estimada a partir de técnicas de biologia molecular é um aspecto fundamental na caracterização da aptidão das espécies aos ambientes. Particularmente os marcadores moleculares do tipo microssatélite tem acessado com êxito a variabilidade gênica das populações. Assim, foram desenvolvidos loci microssatélites polimórficos para as espécies Hypsiboas raniceps, Leptodactylus chaquensis e Rhinella schneideri e avaliada a variabilidade genética de populações provenientes de hábitats com diferentes tipos de perturbação antrópica (práticas agrícolas, pastagem), com o intuito de relacionar o impacto de diferentes matrizes sobre a diversidade genética. A espécie generalista R. schneideri exibiu um estoque uniforme de variabilidade genética, baixa estruturação e reduzido nível de endogamia em todas as populações, sugerindo um elevado potencial de dispersão, responsável pela homogeneização das populações... / The destruction and modification of habitat are accepted between conservation biologists as the primary causes of biodiversity loss, and the situation for amphibians is no exception. Several anthropogenic processes contribute to the deterioration in the landscape, which can adversely affect amphibian populations by physically altering the aquatic and terrestrial environments, reducing the connectivity of habitats and structuring populations. However, few data exist on the effects of the crop for the populations of amphibians. The conservation programs act in the recovery of threatened populations, and generally are based on maintaining the maximum amount of genetic diversity, therefore, the first step in a conservationist program, is to assess the genetic variability and distribution of this among the populations. Population structure of organisms, estimated from molecular biology techniques is fundamental to characterize the fitness of species to environments. Particularly the molecular markers microsatellite has successfully accessed the genetic variability of populations. Therefore, we developed polymorphic microsatellite loci in the Hypsiboas raniceps, Leptodactylus chaquensis and Rhinella schneideri species and evaluated the genetic variability of populations from habitats with different types of anthropogenic disturbance (agricultural practices, pasture), in order to relate the impact of different matrix on genetic diversity. R. schneideri generalist species showed an even amount of genetic variability, low structure and low level of inbreeding in all populations, suggesting a high potential for dispersal, responsible for the homogenization of populations. However, in L. chaquensis and H. raniceps, the populations located in regions with strong agricultural impact (Tietê Batalha) showed genetically depauperate and strong population structure. It can be concluded... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-01-23Bitstream added on 2014-06-13T19:03:05Z : No. of bitstreams: 1 facanali_r_dr_botfca.pdf: 1292070 bytes, checksum: fc222ca05687506f190346fc26dc872d (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O presente trabalho teve por objetivo geral o estudo de populações de Ocimum selloi Benth. sob o ponto de vista da biologia reprodutiva, da variabilidade genética e química dos óleos essenciais, visando fornecer informações para seu uso inequívoco como planta medicinal e aromática em estudos futuros de melhoramento genético vegetal, cultivo e preservação da espécie. O material vegetal utilizado foi coletado na região de Piquete e Apiaí, estado de São Paulo, em Colombo, estado do Paraná e em Camanducaia, estado de Minas Gerais. O estudo da variabilidade populacional foi realizado pela análise de polimorfismo do DNA do tipo RAPD e a química por meio da análise da composição química dos óleos essenciais das folhas das populações naturais e cultivadas por cromatografia gasosa acoplada a espectrometria de massas. Os resultados revelaram uma forte estrutura genética entre as populações avaliadas, que também pôde ser verificada pelas diferenças observadas nos perfis químicos das plantas. O estudo da biologia reprodutiva revelou a existência predominante de autopolinização explicando o fato das análises da variabilidade genética das quatro populações (Apiaí/SP; Piquete/SP; Colombo/SP e Camanducaia/MG), demonstrarem que a diversidade está localizada entre as populações (variabilidade interpopulacional). A composição química dos óleos essenciais revelou divergências na proporção relativa das substâncias mais abundantes, onde para a população nativa de Piquete/SP, a substância mais abundante foi o germacreno D (26,22%), enquanto que plantas da mesma região cultivadas em Campinas/SP apresentaram elemicina (38,70%, 35,46% e 26,22%) na 1ª, 3ª e 4ª colheita, respectivamente, e transbergamoteno (21,13%) na 2ª colheita como principal composto. Para a população nativa de Apiaí/SP e para as plantas cultivadas em Campinas/SP... / The general goal of the present study was to investigate Ocimum selloi Benth. populations from the standpoints of reproductive biology, genetic and essential oil chemical variability; in order to provide information for its safe use as medicinal and aromatic plant, for future breeding studies, the species cultivation and its preservation. Plant material was collected from the regions of Piquete and Apiaí, in the state of São Paulo; Colombo, state of Paraná and Camanducaia, state of Minas Gerais. The population variabiliy was studied by DNA polymorphism analysis using RAPD markers and the chemical diversity was investigated through composition analyses of the essential oils from leaves of natural and theis corresponding cultivated populations, using gas chromatography-mass spectrometry. The results revealed a strong genetic structure among the populations, so that it agrees with the differences in the chemical profile of the plants. Reproductive biology studies revealed the predominance of self-pollination, in accordance to the genetic variation data from the four populations (Apiaí/SP; Piquete/SP; Colombo/SP e Camanducaia/MG); therefore demonstrating that the diversity is among the populations (interpopulation variability). The chemical composition of the essential oils was divergent in the relative proportion of the major compounds; the native population in Piquete/SP exhibited germacrene D (26.22%) as the most abundant component, whereas its corresponding individuals grown in Campinas/SP presented elemicine (38.70%, 35.46% and 26.22%) at the 1st, 3rd and 4th harvesting season and trans- - bergamotene (21.13%) at the 2nd harvesting season as main compounds. The native population from Apiaí/SP and its corresponding cultivated plants in Campinas/SP presented elemicine (22.68%, 28.70% and 32.90%, respectively) as the ...(Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:34:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-05-05Bitstream added on 2014-06-13T20:25:38Z : No. of bitstreams: 1 nakatani_ak_dr_fca.pdf: 853202 bytes, checksum: df12fbbfd3cd127e44acff93e2b14eff (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Rhizoctonia solani Kuhn (teleomorfico: Thanatephorus cucumeris (Frank) Donk) e um fungo basidiomycota, fitopatogeno anamorfico com uma ampla gama de hospedeiros, incluindo mais de 500 generos de plantas. Causam doencas em varias culturas importantes no mundo, infectando sementes, raizes, folhas, hastes e frutos. A diversidade genetica de 274 isolados de Rhizoctonia spp. coletados, em diversas partes do mundo, foram caracterizados utilizando-se a analise de sequencia da regiao ITS1-5.8S rDNA-ITS2, para avaliar o grau de variabilidade genetica dentro e entre grupos de anastomose (AGs), incluindo os isolados padroes dos respectivos AGs. A arvore filogenetica gerada pela analise das sequencias da regiao ITS foi suportada por 66% gbootstrap h para a separacao em nove maiores grupos. De maneira geral, o agrupamento dos isolados de Rhizoctonia spp. ocorreu de acordo com os grupos de anastomose ja previamente determinados. A similaridade de sequencias entre isolados de mesmo hospedeiro, mas de diferente origem geografica foi elevada. Por exemplo, isolados de melao do Brasil e Espanha mostraram 97,2% de similaridade na regiao ITS1 e de 98,6 a 99,3 % na regiao ITS2. Isolados de batata do Brasil e da Espanha mostram similaridade de sequencia de 94%. Para melhorar a qualidade das sequencias da regiao ITS1-5.8S rDNA-ITS2 dos isolados CBS316.84 (Waitea circinata) e CBS569.83 (Ceratobasidium globisporum) foram gerados clones, e a analise das sequencias dos clones apresentaram variacao de 94,9 a 100 % de identidade 2 entre os clones do isolado CBS316.84 e de 91,9 ate 100 % para os clones do isolado CBS569.83. Os 44 isolados selecionados previamente, a partir do cladograma gerado da regiao ITS1-5.8S-ITS2 foram submetidos ao sequenciamento dos genes ATP sintase subunidade 6 mitocondrial (ATP6), fator de elongacao 1-alpha (EF-1 ¿), RNA polimerase 2 (RPB2) e a regiao ITS. As arvores filogeneticas baseadas na analise gneighbor-joining h geradas a partir das... / Rhizoctonia solani Kuhn (teleomorph: Thanatephorus cucumeris (Frank) Donk) is an anamorphic plant pathogenic basidiomycota fungus with a wide host range, including more than 500 genera of higher plants. Species cause disease in several important crops worldwide by infecting the seeds, roots, leaves, stems and fruits. Two hundred seventy four isolates from plant pathogenic fungus Rhizoctonia spp. collected worldwide was characterized using ITS1-5.8S rDNA-ITS2 sequence analysis to assess the degree of genetic variability within and among anastomosis groups (AGs), including tester isolates of the respective AGs. Within the ITS phylogenetic tree, there was support (66% bootstrap value) for the separation into nine major groups. In general the clustering isolates of Rhizoctonia species agreed with previously determined anastomosis groups. Nucleotide sequence similarity between isolates from the same host but from different geographic origin was high e.g. isolates from melon from Brazil and Spain showed from 97.2 % similarity in ITS1 region and 98.6 to 99.3 % in ITS2 region. Potato isolates from Brazil and Spain showed a sequence similarity about 94%. Several isolates from the same geographic origin were found closely related to different anastomosis groups such as isolates from potato, tomato, soybeans, beans, sugar beet and have been reported different symptoms around the world. Were generated cloning of ITS region from CBS 316.84 (Waitea circinata) and CBS 569.83 (Ceratobasidium globisporum) isolates to improve the sequence quality. The clones showed 94.9 to 100% and 91.9 to 100% identity respectively. Fourty four isolates were selected from the ITS1-5.8S rDNA-ITS2 phylogenetic tree for sequencing using the genes of ssembling the Fungal tree of Life (AFTOL) such as ATP 4 synthase subunit 6 mitocondrial (ATP6), elongation factor 1-alpha (EF-1 ¿) and RNA polymerase 2 (RPB2). The phylogenetic tree generated by sequences of EF-1 ¿ and RPB2 in general.

O gênero Paspalum L. compreende aproximadamente 400 espécies no mundo e cerca de 220 no Brasil. Paspalum é ecologicamente e economicamente importante e tem sido utilizado como pastagem. Paspalum notatum Flügge (grama-forquilha) é uma valorosa gramínea forrageira nos subtrópicos. Esta espécie consiste de vários biótipos sexuais (diplóides) e apomíticos (tetraplóides, ocasionalmente tri e pentaplóides). Neste trabalho, os Inter Simple Sequence repeat (ISSR) foram utilizados para acessar a diversidade genética da grama-forquilha (Paspalum notatum). Os tecidos vegetativos de 95 acessos de grama-forquilha foram obtidos de vários locais da América do Sul (Brasil, Argentina e Uruguai). Um total de 91 de fragmentos reproduzível ISSR foi observado. Oitenta e nove fragmentos (97,5% do total observado) foram polimórficos. A análise de agrupamento (UPGMA) foi realizada para o conjunto de dados ISSR. Os resultados ilustram as relações genéticas entre 95 acessos de Paspalum notatum. A comparação entre dados moleculares, morfológicos e nível de ploidia foi realizada. Em resumo, os marcadores moleculares ISSR mostraram-se eficientes para distinção dos genótipos analisados e observou-se uma variabilidade ampla para a espécie. Estes resultados adicionam novas informações sobre a diversidade genética em Paspalum notatum, conseqüentemente contribuindo para o conhecimento biológico desta espécie e fornecendo subsídios para futuros programas de melhoramento genético e para programas de conservação. / The genus Paspalum L. comprises approximately 400 species worldwide and about 220 in Brazil. Paspalum is ecologically and economically important, and has been very useful as pasture and Paspalum notatum Flügge (bahiagrass) is a valuable forage grass in the subtropics. This species consists of several sexual (diploid) and apomictic (tetraploid, ocasionally tri and pentaploids) biotypes. In this work, inter Simple Sequence Repeats (ISSR) markers were used to assess the genetic variability of a bahiagrass (Paspalum notatum) collection. Vegetative tissues of 95 bahiagrass accessions were obtained from various locations in South America (Brazil, Argentina and Uruguay). A total of 91 reproducible ISSR fragments were observed and eighty nine fragments (97.5% of the total observed) were polymorphic. Cluster analyses (UPGMA) were performed from the ISSR data set and the results illustrate the genetic relationships among the 95 accessions of Paspalum notatum. A comparison among molecular, morphological and ploidy levels data were done. ISSR markers were effective in distinguishing the genotypes analyzed, and a wide variability was observed for this species. These results add new information regarding the genetic diversity in Paspalum notatum, thus contributing towards the biological knowledge of this species, and providing with subsides for future plant breeding and conservation programs.

Um total de 8.961 amostras fecais coletadas de pacientes com diarréia aguda, no período de 1996 a 2006, no Estado de São Paulo foi testado para rotavírus por EIE. Destas, 20,0% foram positivas e posteriormente realizadas a caracterização dos rotavírus em genótipos G e P por nested RT-PCR. O genótipo G1 de rotavírus foi o mais freqüente, detectado em 35,2% das amostras, seguidos dos tipos G9, G2, G3, G4, infecção mista e G12. A associação mais freqüente foi a P[8]G1 e P[8]G9. Foi realizada a sequencia nucleotídica do gene 9 (VP7) de 38 rotavirus genótipo G1. Duas cepas foram analisadas dos anos de 1997, 1998, 2001 e 2002, três cepas dos anos 1996, 1999 e 2003, quatro cepas em 2000, sete cepas em 2004 e 2005, e cinco em 2006. Os 38 rotavírus G1 foram classificados em duas linhagens distintas, linhagem G1-I e linhagem G1-II. A linhagem G1-I foi detectada durante seis anos, 1996-1997, 2001-2002 e 2004-2006, e a linhagem G1-II foi detectada durante os anos de 1998-2001, e 2003-2005. Análises preliminares mostraram que Rotarix ® foi eficiente contra estas linhagens G1. / Rotavirus (RV) infections are recognized as a major cause of severe gastroenteritis in children worldwide. In March 2006, a monovalente P[8]G1, human RV vaccine (Rotarix® GlaxoSmithKline Biologicals) was introduced in Brazil into the routine childhood immunization schedule. Therefore, the study of genetic diversity among rotavirus strains before and after the introduction of this vaccine may be important for the development of vaccination strategies. A total of 8,961 fecal samples collected from patients with acute diarrhea, during the 11-year period surveillance in São Paulo State (1996 to 2006) were tested for rotavirus by ELISA. One thousand seven hundred eighty- four (1,784, 20.0%) were positive, and the characterization of the G and P genotypes was performed on 1,300 rotavirus samples by nested RT-PCR. The G1 type was the most prevalent rotavirus strain (35.2%). The second most prevalente was the G9 type (31.2%), followed by G2 (4.0%), G3 (3.5%), G4 (2.2%), mix infection (1.8%) and G12 (0.5%). The more frequent association was P[8]G1 and P[8]G9. We performed a sequence analysis of 38 P[8]G1 rotavirus strains, selected from a total of 341 P[8]G1.Two strains from 1997, 1998, 2001, and 2002 were analyzed; three strains from 1996, 1999, and 2003; four strains from 2000; seven strains from 2004, and 2005; and five strains from 2006. All 38 rotavirus G1 sequence in this study were found to be classified into two distinct lineages, lineage I with 44.7% (17/38) and lineage II with 55.3% (21/38). The G1I lineages were detected during six rotavirus seasons 1996-1997, 2001- 2002, and 2004-2006 whereas and lineage G1- II was detected during 1998-2001, and 2003-2005. Preliminary analyses 4 demonstrated that Rotarix® has been efficacious against these G1 lineages.

A recombinação durante a transcrição reversa é um fator importante no aumento da diversidade genética e adaptação do HIV-1, permitindo que mutações vantajosas presentes em diferentes linhagens sejam combinadas em um mesmo genoma. No Brasil, vários recombinantes foram descritos e seis formas recombinantes circulantes (CRFs) já foram identificados, demonstrando a relevância destes recombinantes na epidemia brasileira. Portanto, um dos objetivos desta tese foi analisar os dados gerados pela Rede de Diversidade Genética Viral (VGDN) (sequências parciais de gag, pol e env), a fim de identificar recombinantes inter-subtipos de HIV-1 e avaliar a frequência e distribuição geográfica destes vírus. Utilizando diferentes técnicas foram identificados 152/1083 pacientes portadores de recombinantes BF. A frequência destes recombinantes foi maior em cidades como São Vicente (30%) e Sorocaba (22,6%), sendo que os recombinantes circulantes em São Vicente foram geralmente relacionados às CRF28 e CRF29, enquanto que os vírus presentes na região de Sorocaba comumente apresentam um envelope subtipo F1, independente do subtipo nos demais genes. Além disso, o gene da integrase de 159 pacientes foi amplificado e sequenciado. A análise deste gene revelou mais 10 pacientes infectados com recombinantes BF e nenhuma mutação de resistência primária aos inibidores da integrase foi encontrada. O segundo objetivo foi isolar e caracterizar recombinantes BF in vitro. O isolamento viral foi realizado por co-cultivo e ao final foram obtidos 10 isolados primários. O sequenciamento do genoma quase completo desses dez isolados primários revelou que três isolados primários pertencem ao grupo da CRF28_BF, três ao grupo da CRF29_BF e quatro foram classificados como formas recombinantes únicas (URFs). Ainda, o uso de correceptores desses isolados foi avaliado in vitro em ensaios com as células GHOST(3), e revelou três duplo-trópicos (X4/R5) vírus, quatro CXCR4 (X4) e três isolados utilizaram apenas CCR5 (R5). Em suma, uma alta frequência de URFs foi encontrada em algumas cidades do Estado de São Paulo, e também foi desenvolvido e caracterizado um painel de isolados primários representando as CRF28_BF, CRF29_BF e algumas URFs. / Recombination during reverse transcription is an important factor promoting HIV-1 diversity and adaptive change, allowing advantageous mutations arising on different genomes to undergo linkage in the same progeny recombinant genome more frequently than what would be expected under random mutation alone. In Brazil, several recombinant viruses were reported, and six circulating recombinant forms (CRFs) have already been identified. Therefore, the first objective of this Thesis was to analyze the data generated by the Viral Genetic Diversity Network (VGDN) (gag, pol and env partial sequences), in order to identify HIV-1 intersubtype recombinants and evaluate the frequency and geographical distribution of these viruses. Using different techniques we identified 152/1083 patients harboring BF recombinants. The frequency of these recombinants was higher in cities like São Vicente (30%) and Sorocaba (22.6 %). The recombinant viruses circulating in São Vicente were generally related to CRF28 and CRF29, while those viruses circulating in Sorocaba commonly presented an envelope region of subtype F1, irrespective the subtype composition on the remaining genes. Additionally, the integrase gene of HIV-1 from 159 patients was further amplified and sequenced. The analysis of this viral gene revealed ten more patients infected with BF recombinants and no primary mutations related to integrase inhibitor resistance were found. The second objective was to isolate and characterize BF recombinants in vitro, which resulted in ten primary HIV-1 isolates. The near full-length genomes of these ten primary isolates revealed that three were related to CRF28_BF, three to CRF29_BF and four were unique recombinant forms (URFs), according to their breakpoints profile determined with the jpHMM program. Additionally, the coreceptor usage of these isolate was investigated in vitro using GHOST assays, which revealed three dual-tropic (X4/R5) viruses, four CXCR4 (X4) viruses and three CCR5 (R5) viruses. In sum, we report a high frequency of URFs in some cities of São Paulo State, and also developed a well-characterized panel of viruses representing CRF28_BF, CRF29_BF and URFs.