2’ -5’ –oligoadenylate synthetase 1 (OAS1) is an antiviral enzyme that in the presence of double-stranded RNA structures, such as viral genomes or single-stranded RNA transcripts with significant double-stranded character, converts ATP to a series of 2’ -5’ –oligoadenylates (2-5A). 2-5A promotes dimerization of latent ribonuclease (RNaseL) to form catalytically active RNaseL, a candidate hereditary prostate cancer (PCa) gene. RNaseL is anti-proliferative and promotes senescence and apoptosis in PCa cells. Genotyping analysis was completed on over 600 genomic DNA samples from African-American and Caucasian, normal and PCa subjects. Genotyping was performed to screen the following SNPs in the last exon of OAS1 (rs10774671, rs1131476, rs1051042 and rs2660) to determine splicing and linkage disequilibrium (LD) or LD decay in relation to PCa. The rs10774671 GG and AA genotypes generate isoform 1 (p46) and isoform 3 (p48), respectively and were distributed equally in the healthy population. However, in cases, the AA genotype (p46) was significantly associated with PCa risk (OR: 1.80, P-value: < 0.0001). The genotypic frequencies of rs1131476, rs1051042 and rs2660 demonstrated significant LD but showed no association to PCa risk. We also identified protective (AACA, OR =0.06612, P < 0.001) and risk (GACA, OR= 2.31, p Additionally, we utilized two genome-wide association studies analyzing OAS1 and variants found on chromosome 12 to determine their relationship with PCa susceptibility for meta-analysis: This was done to elucidate the role of OAS1 SNPs and chromosome 12 variants in a larger population cohort with PCa susceptibility for a greater understanding of gene to gene interactions. The genome wide association studies used were, the Geneva Multiethnic Genome-wide Scan of Prostate Cancer (MEC), containing 2,841 African-American samples (1,343 cases and 1,498 controls) and 1,660 Japanese/Latino samples (834 cases and 826 controls), as well as Cancer Genetic Markers of Susceptibility (CGEMS) Prostate Cancer-Primary Scan (Stage 1) - PLCO which contains 2,841 samples of European ancestry (1,172 cases and 1,157 controls). We used PLINK, a whole genome association analysis toolset, to extract data on SNPs in association with PCa.

The proposed thesis contributes to the knowledge about tick-borne encephalitis and its pathogenesis. The thesis describes pathogenesis and immunopathogenesis of tick-borne encephalitis, impact of host's genotype in clinical course determination, immune response of patients with acute tick-borne encephalitis, the mechanism of tick-borne encephalitis virus migration into central nervous system and virus interaction with cells of neurovascular unit as well as potential medical interventions.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-03-30. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:02Z : No. of bitstreams: 1 Publico-12520a.pdf: 1207919 bytes, checksum: 1cbb5eb39525a466eede84c0b592aee7 (MD5). Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:02Z : No. of bitstreams: 2 Publico-12520a.pdf: 1207919 bytes, checksum: 1cbb5eb39525a466eede84c0b592aee7 (MD5) Publico-12520b.pdf: 1232945 bytes, checksum: dccb3be28a625e6fd226753518045ad3 (MD5) / Infecções causadas pelos rinovírus humanos (HRV) são responsáveis por 25-50% das doenças respiratórias entre indivíduos que apresentam doença semelhante à gripe (Influenza-Like Illness - ILI). Os HRVs podem ser classificados em pelo menos três espécies: HRV A, HRV B e HRV C. O HRV C tem sido frequentemente descrito entre crianças aparentemente levando a doenças mais graves e hospitalizações, no entanto a ocorrência dessa espécie entre adultos não é bem conhecida. O objetivo deste estudo foi avaliar a apresentação clínica e a distribuição das espécies de HRV que causam infecções em diferentes populações durante os anos de 2001 a 2005. Um total de 682 amostras foi coletado. As populações estudadas eram compostos por: 132 adultos da comunidade atendidos em pronto socorro e 198 adultos profissionais de saúde (2001-2003); 242 pacientes transplantados renais (2002-2004); 61 crianças portadoras de cardiopatia congênita (2005) e 49 idosos da cidade de Botucatu, São Paulo, Brasil (2003-2004). A amplificação dos genes do HRV foi realizada através da Reação em Cadeia da Polimerase precedida de Transcrição Reversa (RT-PCR), seguida de sequenciamenteo genético e análise filogenética. O HRV foi detectado em 24.05% das amostras (164/682), 15.2% (20/132) em adultos da comunidade, 29.8% (59/198) em profissionais da área da saúde, 23.6% (57/242) em transplantados renais, 22.9% (14/61) em crianças portadoras de cardiopatia congênita e 28.6% (14/49) em idosos. Um total de 85.5% (137/164) das amostras positivas foi seqüenciado, e 79.9% (131/164) foram analisadas através de filogenia. Foram identificadas 80 (61%) das amostras pertencentes à espécie A, 22 (16.8%) a espécie B e 29 (22.2%) pertencentes à espécie C. Foi encontrada uma alta taxa de ILI (38.9%) em pacientes infectados pelo HRV. A regressão logística mostrou um aumento de ILI de três vezes quando os indivíduos estavam infectados com HRV A em comparação ao HRV C. A infecção pelo HRV causa ILI em paciente adultos não hospitalizados. O HRV A foi associado à infecção mais intensa do que o resfriado comum. A dinâmica da infecção entre as diferentes espécies de HRV merece análise no futuro. / Infections caused by Human Rhinoviruses (HRVs) account for 25%-50% of respiratory illnesses among individuals presenting influenza-like illness (ILI). HRVs could be classified in at least three species: HRV-A, HRV-B, and HRV-C. The HRV-C species has frequently been described among children and apparently has led to severe illness resulting in hospitalization; however, the occurrence among adults is unknown. The aim of this study was to assess the clinical presentation and species distribution of HRV infections in different populations during 2001-2005. A total of 682 samples were collected. Subjects consisted of 132 adults from the general community and 198 health-care workers (2001-2003), 242 renaltransplanted outpatients (2002-2004), 61 children with congenital heart disease (2005) and 49 elderly persons from Botucatu city, Sao Paulo, Brazil (2003-2004). Amplification of HRV genes was performed by Reverse Transcriptase – Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) and followed by sequencing and phylogenetic analysis. HRV was detected in 24.05% of samples (164/682), 15.2% (20/132) among adults from general community, 29.8% (59/198) among health-care workers, 23.6% (57/242) among renal-transplanted outpatients, 22.9% (14/61) among children with congenital heart disease and 28.6% (14/49) among elderlies. A total of 85.5% (137/164) previously positive HRV samples were sequenced and 79.9% (131/164) were analyzed. We identified 80 isolates (61.0%) of the HRV A species, 22 (16.8%) of the HRV B species and 29 isolates (22.2%) of the HRV C species. High ILI rate (38.9%) was found among HRV infected patients. Logistic regression showed a three-fold increase in prevalence of ILI in individuals with HRV A infection compared with HRV C infected patients. HRV infections caused ILI among non-hospitalized patients. HRV specie A was associated with a disease more intense than a common cold. The dynamics of infection among different species deserve further analysis. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-07-29. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:26Z : No. of bitstreams: 1 Publico-00231.pdf: 1784115 bytes, checksum: 4dcd9596246858abd2e260995c2c0ab4 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Introdução: Candida rugosa é um patógeno emergente que merece destaque pela sua maior ocorrência em países da América Latina. Esta levedura tem o potencial de colonizar e causar infecções de corrente sanguínea no homem, bem como de apresentar resistência a diversos antifúngicos, principalmente aos azólicos. Objetivos: comparar caracteres fenotípicos, como atributos de virulência e sensibilidade antifúngica, além de realizar identificação e tipagem molecular de isolados clínicos de C. rugosa obtidos de pacientes que desenvolveram candidemia, com cepas isoladas de pacientes que foram somente colonizados por esta espécie, sem desfecho de candidemia na internação. Também foi de nosso interesse avaliar tais diferenças entre as cepas provenientes de pacientes internados ao longo de dois períodos avaliados: 1995/96 e 2001/02. Material e Métodos: As cepas foram caracterizadas fenotipicamente quanto a fatores de virulência, incluindo a produção de enzimas extracelulares (proteinase, fosfolipase e lipase) e a formação de biofilme. Foram realizados teste de susceptibilidade a cinco antifúngicos pelo método de microdiluição em caldo, sendo eles: anfotericina B, fluconazol, voriconazol, caspofungina e anidulafungina. Para confirmação de espécie e avaliação de variabilidade genotípica, foram utilizadas as técnicas moleculares de RAPD, microssatélite e sequenciamento da região ITS (rRNA). Resultados: Observou-se grande variabilidade nos resultados referentes à produção de enzimas hidrolíticas. A população foi classificada, no geral, como baixa produtora de proteinase, não produtora de fosfolipase e baixa e média produtora de biofilme. A produção de lipase foi o único fator de virulência expresso de maneira considerável pelos isolados clínicos, destacando-se a alta produção desta enzima por cepas isoladas de sangue, sugerindo a importância da mesma no estabelecimento de infecção por C. rugosa. Com relação à sensibilidade aos antifúngicos, os isolados mostraram-se sensíveis a todas as drogas, exceto ao fluconazol. A avaliação dos resultados obtidos por 3 diferentes métodos moleculares demonstrou alto relacionamento filogenético entre os isolados clínicos, exceto pela cepa de referência a qual foi sempre posicionada em diferente cluster. A análise genotípica revelou similaridade de 90,5% entre todos os isolados, e de 87% para a cepa de referência ATCC1051 pela técnica de RAPD, e uma similaridade de 92% entre os isolados clínicos e de 86,5% para a cepa controle pelo método de microssatélite. O seqüenciamento da região ITS identificou todos os isolados como sendo C. rugosa, apresentando uma identidade que variou de 89% a 93% para os isolados clínicos, e 99% para a cepa de referência ATCC10571. Conclusões: Não foi possível estabelecer uma correlação direta entre a expressão de todos os fatores fenotípicos avaliados e o desfecho clínico dos pacientes, embora haja evidências importantes da atividade de lipase influenciando candidemia por C. rugosa. Sugere-se que houve uma disseminação clonal dos isolados de C. rugosa no ambiente hospitalar avaliado ao longo de vários anos. Adicionalmente, as diferenças genéticas encontradas entre os isolados clínicos e a cepa de referência ATCC10571, juntamente com algumas diferenças fenotípicas observadas exclusivamente nesta cepa, tais como alta produção de biofilme, macromorfologia acentuadamente rugosa e baixa atividade de lipase, indicam a possibilidade de heterogeneidade do táxon C. rugosa. / Introduction: Candida rugosa is an emergent pathogen recognized by its higher occurrence in Latin American countries. This yeast has the ability to colonize and cause human bloodstream infections as well as to show resistance to several antifungal drugs, specifically to azoles. Objectives: To compare phenotypic properties such as virulence attributes and antifungal susceptibility, as well as to perform molecular identification and typing of C. rugosa clinical isolates obtained from patients who were either colonized or developed candidemia due to this species during the hospitalization period. We were also interested in evaluating such differences among strains isolated across two different periods: 1995/96 and 2001/02. Material and Methods: The strains were phenotypically characterized according to virulence factors, including the production of extra cellular enzymes (protease, phospholipase and lipase) and biofilm formation. We performed susceptibility testing to 5 antifungal drugs by using broth microdilution: amphotericin B, fluconazole, voriconazole, caspofungin and anidulafungin. To confirm identification to the species level and evaluate genetic variability, we have employed RAPD, microsatelite and rDNA ITS region sequencing. Results: Phenotypic properties varied considerably among the isolates, specifically regarding to hydrolytic enzymes production. Most of the isolates were low proteinase producers. The strains were phospholipase negative and showed a not very expressive biofilm formation in general. Nevertheless, lipase production was the only virulence factor considerably expressed by the clinical isolates, specifically by blood strains, suggesting the importance of this attribute in C. rugosa infection. The strains were sensitive to all the antifungal drugs tested, except fluconazole. The clinical isolates were highly related as determined by 3 different methods. However the control strain ATCC10571 was considered genotipically very different Our isolates were 90.5% similar among them and 87% similar to C. rugosa control strain as determined by RAPD, and 92% similar among them and 86,5% similar to ATCC10571, as determined by microsatelite. All the isolates were identified as C. rugosa by ITS region sequencing. The percentage of similarity ranged from 89% to 93% for the clinical isolates, and 99% to C. rugosa ATCC10571. Conclusions: It was not possible to establish a direct relationship between the expression of all virulence properties and patients clinical outcomes. However there is mounting evidence that lipase activity influences candidemia due to C. rugosa. It is possible that clonal dissemination in the hospital environment have occurred throughout several years. In addition, the genetic differences found between our isolates C. rugosa control strain ATCC10571, together with the phenotypic differences observed, such as higher biofilm formation and rough colony morphology, as well as low lipase activity for this control strain, suggest the genetic heterogeneity among the taxon C. rugosa. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Submitted by Daniel Hideki Mariano Watanabe null (danielw@zootecnista.com.br) on 2016-04-25T18:51:28Z No. of bitstreams: 1 007-2016 Daniel Hideki Mariano Watanabe+FR.pdf: 1725867 bytes, checksum: 66024c2dcf4b41501f5943eb4af31454 (MD5) / Rejected by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: A data informada na capa e contra-capa do documento está diferente da data de defesa que consta na ficha catalográfica. Corrija esta informação no arquivo PDF e realize uma nova submissão contendo o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2016-04-27T20:47:45Z (GMT) / Submitted by Daniel Hideki Mariano Watanabe null (danielw@zootecnista.com.br) on 2016-04-27T23:32:03Z No. of bitstreams: 1 007-2016 Daniel Hideki Mariano Watanabe+FR.pdf: 1625146 bytes, checksum: d1fbd0725047f84cb28be26a17d3b77a (MD5) / Approved for entry into archive by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-04-28T17:00:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 watanabe_dhm_me_dra.pdf: 1625146 bytes, checksum: d1fbd0725047f84cb28be26a17d3b77a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-28T17:00:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 watanabe_dhm_me_dra.pdf: 1625146 bytes, checksum: d1fbd0725047f84cb28be26a17d3b77a (MD5) Previous issue date: 2016-03-03 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O objetivo deste estudo foi avaliar os efeitos da duração do período de adaptação à dieta de alto teor de concentrado sobre o desempenho, comportamento ingestivo, características de carcaça, saúde do rúmen e digestibilidade do amido, FDN e MS em bovinos Nelore e ½ Angus/Nelore terminados em confinamento. Setenta e dois bovinos machos (com 313,5 kg ± 24,5 em média), não castrados, 36 da raça Nelore e 36 ½ Angus/Nelore, provenientes de sistema de recria em pasto, foram aleatorizados e mantidos em 24 baias (3 animais por baia) de chão batido (24 m² e 2,0 m de cocho por animal), de acordo com os tratamentos: bovinos Nelore adaptados por 9 dias, bovinos Nelore adaptados por 14 dias, bovinos ½ Angus/Nelore adaptados por 9 dias, e bovinos ½ Angus/Nelore adaptados por 14 dias, constituindo-se assim delineamento experimental em blocos casualizados em arranjo fatorial 2 × 2 (2 grupos genéticos e 2 durações do período de adaptação) com medidas repetidas no tempo, as quais foram tomadas de acordo com a variável analisada. Cada tratamento foi composto por 6 baias, as quais foram consideradas as unidades experimentais neste estudo. Após 9 ou 14 dias de adaptação, os animais receberam a ração final com 86% de concentrado. No início do período experimental e a cada 28 dias todos os animais foram pesados. A IMS foi medida todos os dias, para então calcular-se ganho de peso diário e conversão alimentar. Da mesma forma, os animais foram submetidos a avaliações de ultrassonografia no início e no final do período de confinamento para avaliação da deposição de músculos e gordura na carcaça, sendo abatidos em frigorífico comercial após 89 dias de alimentação, alcançando peso vivo final médio de 446,2 kg. Amostras de epitélio ruminal e ração, sobra e fezes foram coletadas para avaliações de saúde ruminal e digestibilidade dos nutrientes, respectivamente. Animais ½ Angus/Nelore apresentaram melhor (P<0,05) desempenho produtivo, eficiência alimentar e características de carcaça que os da raça Nelore. Foi observado (P<0,05) interação para escore de rumenites, onde animais Nelore adaptados por 14 dias apresentaram o maior escore. Bovinos adaptados em 14 dias apresentaram (P<0,05) seleção contra às partículas maiores que 19,0 mm e seleção a favor das partículas menores que 1,18 mm. Animais adaptados por 9 dias apresentaram flutuação da IMS maior (P<0,05) que os adaptados em 14 dias durante o período de adaptação. Conclui-se que o tempo de adaptação mais seguro para adaptar ambos genótipos foi de 14 dias e que o genótipo de melhor desempenho para confinamento foi o ½ Angus/Nelore. / The objective of this study was to evaluate the length of adaptation period to high concentrate diets on performance, feeding behavior, carcass traits, rumen health and starch, NDF and DM digestibility of Nellore and ½ Angus/Nellore cattle finished in feedlot. Seventy-two yearling bulls (313.5 kg ± 24.5 on the average), 36 Nellore and 36 ½ Angus/Nellore, backgrounded on pasture were randomly allocated and kept in 24 pens (3 animals/pen) with concrete floor (24 m² and 2,0 m bunk per animal) according to the treatments: Nellore adapted for 9 days, Nellore adapted for 14 days, ½ Angus/Nellore adapted for 9 days, and ½ Angus/Nellore adapted for 14 days, characterizing a randomized block design with a 2 x 2 factorial arrangement of treatments (2 genotypes and 2 lengths of adaptation period) with repeated measures over time according to the dependent variable measured. Each treatment was composed by 6 pens which was considered the experimental unit to this study. After 9 or 14 days of adaptation, yearling bulls received the finishing diet containing 86% concentrate. At the beginning of experimental period and every 28 days, yearling bulls were weighted. Dry matter intake was measure every day, and average daily gain and feed efficiency were calculate. Likewise, the deposition of muscle and fat were evaluate by ultrasound at the beginning and at the end of the study where the yearling bulls were slaughter in a commercial abattoir after 89 days of feed reaching average live body weight of 446.2 kg. Samples of rumen epithelium, diet, refusals and feces were collected for analysis of rumen health, and nutrients digestibility, respectively. Animals ½ Angus/Nellore presented better (P<0.05) performance, feed efficiency and carcass traits than the Nellore. Interaction (P<0.05) to rumenitis was observed, where Nellore adapted in 14 days presented the higher score. Yearling bulls adapted in 14 days presented (P<0.05) selection against particles higher than 19.0 mm and selection in favor of the particles lower than 1,18 mm. Animals adapted in 9 days showed higher DMI variation (P<0.05) than the adapted in 14 days during the adaptation period. Thus, it is possible to concludes that the most security adaptation length to both genotypes is the 14 days and the better genotype to feedlot performance is the ½ Angus/Nellore. / FAPESP: 2013/21666-7

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:31Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-07-10Bitstream added on 2014-06-13T19:16:33Z : No. of bitstreams: 1 silva_va_me_jabo.pdf: 515451 bytes, checksum: 2c88c0c9ded654221844f7613d8b5158 (MD5) / Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) / O presente trabalho teve como objetivo avaliar genótipos de milho quanto à resistência a Colletotrichum graminicola, em condições de campo e casa de vegetação, por inoculações artificiais com isolados do patógeno obtidos de áreas de ocorrência da doença. Os experimentos foram instalados em dois locais: Fazenda experimental da FCAV/UNESP Campus Jaboticabal-SP em dezembro de 2004 e Embrapa Milho e Sorgo - CNPMS Sete Lagoas, MG, em janeiro de 2005 e em maio de 2005, em casa de vegetação do CNPMS. De acordo com os dados obtidos no experimento, existe evidência da existência de raças de Colletotrichum graminicola entre os isolados. No ensaio de Jaboticabal, os menores valores de AACPD foram observados nos genótipos BRS 3003 (híbrido triplo), seguido do BRS 2020 (híbrido duplo). Em Sete Lagoas, os menores valores de AACPD foram para os híbridos BRS 3003 e CMS 101142 (híbrido simples). Em geral, o híbrido BRS 3003 apresentou os menores valores da AACPD, sugerindo que a maior variabilidade genética (intercruzamento de três genótipos) desse material conferiu maior proteção contra o patógeno. / This research had as an objective to evaluate genotype of corn to see the resistance to Colletotrichum graminicola, in field conditions and greenhouse conditions, through artificial inoculations with isolated pathogens obtained in locations where the disease is prevelant. The research was setup in two locations: Fazenda Experimental da FCAV/Unesp Câmpus Jaboticabal - SP in December 2004 and Embrapa Milho e Sorgo/CNPMS Sete Lagoas - MG in January 2005 and may 2005 in the greenhouse of CNPMS. According to the data obtained in the experiment, there is evidence of the existence to races of Colletotrichum graminicola among the isolates. In the plots of Jaboticabal, the lowest values of AUDPC were observed in the genotypes BRS 3003 (triple hybrid), followed by BRS 2020 (double hydrid). In Sete Lagoas, the lowest values of AUDPC were from the hybrids BRS 3003 and CMS 101142 (simple hybrid). In general the hybrid BRS 3003 showed the lowest values of AUDPC, suggesting that the greater genetic variability (intercrossing of three genotypes) of this material was better protection against the pathogen.

Orientador: Danilo Domingues Millen / Resumo: O objetivo deste estudo foi avaliar os efeitos da duração do período de adaptação à dieta de alto teor de concentrado sobre o desempenho, comportamento ingestivo, características de carcaça, saúde do rúmen e digestibilidade do amido, FDN e MS em bovinos Nelore e ½ Angus/Nelore terminados em confinamento. Setenta e dois bovinos machos (com 313,5 kg ± 24,5 em média), não castrados, 36 da raça Nelore e 36 ½ Angus/Nelore, provenientes de sistema de recria em pasto, foram aleatorizados e mantidos em 24 baias (3 animais por baia) de chão batido (24 m² e 2,0 m de cocho por animal), de acordo com os tratamentos: bovinos Nelore adaptados por 9 dias, bovinos Nelore adaptados por 14 dias, bovinos ½ Angus/Nelore adaptados por 9 dias, e bovinos ½ Angus/Nelore adaptados por 14 dias, constituindo-se assim delineamento experimental em blocos casualizados em arranjo fatorial 2 × 2 (2 grupos genéticos e 2 durações do período de adaptação) com medidas repetidas no tempo, as quais foram tomadas de acordo com a variável analisada. Cada tratamento foi composto por 6 baias, as quais foram consideradas as unidades experimentais neste estudo. Após 9 ou 14 dias de adaptação, os animais receberam a ração final com 86% de concentrado. No início do período experimental e a cada 28 dias todos os animais foram pesados. A IMS foi medida todos os dias, para então calcular-se ganho de peso diário e conversão alimentar. Da mesma forma, os animais foram submetidos a avaliações de ultrassonografia no início e no... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of this study was to evaluate the length of adaptation period to high concentrate diets on performance, feeding behavior, carcass traits, rumen health and starch, NDF and DM digestibility of Nellore and ½ Angus/Nellore cattle finished in feedlot. Seventy-two yearling bulls (313.5 kg ± 24.5 on the average), 36 Nellore and 36 ½ Angus/Nellore, backgrounded on pasture were randomly allocated and kept in 24 pens (3 animals/pen) with concrete floor (24 m² and 2,0 m bunk per animal) according to the treatments: Nellore adapted for 9 days, Nellore adapted for 14 days, ½ Angus/Nellore adapted for 9 days, and ½ Angus/Nellore adapted for 14 days, characterizing a randomized block design with a 2 x 2 factorial arrangement of treatments (2 genotypes and 2 lengths of adaptation period) with repeated measures over time according to the dependent variable measured. Each treatment was composed by 6 pens which was considered the experimental unit to this study. After 9 or 14 days of adaptation, yearling bulls received the finishing diet containing 86% concentrate. At the beginning of experimental period and every 28 days, yearling bulls were weighted. Dry matter intake was measure every day, and average daily gain and feed efficiency were calculate. Likewise, the deposition of muscle and fat were evaluate by ultrasound at the beginning and at the end of the study where the yearling bulls were slaughter in a commercial abattoir after 89 days of feed reaching average live body weig... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Resumo: O presente trabalho teve como objetivo avaliar genótipos de milho quanto à resistência a Colletotrichum graminicola, em condições de campo e casa de vegetação, por inoculações artificiais com isolados do patógeno obtidos de áreas de ocorrência da doença. Os experimentos foram instalados em dois locais: Fazenda experimental da FCAV/UNESP Campus Jaboticabal-SP em dezembro de 2004 e Embrapa Milho e Sorgo - CNPMS Sete Lagoas, MG, em janeiro de 2005 e em maio de 2005, em casa de vegetação do CNPMS. De acordo com os dados obtidos no experimento, existe evidência da existência de raças de Colletotrichum graminicola entre os isolados. No ensaio de Jaboticabal, os menores valores de AACPD foram observados nos genótipos BRS 3003 (híbrido triplo), seguido do BRS 2020 (híbrido duplo). Em Sete Lagoas, os menores valores de AACPD foram para os híbridos BRS 3003 e CMS 101142 (híbrido simples). Em geral, o híbrido BRS 3003 apresentou os menores valores da AACPD, sugerindo que a maior variabilidade genética (intercruzamento de três genótipos) desse material conferiu maior proteção contra o patógeno. / Abstract: This research had as an objective to evaluate genotype of corn to see the resistance to Colletotrichum graminicola, in field conditions and greenhouse conditions, through artificial inoculations with isolated pathogens obtained in locations where the disease is prevelant. The research was setup in two locations: Fazenda Experimental da FCAV/Unesp Câmpus Jaboticabal - SP in December 2004 and Embrapa Milho e Sorgo/CNPMS Sete Lagoas - MG in January 2005 and may 2005 in the greenhouse of CNPMS. According to the data obtained in the experiment, there is evidence of the existence to races of Colletotrichum graminicola among the isolates. In the plots of Jaboticabal, the lowest values of AUDPC were observed in the genotypes BRS 3003 (triple hybrid), followed by BRS 2020 (double hydrid). In Sete Lagoas, the lowest values of AUDPC were from the hybrids BRS 3003 and CMS 101142 (simple hybrid). In general the hybrid BRS 3003 showed the lowest values of AUDPC, suggesting that the greater genetic variability (intercrossing of three genotypes) of this material was better protection against the pathogen. / Orientador: Rita de Cássia Panizzi / Coorientador: Carlos Roberto Casela / Banca: Margarida Fumiko Ito / Banca: Ester Wickert / Mestre

Dans les cellules somatiques, la recombinaison des chromosomes homologues, suivie d'une ségrégation équationnelle, mène à des évènements de perte d'hétérozygotie qui permettent l'expression d'allèles récessifs et la production de nouvelles combinaisons d'allèle qui sont potentiellement bénéfiques lors de la sélection Darwinienne. Cependant, les recombinaisons inter-homologues sont rares dans les cellules somatiques, réduisant ainsi la possibilité de générer des recombinants. Ici, nous avons exploré une propriété de S. cerevisiae à entrer le programme de développement méiotique, induire au travers du génome des cassures double-brins dépendantes de Spo11, et retourner dans un cycle de division mitotique, un processus appelé retour en croissance végétative (" return to growth " ou RTG). Le séquençage du génome de 36 souches RTG dérivées de la souche diploïde S288c/SK1 démontre que ces souches RTG sont bien diploïdes, avec des génomes recombinés mosaïques. Les génotypes des souches RTG portent de 5 à 87 régions homozygotes, dues à des évènements de perte d'hétérozygotie (" loss of heterozygosity " ou LOH) de longueur variées, allant de quelques nucléotides à plusieurs centaines de kilobases. En outre, nous montrons que l'itération du processus de RTG augmente de manière séquentielle le pourcentage d'homozygotie du génome. Des analyses phénotype/génotype des souches RTG pour les caractères d'auxotrophies ou de résistance à l'arsénite valident le potentiel de cette procédure de diversification du génome pour cartographier des caractères complexes (" quantitative trait loci " ou QTL) dans des souches diploïdes, sans passer par le cycle complet de reproduction sexuée. / In somatic cells, recombination between the homologous chromosomes, followed by equational segregation, leads to loss of heterozygosity events (LOH), allowing the expression of recessive alleles and the production of novel allele combinations that are potentially beneficial upon Darwinian selection. However, inter-homolog recombination in somatic cells is rare, thus reducing the potential to generate recombinants. Here, we explored the property of S. cerevisiae to enter the meiotic developmental program, induce meiotic Spo11-dependent double-strand breaks genome-wide and return to mitotic growth, a process known as Return To Growth (RTG). Whole genome sequencing of 36 RTG strains derived from the hybrid S288c/SK1 diploid strain demonstrates that the RTGs are bona fide diploids with mosaic recombined genome. Individual RTG genotypes comprised 5 to 87 homozygous regions due to loss of heterozygous (LOH) events of various lengths, varying between a few nucleotides up to several hundred kilobases. Furthermore, we show that the iteration of the RTG process orderly increments the percentage of homozygosity. Phenotype/genotype analysis of the RTG strains for the auxotrophic and arsenate resistance traits validates the potential of this procedure of genome diversification to rapidly map complex traits loci (QTLs) in diploid strains, without going through sexual reproduction.

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / O cajueiro (Anacardium occidentale L.) à uma planta nativa do Brasil com grande valor comercial. Isso contribui com a geraÃÃo de milhares de empregos diretos e indiretos, especialmente na RegiÃo Nordeste, em Ãpoca de estiagem. Programas de melhoramento genÃtico vem selecionando cultivares de cajueiro melhores adaptados ao ambiente semiÃrido a fim de colocÃ-lo em um mercado cada vez mais competitivo. A busca por marcadores microssatÃlites pode auxiliar os programas de melhoramento no que diz respeito ao acesso à diversidade genÃtica da espÃcie. O presente trabalho tem como objetivo a identificaÃÃo de marcadores SSR em cajueiro com base no transcriptoma de sementes e folhas, bem como sua validaÃÃo por PCR em diferentes genÃtipos comerciais. Utilizando ferramentas de bioinformÃtica foram encontrados motivos SSRs do tipo di- tri- tetra- penta- e hexanucleotÃdeos, onde o motivo do tipo trinucleotÃdeo foi o mais representativo nos transcritos do cajueiro anÃo CCP 76 e comum variando de 60 a 65%, respectivamente. Os transcritos de cajueiro comum e anÃo CCP 76 compartilham um total de 298 marcadores SSR, destes, 29 foram escolhidos para amplificaÃÃo por PCR, os quais 9 mostraram polimorfismo nos genÃtipos testados. As sequÃncias situadas prÃximas aos marcadores SSR codificam proteÃnas, que em sua maioria pertencem a famÃlias gÃnicas. Pode-se concluir que foram encontrados regiÃes contendo marcadores SSRs na regiÃo transcrita de nove genÃtipos de cajueiro, podendo ser uma ferramenta Ãtil nas anÃlises genÃticas e abrindo perspectivas para o papel endÃgeno dos SSRs na funÃÃo proteica. / The cashew tree is a native plant from Brazil with high market value. This contributes to the generation of thousands direct and indirect jobs, especially in the Northeast region, during dry season. Breeding programs have been selecting cashew cultivars that best adapt to semi-arid environment in order to fit it in the increasingly competitive market. The search for microsatellite markers can assist breeding programs regarding to access to genetic diversity of the species. This study aims to identify SSR markers in the cashew tree based on seeds and leaves transcriptome, as well as assess its validation by PCR technique in different commercial genotypes. Using bioinformatics tools, SSRs motifs from types di- tri- tetra- penta- and hexanucleotides were found. Trinucleotide-type motif was the most representative in transcripts both from dwarf cashew CCP 76 and common cashew, ranging from 60 to 65%, respectively. Transcripts from common cashew and dwarf cashew CCP 76 share a total of 298 SSR markers. 29 of these were selected for amplification by PCR, in which 9 showed polymorphism in genotypes tested. The sequences located near to the SSR markers encode proteins, which mostly belong to gene families. It can be concluded that regions containing SSRs markers were found in the transcribed region of nine cashew genotypes, and can be a useful tool in genetic analysis and open up prospects for endogenous role of SSRs in protein function.