Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2016-08-30T13:58:28Z No. of bitstreams: 1 DIS_HELEN_LENTZ_RIBEIRO_BERNASIUK_PARCIAL.pdf: 429583 bytes, checksum: aa45bcb8a89ae2c282fcba10e19d734a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-30T13:58:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DIS_HELEN_LENTZ_RIBEIRO_BERNASIUK_PARCIAL.pdf: 429583 bytes, checksum: aa45bcb8a89ae2c282fcba10e19d734a (MD5) Previous issue date: 2016-03-21 / Questo lavoro ha l?obiettivo di fare l'analisi della libert? della ricerca scientifica in campo genetico e la necessit? di protezione dei dati genetici nell?ambito della legge brasiliana. Con il crescente progresso della scienza e della possibilit? di stoccaggio e scambio di dati, risulta sempre pi? difficile proteggere tali dati. Il problema si verifica perch? le informazioni genetiche si qualificano come sensibili e la possibilit? dell?individuo diventare vulnerabile a discriminazioni in varie situazioni e in diversi ambiti. Integrano come obiettivi specifici di questo lavoro, l'analisi del concetto di privacy e di protezione dei dati nel sistema giuridico brasiliano; la verifica dei dati genetici e le implicazioni legali nella conoscenza di questi dati. Alla fine, si ? cercato di valutare quali sono i possibili meccanismi di protezione dei dati genetici. ? stato scelto il metodo deduttivo e dialettico. Il metodo deduttivo, per essere questo metodo il modello di paradigma eletto al tema che ha avuto come premessa i diritti fondamentali previsti ed elencati nella legislazione brasiliana. La scelta del metodo dialettico si giustifica visto che questo tema ? oggetto di costante dibattito, essendo necessario confrontare le varie correnti dottrinali legate all?argomento, con la legge brasiliana, affinch? si possa fare l?analisi di ci? sotto diversi aspetti. La proposta di utilizzare i principi di prevenzione, precauzione e finalit?, nonch? l'osservanza di autodeterminazione informativa e l'importanza di un modello ampio di protezione dei dati integrano i risultati di questa ricerca. / O presente trabalho tem como objetivo a an?lise da liberdade de pesquisa gen?tica e a necessidade de prote??o dos dados gen?ticos no ?mbito do Direito brasileiro. Com o crescente avan?o das ci?ncias e da possiblidade de armazenamento e cruzamento de dados, mostra-se cada vez mais dif?cil a prote??o desses dados. A problem?tica se d? em raz?o das informa??es gen?ticas se qualificarem como sens?veis e a possibilidade de o indiv?duo se tornar vulner?vel ? discrimina??o em diversas situa??es e em distintas esferas. Integram como objetivos espec?ficos deste trabalho a an?lise do conceito de privacidade e de prote??o de dados no ordenamento jur?dico brasileiro, a verifica??o dos dados gen?ticos e as implica??es jur?dicas no conhecimento desses dados. Ao final, procurou-se avaliar quais os poss?veis mecanismos de prote??o dos dados gen?ticos. Escolheu-se o m?todo dedutivo e dial?tico. O m?todo dedutivo, por ser o modelo de paradigma eleito ao tema que teve como premissa maior os direitos fundamentais previstos e relacionados na legisla??o brasileira. A escolha do m?todo dial?tico justifica-se por este tema ser objeto de constantes debates, sendo necess?rio confrontar as diversas correntes doutrin?rias relacionadas ao assunto com a legisla??o brasileira, a fim de possibilitar a an?lise da problem?tica sob diversos aspectos. A proposta de utiliza??o dos princ?pios da preven??o, precau??o e finalidade, bem como a observ?ncia da autodetermina??o informativa e a import?ncia de um modelo geral de prote??o de dados integram os resultados desta pesquisa.

Submitted by Celso Magalhaes (celsomagalhaes@ufrrj.br) on 2017-05-17T15:27:59Z No. of bitstreams: 1 2015 - Daniel Zimmermann Mesquita.pdf: 1282998 bytes, checksum: 279462a122004962e8bfed1dd4735013 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-17T15:27:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015 - Daniel Zimmermann Mesquita.pdf: 1282998 bytes, checksum: 279462a122004962e8bfed1dd4735013 (MD5) Previous issue date: 2015-07-09 / The search for renewable energy sources such as biodiesel and ethanol, is a growing trend in Brazil and in the world due to lower environmental impacts. Among the plant species available to search, highlight the physic nut (Jatropha curcas L.), that it is a perennial species, deciduous and with great potential for biodiesel production due to their production characteristics and quality of oil . However, to date there is no available cultivars for planting, so the need for basic and applied research. Therefore, it is important to know the behavior of genotypes and several variables estimated in the culture, among these quotes to the related plant architecture. The objective of this study was a detailed study of the characteristics related to plant architecture, in order to know the diversity within and among 10 families of jatropha half brothers belonging to the Germplasm Collection UFRRJ through digital analysis images. The treatments (families) were arranged in a randomized design, with 15 replications (plants). Made to capture images, in the same measuring scale at the time the plants were in his deciduous period and subsequently through ImageJ software, the images were processed. It estimated the following variables related to plant architecture: plant height (ALT), stem diameter (DBC), crown diameter (DCO), number of branches to 50 cm (NR50), opening angle Canopy (AAB), the total number of forks in the plant (NBI), the average height of the forks (MAB), number of branches above (NRAcmab) and below (NRAbmab) of MAB, the sum length of the branches (SCR), area of the plant (APL). It was estimated also in the field, the number of fruits (NFR) and seeds (NSE), average seed weight (PMS) and grain yield per plant (PGP), and these were used only in correlation analysis with variables related to plant architecture. From these data were carried out analysis of variance, correlation, estimation of genetic parameters and analysis of diversity. Only the variable number of branches to 50 cm (NR50) was not statistically different between the evaluated progenies. ALT variables, DCO, NBI, NRAcmab, NRAbmab, SCR and APL had greater genetic influence at the expense of environmental, justifying the selection of these characteristics. The grain yield per plant (PGP) had low correlation with all variables, with SCR and NRAcmab showed the highest values respectively 0.24 and 0.20. The genetic diversity was estimated between families median ranging between 0.4 and 0.6. The diversity within families was medium to low with estimates families with more than 0.6 and less than 0.4, respectively, to the families 858, 355 and 869, and 346, 383 and 872. The number of bifurcations (NBI ), the flat area of the plant (APL) and the sum of the length of the branches (SCR) were the most important features in the estimation of diversity in this study, with the contribution of respectively 30.55%, 22.29% and 10, 65%. The family 872 showed favorable aspects related to plant architecture, such as the high average number of bifurcations (NBI) and, in general, the greatest genetic distance between the other families. Therefore, prior assessment for evidence of productive potential, family genotypes 872 may be involved in crosses when you want to explore heterosis culture. / A pesquisa por fontes renov?veis de energia, como o biodiesel e o etanol, ? uma tend?ncia crescente no Brasil e no mundo devido aos menores impactos ambientais causados. Dentre as esp?cies vegetais dispon?veis para pesquisa, destaca-se o pinh?o-manso (Jatropha curcas L.), que se trata de uma esp?cie perene, caducif?lia e com grande potencial para produ??o de biodiesel, devido a suas caracter?sticas de produ??o e qualidade de ?leo. Por?m, at? o momento n?o h? cultivares dispon?veis para o plantio, por isso a necessidade de pesquisa b?sica e aplicada. Neste sentido, ? importante conhecer o comportamento de gen?tipos e de diversas vari?veis estimadas na cultura, dentre estas cita-se ?s relacionadas a arquitetura de planta. Assim, o objetivo deste trabalho foi realizar um estudo detalhado das caracter?sticas referentes ? arquitetura de plantas, visando conhecer a diversidade entre e dentro de 10 fam?lias de meios-irm?os de pinh?o-manso pertencentes ? Cole??o de Germoplasmas da UFRRJ, atrav?s da an?lise digital de imagens. Os tratamentos (fam?lias) foram dispostos em delineamento inteiramente casualizado, com 15 repeti??es (plantas). Efetuou-se a captura das imagens, na mesma escala m?trica, no momento em que as plantas encontravam-se em seu per?odo caducif?lio, e posteriormente, atrav?s do Programa ImageJ, as imagens foram processadas. Estimou-se as seguintes vari?veis relacionadas a arquitetura de planta: altura das plantas (ALT), di?metro do caule (DBC), di?metro de copa (DCO), , n?mero de ramos aos 50 cm de altura (NR50), ?ngulo de abertura do dossel (AAB), n?mero de bifurca??es totais na planta (NBI), m?dia da altura das bifurca??es (MAB), n?mero de ramos acima (NRAcmab) e abaixo (NRAbmab) de MAB, somat?rio do comprimento dos ramos (SCR) e ?rea plana da planta (APL). Estimou-se tamb?m, no campo, o n?mero de frutos (NFR) e sementes (NSE), peso m?dio de sementes (PMS) e produ??o de gr?os por planta (PGP), sendo que estas foram utilizadas apenas nas an?lises de correla??o com as vari?veis referentes ? arquitetura de planta. A partir destes dados realizaram-se an?lises de vari?ncia, correla??es, estima??o de par?metros gen?ticos e an?lises da diversidade. Apenas a vari?vel n?mero de ramos a 50 cm (NR50) n?o foi estatisticamente diferente entre as prog?nies avaliadas. As vari?veis ALT, DCO, NBI, NRAcmab, NRAbmab, SCR e APL apresentaram maior influ?ncia gen?tica em detrimento da ambiental, o que justifica a sele??o nestas caracter?sticas. A produ??o de gr?os por planta (PGP) teve baixa correla??o com todas as vari?veis analisadas, sendo que SCR e NRAcmab apresentaram os maiores valores, respectivamente de 0,24 e 0,20. A diversidade gen?tica estimada entre fam?lias foi mediana, variando entre 0,4 e 0,6. A diversidade dentro de fam?lias foi mediana a baixa, havendo fam?lias com estimativas superiores a 0,6 e inferiores a 0,4, respectivamente, para as fam?lias 858, 355 e 869, e 346, 383 e 872. O n?mero de bifurca??es (NBI), a ?rea plana da planta (APL) e o somat?rio do comprimento dos ramos (SCR) foram as caracter?sticas mais importantes na estima??o da diversidade no presente trabalho, com a contribui??o de respectivamente 30,55%, 22,29% e 10,65%. A fam?lia 872 apresentou aspectos favor?veis relacionados ? arquitetura de plantas, como m?dia alta no n?mero de bifurca??es (NBI), bem como, de forma geral, a maior dist?ncia gen?tica entre as demais fam?lias. Portanto, mediante avalia??o pr?via para comprova??o do potencial produtivo, gen?tipos da fam?lia 872 poder?o ser envolvidos em cruzamentos quando se pretende explorar a heterose na cultura.

Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2016-12-06T16:15:51Z No. of bitstreams: 1 DIS_BRUNO_SILVEIRA_ADAMI_COMPLETO.pdf: 3612629 bytes, checksum: 63b867a36eb597783caf8d145a728bfe (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-06T16:15:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DIS_BRUNO_SILVEIRA_ADAMI_COMPLETO.pdf: 3612629 bytes, checksum: 63b867a36eb597783caf8d145a728bfe (MD5) Previous issue date: 2016-02-29 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / The number on the citations of resveratrol has been increased over the last decade. This increase is directly related to the versatility of compound, commonly known by the benefits of wine. Contiguous to resveratrol, another growing issue in the scientific community is the microbiota and its possible modulation by compounds with prebiotic action. It is well know that resveratrol does not have a consolidated mechanism of action, and large amounts of the compound are retained in the gastrointestinal tract, we analyze the influence of resveratrol ingestion and their metabolite in populations of specific bacteria. For the induction of intestinal dysbiosis, we used experimental model of type 1 diabetes in rats. The treatment with resveratrol was performed during thirty days with daily doses of 5, 10 and 20 mg.kg-1. The quantification of the metabolite and resveratrol was accomplished through UPLC-MS/MS (Ultra-Performance Liquid Chromatography-Electrospray Tandem Mass Spectrometry). Quantification of A. muciniphila, Bacteroidetes and Prevotella was carried out by qPCR (Polymerase Chain Reaction). The study demonstrated increased population of A. muciniphila, Bacteroidetes and Prevotella in both normal and diabetic rats trated with resveratrol. This increase presented nonlinear response. The metabolite production was dose-dependent, however, a significant increase was observed in healthy animals compared to diabetic rats. We also observed significantIt is also observed correlation between different bacteria and resveratrol metabolite in healthy and diabetic animals. In conclusion, our study show that treatment with resveratrol promote changes in the microbiota. Data also reveled an increase in bacterial populations very important for intestinal health, such as: A. muciniphila, Bacteroidetes in healthy and diabetic Wistar rats in nonlinear manner. / Os estudos sobre resveratrol t?m aumentado de forma not?vel nos ?ltimos anos. Este aumento est? diretamente relacionado com a versatilidade do composto, popularmente conhecido em decorr?ncia aos benef?cios do vinho. Contiguo ao resveratrol, outro assunto crescente na comunidade cient?fica ? a microbiota e sua poss?vel modula??o atrav?s de compostos com a??o prebi?tica. Sabendo-se que o resveratrol ainda n?o tem um mecanismo de a??o consolidado e, que grande quantidade do composto fica retida no trato gastrointestinal. O presente trabalho avaliou a influ?ncia da ingest?o de resveratrol e, seu metab?lito, dihidroresveratrol, em popula??es bact?rianas especificas. Para a indu??o da disbiose intestinal, foi utilizado um modelo experimental de diabetes tipo 1 em ratos. O tratamento com resveratrol foi realizado durante trinta dias, com doses di?rias de 5, 10 e 20 mg.kg-1. A quantifica??o dos metab?litos de resveratrol foi realizada atrav?s de UPLC-MS / MS (Ultra-Performance Liquid Chromatography-lectrospray Tandem Mass Spectrometry). A quantifica??o da A. muciniphila, Bacteroidetes e Prevotella ocorreu atrav?s de qPCR (Reaction Polimerase Chain). O estudo demonstrou aumento na popula??o de A. muciniphila, Bacteroidetes e Prevotella tanto em ratos normais, quanto em animais diab?ticos trados com resveratrol. Este aumento demonstrou uma resposta n?o linear. O metab?lito apresentou uma produ??o dependente da dose, no entanto, foi observado um aumento significativo nos animais saud?veis em rela??o aos ratos diab?ticos. Observaram-se tamb?m diferentes correla??es entre as Bact?rias e o metabolito do resveratrol em animais saud?veis e diab?ticos. Em suma, o presente estudo demonstra que o tratamento com resveratrol promove altera??es na microbiota. Foi observado aumento de popula??es bacterianas importantes para a sa?de intestinal, como: A. muciniphila, Bacteroidetes, em ratos Wistar saud?veis e diab?ticos, de maneira n?o linear.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:51:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 459291.pdf: 2043101 bytes, checksum: 4e24ba48e0e78b22fe2b62461eb9b386 (MD5) Previous issue date: 2014-03-24 / Genotyping of polymorphic short tandem repeats (STRs) loci is widely used in forensic DNA analysis. STR loci eventually present tri-allelic pattern as a genotyping irregularity and, in that situation, the doubt about the tri-allele locus calculation can reduce the analysis strength. Alleles at the TPOX STR locus have 6 14 different numbers of a four-nucleotide (AATG) repeat motif arranged in tandem. Although tri-allelic genotypes are generally rare, the TPOX tri-allelic pattern has a higher frequency, varying widely among populations. Despite this, there are few accurate reports to disclose the nature of the TPOX third allele. In this work we performed two studies: In the first one we present data obtained from 45 individuals belonging to the same pedigree, in which there were cases of tri-allelic TPOX genotypes. The subjects were apparently healthy with a normal biological development. We noticed six tri-allelic cases in this family, and all of them were women. Karyotype analysis showed no occurrence of partial 2p trisomy. All the tri-allelic cases had the genotype 8 10 11, probably due to three copies of the TPOX STR sequence in all cells (Type 2 tri-allelic pattern). Based on previous data we assumed an allele 10 as the TPOX third allele. The pedigree analyses show evidence that the TPOX extra allele was an allele 10, it is placed far from the main TPOX locus, and that there is a potential linkage of the TPOX extra-allele-10 with one marker on Xq. This was the first study that included a large pedigree analysis in order to understand the nature TPOX tri-allelic pattern. In the second study, we investigate whether there is a single third-extra allele in the TPOX tri-allelic pattern, what it is, and where it is. We looked for TPOX tri-allelic subjects in 75,113 Brazilian families. Considering only the parental generation (mother+father) we had 150,226 unrelated subjects evaluated. From this total, we found 88 unrelated subjects with tri-allelic pattern in the TPOX locus (0.06%; 88/150,226). Seventeen percent of these subjects (15/88) presented heterozygosis with peak imbalance, which we describe as a derived category to Clayton s Type 2 tri-allelic pattern (a higher peak of double dose homozygote plus a regular sized peak). In this paper we presented detailed data from 66 trios (mother+father+child; with true biological relationships) where the tri-allelic pattern was observed in the mother or in the father. In 39 of these families (39/66; 59%) the third-extra TPOX allele was transmitted either from the mother or from the father to the child. Our evidence indicated an allele 10 as the thirdextra TPOX allele, and it is on the X chromosome. The present data, which support the previous hypothesis, improve the knowledge about tri-allelic pattern of TPOX CODIS' locus allowing the use of TPOX profile in forensic analyses even when with tri-allelic pattern. This evaluation is now available for different forensic applications / A genotipagem de short tanden repeats ( STRs ) ? amplamente utilizada na an?lise de DNA forense, contudo eventuais ocorr?ncias de trialelias podem reduzir o poder da an?lise. Alelos do l?cus de STR TPOX tem de 6-14 n?meros diferentes do motivo de repeti??o em tandem de quatro nucleot?deos (AATG). Apesar dos gen?tipos tri-al?licos sejam geralmente raro, o padr?o tri-al?lico do TPOX tem uma alta freq??ncia, variando amplamente entre as popula??es. Apesar disso, h? poucos relatos precisos para divulgar a natureza do terceiro alelo do TPOX. Neste trabalho n?s realizamos dois estudos: No primeiro, apresentamos os dados obtidos a partir de 45 indiv?duos pertencentes ? mesma linhagem, em que houve casos de gen?tipos tri-al?licos do TPOX. Os indiv?duos foram aparentemente saud?vel, com um desenvolvimento biol?gico normal. Percebemos seis casos tri-al?licos nesta fam?lia, e todos eles foram em mulheres. A an?lise do cari?tipo mostrou nenhuma ocorr?ncia de trissomia parcial 2p. Todos os casos trial?licos tinham o gen?tipo 8-10-11, provavelmente devido a tr?s c?pias da seq??ncia do STR TPOX em todas as c?lulas (Padr?o tri-al?lico tipo 2). Com base nos dados anteriores, assumimos o alelo 10 como sendo o terceiro alelo do TPOX. As an?lises do pedigree mostraram evid?ncias de que o alelo extra do TPOX foi o alelo 10, ? localizado distante do l?cus principal do TPOX, e que existe um potencial de liga??o entre o alelo- extra-10 do TPOX com um marcador em Xq. Este foi o primeiro estudo que incluiu uma grande an?lise do pedigree, a fim de compreender a natureza do padr?o tri-al?lico do TPOX. No segundo estudo, investigamos se h? um ?nico terceiro extra-alelo no padr?o tri-al?lico do TPOX, o que ? ele, e onde est?. N?s pesquisamos por indiv?duos tri-al?licos no l?cus TPOX em 75.113 fam?lias brasileiras. Considerando apenas a gera??o parental (m?e + pai) tivemos 150.226 indiv?duos n?o relacionados avaliados. Desse total, encontramos 88 indiv?duos n?o relacionados com o padr?o tri-al?lico no l?cus TPOX (0,06%, 88/150, 226). Dezessete por cento destes indiv?duos (15/88) apresentaram heterozigoses com desbalan?o de picos, que descrevemos como uma categoria derivada do padr?o tri-al?lico de Clayton Tipo 2 (um pico mais alto de homozigoto dose dupla, mais um pico de tamanho regular). Neste trabalho, apresentamos dados detalhados de 66 trios (m?e + pai + filho; com verdadeiras rela??es biol?gicas) onde o padr?o tri-al?lico foi observado na m?e ou no pai. Em 39 destas fam?lias (39/66; 59%) o terceiro alelo-extra do TPOX foi transmitido tanto a partir da m?e ou do pai para a crian?a. Nossas evid?ncias indicaram o alelo 10 como sendo o terceiro alelo-extra do TPOX, e ele est? no cromossoma X. Os dados apresentados, os quais suportam as hip?teses anteriores, melhoram o entedimento sobre o padr?o tri-al?lico do l?cus TPOX do CODIS permitindo o uso do perfil TPOX em an?lises forense, mesmo quando com o padr?o tri-al?lico. Essa avalia??o est? agora dispon?vel para diferentes aplica??es forenses

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:51:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 459408.pdf: 1270061 bytes, checksum: a4594eb8c40c25e57008dc9d40066c93 (MD5) Previous issue date: 2014-02-24 / We evaluated haplotype and allele frequencies, as well as statistical forensic parameters, for 23 Y-chromosome short tandem repeats (STRs) loci of the PowerPlex?Y23 system (DYS19, DYS385a/b, DYS389I/II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, DYS448, DYS456, DYS458, DYS635, Y-GATA-H4, DYS481, DYS533, DYS549, DYS570, DYS576, DYS643) in a sample of 150 apparently healthy males, resident in south Brazil. A total of 150 different haplotypes were identified. The highest gene diversity was observed for the single locus marker DYS570 (GD = 0.7888) and for a two-locus system DYS385 (GD = 0.9009). We also examined 150 father-son pairs by the same system, and observed a total of 13 mutations were identified in the 3,450 father-son allelic transfers, with an overall mutation rate across the 23 loci of 3.768 x 10-3 (95% CI = 3.542 x 10-3 to 3.944 x 10-3). In all cases there was only one locus mutated with gain/loss of repeats in the son (5 one-repeat gains, and 7 one-repeat and 1 two-repeat losses); we observed no instances of mutations involving a non-integral number of repeats. / Foram avaliadas as frequ?ncias al?licas e haplot?picas, bem como os par?metros estat?sticos forenses, para 23 l?cus Short Tandem Repeat (STRs) de cromossomo Y presentes no kit comercial PowerPlex?Y23 system (DYS19, DYS385a/b, DYS389I/II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, DYS448, DYS456, DYS458, DYS635, Y-GATA-H4, DYS481, DYS533, DYS549, DYS570, DYS576, DYS643) em uma amostra de 150 homens saud?veis, residentes no sul do Brasil. Um total de 150 hapl?tipos diferentes foram identificados. A maior diversidade gen?tica foi observada para o marcador de l?cus ?nico DYS570 (GD = 0,7888) e para o l?cus duplo DYS385 (GD = 0,9009). Tamb?m foram analisados 150 de pares de pai-filho pelo mesmo sistema, e um total de 13 muta??es foram observadas em 3.450 transfer?ncias al?licas entre pais-filhos, com uma taxa geral de muta??o nos 23 l?cus de 3.768 x 10-3 (95% CI = 3.542 x 10-3 - 3.944 x 10-3). Em todos os casos foi encontrado apenas um l?cus mutado com ganho ou perda de repeti??es no filho (5 ganhos de repeti??o ?nica, 7 perdas de repeti??o ?nica e 1 perda de dupla-repeti??o). N?o foi observado nenhum caso de muta??o envolvendo um n?mero n?o integral de muta??es.

Submitted by Kelson Anthony de Menezes (kelson@ucb.br) on 2016-11-23T11:36:50Z No. of bitstreams: 1 DaivaDomenechTupinambaDissertacao2015.pdf: 12204296 bytes, checksum: db4048c47ac3f9f47171655f6bfb3e91 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-23T11:36:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DaivaDomenechTupinambaDissertacao2015.pdf: 12204296 bytes, checksum: db4048c47ac3f9f47171655f6bfb3e91 (MD5) Previous issue date: 2015-03-12 / The Amazon rainforest is home to huge diversity of macro-species. However, little is known about the microbial diversity. The effect of land-use after deforestation is of great importance in the development of public policies. The metagenome were extracted from soils of native forest and an adjacent cultivated area with oil palm and pyrosequencing of 16S rRNA genes of archaea communities present in those soils was used for phylogenetic characterization of the archaeal microbiota, in an unprecedented characterization of native Amazonian soil and soils cultivated with oil palm. All OTUs of the native forest soils and cultivated area with oil palm were classified into two phyla: Euryarchaeota and Thaumarchaeota. Thaumarchaeota phylum was predominant only in native forest. Euryarchaeota, especially methanogenic archaea, were prevalent in cultivated area with oil palm. Various genera involved in biogeochemical cycles, as AOA and methanogenic archaea, were identified in all samples. In native forest the genera with larger representation were Candidatus Nitrosotalea and Candidatus Nitrososphaera, AOAs. In the cultivated area with oil palm the genus with larger representation was Rice Cluster I. There is a direct correlation between levels of organic matter and total carbon and the diversity of archaea in Amazonian soils. In addition, anthropization also showed impact on this diversity. This is the first study to characterize the microbiota of archaea in Amazonian soils using specific primers and high-throughput sequencing. This work also characterize the archaeal communities in soils cultivated with oil palm with and without symptoms of Fatal Yellowing. The growth of world energy demand and concern with climate changes lead to a worldwide increase in the search for alternative sources of energy. Within this scenario, agroenergy presents itself as a viable alternative. However, there are still several limitations to the production of biofuels, such as efficiency and cost of the production process as well as the quality of the energy feedstock available. Palm oil is one of the most promising sources of oil for biodiesel production in Brazil, and the Fatal Yellowing (FY), a disease with unknown etiology, is limiting the use of palm. From the metagenome extracted from soils associated to oil palms with and without symptoms of FY was used pyrosequencing of 16S rRNA genes of archaeal communities for phylogenetic characterization, in an attempt of an association of some microorganism with FY, and an unprecedented characterization of soils cultivated with oil palms with and without FY. In the comparison among oil palms with and without FY symptoms, the three groups were different among then; group 8 showed higher diversity and had lower coverage. All groups presented two phyla: Thaumarchaeota and Euryarchaeota. There was prevalence of the second in all groups, with an increase in abundance of methanogenic archaea with FY. In the analysis of genera, significant differences between the groups were observed, especially for genera Rice Cluster I and Ca. Nitrosotalea, which showed an increase in abundance directly proportional to the increase of the FY symptoms. The genera Ca. Nitrososphera and Methanocella showed the opposite; a decrease in abundance with the increase of FY symptoms. However, it???s not possible to say that these genera are related to FY. This work is complementary to the study of bacterial microbiota of these soils, already performed; and the study of fungal microbiota, in progress. This is an unpublished study, which will contribute to future studies on the Fatal Yellowing. / A floresta Amaz??nica ?? ber??o de enorme diversidade de macroesp??cies. Entretanto, pouco se sabe sobre a diversidade microbiana. O efeito do uso da terra ap??s o desmatamento das florestas ?? de grande import??ncia no desenvolvimento de pol??ticas p??blicas. A partir do metagenoma extra??do do solo de mata nativa Amaz??nica e de uma ??rea adjacente cultivada com dendezeiros foi utilizado o pirosequenciamento do 16S rRNA das comunidades de arqueias presentes nesses solos para caracteriza????o filogen??tica e an??lise comparativa das comunidades de arqueias. Todas as OTUs dos solos de mata nativa e ??rea cultivada com dendezeiros foram classificadas em apenas dois filos: Euryarchaeota e Thaumarchaeota. O filo Thaumarchaeota foi predominante apenas na mata nativa, sendo Euryarchaeota, especialmente arqueias metanog??nicas, predominantes nos solos cultivados com dendezeiros. Diversos g??neros envolvidos com os ciclos biogeoqu??micos, como arqueias oxidadoras de am??nia e metanog??nicas, foram identificados nas duas amostras. Na mata nativa os g??neros classificados que apresentam a maior representa????o foram Candidatus Nitrosotalea e Candidatus Nitrososphaera, AOAs. J?? na ??rea cultivada com dendezeiros o g??nero de maior representa????o foi Rice Cluster I. Foi encontrada um correla????o direta entre os n??veis de mat??ria org??nica e carbono total e a diversidade de arqueias nos solos amaz??nicos. Al??m disso, a antropiza????o tamb??m apresentou impacto sobre essa diversidade. Este ?? o primeiro estudo de caracteriza????o da microbiota de arqueias em solos amaz??nicos usando primers espec??ficos e sequenciamento de alto desempenho. Este trabalho tamb??m caracterizou as comunidades de arqueias em solos cultivados com dendezeiros com e sem sintomas de Amarelecimento Fatal. O crescimento da demanda energ??tica mundial e preocupa????o com as mudan??as clim??ticas levou a um aumento da busca mundial por fontes alternativas de energia, o que est?? levando diversos pa??ses a buscarem na bioenergia uma alternativa. Entretanto, ainda existem diversas limita????es na produ????o de biocombust??veis, seja na efici??ncia e custo do processo produtivo, seja na qualidade das fontes energ??ticas dispon??veis. O dend?? ?? uma das fontes mais promissoras de ??leo para a produ????o de biodiesel no Brasil, sendo o Amarelecimento Fatal, doen??a com fator etiol??gico desconhecido, um limitante no uso do dend??. A partir do metagenoma extra??do dos solos associados a dendezeiros com e sem sintomas de AF foi utilizado o pirosequenciamento do 16S rRNA das comunidades de arqueias para caracteriza????o filogen??tica. Foi realizada uma an??lise comparativa das comunidades de arqueias de solos de dendezeiros com e sem sintomas de AF, numa tentativa de associa????o de algum microrganismo com essa doen??a. Na compara????o entre dendezeiros com e sem sintomas de AF, os tr??s grupos estudados diferiram entre si; o grupo 8 apresentou maior diversidade e obteve menor cobertura. Todos os grupos apresentaram dois filos: Thaumarchaeota e Euryarchaeota. Houve preval??ncia do segundo em todos os grupos, com aumento na abund??ncia de arqueias metanog??nicas com o AF. Na an??lise entre g??neros, foram observadas diferen??as significativas entre os grupos, especialmente para os g??neros Rice Cluster I e Ca. Nitrosotalea, que apresentaram um aumento em suas abund??ncias diretamente proporcional ao aumento dos sintomas do AF. Os g??neros Ca. Nitrososphaera e Methanocella apresentaram uma rela????o inversa; uma queda na abund??ncia com o aumento dos sintomas do AF. Entretanto, n??o se pode afirmar que estes grupos est??o relacionados ao AF. Este trabalho ?? complementar ao estudo da microbiota bacteriana desses solos, j?? realizado; e pelo estudo da microbiota f??ngica, em andamento. Trata-se de um estudo in??dito, que ir?? contribuir para os estudos futuros sobre o Amarelecimento Fatal.

Submitted by Kelson Anthony de Menezes (kelson@ucb.br) on 2016-11-23T12:14:00Z No. of bitstreams: 1 JessicaCarvalhoBergmannTeseparcial2013.pdf: 124515 bytes, checksum: 0d2877a5336a887b74ef27ed08081d9a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-23T12:14:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JessicaCarvalhoBergmannTeseparcial2013.pdf: 124515 bytes, checksum: 0d2877a5336a887b74ef27ed08081d9a (MD5) Previous issue date: 2013-10-07 / The necessity to be a self-suficient producer of fuels is stimulating research for alternative types of energy. Brazil, as well as other countries, is investing in this sector and in 2012 was the second largest biofuel producer in the world. Bioethanol production can double productivity with second generation technology in which bioethanol is produced from cellulose. Biodiesel production from oils using different feedstocks can also contribute for this independency in biofuels production, both locally and globally. This doctorate thesis is divided in two chapters, both attempting to make a contribution to the development of the biofuels sector in Brazil. The first chapter focuses on enzyme discovery for ethanol production from cellulose. The second chapter focuses on the characterization of the soil microbiota associated with oil palm plants with fatal yellowing, which has hindered the development of a biodiesel industry based on palm oil. The first chapter describes prospection for hydrolytic enzymes to be used for biomass deconstruction in second generation bioethanol production. Enzymes were screened from an Amazon soil large insert metagenomic library (30-50 kb). The library containing approximately 213,000 clones was functionally screened, and 15 clones with cellulolytic activity and 16 clones resistant to hydroquinone were identified. The sequences of these 31 clones and an additional 65 other random clones were obtained and analysed using the IMG/MER pipeline. In silico analysis identified several coding regions (CDS) that were amplified by PCR and cloned in expression vectors. The sequences for two beta-glucosidases enzymes, BGL17 and BGL18, were codon optimized before being expressed and purified. Characterization of both enzymes showed that the optimum temperature for BGL17 and BGL18 was 45oC and 40oC, respectively. The optimum pH for BGL17 and BGL18 was 6.0 and for 6.5, respectively. Half-life stability was approximately one hour for both enzymes. Regarding enzyme kinetics, BGL18 showed higher Vmax and Km (11 U/mg ?? 0.0011 and 0.36 mM ?? 0.01612) when compared to BGL17 (85 U/mg ?? 0.0028 and 0.30 mM ?? 0.017). Kcat was only calculated for BGL17 as 38.57 s-1 ?? 0.37 as the purification of BGL18 was not successfull. Chapter two aimed to study the soil bacterial diversity from oil palm trees affected by fatal yellowing disease (bud rot) in three different stages. The strategy used was pyrosequencing of the gene for the 16S ribosomal RNA (16S rRNA). Oil palm is an oilcrop produced in the north region of Brazil with hight oil yield, which makes it a good candidate for biodiesel production. However, oil palm trees are being affected by fatal yellowing (FY) for more than 20 years, but to this date no etiological agent was identified. Observation was reported where healthy palm tree were planted in the same spot as previously sick tree, developed FY after a period of time, suggesting that the disease could be transmitted by some microorganism in the soil. In this work, the gene for 16S rRNA was amplified from DNA extracted from soil of diseased oil palm trees (stages 5 and 8) and from plants with no symptoms of the disease and sequenced. Pyrosequencing originated 839,694 sequences. After artifacts and chimeras were removed, 498,397 sequences distributed in 9 samples (3 for each disease stage) remained to be analyzed. Sequences were analyzed using the Qiime pipeline (Quantitative Insights in Microbial Ecology) and taxonomic classification of sequences was obtained based on the RDP (Ribossomal Database Project). The most abundant phyla in the samples were Acidobacteria, Proteobacteria, Planctomycetes, Firmicutes and Verrucomicrobia. Alpha and Beta diversity were calculated and taxonomic comparisons were performed by STAMP software. Results showed that the bacterial communtiy associated with soils of diseaded plants on stage 5 (DCA5) and stage 8 had a higher number of observed OTUs than stage 0, as determined by the Chao1 phylogenetic diversity index. Beta-diversity analysis showed that the different biological replicates of soil from diseased plants of the same stage are significantly different, as shown in PCoA (Principal Coordenate Analysis). Taxonomic comparison showed more rare phyla associated to stages 5 and 8 of the disease. This work is the first to study the bacterial microbiota associated with soils of oil palm plants with and without symptoms of fatal yellowing with next generation sequencing. / A necessidade de produzir combust??veis para que futuramente haja independ??ncia na produ????o de energia, vem impulsionando pesquisas no setor de energias alternativas. O Brasil, assim como outros pa??ses emergentes, tem investido e ganhado espa??o neste cen??rio, sendo hoje o segundo maior produtor mundial de biocombust??veis. A produ????o de bioetanol, apesar de j?? bem estabelecida no pa??s, poder?? dobrar com a tecnologia de produ????o de etanol de segunda gera????o (a partir da biomassa). Al??m disso, com a produ????o de biodiesel a partir do ??leo de diferentes culturas oleaginosas poder?? contribuir para esta independ??ncia na produ????o de biocombust??veis localmente e globalmente. Esta tese est?? dividida em dois cap??tulos, ambos tratando como produto final a produ????o de biocombust??veis. O cap??tulo um teve como objetivo a prospec????o de enzimas hidrol??ticas para serem utilizadas durante o processo de hidr??lise enzim??tica e clones resistentes a produtos secund??rios formados durante o processo de pr??-tratamento na produ????o de etanol de segunda gera????o. Construiu-se uma biblioteca metagen??mica de grandes insertos (30-50 kb) em fosm??deo a partir de DNA da comunidade microbiana do solo amaz??nico. A biblioteca contendo aproximadamente 213.000 clones foi triada funcionalmente, identificando 15 clones com atividade celulol??tica e 16 clones resistentes ?? hidroquinona (produto t??xico a leveduras produzido durante o pr??tratamento). Estes 31 clones com atividade na triagem funcional, somados a outros 65 clones selecionados aleatoriamente, foram sequ??nciados e suas sequ??ncias depositadas no pipeline IMG/MER (JGI) onde foram anotadas. A an??lise computacional dos clones com atividades enzim??ticas permitiu a identifica????o de diferentes regi??es codificantes (CDs) que foram amplificadas por PCR e clonadas em vetores de express??o. Conseguiu-se a express??o de duas enzimas beta-glicosidases (BGL17 e BGL18) que tiveram suas sequ??ncias otimizadas antes de serem purificadas. A caracteriza????o destas enzimas mostrou que a BGL17 e BGL18 possuem uma temperatura ??tima de 45oC e 40oC, respectivamente, e um pH ??timo de 6 e 6,5, respectivamente, com estabilidade m??dia nestas condi????es em torno de uma hora. A BGL17 possui um valor de Vmax e Km de 85 U/mg e 0,30 mM ?? 0.017 enquanto a BGL18 possui os valores de Vmax e Km de 11,01 U/mg e 0,36 mM ?? 0,01612. O cap??tulo dois visou o estudo da microbiota de solo de dendezeiros acometidos pelo amarelecimento fatal (AF) em diferentes est??gios da doen??a utilizando como estrat??gia o pirosequenciamento do gene para 16S rRNA. A planta do dend?? ?? uma oleaginosa produzida principalmente no norte do Brasil e possui um alto rendimento de ??leo o que a torna uma boa candidata a produ????o de biodiesel. Por??m, o dendezeiros t??m sido acometidos pelo AF, sendo seu agente etiol??gico procurado h?? mais de 20 anos sem resultados conclusivos. Plantas sadias que foram replantadas no mesmo lugar de plantas doentes desenvolveram a doen??a, criando-se a hip??tese da transmiss??o do AF ocorrer pelo solo. Neste trabalho, realizou-se o pirosequenciamento do gene para 16S rRNA amplificado da comunidade bacteriana de uma amostra de solo da base de dendezeiros acometidos por AF em dois est??gios da doen??a (est??gio 5 e est??gio 8) e aparentemente sem doen??a (est??gio 0). O sequenciamento gerou 839.694 sequ??ncias que depois de retirados os artefatos totalizaram 498.397 sequ??ncias distribu??das em 9 pontos (3 para cada est??gio da doen??a). As sequ??ncias foram analisadas utilizando-se o programa Qiime (Quantitative Insights in Microbial Ecology) e sua classifica????o taxon??mica atribu??da de acordo com o RDP-II (Ribossomal Database Project). Os filos mais abundantes encontrados foram Acidobacteria, Proteobacteria, Planctomycetes, Firmicutes e Verrucomicrobia. An??lises de alfa e beta diversidade foram realizadas e compara????es taxon??micas foram feitas utilizando o programa STAMP (Statistical Analysis of Metagenomic Profiles). Os resultados mostraram que os pontos DCA5 (dendezeiros com AF no est??gio 5 da doen??a) apresentam maior quantidade de OTUs observadas em rela????o a diversidade filogen??tica e ??ndice de Chao1. As an??lises de beta-diversidade mostraram que os agrupamentos entre os pontos por sintomas da doen??a s??o significativamente diferentes. Compara????es taxon??micas mostraram uma maior presen??a de filos raros nos est??gios 5 e 8. Este trabalho foi o primeiro realizado tentando elucidar o causador do AF utilizando sequenciamento de ??ltima gera????o. Estes resultados ir??o contribuir para futuros estudos do Amarelecimento Fatal.

Submitted by Kelson Anthony de Menezes (kelson@ucb.br) on 2016-12-19T17:56:31Z No. of bitstreams: 1 SuzanaMeiraRibeiroTese2014.pdf: 4980549 bytes, checksum: df9c1eaadc1ba65bf7c17235d91dc3d7 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-19T17:56:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 SuzanaMeiraRibeiroTese2014.pdf: 4980549 bytes, checksum: df9c1eaadc1ba65bf7c17235d91dc3d7 (MD5) Previous issue date: 2014-05-19 / Multi-drug resistant Klebsiella pneumoniae that produce the enzyme K. pneumoniae carbapenemase (KPC) are becoming a common cause of infections in health care centers. Furthermore, Klebsiella can develop multicellular biofilms, which lead to elevated adaptive antibiotic resistance. Here, it was described the antimicrobial and anti-biofilm activities of synthetic cationic peptides against K. pneumoniae strains susceptible and carbapenens resistant through in vitro and in vivo assays. By using static microplate assays, it was observed that the concentration of the peptides IDR-1018, DJK-5 and DJK-6 required to prevent biofilm formation by these clinical isolates was below the minimum inhibitory concentration (MIC) of these peptides. Flow cell experiments confirmed the anti-biofilm activity of the peptides against 2 day-old biofilms of different KPC producing isolates and, in some cases, the peptides induced biofilm cell death. Combinations of DJK-6 together with ??-lactam antibiotics, including the carbapenem meropenem, also prevented planktonic growth and biofilm formation of KPC producing strain 1825971. Interestingly, the peptide DJK-6 was able to enhance, by at least 16-fold, the ability of meropenem to eradicate pre-formed biofilms formed by this strain. Although, this combination between meropenem, DJK-6 was effective in vitro, any reduction of bacterial load was observed in murine lung model of infection. Similarly, the peptides HHC-10, IDR-1018 e IDR-1002 was effective in vitro, but ineffective in vivo. The results in vivo, using the peptides HHC-10 and IDR-1018 after infection were contrasting (significant reduction or non-reduction of bacterial load) between two models of lung infection. Others approaches using the peptides IDR-1018 prophylactically or the peptide IDR-1002 (effective in inhibit bacterial growth) before the induction of the infection, as a preventive approach or IDR-1002 (peptide that reduced the bacterial counts in vitro) after infection, also was unable to reduce the bacterial load in lungs of mice. Despite ineffective in acute model of lung infection, the use of cationic peptides, such DJK-6, to potentiate the activity of ??-lactams including meropenem, represents a promising strategy to prevent biofilm formation or eliminate existent biofilms both in medical devices and in body surfaces. / Klebsiella pneumoniae resistente a m??ltiplos antibi??ticos, que produzem a enzima K. pneumoniae carbapenemase (KPC), est??o se tornando uma causa comum de infec????es em centros de cuidado a sa??de. Al??m disso, K. pneumoniae pode desenvolver biofilmes multicelulares, que levam o aumento da resist??ncia adaptativa a antibi??ticos. Aqui foi descrito a atividade antimicrobiana e antibiofilme de pept??deos cati??nicos sint??ticos contra isolados de K. pneumoniae suscept??vel e resistente a carbapenens em ensaios in vitro e in vivo. Usando ensaios de microplaca est??tico, foi observado que a concentra????o dos pept??deos IDR-1018, DJK-5 e DJK-6, requerida para prevenir a forma????o de biofilmes de isolados resistentes foi abaixo da concentra????o inibit??ria m??nima (CIM) desses pept??deos. Experimentos de fluxo de c??lula confirmaram a atividade antibiofilme dos pept??deos contra biofilmes pr??-formados de diferentes isolados de K. pneumoniae produtores de KPC e, em alguns casos, os pept??deos induziram morte celular. Combina????es de DJK-6 e antibi??ticos ??-lact??micos, incluindo o carbapenem meropenem, tamb??m preveniram o crescimento planct??nico e a forma????o de biofilmes do isolado produtor de KPC 1825971. Interessantemente, o pept??deo DJK-6 foi capaz de aumentar, em pelo menos 16 vezes, a habilidade de meropenem erradicar biofilmes pr??-formados desse isolado. Embora, essa combina????o tenha sido efetiva in vitro, nenhuma redu????o da carga bacteriana foi observada em modelo murino de infec????o pulmonar por K. pneumoniae. Os resultados dos pept??deos HHC-10 e IDR-1018 (os quais inibiram o crescimento bacteriano in vitro a concentra????o que apresentou baixa citotoxicidade) foram contrastantes entre os dois modelos de infec????o pulmonar (significando redu????o ou n??o redu????o da carga bacteriana). Outras abordagens utilizando os pept??deos IDR-1018 profilaticamente ou o pept??deo IDR-1002 (efetivo em inibir o crescimento bacteriano in vitro) ap??s a infec????o, tamb??m foram incapazes de reduzir a carga bacteriana em pulm??es de camundongos. Apesar da inefetividade em modelo agudo de infec????o pulmonar, o uso de pept??deos cati??nicos, tal como DJK-6, para potencializar a atividade de ??-lact??micos, incluindo meropenem, representa uma estrat??gia promissora para prevenir a forma????o de biofilmes ou eliminar biofilmes existentes tanto em equipamentos m??dicos quanto em superf??cies do corpo.

Submitted by Kelson Anthony de Menezes (kelson@ucb.br) on 2016-12-19T18:06:48Z No. of bitstreams: 1 RayaneLuziaViegasCamposDissertacao2015.pdf: 2888012 bytes, checksum: 8f9962ac7690fc08e072b81ccd8516db (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-19T18:06:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RayaneLuziaViegasCamposDissertacao2015.pdf: 2888012 bytes, checksum: 8f9962ac7690fc08e072b81ccd8516db (MD5) Previous issue date: 2015-03-31 / Biosurfactants are metabolites that contain both hydrophobic and hydrophilic domains and are produced by various microorganisms. Due to its characteristics such molecules localize preferable in the interface of polar and non-polar solvents. Biosurfactants are widely used in pharmaceutic, cosmetic, food and agriculture industries. Moreover, they are considered advantageous when compared to chemical ones because they are biodegradable and non-toxic. Currently one of the best known biosurfactant is the rhamnolipids. However, their utilization in large scale are still not possible due to its high production costs. Rhamnolipids are produced mainly by Pseudomonas aeruginosa and are composed by one or two molecules of L-rhamnose attached to a fatty acid molecule. This study aimed the construction of yeast expression vectors that will be used to construct a recombinant strain of Saccharomyces cerevisiae efficient in the production of L-rhamnose and mono-rhamnolipid using sucrose as substrate. For the construction of these vectors, six different genes, responsible for encoding both L-rhamnose and mono-ramnolipideos biosynthetic pathways enzymes described in P. aeruginosa (rmlA, rmlB, rmlC, rmlD, rhlA and rhlB), and one gene, responsible for the synthesis of a substrate break enzyme, described in Pelomonas sacchraphyla (sucrose phosphorylase) were utilized. The genetic engineering proposed in this study is innovative, and has never been done before. The production of rhamnolipid in large-scale at low costs will be highly beneficial for the development of national technologies for production of high value-added chemical. / Biossurfactantes s??o metab??litos produzidos por diversos microrganismos. Estes cont??m um dom??nio hidrof??lico e outro hidrof??bico, estando preferencialmente na interface de compostos polares e apolares. Devido ??s suas propriedades, os biosurfactantes s??o capazes de reduzir a tens??o de superf??cies tendo uma ampla aplica????o na ind??stria farmac??utica, cosm??tica, aliment??cia e agr??cola. O uso de biossurfactante em compara????o com os de origem qu??mica s??o considerados vantajosos, uma vez que s??o biodegrad??veis e n??o t??xicos. Atualmente um dos biossurfactantes mais conhecido e dispon??vel comercialmente s??o os ramnolip??deos. No entanto, a utiliza????o destas mol??culas em larga escala ?? prejudicada devido aos seus elevados custos de produ????o. Ramnolip??deos s??o produzidos principalmente por Pseudomonas aeruginosa e s??o constitu??dos por uma ou duas mol??culas de L-ramnose ligada a uma mol??cula de ??cido graxo. Assim, este estudo teve como objetivo a constru????o de vetores de express??o em levedura para posterior constru????o de cepas recombinantes de Saccharomyces cerevisiae visando a eficiente produ????o de L-ramnose e monoramnolip??deo a partir de sacarose. Para a constru????o desses vetores, foram utilizados seis genes, que codificam as enzimas respons??veis pelas vias de bioss??ntese de Lramnose e mono-ramnolipideos descritos em P. aeruginosa (rmlA, rmlB, rmlC, rmlD, rhlA e rhlB), e um gene, respons??vel pela s??ntese da enzima de quebra do substrato, descrito em Pelomonas sacchraphyla (sacarose fosforilase). A engenharia gen??tica proposta neste estudo ?? inovadora, e pela primeira vez realizada. Com a produ????o do ramnolip??deo em larga escala ?? um baixo custo de produ????o, beneficiar?? o desenvolvimento de tecnologias nacionais para produ????o de qu??micos de alto valor agregado.

Submitted by Verena Bastos (verena@uefs.br) on 2015-08-04T00:07:37Z No. of bitstreams: 1 dissertacao.RGV.2015.1.pdf: 1835460 bytes, checksum: 8d5b6650247801f1f7f07285b2eedfe0 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-08-04T00:07:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao.RGV.2015.1.pdf: 1835460 bytes, checksum: 8d5b6650247801f1f7f07285b2eedfe0 (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Searches related to evaluation and selection of native forages can contribute to improvement in feeding cattle in the Brazilian semiarid region, highlighting the Stylosanthes gender as an important source of forage species with great potential. This study aimed to perform morphoagronomic and cytogenetics Stylosanthes accessions, to contribute to studies that promote the inclusion of this legume in animal feed, seeking to characterize and select superior genotypes, and also select important in the characterization of germplasm of the species. To characterize morphoagronomic were evaluated 19 descriptors and of these, four were immediately discarded for not having variability among accessions, with the statistical analysis performed in the remaining 15 descriptors. The data were submitted to univariate and multivariate analyzes. Analysis of variance was performed only in quantitative descriptors NRP, CHP, Lfo, Cfo, ECAA, ECAS and CP, as to the qualitative descriptors CC, AC, PC, HC, CF, AF, PF and FF, descriptive analysis was performed. For cytogenetic characterization were obtained root tips used seed access Stylosantes 17, following the method described by War and Souza (2002). Scott and Knott test was performed for the grouping of averages, the descriptors were significant at (p ? 0.01) which allowed the formation of two groups, multivariate analysis was also performed by calculating the Mahalanobis distance using the method original Tocher, there is the formation of two groups. Group 1 consisted of 42 accesses and the group 2 only through access CPAC 4955. We observed the formation of four groups where the dendrogram also be noted that only the access CPAC 4955 did not group with any other access. This access, for long leaves that too, very thick stem and lack of body hair on the sheets. The descriptors evaluated by Singh test is observed that the main contributors to the diversity of genotypes were CP (11,64%) and NRP (10,98%) followed by HC (8,62%) and FF (8, 44%). By cytogenetic analysis were observed hits with 2n = 20 and 2n = 40 chromosomes, allowing differentiation of species S. scabra of S. seabrana with interphase nucleus of semirreticulado type, symmetrical karyotype with chromosome morphology ranging from the metacentric submetac?ntrica and size Average chromosomal around 2,5 microns. Differences were observed in the average length of the chromosomes and the total length of the genome. The analysis with double staining CMA3/DAPI enabled visualization of four CMA+ blocks, two CMA + blocks in subterminal region of the short arm of a chromosome pair submetacentric, and two blocks located in the proximal region of another metacentric pair in S. scabra, and still two blocks in the subterminal region of a metacentric pair in S. seabrana access. It was also possible to visualize DAPI and CMA+ bands in access CPAC 1261 and CPAC 5205. The accessions in this study were, in general, plants with semiereto growth habit, leaves with dark green color and hairiness, stem mostly quite branched. The differential staining of chromosomes, together with other cytogenetic markers, assists in characterizing germplasm collections access Stylosanthes spp. It was observed that there is genetic variability among the accessions studied the collection of Stylosanthes Embrapa Semi-Arid. / Pesquisas relacionadas a avalia??o e sele??o de forrageiras nativas podem contribuir para melhoria na alimenta??o dos rebanhos do Semi?rido brasileiro, destacando-se o g?nero Stylosanthes como uma importante fonte de esp?cies com grande potencial forrageiro. O presente trabalho teve por objetivo realizar caracteriza??o morfoagron?mica e citogen?tica de acessos de Stylosanthes, visando contribuir com estudos que promovam a inser??o desta leguminosa na alimenta??o animal, buscando caracterizar e selecionar gen?tipos superiores, e tamb?m selecionar descritores de import?ncia na caracteriza??o de germoplasma da esp?cie. Para caracteriza??o morfoagron?mica, foram avaliados 19 descritores e destes, quatro foram descartados imediatamente por n?o apresentarem variabilidade entre os acessos, sendo a an?lise estat?stica realizada nos 15 descritores restantes.Os dados foram submetidos ? an?lisesunivariadas e multivariadas. Foi realizada a an?lise de vari?ncia apenas nos descritores quantitativos NRP, CHP, Lfo, Cfo, ECAA, ECAS e CP, j? para os descritores qualitativos CC, AC, PC, HC, CF, AF, PF e FF, foi realizada analise descritiva. Para a caracteriza??o citogen?tica foram utilizadas pontas de ra?zes obtidas de sementes de 17 acessos de Stylosanthes, seguindo a metodologia descrita por Guerra e Souza (2002). O teste de Scott e Knott foi realizado para o agrupamento de m?dias, os descritores foram significativos a (p ? 0,01) o que possibilitou a forma??o de dois grupos, tamb?m foi realizada analise multivariadas pelo c?lculo da dist?ncia de Mahalanobis,utilizando o m?todo de Tocheroriginal,observa-se a forma??o de dois grupos.O grupo 1foi formado por 42 acessos e o grupo 2 apenas pelo acesso CPAC 4955. Observou-se a forma??o de quatro grupos onde no dendogramaobservar-se tamb?m que apenas o acesso CPAC 4955n?o agrupou com nenhum outro acesso.Este acesso apresentou folhas mais compridas que os demais, caule muito espesso e falta de pilosidade nas folhas. Dos descritores avaliados pelo teste de Singh observa-se que os que mais contribu?ram para a diversidade dos gen?tipos foram CP (11,64%) e NRP (10,98%) seguidos por HC (8,62%) e FF (8,44%). Atrav?s da an?lise citogen?tica observaram-se acessos com 2n=20 e 2n=40 cromossomos, permitindo a diferencia??o das esp?cies S. scabra da S. seabrana, com n?cleo interf?sico do tipo semirreticulado, cari?tipo sim?trico com morfologia cromoss?mica variando de metac?ntrica a submetac?ntrica e tamanho cromoss?mico m?dio em torno de 2,5 ?m.Foram observadas diferen?as no comprimento m?dio dos cromossomos e no comprimento total do genoma. A an?lise com dupla colora??o CMA3/DAPI permitiu a visualiza??o de quatro blocos CMA+, sendo dois blocos CMA+ localizados na regi?o subterminal do bra?o curto de um par cromoss?mico submetac?ntrico, e dois blocos localizados na regi?o proximal de outro par metac?ntrico em S. scabra, e ainda dois blocos na regi?o subterminal de um par metac?ntrico nos acessos de S. seabrana.Tamb?m foi poss?vel a visualiza??o de bandas DAPI+ e CMA- nos acessos CPAC 1261 e CPAC 5205.Os acessos avaliados neste estudo apresentaram,em geral,plantas com h?bito de crescimento semiereto, folhas com colora??o verde escura e com pilosidade, caule em sua maioria bastante ramificado. A colora??o diferencial de cromossomos, associados a outros marcadores citogen?ticos, auxilia na caracteriza??o de acessos de cole??es de germoplasma de Stylosanthes spp.Observou-se que h? variabilidade gen?tica entre os acessos estudados da cole??o de Stylosanthes da Embrapa Semi?rido.