Made available in DSpace on 2015-12-10T14:22:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-31. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-10T14:29:14Z : No. of bitstreams: 1 000855292.pdf: 996418 bytes, checksum: 78d12243dc2c5e995020a335683235aa (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Com a necessidade de tornar a bovinocultura de corte mais rentável e ao mesmo tempo sustentável, as características associadas à eficiência alimentar ganham importância. O consumo alimentar residual (CAR), sugerido como parâmetro de eficiência tornou-se uma ferramenta para a seleção de animais mais eficientes. Atualmente ferramentas genômicas tornaram-se disponíveis devido ao avanço da tecnologia no uso de marcadores moleculares, como os SNPs. Diante disso, associar regiões genômicas com o CAR, ganho de peso e demais características relacionadas eficiência alimentar pode ter um futuro promissor. O objetivo do estudo foi associar dados genômicos a partir do uso de chips de alta densidade de SNPs para identificação de regiões QTL ligadas à características como eficiência alimentar, ganho de peso, consumo alimentar e CAR de 896 animais da raça Nelore. O modelo utilizado na predição dos valores genéticos para as características em estudo foi o ssGBLUP. Os efeitos e variâncias dos marcadores SNPs foram estimados pela metodologia ssGWAS, onde os efeitos dos SNPs são obtidos a partir dos valores genômicos estimados pelo modelo ssGBLUP. Os componentes variâncias e parâmetros genéticos foram estimados utilizando a inferência Bayesiana. Com os resultados obtidos dos estudos de associação genômica foi realizada a prospecção de genes para identificar os SNPs que apresentaram associação com os indicadores de eficiência alimentar e buscar genes que possam influenciar a expressão das características. Para determinar as possíveis regiões de QTL, foram selecionados os segmentos que explicassem valores iguais ou superiores a 1% da variância genética aditiva. No total foram encontradas 51 regiões genômicas distribuídas pelas características em análise. Para identificação e posicionamento dos SNPs no genoma bovino foi realizado um levantamento no banco de dados disponíveis no NCBI e Ensembl. A classificação... / The need to turn the beef production more profitable and at the same time sustainable, the traits associated with feed efficiency are gaining importance. The residual feed intake (RFI), suggested as a parameter for feed efficiency and it has become a tool for the selection of more efficient animals. In recent years, a large number of genomic tools become available due to advancement of the technology of molecular markers, such as SNPs. Therefore, genomic regions associated with the SNP markers for residual feed intake (RFI), weight gain and other traits related to feed efficiency have a promising future, with selection of more efficient animals. This study aimed to associate genomic data from the use of highdensity chips to identify QTL regions linked to traits such as feed efficiency, weight gain, feed intake and CAR 896 Nelore cattle, from the Animal Science Institute, located in Sertãozinho. The model used for the prediction of breeding values of the traits was the ssGBLUP. This ssGBLUP model, besides using phenotypic and genotypic data, also use pedigree information. With the results of genomic association studies, it was performed the search for genes to identify SNPs that were associated with the feed efficiency indicators and seek genetic regions and genes that may, in fact, influence the expression of the traits. To determine the possible QTL regions, the segments that explain values greater than or equal to 1% of the additive genetic variance were selected. A total of 51 genomic regions for the studied traits were found. For identification and positioning of the SNPs in the bovine genome was conducted a survey on the database available in the NCBI and Ensembl. The classification of genes as biological function was performed by the website DAVID. The heritability estimate for feed efficiency was low (0.13), moderate for residual feed intake (0.18), and moderate to high magnitude for weight gain (0.43) and feed intake (0.47). A ...

Made available in DSpace on 2015-12-10T14:23:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-27. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-10T14:29:19Z : No. of bitstreams: 1 000851881.pdf: 1966900 bytes, checksum: f12318e1992f89b39d28775a2373ebce (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Comunidades microbianas desempenham papéis cruciais em todos ecosistemas da Terra, uma vez que metabolizam compostos essenciais. Essa característica torna importantes alvos de pesquisas em diversas áreas como médica, ambiental, alimentícia e biotecnológica. Entretanto, somente 1% de todas espécies de micro-organismos conhecidos podem ser cultivadas in vitro, dificultando o estudo de suas funções e de sua classificação taxonômica. Com o surgimento de novas tecnologias de sequenciamento, o genoma inteiro de micro-organismos de um habitat pode ser experimentalmente extraído, mas em pequenos fragmentos (¡1500 pb), tornando o processamento dos dados um grande desafio. As ferramentas de análise de metagenômica mais utilizadas classificam as sequências por homologia. Entretanto, o tempo computacional aumenta exponencialmente conforme o tamanho dos fragmentos diminuem. Isso mostra uma necessidade evidente de métodos alternativos que possam analisar dados de metagenômica de maneira rápida e precisa. Esse estudo propõe um novo método de identificação de sequências de bactérias que analisa esses dados. Os genomas de 2164 linhagens de bactérias foram obtidos pelo GenBank e fragmentados em grupos de teste e controle. Cada grupo foi aleatóriamente fragmentado em sequências de 64, 128, 256, 512, 1024, 2048 e 4096 pares de base. As medidas de organização de sequências aplicadas nos fragmentos foram: conteúdo GC, abundância de dinucleotídeos e entropias de dipletes, tripletes e tetrapletes. Foram calculados a média e o desvio padrão dos valores das sequências controle para cada espécie, gênero e família de bactéria. Foram feitas combinações de medidas para classificar as sequências em famílias, gêneros e espécies. A performance da metodologia foi determinada por medidas de sensibilidade, especificidade, precição e média harmônica para conjuntos de... / Microbial communities play a crucial role in all ecosystems on Earth since they metabolize essential compounds. Given this relevant role they are investigated in Medicine, Biotechnology, Ecology, Food Sciences among other fields. However, only 1% of all known micro-organisms species can be cultivated in vitro. The unravelling of their functions and taxonomic classification demands the development of new approaches. With the advent of new sequencing strategies, the entire genome of microrganisms on a given habitat can be experimentally extracted, but the fragments obtained are small (<1500 bps), and the data processing remains a huge challenge. The most used metagenomic analysis tools classify the sequences by homology. However, the computational time grows exponentially as the read length decreases. There is an evident need for alternative methods that can analyze metagenomic data quickly and accurately. This study proposes a new bacteria sequences identification method to be used in metagenomic data. The genomes of 2164 bacterial strains were obtained from the GenBank and distributed into test and control sets. Each group was randomly fragmented into sequences of 64, 128, 256, 512, 1024, 2048, and 4096 base pair. The sequences organization measures applied in the reads were: GC content, dinucleotide abundance and diplets, triplets and tetraplets entropy. The average and standard deviation of the control sequences values of each species, genus and families of bacteria were calculated. Combinations of genomic signatures and entropy were performed allowing classifying bacteria sequences into family, genus and species. The performance of the proposed methodology was determined by measuring sensitivity, specificity, accuracy and harmonic mean for the test set. The results indicated that the GC content presented the best performance among the signatures investigated. We also considered combinations of features, the combination considering GC ... / FAPESP: 2013/1517-4

Made available in DSpace on 2016-03-07T19:21:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-09-28. Added 1 bitstream(s) on 2016-03-07T19:24:57Z : No. of bitstreams: 1 000858274.pdf: 674898 bytes, checksum: 032cfdecd2c409cb3d0b94f00769e4a7 (MD5) / O presente trabalho versa sobre aspectos jurídicos e éticos relacionados com as patentes de invenções que envolvem material genético humano. Busca-se, inicialmente, demonstrar as dificuldades que as invenções biotecnológicas encontram para atender os requisitos positivos de patenteabilidade. Discute-se, quanto à novidade, se o DNA isolado do genoma é uma nova composição da matéria ou um produto da natureza. Em relação à atividade inventiva, se há esforço considerável por parte do inventor no ato de isolamento do gene e se se constata obviedade na função atribuída àquele segmento. No que concerne à aplicação industrial, se o invento pode ser repetido, a suficiência de sua descrição e a definição de uma utilidade concreta para aquele segmento de DNA específico. Com base no biodireito, abordam-se os impactos sobre a dignidade humana, a caracterização do genoma como patrimônio comum da humanidade, a possibilidade de comercialização de partes do corpo humano e as restrições impostas à liberdade de pesquisa. Com base na bioética, investiga-se se o genoma é dotado de status especial que impede a sua apropriação, o modo pelo qual se afere o respeito à autonomia das pessoas que fornecem o material biológico empregado no invento e a equidade na repartição dos benefícios da pesquisa genética. Os métodos empregados são principalmente o dedutivo e o indutivo. O método dedutivo foi utilizado, sobretudo, para o estudo e compreensão da estrutura normativa dos sistemas de patentes e de suas conexões com o biodireito e a bioética. O método indutivo foi empregado através da referência a patentes específicas, como as dos genes BRCA e CCR5 e da proteína MSP-1, e a casos judiciais relevantes, tal qual AMP v. Myriad, a partir dos quais puderam ser formulados juízos mais abrangentes sobre o preenchimento dos requisitos de patenteabilidade pelas invenções que envolvem sequências genéticas e sobre as... / This essay is about legal and ethical aspects related to patents of inventions involving human genetic material. The first aim is to demonstrate the difficulties that biotechnological inventions find to fulfil the positive requirements of patentability. It discusses, with regard to novelty, if DNA isolated from the genome is a new composition of matter, or a product of nature. With regard to inventive step, if there is considerable effort by the inventor in gene isolation and if the function assigned to that segment is obvious. With regard to industrial applicability, if the invention can be repeated, the sufficiency of its description and the indication of an effective utility for that specific DNA segment. Based on biolaw, it addresses the impacts on human dignity, the characterization of the genome as the common heritage of mankind, the possibility of commercialization of the human body and the restrictions on the freedom of research. Based on bioethics, it investigates if the genome is endowed with special status that prevents its appropriation, the way in which the respect for the autonomy of people who provide the biological material used in the invention is assessed, and fair and equitable sharing of the benefits of genetic research. The methods used are mainly deductive and inductive. The deductive method was used mainly for the study and understanding of the regulatory framework of the patent system and its connections with biolaw and bioethics. The inductive method was used in order to refer to specific patents, such as the BRCA and CCR5 genes and MSP-1 protein, and to relevant court cases, like AMP v. Myriad, from which more comprehensive judgments on the fulfillment of patentability requirements by inventions involving genetic sequences could be made, and on the ethical implications they entail. At the end, it is affirmed that there is a hypertrophy of patents, which negatively affects the...

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3871.pdf: 3349931 bytes, checksum: 699bd6092d3da7218a1550f52bb10cdb (MD5) Previous issue date: 2011-05-27 / Financiadora de Estudos e Projetos / Litopenaeus vannamei is known as Pacific white shrimp and is the main species marketed worldwide. Its geographical distribution includes the Pacific coast, ranging from Mexico to Peru. Due to its outstanding economic importance, this species has been farmed and showing great adapting levels to captivity, having been introduced in several countries, including Brazil. However, despite all the concern to properly manage the farming populations, many countries have not had a renewal of their breeding herds because of the risk of introduction of exogenous pathogens, which has increased the degree of inbreeding of these stocks and decreased levels of genetic diversity. To monitor this loss, microsatellite markers or SSRs (Simple Sequence Repeats), from genome arbitrary and expressed regions have been used. In the specific case of SSRs present in expressed regions of the genome (ESTs, Expressed Sequence Tags) or SSRs-ESTs, they allow the access to the genetic variability of populations, and the ESTs markers devoid of SSRs may be related to genes of interest, subsidizing the development of breeding programs based on Marker Assisted Selection (MAS). Moreover, EST-SSRs loci may show an excellent rate of transferability in taxonomically related species, since they are in more conserved regions of the genome. Within this context, this study aimed (i) the validation population of EST-SSR loci isolated through dataming from L. vannamei ESTs database (www.shrimp.ufscar.br), (ii) the genomic annotation of ESTs and EST-SSRs markers (iii) the determination of EC numbers (Enzyme Codes), aiming respectively, (i) the characterization of polymorphic markers (ii) the description of genes and their protein products and (iii) the establishment of information to describe the possible pathways for the penaeid group. Therefore, we tested 32 EST-SSRs loci in PCR reactions. After establishing the best pattern of reaction and subsequent loci genotyping, nine SSRs-ESTs were polymorphic, with allele number ranging from two to 20, levels of observed heterozygosity from 0.32 to 0.86 and average PIC (Polymorphism Information Content) of 0.78. No pair of loci presented in linkage disequilibrium. However, after Bonferroni correction, we found that one of these showed a significant deficit of heterozygotes. The nine polymorphic loci from L.vannamei showed satisfactory amplification in at least one of the seven native species tested: the marine ones Xiphopenaeus kroyeri, Farfantepenaeus brasiliensis, Farfantepenaeus paulensis, Rimapenaeus constrictus and Litopenaeus schmitti and the freshwater ones Macrobrachium amazonicum and Macrobrachium jeskii, being useful also for genetic studies of these species. The genome annotation performed by access in ShEST website (Litopenaeus vannamei EST Genome Project) showed that only three of nine loci 4 have the gene and its protein product described. The other loci showed no matches with any other genomic database available for research. In this work, gene product could be elucidated for 99% of ESTs, being possible to establish 209 EC numbers, highlighting enzymes responsible for xenobiotics metabolism, immunity, energy production, reproduction, oxidative stress, among others. These codes were used for construction of some metabolic pathways present in the penaeid group, contributing for building a wide database of the genome of this important animal group. These data may be applied in genetic improvement programs as well as gene expression studies, such as realtime PCR and microarrays. / Litopenaeus vannamei é conhecido como camarão branco do Pacífico e é a principal espécie de peneídeo comercializada no mundo. Sua distribuição geográfica compreende a costa do Oceano Pacífico, indo desde o México até o Peru. Devido a sua relevante importância econômica, esta espécie passou a ser cultivada, adaptando-se bem às condições de cativeiro, tendo sido introduzida em diversos países, incluindo o Brasil. Entretanto, apesar de toda preocupação em manejar adequadamente as populações de cultivo, muitos países não têm tido renovação de seus estoques reprodutores ou plantéis, devido ao risco de introdução de patógenos exógenos, o que tem aumentado o grau de endogamia desses estoques e diminuição dos níveis de diversidade genética. Para monitorar esta perda de variabilidade genética, marcadores microssatélites ou SSRs (Simple Sequence Repeats), oriundos de regiões arbitrárias e expressas do genoma desta espécie, vêm sendo utilizados. No caso específico de SSRs presentes em regiões expressas do genoma (ESTs, Expressed Sequence Tags) ou SSRs-ESTs, além destes permitirem acessar a variabilidade genética das populações, as ESTs desprovidas de SSRs podem estar relacionadas a genes de interesse, podendo auxiliar o desenvolvimento de programas de melhoramento genético baseados na Seleção Assistida por Marcadores (MAS). Além disso, locos SSRs-ESTs podem apresentar uma excelente taxa de transferabilidade em espécies taxonomicamente relacionadas, uma vez que se encontram em regiões mais conservadas do genoma. Dentro deste contexto, este trabalho teve como objetivos (i) a validação populacional de locos SSRs-ESTs, isolados via dataming no banco de dados de ESTs de L. vannamei (www.shrimp.ufscar.br); (ii) a anotação genômica de marcas ESTs e locos SSRs-ESTs (iii) e a determinação dos EC numbers (códigos enzimáticos), visando, respectivamente, (i) a caracterização de marcadores polimórficos, (ii) a descrição de genes e seus respectivos produtos protéicos e (iii) o estabelecimento de informações para descrever as possíveis vias metabólicas para o grupo de peneídeos. Para tanto foram testados 32 locos SSRs-ESTs em reações de PCR. Após estabelecimento do melhor perfil de reação e posterior genotipagem dos locos, nove SSRs-ESTs mostraram-se polimórficos, com número de alelos variando de 4 a 20, níveis de heterozigozidade observada de 0,32 a 0,86 e valores médios de PIC (Polymorphism Information Content) de 0,78. Nenhum loco apresentou-se em desequilíbrio de ligação. Entretanto, após correção de Bonferroni, constatou-se que um deles apresentou déficit significativo de heterozigotos. Os nove locos polimórficos para L. vannamei apresentaram amplificação satisfatória em pelo menos uma das sete espécies nativas testadas: as marinhas Xiphopenaeus kroyeri, 2 Farfantepenaeus brasiliensis, Farfantepenaeus paulensis, Rimapenaeus constrictus e Litopenaeus schmitti e as de água doce Macrobrachium amazonicum e Macrobrachium jeskii podendo se constituir em marcas úteis para os estudos genéticos também dessas espécies. A anotação genômica realizada via acesso à página de anotação do Projeto ShEST (Projeto Genoma EST de Litopenaeus vannamei) demonstrou que apenas três dos nove locos polimórficos têm o seu gene e produto protéico já descritos. Os demais locos não apresentaram blasts positivos com nenhuma outra base de dados genômicos disponíveis para pesquisa. No caso das sequências anotadas, o produto gênico pôde ser elucidado para 99% destas, sendo possível estabelecer 209 EC numbers, destacando-se enzimas responsáveis pela degradação de xenobióticos, imunidade, produção de energia, reprodução, estresse oxidativo, dentre outras. Estes códigos enzimáticos foram utilizados para determinação de algumas vias metabólicas presentes no grupo dos peneídeos, contribuindo assim para a construção de uma ampla base de dados do genoma deste importante grupo animal, podendo ser utilizada em estudos de conservação, programas de melhoramento genético e em análises de expressão gênica, como PCR em tempo real e microarrays.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4533.pdf: 2866936 bytes, checksum: a3b1ef75c45a68a6305453e240c9d466 (MD5) Previous issue date: 2012-05-18 / Universidade Federal de Minas Gerais / PILOSOCEREUS AURISETUS is a taxonomic group composed by eight columnar cacti species occurring on rock outcrops in xeric environments. As other xerophitic species found outside the Caatinga domain, the species populations of P. AURISETUS group exhibit a disjunct distribution pattern within the Cerrado domain in central and eastern Brazil. Such a distribution pattern may have resulted from long-distance dispersal events or fragmentation of a more extensive distribution in the past. The main goal of this work was identify demographic events that possibly shaped the evolutionary history of the group and resulted in the current biogeographic pattern. In the present work, phylogenetic analyses and phylogeographical inferences were implemented using the nucleotide variation of plastid genomic sequences. The phylogenetic analyses showed the absence of reciprocal monophyly for great part of the species and the occurring of quite divergent species from the others of the group: P. jauruensis, P. aureispinus e P. bohlei. In addition, P. machrisii populations formed two distinct clades highly supported by the phylogeny which partly agree with the geographic distribution of the species (north and central-south). Population analyses and phylogeographical inferences allowed the identification of the diversification origin of the group and the possible expansion and fragmentation events which determined the evolutionary pathway of the populations. The genetic variability level and the genetic structure observed alongside the current distribution pattern of the populations and biological information about the species suggest that fragmentation events were the main responsible for the biogeographical pattern of the group, which should be related to the palioclimatic oscillations of the Quaternary. / PILOSOCEREUS AURISETUS é um grupo taxonômico composto por oito espécies de cactos colunares que ocorrem associadas a afloramentos rochosos em ambientes xéricos. Assim como outras espécies xerófitas encontradas fora do domínio da Caatinga, as populações das espécies do grupo P. AURISETUS exibem um padrão de distribuição descontínua dentro do domínio Cerrado no centro e leste do Brasil. Esse padrão de distribuição pode ser resultado de eventos de dispersão a longa distância ou de fragmentação de uma distribuição mais extensa no passado. O objetivo principal desse trabalho foi identificar eventos demográficos que possivelmente moldaram a história evolutiva do grupo e resultaram no padrão biogeográfico atual. No presente trabalho foram realizadas análises filogenéticas e inferências filogeográficas a partir da variação nucleotídica de sequências do genoma plastidial. As análises filogenéticas demonstraram que a maior parte das espécies do grupo não apresenta monofilia recíproca de seus haplótipos e que o grupo abrange três espécies bastante divergentes das demais: P. jauruensis, P. aureispinus e P. bohlei. Adicionalmente, as populações da espécie P. machrisii formaram dois clados distintos e bem suportados na filogenia, os quais concordam parcialmente com a distribuição geográfica da espécie (norte e centro-sul). As análises populacionais e as inferências filogeográficas permitiram inferir a origem da diversificação do grupo e os possíveis eventos de expansão e fragmentação que determinaram o caminho evolutivo das populações. Os níveis de variabilidade genética e estruturação observados, juntamente com o padrão atual de distribuição das populações e informações sobre a biologia das espécies, sugerem que eventos de fragmentação foram os principais responsáveis pelo padrão biogeográfico do grupo, os quais devem estar relacionados às oscilações palioclimáticas do Quaternário.

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:25:38Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-03-11. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:46:47Z : No. of bitstreams: 1 000845533.pdf: 2245393 bytes, checksum: 5278ffe65b8b2c74810887e8684ffc07 (MD5) / A base genética que rege os processos fisiológicos para expressão dos fenótipos de produção de leite ainda não está completamente compreendida, pois poucos genes causais ou marcadores associados com a variação na expressão desses fenótipos foram relatados e espera-se que mais genes estejam envolvidos. Com o surgimento da era genômica, os esforços para identificar polimorfismos de sítio único (Single Nucleotide Polymorphisms - SNPs) foram expressivos. Os SNPs permitem estabelecer uma forte relação entre a expressão de características economicamente importantes e regiões específicas do genoma de um indivíduo. Tal relação é confirmada por estudos de associação ampla do genoma (GWAS), gerando conhecimento a cerca dos genes e fragmentos cromossômicos ligados a características importantes, os quais são posteriormente explorados na biologia dos sistemas. Qualquer inferência acerca de segmentos cromossômicos que possam estar associados a fenótipos de interesse utiliza uma montagem de um genoma de referência, onde todos os genes estão ancorados. Porém, o processo de montagem de um genoma é complexo e erros quanto ao posicionamento de sequências são esperados. Desta forma, este trabalho propõe avaliar a montagem de referência do genoma bovino produzido pelo grupo de pesquisa da universidade de Maryland e a aplicação do GWAS na raça Gir (Bos indicus) aos fenótipos de produção de leite, proteína e gordura, porcentagem de proteína e gordura e idade ao primeito parto, com o intuito de identificar regiões cromossômicas que possam estar relacionadas com aspectos importantes da produção de leite e fertilidade, contribuindo para a melhor compreensão dos fenômenos que regem tais aspectos / The genetic basis of physiological processes underlying milk production traits are not completely understood, and few causal genes and markers associated with these traits have been reported to date. The emergence of the genomics era, efforts for the discovery of single nucleotide polymorphisms (SNPs) are numerous. These markers allow for establishing relationships between differences in economically important traits and specific genomic coordinates. These relationships are confirmed in genome-wide association studies (GWAS), which provide knowledge about genes and chromosomal segments affecting traits of interest that can be further explored in systems biology. Inferences about genomic localtions that are potentially implicated in phenotypic differences rely on a reference genome assembly where genes are annotated. However, genome assembly is a complex task that is prone to errors, and cases of wrong positioning of nucleotide sequences are not rare. Therefore, this thesis aimed at assessing candidate misassembled regions in the reference bovine genome assembly and performing a GWAS for milk traits in Gir cattle (Bos indicus), including milk, protein and fat yield, percentage of protein and fat, and age at first calving, targeting the identication of genomic regions that are potentially related to important aspects of fertility and milk production

Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:56Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-01-31Bitstream added on 2014-11-10T11:57:41Z : No. of bitstreams: 1 000792136_20141231.pdf: 436044 bytes, checksum: df19c9ddacbd0b80cd1d62771aece5e9 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-01-05T11:00:56Z: 000792136_20141231.pdf,Bitstream added on 2015-01-05T11:01:51Z : No. of bitstreams: 1 000792136.pdf: 1761626 bytes, checksum: 714d3718119b395634a93761902c8401 (MD5) / O vírus da doença de Newcastle (VDN) é o agente causador de uma das mais importantes enfermidades em aves e representa uma ameaça para a indústria avícola. O VDN é membro da família Paramyxoviridae, subfamília Paramyxovirinae, gênero Avulavirus. São vírus envelopados, não-segmentados dotados de genoma RNA de fita simples sentido negativo, associado à doença do trato respiratório, digestivo e nervoso das aves. O controle da DN se baseia em biossegurança, uso de vacinas e detecção precoce de lotes infectados. No presente estudo foi feito o sequenciamento do genoma completo da estirpe vacinal lentogênica (LaSota) e de um isolado de campo brasileiro patogênico (APMV-1/Chicken/Brazil/SJM/75) do VDN, seguido de análise filogenética. Os resultados revelaram que o genoma das estirpes LaSota e APMV-1/Chicken/Brazil/SJM/75 estão constituídos respectivamente por um total de 15.186 e 15.192 nucleotídeos, seis genes na ordem 3'-NP-P-M-F-HN-L-5'. Para a estirpe LaSota o local de clivagem da proteína de fusão (F) apresenta a sequência de aminoácidos correspondentes às encontradas em estirpes não virulentas do VDN, oposto ao que acontece com a estirpe APMV-1/Chicken/Brazil/SJM/75, no qual o sítio de clivagem da proteína F apresenta a sequência de aminoácidos correspondente às encontradas nas estirpes virulentas do VDN. O genoma completo da estirpe LaSota não apresentou grandes diferenças genômicas, de forma que na análise filogenética ficou evidenciado que esta estirpe está classificada no genótipo II, já a estirpe APMV-1/Chicken/Brazil/SJM/75 apresentou grandes diferenças genômicas nas sequências deduzidas de aminoácidos de suas principais proteínas estruturais, de forma que na análise filogenética do genoma completo foi demonstrado que esse vírus está classificado no genótipo V. Os dados obtidos a partir do presente estudo podem contribuir consideravelmente para ... / Newcastle disease virus (NDV) is the agent that causes one of the most important diseases in birds and represents a threat to industrial aviculture. NDV is a member of the Paramyxoviridae family, Paramyxovirinae subfamily, Avulavirus genus. Viruses consist of single-stranded, non-segmented, negative-sense, RNA, associated with diseases in respiratory tract, digestive and nervous in birds. The ND control is based on biosafety, use of vaccines and early detection of infected batches. Here we present the complete genome sequence and phylogenetic analysis of a lentogenic strain (LaSota) and a velogenic strain (APMV-1/Chicken/Brazil/SJM/75) of NDV. The results revealed that the genome of LaSota and APMV-1/Chicken/Brazil/SJM/75 are constituted respectively by a total of 15,186 and 15,192 nucleotides and six genes in the order 3'-NP-P-M-F-HN-L-5’. The cleavage site of fusion protein (F) in LaSota strain shows the amino acid sequence found in non-virulent NDV strains, as opposed to happen with APMV-1/Chicken/Brazil/SJM/75 strain, the cleavage site of the F protein has the amino acid sequence corresponding to that found in virulent strains of NDV. The complete genome of LaSota strain showed no genomic differences and the phylogenetic analysis evidenced that this strain is classified in genotype II. The APMV-1/Chicken/Brazil/SJM/75 strain there are large differences in the genomic sequences and in the deduced amino acid sequences of its major structural proteins, so the phylogenetic analysis of the complete genome was demonstrated that this virus is classified in genotype V. This study can contribute significantly to understand better the genomic evolution of NDV in Brazil and in Americas, such as these strains with genotypic and phenotypic characteristics were no longer isolated in Brazil after 1975, while continued to be isolated in North America

Orientadora: Eliana Gertrudes Macedo Lemos / Banca: Lúcia Maria Carareto Alves / Banca: Vanderlei Rodrigues / Resumo: Metabólitos secundários são compostos bioativos, com grande importância para a indústria farmacêutica e agropecuária, produzidos por certos grupos de microrganismos e plantas. Os policetídeos, que são sintetizados por complexos enzimáticos denominados policetídeos sintases (PKSs), desatacam-se entre os metabólitos secundários conhecidos e compõe a estrutura química básica de vários antibióticos. Todos os genes envolvidos na biossíntese de um policetídeo se encontram agrupados fisicamente no cromossomo, e contém genes que são altamente conservados, comumente chamados d~ pks mínima. Os métodos tradicionais para pesquisa de novas drogas, que envolvem o cultivo de microrganismos isolados do solo, não são mais tão promissores, devido à alta taxa de redescoberta de antibióticos já conhecidos, que chega a 99,9%, e à pequena parcela de microrganismos do solo que são cultiváveis pelas técnicas padrões de cultivo, cerca de 1 %. A Metagenômica é uma abordagem promissora que permite acessar o genoma desses organismos incultiváveis, pois consiste na extração de DNA diretamente do ambiente e construção de uma biblioteca com este genoma misto. Neste trabalho descrevemos a construção de uma biblioteca feita com DNA de alto peso molecular isolado diretamente de solo coletado sob arboreto de eucaliptos no Estado de São Paulo, Brasil. A biblioteca possui 9.320 clones e foi construída em vetor cosmídeo, com insertos de tamanho variando entre 30 e 45kb...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Secondary metabolites are bioactive compounds with great importance in the pharmaceutical and agriculture industries, procuced by a few groups of microrganisms and plants. The polyketides that are synthetized by enzimatic complexes, denominated polyketides synthases, outstand among the secondary known metabolites, which are part of the main structure of many antibiotics. Ali genes involved in the biosynthesis of antibiotics are found as clusters in the chromossome. The traditional methods for the research of new drugs that are made from microrganisms cultures isolated from the soil are not so promissing, due to the high rate of rediscorevy of already known species, reaching 99.9%. The other small piece of microrganisms are culturable by standards culture methods, reaching 1 % maximum. Metagenomics is a promissing approach that allows the access to genom of these organisms that are not culturable, as it is carried out by DNA extraction directly from the environment and construction of a mixed genomic library. In this work, we describe the construction of a library made from high molecular weight DNA isolated directly form the soi! undemeath a pinus forest in the State of São Paulo, Brazil. The library shows 9.320 dones and it was constructed in a cosmideo vector, with insert size ranging from 30 to 45 kb. Digestion with difterent restriction enzymes of cosmidial DNA randomly chosen allowed to visualize evident difterences in the restriction fragments among the clones, as does the possibility to determine the average insert size. The initial evaluation of the presence of genes involved in the biosynthesis of antibiotics synthesized by the enzymatic system PKS of kind I, was accomplished by the PCR amplification of clones from the library using specific primers. We studied 4.320 clones and the results suggest a great variety of these genes. The PCR products obtained were sequenced for the determination of identity of the amplified gene. / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-08-09Bitstream added on 2014-06-13T18:31:12Z : No. of bitstreams: 1 aquino_mcc_me_araca.pdf: 684677 bytes, checksum: 7318d697f23b509c8008184e6a67c272 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / om o objetivo de determinar a ocorrência e caracterizar molecularmente a infecção por Cryptosporidium spp. em bezerros bubalinos do Estado de São Paulo, Brasil, foram colhidas 222 amostras fecais de animais da raça Murrah, com até seis meses de idade. As amostras foram avaliadas pela técnica de Ziehl-Neelsen modificada e por meio da reação em cadeia da polimerase tipo nested (nPCR) para amplificação de fragmentos de DNA da subunidade 18S do gene do RNA ribossômico e sequenciamento dos fragmentos amplificados. Pela técnica de Ziehl-Neelsen modificada, foi detectada positividade de 8,1% (18/222), e pela nPCR, foi observada amplificação em 48,2% (107/222) das amostras, das quais 63 foram sequenciadas. A análise das sequências obtidas mostrou que a espécie mais frequente nesses animais foi Cryptosporidium ryanae, em bezerros bubalinos a partir de cinco dias de idade. A espécie zoonótica Cryptosporidium parvum foi detectada em apenas um animal e um genótipo incomum, similar a Cryptosporidium sp. W20486, foi encontrado, pela primeira vez em búfalos / With the aim of determining the occurrence and molecularly characterizing infection by Cryptosporidium spp. in buffalo calves from São Paulo State, Brazil, 222 fecal samples were collected from Murrah animals aged up to six months. The samples were assessed by means of modified Ziehl-Neelsen technique and nested polymerase chain reaction (nPCR) for amplification of DNA fragments from subunit 18S of the gene of ribosomal RNA and sequencing of the amplified fragments. The modified Ziehl-Neelsen technique indicated 8.1% positivity (18/222), while nPCR revealed amplification for 48.2% (107/222) samples, of which 63 were sequenced. The analysis of the obtained sequences showed that the most frequent species in these animals was Cryptosporidium ryanae, present in buffalo calves from five days of age. The zoonotic specie Cryptosporidium parvum was detected in only one animal, and an uncommon genotype, similar to that of Cryptosporidium sp. W20486, was found for the first time in buffaloes

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:13:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CarlosEMG_TESE.pdf: 2102443 bytes, checksum: d87bffc579222ca852f9b42a794cb0cc (MD5) Previous issue date: 2012-12-16 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / A popula??o brasileira ? composta por tr?s subpopula??es originais: amer?ndios aut?ctones, exploradores europeus e escravos africanos. No Nordeste do Brasil h? ?reas end?micas para diversas doen?as causadas por microorganismos intracelulares como Leishmania spp e Mycobacterium. A susceptibilidade ou resist?ncia a essas infec??es parece em parte ser influenciada geneticamente. Estudos realizados na ?rea end?mica para leishmaniose visceral (LV) no Rio Grande do Norte demonstram a exist?ncia de agrega??o familiar de infec??o por Leishmania. Entre tais estudos est? uma varredura de genoma a qual identificou tr?s regi?es cromoss?micas associadas a evolu??es distintas frente ? infec??o por Leishmania infantum. No presente estudo n?s determinamos as propor??es de ancestralidade paterna de pessoas residentes na ?rea end?mica para LV no Rio Grande do Norte, Bahia e Bel?m atrav?s de marcadores gen?ticos do cromossomo Y. Nos indiv?duos oriundos do RN as frequ?ncias al?licas de marcadores moleculares extratificados por origem ?tnica foram analisados buscando associa??o com doen?a e infec??o assintom?tica. Cerca de 75% da contribui??o paterna das popula??es estudadas ? europ?ia, com 20% de contribui??o africana e o restante amer?ndia. Foi detectada a presen?a de ancestralidade judia. A maior parte da varia??o gen?tica observada deve-se ao componente africano. A an?lise de rela??o entre origem ?tnica exclusivamente paterna e desfecho da infec??o indicou que n?o h? associa??o entre essas vari?veis. A an?lise de associa??o de marcadores microssat?lites mostrou a associa??o de um marcador (D9S925) com leishmaniose visceral. Esses resultados tomados em conjunto parecem indicar que na popula??o da ?rea end?mica no RN a etnia influencia na freq??ncia al?lica de genes que podem interferir no o desfecho da infec??o por L. infantum.