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Throughput-oriented analytical models for performance estimation on programmable hardware accelerators

Lai, Junjie 15 February 2013 (has links) (PDF)
In this thesis work, we have mainly worked on two topics of GPU performance analysis. First, we have developed an analytical method and a timing estimation tool (TEG) to predict CUDA application's performance for GT200 generation GPUs. TEG can predict GPU applications' performance in cycle-approximate level. Second, we have developed an approach to estimate GPU applications' performance upper bound based on application analysis and assembly code level benchmarking. With the performance upper bound of an application, we know how much optimization space is left and can decide the optimization effort. Also with the analysis we can understand which parameters are critical to the performance.
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Pusiau skaidrių kūnų apšvietimo modeliavimo metodai trimatėje grafikoje / Partially transparent objects lighting methods in 3D graphics

Vinkelis, Mindaugas 16 July 2008 (has links)
Šiame darbe pateikiamas apšvietimo algoritmas pusiau skaidriems, vientisiems kūnams, kai šviesos sklidimas gali būti išreikštas BTDF, algoritmas pritaikomas spalvotiems šešėliams. Jis yra realaus laiko, ir gali būti pilnai realizuojamas šiuolaikiniuose trimačio vaizdo spartintuvuose. Algoritmas suskaido vaizduojamą objektą į sluoksnius ir kiekviename sluoksnyje saugo informaciją apie tai, kiek šviesos sugeriama tame sluoksnyje, ir kokioje pozicijoje spindulys atsitrenkė į matomą objekto paviršių. Konkretaus taško piešimo metu imama informacija iš atitinkamo sluoksnio (peršviečiamumo žemėlapio) ir šviesos sugėrimo stiprumas tiesiškai interpoliuojamas tarp skirtinguose žemėlapiuose saugomų atstumų. / This thesis focuses on partially transparent objects lighting, where light distribution may be written in BTDF1, algorithm supports multi-colored shadows. It is real-time method and can be fully implemented in modern graphics hardware. Algorithm divides object into layers, in each of them is stored information about how much light is absorbed in that layer, and where light hit visible object surface. On rendering particular point we take appropriate layer (opacity map) and light absorption intensity is linearly interpolated between different distances stored in other opacity maps.
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[en] HYBRID FRUSTUM CULLING USING CPU AND GPU / [pt] FRUSTUM CULLING HÍBRIDO UTILIZANDO CPU E GPU

EDUARDO TELLES CARLOS 15 September 2017 (has links)
[pt] Um dos problemas mais antigos da computação gráfica tem sido a determinação de visibilidade. Vários algoritmos têm sido desenvolvidos para viabilizar modelos cada vez maiores e detalhados. Dentre estes algoritmos, destaca-se o frustum culling, cujo papel é remover objetos que não sejam visíveis ao observador. Esse algoritmo, muito comum em várias aplicações, vem sofrendo melhorias ao longo dos anos, a fim de acelerar ainda mais a sua execução. Apesar de ser tratado como um problema bem resolvido na computação gráfica, alguns pontos ainda podem ser aperfeiçoados, e novas formas de descarte desenvolvidas. No que se refere aos modelos massivos, necessita-se de algoritmos de alta performance, pois a quantidade de cálculos aumenta significativamente. Este trabalho objetiva avaliar o algoritmo de frustum culling e suas otimizações, com o propósito de obter o melhor algoritmo possível implementado em CPU, além de analisar a influência de cada uma de suas partes em modelos massivos. Com base nessa análise, novas técnicas de frustum culling serão desenvolvidas, utilizando o poder computacional da GPU (Graphics Processing Unit), e comparadas com o resultado obtido apenas pela CPU. Como resultado, será proposta uma forma de frustum culling híbrido, que tentará aproveitar o melhor da CPU e da GPU. / [en] The definition of visibility is a classical problem in Computer Graphics. Several algorithms have been developed to enable the visualization of huge and complex models. Among these algorithms, the frustum culling, which plays an important role in this area, is used to remove invisible objects by the observer. Besides being very usual in applications, this algorithm has been improved in order to accelerate its execution. Although being treated as a well-solved problem in Computer Graphics, some points can be enhanced yet, and new forms of culling may be disclosed as well. In massive models, for example, algorithms of high performance are required, since the calculus arises considerably. This work analyses the frustum culling algorithm and its optimizations, aiming to obtain the state-of-the-art algorithm implemented in CPU, as well as explains the influence of each of its steps in massive models. Based on this analysis, new GPU (Graphics Processing Unit) based frustum culling techniques will be developed and compared with the ones using only CPU. As a result, a hybrid frustum culling will be proposed, in order to achieve the best of CPU and GPU processing.
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Conception, simulation parallèle et implémentation de réseaux sur puce hautes performances tolérants aux fautes / Design, Parallel Simulation and Implementation of High-Performance Fault-Tolerant Network-on-Chip Architectures

Charif, Mohamed El Amir 17 November 2017 (has links)
Grâce à une réduction considérable dans les dimensions des transistors, les systèmes informatiques sont aujourd'hui capables d'intégrer un très grand nombre de cœurs de calcul en une seule puce (System-on-Chip, SoC). Faire communiquer les composants au sein d'une puce est aujourd'hui assuré par un réseau de commutation de paquet intégré, communément appelé Network-on-Chip (NoC). Cependant, le passage à des technologies de plus en plus réduites rend les circuits plus vulnérables aux fautes et aux défauts de fabrication. Le réseau sur puce peut donc se retrouver avec des routeurs ou des liens non-opérationnels, qui ne peuvent plus être utilisés pour le routage de paquets. Par conséquent, le niveau de flexibilité offert par l'algorithme de routage n'a jamais été aussi important. La première partie de cette thèse consiste à proposer une méthodologie généralisée, permettant de concevoir des algorithmes de routage hautement flexibles, combinant tolérance aux fautes et hautes performances, et ce pour n'importe quelle topologie réseau. Cette méthodologie est basée sur une nouvelle condition suffisante pour l'absence d'interblocages (deadlocks) qui, contrairement aux méthodes existantes qui imposent des restrictions importantes sur l'utilisation des buffers, s'évalue de manière dynamique en fonction de chaque paquet et ne requiert pas un partitionnement stricte des canaux virtuels (virtual channels). Il est montré que ce degré élevé de liberté dans l'utilisation des buffers a un impact positif à la fois sur les performances et sur la robustesse du NoC, sans pour autant augmenter la complexité en termes d'implémentation matérielle. La seconde partie de la thèse s'intéresse à une problématique plus spécifique, qui est celle du routage dans des topologies tri-dimensionnelles partiellement connectées, qui vont vraisemblablement être en vigueur à cause du coût important des connexions verticales, réalisées en utilisant la technologie TSV (Through-Silicon Via). Cette thèse introduit un nouvel algorithme de routage pour ce type d'architectures nommé "First-Last". Grâce à un placement original des canaux virtuels, cet algorithme est le seul capable de garantir la connectivité totale du réseau en présence d'un seul pilier de TSVs de coordonnées arbitraires, tout en ne requérant de canaux virtuels que sur deux des ports du routeur. Contrairement à d'autres algorithmes qui utilisent le même nombre total de canaux virtuels, First-Last n'impose aucune règle sur la position des piliers, ni sur les piliers à sélectionner durant l'exécution. De plus, l'algorithme proposé ayant été construit en utilisant la méthode décrite dans la première partie de la thèse, il offre une utilisation optimisée des canaux virtuels ajoutés. L'implémentation d'un nouvel algorithme de routage implique souvent des changements considérables au niveau de la microarchitecture des routeurs. L'évaluation de ces nouvelles solutions requiert donc une plateforme capable de simuler précisément l'architecture matérielle du réseau au cycle près. De plus, il est essentiel de tester les nouvelles architectures sur des tailles de réseau significativement grandes, pour s'assurer de leur scalabilité et leur applicabilité aux technologies émergentes (e.g. intégration 3D). Malheureusement, les simulateurs de réseaux sur puce existants ne sont pas capables d'effectuer des simulations sur de grands réseaux (milliers de cœurs) assez vite, et souvent, la précision des simulations doit être sacrifiée afin d'obtenir des temps de simulation raisonnables. En réponse à ce problème, la troisième et dernière partie de cette thèse est consacrée à la conception et au développement d'un modèle de simulation générique, extensible et parallélisable, exploitant la puissance des processeurs graphiques modernes (GPU). L'outil développé modélise l'architecture d'un routeur de manière très précise et peut simuler de très grands réseaux en des temps record. / Networks-on-Chip (NoCs) have proven to be a fast and scalable replacement for buses in current and emerging many-core systems. They are today an actively researched topic and various solutions are being explored to meet the needs of emerging applications in terms of performance, quality of service, power consumption, and fault-tolerance. This thesis presents contributions in two important areas of Network-on-Chip research:- The design of ultra-flexible high-performance deadlock-free routing algorithms for any topology.- The design and implementation of parallel cycle-accurate Network-on-Chip simulators for a fast evaluation of new NoC architectures.While aggressive technology scaling has its benefits in terms of delay, area and power, it is also known to increase the vulnerability of circuits, suggesting the need for fault-tolerant designs. Fault-tolerance in NoCs is directly tied to the degree of flexibility of the routing algorithm. High routing flexibility is also required in some irregular topologies, as is the case for TSV-based 3D Network-on-Chips, wherein only a subset of the routers are connected using vertical connections. Unfortunately, routing freedom is often limited by the deadlock-avoidance method, which statically restricts the set of virtual channels that can be acquired by each packet.The first part of this thesis tackles this issue at the source and introduces a new topology-agnostic methodology for designing ultra-flexible routing algorithms for Networks-on-Chips. The theory relies on a novel low-restrictive sufficient condition of deadlock-freedom that is expressed using the local information available at each router during runtime, making it possible to verify the condition dynamically in a distributed manner.A significant gain in both performance and fault-tolerance when using our methodology compared to the existing static channel partitioning methods is reported. Moreover, hardware synthesis results show that the newly introduced mechanisms have a negligible impact on the overall router area.In the second part, a novel routing algorithm for vertically-partially-connected 3D Networks-on-Chips called First-Last is constructed using the previously presented methodology.Thanks to a unique distribution of virtual channels, our algorithm is the only one capable of guaranteeing full connectivity in the presence of one TSV pillar in an arbitrary position, while requiring a low number of extra buffers (1 extra VC in the East and North directions). This makes First-Last a highly appealing cost-effective alternative to the state-of-the-art Elevator-First algorithm.Finally, the third and last part of this work presents the first detailed and modular parallel NoC simulator design targeting Graphics Processing Units (GPUs). First, a flexible task decomposition approach, specifically geared towards high parallelization is proposed. Our approach makes it easy to adapt the granularity of parallelism to match the capabilities of the host GPU. Second, all the GPU-specific implementation issues are addressed and several optimizations are proposed. Our design is evaluated through a reference implementation, which is tested on an NVidia GTX980Ti graphics card and shown to speed up 4K-node NoC simulations by almost 280x.
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Imagerie ultrasonore 2D et 3D sur GPU : application au temps réel et à l'inversion de forme d'onde complète / 2D and 3D ultrasoundimaging using GPU : toward real-time and full waveform inversion

Bachmann, Etienne 07 October 2016 (has links)
Si les avancées majeures en imagerie ultrasonore ont longtemps été liées à la qualité de l'instrumentation, l'avènement de l'informatique a incontestablement changé la donne en introduisant des possibilités croissantes de traitement des données pour obtenir une meilleure image. Par ailleurs, les GPUs, composants principaux des cartes graphiques, offrent de par leur architecture des vitesses de calcul bien supérieures aux processeurs, y compris à des fins de calcul scientifique. Le but de cette thèse a été de tirer parti de ce nouvel outil de calcul, en ciblant deux applications complémentaires. La première est d'autoriser une imagerie en temps réel de meilleure qualité que les autres techniques d'imagerie échographique, en parallélisant le procédé d'imagerie FTIM (Fast Topological IMaging). La seconde est d'introduire l'imagerie quantitative et en particulier la reconstruction de la carte de vitesse du milieu inconnu, en utilisant l'inversion de la forme d'onde complète. / If the most important progresses in ultrasound imaging have been closely linked to the instrumentation's quality, the advent of computing science revolutionized this discipline by introducing growing possibilities in data processing to obtain a better picture. In addition, GPUs, which are the main components of the graphics cards deliver thanks to their architecture a significantly higher processing speed compared with processors, and also for scientific calculation purpose. The goal of this work is to take the best benefit of this new computing tool, by aiming two complementary applications. The first one is to enable real-time imaging with a better quality than other sonographic imaging techniques, thanks to the parallelization of the FTIM (Fast Tpological IMaging) imaging process. The second one is to introduce quantitative imaging and more particularly reconstructing the wavespeed map of an unknown medium, using Full Waveform Inversion.
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Algorithmes de résolution rapide de problèmes mécaniques sur GPU / Fast algorithms solving mechanical problems on GPU

Ballage, Marion 04 July 2017 (has links)
Dans le contexte de l'analyse numérique en calcul de structures, la génération de maillages conformes sur des modèles à géométrie complexe conduit à des tailles de modèles importantes, et amène à imaginer de nouvelles approches éléments finis. Le temps de génération d'un maillage est directement lié à la complexité de la géométrie, augmentant ainsi considérablement le temps de calcul global. Les processeurs graphiques (GPU) offrent de nouvelles opportunités pour le calcul en temps réel. L'architecture grille des GPU a été utilisée afin d'implémenter une méthode éléments finis sur maillage cartésien. Ce maillage est particulièrement adapté à la parallélisation souhaitée par les processeurs graphiques et permet un gain de temps important par rapport à un maillage conforme à la géométrie. Les formulations de la méthode des éléments finis ainsi que de la méthode des éléments finis étendue ont été reprises afin d'être adaptées à notre méthode. La méthode des éléments finis étendus permet de prendre en compte la géométrie et les interfaces à travers un choix adéquat de fonctions d'enrichissement. Cette méthode discrétise par exemple sans mailler explicitement les fissures, et évite surtout de remailler au cours de leur propagation. Des adaptations de cette méthode sont faites afin de ne pas avoir besoin d'un maillage conforme à la géométrie. La géométrie est définie implicitement par une fonction surfaces de niveau, ce qui permet une bonne approximation de la géométrie et des conditions aux limites sans pour autant s'appuyer sur un maillage conforme. La géométrie est représentée par une fonction surfaces de niveau que nous appelons la densité. La densité est supérieure à 0.5 à l'intérieur du domaine de calcul et inférieure à 0.5 à l'extérieur. Cette fonction densité, définie par ses valeurs aux points noeuds du maillage, est interpolée à l'intérieur de chaque élément. Une méthode d'intégration adaptée à cette représentation géométrique est proposée. En effet, certains éléments sont coupés par la fonction surfaces de niveau et l'intégration de la matrice de raideur ne doit se faire que sur la partie pleine de l'élément. La méthode de quadrature de Gauss qui permet d'intégrer des polynômes de manière exacte n'est plus adaptée. Nous proposons d'utiliser une méthode de quadrature avec des points d'intégration répartis sur une grille régulière et dense. L'intégration peut s'avérer coûteuse en temps de calcul, c'est pour cette raison que nous proposons une technique d'apprentissage donnant la matrice élémentaire de rigidité en fonction des valeurs de la fonction surfaces de niveau aux sommets de l'élément considéré. Cette méthode d'apprentissage permet de grandes améliorations du temps de calcul des matrices élémentaires. Les résultats obtenus après analyse par la méthode des éléments finis standard ou par la méthode des éléments finis sur maillage cartésien ont une taille qui peut croître énormément selon la complexité des modèles, ainsi que la précision des schémas de résolution. Dans un contexte de programmation sur processeurs graphiques, où la mémoire est limitée, il est intéressant d'arriver à compresser ces données. Nous nous sommes intéressés à la compression des modèles et des résultats éléments finis par la transformée en ondelettes. La compression mise en place aidera aussi pour les problèmes de stockage en réduisant la taille des fichiers générés, et pour la visualisation des données. / Generating a conformal mesh on complex geometries leads to important model size of structural finite element simulations. The meshing time is directly linked to the geometry complexity and can contribute significantly to the total turnaround time. Graphics processing units (GPUs) are highly parallel programmable processors, delivering real performance gains on computationally complex, large problems. GPUs are used to implement a new finite element method on a Cartesian mesh. A Cartesian mesh is well adapted to the parallelism needed by GPUs and reduces the meshing time to almost zero. The novel method relies on the finite element method and the extended finite element formulation. The extended finite element method was introduced in the field of fracture mechanics. It consists in enriching the basis functions to take care of the geometry and the interface. This method doesn't need a conformal mesh to represent cracks and avoids refining during their propagation. Our method is based on the extended finite element method, with a geometry implicitly defined, wich allows for a good approximation of the geometry and boundary conditions without a conformal mesh.To represent the model on a Cartesian grid, we use a level set representing a density. This density is greater than 0.5 inside the domain and less than 0.5 outside. It takes 0.5 on the boundary. A new integration technique is proposed, adapted to the geometrical representation. For the element cut by the levet set, only the part full of material has to be integrated. The Gauss quadrature is no longer adapted. We introduce a quadrature method with integration points on a cartesian dense grid.In order to reduce the computational effort, a learning approach is then considered to form the elementary stiffness matrices as function of density values on the vertices of the elements. This learning method reduces the stiffness matrices time computation. Results obtained after analysis by finite element method or the novel finite element method can have important storage size, dependant of the model complexity and the resolution scheme exactitude. Due to the limited direct memory of graphics processing units, the data results are compressed. We compress the model and the element finite results with a wavelet transform. The compression will help for storage issue and also for data visualization.
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Localisation temps-réel d'un robot par vision monoculaire et fusion multicapteurs / Real-time robot location by monocular vision and multi-sensor fusion

Charmette, Baptiste 14 December 2012 (has links)
Ce mémoire présente un système de localisation par vision pour un robot mobile circulant dans un milieu urbain. Pour cela, une première phase d’apprentissage où le robot est conduit manuellement est réalisée pour enregistrer une séquence vidéo. Les images ainsi acquises sont ensuite utilisées dans une phase hors ligne pour construire une carte 3D de l’environnement. Par la suite, le véhicule peut se déplacer dans la zone, de manière autonome ou non, et l’image reçue par la caméra permet de le positionner dans la carte. Contrairement aux travaux précédents, la trajectoire suivie peut être différente de la trajectoire d’apprentissage. L’algorithme développé permet en effet de conserver la localisation malgré des changements de point de vue importants par rapport aux images acquises initialement. Le principe consiste à modéliser les points de repère sous forme de facettes localement planes, surnommées patchs plan, dont l’orientation est connue. Lorsque le véhicule se déplace, une prédiction de la position courante est réalisée et la déformation des facettes induite par le changement de point de vue est reproduite. De cette façon la recherche des amers revient à comparer des images pratiquement identiques, facilitant ainsi leur appariement. Lorsque les positions sur l’image de plusieurs amers sont connues, la connaissance de leur position 3D permet de déduire la position du robot. La transformation de ces patchs plan est complexe et demande un temps de calcul important, incompatible avec une utilisation temps-réel. Pour améliorer les performances de l’algorithme, la localisation a été implémentée sur une architecture GPU offrant de nombreux outils permettant d’utiliser cet algorithme avec des performances utilisables en temps-réel. Afin de prédire la position du robot de manière aussi précise que possible, un modèle de mouvement du robot a été mis en place. Il utilise, en plus de la caméra, les informations provenant des capteurs odométriques. Cela permet d’améliorer la prédiction et les expérimentations montrent que cela fournit une plus grande robustesse en cas de pertes d’images lors du traitement. Pour finir ce mémoire détaille les différentes performances de ce système à travers plusieurs expérimentations en conditions réelles. La précision de la position a été mesurée en comparant la localisation avec une référence enregistrée par un GPS différentiel. / This dissertation presents a vision-based localization system for a mobile robot in an urban context. In this goal, the robot is first manually driven to record a learning image sequence. These images are then processed in an off-line way to build a 3D map of the area. Then vehicle can be —either automatically or manually— driven in the area and images seen by the camera are used to compute the position in the map. In contrast to previous works, the trajectory can be different from the learning sequence. The algorithm is indeed able to keep localization in spite of important viewpoint changes from the learning images. To do that, the features are modeled as locally planar features —named patches— whose orientation is known. While the vehicle is moving, its position is predicted and patches are warped to model the viewpoint change. In this way, matching the patches with points in the image is eased because their appearances are almost the same. After the matching, 3D positions of the patches associated with 2D points on the image are used to compute robot position. The warp of the patch is computationally expensive. To achieve real-time performance, the algorithm has been implemented on GPU architecture and many improvements have been done using tools provided by the GPU. In order to have a pose prediction as precise as possible, a motion model of the robot has been developed. This model uses, in addition to the vision-based localization, information acquired from odometric sensors. Experiments using this prediction model show that the system is more robust especially in case of image loss. Finally many experiments in real situations are described in the end of this dissertation. A differential GPS is used to evaluate the localization result of the algorithm.
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DistributedCL: middleware de processamento distribuído em GPU com interface da API OpenCL. / DistributedCL: middleware de processamento distribuído em GPU com interface da API OpenCL.

Andre Luiz Rocha Tupinamba 10 July 2013 (has links)
Este trabalho apresenta a proposta de um middleware, chamado DistributedCL, que torna transparente o processamento paralelo em GPUs distribuídas. Com o suporte do middleware DistributedCL uma aplicação, preparada para utilizar a API OpenCL, pode executar de forma distribuída, utilizando GPUs remotas, de forma transparente e sem necessidade de alteração ou nova compilação do seu código. A arquitetura proposta para o middleware DistributedCL é modular, com camadas bem definidas e um protótipo foi construído de acordo com a arquitetura, onde foram empregados vários pontos de otimização, incluindo o envio de dados em lotes, comunicação assíncrona via rede e chamada assíncrona da API OpenCL. O protótipo do middleware DistributedCL foi avaliado com o uso de benchmarks disponíveis e também foi desenvolvido o benchmark CLBench, para avaliação de acordo com a quantidade dos dados. O desempenho do protótipo se mostrou bom, superior às propostas semelhantes, tendo alguns resultados próximos do ideal, sendo o tamanho dos dados para transmissão através da rede o maior fator limitante. / This work proposes a middleware, called DistributedCL, which makes parallel processing on distributed GPUs transparent. With DistributedCL middleware support, an OpenCL enabled application can run in a distributed manner, using remote GPUs, transparently and without alteration to the code or recompilation. The proposed architecture for the DistributedCL middleware is modular, with well-defined layers. A prototype was built according to the architecture, into which were introduced multiple optimization features, including batch data transfer, asynchronous network communication and asynchronous OpenCL API invocation. The prototype was evaluated using available benchmarks and a specific benchmark, the CLBench, was developed to facilitate evaluations according to the amount of processed data. The prototype presented good performance, higher compared to similar proposals. The size of data for transmission over the network showed to be the biggest limiting factor.
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Um algoritmo exato em clusters de GPUs para o Hitting Set aplicado à inferência de redes de regulação gênica

Santos, Danilo Carastan dos January 2015 (has links)
Orientador: Prof. Dr. Luiz Carlos da Silva Rozante / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do ABC, Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação, 2015. / A inferência de redes de regulação gênica é um dos problemas cruciais no campo de Biologia de Sistemas. É ainda um problema em aberto, principalmente devido à alta dimensionalidade (milhares de genes) com um número limitado de amostras (dezenas), tornando difícil estimar dependências entre genes. Além do problema de estimação, outro obstáculo é a inerente complexidade computacional dos métodos de inferência de GRNs. Este trabalho teve como foco contornar problemas de desempenho de uma técnica baseada em perturbação de sinais para inferir dependências entre genes. Um dos passos principais consiste em resolver o problema da Transversal Mínima (do Inglês Hitting Set, ou HSP), o qual é NPDifícil. Existem diversas propostas para se obter soluções aproximadas ou exatas para esse problema. Uma dessas propostas consiste em um algoritmo baseado em GPU (Graphical Processing Unit) para se obter as soluções exatas do HSP. Entretanto, tal método não é escalável para GRNs de tamanho real. Foi proposto nesse trabalho, portanto, uma extensão desse algoritmo para resolver o HSP, que é capaz de lidar com conjuntos de entrada contendomilhares de variáveis, pela introdução de inovações nas estruturas de dados e um mecanismo de ordenação que permite um descarte eficiente de candidatos que não são solução do HSP. Foi provida uma implementação em CPU multi-core e em clusters de GPU. Os resultados experimentais mostraram que o uso do mecanismo de ordenação fornece speedups de até 3,5 na implementação em CPU. Além disso, utilizando uma única GPU, foi obtido um speedup adicional de até 4,7, em comparação com uma implementação multithreaded em CPU. Porfim, o uso de oito GPUs de um cluster de GPU forneceu um speedup adicional de até 6,6. Combinando todas as técnicas, foram obtidos speedups acima de 60 para a parte paralela do algoritmo. / Gene regulatory networks inference is one of the crucial problems of the Systems Biology field. It is still an open problem, mainly because of its high dimensionality (thousands of genes) with a limited number of samples (dozens), making it difficult to estimate dependenciesamong genes. Besides the estimation problem, another important hindrance is the inherent computational complexity of GRN inference methods. In this work, we focus on circumventing performance issues of a technique based on signal perturbations to infer gene dependencies. One of its main steps consists in solving the Hitting Set problem (HSP), which is NP-Hard. There are many proposals to obtain approximate or exact solutions to this problem. One of these proposals consists of a Graphical Processing Unit (GPU) based algorithm to obtain exact solutions to the HSP. However, such method is not scalable for real size GRNs. We propose an extension of the HSP algorithm to deal with input sets containing thousands of variables by introducing innovations in the data structures and a sorting scheme to allow efficient discarding of Hitting Set non-solution candidates. We provide an implementation for multi-core CPUs and GPU clusters. Our experimental results show that the usage of the sorting scheme brings speedups of up to 3.5 in the CPU implementation. Moreover, using a single GPU, we could obtain an additional speedup of up to 4.7, in comparison with the multithreaded CPU implementation. Finally, usage of eight GPUs from a GPU cluster brought an additional speedup of up to 6.6. Combining all techniques, speedups above 60 were obtained for the parallel part of the algorithm.
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Adéquation Algorithme Architecture et modèle de programmation pour l'implémentation d'algorithmes de traitement du signal et de l'image sur cluster multi-GPU / Programming model for the implementation of 2D-3D image processing applications on a hybrid CPU-GPU cluster.

Boulos, Vincent 18 December 2012 (has links)
Initialement con¸cu pour d´echarger le CPU des tˆaches de rendu graphique, le GPU estdevenu une architecture massivement parall`ele adapt´ee au traitement de donn´ees volumineuses.Alors qu’il occupe une part de march´e importante dans le Calcul Haute Performance, uned´emarche d’Ad´equation Algorithme Architecture est n´eanmoins requise pour impl´ementerefficacement un algorithme sur GPU.La contribution de cette th`ese est double. Dans un premier temps, nous pr´esentons legain significatif apport´e par l’impl´ementation optimis´ee d’un algorithme de granulom´etrie(l’ordre de grandeur passe de l’heure `a la minute pour un volume de 10243 voxels). Un mod`eleanalytique permettant d’´etablir les variations de performance de l’application de granulom´etriesur GPU a ´egalement ´et´e d´efini et pourrait ˆetre ´etendu `a d’autres algorithmes r´eguliers.Dans un second temps, un outil facilitant le d´eploiement d’applications de Traitementdu Signal et de l’Image sur cluster multi-GPU a ´et´e d´evelopp´e. Pour cela, le champ d’actiondu programmeur est r´eduit au d´ecoupage du programme en tˆaches et `a leur mapping sur les´el´ements de calcul (GPP ou GPU). L’am´elioration notable du d´ebit sortant d’une applicationstreaming de calcul de carte de saillence visuelle a d´emontr´e l’efficacit´e de notre outil pourl’impl´ementation d’une solution sur cluster multi-GPU. Afin de permettre un ´equilibrage decharge dynamique, une m´ethode de migration de tˆaches a ´egalement ´et´e incorpor´ee `a l’outil. / Originally designed to relieve the CPU from graphics rendering tasks, the GPU has becomea massively parallel architecture suitable for processing large amounts of data. While it haswon a significant market share in the High Performance Computing domain, an Algorithm-Architecture Matching approach is still necessary to efficiently implement an algorithm onGPU.The contribution of this thesis is twofold. Firstly, we present the significant gain providedby the implementation of a granulometry optimized algorithm (computation time decreasesfrom several hours to less than minute for a volume of 10243 voxels). An analytical modelestablishing the performance variations of the granulometry application is also presented. Webelieve it can be expanded to other regular algorithms.Secondly, the deployment of Signal and Image processing applications on multi-GPUcluster can be a tedious task for the programmer. In order to help him, we developped alibrary that reduces the scope of the programmer’s contribution in the development. Hisremaining tasks are decomposing the application into a Data Flow Graph and giving mappingannotations in order for the tool to automatically dispatch tasks on the processing elements(GPP or GPU). The throughput of a visual sailency streaming application is then improvedthanks to the efficient implementation brought by our tool on a multi-GPU cluster. In orderto permit dynamic load balancing, a task migration method has also been incorporated into it.

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