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Die genetische Varianz des Porzinen Parvovirus und die Wirksamkeit einer neuen experimentellen Vakzine

Foerster, Tessa 06 December 2016 (has links) (PDF)
Das porzine Parvovirus (PPV), 2013 vom International Committee on taxonomy of Viruses (ICTV) in ungulate Protoparvovirus 1 umbenannt, ist ein unbehülltes, einzelsträngiges DNA Virus und gehört innerhalb der Familie Parvoviridae zur Subfamilie Parvovirinae. Es ist weltweit in allen Bereichen der Schweinehaltung endemisch und verursacht große wirtschaftliche Verluste in den Betrieben (TRUYEN und STRECK 2012). Anders als die verwandten caninen und felinen Parvoviren (seit 2013 arnivore Protoparvovirus 1) ist es nicht durch zum Teil tödlich verlaufende Durchfallerkrankungen, sondern durch Fruchtbarkeitsstörungen wie Abort, Mumifikation und Unfruchtbarkeit, auch bekannt als SMEDI – Syndrom (Stillbirth = Totgeburt, Mummification =Mumifikation, Embryonic Death = embryonaler Tod und Infertility = Unfruchtbarkeit), gekennzeichnet. Die Schwere des Verlaufs hängt dabei wesentlich vom Zeitpunkt sowie von dem, für die Infektion verantwortlichen Isolats ab. Als besonders gefährdet gelten ungeimpfte Jungsauen, die innerhalb der ersten 70 Tage der Trächtigkeit in Kontakt mit dem Virus treten. Das Virus verfügt über eine ausgesprochen hohe Tenazität gegenüber äußeren Einflüssen. Es ist hitzestabil, unempfindlich gegenüber pH-Werten zwischen 3-9 sowie äther- und chloroformresistent (CARTWRIGHT und HUCK 1967, MAYR et al. 1968, JOHNSON und COLLINGS 1969, BACHMANN 1970, MORIMOTO 1972). Einmal im Bestand bleibt es somit über Monate infektiös. Es stehen für die Bekämpfung nur wenige Mittel zur Verfügung. Eine entscheidende Möglichkeit ist die Einhaltung eines strikten Impfregimes, wobei Impfstoffe zum Einsatz kommen, die seit etwa 3 Jahrzehnten auf den gleichen inaktivierten Virus-Isolaten beruhen. In den letzten zehn Jahren wurden zunehmend neue Isolate entdeckt, die sich, wie das hochvirulente Isolat Kresse und das wenig virulente Isolat NADL2, nur in wenigen Aminosäuren unterscheiden. Zum Teil weisen sie aber gravierende Unterschiede in ihrer Pathogenität auf. Daraus ergeben sich neben dem dringenden Rat zur Beobachtung der aktuellen Entwicklung mehrere Fragen hinsichtlich der zukünftigen Handhabung des Virus (SOARES et al. 2003, ZIMMERMANN et al. 2006). So sollte geklärt werden: • wie verbreitet sind diese neuen Isolate • was könnte ihre Entwicklung begünstigt haben • wie effizient ist der Schutz, den herkömmliche Impfstoffe gegen die neuen Isolate bieten • kann eines der Isolate eine Grundlage für einen neuen, effizienteren Impfstoff liefernDiese Dissertation umfasst insgesamt drei Veröffentlichungen, welche versuchen, die gestellten Fragen zu beantworten. Im ersten Artikel wird die Wirksamkeit eines neuen Impfstoffes auf Grundlage des hochvirulenten, vorherrschenden Isolat 27a untersucht. Im zweiten Manuskript wird mit Hilfe von in vitro- und in silico- Modellen die Populationsdynamik demonstriert. Die dritte Veröffentlichung widmet sich der Beschreibung der neuen Parvotypen (PPV2, PPV3 und PPV4), welche aus Herzen und Tonsillen von deutschen, klinisch gesunden Schlachtschweinen isoliert werden konnten.
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Istraživanje influence kopitara sa različitim epizootiološkim i kliničkim nalazima infekcije / Research of equine influenza with different epizootic and clinical findings of infection

Erdeljan Mihajlo 14 September 2016 (has links)
<p>Influenca kopitara je ozbiljno, akutno, visoko kontagiozno, respiratorno oboljenje kopitara sa karakterističnom kliničkom slikom u tipu respiratornog simptoma. Ovo oboljenje izazivaju dva suptipa influenca A virusa (EIV &ndash; ekvini influenca virus) &ndash; H7N7 (ranije poznat kao tip 1) i H3N8 (ranije poznat kao tip 2) iz familije Orthomyxoviridae. Cilj istraživanja je bio da se uporede različite dijagnostičke metode za dijagnostiku influenca A virusa kod kopitara sa različitim vakcinalnim statusom i kliničkim nalazom. U eksperimentu je učestvovalo 61 grlo. Sprovedena je epizootiolo&scaron;ka anketa, grla su klinički pregledana, analizirana je kompletna krvna slika, urađen HI, Direktigen i RT-PCR test. Rezultati su pokazali prisustvo oba suptipa virusa. Registrovane su seropozitivne jedinke kod kojih je dokazano prisustvo antigena virusa influence, ali bez dokazanog prisustva genoma virusa influence.</p> / <p>Equine influenza is a serious, acute, highly contagious, respiratory disease, equine with characteristic clinical picture in the type of respiratory syndrome. This disease is caused by two subtypes of influenza A virus (EIV - equine influenza virus) - H7N7 (formerly known as type 1) and H3N8 (formerly known as type 2) from the family Orthomyxoviridae. The aim of the research was to compare different diagnostic methods for the diagnosis of influenza A virus in equine vaccine with different status and clinical findings. The experiment involved 61 throat. Conducted epidemiological surveys, clinical throat examined, analyzed the complete blood count, done HI, Directigen and RT-PCR test. The results showed the presence of both subtypes of the virus. Seropositive individuals are registrated in which the presence of an influenza virus antigen is confirmed, but without evidence of the presence of the influenza virus genome.</p>
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Fast On-Board Tracking System for External Stores Separation

Leite, Nelson Paiva Oliveira, Guarino de Vasconcelos, Luiz Eduardo, Kusomoto, André Yoshimi 10 1900 (has links)
ITC/USA 2013 Conference Proceedings / The Forty-Ninth Annual International Telemetering Conference and Technical Exhibition / October 21-24, 2013 / Bally's Hotel & Convention Center, Las Vegas, NV / External stores separation campaign is very risky therefore its preparation presents a big technical challenge for the instrumentation group. Determination of store trajectory requires the integration of two hi-speed hi-resolution video cameras into FTI. Link bandwidth precludes the development of a real-time application to be used at the Ground Telemetry System (GTS) for separation validation. To improve efficiency IPEV, with FINEP funding, is developing a system where the separation trajectory is computed on-board and in real-time. Computed parameters are merged into FTI to be processed into GTS and compared to the estimated trajectory. The proposed architecture is presented and discussed.
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Inférence de la structure tri-dimensionnelle du génome / Inferring the 3D architecture of the genome

Varoquaux, Nelle 03 December 2015 (has links)
La structure de l'ADN, des chromosomes et l'organisation du génome sont des sujets fascinants du monde de la biologie. La plupart de la recherche s'est concentrée sur la structure unidimensionnelle du génome, étudiant comment les gènes et les chromosomes sont organisés, et le lien entre l'organisation unidimensionnelle et la régulation des gènes, l'épissage, la méthylation… Cependant, le génome est avant tout organisé dans un espace euclidien tridimensionnel, et cette structure 3D, bien que moins étudiée, joue elle aussi un rôle important dans la fonction génomique de la cellule. La capture de la conformation des chromosomes (3C) et les méthodes qui en sont dérivées, associées au séquençage à haut débit (NGS) mesurent désormais en une seule expérience des interactions physiques entre paire de loci sur tout le génome, permettant ainsi aux chercheurs de découvrir les secrets de l'organisation des génomes. Ces nouvelles technologies ouvrent la voie à des études systématiques et globales sur le repliement de l'ADN dans le noyau. Cependant, ces nouvelles méthodes 3C, comme toute nouvelle technologie, sont accompagnées de nombreux défis computationnels et théoriques. Le premier chapitre est dédié au développement d'une méthode robuste et précise pour inférer un modèle tridimensionnel à partir de données Hi-C. Notre méthode modélise les fréquences d'interaction comme une distribution de Poisson dont l'intensité est une fonction de la distance euclidienne entre paires de loci : nous formulons ainsi l'inférence de la structure 3D comme un problème de maximum de vraisemblance. Nous montrons que notre méthode infère des modèles plus robustes et plus stables selon les données et les résolutions de celles-ci. Le deuxième chapitre est consacré à l'étude de l'architecture du P. falciparum, un petit parasite responsable de la forme la plus virulente et mortelle de la malaria. Ce projet, dont l'objectif était avant tout de répondre à une question biologique, cherchait à comprendre comment l'architecture 3D du génome du P. falciparum est liée à l'expression et la régulation des gènes à différent moments du cycle cellulaire du parasite. En collaboration avec les équipes de K. Le Roch et de W. Noble, spécialisées respectivement dans l'étude du P. falciparum, et dans le développement de méthode computationnelle pour étudier, entre autre, la structure 3D du génome, nous avons construit des modèles de l'organisation du génome à trois moments du cycle cellulaire du parasite. Ceux-ci révèlent que le génome est replié dans le noyau dans une structure complexe, où de nombreux éléments génomiques colocalisent : centromères, télomères… Cette architecture indique une forte association entre l'organisation spatiale du génome et l'expression des gènes. Le dernier chapitre répond à une question très différente, mais aussi liée à l'étude des données 3C. Celles-ci, initialement développées pour étudier la structure tridimensionnelle du génome, ont été récemment utilisées pour des applications très diverses : l'assemblage de génomes de novo, la déconvolution d'échantillons métagénomiques et l'annotation de génomes. Nous décrivons dans ce chapitre une nouvelle méthode, Centurion, qui infère conjointement la position de tous les centromères d'un organisme, en utilisant la propriété qu'ont les centromères à colocaliser dans le noyau. Cette méthode est donc une alternative aux méthodes de détection de centromères classiques, qui, malgré des années de recherche et un enjeu économique certain, n'ont pu identifier la position des centromères dans un certain nombre d'espèces de levure. / The structure of DNA, chromosomes and genome organization is a topic that has fascinated the field of biology for many years. Most research focused on the one-dimensional structure of the genome, studying the linear organizations of genes and genomes and their link with gene expression and regulation, splicing, DNA methylation… Yet, spatial and temporal three-dimensional genome architecture is also thought to play an important role in many genomic functions. Chromosome conformation capture (3C) based methods, coupled with next generation sequencing (NGS), allow the measurement, in a single experiment, of genome wide physical interactions between pairs of loci, thus enabling to unravel the secrets behind 3D organization of genomes. These new technologies have paved the way towards a systematic and genome wide analysis of how DNA folds into the nucleus and opened new avenues to understanding many biological processes, such as gene regulation, DNA replication and repair, somatic copy number alterations and epigenetic changes. Yet, 3C technologies, as any new biotechnology, now poses important computational and theoretical challenges for which mathematically well grounded methods need to be developped. The first chapter is dedicated to developping a robust and accurate method to infer a 3D model of the genome from Hi-C data. Previous methods often formulated the inference as an optimization problem akin to multidimensional scaling (MDS) based on an ad hoc conversion of contact counts into euclidean wish distances. Chromosomes are modeled with a beads-on-a-string model, and the methods attempt to place the beads in a 3D euclidean space to fullfill a number of, often non convex, constraints and such that the pairwise distances between beads are as close as possible to the corresponding wish distances. These approaches rely on dubious hypotheses to convert contact counts into wish distances, challenging the accuracy of the final 3D model. Another limitation is the MDS formulation which is only intuitively motivated, and not grounded on a clear statistical model. To alleviate these problems, our method models contact counts as a Poisson distribution where the intensity is a decreasing function of the spatial distance between elements interacting. We then formulate the 3D structure inference as a maximum likelihood problem. We demonstrate that our method infers robust and stable models across resolutions and datasets. The second chapter focuses on the genome architecture of the P. falciparum, a small parasite responsible for the deadliest and most virulent form of human malaria. This project was biologically driven and aimed at understanding whether and how the 3D structure of the genome related to gene expression and regulation at different time points in the complex life cycle of the parasite. In collaboration with the Le Roch lab and the Noble lab, we built 3D models of the genome at three time points which resulted in a complex genome architecture indicative of a strong association between the spatial genome and gene expression. The last chapter tackles a very different question, also based on 3C-based data. Initially developped to probe the 3D architecture of the chromosomes, Hi-C and related techniques have recently been re-purposed for diverse applications: de novo genome assembly, deconvolution of metagenomic samples and genome annotations. We describe in this chapter a novel method, Centurion, that jointly infers the locations of all centromeres in a single yeast genome from Hi-C data, using the centromeres' tendency to strongly colocalize in the nucleus. Indeed, centromeres are essential for proper chromosome segregation, yet, despite extensive research, centromere locations are unknown for many yeast species. We demonstrate the robustness of our approach on datasets with low and high coverage on well annotated organisms. We then predict centromere coordinates for 6 yeast species that currently lack those annotations.
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Analysis of chromosome conformation data and application to cancer / Analyse de données de conformation chromosomique et application au cancer

Servant, Nicolas 22 November 2017 (has links)
L’organisation nucléaire de la chromatine n’est pas aléatoire. Sa structure est parfaitement contrôlée, suivant un modèle hiérarchique avec différents niveaux d’organisation et de compaction. A large échelle, chaque chromosome occupe son propre espace au sein du noyau. A plus fine résolution, un chromosome est subdivisé en compartiments actifs ou répressifs, caractérisés par un état de la chromatine plus ou moins compact. A l’échelle du méga-base, cette organisation hiérarchique peut encore être divisée en domaines topologiques (ou TADs), jusqu’à la caractérisation de boucle d’ADN facilitant les interactions entre promoteurs et régions régulatrices. Très brièvement, et bien que les méchanismes exactes restent à déterminer, il a récemment été démontré que l’organisation spatiale de la chromatine dans une cellule normale joue un rôle primordial dans la régulation et l’expression des gènes. L’organisation en domaines topologiques implique la présence de complexes protéiques insulateurs tel que CTCF/cohésine. Ces facteurs jouent un rôle de barrière en restreignant et favorisant les interactions entre éléments régulateurs et gènes à l’intérieur d’un domaine, tout en limitant les interactions entre domaines. De cette façon, deux régions appartenant au même domaine topologique pourront fréquemment interagir, alors que deux régions appartenant à des domaines distincts auront une très faible probabilité d’interaction. Dans la cellule cancéreuse, l’implication de l’épigénome et de l’organisation spatiale de la chromatine dans la progression tumorale reste à ce jour largement inexplorée. Certaines études récentes ont toutefois démontré qu’une altération de la conformation de l’ADN pouvait être associée à l’activation de certains oncogènes. Même si les mécanismes exacts ne sont pas encore connus, cela démontre que l’organisation de la chromatine est un facteur important de la tumorigenèse, permettant, dans certains cas, d’expliquer les méchanismes moléculaires à l’origine de la dérégulation de certains gènes. Parmi les cas rapportés, une alération des régions insulatrices (ou frontières) entre domaines topologiques permettrait à des régions normalement éloignées spatialement de se retrouver en contact, favorisant ainsi l’activation de certains gènes. Une caractérisation systématique de la conformation spatiale des génomes cancéreux pourrait donc permettre d’améliorer nos connaissances de la biologie des cancers. Les techniques haut-débit d’analyse de la conformation de la chromatine sont actuellement largement utilisées pour caractériser les interactions physiques entre régions du génome. Brièvement, ces techniques consistent à fixer, digérer, puis liguer ensemble deux régions du génome spatialement proches. Les fragments d’ADN chimériques ainsi générés peuvent alors être séquencés par leurs extrémités, afin de quantifier le nombre de fois où ces régions ont été trouvées en contact. Parmi les différentes variantes de ces techniques, le Hi-C associé à un séquençage profond permet l’exploration systématique de ces interactions à l’échelle du génome, offrant ainsi une vue détaillée de l’organisation tri-dimensionnelle de la chromatine d’une population cellulaire. / The chromatin is not randomly arranged into the nucleus. Instead, the nuclear organization is tightly controlled following different organization levels. Recent studies have explored how the genome is organized to ensure proper gene regulation within a constrained nuclear space. However, the impact of the epigenome, and in particular the three-dimensional topology of chromatin and its implication in cancer progression remain largely unexplored. As an example, recent studies have started to demonstrate that defects in the folding of the genome can be associated with oncogenes activation. Although the exact mechanisms are not yet fully understood, it demonstrates that the chromatin organization is an important factor of tumorigenesis, and that a systematic exploration of the three-dimensional cancer genomes could improve our knowledge of cancer biology in a near future. High-throughput chromosome conformation capture methods are now widely used to map chromatin interaction within regions of interest or across the genome. The Hi-C technique empowered by next generation sequencing was designed to explore intra and inter-chromosomal contacts at the whole genome scale and therefore offers detailed insights into the spatial arrangement of complete genomes. The aim of this project was to develop computational methods and tools, that can extract relevant information from Hi-C data, and in particular, in a cancer specific context. The presented work is divided in three parts. First, as many sequencing applications, the Hi-C technique generates a huge amount of data. Managing these data requires optimized bioinformatics workflows able to process them in reasonable time and space. To answer this need, we developped HiC-Pro, an optimized and flexible pipeline to process Hi-C data from raw sequencing reads to normalized contact maps. HiC-Pro maps reads, detects valid ligation products, generates and normalizes intra- and inter-chromosomal contact maps. In addition, HiC-Pro is compatible with all current Hi-C-based protocols.
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Topics in 21-cm cosmology : foreground models and their subtraction, map reconstruction for wide field of view interferometers and PAON-4 data analysis / Quelques sujets en cosmologie à 21-cm : modèles d’avant plans et leur soustraction, reconstruction de cartes pour les interféromètres à grand champ de vue et l’analyse des données de PAON-4

Huang, Qizhi 18 October 2019 (has links)
Certains aspects de l'extraction du signal cosmologique à 21 cm à partir des observations radio, ainsi que le traitement des données interférométriques pour des observations depuis le sol et depuis l'espace ont été étudiés et sont présentés dans cette thèse. J'ai développé un modèle cohérent et à haute résolution du ciel en radio, qui peut fournir une carte complète et précise du ciel, dans la gamme de fréquence 10 MHz à 2,3 GHz, avec une résolution pouvant atteindre une minute d'arc. Le modèle inclut plusieurs sources de rayonnement diffus, en particulier le synchrotron Galactique, les sources radio brillantes du ciel, ainsi qu'un modèle des sources faibles. J'ai également mis au point une méthode pour extraire le signal 21 cm cosmologique, fortement contaminé par les émissions d'avant-plan et le bruit des récepteurs. La méthode utilise une cascade de deux filtres de Wiener, dans l'espace des fréquences d'abord, et ensuite, dans le domaine angulaire. Le premier filtre exploite les variations lentes des émissions d'avant-plan selon la fréquence, tandis que le second filtre exploite les corrélations angulaires du signal cosmologique pour filtrer le bruit des récepteurs, considéré non corrélé entre deux directions différentes. J'ai développé un nouvel algorithme d'imagerie pour les interféromètres en orbite lunaire. Un tel instrument serait idéal pour cartographier le ciel en dessous de 30 MHz; il ne serait en effet pas soumis aux perturbations ionosphériques et serait protégé des interférences électromagnétiques dues aux émissions terrestres. J'ai montré que l'utilisation de la précession du plan orbital du satellite permet de résoudre le problème de la symétrie miroir. La méthode exploite la relation de projection linéaire entre la carte du ciel et les visibilités mesurées, tant dans l'espace angulaire que dans l'espace des harmoniques sphériques pour reconstruire la carte du ciel. L'algorithme d'imagerie gère la complication due à l'ombre de la Lune se déplaçant avec le temps sur le champ de vue des antennes couvrant tout le ciel. Notons que ces effets ne sont pas pris en charge par les algorithmes d'imagerie existants tels que la W-Projection et la WStacking. Enfin, j'ai effectué une première analyse des données de l'interféromètre de transit PAON-4. J'ai évalué la performance globale du réseau en termes de température de bruit et de la réponse des antennes. J'ai pu étalonner avec succès les visibilités, en déterminant à la fois l'amplitude et la phase des termes de gain complexes, tout en corrigeant les décalages de pointage des antennes de PAON4. J'ai ensuite reconstruit la carte du ciel pour une bande de 10 degrés autour de la déclinaison de la source brillante Cygnus A, à partir du flot de données PAON-4 calibré et nettoyé, en appliquant l'algorithme de décomposition en mode m dans l'espace des harmoniques sphériques. / Some aspects of extracting cosmological 21cm signal from radio observations, as well as processing of interferometric data for ground based or space born instruments have been studied and discussed in this dissertation. I have developed a high-resolution self-consistent radio whole sky model, which provides an accurate full sky maps in the frequency range from 10 MHz to 2.3 GHz, with angular resolution up to 1 arcmin. It includes bright and faint radio sources, Galactic synchrotron and Galactic freefree emissions. I have also developed a method to extract the faint cosmological 21-cm signal, heavily contaminated by foreground emissions and receiver noise. The method uses a cascade of two Wiener filters, in frequency domain and then, in angular domain. The first filter exploits the smoothness of the foreground emissions along the frequency, while the second filter exploits the angular correlations of the cosmological signal, due to the receiver noise is considered to be nearly uncorrelated between different directions. I have developed a studied the performance of a new imaging algorithm for lunar orbit interferometers. Such an instrument would be ideal for mapping the radio sky below 30 MHz, as it would be free from ionospheric perturbations, as well as electromagnetic interferences due to terrestrial emissions. I have shown that we make use of the precession of satellite orbital plane to solve the mirror symmetry problem, and exploit the linear mapping between the sky map and the measured visibilities, both in angular space and spherical harmonic space to reconstruct the sky map. The imaging algorithm handles the time-varying Moon's blockage over the whole sky field of view, which are not handled by existing imaging algorithms such as the WProjection and the W-Stacking. Finally, I have carried out a first analysis of the observational visibility data from the PAON-4 transit interferometer. I have evaluated the overall performance of the array in terms of system temperature and antenna response, and successfully calibrated the visibilities, determining both amplitude and phase of the complex gain terms, while correcting PAON-4 antennae pointing offsets. I have then reconstructed the sky map for a 10 degree strip around Cygnus A declination, from the cleaned calibrated PAON-4 data streams, applying the m-mode decomposition map-making algorithm in spherical harmonic space.
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HI in the M31/M33 Environment

Free, Nicole Lynn January 2010 (has links)
No description available.
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Effet de l'antiterminaison de la transcription sur l'expression génique chez Escherichia coli en absence de topoisomérase I

Sanscartier, Patrick January 2005 (has links)
Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.
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Methods for Joint Normalization and Comparison of Hi-C data

Stansfield, John C 01 January 2019 (has links)
The development of chromatin conformation capture technology has opened new avenues of study into the 3D structure and function of the genome. Chromatin structure is known to influence gene regulation, and differences in structure are now emerging as a mechanism of regulation between, e.g., cell differentiation and disease vs. normal states. Hi-C sequencing technology now provides a way to study the 3D interactions of the chromatin over the whole genome. However, like all sequencing technologies, Hi-C suffers from several forms of bias stemming from both the technology and the DNA sequence itself. Several normalization methods have been developed for normalizing individual Hi-C datasets, but little work has been done on developing joint normalization methods for comparing two or more Hi-C datasets. To make full use of Hi-C data, joint normalization and statistical comparison techniques are needed to carry out experiments to identify regions where chromatin structure differs between conditions. We develop methods for the joint normalization and comparison of two Hi-C datasets, which we then extended to more complex experimental designs. Our normalization method is novel in that it makes use of the distance-dependent nature of chromatin interactions. Our modification of the Minus vs. Average (MA) plot to the Minus vs. Distance (MD) plot allows for a nonparametric data-driven normalization technique using loess smoothing. Additionally, we present a simple statistical method using Z-scores for detecting differentially interacting regions between two datasets. Our initial method was published as the Bioconductor R package HiCcompare [http://bioconductor.org/packages/HiCcompare/](http://bioconductor.org/packages/HiCcompare/). We then further extended our normalization and comparison method for use in complex Hi-C experiments with more than two datasets and optional covariates. We extended the normalization method to jointly normalize any number of Hi-C datasets by using a cyclic loess procedure on the MD plot. The cyclic loess normalization technique can remove between dataset biases efficiently and effectively even when several datasets are analyzed at one time. Our comparison method implements a generalized linear model-based approach for comparing complex Hi-C experiments, which may have more than two groups and additional covariates. The extended methods are also available as a Bioconductor R package [http://bioconductor.org/packages/multiHiCcompare/](http://bioconductor.org/packages/multiHiCcompare/). Finally, we demonstrate the use of HiCcompare and multiHiCcompare in several test cases on real data in addition to comparing them to other similar methods (https://doi.org/10.1002/cpbi.76).
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Buffalo Boy's heart on

Stimson, Adrian Allan 21 December 2005
Buffalo Boys 100 years of wearing his heart on his sleeve is the sum of my experience at the University of Saskatchewan. It is an exploration of or coming to know my worldview. I have come to know that history is a construction, fragments of memory told through the bias of time, place and privilege. <p>Bison in the Bowl: This is Indian Land is a site of resistance. A layering of energy over matter through image projection over a colonizing space, the college building. I will place my family tipi in the bowl to honour the bison; the projected images will be of bison, buffalo boy and other contemporary aboriginal experiences. Through projection, I enlighten matter, a union of disparate histories that can be healed through the presence of an aboriginal healing device, the tipi. Happenings dependent on weather will occur September 21, 22 and 23. <p>Crow Chief Plenty Coups refused to speak of the years after the last wild bison herds were gone, saying, when the buffalo went away the hearts of my people fell to the ground, and they could not lift them again. After this nothing happened. <p>Nothing Happened: Old Sun represents the reconstruction of cultural icons through bison fragments, manufactured steel and a light from the Old Sun Residential School on the Blackfoot Reserve. Shadows of the past interrogate traditional and contemporary ideas. I believe that objects hold energy; this light that once shone above the heads of many children within the school is a witness to cultural genocide. Illumination of our histories can bring us out of the shadows and enlighten our being. Time is the Western paradox; it is to be played with. It is a container, a crypt that fragments real time image. It is a space of introspection and the cosmic dance. Bison Heart connects me to the heart of my art practice. In the context of my aboriginal experience, this painting can be romantic, iconic and political. I invite the viewer to move between the values to uncover their own meaning and relationship with the subject and self. <p>Gambling the Prairie Winnings is the construction of time through narrative, image and artifact. It is a serious and humorous view of how the west was dumb, it parodies the Western Development Museums centennial theme Winning the Prairie Gamble. The reinforcement of the colonial project occurs primarily through media, my intent is to subvert this medium. <p>Mission Impossible: Buffalo Boys Wild West Peep Show is an altar and a stage based on the first Blackfoot Mission church. It is a video projection where Buffalo Boy can dream of missions past, play in the present and vision the future. <p>This exhibition includes but is not limited to ideas within indigenous knowledge, meta/ quantum physics role in creating unity, the re-immergence of two-spirit peoples history, colonial or post -colonial critique, ecology, spirituality and healing modalities within the creative process. Through my art making I transcend the constructions of history, I heal myself for others to see, it is a new place from which to view the world.

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