Made available in DSpace on 2015-04-14T14:51:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 424565.pdf: 224491 bytes, checksum: 1caac1bc975e0c96c25d98d9d4776ccf (MD5) Previous issue date: 2010-05-04 / Para avaliar o grau de variabilidade gen?tica do gene pr1A de Metarhizium sp., 31 sequ?ncias completas foram analisadas conjuntamente com 25 sequ?ncias (sendo quatro sequ?ncias completas e 21 parciais) retiradas do GenBank. A diversidade global de nucleot?deos para pr1A foi 0,032. As ?rvores filogen?ticas, baseadas nas sequ?ncias desse gene, foram constru?das utilizando os m?todos neighbor-joining (NJ), m?xima parcim?nia (MP), m?xima verossimilhan?a (ML) e Infer?ncia Bayesiana (BI). O fungo entomopatog?nico Lecanicillium psalliotae foi utilizado como grupo externo em todas as an?lises filogen?ticas. Embora alguns valores de bootstrap tenham sido baixos, em geral, os clados foram consistentes, independentemente dos m?todos empregados. Os resultados dos dados das sequ?ncias n?o demonstraram uma liga??o clara entre as linhagens e os grupos de hospedeiros. Entretanto, alguns agrupamentos podem ser melhor correlacionados ? distribui??o geogr?fica. Al?m disso, algumas cepas, previamente classificadas como pertencentes ? variedade acridum e ? variedade majus, demonstraram perfis gen?ticos id?nticos ao Metarhizium anisopliae var. anisopliae, o que pode indicar a exist?ncia de uma classifica??o equivocada nas bases de dados taxon?micos existentes. Por fim, nossos resultados sugerem que a sele??o positiva pode ter influenciado parcialmente a atual diversidade do gene pr1A existente entre as cepas de Metarhizium anisopliae.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:51:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 438120.pdf: 2337312 bytes, checksum: 3bcbd6b2d333489c6e0cefb866d0b73c (MD5) Previous issue date: 2012-03-30 / Ewing s sarcoma was first described by James Ewing in 1921 and it is the second most common bone tumor in children and young adults. Both chromosomal breakage and translocation occur in this sarcoma. The EWS gene is localized in chromosome 22 and is involved in this translocation. However, little is known about this gene breaking region and what sequences could be involved in higher chromosomal break susceptibility. In this study we aimed to investigate three SNPs in the EWS gene breaking region in a healthy subjects population and in Ewing s sarcoma patients. Genotyping was performed by TaqMan? assay for allelic discrimination using Real-Time PCR System. We conducted analysis of allelic and genotypic frequencies, as well as association and transmission disequilibrium tests. According to our results, the control group showed similar and different genotypes distribution of all SNPs when compared to other populations studied by different projects, which shows how important it is to know the frequencies of our population. To test the hypothesis that some SNP, SNParrangement or haplotype could influence in the susceptibility to develop Ewing s sarcoma, we compared affected with non-affected individuals using association studies. The results showed one significant difference: a higher presence of homozygote T-rs4820804 in Ewing s Sarcoma patients. Transmission Disequilibrium Test (TDT) was performed to compare data from Ewing s Sarcoma patients and from their families but no statistically significant result was found. In conclusion, we find that the TT-rs4820804 EWS genotype can be associate with Ewing s sarcoma and that the rs4820804 SNP can be a candidate to understand the EWS breakage susceptibility. / O sarcoma de Ewing foi primeiramente descrito por James Ewing em 1921 e ? o segundo tumor ?sseo mais frequente em crian?as, adolescente e adultos jovens. Neste sarcoma, ? comum ocorrer a quebra e a transloca??o cromoss?mica. Dentre os genes envolvidos nesta transloca??o est? o gene EWS, localizado no cromossomo 22. Entretanto, pouco se sabe a respeito da regi?o de quebra deste gene e quais sequ?ncias poderiam levar a uma maior susceptibilidade a quebra cromoss?mica. Sendo assim, o objetivo deste trabalho foi investigar tr?s polimorfismos de base ?nica (SNPs) presentes na regi?o de quebra do gene EWS, em uma popula??o de indiv?duos saud?veis e em pacientes afetados pelo Sarcoma de Ewing. A genotipagem para os SNPs selecionados foi realizada usando TaqMan SNP Genotyping Assay pelo sistema de PCR em tempo real. N?s realizamos an?lises de frequ?ncias al?licas e genot?picas, assim como um estudo de associa??o e de desequil?brio de transmiss?o. A compara??o das frequ?ncias al?licas e genot?picas entre as popula??es deste estudo e entre popula??es de projetos j? publicados mostrou particularidades entre as popula??es, revelando a import?ncia de se conhecer tais frequ?ncias na popula??o de estudo. Para testar a hip?tese de que algum SNP, hapl?tipo ou combina??o espec?fica de SNPs poderia influenciar na susceptibilidade ao Sarcoma de Ewing, comparamos afetados com n?o-afetados realizando estudos de associa??o cujos resultados mostraram uma ?nica diferen?a significativa: a maior incid?ncia no gen?tipo TT-rs4820804 entre os afetados pelo Sarcoma de Ewing. O Teste de Desequil?brio de Transmiss?o (TDT) comparou os dados dos pacientes afetados e os dados de seus familiares, mas nenhum resultado significativo foi encontrado. Em conclus?o, o gen?tipo TT-rs4820804 pode estar associado ao Sarcoma de Ewing e o SNP rs4820804 pode ser candidato para aux?lio do entendimento da susceptibilidade de quebra do gene EWS.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:51:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 438127.pdf: 909961 bytes, checksum: 5f9f40febc8291b363b759367f823d98 (MD5) Previous issue date: 2012-03-30 / In this study the SNPs rs640098, rs491714, rs611307 into the FLI1 gene were genotyped in a sample of 201 subjects from southern Brazilian population, in 24 Ewing s sarcoma patients (geographically matched with control group) and 54 of their family members, including parents and siblings. We performed association studies comparing genotypic frequencies of rs640098, rs491714, rs611307 into the FLI1 gene, and all possible genotype combinations between Ewing s Sarcoma patients and control group. Of the three SNPs investigated individually, only one of them showed a significant result when compared to the control group; our non-combined analysis revealed a significantly higher presence of homozygote A-rs497714 among Ewing s Sarcoma patients (p=0.0065; Chi square Test). In all other tested clusters, we always noticed a higher rate of homozygote A-rs497714 among Ewing s Sarcoma patients independent of the other SNP-arrangements and/or haplotype combinations. In addition, we performed transmission disequilibrium tests comparing data from Ewing s Sarcoma patients and from their families (parents and siblings), but no statistically significant result was found. In conclusion, the present study provides evidence statistically founded that the AA-rs497714 FLI1 genotype can associated with Ewing's sarcoma. And that this polymorphism can be clinically useful as a potential genetic marker to the prognostic of risk to develop this cancer or to provide insights into FLI1 chromosome breakage context of tumorigenesis. / Neste estudo, os SNPs rs640098, rs491714, rs611307 no gene FLI1 foram genotipados em uma amostra de 201 indiv?duos da popula??o do sul do Brasil, e em 24 pacientes portadores de Sarcoma Ewing (geograficamente comparado com grupo controle) e 54 de seus familiares, incluindo pais e irm?os. Realizamos estudos de associa??o, comparando as freq??ncias genot?picas do rs640098 e rs491714 e rs611307 no gene FLI1, e todas as combina??es poss?veis entre o gen?tipo de pacientes Sarcoma de Ewing e grupo controle. Dos tr?s SNPs investigados individualmente, apenas um deles apresentou um resultado significativo quando comparado com o grupo controle; nossa an?lise n?o-combinada revelou uma presen?a significativamente maior de homozigoto A-rs497714 entre os pacientes de Sarcoma Ewing (p = 0,0065; Chi quadrado). Em todos os outros grupos testados, foi notada uma maior taxa de homozigoto A-rs497714 entre os pacientes com Sarcoma de Ewing, independentemente dos outros arranjos e / ou combina??es de SNP e hapl?tipos. Al?m disso, foram realizados testes de desequil?brio de transmiss?o, comparando dados de pacientes portadores de Sarcoma de Ewing e de suas fam?lias (pais e irm?os), mas nenhum resultado estatisticamente significativo foi encontrado. Em conclus?o, o presente estudo fornece evid?ncias estatisticamente fundada de que o gen?tipo AA-rs497714 FLI1 pode associado ao sarcoma de Ewing. E que este polimorfismo pode ser clinicamente ?til como um potencial marcador gen?tico para o progn?stico de risco para desenvolver este c?ncer ou para fornecer insights no contexto de quebras cromoss?micas de tumorig?nese no gene FLI1.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 431115.pdf: 40111 bytes, checksum: 341f5e66198379e8e905a199036cafa5 (MD5) Previous issue date: 2011-03-28 / A Mata Atl?ntica abriga uma das maiores riquezas de esp?cies de aves do mundo, mas at? agora, pouco ? conhecido sobre seus padr?es espaciais de diversidade gen?tica e sua hist?ria evolutiva neste bioma. Utilizando-se de dados de sequ?ncias de genes mitocondriais (Cyt b e ND2), foi estimada a hist?ria evolutiva e populacional do complexo Scytalopus speluncae de 56 localidades ao longo de toda sua distribui??o na Mata Atl?ntica. Os resultados mostram que S. speluncae ? um complexo de pelo menos sete linhagens cr?pticas, alop?tricas e bem suportadas, que se originaram no Pleistoceno Tardio e M?dio. O padr?o filogeogr?fico do grupo ? amplamente concordante com a hip?tese dos ref?gios est?veis e antigos da parte norte da Mata Atl?ntica. Ao mesmo tempo, os resultados refutam o cen?rio de n?opersist?ncia ao longo dos ciclos glaciais nos ref?gios da parte sul, que por este cen?rio teriam sido colonizados muito recentemente por popula??es do norte. Al?m disso, a diversifica??o em S. speluncae mostrou-se muito maior do que era previsto atrav?s de an?lises fenot?picas, sugerindo um elevado n?vel de diverg?ncia e isolamento entre algumas linhagens. A exist?ncia de tais linhagens distintas que podem at? representar esp?cies diferentes, portanto, implica que a conserva??o de cada linhagem deve ser avaliada de forma independente

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:39:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 467061.pdf: 2757784 bytes, checksum: e8a6f66785862b347bdca43013bb1ff8 (MD5) Previous issue date: 2015-01-08 / This paper aims the genetic analysis of the following manuscripts: Introdu??o ao Passo da Guanxuma, Noites de Santa Teresa and Anota??es Sobre um Amor Urbano which are part of the book Ovelhas Negras by Caio Fernando Abreu. Our proposal is to follow the short stories genesis, through their manuscrips, typescripts and printed papers that make part of our prototext, to describe and analyze the several versions of it and to reflect on the text instability along the writer s fictional process. In order to reach our analysis, we take hand of theoretical studies from the Genetic Criticism, by authors such as Pierre-Marc de Biasi, Almuth Gr?sillon, Cec?lia Salles, Philippe Willemart who enlighten our understanding about the movements of the writing process. / Este trabalho objetiva a an?lise gen?tica dos manuscritos Introdu??o ao Passo da Guanxuma, Noites de Santa Tereza e Anota??es sobre um amor urbano pertencentes ao livro Ovelhas Negras de Caio Fernando Abreu. Nossa proposta ? acompanhar a g?nese dos contos, por meio dos manuscritos, datiloscritos e impressos que integram nosso prototexto, descrever e analisar as altera??es entre as vers?es e refletir sobre a instabilidade do texto no decorrer do processo ficcional do escritor. Para nossa an?lise, nos valemos de estudos de te?ricos da Cr?tica Gen?tica, como Pierre-Marc de Biasi, Almuth Gr?sillon, Cec?lia Salles, Philippe Willemart que nos aclaram o entendimento sobre os movimentos de escritura.

Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2016-09-01T14:06:29Z No. of bitstreams: 1 TES_TAIZ_LEONOR_LOPES_SIMAO_PARCIAL.pdf: 2732878 bytes, checksum: 08260c799afa4ff20f3fbc3bb9d891dd (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-01T14:06:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TES_TAIZ_LEONOR_LOPES_SIMAO_PARCIAL.pdf: 2732878 bytes, checksum: 08260c799afa4ff20f3fbc3bb9d891dd (MD5) Previous issue date: 2016-03-21 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / This project applied the DNA metabarcoding technique, which consists of a large-scale identification of the biodiversity present in a given community (through the total DNA sequencing without the need for isolation and laboratory cultivation) in two underexplored Brazilian environments with high biological diversity. The first is a typical Neotropical microenvironment, called bromeliad phytotelm, which is formed by the accumulation of water and debris among the leaves of these plants. The bromeliads investigated in this study were sampled in areas of dense ombrophilus forest and mixed ombrophilus forest in southern Brazil (located at the ?Pro-Mata? Research Center), and belonged to the species Aechmea gamosepala Wittmack, Vriesea friburgensis Mez and Vriesea platynema Gaud. The collection comprised multiple individuals per species and also multiple samples (different tanks) from the same individual, making it possible to assess the complexity of the variation in these communities. The second environment consists of marine sediments collected in the Rio Grande Cone (located in southeastern Brazil, in the offshore portion of the Pelotas Basin), at depths of down to 18 meters below the seafloor. The samples originated from four different areas, with different geochemical characteristics and strong indications of the presence of chemosynthetic communities. This study demonstrated the presence of high biodiversity in both environments. We identified 30 prokaryotic phyla and 67 eukaryotic phyla in bromeliad phytotelmata, which seem to include both endemic organisms of this peculiar environment and organisms with ubiquitous distribution, common in freshwater or soil habitats. An interesting feature is that, in some cases, samples from different tanks of the same individual are more similar to tanks of other individuals (and even from other species) than between them. Thus, our results suggest that each bromeliad tank acts as an isolated body of water, where the effects of predation, competition and stochastic events such as wind-borne particles, fecal pellets and liquid excretions of terrestrial animals, dead leaves and animals can largely drive the community composition. Concerning the marine sediments, we observed the presence of 58 prokaryotic phyla, many of which are present in other chemosynthetic communities. Among these organisms were identified anaerobic methanotrophic archaeal groups and their syntrophic partners (sulfate-reducing bacteria), which together form a consortium with a significant role in the anaerobic oxidation of methane, a very important process that controls the emission of this greenhouse gas into the atmosphere. Statistical analysis performed in both studies sought to describe patterns of diversity of these communities at different spatial scales and to interpret them in the light of current knowledge about these environments. Overall, the results obtained in this thesis reveal in detail the complexity of these communities, opening new ways for further studies focusing on the processes that control their spatio-temporal dynamics. / O presente projeto aplicou a t?cnica de DNA metabarcoding, que visa caracterizar em larga escala a biodiversidade presente em determinada comunidade (atrav?s do sequenciamento do DNA total e sem a necessidade de cultivo ou isolamento), em dois ambientes brasileiros pouco explorados e com grande riqueza de esp?cies. O primeiro ? um microambiente t?pico da regi?o neotropical, denominado fitotelmo de brom?lia, o qual ? formado pelo ac?mulo de ?gua e detritos entre as folhas destas plantas. As brom?lias investigadas neste estudo foram amostradas em ?reas de Floresta Ombr?fila Densa e/ou Mista no sul do Brasil (localizadas no Centro de Pesquisas e Conserva??o da Natureza Pr?-Mata, PUCRS), e pertencem ?s esp?cies Aechmea gamosepala Wittmack, Vriesea friburgensis Mez e Vriesea platynema Gaud. A coleta englobou m?ltiplos indiv?duos por esp?cie e tamb?m m?ltiplas amostras (diferentes cisternas) do mesmo indiv?duo, possibilitando avaliar a complexidade da varia??o nestas comunidades. O segundo ambiente consiste de sedimentos marinhos coletados no Cone de Rio Grande (situado no sudeste do Brasil, na por??o offshore da Bacia de Pelotas), em profundidades de at? 18 metros abaixo do fundo do mar. As amostras s?o provenientes de quatro ?reas distintas, apresentando diferentes caracter?sticas geoqu?micas e fortes ind?cios da presen?a de comunidades quimiossint?ticas. Nossa investiga??o observou grande diversidade biol?gica em ambos os ambientes. Foram identificados 30 filos de procariotos e 67 filos de eucariotos nos fitotelmos de brom?lia, os quais parecem compreender tanto organismos end?micos deste ambiente peculiar como organismos com distribui??o cosmopolita, comuns em habitats de ?gua doce ou solo. Uma caracter?stica interessante ? que, em alguns casos, amostras provenientes de diferentes cisternas do mesmo indiv?duo s?o mais semelhantes a cisternas de outros indiv?duos (e mesmo de outras esp?cies) do que entre si. Desta forma, nossos resultados indicam que cada cisterna atua como um corpo d??gua isolado, onde os efeitos de preda??o, competi??o e eventos estoc?sticos como part?culas carregadas pelo vento, restos de folhas ou animais mortos, bem como excre??es de animais, podem interferir fortemente na composi??o espec?fica da comunidade local. Em rela??o aos sedimentos marinhos, observamos a presen?a de 58 filos procari?ticos, os quais compreendem diversos t?xons j? caracterizados em outras comunidades quimiossint?ticas marinhas. Entre estes organismos, foram identificadas arqueas metanotr?ficas e seus parceiros sintr?ficos (bact?rias redutoras de sulfato), que juntos formam um cons?rcio cujo papel ? fundamental na oxida??o anaer?bica do metano, um importante processo que controla a emiss?o deste g?s de efeito estufa para a atmosfera. An?lises estat?sticas realizadas em ambos os estudos buscaram descrever padr?es de diversidade destas comunidades em diferentes escalas espaciais, bem como interpret?-los ? luz do conhecimento atual sobre estes ambientes. De forma geral, os resultados obtidos nesta tese revelam em detalhe a complexidade destas comunidades, e abrem caminho para estudos mais aprofundados dos processos que controlam sua din?mica espa?o-temporal.

Made available in DSpace on 2016-04-28T14:56:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2005- Juliana Muller Freire.pdf: 826620 bytes, checksum: f7f3878211e26134428516a4db9f4737 (MD5) Previous issue date: 2005-03-15 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / The aim of this work was to estimate the level and distribution of genetic variation within and among five Schizolobium parahyba (guapuruvu) populations and to evaluate the morphometric traits and dormancy of seeds of two populations of these species. The collect was carried out at coastal and mountain regions in the south of Rio de Janeiro. RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) markers were used in order to estimate the similarity of the genotypes and to indicate the genetic distance among individuals and populations. The following morphometric traits of seeds was assessed: width, lenght, thickness and weight. Variation in dormancy level was tested in seeds of two populations comparing the performance of scratching and not scratching seeds. Germination porcentage, germination and emergency speed index, normal seedling porcentage and death porcentage was assessed and compared among individual plant and populations by using ANOVA test. The polymorphic loco was 97%, as expected for a wide distributed specie. Of the total genetic diversity, 89% was atributtable to differences within populations and 11% to differences among populations, indicating a low amount of populations differentiation. The estimative of gene movement among populations revealed a high value (3,18 migrant per generation). Correlations among genetic and geographic distance were not found, indicating the lack of spatial structure of the specie. All morphometric traits differed significantly among individual within each of the population. The individuals plants from the mountain region presented the highest seed size. The major morphometric variation ocurred within population. The seed lenght responded with 60.87% of the total morphometric variation, followed by width (26,58%) and thickness (11,193%). Four groups were created by cluster analysis, with no origin relationship. Dormancy level differed significantly among and within populations and the highest dormancy level was presented by the coastal population. The germination speed index and death porcentage expressed better the dormancy levels than the other variables, differing significantly in the most of individuals trees. Seeds not scratched from mountain population presented better performance than the coastal one. Morphometrical and germination traits were not correlated. There were a high death percentage, specially for the scratched seeds. The role of biotics and abiotics factors in the selection of germination behavior are discussed based in the results and field observations. / Os objetivos deste estudo foram estimar o n?vel e a distribui??o da varia??o gen?tica entre e dentro de cinco popula??es de Schizolobium parahyba (guapuruvu), analisar a diversidade morfom?trica e a dorm?ncia de sementes considerando duas popula??es desta esp?cie. As popula??es estudadas est?o localizadas na regi?o litor?nea e serrana do sul do Estado do Rio de Janeiro. A an?lise gen?tica foi realizada utilizando-se marcadores RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) que resultou na estimativa de similaridade dos gen?tipos, indicando a dist?ncia gen?tica entre indiv?duos e entre as popula??es. A an?lise morfom?trica foi realizada em sementes colhidas em duas popula??es, tendo sido avaliadas: largura, comprimento, espessura e peso das sementes. No estudo de germina??o foi avaliado o n?vel de dorm?ncia das sementes, comparando matrizes de duas popula??es. Foram calculados a porcentagem de germina??o, ?ndice de Velocidade de Germina??o (IVG), n?mero de pl?ntulas normais e anormais, ?ndice de Velocidade de Emerg?ncia (IVE) e mortalidade. A diferen?a entre tratamentos e locais foi feita atrav?s da ANOVA. A propor??o de locos polim?rficos foi de 97%, valor considerado compat?vel para uma esp?cie de ampla distribui??o geogr?fica. Da varia??o gen?tica total observada, 89% ocorreu dentro das popula??es e 11% entre as popula??es, indicando um baixo n?vel de diferencia??o entre as popula??es. A estimativa de fluxo g?nico entre popula??es (NM) foi alto, alcan?ando 3,18 migrantes por gera??o. N?o foi encontrada correla??o entre dist?ncia gen?tica e geogr?fica (r=0,036), evidenciando a falta de estrutura??o espacial da esp?cie. A diversidade morfom?trica indicou diferen?a significativa entre matrizes de uma mesma regi?o para todas as vari?veis morfom?tricas analisadas. As matrizes de Miguel Pereira apresentaram maior tamanho de semente do que as de Paraty, sendo esta diferen?a significativa para todas as vari?veis, exceto comprimento. A maior varia??o no tamanho da semente ocorreu a n?vel intra-populacional, sendo significativo para todas as vari?veis. O comprimento respondeu com 60.87% da varia??o total do tamanho da semente, seguido da largura (26,58%) e da espessura (11.193%). A an?lise de agrupamento permitiu a forma??o de quatro grupos, n?o sendo poss?vel associ?-los ? regi?o de origem. A dist?ncia morfom?trica e gen?tica aparentemente n?o apresentaram correla??o. O n?vel de dorm?ncia das sementes variou entre e dentro de popula??es. Paraty apresentou maior diferen?a entre os tratamentos (sementes escarificadas e n?o escarificadas), evidenciando seu maior grau de dorm?ncia. Os par?metros que melhor expressaram a dorm?ncia foram o ?ndice de Velocidade de Germina??o e a taxa de mortalidade. As sementes n?o escarificadas de Miguel Pereira se mostraram superiores as de Paraty em praticamente todos os par?metros germinativos. N?o houve correla??o entre as vari?veis morfom?tricas e germinativas. Houve alta mortalidade das sementes por fungos, principalmente em rela??o ?s sementes escarificadas. A influ?ncia dos fatores bi?ticos e abi?ticos (precipita??o) no comportamento germinativo s?o discutidos com base nos resultados obtidos e observa??es de campo.

Submitted by Leticia Schettini (leticia@ufrrj.br) on 2016-08-05T14:09:04Z No. of bitstreams: 1 2002 Jane Ara?jo Baptista.pdf: 1264077 bytes, checksum: 40b93a67e37e2aad7edfc01cc029f2c4 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-05T14:09:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2002 Jane Ara?jo Baptista.pdf: 1264077 bytes, checksum: 40b93a67e37e2aad7edfc01cc029f2c4 (MD5) Previous issue date: 2002-03-27 / We have studied the influence of using 6 different coefficients of similarity when grouping 16 varieties of rice analyzed by the RAPD technique. DNA samples of these varieties were amplified using 20 primers, only 15 (75%) of which produced amplified fragments, compresing 90 of these were polimorphic fragments. The analysis of the band, profile produced a ?fingerprint?. For the calculation of the similarity index several coefficients were tested: Nei & Li, Jaccard, Ochiai, Russel & Rao, Simple Matching and Rogers & Tanimoto. Comparison among them was carried out through the evaluation of the dendrograms generated by the UPGMA algorithm and by the correlations between the genetic pitches. The coefficients of Nei & Li, Jaccard, and Ochiai discriminated the varieties in three main groups according to their genetic similarities. Our results show that the coefficients of Nei & Li, Jaccard and Ochiai adjusted better the groups with hight genetic similarities. While the coefficients Simple Matching and Rogers & Tanimoto were not as efficient, banding together varieties that are genetically different. In experiments, with the objective to studies the effect of levels (20 or 60 mg N/L) e forms of N (NH4 + and NO3 -) under the kinetics parameters, proton extrusion, the activity of the N-assimilation enzymes and the N-partition in the plant, were conducted in greenhouse, using 5 upland rice varieties (Lageado, IAC 47, Dobradinho, Agulha e Bico Ganga), in nutrient solution. It was observed an ample variation of the kinetics parameters and biochemists, and a distinguishing behavior among varieties in the uptake and use of N. The varieties Agulha and IAC-47 had presented the best combination of KM, Vm?x, GS/GOGAT in conditions of hight avaibility of N- NO3 -, and Bico Ganga, in conditions of low avaibility of N- NO3 - in nutrient solution. In another experiment, with the objective to study the assimilation and remobiliza??o of N in season nitrate conditions, used varieties Sagrim?o, Goiano, Zebu, Agulha, IAC 1278, IR08, Comum Branco, IAC 47 e Ligeiro had been cultivated in nutritional solution. The N-assimilation enzymes were estudied in the leaf blades and root of 62 and 69 days old rice plants, under 20 and 200 mg mgN-NO3 -/L. Under higher nitrate supply had increase the activity of the NR, GS and GOGAT in rice plants. The GS activities had been low in roots, in comparison with the activities observed in leaf. The GOGAT activity was bigger in roots, in both the treatments. The GDH-A activity occurred mainly in tessues foliar. The GDH-D activity occurred in leaf as in roots. The GDH-D activity not occurred in tissues foliar. The activity of the enzymes of N-assimilation was higher in tissues foliar. These results seem indicate the leaves as the main site of NH4 +-N assimilation in rice plants under higher NO3 --supply. / Neste trabalho avaliaram-se as altera??es provocadas por 6 diferentes coeficientes de similaridade no agrupamento de 16 variedades de arroz analisadas pela t?cnica de RAPD. Amostras de DNA das variedades foram amplificadas com 20 iniciadores, sendo 15 (75%) produziram fragmentos amplificados, resultando em 90 fragmentos polim?rficos. A an?lise dos resultados se constituiu na descri??o do padr?o de bandas. Para o c?lculo do coeficiente de similaridade foram testados os coeficientes Nei & Li, Jaccard, Ochiai, Russel & Rao, Simple Matching e Rogers & Tanimoto, sendo as compara??es entre eles realizadas pela avalia??o dos dendrogramas gerados pelo algoritmo UPGMA e pelas correla??es entre as dist?ncias gen?ticas. Os resultados obtidos indicam que os melhores coeficientes para determina??o da similaridade foram os de Nei & Li, de Jaccard e de Ochiai que foram capazes de agrupar as variedades com alta similaridade, enquanto os coeficientes Simple Matching e de Rogers & Tanimoto foram ligeiramente inferiores colocando variedades distantes no mesmo grupo. Em experimentos objetivando analisar o efeito de n?veis (20 e 60 mg N/L) e formas de N (NH4 + e NO3 -) sob os par?metros cin?ticos de absor??o, a extrus?o de pr?tons, a atividade das enzimas de assimila??o de N, e a parti??o de N na planta, usou-se 5 variedades de arroz-de-sequeiro (Lageado, IAC 47, Dobradinho, Agulha e Bico Ganga), cultivadas em solu??o nutritiva. Houve um comportamento diferencial entre as variedades quanta ? capacidade de absor??o e uso de N. As variedades Agulha e IAC 47 apresentaram a melhor combina??o de KM, Vm?x, GS/GOGAT em condi??es de alta disponibilidade de N-NO3 -, e a variedade Bico Ganga, sob condi??es de baixa disponibilidade de N. Noutro experimento, objetivando estudar a assimila??o e remobiliza??o de N em condi??es sazonais de N, utilizou-se as variedades Sagrim?o, Goiano, Zebu, Agulha, IAC 1278, IR 08, Comum Branco, IAC 25 e Ligeiro, com 62 e 69 dias de idade, cultivadas em solu??o nutritiva, com 20 e 200 mg N-NO3 -/L. O aumento no suprimento de N aumentou a atividade da NR, da GS e GOGAT. A atividade de NR ocorreu em ra?zes e na parte a?rea. A atividade da GS foi baixa em ra?zes. A atividade da GOGAT foi maior nas ra?zes, em ambos os tratamentos. A atividade de GDH-A ocorreu principalmente em tecidos foliares. A atividade de GDHD ocorreu tanto em folhas como em ra?zes. A atividade das enzimas de assimila??o de N foi superior nas folhas, indicando serem estas os principais s?tios de incorpora??o de am?nio em amino?cidos, quando plantas de arroz s?o submetidas a altos n?veis de NO3 -.

Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2017-04-26T19:53:52Z No. of bitstreams: 1 2012 - Simone Quinelato Bezerra.pdf: 1703088 bytes, checksum: c39ad4f0bc5fb8b05085a7e4684060b9 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-26T19:53:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012 - Simone Quinelato Bezerra.pdf: 1703088 bytes, checksum: c39ad4f0bc5fb8b05085a7e4684060b9 (MD5) Previous issue date: 2012-03-30 / FAPERJ / Aiming to decrease the chemicals acaricide use and their damages, new alternatives for ticks control has been studied. Metarhizium anisopliae s.l. is one of the most studied fungi in agricultural pest management programs, since it has great acaricide potential. Therefore, this study aimed to characterize molecular and morphologically, as well as evaluate the virulent potential of 30 M. anisopliae s.l. isolates from different geographical regions, hosts or substrates allowing the selection of virulent isolates in order to be further investigated for field programs of microbial control of pests. Initially, the analyses of morphological characterizations of the isolates were made to confirm their identification. Each isolate had its conidial potential production evaluated. The colonies studied showed morphological characteristics consistent with those described in the literature. The colonies diameter varied between 29.66 mm and 51.33 mm among isolates. There was both length and width variation in the conidia and phialides in the same isolate, as well as the presence of grouped and solitary phialides. The conidial production potential was variable among isolates, but both conidial size and colonies diameter did not influence the conidial production; isolates with low conidial production showed similar colony size in comparison to isolates with high potential. In a second stage of the study, the virulence of these isolates was evaluated to Rhipicephalus microplus larvae treated with one of the four different conidial concentrations (105, 106, 107 or 108 conidia.mL-1). The lethal action of Brazilian M. anisopliae s.l isolates to R. microplus larvae were confirmaded with high mortality among the isolates, which in general was proportional to the conidia concentration of the treatments. Most isolates killed larvae population with 107 conidia.mL-1 concentration, however the most virulent isolates presented lethal concentration of 106 conidia.mL-1 with main percentages of mortality nearly 100% at day 20 after treatment. In addition, the genetic variability of these isolates was performed to evaluate their relationship with other species of Metarhizium sp. through RFLP-PCR analysis and ITS1-5.8S-ITS2 rDNA sequencing. No specificity pattern was observed when isolates from the same region, host or substrate were grouped. Low genetic variability was observed among isolates, which were basically grouped into two groups. The CG 344 isolate was shown to be genetically distant from the remaining Brazilian isolates studied, but according to the ?GenBank? sequences comparison, it was related to the Metarhizium genus. It is suggested that this variation occured owing the lack of procedures that could generated morphological and molecular changes, which probably contribute to this low genetic variability. The present study allowed the detection of M. anisopliae s.l. isolates with highly virulence to R. microplus larvae, that may be considered potential biocontrol agents for this tick species, emphasizing the importance of molecular tools for identification and characterization of fungal isolates, ensuring the product quality, their success implement and the environmental track of the fungi at field biological control programs. / Na tentativa de diminuir a utiliza??o de produtos qu?micos e os danos por eles causados, novas alternativas para o controle de carrapatos vem sendo estudadas. O fungo Metarhizium anisopliae ? um dos mais estudados em programas agropecu?rios de manejo de pragas, pois apresenta grande potencial acaricida. Baseado nisso, o presente estudo objetivou a caracteriza??o morfol?gica, molecular e a avalia??o da virul?ncia de 30 isolados brasileiros de M. anisopliae s.l. provenientes de diferentes regi?es geogr?ficas, hospedeiros ou substratos, com a finalidade de selecionar isolados mais virulentos para utiliza??o em futuros programas de biocontrole de carrapatos. Inicialmente os isolados foram caracterizados morfologicamente para confirma??o de sua identifica??o, tamb?m sendo avaliado o potencial de produ??o de con?dios de cada isolado. As col?nias estudadas apresentaram caracter?sticas morfol?gicas compat?veis com as descritas na literatura. O tamanho das col?nias variou entre 29,66 mm e 51,33 mm de di?metro. Houve varia??o no comprimento e na largura de con?dios e fi?lides num mesmo isolado, assim como a presen?a de fi?lides agrupadas e solit?rias. O potencial de produ??o de con?dios foi vari?vel entre os isolados, por?m tanto o tamanho dos con?dios quanto o di?metro das col?nias n?o influenciaram a produ??o de con?dios. Numa segunda etapa do estudo, foi avaliada a virul?ncia destes isolados sobre larvas de Rhipicephalus microplus tratadas com uma das quatro diferentes concentra??es de con?dios (105, 106, 107 ou 108 con?dios/mL). Foi confirmada a a??o letal dos isolados brasileiros de M. anisopliae s.l. sobre larvas de R. microplus, geralmente ocorrendo de forma diretamente proporcional a concentra??o conidial dos tratamentos. A maioria dos isolados ocasionou a morte de metade da popula??o de larvas com a concentra??o de 107 con?dios/mL; os isolados mais virulentos apresentaram esta concentra??o letal com 106 con?dios/mL, com percentuais m?dios de mortalidade de larvas pr?ximos de 100% ao 20? dia ap?s tratamento. Al?m disso, buscou-se avaliar a variabilidade gen?tica destes isolados e sua rela??o com outras esp?cies do g?nero Metarhizium atrav?s da an?lise de RFLP-PCR e do sequenciamento da regi?o ITS1-5.8S-ITS2 do rDNA. N?o foi observado um padr?o de especificidade para o agrupamento entre isolados oriundos de mesma regi?o, hospedeiro ou substrato. Foi observada variabilidade gen?tica entre os isolados que basicamente se agruparam em dois grupos. O isolado CG 344 mostrou-se geneticamente distante de todos os outros, mas de acordo com a compara??o com sequ?ncias obtidas do ?GenBank? mostrou-se relacionado ao g?nero Metarhizium. Esta varia??o pode ser devido ao fato deste isolado ter sido poupado de processos que gerassem altera??es morfol?gicas e moleculares, o que possivelmente contribuiu para a pequena variabilidade gen?tica obsevada. O presente estudo possibilitou a detec??o de isolados brasileiros de M. anisopliae s.l. com elevada virul?ncia para larvas de R. microplus, podendo ser considerados potenciais agentes no biocontrole desta esp?cie de carrapato, ressaltando a import?ncia da utiliza??o de ferramentas moleculares para identifica??o e caracteriza??o destes isolados, contribuindo para a qualidade do produto, o sucesso de sua aplica??o e o monitoramento de um isolado introduzido no ambiente com finalidade de controle biol?gico.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:51:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 458042.pdf: 2649672 bytes, checksum: a59591c4a1fe4e945b26d110c1c85f97 (MD5) Previous issue date: 2014-02-24 / Background: During critical illness and sepsis there is severe antioxidant depletion, and this scenario raises the critical ill patient s mortality risk. Glutathione peroxidase (GPx) is one of the first endogenous antioxidant defense enzymes, and it works cooperatively with superoxide dismutase (SOD) and cathalase (CAT) to detoxify free radicals from the cellular environment. Genetic studies are important to understand the complexity of human oxidative stress and how the organism responds to an extreme situation such as critically care conditions. Previous studies with a GPx1 single nucleotide polymorphism (593C>T SNP; rs1050450; protein variant in GPx1: Pro198Leu) showed 593T carriers and 593TT homozygotes present higher risk to develop different diseases. Objective: We assessed the relationship of the genotype distribution of GPx1 SNP in critically ill patients with their conditions (organ dysfunction, sepsis, and septic shock) and their outcome. Results: We monitored 626 critically ill patients daily from the ICU (intensive care unit) admission to their discharge from hospital, or death. Our study revealed a significant association between 593TT GPx1 genotype and mortality; the mortality rate was higher in homozygous 593TT GPx1 (N = 94) when compared with the group of subjects with genotypes 593CT or 593CC GPx1 (N = 532) (52% versus 38%, P = 0.009; OR = 1.79; 95% CI = 1.13-2.85). Evaluating the subgroup of 293 ICU patients with sepsis, a pooled analysis including two genetic variants GPx1 and SOD2 (47C> T SNP, rs4880; protein variant in MnSOD: Ala-9Val) showed a significant difference in relation to progression to septic shock. The frequency of septic shock among septic patients with 593T GPx1 and 47C SOD2 alleles (N = 122) was higher when compared with septic patients carrying other settings of genotypes (N = 174) (78% versus 66%; P = 0.028; OR = 1.81; 95% CI = 1.03-3.18). Accepting the previously reported functional effects of these two SNPs on GPx1 and SOD2 gene expressions and, consequently, on GPx1 and MnSOD enzyme actvities, we believe our results may be considered as an important contribution for the understanding of oxidative imbalance during the critical ill. / Contexto: Durante a doen?a cr?tica e sepse h? deple??o grave de antioxidantes, e esse cen?rio aumenta o risco de mortalidade do paciente criticamente doente. Glutationa peroxidase (GPx) ? uma das primeiras enzimas de defesa antioxidantes end?genas que, agindo em coopera??o sin?rgica com a super?xido dismutase (SOD) e a catalase (CAT), desintoxica radicais livres no ambiente celular. Os estudos gen?ticos s?o importantes para compreender a complexidade do estresse oxidativo humano e como o organismo responde a situa??es extremas, como no caso das situa??es cr?ticas de sa?de. Estudos anteriores com uma variante SNP (single nucleotide polymorphism) no interior do gene GPx1 (593C>T SNP; rs1050450; variante proteica na GPx1: Pro198Leu) mostraram que os portadores do alelo 593T e os homozigotos 593TT apresentam maior risco de desenvolver quadros patol?gicos graves. Objetivo: avaliar a rela??o da distribui??o dos gen?tipos do SNP 593C>T GPx1 em pacientes criticamente doentes buscando associa??es com seus quadros de gravidade (disfun??es org?nicas, sepse e choque s?ptico) e desfecho (mortalidade), durante o per?odo de sua interna??o na unidade de terapia intensiva (UTI). Resultados: Foram monitorados diariamente 626 pacientes criticamente doentes desde a sua admiss?o na UTI at? sua alta hospitalar ou ?bito. Foi identificada uma associa??o significativa entre o gen?tipo 593TT GPx1 e a mortalidade: a taxa de mortalidade foi superior em homozigotos 593TT GPx1 (N = 94) quando comparados com o grupo de indiv?duos com gen?tipos 593CT ou 593CC GPx1 (N = 532) (52% versus 38%, P = 0.009; OR = 1.79; 95% CI = 1.13-2.85). Avaliando o subgrupo de pacientes cr?ticos com sepse, uma an?lise conjunta incluindo duas variantes gen?ticas GPx1 e SOD2 (47C>T SNP; rs4880; variante proteica na MnSOD: Ala-9Val) mostrou diferen?a significativa em rela??o a evolu??o para choque s?ptico. A frequ?ncia de choque s?ptico entre pacientes s?pticos com alelos 593T GPx1 e 47C SOD2 (N = 122) foi superior quando comparado com pacientes s?pticos com outras configura??es de gen?tipos (N = 174) (78% versus 66%; P = 0.028; OR = 1.81; 95% CI = 1.03-3.18). Aceitando que os efeitos funcionais causados pelas variantes gen?ticas 593C>T GPx1 e 47C>T SOD2 em seus genes e nas enzimas GPx1 e MnSOD, respectivamente, afetam diretamente o balan?o oxidativo celular, acreditamos que o resultado do presente estudo pode ser considerado como uma contribui??o importante para a compreens?o do estresse oxidativo no paciente criticamente doente.