Das porzine Parvovirus (PPV), 2013 vom International Committee on taxonomy of Viruses (ICTV) in ungulate Protoparvovirus 1 umbenannt, ist ein unbehülltes, einzelsträngiges DNA Virus und gehört innerhalb der Familie Parvoviridae zur Subfamilie Parvovirinae. Es ist weltweit in allen Bereichen der Schweinehaltung endemisch und verursacht große wirtschaftliche Verluste in den Betrieben (TRUYEN und STRECK 2012). Anders als die verwandten caninen und felinen Parvoviren (seit 2013 arnivore Protoparvovirus 1) ist es nicht durch zum Teil tödlich verlaufende Durchfallerkrankungen, sondern durch Fruchtbarkeitsstörungen wie Abort, Mumifikation und Unfruchtbarkeit, auch bekannt als SMEDI – Syndrom (Stillbirth = Totgeburt, Mummification =Mumifikation, Embryonic Death = embryonaler Tod und Infertility = Unfruchtbarkeit), gekennzeichnet. Die Schwere des Verlaufs hängt dabei wesentlich vom Zeitpunkt sowie von dem, für die Infektion verantwortlichen Isolats ab. Als besonders gefährdet gelten ungeimpfte Jungsauen, die innerhalb der ersten 70 Tage der Trächtigkeit in Kontakt mit dem Virus treten. Das Virus verfügt über eine ausgesprochen hohe Tenazität gegenüber äußeren Einflüssen. Es ist hitzestabil, unempfindlich gegenüber pH-Werten zwischen 3-9 sowie äther- und chloroformresistent (CARTWRIGHT und HUCK 1967, MAYR et al. 1968, JOHNSON und COLLINGS 1969, BACHMANN 1970, MORIMOTO 1972). Einmal im Bestand bleibt es somit über Monate infektiös. Es stehen für die Bekämpfung nur wenige Mittel zur Verfügung. Eine entscheidende Möglichkeit ist die Einhaltung eines strikten Impfregimes, wobei Impfstoffe zum Einsatz kommen, die seit etwa 3 Jahrzehnten auf den gleichen inaktivierten Virus-Isolaten beruhen. In den letzten zehn Jahren wurden zunehmend neue Isolate entdeckt, die sich, wie das hochvirulente Isolat Kresse und das wenig virulente Isolat NADL2, nur in wenigen Aminosäuren unterscheiden. Zum Teil weisen sie aber gravierende Unterschiede in ihrer Pathogenität auf. Daraus ergeben sich neben dem dringenden Rat zur Beobachtung der aktuellen Entwicklung mehrere Fragen hinsichtlich der zukünftigen Handhabung des Virus (SOARES et al. 2003, ZIMMERMANN et al. 2006). So sollte geklärt werden: • wie verbreitet sind diese neuen Isolate • was könnte ihre Entwicklung begünstigt haben • wie effizient ist der Schutz, den herkömmliche Impfstoffe gegen die neuen Isolate bieten • kann eines der Isolate eine Grundlage für einen neuen, effizienteren Impfstoff liefernDiese Dissertation umfasst insgesamt drei Veröffentlichungen, welche versuchen, die gestellten Fragen zu beantworten. Im ersten Artikel wird die Wirksamkeit eines neuen Impfstoffes auf Grundlage des hochvirulenten, vorherrschenden Isolat 27a untersucht. Im zweiten Manuskript wird mit Hilfe von in vitro- und in silico- Modellen die Populationsdynamik demonstriert. Die dritte Veröffentlichung widmet sich der Beschreibung der neuen Parvotypen (PPV2, PPV3 und PPV4), welche aus Herzen und Tonsillen von deutschen, klinisch gesunden Schlachtschweinen isoliert werden konnten.

Les R-loops générés durant la transcription sont impliqués dans de nombreuse fonctions incluant la réplication, la recombinaison et l’expression génique tant chez les procaryotes que chez les eucaryotes. Plusieurs études ont montré qu’un excès de supertours négatifs et des séquences riches en bases G induisent la formation de R-loops. Jusqu’à maintenant, nos résultats nous ont permis d’établir un lien direct entre les topoisomérases, le niveau de surenroulement et la formation de R-loops. Cependant, le rôle physiologique des R-loops est encore largement inconnu. Dans le premier article, une étude détaillée du double mutant topA rnhA a montré qu’une déplétion de RNase HI induit une réponse cellulaire qui empêche la gyrase d’introduire des supertours. Il s’agit ici, de la plus forte évidence supportant les rôles majeurs de la RNase HI dans la régulation du surenroulement de l’ADN. Nos résultats ont également montré que les R-loops pouvaient inhiber l’expression génique. Cependant, les mécanismes exacts sont encore mal connus. L’accumulation d’ARNs courts au détriment d’ARNs pleine longueur peut être causée soit par des blocages durant l’élongation de la transcription soit par la dégradation des ARNs pleine longueur. Dans le deuxième article, nous montrons que l’hypersurenroulement négatif peut mener à la formation de R-loops non-spécifiques (indépendants de la séquence nucléotidique). La présence de ces derniers, engendre une dégradation massive des ARNs et ultimement à la formation de protéines tronquées. En conclusion, ces études montrent l’évidence d’un lien étroit entre la RNase HI, la formation des R-loops, la topologie de l’ADN et l’expression génique. De plus, elles attestent de la présence d’un nouvel inhibiteur de gyrase ou d’un mécanisme encore inconnu capable de réguler son activité. Cette surprenante découverte est élémentaire sachant que de nombreux antibiotiques ciblent la gyrase. Finalement, ces études pourront servir également de base à des recherches similaires chez les cellules eucaryotes. / R-loops generated during transcription elongation are implicated in many DNA reactions, including replication, recombination and gene expression both in prokaryotes and in eukaryotes. Many studies have shown that negative supercoils excess and G-rich sequences induce the formation of R-loops. Up to now, our results allow us to establish a direct link between topoisomerases, supercoiling level, and the formation of R-loops. However, what the physiological significance, if any, of R-loops is still largely unknown. In the first article, a detailed study on double topA rnhA mutants showed that the depletion of RNase HI activity induces a cellular response which renders gyrase unable to perform supercoils. This is the first evidence implicating RNase HI as a major player in DNA supercoiling regulation. Our results also show that R-loops formation can lead to the inhibition of gene expression. However, the exact mechanism(s) leading to the inhibition of gene expression are not yet understood. The accumulation of shorter than full length RNAs could be caused by road-blocks during transcription elongation or by the degradation of full length RNAs. In the second article, we show that hypernegative supercoiling can lead to sequence independent R-loop formation. The physiological consequence is extensive RNA degradation which ultimately culminates in the formation of truncated proteins. In conclusion, this study clearly shows a close link between RNase HI activity, R-loop formation, DNA topology and gene expression. In addition, this study also provides some evidence for the synthesis of a gyrase inhibitor that can regulate gyrase activity directly or indirectly via unidentified mechanisms. This surprising observation is still preliminary taking into consideration that many antibiotics target gyrase. Finally results from this study could open up avenues for research in eukaryotes.

A avicultura brasileira é atualmente uma atividade de grande sucesso. A utilização de sistemas de planejamento associados a novas tecnologias, reflete-se no extraordinário crescimento da atividade. A produção brasileira de frango ultrapassou a marca anual de 11 milhões de toneladas, em 2009. O Brasil está entre os três maiores produtores de frango no ranking mundial, junto com Estados Unidos e China. Haja vista a importância que a avicultura representa para o país, pela geração de benefícios sociais e econômicos, o risco que a Influenza aviaria constitui para a avicultura brasileira é enorme. Um surto desta doença em um centro de produção avícola representaria um risco à economia e incidiria de forma negativa nos níveis de consumo de proteína de qualidade e economicamente acessível à população. A fim de estabelecermos um monitoramento do vírus da Influenza A em aves domésticas não vacinadas, residentes em regiões de elevada confluência migratória aviária no Brasil a região amazônica, para a realização deste trabalho se fez necessário a colheita de sangue para o teste sorológico indicado como padrão em todo o mundo para detectar anticorpos contra o vírus da influenza, tendo como objetivos maiores, contribuir para o fortalecimento dos serviços de defesa sanitária animal, aumentar a capacidade de investigação, e finalmente, atualizar e harmonizar normas e procedimentos para a prevenção e controle da Influenza A, referenciando-se nas recomendações da Organização Mundial de Sanidade Animal (Office International des Epizooties - OIE). Das 1051 aves amostradas em diferentes localidades da região norte do Brasil, 1010 soros foram testados para seis diferentes subtipos virais: H2;H3;H5;H6;H7 e H9, pela técnica sorológica da Inibição da Hemaglutinação (HI). Destas, MAIS DE 50% apresentaram positividade para um subtipo viral testado, no entanto todos os soros apresentaram negatividade no centro de referência mundial em sorologia de Influenza, St. Jude Childrens Research Hospital localizado em Memphis, EUA. O antagonismo dos resultados levantam a discussão da metodologia adotada como padrão em todo mundo, o que nos levou a otimizar a técnica, vislumbramos a diferença ao compararmos os resultados do ano de 2005 e do ano de 2006, o primeiro ano obtivemos 50% de positividade nas amostras, já no ano seguinte esta positividade cai para aproximadamente 0,2%. Com este resultado podemos inferir que a técnica foi adequadamente otimizada, corroborando as informações de que o Brasil é livre de Influenza aviaria em patos domésticos na região amazônica. / The Brazilian poultry industry is currently a very successful activity. The use of planning systems associated with new technologies, reflected in the extraordinary growth in activity. The Brazilian production of chicken surpassed the annual 11 million tonnes in 2009. Brazil is among the three largest poultry producers in the world ranking, along with the United States and China. Given the importance of poultry production for the country, the generation of social and economic benefits, the risk that avian influenza poses to the Brazilian poultry industry is huge. An outbreak of this disease in a poultry-production pose a risk to the economy and impinge negatively on levels of consumption of protein quality and affordable to the population. In order to establish a monitoring of influenza A viruses in poultry unvaccinated residents in regions of high avian migratory confluence in Brazil the Amazon region, for this work was required the collection of blood for serological testing indicated as standard worldwide to detect antibodies against influenza viruses, with the larger goals, contribute to the strengthening of animal health protection services, increase research capacity, and finally, update and harmonize standards and procedures for the prevention and control Influenza A, referencing the recommendations of the World Organization for Animal Health (Office International des Epizooties - OIE). From 1051 birds sampled in different localities of northern Brazil, 1010 sera were tested for six different viral subtypes: H2, H3, H5, H6, H7 and H9, the serological technique the hemagglutination inhibition (HI). Of these, over 50% were positive for one viral strain tested, but all sera were negative in the center of world reference serology Influenza, St. Jude Children\'s Research Hospital located in Memphis, USA. The antagonism of the results raise the discussion of the methodology adopted as standard throughout the world, which has led us to optimize the technique, we can see the difference when comparing the results of 2005 and 2006, the first year we had 50% positivity in the samples, in the following year this positive drops to about 0.2%. With this result we infer that the technique was properly optimized, corroborating the information that Brazil is free from avian influenza in domestic ducks in the Amazon region.

La performance mécanique des composites à matrice céramique repose en partie sur le contrôle de la liaison interfaciale et le choix des matériaux. Ces travaux s’intéressent au renforcement de la liaison interfaciale en traitant la surface des fibres SiC de dernière génération : les Hi-Nicalon S. L’objectif est d’établir une accroche chimique et/ou mécanique principalement avec l’interphase BN. Des composites modèles, minicomposites élaborés par voie CVI (Chemical Vapor Infiltration) sont utilisés comme base de travail. La quantification de la force de la liaison interfaciale s’effectue en évaluant l’énergie de liaisons interfaciales Gci issues d’essais de traction, et en calculant la contrainte de cisaillement τ par essais de pushout. Dans un premier temps, les fibres HNS dont les surfaces ont été légèrement modifiées, ont été testées avec l’interphase classique PyC. La liaison interfaciale sur minicomposites reste faible. Différentes traitements chimiques ont été effectués à la surface des fibres dans l’optique de renforcer la liaison interfaciale avec le BN, interphase plus résistance à l’oxydation que le PyC. Au préalable, les conditions d’élaborations de l’interphase BN ont été étudiées. / Mechanical properties of ceramic composites can be improved by controlling interfacial bonding and choosing materials. To enhance interfacial bonding, treatment on the last SiC fiber, Hi-Nicalon S surface are proposed in this work. The aim is to allow chemical and/or mechanical bonds mainly with BN interphase. For this, composites models, minicomposites are elaborated by CVI (Chemical Vapor Infiltration). Quantification of the strength of interfacial bonding is based by evaluating interfacial bonding energy Gci with tensile tests, and by calculating interfacial shear stress τ with push-out tests. Firstly, Hi-Nicalon S fibers whose surfaces have been slightly modified have been tested with classic interphase PyC. Interfacial bonding on minicomposites is weak. Different treatments have been performed on surface fibers to enhance interfacial bonding with BN, which have a better resistance oxidation than PyC. Before, elaboration parameters of BN interphase have been studied.

Les R-loops générés durant la transcription sont impliqués dans de nombreuse fonctions incluant la réplication, la recombinaison et l’expression génique tant chez les procaryotes que chez les eucaryotes. Plusieurs études ont montré qu’un excès de supertours négatifs et des séquences riches en bases G induisent la formation de R-loops. Jusqu’à maintenant, nos résultats nous ont permis d’établir un lien direct entre les topoisomérases, le niveau de surenroulement et la formation de R-loops. Cependant, le rôle physiologique des R-loops est encore largement inconnu. Dans le premier article, une étude détaillée du double mutant topA rnhA a montré qu’une déplétion de RNase HI induit une réponse cellulaire qui empêche la gyrase d’introduire des supertours. Il s’agit ici, de la plus forte évidence supportant les rôles majeurs de la RNase HI dans la régulation du surenroulement de l’ADN. Nos résultats ont également montré que les R-loops pouvaient inhiber l’expression génique. Cependant, les mécanismes exacts sont encore mal connus. L’accumulation d’ARNs courts au détriment d’ARNs pleine longueur peut être causée soit par des blocages durant l’élongation de la transcription soit par la dégradation des ARNs pleine longueur. Dans le deuxième article, nous montrons que l’hypersurenroulement négatif peut mener à la formation de R-loops non-spécifiques (indépendants de la séquence nucléotidique). La présence de ces derniers, engendre une dégradation massive des ARNs et ultimement à la formation de protéines tronquées. En conclusion, ces études montrent l’évidence d’un lien étroit entre la RNase HI, la formation des R-loops, la topologie de l’ADN et l’expression génique. De plus, elles attestent de la présence d’un nouvel inhibiteur de gyrase ou d’un mécanisme encore inconnu capable de réguler son activité. Cette surprenante découverte est élémentaire sachant que de nombreux antibiotiques ciblent la gyrase. Finalement, ces études pourront servir également de base à des recherches similaires chez les cellules eucaryotes. / R-loops generated during transcription elongation are implicated in many DNA reactions, including replication, recombination and gene expression both in prokaryotes and in eukaryotes. Many studies have shown that negative supercoils excess and G-rich sequences induce the formation of R-loops. Up to now, our results allow us to establish a direct link between topoisomerases, supercoiling level, and the formation of R-loops. However, what the physiological significance, if any, of R-loops is still largely unknown. In the first article, a detailed study on double topA rnhA mutants showed that the depletion of RNase HI activity induces a cellular response which renders gyrase unable to perform supercoils. This is the first evidence implicating RNase HI as a major player in DNA supercoiling regulation. Our results also show that R-loops formation can lead to the inhibition of gene expression. However, the exact mechanism(s) leading to the inhibition of gene expression are not yet understood. The accumulation of shorter than full length RNAs could be caused by road-blocks during transcription elongation or by the degradation of full length RNAs. In the second article, we show that hypernegative supercoiling can lead to sequence independent R-loop formation. The physiological consequence is extensive RNA degradation which ultimately culminates in the formation of truncated proteins. In conclusion, this study clearly shows a close link between RNase HI activity, R-loop formation, DNA topology and gene expression. In addition, this study also provides some evidence for the synthesis of a gyrase inhibitor that can regulate gyrase activity directly or indirectly via unidentified mechanisms. This surprising observation is still preliminary taking into consideration that many antibiotics target gyrase. Finally results from this study could open up avenues for research in eukaryotes.

Le programme de réplication d’environ la moitié du génome des mammifères est caractérisé par des U/N-domaines de réplication de l’ordre du méga-base en taille. Ces domaines sont bordés par des origines de réplication maitresses (MaOris) correspondantes à des régions (~200 kb) de chromatine ouverte favorables à l’initiation précoce de la réplication et de la transcription. Grâce au développement récent de technologies à haut débit de capture de conformations des chromosomes (Hi-C), des matrices de fréquences de co-localisation 3D entre toutes les paires de loci sont désormais déterminées expérimentalement. Il est apparu que les U/N-domaines sont reliés à l’organisation du génome en unités structurelles. Dans cette thèse, nous avons effectué une analyse combinée de données de Hi-C de lignées cellulaires humaines et de profils de temps de réplication pour explorer davantage les relations structure/fonction dans le noyau. Cela nous a conduit à décrire de nouveaux domaines de réplication de grande tailles (>3 Mb) : les split-U-domaines aussi bordés par des MaOris; à démontrer que la vague de réplication initiée aux MaOris ne dépend que du temps pendant la phase S et de montrer que le repliement de la chromatine est compatible avec un modèle d’équilibre 3D pour les régions euchromatiniennes à réplication précoces et un modèle d’équilibre 2D pour les régions heterochromatiniennes à réplication tardives associées à la lamina nucléaire. En représentant les matrices de co-localisation issues du Hi-C en réseaux d’interactions structurelles et en déployant des outils de la théorie des graphes, nous avons aussi démontré que les MaOris sont des hubs interconnectés à longue portée dans le réseau structurel, fondamentaux pour l’organisation 3D du génome et nous avons développé une méthodologie multi-échelle basée sur les ondelettes sur graphes pour délimiter objectivement des unités structurelles à partir des données Hi-C. Ce travail nous permet de discuter de la relation entre les domaines de réplication et les unités structurelles entre les différentes lignées cellulaires humaines. / The replication program of about one half of mammalian genomes is characterized by megabase-sized replication U/N-domains. These domains are bordered by master replication origins (MaOris) corresponding to ~200 kb regions of open chromatin favorable for early initiation of replication and transcription. Thanks to recent high-throughput chromosome conformation capture technologies (Hi-C), 3D co-localization frequency matrices between all genome loci are now experimentally determined. It appeared that U/N-domains were related to the organization of the genome into structural units. In this thesis, we performed a combined analysis of human Hi-C data and replication timing profiles to further explore the structure/function relationships in the nucleus. This led us to describe novel large (>3 Mb) replication timing split-U domains also bordered by MaOris, to demonstrate that the replication wave initiated at MaOris only depends of the time during S phase and to show that chromatin folding is compatible with a 3D equilibrium in early-replicating euchromatin regions turning to a 2D equilibrium in the late-replicating heterochromatin regions associated to nuclear lamina. Representing Hi-C co-localization matrices as structural networks and deploying graph theoretical tools, we also demonstrated that MaOris are long-range interconnected hubs in the structural network, central to the 3D organization of the genome and we developed a novel multi-scale methodology based on graph wavelets to objectively delineate structural units from Hi-C data. This work allows us to discuss the relationship between replication domains and structural units across different human cell lines.

L'ADN chromosomique des cellules eucaryotes est fortement condensé au sein d'un complexe nucléoprotéïque, la chromatine. Aussi bien l'organisation spatiale que la composition biochimique (état “épigénomique”) de la chromatine jouent un rôle fondamental dans la régulation des gènes. Grâce aux récents développements des techniques de séquençage à haut-débit, il est possible de déterminer l'état épigénomique local de la chromatine ainsi que la probabilité de contact entre deux sites génomiques (technique dite de “Hi-C”). Ces deux techniques ont permis de mettre en évidence l’existence de domaines d’interaction dont les positions corrèlent fortement avec la segmentation épigénomique de la chromatine. Cependant, les mécanismes responsables de ce couplage sont encore mal compris. L’objectif de cette thèse est de bâtir des modèles physiques permettant de valider l’hypothèse que l’épigénome est un acteur majeur dans le repliement 3D de la chromatine. Pour cela, nous avons tout d’abord développé “IC-Finder”, un algorithme permettant de segmenter les cartes Hi-C en domaines d’interaction. Nous avons alors pu quantifier précisément l’association entre épigénome et organisation de la chromatine. Les corrélations trouvées justifient l’idée de modéliser la chromatine par un copolymère par bloc dont les monomères ont chacun un état épigénomique. Dans ce cadre, nous avons développé une méthode d’inférence des potentiels d'interaction entre sites génomiques à partir des cartes Hi-C expérimentales. Ce travail permettra à plus long terme de prévoir l’organisation de la chromatine sous différentes conditions, ce qui permettra d’étudier en particulier les changements de structure résultant de l’altération de l’épigénome. / DNA of eukaryotes is highly condensed in a nucleoprotein complex called chromatin. Both the spatial organization and the biochemical composition (“epigenomic” state) of the chromatin are fundamental for gene regulation. Remarkably, recent studies indicate that1D epigenomic domains tend to fold into 3D topologically associated domains (TADs) forming specialized nuclear chromatin compartments. In this thesis, we address the question of the coupling between chromatin folding and epigenome. We first built a software called IC-finder to segment HiC maps into interacting domains. We next used it to quantify correlations between the TADs and epigenomic partitions of the genome. This led us to develop a physical model of the chromatin with the working hypothesis that chromatin organization is driven by physical interactions between epigenomic loci. We modeled chromatin as a block copolymer where each block corresponds to an epigenomic domain. With this framework, we developed a method to infer interaction parameters between chromatin loci from experimental Hi-C map. An outcome of such inference process would be a powerful tool to predict chromatin organization in various conditions, allowing investigating in silico changes in TAD formations and long-range contacts when altering the epigenome.

Detta kandidatarbete undersöker Pierre Schaeffers (2012 [1952]) begrepp musique concrète samt dess metoder och tekniker. Musique concrète kan beskrivas som en samling kompositionsmetoder som utgår från inspelade ljud av omvärlden utan inblandning av musikinstrument, musikteori, eller ljud genererade från elektroniska källor. Vi använde Schaffers begrepp reduced listening, vilket är en lyssningsmetod där man bortser från ljudets källa och fokuserar på dess akustiska egenskaper, (vilket Michel Chion (1994) senare expanderade på). Jøran Rudi (2011) skriver om R. Murray Schafer’s begrepp Hi-Fi och Lo-Fi, vilket vi använde för att kategorisera ljuden som användes och platserna som spelades in. I designprocessen applicerade och experimenterade vi med metoder och tekniker från den aktuella forskningen för att utforska och dokumentera arbetsprocessen i gestaltningsprototyperna. Detta arbete resulterade i en samling kompositioner utefter Lo-Fi och Hi-Fi inom musique concrète där vi fick en bredare förståelse för de aktuella metoderna och teknikerna. / This bachelor thesis examines Pierre Schaeffer’s (2012 [1952]) term musique concrète as well as it’s methods and techniques. Musique concrète can be described as a collection of compositional methods that uses recorded sounds from the surrounding world as a startingpoint, without the use of musical instruments, music theory, or electronically produced sounds. We used Schaeffer’s term reduced listening (which Michel Chion (1994) later expanded upon). Jøran Rudi (2011) writes about R. Murray Schafer’s term Hi-Fi and Lo-Fi,and these terms were later used by us to categorise and record sounds from the environment. Investigation and experimentation with the various methods and techniques ensued in the design process in order to explore and document the work process of the prototypes. This process resulted in a collection of musique concrète compositions stemming from the Lo-Fi och Hi-Fi processes through which we gained more knowledge and understanding of themethods and techniques involved.

ITC/USA 2011 Conference Proceedings / The Forty-Seventh Annual International Telemetering Conference and Technical Exhibition / October 24-27, 2011 / Bally's Las Vegas, Las Vegas, Nevada / Nowadays, with the development of the electronics, a video camera can produce hi-resolution and hi-speed images with a very good sensitivity. A typical application is the execution of the Air Data System (ADS) Calibration Flight Test Campaign (FTC) using the Tower-Fly-By method, where the aircraft reference altitude is computed from video frames. To improve efficiency, safety and effectiveness for this FTC, the Flight Test Research Institute (IPEV) developed a near real-time video processing application to compute the aircraft altitude from 720i video frames at up to 400 fps. This development was executed as Master Science dissertation along with Itajubá State University (UNIFEI). Tests results demonstrated satisfactory performance for this tool compared to Ground Telemetry System (GTS) and Global Positioning System (GPS).

We present an analysis of the properties of HI holes detected in 20 galaxies that are part of “The HI Nearby Galaxy Survey” (THINGS). We detected more than 1000 holes in total in the sampled galaxies. Where they can be measured, their sizes range from about 100 pc (our resolution limit) to about 2 kpc, their expansion velocities range from 4 to 36 km/s, and their ages are estimated to range between 3 and 150 Myr. The holes are found throughout the discs of the galaxies, out to the edge of the HI disc; 23% of the holes fall outside R25. We find that shear limits the age of holes in spirals; shear is less important in dwarf galaxies which explains why HI holes in dwarfs are rounder, on average than in spirals. Shear, which is particularly strong in the inner part of spiral galaxies, also explains why we find that holes outside R25 are larger and older. We derive the scale height of the HI disc as a function of galactocentric radius and find that the disc flares at large radii in all galaxies. We proceed to derive the surface and volume porosity (Q2D and Q3D) and find that this correlates with the type of the host galaxy: later Hubble types tend to be more porous. The size distribution of the holes in our sample follows a power law with a slope of a=−2.9. Assuming that the holes are the result of massive star formation, we derive values for the supernova rate (SNR) and star formation rate (SFR) which scales with the SFR derived based on other tracers. If we extrapolate the observed number of holes to include those that fall below our resolution limit, down to holes created by a single supernova, we find that our results are compatible with the hypothesis that HI holes result from star formation. We use HI data from THINGS, 8μm, 24μm, 70μm and HI maps from SINGS, CO(2–1) data from HERACLES and FUV data from NGS to present a visual comparison of these maps with respect to the locations of HI holes. We find that the vast majority of HI holes are also prominent in the 8μm map and to some extent in the 24μm map. There is a lack of molecular gas from the interior of nearly all the holes, which is consistent with the idea that the latter are filled with hot gas. About 60% of young holes have FUV emission detected in their interiors highlighting the presence of the parent OB association. In addition, FUV is detected on the rims of some of the older HI holes, presumably due to the dispersion of the OB association with respect to the gas. We describe the development of a 2–D cross-correlation method to compare multi-wavelength maps in a quantitative way (quantified by Ccoef ) and give some first results from the application of this method to the nearby galaxy NGC2403. We find that the all the dust tracers are well correlated (Ccoef > 0.7) with the 8μm–24μm correlation being the highest (Ccoef > 0.88). Similarly all the star formation tracers are well linked as expected (Ccoef > 0.6). With respect to the relations between star formation and dust tracers we found that most are well matched (Ccoef > 0.7) as dust grains are heated by radiation in star forming regions. At smaller scales (15") FUV correlates poorly (Ccoef ~ 0.3) with the dust tracers, a direct consequence of the absorption of FUV photons by dust. We find that the HI is reasonably well correlated with the 8μm emission (Ccoef ~ 0.6) illustrating the fact that HI is mixed with PAH’s. Interestingly, the HI map shows some correlation with the SF map (Ccoef ~ 0.4) even though FUV and HI emissions were found to be completely uncorrelated (Ccoef ~ 0).