Made available in DSpace on 2015-04-14T14:51:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 423608.pdf: 504079 bytes, checksum: fc36e6004509d573c3484797487fe665 (MD5) Previous issue date: 2010-03-31 / Os alelos encontrados no l?cus TPOX t?m diferentes n?meros de arranjos de repeti??es de tetranucleot?deo dispostos em tandem. Embora os gen?tipos trial?licos sejam geralmente raros, as altas freq??ncias al?licas do gen?tipo TPOX variam de popula??o para popula??o. Apesar de uma freq??ncia consider?vel de trialelia no l?cus da TPOX, existem poucos relatos precisos para identificar e/ou divulgar a natureza do alelo terceiro. Neste trabalho n?s apresentamos dados obtidos de 45 indiv?duos de uma mesma fam?lia, onde houve casos de trialelia no l?cus TPOX. Observamos que entre os 45 indiv?duos estudados todos se mostraram aparentemente saud?veis, com um desenvolvimento biol?gico normal. Constatamos seis casos de trialelia do TPOX nesta fam?lia, todos eles presentes em indiv?duos do sexo feminino. Na genealogia estudada, o padr?o tri-al?lico foi devido ? exist?ncia de tr?s c?pias da seq??ncia STR que ? positiva para o anelamento com os primers desenhados para reconhecer o l?cus TPOX. Identificou-se como uma trialelia do Tipo 2, a qual est? presente em todas as c?lulas do indiv?duo, e n?o em apenas um sub-grupo celular. Pela an?lise de cari?tipo, descartou-se a ocorr?ncia de trissomia parcial 2p. Todos os gen?tipos tri-al?licos foram compostos pelos alelos 8, 10 e 11. Foi observado que tanto o alelo 8 como o alelo 11 foram capazes de segregar independentemente. N?s sugerimos que o alelo 10 ? o alelo extra e que sua inser??o n?o est? em desequil?brio de liga??o com o l?cus da TPOX. Esse foi o primeiro estudo que incluiu uma an?lise de pedigree com a finalidade de entender a natureza de casos de trialelia do l?cus TPOX.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:51:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 434989.pdf: 1142086 bytes, checksum: a3159771198bb7762a52adf37be5227f (MD5) Previous issue date: 2011-08-29 / I offer this thesis, which is fulfill the purposes of the cooperation agreement between the Programa de P?s-Gradua??o em Biologia Celular e Molecular, PUCRS and Instituto Geral de Per?cias, State Security from Rio Grande do Sul, with the intention to establish a routine for molecular identification of human DNA from degraded to be functional and scientific basis. Even with the advances of commercial amplification kits and equipment for DNA extraction and genotyping, forensic samples remain challenging. With the occurrence of massive disasters or the increase in trace samples that will be part of the CODIS database, it is very important that forensic laboratories have the available markers to amplify fragments of small size and the use of miniSTRs may be an important tool for this purpose. The use of miniSTRs for the identification of degraded DNA samples and obtaining the allele frequency of six miniSTRs took place in samples from the population of Rio Grande do Sul for its use in forensics. The validation study was conducted as directed by the Scientific Working Group on DNA Analysis Methods (SWGDAM). The validation is to examine the robustness of miniPlex NC01 and NC02 in forensic cases. This study evaluated factors that potentially affect the results of genotyping obtained by amplification of STRs. The study of forensic samples of degraded DNA was performed with 22 samples of human remains (21 teeth and one bone). Due to the difficult amplification of such samples in forensic laboratories often is necessary to use the technique of sequencing of the mtDNA that is time consuming, costly and only indicates the maternal bond. Thus, the use of miniSTRs NC01 and NC02 in challenging samples proved to be a useful tool in generating human identification profile in all samples. The use of miniSTRs NC01 and NC02, in conjunction with other commercial kits with markers of small size will be of great assistance to the Forensic Scientists. With the study population as possible is the immediate use of these markers for forensic and criminal cases in the identification of family linkages, increasing the odds obtained by the statistical calculations. / Apresento esta tese, a qual vem atender aos prop?sitos do conv?nio de coopera??o entre o Programa de P?s-Gradua??o em Biologia Celular e Molecular da PUCRS e o Instituto Geral de Per?cias da Secretaria de Seguran?a do Estado do Rio Grande do Sul, na inten??o de estabelecer uma rotina de identifica??o molecular humana a partir de DNA degradado que seja funcional e que tenha embasamento cient?fico. Mesmo com os avan?os dos kits comerciais de amplifica??o de DNA e dos equipamentos para extra??o e genotipagem, as amostras forenses continuam sendo desafiadoras. Com a ocorr?ncia de desatres massivos ou com o aumento de amostras de vest?gios, que ir?o fazer parte do banco de dados CODIS, ? de extrema import?ncia que os Laborat?rios Forenses tenham a disposi??o marcadores que logrem amplificar fragmentos de tamanho reduzidos. O uso de miniSTRs ? uma ferramenta importante para esse fim. Tanto o uso de miniSTR para a identifica??o de amostras de DNA degradado quanto a obten??o da frequ?ncia al?lica de seis miniSTR foram realizados nas amostras de indiv?duos provenienstes da popula??o do Rio Grande do Sul. O estudo de valida??o foi realizado conforme orienta??o do Scientific Working Group on DNA Analysis Methods (SWGDAM), cujo objetivo foi examinar a robustez dos MiniPlex de miniSTR NC01 e NC02 em casos forenses. Neste estudo de valida??o foram testados fatores que potencialmente afetam negativamente as tentativas de genotipagens atrav?s da amplifica??o de STRs. O estudo do DNA degradado de amostras forenses foi realizado com 22 amostras de restos humanos (21 dentes e 1 osso). Devido ? difilculdade de amplifica??o deste tipo de amostras nos laborat?rios forense muitas vezes se faz necess?rio o uso da t?cnica do seq??nciamento do mtDNA que ? demorada, de elevado custo e que indica somente o v?nculo materno. Neste caso, o uso dos miniSTRs NC01 e NC02 para amostras dif?ceis se mostrou uma ferramenta plenamente eficiente, uma vez que permitiu a oben??o do perfil gen?tico em todas as amostras analisadas. Diante dos resultados do presente trabalho, ? poss?vel sugerir que o uso dos miniSTRs NC01 e NC02, em conjunto com outros kits comerciais de marcadores de tamanho reduzido, ser? de grande aux?lio para os Cientistas Forenses. Com o estudo populacional aqui realizado passa a ser poss?vel o emprego imediato destes marcadores nos casos forenses criminais e na identifica??o de v?nculos familiares, dado que aumentam os ?ndices obtidos atrav?s dos c?lculos estat?sticos.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:51:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 438710.pdf: 388887 bytes, checksum: 75275a00e6033933e4d572bb06d67de4 (MD5) Previous issue date: 2012-03-30 / Population data of seven short tandem repeat loci of the PowerPlex? CS7 were obtained from a sample of 401 individuals from Rio Grande do Sul (Southern Brazil). The loci are the two pentanucleotides STRs in the PowerPlex? 16 (PENTA D and PENTA E), an extra pentanucleotide (PENTA C), and four loci STR in the FFFL Fluorescent STR System (LPL, F13B, FES/FPS, and F13A01). Allele frequency and other forensically relevant statistics data were generated for these seven loci. All of the analyzed loci meet Hardy-Weinberg equilibrium expectations and no linkage disequilibrium were found, except for LPL locus. The observed and expected heterozygosity, power of discrimination and exclusion and polymorphic information content were calculated. The combined power of discrimination and combined power of exclusion were 0.999999987 and 0.998159054, respectively. Genetic distances between population from Rio Grande do Sul and other populations are presented. / Dados populacionais de sete loci Short Tandem Repeat do kit comercial PowerPlex? CS7 foram obtidos a partir de uma amostra de 401 indiv?duos do Rio Grande do Sul (sul do Brasil). Os loci s?o os dois pentanucleot?deos STRs do PowerPlex? 16 (PENTA D e PENTA E), um pentanucleot?deo extra (PENTA C), al?m dos quatro loci STR do kit comercial FFFL Fluorescent STR System (LPL, F13B, FES/FPS e F13A01). As frequ?ncias al?licas e outros dados estat?sticos de relev?ncia forense foram analisados. Todos os loci atenderam ?s expectativas de Hardy-Weinberg e n?o foram encontrados desequil?brios de liga??o, exceto para o locus LPL. A heterozigosidade observada e esperada, o poder de discrimina??o e exclus?o e o conte?do de informa??o polim?rfica foram calculados. O poder combinado de discrimina??o e o poder combinado de exclus?o foram de 0,999999987 e 0,998159054, respectivamente. As dist?ncias gen?ticas entre a popula??o do Rio Grande do Sul e outras popula??es foram apresentadas neste trabalho.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:51:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 444924.pdf: 1000917 bytes, checksum: f4d5f486dd1a714bf1f2ecdcc7d68781 (MD5) Previous issue date: 2012-08-30 / I offer this thesis, which serves the purposes of the Programa de P?s-Gradu??o em Biologia Celular e Molecular, PUCRS and Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superiror (CAPES), in order to corroborate the routine practice in forensic genetics. Fired cartridge cases are commonly present in crime scenes with firearms and sometimes they are the only evidence available for the elucidation of a fact, which makes them investigation key players. To load a firearm the individual has to touch the ammunition, resulting in deposition of epithelial cells on the surface of the cartridges. However, in forensic genetic laboratories routine, DNA tests are not required for these signs as often as they are found. The reason for the underuse of these materials is the low concentration and high rate DNA degradation wich occurs due to overheating of the cartridge that can reach 1800oC. Besides that, the inhibition of PCR, few reports of success in obtaining genetic profiles from fired cases and the scarce verifying feasibility studies of these samples are factors that discourage this practice. In order to corroborate the genetic research routine, we have established a partnership between the sectors of Instituto Geral de Per?cias do Rio Grande do Sul (IGP/RS) Forensic Genetics and Ballistics and Laborat?rio de Gen?tica Humana e Molecular da PUCRS (LGHMPUCRS). The present study developed a controlled research to obtaining and analysis of nuclear DNA from fired cartridge cases. The study was based on standard protocols and/or indicated by the Forensic Science Department of Virginia. This study demonstrated that is possible to use fired, or not, cartridge cases as source of DNA to identify individuals who involved with its handle. However, considering the limited efficiency, the restricted effectiveness and the cost-benefit, means that the DNA analysis strategy from cells left in cartridges/cases is not priority in forensics lab routine. But, in many situations it could be the only option to investigators and, at this moment, our results and protocols herein will have main importance. This study concluded that following protocols here presented it is possible to produce data for human identification. The use of these protocols and their results will be definitive when used as an additional part of a police investigation and/or as evidence in criminal proceedings / Apresento esta disserta??o, a qual atende aos prop?sitos do Programa de P?s- Gradua??o em Biologia Celular e Molecular da PUCRS e da Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superiror (CAPES), com o prop?sito de corroborar com a rotina de pr?ticas em gen?tica forense. Estojos resultantes da deflagra??o de cartuchos s?o vest?gios comumente presentes em cenas de crime com armas de fogo e, por vezes, ?nicos ind?cios de que se disp?e para a elucida??o de um fato, o que os torna pe?as chave em uma investiga??o. Ao municiar uma arma de fogo ? necess?rio que o indiv?duo toque a muni??o, resultando na deposi??o de c?lulas epiteliais na superf?cie dos cartuchos. Entretanto, na rotina de laborat?rios de gen?tica forense, testes de DNA n?o s?o requeridos para estes ind?cios com tanta frequ?ncia quanto s?o encontrados. A justificativa para a subutiliza??o destes materiais ? a baixa concentra??o e a alta taxa de degrada??o do DNA, que ocorre devido ao superaquecimento do cartucho que pode chegar a 1800oC, al?m disso, a inibi??o da PCR, os poucos relatos de sucesso na obten??o de perfil gen?tico a partir de estojos deflagrados e os ex?guos estudos que verificam a viabilidade de amostras como estas, s?o fatores que desestimulam esta pr?tica. Com o intuito de corroborar com a rotina de investiga??o gen?tica, estabeleceu-se uma parceria entre os Setores de Gen?tica Forense e de Bal?stica Forense do Instituto-Geral de Per?cias do Rio Grande do Sul (IGP/RS) e o Laborat?rio de Gen?tica Humana e Molecular da Faculdade de Bioci?ncias da Pontif?cia Universidade Cat?lica do Rio Grande do Sul (LGHMPUCRS). O presente estudo desenvolveu uma pesquisa controlada para obten??o e an?lise de DNA nuclear oriundos de estojos de cartuchos deflagrados. O estudo de foi realizado adaptando-se protocolos padr?o e/ou indicados pelo Departamento de Ci?ncias Forenses da Virg?nia. Este estudo demonstrou que ? poss?vel utilizar estojos deflagrados ou n?o, como fonte de DNA com a finalidade de identificar os envolvidos com o seu manuseio. Contudo, considerando o rendimento limitado, a efic?cia restrita e, sobretudo, o custo-benef?cio, entende-se que a estrat?gia de an?lise de DNA oriundo de c?lulas deixadas em cartuchos/estojos n?o seja a priorit?ria na rotina do Laborat?rio Forense. Mas, em muitas situa??es, essa pode ser a ?nica op??o dos investigadores e, nesse momento, nossos resultados e protocolos aqui apresentados ter?o import?ncia fundamental. Com este estudo conclu?mos que seguindo os protocolos aqui apresentados ? poss?vel produzir dados para fins de identifica??o humana. O uso destes protocolos, e de seus resultados, poder? ser definitivo quando usados como elemento adicional de um inqu?rito policial e/ou como prova em um processo penal

Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2015-04-17T14:02:19Z No. of bitstreams: 1 467447 - Texto Parcial.pdf: 81133 bytes, checksum: 8afb88e4faf756bfe1219d2e37648ae8 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-17T14:02:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 467447 - Texto Parcial.pdf: 81133 bytes, checksum: 8afb88e4faf756bfe1219d2e37648ae8 (MD5) Previous issue date: 2014-11-28 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / The present study was developed in the area of concentration and Criminal Violence System in research-Criminal Legal Systems Contemporary line, aims to analyze the use of DNA in the criminal justice process. Divide the approach of the object in three parts in terms of truth, science and process, discussing points as the game rules in criminal proceedings, the right to defense, characteristic points of proportionality, called the real truth and its related technology genetic / scientific truth and deeper details of the characteristics, structure and function of DNA. Also, addressing himself particulars relating bodily interventions, the evaluation of scientific evidence and the free-motivated conviction of the judge. Finally, treated of aspects involving the constitutionality and the proportionality of Law n? 12.654/12 - Law of criminal genetic identification - but also, its vicissitudes and gaps, pointing to the consequences that this legislative product can lead this historic moment Brazilian criminal procedure. / O presente trabalho, desenvolvido na ?rea de concentra??o Sistema Penal e Viol?ncia, na linha de pesquisa Sistemas Jur?dico-Penais Contempor?neos, ambiciona analisar o emprego do DNA no processo penal brasileiro. Divide-se a abordagem do objeto em tr?s partes na perspectiva da verdade, da ci?ncia e do processo, discutindo pontos como as regras do jogo no processo penal, o direito de defesa, pontos caracter?sticos da proporcionalidade, a chamada verdade real e sua tecnol?gica correlata verdade gen?tica/cient?fica, bem como detalhes mais aprofundados das caracter?sticas, estrutura e fun??o do DNA. Tamb?m, abordam-se particularidades atinentes as interven??es corporais, a valora??o da prova cient?fica e o livre convencimento motivado do julgador. Por ?ltimo, tratou-se de aspectos envolvendo a constitucionalidade e a proporcionalidade da Lei n?12.654/12, - lei de identifica??o gen?tica criminal - como tamb?m, suas vicissitudes e lacunas, assinalando para as consequ?ncias que este produto legislativo pode acarretar neste momento hist?rico processual penal brasileiro.

Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2015-05-14T11:12:13Z No. of bitstreams: 1 468517 - Texto Completo.pdf: 6892081 bytes, checksum: c5aa659f71c5093d831d4810c3ab482c (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-14T11:12:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 468517 - Texto Completo.pdf: 6892081 bytes, checksum: c5aa659f71c5093d831d4810c3ab482c (MD5) Previous issue date: 2014-08-27 / The understanding of gene function in the externally visible characteristcs (EVC) expression has several uses in human population evolution studies or in forensic investigations. To this last, some effort has been done to discover an efficient and easy model for prediction of skin and eye color in humans. The obvious advantage of the prediction of such EVCs through the use of DNA is to be incorporated as routine in forensic labs and to be applied to police investigations. In our study we combined the genotyping of eight SNPs in pigment-related genes (rs4778138 - OCA2; rs12913832 - HERC2; rs16891982 - SLC45A2; rs8045560 - MC1R; rs1426654 - SLC24A5; rs2733832 - TYRP1; rs1042602 - TYR; rs916977 - HERC2) with different analytical approaches. Considering this SNP panel we evaluated allele frequencies from HAPMAP and ALFRED data obtained from subjects with High Melanin Content (HMC; from African populations), and Low Melanin Content (LMC; from European populations) and defined the alleles H (to predict HMC subjects) and alleles L (to predict LMC subjects). The cumulative distribution of alleles H and alleles L in two phenotypically different color groups of 134 South Brazilian subjects showed that 82% of HMC subjects (N = 61) had eight or more allele H and 100% of LMC subjects (N = 73) had less than eight allele H, with accuracy value of 96.3%. We performed other analyses using AUC (Area Under the Receiver Operating Characteristic Curve), PGL (Calculation of Pathway Genetic Load), and GP (Genetic Probability) approaches. The AUC was 0.99 in predicting both HMC and LMC phenotypes; PGL showed the eight SNPs panel had 93% of concordance between genotype and HMC or LMC phenotypes; and GP approach showed 91% of concordance between prediction and HMC or LMC phenotypes. Our high-throughput genotyping technology combined with different analytical approaches reached very high accuracy to predict the extreme phenotypes of human pigmentation. We believe this forensic DNA phenotyping (FDP) technique would be particularly useful in cases in which the genetic profiles of crime scenes were not found in the DNA data banks or to help classify degraded cadavers skeletons, or biological clues of dismissed people. / A compreens?o da fun??o e express?o dos genes envolvidos nos tra?os externamente vis?veis (EVC; do ingl?s externally visible characteristics) t?m sido amplamente utilizada em v?rios estudos de evolu??o humana e investiga??es forenses. Para este ?ltimo prop?sito, v?rios esfor?os t?m sido feitos para descobrir um modelo eficiente e f?cil para a predi??o da cor da pele e dos olhos em seres humanos. A vantagem ?bvia da predi??o de tais EVCs, atrav?s da utiliza??o do DNA, ? sua incorpora??o na rotina em laborat?rios forenses, sendo assim aplicada em investiga??es policiais. Em nosso estudo, relacionamos o gen?tipo de oito SNPs em genes relacionados com a pigmenta??o (rs4778138 - OCA2; rs12913832 - HERC2; rs16891982 - SLC45A2; rs8045560 - MC1R; rs1426654 - SLC24A5; rs2733832 - TYRP1; rs1042602 - TYR; rs916977 - HERC2) com diferentes abordagens anal?ticas. Este painel de SNPs considerou as frequ?ncias al?licas obtidas de dados do HapMap e Alfred a partir de indiv?duos com Alto Conte?do de Melanina (HMC; do ingl?s High Melanin Content; a partir de popula??es africanas), e Baixo Conte?do de Melanina (LMC; do ingl?s Low Melanin Content; a partir de popula??es europeias) e definiu os alelos H (para predizer os HMC) e alelos L (para predizer os LMC). A distribui??o cumulativa dos alelos H e L nos dois grupos com caracter?sticas de pigmenta??o fenotipicamente distintas, dos 134 indiv?duos da nossa popula??o, mostrou que 82% dos indiv?duos HMC (N = 61) tinham oito ou mais alelos H e 100% dos indiv?duos de LMC (N = 73) tinham menos de oito alelo H, com o valor de precis?o de 96,3%. Outras abordagens como AUC (do ingl?s; Area Under the Receiver Operating Characteristic Curve), c?lculo de PGL (do ingl?s; Pathway Genetic Load) e GP (do ingl?s; Genetic Probability) foram realizadas. A an?lise AUC foi de 0,99 tanto para a predi??o fenot?pica dos HMC quanto LMC; as an?lises PGL, para o painel com 8 SNPs, teve 93% de concord?ncia gen?tipo-fen?tipo nos HMC ou LMC; e a abordagem GP mostrou 91% de concord?ncia para predi??o dos fen?tipos HMC e LMC. Nossa tecnologia de genotipagem de alto rendimento, combinada com diferentes abordagens anal?ticas, chegou a uma precis?o muito alta para predizer os fen?tipos extremos de pigmenta??o humana. Acreditamos que esta t?cnica de fenotipagem forense pelo DNA (FDP; do ingl?s forensic DNA phenotyping), seria particularmente ?til nos casos em que os perfis gen?ticos de locais de crime n?o fossem encontrados no bancos de dados de DNA ou para ajudar a classificar cad?veres degradados, esqueletos, ou vest?gios biol?gicos de pessoas desaparecidas.

Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2015-07-15T14:17:46Z No. of bitstreams: 1 472306 - Texto Completo.pdf: 801698 bytes, checksum: 626a3d4510251f50c8f5b4a071c6c979 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-15T14:17:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 472306 - Texto Completo.pdf: 801698 bytes, checksum: 626a3d4510251f50c8f5b4a071c6c979 (MD5) Previous issue date: 2015-03-27 / Insular populations have always been the subject of interest for ecological and genetic studies. The insular Cavia intermedia is one of the rarest mammals in the world, with an average census size of about 40 individuals, corroborated by an extremely low genetic diversity and effective population size (Ne). Here, we used restricted site-associated DNA sequencing (RAD-seq) to obtain genome wide sequence data of C. intermedia and its continental sister species, C. magna to study their molecular diversity and demographic history. We have generated approximately 10 millions of useable reads of 300 bp for 20 individuals each of both species. However, both using the Cavia porcellus draft genome as a reference or de novo approaches and applying stringent filters for quality and missing data, only about a hundred loci could be used. This final dataset generated widely different molecular diversity and divergence time values between methods of analyses, some compatible with the previous studies (e.g., Ne ~60 for C. intermedia) but some with significantly larger values. We suggest that to obtain a high quality and very informative dataset it would be necessary to significantly increase the sequence data as well as apply other assembly approaches. / Popula??es insulares sempre tem sido objeto de interesse para estudos gen?ticos e ecol?gicos. A esp?cie insular Cavia intermedia ? um dos mam?feros mais raros no mundo, com um tamanho de censo populacional de aproximadamente 40 indiv?duos, corroborado por uma diversidade gen?tica e tamanho populacional efetivo (Ne) extremamente baixos. Aqui, n?s usamos sequenciamento de DNA associado a s?tios de restri??o (no ingl?s, RAD-seq) para obter dados de sequencias ao longo do genoma de C. intermedia e sua esp?cie-irm? continental, C. magna, para estudar sua diversidade molecular e hist?ria demogr?fica. N?s geramos um total de 10 milh?es de reads de 300 bp para 20 indiv?duos de cada esp?cie. Entretanto, mesmo usando o genoma de Cavia porcellus como refer?ncia ou abordagem de novo e aplicando filtros rigoroso para qualidade e dados faltantes, apenas uma centena de loci puderam ser usados. Este conjunto final de dados gerou valores de diversidade molecular e tempo de diverg?ncia amplamente diferentes entre os m?todos de an?lise, alguns compat?veis com estudos anteriores (e.g., Ne ~60 para C. intermedia) mas alguns com valores significativamente maiores. N?s sugerimos que para obter um conjunto de dados de alta qualidade e muito informativo seria necess?rio aumentar significativamente os dados de sequ?ncia bem como aplicar outras abordagens de montagem.

Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2015-08-24T11:48:55Z No. of bitstreams: 1 473894 - Texto Completo.pdf: 1659057 bytes, checksum: 383308bc4b42bc590384f39d9acfbe42 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-08-24T11:48:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 473894 - Texto Completo.pdf: 1659057 bytes, checksum: 383308bc4b42bc590384f39d9acfbe42 (MD5) Previous issue date: 2015-03-04 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / The Galapagos fur seal, Arctocephalus galapagoensis, shows one of the most restricted species distribution range under the Otariidae family, with its distribution restricted to northwest of Galapagos Islands. Among the major threats to the conservation of Galapagos fur seals was the exploitation, that almost drove the species to extinction in the early nineteenth century due to the high economic and subsistence value of its skin and blubber. Currently, the species faces frequents events of El Ni?o that affect the base of the food chain in the equatorial Pacific Ocean, consequently the predatory and top predatory species like the fur seals. Both hunting and El Ni?o events led the species to Red List of Endangered Species of International Union for Conservation of Nature, indicating a ?50% of population in the last 30 years. However, until now, there are no studies related to conservation problems and genetic variability and how genetic variability is represented in the space along the distribution range of Galapagos fur seal. To access the information about genetic diversity, population structure and demographic oscillation as well as how genetic variability is represented in the space we used molecular techniques applying two kinds of markers: a mitochondrial marker (control region, maternal inheritance) and nuclear marker (18 microsatellites loci, bi parental inheritance). The fur seals were sampled in the three major Galapagos fur seals colonies: Cape Hammond (Fernandina Island), Banks Bay (Isabela Island) and Cape Marshall (Isabela Islands). Our results showed that there is a strong female natal fidelity with 33.9% of mtDNA occurring among partitioned colonies. In this sense, this natal philopatry, was converted in fine-scale matrilineal population structure. In the other hand, the population structure inferred by nuclear loci was week. This suggests that males are the main responsible by gene flow among sampled localities, even in a highly mobile species like Galapagos fur seal. Here we discuss the importance of natal philopatry and fine-scale matrilineal population structure of Galapagos fur seal species and their implications for management and conservation in the one of the most representative wildlife sanctuaries, the Galapagos archipelago. / O lobo-marinho-de-Gal?pagos, Arctocephalus galapagoensis, apresenta uma das mais restritas distribui??es geogr?ficas dentro da fam?lia Otariidae, distribuindo-se especialmente ? regi?o noroeste das Ilhas Gal?pagos. Entre as principais amea?as ? conserva??o da esp?cie est? a ca?a, respons?vel pela quase extin??o da esp?cie no in?cio do s?culo XIX, devido ao alto valor econ?mico e de subsist?ncia da pele e gordura destes animais; e tamb?m os recorrentes eventos do fen?meno El Ni?o, o qual afeta toda a base da cadeia tr?fica do Pac?fico equatorial e, por consequ?ncia, as esp?cies predadoras e de topo de cadeia tr?fica como o lobo-marinho-de-Gal?pagos. Tanto a ca?a, quanto os recorrentes eventos de El Ni?o, levaram a esp?cie ? Lista Vermelha de Esp?cies Amea?adas de Extin??o da Uni?o Internacional para a Conserva??o da Natureza (do ingl?s IUCN), indicando que houve ?50% de redu??o populacional observada nos ?ltimos 30 anos. No entanto, at? o momento, n?o h? estudos que verificaram poss?veis efeitos dos problemas mencionados sobre a variabilidade gen?tica da esp?cie, nem como esta variabilidade est? representada espacialmente ao longo da ?rea de distribui??o do lobo-marinho-de-Gal?pagos. Para obter as informa??es de diversidade gen?tica, estrutura??o populacional e para verificar poss?veis oscila??es demogr?ficas, bem como verificar como a variabilidade est? distribu?da no espa?o n?s utilizamos de t?cnicas moleculares, aplicando o uso de dois tipos de marcadores de DNA: um mitocondrial (mtDNA - de heran?a exclusivamente materna), atrav?s da aplica??o de parte da regi?o controladora, e outro nuclear (heran?a bi-parental), atrav?s da aplica??o de 18 loci de microssat?lites de DNA em amostras coletadas nas tr?s maiores col?nias da esp?cie: Cabo Hammond (Ilha Fernandina), Ba?a Banks (Ilha Isabela) e Cabo Marshall (Ilha Isabela). Verificamos com nossos resultados que mesmo as col?nias analisadas estando distante cerca de 70 Km h? uma forte fidelidade das f?meas ao s?tio de nascimento, com 33,9% da varia??o no mtDNA estando particionada entre col?nias. Por outro lado, a estrutura populacional inferida atrav?s dos loci nucleares foi fraca. Nossos resultados al?m de mostrar uma forte fidelidade das f?meas ao s?tio de nascimento, mostrou que os machos s?o os principais respons?veis pelo fluxo g?nico e que a fidelidade ao s?tio de nascimento das f?meas pode ser convertida em estrutura??o gen?tica espacial em fina escala, mesmo em esp?cies que apresentam alta capacidade de deslocamento como ? o caso de diversas esp?cies de pin?pedes e, em especial, o lobo-marinho-de-Gal?pagos. Neste sentido, discutimos tamb?m neste estudo a import?ncia da filopatria natal e consequente estrutura??o gen?tica em fina escala para o manejo e conserva??o do lobo-marinho-de-Gal?pagos, neste que um dos maiores e mais representativos santu?rios da vida silvestre, o arquip?lago de Gal?pagos.

Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2015-11-27T13:31:20Z No. of bitstreams: 1 476493 - Texto Completo.pdf: 10028874 bytes, checksum: 9fa9c4e7c9a4562d60d6d4f21cbd7baa (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-27T13:31:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 476493 - Texto Completo.pdf: 10028874 bytes, checksum: 9fa9c4e7c9a4562d60d6d4f21cbd7baa (MD5) Previous issue date: 2015-03-26 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / The hoary fox (Lycalopex vetulus) is the smallest Brazilian canid and an endemic species of the Cerrado biome, including adjacent transitional areas harboring open habitats. Recent studies reported some evidence suggesting a potential hybridization process between L. vetulus and L. gymnocercus in a contact zone that has likely been formed recently. Using microsatellite and mtDNA markers, we investigated the influence of historical processes on the population structure of L. vetulus, as well as the occurrence of hybridization between this species and L. gymnocercus. For these purposes, tissue and blood samples from animals representing most of the hoary fox distribution were obtained (n = 61), as well as from L. gymnocercus (n = 30) sampled in their contact zone and adjacent areas. Our results showed high levels of genetic diversity for L. vetulus (haplotype diversity: Hd = 0.98 and expected heterozygosity: He = 0.81) and different population scenarios with each of the molecular marker types, suggesting male-mediated gene flow. We also observed a south-north partition, with no haplotype sharing between these regions. This pattern is similar to the one observed in a sympatric canid (Cerdocyon thous) and in various other Atlantic Forest vertebrates, raising the hypothesis that species occurring in open habitats may undergo equivalent vicariant processes. Six individuals caught in the contact zone showed signs of mixing with L. gymnocercus in the composition of their microsatellite genotypes, five of which presenting introgressed mtDNA haplotypes from the same species. These results support the inference of hybridization between these canids, likely induced by anthropogenic effects (i.e. deforestation in the Atlantic Forest). Our study illustrates how the fragmentation and alteration of natural habitats can play an important role in the genetic composition of wild populations, and should provide useful data for the design of conservation strategies on behalf of both species. / A raposinha-do-campo (Lycalopex vetulus) ? o menor dos can?deos brasileiros sendo end?mica do bioma Cerrado, por?m podendo ser encontrada tamb?m em ?reas de transi??o adjacentes. Estudos recentes investigaram as rela??es filogen?ticas entre as esp?cies do g?nero Lycalopex e indicaram que L. vetulus ? a esp?cie mais basal deste grupo, cuja diversifica??o ocorreu h? apenas 1 milh?o de anos. Al?m disso, obtiveram evid?ncias que sugerem a ocorr?ncia de um potencial processo de hibrida??o entre L. vetulus e L. gymnocercus em uma zona de contato rec?m-formada. Usando dados de microssat?lites e DNA mitocondrial, investigamos a influ?ncia dos processos hist?ricos nos padr?es de estrutura populacional de L. vetulus, bem como a ocorr?ncia de hibrida??o entre esta esp?cie e L. gymnocercus. Com este objetivo, foram obtidas amostras de tecido e sangue provenientes de animais que representam a maior parte da distribui??o de L. vetulus (n = 61), bem como amostras de L. gymnocercus (n = 30) oriundas da zona de contato entre ambas as esp?cies e ?reas adjacentes. Nossos resultados mostraram altos n?veis de diversidade gen?tica para L. vetulus (diversidade haplot?pica: Hd = 0,98 e heterozigosidade esperada: He = 0,81) e diferentes cen?rios populacionais de acordo com o marcador molecular utilizado, o que sugere um fluxo g?nico influenciado pelos machos e filopatria das f?meas. Observou-se tamb?m uma parti??o norte-sul entre dois grupos filogeogr?ficos, n?o existindo o compartilhamento de hapl?tipos entre essas regi?es. Este padr?o ? semelhante ao observado em outra esp?cie simp?trica de can?deo (Cerdocyon thous) e em v?rios outros vertebrados da Floresta Atl?ntica, levantando a hip?tese de que tamb?m esp?cies que ocorrem em habitats abertos possam ser afetadas por processos vicariantes equivalentes. Seis indiv?duos capturados na zona de contato mostraram sinais de mistura com L. gymnocercus na composi??o de seu gen?tipo, com cinco destes apresentando hapl?tipos de mtDNA compartilhados. Estes resultados suportam a exist?ncia de hibrida??o entre estas esp?cies, provavelmente induzida por efeitos antropog?nicos (desmatamento na Mata Atl?ntica). Nosso estudo ilustra como a fragmenta??o e a altera??o de habitats naturais pode afetar a constitui??o gen?tica de popula??es nativas, fornecendo dados ?teis para o delineamento de estrat?gias de conserva??o para as duas esp?cies.

Submitted by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-09-06T17:33:41Z No. of bitstreams: 1 AnneKarenSantosTrindadeDissertacao2017.pdf: 2108662 bytes, checksum: 9f0699c1cd7da128bfec9a40cb258496 (MD5) / Approved for entry into archive by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-09-06T17:33:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 AnneKarenSantosTrindadeDissertacao2017.pdf: 2108662 bytes, checksum: 9f0699c1cd7da128bfec9a40cb258496 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-06T17:33:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AnneKarenSantosTrindadeDissertacao2017.pdf: 2108662 bytes, checksum: 9f0699c1cd7da128bfec9a40cb258496 (MD5) Previous issue date: 2017-03-10 / The bees give a great contribution in maintaining genetic variability of plants from the Cerrado. Tabebuia aurea is a species of the family Bignoniaceae typical of the Cerrado, having large sized bees as its main pollinator. The dispersal of pollen by bees has been well-studied and genomic techniques can facilitate this type of study. This work aimed to develop strategies for the extraction and amplification of DNA from pollen grains of Tabebuia aurea. For this purpose, we collected pollen grains of bee legs caught in Parque Nacional de Bras??lia ??? DF, which subsequently underwent two different techniques of WGA (Whole Genome Amplification). The WGA amplification products were used to amplify 15 microsatellite loci, which were used for characterization of the genetic diversity of the pollen grains. The amplified fragments were separated by capillary electrophoresis in an automatic sequencer and the results were analyzed using the program Geneious. Twenty-two trees were evaluated and the characterization of the allelic diversity was held for groups of pollen grains, each containing 20 grains, from 31 bees; single pollen grains were also evaluated. The WGA technique OmnPlex was the one that produced the largest amount of genomic DNA allowing the amplification of different microsatellite loci. Using the DNA obtained by this technique as a template, all groups of pollen grains showed high rate of polymorphism with 10 or more alleles per locus. In addition, it was observed that most of the bees carry pollen from only one donor, indicating that bees remain for a long time in the same tree. / As abelhas d??o uma grande contribui????o na manuten????o da variabilidade gen??tica de plantas do Cerrado. Tabebuia aurea ?? uma esp??cie da fam??lia Bignoniaceae, t??pica do Cerrado, tendo as abelhas de grande porte como seu principal polinizador. A dispers??o de gr??os de p??len por abelhas vem sendo bastante estudada e as t??cnicas da gen??mica podem facilitar esse tipo de estudo. Este trabalho teve como objetivo desenvolver estrat??gias para a extra????o e amplifica????o de DNA de gr??os de p??len de Tabebuia aurea. Para isto, foram coletados gr??os de p??len das patas de abelhas capturadas no Parque Nacional de Bras??lia ??? DF, que posteriormente foram submetidos a duas t??cnicas diferentes de WGA (Whole Genome Amplification). Os produtos da amplifica????o WGA foram utilizados para amplificar 15 locos microssat??lites, os quais foram usados para caracteriza????o da diversidade al??lica dos gr??os de p??len. Os fragmentos amplificados foram separados por eletroforese capilar em um sequenciador autom??tico e os resultados foram analisados utilizando o programa Geneious. Foram avaliadas 22 ??rvores e a caracteriza????o da diversidade al??lica foi realizada para conjuntos de gr??os de p??len, cada um contendo 20 gr??os, provenientes de 31 abelhas; foram avaliados tamb??m gr??os de p??len ??nicos. A t??cnica WGA OmnPlex foi aquela que produziu a maior quantidade de DNA gen??mico permitindo a amplifica????o espec??fica dos diferentes locos microssat??lites. Utilizando o DNA obtido por essa t??cnica como molde, todos os grupos de gr??os de p??len apresentaram alta taxa de polimorfismo com 10 ou mais alelos por loco, al??m disso, observou-se que a maioria das abelhas carregavam gr??os de p??len de apenas um doador, indicando que as abelhas permanecem por muito tempo em uma mesma ??rvore.