Made available in DSpace on 2015-12-06T23:05:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV) exibe uma enorme variabilidade genética. Tal característica é criticamente importante para que o vírus possa se adaptar às mudanças ambientais e escapar ao sistema imune do hospedeiro, desenvolver resistência à drogas e impedir o sucesso de eventuais vacinas. Portanto, entender esta diversidade é fundamental para se desenvolver vacinas e drogas eficientes, extremamente necessárias para se conter a epidemia de HIV/AIDS. Neste estudo, nós investigamos a magnitude da diversidade das principais variantes de HIV-1 circulante no Brasil, através de seqüênciamento e análise de genoma completo. O DNA foi extraído de 22 amostras previamente classificadas em nosso laboratório como sendo 6 subtipos B, 8 subtipos C e 8 subtipos F, com base no seqüênciamento de pequenos amplicons. A reamplificação do DNA destas amostras foi realizada por PCR de fragmentos sobrepostos, seguido por seqüênciamento direto. Duas de seis amostras identificadas parcialmente como subtipo B e seis de oito amostras identificadas parcialmente como subtipo F foram então caracterizadas como BF recombinantes pela análise de seus genomas completos. Todas as 8 amostras previamente classificadas como subtipo C apresentaram-se como cepas não recombinantes através da análise de genoma completo. Dois recombinantes BF possuem estrutura de recombinação genômica idêntica, porém diferente da cepa Argentina CRF 12_BF, e provavelmente representam uma nova forma recombinante circulante no Brasil. As análises das seqüências dos subtipos C e F revelaram uma linhagem distinta altamente suportada pela filogenia, cada qual correspondendo a sua cepa de referência brasileira. Nossos dados indicam fortemente que a atual epidemia Brasileira de HIV-1 com as cepas dos subtipos C e F foi introduzida no país por um único evento, e não por fontes múltiplas. Além disso, a evidencia da recombinação BF obtida pela análise do genoma completo do HIV, indica uma disseminação dos recombinantes BF em nossa população de infectados pelo HIV-1 que pode representar força significativa na evolução do vírus. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Introdução Este presente estudo tem em sua introdução uma revisão de literatura sobre temas pertinentes à infecção por HIV. Começa pela epidemiologia, transmissão, diagnóstico e estágios clínicos da doença; revisa artigos sobre qualidade de vida em pessoas que vivem com HIV/AIDS (PVHAs) e finaliza com uma descrição breve do desenvolvimento do instrumento WHOQOL-HIV pela Organização Mundial da Saúde. Objetivos O objetivo principal deste estudo é (1) medir a qualidade de vida em indivíduos soropositivos brasileiros usando o World Health Organization Quality of Life instrument – HIV/AIDS module (WHOQOL-HIV) - versão com 128 itens - em uma amostra brasileira e avaliar as propriedades psicométricas deste instrumento. Os objetivos secundários são: (2) avaliar a relação entre depressão, ansiedade e qualidade de vida - dados empíricos indicam que sintomas mentais podem interferir na qualidade de vida de PVHAs - e (3) avaliar o desempenho de um dos instrumentos genéricos mais usados para avaliar qualidade de vida em PVHAs, o Medical Outcomes Study 36-Item Short-Form Health Survey (SF-36), comparando-o com outro instrumento genérico, o WHOQOL-100. Métodos Em Porto Alegre/RS, foi avaliada a qualidade de vida de pessoas que vivem com PVHIV usando o WHOQOL-HIV e o SF-36 em uma amostra selecionada por conveniência de 308 homens e mulheres infectados pelo HIV em diferentes estágios da infecção: assintomáticos (n=131), sintomáticos (n=91) e AIDS (n=86). Foram estudadas as propriedades psicométricas do WHOQOL-HIV: confiabilidade, consistência interna e as validades de construto, discriminante e concorrente. Foram medidos também os sintomas de depressão pelo Inventário de Beck para Depressão (Beck Depression Inventory, BDI) e os sintomas de ansiedade pelo Inventário de Ansiedade Traço-Estado (IDATE). As características sociodemográficas da amostra também foram analisadas. Resultados e Conclusões Os resultados deste estudo são apresentados na forma de 3 artigos. No primeiro deles, observou-se desempenho satisfatório do WHOQOL-HIV em relação às propriedades psicométricas. A confiabilidade foi medida pelo alfa de Cronbach, o qual revelou valores acima de 0,70 em 27 das 31 facetas do WHOQOL-HIV, variando entre 0,32 e 0,65 nas demais; a validade discriminante foi evidenciada com o instrumento identificando piores escores de qualidade de vida para a fase AIDS em todos os domínios; a validade concorrente foi analisada através da correlação dos domínios do WHOQOLHIV com Qualidade de Vida Geral (uma faceta do próprio WHOQOL-HIV), sendo que todos os coeficientes de correlação de Pearson foram superiores a 0,50 (p<0,01). Concluise que o WHOQOL-HIV discriminou bem a qualidade de vida entre os estágios da infecção do HIV na direção esperada e demonstrou confiabilidade e validade concorrente satisfatórias nesta amostra de brasileiros HIV-positivos. Este instrumento parece ser útil para detectar aspectos subjetivos da vida das pessoas que vivem com HIV/AIDS. No segundo artigo, o objeto de estudo foi a relação entre qualidade de vida em PVHIV e os sintomas de depressão e ansiedade. Não houve diferenças significativas quanto à presença de ansiedade entre as fases da infecção, entretanto, houve maiores escores de depressão no estágio AIDS quando comparado com os assintomáticos e sintomáticos. Na correlação do BDI com os domínios do WHOQOL-HIV, os valores dos coeficientes de Pearson foram superiores a 0,30 (magnitude moderada a muito grande, pela escala de Magnitude de Efeito), enquanto a sub-escala IDATE-Traço apresentou coeficientes de valores mais baixos (magnitudes pequena a moderada) quando correlacionada com os domínios do WHOQOL-HIV. Ajustando para estágios da doença, variáveis clínicas e variáveis sociodemográficas em um modelo de regressão linear múltipla, o BDI apresentou valores de coeficiente beta expressivamente maiores que todas as demais variáveis. Os dados deste trabalho indicam que a qualidade de vida de PVHAs é afetada por outras variáveis que não apenas os estágio da doença, principalmente a depressão. Finalmente, no terceiro artigo, é apresentada a comparação entre o WHOQOL-HIV e o SF-36. Tanto o WHOQOL-100 como o SF-36 discriminaram bem a qualidade de vida entre os estágios da infecção na direção esperada: na comparação com os estágios assintomático e sintomático, o estágio AIDS apresentou escores significativamente inferiores. Isto só não aconteceu em dois domínios do WHOQOL-HIV, Meio Ambiente e Espiritualidade, os quais discriminaram apenas entre os pacientes com AIDS e sintomáticos. Estes domínios provavelmente não tenham uma relação linear com a evolução da doença. Como estes domínios são os domínios que se distanciam mais em seu construto do conceito de “funcionamento” e “incapacitação” talvez explique a menor sensibilidade em captar diferenças entre os diferentes estágios da doença. Já os domínios do SF-36, uma medida que tem uma ênfase em todos os seus domínios no “status funcional” parece ter captado com mais sensibilidade estas diferenças. Nas correlações com BDI ambos apresentaram coeficientes de Pearson com valores de magnitude moderada a grande; já com a sub-escala IDATE-Traço as correlações dos dois instrumentos foram de magnitudes menores, variando de pequena a moderada. Na correlação direta dos dois instrumentos entre si os oito domínios do SF-36 correlacionaram-se mais fortemente com três domínios do WHOQOL-100 (Físico, Psicológico e Nível de Independência). Constatou-se neste estudo que o SF-36 confirma sua característica de avaliar “status funcional”, enquanto o WHOQOL-100 demonstra ser um instrumento de qualidade de vida com construtos mais abrangentes.

Resumo não disponível

A Proteína de Ligação à Manose (MBL) é um membro da família das colectinas humanas que atua como molécula de defesa e desempenha um papel importante na imunidade inata. A MBL se liga a carboidratos na superfície de microorganismos, desencadeando a opsonização e fagocitose. Essa ligação também resulta na ativação do sistema complemento. Já foi descrito que a MBL reconhece e se liga a proteína gp120 do Vírus da Imunodeficiência Humana-1 (HIV-1), mas o papel dessa molécula na infecção pelo HIV-1 ainda não está claro. Vários polimorfismos no gene MBL2 foram descritos como capazes de alterar a conformação da proteína, levando a baixos níveis séricos de MBL, e susceptibilidade aumentada a infecções. Entre eles, duas variantes na região promotora (-550 H/L e -221 X/Y), e três variantes no éxon 1, Arg52Cys, Gly54Asp e Gly57Glu (coletivamente chamadas de alelo 0, enquanto a combinação dos três alelos selvagens é chamada de A) foram analisadas no presente trabalho. Nosso objetivo foi investigar o papel da MBL na infecção pelo HIV-1, através da análise dos polimorfismos localizados nas regiões promotora e do éxon 1 do gene MBL2. Nós investigamos a prevalência dos alelos variantes em 410 pacientes infectados pelo HIV-1 do Hospital de Clínicas de Porto Alegre e 345 indivíduos não infectados. Todos os indivíduos são da região Sul do Brasil. As variantes localizadas na região promotora foram genotipadas usando a técnica PCR-SSP e as variantes do éxon 1 foram analisadas por PCR em tempo real, usando um ensaio de temperatura de melting e confirmação por PCR-RFLP. As freqüências genotípicas e alélicas foram comparadas entre os dois grupos analisados, indivíduos positivos para HIV-1 e controles, usando o teste de qui-quadrado. As análises foram realizadas subdividindo os indivíduos de acordo com a origem étnica. Entre os indivíduos Euro-descendentes, uma maior freqüência do genótipo LX/LX foi observada entre pacientes, quando comparada com controles (p<0,001). As análises haplotípicas também demonstraram uma maior freqüência dos haplótipos associados com baixos níveis de MBL entre os pacientes infectados pelo HIV-1 (p=0,0001). Entre os indivíduos Afro-descendentes, as freqüências dos genótipos LY/LY e HY/HY foram maiores entre os pacientes, quando comparadas com os controles (p=0,009 e p=0,02). Nosso trabalho encontrou uma maior freqüência dos genótipos associados com baixos níveis de MBL entre os pacientes Euro-descendentes, sugerindo um papel potencial para a MBL na susceptibilidade à infecção pelo HIV-1 entre indivíduos Eurodescendentes. / Mannose-binding lectin (MBL) is a member of the collectin protein family that acts as a defence molecule and plays an important role in innate immune responses. MBL binds to carbohydrates on the surface of microorganisms, leading to opsonisation and phagocytosis. This binding also results in activation of the complement system. It was already described that MBL recognizes and binds to gp120 protein of human immunodeficiency virus-1 (HIV-1), but the role of such molecule on HIV infection is still debated. Several MBL2 gene polymorphisms were described as capable of disrupting the MBL protein resulting in low serum levels and increased susceptibility to infections. Among them, two variants in the promoter region (-550 H/L and -221 X/Y) and three variants in exon 1, Arg52Cys, Gly54Asp and Gly57Glu (that are collectively called allele 0, while the combination of the three wild-type alleles is called A), were analyzed in the present work. Our aim was to investigate the role of MBL on HIV-1 infected subjects through the analysis of the polymorphisms located in the MBL2 promoter and exon 1 regions. We investigated the prevalence of the variant alleles in 410 HIV-1 infected patients from the Hospital de Clínicas de Porto Alegre (HCPA), and in 345 uninfected individuals. All individuals are from Southern Brazil. The variants from the promoter were genotyped using PCRSSP and the variants from the exon 1 were analyzed by Real-time PCR using a melting temperature assay and were confirmed by PCR-RFLP. Polymorphisms genotype and allele frequencies in the two groups analyzed, namely HIV-1 positive subjects and controls, were compared using Chi-square-test. The analyses were performed subdividing the individuals according to their ethnic origin. Among Euro-derived individuals a higher frequency of the LX/LX genotype in patients was observed when compared to controls (p<0.001). The haplotypic analysis also showed a higher frequency of the haplotypes associated with lower MBL levels among HIV-1 infected patients (p=0.0001). Among Afro-derived individuals the frequencies of LY/LY and HY/HY genotypes were higher in patients when compared to controls (p=0.009 and p=0.02). An increased frequency of genotypes associated with low MBL levels was observed among Euro-derived patients, suggesting a potential role for MBL in the susceptibility to HIV-1 infection in Euro-derived individuals.

O presente estudo investigou a experiência da maternidade e a relação mãe-bebê desde a gestação no contexto do HIV/Aids, até os três meses de vida do bebê. Além disso, examinou as contribuições de uma intervenção psicoeducativa para o enfrentamento da doença, bem como para a adesão à profilaxia da TMI e ao tratamento para HIV/Aids. Participaram quatro gestantes com idades entre 29 e 37 anos, duas mães primíparas e duas multíparas, sendo que duas já sabiam do seu diagnóstico de HIV/Aids antes de engravidarem e duas souberam da infecção nesse último pré-natal atual. Foi utilizado um delineamento de estudo de casos de caráter longitudinal envolvendo entrevistas de avaliação pré e pós-intervenção, nos relatos das mães durante sua participação na PIP-Gestante e na avaliação aos três meses de vida do seu filho/a. Análise de conteúdo qualitativa revelou o sofrimento psicológico das mães vivendo com HIV/Aids diante da possibilidade de que seus filhos fossem infectados e uma vivência persistia mesmo com a adesão rigorosa às recomendações profiláticas e após os primeiros exames dos filhos atestarem resultados negativos. Em especial, a notícia do HIV/Aids durante a gestação esteve associada a uma situação de grande risco psicológico, uma vez que envolvia um imenso esforço de adaptação e sobrecarga emocional potencializadas por envolverem o filho. A culpa, o medo e a incerteza diante do risco de TMI foram os sentimentos mais marcantes relacionados às dificuldades emocionais das mães sobressaindo-se as limitações dos serviços de saúde em acolher e amenizá-los. Os processos psicológicos associados à maternidade e ao enfrentamento do HIV/Aids mostraram-se interligados, tendo como principal objetivo a proteção do filho e da relação mãe-bebê. Nesse contexto, a intervenção realizada apresentou contribuições positivas para o enfrentamento do HIV/Aids, da profilaxia da TMI e do tratamento, melhorando também o bem-estar psicológico das mães. Discute-se a necessidade de se oferecer atendimento psicológico adequado a todas as gestantes vivendo com HIV/Aids, ampliando o apoio dos serviços de saúde a essas mulheres para que possam exercer seu direito a maternidade de modo menos sofrido, garantindo o desenvolvimento emocional dos seus filhos e a sua presença na vida deles. / The present study investigated the experience of motherhood in women living with HIV/Aids and the contributions of a brief psychoeducative intervention during pregnancy to cope with HIV/Aids and adherence to treatment and prophylaxis of mother-to-child transmission (MTCT). Participated in this study four mothers, 29 to 37 years old, among two of them were primiparous. Two mothers got pregnant knowing that they were infected, while two were informed during their current antenatal exams. A collective study-case design was used to examine mother’s accounts during pre-intervention assessment, five intervention sessions, and post-intervention assessments during pregnancy and in the thirtieth month of the baby. Qualitative content analysis revealed the psychological suffering of mothers living with HIV/Aids facing the possibility that their children were infected and it was persisted even with their strict adherence to MTCT prophylaxis and after the first child’s HIV exams resulted negative. Particularly, HIV/Aids diagnosis during pregnancy represented a psychological risky situation, since it required a large strength to adaptation and emotional burden by involving the child. Feelings of guilt, fear and uncertainty with the risk of MTCT were remarkable and revealed not just emotional difficulties of these mothers but also pointed out the health care services fails in recognizing and mitigate them. Psychological processes related to motherhood and HIV/Aids coping showed to be interconnected in order to protect the baby and the motherinfant relationship. In this context, the psychoeducative intervention proved to have positive contributions to coping with HIV/Aids, MTCT prophylaxis and treatment, improving the mothers’ psychological well-being. The need for appropriate psychological support to all pregnant women living with HIV/Aids is discussed. Enlarged health care services should support the right to motherhood to these women, diminishing their psychological burden and ensuring their children’s emotional development.

Submitted by Hiolanda Rêgo (hiolandar@gmail.com) on 2013-05-08T17:15:30Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Nut_ Ana Paula Paim.pdf: 642640 bytes, checksum: a0d21dd2552dd3082aca1cdae9a91c10 (MD5) / Approved for entry into archive by Flávia Ferreira(flaviaccf@yahoo.com.br) on 2013-05-29T19:58:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação_Nut_ Ana Paula Paim.pdf: 642640 bytes, checksum: a0d21dd2552dd3082aca1cdae9a91c10 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-05-29T19:58:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação_Nut_ Ana Paula Paim.pdf: 642640 bytes, checksum: a0d21dd2552dd3082aca1cdae9a91c10 (MD5) / Os vírus da hepatite C e HIV ocasionam repercussões metabólicas importantes, no curso da infecção crônica, principalmente a resistência insulínica e Diabetes Mellitus. Artigos recentes, envolvendo investigações entre pacientes portadores do vírus C mono ou coinfectados com o HIV, mostraram por meio da variável peso, relações com a progressão da doença. Estas relações não consideraram as diferentes distribuições de massa magra e adiposa. Objetivo: Avaliar a composição corpórea e perfil bioquímico de pacientes mono e coinfectados com os vírus VHC e HIV correlacionando-os ao estadiamento histológico da doença hepática crônica. Metodologia: Estudo transversal realizado com 231doentes, sendo 142 portadores de VHC, 44 de HIV e 45 coinfectados com VHC e HIV. Foram aferidas medidas antropométricas e registrados os dados demográficos, de estilo de vida, perfil bioquímico, genótipo, contagem de células CD4, carga viral do HIV e estadiamento histológico para análise comparativa entre os três grupos. Foram excluídos indivíduos com outra coinfecção, menores de 18 anos e àqueles em uso de Interferon e Ribavirina. Resultados: A média de idade foi de 47,2 anos, sendo 60% do gênero masculino. Dos 187 pacientes portadores do VHC 80% eram do Genótipo 1 (n=110). O IMC foi predominantemente de eutrofia e a circunferência da cintura estava adequada na maioria dos pacientes inclusos nos três grupos. A proporção de massa adiposa foi maior no grupo VHC representada pela Prega Cutânea Triciptal com média igual a 15,1±8,8 seguida do grupo VHC/HIV=10,3±5,2 e HIV=11,5±5,8 p<0,001, obtida pelo Somatório das quatro pregas (triciptal, biciptal, suprailíaca e subescapular) do VHC=63,7±26,9, VHC/HIV=49,3±24 e HIV=53,4±25,6 p<0,001 e, pelo percentual de Gordura Corpórea Total do VHC=29,7±8,7, VHC/HIV=25±8,6 e HIV=25,3±8,2 p=0,003. O Grau de Inflamação ou de fibrose e a relação do estadiamento da doença com as variáveis antropométricas não apresentaram diferenças significantes entre os grupos com VHC. Porém observamos relação entre o grau de fibrose e idade, onde 71,4% dos idosos apresentaram uma maior prevalência de fibrose em estádio mais avançado F3 e F4 (n=15) quando comparado a 33,7% dos adultos (n=28) p=0,002 . O grau de Fibrose F3 e F4 também foi associado ao menor nível de HDL sérico 53,8% (n=28) p=0,009. Colesterol Total (CT) 200 esteve presente em 33,3% dos mono-infectados com HIV seguidos por 14,9% em VHC e 12,9% dos pacientes com VHC/HIV p=0,041, enquanto que o LDLc 130 foi mais prevalente no grupo infectado com o HIV(36%) do que com VHC(10,7%) e VHC/HIV(11,1%) p=0,003. O HDLc apresentou maior inadequação no grupo HIV(64,3%) seguido de VHC/HIV(58,1%) e VHC(49,6%) porém p=0,069. Conclusão: Existem diferenças na composição corpórea e perfil lipídico entre os pacientes mono e coinfectados com os vírus da Hepatite C e HIV, sendo o VHC o grupo com maior proporção de tecido adiposo. As variáveis antropométricas não apresentaram correlação com o grau de inflamação ou de fibrose. Os níveis aumentados de CT, LDLc e reduzidos HDLc nos pacientes infectados com o HIV mostraram que na era HAART o perfil lipídico deste grupo de pacientes permanece mais alterado quando comparado aos pacientes mono ou coinfectados com o VHC. / Salvador

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências de Saúde, Programa de Pós-Graduação em Farmácia, Florianópolis, 2009 / Made available in DSpace on 2012-10-24T08:50:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 269117.pdf: 1029137 bytes, checksum: 288b039b84fe733cf88ca503eda6a95b (MD5) / A presença do vírus da hepatite B (HBV) e da hepatite C (HCV) no portador do vírus da imunodeficiência humana (HIV) reveste-se de importância clínica, na medida que a ocorrência de tais co-infecções parece favorecer um pior prognóstico do paciente, bem como interferir nos resultados da terapêutica aplicada. A co-infecção HBV/HIV ocorre em número considerável e é explicada pelas vias de transmissão comuns a estes dois vírus, basicamente sexual, vertical e parenteral, sendo esta última mais observada para o HCV em relação ao HIV, e a via sexual é mais eficiente para a transmissão do HIV. Metade de todos os pacientes infectados pelo HIV são co-infectados com o HBV ou com o HCV, o que causa impacto na qualidade de vida, na sobrevida e nos custos com tais pacientes. O objetivo deste trabalho foi realizar um estudo soroepidemiológico verificando a soroprevalência dos marcadores das Hepatites virais B e C, avaliando a co-infecção em pacientes soropositivos para o HIV da região serrana do Estado de Santa Catarina. Foram analisadas amostras de sangue de 165 pacientes soropositivos para o HIV que compareceram ao Programa DST/HIV AIDS da Vigilância Epidemiológica da Secretaria Municipal de Saúde de Lages-SC. Para análise estatística utilizou-se a distribuição de frequências e porcentagem. O estudo demonstrou o perfil dos pacientes soropositivos para o HIV, revelando predomínio do sexo feminino (59,4%), raça branca (76,4%), solteiros (42,4%), com prevalência na faixa etária entre 31 e 49 anos (63,03%) e com grau de escolaridade mais baixo, com 63,6% apresentando nível fundamental (completo e incompleto). O fator de risco mais prevalente foi o relacionamento heterossexual (64,8%), seguido do uso de drogas injetáveis (7,3%). A soroprevalência para os marcadores HBsAg foi de 0,61%; para anti-HBc, 11,52% e anti-HBs, 21,82%. Para o anticorpo anti-HCV, foi observado a prevalência de 10,30%, sendo a principal categoria de exposição, o uso de drogas injetáveis. 14 (8,48%) apresentavam co-infecção com marcadores do HBV e /ou HCV. Dentre estes, 9 (5,45%) apresentavam infecção passada e anticorpos contra o vírus HBV. 2 (1,21%) pacientes do sexo masculino apresentavam sorologia positiva para três marcadores, ou seja a infecção para o HCV e infecção passada para o HBV e em três pacientes (1,82%) possuíam a prevalência para a infecção da hepatite C e infecção passada da hepatite B. Nenhum paciente apresentou a co-infecção HIV/HCV/HBV. / The presence of the hepatitis B (HBV) virus and of the hepatitis C (HCV) in the carrier of the virus of the human imunodeficiency (HIV) it is covered of clinical importance, in the measure that the occurrence of such co-infections seems to favor a worse prognostic of the patient, as well as to interfere in the results of the applied therapeutics. The co-infection HBV/HIV happens in considerable number and it is explained by the transmission roads common to these two viruses, basically sexual, vertical and parenteral, being this last one more observed for HCV in relation to HIV, and the sexual road is more efficient for the transmission of HIV. All the patients half infected by HIV is co-infected with HBV or with HCV, what causes impact in the life quality, in the up life and in the costs with such patient. The objective of this work went accomplish a serumepidemiological study verifying the serumprevalence of the markers of the Hepatitis you turn B and C, evaluating the co-infection in serumpositives patients for HIV of the mountainous area of Santa Catarina's State. Samples of blood of 165 serumpositives patients were analyzed for HIV that attended the Program DST/HIV SIDA of the Epidemic Surveillance of the Municipal Clerkship of Health of Lages-SC. For statistical analysis it was used the distribution of frequencies and percentage. The study demonstrated the profile of the patient serumpositives for HIV, revealing prevalence of the feminine sex (59,4%), white race (76,4%), single (42,4%), with prevalence in the age group between 31 and 49 years (63,03%) and with degree of lower escolaridade, with 63,6% presenting fundamental level (complete and incomplete). The factor of risk more prevalent was the heterosexual relationship (64,8%), followed by the use of drugs you injected (7,3%). The serumprevalence for the markers HBsAg was of 0,61%; for anti-HBc, 11,52% and anti-HBs, 21,82%. For the antibody anti-HCV, the prevalence of 10,30%, was observed being the main exhibition category, the drug use injected. 14 (8,48%) they presented co-infection with markers of HBV and /or HCV. these, 9 (5,45%) they presented last infection and antibodies against the virus HBV. 2 (1,21) patient of the masculine sex they presented positive sorology for three markers, that is to say the infection for HCV and infection passed for HBV and in three patient (1,82%) they possessed the prevalence for the infection of the hepatitis C and passed infection of the hepatitis B. Any patient one presented the co-infection HIV/HCV/HBV.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-07-20T19:38:45Z No. of bitstreams: 1 Joana Paixao Monteiro. Análise da variabilidade genética do vírus da....pdf: 5164575 bytes, checksum: de810e999facd7c4e9d33d14ad2ed0e3 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-20T19:38:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Joana Paixao Monteiro. Análise da variabilidade genética do vírus da....pdf: 5164575 bytes, checksum: de810e999facd7c4e9d33d14ad2ed0e3 (MD5) Previous issue date: 2009 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / O grupo M do HIV -1 envolve a maioria das infecções mundiais e é composto por nove subtipos, denominados de A-K. Esta intensa variabilidade genética reflete-se no surgimento partículas virais com diferentes comportamentos biológicos. Estes representam os principais obstáculos para a eficiência da resposta imune humana e para o desenvolvimento de vacinas e terapias universais. O estudo molecular e biológico do HIV pode contribuir para o melhor entendimento de suas propriedades, para a escolha adequada de estratégias terapêuticas e para a vigilância da epidemia de HIV / AIDS. O objetivo deste trabalho foi investigar o perfil epidemiológico e molecular do HIV - 1 no estado da Bahia. Para tanto, foram estudadas amostras de DNA provenientes de 261 indivíduos infectados pelo HIV, acompanhados em um hospital de Salvador, a capital do estado. Destas, 228 e 208 amostras foram analisadas através de HMA nos genes gag e env, respectivamente, e 175 foram caracterizadas em ambos os genes. Adicionalmente, 32 amostras de subtipos F e recombinantes BF foram seqüenciadas e analisadas através de métodos filogenéticos. Uma proporção significativa de resultados divergentes entre o HMA e as análises filogenéticas foi observada (84.4%). Os resultados combinados mostraram sete diferentes genótipos de HIV - 1: 147 (84%) B/B, 4 (2.3%) F/F, 3 (1.7%) B/F, 1 (0.6%) F/B, 1 (0.6%) FIO, 1 (0.6%) BF/F e 18 (10.3%) BF/B. As seqüências recombinantes BF não foram relacionadas à Forma Recombinante Circulante (CRF) CRF12, enquanto apenas duas foram relacionadas à CRF28 e à CRF29. 19 variantes BF compartilharam o mesmo ponto de recombinação em gago Em adição, 7 recombinantes BF circulantes na região de Feira de Santana apresentando padrão similar de recombinação, mostraram-se filogeneticamente relacionados aos recombinantes encontrados em Salvador. Em conclusão, o subtipo B é o genótipo predominante, entretanto, a prevalência (13.1%) de variantes BF divergentes entre si e uma possível nova CRF sugerem que recombinação genética está ocorrendo :&eqüentemente nesta região do país. O uso da técnica de HMA não é apropriado em regiões onde diferentes subtipos estão co-circulando e onde a presença de vírus recombinantes é esperada. A epidemia de HIV / AIDS local caracteriza-se por um crescente número de casos entre mulheres e associada a transmissão por via heterossexual. Em particular, a epidemia de subtipo F na Bahia está relacionada aos indivíduos do sexo feminino e à via de transmissão heterossexual. A presença de um vírus recombinante FIO foi reportado pela primeira vez no Brasil. / The Human Immunodeficiency Virus 1 (HIV -I) is characterized by high levels of genetic variability. The majority of the HIV-I infections worldwide is caused by group M strains, which have been c1assified into 9 different genetic subtypes (A-K). As a result ofthis great genetic variability, the virus is also characterized by a diversity of phenotypes, which represents a major obstac1e to the immune system function and to the long-term efficiency of antiretroviral therapy. Therefore, studies involving molecular and biological aspects of HIV-I can contribute to the understanding of its properties, the development of therapeutic and control strategies, and the monitoring of the HIV / AIDS epidemic. The aim of this study is to investigate the epidemiological and genetic variability of HIV -I in the Brazilian state of Bahia. DNA samples from 229 and 213 HIV-I-infected individuaIs followed at a hospital in Salvador, the capital of Bahia, were analyzed using the Heteroduplex Mobility Assay (HMA) in gag and env genes, respectively. Out of these, 175 samples were characterized in both genes. Thirty-two subtype F and BF recombinant viruses were sequenced and analyzed by phylogenetic methods. The combined data showed that seven different HIV -I genotypes comprised this sample: 147 (84%) B/B, 4 (2.3%) F/F, 3 (1.7%) B/F, 1 (0.6%) F/B, 1 (0.6%) F/D, I (0.6%) BF/F, and 18 (10.3%) BF/B. A significant divergence was observed between the HMA and the sequencing results (84.4%). This could be explained by the low accuracy of the HMA for detecting recombinant viruses. These variants were unrelated to CRFI2, while two sequences were related to CRF28 and CRF29. Nineteen BF mosaics shared the same gag breakpoint. In addition, 7 BF recombinants from the city Feira de Santana presenting the same recombination pattern were related to the variants found in Salvador in the phylogenetic analysis. In conc1usion, subtype B is the most common genotype, however, an increasing prevalence (13.1%) of different BF variants and a potentially new CRF suggest that recombination is occurring frequent1y in Bahia. The use of HMA may be inappropriate in regions where different subtypes are co-circulating. The local HIV / AIDS epidemic follows the national epidemiological trends being mainly associated with heterosexual transmission and with an increasing number of cases among women. The subtype F epidemic was associated with women infected heterosexually. Finally, this study identified the presence of an F /D recombinant HIV -I in Brazil.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-07-23T21:39:24Z No. of bitstreams: 1 Luciane Amorim Santos Uso de ferramentas de bioinformática....pdf: 5329323 bytes, checksum: b477ef604e538000e5f8d84e1188ae91 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-23T21:39:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Luciane Amorim Santos Uso de ferramentas de bioinformática....pdf: 5329323 bytes, checksum: b477ef604e538000e5f8d84e1188ae91 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / As ferramentas de bioinformática tem sido amplamente utilizada para o melhor entendimento de diversos microorganismos. Neste trabalho foram realizados três estudos utilizando estas ferramentas para avaliar diferentes questões biológicas. No primeiro estudo realizou-se uma caracterização molecular de 57 sequências do gene pol, provenientes de pacientes infectados pelo HIV-1 de Salvador, Bahia, Brasil. Para identificar os subtipos e formas recombinantes do HIV-1 circulante na cidade de Salvador foi realizado análises filogenéticas, e através do algoritmo do banco de dados Stanford HIV resistance as mutações associadas à resistência aos ARVs foram detectadas. Entre as 57 sequências analisadas foram identificados neste estudo 45 (77,2%) pertencem ao subtipo B, 11 (21,0%) recombinantes BF e uma (1,8%) do subtipo F1. Além disto, uma alta frequência de eventos de recombinação entre os subtipos B e F foram detectados com 5 padrões de recombinação, duas intergênicas e três intragênicas, mostrando uma alta diversidade. As mutações encontradas com uma maior prevalência foram: I54V (PI) em 7,0%; M184V (NRTI) em 14,0% e K103N (NNRTI) em 10,5% das sequências analisadas. Estes resultados contribuem para traçar o perfil da epidemiologia molecular e diversidade do HIV-1 em Salvador. O segundo estudo avaliou a filodinâmica do HIV-1 em pares de mãe e filho infectados, e em diferentes fases da infecção, três pares na fase aguda e um na fase crônica, e que apresentavam sequências de diferentes tempos. Para este fim foi realizado inferências filogenéticas bayesianas, onde a hipótese do relógio molecular e de diferentes crescimentos populacional foram testadas. Não foi possível observar uma diferença entre a dinâmica da população viral da mãe e a encontrada no filho. Porém, quando observamos o crescimento populacional e o tamanho da população efetiva, ao longo do tempo, sequências provenientes de pares em fase crônica da infecção tem um crescimento mais constante, enquanto as sequências dos pares na fase aguda da infecção se observa uma dinâmica das populações virais, provavelmente devido à pressão do sistema imune e a não adaptação destes vírus. No terceiro estudo, 104 sequências do genoma completo do WNV, disponíveis no Genebank, foram estudadas para identificar a região genômica que apresenta máximo poder interpretativo para inferir relações temporais e geográficas entre as cepas do vírus. Alinhamentos de cada gene foram submetidos à avaliação do sinal filogenético através do programa TREEPUZZEL. As regiões NS3 e NS4 apresentaram um sinal filogenético acima de 70%, sendo as regiões mais indicadas para construção filogenética. Além disto, árvores bayesianas foram inferidas utilizando as regiões NS3, NS5 e E, onde os clados das árvores NS3 e NS5 apresentaram um maior suporte e estrutural temporal geográfica, diferente da região E. Estes achados mostram que os genes NS3 e NS5 são os mais indicados para análises filogenéticas. Neste trabalho foi demonstrando o uso de ferramentas de bioinformática para a melhor caracterização da diversidade, epidemiologia molecular, dinâmica populacional e determinação das relações temporal e geográfica dos vírus. / The bioinformatics tools have been widely used for better understanding of several microorganisms. Here three studies were performed using these tools to answer different biological questions. In the first study, it was conducted the molecular characterization of 57 HIV-1 pol gene sequences from infected patients from Salvador, Bahia, Brazil. To identify the HIV-1 subtypes and recombinants forms, phylogenetics analyses were performed and the Stanford HIV resistance Database were used to analyze the antiretroviral susceptibility. Among all analyzed sequences, 45 of them were (77.2%) subtype B, 11 (21.0%) were BF recombinant and one sequence was (1.8%) subtype F1. Furthermore, a high frequency of recombination events between subtypes B and F was detected with five different patterns: two intergenic and three intragenic. The mutations found with higher prevalence were: I54V (PI) in 7.0%; M184V (NRTI) in 14.0% and K103N (NNRTI) in 10.5% of the analyzed sequences. These results contribute for the knowledge of the molecular epidemiology and diversity of HIV-1 in Salvador. The second study have evaluated the HIV-1 phylodynamics in mother and child infected pairs in different stages of infections: three pairs acutely infected and one chronically infected. Phylogenetic inference was performed using the Bayesian framework were the molecular clock and different population growth models hypothesis were tested. We did not find any difference of the population dynamics between mother and child. However, when observing the population growth and the effective population size through time, the chronically infected pair sequences showed a constant growth, while the acutely infected pair sequences showed a more dynamic population growth, probably due to the immune system selective pressure. In the third study, 104 WNV full genome sequences were selected from Genbank, to identify the best genomic region, which could provide the maximal interpretative power to infer temporal and geographic relationships among the virus strains. The phylogenetic signal was evaluated using the TREEPUZZEL program. The results showed that the NS3 and NS5 regions are the best ones to infer phylogeny since their phylogenetic signal was higher than 70%. Furthermore, Bayesian trees were constructed using the NS3, NS5 and E regions, and the NS3 and NS5 tree clades showed a higher support and a temporal geographic structure, different from the E region. These findings show that the NS3 and NS5 genes are the most informative genes for phylogenetic analyses. These studies demonstrated the use of bioinformatics tools for the better characterization of the virus diversity, molecular epidemiology, and population dynamics.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-07-25T20:46:06Z No. of bitstreams: 1 Giselle Calasans Investigação de mutacçoes nos genes....pdf: 17299730 bytes, checksum: b9919577a31cf080e622e852dc432578 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-25T20:46:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Giselle Calasans Investigação de mutacçoes nos genes....pdf: 17299730 bytes, checksum: b9919577a31cf080e622e852dc432578 (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / O HIV-1 é o agente etiológico da AIDS. Sabe-se que fatores virais e do hospedeiro podem influenciar na susceptibilidade à infecção pelo vírus e na progressão para a AIDS. Em relação aos fatores intrínsecos ao hospedeiro, tem sido demonstrado que algumas alterações na CCR5 podem afetar sua ligação com a gp120 do HIV-1, influenciando na infecção pelo vírus. Além disso, a proteína Langerina, encontrada na superfície das Células de Langerhans (LCs), apresenta um papel importante em relação à infecção pelo HIV-1, por ter a capacidade de se ligar à gp120 viral através de seu Domínio de Reconhecimento de Carboidrato (CRD). Esta interação permite que as LCs internalizem o vírus em Grânulos de Birbeck, os quais degradam a partícula viral, inibindo a apresentação do HIV-1 para os linfócitos T. Desta forma, diferenças na função da langerina, devido a mutações no promotor do gene Langerina e na região codificante do CRD, por exemplo, podem influenciar a susceptibilidade à infecção pelo HIV-1. Sendo assim, o objetivo principal deste trabalho foi verificar a existência de mutações nas regiões do gene CCR5 que codificam para os domínios N e Cterminal da proteína, no promotor do gene da Langerina e na região codificante do CRD, bem como verificar a existência de possíveis associações entre as mutações encontradas e a infecção pelo HIV-1. Para tal, através de sequenciamento, foi analisado um total de 128 amostras de DNA de indivíduos infectados pelo HIV-1 de Feira de Santana, Bahia e 197 amostras de DNA de indivíduos não-infectados de Salvador, Bahia. Os possíveis sítios de ligação para fatores de transcrição da região promotora do gene da Langerina foram analisados pela ferramenta MatInspector implementada no software Genomatix. Análises físico-químicas, de domínios protéicos potenciais, de predição da estrutura proteica secundária e de modelagem tridimensional proteica foram também realizadas, utilizando diferentes ferramentas de bioinformática. Os estudos na região N-terminal da CCR5 revelaram a existência de uma mutação de sentido trocado no aminoácido 55 (p.L55Q) apenas em indivíduos não-infectados, com uma frequência do alelo mutante de 1,8%. Análises físico-químicas demonstraram que esta mutação aumentou a flexibilidade e a acessibilidade da CCR5 e a modelagem protéica demonstrou que a mutação levou a um pequeno desvio para a direita, bem como alterou levemente a carga eletrostática dessa região da proteína. Foi observada diferença estatisticamente significante entre as frequências alélicas (p=0,039) e genotípicas (p=0,038) da mutação p.L55Q quando os indivíduos infectados e não-infectados foram comparados. Os estudos na região C-terminal da CCR5 demonstraram a existência de três mutações silenciosas em indivíduos infectados pelo HIV- 1: c.3,765C>T, c.3,777A>T e c.3,831A>G. Em relação à análise da região promotora do gene da Langerina, foram observadas três mutações (-577T>C, -517T>C e -160T>C) que, segundo o MatInspector, criaram novos sítios de ligação para fatores de transcrição, tais como: NFAT5, HOXB9.01 e STAT6.01. Entretanto, comparando as frequências alélicas e genotípicas dessas mutações entre os indivíduos infectados e não-infectados, não foi observada diferença estatisticamente significante. Já as análises realizadas na região gênica que codifica o CRD da Langerina demonstraram a existência de três mutações: p.K313I (c.937T>A), c.941C>T (g.4728C>T) e c.983C>T (g.4770C>T) As análises físico-químicas revelaram que a mutação p.K313I aumentou a hidrofobicidade e as hélices transmembranares e diminuiu a hidrofilicidade, a acessibilidade e a antigenicidade da proteína. Entretanto, a presença do alelo mutante não alterou a predição da estrutura secundária da Langerina e não foi observada diferença estatisticamente significante nas frequências alélicas e genotípicas quando os dois grupos estudados foram comparados. Estes resultados sugerem que a mutação p.L55Q, encontrada no domínio N-terminal da CCR5, pode afetar a entrada do HIV-1 na célula. Foi possível, também, observar que as mutações encontradas no gene da Langerina não apresentam associação com a infecção pelo HIV-1. No entanto, é importante que novos estudos sejam realizados com o intuito de compreender melhor o verdadeiro papel da mutação p.L55Q na infecção pelo HIV-1, assim como, novas análises voltadas para a busca de variações no gene da Langerina também devam ser conduzidas, uma vez que este é o primeiro estudo que investiga mutações na Langerina em indivíduos infectados pelo HIV-1. / HIV-1 is the etiologic agent of AIDS. It has been demonstrated that the mechanisms underlying HIV-1 infection and pathogenesis require a combination of viral and host factors. Concerned to the host intrinsic factors, some mutations at CCR5 human gene can affect the interaction between CCR5 protein and HIV-1 gp120, influencing the virus infection. Besides, the Langerin protein, located exclusively on Langerhans cells surface, has an important role in HIV-1 infection due to its ability of binding to gp120 through its Carbohydrate Recognition Domain (CRD). This interaction ables HIV-1 internalization into Birbeck granules, which degrade the virus and prevent LC infection and viral dissemination. So, differences in Langerin function due to mutations at promoter and CRD encoding regions of the human Langerin gene, for example, might influence the susceptibility to HIV-1 infection. Thus, the main purpose of this study is to investigate the existence of mutations at the regions of CCR5 gene that encodes the N- and C-terminal protein domains and at promoter and CRD encoding regions of the human Langerin gene, and finally to stablish possible associations among the observed mutations and HIV-1 infection. Using DNA sequencing, it was studied a total of 128 DNA samples of HIV-1 infected individuals from Feira de Santana, Bahia and 197 DNA samples of HIV-1 non-infected individuals from Salvador, Bahia. The transcription factors binding sites were analyzed using the MatInspector tool implemented in the Genomatix software. Physico-chemical, potential protein domain, prediction of protein secondary structure and protein modeling analyses were also performed, using Bioinformatic tools. The studies into the N-terminal protein domain revealed a new missense mutation at aminoacid 55 (p.L55Q), only in HIV-1 non-infected individuals, with allelic frequency of 1.8%. Physico-chemical analysis revealed that this mutation magnified the flexibility and accessibility profiles and the modeling of CCR5 structures showed that this mutation resulted in a small deviation to the right, as well as, a hydrophobic to hydrophilic property alteration. When HIV-1 infected and non-infected groups were compared, the allelic and genotypic frequencies of the p.L55Q mutation were statistically significant (p=0.039 and 0.038, respectively). Three novel silent mutations were found at encoding region of C-terminal protein domain in the HIV-1 infected individuals: c.3,765C>T, c.3,777A>T and c.3,831A>G. Concerned to the analyses at promoter Langerin region, the studies revealed three mutations: -577T>C, -517T>C and -160T>C. The search for possible transcription factors binding sites using MatInspector demonstrated that these promoter mutations created new binding sites to some transcription factors, such as NFAT5, HOXB9.01 and STAT6.01. However, when HIV- 1 infected and non-infected groups were compared, the allelic and genotypic frequencies of the analyzed promoter sites were not statistically significant. It was observed three mutations at Langerin gene region that encodes to the protein CRD: p.K313I (c.937T>A), c.941C>T (g.4728C>T) and c.983C>T (g.4770C>T). The physico-chemical analysis revealed that the p.K313I polymorphism magnified the hydropathy and transmembrane profiles and reduced the hydrophilicity, accessibility and anitigenicity profiles. However, this mutation did not modify the protein secondary structure prediction and when HIV-1 infected and non-infected individuals were compared, it was not observed a statistically significant difference in the allelic and genotypic frequencies from the p.K313I polymorphism. These results suggest that the p.L55Q mutation can affect HIV-1 infection through CCR5 entry. It was also observed that the mutations detected at the promoter and CRD encoding regions of the human Langerin gene are not associated with HIV-1 infection susceptibility. However, it is important to accomplish future studies in order to better understand the role of the p.L55Q mutation at HIV-1 infection, as well as, conduct new search for variations at Langerin gene that could influence HIV-1 infection, since this is the first study that analyzes mutations at promoter and encoding regions of Langerin gene in a HIV-1 infected population.